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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 881 | 2025-10-06 |
Integrated machine learning and single-cell RNA sequencing reveal COL4A2 and CXCL6 as oxidative stress-associated biomarkers in periodontitis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1598642
PMID:40539067
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研究论文 | 通过整合机器学习与单细胞RNA测序技术,鉴定COL4A2和CXCL6作为牙周炎氧化应激相关生物标志物 | 首次结合机器学习算法与单细胞RNA测序技术系统筛选牙周炎氧化应激相关关键基因,并明确其在细胞亚群中的特异性表达 | 研究主要基于公共数据库数据,实验验证仅限于大鼠模型,需要进一步临床验证 | 探索氧化应激与牙周炎发病机制的关联,识别潜在诊断生物标志物和治疗靶点 | 牙周炎患者牙龈组织转录组数据及牙周炎大鼠模型 | 生物信息学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序, 差异表达分析, WGCNA, GSEA, GO/KEGG富集分析 | 机器学习算法 | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 牙周炎患者和对照者牙龈组织样本,牙周炎大鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 882 | 2025-10-06 |
Single-cell sequencing reveals dysregulated cell type perturbations and critical mediator communication remodelling in colorectal cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1557564
PMID:40539065
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研究论文 | 通过单细胞测序揭示结直肠癌中细胞类型扰动和关键介质通讯重塑 | 识别了具有增殖和侵袭特征的上皮亚群及终末状态髓系细胞ActMono,发现半乳糖凝集素信号在免疫调控中的关键作用,建立了基于分泌性免疫细胞相关基因的预后模型 | 样本量相对有限(41个CRC样本),部分发现需进一步体内验证 | 研究结直肠癌的细胞异质性和免疫微环境,识别关键细胞亚群、功能通路和预后生物标志物 | 结直肠癌患者组织样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组测序 | 预后模型(CRS) | 单细胞转录组数据 | 41个结直肠癌样本(来自四个数据集) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 883 | 2025-10-06 |
Cellular hierarchy framework based on single-cell and bulk RNA sequencing reveals fatty acid metabolic biomarker MYDGF as a therapeutic target for ccRCC
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1615601
PMID:40539074
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学分析发现MYDGF是透明细胞肾细胞癌中促进肿瘤进展的关键脂肪酸代谢生物标志物 | 首次从脂肪酸代谢重编程角度系统阐明ccRCC的细胞层级结构,并鉴定出MYDGF作为关键致癌生物标志物 | NA | 探索脂肪酸代谢重编程对ccRCC异质性和预后的影响,并寻找治疗靶点 | 透明细胞肾细胞癌(ccRCC)患者样本和细胞系 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量RNA测序 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量RNA测序 | NA | NA |
| 884 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA seq data analysis reveals molecular markers and possible treatment targets for laryngeal squamous cell carcinoma (LSCC): an in-silico approach
2025, In silico pharmacology
DOI:10.1007/s40203-025-00382-w
PMID:40539082
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序数据分析喉鳞状细胞癌的分子标志物和潜在治疗靶点 | 首次利用单细胞RNA测序技术系统分析喉鳞状细胞癌的细胞异质性,识别出12个细胞簇和20个核心基因 | 基于生物信息学分析方法,缺乏实验验证 | 探索喉鳞状细胞癌的诊断生物标志物和治疗靶点 | 喉鳞状细胞癌患者样本 | 生物信息学 | 喉癌 | 单细胞RNA测序 | 主成分分析,基因本体富集分析,KEGG通路分析 | 单细胞RNA测序数据 | GSE252490数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 885 | 2025-10-06 |
Copper Metabolism-Related Genes as Biomarkers in Colon Adenoma and Cancer
2025, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S521512
PMID:40524750
|
