单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-09-13	Updates on Parkinson's Disease 2025, Neuropsychiatric disease and treatment IF:2.5Q2 DOI:10.2147/NDT.S540718 PMID:40926796	综述	本文总结了帕金森病的最新研究进展，包括发病机制、诊断技术、治疗策略及当前挑战	整合α-突触核蛋白种子扩增检测与多模态神经影像技术实现92%的前驱期诊断准确率，并报道了新型免疫疗法和LRRK2激酶抑制剂的疾病修饰潜力	生物标志物在不同种族队列中存在30%的变异性，非运动症状管理仍是挑战	推动帕金森病从对症治疗向精准靶向干预的转型	帕金森病患者及其相关病理机制	神经病学	帕金森病	α-synuclein种子扩增检测、多模态神经影像、单细胞空间转录组学、可穿戴设备数字表型分析	NA	生物标志物数据、神经影像数据、临床表型数据	涉及多种族队列（具体样本规模未明确说明）
62	2025-09-13	Identification of Potential Targets for EGFR-Regulated Nucleus Pulposus Degeneration Using Single-Cell RNA Sequencing and Machine Learning 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S530776 PMID:40927356	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和机器学习方法识别EGFR调控椎间盘髓核退变的关键下游分子JAK1	首次结合scRNA-seq、伪时间分析和多种机器学习算法鉴定EGFR在NPC退变中的下游靶点JAK1	样本量较小（仅6例严重IVDD样本），且主要基于小鼠模型验证	探究EGFR信号通路在髓核细胞退变中的关键下游调控分子	人类严重椎间盘退变样本和小鼠模型中的髓核细胞	生物信息学	椎间盘退行性疾病	scRNA-seq, 伪时间分析, GSEA, WGCNA, IHC	Lasso, XGBoost, Random Forest	单细胞RNA测序数据	6例人类严重IVDD样本和小鼠模型
63	2025-09-13	Integrated Single-Cell and Transcriptome Analysis with Experimental Validation Reveals PANoptosis-Related Gene Signatures in the Immune Microenvironment of Autoimmune Thyroiditis 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S525270 PMID:40927355	研究论文	本研究通过整合单细胞和转录组分析结合实验验证，揭示了自身免疫性甲状腺炎免疫微环境中PANoptosis相关基因的特征	首次在自身免疫性甲状腺炎中研究PANoptosis的作用，并鉴定出5个关键基因及其在免疫微环境中的功能	NA	阐明PANoptosis基因与自身免疫性甲状腺炎免疫浸润和发病机制的关系	自身免疫性甲状腺炎患者和健康个体的RNA-seq数据、动物模型和临床样本	生物信息学	自身免疫性甲状腺炎	scRNA-seq, bulk RNA-seq, ssGSEA, WGCNA, RT-qPCR, 免疫组化染色, ELISA	NA	基因表达数据	公共数据库中的AIT数据及收集的临床样本
64	2025-09-13	PRMT1-Mediated PARP1 Methylation Drives Lung Metastasis and Chemoresistance via P65 Activation in Triple-Negative Breast Cancer 2025, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0854 PMID:40927753	研究论文	本文揭示了PRMT1通过甲基化PARP1并激活P65，驱动三阴性乳腺癌肺转移和化疗耐药的作用机制	首次发现PRMT1介导的PARP1甲基化通过双重机制（增强DNA损伤修复能力和调控NF-κB通路）促进肿瘤干细胞特性及免疫抑制	NA	阐明PRMT1在三阴性乳腺癌肺转移和化疗耐药中的具体作用机制	三阴性乳腺癌细胞及转移样本	肿瘤生物学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序、质谱分析、免疫共沉淀、ELISA	NA	基因组数据、蛋白质相互作用数据	NA
65	2025-09-13	Multi-Omics and Clinical Validation Identify Key Glycolysis- and Immune-Related Genes in Sepsis 2025, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S539158 PMID:40927774	研究论文	本研究通过多组学分析和临床验证，识别了与脓毒症中糖酵解和免疫相关的关键基因	整合WGCNA、孟德尔随机化和机器学习算法，首次鉴定出DDX18等五个与脓毒症免疫重塑相关的糖酵解关键基因，并利用scRNA-seq解析细胞类型特异性转录谱	研究主要基于公共数据库和单一临床队列，需要更多独立样本验证基因的普适性	阐明糖酵解重编程与脓毒症免疫功能障碍的分子机制，寻找治疗靶点	脓毒症患者基因表达数据和临床样本	生物信息学	脓毒症	RNA-seq, scRNA-seq, RT-qPCR, ssGSEA, WGCNA, CIBERSORT	LASSO, SVM-RFE, Boruta	基因表达数据	来自GEO数据库的转录组数据和一个临床脓毒症队列
66	2025-09-12	Single Cell Transcriptome Signatures of Sarcoidosis in Lung Immune Cell Populations 2025-Jan-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.20.633917 PMID:39896662	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析肺免疫细胞，揭示了结节病相关的细胞组成、基因表达和细胞间互作变化	首次在结节病中鉴定出五种巨噬细胞亚群并发现其特异性基因表达谱，以及疾病进展相关的细胞互作差异	样本量有限（16例结节病患者和14例对照），且结果需进一步功能验证	识别与结节病风险和进展相关的细胞特异性分子变化	结节病患者（进行性和非进行性）和健康对照的支气管肺泡灌洗细胞	单细胞组学	结节病	scRNA-seq, CellRanger, Seurat, CellChat	NA	单细胞RNA测序数据	30名参与者（16例结节病，14例对照）
67	2025-09-12	Unveiling the mechanism of Pogostemon cablin (Blanco) Benth in treating heat illnesses via network pharmacology and molecular simulation 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0331401 PMID:40920657	研究论文	本研究结合网络药理学和分子模拟技术，揭示广藿香治疗热病的分子机制	首次整合网络药理学、单细胞RNA测序和分子动力学模拟，系统阐明广藿香治疗热病的作用靶点	样本量较小（11例患者和14例健康志愿者），需要更大规模研究验证	探究广藿香治疗热病的分子作用机制	热病患者和健康志愿者的外周血样本	网络药理学	热病	RNA测序、WGCNA、分子对接、分子动力学模拟	NA	RNA测序数据	25例样本（11例患者+14例健康志愿者）
68	2025-01-23	Finding and Profiling Renal Cells with Spatial Transcriptomics 2025-Jan-22, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.0000000632 PMID:39836482	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
69	2025-09-11	Serine supplementation suppresses hypoxia-induced pathological retinal angiogenesis 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.105299 PMID:40303351	研究论文	本研究探讨丝氨酸补充通过增强视网膜线粒体代谢和脂质利用来抑制缺氧诱导的病理性视网膜血管生成	首次揭示丝氨酸代谢通过促进脂肪酸氧化和氧化磷酸化来抑制病理性视网膜新生血管的机制，并鉴定HMGB1为关键介质	研究基于小鼠OIR模型，人类临床应用效果仍需进一步验证	研究丝氨酸代谢在抑制缺氧驱动视网膜新生血管中的作用及机制	C57BL/6J小鼠OIR模型幼崽	眼科疾病研究	视网膜病变	代谢组学、脂质组学、蛋白质组学、单细胞RNA测序、western blotting	动物模型	分子生物学数据	未明确样本数量的C57BL/6J小鼠OIR模型
70	2025-09-11	New insights into liver injury and regeneration from single-cell transcriptomics 2025, eGastroenterology DOI:10.1136/egastro-2025-100202 PMID:40735115	综述	本文综述了单细胞转录组学在急性肝损伤和再生研究中的最新进展与应用	揭示了损伤修复界面中的胎儿样和迁移性肝细胞、不同激活状态的肝星状细胞以及区域特异性内皮细胞反应等新发现	NA	总结单细胞转录组学在肝损伤与再生机制研究中的平台、分析方法及应用价值	肝细胞、肝星状细胞、内皮细胞、巨噬细胞等肝脏细胞类型	生物信息学	急性肝病	scRNA-seq, 空间转录组学	NA	单细胞转录组数据	NA
71	2025-09-11	A drug response prediction method for single-cell tumors combining attention networks and transfer learning 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1631898 PMID:40917838	研究论文	提出一种结合注意力网络和迁移学习的单细胞肿瘤药物反应预测方法ATSDP-NET	首次整合批量细胞和单细胞数据，利用迁移学习和多头注意力机制增强单细胞水平药物反应预测的准确性和可解释性	NA	提高肿瘤细胞系对治疗药物反应的预测精度，支持个性化癌症治疗	小鼠急性髓系白血病细胞和人口腔鳞状细胞癌细胞	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	注意力网络结合迁移学习	基因表达数据	四个单细胞RNA测序数据集
72	2025-09-11	Integrative scRNA-seq and transcriptomic analysis initially reveals monocyte/macrophage activation drives EV-A71-induced immune dysregulation and neural injury in severe HFMD 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1620633 PMID:40918094	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和转录组分析，揭示单核/巨噬细胞激活在EV-A71引起的严重手足口病免疫失调和神经损伤中的作用	首次结合scRNA-seq和转录组动态分析，阐明巨噬细胞早期激活驱动EV-A71感染后免疫应答时序及神经损伤通路	样本量较小（一名重症患者与一名健康对照），机制验证主要基于体外实验	探究EV-A71导致重症手足口病的免疫机制，重点关注巨噬细胞的作用	外周血单核细胞（PBMCs）、巨噬细胞、神经细胞系SH-SY5Y	生物信息学	手足口病	scRNA-seq, 转录组测序, GO/KEGG富集分析, 细胞共培养	NA	单细胞转录组数据, 批量转录组数据	1例EV-A71重症HFMD患者与1例健康对照的PBMCs样本，体外感染实验包含不同病毒滴度组
73	2025-09-11	Exploring research trends in cancer immunotherapy via single-cell technologies: a scientometric perspective 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1640224 PMID:40918118	综述	本文通过科学计量学方法分析单细胞技术在癌症免疫治疗领域的研究趋势	首次采用多工具联合（Bibliometrix、CiteSpace等）对Web of Science中4856篇文献进行量化分析与可视化，揭示研究热点与趋势	仅基于文献计量分析，未涉及原始实验数据验证	探索单细胞技术在癌症免疫治疗中的研究动态与发展趋势	Web of Science核心合集中关于单细胞测序在癌症免疫治疗应用的学术文献	生物信息学	癌症	单细胞测序、空间转录组学	NA	文献元数据	4856篇文献
74	2025-09-11	Gzmk+ CD8 T cells in inflammatory diseases 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1661755 PMID:40918115	综述	本文综述了Gzmk+ CD8 T细胞在炎症性疾病中的调控、功能作用及机制	聚焦于新发现的Gzmk+ CD8 T细胞亚群，强调其独立于细胞毒功能的促炎作用	NA	阐明Gzmk+ CD8 T细胞在炎症性疾病中的作用机制，探索潜在治疗靶点	Gzmk+ CD8 T细胞	免疫学	炎症性疾病	scRNA-seq	NA	NA	NA
75	2025-09-11	Spatial transcriptomics uncovers immune-cell plasticity and dedifferentiation signatures in aggressive lung adenocarcinoma subtypes 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1620886 PMID:40918135	研究论文	本研究利用空间转录组学技术解析了肺腺癌亚型中的免疫细胞可塑性和去分化特征	首次在肺腺癌中通过空间转录组学揭示亚型转换的分子特征及去分化状态与肿瘤侵袭性的关联	样本仅来源于单一医疗中心，需更大规模验证	解析肺腺癌进展过程中亚型转换的分子特征并为治疗策略提供新见解	肺腺癌患者手术切除的肿瘤样本	空间转录组学	肺腺癌	空间转录组学测序（Illumina NovaSeq 6000）	NA	空间转录组数据	2022年河北医科大学第四医院肺腺癌手术样本（具体数量未明确）
76	2025-09-11	Exploring the biological functions and immune regulatory roles of IRAK3, TNFRSF1A, CX3CR1, and JUNB in T2DM combined with MAFLD: integrated bioinformatics and single-cell analysis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1587225 PMID:40918148	研究论文	本研究通过整合生物信息学和单细胞分析，探索IRAK3、TNFRSF1A、CX3CR1和JUNB在2型糖尿病合并代谢相关脂肪性肝病中的生物学功能及免疫调节作用	首次结合多组学数据识别并验证了四个自噬相关诊断生物标志物，并利用单细胞测序揭示肝组织细胞多样性及细胞通讯机制	研究主要基于公共数据库和动物模型，尚未进行大规模临床样本验证	识别和验证与T2DM相关MAFLD的自噬相关诊断生物标志物，探究疾病进展中的调控机制	2型糖尿病合并代谢相关脂肪性肝病大鼠模型及人类基因表达数据	生物信息学	2型糖尿病合并代谢相关脂肪性肝病	基因表达分析、WGCNA、PPI网络、机器学习、单细胞测序、实时荧光定量PCR、免疫组化	机器学习算法（未指定具体模型）	基因表达数据、单细胞转录组数据	四个GEO数据集（GSE15653、GSE89632、GSE24807、GSE23343）及动物实验样本
77	2025-09-11	Multiomics Integration and Machine Learning Reveal Colony Stimulating Factor 3 Receptor as a Key Gene and Therapeutic Target in Crohn's Disease 2025, Mediators of inflammation IF:4.4Q2 DOI:10.1155/mi/1619237 PMID:40918404	研究论文	通过多组学整合与机器学习识别CSF3R作为克罗恩病的关键基因和治疗靶点	首次整合多队列转录组数据并应用三种机器学习算法（随机森林、SVM-RFE、LASSO）联合孟德尔随机化分析，系统性验证CSF3R在克罗恩病中的因果作用和治疗潜力	NA	识别克罗恩病的关键分子驱动因素以推动诊断和治疗方法发展	克罗恩病患者和健康对照者的肠道组织样本	生物医学信息学	克罗恩病	转录组测序、单细胞RNA测序、qPCR、蛋白质印迹、免疫组化、免疫荧光、分子对接	随机森林, SVM-RFE, LASSO	基因表达数据、蛋白质数据	多队列人类肠道组织样本（具体数量未明确说明）
78	2025-09-11	Marker Gene-Guided Graph Neural Networks for Enhanced Spatial Transcriptomics Clustering 2025, AI medicine DOI:10.53941/aim.2025.100001 PMID:40918416	研究论文	提出一种基于标记基因引导图神经网络的空间转录组学聚类增强方法	首次将标记基因的领域知识融入图神经网络框架，通过对比学习和微调策略提升聚类效果	NA	提升空间转录组学数据的聚类分析性能	组织中的细胞空间分布与基因表达数据	生物信息学	NA	空间转录组学(ST)	图神经网络(GNN)	基因表达数据与空间位置信息	两个真实数据集（具体样本量未说明）
79	2025-09-11	Role of Meox1 in promoting lung tumor vascularization and impairing CD8+ T cell mediated immunity 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1645671 PMID:40919158	研究论文	本研究探讨转录因子Meox1在促进肺癌血管生成和抑制CD8+ T细胞免疫中的功能作用	首次系统性地通过scRNA-seq和SCENIC框架揭示Meox1在非小细胞肺癌中的细胞类型特异性调控网络，并证明其双重功能（促血管生成和免疫抑制）	初步研究结果，需进一步验证机制；动物模型数据尚未完全展开	阐明Meox1在肺癌血管生成和免疫调节中的分子机制，为靶向治疗提供新策略	非小细胞肺癌（NSCLC）肿瘤组织中的内皮细胞和免疫细胞	肿瘤生物学	肺癌	scRNA-seq, SCENIC, siRNA敲低	NA	单细胞RNA测序数据	NA
80	2025-09-11	Organelle stresses and energetic metabolisms promote endothelial-to-mesenchymal transition and fibrosis via upregulating FOSB and MEOX1 in Alzheimer's disease 2025, Frontiers in molecular neuroscience IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fnmol.2025.1605012 PMID:40919531	研究论文	本研究通过转录组分析揭示了阿尔茨海默病中细胞器应激和能量代谢重编程通过上调FOSB和MEOX1驱动内皮-间质转化、细胞死亡和纤维化的分子机制	首次发现细胞器应激（线粒体、内质网、核应激）和能量代谢重编程通过FOSB和MEOX1上调促进AD病理过程，并验证PERK/FOSB/MEOX1作为潜在治疗靶点	主要基于3xTg-AD小鼠模型，人类数据验证相对有限；机制研究仍需进一步实验验证	阐明阿尔茨海默病中内皮-间质转化、细胞死亡和纤维化的转录组机制	3xTg-AD小鼠模型脑组织及人类AD患者脑细胞	神经退行性疾病研究	阿尔茨海默病	RNA-seq, scRNA-Seq, 知识驱动的转录组分析	NA	基因表达数据	3xTg-AD小鼠模型脑组织及人类AD患者scRNA-Seq数据集