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当前共找到 2151 篇文献，本页显示第 841 - 860 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 841 | 2025-10-06 |
Inferring Phenotypes of Copy Number Clones in Cancer Populations Using TreeAlign
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4566-6_7
PMID:40779108
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研究论文 | 介绍使用TreeAlign方法联合分析单细胞全基因组测序和单细胞RNA测序数据中的拷贝数和基因表达 | 开发了能够匹配scRNA数据与scWGS推断克隆的系统发育感知方法，能够稳健建模基因剂量对基因表达的影响 | 需要同时具备单细胞RNA测序和单细胞全基因组测序数据，两种模式的联合测量并不常见 | 在单细胞水平上关联表达变化与拷贝数变化 | 癌症细胞群体中的拷贝数克隆 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序, 单细胞全基因组测序 | TreeAlign | 基因表达数据, 拷贝数变异数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞全基因组测序 | NA | NA |
| 842 | 2025-10-06 |
Integrative analysis of polyamine metabolism-related genes in gliomas: implications for prognosis and therapy
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1517557
PMID:40761256
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研究论文 | 本研究通过整合分析多胺代谢相关基因构建了胶质瘤预后风险模型 | 首次基于多胺代谢相关基因构建胶质瘤预后风险模型并系统分析肿瘤免疫微环境特征 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析，需要进一步实验验证 | 开发基于多胺代谢相关基因的胶质瘤预后预测模型和治疗策略 | 胶质瘤患者和肿瘤组织 | 生物信息学 | 胶质瘤 | RNA测序，单细胞RNA测序，LASSO Cox回归，WGCNA | LASSO Cox回归模型，风险评分模型 | mRNA表达数据，临床数据 | 来自TCGA、CGGA和GEO数据库的多个胶质瘤队列 | NA | 单细胞RNA测序，bulk RNA测序 | NA | NA |
| 843 | 2025-10-06 |
Identification of novel molecular subtypes and construction of a prognostic signature via multi-omics analysis and machine learning in lung adenocarcinoma
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1590216
PMID:40761262
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研究论文 | 通过多组学分析和机器学习识别肺腺癌新分子亚型并构建预后特征 | 应用10种聚类算法识别新分子亚型，整合单细胞RNA测序数据表征亚型特异性免疫微环境，构建多组学机器学习预后特征并在多个独立数据集中验证 | NA | 识别肺腺癌新分子亚型并构建预后特征以改善患者分层 | 肺腺癌患者 | 机器学习 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, western blotting, 细胞增殖实验, 流式细胞术, transwell迁移实验 | 机器学习算法 | 多组学数据, 单细胞RNA测序数据 | TCGA肺腺癌数据集和6个独立GEO数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 多组学分析 | NA | NA |
| 844 | 2025-10-06 |
ScaleSC: a superfast and scalable single-cell RNA-seq data analysis pipeline powered by GPU
2025, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf167
PMID:40761324
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研究论文 | 开发了一个基于GPU加速的超快速可扩展单细胞RNA-seq数据分析流程ScaleSC | 通过GPU计算实现超过20倍加速，能够处理1000多个批次的1000-2000万细胞数据集，解决了单张A100卡上的内存瓶颈，远超现有工具的处理能力 | NA | 解决大规模单细胞RNA-seq数据处理速度慢的问题 | 单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 1000-2000万细胞，超过1000个批次 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 845 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA Sequencing Integrated with Bulk-RNA Sequencing Analysis Reveals Prognostic Signatures Based on PANoptosis in Hepatocellular Carcinoma
2025, Journal of hepatocellular carcinoma
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JHC.S533777
PMID:40761429
