单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
781	2025-05-10	Advancing personalized, predictive, and preventive medicine in bladder cancer: a multi-omics and machine learning approach for novel prognostic modeling, immune profiling, and therapeutic target discovery 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1572034 PMID:40330458	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别并分析了膀胱癌中与免疫原性细胞死亡相关的多组学特征，构建了一个预后标志物ICDRS，并探讨了其临床和生物学意义	利用多组学数据和机器学习算法构建了膀胱癌的预后标志物ICDRS，揭示了其与免疫细胞浸润、肿瘤微环境及药物敏感性的关联	研究依赖于公开数据集，样本量有限，且未进行实验验证	推进膀胱癌的个性化、预测性和预防性医学研究	膀胱癌患者	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq), WGCNA, ssGSEA	Lasso, Ridge, CoxBoost	RNA测序数据	单细胞RNA测序数据9个样本，批量RNA测序数据TCGA-BLCA 403个样本，GSE13507 160个样本
782	2025-05-10	METTL1-driven nucleotide metabolism reprograms the immune microenvironment in hepatocellular carcinoma: a multi-omics approach for prognostic biomarker discovery 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1582203 PMID:40330476	research paper	本研究揭示了METTL1通过驱动核苷酸代谢重编程在肝细胞癌（HCC）中调节肿瘤免疫微环境的新机制，并开发了一个基于多组学方法的预后生物标志物模型	首次揭示了METTL1驱动的核苷酸代谢重编程在HCC免疫微环境重塑中的关键作用，并构建了整合METTL1表达和免疫检查点特征的预后预测模型	研究主要基于计算分析和体外实验，需要更多体内实验和临床样本验证	探索HCC中代谢和免疫失调的分子机制，并开发预后预测模型	肝细胞癌（HCC）患者样本和细胞模型	digital pathology	liver cancer	多组学分析（包括单细胞RNA测序）、NMF聚类、WGCNA、机器学习算法	预后预测模型（基于多种机器学习算法）	基因组数据、转录组数据、临床数据	来自TCGA、GEO和ICGC数据库的HCC患者样本
783	2025-05-10	Comprehensive analysis of plasma cell heterogeneity and immune interactions in multiple myeloma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1549742 PMID:40330467	研究论文	本研究通过单细胞测序和转录组数据分析，深入探讨了多发性骨髓瘤中浆细胞的异质性及其免疫相互作用	首次通过单细胞测序鉴定出10种主要细胞类型，并构建了预后预测模型，揭示了风险组与免疫特征的关联	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	探索多发性骨髓瘤发展的潜在机制，为改进治疗方法和提高患者预后提供新方向	多发性骨髓瘤中的浆细胞及其异质性	生物信息学	多发性骨髓瘤	单细胞测序，转录组分析，NMF，WGCNA，LASSO，multiCox回归分析	预后预测模型	转录组数据	多个公共数据库中的样本，具体数量未明确说明
784	2025-05-10	Multi-omics identification of a polyamine metabolism related signature for hepatocellular carcinoma and revealing tumor microenvironment characteristics 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1570378 PMID:40330470	研究论文	本研究通过多组学方法鉴定了一个与多胺代谢相关的肝细胞癌特征，并揭示了肿瘤微环境特征	使用101种机器学习算法构建了一个包含9个基因的多胺代谢相关特征（PMRS），并验证了其在肝细胞癌患者中的预后价值	研究结果需要进一步的临床实验验证	探索多胺代谢在肝细胞癌中的作用，并开发预后风险特征	肝细胞癌（HCC）患者	生物信息学	肝细胞癌	RNA-seq, scRNA-seq, RT-qPCR, 机器学习算法	机器学习算法（未指定具体模型）	RNA测序数据, 单细胞RNA测序数据	TCGA和GEO数据库中的肝细胞癌样本
785	2025-05-10	Single-Cell RNA Sequencing Analysis Reveals the Role of Macrophage-Mediated CD44-AKT-CCL2 Pathways in Renal Tubule Injury during Calcium Oxalate Crystal Formation 2025, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0690 PMID:40330661	研究论文	通过单细胞RNA测序分析揭示了巨噬细胞介导的CD44-AKT-CCL2通路在草酸钙晶体形成过程中肾小管损伤的作用	发现了肾小管损伤和S1近端小管细胞通过SPP1-CD44对与巨噬细胞的主要通讯方式，以及CD44-AKT通路介导的CCL2分泌在草酸钙晶体形成中的关键作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	深入了解草酸钙晶体形成过程中肾脏功能的改变及其分子机制	小鼠肾脏组织	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	小鼠草酸钙模型	RNA测序数据	5个时间点的小鼠肾脏组织样本
786	2025-05-10	The first single-cell sequencing of Plasmodiophora brassicae reveals genetic diversity and clonal dynamics 2025, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2025.1581233 PMID:40330724	研究论文	首次对芸薹根肿菌进行单细胞测序，揭示其遗传多样性和克隆动态	首次对芸薹根肿菌进行单细胞测序，揭示了其遗传多样性和克隆动态，支持了平衡选择维持病原体种群内多基因型的假说	研究仅基于单个根的样本，可能无法完全代表田间种群的遗传多样性	研究芸薹根肿菌的遗传多样性和繁殖生物学	芸薹根肿菌	基因组学	植物病害	单细胞测序	NA	DNA序列数据	4,000个原生质体（来自单个根），其中500个细胞进行了更详细的分析
787	2025-05-10	Neuroinflammation and stress-induced pathophysiology in major depressive disorder: mechanisms and therapeutic implications 2025, Frontiers in cellular neuroscience IF:4.2Q2 DOI:10.3389/fncel.2025.1538026 PMID:40336842	综述	本文综述了神经炎症与压力诱导的病理生理学在重度抑郁症中的作用机制及治疗意义	聚焦于压力诱导的神经炎症过程及其在抑郁症发病和进展中的作用，探讨了抗炎活性小分子在治疗中的潜在效果	未提及具体实验数据或样本量，主要基于现有研究的总结和分析	探讨神经炎症在重度抑郁症中的机制及治疗潜力	神经炎症过程，特别是小胶质细胞和星形胶质细胞的过度激活及促炎细胞因子水平升高	神经科学	重度抑郁症	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
788	2025-05-10	Spatial visualization provides insight into immune modulation by an L-DBF vaccine formulation against Shigella 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1577040 PMID:40336950	研究论文	本研究探讨了L-DBF疫苗配方在肺部免疫调节中的作用，通过空间转录组学方法分析了两剂L-DBF/ME疫苗对肺部免疫景观的影响	首次使用空间转录组学方法揭示L-DBF/ME疫苗如何重塑肺部免疫架构，包括B细胞、T细胞标记物表达的变化，以及成纤维细胞和心肌细胞的重新编程	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	评估L-DBF/ME疫苗配方对肺部免疫反应的调节作用	L-DBF疫苗配方及其对肺部免疫系统的影响	免疫学	志贺菌病	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
789	2025-05-09	The Cell States of Sea Urchin During Metamorphosis Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jan-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26031059 PMID:39940825	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了海胆在变态过程中的细胞状态	首次使用单细胞RNA测序技术全面描绘了海胆变态过程中幼虫和幼体的细胞状态，并识别了六个主要细胞群体及其亚群	未提及样本量大小，可能影响结果的统计学意义	探究海胆变态过程的分子机制和细胞生物学基础	海胆幼虫和幼体	单细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
790	2025-05-09	Single-Cell Analysis Dissects the Effects of Vitamin D on Genetic Senescence Signatures Across Murine Tissues 2025-Jan-24, Nutrients IF:4.8Q1 DOI:10.3390/nu17030429 PMID:39940287	research paper	通过单细胞RNA测序技术研究维生素D对小鼠多种组织中遗传衰老特征的影响	首次利用单细胞RNA测序技术分析维生素D对多种组织中细胞衰老特征的调控作用，并揭示了维生素D通过调节炎症和代谢过程减轻细胞衰老负担的机制	研究仅基于小鼠组织数据，未在人类样本中验证	探究维生素D对细胞衰老特征的影响及其在衰老相关疾病中的作用	小鼠的骨、前列腺和皮肤组织	digital pathology	geriatric disease	scRNA-seq	NA	RNA sequencing data	三个小鼠组织数据集（骨、前列腺和皮肤）
791	2025-05-09	Spatial Transcriptomics in Human Cardiac Tissue 2025-Jan-24, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26030995 PMID:39940764	review	本文综述了空间转录组学在人类心脏组织中的应用，探讨了当前技术及其在心脏发育、电解剖学、免疫学和缺血性心脏病研究中的关键研究	空间转录组学通过保留组织内的空间背景，改变了我们对基因表达的理解，并展示了与其他组学技术结合使用的潜力	空间转录组学存在一些挑战，限制了其广泛采用和更广泛的应用	探讨空间转录组学在心血管研究中的应用及其潜力	人类心脏组织	digital pathology	cardiovascular disease	空间转录组学	NA	NA	NA
792	2025-05-09	Dimensionality reduction for visualizing spatially resolved profiling data using SpaSNE 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaf002 PMID:39960663	research paper	该研究开发了一种名为SpaSNE的空间解析降维方法，用于整合空间和分子信息，以更准确地可视化空间解析分析数据	开发了SpaSNE方法，专门针对空间解析分析数据，整合了空间和分子信息，相比t-SNE和UMAP能提供更准确和有意义的数据可视化	NA	开发一种新的降维方法，用于更准确地分析和解释空间解析分析数据	空间解析分析数据，包括来自不同疾病、组织和细胞类型的公共数据集	machine learning	NA	spatially resolved profiling technologies	SpaSNE, t-SNE, UMAP	spatially resolved profiling data	4个空间解析分析数据集，来自3种不同的实验平台（Visium、STARmap和MERFISH），涵盖疾病和正常组织
793	2025-05-09	Exploring the cellular and molecular basis of murine cardiac development through spatiotemporal transcriptome sequencing 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaf012 PMID:39960664	研究论文	利用空间转录组测序技术探索小鼠心脏发育的细胞和分子基础，构建早期小鼠心脏发育的时空细胞图谱	首次构建了小鼠心脏早期发育的时空细胞图谱，揭示了心脏细胞谱系的空间组织及其在发育过程中的相互作用，并识别了与心肌再生能力丧失相关的关键基因和转录因子	研究仅针对小鼠模型，结果可能不完全适用于人类心脏发育	探索小鼠心脏发育的细胞和分子机制	小鼠心脏发育过程中的细胞和分子变化	空间转录组学	心血管疾病	空间转录组测序	NA	转录组数据	未明确提及样本数量，但涉及小鼠心脏发育的多个阶段
794	2025-05-09	Evolutionary convergence of sensory circuits in the pallium of amniotes 2025-Jan-02, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adp3411 PMID:39946453	研究论文	研究探讨了羊膜动物大脑皮层中感觉电路的进化趋同性	揭示了鸟类和哺乳动物感觉电路在发育和功能上的差异与相似性，提出了羊膜动物高阶感觉处理的趋同进化	研究仅涉及鸟类（鸡）、蜥蜴（壁虎）和哺乳动物（小鼠），样本范围有限	解析羊膜动物大脑皮层感觉电路的发育和进化关系	鸟类（鸡）、蜥蜴（壁虎）和哺乳动物（小鼠）的大脑皮层感觉电路	神经科学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学、数学建模	NA	转录组数据	三种物种（鸡、壁虎、小鼠）的样本
795	2025-05-08	Epithelial and immune transcriptomic characteristics and possible regulatory mechanisms in asthma exacerbation: insights from integrated studies 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1512053 PMID:39917297	research paper	通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，研究哮喘急性发作中上皮细胞和免疫细胞的异质性及其关键调控基因	首次系统性地探索了哮喘急性发作中上皮细胞和免疫细胞的异质性，并鉴定了9个关键调控基因	研究结果需要在更大规模的临床样本中进行验证	揭示哮喘急性发作的细胞和分子机制	上皮细胞和免疫细胞	生物信息学	哮喘	scRNA-seq, bulk RNA-seq, qRT-PCR	NA	RNA测序数据	NA
796	2025-05-08	Integrative analysis of SEPN1 in glioma: Prognostic roles, functional implications, and potential therapeutic interventions 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0318501 PMID:39919065	研究论文	本研究通过整合分析SEPN1在胶质瘤中的表达、预后意义及肿瘤微环境相关性，揭示了其作为新型生物标志物和治疗靶点的潜力	首次系统评估SEPN1在泛癌（特别是胶质瘤）中的预后价值，开发了基于SEPN1相关lncRNA的风险评分模型（SRS），并筛选出潜在抗胶质瘤药物	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证SEPN1的分子机制和临床转化价值	探究SEPN1在胶质瘤中的生物学功能及临床意义	胶质瘤患者样本（TCGA/CGGA/GEO/ZN-GC队列）和胶质母细胞瘤细胞系	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA测序、药物敏感性分析、连接图谱分析	SEPN1相关风险评分模型（SRS）	RNA-seq数据、临床生存数据	多中心队列（TCGA/CGGA/GEO/ZN-GC）的胶质瘤样本
797	2025-05-08	Bronchoalveolar lavage single-cell transcriptomics reveals immune dysregulations driving COVID-19 severity 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0309880 PMID:39928675	研究论文	通过单细胞转录组学分析支气管肺泡灌洗液，揭示了COVID-19严重程度与免疫失调的关系	首次全面分析了COVID-19患者不同严重程度下的免疫细胞变化，并揭示了巨噬细胞、中性粒细胞、树突状细胞、NK细胞和T细胞在疾病严重程度中的关键作用	研究基于二次数据分析，可能受原始数据收集方法和样本量的限制	揭示COVID-19严重程度的免疫学机制	COVID-19患者和健康对照者的支气管肺泡灌洗液	生物医学	COVID-19	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	不同严重程度的COVID-19患者和健康对照者的支气管肺泡灌洗液样本
798	2025-05-08	Detection of hepatitis B virus mRNA from single cell RNA sequencing data without prior knowledge 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0314060 PMID:39932940	research paper	该研究提出了一种无需先验知识即可从单细胞RNA测序数据中检测乙型肝炎病毒mRNA的方法	无需16S rRNA扩增或先验知识，直接从scRNA-seq数据中检测病毒mRNA	仅针对产生带poly-A尾病毒mRNA的病毒有效	开发从单细胞RNA测序数据中检测病毒的方法	慢性HBV感染患者的肝脏样本	生物信息学	乙型肝炎	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	慢性HBV感染患者（有/无HBsAg消失）的肝脏样本
799	2025-05-08	Identification of WDR74 and TNFRSF12A as biomarkers for early osteoarthritis using machine learning and immunohistochemistry 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1517646 PMID:39935469	研究论文	本研究通过整合泛素化相关基因表达数据和机器学习技术，识别出WDR74和TNFRSF12A作为早期骨关节炎的生物标志物	首次将泛素化相关基因与机器学习相结合，用于早期骨关节炎的生物标志物识别	研究样本量有限，且仅针对膝关节骨关节炎	提高早期骨关节炎的诊断和预后评估	骨关节炎患者	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序、qRT-PCR、免疫组织化学	XGBoost	基因表达数据	GEO数据库中的单细胞RNA测序数据集和人膝关节标本
800	2025-05-08	Multi-Targeting CAR-T Cell Strategies to Overcome Immune Evasion in Lymphoid and Myeloid Malignancies 2025, Oncology research and treatment IF:2.0Q3 DOI:10.1159/000543806 PMID:40090318	综述	本文探讨了CAR-T细胞疗法在淋巴和髓系恶性肿瘤中的现状，强调了正在进行的临床试验，并讨论了这些创新多靶点策略的未来以改善患者预后	提出了多靶点策略如逻辑门控CAR和适配器CAR，以克服单靶点CAR-T疗法中的免疫逃逸问题	需要更大规模的临床试验来验证这些多靶点策略的有效性	提高CAR-T细胞疗法在淋巴和髓系恶性肿瘤中的治疗效果和持久性	淋巴和髓系恶性肿瘤患者	免疫治疗	淋巴瘤和多发性骨髓瘤	NGS, dSTORM, 多参数流式细胞术, CRISPR筛选, 单细胞RNA测序	逻辑门控CAR, 适配器CAR	NA	NA