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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 861 | 2025-10-06 |
Multi-omics analysis untangles the crosstalk between intratumor microbiome, lactic acid metabolism and immune status in lung squamous cell carcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1603822
PMID:40568577
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研究论文 | 通过多组学分析揭示肺鳞状细胞癌中瘤内微生物组、乳酸代谢与免疫状态之间的相互作用关系 | 首次系统整合批量与单细胞转录组、基因组、瘤内微生物组和数字病理数据,建立了基于乳酸代谢模式的肺鳞癌分型系统,并开发了基于病理图像的深度学习预测模型 | 研究主要基于回顾性数据分析,需要进一步实验验证发现的机制通路 | 探索肺鳞状细胞癌中乳酸代谢模式与肿瘤生物学特征及免疫状态的关联 | 肺鳞状细胞癌患者的多组学数据 | 数字病理 | 肺癌 | 多组学分析, 单细胞转录组测序, 数字病理 | 深度学习, 机器学习 | 转录组数据, 基因组数据, 微生物组数据, 病理图像 | 多个数据集(具体样本数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, 数字病理分析 | NA | NA |
| 862 | 2025-10-06 |
Dual function of Gasdermin E: pyroptosis-mediated pan-cancer suppression versus HCC-specific oncogenic activity
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1626311
PMID:40568597
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研究论文 | 本文探讨了Gasdermin E在肿瘤发生中的双重功能:通过焦亡介导的泛癌抑制作用与肝细胞癌特异性致癌活性 | 揭示了GSDME在肝细胞癌中异常过表达并通过非焦亡机制促进免疫抑制的独特现象 | 当前研究面临三大挑战:阐明HCC中GSDME过表达机制、明确非焦亡促癌途径分子枢纽、开发控制GSDME功能转换的精准策略 | 解析GSDME在肿瘤发生中的双重功能及其治疗潜力 | Gasdermin E蛋白及其在多种癌症中的表达和功能 | 癌症生物学 | 肝细胞癌、胃癌、结直肠癌、乳腺癌 | 表观遗传学分析、免疫细胞浸润分析 | NA | 分子生物学数据、表达谱数据 | NA | NA | 单细胞多组学、空间转录组学 | NA | NA |
| 863 | 2025-10-06 |
Integrated cancer cell-specific single-cell RNA-seq datasets of immune checkpoint blockade-treated patients
2025-Jan-22, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-025-04381-6
PMID:39843468
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研究论文 | 整合了免疫检查点阻断治疗患者的癌细胞特异性单细胞RNA-seq数据集 | 整合了来自9种癌症类型、223名患者的8个scRNA-seq数据集,创建了专门研究癌细胞对ICB治疗反应的独特资源 | 样本量相对有限,数据集来自已有研究而非新收集 | 研究不同癌症类型中癌细胞对免疫检查点阻断治疗的反应机制 | 223名ICB治疗患者的90,270个癌细胞和265,671个其他细胞类型 | 单细胞组学 | 多种癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 223名患者,90,270个癌细胞,265,671个其他细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 864 | 2025-10-06 |
Kininogen enhances seizure susceptibility in mice possibly through bradykinin-induced modulation of calcium transients in glutamatergic and GABAergic neurons
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1509837
PMID:40556759
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研究论文 | 本研究揭示了激肽原通过缓激肽调节谷氨酸能和GABA能神经元钙瞬变从而增强小鼠癫痫易感性的新机制 | 首次发现激肽原在癫痫发生中的病理作用,阐明了其通过缓激肽调节兴奋性和抑制性神经元钙活动的潜在神经环路机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证;机制研究尚未完全阐明激肽原-缓激肽信号通路的具体分子靶点 | 探究激肽原在癫痫发生中的功能作用及其神经环路机制 | 小鼠大脑组织、海马CA1区神经元、皮质层2/3谷氨酸能神经元和GABA能小清蛋白阳性神经元 | 神经科学 | 癫痫 | 单细胞RNA测序、免疫荧光、免疫印迹、AAV介导的基因递送、双光子活体钙成像 | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据、钙成像数据、行为学数据 | 小鼠脑组织样本和活体成像数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 865 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA Transcriptomics and Multi-omics Analyses Reveal the Clinical Effects of Acupuncture on Methadone Reduction
2025, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.0741
PMID:40556944
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研究论文 | 通过单细胞RNA转录组学和多组学分析揭示针灸对美沙酮减量的临床效果及生物学机制 | 首次整合临床试验与多组学分析(单细胞测序、转录组学、代谢组学、宏基因组学)系统研究针灸对美沙酮维持治疗患者的作用机制 | 样本量有限(48例参与者),需更大规模研究验证 | 评估针灸对美沙酮维持治疗患者的临床效果并阐明其生物学机制 | 48名美沙酮维持治疗患者(针灸组25人,假针灸组23人) | 多组学分析 | 阿片类药物使用障碍 | 单细胞RNA测序, 转录组学, 代谢组学, 宏基因组学, 体外实验 | 随机对照试验 | 单细胞RNA序列, 代谢物, 微生物组, 临床数据 | 48名参与者(外周血单核细胞、血浆和粪便样本) | NA | 单细胞RNA测序, 代谢组学, 宏基因组学 | NA | NA |
| 866 | 2025-10-06 |
Single-cell ligand-receptor profiling reveals an immunotherapy-responsive subtype and prognostic signature in triple-negative breast cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1590951
PMID:40557143
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研究论文 | 通过单细胞配体-受体分析识别三阴性乳腺癌的免疫治疗应答亚型并建立预后标志 | 首次系统分析TNBC中配体-受体相互作用的单细胞特征,建立LR评分系统并验证其预测免疫治疗反应的能力 | 研究样本量有限,需要更多独立队列验证LR评分的临床适用性 | 探索配体-受体相互作用在三阴性乳腺癌预后和免疫治疗反应预测中的作用 | 三阴性乳腺癌患者和MDA-MB-231细胞系 | 单细胞转录组学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序,siRNA敲低,RT-qPCR,Western blot,增殖实验,集落形成实验,伤口愈合实验 | Lasso回归,逐步多变量分析 | 单细胞RNA测序数据,临床生存数据 | METABRIC队列298例,GSE58812数据集107例,细胞系实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 867 | 2025-10-06 |
Construction of a novel inflammatory-related prognostic signature of acute myelocytic leukemia based on conjoint analysis of single-cell and bulk RNA sequencing
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1565954
PMID:40557150
|
研究论文 | 本研究通过联合分析单细胞和bulk RNA测序数据,构建了一个基于炎症相关基因的急性髓系白血病预后风险模型 | 首次结合单细胞RNA测序和bulk RNA测序数据构建AML炎症相关预后特征,识别了五个关键预后基因 | 模型验证依赖于外部数据集,需要进一步前瞻性研究验证 | 构建急性髓系白血病的预后风险模型以优化精准治疗策略 | 急性髓系白血病患者 | 生物信息学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, ssGSEA, LASSO分析 | 预后风险模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 868 | 2025-10-06 |
A Toolkit for Single-Nucleus Characterization of Glioblastoma
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4654-0_18
PMID:40553287
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研究论文 | 本文提供了一个用于胶质母细胞瘤单核RNA测序表征的工具包 | 开发了针对临床GBM样本和患者来源细胞系的高质量单核制备优化流程 | NA | 建立胶质母细胞瘤单核RNA测序的标准化实验流程 | 胶质母细胞瘤临床标本和患者来源细胞系 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单核RNA测序(snRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
| 869 | 2025-10-06 |
A CD8+ T Cell Infiltration-Driven Prognostic Signature for Gastric Cancer: Bridging Tumor Immunity and Clinical Outcomes
2025, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/ijog/6629479
PMID:40547199
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量转录组数据,揭示了胃癌中CD8+ T细胞的功能异质性,并开发了一个三基因预后标志物 | 首次在胃癌中系统解析CD8+ T细胞的功能亚群异质性,并鉴定出具有预后和治疗潜力的三基因标志物(SELL/CD79B/RAMP2) | 样本量相对有限(23例胃癌组织),需要在更大队列中进一步验证 | 探究胃癌肿瘤微环境中CD8+ T细胞的功能异质性及其对临床预后的影响 | 胃癌组织和相关的CD8+ T细胞亚群 | 生物信息学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 批量转录组测序, 伪时间轨迹分析, 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析 | 无监督聚类, 伪时间分析, PPI网络分析 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 23例胃癌组织(scRNA-seq) + TCGA-STAD队列(批量转录组) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 870 | 2025-10-06 |
Interrogation of macrophage-related prognostic signatures reveals a potential immune-mediated therapy strategy by histone deacetylase inhibition in glioma
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1554845
PMID:40548122
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据识别胶质瘤相关巨噬细胞的预后基因,构建预后模型并筛选出组蛋白去乙酰化酶抑制剂伏立诺他作为潜在治疗药物 | 首次结合单细胞RNA测序和加权基因共表达网络分析识别胶质瘤相关巨噬细胞特异性预后基因,并通过药物筛选验证伏立诺他的治疗潜力 | 研究基于生物信息学分析和体外共培养模型,需要进一步体内实验验证 | 探索胶质瘤相关巨噬细胞在胶质瘤进展中的分子机制并寻找潜在免疫治疗策略 | 胶质瘤相关巨噬细胞和胶质瘤微环境 | 生物信息学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序,加权基因共表达网络分析, Cox回归分析, LASSO回归分析 | 预后模型, 共培养模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 871 | 2025-10-06 |
Development of a machine learning-derived dendritic cell signature for prognostic stratification in lung adenocarcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1621370
PMID:40552290
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研究论文 | 本研究开发了一种基于机器学习算法的树突状细胞特征标签,用于肺腺癌的预后分层 | 首次整合单细胞RNA测序数据构建树突状细胞相关特征标签,并通过多种机器学习算法验证其预后价值 | 需要更多前瞻性研究验证该特征标签的临床应用价值 | 开发肺腺癌预后分层工具并探索树突状细胞在肿瘤微环境中的作用 | 肺腺癌患者和肿瘤细胞系 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 加权基因共表达网络分析, 伪时间分析 | Lasso-Cox, RSF, CoxBoost, Stepwise-Cox | 基因表达数据 | 七个外部队列验证 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 872 | 2025-10-06 |
A Monocyte-Driven Prognostic Model for Multiple Myeloma: Multi-Omics and Machine Learning Insights
2025, Blood and lymphatic cancer : targets and therapy
DOI:10.2147/BLCTT.S517354
PMID:40546417
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研究论文 | 通过多组学分析和机器学习算法开发了一个基于单核细胞的预后模型用于多发性骨髓瘤 | 首次整合孟德尔随机化分析、流式细胞术和单细胞RNA测序,建立了基于单核细胞相关基因的预后特征模型 | NA | 开发多发性骨髓瘤的预后预测模型并探索其治疗反应预测价值 | 多发性骨髓瘤患者和免疫细胞 | 机器学习 | 多发性骨髓瘤 | 孟德尔随机化分析,流式细胞术,单细胞RNA测序,转录组测序 | 10种机器学习算法生成的101个预测模型 | 基因表达数据,临床数据 | 731种免疫细胞表型,1,447个差异表达基因,482个预后相关基因 | NA | 单细胞RNA-seq,转录组测序 | NA | NA |
| 873 | 2025-10-06 |
Spatial Transcriptomics: Integrating Morphology and Molecular Mechanisms of Kidney Diseases
2025-Jan, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2024.06.012
PMID:39097166
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综述 | 本文综述了空间转录组学技术在肾脏疾病研究中的应用,包括技术原理、数据分析方法及其临床潜力 | 整合形态学与分子生物学,在原生空间背景下解析肾脏疾病的分子机制 | 新兴技术仍面临技术挑战和标准化问题 | 探讨空间转录组学技术在肾脏疾病研究中的应用前景 | 肾脏疾病 | 空间转录组学 | 肾脏疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 874 | 2024-12-28 |
Advances in Single-Cell Sequencing and Spatial Profiling of Kidney Disease
2025-Jan, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2024.10.010
PMID:39722281
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 875 | 2025-10-06 |
nf-core/marsseq: systematic preprocessing pipeline for MARS-seq experiments
2025, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf089
PMID:40438146
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研究论文 | 开发了一个用于MARS-seq实验的系统性预处理流程,基于nf-core框架实现标准化分析 | 将原始MARS-seq2.0流程改进为nf-core框架实现,简化了流程执行并增加了RNA速度估计功能 | NA | 标准化MARS-seq分析并应用于RNA速度研究 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | MARS-seq2.0, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | MARS-seq2.0(大规模并行RNA单细胞测序) |
| 876 | 2025-10-06 |
ReSort enhances reference-based cell type deconvolution for spatial transcriptomics through regional information integration
2025, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf091
PMID:40510374
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研究论文 | 提出ReSort方法,通过整合区域信息增强空间转录组学中基于参考的细胞类型反卷积 | 利用空间转录组学的区域级数据减少对参考数据的依赖,缓解批次/平台差异问题 | NA | 提高空间转录组学中细胞类型反卷积的准确性 | 小鼠乳腺癌模型中的细胞类型分布 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 参考基于的反卷积方法 | 基因表达空间数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 877 | 2025-10-06 |
Zileuton protects against arachidonic acid/5-lipoxygenase/leukotriene axis-mediated neuroinflammation in experimental traumatic brain injury
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1516836
PMID:40538546
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研究论文 | 本研究探讨了齐留通通过抑制花生四烯酸/5-脂氧合酶/白三烯轴减轻实验性创伤性脑损伤中的神经炎症 | 首次揭示5-脂氧合酶在TBI中的具体作用机制,并证明其抑制剂齐留通可通过调节AA/5-LOX/LT轴改善神经功能 | 研究仅使用小鼠模型,临床转化价值需进一步验证;机制研究主要集中于体外微胶质细胞实验 | 探究5-脂氧合酶在创伤性脑损伤病理生理过程中的作用及潜在治疗价值 | 创伤性脑损伤小鼠模型及BV2微胶质细胞系 | 神经科学 | 创伤性脑损伤 | RNA-seq, RT-PCR, 免疫细胞化学, Western blotting, 单细胞测序, 液相色谱质谱联用, ELISA | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 代谢物数据, 行为学数据 | 创伤性脑损伤小鼠模型及假手术对照组 | NA | 单细胞测序, RNA-seq | NA | NA |
| 878 | 2025-10-06 |
EPHX2 overexpression deters the advancement of clear cell renal cell carcinoma via lipid metabolism reprogramming
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1541429
PMID:40538850
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研究论文 | 本研究探讨EPHX2通过脂代谢重编程抑制透明细胞肾细胞癌进展的机制 | 首次整合机器学习方法与实验验证揭示EPHX2在ccRCC中的肿瘤抑制功能及脂代谢调控机制 | 研究主要基于细胞系实验,缺乏体内动物模型验证 | 阐明EPHX2在透明细胞肾细胞癌进展中的机制作用 | 透明细胞肾细胞癌(ccRCC)细胞系786-O和ACHN | 机器学习 | 肾癌 | 转录组测序,慢病毒转染技术 | 机器学习集成方法 | 转录组数据,单细胞转录组数据 | TCGA和GEO数据库中的ccRCC数据集 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 879 | 2025-10-06 |
Single Cell and Transcriptomic Analysis of Regulatory Mechanisms of Key Genes in Systemic Lupus Erythematosus
2025, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S522871
PMID:40539001
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研究论文 | 本研究整合单细胞和转录组数据,识别系统性红斑狼疮中记忆B细胞相关的六个关键基因及其调控机制 | 首次整合单细胞RNA测序和批量转录组数据,系统性识别SLE中记忆B细胞特异性关键基因并揭示其动态表达模式 | 样本量较小(6例患者和6例对照),仅使用公共数据集GSE82221进行验证 | 阐明系统性红斑狼疮的细胞免疫调控机制和关键致病基因 | 系统性红斑狼疮患者和健康对照者的外周血细胞 | 生物信息学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 差异表达分析, ssGSEA, 功能富集分析, 甲基化分析, PPI网络分析, 伪时序分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 转录组数据 | 6例SLE患者和6例健康对照的外周血样本,整合GSE82221公共数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 880 | 2025-10-06 |
High-expression of BCL10 inhibits cell-mediated immunity within the tumor immune microenvironment
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1616321
PMID:40539049
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证探讨了BCL10在肿瘤免疫微环境中对免疫细胞的调控作用 | 首次系统揭示BCL10高表达通过激活NF-κB信号通路上调PD-1表达,导致CD8+T细胞耗竭的机制 | 研究主要聚焦于宫颈鳞状细胞癌,其他肿瘤类型的验证尚不充分 | 探究BCL10在肿瘤免疫微环境中对T细胞功能的调控机制 | 肿瘤免疫微环境中的免疫细胞,特别是CD8+T细胞 | 生物信息学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序,生物信息学分析,小鼠模型实验 | NA | 基因表达数据,单细胞测序数据 | TCGA和GTEx数据库数据,GEO数据库单细胞数据,植入性CESC小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |