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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 841 | 2025-10-06 |
Spatial Transcriptomic Analyses of Spermatogenesis
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4698-4_3
PMID:40601269
|
研究论文 | 本章概述了空间转录组技术及其在精子发生研究中的应用 | 将空间转录组技术应用于精子发生研究,解决了传统转录组方法无法保留组织空间结构的问题 | 仅提供了基于小鼠睾丸的示例分析,方法适用范围有待进一步验证 | 开发空间转录组技术在精子发生研究中的应用方法 | 小鼠睾丸组织和精子发生过程 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据,组织切片图像 | 小鼠睾丸组织样本 | Curio Biosciences | 空间转录组学 | Seeker (SlideSeq V2) | Curio Biosciences Seeker平台(基于SlideSeq V2技术) |
| 842 | 2025-10-06 |
Gonadal sex and temperature independently influence germ cell differentiation and meiotic progression in Trachemys scripta
2025-Jan-07, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2413191121
PMID:39793067
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研究论文 | 本研究探讨温度和性腺性别对红耳龟生殖细胞分化和减数分裂进程的独立影响 | 首次在温度依赖性性别决定物种中证明温度对生殖细胞性分化的直接影响独立于性腺体细胞 | 研究仅针对单一TSD物种(红耳龟),结果可能不适用于其他物种 | 探究温度是否直接影响生殖细胞分化和性别认同的其他方面 | 红耳龟(Trachemys scripta)胚胎和生殖细胞 | 发育生物学 | NA | 减数分裂铺片分析,单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据,细胞形态数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 843 | 2025-10-06 |
Inonotus obliquus (chaga) ameliorates folic acid-induced renal fibrosis in mice: the crosstalk analysis among PT cells, macrophages and T cells based on single-cell sequencing
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1556739
PMID:40160460
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术探讨了桦褐孔菌(Chaga)改善叶酸诱导的小鼠肾纤维化的细胞和分子机制 | 首次应用单细胞RNA测序技术研究桦褐孔菌治疗肾纤维化的作用,揭示了近端肾小管细胞、巨噬细胞和T细胞之间的相互作用网络 | 需要进一步的实验验证以确定其临床应用价值 | 探究桦褐孔菌治疗肾纤维化的潜在机制 | 叶酸诱导的肾纤维化小鼠模型 | 单细胞测序 | 肾纤维化 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, UPLC-MS, 组织学染色 | NA | 单细胞基因表达数据, 空间转录组数据, 组织学图像 | 82,496个肾脏细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 844 | 2025-10-06 |
Corrigendum: Inonotus obliquus (chaga) ameliorates folic acid-induced renal fibrosis in mice: the crosstalk analysis among PT cells, macrophages and T cells based on single-cell sequencing
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1629322
PMID:40510421
|
correction | 本文是对先前发表文章的更正说明 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 845 | 2025-10-06 |
Candida albicans: a historical overview of investigations into an important human pathogen
2025-Jan-01, Canadian journal of microbiology
IF:1.8Q4
DOI:10.1139/cjm-2025-0036
PMID:40522159
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综述 | 回顾白色念珠菌研究的历史发展,从早期临床观察到现代高通量基因组技术 | 整合多组学方法推进精准真菌学时代,追踪真菌种群基因组学的进化适应 | NA | 理解白色念珠菌的分子生物学、致病性和耐药机制 | 机会性致病真菌白色念珠菌 | NA | 侵袭性念珠菌病 | 全基因组测序,功能基因组学,单细胞转录组学,CRISPR-Cas9基因组编辑,多组学方法 | NA | 基因组数据,转录组数据 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 846 | 2025-10-06 |
Congestion Enriches Intra-hepatic Macrophages Through Reverse Zonation of CXCL9 in Liver Sinusoidal Endothelial Cells
2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101475
PMID:39923846
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研究论文 | 本研究揭示了肝脏充血通过肝窦内皮细胞中CXCL9的反向分区化富集肝内巨噬细胞的机制 | 首次发现肝窦内皮细胞中CXCL9的反向分区化现象及其在充血性肝病中调控巨噬细胞募集的新机制 | 研究样本量有限,且动物模型可能无法完全模拟人类疾病的所有特征 | 探究充血性肝病中肝窦免疫细胞空间分布变化及其在肝纤维化和门脉高压中的作用 | 充血性肝病患者组织样本、Fontan相关肝病患者组织样本、小鼠pIVCL模型 | 数字病理学 | 肝脏疾病 | 成像质谱流式细胞术,单细胞RNA测序,RNA原位杂交 | NA | 图像,单细胞转录组数据 | 人类患者组织样本和小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 847 | 2025-10-06 |
Convergent and divergent immune aberrations in COVID-19, post-COVID-19-interstitial lung disease, and idiopathic pulmonary fibrosis
2025-Jan-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00528.2024
PMID:39510135
|
研究论文 | 本研究通过分析循环免疫细胞的转录和表型变化,揭示了COVID-19、COVID-19后间质性肺病和特发性肺纤维化之间的免疫异常异同 | 首次发现50基因特征在单核细胞和T细胞亚群中的基因组失衡模式,并揭示该模式在COVID-19幸存者和IPF患者中的反向表达特征 | 样本量相对有限(227例),且为观察性研究,无法确定因果关系 | 研究循环免疫细胞变化与COVID-19死亡率、COVID-19后ILD肺纤维化消退及IPF持续性的关联 | 227名COVID-19患者、COVID-19后间质性肺病患者、特发性肺纤维化患者和对照受试者 | 免疫学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序,基因表达分析,生物标志物检测 | NA | 基因表达数据,单细胞转录组数据,蛋白质生物标志物数据 | 227名受试者 | Nanostring,10x Genomics,Luminex | 单细胞RNA测序,基因表达分析,多重蛋白检测 | nCounter,10x Chromium,Luminex | nCounter基因表达分析系统,10x Genomics单细胞RNA测序平台,Luminex多重检测平台 |
| 848 | 2025-10-06 |
Periplakin Attenuates Liver Fibrosis via Reprogramming CD44Low Cells into CD44High Liver Progenitor Cells
2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101498
PMID:40107450
|
研究论文 | 本研究揭示了周斑蛋白通过将CD44Low细胞重编程为CD44High肝脏祖细胞来减轻肝纤维化的机制 | 首次发现PPL+CD44Low细胞可重分化为PPL+CD44High肝脏祖细胞,并证明其移植治疗肝纤维化的潜力 | 肝纤维化模型中肝脏祖细胞的来源机制仍需进一步阐明 | 探究周斑蛋白在肝纤维化中的作用机制及治疗潜力 | 肝纤维化患者、小鼠模型、肝脏祖细胞 | 单细胞测序 | 肝纤维化 | 单细胞测序、腺病毒过表达、细胞移植 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据 | 肝纤维化患者和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 849 | 2025-10-06 |
Cross-cohort multi-omics analysis identifies novel clusters driven by EMT signatures in colorectal cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1628005
PMID:40574852
|
研究论文 | 本研究通过整合五个单细胞RNA测序队列,系统分析了结直肠癌的肿瘤细胞异质性,建立了首个单细胞分辨率的分子分型系统 | 首次建立了结直肠癌单细胞分辨率分子分类系统,发现HOXC6是C3亚型的关键驱动因子,并验证了abemaciclib对HOXC6的靶向治疗潜力 | 研究样本量相对有限(70个样本),需要在更大队列中验证分类系统的普适性 | 系统表征结直肠癌肿瘤细胞异质性及其临床意义,开发精准治疗策略 | 结直肠癌患者肿瘤细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 70个结直肠癌样本,164,173个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 850 | 2025-10-06 |
Single cell dissection reveals SFRP2+ fibroblasts amplifying inflammatory responses in oral lichen planus
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1553963
PMID:40574847
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示SFRP2+成纤维细胞在口腔扁平苔藓中放大炎症反应的作用机制 | 首次鉴定出SFRP2+成纤维细胞是OLP中炎症性成纤维细胞的来源,并发现其通过Wnt5a表达与CD8+ T细胞相互作用放大局部免疫炎症 | 样本量相对有限(4例OLP患者和1例健康对照进行单细胞测序),需要更大样本验证 | 研究疾病特异性成纤维细胞在口腔扁平苔藓发病机制中的作用 | 口腔扁平苔藓患者和健康个体的口腔黏膜组织及原代成纤维细胞 | 单细胞生物学 | 口腔扁平苔藓 | 单细胞RNA测序,免疫荧光染色,多重免疫荧光 | NA | 基因表达数据,图像数据 | 4例OLP患者和1例健康对照(单细胞测序),51例OLP患者和24例健康个体(原代成纤维细胞分析) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 851 | 2025-10-06 |
Comprehensive analysis of single-cell and bulk RNA sequencing data reveals an EGFR signature for predicting immunotherapy response and prognosis in pan-cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1604394
PMID:40574864
|
研究论文 | 通过整合单细胞和bulk RNA测序数据,开发了一个基于EGFR相关基因的免疫治疗反应预测标志物 | 首次结合单细胞和bulk RNA测序数据,利用机器学习算法识别出具有泛癌应用价值的EGFR相关基因标志物 | NA | 开发能够预测免疫检查点抑制剂治疗反应和预后的新型生物标志物 | 泛癌患者样本 | 机器学习 | 泛癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | 多种机器学习算法 | RNA测序数据 | 34个单细胞RNA测序队列和10个bulk RNA测序队列 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 852 | 2025-10-06 |
Mapping CD4+ T cell diversity in CSF to identify endophenotypes of multiple sclerosis
2025, Brain communications
IF:4.1Q2
DOI:10.1093/braincomms/fcaf231
PMID:40574973
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研究论文 | 通过光谱流式细胞术分析多发性硬化症患者脑脊液中的CD4+ T细胞多样性,识别疾病内表型 | 首次结合公共转录组数据和自身单细胞RNA测序设计标记物面板,识别与慢性神经炎症相关的CD4+ T细胞亚群特征 | 研究主要基于实验性自身免疫性脑脊髓炎小鼠模型,人类样本验证仍需进一步扩大 | 确定脑脊液细胞光谱流式细胞术能否识别多发性硬化症中的致病性CD4+ T细胞亚群 | 多发性硬化症患者脑脊液中的CD4+ T细胞 | 免疫学 | 多发性硬化症 | 光谱流式细胞术, 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 流式细胞数据, 单细胞转录组数据 | 独立的多发性硬化症队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 853 | 2025-10-06 |
Regulatory B cells promote the immunosuppressive microenvironment and progression of clear cell renal cell carcinoma
2025, Immunotherapy advances
IF:4.1Q2
DOI:10.1093/immadv/ltaf013
PMID:40575014
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研究论文 | 本研究探讨了调节性B细胞在透明细胞肾细胞癌免疫抑制微环境形成和肿瘤进展中的关键作用 | 建立了基于机器学习的Breg特征模型(CMLBregS),揭示了IRF4作为关键预后标志物,并发现高CMLBregS评分患者对免疫检查点阻断治疗反应较差 | 未明确说明样本量大小和研究队列的具体数量 | 探究调节性B细胞在透明细胞肾细胞癌中的预后价值和免疫抑制机制 | 透明细胞肾细胞癌患者样本和调节性B细胞 | 机器学习 | 肾癌 | 空间转录组学、多重免疫荧光、免疫组织化学、机器学习 | 机器学习分类模型 | 基因表达数据、空间定位数据、免疫染色数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 854 | 2025-10-06 |
Activation of the IDO1-GCN2-ATF4-CHOP Pathway During the Massive Generation of Antibody-Secreting Cells in Dengue Patients Through Single-Cell Transcriptomics
2025, International journal of tryptophan research : IJTR
IF:2.7Q3
DOI:10.1177/11786469251340237
PMID:40575112
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示登革热患者抗体分泌细胞大量生成期间IDO1-GCN2-ATF4-CHOP通路的激活机制 | 首次通过单细胞转录组学发现CD14+单核细胞是IDO1和IDO2的主要表达者,并揭示色氨酸缺乏对B细胞命运的早期影响 | 需要进一步研究以完全理解这些发现对疾病进展的影响 | 研究登革热如何调节宿主代谢和B细胞反应 | 登革热患者的抗体分泌细胞和免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 登革热 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 来自公共数据库的登革热患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 855 | 2025-10-06 |
Integrating mitochondrial and lysosomal gene analysis for breast cancer prognosis using machine learning
2025-01-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-86970-4
PMID:39865118
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研究论文 | 本研究通过机器学习整合线粒体和溶酶体基因分析,开发乳腺癌预后预测模型 | 首次将线粒体和溶酶体共调控因子结合用于乳腺癌预后预测,并发现SHMT2关键基因的功能 | 研究样本量未明确说明,需要进一步临床验证 | 开发乳腺癌预后预测模型,为患者分层和个性化干预提供基础 | 乳腺癌患者 | 机器学习 | 乳腺癌 | 差异分析、拷贝数变异、单核苷酸多态性、相关性分析、WGCNA、单变量Cox回归、单细胞RNA测序 | CoxBoost + Survivor-SVM | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 856 | 2025-10-06 |
Real-world effectiveness and safety of oral azvudine versus nirmatrelvir‒ritonavir (Paxlovid) in hospitalized patients with COVID-19: a multicenter, retrospective, cohort study
2025-Jan-17, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02126-w
PMID:39819859
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研究论文 | 比较阿兹夫定与奈玛特韦-利托那韦在COVID-19住院患者中的真实世界疗效和安全性 | 首次通过大规模多中心回顾性队列研究比较两种药物的临床效果,并发现阿兹夫定对肝癌患者具有额外抗肿瘤作用 | 回顾性研究设计存在潜在偏倚,未采用随机分组 | 评估阿兹夫定与Paxlovid在COVID-19住院患者中的疗效和安全性差异 | COVID-19住院患者,特别是合并恶性肿瘤的患者 | 临床医学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序,Kaplan-Meier分析,Cox回归模型 | Cox回归模型 | 临床数据,实验数据 | 40,876名住院患者(倾向评分匹配后3,606名) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 857 | 2025-10-06 |
Novel insights from comprehensive analysis: The role of cuproptosis and peripheral immune infiltration in Alzheimer's disease
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0325799
PMID:40560886
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研究论文 | 通过综合分析铜死亡和免疫浸润在阿尔茨海默病中的作用,识别了五个关键特征基因 | 首次系统研究铜死亡相关基因在阿尔茨海默病外周免疫细胞中的作用机制 | 样本来源主要依赖公共数据库,实验验证仅限于部分基因的qPCR验证 | 探索铜死亡相关基因在阿尔茨海默病发病机制中的作用 | 阿尔茨海默病患者的外周血细胞 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 基因表达分析,机器学习,单细胞RNA测序,实时定量PCR,分子对接 | 四种机器学习模型 | 基因表达数据,单细胞RNA测序数据 | GEO数据库中的阿尔茨海默病患者样本 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 858 | 2025-10-06 |
Optimization of clustering parameters for single-cell RNA analysis using intrinsic goodness metrics
2025, Frontiers in bioinformatics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fbinf.2025.1562410
PMID:40567596
|
研究论文 | 本研究利用内在质量指标优化单细胞RNA测序分析中的聚类参数 | 使用内在质量指标预测不同参数下聚类方法的准确性,并识别出可用于快速比较不同聚类参数配置的代理指标 | 仅使用了三个数据集和两种聚类方法,可能无法代表所有单细胞RNA测序数据的多样性 | 优化单细胞RNA测序分析中的聚类参数选择 | 单细胞RNA测序数据中的细胞亚群 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 线性混合回归模型, ElasticNet回归模型 | 单细胞RNA测序数据 | 三个来自不同解剖区域的数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 859 | 2025-10-06 |
Stemness-driven clusters in ovarian cancer: immune characteristics and prognostic implications
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1577283
PMID:40567611
|
研究论文 | 本研究通过鉴定卵巢癌中的干细胞性相关亚型,建立了预后预测模型并发现AKAP12作为潜在治疗靶点 | 首次在卵巢癌中定义了三种干细胞性相关分子亚型,发现成纤维细胞在维持肿瘤干细胞特性中的关键作用,并鉴定AKAP12为新的干细胞性相关生物标志物 | 研究主要基于细胞系和有限临床样本,需要更大规模的前瞻性研究验证 | 探索卵巢癌中干细胞性相关亚型的特征及其治疗意义 | 卵巢癌患者、SKOV3细胞系、临床样本和卵巢癌类器官 | 生物信息学 | 卵巢癌 | 转录组测序、单细胞RNA测序、免疫组织化学、功能验证实验 | WGCNA、LASSO回归、列线图 | 基因表达数据、单细胞数据、临床数据 | 卵巢癌患者队列和细胞系模型 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 860 | 2025-10-06 |
Hemoglobin-associated CALR in proximal tubule cells can be used as a biomarker for idiopathic membranous nephropathy
2025, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2025.1574852
PMID:40568201
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研究论文 | 本研究通过尿液细胞RNA测序发现CALR基因可作为特发性膜性肾病的潜在生物标志物 | 首次发现血红蛋白相关CALR在近端肾小管细胞中的表达与IMN相关,并验证其作为诊断生物标志物的潜力 | 样本来源仅限于尿液和肾脏组织,需要更大规模研究验证临床适用性 | 识别特发性膜性肾病的尿液生物标志物并探究其疾病机制 | 特发性膜性肾病患者的尿液细胞和肾脏组织 | 生物信息学 | 肾脏疾病 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, 实时定量PCR | 加权基因共表达网络分析 | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | RNA-seq, scRNA-seq | NA | NA |