单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-09-09	A survey of biclustering and clustering methods in clustering different types of single-cell RNA sequencing data 2025-Jan-15, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elaf010 PMID:40795763	综述	本文综述了双聚类和聚类方法在单细胞RNA测序数据分析中的应用与性能评估	系统比较了5种双聚类和21种聚类方法在10个真实scRNA-seq数据集上的表现，并从六个维度量化数据集特性以推荐最佳方法	NA	评估无监督方法在scRNA-seq数据中的细胞亚型识别能力，为未来研究提供方法选择指南	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	双聚类与聚类方法	基因表达数据	10个公开真实数据集
82	2025-09-09	A framework to mine laser microdissection-based omics data and uncover regulators of pancreatic cancer heterogeneity 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaf101 PMID:40910795	研究论文	提出并验证了一个用于挖掘激光显微切割组学数据的框架，以揭示胰腺癌异质性的调控因子	开发了优化的LMD-seq方法，在检测低表达基因方面优于单细胞RNA-seq，并能识别罕见肿瘤细胞群体和低表达转录程序	NA	阐明胰腺导管腺癌(PDAC)肿瘤内异质性的分子机制和调控网络	胰腺导管腺癌(PDAC)的空间分辨肿瘤区域	生物信息学	胰腺癌	RNA-seq, 激光显微切割测序(LMD-seq)	NA	组学数据	多个空间分辨的激光显微切割肿瘤区域
83	2025-09-09	Discovery of Multiple Effects of Reactive Oxygen Species on Lung Adenocarcinoma at the Single-cell and Bulk Tissue Levels 2025, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673291009240219055808 PMID:38485675	研究论文	本研究通过单细胞和批量转录组数据分析活性氧（ROS）对肺腺癌的多重影响，并开发与ROS相关的基因特征用于预后评估	首次在单细胞和批量组织水平系统揭示ROS对肺腺癌的多重影响，并构建ROS相关基因特征	NA	探究ROS在肺腺癌发展和治疗中的作用机制	肺腺癌（LUAD）患者组织样本	生物信息学	肺癌	scRNA-seq, 转录组分析, LASSO回归, 多元回归分析	NA	RNA测序数据	NA
84	2025-09-09	Enhancing Single-Cell RNA-Seq Data Completeness With a Graph Learning Framework 2025 Jan-Feb, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3492384 PMID:39504287	研究论文	提出基于变分图自编码器的单细胞RNA测序数据插补方法VAImpute，通过图学习框架提升数据完整性	利用细胞/基因间的copula相关性构建网络，通过变分图自编码器学习数据分布并预测dropout事件	NA	解决单细胞RNA测序中的dropout问题，提高数据完整性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, 图学习, 变分自编码器	变分图自编码器 (VGAE)	基因表达矩阵	模拟和真实scRNA-seq数据集
85	2025-09-09	RORα-activated mitophagy attenuating hypoxic-ischemic encephalopathy via suppression of microglial cGAS-STING axis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1592737 PMID:40799648	研究论文	本研究揭示RORα通过激活线粒体自噬抑制小胶质细胞cGAS-STING轴，从而减轻缺氧缺血性脑病的神经炎症	首次发现RORα作为关键调控因子，通过增强线粒体自噬抑制mtDNA-cGAS-STING-NLRP3信号通路，为HIE治疗提供新靶点	研究主要基于大鼠模型，临床转化需进一步验证；使用抑制剂3-MA验证通路但可能存在脱靶效应	探究RORα如何通过调控线粒体自噬抑制小胶质细胞炎症反应，寻找HIE治疗新策略	老年小胶质细胞和HIE大鼠模型	神经免疫学	缺氧缺血性脑病	scRNA-seq, WGCNA, LASSO回归, RT-qPCR, Western Blot, ELISA	NA	基因组数据、行为学数据、分子表达数据	HIE大鼠模型（具体数量未明确说明）和体外细胞模型
