单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-03-21	Cellular Crosstalk Promotes Hepatic Progenitor Cell Proliferation and Stellate Cell Activation in 3D Co-culture 2025-Jan-30, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101472 PMID:39892785	研究论文	本文介绍了一种体外3D共培养系统，用于研究肝祖细胞和星状细胞之间的相互作用，并验证其在人类肝脏外植体中的共表达	开发了一种新的3D共培养系统，能够实时观察细胞形态和行为，并揭示了肝祖细胞和星状细胞之间的直接相互作用	研究主要基于体外实验，可能无法完全模拟体内复杂的生理环境	研究肝祖细胞和星状细胞在肝脏损伤后的相互作用及其在肝纤维化中的作用	小鼠肝星状细胞和荧光标记的肝祖细胞	细胞生物学	肝纤维化	3D共培养系统，空间转录组学	3D器官样共培养系统	基因表达数据，空间转录组数据	小鼠肝星状细胞和荧光标记的肝祖细胞
82	2025-03-21	Transcriptional determinants of goal-directed learning and representational drift in the parahippocampal cortex 2025-Jan-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115175 PMID:39792551	研究论文	本文研究了目标导向学习中的转录决定因素以及海马旁皮层中表征漂移的机制	揭示了即刻早期基因（IEG）定义的网络在形成刺激-结果关联中的作用，并发现脑源性神经营养因子在任务学习中的关键作用	研究主要局限于海马旁皮层的特定区域，未涉及其他可能相关的脑区	探讨任务学习中的表征漂移及其分子机制	海马旁皮层中的神经元	神经科学	NA	双光子钙成像、空间转录组学	NA	钙成像数据、基因表达数据	未明确提及样本数量
83	2025-03-21	Interferon-γ Signaling in Eosinophilic Esophagitis Affects Epithelial Barrier Function and Programmed Cell Death 2025-Jan-28, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101466 PMID:39884574	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了嗜酸性食管炎（EoE）中干扰素（IFN）信号对上皮屏障功能和程序性细胞死亡的影响	首次使用单细胞RNA测序技术揭示了EoE患者上皮细胞中干扰素反应特征基因（ISGs）的表达，并探讨了IFN-α和IFN-γ对上皮细胞功能的影响	研究主要基于体外器官模型，可能无法完全反映体内复杂的环境	探讨干扰素信号在嗜酸性食管炎中对上皮细胞功能的影响	嗜酸性食管炎患者的上皮细胞	生物医学	嗜酸性食管炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	器官模型	RNA测序数据	嗜酸性食管炎患者的活检组织
84	2025-03-21	SeqBMC: Single-cell data processing using iterative block matrix completion algorithm based on matrix factorisation 2025 Jan-Dec, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.70003 PMID:39943646	研究论文	本文提出了一种基于矩阵分解的迭代块矩阵补全算法SeqBMC，用于处理单细胞RNA测序数据中的缺失值	SeqBMC算法通过矩阵分块和矩阵分解技术，有效补全单细胞RNA测序数据中的缺失值，并保留可能存在的生物零值	算法依赖于机器学习方法，可能需要更多的生物学先验知识来进一步提高效果	提高单细胞RNA测序数据中基因表达矩阵的分类性能	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	矩阵分解	基因表达矩阵	NA
85	2025-03-21	Integrative analysis of semaphorins family genes in colorectal cancer: implications for prognosis and immunotherapy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1536545 PMID:40103807	研究论文	本文通过整合分析结肠癌中的semaphorins家族基因，探讨了其在预后和免疫治疗中的潜在价值	开发了一种新的机器学习框架，结合了10种机器学习算法及其101种组合，构建了SEMAs相关评分（SRS），并进行了多组学分析，包括单细胞RNA测序和空间转录组分析	未明确提及研究的局限性	探讨semaphorins家族基因在结肠癌中的预后价值和免疫治疗潜力	结肠癌患者及其相关基因	机器学习	结肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组（ST）	机器学习算法组合	基因表达数据，单细胞数据，空间转录组数据	未明确提及样本数量
86	2025-03-21	Single-cell RNA sequencing of shoot apex reveals the mechanism of cyclin regulating cell division via auxin signaling pathway in Populus alba 2025, Frontiers in plant science IF:4.1Q1 DOI:10.3389/fpls.2025.1555388 PMID:40104035	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了白杨顶端分生组织的细胞分裂和分化过程，揭示了细胞周期蛋白通过生长素信号通路调控细胞分裂的机制	首次在单细胞水平上揭示了白杨顶端分生组织中细胞分裂和分化的分子调控机制，特别是生长素信号通路在叶片组织发育中的作用	研究仅基于两个生物学重复，样本量较小，可能影响结果的普适性	研究白杨顶端分生组织中细胞分裂和分化的分子调控机制	白杨顶端分生组织	植物生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	29,011个细胞，来自两个生物学重复
87	2025-03-21	Multi-omics approach reveals the impact of prognosis model-related genes on the tumor microenvironment in medulloblastoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1477617 PMID:40104502	研究论文	本研究通过多组学方法揭示了预后模型相关基因对髓母细胞瘤肿瘤微环境的影响	开发了一个与肿瘤微环境相关的风险评分模型（TMErisk），并利用单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和空间RNA分析验证了结果	NA	预测髓母细胞瘤患者的预后并阐明生物学机制	髓母细胞瘤患者	数字病理学	髓母细胞瘤	RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）、空间RNA分析	LASSO-COX模型、COX回归模型	RNA测序数据	322个天坛样本和763个GSE85217样本
88	2025-03-21	Spatial proteomics and transcriptomics characterization of tissue and multiple cancer types including decalcified marrow 2025-Jan, Cancer biomarkers : section A of Disease markers IF:2.2Q3 DOI:10.1177/18758592241308757 PMID:40109220	研究论文	本研究旨在通过优化空间生物学技术方法，解决不同组织和肿瘤类型的前分析挑战，包括开发一种适用于FFPE骨髓核心样本的去钙化协议，以保留核酸用于有效的空间蛋白质组学和转录组学研究	开发了一种分子和蛋白质友好的去钙化协议，支持下游空间生物学研究，并展示了PhenoCycler-Fusion高plex空间蛋白质组学和Xenium空间转录组学平台在各种肿瘤类型上的良好应用	缺乏系统的方法来确保组织质量、标记完整性和数据可重复性	优化空间生物学技术方法，解决不同组织和肿瘤类型的前分析挑战	多癌组织微阵列（TMA）和FFPE骨髓核心样本	数字病理学	多种癌症类型	PhenoCycler高plex免疫组织化学（IHC），Xenium空间转录组学	NA	空间蛋白质组学和转录组学数据	多癌组织微阵列（TMA）和FFPE骨髓核心样本
89	2025-03-20	Circulating monocytes upregulate CD52 and sustain innate immune function in cirrhosis unless acute decompensation emerges 2025-Jan-14, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.12.031 PMID:39818234	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了肝硬化患者循环单核细胞的异质性及其功能变化，首次发现CD52在单核细胞上的表达变化及其与免疫功能的关系	首次发现CD52在肝硬化患者单核细胞上的表达变化，并揭示了其在免疫功能中的作用	研究主要基于体外实验，未在体内验证CD52稳定化的治疗效果	解析肝硬化患者循环单核细胞的异质性及其功能变化，探索CD52在免疫功能中的作用	肝硬化患者的循环单核细胞	免疫学	肝硬化	单细胞RNA测序、流式细胞术、功能实验	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	健康个体和肝硬化患者的循环单核细胞
90	2025-03-20	Targeting the CD74 signaling axis suppresses inflammation and rescues defective hematopoiesis in RUNX1-familial platelet disorder 2025-Jan-08, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adn9832 PMID:39772771	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和功能分析，揭示了家族性血小板障碍（FPD）中CD74信号轴的激活导致炎症和造血缺陷，并提出了针对CD74及其下游靶点的干预策略	首次揭示了CD74信号轴在FPD中的关键作用，并提出了通过抑制CD74及其下游靶点（JAK1/2和mTOR）来逆转FPD分化缺陷和减少炎症的创新干预策略	研究样本量相对较小（单细胞RNA测序样本=10，FPD患者样本>75），且主要基于体外和体内实验，临床应用的长期效果尚需进一步验证	研究家族性血小板障碍（FPD）的发病机制，并探索预防白血病进展的干预策略	家族性血小板障碍（FPD）患者的造血干细胞和祖细胞（HSPCs）	血液学	家族性血小板障碍	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	单细胞RNA测序样本=10，FPD患者样本>75
91	2025-03-20	Multi-omics analysis of the dynamic role of STAR+ cells in regulating platinum-based chemotherapy responses and tumor microenvironment in serous ovarian carcinoma 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1545762 PMID:40098624	研究论文	本研究通过多组学分析探讨了STAR+细胞在调节浆液性卵巢癌铂类化疗反应和肿瘤微环境中的动态作用	首次识别出STAR+细胞作为一种新型的CAF亚型，其在化疗敏感的浆液性卵巢癌患者中富集，并通过调节关键代谢途径和潜在抑制WNT信号传导来增强化疗敏感性	研究尚未完全阐明STAR+细胞与肿瘤细胞之间具体的相互作用机制，需要进一步的功能验证	探讨CAF亚型与化疗敏感性之间的关系，以改善浆液性卵巢癌的临床治疗效果	浆液性卵巢癌患者	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、空间转录组学、免疫组织化学（IHC）、免疫荧光（IF）	NA	RNA测序数据、空间转录组数据、免疫组织化学数据、免疫荧光数据	化疗敏感和化疗耐药的浆液性卵巢癌患者
92	2025-03-20	Integrating machine learning and single-cell sequencing to identify shared biomarkers in type 1 diabetes mellitus and clear cell renal cell carcinoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1543806 PMID:40098701	研究论文	本研究通过整合机器学习和单细胞测序技术，识别了1型糖尿病和透明细胞肾细胞癌的共同生物标志物	首次结合WGCNA、LASSO和SVM算法，从多组公开数据集中识别出1型糖尿病和透明细胞肾细胞癌的共同枢纽基因，并通过临床样本和单细胞测序数据验证其表达模式和细胞类型特异性	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	识别1型糖尿病和透明细胞肾细胞癌的共同生物标志物，以促进高风险人群的预防和早期检测	1型糖尿病和透明细胞肾细胞癌	生物信息学	1型糖尿病, 透明细胞肾细胞癌	单细胞测序, WGCNA, LASSO, SVM	LASSO, SVM	基因表达数据, 单细胞测序数据	多个公开数据集和临床样本
93	2025-03-20	STsisal: a reference-free deconvolution pipeline for spatial transcriptomics data 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1512435 PMID:40098978	研究论文	本文介绍了一种名为STsisal的无参考解卷积方法，专门用于处理空间转录组学数据，以揭示复杂组织中的细胞类型组成	STsisal方法创新性地结合了标记基因选择、混合比例分解和细胞类型特征矩阵分析，能够精确高效地识别复杂组织中的不同细胞类型	方法的有效性依赖于空间转录组学数据的质量，且未提及在特定组织类型或疾病中的应用效果	开发一种无参考解卷积方法，用于空间转录组学数据分析，以解决单细胞分辨率不足的问题	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	SISAL算法	空间转录组学数据	未明确提及具体样本数量，但包括模拟数据和真实数据
94	2025-03-20	Integration of single-nuclei and spatial transcriptomics to decipher tumor phenotype predictive of relapse-free survival in Wilms tumor 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1539897 PMID:40098972	研究论文	本研究通过整合单核RNA测序和空间转录组学数据，识别出与Wilms肿瘤复发相关的肿瘤亚型，并开发了一个预后集成机器学习模型来预测患者的无复发生存期	首次整合单核RNA测序和空间转录组学数据，识别出与Wilms肿瘤复发相关的肿瘤亚型，并开发了一个预后集成机器学习模型	研究依赖于公共数据库中的数据，可能受到数据质量和可用性的限制	识别与Wilms肿瘤复发相关的分子特征，并发现新的治疗靶点	Wilms肿瘤患者	数字病理学	Wilms肿瘤	单核RNA测序（snRNA-seq）、空间转录组学（ST）、bulk RNA-seq、突变/拷贝数数据分析	集成机器学习模型	RNA测序数据、空间转录组数据	公共数据库中的Wilms肿瘤患者数据
95	2025-03-20	The Role of PLIN3 in Prognosis and Tumor-Associated Macrophage Infiltration: A Pan-Cancer Analysis 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S509245 PMID:40098998	研究论文	本文通过多数据库数据分析，探讨了PLIN3在多种癌症中的预后作用及其与肿瘤相关巨噬细胞浸润的关系	首次系统评估了PLIN3在肿瘤免疫微环境中的作用及其作为免疫治疗反应预后指标的潜力	研究主要基于数据库分析，实验验证部分仅限于肺腺癌细胞，缺乏更广泛的体内实验验证	探讨PLIN3在癌症中的诊断和预后价值及其对免疫细胞浸润的影响	多种正常和癌变组织中的PLIN3 mRNA和蛋白质表达	肿瘤学	多种癌症，特别是肺腺癌	批量转录组学、单细胞转录组学、空间转录组学、多色荧光染色技术、分子对接	NA	mRNA和蛋白质表达数据、转录组数据、荧光染色图像	多种癌症类型的组织和细胞样本
