单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
881	2025-03-26	TM4SF1 overexpression in tumor-associated endothelial cells promotes microvascular invasion in hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1526177 PMID:40123905	研究论文	本研究探讨了肿瘤相关内皮细胞（TECs）在肝细胞癌（HCC）微血管侵犯（MVI）中的作用，并发现TM4SF1的高表达通过影响上皮-间质转化（EMT）促进MVI	首次揭示了TM4SF1在TECs中的高表达通过调控EMT促进HCC的微血管侵犯，为HCC治疗提供了新的潜在靶点	样本量较小（仅3例MVI和2例非MVI患者），且未进行体内功能验证实验	探究肿瘤相关内皮细胞在肝细胞癌微血管侵犯中的分子机制	肝细胞癌患者的肿瘤相关内皮细胞	肿瘤生物学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）、生物信息学分析	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据、病理标本数据	3例MVI和2例非MVI患者的scRNA-seq数据，5个ST数据集，4例HCC术后病理标本
882	2025-03-26	Genetic factors associated with erectile dysfunction- mendelian randomisation analysis 2025, American journal of clinical and experimental urology IF:1.5Q3 DOI:10.62347/BVHS3637 PMID:40124574	研究论文	本研究通过孟德尔随机化分析探讨了与勃起功能障碍(ED)相关的潜在遗传保护基因	首次通过孟德尔随机化分析识别出263个与ED相关的基因，其中TRIP10显示出最强的保护作用	研究主要基于芬兰人群的GWAS数据，可能不适用于其他人群	从遗传学角度探索ED的潜在保护基因	勃起功能障碍(ED)患者和对照人群	遗传学	勃起功能障碍	GWAS、孟德尔随机化分析、eQTL分析、单细胞测序	孟德尔随机化模型	基因组数据、单细胞测序数据	95,178人(1,154例ED患者和94,024例对照)
883	2025-03-26	Distinct Immunological Features Compared to Lichen Planus and Oral Lichen Planus 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S506313 PMID:40125076	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了口腔扁平苔藓（OLP）与扁平苔藓（LP）在免疫病理机制上的差异	发现了OLP患者NK细胞中前列腺素D2合成酶（PTGDS）的高表达，以及一种新型CXCR4高-TSC22D3高CD4细胞毒性T细胞亚群	样本量较小（16名OLP患者和5名健康对照），且需要进一步验证潜在的治疗靶点	阐明OLP与LP在免疫病理机制上的差异，为精准诊断和治疗提供依据	口腔扁平苔藓（OLP）患者和扁平苔藓（LP）患者的免疫细胞和组织微环境	免疫学	口腔扁平苔藓和扁平苔藓	单细胞转录组学、酶联免疫吸附试验（ELISA）	NA	转录组数据、蛋白质数据	16名OLP患者和5名健康对照的PBMCs，以及OLP和LP的病变组织
884	2025-03-26	Elucidating Molecule-Crosstalk of Neutrophil Extracellular Traps Between Cardiovascular Disease and Psoriasis: Insights Into Mendelian Randomization, Single-Cell RNA Analysis, Shared Targets and the Role of Resveratrol 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S493416 PMID:40125083	研究论文	本研究通过整合多种分析方法探讨了中性粒细胞胞外陷阱（NETs）在左心室肥厚（LVH）和银屑病（PSO）之间的分子交互作用	首次揭示了AKT1和RIPK1基因通过NETs相关通路在LVH和PSO中的调控作用，并发现白藜芦醇对这些蛋白的高结合亲和力	研究机制尚未完全阐明，需要进一步验证	探索LVH和PSO之间的分子交互机制，寻找潜在治疗靶点	左心室肥厚（LVH）和银屑病（PSO）患者	生物医学	心血管疾病和银屑病	批量RNA测序、单细胞RNA测序、孟德尔随机化、免疫微环境分析、分子对接	预测模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量
885	2025-03-26	Causal Correlations Between Plasma Metabolites, Inflammatory Proteins, and Chronic Obstructive Pulmonary Disease: A Mendelian Randomization and Bioinformatics-Based Investigation 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S513526 PMID:40125086	研究论文	本研究利用孟德尔随机化和生物信息学方法探讨了血浆代谢物、炎症蛋白与慢性阻塞性肺病之间的因果关系	首次通过孟德尔随机化方法系统分析代谢-炎症-COPD的因果关系，并发现NRXN3在肺内皮细胞中表达对COPD具有保护作用	研究结果需要更多实验验证，且样本来源可能存在局限性	探究代谢、炎症与慢性阻塞性肺病之间的因果关系及其潜在机制	血浆代谢物、炎症蛋白和慢性阻塞性肺病	生物信息学	慢性阻塞性肺病	孟德尔随机化(MR)、蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI)、基因本体论(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集、单细胞测序、转录组分析	NA	基因组数据、蛋白质组数据、转录组数据	识别出63种代谢物、10种代谢物比率和48种炎症蛋白与COPD相关
886	2025-03-26	Exploring the Association Between Immune Cell Phenotypes and Osteoporosis Mediated by Inflammatory Cytokines: Insights from GWAS and Single-Cell Transcriptomics 2025, ImmunoTargets and therapy IF:6.2Q1 DOI:10.2147/ITT.S510102 PMID:40125424	研究论文	本研究通过GWAS和单细胞转录组学探索了免疫细胞表型与炎症细胞因子介导的骨质疏松症之间的关联	首次通过双样本孟德尔随机化和单细胞转录组学分析揭示了IgD⁺CD24⁺ B细胞通过调节IL-17C水平加剧骨质疏松症风险的具体机制	研究主要基于欧洲人群的GWAS数据，可能限制结果在其他人群中的普适性	阐明免疫细胞表型和炎症细胞因子在骨质疏松症发病机制中的作用	731种免疫细胞类型、91种和41种炎症因子（可能有部分重叠）与5种骨质疏松症类型	生物医学	骨质疏松症	双样本孟德尔随机化(MR)、单细胞转录组学、微CT、流式细胞术、ELISA、Western blotting、免疫组化	地塞米松诱导的骨质疏松症模型	基因组数据、单细胞转录组数据、影像数据、蛋白质数据	GWAS数据样本量未明确说明，单细胞数据来自GEO数据库
887	2025-03-23	Targeting glycolysis in esophageal squamous cell carcinoma: single-cell and multi-omics insights for risk stratification and personalized therapy 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1559546 PMID:40115255	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和多组学方法，揭示了食管鳞状细胞癌（ESCC）中糖酵解介导的机制，重点关注风险分层和治疗机会	提出了一个基于糖酵解的七基因风险评分模型，用于ESCC患者的风险分层和个性化治疗指导	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探讨ESCC中糖酵解代谢的作用及其在风险分层和个性化治疗中的应用	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、Western blotting	非负矩阵分解（NMF）、Cox回归	RNA测序数据、临床数据	来自TCGA和GEO数据库的数据集
888	2025-03-22	Identification of a Subpopulation of Astrocyte Progenitor Cells in the Neonatal Subventricular Zone: Evidence that Migration is Regulated by Glutamate Signaling 2025-Jan-09, Neurochemical research IF:3.7Q2 DOI:10.1007/s11064-024-04326-2 PMID:39789409	研究论文	本研究通过基因工程小鼠模型，探索了新生儿脑室下区星形胶质细胞前体细胞的亚群及其迁移机制，特别是谷氨酸信号在其中的调控作用	首次发现并描述了新生儿脑室下区星形胶质细胞前体细胞的亚群，并提供了谷氨酸信号调控这些细胞迁移的新证据	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探索新生儿脑室下区星形胶质细胞前体细胞的亚群及其迁移机制	基因工程小鼠模型中的星形胶质细胞前体细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫荧光、器官型切片培养	NA	基因表达数据、荧光成像数据	1-3天大的小鼠皮质星形胶质细胞培养物
889	2025-03-22	LKB1 inactivation promotes epigenetic remodeling-induced lineage plasticity and antiandrogen resistance in prostate cancer 2025-Jan, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-024-01025-z PMID:39743630	研究论文	本文探讨了LKB1失活在前列腺癌中促进表观遗传重塑诱导的谱系可塑性和抗雄激素耐药性的分子机制	揭示了LKB1失活导致AR独立的谱系可塑性和全局DNA低甲基化，并提出了通过靶向DNA低甲基化的潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型和单细胞RNA测序，尚未在人类临床试验中验证	研究AR独立谱系可塑性的分子机制，并探索潜在的治疗策略	人类和小鼠前列腺癌样本	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序、全基因组亚硫酸氢盐测序	基因工程小鼠模型	RNA测序数据、DNA甲基化数据	人类和小鼠前列腺癌样本
890	2025-03-22	Identification and Evaluation of Lipocalin-2 in Sepsis-Associated Encephalopathy via Machine Learning Approaches 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S504390 PMID:40109658	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法，识别并评估了在脓毒症相关脑病中起关键作用的Lipocalin-2（LCN2）基因	首次结合单细胞RNA测序和多种机器学习算法，识别出LCN2作为中性粒细胞诱导的脓毒症相关脑病的关键基因，并通过体内实验验证了其作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	识别与脓毒症相关脑病（SAE）相关的关键基因，并探索潜在的治疗靶点	脓毒症患者和小鼠模型	机器学习	脓毒症相关脑病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、Western blotting、行为测试	多种二分类机器学习算法	基因表达数据、行为数据	脓毒症患者和小鼠模型
891	2025-03-22	Integrated single-cell analysis reveals the regulatory network of disulfidptosis-related lncRNAs in bladder cancer: constructing a prognostic model and predicting treatment response 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1527036 PMID:40110199	研究论文	本研究通过单细胞测序和RNA测序数据，构建了一个与膀胱癌（BLCA）患者预后相关的二硫化物死亡相关长链非编码RNA（DRLs）模型	首次将二硫化物死亡相关基因（DRGs）与长链非编码RNA（lncRNAs）结合，构建了一个新的预后模型，并探讨了其在膀胱癌中的潜在应用	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探讨二硫化物死亡相关长链非编码RNA（DRLs）作为膀胱癌（BLCA）患者预后标志物的潜力	膀胱癌（BLCA）患者	生物信息学	膀胱癌	单细胞测序，RNA测序，RT-qPCR	LASSO回归，Cox回归	单细胞测序数据，RNA测序数据，临床信息	来自GEO和TCGA数据库的样本
892	2025-03-21	Single-cell RNA sequencing of shoot apex reveals the mechanism of cyclin regulating cell division via auxin signaling pathway in Populus alba 2025, Frontiers in plant science IF:4.1Q1 DOI:10.3389/fpls.2025.1555388 PMID:40104035	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了白杨顶端分生组织的细胞分裂和分化过程，揭示了细胞周期蛋白通过生长素信号通路调控细胞分裂的机制	首次在单细胞水平上揭示了白杨顶端分生组织中细胞分裂和分化的分子调控机制，特别是生长素信号通路在叶片组织发育中的作用	研究仅基于两个生物学重复，样本量较小，可能影响结果的普适性	研究白杨顶端分生组织中细胞分裂和分化的分子调控机制	白杨顶端分生组织	植物生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	29,011个细胞，来自两个生物学重复
893	2025-03-21	Multi-omics approach reveals the impact of prognosis model-related genes on the tumor microenvironment in medulloblastoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1477617 PMID:40104502	研究论文	本研究通过多组学方法揭示了预后模型相关基因对髓母细胞瘤肿瘤微环境的影响	开发了一个与肿瘤微环境相关的风险评分模型（TMErisk），并利用单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和空间RNA分析验证了结果	NA	预测髓母细胞瘤患者的预后并阐明生物学机制	髓母细胞瘤患者	数字病理学	髓母细胞瘤	RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）、空间RNA分析	LASSO-COX模型、COX回归模型	RNA测序数据	322个天坛样本和763个GSE85217样本
894	2025-03-20	Multi-omics analysis of the dynamic role of STAR+ cells in regulating platinum-based chemotherapy responses and tumor microenvironment in serous ovarian carcinoma 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1545762 PMID:40098624	研究论文	本研究通过多组学分析探讨了STAR+细胞在调节浆液性卵巢癌铂类化疗反应和肿瘤微环境中的动态作用	首次识别出STAR+细胞作为一种新型的CAF亚型，其在化疗敏感的浆液性卵巢癌患者中富集，并通过调节关键代谢途径和潜在抑制WNT信号传导来增强化疗敏感性	研究尚未完全阐明STAR+细胞与肿瘤细胞之间具体的相互作用机制，需要进一步的功能验证	探讨CAF亚型与化疗敏感性之间的关系，以改善浆液性卵巢癌的临床治疗效果	浆液性卵巢癌患者	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、空间转录组学、免疫组织化学（IHC）、免疫荧光（IF）	NA	RNA测序数据、空间转录组数据、免疫组织化学数据、免疫荧光数据	化疗敏感和化疗耐药的浆液性卵巢癌患者
