单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
981	2025-02-20	Mendelian randomization and multiomics comprehensively reveal the causal relationship and potential mechanism between atrial fibrillation and gastric cancer 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1446661 PMID:39963672	研究论文	本研究利用双样本孟德尔随机化方法和多组学数据，全面揭示了心房颤动与胃癌之间的因果关系及潜在机制	通过构建包含136个AF相关SNPs的遗传工具，揭示了AF对胃癌风险的潜在因果效应，并识别了62个AF-GC共关联基因，构建了关键基因的蛋白质-蛋白质相互作用网络	研究依赖于遗传工具和现有数据，可能无法完全捕捉所有潜在的混杂因素	研究心房颤动与胃癌之间的因果关系及潜在机制	心房颤动（AF）和胃癌（GC）	生物信息学	胃癌	双样本孟德尔随机化方法、高通量测序、单细胞测序	NA	遗传数据、高通量测序数据、单细胞测序数据	包含136个AF相关SNPs的遗传工具
982	2025-02-20	Integrated analysis of M2 macrophage-related gene prognostic model and single-cell sequence to predict immunotherapy response in lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1519677 PMID:39963673	研究论文	本文通过整合M2巨噬细胞相关基因的预后模型和单细胞序列分析，预测肺腺癌患者的免疫治疗反应	构建了基于M2巨噬细胞相关基因的预后特征，用于预测肺腺癌患者的免疫治疗疗效和预后	研究依赖于公开的基因表达数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探索M2巨噬细胞相关基因在肺腺癌中的临床价值，并构建预后特征以预测免疫治疗疗效	肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	加权基因共表达网络分析（WGCNA）和最小绝对收缩和选择算子（LASSO）分析	NA	基因表达数据	GSE26939和GSE19188芯片数据
983	2025-02-20	Identification of Five NK Cell-Related Hub Genes in COPD Using Single-Cell RNA Sequencing Analysis 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S491298 PMID:39963682	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，识别了COPD中与NK细胞相关的五个关键基因	首次利用单细胞RNA测序技术结合生物信息学工具，系统地探索了COPD中NK细胞亚型的关键基因及其在免疫微环境中的作用	研究主要依赖于生物信息学分析，实验验证部分仅限于RT-qPCR，缺乏更深入的分子机制研究	探索COPD中免疫浸润的关键基因，特别是NK细胞亚型的作用	COPD患者的免疫细胞，特别是NK细胞亚型	生物信息学	慢性阻塞性肺疾病（COPD）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO回归	RNA测序数据	GSE57148作为训练集，GSE8581作为验证集
984	2025-02-20	SPP1 as a Prognostic and Immunotherapeutic Biomarker in Gliomas and Other Cancer Types: A Pan-Cancer Study 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S505237 PMID:39963684	研究论文	本研究通过泛癌分析探讨了分泌磷蛋白1（SPP1）作为胶质瘤和其他癌症的预后和免疫治疗生物标志物的作用	首次在泛癌水平上系统分析了SPP1的表达与预后、免疫细胞浸润及免疫检查点标志物的相关性，并通过功能验证实验证实了SPP1在胶质瘤细胞中的重要作用	需要进一步研究SPP1靶向治疗在临床环境中的疗效	探讨SPP1作为胶质瘤和其他癌症的预后和免疫治疗生物标志物的潜力	胶质瘤及其他癌症类型	数字病理学	胶质瘤	单细胞测序	NA	基因表达数据	来自UCSC TCGA Pan-Cancer、TCGA-GBM、UALCAN、GEO和TISCH的数据集
985	2025-02-19	Single-cell and spatial transcriptomics reveal a potential role of ATF3 in brain metastasis of lung adenocarcinoma 2025-Jan-24, Translational lung cancer research IF:4.0Q1 DOI:10.21037/tlcr-24-784 PMID:39958219	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了肺腺癌脑转移肿瘤中的细胞成分及其空间分布，并识别了ATF3作为潜在的治疗靶点	结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，首次揭示了肺腺癌脑转移肿瘤中的细胞异质性和空间定位，并识别了ATF3在间充质-上皮转化程序中的关键作用	样本量较小，仅分析了3个肺腺癌脑转移肿瘤样本，并使用了10个公开的单细胞RNA测序数据进行验证	解析肺腺癌脑转移肿瘤中的细胞成分及其空间分布，识别潜在的治疗靶点	肺腺癌脑转移肿瘤	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST），Western blotting，定量实时聚合酶链反应（qRT-PCR）	NA	RNA测序数据	3个肺腺癌脑转移肿瘤样本，10个公开的单细胞RNA测序数据
986	2025-02-19	Evaluation of Salivary Diagnostics: Applications, Benefits, Challenges, and Future Prospects in Dental and Systemic Disease Detection 2025-Jan, Cureus DOI:10.7759/cureus.77520 PMID:39958008	综述	本文综述了唾液诊断在口腔和全身疾病检测中的应用、益处、挑战及未来前景	强调了唾液作为生物标志物在诊断和监测系统性疾病（如糖尿病和心血管疾病）中的潜力，并探讨了新技术如ELISA、唾液组学和单细胞测序在唾液诊断中的应用	需要进一步研究以解决唾液诊断中的变异性和标准化问题	探讨唾液诊断在口腔和全身疾病检测中的应用及其潜力	人类唾液样本	生物医学	糖尿病、心血管疾病、胰腺癌、前列腺癌	ELISA、唾液组学、单细胞测序、定量质谱（qMS）、拉曼光谱（RS）	NA	唾液样本	涉及人类参与者的相关研究
987	2025-02-19	Transcriptomic analysis of EGFR co-expression and activation in glioblastoma reveals associations with its ligands 2025 Jan-Dec, Neuro-oncology advances IF:3.7Q2 DOI:10.1093/noajnl/vdae229 PMID:39959305	研究论文	本文通过RNA测序数据分析，探讨了EGFR在胶质母细胞瘤（GBM）中的共表达和激活机制，并与肺腺癌（LUAD）进行了比较	揭示了GBM中EGFR激活和调控的分子机制与LUAD的差异，特别是通过单细胞RNA测序数据确定了表达信号的细胞来源	研究主要依赖于RNA测序数据，可能未涵盖所有EGFR相关的分子机制	阐明GBM和LUAD中EGFR激活和调控的分子机制差异	胶质母细胞瘤（GBM）和肺腺癌（LUAD）	生物信息学	胶质母细胞瘤	RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA测序数据	TCGA-GBM: 169例, Intellance-2: 166例
988	2025-02-19	Dual Role of α-MSH in Colitis Progression: Mediating Neutrophil Differentiation via Bone Marrow 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S503621 PMID:39959638	研究论文	本研究探讨了炎症性肠病（IBD）发展过程中下丘脑-垂体轴（HPA）的变化及其潜在作用	揭示了α-MSH在结肠炎进展中的双重作用，通过骨髓介导中性粒细胞分化	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	研究HPA在IBD发病机制中的具体作用和机制	小鼠模型中的结肠炎	生物医学	炎症性肠病	免疫荧光、RT-qPCR、ELISA、流式细胞术、腺相关病毒介导的基因沉默、联体共生、单细胞RNA测序	DSS诱导的结肠炎模型	实验数据	小鼠模型
989	2025-02-18	TIMD4hiMHCⅡhi Macrophages Preserve Heart Function Through Retnla 2025-Jan, JACC. Basic to translational science DOI:10.1016/j.jacbts.2024.08.009 PMID:39906591	研究论文	本文通过遗传命运映射和单细胞RNA测序技术，确认了TIMD4MHCⅡ巨噬细胞亚群的存在，并发现其通过Retnla基因保护心脏功能	首次确认TIMD4MHCⅡ巨噬细胞亚群的存在，并揭示其通过Retnla基因保护心脏功能的机制	未详细探讨TIMD4MHCⅡ巨噬细胞在其他疾病中的作用	研究TIMD4MHCⅡ巨噬细胞在心脏功能保护中的作用	TIMD4MHCⅡ巨噬细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
990	2025-02-17	Long Non-Coding RNAs in Ovarian Cancer: Mechanistic Insights and Clinical Applications 2025-Jan-30, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17030472 PMID:39941838	综述	本文综述了长链非编码RNA（lncRNA）在卵巢癌中的多面角色及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	强调了lncRNA在卵巢癌中的双重作用，既可作为致癌基因也可作为肿瘤抑制基因，并探讨了其在诊断和治疗中的潜力	综述性文章，缺乏原始实验数据支持	探讨lncRNA在卵巢癌发病机制中的作用及其在诊断和治疗中的应用潜力	卵巢癌中的长链非编码RNA（lncRNA）	癌症生物学	卵巢癌	单细胞测序、生物信息学、组学方法	NA	文献数据、组学数据	NA
991	2025-02-17	Robust Cluster Prediction Across Data Types Validates Association of Sex and Therapy Response in GBM 2025-Jan-28, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17030445 PMID:39941811	研究论文	本文利用基因微阵列数据训练了一个能够跨平台预测的模型，验证了性别与胶质母细胞瘤治疗反应之间的关联	使用稳健的集成机器学习方法，训练了一个能够在RNA-seq和潜在的单细胞RNA-seq等多平台上进行预测的模型	预测特征集仅对女性患者有效，对男性患者的应用产生了意外结果	验证性别与胶质母细胞瘤治疗反应之间的关联	胶质母细胞瘤患者	机器学习	胶质母细胞瘤	基因微阵列数据、RNA-seq、scRNA-seq	集成机器学习	基因表达数据	NA
992	2025-02-17	Stem cell expression of CXCR4 regulates tissue composition in the vomeronasal organ 2025-Jan-01, Journal of cell science IF:3.3Q3 DOI:10.1242/jcs.263451 PMID:39639824	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、免疫荧光染色和谱系追踪技术，揭示了CXCR4在增殖干细胞和基底神经元谱系中的表达，并探讨了其在犁鼻器组织组成中的作用	首次发现CXCR4在增殖干细胞和基底神经元谱系中的表达，并揭示了其在神经元成熟和非神经元细胞类型中的调控作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他动物模型中验证	探讨CXCR4在犁鼻器组织组成和细胞分化中的作用	小鼠的犁鼻器组织	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序、免疫荧光染色、谱系追踪	NA	RNA测序数据、图像数据	小鼠模型
993	2025-02-16	Heterogeneity in Cancer 2025-Jan-28, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17030441 PMID:39941808	综述	本文讨论了癌症异质性在诊断、预后和治疗中的临床意义，强调了需要个性化方法来克服癌症多样性的挑战	强调了新兴分子诊断和分析技术在理解癌症异质性多维复杂性中的作用，并探讨了异质性在治疗抵抗和转移性病变复发中的作用	NA	探讨癌症异质性对诊断、预后和治疗的影响，并探索克服这些挑战的个性化方法	癌症患者及其转移性病变	肿瘤学	癌症	下一代测序（NGS）、单细胞转录组学、液体活检技术、人工智能	NA	分子数据	NA
994	2025-02-16	Deciphering the Role of Cancer Stem Cells: Drivers of Tumor Evolution, Therapeutic Resistance, and Precision Medicine Strategies 2025-Jan-24, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17030382 PMID:39941751	综述	本文全面分析了癌症干细胞（CSCs）在肿瘤进展、复发和传统治疗抵抗中的核心作用，并探讨了其在精准医学中的潜力	详细讨论了Wnt、Notch和Hedgehog等关键信号通路作为治疗靶点的潜力，并探索了CRISPR/Cas9和单细胞测序等新兴技术在解析CSCs异质性和指导治疗策略中的变革性潜力	讨论了CSCs驱动的肿瘤异质性和休眠带来的挑战，以及如何通过新型治疗和靶向方法缓解这些障碍	旨在通过多学科方法结合创新技术、先进治疗和协作研究，解决CSCs的复杂性，推动个性化医学的发展	癌症干细胞（CSCs）及其与肿瘤微环境（TME）的动态相互作用	肿瘤学	癌症	CRISPR/Cas9, 单细胞测序	NA	NA	NA
995	2025-02-14	The quality of SIV-specific fCD8 T cells limits SIV RNA production in Tfh cells during antiretroviral therapy 2025-Jan-31, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00812-24 PMID:39641620	研究论文	本文研究了在慢性持续性HIV/SIV感染中，SIV特异性fCD8 T细胞对Tfh细胞中SIV RNA产生的影响	首次揭示了在cART治疗或自然控制者中，SIV-Gag特异性fCD8 T细胞频率与Tfh细胞中SIV RNA量的负相关关系，并通过scRNA-seq分析了不同条件下SIV-Gag特异性fCD8 T细胞的基因表达模式	研究样本量较小，仅涉及15只猕猴，且未探讨fCD8 T细胞功能改善的具体机制	探讨SIV特异性fCD8 T细胞在慢性HIV/SIV感染中对潜伏感染细胞的影响	15只感染SIVmac239的猕猴	免疫学	HIV/SIV感染	scRNA-seq, 组织切片分析	NA	单细胞RNA测序数据, 组织切片数据	15只猕猴（8只进展者，7只自然控制者）
996	2025-02-14	Single-cell profiling of SLC family transporters: uncovering the role of SLC7A1 in osteosarcoma 2025-Jan-22, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06086-1 PMID:39844299	研究论文	本文通过单细胞测序和RNA-seq数据分析，揭示了SLC7A1在骨肉瘤中的关键作用，并构建了SLC相关的预后模型	首次在单细胞水平上揭示了SLC家族转运蛋白在骨肉瘤中的表达模式，并发现SLC7A1在骨肉瘤细胞中的关键作用及其与免疫微环境的相互作用	研究主要基于体外实验和数据分析，缺乏体内实验验证	探索SLC家族转运蛋白在骨肉瘤中的表达模式及其在肿瘤进展中的作用	骨肉瘤细胞和免疫微环境	数字病理学	骨肉瘤	单细胞测序, RNA-seq, LASSO回归分析, 虚拟对接	LASSO回归模型	单细胞测序数据, RNA-seq数据	GSE152048, GSE162454, TARGET和GSE21257队列的数据
997	2025-02-14	Integrative multi-omics analysis for identifying novel therapeutic targets and predicting immunotherapy efficacy in lung adenocarcinoma 2025, Cancer drug resistance (Alhambra, Calif.) DOI:10.20517/cdr.2024.91 PMID:39935429	研究论文	本研究通过整合多组学分析，识别了肺腺癌的新型治疗靶点并预测了免疫治疗的疗效	采用单细胞RNA测序、批量转录组分析和全基因组关联研究数据，结合贝叶斯反卷积和机器学习算法，全面表征了肺腺癌的肿瘤微环境，并开发了稳健的预后模型	研究依赖于多个患者队列的数据整合，可能存在样本异质性问题	识别肺腺癌的新型细胞亚群和分子亚型，探索潜在治疗靶点以提高治疗效果和患者预后	肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量转录组分析、全基因组关联研究（GWAS）	贝叶斯反卷积、机器学习算法	RNA测序数据、基因组数据	多个肺腺癌患者队列
998	2025-02-14	Exploring Core Genes Associated with Sepsis and Systemic Inflammatory Response Syndrome Using Single-Cell Sequencing Technology 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S448900 PMID:39935525	研究论文	本研究利用单细胞测序技术分析脓毒症死亡和全身炎症反应综合征（SIRS）患者的单细胞转录组数据，以识别免疫反应中的独特标志物和模式	通过UMAP细胞聚类揭示了血液样本中四种主要细胞类型的十二个细胞簇的状态，以及死亡患者和SIRS患者之间主要细胞群体的差异，为早期诊断和治疗提供了新的理论框架	研究中未提及样本的具体数量，可能影响结果的普遍性	探索与脓毒症和全身炎症反应综合征相关的核心基因，以改善疾病的早期检测和识别	脓毒症死亡患者和全身炎症反应综合征（SIRS）患者的血液样本	数字病理	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	未提及具体样本数量
999	2025-02-14	Single-cell sequencing reveals cell heterogeneity and aberrantly activated pathways associated with microvascular invasion in hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1449624 PMID:39944086	研究论文	本研究利用单细胞转录组数据，深入分析了肝细胞癌（HCC）中微血管侵犯（MVI）相关的细胞异质性和异常激活的信号通路	首次在单细胞水平上揭示了MVI阳性恶性细胞的分子特征和功能异质性，并识别了与MVI相关的特定恶性细胞亚型和关键基因MARCKSL1	样本量较小，仅涉及5名患者的肿瘤组织和邻近非肿瘤组织，未来研究需要进一步验证MARCKSL1在MVI进展中的作用	探索肝细胞癌中微血管侵犯的细胞异质性、相关生物标志物及细胞间信号相互作用	肝细胞癌患者的肿瘤组织和邻近非肿瘤组织	数字病理学	肝癌	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	5名肝细胞癌患者的肿瘤组织和邻近非肿瘤组织，其中3名患者表现出微血管侵犯
1000	2025-02-13	A Bi-Specific T Cell-Engaging Antibody Shows Potent Activity, Specificity, and Tumor Microenvironment Remodeling in Experimental Syngeneic and Genetically Engineered Models of GBM 2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.18.628714 PMID:39763755	研究论文	本文研究了一种双特异性T细胞接合抗体（BTE）在实验性同源和基因工程胶质母细胞瘤（GBM）模型中的活性、特异性及肿瘤微环境重塑效果	在具有完整免疫系统的原位和基因工程小鼠模型中评估BTE的功能，填补了以往研究主要在免疫缺陷动物模型中进行的空白	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨BTE在胶质母细胞瘤中的治疗机制和效果	胶质母细胞瘤（GBM）	生物医学	胶质母细胞瘤	多色流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、多重免疫荧光、多参数磁共振成像（MRI）	NA	实验数据	多个GBM临床前模型中的小鼠