96	2025-03-19	A panoramic view of cell population dynamics in mammalian aging 2025-Jan-17, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adn3949 PMID:39607904	研究论文	本文介绍了PanSci，一个单细胞转录组图谱，分析了623个小鼠组织在不同生命阶段、性别和基因型下的超过2000万个细胞，揭示了超过3000种不同的细胞状态和200多个与衰老相关的细胞群体	通过单细胞转录组图谱PanSci，首次全面揭示了小鼠在不同生命阶段、性别和基因型下的细胞群体动态变化，特别是与衰老相关的细胞群体变化	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	阐明与衰老相关的细胞群体动态变化	小鼠组织中的细胞群体	单细胞组学	衰老相关疾病	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	超过2000万个细胞，来自623个小鼠组织
97	2025-03-19	Single-cell RNA-Seq data have prevalent blood contamination but can be rescued by Originator, a computational tool separating single-cell RNA-Seq by genetic and contextual information 2025-Jan-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.04.588144 PMID:38617220	研究论文	本文提出了一种名为Originator的计算工具，用于从单细胞RNA测序数据中分离出血液污染细胞和预期组织驻留细胞	Originator通过遗传和上下文信息分离单细胞RNA测序数据，解决了样本制备过程中普遍存在的血液细胞污染问题	研究主要依赖于人工混合和真实数据集进行验证，可能在实际应用中存在一定局限性	解决单细胞RNA测序数据中的血液污染问题，确保下游功能分析的准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	单细胞RNA测序数据	多种人工混合和真实数据集
98	2025-03-19	A cell atlas of the human fallopian tube throughout the menstrual cycle and menopause 2025-Jan-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55440-2 PMID:39753552	研究论文	本文通过单细胞RNA和ATAC测序技术，构建了人类输卵管在月经周期和更年期期间的全面细胞图谱	首次在单细胞水平上揭示了输卵管在月经周期和更年期期间的分子变化，包括细胞类型频率、基因表达、转录因子活性和细胞间通讯的显著变化	研究主要关注健康人类输卵管，未涉及疾病状态下的输卵管变化	研究人类输卵管在月经周期和更年期期间的分子变化	健康人类输卵管细胞	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞ATAC测序	NA	单细胞RNA和ATAC测序数据	85,107个更年期前和46,111个更年期后输卵管细胞
99	2025-03-19	Molecular Mechanisms of Ischemia/Reperfusion Injury and Graft Dysfunction in Liver Transplantation: Insights from Multi-Omics Studies in Rodent Animal Models 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.109449 PMID:40083684	review	本文综述了啮齿动物缺血再灌注损伤和肝移植模型在多组学研究中的应用，探讨了移植损伤和免疫排斥的分子机制及治疗策略	整合多组学数据和单细胞RNA测序等先进技术，扩展了对肝移植病理生理过程的理解	需要跨物种验证以提高治疗潜力，未来需结合单细胞、空间组学技术和机器学习算法进一步研究	探讨肝移植中缺血再灌注损伤和移植功能障碍的分子机制，并评估治疗方法的疗效	啮齿动物模型	生物医学	肝移植	单细胞RNA测序、多组学技术	NA	多组学数据	啮齿动物模型
100	2025-03-19	YBX1/CD36 positive feedback loop-mediated lipid accumulation drives metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.105798 PMID:40083711	研究论文	本研究探讨了YBX1在代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）中的作用及其机制	揭示了YBX1/CD36正反馈环路在肝脏脂质积累中的作用，为MASLD治疗提供了新的潜在靶点	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人体中验证	研究MASLD的机制及YBX1在其中的作用	小鼠模型、人类肝脏样本、原代肝细胞	代谢疾病研究	代谢功能障碍相关脂肪性肝病	单细胞测序、透射电子显微镜、生物学和组织学分析	小鼠模型	基因表达数据、组织样本	小鼠模型和人类肝脏样本