单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
901	2025-05-03	Berberine Inhibited SASP-Related Inflammation through RXRα/PPARγ/NEDD4 Pathway in Atherosclerosis 2025, The American journal of Chinese medicine DOI:10.1142/S0192415X25500107 PMID:39829230	研究论文	该研究探讨了小檗碱通过RXRα/PPARγ/NEDD4通路抑制动脉粥样硬化中SASP相关炎症的机制	首次揭示小檗碱通过RXRα/PPARγ/NEDD4信号通路抑制动脉粥样硬化中SASP相关炎症的具体分子机制	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，尚未在人体临床试验中验证	探究小檗碱治疗动脉粥样硬化的分子机制	ApoE敲除小鼠、RAW264.7细胞和腹膜巨噬细胞来源的泡沫细胞	分子生物学	心血管疾病	单细胞测序、Smart-seq分析、慢病毒介导的基因敲除	动物模型（ApoE敲除小鼠）和细胞模型（RAW264.7细胞）	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明样本数量，但涉及小鼠模型和两种细胞系
902	2025-05-03	Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Cellular Origin and Evolution of Small-Cell Neuroendocrine Carcinoma of the Cervix 2025-Jan, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.70183 PMID:39831355	研究论文	通过单细胞RNA测序和全外显子测序，研究宫颈小细胞神经内分泌癌的细胞起源和进化	首次在单细胞分辨率下提供了宫颈小细胞神经内分泌癌的细胞组成、HPV感染相关特征和基因表达谱的全面见解	样本量较小，仅包括两名患者的数据	探索宫颈小细胞神经内分泌癌的细胞异质性、起源和肿瘤发生轨迹	宫颈小细胞神经内分泌癌患者肿瘤组织和邻近正常宫颈组织	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序, 全外显子测序, bulk RNA-seq	NA	RNA测序数据	两名患者的肿瘤组织和邻近正常组织
903	2025-05-03	Single-cell landscape of the intrahepatic ecosystem in alcohol-related liver disease 2025-Jan, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70198 PMID:39834100	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了酒精相关肝病（ALD）患者肝组织中的细胞生态系统变化	发现了ALBKRT7上皮细胞群，该细胞群具有干细胞特性和恶性转化潜能，并通过Wnt/β-catenin信号通路促进肿瘤生长	研究未涉及ALBKRT7上皮细胞群在ALD不同阶段的详细分子机制	探究酒精相关肝病的分子机制及恶性转化过程	酒精相关肝病患者和健康肝捐赠者的肝组织	单细胞测序	酒精相关肝病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	酒精相关肝病患者和健康肝捐赠者的肝组织样本
904	2025-05-03	Unveiling the mechanism of micro-and-nano plastic phytotoxicity on terrestrial plants: A comprehensive review of omics approaches 2025-Jan, Environment international IF:10.3Q1 DOI:10.1016/j.envint.2025.109257 PMID:39818003	综述	本文综述了微纳米塑料（MNPs）对陆地植物的毒性机制，重点介绍了组学技术在此领域的应用	整合了多种组学技术（如蛋白质组学、代谢组学、转录组学和微生物组学）以及新兴技术（如4D组学、表型组学、空间转录组学和单细胞组学）来揭示MNPs对植物的生理、分子和细胞响应	MNPs对植物的毒性机制仍不完全清楚，且其影响受多种因素（如大小、形状、功能基团和浓度）的复杂调控	阐明MNPs对陆地植物的毒性机制，并探讨减轻MNPs对植物健康影响的策略	陆地植物	环境科学	NA	蛋白质组学、代谢组学、转录组学、微生物组学、4D组学、表型组学、空间转录组学、单细胞组学	NA	组学数据	NA
905	2025-05-03	scRNA-Seq-Based Transcriptome Profiling and Relevant Bioinformatics Approaches to Uncover Novel Insights in Studying Human Spermatogenesis 2025, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-3-031-82990-1_9 PMID:40301258	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探究人类精子发生过程中的转录组变化及其在病理条件下的表现	揭示了支持细胞在精子发生中的关键作用，并识别了病理条件下支持细胞功能的显著破坏	未提及样本量大小，可能限制结果的普遍性	探究人类精子发生的细胞和分子机制，识别潜在的生物标志物和治疗靶点	人类精子发生过程中的细胞，特别是支持细胞和间质细胞	生物信息学	男性不育症	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
906	2025-05-03	Single Cell Transcriptomics Genomics Based on Machine Learning Algorithm: Constructing and Validating Neutrophil Extracellular Trap Gene Model in COPD 2025, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S516139 PMID:40308227	研究论文	本研究基于单细胞转录组学和机器学习算法，构建并验证了COPD患者中中性粒细胞胞外诱捕网（NET）特征基因模型	首次针对吸烟与非吸烟COPD患者分别构建了NET特征基因模型（模型A和模型B），并验证了其诊断效能	样本量未明确说明，外部验证的广泛性可能不足	识别不同COPD患者的NET特征基因，为个性化治疗提供基础	COPD患者与非COPD个体的中性粒细胞	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病（COPD）	单细胞RNA测序	机器学习算法（具体类型未说明）	RNA测序数据	未明确说明（包含COPD与非COPD个体）
907	2025-05-03	The suppressive role of GLS in radiosensitivity and irradiation-induced immune response in LUAD: integrating bioinformatics and experimental insights 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1582587 PMID:40308578	研究论文	本研究通过整合生物信息学和实验方法，探讨了GLS在肺腺癌放射敏感性和放射诱导免疫反应中的抑制作用	揭示了GLS通过调节铁死亡和重塑免疫景观（特别是增强CD8+ T细胞毒性）在放射治疗中的双重调控作用，并开发了具有预测价值的GLS-DSBr模型	研究主要聚焦于肺腺癌，其他癌症类型的适用性需要进一步验证	阐明GLS在肺腺癌放射敏感性和放射诱导免疫反应中的调控机制及其临床价值	肺腺癌细胞和肿瘤微环境	数字病理学	肺癌	RNA-seq、单细胞转录组学、流式细胞术	机器学习模型	转录组数据	2,066例LUAD患者数据
908	2025-05-03	The single-cell atlas of short-chain fatty acid receptors in human and mice hearts 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1538384 PMID:40308581	研究论文	本文通过单细胞RNA测序数据揭示了人类和小鼠心脏中短链脂肪酸受体FFAR2/3的分布图谱	首次在单细胞分辨率下绘制了人类和小鼠心脏中FFAR2/3的完整分布图谱，包括正常和梗死心脏	研究主要基于公共数据库数据，缺乏实验验证	阐明短链脂肪酸受体FFAR2/3在心脏细胞中的分布及其潜在机制	人类和小鼠心脏细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 单核RNA测序(snRNA-seq)	NA	RNA测序数据	18个公共单细胞RNA测序数据集(人类和小鼠心脏)
909	2025-05-03	Multi-omics landscape of alternative splicing in diffuse midline glioma reveals immune- and neural-driven subtypes with implications for spliceosome-targeted therapy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1587009 PMID:40308585	research paper	该研究通过多组学分析揭示了H3K27改变的弥漫性中线胶质瘤（DMG）中的选择性剪接景观，并识别了与免疫和神经相关的亚型	首次全面分析了DMG中的选择性剪接变化，并提出了基于RNA结合蛋白的DMG分类方法，同时鉴定出RALYL作为潜在的关键调控因子	研究主要基于细胞系和已发表数据集，缺乏直接的患者样本验证	探索H3K27改变的DMG中选择性剪接的作用及其对治疗策略的潜在影响	H3WT和H3K27改变的DMG细胞系	digital pathology	glioma	RNA-seq, scRNA-seq	NA	transcriptomic data	患者来源的细胞系和已发表的RNA-seq及scRNA-seq数据集
910	2025-05-03	Artificial intelligence-assisted RNA-binding protein signature for prognostic stratification and therapeutic guidance in breast cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1583103 PMID:40308601	研究论文	本研究开发了一种基于人工智能的RNA结合蛋白特征模型（AIRS），用于乳腺癌的预后分层和治疗指导	首次利用人工智能技术结合RNA结合蛋白基因（PGK1、MPHOSPH10、MAP2K6）构建预后模型，并整合基因组、转录组和单细胞数据进行分析	需要在更多样化的人群中进行验证，并扩展功能分析	提高乳腺癌预后准确性并指导个性化治疗	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	机器学习、单细胞转录组分析	AIRS模型（基于108种机器学习模型组合）	基因组数据、转录组数据、单细胞数据	14个乳腺癌队列（超过9000名患者）
911	2025-05-03	SUMOylation substrate encoding genes as prognostic biomarkers in pancreatic ductal adenocarcinoma with functional assessment of SAF-B2 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1532658 PMID:40308776	研究论文	本研究探讨了SUMOylation在胰腺导管腺癌(PDAC)中的预后意义，并开发了一个基于SUMOylation底物编码基因的预后模型Sscore	首次构建了基于SUMOylation底物编码基因的PDAC预后模型Sscore，并鉴定出SAFB2作为潜在肿瘤抑制因子	研究主要基于公共数据库和体外实验，缺乏体内实验验证	探究SUMOylation在PDAC中的预后价值并开发新的预后工具	胰腺导管腺癌(PDAC)组织和细胞系	肿瘤学	胰腺癌	Western blot、单细胞RNA测序、LASSO和Cox回归分析	Sscore预后模型	基因表达数据、蛋白质数据	TCGA和GTEx数据库中的PDAC样本及体外培养的PDAC细胞系
912	2025-05-03	Unveiling the Immune Landscape of Delirium through Single-Cell RNA Sequencing and Machine Learning: Towards Precision Diagnosis and Therapy 2025-Jan, Psychogeriatrics : the official journal of the Japanese Psychogeriatric Society IF:1.7Q3 DOI:10.1111/psyg.13233 PMID:39814058	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习揭示了术后谵妄的免疫景观，探索了PI3K-Akt信号通路下游基因作为潜在生物标志物的可能性	首次结合单细胞RNA测序和机器学习方法，系统分析了术后谵妄患者外周血中PI3K-Akt信号通路相关基因的表达特征	样本量相对较小(30例患者和30例对照)，需要在更大规模队列中验证结果	寻找术后谵妄的预测和诊断生物标志物，并探索潜在治疗策略	术后谵妄患者的外周血样本和特定免疫细胞亚群	数字病理学	老年疾病	bulk RNA测序, 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 实时定量PCR(RT-qPCR)	六种机器学习模型(未具体说明)	RNA测序数据	60人(30例术后谵妄患者和30例健康对照)
913	2025-05-02	Promising Nanoparticles-Based Oral Therapy for Effective Inhibition of Hepatocellular Carcinoma with Portal Vein Tumor Thrombus 2025-Jan-29, Nano letters IF:9.6Q1 DOI:10.1021/acs.nanolett.4c05798 PMID:39808085	research paper	开发了一种基于纳米颗粒的口服疗法，用于有效抑制伴有门静脉癌栓的肝细胞癌	利用CaCO@PDA纳米颗粒封装多柔比星盐酸盐和低分子量肝素，靶向肿瘤血栓微环境，提高口服给药效率	NA	开发一种方便、简单、生物安全且提高患者依从性的口服药物递送系统，用于治疗伴有门静脉癌栓的肝细胞癌	肝细胞癌（HCC）患者，特别是伴有门静脉癌栓（PVTT）的患者	NA	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
914	2025-05-02	High cellular plasticity state of medulloblastoma local recurrence and distant dissemination 2025-Jan-21, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101914 PMID:39809264	研究论文	该研究通过单细胞/核RNA测序、单核转座酶可及染色质测序和空间转录组学分析，揭示了髓母细胞瘤复发和扩散过程中的细胞多样性和遗传特征	发现了一种名为'高细胞可塑性（HCP）'的亚群，该亚群在髓母细胞瘤进展过程中出现，并与复发相关	研究主要基于临床前模型，尚未在人类临床试验中验证	理解髓母细胞瘤复发和扩散的细胞多样性、染色体改变和生物动力学	髓母细胞瘤（SHH和Group_3亚组）的局部复发和扩散病灶	数字病理学	髓母细胞瘤	sc/snRNA-seq, snATAC-seq, 空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据、染色质可及性数据、空间转录组数据	未明确说明样本数量，但涉及SHH和Group_3亚组的髓母细胞瘤样本
915	2025-05-02	De novo root regeneration from leaf explant: a mechanistic review of key factors behind cell fate transition 2025-Jan-14, Planta IF:3.6Q1 DOI:10.1007/s00425-025-04616-1 PMID:39808280	综述	本文综述了从叶片外植体进行新生根再生的机制，重点探讨了细胞命运转变的关键因素	提出了更新的新生根再生模型，包括基因调控网络，并探讨了特殊细胞、活性氧、乙烯和茉莉酸在其中的作用	这些假设的特殊细胞的信号机制需要进一步研究，以完全理解新生根再生的机制	探讨新生根再生的细胞和分子框架，特别是在拟南芥叶片外植体中的应用	拟南芥叶片外植体	植物生物学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	NA
916	2025-05-02	Single cell transcriptomics in blood of patients with chronic obstructive pulmonary disease 2025-Jan-14, BMC pulmonary medicine IF:2.6Q2 DOI:10.1186/s12890-024-03475-y PMID:39810158	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析慢性阻塞性肺疾病患者外周血中的基因表达差异	首次在慢性阻塞性肺疾病患者外周血中使用单细胞RNA测序技术，揭示了单核细胞/巨噬细胞中的基因表达差异	样本量较小（7名健康对照和8名COPD患者），可能影响结果的普遍性	研究慢性阻塞性肺疾病患者外周血中的基因表达差异	慢性阻塞性肺疾病患者和健康对照者的外周血单核细胞	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	7名健康对照和8名COPD患者的外周血样本
917	2025-05-02	Single-cell transcriptomics unveils multifaceted immune heterogeneity in early-onset versus late-onset cervical cancer 2025-Jan-14, World journal of surgical oncology IF:2.5Q1 DOI:10.1186/s12957-025-03654-z PMID:39810181	研究论文	通过单细胞转录组学分析，揭示了早发性和晚发性宫颈癌在免疫异质性方面的多重差异	首次在单细胞水平上比较了早发性和晚发性宫颈癌的免疫架构，揭示了两种亚型在免疫细胞表型和功能上的显著差异	样本量较小（仅4例EOCC和4例LOCC样本），可能影响结果的普遍性	探究早发性和晚发性宫颈癌的免疫异质性	早发性宫颈癌（EOCC）和晚发性宫颈癌（LOCC）患者的肿瘤组织	单细胞转录组学	宫颈癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	4例EOCC和4例LOCC样本
918	2025-05-02	Metabolically activated and highly polyfunctional intratumoral VISTA+ regulatory B cells are associated with tumor recurrence in early-stage NSCLC 2025-Jan-14, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02209-2 PMID:39810191	research paper	该研究探讨了非小细胞肺癌（NSCLC）肿瘤微环境（TME）中B细胞的表型、生物能量学及其与T细胞的相互作用	首次揭示了VISTA Bregs在NSCLC中的代谢活化和高度多功能性，及其与肿瘤复发的关联	研究样本量未明确提及，且机制研究仍需进一步验证	探究NSCLC中B细胞的表型特征、代谢状态及其与T细胞的相互作用	非小细胞肺癌（NSCLC）患者的肿瘤微环境中的B细胞和T细胞	肿瘤免疫学	肺癌	多色流式细胞术、质谱流式细胞术、空间转录组学、靶向液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）	NA	细胞表型数据、代谢数据、空间转录组数据	NA
919	2025-05-02	SenPred: a single-cell RNA sequencing-based machine learning pipeline to classify deeply senescent dermal fibroblast cells for the detection of an in vivo senescent cell burden 2025-Jan-14, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-024-01418-0 PMID:39810225	研究论文	介绍了一种基于单细胞RNA测序的机器学习流程SenPred，用于分类深度衰老的皮肤成纤维细胞，以检测体内衰老细胞负担	开发了SenPred流程，利用单细胞转录组数据准确预测成纤维细胞衰老，特别是在3D培养条件下提高了体内衰老细胞的检测能力	模型仅适用于人类皮肤成纤维细胞的衰老检测，对肺成纤维细胞或全皮肤样本的衰老检测效果不佳	开发一个机器学习流程来准确检测和分类衰老的成纤维细胞	深度衰老的皮肤成纤维细胞	数字病理学	老年疾病	scRNA-seq	机器学习流程	单细胞转录组数据	2D和3D培养的深度衰老成纤维细胞的scRNA-seq数据
920	2025-05-02	Integrative analysis of Ewing's sarcoma reveals that the MIF-CD74 axis is a target for immunotherapy 2025-Jan-13, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-024-02020-y PMID:39800691	研究论文	通过整合分析尤文肉瘤，发现MIF-CD74轴是免疫治疗的潜在靶点	揭示了MIF-CD74轴作为免疫治疗新靶点的重要性，并通过MIF阻断重塑肿瘤免疫微环境	研究主要基于单细胞RNA测序和人类化模型，临床前模型的转化效果尚需进一步验证	寻找尤文肉瘤的免疫治疗新靶点	尤文肉瘤及其免疫微环境中的细胞群	肿瘤免疫学	尤文肉瘤	单细胞RNA测序、细胞功能实验、人类化模型	NA	基因表达数据、细胞功能数据	未明确提及具体样本数量，但涉及配对样本分析