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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 961 | 2025-10-06 |
stGuide advances label transfer in spatial transcriptomics through attention-based supervised graph representation learning
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1566675
PMID:40476268
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研究论文 | 提出stGuide方法,通过基于注意力的监督图表示学习改进空间转录组学中的标签转移 | 开发了基于注意力的监督图学习模型,利用参考注释指导监督表示,将查询切片映射到共享嵌入空间 | NA | 解决空间转录组学数据中批次效应、不平衡参考注释和组织异质性带来的对齐分析挑战 | 人类背外侧前额叶皮层和乳腺癌数据集 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 基于注意力的监督图学习模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 962 | 2025-10-06 |
Unveiling patterns in spatial transcriptomics data: a novel approach utilizing graph attention autoencoder and multiscale deep subspace clustering network
2025-Jan-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giae103
PMID:39804726
|
研究论文 | 提出了一种名为STMSGAL的新型空间转录组数据分析框架,整合了图注意力自编码器和多尺度深度子空间聚类网络 | 首次将图注意力自编码器与多尺度深度子空间聚类相结合,构建细胞类型感知的共享最近邻图(ctaSNN),能够更好地解析空间转录组数据中的复杂结构 | NA | 开发更准确的空间转录组数据分析方法,用于识别空间域、差异表达基因和细胞轨迹推断 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组测序 | 图注意力自编码器, 多尺度深度子空间聚类网络 | 空间基因表达数据 | 4个10x Genomics Visium数据集, 1个小鼠视觉皮层STARmap数据集, 2个Stereo-seq小鼠胚胎数据集, 2个乳腺癌组织, 1个成年小鼠大脑(FFPE) | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台 |
| 963 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics reveals cellular dynamics and chemokine CXCL2-mediated smooth muscle cell proliferation in arterial repair
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1591557
PMID:40463365
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示动脉修复中的细胞动态及趋化因子CXCL2介导的平滑肌细胞增殖机制 | 首次在股动脉损伤模型中通过单细胞RNA测序识别出分泌CXCL2的炎症性平滑肌细胞亚群(SMC2),并证实其通过促进平滑肌细胞增殖介导动脉重塑 | 研究主要基于动物模型,在人体中的适用性仍需进一步验证 | 探究PCI术后动脉修复的细胞机制及CXCL2在其中的作用 | 股动脉损伤模型中的细胞群体 | 单细胞转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 股动脉损伤动物模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 964 | 2025-10-06 |
Succinylation-related molecular activities in cancer: metabolic adaptations, immune landscape, and prognostic significance in colorectal cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1571446
PMID:40463370
|
研究论文 | 通过泛癌分析揭示琥珀酰化在代谢调控、免疫微环境和结直肠癌预后中的重要作用 | 首次系统性分析琥珀酰化在泛癌中的分子活动特征,构建基于琥珀酰化的预后模型并发现PCED1A的促癌功能 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证集中在结直肠癌,需要更多功能实验验证机制 | 探究琥珀酰化在癌症代谢适应、免疫景观和预后中的分子机制 | 泛癌数据集和结直肠癌样本 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 转录组分析、单细胞RNA测序、空间转录组、免疫组化、Western blotting | 预后风险模型 | 转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据、蛋白质表达数据 | 来自TCGA、GEO、TISCH等多个数据库的泛癌数据集和结直肠癌队列 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 965 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing identifies two fibroblast subtypes and a Trem2+ macrophage subtype as the possible specific cellular targets in abdominal aortic aneurysms
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1551308
PMID:40463378
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序识别腹主动脉瘤中两种成纤维细胞亚型和一种Trem2+巨噬细胞亚型作为特异性细胞靶点 | 首次在腹主动脉瘤中鉴定出特定的成纤维细胞亚型(Fib_Apoc1+/Fabp4+和inflam-Fib1)和巨噬细胞亚型(Mac_TREM2),并揭示它们在疾病发展中的协同作用 | 研究基于小鼠模型,临床转化效果需进一步验证;抗炎疗法在临床应用中已被证明无效 | 探究腹主动脉瘤发病机制并识别新的治疗靶点 | 小鼠腹主动脉瘤模型中的细胞组成和功能表型 | 单细胞生物学 | 腹主动脉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 966 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics in colorectal cancer uncover the potential of metastasis and immune dysregulation of a cell cluster overexpressed PRSS22
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1586428
PMID:40463392
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学在结直肠癌中发现过表达PRSS22的细胞簇具有转移和免疫失调潜力 | 首次通过单细胞测序技术识别出与结直肠癌进展相关的PRSS22高表达上皮细胞亚群,并验证其作为免疫治疗新靶点的潜力 | 样本量相对有限(25例癌组织和10例癌旁组织),需要在更大规模队列中验证 | 探索结直肠癌肿瘤微环境中细胞亚群的特性及其在肿瘤发生中的作用 | 结直肠癌患者组织样本中的细胞亚群 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | Boruta特征选择算法 | 单细胞转录组数据 | 25例结直肠癌组织和10例癌旁正常组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 967 | 2025-10-06 |
Unveiling the Therapeutic Potential of Baicalin in Intervertebral Disc Degeneration: Integrative Bulk and Single-Cell Transcriptome Analysis with Experimental Validation of PANoptosis Inhibition
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S519179
PMID:40463856
|
研究论文 | 本研究通过整合分析和实验验证揭示了黄芩素通过抑制PANoptosis延缓椎间盘退变的治疗潜力 | 首次发现PANoptosis在椎间盘退变中的关键作用,并验证黄芩素通过调控PANoptosis相关基因发挥治疗作用 | 研究样本量有限,需要更大规模的临床验证 | 探索PANoptosis在椎间盘退变中的作用及黄芩素的治疗机制 | 椎间盘退变患者样本、体外NPC退变模型和大鼠IVDD模型 | 生物信息学 | 椎间盘退变 | 转录组测序,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,单细胞数据 | 多个公共数据集(GSE167199, GSE245147, GSE266883, GSE244889)及实验样本 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 968 | 2025-10-06 |
Depletion of Adipose Stroma-Like Cancer-Associated Fibroblasts Potentiates Pancreatic Cancer Immunotherapy
2025-01-01, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0298
PMID:39620946
|
研究论文 | 本研究通过靶向清除表达脂肪基质细胞标志物的癌症相关成纤维细胞,增强胰腺癌免疫检查点阻断疗法的疗效 | 首次揭示不同CAF亚群对胰腺癌进展的差异性影响,并开发特异性清除ASC样CAFs的肽段D-CAN | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类患者中验证 | 探究癌症相关成纤维细胞亚群在胰腺癌进展和治疗抵抗中的作用 | 胰腺导管腺癌小鼠模型 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 969 | 2025-10-06 |
JARID1D-dependent androgen receptor and JunD signaling activation of osteoclast differentiation inhibits prostate cancer bone metastasis through demethylating H3K4
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.104135
PMID:39816691
|
研究论文 | 本研究揭示了JARID1D通过去甲基化H3K4调控雄激素受体和JunD信号通路,抑制前列腺癌骨转移的分子机制 | 首次发现JARID1D通过H3K4me3去甲基化活性动态调控AR表达,并阐明其通过MAOA-RANKL信号轴影响破骨细胞分化的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体临床试验中验证 | 探索前列腺癌骨转移的表观遗传调控机制 | 前列腺癌细胞和破骨细胞 | 癌症生物学 | 前列腺癌 | 染色质免疫沉淀, 免疫荧光, 蛋白质印迹, 单细胞测序, 骨培养系统 | NA | 分子生物学数据, 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 970 | 2025-10-06 |
Study on DNA Damage Gene in Spermatogonial Stem Cells from Idiopathic Nonobstructive Azoospermia: A Bioinformatics Investigation Based on scRNA-seq Data
2025, Cytogenetic and genome research
IF:1.7Q3
DOI:10.1159/000545275
PMID:40101697
|
研究论文 | 基于scRNA-seq数据通过生物信息学方法研究特发性非梗阻性无精子症中精原干细胞DNA损伤基因 | 首次结合单细胞RNA测序和生物信息学分析揭示ATRX、DOT1L和RUVBL2作为精原干细胞DNA损伤修复的关键诊断基因 | 研究结果为预测性机制,需要进一步实验验证预测的机制、通路和治疗靶点 | 探索DNA损伤与男性不育的机制关系 | 特发性非梗阻性无精子症患者和正常人的睾丸组织 | 生物信息学 | 男性不育症 | 单细胞RNA测序 | WGCNA, LASSO回归, MNC计算算法 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 971 | 2025-10-06 |