895	2025-03-20	Integrating machine learning and single-cell sequencing to identify shared biomarkers in type 1 diabetes mellitus and clear cell renal cell carcinoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1543806 PMID:40098701	研究论文	本研究通过整合机器学习和单细胞测序技术，识别了1型糖尿病和透明细胞肾细胞癌的共同生物标志物	首次结合WGCNA、LASSO和SVM算法，从多组公开数据集中识别出1型糖尿病和透明细胞肾细胞癌的共同枢纽基因，并通过临床样本和单细胞测序数据验证其表达模式和细胞类型特异性	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	识别1型糖尿病和透明细胞肾细胞癌的共同生物标志物，以促进高风险人群的预防和早期检测	1型糖尿病和透明细胞肾细胞癌	生物信息学	1型糖尿病, 透明细胞肾细胞癌	单细胞测序, WGCNA, LASSO, SVM	LASSO, SVM	基因表达数据, 单细胞测序数据	多个公开数据集和临床样本
896	2025-03-20	STsisal: a reference-free deconvolution pipeline for spatial transcriptomics data 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1512435 PMID:40098978	研究论文	本文介绍了一种名为STsisal的无参考解卷积方法，专门用于处理空间转录组学数据，以揭示复杂组织中的细胞类型组成	STsisal方法创新性地结合了标记基因选择、混合比例分解和细胞类型特征矩阵分析，能够精确高效地识别复杂组织中的不同细胞类型	方法的有效性依赖于空间转录组学数据的质量，且未提及在特定组织类型或疾病中的应用效果	开发一种无参考解卷积方法，用于空间转录组学数据分析，以解决单细胞分辨率不足的问题	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	SISAL算法	空间转录组学数据	未明确提及具体样本数量，但包括模拟数据和真实数据
897	2025-03-20	The Role of PLIN3 in Prognosis and Tumor-Associated Macrophage Infiltration: A Pan-Cancer Analysis 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S509245 PMID:40098998	研究论文	本文通过多数据库数据分析，探讨了PLIN3在多种癌症中的预后作用及其与肿瘤相关巨噬细胞浸润的关系	首次系统评估了PLIN3在肿瘤免疫微环境中的作用及其作为免疫治疗反应预后指标的潜力	研究主要基于数据库分析，实验验证部分仅限于肺腺癌细胞，缺乏更广泛的体内实验验证	探讨PLIN3在癌症中的诊断和预后价值及其对免疫细胞浸润的影响	多种正常和癌变组织中的PLIN3 mRNA和蛋白质表达	肿瘤学	多种癌症，特别是肺腺癌	批量转录组学、单细胞转录组学、空间转录组学、多色荧光染色技术、分子对接	NA	mRNA和蛋白质表达数据、转录组数据、荧光染色图像	多种癌症类型的组织和细胞样本
898	2025-03-19	A cell atlas of the human fallopian tube throughout the menstrual cycle and menopause 2025-Jan-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55440-2 PMID:39753552	研究论文	本文通过单细胞RNA和ATAC测序技术，构建了人类输卵管在月经周期和更年期期间的全面细胞图谱	首次在单细胞水平上揭示了输卵管在月经周期和更年期期间的分子变化，包括细胞类型频率、基因表达、转录因子活性和细胞间通讯的显著变化	研究主要关注健康人类输卵管，未涉及疾病状态下的输卵管变化	研究人类输卵管在月经周期和更年期期间的分子变化	健康人类输卵管细胞	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞ATAC测序	NA	单细胞RNA和ATAC测序数据	85,107个更年期前和46,111个更年期后输卵管细胞
899	2025-03-19	Graph-Based 3-Dimensional Spatial Gene Neighborhood Networks of Single Cells in Gels and Tissues 2025, BME frontiers IF:5.0Q1 DOI:10.34133/bmef.0110 PMID:40084126	研究论文	本文开发了一种基于图的三维空间基因邻域网络嵌入方法（3D-spaGNN-E），用于发现亚细胞基因邻近关系并识别细胞间通讯中的关键亚细胞模式	结合3D成像空间转录组学和基于图的深度学习，首次在三维空间中解析亚细胞基因邻近关系，并通过可解释性分析识别亚细胞通讯模式	三维数据的复杂性增加了分析难度，且需要新的分析方法来处理这些数据	研究细胞间通讯中的亚细胞基因邻近关系及其模式	间充质干细胞（MSCs）、外周血单核细胞（PBMCs）、小鼠下丘脑和皮质的星形胶质细胞与神经元	数字病理学	NA	3D成像空间转录组学、MERFISH	图自编码器	3D空间转录组数据	间充质干细胞、外周血单核细胞、小鼠下丘脑和皮质组织
900	2025-03-19	Multi-Omics Profiling Identifies a High-Risk Subgroup of Breast Cancer Stem Cells for Prognostic Stratification and Personalized Treatment 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.109589 PMID:40092692	研究论文	本研究通过多组学分析识别出乳腺癌干细胞中的一个高风险亚群，用于预后分层和个性化治疗	利用单细胞RNA测序数据集将乳腺癌干细胞分为两个亚群，并研究了它们的伪时间发育动态，揭示了BCSCs-2亚群的预后和治疗重要性	研究主要基于单细胞RNA测序和TCGA-BRCA的转录组数据，可能缺乏其他类型的数据验证	研究乳腺癌干细胞的异质性及其在肿瘤微环境中的动态作用，以提供预后和治疗的生物标志物	乳腺癌干细胞（BCSCs）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	459个乳腺癌干细胞