86	2025-09-08	Identification of sepsis biomarkers through glutamine metabolism-mediated immune regulation: a comprehensive analysis employing mendelian randomization, multi-omics integration, and machine learning 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1640425 PMID:40909263	研究论文	通过整合孟德尔随机化、多组学分析和机器学习方法，识别与谷氨酰胺代谢介导的免疫调节相关的脓毒症生物标志物	首次结合孟德尔随机化、单细胞RNA测序和多种机器学习算法，系统揭示谷氨酰胺代谢通过NK细胞免疫表型影响脓毒症风险的机制，并鉴定出四个关键分子标志物	研究主要基于公共数据库和回顾性数据，需要进一步实验验证和前瞻性临床研究确认生物标志物的临床应用价值	识别脓毒症的早期诊断生物标志物并阐明其免疫代谢机制	脓毒症患者和健康对照者的免疫细胞及血浆代谢物	生物信息学	脓毒症	孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、机器学习算法(CatBoost/XGBoost/NGBoost)、RT-qPCR	CatBoost, XGBoost, NGBoost	基因组数据、转录组数据、代谢组数据	多个公共数据集(GSE167363、GSE236713、GSE28750)包含1400种血浆代谢物、731种免疫细胞表型和脓毒症GWAS数据
87	2025-09-08	Identification of cuproptosis-related genes in chronic apical periodontitis based on bulk and single-cell RNA sequencing analyses and experimental validation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1559220 PMID:40909264	研究论文	本研究通过整合bulk和单细胞RNA测序分析及实验验证，识别了慢性根尖周炎中与铜死亡相关的基因	首次将铜死亡机制与慢性根尖周炎联系起来，并发现COL4A1-Fibro和APOE-Macro细胞间互作可能促进疾病发生发展	样本量较小（CAP和HC各3例用于scRNA-seq分析），需要更大规模研究验证	探究铜死亡相关基因在慢性根尖周炎中的作用机制	人类慢性根尖周炎组织样本和健康对照组织	生物信息学	口腔炎症疾病	bulk RNA测序, 单细胞RNA测序(scRNA-seq), qRT-PCR, 免疫组化染色(IHC)	ROC曲线分析	RNA测序数据, 基因表达数据	GEO数据库数据集(GSE237398, GSE223924, GSE171213)及临床样本(CAP=3, HC=3)
88	2025-09-08	Programmed cell death-driven remodeling of the melanoma microenvironment enables prognostic stratification and therapeutic prediction 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1612217 PMID:40909289	研究论文	本研究通过单细胞和批量RNA测序数据，全面分析了黑色素瘤中程序性细胞死亡（PCD）的异质性及其与肿瘤微环境、预后和免疫治疗反应的关联	首次在黑色素瘤中系统评估PCD活性跨细胞类型的分布，并开发了一个基于15个基因的预后特征模型，能够有效预测患者生存和免疫治疗反应	研究依赖于回顾性数据，需要进一步实验验证PCD机制的具体作用	全面表征黑色素瘤中PCD相关特征及其与肿瘤异质性、预后和免疫治疗结果的关系	黑色素瘤患者（皮肤和肢端亚型）的单细胞和批量RNA测序数据	计算生物学	黑色素瘤	scRNA-seq, bulk RNA-seq, AUCell评分, CellChat, ESTIMATE, CIBERSORT, TMB分析	LASSO, Ridge, XGBoost	基因表达数据	多个黑色素瘤队列（具体数量未在摘要中明确说明）
89	2025-09-08	Developing a prognostic model of glutamine metabolism-related genes associated with clinical features and immune status in melanoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1485006 PMID:40909968	研究论文	本研究通过生物信息学分析构建了与黑色素瘤临床特征和免疫状态相关的谷氨酰胺代谢相关基因预后模型	首次识别了八个关键谷氨酰胺代谢相关基因并构建风险模型，揭示了其与免疫细胞浸润和免疫检查点表达的关联	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅部分基因在A375细胞中得到确认	开发黑色素瘤的预后预测模型并探索谷氨酰胺代谢与免疫状态的关系	黑色素瘤患者基因表达数据和临床特征	生物信息学	黑色素瘤	生物信息学分析、scRNA-seq数据处理、RT-PCR验证	Cox回归风险模型、列线图	基因表达数据、临床数据	来自GEO和TCGA-SKCM数据库的黑色素瘤患者数据
90	2025-09-08	Csf1+ AD-MSCs promote stroke repair by activating the resident microglia 2025, Experimental biology and medicine (Maywood, N.J.) DOI:10.3389/ebm.2025.10611 PMID:40910104	研究论文	本研究探讨了Csf1+ AD-MSCs通过激活常驻小胶质细胞促进脑出血后组织修复的机制	首次发现Csf1亚群AD-MSCs通过抑制单核细胞浸润和激活常驻小胶质细胞实现治疗作用	研究基于大鼠模型，临床转化需进一步验证	探究脂肪来源间充质基质细胞治疗脑出血的作用机制	脑出血大鼠模型	神经科学	脑出血	单细胞转录组测序，组织病理学技术	NA	基因表达数据，组织学数据	脑出血大鼠模型
91	2025-09-07	Inflammatory, Functional, and Compositional Changes of the Uterine Immune Microenvironment in a Lymphangioleiomyomatosis Mouse Model 2025, Journal of cellular immunology DOI:10.33696/immunology.7.227 PMID:40893807	研究论文	通过小鼠模型研究淋巴管平滑肌瘤病中子宫免疫微环境的炎症、功能及组成变化	首次在子宫特异性Tsc2敲除小鼠模型中揭示uNK细胞功能失调与LAMCore细胞肺转移的免疫逃逸机制	研究基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究LAM疾病中子宫免疫微环境对肿瘤细胞转移的影响机制	Tsc2敲除LAM小鼠模型的子宫免疫细胞及血清样本	肿瘤免疫学	淋巴管平滑肌瘤病	单细胞RNA测序，ELISA，流式细胞术，IHC，功能实验	NA	基因表达数据，蛋白质浓度数据，细胞表型数据	Tsc2敲除小鼠及对照组的子宫组织和血清样本（具体数量未明确说明）
92	2025-09-07	Deciphering cellular heterogeneity and pathway dynamics in urinary samples: a UMAP-Based approach to understanding acute kidney injury 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1573469 PMID:40900831	研究论文	本研究利用UMAP方法分析急性肾损伤（AKI）患者尿液样本的单细胞RNA测序数据，揭示细胞异质性和ECM相关通路变化	首次应用UMAP技术解析AKI尿液样本的细胞组成差异，并鉴定MAPK1作为ECM通路调控的关键基因	研究基于公开数据集GSE180595，样本来源有限，需要进一步实验验证临床意义	探索AKI患者尿液样本中细胞组成和基因表达模式，识别与AKI相关的关键细胞互作和通路激活	AKI和非AKI患者的尿液单核细胞	生物信息学	急性肾损伤	scRNA-seq, UMAP, 差异基因表达分析	UMAP	基因表达数据	公开数据集GSE180595中的AKI和非AKI患者尿液样本
93	2025-09-07	PI3 as a Common Hub Gene Linking Atopic Dermatitis and Ulcerative Colitis Through Immune Cell Recruitment Mechanisms 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S527507 PMID:40901026	研究论文	本研究通过生物信息学分析识别了特应性皮炎和溃疡性结肠炎的共享枢纽基因PI3及其免疫细胞招募机制	首次发现PI3作为连接两种疾病的枢纽基因，并揭示其通过CCL/CXCL趋化因子招募免疫细胞的共同机制	研究基于公共数据库的回顾性分析，需要实验验证	探究特应性皮炎和溃疡性结肠炎之间的共同发病机制和分子连接	GSE121212和GSE75214基因表达数据集中的患者样本	生物信息学	特应性皮炎和溃疡性结肠炎	RNA-seq, 单细胞RNA测序, WGCNA, PPI网络分析	三种机器学习算法	基因表达数据	来自两个GEO数据集的多例患者样本
94	2025-09-07	Tumor associated neutrophils promote prostate cancer progression by mediating neutrophil trap secretion through PSMA1- NF-κB-HIF-1α signaling axis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1467357 PMID:40901472	研究论文	本研究通过多组学分析揭示肿瘤相关中性粒细胞通过PSMA1-NF-κB-HIF-1α信号轴介导中性粒细胞陷阱分泌促进前列腺癌进展	首次发现PSMA1-NF-κB-HIF-1α信号轴调控中性粒细胞陷阱形成的新机制，并构建了基于6个基因的预后预测模型	回顾性研究设计，需要前瞻性验证	探究肿瘤相关中性粒细胞在前列腺癌进展中的作用机制并开发预后预测模型	前列腺癌患者临床样本和数据	数字病理学	前列腺癌	单细胞测序、LASSO回归、机器学习分析、去卷积算法、器官样模型	预后预测模型	临床数据、基因组数据、单细胞测序数据	前列腺癌患者回顾性临床数据
95	2025-09-07	Elevated THOC5 expression in liver cancer and its implications for tumor progression and therapeutic response 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1596120 PMID:40901498	研究论文	本研究探讨THOC5基因在多种癌症中的表达及其对肝细胞癌（LIHC）预后和治疗的影响	首次全面分析THOC5在多种癌症中的表达模式，并揭示其通过激活EGFR、缺氧和MAPK等信号通路促进肿瘤进展的机制	研究主要基于公共数据集和体外实验，需要进一步体内实验验证	评估THOC5作为癌症预后生物标志物和治疗靶点的潜力	肝细胞癌（LIHC）及其他多种癌症类型	癌症生物学	肝癌	单细胞RNA测序、RNA-seq、免疫组化、蛋白质组学分析、伤口愈合实验、Transwell迁移实验	NA	基因表达数据、蛋白质数据、细胞实验数据	公共数据集中的多种癌症样本及LIHC细胞系
96	2025-09-07	Uncovering key biomarkers, potential therapeutic targets and development of deep learning model in heart failure 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0330780 PMID:40901835	研究论文	通过生物信息学分析和深度学习技术识别心力衰竭的关键生物标志物并开发诊断模型	结合WGCNA、机器学习、PPI分析和单细胞RNA测序鉴定出四个关键基因(ITIH5, ISLR, ASPN, FNDC1)，并首次使用CNN构建心力衰竭诊断模型	基于公共数据库的回顾性分析，需要进一步实验验证	发现心力衰竭的生物标志物和潜在治疗靶点，并开发诊断模型	心力衰竭相关基因表达数据和患者样本	生物信息学	心血管疾病	RNA测序，单细胞RNA测序，分子对接	CNN	基因表达数据	来自GEO数据库的公共数据集
97	2025-09-07	Multi-Omics Integration with Machine Learning and Molecular Docking Reveals Crosstalk Mechanisms and Drug Candidates in Metastatic Melanoma and Vitiligo 2025, Clinical, cosmetic and investigational dermatology DOI:10.2147/CCID.S533281 PMID:40904412	研究论文	本研究通过多组学整合与机器学习方法，揭示转移性黑色素瘤与白癜风之间的交叉对话机制并筛选候选药物	首次系统阐明转移性黑色素瘤与白癜风的遗传交叉对话机制，并基于机器学习构建预后模型及通过分子对接筛选靶向治疗化合物	基于公开数据库的回顾性分析，需进一步实验验证	阐明两种疾病间的分子机制并开发个性化治疗策略	转移性黑色素瘤与白癜风患者基因数据	生物信息学	黑色素瘤与白癜风	多组学整合、差异表达分析、WGCNA、scRNA-seq、分子对接	机器学习预后模型	基因组数据与单细胞数据	基于GEO和TCGA公开数据库的多个独立队列
98	2025-09-07	Exploring immunological alterations of B cells in peripheral immunity via single-cell RNA sequencing: insights into primary membranous nephropathy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1622395 PMID:40904455	研究论文	通过单细胞RNA测序探索原发性膜性肾病中B细胞的免疫学改变及其在疾病机制中的作用	首次在PMN患者中应用单细胞RNA测序揭示B细胞亚群（特别是浆细胞亚群0和B10调节性B细胞）的异质性、功能多样性及其与单核细胞的相互作用	样本量较小（6例患者和3例健康对照），需更大规模研究验证	探究原发性膜性肾病中B细胞的免疫病理机制	原发性膜性肾病（PMN）患者和健康对照的外周血单个核细胞	免疫学	肾脏疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	6例PMN患者和3例健康对照的外周血单个核细胞样本
99	2025-09-07	From trash to treasure: tumor draining lymph nodes as a multi-omics goldmine in cancer therapy 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1636942 PMID:40904508	综述	探讨肿瘤引流淋巴结在癌症治疗中的双重角色及多组学研究价值	提出'淋巴结多模态保护研究(LNMPR)'概念，整合空间转录组学等新技术解析淋巴结免疫动态	NA	系统梳理TDLN生物学认知演变并探索其临床治疗优化策略	肿瘤引流淋巴结(TDLNs)	肿瘤免疫学	癌症	空间转录组学, 单细胞分析, 成像技术	NA	多组学数据	NA
100	2025-09-07	SPINK1 facilitates tumor progression via the EGFR/JAK/STAT3 axis in oral squamous cell carcinoma: insights from single-cell RNA sequencing 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1585277 PMID:40904507	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了SPINK1在口腔鳞状细胞癌中通过EGFR/JAK/STAT3轴促进肿瘤进展的分子机制	首次发现SPINK1通过EGFR/JAK/STAT3信号轴驱动口腔鳞癌进展，并揭示其在肿瘤发生和免疫调节中的双重作用	NA	阐明SPINK1在口腔鳞状细胞癌中的功能作用和分子机制	口腔鳞状细胞癌组织和细胞系	肿瘤生物学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、qPCR、免疫印迹、功能获得/缺失实验	NA	转录组数据、实验数据	GEO数据库转录组数据集和实验验证样本