单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
781	2025-04-21	Interferon-γ Signaling in Eosinophilic Esophagitis Affects Epithelial Barrier Function and Programmed Cell Death 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101466 PMID:39884574	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了嗜酸性食管炎(EoE)中干扰素信号对上皮屏障功能和程序性细胞死亡的影响	首次在单细胞水平揭示了EoE患者上皮细胞中干扰素反应特征基因的差异表达，并明确了IFN-γ对上皮屏障功能的显著影响	研究主要基于体外器官模型，需要进一步在体实验验证	阐明干扰素信号在EoE发病机制中的作用	嗜酸性食管炎患者的上皮细胞和器官模型	单细胞组学	嗜酸性食管炎	scRNA-seq, bulk RNA-seq	器官模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量
782	2025-04-19	Editorial: Spatial transcriptome and single-cell sequencing for exploring molecular mechanisms of neuroimmunity and discovering novel markers of neurological diseases 2025, Frontiers in neurology IF:2.7Q3 DOI:10.3389/fneur.2025.1582019 PMID:40248015	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
783	2025-04-20	Cancer-associated fibroblasts: multidimensional players in liver cancer 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1454546 PMID:40248197	review	本文综述了癌症相关成纤维细胞（CAFs）在肝癌中的多维作用，特别是通过单细胞RNA测序技术揭示的不同CAF亚群在肝细胞癌（HCC）和肝内胆管癌（ICC）发展中的具体功能和调控机制	利用先进的单细胞RNA测序技术（scRNAseq）结合多种基因工程小鼠模型，鉴定了肝癌前微环境（PME）和肿瘤微环境（TME）中多样的CAF亚群，深化了对各CAF亚群在癌症发展中具体作用的理解	不同研究针对靶向CAFs以干扰肿瘤进展的结果存在极大争议，表明CAFs的作用机制仍需进一步探索	阐明CAF亚群在不同病理生理条件下的作用和调控机制，以促进发现调节CAF活性的新治疗方法	癌症相关成纤维细胞（CAFs）及其在肝细胞癌（HCC）和肝内胆管癌（ICC）中的亚群	肿瘤微环境研究	肝癌	单细胞RNA测序技术（scRNAseq）	基因工程小鼠模型	基因表达数据	NA
784	2025-04-19	Integration of scRNA-Seq and Bulk RNA-Seq Identifies Circadian Rhythm Disruption-Related Genes Associated with Prognosis and Drug Resistance in Colorectal Cancer Patients 2025, ImmunoTargets and therapy IF:6.2Q1 DOI:10.2147/ITT.S499806 PMID:40241740	研究论文	本研究通过整合scRNA-Seq和Bulk RNA-Seq数据，揭示了结直肠癌中昼夜节律紊乱相关基因与预后及药物耐药性的关联	首次系统揭示了CRDGs在结直肠癌中的表达特征及其与肿瘤进展和免疫治疗反应的关系	研究结果需要更多数据集进行验证	探索昼夜节律相关基因在结直肠癌中的作用及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	结直肠癌患者	生物信息学	结直肠癌	scRNA-Seq, Bulk RNA-Seq, WGCNA, GSEA	预后模型	RNA测序数据	GSE178318数据集中的样本
785	2025-04-19	An Integrative Analysis of Transcriptome Combined with Machine Learning and Single-Cell RNA-Seq for the Common Biomarkers in Crohn's Disease and Kidney Stone Disease 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S502513 PMID:40242727	research paper	该研究通过整合转录组分析、机器学习和单细胞RNA测序技术，寻找克罗恩病和肾结石病的共同生物标志物	结合机器学习算法和单细胞RNA测序技术识别克罗恩病与肾结石病的共同生物标志物，并构建诊断模型	研究样本量有限，仅使用了GEO数据库中的三个克罗恩病和一个肾结石病数据集	寻找能够预测克罗恩病伴随肾结石病的生物标志物	克罗恩病(CD)和肾结石病(KSD)患者	生物信息学	克罗恩病, 肾结石病	RNA-seq, 单细胞RNA测序, 机器学习	机器学习算法(未指定具体模型), 列线图(nomogram)	基因表达数据	四个GEO数据集(三个CD数据集和一个KSD数据集)
786	2025-04-19	Cross one single body 49 tissues single-cell transcriptome reveals detailed macrophage heterogeneity during pig pregnancy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1574120 PMID:40242774	研究论文	通过单细胞转录组测序技术，研究了健康怀孕猪49个组织中巨噬细胞的异质性	首次在单个健康怀孕猪的49个组织中构建了巨噬细胞的单细胞转录组图谱，揭示了巨噬细胞在组织和物种间的分子差异和共性	研究仅基于单个怀孕猪的样本，可能限制了结果的普遍性	理解怀孕期间巨噬细胞的多样性和组织特异性适应	健康怀孕猪的49个组织中的巨噬细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫荧光	NA	单细胞转录组数据	114,881个巨噬细胞来自49个组织/器官的一个健康怀孕猪
787	2025-04-18	Cellular Crosstalk Promotes Hepatic Progenitor Cell Proliferation and Stellate Cell Activation in 3D Co-culture 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101472 PMID:39892785	研究论文	该研究通过3D共培养系统探讨了肝祖细胞与肝星状细胞之间的直接相互作用及其在肝纤维化中的作用	开发了一种3D共培养系统，实时观察肝祖细胞与肝星状细胞的相互作用，并验证了它们在人类肝组织中的共表达	研究主要基于体外实验，可能无法完全模拟体内复杂的微环境	探究肝祖细胞与肝星状细胞在肝损伤和纤维化过程中的相互作用机制	小鼠肝星状细胞和荧光标记的肝祖细胞	细胞生物学	肝纤维化	3D共培养系统、空间转录组学	3D器官共培养模型	基因表达数据、细胞形态数据	未明确提及具体样本数量，但使用了小鼠肝星状细胞和人类肝组织样本
788	2025-04-18	Exploring the impact of cuproptosis on prostate cancer prognosis via RNA methylation regulation based on single cell and bulk RNA sequencing data 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1573611 PMID:40235543	研究论文	通过单细胞和批量RNA测序数据，探讨铜死亡对前列腺癌预后的影响及其RNA甲基化调控机制	首次结合铜死亡和RNA甲基化调控因子，构建前列腺癌预后风险模型，并通过单细胞RNA测序揭示免疫特征和药物敏感性	研究依赖于公共数据库数据，未进行大规模临床样本验证	探究铜死亡和RNA甲基化调控因子在前列腺癌预后中的作用机制	前列腺癌患者	数字病理	前列腺癌	scRNA-seq, qPCR, IHC	Cox回归模型	RNA测序数据	TCGA数据集及外部验证队列
789	2025-04-18	Unveiling purine metabolism dysregulation orchestrated immunosuppression in advanced pancreatic cancer and concentrating on the central role of NT5E 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1569088 PMID:40236698	research paper	该研究通过单细胞转录组学和空间转录组学分析，揭示了胰腺癌微环境中嘌呤代谢失调对免疫抑制的调控作用，并聚焦于NT5E的核心角色	首次在胰腺癌微环境中系统性地研究了嘌呤代谢的异质性及其对免疫抑制的影响，并确定了NT5E作为关键调控因子	研究主要基于转录组数据，需要进一步的实验验证NT5E的分子机制	探究胰腺癌微环境中嘌呤代谢失调如何调控免疫抑制	胰腺癌微环境中的肿瘤细胞、成纤维细胞和免疫细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞转录组学、空间转录组学、细胞共培养实验	AUCell、Ucell评分算法、Cellchat分析	转录组数据、空间数据	未明确说明样本数量，但涉及胰腺癌患者的转录组数据分析
790	2025-04-18	PM2.5 exposure reprograms cell cycle dynamics in uterine immune cells at single-cell resolution 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1561290 PMID:40236703	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究PM2.5暴露对小鼠子宫免疫细胞周期动态的影响	首次在单细胞分辨率下揭示PM2.5暴露如何重编程子宫免疫细胞的细胞周期动态	研究仅基于小鼠模型，人体效应尚不明确	探究PM2.5暴露影响生殖功能的细胞机制	小鼠子宫免疫细胞	单细胞组学	生殖功能障碍	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	9000个平衡细胞
791	2025-04-18	Modeling reproductive and pregnancy-associated tissues using organ-on-chip platforms: challenges, limitations, and the high throughput data frontier 2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2025.1568389 PMID:40236940	综述	本文综述了用于模拟生殖和妊娠相关组织的器官芯片技术，探讨了其挑战、局限性和高通量数据前沿	介绍了克服器官芯片技术局限性的新方法，如空间转录组学、飞行时间成像细胞术和外泌体分析	器官芯片技术的局限性包括细胞数量少、上清液体积小以及制造材料的限制	探讨器官芯片技术在生殖和妊娠相关组织建模中的应用及其潜力	生殖和妊娠相关的器官芯片平台	生物医学工程	NA	空间转录组学、飞行时间成像细胞术、外泌体分析	器官芯片（OC）平台	显微镜成像、免疫细胞化学、实时聚合酶链反应、细胞因子多重分析	NA
792	2025-04-17	Multidimensional transcriptomics based to illuminate the mechanisms of taurine metabolism in immune resistance of pancreatic cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1567805 PMID:40230840	研究论文	本研究通过多维转录组学技术探讨了牛磺酸代谢在胰腺癌免疫抵抗中的作用机制	首次鉴定了四种不同的肿瘤细胞亚群，并揭示了RPS4Y1+肿瘤细胞在胰腺癌免疫抑制微环境中的重要作用，提出了'牛磺酸-免疫互作'标准	研究主要基于单细胞和空间转录组数据分析，需要进一步的体内实验验证	探索牛磺酸代谢紊乱与胰腺癌免疫治疗之间的潜在治疗关系	胰腺癌肿瘤微环境中的免疫细胞和肿瘤细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞转录组测序, 空间转录组测序	NA	转录组数据	NA
793	2025-04-17	CD121b-positive neutrophils predict immunosuppression in septic shock 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1565797 PMID:40230851	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，发现CD121b阳性中性粒细胞在脓毒性休克患者中的免疫抑制作用	首次识别出脓毒性休克患者外周血中的CD10-CD121b+中性粒细胞亚群，并发现其与疾病严重程度及免疫抑制状态相关	研究样本量未明确说明，且机制研究主要基于体外实验和小鼠模型	探究中性粒细胞在脓毒性休克病理生理中的具体作用机制	健康供体和脓毒性休克患者的外周血免疫细胞	免疫学	脓毒性休克	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	人源化小鼠脓毒症模型	RNA测序数据, 血清蛋白检测数据	健康供体和脓毒性休克患者（具体数量未说明）
794	2025-04-17	Discovering biomarkers associated with infiltration of CD8+ T cells and tumor-associated fibrosis in colon adenocarcinoma using single-cell RNA sequencing and gene co-expression network 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1496640 PMID:40230854	research paper	通过单细胞RNA测序和基因共表达网络分析，发现与结肠腺癌中CD8+ T细胞浸润和肿瘤相关纤维化相关的生物标志物	识别了三个与CD8+ T细胞和结肠腺癌预后相关的关键基因（LARS2、SEZ6L2和SOX7），为结肠腺癌的诊断和治疗提供了新的预后生物标志物	研究依赖于GEO数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	识别与结肠腺癌中CD8+ T细胞浸润和肿瘤相关纤维化相关的生物标志物，并评估其预后价值	结肠腺癌（COAD）样本	digital pathology	colon adenocarcinoma	single-cell RNA sequencing, gene co-expression network analysis, CIBERSORT, ESTIMATE, WGCNA, deconvolution algorithm, univariate Cox regression, LASSO analysis, immunohistochemistry, real-time PCR, western blot	prognostic model (LASSO and univariate COX regression)	RNA-seq data, protein-protein interaction data	COAD samples from GEO database (exact number not specified)
795	2025-04-17	The role of transketolase in the immunotherapy and prognosis of hepatocellular carcinoma: a multi-omics approach 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1529029 PMID:40230848	研究论文	探讨转酮醇酶(TKT)在肝细胞癌(HCC)免疫治疗和预后中的作用	采用多组学方法分析TKT在多种癌症中的表达及其与肿瘤免疫和预后的关联，揭示了TKT在HCC中的新作用机制	需要进一步研究以完全阐明TKT在免疫治疗中的作用	探索TKT在HCC免疫治疗和预后中的潜在作用	肝细胞癌(HCC)患者	癌症研究	肝细胞癌	RNA-seq分析、甲基化分析、单细胞分析、空间转录组学、RT-qPCR、siRNA转染、荧光素酶报告基因检测、染色质免疫沉淀	NA	多组学数据	多种癌症样本(具体数量未提及)
796	2025-04-16	Vascular smooth muscle cell-derived SO2 sulphenylated interferon regulatory factor 1 to inhibit VSMC senescence 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1516885 PMID:40223932	研究论文	本研究探讨了内源性二氧化硫（SO2）在血管平滑肌细胞（VSMC）衰老中的作用及其分子机制	首次揭示了SO2通过硫化干扰素调节因子1（IRF1）抑制VSMC衰老的新机制	研究主要基于小鼠模型和细胞系，人类样本验证不足	探索SO2/AAT1通路在VSMC衰老中的作用机制	老年小鼠、VSMC特异性AAT1敲除小鼠、D-半乳糖处理的主动脉环和大鼠VSMC系A7r5	心血管疾病	心血管疾病	Western blot、实时定量PCR、SA-β-gal染色、生物素转换实验、定点诱变	基因敲除小鼠模型	蛋白质表达数据、基因表达数据、酶活性数据	老年小鼠（24月龄）、VSMC-AAT1-KO小鼠、大鼠VSMC系A7r5
797	2025-04-16	Bioinformatic Analysis of Apoptosis-Related Genes in Preeclampsia Using Public Transcriptomic and Single-Cell RNA Sequencing Datasets 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S507660 PMID:40224388	研究论文	通过公共转录组和单细胞RNA测序数据集分析子痫前期中凋亡相关基因的作用	结合scRNA-seq和五种算法识别子痫前期的生物标志物，并在单细胞水平验证其表达	数据来源于公共数据库，可能受限于原始数据的质量和样本量	探索子痫前期中凋亡相关基因及其细胞机制，作为潜在生物标志物	子痫前期患者的转录组和单细胞RNA测序数据	生物信息学	子痫前期	scRNA-seq, RT-qPCR, 差异表达分析	CytoHubba插件中的五种算法	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	公共数据库中的数据集，临床样本通过RT-qPCR验证
798	2025-04-16	Causal Associations of Inflammatory Cytokines With Osteosarcopenia: Insights From Mendelian Randomization and Single Cell Analysis 2025, Mediators of inflammation IF:4.4Q2 DOI:10.1155/mi/6005225 PMID:40224485	研究论文	通过孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，研究炎症细胞因子在骨肌减少症中的因果作用及其潜在机制	首次结合孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，揭示了特定细胞因子在骨肌减少症中的因果作用和细胞特异性表达模式	需要进一步研究以确认这些发现及其对肌肉骨骼健康的影响	阐明循环细胞因子在骨肌减少症发病机制中的因果作用，并确定潜在的治疗靶点	骨肌减少症患者	生物医学研究	老年性疾病	孟德尔随机化(MR), 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因组关联研究(GWAS)数据, 单细胞RNA测序数据	多个队列的公开GWAS数据, 人类肌肉和骨髓的单细胞RNA测序数据集
799	2025-04-16	Mendelian Randomization Combined with Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals the Role of the Key Gene PCLAF in the Pathogenesis of Atopic Dermatitis 2025, Clinical, cosmetic and investigational dermatology DOI:10.2147/CCID.S506139 PMID:40225314	研究论文	本研究结合单细胞转录组分析和孟德尔随机化方法，揭示了关键基因PCLAF在特应性皮炎发病机制中的作用	首次整合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，识别出PCLAF等基因与特应性皮炎的关联及其在细胞周期调控和免疫逃逸中的作用	研究依赖于现有数据库的样本量，未进行实验验证	探索特应性皮炎的遗传和代谢通路	特应性皮炎患者和健康对照的基因表达数据	生物信息学	特应性皮炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 孟德尔随机化(MR), 基因集富集分析(GSEA)	edgeR, Seurat	RNA测序数据	未明确说明样本数量
800	2025-04-16	Targeting formyl peptide receptor 2 to suppress neuroinflammation in neuromyelitis optica spectrum disorder 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.107303 PMID:40225578	研究论文	本研究探讨了靶向甲酰肽受体2（FPR2）在抑制视神经脊髓炎谱系障碍（NMOSD）神经炎症中的作用	揭示了FPR2/mFpr2在调控小胶质细胞活性中的新作用，提出FPR2拮抗剂可能作为治疗NMOSD的新方法	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用和临床转化仍需进一步验证	探索FPR2在NMOSD神经炎症中的具体作用及其治疗潜力	NMOSD患者和小鼠模型	神经免疫学	视神经脊髓炎谱系障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、MRI、免疫染色	小鼠NMOSD模型	RNA测序数据、流式细胞数据、影像数据	NMOSD患者和健康对照者的外周血样本，以及NMOSD小鼠模型