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研究论文 | 通过单细胞和批量RNA测序结合机器学习识别肝细胞癌中PANoptosis相关的预后特征和治疗靶点 | 首次将PANoptosis机制与肝细胞癌进展联系起来，发现YIF1B作为双重预后生物标志物和肿瘤驱动因子 | 需要进一步实验验证YIF1B的临床转化价值 | 研究肝细胞癌中PANoptosis相关机制，识别可操作的治疗靶点并优化患者特异性治疗结果 | 肝细胞癌患者 | 生物信息学,机器学习 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,机器学习,生物信息学分析 | 机器学习模型 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 846 | 2025-10-06 |
Chevreul: an R bioconductor package for exploratory analysis of full-length single cell sequencing
2025, GigaByte (Hong Kong, China)
DOI:10.46471/gigabyte.158
PMID:40761736
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研究论文 | 介绍了一个用于单细胞RNA测序数据探索性分析的R Bioconductor软件包Chevreul | 专注于全长度RNA测序数据分析，支持外显子覆盖度和转录本异构体推断，提供批处理校正功能，且为非编程研究人员设计 | NA | 开发用于单细胞RNA测序数据处理的软件工具 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 847 | 2025-10-06 |
Unraveling NK cell heterogeneity through single-cell sequencing: insights from physiological and tumor contexts for clinical applications
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1612352
PMID:40761786
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综述 | 通过单细胞测序技术解析NK细胞的异质性，探讨其在生理和肿瘤环境中的特征及临床应用前景 | 系统阐述单细胞测序技术在揭示NK细胞异质性方面的应用，分析肿瘤微环境中NK细胞的动态变化及治疗响应机制 | NA | 探讨NK细胞异质性机制及其在肿瘤免疫治疗中的临床应用价值 | 自然杀伤细胞（NK细胞） | 单细胞生物学 | 肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 848 | 2025-10-06 |
Integrated multi-omics analysis and machine learning identify G protein-coupled receptor-related signatures for diagnosis and clinical benefits in soft tissue sarcoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1561227
PMID:40761790
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学分析和机器学习方法，构建了软组织肉瘤中G蛋白偶联受体相关特征的诊断和预后预测模型 | 首次在单细胞和bulk RNA-seq水平结合12种机器学习算法及其127种组合，构建了GPR相关特征的诊断和预后预测模型 | 研究依赖于公共数据库数据，需要进一步实验验证 | 开发软组织肉瘤的诊断和预后预测工具 | 软组织肉瘤患者 | 机器学习 | 软组织肉瘤 | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 多组学分析 | Stepglm+Enet, 机器学习集成框架 | 基因表达数据 | 基于TCGA和GEO数据库的样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 849 | 2025-10-06 |
Analysis of immune characteristics and inflammatory mechanisms in COPD patients: a multi-layered study combining bulk and single-cell transcriptome analysis and machine learning
2025, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2025.1592802
PMID:40761855
|
研究论文 | 通过整合bulk和单细胞转录组分析与机器学习方法，研究COPD患者的免疫特征和炎症机制 | 首次结合bulk和单细胞转录组数据，利用机器学习算法筛选COPD炎症相关特征基因，并发现肉桂醛可能靶向CXCL8蛋白发挥抗炎作用 | 研究基于公共数据库数据，缺乏实验验证；样本来源有限 | 探讨炎症基因在COPD中的潜在作用和机制 | COPD患者和正常个体的气道上皮组织 | 生物信息学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 转录组测序，单细胞RNA-seq，分子对接，分子动力学模拟 | Lasso回归，随机森林 | 基因表达数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 850 | 2025-10-06 |
Resolving Resident Colonic Muscularis Macrophage Diversity and Plasticity During Colitis
2025-01-06, Inflammatory bowel diseases
IF:4.5Q1
DOI:10.1093/ibd/izae155
PMID:39102823
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序解析了结肠炎期间结肠肌层巨噬细胞的多样性和可塑性 | 首次在单细胞水平揭示了结肠肌层巨噬细胞在生理和结肠炎状态下的转录组特征，发现Lyve1+巨噬细胞亚群在结肠炎期间消失而Cx3cr1+巨噬细胞保留并表现炎症可塑性 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限 | 解析结肠炎期间肠道肌层免疫细胞群的异质性和动态变化 | 结肠肌层巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序，免疫组织化学，流式细胞术，细胞谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据，图像数据，流式数据 | 正常结肠和葡聚糖硫酸钠诱导的结肠炎模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 851 | 2025-10-06 |
FlyRNAi.org 2025 update-expanded resources for new technologies and species
2025-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae917
PMID:39435987
|
研究论文 | 介绍FlyRNAi数据库2025年更新，扩展了支持新技术和物种的资源 | 新增单细胞转录组学数据挖掘分析资源，将CRISPR试剂和基因中心生物信息学方法应用于传染病节肢动物载体 | NA | 支持功能基因组学研究，促进生物和生物医学理解 | 果蝇、节肢动物载体、常见遗传模型物种、人类生物学 | 生物信息学 | 传染病 | RNAi筛选、CRISPR、单细胞转录组学 | NA | 组学数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 852 | 2025-10-06 |
Construction of a New Ferroptosis-related Prognosis Model for Survival Prediction in Colorectal Cancer
2025, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 本研究构建了一个基于11个铁死亡相关基因的预后模型，用于结直肠癌患者的生存预测 | 首次结合单细胞RNA测序和转录组数据分析铁死亡相关基因在结直肠癌中的预后价值，并开发了11基因特征模型 | 研究依赖于公共数据库数据，需要进一步实验验证 | 开发结直肠癌的铁死亡相关基因预后特征并探索其分子功能 | 结直肠癌患者样本 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 转录组测序, ssGSEA, WGCNA, Cox回归分析 | 预后预测模型, 列线图 | 基因表达数据, 临床数据 | 来自GSE161277、GSE17537和TCGA-CRC数据库的结直肠癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 853 | 2025-10-06 |
Role of pericytes in regulating penile angiogenesis and nerve regeneration
2025-01-01, Asian journal of andrology
IF:3.0Q1
DOI:10.4103/aja202455
PMID:39162179
|
综述 | 本文综述了周细胞在阴茎血管生成和神经再生中的作用及其与勃起功能障碍的关系 | 首次系统分析周细胞在糖尿病性和神经性勃起功能障碍中的具体作用机制 | 主要基于文献综述，缺乏原始实验数据验证 | 分析周细胞在勃起功能障碍中的具体作用机制 | 周细胞在阴茎组织中的功能 | 病理生理学 | 勃起功能障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 文献数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 854 | 2025-10-06 |
Uncovering plaque-glia niches in human Alzheimer's disease brains using spatial transcriptomics
2025, Molecular neurodegeneration advances
DOI:10.1186/s44477-025-00002-z
PMID:40740481
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术揭示人类阿尔茨海默病脑中斑块-胶质细胞微环境的分子特征 | 首次在人类AD脑组织中系统描绘斑块-胶质细胞微环境的空间转录组特征，并整合多组学数据验证胶质细胞反应 | 样本来源于死后脑组织，可能无法完全反映疾病过程中的动态变化 | 解析阿尔茨海默病中斑块与胶质细胞相互作用的分子机制 | 人类阿尔茨海默病患者脑组织样本和iPSC来源的细胞培养模型 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学, 免疫组织化学, 单核RNA测序, 单细胞RNA测序, 基因集富集分析 | NA | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 组织图像数据 | 21名个体的78个死后脑切片 | NA | 空间转录组学, 单核RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 855 | 2025-10-06 |
Deciphering the role of SEMA4A/MAPK signaling in sepsis: insights from Mendelian randomization, transcriptomic, single-cell sequencing analyses, and vitro experiments
2025, Frontiers in cellular and infection microbiology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcimb.2025.1606509
PMID:40756031
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研究论文 | 通过孟德尔随机化、转录组学、单细胞测序分析和体外实验，揭示SEMA4A/MAPK信号通路在脓毒症发病机制中的关键作用 | 首次结合孟德尔随机化与多组学分析鉴定脓毒症核心基因，并通过单细胞测序明确其在单核细胞中的特异性表达 | 研究主要基于公共数据库和体外细胞实验，缺乏体内动物模型验证 | 探索脓毒症的新治疗靶点 | 脓毒症患者转录组数据和THP-1人单核细胞 | 生物信息学 | 脓毒症 | 转录组测序,单细胞RNA测序,孟德尔随机化分析,体外实验 | 差异表达分析,富集分析,细胞模型 | 基因表达数据,单细胞测序数据 | 3个独立脓毒症患者转录组数据集 | NA | 单细胞RNA测序,转录组测序 | NA | NA |
| 856 | 2025-10-06 |
To explore the potential of LOXL2 as a biomarker in glioma and construct a genomic integrated clinical prognostic model
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1602475
PMID:40756111
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研究论文 | 本研究探索LOXL2作为胶质瘤生物标志物的潜力并构建基因组整合的临床预后模型 | 首次系统评估LOXL2在胶质瘤中的生物学功能及其与患者预后的潜在关联，构建了基于LOXL2的预后预测模型 | 研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证LOXL2的具体分子机制 | 为改善胶质瘤诊疗策略提供新的理论基础 | 胶质瘤患者和LOXL2基因 | 生物信息学 | 胶质瘤 | 生物信息学分析，单细胞RNA测序，GO/KEGG通路分析，免疫浸润分析 | COX回归，KM生存分析，列线图，决策曲线分析 | 基因组数据，临床数据，单细胞测序数据 | CCGA探索队列和TCGA验证队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 857 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing using split-pool barcoding reveals transcriptional heterogeneity in Porphyromonas gingivalis with implications for periodontal pathogenesis
2025, Journal of oral microbiology
IF:3.7Q2
DOI:10.1080/20002297.2025.2540827
PMID:40756339
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研究论文 | 本研究首次通过单细胞RNA测序揭示了牙龈卟啉单胞菌的转录异质性 | 首次在单细胞水平绘制牙龈卟啉单胞菌转录图谱，发现具有功能意义的稀有亚群 | 仅使用W83菌株在厌氧条件下培养，未涵盖其他菌株或体内环境 | 探究牙龈卟啉单胞菌在单细胞水平的转录异质性及其与牙周病发病机制的关系 | 牙龈卟啉单胞菌W83菌株 | 单细胞转录组学 | 牙周病 | 单细胞RNA测序 | 聚类分析，差异表达分析 | 单细胞基因表达数据 | 1,942个牙龈卟啉单胞菌细胞 | NA | split-pool barcoding单细胞RNA测序 | NA | split-pool barcoding技术 |
| 858 | 2025-10-06 |
New insights into acute ischemic stroke from the perspective of spatial omics
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.113396
PMID:40756344
|
综述 | 从空间单细胞组学角度总结急性缺血性脑卒中后不同细胞类型在时空分布中的生物学功能和相互作用机制 | 首次从空间单细胞组学视角系统阐述急性缺血性脑卒中后中枢驻留细胞与外周免疫细胞亚群在时空分布中的动态互作机制 | NA | 理解急性缺血性脑卒中后复杂细胞间相互作用机制，为精准干预提供理论基础 | 小胶质细胞、星形胶质细胞、少突胶质细胞及其亚群、浸润外周免疫细胞 | 空间转录组学 | 急性缺血性脑卒中 | 空间转录组技术 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 859 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing uncovers intestinal immune alterations and cellular diversity from chronic fluoride exposure in mice
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.116567
PMID:40756359
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示慢性氟暴露对小鼠肠道免疫和细胞多样性的影响 | 首次使用单细胞RNA测序技术系统分析慢性氟暴露对肠道细胞异质性和细胞间通讯的影响 | 研究仅针对小鼠模型，未涉及人类样本验证 | 探究慢性氟暴露对肠道细胞功能和免疫调节的影响机制 | 小鼠回肠组织细胞 | 单细胞组学 | 肠道疾病 | 单细胞RNA测序, 荧光原位杂交, 广谱抗生素处理 | NA | 单细胞转录组数据 | 56周50-ppm氟暴露的小鼠回肠组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 860 | 2025-10-06 |
Analysis of histone modifications in key cellular subpopulations in the context of azoospermia using spermatogenic single-cell RNA-seq data
2025, Frontiers in bioinformatics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fbinf.2025.1626153
PMID:40756901
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序数据分析非梗阻性无精子症中关键细胞亚群的组蛋白修饰作用 | 首次在单细胞水平揭示NOA患者睾丸组织中特定细胞亚群（如Leydig细胞、PTM细胞和巨噬细胞）的组蛋白修饰相关基因异常表达 | 研究基于公共数据库数据，样本来源有限；未进行实验验证组蛋白修饰的功能机制 | 探究非梗阻性无精子症的分子机制，特别关注组蛋白修饰在疾病进展中的作用 | 非梗阻性无精子症患者和对照组的睾丸组织细胞 | 单细胞转录组学 | 男性不育症 | 单细胞RNA测序 | AUCell, CellChat | 单细胞RNA测序数据 | 来自GEO数据库GSE149512数据集的样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |