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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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921 | 2025-03-08 |
Integrating genome-wide association studies and transcriptomics prioritizes drug targets for meningioma
2025, Brain communications
IF:4.1Q2
DOI:10.1093/braincomms/fcaf053
PMID:40046334
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研究论文 | 本研究通过整合全基因组关联研究(GWAS)和转录组学分析,揭示了脑膜瘤的病理基础并发现了新的药物靶点 | 利用总结数据为基础的孟德尔随机化(SMR)、共定位分析和孟德尔随机化方法,确定了四个关键治疗靶点,并通过分子对接识别了潜在调节剂 | NA | 揭示脑膜瘤的分子基础并发现新的药物靶点 | 脑膜瘤 | 精准肿瘤学 | 脑膜瘤 | GWAS, 转录组分析, SMR, 共定位分析, 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, 分子对接 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | NA |
922 | 2025-03-06 |
TIME-CoExpress: Temporal Trajectory Modeling of Dynamic Gene Co-expression Patterns Using Single-Cell Transcriptomics Data
2025-Jan-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.23.634392
PMID:39896591
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研究论文 | 本文提出了一种基于copula的方法,用于建模单细胞转录组数据中基因共表达的非线性变化 | 提出了一种新的copula方法,结合数据驱动的平滑函数,能够建模基因共表达的非线性变化,并考虑了单细胞RNA测序数据中的过离散和零膨胀特性 | NA | 研究单细胞转录组数据中基因共表达模式的时间轨迹建模 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNAseq) | copula模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA |
923 | 2025-03-06 |
A regularized Bayesian Dirichlet-multinomial regression model for integrating single-cell-level omics and patient-level clinical study data
2025-Jan-07, Biometrics
IF:1.4Q2
DOI:10.1093/biomtc/ujaf005
PMID:39887052
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研究论文 | 本文提出了一种正则化的贝叶斯狄利克雷-多项式回归模型,用于整合单细胞水平的组学数据和患者水平的临床研究数据 | 该模型采用了一种新颖的层次树结构,以在不同细胞类型水平上识别单细胞RNA测序数据与临床数据之间的关系 | 当前整合单细胞水平组学数据与临床变量的方法不足,本文提出的方法仍需进一步验证和优化 | 研究单细胞RNA测序数据与患者水平临床数据之间的关系 | 单细胞RNA测序数据和患者水平临床数据 | 生物信息学 | 肺纤维化, COVID-19, 非小细胞肺癌 | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯狄利克雷-多项式回归模型 | 单细胞RNA测序数据, 临床数据 | 涉及三种不同疾病的患者数据 |
924 | 2025-03-06 |
Matrix glycosaminoglycans and proteoglycans in human cornea organoids and similarities with fetal corneal stages
2025-Jan, The ocular surface
DOI:10.1016/j.jtos.2024.11.007
PMID:39615587
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研究论文 | 本研究通过诱导多能干细胞(iPSCs)开发了人类角膜类器官(HCOs),并通过单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析比较了其与人类胎儿角膜的相似性 | 首次使用单细胞RNA测序技术比较人类角膜类器官与胎儿角膜的发育阶段相似性,并评估了其成熟度 | 研究结果基于两种iPSC系生成的HCOs,样本量有限,且HCOs的成熟度仍需进一步优化 | 评估人类角膜类器官(HCOs)的发育成熟度及其与胎儿角膜的相似性 | 人类角膜类器官(HCOs)和胎儿角膜 | 生物医学工程 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫组织化学 | NA | RNA测序数据、组织切片图像 | 两种iPSC系生成的HCOs(IMR90.4和NCRM-1) |
925 | 2025-03-06 |
Deciphering novel mitochondrial signatures: multi-omics analysis uncovers cross-disease markers and oligodendrocyte pathways in Alzheimer's disease and glioblastoma
2025, Frontiers in aging neuroscience
IF:4.1Q2
DOI:10.3389/fnagi.2025.1536142
PMID:40018519
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了阿尔茨海默病和胶质母细胞瘤中的新型线粒体标志物和少突胶质细胞通路 | 首次使用10种机器学习算法分析单细胞转录组数据,识别出跨疾病的线粒体相关细胞特异性标志物,并验证了这些标志物在多种细胞类型中的表达和甲基化数据 | 当前研究缺乏有效代表阿尔茨海默病和胶质母细胞瘤中线粒体动力学的细胞特异性标志物 | 揭示阿尔茨海默病和胶质母细胞瘤中的分子机制,特别是涉及线粒体功能障碍的机制 | 阿尔茨海默病和胶质母细胞瘤患者 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病, 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 单核RNA测序 (snRNA-seq), DNA甲基化分析 | 机器学习算法 | 基因表达数据, 甲基化数据 | 来自ROSMAP、ADNI、TCGA和CGGA队列的阿尔茨海默病和胶质母细胞瘤患者的单细胞和单核RNA测序数据 |
926 | 2025-03-06 |
Single-cell RNA sequencing and spatial transcriptome analysis in bladder cancer: Current status and future perspectives
2025 Jan-Mar, Bladder cancer (Amsterdam, Netherlands)
DOI:10.1177/23523735251322017
PMID:40034247
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间转录组学(ST)在膀胱癌研究中的应用现状及未来展望 | 整合scRNA-seq和ST技术,深入分析膀胱癌的细胞异质性、基因表达及细胞间相互作用,揭示了肿瘤微环境的作用机制 | 技术限制和获取难度是未来临床应用需要解决的主要挑战 | 探讨scRNA-seq和ST在膀胱癌研究中的应用,以揭示肿瘤异质性和微环境的作用机制 | 膀胱癌 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),空间转录组学(ST) | NA | 基因表达数据 | NA |
927 | 2025-03-06 |
WCSGNet: a graph neural network approach using weighted cell-specific networks for cell-type annotation in scRNA-seq
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1553352
PMID:40034748
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研究论文 | 本文介绍了一种基于图神经网络的算法WCSGNet,用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释,利用加权细胞特异性网络来提高分类准确性 | WCSGNet首次利用加权细胞特异性网络(WCSNs)来捕捉单个细胞内的独特基因相互作用模式,从而提高了细胞类型分类的准确性 | 尽管WCSGNet在多种数据集上表现出色,但其在处理不平衡数据集时的优势仍需进一步验证 | 开发一种新的算法,用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 图神经网络(GNN) | 基因表达数据 | 多种数据集 |
928 | 2025-03-06 |
Weighted Gene Coexpression Network Analysis Identifies Neutrophil-Related Molecular Subtypes and Their Clinical Significance in Gastric Cancer
2025, Cancer management and research
IF:2.5Q3
DOI:10.2147/CMAR.S500215
PMID:40040634
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和加权基因共表达网络分析,识别了与中性粒细胞相关的胃癌分子亚型及其临床意义 | 识别了两种与中性粒细胞相关的胃癌分子亚型,并揭示了三个新的关键基因(VIM、RBMS1和RGS2)与胃癌预后的高度相关性 | 研究依赖于单细胞RNA测序数据,样本量和数据来源可能限制了结果的普适性 | 提高胃癌患者的预后,通过更准确的分子分型系统 | 胃癌患者 | 生物信息学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、加权基因共表达网络分析(hdWGCNA) | 随机生存森林分析 | RNA测序数据 | NA |
929 | 2025-03-06 |
Integrative Analysis of scRNA-Seq and Bulk RNA-Seq Identifies Plasma Cell Related Genes and Constructs a Prognostic Model for Hepatocellular Carcinoma
2025, Journal of hepatocellular carcinoma
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JHC.S509749
PMID:40040881
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研究论文 | 本文通过整合单细胞RNA测序(scRNA-Seq)和批量RNA测序(Bulk RNA-Seq)数据,识别了与肝细胞癌(HCC)发展相关的浆细胞相关基因,并构建了一个预后模型 | 首次通过整合scRNA-Seq和Bulk RNA-Seq数据,识别出浆细胞作为HCC发展的关键细胞群,并构建了一个基于浆细胞相关基因的八基因预后模型 | 研究主要依赖于生物信息学分析,实验验证部分仅限于体外细胞实验,缺乏体内实验验证 | 识别与HCC发展相关的关键细胞群及其机制,并构建预后模型以指导临床治疗 | 肝细胞癌(HCC)的肿瘤免疫微环境(TIME) | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq),批量RNA测序(Bulk RNA-Seq) | 预后模型 | RNA测序数据 | 正常组织和肿瘤组织的单细胞RNA测序数据,内部和外部数据集 |
930 | 2025-03-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals the impaired epidermal differentiation and pathological microenvironment in diabetic foot ulcer
2025, Burns & trauma
IF:6.3Q1
DOI:10.1093/burnst/tkae065
PMID:40040959
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,揭示了糖尿病足溃疡(DFU)中表皮分化受损和病理微环境的潜在机制 | 首次在单细胞水平上全面分析了DFU中表皮分化受损的潜在机制,并识别了两种可能在表皮稳态受损中起关键作用的角质形成细胞亚型 | 研究样本量有限,且未进行长期随访以验证治疗靶点的有效性 | 探索糖尿病足溃疡(DFU)中表皮分化受损和病理微环境的潜在机制 | 人类正常皮肤、急性伤口和DFU组织 | 数字病理学 | 糖尿病足溃疡 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、激光捕获显微镜结合RNA测序(LCM-seq)、多重免疫组化 | NA | RNA测序数据、图像数据 | 人类正常皮肤、急性伤口和DFU组织样本 |
931 | 2025-03-06 |
Identification of cancer-associated fibroblast signature genes for prognostic prediction in colorectal cancer
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1476092
PMID:40041860
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研究论文 | 本研究旨在鉴定与结直肠癌相关的成纤维细胞特征基因,并建立用于预后预测的CAFs风险模型 | 通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,识别出与CAFs相关的差异表达基因,并建立了一个高精度的预后预测模型 | 研究依赖于公开数据库的数据,可能受到数据质量和样本选择的限制 | 鉴定与结直肠癌相关的成纤维细胞特征基因,并建立用于预后预测的CAFs风险模型 | 结直肠癌患者 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),批量RNA测序(bulk RNA-seq),qRT-PCR | LASSO算法 | RNA测序数据 | 来自GEO和TCGA数据库的结直肠癌样本 |
932 | 2025-03-05 |
Role of pericytes in regulating penile angiogenesis and nerve regeneration
2025-Jan-01, Asian journal of andrology
IF:3.0Q1
DOI:10.4103/aja202455
PMID:39162179
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综述 | 本文综述了周细胞在调节阴茎血管生成和神经再生中的作用,特别是在糖尿病性和神经性勃起功能障碍(ED)中的具体机制 | 本文通过综述2000年至2023年PubMed上的研究成果,深入探讨了周细胞功能障碍在ED发病机制中的重要作用,为未来研究提供了新的方向 | 本文主要基于文献综述,缺乏原始实验数据支持,且对周细胞在ED中的具体机制仍需进一步研究 | 分析周细胞在勃起功能障碍(ED)中的具体作用,特别是糖尿病性和神经性ED | 周细胞及其在ED中的作用 | 生物医学 | 勃起功能障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 文献数据 | NA |
933 | 2025-03-05 |
Single-Cell Sequencing and Transcriptome Analysis Explored Changes in Midnolin-Related Immune Microenvironment and Constructed Combined Prognostic Model for Pancreatic Cancer
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S503326
PMID:40026303
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研究论文 | 本文通过单细胞测序和转录组分析探索了与midnolin相关的免疫微环境变化,并构建了胰腺癌的联合预后模型 | 首次结合MIDN表达、10个midnolin相关基因的预后模型和M1细胞浸润构建联合预后模型,为胰腺癌的免疫治疗提供了新视角 | 未明确说明样本量及具体实验细节 | 探索midnolin相关基因及免疫浸润细胞在胰腺癌预后中的价值,并构建联合预后模型 | 胰腺癌 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞测序, CIBERSORT, Cox回归, LASSO | 联合预后模型 | 单细胞数据, 转录组数据 | NA |
934 | 2025-03-05 |
Integration of Single Cell and Bulk RNA-Sequencing Reveals Key Genes and Immune Cell Infiltration to Construct a Predictive Model and Identify Drug Targets in Endometriosis
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S497643
PMID:40026309
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据,探索子宫内膜异位症的免疫机制和分子差异,并构建诊断和预测模型 | 首次整合单细胞和批量RNA测序数据,识别关键基因和免疫细胞浸润,构建高精度的预测模型并预测潜在药物靶点 | 研究样本量有限,且仅针对增殖期子宫内膜,未涵盖其他疾病阶段 | 探索子宫内膜异位症的免疫机制和分子差异,构建诊断和预测模型 | 子宫内膜异位症患者的增殖期子宫内膜和健康对照 | 数字病理学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序(RNA-seq)、RT-qPCR | LASSO回归 | 基因表达数据 | 子宫内膜异位症患者和健康对照的基因表达数据 |
935 | 2025-03-05 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Peripheral Immune Cell Senescence and Inflammatory Phenotypes in Patients with Premature Ovarian Failure
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S496130
PMID:40026314
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,揭示了早发性卵巢功能不全(POF)患者外周免疫细胞的衰老和炎症表型,并探讨了外周与卵巢局部免疫反应之间的相互作用 | 首次利用单细胞RNA测序技术详细描绘了POF患者的外周免疫微环境,并识别了与疾病相关的关键基因和细胞类型 | 样本量较小,仅包括3名健康个体和4名POF患者,可能限制结果的普遍性 | 探讨POF患者外周免疫微环境的复杂性及其与卵巢局部免疫反应的相互作用 | 早发性卵巢功能不全(POF)患者的外周血单核细胞(PBMCs) | 单细胞组学 | 早发性卵巢功能不全 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | 3名健康个体和4名POF患者的外周血单核细胞 |
936 | 2025-03-04 |
Prediction of Gene Regulatory Connections with Joint Single-Cell Foundation Models and Graph-Based Learning
2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.16.628715
PMID:39975293
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研究论文 | 本文提出了一种名为scRegNet的新框架,利用单细胞基础模型(scFMs)和联合图学习进行基因调控链接预测 | 结合大规模预训练模型和图学习方法,提出了一种新的基因调控链接预测框架scRegNet,并在多个基准数据集上实现了最先进的性能 | 监督学习方法需要大量已知的TF-DNA结合数据,这些数据通常实验成本高且数量有限 | 解决基因调控链接预测问题,通过基因级别的向量化表示预测缺失的调控相互作用 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据和转录因子-DNA结合数据(如ChIP-seq) | 机器学习 | NA | scRNA-seq, ChIP-seq | scFMs, 图学习 | 基因表达数据, 转录因子-DNA结合数据 | 七个scRNA-seq基准数据集 |
937 | 2025-03-04 |
CFTR High Expresser BEST4+ cells are pH-sensing neuropod cells: new implications for intestinal physiology and Cystic Fibrosis disease
2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.24.634747
PMID:39974899
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术,揭示了人类肠道中一种新型上皮细胞亚群BEST4+细胞,这些细胞在pH调节、GPCR酸感应受体、饱腹感、cGMP信号传导等方面具有特殊功能,并与囊性纤维化疾病相关 | 首次将BEST4+细胞与CFTR高表达细胞(CHE)亚群联系起来,并揭示了它们在肠道pH调节和囊性纤维化疾病中的潜在作用 | 研究主要基于大鼠模型,人类样本的验证仍需进一步研究 | 探讨BEST4+细胞在肠道生理和囊性纤维化疾病中的作用 | 人类和大鼠肠道中的BEST4+细胞 | 生物医学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | 大鼠肠道样本 |
938 | 2025-03-04 |
SpaIM: Single-cell Spatial Transcriptomics Imputation via Style Transfer
2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.24.634756
PMID:39975319
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研究论文 | 本文提出了一种名为SpaIM的创新风格迁移学习模型,利用单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据来预测空间转录组学(ST)数据中未测量的基因表达,从而提高基因覆盖率和表达 | SpaIM通过将scRNA-seq和ST数据分离为数据无关的内容和数据特定的风格,克服了数据稀疏性和基因覆盖率有限的问题,显著优于现有的12种方法 | NA | 利用scRNA-seq数据丰富空间转录组学(ST)数据,解决基因信号稀疏和基因检测能力有限的问题 | 空间转录组学(ST)数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 风格迁移学习模型 | 基因表达数据 | 53个不同的ST数据集,涵盖多种组织类型 |
939 | 2025-03-04 |
Isotope Encoded Spatial Biology Identifies Amyloid Plaque-Age-Dependent Structural Maturation, Synaptic Loss, and Increased Toxicity
2025-Jan-22, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5829037/v1
PMID:39975899
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研究论文 | 本研究通过质谱成像和稳定同位素标记技术,追踪了阿尔茨海默病中淀粉样斑块的形成和成熟过程 | 利用稳定同位素标记技术对淀粉样斑块进行时间标记,并结合空间转录组学,揭示了斑块年龄与基因表达变化的关系 | 研究仅限于小鼠模型,未涉及人类样本 | 阐明阿尔茨海默病中淀粉样斑块的形成和成熟过程 | 淀粉样斑块 | 空间生物学 | 阿尔茨海默病 | 质谱成像、稳定同位素标记、空间转录组学 | NA | 图像、基因表达数据 | 10至18个月大的小鼠 |
940 | 2025-03-02 |
Single-cell analysis of cerebrospinal fluid reveals common features of neuroinflammation
2025-Jan-21, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101733
PMID:39708811
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术,研究了不同炎症、感染和非炎症性神经系统疾病患者脑脊液中免疫细胞的功能特征 | 揭示了脑脊液在细胞组成和基因表达方面与外周血的区别,并发现不同神经炎症性疾病中脑脊液的细胞和转录景观具有显著的相似性 | 未明确提及样本量大小,可能限制了结果的广泛适用性 | 探索神经炎症中脑脊液免疫细胞的功能特征,以寻找多发性硬化症等疾病的新药物靶点 | 不同炎症、感染和非炎症性神经系统疾病患者的脑脊液 | 生物信息学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |