单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
801	2025-04-16	FOS-driven inflammatory CAFs promote colorectal cancer liver metastasis via the SFRP1-FGFR2-HIF1 axis 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.111625 PMID:40225580	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，结合体外和体内实验，揭示了炎症性癌症相关成纤维细胞（CAFs）通过SFRP1-FGFR2-HIF1轴促进结直肠癌肝转移的机制	首次鉴定出一种与不良临床结果相关的炎症性CAF亚型（CFD iCAFs），并揭示了其通过FOS介导的SFRP1过表达促进肿瘤干性和上皮-间质转化（EMT）的分子机制	研究主要基于临床样本和小鼠模型，尚未在更大规模的临床队列中验证SFRP1作为治疗靶点的有效性	探究癌症相关成纤维细胞在结直肠癌肝转移中的作用及其分子机制	结直肠癌患者的原发肿瘤和肝转移组织、SW480和CT26细胞系、BALB/c小鼠	digital pathology	colorectal cancer	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics	subcutaneous xenografts, orthotopic tumor metastasis models	RNA-seq data, image	结直肠癌患者样本（非转移性原发肿瘤和转移性原发肿瘤伴肝转移）、6组体外实验、小鼠模型
802	2025-04-16	Deciphering single-cell landscape unravels cell-type-specific functional roles of RNA m6A modification in atherosclerosis 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.104179 PMID:40225569	研究论文	本研究通过单细胞测序数据揭示了RNA m6A修饰在动脉粥样硬化中细胞类型特异性功能的调控机制	首次在单细胞水平上全面解析了m6A修饰在动脉粥样硬化中的细胞类型特异性调控功能，并发现了ALKBH5、WTAP和METTL3等m6A调节因子的重要作用	研究主要基于单细胞测序数据的生物信息学分析，部分结论需要通过更多实验验证	阐明m6A修饰在动脉粥样硬化发生发展中的细胞类型特异性调控机制	动脉粥样硬化患者的单细胞测序数据	单细胞组学	心血管疾病	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序数据	动脉粥样硬化患者的单细胞样本
803	2025-04-16	Integrated Phenotypic and Transcriptomic Analyses of Osteoporosis in Type 2 Diabetic Mice 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.109537 PMID:40225857	研究论文	该研究通过整合表型和转录组学分析，探讨了2型糖尿病小鼠骨质疏松症的早期特征及其分子机制	揭示了2型糖尿病早期骨质疏松的表型特征，鉴定了与疾病进展相关的基因表达变化，并明确了骨髓间充质干细胞的功能异常	研究仅使用小鼠模型，结果需要进一步在人类样本中验证	阐明2型糖尿病对骨骼的影响，特别是在疾病早期阶段	高脂饮食诱导的2型糖尿病小鼠模型	骨代谢研究	2型糖尿病和骨质疏松症	micro-CT、免疫荧光染色、ELISA、RNA测序、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠疾病模型	影像数据、分子生物学数据、转录组数据	4周和16周高脂饮食喂养的小鼠
804	2025-04-16	Integrating Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Data to Explore Sphingolipid Metabolism Molecular Signatures in Ovarian Cancer Prognosis: an Original Study 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.107391 PMID:40225866	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，探索鞘脂代谢分子特征在卵巢癌预后中的作用	开发了基于鞘脂相关基因的新型分子亚型，并构建了预测卵巢癌患者预后、免疫细胞浸润特征和化疗敏感性的特征模型	研究主要依赖于TCGA和GEO数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	探索鞘脂代谢分子特征在卵巢癌预后中的作用，并构建预后预测模型	卵巢癌患者	生物信息学	卵巢癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序，WGCNA，COX回归，LASSO回归	预后预测模型	RNA测序数据	主要来自TCGA和GEO数据库的卵巢癌数据
805	2025-04-16	Cell-type specific epigenetic and transcriptional mechanisms in substance use disorder 2025, Frontiers in cellular neuroscience IF:4.2Q2 DOI:10.3389/fncel.2025.1552032 PMID:40226298	综述	本文综述了物质使用障碍（SUD）中细胞类型特异的表观遗传和转录机制，强调了它们在神经可塑性及成瘾和复发维持中的关键作用	整合单细胞转录组学、表观遗传学和神经环路研究，揭示了SUD相关的分子和细胞改变，并展望了多组学技术在个性化治疗策略中的应用	未提及具体实验数据或样本量，主要基于现有研究的总结和展望	探讨SUD的分子和细胞机制，以开发更有效的预防和治疗策略	神经元和非神经元细胞在SUD中的表观遗传和转录调控	神经科学	物质使用障碍	单细胞转录组学、表观遗传学、多组学技术	NA	转录组和表观遗传数据	NA
806	2025-04-16	Construction and Validation of a T Cell Exhaustion-Related Prognostic Signature in Cholangiocarcinoma 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/8823837 PMID:40226355	研究论文	本研究构建并验证了一个与T细胞耗竭相关的胆管癌预后特征	首次构建了一个基于T细胞耗竭相关基因的四基因特征，用于预测胆管癌患者的预后	研究样本量有限，且仅基于一个数据集进行验证	研究T细胞耗竭相关基因在胆管癌中的作用，并构建预后预测模型	胆管癌患者及其相关基因表达数据	生物信息学	胆管癌	WGCNA, LASSO Cox回归分析, ssGSEA, scRNA-seq, qRT-PCR, western blot	LASSO Cox回归模型	基因表达数据	E-MTAB-6389数据集中的胆管癌样本
807	2025-04-16	A novel tumor-associated macrophage risk signature predicts prognosis and immunotherapy response in lung adenocarcinoma 2025, American journal of cancer research IF:3.6Q2 DOI:10.62347/SQUF6988 PMID:40226479	research paper	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，建立了一个基于肿瘤相关巨噬细胞（TAM）的10基因风险特征，用于预测肺腺癌（LUAD）患者的预后和免疫治疗反应	首次系统地鉴定了与LUAD预后相关的TAM亚群，并构建了一个具有强大预测能力的10基因风险特征	研究结果需要在更大规模的前瞻性队列中进行验证	研究肺腺癌中肿瘤相关巨噬细胞的亚群特征及其临床意义，并开发一个预后和免疫治疗反应的预测模型	肺腺癌患者及其肿瘤相关巨噬细胞	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq, bulk transcriptomic analysis	LASSO regression, nomogram	RNA sequencing data	多个独立队列（包括IMvigor210和GSE78220数据集）
808	2025-04-16	Unveiling the power of Treg.Sig: a novel machine-learning derived signature for predicting ICI response in melanoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1508638 PMID:40226609	研究论文	该研究开发了一种基于机器学习的Treg.Sig特征，用于预测黑色素瘤对免疫检查点抑制剂(ICI)的反应	首次提出了一种与Treg细胞相关的特征Treg.Sig，并证明其在预测ICI反应方面的优越性	研究主要基于小鼠模型和有限的患者队列，需要进一步临床验证	开发预测黑色素瘤患者对免疫治疗反应的生物标志物	黑色素瘤患者和小鼠模型	机器学习	黑色素瘤	scRNA-seq, bulk-seq	机器学习	转录组数据	未明确说明患者数量，包含小鼠模型数据
809	2025-04-16	Identification of a novel prognostic marker ADGRG6 in pancreatic adenocarcinoma: multi-omics analysis and experimental validation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1530789 PMID:40226617	研究论文	本研究通过多组学分析和实验验证，识别了ADGRG6作为胰腺腺癌的新型预后标志物和治疗靶点	首次将ADGRG6鉴定为胰腺腺癌的预后标志物，并揭示了其通过mutp53蛋白促进癌症进展的机制	研究主要基于TCGA和GEO数据库，需要更多独立队列验证ADGRG6的临床应用价值	寻找胰腺腺癌的新型预后标志物和治疗靶点	胰腺腺癌(PAAD)患者样本和细胞/动物模型	肿瘤基因组学	胰腺癌	多组学分析、单细胞测序、CIBERSORT、ssGSEA、xCell、TIP、集落形成实验、transwell实验、western blot、实时PCR、肿瘤异种移植实验	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	TCGA和GEO数据库中的多个PAAD队列样本
810	2025-04-15	Cohesin rad21 mutation dysregulates erythropoiesis and granulopoiesis output within the whole kidney marrow of adult zebrafish 2025-Jan-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00657.2024 PMID:39548947	研究论文	研究cohesin复合体亚基rad21突变对成年斑马鱼肾脏骨髓中红细胞生成和粒细胞生成的影响	首次在成年斑马鱼模型中揭示了cohesin亚基rad21杂合突变对造血过程的转录调控紊乱和细胞输出改变	未观察到明显的造血细胞形态学异常，突变对造血系统的长期影响尚不明确	探究cohesin基因突变对造血系统发育和功能的影响	携带rad21杂合突变的成年斑马鱼肾脏骨髓造血系统	发育生物学	血液系统恶性肿瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	斑马鱼遗传模型	转录组数据	未明确说明样本量的突变型和野生型斑马鱼
811	2025-04-13	Identification of therapeutic targets for Alzheimer's Disease Treatment using bioinformatics and machine learning 2025-01-31, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-88134-w PMID:39890844	研究论文	本研究通过生物信息学和机器学习方法识别阿尔茨海默病的潜在治疗靶点	整合多种生物信息学方法和机器学习算法，识别出与阿尔茨海默病相关的五个核心基因，并筛选出潜在治疗药物	未提及实验验证结果或临床前研究数据	发现阿尔茨海默病的治疗靶点并构建诊断模型	阿尔茨海默病相关基因和潜在治疗药物	生物信息学	阿尔茨海默病	差异基因表达分析、加权基因共表达网络分析、Mfuzz聚类、单细胞RNA测序	LASSO回归、SVM-RFE、随机森林	基因表达数据	未明确说明样本数量
812	2025-04-13	GPX4 expression changes in proximal tubule cells highlight the role of ferroptosis in IgAN 2025-01-31, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-87228-9 PMID:39890853	研究论文	本研究探讨了氧化应激在IgA肾病中的作用，特别是通过单细胞RNA测序和微阵列数据分析，揭示了近端小管细胞中铁死亡的调控机制及其与GPX4表达的关系	首次通过单细胞RNA测序和微阵列数据综合分析，揭示了IgA肾病中近端小管细胞铁死亡的调控机制及GPX4的关键作用	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探究氧化应激在IgA肾病中的作用及其机制	IgA肾病患者的近端小管细胞和肾组织	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 微阵列分析, 免疫组化	NA	RNA测序数据, 微阵列数据, 图像数据	未明确提及具体样本数量，但包括IgA肾病患者的scRNA-seq数据和微阵列数据
813	2025-04-13	TRα1 mutant suppresses KLF9 to cause endometrial metaplasia with ectopic IL-33 expression leading to uterine fibrosis and infertility 2025-01-31, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-86848-5 PMID:39890871	研究论文	研究甲状腺激素受体突变如何通过抑制KLF9导致子宫内膜化生和纤维化，进而引发不孕	揭示了KLF9在子宫内膜正常分化中的关键作用，以及突变TRα1通过抑制KLF9导致子宫内膜化生和纤维化的新机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中验证	探究甲状腺激素受体突变导致不孕的分子机制	携带突变TRα1的小鼠子宫内膜	生殖医学	不孕症	RNA-seq分析、激光捕获显微切割、空间转录组学	小鼠模型	基因表达数据、组织学数据	突变TRα1小鼠的子宫内膜组织
814	2025-04-13	Dynamic regulation of Rgs16 and its correlation with Neuregulin1 expression in acute and chronic nerve injury 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1540453 PMID:40213396	研究论文	研究Rgs16在急性和慢性神经损伤中的动态调控及其与Neuregulin1表达的相关性	揭示了Rgs16在神经损伤后的动态表达模式及其与Neuregulin1的潜在反馈机制	需要进一步研究以明确Rgs16的具体功能	探究Rgs16在周围神经系统（PNS）损伤中的作用	小鼠和大鼠的坐骨神经和正中神经	神经科学	周围神经病变	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	野生型和CMT1A转基因大鼠的坐骨神经
815	2025-04-13	Pan-cancer analysis reveals MTTP as a prognostic and immunotherapeutic biomarker in human tumors 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1549965 PMID:40213543	research paper	该研究通过泛癌分析揭示了MTTP作为人类肿瘤预后和免疫治疗生物标志物的潜力	首次全面评估MTTP在多种癌症中的表达及其与免疫微环境和铁死亡的关系	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于胃癌细胞	探索MTTP在肿瘤中的预后价值和免疫治疗潜力	人类多种肿瘤类型和胃癌细胞系	肿瘤免疫学	泛癌研究（重点胃癌）	生物信息学分析（TIMER 2.0、GEPIA等）、单细胞测序、体外和体内实验	NA	RNA-seq数据、单细胞测序数据	TCGA数据库中的泛癌数据及胃癌细胞实验
816	2025-04-13	An anti-FAP-scFv-functionalized exosome-carrying hydrogel delivers SKI mRNA to fibrotic nucleus pulposus cells to alleviate intervertebral disc degeneration by regulating FOXO3 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.107776 PMID:40213661	研究论文	本研究探讨了TGF-β信号抑制因子在髓核纤维化中的作用及机制，并开发了一种靶向递送SKI mRNA的Gel@EX系统以缓解椎间盘退变	开发了一种pH响应的外泌体/水凝胶系统Gel@EX，用于靶向递送SKI mRNA至表达FAP的纤维化髓核细胞，并通过调控FOXO3抑制TGF-β信号通路	研究主要基于大鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索TGF-β信号抑制因子在髓核纤维化中的作用机制，并开发新的治疗策略	纤维化髓核细胞（NPC）和椎间盘退变（IVDD）	生物医学工程	椎间盘退变	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子对接、共免疫沉淀	大鼠模型	RNA测序数据、分子相互作用数据	未明确说明具体样本数量，但涉及大鼠模型和HEK-293T细胞
817	2025-04-13	Hepatic stellate cell-derived microfibrillar-associated protein 2 prevents liver fibrosis by regulating extracellular matrix and inflammation 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.109771 PMID:40213670	研究论文	研究探讨了微纤维相关蛋白2（MFAP-2）在肝纤维化中的作用及其机制	揭示了HSC来源的MFAP-2在肝纤维化中的保护作用及其通过调节ECM和炎症的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究MFAP-2在肝纤维化进程和消退中的作用	肝星状细胞（HSCs）和肝纤维化小鼠模型	肝病研究	肝纤维化	组织芯片、小鼠模型、RNA测序（bulk和scRNA-seq）、蛋白质组学	小鼠肝纤维化模型（CCl4注射和胆管结扎）	基因表达数据、蛋白质数据	人类组织芯片和小鼠模型
818	2025-04-13	A distinct subgroup with Schwann-like differentiation presents immune resistance and poor prognosis in plantar melanoma 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.99526 PMID:40213656	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了足底黑色素瘤中一个具有雪旺细胞样分化的亚群，该亚群与免疫抵抗和不良预后相关	首次揭示了足底黑色素瘤向雪旺细胞样分化的独特进化轨迹，并发现该过程受特定转录因子调控，导致免疫耐受和淋巴结转移倾向增加	样本量相对有限（20例足底黑色素瘤和6例正常样本），且机制研究有待进一步深入	探究足底黑色素瘤的肿瘤异质性、细胞亚群进化及其对免疫环境和预后的影响	足底黑色素瘤患者肿瘤组织	digital pathology	melanoma	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics, multiplex immunohistochemistry (mIHC), single-cell multiomics analysis	NA	single-cell RNA sequencing data, spatial transcriptomics data, bulk RNA sequencing data	20例足底黑色素瘤样本和6例正常样本（单细胞分析），68例黑色素瘤患者（批量RNA测序分析）
819	2025-04-12	Detecting gene expression in Caenorhabditis elegans 2025-Jan-08, Genetics IF:3.3Q2 DOI:10.1093/genetics/iyae167 PMID:39693264	综述	本文概述了用于秀丽隐杆线虫基因表达检测的方法，包括原位转录和蛋白质检测、整体RNA测序、单细胞RNA测序以及高通量蛋白质组学	总结了近年来基因表达检测新技术的发展，提供了选择这些技术的重要考虑因素和公开可用的基因表达数据资源	未提及具体实验数据或新技术的详细验证结果	理解发育过程并研究基因和环境扰动下的生物反应	秀丽隐杆线虫的基因表达	基因表达分析	NA	原位转录和蛋白质检测、整体RNA测序、单细胞RNA测序、高通量蛋白质组学	NA	基因表达数据	NA
820	2025-04-12	Integrating single-cell sequencing and clinical insights to explore malignant transformation in odontogenic keratocyst 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.03.027 PMID:40206344	研究论文	通过整合单细胞测序和临床数据，探索牙源性角化囊肿恶性转化的机制	首次在COKC中鉴定出两个特异性上皮亚群，揭示了它们在OKC癌变中的关键作用，并发现成纤维细胞和巨噬细胞的表型转变可能与癌变过程相关	样本量较小（仅3例COKC样本），且未明确验证MAST4在淋巴转移中的调控机制	阐明牙源性角化囊肿(OKC)恶性转化为癌性牙源性角化囊肿(COKC)的分子机制和临床特征	3例COKC患者的肿瘤样本及公共OKC数据集	数字病理学	牙源性肿瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据、临床数据、影像学数据、组织病理学数据	3例COKC样本+公共OKC数据集（共22,509个单细胞）