Bulk and single-cell RNA-sequencing analyses revealed potential key genes and the role of CCL19/CCL21-CCR7 axis in hidradenitis suppurativa
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0322565
PMID:40455785
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研究论文 | 通过批量与单细胞RNA测序分析揭示化脓性汗腺炎中潜在关键基因及CCL19/CCL21-CCR7轴的作用机制 | 整合三种机器学习方法识别出AKR1B10等五个枢纽基因,首次系统阐明CCL19/CCL21-CCR7轴在招募免疫细胞中的关键作用 | 未明确说明样本规模及独立验证数据集的具体特征 | 解析化脓性汗腺炎的分子免疫机制并探索治疗靶点 | 化脓性汗腺炎病变组织及外周血样本 | 生物信息学 | 皮肤炎症性疾病 | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序, 机器学习 | 集成机器学习方法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 972 | 2025-10-06 |
Targeting myeloid cells in pancreatic ductal adenocarcinoma: from primary tumors to liver metastasis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1555036
PMID:40458409
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综述 | 探讨胰腺导管腺癌中髓系细胞在不同疾病阶段的作用及靶向治疗策略 | 系统比较原发肿瘤与转移灶(特别是肝转移)中免疫微环境的差异,聚焦髓系细胞的免疫抑制机制 | NA | 分析PDAC中髓系细胞的免疫抑制作用及靶向治疗前景 | 胰腺导管腺癌的原发肿瘤、转移前微环境和转移灶 | 肿瘤免疫学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 973 | 2025-10-06 |
CX3CR1+ Monocytes/Macrophages Promote Regional Immune Injury in Mesangial Proliferative Glomerulonephritis through Crosstalk with Activated Mesangial Cells
2025, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.0716
PMID:40458609
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研究论文 | 本研究揭示了CX3CR1+单核细胞/巨噬细胞通过与活化系膜细胞相互作用促进MsPGN区域免疫损伤的机制 | 首次发现CX3CL1-CX3CR1轴在MsPGN区域免疫损伤中的关键作用,并验证CX3CL1单克隆抗体quetmolimab的治疗潜力 | 部分分子机制细节仍需进一步阐明,动物模型与人类疾病的差异需谨慎评估 | 探究系膜增生性肾小球肾炎区域免疫损伤的分子机制 | IgA肾病临床标本和MsPGN动物模型 | 单细胞生物学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, Luminex多重免疫分析, 分子分析 | 动物模型 | 单细胞转录组数据, 蛋白质数据 | 临床标本和动物模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 974 | 2025-10-06 |
CD151 Promotes Cancer Progression in Triple-Negative Breast Cancer by Inducing EMT through the MAPK Signaling Pathway
2025, Breast cancer (Dove Medical Press)
DOI:10.2147/BCTT.S518760
PMID:40458675
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研究论文 | 本研究探讨CD151通过MAPK信号通路诱导上皮间质转化促进三阴性乳腺癌进展的机制 | 首次揭示CD151与整合素α3β1形成复合物通过MAPK信号通路诱导EMT促进三阴性乳腺癌进展的新机制 | 研究主要基于体外实验,缺乏体内动物模型验证;临床样本量有限 | 研究CD151在三阴性乳腺癌中的促肿瘤作用及其分子机制 | 三阴性乳腺癌临床样本和细胞系 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 免疫组织化学, Western blotting, RNA干扰, 单细胞RNA测序, 免疫共沉淀 | NA | 蛋白质表达数据, 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 三阴性乳腺癌临床样本和细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 975 | 2025-10-06 |
Cellular Heterogeneity and IL-17 Pathway Dynamics Reveal Insights into the Transition from Ulcerative Colitis to Colorectal Cancer Through scRNA-Seq Analysis
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S505313
PMID:40458692
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析揭示溃疡性结肠炎向结直肠癌转变过程中的细胞异质性和IL-17通路动态 | 首次在共存UC和CACRC病变的患者组织样本中通过scRNA-seq揭示疾病进展过程中的细胞异质性和IL-17信号通路动态 | 仅分析单个患者样本,样本量有限,需要更大规模研究验证 | 研究溃疡性结肠炎向结直肠癌转变的分子和细胞机制 | UC和CACRC共存患者的正常结肠组织、UC病变组织和CACRC组织 | 数字病理学 | 结直肠癌 | scRNA-seq, 细胞聚类分析, 差异基因表达分析, KEGG通路富集分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 1例患者(包含正常结肠、UC病变和CACRC三种组织类型) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 976 | 2025-10-06 |
[Donor T cell exhaustion and immune tolerance after allogeneic hematopoietic cell transplantation]
2025, [Rinsho ketsueki] The Japanese journal of clinical hematology
DOI:10.11406/rinketsu.66.339
PMID:40467463
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示钙调磷酸酶抑制剂在异基因造血细胞移植后对供体T细胞耗竭状态的影响机制 | 首次发现钙调磷酸酶抑制剂通过抑制供体T细胞耗竭同时诱导效应样耗竭T细胞,从而影响慢性移植物抗宿主病的发生 | 目前主要基于小鼠模型,人类患者样本验证仍在进行中 | 探究异基因造血细胞移植后慢性移植物抗宿主病的发生机制 | 供体T细胞 | 单细胞测序分析 | 血液系统恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠移植模型,正在积累患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 977 | 2025-10-06 |
Integrative genetics and multiomics analysis reveal mechanisms and therapeutic targets in vitiligo highlighting JAK STAT pathway regulation of CTSS
2025-01-17, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-86134-4
PMID:39824912
|
研究论文 | 通过整合遗传学和多组学分析揭示白癜风发病机制及治疗靶点,重点关注JAK/STAT通路对CTSS的调控作用 | 首次通过整合GWAS荟萃分析、蛋白质数量性状位点(pQTL)和表达数量性状位点(eQTL)关联分析,结合微阵列和单细胞RNA-seq数据,系统揭示JAK/STAT通路调控CTSS在白癜风中的作用机制 | 需要进一步研究验证结果并评估CTSS及相关基因的治疗潜力 | 阐明白癜风发病的遗传和分子机制,识别潜在治疗靶点 | 白癜风患者 | 多组学分析 | 白癜风 | GWAS荟萃分析, SMR分析, 微阵列, 单细胞RNA-seq, 分子对接 | NA | 遗传数据, 转录组数据, 蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 978 | 2025-10-06 |
Big data analytics and scRNA-seq in human aortic aneurysms and dissections: role of endothelial MerTK
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.103851
PMID:39744231
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和大数据分析探讨了内皮细胞MerTK在人类升主动脉瘤和夹层中的作用机制 | 首次发现内皮细胞MerTK表达在AAAD中显著抑制,并证实其缺陷通过内皮功能障碍和SMC表型改变促进AAAD发展 | NA | 研究内皮细胞MerTK在升主动脉瘤和夹层发病机制中的作用 | 人类AAAD样本和内皮细胞特异性MerTK缺陷小鼠模型 | 单细胞基因组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 约600,000次交叉分析 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 979 | 2025-10-06 |
PIM1 instigates endothelial-to-mesenchymal transition to aggravate atherosclerosis
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.102597
PMID:39744686
|
研究论文 | 本研究揭示了PIM1通过促进内皮-间质转化加重动脉粥样硬化的分子机制 | 首次发现PIM1/P-NDRG1(S330)/PTBP1/EndMT轴在动脉粥样硬化进展中的关键作用,并验证小分子抑制剂Max-40279的治疗潜力 | 机制研究主要基于细胞和小鼠模型,尚未在人类临床样本中充分验证 | 探究PIM1在动脉粥样硬化中调控内皮-间质转化的分子机制 | 小鼠动脉粥样硬化模型、人内皮细胞、小鼠内皮细胞 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞测序, qPCR, western blotting, 免疫组化, 免疫共沉淀, 组织染色 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 组织图像数据 | 小鼠动脉粥样硬化模型和细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 980 | 2025-10-06 |
Research Trends and Dynamics in Single-cell RNA Sequencing for Musculoskeletal Diseases: A Scientometric and Visualization Study
2025, International journal of medical sciences
IF:3.2Q1
DOI:10.7150/ijms.104697
PMID:39898252
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综述 | 通过科学计量学和可视化分析方法,系统回顾了过去15年单细胞RNA测序技术在肌肉骨骼疾病研究领域的发展趋势 | 首次对肌肉骨骼疾病领域单细胞RNA测序研究进行全面科学计量分析,识别关键研究方向和未来展望 | 仅基于Web of Science核心合集数据,可能存在文献收录不全的局限性 | 分析单细胞RNA测序在肌肉骨骼疾病研究中的发展趋势和现状 | 肌肉骨骼疾病相关的单细胞RNA测序研究文献 | 生物信息学 | 肌肉骨骼疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 文献数据 | 2009年1月1日至2024年9月6日期间Web of Science核心合集收录的相关文献 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |