单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
901	2025-03-19	Multi-omics analysis reveals lysosome-associated molecular subtype characterization and prognostic modeling system in lung adenocarcinoma 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.105351 PMID:40092704	研究论文	本文通过多组学分析揭示了肺腺癌中与溶酶体相关的分子亚型特征，并构建了一个预后模型系统	首次通过多组学整合分析开发了基于溶酶体相关基因（LRGs）评分的肺腺癌预后风险分层系统，并验证了关键预后靶点SLC2A1的功能	研究主要依赖于TCGA和GEO数据库的数据，缺乏大规模临床样本的验证	探索溶酶体相关基因在肺腺癌中的作用，并构建预后风险分层系统	肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	多组学分析、单细胞测序、Western blotting、PCR、集落形成实验、Transwell实验	LASSO回归、单变量和多变量Cox分析	基因表达数据、单细胞测序数据	TCGA和GEO数据库中的肺腺癌样本
902	2025-03-19	Identification of M2 macrophage markers for predicting outcome and therapeutic response in osteosarcoma: Integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.104855 PMID:40092698	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，识别了骨肉瘤中M2巨噬细胞的标志物，并构建了风险评分模型，以预测患者的预后和免疫治疗反应	本研究首次通过整合单细胞和批量RNA测序数据，识别了骨肉瘤中M2巨噬细胞的标志物，并构建了风险评分模型，揭示了M2巨噬细胞在骨肉瘤发展中的作用及其与免疫治疗反应的关系	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制，且需要进一步实验验证	提高骨肉瘤患者免疫治疗的疗效，识别有效的生物标志物	骨肉瘤患者及其肿瘤微环境中的M2巨噬细胞	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	风险评分模型	RNA测序数据	来自GEO数据库的多个数据集
903	2025-03-19	Identification of glycolysis-related gene signatures for prognosis and therapeutic targeting in idiopathic pulmonary fibrosis 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1486357 PMID:40093327	研究论文	本研究通过分析特发性肺纤维化（IPF）中的糖酵解相关基因（GRGs），识别出与预后和治疗靶向相关的基因特征	首次系统地识别了IPF中的糖酵解相关基因，并构建了预后模型，揭示了这些基因在纤维化肺微环境中的免疫调节作用	研究主要基于公共数据集，实验验证仅限于小鼠模型，未进行大规模临床验证	探索IPF中糖酵解相关基因的作用及其作为预后和治疗靶点的潜力	特发性肺纤维化（IPF）患者和小鼠模型	生物信息学	肺纤维化	基因表达分析、LASSO回归、SVM-RFE、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫浸润分析、GSEA、GSVA、RT-qPCR	LASSO回归模型	基因表达数据	三个IPF基因表达数据集和一个小鼠模型
904	2025-03-19	Dehydrodiisoeugenol targets the PLK1-p53 axis to inhibit breast cancer cell cycle 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1545498 PMID:40093330	研究论文	本研究探讨了中药高良姜中的脱氢二异丁香酚（DHIE）通过调控PLK1-p53信号轴抑制乳腺癌细胞周期的机制	首次筛选并验证了高良姜中的DHIE作为主要抗乳腺癌活性成分，并通过多组学分析揭示了其通过PLK1-p53信号轴抑制乳腺癌细胞周期的机制	DHIE在不同亚型乳腺癌细胞中对p53的调控机制及其与其他化疗药物联合使用的优势仍需进一步探索	探索高良姜中主要抗乳腺癌活性成分及其作用机制	乳腺癌细胞及小鼠模型	癌症研究	乳腺癌	LC-MS、WGCNA、网络药理学、分子对接、转录组测序分析、免疫浸润分析、单细胞测序、CCK-8、流式细胞术、Western blot	NA	分子数据、细胞数据、动物模型数据	NA
905	2025-03-19	Current status and future perspectives of the diagnostic of plant bacterial pathogens 2025, Frontiers in plant science IF:4.1Q1 DOI:10.3389/fpls.2025.1547974 PMID:40093602	综述	本文综述了植物细菌病原体诊断的现状和未来展望，从基于培养的策略发展到无培养检测	介绍了微拉曼光谱技术在单细胞水平上快速、无标记、非侵入性地鉴别存活但不可培养的病原体的创新应用	光谱学方法在检测先前未知的植物病原体方面仍显不足	探讨植物细菌病原体诊断技术的发展及其应用前景	植物细菌病原体	植物病理学	NA	微拉曼光谱技术、单细胞测序、合成生物学	NA	光谱数据	NA
906	2025-03-19	From Gene to Intervention: NLRC4 and WIPI1 Regulate Septic Acute Lung Injury Through Autophagy 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S510691 PMID:40093959	研究论文	本研究探讨了NLRC4和WIPI1通过自噬调节脓毒症急性肺损伤（SALI）的分子机制	首次揭示了NLRC4和WIPI1在SALI中的关键作用，并通过自噬调节机制提供了新的治疗靶点	研究主要依赖于体外和动物模型，尚未在人类临床试验中验证	探索自噬在脓毒症急性肺损伤中的分子机制及其治疗潜力	脓毒症急性肺损伤（SALI）	分子生物学	脓毒症	流式细胞术、免疫荧光、qPCR、Western Blotting、siRNA	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	两个微阵列数据集（GSE33118和GSE131761）和三个单细胞测序数据集（SCP43、SCP548和SCP2156）
907	2025-03-19	The aggrephagy-related gene TUBA1B influences clinical outcomes in glioma patients by regulating the cell cycle 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1531465 PMID:40094001	研究论文	本研究探讨了与聚集自噬相关的基因TUBA1B如何通过调控细胞周期影响胶质瘤患者的临床结果	首次将TUBA1B基因与胶质瘤的聚集自噬亚型联系起来，并验证了其作为独立预后标志物的潜力	研究主要依赖于公共数据库的数据，缺乏多中心验证	阐明胶质瘤的潜在机制并识别新的生物标志物以改善治疗策略和预后模型	胶质瘤患者	数字病理学	胶质瘤	单细胞测序、qRT-PCR、体外功能实验、小鼠异种移植模型	机器学习、多变量Cox回归	基因表达数据、临床数据	来自TCGA、CGGA和GEO数据库的胶质瘤数据集
908	2025-03-16	Spatial Transcriptomics in Inflammatory Skin Diseases Using GeoMx Digital Spatial Profiling: A Practical Guide for Applications in Dermatology 2025-Jan, JID innovations : skin science from molecules to population health DOI:10.1016/j.xjidi.2024.100317 PMID:39559817	研究论文	本文讨论了使用NanoString的GeoMx数字空间分析仪进行炎症性皮肤疾病转录组空间分析的技术和用户体验概述	提供了制造商指南中未涵盖的RNA捕获优化方法和潜在陷阱，并通过具体实验示例展示了这些策略	NA	探讨数字空间分析在炎症性皮肤疾病中的应用，为其他皮肤生物学研究者提供框架	炎症性皮肤疾病，包括银屑病、扁平苔藓和盘状红斑狼疮	数字病理学	炎症性皮肤疾病	GeoMx数字空间分析	NA	转录组数据	NA
909	2024-12-15	Author Correction: Dissection of artifactual and confounding glial signatures by single-cell sequencing of mouse and human brain 2025-Jan, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01855-5 PMID:39672966	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
910	2025-03-15	Integrated analysis of single-cell and bulk transcriptomes uncovers clinically relevant molecular subtypes in human prostate cancer 2025-Jan-30, Chinese journal of cancer research = Chung-kuo yen cheng yen chiu DOI:10.21147/j.issn.1000-9604.2025.01.07 PMID:40078560	研究论文	本文通过整合单细胞和批量转录组数据，揭示了人类前列腺癌中临床相关的分子亚型	整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，建立了一个分子分类系统，揭示了前列腺癌的分子亚型及其临床意义	样本量相对较小，特别是CRPC肿瘤的样本数量有限	揭示前列腺癌的分子亚型及其临床意义，以促进精准肿瘤学的发展	前列腺癌组织和正常前列腺组织	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	无监督聚类分析	转录组数据	10个未经治疗的原发性前列腺癌组织，3个正常前列腺组织，2个未经治疗的原发性前列腺癌组织，6个CRPC肿瘤
911	2025-03-14	Portable-CELLxGENE: standalone executables of CELLxGENE for easy installation 2025, GigaByte (Hong Kong, China) DOI:10.46471/gigabyte.151 PMID:40070474	研究论文	本文介绍了Portable-CELLxGENE，一个易于安装和运行的CELLxGENE独立版本，旨在为非生物信息学家提供便利	Portable-CELLxGENE通过图形界面简化了安装和运行过程，使非生物信息学家能够独立进行单细胞转录组数据分析	未提及具体的技术限制或性能问题	为非生物信息学家提供易于使用的单细胞转录组数据分析工具	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组分析	NA	单细胞转录组数据	NA
912	2025-03-13	Deconvolution and Phylogeny Inference of Diverse Variant Types Integrating Bulk DNA-seq with Single-cell RNA-seq 2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.24.634791 PMID:39975330	研究论文	本文提出了一种结合批量DNA测序和单细胞RNA测序数据的方法TUSV-int，用于去卷积和系统发育推断，以解析肿瘤克隆结构	TUSV-int方法通过整合批量DNA测序和单细胞RNA测序数据，能够同时处理单核苷酸变异、拷贝数变异和结构变异，提高了克隆结构的解析能力	尽管TUSV-int在解析克隆结构方面表现出色，但单细胞DNA测序的高成本和技术挑战仍然限制了其在大规模队列中的常规使用	研究目的是开发一种能够整合多种基因组技术的方法，以更好地解析肿瘤克隆结构和突变历史	研究对象为肿瘤基因组数据，特别是单核苷酸变异、拷贝数变异和结构变异	基因组学	乳腺癌	批量DNA测序（DNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	整数线性规划（ILP）	DNA测序数据、RNA测序数据	NA
913	2025-03-13	The tumor coagulome as a potential biological determinant of postsurgical recurrence of oral squamous cell carcinoma 2025, Frontiers in oral health IF:3.0Q1 DOI:10.3389/froh.2025.1554739 PMID:40065838	研究论文	本研究探讨了肿瘤凝血组作为口腔鳞状细胞癌（OSCC）术后复发的潜在生物学决定因素	首次将肿瘤凝血组与OSCC术后复发联系起来，并识别了与复发相关的七个凝血相关基因	研究主要依赖于转录组数据分析，未进行实验验证	研究肿瘤凝血组在OSCC术后复发中的作用	口腔鳞状细胞癌（OSCC）患者	数字病理学	口腔癌	RNA-seq	机器学习	转录组数据	TCGA等来源的85个基因的RNA-seq数据
914	2025-03-13	Augmenting the human interactome for disease prediction through gene networks inferred from human cell atlas 2025, Animal cells and systems IF:2.5Q1 DOI:10.1080/19768354.2025.2472002 PMID:40066175	研究论文	本文介绍了一种名为scNET的框架，用于从单细胞转录组数据中推断细胞类型特异性的共表达网络，并展示了其在增强人类相互作用组以更准确预测疾病基因方面的应用	开发了scNET框架，通过dropout填补、元细胞形成和数据转换等方法解决了单细胞数据推断网络时的噪声和稀疏性问题，显著提高了疾病基因预测的准确性	虽然scNET框架在数据预处理方面有所改进，但单细胞数据的噪声和稀疏性仍然是挑战，且需要进一步验证其在不同数据集上的普适性	通过从单细胞基因表达数据中推断细胞类型特异性的共表达网络，增强人类相互作用组，以提高疾病基因预测的准确性	单细胞转录组数据	网络医学	NA	单细胞转录组测序	scNET	单细胞基因表达数据	覆盖多种细胞类型和组织的单细胞图谱数据，整合了超过850K的推断链接
915	2025-03-12	Subepicardial adipose genes contribute to the deterioration of heart failure preserved ejection fraction 2025, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2025.1501397 PMID:40060963	研究论文	本研究探讨了内脏脂肪细胞基因对心力衰竭保留射血分数（HFpEF）恶化的影响，并通过单细胞测序数据、细胞系和人类样本验证了关键基因的表达	通过Venn图和蛋白质-蛋白质相互作用网络筛选出与内脏脂肪细胞相关的差异表达基因，并验证了这些基因在HFpEF患者中的表达及其对细胞衰老的影响	研究主要依赖于生物信息学分析和体外实验，缺乏大规模的临床验证	探讨内脏脂肪细胞基因在HFpEF恶化中的作用，并寻找潜在的治疗靶点	内脏脂肪细胞基因、HFpEF患者的心肌细胞和纤维细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞测序、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	人类样本、细胞系
916	2025-03-12	scLTNN: an innovative tool for automatically visualizing single-cell trajectories 2025, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbaf033 PMID:40061870	研究论文	本文介绍了一种名为scLTNN的创新工具，用于自动可视化单细胞轨迹	结合人工神经网络和分布模型，创建了scLTNN工具，能够自动推断细胞的起源和终端状态，并以最小的计算资源和时间准确描绘细胞发育轨迹	NA	开发一种新的工具，用于自动推断和可视化单细胞RNA测序数据中的细胞命运轨迹	人类骨髓细胞、小鼠胰腺内分泌谱系和斑马鱼胚胎的轴向中胚层谱系	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	人工神经网络	单细胞RNA测序数据	人类骨髓细胞、小鼠胰腺内分泌谱系和斑马鱼胚胎的轴向中胚层谱系
917	2025-03-12	Application of Spatial Omics in the Cardiovascular System 2025, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0628 PMID:40062231	综述	本文探讨了空间组学技术在心血管系统研究中的应用，包括空间转录组学、空间蛋白质组学、空间代谢组学、空间基因组学和空间表观组学	空间组学技术的应用为心血管疾病的分子和细胞基础提供了更深入的见解，并强调了其在心血管科学中的关键贡献	未具体提及研究的局限性	探讨空间组学技术在心血管疾病研究中的应用及其对精准医学、靶向治疗和个性化治疗的贡献	心血管系统	生物信息学	心血管疾病	空间转录组学、空间蛋白质组学、空间代谢组学、空间基因组学、空间表观组学	NA	多组学数据	NA
918	2025-03-09	AI applications in HIV research: advances and future directions 2025, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2025.1541942 PMID:40051479	综述	本文探讨了人工智能（AI）在HIV研究中的应用进展及未来方向	整合AI与单细胞测序等技术，实现精确生物标志物识别和改进治疗靶向	数据限制和模型可解释性等挑战	探索AI技术在HIV研究中的应用进展	人类免疫缺陷病毒1型（HIV-1）和获得性免疫缺陷综合征（AIDS）	医学研究	HIV/AIDS	单细胞测序	NA	NA	NA
919	2025-03-08	iDog: a multi-omics resource for canids study 2025-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1031 PMID:39526388	研究论文	iDog是一个为家犬和野生犬科动物研究设计的综合公共资源，整合了多组学数据，为全球犬类研究社区提供数据服务	iDog 2.0显著增加了基因组样本数量，包括来自1929个现代样本的29.55百万个单核苷酸多态性（SNPs）和16.54百万个插入/缺失（InDels），以及来自111个古代犬科样本的29.09百万个SNPs，并新增了13个分析工具	NA	为全球犬类研究社区提供综合的多组学数据资源	家犬（Canis lupus familiaris）和野生犬科动物	生物信息学	NA	多组学数据分析	NA	基因组数据、基因表达数据、单细胞转录组数据、DNA甲基化数据、染色质可及性数据	1929个现代样本、111个古代样本、105057个Beagle海马细胞、547个DNA甲基化样本、87个染色质可及性样本
920	2025-03-08	The role of tenascin-C in tumor microenvironments and its potential as a therapeutic target 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1554312 PMID:40046232	综述	本文综述了Tenascin-C（TNC）在肿瘤微环境（TME）中的多方面作用及其作为治疗靶点的潜力	整合了单细胞测序和空间组学的最新进展，提出了利用TNC进行个性化癌症治疗的创新策略	未提及具体的研究样本量或实验数据	探讨TNC在不同肿瘤微环境中的作用及其作为癌症预后生物标志物和治疗靶点的潜力	Tenascin-C（TNC）及其在肿瘤微环境中的相互作用	肿瘤生物学	癌症	单细胞测序，空间组学	NA	NA	NA