研究论文 | 通过生物信息学分析探讨铜代谢在结肠腺瘤进展为结直肠癌中的作用并识别潜在生物标志物 | 首次系统整合铜代谢相关基因与结肠腺瘤-癌进展过程的差异表达基因,结合多种机器学习算法识别生物标志物 | 需要进一步的临床验证 | 阐明铜代谢在结肠腺瘤向结直肠癌进展中的作用,识别潜在生物标志物和治疗靶点 | 结肠腺瘤和结直肠癌患者样本 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 生物信息学分析,单细胞RNA测序,定量PCR | 五种机器学习算法 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的结肠腺瘤数据集 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 886 | 2025-10-06 |
Single-cell sequencing reveals cellular differences and potential mechanisms in congenital pulmonary airway malformation
2025, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2025.1548177
PMID:40529122
|
研究论文 | 通过单细胞测序技术分析先天性肺气道畸形(CPAM)与正常组织的细胞差异 | 首次应用单细胞测序技术系统揭示CPAM病变组织中的关键细胞类型差异和潜在分子机制 | 未明确说明样本数量和具体实验设计细节 | 探究先天性肺气道畸形的病理过程和细胞分子机制 | CPAM病变组织和正常肺组织 | 单细胞组学 | 先天性肺气道畸形 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 887 | 2025-10-06 |
Research advances in the study of traditional Chinese medicine formula granules on signaling pathway-mediated disease mechanisms
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1609211
PMID:40529488
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综述 | 系统综述中药配方颗粒通过信号通路调控疾病机制的研究进展与未来方向 | 整合多组学技术探索复方混合物的超分子协同效应,提出从单一成分分析向复杂系统研究的转变 | 当前研究存在单一成分分析、复方混合物协同机制不明确、转化应用临床证据不足等挑战 | 阐明中药配方颗粒通过信号通路介导的疾病调控机制,推动其在现代精准医疗中的应用 | 中药配方颗粒及其活性成分(如小檗碱、川芎嗪、姜黄素类似物等) | NA | 炎症、肿瘤、代谢紊乱、纤维化、骨关节炎、骨质疏松症、类风湿关节炎、急性肺损伤 | 代谢组学、空间转录组学、多组学技术 | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 888 | 2025-10-06 |
Cancer-Derived Exosomal LINC01615 Induces M2 Polarization of Tumor-Associated Macrophages via RBMX-EZH2 Axis to Promote Colorectal Cancer Progression
2025, International journal of nanomedicine
IF:6.6Q1
DOI:10.2147/IJN.S499381
PMID:40529536
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研究论文 | 本研究揭示了结直肠癌细胞通过外泌体传递LINC01615诱导肿瘤相关巨噬细胞M2极化的分子机制 | 首次发现外泌体LINC01615通过RBMX-EZH2轴调控巨噬细胞极化,揭示了肿瘤微环境中细胞间通讯的新机制 | 未明确LINC01615在其他癌症类型中的普适性,临床转化潜力需进一步验证 | 探究癌症来源外泌体lncRNA在肿瘤相关巨噬细胞M2极化中的作用机制 | 结直肠癌细胞、肿瘤相关巨噬细胞、外泌体 | 癌症生物学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 生物信息学分析, RNA免疫沉淀, 染色质免疫沉淀, Western blot, qRT-PCR | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 889 | 2025-10-06 |
Integrated machine learning and single-cell analysis reveal the prognostic and therapeutic potential of SUMOylation-related genes in ovarian cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1577781
PMID:40534859
|
研究论文 | 本研究通过整合机器学习和单细胞分析,揭示了SUMOylation相关基因在卵巢癌中的预后和治疗潜力 | 首次将机器学习与单细胞RNA测序数据相结合,系统鉴定卵巢癌中SUMOylation相关基因的预后价值 | 研究样本量相对有限,需要在更大规模队列中验证 | 鉴定卵巢癌中SUMOylation相关基因作为预后生物标志物和治疗靶点 | 卵巢癌患者样本和ID8小鼠模型 | 机器学习 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序,多组学数据分析 | 集成机器学习框架 | 基因表达数据,单细胞测序数据 | 213名卵巢癌患者样本和ID8小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 890 | 2025-10-06 |
Cancer-associated fibroblasts in clear cell renal cell carcinoma: functional heterogeneity, tumor microenvironment crosstalk, and therapeutic opportunities
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1617968
PMID:40534854
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综述 | 本文系统阐述了透明细胞肾细胞癌中癌症相关成纤维细胞的功能异质性、与肿瘤微环境的相互作用及治疗机遇 | 首次系统整合CAF在ccRCC中的多功能作用机制,并提出通过单细胞测序和空间多组学技术破解'CAF-TME-耐药'恶性循环的新策略 | CAF异质性和双重功能角色阻碍临床转化,缺乏特异性生物标志物 | 探索CAF在ccRCC肿瘤微环境中的功能机制并开发针对性治疗策略 | 透明细胞肾细胞癌中的癌症相关成纤维细胞及其肿瘤微环境 | 肿瘤微环境研究 | 肾细胞癌 | 单细胞测序, 空间多组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间多组学 | NA | NA |
| 891 | 2025-10-06 |
Role of CD28+ PD-1+ Tc cells in immune response and prognosis prediction in hepatocellular carcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1576193
PMID:40534863
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析探讨CD28+PD-1+ Tc细胞在肝细胞癌中的免疫应答作用和预后预测价值 | 首次建立肝细胞癌单细胞转录图谱,系统揭示CD28+PD-1+ Tc细胞的分子特征及其与预后的关联 | 样本量有限(仅10例HCC样本),需要更大规模研究验证 | 阐明CD28+PD-1+ Tc细胞在肝细胞癌中的预后意义和分子特征 | 肝细胞癌患者组织样本中的T细胞亚群 | 单细胞生物学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 富集分析 | 轨迹分析, 细胞间通讯分析 | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 | 10例肝细胞癌样本及对应正常样本,共鉴定25,644个T细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 892 | 2025-10-06 |
Integrated transcriptomics and machine learning reveal REN as a dual regulator of tumor stemness and NK cell evasion in Wilms tumor progression
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1612987
PMID:40534868
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研究论文 | 本研究通过整合转录组学和机器学习技术,揭示REN基因在Wilms肿瘤中同时调控肿瘤干性和NK细胞免疫逃逸的双重作用机制 | 首次发现REN基因在Wilms肿瘤中具有调控肿瘤干性和NK细胞免疫逃逸的双重功能,并开发了癌症干性预后指数(CSPI)用于患者风险分层 | 研究主要基于体外功能验证,缺乏体内动物模型验证;对T细胞功能影响有限 | 探索Wilms肿瘤中肿瘤干性和免疫逃逸的分子驱动机制 | Wilms肿瘤患者样本和肿瘤细胞 | 机器学习 | Wilms肿瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序, 分子对接模拟 | 机器学习算法 | 基因表达数据, 空间定位数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 893 | 2025-10-06 |
Role of ADME genes in breast cancer prognosis: an analysis of risk scoring models based on multi-omics data
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1582862
PMID:40535120
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研究论文 | 本研究通过多组学数据分析构建了基于ADME基因的乳腺癌预后风险评分模型 | 首次将ADME基因与乳腺癌预后关联,并开发了整合临床参数的风险评分模型 | 研究基于回顾性数据,需要前瞻性研究验证 | 探索ADME基因在乳腺癌预后评估中的作用并开发预后模型 | 乳腺癌患者 | 生物信息学 | 乳腺癌 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组 | Cox回归, stepAIC | 基因表达数据 | TCGA-BRCA、METABRIC和GSE58812队列的患者数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 894 | 2025-10-06 |
Current status, hotspots and frontiers of ion channel-related research in glioblastoma: a bibliometric analysis from 2005 to 2024
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1588598
PMID:40535121
|
文献计量分析 | 通过文献计量学方法分析2005-2024年胶质母细胞瘤离子通道研究领域的知识结构和研究热点 | 首次系统性地对胶质母细胞瘤离子通道研究领域进行文献计量分析,识别研究热点和前沿趋势 | 仅基于Web of Science数据库的文献,可能存在收录范围限制 | 探索胶质母细胞瘤离子通道研究领域的发展态势、知识结构和研究前沿 | 胶质母细胞瘤离子通道相关研究文献 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | 文献计量分析 | NA | 文献数据 | 998篇文献(764篇文章和234篇综述) | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 895 | 2025-10-06 |
Identifying a prognostic signature for clear cell renal cell carcinoma: the convergence of single-cell and bulk sequencing with machine learning
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1560095
PMID:40535574
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量测序数据与机器学习方法,构建了一个用于预测透明细胞肾细胞癌预后的特征模型 | 开发了包含10种方法的整合机器学习流程构建共识特征模型,并首次将单细胞RNA测序分析与功能实验验证相结合 | 需要更多独立队列验证模型的普适性,功能实验仅限于细胞水平验证 | 构建能够预测透明细胞肾细胞癌预后和免疫治疗反应的机器学习特征模型 | 透明细胞肾细胞癌患者和肿瘤细胞 | 机器学习 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, CCK-8检测 | 整合机器学习模型 | 基因表达数据 | 四个独立数据集的患者样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 896 | 2025-10-06 |
Revealing Potential Therapeutic Targets in Gastric Cancer through Inflammation and Protein-Protein Interaction Hub Networks
2025, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.112218
PMID:40535808
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研究论文 | 通过炎症和蛋白质-蛋白质相互作用枢纽网络揭示胃癌潜在治疗靶点 | 发现SPP1-CD44配体-受体轴作为驱动肿瘤进展的新型炎症信号通路 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要实验验证 | 识别胃癌的炎症相关生物标志物和治疗靶点 | 胃癌基因表达数据 | 生物信息学 | 胃癌 | RNA-seq, scRNA-seq | 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析 | 基因表达数据 | 4个bulk RNA-seq数据集和2个单细胞RNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 897 | 2025-10-06 |
A Comprehensive Analysis of the Role of DSN1 in Pan-Cancer Prognosis and Immunotherapy
2025, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.111585
PMID:40535813
|
研究论文 | 通过多组学数据分析探讨DSN1基因在泛癌预后和免疫治疗中的作用 | 首次在泛癌层面系统分析DSN1的表达模式及其与预后、免疫特征和治疗反应的关联 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证在不同癌种中的具体应用 | 探索DSN1在癌症发生发展及免疫治疗中的作用机制 | 多种癌症类型和肿瘤细胞 | 生物信息学 | 泛癌分析 | 单细胞测序, mRNA表达分析, 蛋白质表达分析, 基因集富集分析, DNA甲基化分析 | 生存分析模型, 相关性分析 | 基因表达数据, 蛋白质数据, 单细胞测序数据, 临床预后数据 | 来自公共数据库的多种癌症样本数据 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 898 | 2025-10-06 |
Telomemore enables single-cell analysis of cell cycle and chromatin condensation
2025-Jan-24, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf031
PMID:39878215
|
研究论文 | 开发了Telomemore工具,通过分析ATAC-seq数据中的端粒样读段来量化染色质凝聚状态并辅助细胞周期推断 | 发现ATAC-seq端粒样读段不能用于推断端粒长度但可作为染色质凝聚生物标志物,修正了Tn5转座酶不复制9bp靶序列的传统认知 | 未明确说明样本数量的统计意义和工具在更多细胞类型中的验证情况 | 开发从单细胞ATAC-seq数据中提取染色质凝聚信息的新方法 | 成纤维细胞、B细胞、单核细胞等 | 单细胞多组学 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学, 长读长测序 | NA | 基因组测序数据 | 多个公共数据集及新生成的成纤维细胞和B细胞图谱 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 899 | 2025-10-06 |
A Potential Contribution of S100A11 to Skin Fibrosis and Pulmonary Involvement in Systemic Sclerosis
2025-Jan, Experimental dermatology
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/exd.70026
PMID:40525602
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研究论文 | 本研究探讨了S100A11在系统性硬化症皮肤纤维化和肺部受累中的潜在作用 | 首次发现S100A11在SSc真皮成纤维细胞中高表达,且血清水平与皮肤厚度评分和间质性肺病参数相关 | 研究样本量有限,需要进一步功能实验验证S100A11的具体作用机制 | 探究S100A11在系统性硬化症纤维化过程中的潜在病理生理作用 | 系统性硬化症患者皮肤标本和血清样本 | 病理学 | 系统性硬化症 | 免疫组织化学染色,单细胞RNA测序,酶联免疫吸附试验 | NA | 组织图像,基因表达数据,血清蛋白水平数据 | 系统性硬化症患者和健康对照的皮肤标本及血清样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 900 | 2025-10-06 |
SpatialSNV: A novel method for identifying and analyzing spatially resolved SNVs in tumor microenvironments
2025-Jan-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaf065
PMID:40515555
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研究论文 | 开发了一种名为SpatialSNV的新方法,用于在肿瘤微环境中识别和分析空间解析的单核苷酸变异 | 首次将空间转录组学与SNV分析相结合,能够识别具有空间模式的SNV群组并发现肿瘤边界特异性突变 | NA | 探索SNV在肿瘤微环境形成中的作用机制并识别潜在治疗靶点 | 肿瘤组织切片中的单核苷酸变异及其空间分布 | 空间转录组学 | 结直肠癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |