单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
861	2025-04-03	scCCTR: An iterative selection-based semi-supervised clustering model for single-cell RNA-seq data 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.03.018 PMID:40165824	研究论文	提出了一种名为scCCTR的新型半监督聚类算法，用于单细胞RNA测序数据的细胞聚类	通过迭代选择高置信度细胞和标签指导深度学习模型，结合Transformer神经网络的多头注意力机制提高聚类精度	未明确提及具体局限性	提高单细胞RNA测序数据聚类的准确性和有效性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Transformer	基因表达数据	未明确提及具体样本量
862	2025-04-03	Inflammation and cancer: molecular mechanisms and clinical consequences 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1564572 PMID:40165901	综述	本文综述了炎症与癌症之间的分子机制及其临床后果，强调了癌症相关炎症在肿瘤进展和治疗反应中的作用	结合单细胞RNA测序和空间分子成像分析等先进技术，阐明了慢性炎症与癌症之间的关联通路	主要关注胃肠道癌症，可能不适用于所有癌症类型	探讨炎症与癌症之间的分子和细胞机制及其对癌症进展和治疗反应的影响	癌症相关炎症、肿瘤微环境(TME)中的癌细胞、免疫细胞、基质细胞及可溶性分子	NA	癌症	单细胞RNA测序、空间分子成像分析	NA	NA	NA
863	2025-04-03	Identification of immune characteristic biomarkers and therapeutic targets in cuproptosis for rheumatoid arthritis by integrated bioinformatics analysis and single-cell RNA sequencing analysis 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1520400 PMID:40166070	研究论文	通过整合生物信息学分析和单细胞RNA测序分析，识别类风湿性关节炎中铜死亡相关的免疫特征生物标志物和治疗靶点	首次在类风湿性关节炎中系统研究了铜死亡相关基因的表达变化及其生物学功能，并探索了其与免疫浸润和潜在治疗药物的关联	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	阐明铜死亡相关基因与类风湿性关节炎的潜在关联，寻找新的生物标志物和治疗靶点	类风湿性关节炎患者和对照组的铜死亡相关基因	生物信息学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序, 生物信息学分析	NA	RNA测序数据	NA
864	2025-04-03	A dynamic peripheral immune landscape during human pregnancy 2025-Jan, Fundamental research IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.fmre.2022.06.011 PMID:40166108	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了孕妇外周血单个核细胞在妊娠不同阶段的动态转录变化，探讨了母体免疫系统的适应性变化	提出了妊娠对免疫系统的促衰老作用的新观点，并发现这种作用可能在产后恢复	研究仅关注了外周血单个核细胞，未涉及其他免疫组织或细胞类型	阐明妊娠期间母体免疫系统的动态变化及其与疾病风险的关系	妊娠期女性的外周血单个核细胞	免疫学	妊娠相关疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	妊娠不同阶段的孕妇外周血单个核细胞样本
865	2025-04-02	Combining machine learning and single-cell sequencing to identify key immune genes in sepsis 2025-01-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85799-1 PMID:39789158	research paper	本研究通过结合机器学习和单细胞测序技术，识别脓毒症中的关键免疫基因	结合多种机器学习算法和单细胞测序数据，识别并验证了脓毒症中的关键免疫基因	样本量较小（脓毒症患者23例，健康对照10例），可能影响结果的普遍性	识别脓毒症的新型生物标志物	脓毒症患者和健康对照的外周血样本	machine learning	sepsis	RNA-seq, qPCR, single-cell sequencing	Random Forest, LASSO regression, SVM, XGBoost, Logistic regression, AdaBoost, KNN	RNA sequencing data	脓毒症患者23例，健康对照10例
866	2025-04-02	Integrative bioinformatics and immunohistochemical analysis unravel the prognostic significance and immunological implication of LIMCH1 in breast cancer: a retrospective study 2025-01-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85255-0 PMID:39789044	research paper	通过整合生物信息学和免疫组化分析，揭示LIMCH1在乳腺癌中的预后意义和免疫学影响	首次将生物信息学分析与临床免疫组化数据结合，研究LIMCH1在乳腺癌中的预后价值和免疫微环境影响	回顾性研究设计可能引入选择偏倚，需要前瞻性研究验证	探索LIMCH1作为乳腺癌预后标志物和治疗靶点的潜力	乳腺癌患者	digital pathology	breast cancer	bioinformatics analysis, immunohistochemistry (IHC), single-cell RNA sequencing (scRNA-seq)	nomogram	genomic data, clinical data, image data	TCGA队列和临床IHC队列数据
867	2025-04-02	Genetic associations of plasma metabolites with immune cells in hyperthyroidism revealed by Mendelian randomization and GWAS-sc-eQTLs xQTLbiolinks analysis 2025-01-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85664-1 PMID:39779799	research paper	该研究利用孟德尔随机化（MR）和GWAS-sc-eQTLs xQTLbiolinks分析，探讨了血浆代谢物与免疫细胞在甲状腺功能亢进症（HD）中的遗传关联	首次揭示了特定免疫细胞表型（如CD25在幼稚成熟B细胞和CD8+NKT细胞上）与HD之间的因果关系，并发现硫酸百里香酚作为潜在代谢介质	研究结果依赖于GWAS数据的可用性和质量，且样本主要来自欧洲人群，可能限制结果的普适性	探究免疫细胞表型、HD及血浆代谢物之间的因果关系和潜在机制	免疫细胞表型、HD患者及血浆代谢物	遗传学与免疫学	甲状腺功能亢进症	孟德尔随机化（MR）、GWAS、sc-eQTL分析	MR-Egger、MR-PRESSO、多变量MR	基因组数据、代谢组数据	免疫细胞表型GWAS数据（n=18,622）、HD数据（3,731病例，480,867对照）、血浆代谢物数据（n=115,078）
868	2025-04-01	Single-Cell RNA sequencing reveals mitochondrial dysfunction in microtia chondrocytes 2025-01-06, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85169-x PMID:39762337	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了小耳症软骨细胞中的线粒体功能障碍	首次在小耳症软骨细胞中发现线粒体功能障碍，并识别出与线粒体功能相关的关键基因	研究样本仅限于单侧非综合征性小耳症患者，结果可能不适用于其他类型的小耳症	探究小耳症软骨细胞中线粒体功能障碍的机制	小耳症患者和健康对照者的软骨细胞	数字病理学	小耳症	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	小耳症患者和健康对照者的软骨样本
869	2025-04-01	Spatial transcriptomics unveils estrogen-modulated immune responses and structural alterations in the ectocervical mucosa of depot medroxyprogesterone acetate users 2025-01-06, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-83775-9 PMID:39762272	研究论文	本研究利用高分辨率空间转录组学技术，揭示了使用长效醋酸甲羟孕酮（DMPA）避孕药后，宫颈黏膜中雌激素调节的免疫反应和结构变化	首次应用空间转录组学技术揭示DMPA使用者的宫颈黏膜分子标记的空间定位及其与雌激素调控的关联	研究样本来自肯尼亚性工作者，可能限制了结果的普遍性	探究DMPA对宫颈黏膜屏障功能的影响及其分子机制	使用DMPA或非激素避孕药的肯尼亚性工作者的宫颈组织样本	数字病理学	妇科疾病	空间转录组学、基因集富集分析、免疫组化	无监督聚类	基因表达数据、免疫组化图像	来自肯尼亚性工作者的宫颈组织样本（具体数量未明确提及）
870	2025-03-30	A single-cell atlas of normal and KRASG12D-malformed lymphatic vessels 2025-Jan-28, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.185181 PMID:39874106	research paper	该研究通过单细胞RNA测序构建了正常和KRASG12D畸变的淋巴管图谱，揭示了KRAS突变对淋巴管成熟的损害机制	首次构建了正常和KRASG12D畸变淋巴管的单细胞图谱，并发现KRAS突变会损害淋巴管成熟	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	阐明KRAS介导的复杂淋巴管异常(CLAs)的具体机制	野生型小鼠和KrasG12D小鼠的肺淋巴管内皮细胞(LECs)	单细胞测序	复杂淋巴管异常	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	成年野生型小鼠和KrasG12D小鼠的肺淋巴管内皮细胞，整合了4个发育阶段的数据
871	2025-03-30	RBM47 is a novel immunotherapeutic target and prognostic biomarker in gliomas 2025-01-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-84719-z PMID:39757245	研究论文	本研究探讨了RNA结合蛋白RBM47在胶质瘤免疫景观和肿瘤免疫反应中的作用	首次全面研究了RBM47在胶质瘤中的免疫调节作用，并证实其作为独立预后预测因子的价值	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证RBM47的具体作用机制	探究RBM47在胶质瘤免疫微环境中的作用及其作为免疫治疗靶点的潜力	胶质瘤患者和正常组织	肿瘤免疫学	胶质瘤	生物信息学分析、免疫组化、免疫荧光、单细胞测序	NA	基因表达数据、临床数据	TCGA训练组和CGGA验证组的数据
872	2025-03-30	Unraveling the PANoptosis Landscape in Osteosarcoma: A Single-Cell Sequencing and Machine Learning Approach to Prognostic Modeling and Tumor Microenvironment Analysis 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/6915258 PMID:40151638	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法，探索了骨肉瘤中的PANoptosis（包括细胞焦亡、凋亡和坏死性凋亡）景观，并开发了一个稳健的预后模型	首次在骨肉瘤中整合单细胞测序和101种机器学习算法构建预后模型，揭示了PANoptosis在肿瘤微环境中的关键作用	需要进一步临床验证模型在指导个性化治疗中的实用性	探索骨肉瘤中PANoptosis的分子特征并开发预后预测模型	骨肉瘤患者样本	数字病理	骨肉瘤	scRNA-seq, 机器学习	CoxBoost等101种算法	基因表达数据	来自GEO数据库(GSE162454)的单细胞数据及TARGET和GEO数据库的批量转录组数据
873	2025-03-29	Cell signaling communication within papillary craniopharyngioma revealed by an integrated analysis of single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing 2025-Jan-27, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06149-3 PMID:39871369	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，揭示了乳头状颅咽管瘤中细胞信号传导的主要通信机制	首次在乳头状颅咽管瘤中发现了成纤维细胞的存在，并揭示了上皮细胞与成纤维细胞之间通过Wnt信号通路和PI3K-Akt信号通路进行通信的关键作用	样本量较小（5个单细胞RNA测序样本和11个批量RNA测序肿瘤样本），可能影响结果的普遍性	阐明乳头状颅咽管瘤肿瘤细胞间的主要信号传导通信机制	乳头状颅咽管瘤肿瘤组织中的上皮细胞、成纤维细胞和中性粒细胞	生物信息学	颅咽管瘤	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	CellChat包（R软件）	RNA测序数据	5个单细胞RNA测序样本，11个肿瘤样本和5个正常对照的批量RNA测序数据
874	2025-03-29	Multiomic characterization, immunological and prognostic potential of SMAD3 in pan-cancer and validation in LIHC 2025-01-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-84553-3 PMID:39753728	研究论文	本研究通过生物信息学方法和体外实验，全面分析了SMAD3基因在泛癌中的表达、预后及免疫预测价值，并验证其在肝细胞癌中的功能	首次系统评估SMAD3在泛癌中的诊断、预后和免疫预测价值，并发现其与RNAm6A甲基化相关基因的关联	研究主要依赖生物信息学分析，体外实验仅针对肝细胞癌进行验证	评估SMAD3作为癌症预后生物标志物和治疗靶点的潜力	泛癌数据集及肝细胞癌样本	生物信息学	泛癌（包括肝细胞癌）	生物信息学分析、体外实验	NA	基因组数据、表达数据、甲基化数据	来自TCGA、GTEx等多个数据库的泛癌数据集
875	2025-03-29	Common biomarkers of idiopathic pulmonary fibrosis and systemic sclerosis based on WGCNA and machine learning 2025-01-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-84820-3 PMID:39753882	研究论文	本研究通过WGCNA和机器学习方法，识别了特发性肺纤维化（IPF）和系统性硬化症（SSc）的共同生物标志物CCL2，并探讨了其相关基因的富集通路和表达差异	首次使用WGCNA和机器学习方法识别IPF和SSc的共同生物标志物CCL2，并通过单细胞RNA测序揭示了CCL2在不同细胞类型中的表达差异	研究依赖于公共数据库的数据，未进行实验验证	探索IPF和SSc的共同生物标志物及其相关机制	特发性肺纤维化（IPF）和系统性硬化症（SSc）患者	生物信息学	肺纤维化, 系统性硬化症	WGCNA, 蛋白质-蛋白质相互作用分析, Kaplan-Meier曲线, 单变量Cox分析, 机器学习, 单细胞RNA测序（sc-RNAseq）	机器学习	基因表达数据	来自Gene Expression Omnibus数据库的数据集
876	2025-03-29	Integrative multi-omics analysis and machine learning refine global histone modification features in prostate cancer 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1557843 PMID:40144021	研究论文	通过整合多组学分析和机器学习，研究前列腺癌中组蛋白修饰的全局特征及其对肿瘤异质性的影响	开发了综合机器学习组蛋白修饰评分（CMLHMS），用于根据组蛋白修饰模式将前列腺癌分为两种亚型，并揭示了与治疗反应相关的潜在治疗靶点	研究可能受限于样本量或数据集的多样性，且未在独立队列中验证CMLHMS模型的普适性	探索组蛋白修饰在前列腺癌异质性中的作用，并开发新的分类模型以指导精准治疗	前列腺癌（PCa）患者及其组蛋白修饰模式	机器学习	前列腺癌	多组学分析、单细胞RNA测序、药物敏感性分析	CMLHMS（综合机器学习组蛋白修饰评分）	多组学数据、单细胞RNA测序数据	NA
877	2025-03-29	The role of TRAF2 in pan-cancer revealed by integrating informatics and experimental validation 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1563435 PMID:40144665	研究论文	通过整合信息学和实验验证揭示了TRAF2在泛癌中的作用	揭示了TRAF2在多种癌症中的突变和过表达情况，及其与肿瘤微环境中免疫检查点基因和免疫细胞浸润的关联	研究主要基于数据库分析和体外实验，体内实验仅针对肝细胞癌，未涵盖所有癌症类型	探讨TRAF2在癌症预后和免疫治疗中的潜在作用	TRAF2基因及其在多种癌症中的表达和功能	生物信息学与肿瘤免疫学	肝癌及其他多种癌症	数据库分析（HPA、TIMER 2.0、TCGA、cBioPortal、GSCA、LinkedOmics）、单细胞测序、免疫荧光染色、siRNA敲除	Cox回归分析、Kaplan-Meier生存分析	基因表达数据、突变数据、表观遗传数据、单细胞测序数据	多种癌症的肿瘤组织和正常组织样本（具体数量未明确提及）
878	2025-03-28	Utilizing sc-linker to integrate single-cell RNA sequencing and human genetics to identify cell types and driver genes associated with non-small cell lung cancer 2025-Jan-23, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13525-1 PMID:39849454	研究论文	利用sc-linker整合单细胞RNA测序和人类遗传学数据，识别与非小细胞肺癌相关的细胞类型和驱动基因	结合scRNA-seq、表观基因组SNP-to-gene映射和GWAS摘要统计，推断遗传变异影响的潜在细胞类型和疾病	研究依赖于sc-linker框架的准确性，且样本来源和数量可能影响结果的普适性	识别与非小细胞肺癌相关的特定细胞类型和驱动基因，以揭示致病机制和开发治疗策略	非小细胞肺癌（NSCLC）相关的细胞类型和基因	数字病理学	肺癌	scRNA-seq, GWAS, MAGMA	sc-linker	单细胞RNA测序数据、表观基因组数据、GWAS摘要统计数据	NA
879	2025-03-28	The multi-target mechanism of action of Selaginella doederleinii Hieron in the treatment of nasopharyngeal carcinoma: a network pharmacology and multi-omics analysis 2025-01-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-83921-3 PMID:39747499	研究论文	本研究通过网络药理学和多组学分析探讨了石上柏在治疗鼻咽癌中的多靶点作用机制	结合网络药理学、多组学分析及分子对接技术，揭示了石上柏活性成分通过多靶点、多途径协同作用治疗鼻咽癌的潜在机制	研究主要基于生物信息学分析，需进一步实验验证	探究石上柏治疗鼻咽癌的多靶点作用机制	鼻咽癌相关靶基因及石上柏活性成分	网络药理学	鼻咽癌	WGCNA分析、单细胞RNA测序、分子对接、分子动力学模拟	NA	基因表达数据、蛋白质互作数据	GSE53819数据集（具体样本数未提及）
880	2025-03-28	Discrepancies between human and murine model cerebral aneurysms at single-cell resolution 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1512938 PMID:40134579	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术比较了人类和小鼠模型脑动脉瘤的细胞和分子差异	首次在单细胞分辨率下系统地比较了人类和小鼠模型脑动脉瘤的差异，揭示了表型可修饰细胞的关键不同	研究仅基于单细胞RNA测序数据，未进行功能验证实验	探究人类和小鼠模型脑动脉瘤的细胞和分子差异	人类和小鼠模型的脑动脉瘤组织	digital pathology	cardiovascular disease	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	未明确说明样本数量