单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-07-01	Congestion Enriches Intra-hepatic Macrophages Through Reverse Zonation of CXCL9 in Liver Sinusoidal Endothelial Cells 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101475 PMID:39923846	研究论文	研究探讨了肝脏窦状隙充血如何通过CXCL9的反向分区影响肝内巨噬细胞的富集，进而导致充血性纤维化和门静脉高压	揭示了CXCL9在肝窦内皮细胞中的反向分区现象及其在充血性肝病中富集肝内巨噬细胞的机制	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，结果在人类中的普适性需要进一步验证	探究充血性肝病中肝窦微环境变化及其对纤维化和门静脉高压的影响	充血性肝病（CH）和Fontan相关肝病（FALD）患者及小鼠模型	肝脏病理学	肝脏疾病	成像质谱流式细胞术（IMC）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA原位杂交（RNAish）	小鼠部分下腔静脉结扎模型（pIVCL）	组织图像、单细胞转录组数据	CH和FALD患者肝组织样本及小鼠模型
82	2025-06-29	Convergent and divergent immune aberrations in COVID-19, post-COVID-19-interstitial lung disease, and idiopathic pulmonary fibrosis 2025-Jan-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00528.2024 PMID:39510135	研究论文	研究COVID-19、COVID-19后间质性肺疾病(ILD)和特发性肺纤维化(IPF)中循环免疫细胞的转录和表型变化	发现了一个50基因特征，能够预测IPF和COVID-19死亡率，并揭示了单核细胞和T细胞亚群的基因组失衡	样本量相对较小，且未涉及长期随访数据	探究COVID-19、COVID-19后ILD和IPF中免疫细胞的异常变化及其与疾病预后的关系	227名COVID-19、COVID-19后ILD、IPF患者及对照组的全血和外周血单个核细胞(PBMCs)	免疫学	COVID-19, 间质性肺疾病, 特发性肺纤维化	nCounter基因表达分析, Luminex多重检测, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据, 蛋白质水平数据	227名受试者(包括COVID-19、COVID-19后ILD、IPF患者及对照组)
83	2025-06-29	Periplakin Attenuates Liver Fibrosis via Reprogramming CD44Low Cells into CD44High Liver Progenitor Cells 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101498 PMID:40107450	研究论文	本文研究了periakin（PPL）通过将CD44Low细胞重编程为CD44High肝祖细胞（LPCs）来减轻肝纤维化的机制	发现PPL+CD44Low细胞可以重编程为PPL+CD44High LPCs，并证实后者能显著抑制肝纤维化	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探索PPL在肝纤维化中的作用机制及其潜在治疗应用	肝纤维化患者和小鼠模型中的肝祖细胞（LPCs）	肝脏疾病研究	肝纤维化	单细胞测序、腺病毒转染	小鼠肝纤维化模型	基因表达数据、细胞表型数据	人类肝纤维化患者样本和小鼠模型
84	2025-06-28	Cross-cohort multi-omics analysis identifies novel clusters driven by EMT signatures in colorectal cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1628005 PMID:40574852	研究论文	本研究通过整合五个单细胞RNA测序队列，系统分析了结直肠癌的肿瘤细胞异质性，并基于VEGFR+肿瘤细胞特征基因对患者进行分层，揭示了EMT亚型与转移进展的机制联系	首次建立了结直肠癌的单细胞分辨率分子分类系统，并确定了HOXC6作为新的治疗靶点	研究样本量相对较小，且未涵盖所有结直肠癌亚型	系统表征结直肠癌肿瘤细胞异质性并探索其临床意义	结直肠癌患者及其肿瘤细胞	数字病理	结直肠癌	单细胞RNA测序	无监督聚类分析	RNA测序数据	70个CRC样本和164,173个细胞
85	2025-06-28	Single cell dissection reveals SFRP2+ fibroblasts amplifying inflammatory responses in oral lichen planus 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1553963 PMID:40574847	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了口腔扁平苔藓(OLP)中SFRP2+成纤维细胞在炎症反应中的关键作用	首次鉴定出SFRP2+成纤维细胞作为OLP炎症性成纤维细胞的来源，并发现其通过Wnt5a表达与CD8+ T细胞相互作用放大炎症反应	样本量相对较小(4例OLP患者和1例健康对照的单细胞测序)，且机制研究主要在体外进行	探究疾病特异性成纤维细胞在口腔扁平苔藓发病机制中的作用	口腔扁平苔藓患者和健康个体的口腔黏膜组织及原代培养的成纤维细胞	单细胞组学	口腔扁平苔藓	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光染色、多重免疫荧光	NA	单细胞转录组数据、免疫荧光图像数据	4例OLP患者和1例健康对照进行scRNA-seq，51例OLP患者和24例健康个体进行原代成纤维细胞分析
86	2025-06-28	Comprehensive analysis of single-cell and bulk RNA sequencing data reveals an EGFR signature for predicting immunotherapy response and prognosis in pan-cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1604394 PMID:40574864	research paper	通过单细胞和批量RNA测序数据的综合分析，揭示了一个基于EGFR的基因特征，用于预测泛癌免疫治疗反应和预后	开发了一个新的EGFR相关基因特征(EGFR.Sig)，作为预测免疫治疗反应的生物标志物，并在泛癌中验证其预测性能	研究依赖于现有数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	开发新的生物标志物以优化免疫检查点抑制剂的治疗效果	泛癌患者	machine learning	pan-cancer	scRNA-Seq, bulk RNA-Seq, machine learning	multiple machine learning algorithms	RNA sequencing data	34个泛癌scRNA-Seq队列和10个bulk RNA-Seq队列
87	2025-06-28	Mapping CD4+ T cell diversity in CSF to identify endophenotypes of multiple sclerosis 2025, Brain communications IF:4.1Q2 DOI:10.1093/braincomms/fcaf231 PMID:40574973	研究论文	本研究通过光谱流式细胞术分析脑脊液中的CD4+ T细胞，旨在识别多发性硬化症（MS）的致病性T细胞亚群	利用公开的转录组数据集和单细胞RNA测序数据设计标记物面板，识别与慢性实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）相关的CD4+ T细胞亚群，并将这些发现转化到MS数据集中	研究主要基于小鼠模型EAE的数据，转化到人类MS的适用性需要进一步验证	探索CD4+ T细胞亚群作为MS患者分层和疾病进展的生物标志物	多发性硬化症（MS）患者的脑脊液（CSF）中的CD4+ T细胞	免疫学	多发性硬化症	光谱流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）小鼠模型	转录组数据、流式细胞术数据	独立MS队列的脑脊液细胞样本
88	2025-06-28	Regulatory B cells promote the immunosuppressive microenvironment and progression of clear cell renal cell carcinoma 2025, Immunotherapy advances IF:4.1Q2 DOI:10.1093/immadv/ltaf013 PMID:40575014	研究论文	本研究探讨了调节性B细胞（Bregs）在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的免疫抑制作用和预后意义	建立了基于机器学习的Breg特征模型（CMLBregS），用于风险分层和免疫分析，并发现IRF4作为关键预后标志物	研究主要基于回顾性分析，需要进一步的前瞻性研究验证	探究Bregs在ccRCC中的免疫调节作用及其对预后的影响	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者	肿瘤免疫学	肾细胞癌	空间转录组学、多重免疫荧光（mIF）、免疫组织化学	机器学习模型（CMLBregS）	基因表达数据、免疫组织化学数据	多个队列的ccRCC患者样本
89	2025-06-28	Activation of the IDO1-GCN2-ATF4-CHOP Pathway During the Massive Generation of Antibody-Secreting Cells in Dengue Patients Through Single-Cell Transcriptomics 2025, International journal of tryptophan research : IJTR IF:2.7Q3 DOI:10.1177/11786469251340237 PMID:40575112	研究论文	通过单细胞转录组学研究了登革热患者中抗体分泌细胞（ASC）大量生成时IDO1-GCN2-ATF4-CHOP通路的激活机制	揭示了CD14+单核细胞而非B细胞在色氨酸代谢中的主导作用，以及色氨酸缺乏对B细胞命运的早期影响	需要进一步研究以完全理解这些发现对疾病进展的影响	探究登革热如何调节宿主代谢和B细胞反应	登革热患者的抗体分泌细胞（ASC）和CD14+单核细胞	单细胞转录组学	登革热	单细胞转录组学	NA	转录组数据	公共数据库中的单细胞转录组数据（具体样本数量未提及）
90	2025-06-27	Integrated cancer cell-specific single-cell RNA-seq datasets of immune checkpoint blockade-treated patients 2025-Jan-22, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-04381-6 PMID:39843468	研究论文	本文整合了多种癌症类型的单细胞RNA测序数据集，以研究癌细胞对免疫检查点阻断治疗的响应	整合了八个scRNA-seq数据集，涵盖九种癌症类型，提供了用户友好的界面和代码，便于研究人员探索	样本量虽大但仍有限，且需要一定的技术能力进行数据探索	研究癌细胞对免疫检查点阻断治疗的响应机制	223名患者的90,270个癌细胞和265,671个其他细胞类型	数字病理学	多种癌症	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	223名患者，90,270个癌细胞，265,671个其他细胞类型
