单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
961	2025-02-24	Generation of super-resolution images from barcode-based spatial transcriptomics by deep image prior 2025-Jan-27, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100937 PMID:39729996	研究论文	本文提出了一种名为SuperST的算法，通过深度图像先验从低分辨率空间转录组学库中重建高分辨率图像矩阵	SuperST算法利用深度图像先验技术，解决了现有空间转录组学方法在从稀疏分布的条形码重建高分辨率图像时的局限性，生成的图像更接近免疫荧光图像	未明确提及具体局限性	提高空间转录组学图像的分辨率，解决零膨胀问题	空间转录组学数据	数字病理学	NA	深度图像先验	NA	图像	NA
962	2025-02-24	TimeFlies: an snRNA-seq aging clock for the fruit fly head sheds light on sex-biased aging 2025-Jan-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.25.625273 PMID:39896546	研究论文	本文介绍了TimeFlies，一种基于单细胞RNA测序的果蝇头部衰老时钟，揭示了性别差异在衰老过程中的作用	TimeFlies是首个基于全基因组基因表达谱的泛细胞类型单细胞RNA测序衰老时钟，能够识别与年龄相关的关键标记基因，并揭示性别差异在衰老中的不同作用	研究主要局限于果蝇头部，未涉及其他组织或物种	开发一种基于单细胞RNA测序的衰老时钟，以研究果蝇头部衰老过程中的性别差异	果蝇头部细胞	生物信息学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	深度学习	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
963	2025-02-24	Integrating Bulk and Single-Cell Transcriptomic Data to Identify Ferroptosis-Associated Inflammatory Gene in Alzheimer's Disease 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S497418 PMID:39959647	研究论文	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了铁死亡相关炎症基因SLC11A1在阿尔茨海默病中的关键作用	首次从细胞类型特异性角度探讨了铁死亡、免疫炎症与阿尔茨海默病之间的分子机制，并发现了一个与铁死亡高度相关的小胶质细胞亚群	研究主要基于转录组数据，缺乏对蛋白质水平和功能验证的深入分析	探讨铁死亡、免疫炎症与阿尔茨海默病之间的分子联系	阿尔茨海默病患者脑组织和外周血的RNA测序数据	生物信息学	阿尔茨海默病	RNA-seq, scRNA-seq, RT-qPCR, 免疫荧光	NA	RNA测序数据	阿尔茨海默病患者脑组织和外周血的RNA测序数据，以及实验性自身免疫性脑脊髓炎小鼠脑组织的scRNA-seq数据
964	2025-02-23	EPB41L4A-AS1 regulates cervical cancer by proliferative cells: mendelian randomization and single-cell transcriptomics analyses 2025-Jan-31, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-949 PMID:39974380	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和孟德尔随机化分析，探讨了增殖细胞在宫颈癌中的作用及其机制	首次揭示了EPB41L4A-AS1通过调控增殖细胞在宫颈癌中的作用	研究主要基于单细胞转录组学和孟德尔随机化分析，未涉及临床试验验证	探讨增殖细胞在宫颈癌中的作用及其机制	宫颈癌组织中的增殖细胞	生物信息学	宫颈癌	单细胞转录组学、孟德尔随机化、MTT、流式细胞术、GSEA、WGCNA	NA	单细胞转录组数据	宫颈癌组织与健康组织的单细胞转录组数据
965	2025-02-23	By integrating single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing, plasma cells signature and tertiary lymphoid structures were verified to contribute to outcome in lung adenocarcinoma 2025-Jan-31, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-1746 PMID:39974398	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，验证了浆细胞特征和三级淋巴结构在肺腺癌预后中的作用	结合单细胞RNA测序和批量RNA测序技术，首次系统性地探讨了浆细胞和三级淋巴结构在肺腺癌预后中的具体作用	研究主要依赖于公开数据库的数据，缺乏独立验证队列	探讨三级淋巴结构和浆细胞在肺腺癌预后中的作用	肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	NA	RNA测序数据, 临床信息	来自GEO和TCGA数据库的肺腺癌患者数据
966	2025-02-23	Mapping cell-cell fusion at single-cell resolution 2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.11.627873 PMID:39896473	研究论文	本文开发了一种分子工具包ClonMapper Duo（CMDuo），用于在肿瘤细胞群体中追踪和分析单个细胞融合事件的起源和结果	开发了CMDuo平台，通过报告基因表达和工程化荧光相关索引序列与随机生成的核苷酸条形码相结合，识别经历细胞融合的细胞，并利用scRNA-seq对索引条形码进行测序，从而在整个细胞群体中映射每组亲本细胞和融合后代	未提及具体局限性	研究细胞融合在癌症进展和治疗反应中的作用	三阴性乳腺癌细胞	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	未提及具体样本数量
967	2025-02-23	CD226 identifies effector CD8+ T cells during tuberculosis and costimulates recognition of Mycobacterium tuberculosis-infected macrophages 2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.22.634303 PMID:39896604	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，研究了慢性感染期间肺实质CD8 T细胞的多样性变化，并确定了CD226在识别结核分枝杆菌感染巨噬细胞中的关键作用	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了CD226在CD8 T细胞识别结核分枝杆菌感染巨噬细胞中的关键作用，并证实了CD226在体内功能性T细胞中的表达	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究慢性结核感染期间肺实质CD8 T细胞的多样性变化及其功能	C57BL/6J小鼠的肺实质CD8 T细胞	免疫学	结核病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	感染6周和41周的C57BL/6J小鼠
968	2025-02-23	HPV integration in head and neck cancer: downstream splicing events and expression ratios linked with poor outcomes 2025-Jan-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.17.633627 PMID:39896613	研究论文	本文研究了HPV整合在头颈癌中的影响，特别是其与不良临床结果的关系	通过分析大量HPV相关的头颈鳞状细胞癌样本，揭示了HPV整合的致癌网络，并基于RNA特征对HPV整合阳性患者进行分类，发现部分患者具有更差的临床结果	主要关注RNA而非DNA，可能忽略了DNA层面的重要信息	探讨HPV整合在头颈癌中的致癌机制及其与临床结果的关系	261个HPV相关的头颈鳞状细胞癌样本，包括批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据	癌症研究	头颈癌	RNA-seq	NA	RNA-seq数据	261个HPV相关的头颈鳞状细胞癌样本，包括102个HPV阳性参与者的DNA HPV整合事件
969	2025-02-23	Pro-cumulin addition in a biphasic in vitro oocyte maturation system modulates human oocyte and cumulus cell transcriptomes 2025-Jan-17, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaaf001 PMID:39862403	研究论文	本研究探讨了在双相体外卵母细胞成熟系统中添加pro-cumulin对人类卵母细胞和卵丘细胞转录组的影响	首次在人类双相体外卵母细胞成熟系统中研究了pro-cumulin对卵母细胞和卵丘细胞转录组的调节作用	未在蛋白质组水平上评估pro-cumulin的影响，也未评估其对胚胎学结果的影响	研究pro-cumulin在双相体外卵母细胞成熟系统中的作用，以提高卵母细胞的发育能力	人类卵母细胞和卵丘细胞	生殖医学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未明确提及具体样本数量，但涉及人类卵母细胞和卵丘细胞
970	2025-02-23	Classifying cell cycle states and a quiescent-like G0 state using single-cell transcriptomics 2025-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.16.589816 PMID:38659838	研究论文	本文介绍了一种高分辨率的细胞周期分类器ccAFv2，用于单细胞RNA测序数据中细胞周期状态的分类	ccAFv2能够分类六种细胞周期状态和一个类似静止的G0状态，并在多种细胞类型中表现出色	G0、G1和Late G1状态在非神经上皮细胞类型中的分类准确性较低	开发一种高精度的细胞周期分类器，以解析细胞异质性和细胞周期对细胞过程的影响	人类神经干细胞和其他细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	ccAFv2分类器	单细胞RNA测序数据	人类和小鼠的细胞、细胞核和空间转录组数据
971	2025-02-23	Piscis: a novel loss estimator of the F1 score enables accurate spot detection in fluorescence microscopy images via deep learning 2025-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.31.578123 PMID:38352551	研究论文	本文介绍了一种名为Piscis的深度学习算法，用于荧光显微镜图像中的斑点检测，采用了一种新的损失函数SmoothF1 loss，该函数近似F1分数以直接惩罚假阳性和假阴性	提出了SmoothF1损失函数，这是一种新的损失函数，能够近似F1分数并直接惩罚假阳性和假阴性，同时保持可微性，适用于深度学习训练	NA	开发一种全自动的深度学习算法，用于荧光显微镜图像中的斑点检测，以提高RNA FISH成像数据的分析准确性和高通量处理能力	荧光显微镜图像中的斑点	计算机视觉	NA	RNA FISH	深度学习	图像	358张手动注释的实验RNA FISH图像和240张合成图像
972	2025-02-23	Experimental and Computational Methods for Allelic Imbalance Analysis from Single-Nucleus RNA-seq Data 2025-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.13.607784 PMID:39185246	研究论文	本文探讨了实验和计算方法如何改进单核RNA测序（snRNA-seq）数据中的等位基因失衡分析	开发了一套新的计算工具来处理和分析scRNA-seq和snRNA-seq数据，用于等位基因特异性表达（ASE）分析，并展示了如何通过实验选择（如RNA来源、读长、测序深度、基因分型等）提高ASE方法的效力	未明确提及研究的局限性	改进单细胞水平上的等位基因失衡分析方法，以更好地理解人类基因组变异对RNA表达的影响	单核RNA测序（snRNA-seq）数据	生物信息学	帕金森病	单核RNA测序（snRNA-seq），等位基因特异性表达（ASE）分析	NA	RNA测序数据	94名帕金森病患者的队列
973	2025-02-23	GraphVelo allows for accurate inference of multimodal omics velocities and molecular mechanisms for single cells 2025-Jan-15, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5613372/v1 PMID:39877092	研究论文	本文介绍了GraphVelo，一种基于图的机器学习方法，用于从单细胞数据中推断多模态组学速度和分子机制	GraphVelo通过使用现有方法推断的RNA速度作为输入，推断出位于单细胞数据低维流形切空间的速度向量，保留了向量大小和方向信息，并扩展了RNA速度到多模态数据	现有方法在复杂转录动态、低表达或缺乏剪接动态的基因上存在限制，且不适用于非转录组模态的数据	提取高通量单细胞数据中的时间分辨信息，并揭示基因、病毒和宿主细胞之间的定量非线性调控关系	单细胞数据，包括病毒-宿主相互作用组和多组学数据集	机器学习	NA	scRNA-seq	基于图的机器学习	单细胞数据	多个合成和实验性scRNA-seq数据集
974	2025-02-23	Brain aging and rejuvenation at single-cell resolution 2025-Jan-08, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.12.007 PMID:39788089	综述	本文综述了单细胞组学技术在脑衰老和再生研究中的应用，探讨了脑衰老过程中细胞类型的变化及细胞间相互作用，并提出了新的研究方向	利用单细胞组学技术提供了脑衰老和再生的无偏视图，强调了组合再生方法的潜力，并提出了新的研究方向，如脑衰老模型和神经干细胞作为再生焦点	NA	探讨脑衰老过程中单个细胞的变化如何导致与年龄相关的功能障碍，并评估再生干预措施的效果	脑细胞	单细胞组学	阿尔茨海默病, 帕金森病	单细胞转录组学	NA	单细胞组学数据	NA
975	2025-02-23	The landscape of cell regulatory and communication networks in the human dental follicle 2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2025.1535245 PMID:39974190	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了人类牙囊的细胞组成和调控网络，揭示了牙囊在发育和生物学功能中的复杂调控机制	首次使用单细胞RNA测序技术全面解析了人类牙囊的细胞组成和基因调控网络，揭示了血管和免疫细胞在牙囊生物学活动中的相互作用	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能缺乏对蛋白质水平和功能验证的深入分析	揭示人类牙囊的细胞组成和调控机制，以理解其在牙周组织发育和生物学功能中的作用	人类牙囊	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
976	2025-02-23	Research hotspots and frontiers in the tumor microenvironment of colorectal cancer: a bibliometric study from 2014 to 2024 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1525280 PMID:39975599	研究论文	本文通过文献计量学方法分析了2014年至2024年间结直肠癌肿瘤微环境的研究现状、热点和未来趋势	首次对2014年至2024年间结直肠癌肿瘤微环境的研究进行文献计量分析，揭示了该领域的研究热点和未来趋势	研究仅基于Web of Science核心合集数据库，可能未涵盖所有相关文献	提供结直肠癌肿瘤微环境领域的当前研究状态、热点和未来趋势的全面图景	结直肠癌肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	文献计量分析	NA	文献数据	748篇出版物
977	2025-02-21	FastCCC: A permutation-free framework for scalable, robust, and reference-based cell-cell communication analysis in single cell transcriptomics studies 2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.27.635115 PMID:39975391	研究论文	本文介绍了FastCCC，一种无需排列的框架，用于在单细胞转录组学研究中实现可扩展、稳健且基于参考的细胞间通讯分析	FastCCC采用快速傅里叶变换卷积计算p值，无需排列，引入模块化代数操作框架捕捉广泛的细胞间通讯模式，并能利用大规模单细胞参考数据增强用户收集数据集的细胞间通讯分析	NA	开发一种新的方法来检测单细胞转录组学研究中的细胞间通讯，以理解多细胞生物的功能	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组学	快速傅里叶变换卷积	单细胞转录组数据	约1600万细胞，涵盖19种不同组织类型和450多种独特细胞类型
978	2025-02-21	Reversal of inflammatory reprogramming by vasodilator agents in pulmonary hypertension 2025-Jan, ERJ open research IF:4.3Q1 DOI:10.1183/23120541.00486-2024 PMID:39811555	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，评估了肺动脉高压（PAH）患者外周血单核细胞（PBMCs）在血管扩张剂治疗前后的基因表达和网络连接变化，揭示了血管扩张剂对炎症转录和通路的逆转作用	首次通过单细胞RNA测序技术系统地评估了PAH患者PBMCs在血管扩张剂治疗前后的炎症转录和网络连接变化，揭示了血管扩张剂的抗炎活性	样本量较小，特别是对照组和治疗组之间的样本量不平衡，可能影响结果的普遍性	研究血管扩张剂对PAH患者炎症反应的逆转作用，并探索其作为诊断和预后工具的潜力	肺动脉高压（PAH）患者，包括特发性PAH（iPAH）和系统性硬化症相关PAH（sscPAH）患者，以及非PAH对照组	生物信息学	肺动脉高压	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	对照组3人，未治疗的PAH患者4人，PDE5i治疗3个月后的PAH患者7人，PDE5i+macitentan治疗3个月后的PAH患者6人
979	2025-02-21	Competing endogenous RNA networks in ovarian cancer: from bench to bedside 2025, EXCLI journal IF:3.8Q1 DOI:10.17179/excli2024-7827 PMID:39967908	综述	本文综述了竞争性内源RNA（ceRNA）网络在卵巢癌中的重要性，包括其在癌症发生、治疗、诊断和预后中的作用	提供了关于ceRNA网络在卵巢癌中作用的最新综述，并展望了单细胞RNA测序和个性化医疗时代的未来研究方向	主要基于已有文献的综述，缺乏新的实验数据支持	探讨ceRNA网络在卵巢癌中的作用及其在治疗、诊断和预后中的潜在应用	卵巢癌细胞中的miRNAs、circRNAs、lncRNAs和ceRNAs	生物信息学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	NA
980	2025-02-20	A single-cell mass cytometry-based atlas of the developing mouse brain 2025-Jan, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01786-1 PMID:39695302	研究论文	本文通过单细胞质谱流式技术绘制了发育中鼠脑的图谱，揭示了不同细胞谱系的分子变化	首次使用单细胞质谱流式技术对发育中鼠脑的单细胞蛋白质丰度进行表征，填补了单细胞RNA测序在蛋白质水平上的空白	研究主要集中在小鼠模型，可能无法完全反映人类大脑发育的复杂性	研究哺乳动物大脑发育过程中不同细胞谱系的分子变化	C57/BL6小鼠的胚胎期（E11.5-E12.5）和出生后（E13.5-P4）的脑组织	生物信息学	NA	单细胞质谱流式技术（mass cytometry），单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫组织化学（immunohistochemistry），RNAscope原位杂交（ISH）	NA	单细胞蛋白质和RNA表达数据	24,290,787个细胞，每个样本2到4个生物学重复