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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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1001 | 2025-01-23 |
Finding and Profiling Renal Cells with Spatial Transcriptomics
2025-Jan-22, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000632
PMID:39836482
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
1002 | 2025-02-13 |
TGFBR2 High mesenchymal glioma stem cells phenocopy regulatory T cells to suppress CD4+ and CD8+ T cell function
2025-Jan-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.07.631757
PMID:39829747
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研究论文 | 本研究通过多方面的分析方法,揭示了TGFBR2高表达的间充质胶质瘤干细胞(GSCs)通过模仿调节性T细胞(Tregs)来抑制CD4+和CD8+ T细胞功能的机制 | 首次发现并描述了TGFBR2驱动的免疫抑制性GSC状态,并确定了其与TGF-β II型受体的特异性关联 | 研究主要基于体外实验和患者来源的细胞,尚未在体内模型中验证这些发现 | 探索胶质母细胞瘤(GBM)中肿瘤微环境的免疫抑制机制,特别是GSCs在其中的作用 | 胶质母细胞瘤中的间充质胶质瘤干细胞(GSCs) | 肿瘤免疫学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞测序,生物信息学分析,分子和药理学操作 | NA | 临床和实验数据集,单细胞测序数据 | 患者来源的GBM神经球和临床GBM标本 |
1003 | 2025-02-13 |
Differentiation signals induce APOBEC3A expression via GRHL3 in squamous epithelia and squamous cell carcinoma
2025-Jan, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-024-00298-9
PMID:39548236
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序研究了APOBEC3A和APOBEC3B在健康和恶性黏膜上皮中的表达,并通过免疫组织化学、空间转录组学和功能实验验证了关键观察结果 | 研究发现APOBEC3A的表达主要局限于终末分化细胞,并需要grainyhead-like转录因子3(GRHL3),而在鳞状细胞癌中,GRHL3的表达和活性扩展到一部分进行DNA复制的细胞,同时APOBEC3A的表达也扩展到增殖细胞 | 研究未涉及APOBEC3A和APOBEC3B在其他类型癌症中的表达和作用 | 研究APOBEC3A和APOBEC3B在健康和恶性黏膜上皮中的表达及其在肿瘤发展中的作用 | 健康和恶性黏膜上皮细胞 | 分子生物学 | 鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序、免疫组织化学、空间转录组学 | NA | RNA测序数据、免疫组织化学数据、空间转录组数据 | NA |
1004 | 2025-02-13 |
Multi-omics analysis reveals distinct gene regulatory mechanisms between primary and organoid-derived human hepatocytes
2025-Jan-01, Disease models & mechanisms
IF:4.0Q1
DOI:10.1242/dmm.050883
PMID:39878507
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研究论文 | 本文通过整合单细胞转录组和染色质可及性分析,揭示了原代人肝细胞和肝类器官来源的肝细胞之间基因调控机制的差异 | 首次揭示了AP-1因子与肝细胞特异性转录因子(如HNF4A)在调控区域共定位的潜在合作机制,并发现ELF3在肝类器官来源的肝细胞中独特表达且与肝标志基因表达负相关 | 研究主要基于体外模型,可能无法完全反映体内肝细胞的复杂调控网络 | 研究肝细胞发育和疾病的基因调控机制 | 原代人肝细胞和肝类器官来源的肝细胞 | 基因组学 | 肝病 | 单细胞转录组分析,染色质可及性分析 | NA | 单细胞RNA-seq数据,染色质可及性数据 | NA |
1005 | 2025-02-12 |
Tgfβ signaling stimulates glycolysis to promote the genesis of synovial joint interzone in developing mouse embryonic limbs
2025-Jan-10, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adq4991
PMID:39772668
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了小鼠胚胎膝关节原基,发现糖酵解基因在发育中的滑膜关节间区细胞中高度表达,并揭示了Tgfβ信号通过激活mTOR和Hif1α刺激糖酵解,促进软骨细胞向间区细胞的转化 | 首次揭示了Tgfβ信号通过激活mTOR和Hif1α刺激糖酵解,促进软骨细胞向滑膜关节间区细胞的转化 | 研究主要基于小鼠胚胎模型,尚未在人类或其他动物模型中验证 | 研究滑膜关节间区细胞形成的分子机制 | 小鼠胚胎膝关节原基 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | 小鼠胚胎膝关节原基 |
1006 | 2025-02-12 |
TDO2 + cancer-associated fibroblasts mediate cutaneous squamous cell carcinoma immune escape via impeding infiltration of CD8 + T cells
2025-Jan-03, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03921-0
PMID:39751882
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研究论文 | 本研究探讨了TDO2在皮肤鳞状细胞癌(cSCC)相关成纤维细胞中的表达及其在免疫逃逸中的作用 | 首次报道了TDO2在cSCC相关成纤维细胞中的高表达及其通过抑制CD8+T细胞浸润介导免疫逃逸的机制 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据和小鼠模型,尚未在人类临床试验中验证 | 探索cSCC的发病机制及TDO2在其中的作用 | 皮肤鳞状细胞癌(cSCC)及其相关成纤维细胞 | 癌症研究 | 皮肤癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未明确提及具体样本数量,但包括小鼠模型 |
1007 | 2025-02-12 |
Identification of EGR1 as a Key Diagnostic Biomarker in Metabolic Dysfunction-Associated Steatotic Liver Disease (MASLD) Through Machine Learning and Immune Analysis
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S499396
PMID:39925925
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研究论文 | 本研究通过机器学习和免疫分析,识别出EGR1作为代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD)的关键诊断生物标志物 | 首次结合机器学习方法和免疫分析技术,识别出EGR1作为MASLD的关键基因,并验证其在疾病发病机制中的重要作用 | 研究依赖于公开的基因表达数据集,可能受到数据质量和样本量的限制 | 识别MASLD的有效诊断生物标志物,以帮助理解其发病机制 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD) | 机器学习 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 | 微阵列数据分析、单细胞RNA测序 | LASSO、SVM、随机森林(RF) | 基因表达数据 | 六个GEO数据集,包括训练集和验证集 |
1008 | 2025-02-12 |
Accurate identification of single-cell types via correntropy-based Sparse PCA combining hypergraph and fusion similarity
2025, Journal of applied statistics
IF:1.2Q2
DOI:10.1080/02664763.2024.2369955
PMID:39926175
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研究论文 | 本文提出了一种新的单细胞类型识别方法CHLSPCA,通过结合correntropy和PCA处理scRNA-seq数据中的噪声和异常值,并利用超图提取数据的局部结构信息,以提高聚类效果 | 创新性地将correntropy与PCA结合处理噪声和异常值,并引入超图提取局部结构信息,同时使用高斯核函数和欧几里得度量挖掘细胞间的相似性信息,并引入稀疏约束以获得稀疏主成分 | 未提及具体的数据集规模或实验限制 | 提高单细胞RNA测序数据的聚类效果,促进对细胞异质性的理解 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | CHLSPCA(结合correntropy的稀疏PCA) | 单细胞RNA测序数据 | 未提及具体样本数量 |
1009 | 2025-02-12 |
Crosstalk of SPINK4 Expression With Patient Mortality, Immunotherapy and Metastasis in Pan-Cancer Based on Integrated Multi-Omics Analyses
2025, OncoTargets and therapy
IF:2.7Q3
DOI:10.2147/OTT.S487126
PMID:39926372
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研究论文 | 本文通过整合多组学分析,探讨了SPINK4表达与患者死亡率、免疫治疗和转移在泛癌中的相互作用 | 揭示了SPINK4在泛癌过程中的关键作用,特别是在肿瘤微环境、干细胞评分和化疗敏感性中的关联 | 研究主要基于TCGA数据集,可能缺乏对其他独立数据集的验证 | 探讨SPINK4在不同癌症类型中的具体功能和影响 | 泛癌患者和结肠腺癌细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 多组学分析、单细胞测序、伤口愈合实验、Transwell实验 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据 | TCGA数据集中的泛癌患者样本和结肠腺癌细胞系(HCT116和RKO) |
1010 | 2025-02-10 |
Single-cell Sequencing Traces Mitochondrial Transfers
2025-Jan-15, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae092
PMID:39724171
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
1011 | 2025-02-09 |
MetaLigand: A database for predicting non-peptide ligand mediated cell-cell communication
2025-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.14.633094
PMID:39868215
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研究论文 | 本文介绍了MetaLigand,一个基于R语言和网络访问的工具,用于预测非肽配体介导的细胞间通讯 | MetaLigand通过整合自动管道和手动整理的数据,提高了预测非肽配体丰度的准确性,并支持单细胞RNA测序和空间转录组数据 | NA | 研究非肽配体在细胞间通讯中的作用,并开发工具预测其生产和受体相互作用 | 非肽配体(NPLs)及其受体 | 生物信息学 | 年龄相关性黄斑变性 | RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 233种非肽配体 |
1012 | 2025-02-08 |
SLAM-seq reveals independent contributions of RNA processing and stability to gene expression in African trypanosomes
2025-Jan-24, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae1203
PMID:39673807
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研究论文 | 本文通过开发代谢RNA标记方法和结合超短代谢标记与瞬时转录组测序(TT-seq),研究了非洲锥虫中基因表达的控制,特别是RNA加工和降解对总mRNA水平的独立贡献 | 开发了高效的代谢RNA标记方法SLAM-seq,首次在非洲锥虫中全局量化RNA加工速率和半衰期,揭示了RNA加工和稳定性对总mRNA水平的独立影响 | 研究主要集中于非洲锥虫,结果可能不直接适用于其他生物体 | 探讨非洲锥虫中基因表达的控制机制,特别是RNA加工和降解的作用 | 非洲锥虫(Trypanosoma brucei) | 分子生物学 | NA | SLAM-seq, TT-seq, scRNA-seq | NA | RNA测序数据 | NA |
1013 | 2025-02-08 |
RGS10 Deficiency Alleviated Intestinal Mucosal Inflammation Through Suppression of Th1/Th17 Cell Immune Responses in Ulcerative Colitis
2025-01, Immunology
IF:4.9Q2
DOI:10.1111/imm.13869
PMID:39428350
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研究论文 | 本研究探讨了RGS10在溃疡性结肠炎(UC)中的作用,发现RGS10缺乏通过抑制Th1/Th17细胞介导的免疫反应减轻肠道黏膜炎症 | 首次揭示了RGS10在UC中的具体作用机制,特别是其通过抑制STAT1和STAT3的磷酸化来阻断Th1和Th17细胞的分化 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体中进行验证 | 研究RGS10在溃疡性结肠炎中的作用及其机制 | 溃疡性结肠炎患者和小鼠模型 | 免疫学 | 溃疡性结肠炎 | qRT-PCR, 蛋白质印迹, 免疫组化, 免疫荧光分析, 单细胞RNA测序, 酶联免疫吸附试验, 流式细胞术 | RGS10基因敲除小鼠 | 基因表达数据, 蛋白质数据 | UC患者和健康对照的样本 |
1014 | 2025-02-08 |
Improving doublet cell removal efficiency through multiple algorithm runs
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.01.009
PMID:39911841
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研究论文 | 本研究提出了一种多轮双细胞去除(MRDR)策略,通过多次运行算法来有效减少随机性,提高双细胞去除的效果 | 提出了一种新的多轮双细胞去除策略,通过多次运行算法来减少随机性,提高双细胞去除的效果 | 未提及具体局限性 | 提高单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据中双细胞去除的效率 | 14个真实世界数据集、29个条形码scRNA-seq数据集和106个合成数据集 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 14个真实世界数据集、29个条形码scRNA-seq数据集和106个合成数据集 |
1015 | 2025-02-07 |
Molecular and cellular morphology of placenta unveils new mechanisms of reproductive immunology
2025-Jan-20, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.01.025
PMID:39842636
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研究论文 | 本文通过空间转录组学、多重免疫组化和双重标记技术,研究了早期和晚期胎盘的分子和细胞特征,揭示了人类生殖过程中免疫调节的新机制 | 发现了胚胎滋养层在植入前早期表达免疫检查点蛋白,揭示了胎儿和母体免疫系统之间的免疫反应机制,并提出了胎儿驱动的免疫平衡机制 | 研究主要基于正常和异位妊娠以及动物模型,可能无法完全代表所有人类妊娠情况 | 研究胎盘在早期和晚期的分子和细胞特征,以更好地理解人类生殖过程中的免疫调节 | 早期和晚期胎盘、正常和异位妊娠、动物模型 | 生殖免疫学 | NA | 空间转录组学(ST)、多重免疫组化、双重标记(免疫组化和荧光原位杂交(FISH)) | NA | 组织、细胞、蛋白质和分子水平的数据 | 正常和异位妊娠样本及动物模型 |
1016 | 2025-02-07 |
Spatial Expression of Long Non-Coding RNAs in Human Brains of Alzheimer's Disease
2025-Jan-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.27.620550
PMID:39554066
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术,分析了21名ROSMAP参与者的78个死后大脑切片,以绘制老年人大脑背外侧前额叶皮层中长链非编码RNA(lncRNA)的空间表达图谱 | 首次系统地绘制了老年人大脑中lncRNA的空间表达图谱,并揭示了lncRNA在阿尔茨海默病(AD)发病机制中的潜在功能作用 | 研究样本量相对较小,且仅限于背外侧前额叶皮层,可能无法全面反映整个大脑中lncRNA的表达情况 | 探索lncRNA在老年人大脑中的空间表达及其在阿尔茨海默病发病机制中的作用 | 21名ROSMAP参与者的78个死后大脑切片 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | 统计建模 | RNA表达数据 | 78个死后大脑切片,来自21名ROSMAP参与者 |
1017 | 2025-02-07 |
A single-cell atlas of the Culex tarsalis midgut during West Nile virus infection
2025-Jan, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1012855
PMID:39869679
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术,研究了西尼罗河病毒(WNV)感染期间库蚊中肠的细胞类型及其对病毒感染的响应 | 首次构建了库蚊中肠的单细胞图谱,并揭示了不同细胞类型对WNV感染的响应差异,特别是肠内分泌细胞(EE)中病毒RNA的高水平复制 | 未在全中肠水平检测到显著的抗病毒免疫基因上调,且研究仅限于库蚊中肠,未涉及其他组织或物种 | 研究库蚊中肠在WNV感染期间的细胞类型及其对病毒感染的响应 | 库蚊中肠细胞 | 单细胞测序 | 西尼罗河病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 库蚊中肠细胞 |
1018 | 2025-02-06 |
Inferring disease progression stages in single-cell transcriptomics using a weakly supervised deep learning approach
2025-Jan-22, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278812.123
PMID:39622637
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研究论文 | 本文提出了一种新的深度学习方法scIDST,用于推断单细胞转录组数据中的疾病进展阶段 | scIDST方法通过弱监督框架推断单个细胞的疾病进展水平,解决了患者来源组织中细胞异质性问题 | NA | 开发一种新的单细胞测序分析方法,以识别真实的疾病相关分子特征 | 单细胞转录组数据 | 机器学习 | NA | 单细胞/核基因组测序 | 深度学习 | 单细胞转录组数据 | NA |
1019 | 2025-02-06 |
Comparison of imaging-based single-cell resolution spatial transcriptomics profiling platforms using formalin-fixed, paraffin-embedded tumor samples
2025-Jan-17, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5656204/v1
PMID:39877088
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研究论文 | 本研究比较了基于成像的单细胞分辨率空间转录组学平台在福尔马林固定、石蜡包埋的肿瘤样本中的性能 | 首次系统评估了商业化的空间转录组学平台在空间生物学研究中的性能,并揭示了组织年龄和探针设计等参数对数据质量的影响 | 研究仅限于肺腺癌和胸膜间皮瘤样本,可能不适用于其他类型的肿瘤 | 比较不同单细胞空间转录组学平台的性能,以确定其在肿瘤生物学研究中的适用性 | 福尔马林固定、石蜡包埋的肺腺癌和胸膜间皮瘤样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学(ST)、RNA测序、多重免疫荧光、GeoMx数字空间分析仪、苏木精和伊红染色 | NA | 图像、RNA测序数据 | 肺腺癌和胸膜间皮瘤样本的组织微阵列 |
1020 | 2025-02-06 |
Bypassing cisplatin resistance in Nrf2 hyperactivated head and neck cancer through effective PI3Kinase targeting
2025-Jan-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.10.632413
PMID:39868226
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研究论文 | 本研究探讨了PI3K抑制剂在绕过Nrf2介导的顺铂耐药性中的疗效,特别是在头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中的应用 | 研究发现PI3K抑制剂gedatolisib能有效抑制顺铂耐药的HNSCC增殖,并通过激活自噬、衰老和破坏脂肪酸代谢来增强顺铂的疗效 | 研究主要依赖于体外和动物模型,尚未在人类临床试验中验证 | 评估PI3K抑制剂在克服Nrf2介导的顺铂耐药性中的效果 | 头颈部鳞状细胞癌(HNSCC) | 癌症研究 | 头颈部鳞状细胞癌 | 转录组学、代谢组学、空间转录组学 | 皮下、原位和转移性异种移植模型 | 转录组数据、代谢组数据 | 使用免疫缺陷和人源化小鼠模型进行体内实验 |