单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
941	2025-03-02	Single-cell and spatial analysis reveals the interaction between ITLN1+ foam cells and SPP1+ macrophages in atherosclerosis 2025, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2025.1510082 PMID:40017519	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，揭示了ITLN1+泡沫细胞与SPP1+巨噬细胞在动脉粥样硬化中的相互作用	首次揭示了ITLN1+泡沫细胞与SPP1+巨噬细胞之间的相互作用及其在动脉粥样硬化中的关键作用	需要进一步验证这些机制以开发有效的免疫治疗策略	研究动脉粥样硬化中不同细胞群体的调控功能及其相互作用	血管平滑肌细胞（VSMC）衍生的ITLN1+泡沫细胞和SPP1+ FABP5+巨噬细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序，空间转录组学分析	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	NA
942	2025-03-02	Single-cell Analysis Highlights Anti-apoptotic Subpopulation Promoting Malignant Progression and Predicting Prognosis in Bladder Cancer 2025, Cancer informatics IF:2.4Q3 DOI:10.1177/11769351251323569 PMID:40018511	研究论文	本文通过单细胞分析揭示了膀胱癌中抗凋亡亚群在恶性进展和预后预测中的关键作用	识别了一个独特的抗凋亡肿瘤亚群，该亚群通过特定的信号通路与免疫和基质细胞相互作用，促进肿瘤进展，并开发了一个5基因风险模型来预测患者预后	NA	阐明膀胱癌肿瘤异质性对患者预后的影响，并探索抗凋亡亚群在肿瘤进展中的作用	膀胱癌肿瘤和类器官	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Cox回归模型	单细胞RNA测序数据	NA
943	2025-03-01	Dynamic Immune Response Landscapes of Avian Peripheral Blood Post-Vaccination Against Infectious Bronchitis Virus Infection 2025-Jan-30, Vaccines IF:5.2Q1 DOI:10.3390/vaccines13020146 PMID:40006693	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术，全面分析了接种H120减毒活疫苗后鸡外周血单核细胞的体内动态变化，揭示了抗病毒适应性免疫反应启动阶段的特定免疫细胞群体及其分子网络	首次在单细胞水平上使用高通量单细胞转录组测序技术，详细描绘了鸡接种IBV疫苗后外周血单核细胞的动态免疫反应景观	研究仅限于特定病原体自由鸡，且仅分析了接种后两周内的免疫反应动态	研究鸡接种IBV疫苗后的免疫反应动态，为未来疫苗的合理设计、现有疫苗效力的增强以及免疫程序的优化提供理论支持	特定病原体自由鸡的外周血单核细胞	生物信息学	禽传染性支气管炎	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	29,846个鸡外周血单核细胞
944	2025-03-01	Phospholipase C Beta 2 as a Key Regulator of Tumor Progression and Epithelial-Mesenchymal Transition via PI3K/AKT Signaling in Renal Cell Carcinoma 2025-Jan-26, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13020304 PMID:40002717	研究论文	本研究探讨了磷脂酶C Beta 2在肾细胞癌（RCC）中通过PI3K/AKT信号通路调节上皮-间质转化（EMT）的作用	揭示了磷脂酶C Beta 2在RCC中的具体表达模式和分子机制，特别是其通过PI3K/AKT信号通路调节EMT的作用	研究中使用的细胞系和样本量可能限制了结果的普遍性	探索磷脂酶C Beta 2在RCC进展中的调控功能及其作为治疗靶点的潜力	肾细胞癌（RCC）	生物信息学	肾癌	scRNA-seq, 转录组测序, RT-PCR, 免疫荧光, 救援实验, Western blotting	NA	基因表达数据, 细胞实验数据	RCC样本和细胞系
945	2025-03-01	Novel Insights into the Pathogenesis of Inflammatory Bowel Diseases 2025-Jan-26, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13020305 PMID:40002718	综述	本文综述了炎症性肠病（IBD）发病机制的最新进展，探讨了关键机制及预防和个性化治疗的潜在途径	整合了多组学分析、单细胞转录组学和纵向队列研究的结果，聚焦于免疫调节、肠道微生物群动态及环境因素对疾病发生和进展的影响	尽管近期进展支持了新治疗策略的开发，但深入理解IBD发病机制的复杂动态仍具挑战性	旨在综合IBD发病机制的最新进展，探索预防和个性化治疗的潜在途径	炎症性肠病（IBD），包括克罗恩病和溃疡性结肠炎	NA	炎症性肠病	多组学分析、单细胞转录组学、纵向队列研究	NA	NA	NA
946	2025-03-01	Gestational diabetes induces autistic-like behaviors in offspring by disrupting the GABAergic system 2025, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2025.1538115 PMID:40012680	研究论文	本研究探讨了妊娠糖尿病（GDM）如何通过影响GABA能系统诱导后代出现自闭症样行为	首次通过单细胞转录组学和代谢组学分析揭示了GDM对后代GABA能系统的影响，并发现GAD2启动子区域的DNA超甲基化导致GAD2表达减少	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨妊娠糖尿病对后代神经发育的影响及其机制	妊娠糖尿病小鼠模型及其雄性后代	神经科学	自闭症	单细胞转录组学、代谢组学、c-Fos染色	小鼠模型	行为数据、基因表达数据、代谢数据	未明确说明样本数量，但使用了妊娠糖尿病小鼠模型及其雄性后代
947	2025-03-01	Seurat function argument values in scRNA-seq data analysis: potential pitfalls and refinements for biological interpretation 2025, Frontiers in bioinformatics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fbinf.2025.1519468 PMID:40013100	研究论文	本文探讨了在scRNA-seq数据分析中Seurat函数参数值的潜在陷阱及其对生物学解释的改进	本研究的新颖之处在于采用生物学和生物信息学的综合方法，以阐明数据处理后的生物学见解	文章未讨论在生物学中应用这些方法的合理性，且数据集整合没有既定规则	研究目的是揭示scRNA-seq数据处理中的潜在问题并提出改进方法	scRNA-seq数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
948	2025-02-28	Fast, flexible analysis of differences in cellular composition with crumblr 2025-Jan-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.29.635498 PMID:39975411	研究论文	本文介绍了一种名为crumblr的可扩展统计方法，用于分析细胞类型组成的变化	crumblr方法在细胞谱系层次结构的多个层次上进行统计测试，采用多变量方法提高检测能力，相比现有方法在控制假阳性率的同时增加了检测能力	NA	开发一种统计方法，用于识别细胞类型频率的变化	单细胞RNA测序数据集	生物信息学	前列腺癌, 结核病, SARS-CoV-2感染	单细胞RNA测序	线性混合模型	单细胞RNA测序数据	NA
949	2025-02-27	Optimizing duodenal tissue acquisition for mechanistic studies of duodenal ablation in type 2 diabetes 2025, Endoscopy international open IF:2.2Q2 DOI:10.1055/a-2503-2135 PMID:40007651	研究论文	本文介绍了一种优化的十二指肠组织采集协议，用于研究2型糖尿病和代谢综合征中十二指肠消融后的形态学变化	使用十二指肠冷圈套切除术创建组织微阵列（TMAs）并进行单细胞RNA测序（scRNA-seq），以解决传统活检中组织方向变异性的问题	研究样本量较小，DIRECT研究中仅包括9名患者，EMINENT-2研究中样本量未明确	优化十二指肠组织采集协议，以支持十二指肠消融对代谢综合征和2型糖尿病影响的机制研究	接受上消化道内镜介入治疗的患者	数字病理学	2型糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	组织样本	DIRECT研究中9名患者，共16次冷圈套切除术；EMINENT-2研究中38次冷圈套切除术
950	2025-02-28	Integrated Bioinformatic Analyses Reveal Thioredoxin as a Putative Marker of Cancer Stem Cells and Prognosis in Prostate Cancer 2025, Cancer informatics IF:2.4Q3 DOI:10.1177/11769351251319872 PMID:40008390	研究论文	本研究通过生物信息学分析揭示了硫氧还蛋白（TXN）作为前列腺癌干细胞（CSCs）的潜在标志物及其与预后的关系	首次发现TXN在前列腺癌干细胞中的高表达及其与患者不良预后的相关性，提出TXN可能作为新的治疗靶点	样本量有限，需进一步进行体外和体内实验验证TXN是否功能性地调节前列腺癌干细胞	识别调节干细胞特性的新因素并预测前列腺癌的预后	前列腺癌干细胞（CSCs）	生物信息学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），基因集富集分析（GSEA）	NA	RNA测序数据	2个前列腺癌组织的单细胞RNA测序数据集
951	2025-02-27	Resolving Resident Colonic Muscularis Macrophage Diversity and Plasticity During Colitis 2025-01-06, Inflammatory bowel diseases IF:4.5Q1 DOI:10.1093/ibd/izae155 PMID:39102823	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，调查了正常结肠和右旋糖酐硫酸钠诱导的结肠炎中肠肌层固有层的免疫细胞群体，揭示了结肠炎期间结肠肌层巨噬细胞的多样性和可塑性	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了结肠炎期间结肠肌层巨噬细胞的多样性和可塑性，并验证了其在不同条件下的表型变化	研究主要基于动物模型和体外实验，人类样本的验证相对有限	研究结肠炎期间结肠肌层固有层免疫细胞的多样性和可塑性	结肠肌层固有层的免疫细胞，特别是巨噬细胞	免疫学	炎症性肠病	单细胞RNA测序、免疫组织化学、流式细胞术、细胞谱系追踪	NA	RNA测序数据、免疫组织化学图像、流式细胞术数据	动物模型（小鼠）和人类溃疡性结肠炎患者的样本
952	2025-02-27	Deciphering the cellular and molecular landscape of pulmonary fibrosis through single-cell sequencing and machine learning 2025-Jan-02, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-06031-8 PMID:39748378	研究论文	本研究利用单细胞测序和机器学习技术，揭示了肺纤维化的复杂细胞和分子机制，旨在提高诊断准确性并发现潜在的治疗靶点	通过单细胞测序和机器学习分析，发现了与肺纤维化相关的新的基因特征和免疫细胞特征，并开发了具有更高精度的诊断模型	研究主要基于肺纤维化患者的肺组织样本，样本来源和数量可能限制了结果的普适性	揭示肺纤维化的细胞和分子机制，提高诊断准确性并发现潜在的治疗靶点	肺纤维化患者的肺组织样本	数字病理学	肺纤维化	单细胞测序	机器学习	基因表达数据	肺纤维化患者的肺组织样本
953	2025-02-26	Experimental Framework for Assessing Mouse Retinal Regeneration Through Single-Cell RNA-Sequencing 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4087-6_8 PMID:39240520	研究论文	本文介绍了一种通过单细胞RNA测序评估小鼠视网膜再生的实验框架	利用单细胞RNA测序技术增强了对Müller胶质细胞源性视网膜再生的理解，并提供了小鼠视网膜细胞制备的实验框架	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类视网膜再生	评估和促进视网膜再生，以治疗视网膜退行性疾病	小鼠视网膜细胞	生物信息学	视网膜退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	NA
954	2025-02-26	Single-Cell Transcriptome Sequencing and Analysis Provide a New Approach for the Treatment of Small Cell Neuroendocrine Carcinoma of the Cervix 2025, Neuroendocrinology IF:3.2Q2 DOI:10.1159/000542833 PMID:39602898	研究论文	本文首次对宫颈小细胞神经内分泌癌（SCNECC）进行了单细胞转录组测序，揭示了其细胞和分子景观，并筛选了临床预后的关键基因	首次对SCNECC进行单细胞转录组测序，揭示了其分子特征、起源和发病机制，并筛选了关键基因	样本量较小，仅包括一个SCNECC患者的肿瘤组织样本和一个健康宫颈组织样本	研究SCNECC的分子特征、起源和发病机制，为治疗提供新见解	宫颈小细胞神经内分泌癌（SCNECC）	数字病理学	宫颈癌	单细胞转录组测序（scRNA-Seq）	NA	单细胞转录组数据	一个SCNECC患者的肿瘤组织样本和一个健康宫颈组织样本
955	2025-02-26	Establishment of a Lactylation-Related Gene Signature for Hepatocellular Carcinoma Applying Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Analysis 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/3547543 PMID:39990773	研究论文	本研究旨在开发一个与乳酸化相关的基因特征（LRG）用于肝细胞癌（HCC），并通过批量RNA测序和单细胞RNA测序分析验证其预后价值	首次开发了一个基于乳酸化相关基因的HCC预后模型，并通过单细胞RNA测序揭示了这些基因在不同细胞类型中的表达模式	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外细胞实验，缺乏体内实验验证	开发并验证一个乳酸化相关基因特征用于HCC的预后评估和治疗靶点识别	肝细胞癌（HCC）	生物信息学	肝癌	批量RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO Cox回归模型、Riskscore模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及肿瘤和正常组织的对比分析
956	2025-02-26	Integrative multi-omics and machine learning identify a robust signature for discriminating prognosis and therapeutic targets in bladder cancer 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.105066 PMID:39991573	研究论文	本研究通过整合转录组学和蛋白质组学数据，分析了膀胱癌的预后基因，并建立了预后模型，旨在为膀胱癌治疗提供新的见解	整合多组学数据和机器学习方法，识别出膀胱癌的预后标志物和治疗靶点，构建了风险模型和列线图模型	样本量较小，仅使用了6个肿瘤组织和6个癌旁组织样本	分析膀胱癌的预后基因，建立预后模型，为膀胱癌治疗提供新的见解	膀胱癌肿瘤组织和癌旁组织	机器学习	膀胱癌	转录组学、蛋白质组学、蛋白质乙酰化测序、单细胞RNA测序	Cox回归分析、LASSO Cox回归	转录组数据、蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	6个膀胱癌肿瘤组织和6个癌旁组织样本，以及TCGA-BLCA和GSE13507数据集
957	2025-02-26	Single-Cell Sequencing Reveals PD-L1-Mediated Immune Escape Signaling in Lung Adenocarcinoma 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.103656 PMID:39991571	研究论文	本文通过单细胞测序技术揭示了肺腺癌中PD-L1介导的免疫逃逸信号机制	首次利用单细胞测序技术全面解析了肺腺癌中PD-L1介导的免疫逃逸机制，并鉴定了11个与PD-L1/PD-1免疫逃逸轴相关的差异表达基因	样本量较小，仅包含8名患者的肿瘤组织样本，可能限制了结果的普适性	研究肺腺癌中PD-L1介导的免疫逃逸机制，并开发预测和治疗靶点	肺腺癌患者的肿瘤组织样本	数字病理学	肺癌	单细胞测序，定量聚合酶链反应（qPCR）	NA	单细胞测序数据	8名肺腺癌患者的肿瘤组织样本，共分析了58,810个单细胞
958	2025-02-25	Metabolic Adaptations Rewire CD4 T Cells in a Subset-Specific Manner in Human Critical Illness with and without Sepsis 2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.27.635146 PMID:39975258	研究论文	本文研究了危重病患者的CD4 T细胞在代谢和免疫方面的功能特性，特别是在有和无败血症的情况下	研究发现CD4 T细胞在危重病中表现出增加的亚群特异性代谢可塑性，特别是调节性T细胞（Tregs）获得糖酵解能力，稳定了抑制性标志物FOXP3和TIGIT，并与临床疾病严重程度相关	研究中未明确这些代谢和免疫功能障碍是否在所有危重病患者中普遍存在，且样本量可能有限	探讨危重病患者的CD4 T细胞在代谢和免疫方面的功能特性，特别是在有和无败血症的情况下	危重病患者的CD4 T细胞，包括有和无败血症的患者，以及健康成年人	免疫学	败血症	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	危重病患者和健康成年人的CD4 T细胞样本
959	2025-02-25	Cigarette smoke and biological age induce degenerative heterogeneity in retinal pigment epithelium 2025-Jan-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.27.635096 PMID:39974955	研究论文	本文研究了香烟烟雾如何通过表观遗传变化诱导视网膜色素上皮（RPE）细胞的退化异质性，并加速老化过程	研究发现香烟烟雾通过表观遗传变化诱导RPE细胞的退化异质性，这种变化与老化不同，并且老化使RPE对香烟烟雾的损害更加敏感	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨香烟烟雾如何通过表观遗传变化诱导RPE细胞的退化异质性，并加速老化过程	年轻和老年小鼠的视网膜色素上皮（RPE）细胞	生物医学	老年性黄斑变性（AMD）	snRNA-seq, snATAC-seq, scRNA-seq, TUNEL标记	NA	单细胞RNA测序数据, 单细胞ATAC测序数据	年轻和老年小鼠的RPE/脉络膜组织
960	2025-02-25	Evaluation of T Cell Receptor Construction Methods from scRNA-Seq Data 2025-Jan-15, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae086 PMID:39666949	研究论文	本文评估了从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据构建T细胞受体（TCR）的不同方法，并引入了一种新的模拟器YASIM-scTCR	引入了一种新的模拟器YASIM-scTCR，能够生成包含不同测序深度和读长的TCR衍生序列的scTCR-seq数据	测序深度对成功构建TCR具有关键限制	评估从scRNA-seq数据构建TCR的不同方法的性能	T细胞受体（TCR）	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	scRNA-seq数据	实验性单细胞免疫分析数据集