91	2025-06-27	Multi-omics analysis unveils the role of inflammatory cancer-associated fibroblasts in chordoma progression 2025-01, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6369 PMID:39611243	研究论文	通过多组学分析揭示了炎症性癌症相关成纤维细胞在脊索瘤进展中的作用	首次通过单细胞RNA测序、空间转录组学等技术揭示了炎症性CAF（iCAF）在脊索瘤中的异质性、空间分布及其与肿瘤恶性进展的关系	样本量相对有限，且未深入探讨iCAF促进脊索瘤进展的具体分子机制	探究癌症相关成纤维细胞（CAFs）在脊索瘤中的异质性、空间分布及其临床意义	脊索瘤组织样本和正常髓核组织样本	数字病理学	脊索瘤	scRNA-seq, ST, bulk RNA-seq, QIF	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据、批量RNA测序数据、免疫荧光数据	7个肿瘤样本和4个对照髓核样本（scRNA-seq），126例患者（bulk RNA-seq），116例患者（QIF验证）
92	2025-06-27	Refining breast cancer genetic risk and biology through multi-ancestry fine-mapping analyses of 192 risk regions 2025-Jan, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-02031-y PMID:39753771	研究论文	通过多祖先精细定位分析192个风险区域，细化乳腺癌遗传风险和生物学	发现了131个新的乳腺癌风险关联信号，并将50个信号的因果变异缩小到单一变异，整合功能基因组学数据鉴定了195个潜在的易感基因	因果变异和目标基因多数仍未知，部分信号的功能证据仍需进一步实验验证	细化乳腺癌遗传风险和生物学，支持多祖先数据在精细定位分析中的价值	172,737名女性乳腺癌病例和242,009名对照（非洲、亚洲和欧洲血统）	基因组学	乳腺癌	全基因组关联研究（GWAS），单细胞RNA测序，体外实验	NA	基因组数据	172,737例病例和242,009例对照
93	2025-06-27	Kininogen enhances seizure susceptibility in mice possibly through bradykinin-induced modulation of calcium transients in glutamatergic and GABAergic neurons 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1509837 PMID:40556759	研究论文	本研究探讨了kininogen在癫痫发生中的功能作用及其通过缓激肽调节谷氨酸能和GABA能神经元钙瞬变的潜在机制	首次揭示了kininogen在癫痫发作中的病理作用及其通过缓激肽调节神经元活动的机制	研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	探究kininogen对癫痫易感性的影响及其作用机制	小鼠脑组织及神经元	神经科学	癫痫	scRNA-seq, 免疫荧光, 免疫印迹, 双光子钙成像	小鼠癫痫模型	基因表达数据, 蛋白质表达数据, 钙成像数据	未明确说明小鼠数量
94	2025-06-27	Single-Cell RNA Transcriptomics and Multi-omics Analyses Reveal the Clinical Effects of Acupuncture on Methadone Reduction 2025, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0741 PMID:40556944	研究论文	通过单细胞RNA转录组学和多组学分析，研究针灸对美沙酮减量的临床效果及其生物学机制	首次整合临床试验数据与多组学分析（包括单细胞测序、转录组学、代谢组学和宏基因组学），揭示针灸通过调节胆汁酸代谢和免疫细胞功能减轻美沙酮使用的不良反应	样本量较小（48名参与者），且仅针对美沙酮维持治疗患者，结果可能不适用于其他阿片类药物使用障碍患者	评估针灸在美沙酮维持治疗患者中的效果，并探索其生物学机制	48名美沙酮维持治疗患者	多组学分析	阿片类药物使用障碍	单细胞测序、转录组学、代谢组学、宏基因组学	NA	外周血单核细胞、血浆、粪便样本	48名美沙酮维持治疗患者（针灸组25人，假针灸组23人）
95	2025-06-27	Single-cell ligand-receptor profiling reveals an immunotherapy-responsive subtype and prognostic signature in triple-negative breast cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1590951 PMID:40557143	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了TNBC中配体-受体（LR）相互作用的分子细节及其作为预后或预测标志物的潜力	首次在TNBC中系统分析LR相互作用的分子细节，并构建了一个基于LR的预后评分系统（LR.score），同时验证了CXCL9/CXCR3轴在免疫细胞招募和抗肿瘤反应中的关键作用	研究样本量相对有限（METABRIC队列n=298，GSE58812队列n=107），且仅在MDA-MB-231细胞系中验证了CXCL9/CXCR3轴的功能	探索TNBC中LR相互作用的分子机制及其在预后和免疫治疗响应中的潜在应用	TNBC患者样本（单细胞RNA测序数据）和MDA-MB-231细胞系	数字病理学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序、RT-qPCR、Western blot、siRNA介导的基因敲低	Lasso回归和逐步多变量分析	RNA测序数据	METABRIC队列298例，GSE58812队列107例
96	2025-06-27	Construction of a novel inflammatory-related prognostic signature of acute myelocytic leukemia based on conjoint analysis of single-cell and bulk RNA sequencing 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1565954 PMID:40557150	研究论文	本研究通过单细胞和批量RNA测序的联合分析，构建了一个与炎症相关的急性髓性白血病预后特征模型	首次结合单细胞和批量RNA测序数据构建急性髓性白血病的炎症相关预后模型	模型验证仅依赖于外部数据集，缺乏前瞻性临床验证	优化急性髓性白血病患者的精准治疗策略并改善预后	急性髓性白血病患者	数字病理学	急性髓性白血病	scRNA-seq, bulk RNA-seq, ssGSEA, LASSO分析	预后风险模型	RNA测序数据	使用GSE114868数据集中的AML患者和对照样本
97	2025-06-27	Novel insights from comprehensive analysis: The role of cuproptosis and peripheral immune infiltration in Alzheimer's disease 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0325799 PMID:40560886	研究论文	本研究通过综合分析铜死亡和周围免疫浸润在阿尔茨海默病中的作用，揭示了与铜死亡相关的关键基因及其在免疫细胞中的表达变化	首次通过机器学习模型筛选出与铜死亡相关的五个hub基因，并探索了这些基因在免疫细胞中的表达变化及其潜在的分子机制	研究主要基于GEO数据库的基因表达数据，缺乏实验验证的广泛性	探讨铜死亡相关基因在阿尔茨海默病中的具体作用及其与免疫浸润的关系	阿尔茨海默病患者的外周血细胞	生物信息学	阿尔茨海默病	基因表达分析、机器学习模型、分子对接分析、单细胞RNA测序、实时定量PCR	机器学习模型	基因表达数据	GEO数据库中的基因表达数据和单细胞RNA测序数据集
98	2025-06-27	Optimization of clustering parameters for single-cell RNA analysis using intrinsic goodness metrics 2025, Frontiers in bioinformatics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fbinf.2025.1562410 PMID:40567596	研究论文	本研究通过利用内在优良性指标，旨在预测单细胞RNA测序中不同参数变化对聚类方法准确性的影响	利用内在优良性指标预测聚类准确性，并提出UMAP方法和分辨率参数对聚类准确性的积极影响	研究仅使用了三个数据集和两种聚类方法，可能限制了结果的普遍适用性	优化单细胞RNA测序中的聚类参数，以提高细胞亚群划分的准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	ElasticNet回归模型	RNA测序数据	三个数据集，每个数据集来自不同的解剖区域并具有真实细胞注释
99	2025-06-27	Stemness-driven clusters in ovarian cancer: immune characteristics and prognostic implications 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1577283 PMID:40567611	研究论文	该研究通过识别卵巢癌中的干细胞相关基因，定义了三个不同的干细胞相关亚组，并构建了一个预后模型，同时验证了AKAP12在卵巢癌进展中的作用	首次在卵巢癌中定义了干细胞相关亚组，并发现AKAP12作为潜在的生物标志物和治疗靶点	研究主要基于转录组数据，需要进一步的实验验证	探索卵巢癌中干细胞相关亚型的特征及其治疗意义	卵巢癌患者和SKOV3细胞	数字病理学	卵巢癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序, WGCNA, LASSO回归	预后模型	转录组数据	卵巢癌患者样本和SKOV3细胞
100	2025-06-27	Hemoglobin-associated CALR in proximal tubule cells can be used as a biomarker for idiopathic membranous nephropathy 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1574852 PMID:40568201	研究论文	本研究通过RNA测序技术识别尿液细胞中的潜在生物标志物，探讨特发性膜性肾病的疾病机制	发现CALR基因与特发性膜性肾病的发病和进展显著相关，并揭示了其在免疫反应和生理过程中的关键作用	研究样本可能不足以代表所有特发性膜性肾病患者群体，且需要进一步验证CALR作为生物标志物的临床应用价值	识别特发性膜性肾病的尿液生物标志物并研究其疾病机制	特发性膜性肾病患者的尿液细胞和肾脏组织	数字病理学	肾病	RNA-seq, scRNA-seq, WGCNA, qRT-PCR	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但包括首次和二次晨尿样本及健康肾脏组织