单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-07-04	Triple-Negative Breast Cancer on the Rise: Breakthroughs and Beyond 2025, Breast cancer (Dove Medical Press) DOI:10.2147/BCTT.S516125 PMID:40599557	综述	本文综述了三阴性乳腺癌（TNBC）的发病率上升、分子遗传学特征、治疗进展及个性化诊断和治疗的新趋势	总结了TNBC的最新治疗进展，包括免疫检查点抑制剂、PARP抑制剂和抗体药物偶联物的应用，以及机器学习成像和空间转录组学等诊断工具的进展	作为综述文章，未涉及原始研究数据，主要依赖已有文献的综合分析	探讨TNBC的发病率、分子机制、治疗选择和诊断技术的进展	三阴性乳腺癌（TNBC）及其患者群体	数字病理学	乳腺癌	机器学习成像、空间转录组学	NA	NA	NA
62	2025-07-04	Identification of anoikis-related subtypes and a risk score prognosis model, the association with TME landscapes and therapeutic responses in hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1602831 PMID:40599775	研究论文	本研究通过分析肝癌中与失巢凋亡相关基因的表达、突变和拷贝数变异，建立了预后风险评分模型，并探讨了其与肿瘤微环境特征和免疫治疗反应的关系	首次在肝癌中鉴定了两种不同的失巢凋亡亚型，并开发了一个基于TTC26和TPX2的双基因预后模型，揭示了TTC26在肝癌细胞增殖、迁移和侵袭中的促进作用	研究主要基于公共数据集，需要更多独立队列验证模型的临床适用性	阐明失巢凋亡相关基因在肝癌中的预后意义和治疗相关性	肝癌患者和肝癌细胞系	肿瘤基因组学	肝癌	WGCNA, LASSO Cox回归, 单细胞RNA-seq	预后风险评分模型	基因表达数据, 突变数据, 拷贝数变异数据	公共数据集中的肝癌样本
63	2025-07-04	Single-cell RNA sequencing: new insights for pulmonary endothelial cells 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1576067 PMID:40599812	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在肺内皮细胞（PECs）研究中的新见解及其在生理和病理条件下的应用	利用scRNA-seq技术揭示了PECs在表型多样性和分子特征上的异质性，及其在肺微环境中的空间定位依赖性	未提及具体的技术限制或样本量不足等问题	探讨scRNA-seq在PECs研究中的应用及其对肺病理生理学治疗的推动作用	肺内皮细胞（PECs）	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
64	2025-07-03	Ash1l loss-of-function results in structural birth defects and altered cortical development 2025-Jan-07, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awae218 PMID:38943682	研究论文	本研究探讨了组蛋白甲基转移酶ASH1L功能丧失对小鼠出生缺陷和大脑皮层发育的影响	首次揭示了ASH1L在出生后存活和正常颅面发育中的关键作用，并阐明了其对大脑皮层神经元命运决定的影响	研究仅基于小鼠模型，人类相关性需要进一步验证	探究ASH1L功能丧失对发育的影响及其与神经发育障碍的关联	小鼠模型（特别是大脑皮层发育）	神经发育生物学	自闭症	免疫组织化学、EdU标记、单细胞RNA测序	Ash1l基因敲除小鼠模型	基因表达数据、组织学图像	胚胎期e18.5样本77个，出生后样本41个，鼻骨分析样本31个，皮层分析每组6个基因型
65	2025-07-03	Deciphering normal and cancer stem cell niches by spatial transcriptomics: opportunities and challenges 2025-Jan-07, Genes & development IF:7.5Q1 DOI:10.1101/gad.351956.124 PMID:39496456	综述	本文探讨了通过空间转录组学解析正常和癌症干细胞微环境的机会与挑战	利用NGS、单细胞转录组学和空间转录组学等先进技术，揭示肿瘤异质性和治疗抵抗性的分子机制	技术限制和计算工具在处理特定瓶颈时的不足	研究正常干细胞和癌症干细胞及其微环境的特性	正常干细胞（NSCs）和癌症干细胞（CSCs）及其微环境	数字病理学	癌症	NGS, 单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	分子数据	NA
66	2025-07-03	Reduced T-Cell stemness underlies Th17 expansion and graft dysfunction in kidney transplant recipients 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1588941 PMID:40584830	研究论文	通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，探讨了肾脏移植受者中T细胞干性降低与Th17细胞扩增及移植物功能障碍的关系	首次将CD4+ T细胞干性降低、Th17细胞极化优势及S100-TLR4轴信号传导与移植物功能障碍联系起来，并提出了潜在的生物标志物和治疗靶点	样本量较小（单细胞测序n=20，批量验证n=192），且未进行功能实验验证机制	阐明区分移植物功能稳定与受损受者的免疫机制	肾脏移植受者的外周血单个核细胞	免疫学	终末期肾病	单细胞RNA测序，批量RNA测序，WGCNA	Monocle（拟时序分析），iTalk（配体-受体互作推断）	RNA测序数据	单细胞测序20例（10正常/10异常），批量验证192例
67	2025-07-03	Single-cell transcriptomics of vascularized human brain organoids decipher lineage-specific stress adaptation in fetal hypoxia-reoxygenation injury 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.117001 PMID:40585969	研究论文	本研究建立了一种先进的血管化人类皮质类器官模型，用于解码缺氧-再氧合过程中的细胞类型特异性损伤机制和治疗靶点	通过整合皮质和血管类器官开发了血管化人类皮质类器官模型，揭示了人类特异性神经血管病理生理学和应激适应网络	现有模型在理解人类特异性细胞机制方面存在局限性	解码缺氧-再氧合过程中的细胞类型特异性损伤机制和治疗靶点	血管化人类皮质类器官模型	数字病理学	新生儿疾病	单细胞转录组学	血管化人类皮质类器官模型	转录组数据	NA
68	2025-07-03	Endothelium-specific sensing of mechanical signals drives epidermal aging through coordinating retinoid metabolism 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.112299 PMID:40585982	research paper	研究揭示了机械响应性内皮细胞通过整合素介导的机械转导调控视黄醇代谢，从而驱动皮肤衰老的机制	首次揭示了内皮细胞通过机械信号感知调控皮肤衰老的三方轴（成纤维细胞-内皮-表皮）机制，并验证了视黄醇代谢物的 rejuvenating 效果	研究主要基于体外皮肤类器官模型和小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探究机械敏感的内皮细胞在皮肤衰老过程中的作用机制	人类皮肤样本（年轻、中年、老年）、小鼠衰老模型、皮肤类器官系统	生物医学	皮肤衰老	scRNA-seq、空间转录组学、PCCFM、CellChat分析、RNA-seq、免疫荧光染色、HE染色、RT-qPCR	皮肤类器官模型、小鼠衰老模型	单细胞转录组数据、空间转录组数据、机械特性数据	不同年龄段的人类皮肤样本（具体数量未明确说明）、小鼠模型和皮肤类器官系统
69	2025-07-03	Epithelial cells with high TOP2A expression promote cervical cancer progression by regulating the transcription factor FOXM1 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1604960 PMID:40589640	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究宫颈癌中高表达TOP2A的上皮细胞亚群及其在肿瘤进展中的作用	发现了一个高表达TOP2A的上皮细胞亚群，该亚群通过LAMC1-(ITGA3-ITGB1)信号通路在肿瘤微环境中起关键作用，并揭示了FOXM1作为关键转录因子的功能	未提及样本量是否足够大，以及是否进行了临床验证	探索宫颈癌进展中上皮细胞的分子特征，为精准治疗提供潜在靶点	宫颈癌中的上皮细胞(EPCs)	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), Slingshot, Cellchat, SCENIC, CCK-8, 集落形成实验, EDU实验, 划痕实验, transwell实验	NA	单细胞RNA测序数据	NA
70	2025-07-03	ScRNA-seq combined with ATAC-seq analysis to explore the metabolic balance mechanism of CCl4-induced liver inflammatory injury 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1600685 PMID:40589742	研究论文	通过结合scRNA-seq和ATAC-seq分析，探索CCl4诱导的肝脏炎症损伤的代谢平衡机制	首次揭示了肝细胞组蛋白乙酰化随损伤时间延长而增强的现象，并发现了脂肪酸代谢在肝细胞损伤中的主导作用，以及Zhx2和Zbtb20在代谢平衡恢复中的关键调控作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索CCl4诱导的肝损伤后的细胞代谢机制	CCl4诱导的慢性肝损伤小鼠模型	生物信息学	肝病	scRNA-seq, ATAC-seq, RNA-seq	NA	基因组数据	小鼠模型
71	2025-07-03	Sphingosine-1-phosphate stimulates colorectal cancer tumor microenvironment angiogenesis and induces macrophage polarization via macrophage migration inhibitory factor 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1564213 PMID:40589755	研究论文	本研究通过整合多组学数据和体外实验，探讨了鞘氨醇-1-磷酸（S1P）在结直肠癌肿瘤微环境中的作用及其通过巨噬细胞迁移抑制因子（MIF）途径促进血管生成和诱导巨噬细胞极化的机制	揭示了S1P在结直肠癌肿瘤微环境中通过MIF途径促进血管生成和巨噬细胞极化的新机制，并提出了抑制S1P合成可能具有抗肿瘤效果的新策略	研究主要基于体外实验和组学数据分析，缺乏体内实验验证	阐明S1P在结直肠癌肿瘤微环境中的作用机制及其对血管生成和巨噬细胞极化的影响	结直肠癌肿瘤微环境中的S1P及其相关分子机制	肿瘤生物学	结直肠癌	RNA-seq, scRNA-seq, 免疫组化染色（IHC）, 空间转录组学	NA	基因表达数据, 蛋白质表达数据	NA
72	2025-07-03	Therapeutic implications of cancer-associated fibroblast heterogeneity: insights from single-cell and multi-omics analysis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1580315 PMID:40589759	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多组学数据分析，探讨了癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性及其在肿瘤微环境中的功能作用	识别了四种CAF亚群及其与肿瘤相关信号通路的差异，开发了用于生存预测和免疫治疗敏感性评估的风险评分模型（RiskScore），并验证了核心基因在肿瘤发展中的关键作用	研究可能受限于样本数量和多样性，且实验验证仅在部分基因上进行	探索CAF异质性及其在肿瘤微环境中的功能作用，为个性化治疗提供理论支持	癌症相关成纤维细胞（CAFs）及其在肿瘤微环境中的亚群	肿瘤生物学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多组学数据分析、siRNA干扰、qPCR、Western blotting	RiskScore模型、Cox和LASSO回归	单细胞RNA测序数据、多组学数据	未明确提及具体样本数量
73	2025-07-03	Cell types and neuronal genetic architecture in the rat CSF-contacting nucleus and the role of 5-HT in this nucleus in mediating morphine addiction through the brain-CSF circuit 2025, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2025.1603486 PMID:40589789	研究论文	本研究通过单细胞测序技术揭示了脑脊液接触核的细胞组成和基因表达特征，并探讨了其在吗啡成瘾中的作用机制	首次系统描绘了脑脊液接触核的单细胞转录组图谱，发现其通过调控5-HT释放参与脑脊液介导的神经调节机制	研究主要基于大鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明脑脊液接触核的细胞组成和基因表达特征，探究其在吗啡成瘾中的作用机制	大鼠脑脊液接触核	神经科学	药物成瘾	单细胞RNA测序、化学遗传学技术、UPLC-MS、ELISA	NA	基因表达数据、行为学数据、生化检测数据	单细胞RNA测序数据(登录号CRR790158)
74	2025-07-03	Spatial Transcriptomic Analyses of Spermatogenesis 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4698-4_3 PMID:40601269	研究论文	本文介绍了空间转录组技术在精子发生研究中的应用，并提供了使用Curio Biosciences的Seeker（SlideSeq V2）方法的具体步骤	利用空间转录组技术解决了传统转录组方法破坏组织三维结构的局限性，提供了精子发生过程中细胞异质性的空间信息	仅针对小鼠睾丸中的圆形精子细胞进行了示例分析，可能无法全面代表其他生殖细胞类型	探索精子发生过程中的细胞异质性和空间组织	小鼠睾丸组织中的生殖细胞	空间转录组学	NA	空间转录组学（SlideSeq V2）	NA	空间转录组数据	小鼠睾丸组织样本
75	2025-07-02	Gonadal sex and temperature independently influence germ cell differentiation and meiotic progression in Trachemys scripta 2025-Jan-07, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2413191121 PMID:39793067	研究论文	本研究探讨了温度和性腺性别对红耳滑龟生殖细胞分化和减数分裂进程的独立影响	揭示了温度对生殖细胞性分化的直接影响，独立于其对性腺体细胞的影响	研究仅针对红耳滑龟这一TSD物种，结果可能不适用于其他物种	探究温度是否直接影响生殖细胞分化和性别认同的其他方面	红耳滑龟(Trachemys scripta)的生殖细胞	发育生物学	NA	减数分裂铺片分析、单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	NA
76	2025-07-02	An insight into COVID-19 host immunity at single-cell resolution 2025, International reviews of immunology IF:4.3Q2 DOI:10.1080/08830185.2024.2443420 PMID:39707914	综述	本文系统性地描述了COVID-19感染及不同疫苗接种期间，单细胞转录组学揭示的宿主免疫细胞类型和状态的相对丰度及分子行为的病毒诱导失调	利用单细胞转录组学高分辨率研究COVID-19宿主免疫反应，识别和表征疾病相关特定细胞群	基于过去三到四年发表的单细胞研究，可能未涵盖最新进展	探讨COVID-19宿主免疫反应的细胞和分子机制	先天和适应性免疫细胞类型及状态	单细胞转录组学	COVID-19	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序数据	NA
77	2025-07-02	Inonotus obliquus (chaga) ameliorates folic acid-induced renal fibrosis in mice: the crosstalk analysis among PT cells, macrophages and T cells based on single-cell sequencing 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1556739 PMID:40160460	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了桦褐孔菌（Chaga）对叶酸诱导的小鼠肾纤维化的治疗作用及其细胞和分子机制	首次使用单细胞RNA测序技术研究Chaga在肾纤维化中的治疗作用，揭示了其通过调节巨噬细胞和T细胞的炎症反应及近端肾小管细胞的基因表达来减轻纤维化的潜在机制	需要进一步的实验验证以确立其临床应用	探讨桦褐孔菌（Chaga）对肾纤维化的治疗作用及其机制	叶酸诱导的肾纤维化小鼠模型	数字病理	肾脏疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学、UPLC-MS、H&E和Masson三色染色	小鼠模型	基因表达数据、图像数据	82,496个肾脏细胞
78	2025-07-02	Corrigendum: Inonotus obliquus (chaga) ameliorates folic acid-induced renal fibrosis in mice: the crosstalk analysis among PT cells, macrophages and T cells based on single-cell sequencing 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1629322 PMID:40510421	correction	本文是对先前发表文章的更正	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
79	2025-07-02	Candida albicans: a historical overview of investigations into an important human pathogen 2025-Jan-01, Canadian journal of microbiology IF:1.8Q4 DOI:10.1139/cjm-2025-0036 PMID:40522159	综述	本文回顾了白色念珠菌研究的历史发展，从早期临床观察到现代高通量基因组技术	整合了基因组学、转录组学和基因组编辑技术（如CRISPR-Cas9）在白色念珠菌研究中的应用	主要关注历史和技术进展，未深入讨论具体实验数据或临床案例	追踪白色念珠菌研究的演变并探讨新技术在对抗侵袭性念珠菌病中的应用	白色念珠菌（Candida albicans）	病原微生物学	真菌感染	基因组测序、功能基因组学、单细胞转录组学、CRISPR-Cas9	NA	基因组数据、转录组数据	NA
80	2025-07-01	Identification of a distinctive gene signature in granulomatous myositis 2025-Jan-02, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.12.27.24319708 PMID:40568658	研究论文	本研究通过转录组学分析揭示了肉芽肿性肌炎的特异性基因特征	首次定义了肉芽肿性肌炎的独特转录组特征，并发现CHIT1基因表达与疾病活动性高度相关	样本量相对有限（38例GM患者），且仅使用了肌肉活检样本	阐明肉芽肿性肌炎的病理生理学机制	肉芽肿性肌炎患者的肌肉活检样本	数字病理学	肉芽肿性肌炎	RNA测序、空间转录组学、免疫组织化学	支持向量机(SVM)	RNA测序数据	722例肌肉活检样本（包含38例GM患者）