单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 2168 篇文献，本页显示第 841 - 860 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 841 | 2025-10-05 |
Role of Meox1 in promoting lung tumor vascularization and impairing CD8+ T cell mediated immunity
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1645671
PMID:40919158
|
研究论文 | 本研究探讨Meox1转录因子在促进肺肿瘤血管形成和损害CD8+ T细胞介导的免疫中的作用 | 首次系统性地通过scRNA-seq和SCENIC框架揭示Meox1在非小细胞肺癌中的转录调控网络，并证实其双重功能 | 研究主要基于动物模型系统，需要进一步验证在人类临床样本中的适用性 | 探究Meox1转录因子在肺肿瘤血管形成和免疫调节中的功能机制 | 非小细胞肺癌肿瘤组织中的内皮细胞和免疫细胞 | 肿瘤生物学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, siRNA基因敲除, SCENIC调控网络分析 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 842 | 2025-10-05 |
Organelle stresses and energetic metabolisms promote endothelial-to-mesenchymal transition and fibrosis via upregulating FOSB and MEOX1 in Alzheimer's disease
2025, Frontiers in molecular neuroscience
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fnmol.2025.1605012
PMID:40919531
|
研究论文 | 本研究通过转录组分析揭示了阿尔茨海默病中细胞器应激和能量代谢重编程通过上调FOSB和MEOX1促进内皮-间质转化和纤维化的分子机制 | 首次发现细胞器应激和能量代谢重编程通过FOSB和MEOX1驱动阿尔茨海默病中的内皮-间质转化、细胞死亡和纤维化 | 主要基于小鼠模型研究，人类数据验证相对有限 | 阐明阿尔茨海默病中内皮-间质转化、细胞死亡和纤维化的转录组机制 | 3xTg-AD小鼠模型脑组织和人类AD患者脑组织 | 转录组学 | 阿尔茨海默病 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 3xTg-AD小鼠模型和人类AD患者脑组织样本 | NA | RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 843 | 2025-10-05 |
A survey of biclustering and clustering methods in clustering different types of single-cell RNA sequencing data
2025-Jan-15, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elaf010
PMID:40795763
|
综述 | 本文系统综述了双聚类和聚类方法在不同类型单细胞RNA测序数据分析中的应用与性能比较 | 首次系统评估5种双聚类和21种聚类方法在10个真实scRNA-seq数据集上的性能，并从六个维度量化数据集特性以推荐最适合的方法 | 仅评估了有限数量的方法（5种双聚类和21种聚类），且仅使用10个公开数据集，可能无法覆盖所有场景 | 评估当前无监督方法在单细胞RNA测序数据分析中的发展现状，总结各方法的优缺点和改进策略 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 双聚类方法, 聚类方法 | 基因表达数据 | 10个公开真实数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 844 | 2025-10-05 |
Discovery of Multiple Effects of Reactive Oxygen Species on Lung Adenocarcinoma at the Single-cell and Bulk Tissue Levels
2025, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 本研究在单细胞和批量组织水平上探讨了活性氧对肺腺癌的影响机制 | 首次在单细胞和批量组织水平系统分析ROS对LUAD的多重影响，并开发了ROS相关基因特征 | 未明确说明样本来源和具体样本量 | 探究ROS在肺腺癌发展和治疗中的作用机制 | 肺腺癌组织和细胞 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序，批量转录组测序 | LASSO回归，逐步多元回归 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 845 | 2025-10-05 |
Enhancing Single-Cell RNA-Seq Data Completeness With a Graph Learning Framework
2025 Jan-Feb, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2024.3492384
PMID:39504287
|
研究论文 | 提出基于变分图自编码器的单细胞RNA测序数据插补方法VAImpute，用于检测和填补dropout事件 | 利用细胞/基因间的copula相关性构建图网络，通过变分图自编码器学习数据固有分布来预测dropout事件 | NA | 提高单细胞RNA测序数据的完整性，减少dropout事件的影响 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分图自编码器 | 基因表达矩阵 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 846 | 2025-10-05 |
RORα-activated mitophagy attenuating hypoxic-ischemic encephalopathy via suppression of microglial cGAS-STING axis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1592737
PMID:40799648
|
研究论文 | 本研究揭示RORα通过激活线粒体自噬抑制小胶质细胞cGAS-STING轴，从而减轻缺氧缺血性脑病的神经炎症 | 首次发现RORα通过调控线粒体自噬抑制mtDNA-cGAS-STING-NLRP3信号通路的新机制 | 研究主要基于动物模型，尚未在人类临床样本中验证 | 探究RORα在缺氧缺血性脑病中调控小胶质细胞神经炎症的分子机制 | HIE大鼠模型和体外培养的小胶质细胞 | 神经科学 | 缺氧缺血性脑病 | 单细胞RNA测序, WGCNA, LASSO回归, RT-qPCR, Western Blot, ELISA | 动物疾病模型, 细胞模型 | 基因表达数据, 蛋白质数据, 行为学数据 | HIE大鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 847 | 2025-10-05 |
Identification of sepsis biomarkers through glutamine metabolism-mediated immune regulation: a comprehensive analysis employing mendelian randomization, multi-omics integration, and machine learning
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1640425
PMID:40909263
|
研究论文 | 通过整合孟德尔随机化、多组学分析和机器学习方法，识别与谷氨酰胺代谢介导的免疫调控相关的脓毒症生物标志物 | 首次结合孟德尔随机化、单细胞RNA测序和多种机器学习算法，系统揭示谷氨酰胺代谢通过HLA-DR+ NK细胞影响脓毒症风险的机制 | 研究样本量有限，主要依赖公共数据库数据，需要进一步实验验证机制 | 识别脓毒症的早期诊断生物标志物并阐明其发病机制 | 脓毒症患者和健康对照者的外周血单核细胞及相关的基因组和转录组数据 | 生物信息学 | 脓毒症 | 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, 机器学习, RT-qPCR | CatBoost, XGBoost, NGBoost | 基因组数据, 转录组数据, 代谢组数据 | 使用多个公共数据集(GSE167363, GSE236713, GSE28750)，包含1400种血浆代谢物、731种免疫细胞表型和脓毒症GWAS数据 | NA | 单细胞RNA测序, 基因组关联分析 | NA | NA |
| 848 | 2025-10-05 |
Identification of cuproptosis-related genes in chronic apical periodontitis based on bulk and single-cell RNA sequencing analyses and experimental validation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1559220
PMID:40909264
|
研究论文 | 本研究通过整合bulk RNA测序和单细胞RNA测序分析，识别了慢性根尖周炎中与铜死亡相关的关键基因，并进行了实验验证 | 首次将新发现的细胞死亡途径——铜死亡与慢性根尖周炎联系起来，结合bulk和单细胞测序技术进行综合分析 | 样本量相对较小（CAP和HC各3例用于单细胞分析），需要在更大样本中验证结果 | 探索铜死亡相关基因在慢性根尖周炎发病机制中的作用 | 慢性根尖周炎患者和健康对照者的牙周组织 | 生物信息学 | 慢性根尖周炎 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, qRT-PCR, 免疫组织化学染色 | ROC曲线分析, 细胞通讯分析 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 临床样本CAP组3例，健康对照组3例（单细胞测序）；GEO数据库数据集GSE237398和GSE223924 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 849 | 2025-10-05 |
Programmed cell death-driven remodeling of the melanoma microenvironment enables prognostic stratification and therapeutic prediction
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1612217
PMID:40909289
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和批量RNA测序数据全面表征了黑色素瘤中程序性细胞死亡的特征及其与肿瘤异质性、预后和免疫治疗结局的关联 | 首次在黑色素瘤中系统评估程序性细胞死亡的异质性，开发了基于15个基因的预后特征模型，能够有效预测患者生存和免疫治疗反应 | 研究结果需要在前瞻性队列中进一步验证，机制研究尚不充分 | 全面表征程序性细胞死亡相关特征及其与黑色素瘤异质性、预后和免疫治疗结局的关联 | 黑色素瘤患者（皮肤和肢端亚型）的单细胞和批量RNA测序数据 | 生物信息学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序，批量RNA测序，机器学习 | LASSO, Ridge, XGBoost | 基因表达数据 | 多个黑色素瘤队列数据 | NA | 单细胞RNA测序，批量RNA测序 | NA | NA |
| 850 | 2025-10-05 |
Developing a prognostic model of glutamine metabolism-related genes associated with clinical features and immune status in melanoma
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1485006
PMID:40909968
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学分析构建了与黑色素瘤临床特征和免疫状态相关的谷氨酰胺代谢相关基因预后模型 | 首次系统识别谷氨酰胺代谢相关基因并构建黑色素瘤预后风险模型，揭示其与免疫细胞浸润和免疫检查点表达的关系 | 仅通过RT-PCR验证了部分基因表达，缺乏更深入的机制研究 | 开发基于谷氨酰胺代谢相关基因的黑色素瘤预后预测模型 | 黑色素瘤患者和A375细胞系 | 生物信息学 | 黑色素瘤 | scRNA-seq, RT-PCR, 生物信息学分析 | Cox回归风险模型, 列线图 | 基因表达数据, 临床数据 | 来自GEO和TCGA-SKCM数据库的黑色素瘤患者数据 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | 使用R包Seurat进行scRNA-seq数据处理 |
| 851 | 2025-10-05 |
Csf1+ AD-MSCs promote stroke repair by activating the resident microglia
2025, Experimental biology and medicine (Maywood, N.J.)
DOI:10.3389/ebm.2025.10611
PMID:40910104
|
研究论文 | 本研究探讨了Csf1+脂肪来源间充质基质细胞通过激活驻留小胶质细胞促进脑出血修复的机制 | 首次发现Csf1+ AD-MSCs亚群通过抑制单核细胞浸润和激活驻留小胶质细胞促进脑组织修复 | 研究仅使用大鼠模型，临床转化价值需进一步验证 | 探究AD-MSCs促进脑出血修复的作用机制 | 脑出血大鼠模型和脂肪来源间充质基质细胞 | 单细胞转录组学 | 脑出血 | 单细胞转录组测序，组织病理学技术 | NA | 单细胞RNA测序数据，组织病理图像 | 脑出血大鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 852 | 2025-10-06 |
Inflammatory, Functional, and Compositional Changes of the Uterine Immune Microenvironment in a Lymphangioleiomyomatosis Mouse Model
2025, Journal of cellular immunology
DOI:10.33696/immunology.7.227
PMID:40893807
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序等技术探究淋巴管平滑肌瘤病小鼠模型中子宫免疫微环境的炎症、功能和组成变化 | 首次在子宫特异性Tsc2基因敲除小鼠模型中揭示子宫自然杀伤细胞功能失调促进LAMCore细胞肺转移的新机制 | 研究基于小鼠模型，在人类中的适用性需要进一步验证 | 探究淋巴管平滑肌瘤病中子宫免疫微环境变化与肿瘤细胞转移的关系 | 子宫特异性Tsc2基因敲除小鼠模型中的子宫免疫细胞 | 单细胞生物学 | 淋巴管平滑肌瘤病 | 单细胞RNA测序, ELISA, 流式细胞术, 免疫组化, 功能实验 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据, 蛋白质浓度数据, 细胞表型数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 853 | 2025-10-06 |
Deciphering cellular heterogeneity and pathway dynamics in urinary samples: a UMAP-Based approach to understanding acute kidney injury
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1573469
PMID:40900831
|
研究论文 | 本研究通过UMAP分析尿液单细胞RNA测序数据，揭示急性肾损伤中的细胞异质性和ECM相关通路变化 | 首次在AKI尿液样本中应用UMAP分析细胞异质性，并发现MAPK1在ECM通路中的关键调控作用 | 使用公开数据集，样本量有限，需要进一步实验验证临床意义 | 探索急性肾损伤尿液样本中的细胞组成和基因表达模式 | AKI和非AKI患者的尿液单核细胞 | 单细胞基因组学 | 急性肾损伤 | 单细胞RNA测序 | UMAP | 单细胞基因表达数据 | 公开数据集GSE180595中的AKI和非AKI患者尿液样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 854 | 2025-10-06 |
Tumor associated neutrophils promote prostate cancer progression by mediating neutrophil trap secretion through PSMA1- NF-κB-HIF-1α signaling axis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1467357
PMID:40901472
|
研究论文 | 本研究通过整合临床数据分析、机器学习模型和单细胞测序技术，揭示了肿瘤相关中性粒细胞通过PSMA1-NF-κB-HIF-1α信号轴介导中性粒细胞陷阱分泌促进前列腺癌进展的新机制 | 首次发现PSMA1-NF-κB-HIF-1α信号轴调控中性粒细胞陷阱形成的新机制，并建立了基于6个基因的前列腺癌预后预测模型 | 回顾性研究设计，样本量未明确说明，需要在更大规模的前瞻性研究中验证 | 探索肿瘤相关中性粒细胞在前列腺癌进展中的作用机制并建立预后预测模型 | 前列腺癌患者临床数据、前列腺癌类器官模型 | 肿瘤免疫学 | 前列腺癌 | 单细胞测序、LASSO回归分析、机器学习、多变量回归分析、反卷积算法 | LASSO回归、机器学习模型 | 临床数据、基因表达数据、单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 855 | 2025-10-06 |
Elevated THOC5 expression in liver cancer and its implications for tumor progression and therapeutic response
2025, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2025.1596120
PMID:40901498
|
研究论文 | 本研究探讨THOC5基因在多种癌症中的表达及其在肝细胞癌中的预后价值和治疗意义 | 首次系统分析THOC5在多种癌症中的表达模式，揭示其在肝细胞癌中的预后价值及与免疫治疗反应的关系 | 主要依赖公共数据集和体外实验，缺乏体内动物模型验证 | 研究THOC5基因在癌症中的表达特征、预后价值及治疗意义 | 多种癌症类型，特别关注肝细胞癌(LIHC) | 癌症生物学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序, RNA-seq, 免疫组化, 蛋白质组分析, 伤口愈合实验, Transwell迁移实验 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 细胞功能数据 | 公共数据集中的多种癌症样本，肝细胞癌细胞系 | NA | 单细胞RNA测序, RNA-seq, 蛋白质组分析 | NA | NA |
| 856 | 2025-10-06 |
Uncovering key biomarkers, potential therapeutic targets and development of deep learning model in heart failure
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0330780
PMID:40901835
|
研究论文 | 通过生物信息学分析和深度学习模型识别心力衰竭的关键生物标志物和潜在治疗靶点 | 结合多种生物信息学方法识别出四个关键基因，并首次开发基于卷积神经网络的诊断模型 | 基于公共数据库的回顾性分析，需要进一步实验验证 | 探索心力衰竭的分子机制并开发诊断模型 | 心力衰竭相关基因表达数据 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 基因表达分析, 单细胞RNA测序, 分子对接 | CNN | 基因表达数据 | 公共数据库中的心力衰竭相关样本 | NA | 单细胞RNA测序, 基因表达分析 | NA | NA |
| 857 | 2025-10-06 |
Multi-Omics Integration with Machine Learning and Molecular Docking Reveals Crosstalk Mechanisms and Drug Candidates in Metastatic Melanoma and Vitiligo
2025, Clinical, cosmetic and investigational dermatology
DOI:10.2147/CCID.S533281
PMID:40904412
|
研究论文 | 本研究通过多组学整合与机器学习方法揭示了转移性黑色素瘤与白癜风之间的相互作用机制并筛选潜在治疗药物 | 首次系统阐明转移性黑色素瘤与白癜风之间的遗传互作机制，建立基于枢纽基因的预后模型并筛选靶向治疗化合物 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据，需要进一步实验验证 | 阐明转移性黑色素瘤与白癜风的相互作用机制并开发个性化治疗方案 | 转移性黑色素瘤和白癜风相关基因及患者数据 | 机器学习 | 黑色素瘤,白癜风 | 差异表达分析,WGCNA,单细胞RNA测序,分子对接 | 机器学习算法,AUCell算法,CellChat分析 | 基因表达数据,单细胞数据 | 来自GEO和TCGA数据库的公共数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 858 | 2025-10-06 |
Exploring immunological alterations of B cells in peripheral immunity via single-cell RNA sequencing: insights into primary membranous nephropathy
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1622395
PMID:40904455
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序探索原发性膜性肾病患者外周免疫中B细胞的免疫学改变 | 首次在单细胞水平揭示PMN患者B细胞的异质性和功能多样性，发现亚群0浆细胞和B10调节性B细胞在疾病发病机制中的独特作用 | 样本量较小（6例患者和3例健康对照），需要更大规模研究验证发现 | 探索原发性膜性肾病中B细胞的免疫致病机制 | 原发性膜性肾病患者和健康对照者的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6例PMN患者和3例健康对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 859 | 2025-10-06 |
From trash to treasure: tumor draining lymph nodes as a multi-omics goldmine in cancer therapy
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1636942
PMID:40904508
|
综述 | 探讨肿瘤引流淋巴结在癌症治疗中的双重角色及其多组学研究价值 | 提出“淋巴结多模态保护研究(LNMPR)”概念，强调通过整合空间转录组学、单细胞分析等多组学技术解析淋巴结免疫动态 | NA | 系统梳理肿瘤引流淋巴结生物学功能的演变历程及其在癌症治疗中的临床意义 | 肿瘤引流淋巴结(TDLNs) | 肿瘤免疫学 | 癌症 | 空间转录组学, 单细胞分析, 成像技术 | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞分析 | NA | NA |
| 860 | 2025-10-06 |
SPINK1 facilitates tumor progression via the EGFR/JAK/STAT3 axis in oral squamous cell carcinoma: insights from single-cell RNA sequencing
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1585277
PMID:40904507
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示SPINK1通过EGFR/JAK/STAT3轴促进口腔鳞状细胞癌进展的分子机制 | 首次在单细胞水平阐明SPINK1在OSCC中的双重作用机制，包括肿瘤发生和免疫调节功能 | 未明确说明样本数量和具体实验平台细节 | 阐明SPINK1在口腔鳞状细胞癌中的功能作用和分子机制 | 口腔鳞状细胞癌组织和细胞系 | 单细胞转录组学 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, qPCR, 免疫印迹, 功能获得和缺失实验 | NA | 单细胞转录组数据, 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |