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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-12-10 |
Long-read sequencing transcriptome quantification with lr-kallisto
2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.19.604364
PMID:39071335
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研究论文 | 本文介绍了lr-kallisto方法,用于长读长测序数据的转录本定量分析,并展示了其在ONT数据上的应用和改进 | 开发了lr-kallisto方法,将kallisto的短读长RNA-seq定量技术适配到长读长测序平台,并证明外显子捕获能提高定量准确性 | 未提及具体样本量或数据集的局限性,可能依赖于特定长读长平台(如ONT) | 实现长读长测序数据中转录本异构体的快速准确定量 | RNA转录本,特别是全长转录本异构体 | 自然语言处理 | NA | 长读长测序,外显子捕获 | kallisto模型适配 | RNA测序数据 | NA | Oxford Nanopore Technologies | 长读长RNA测序 | ONT平台 | Oxford Nanopore长读长测序数据,结合外显子捕获技术 |
| 62 | 2025-12-10 |
PI3 as a Common Hub Gene Linking Atopic Dermatitis and Ulcerative Colitis Through Immune Cell Recruitment Mechanisms
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S527507
PMID:40901026
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析识别了特应性皮炎和溃疡性结肠炎之间的共同枢纽基因PI3及其在免疫细胞招募机制中的作用 | 首次将PI3确定为连接AD和UC的枢纽基因,并揭示了其通过CCL和CXCL趋化因子招募M1巨噬细胞、CD4 T细胞和中性粒细胞的共同免疫机制 | 研究主要基于公共数据库的转录组数据,缺乏实验验证;样本量有限且可能受批次效应影响 | 识别AD和UC之间的共同枢纽基因和免疫学特征,阐明两种疾病的共享发病机制 | 特应性皮炎和溃疡性结肠炎患者组织样本 | 生物信息学 | 特应性皮炎,溃疡性结肠炎 | RNA-seq,单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | 来自GSE121212和GSE75214数据集的样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 63 | 2025-12-10 |
Cannabidiol Reprograms Glucose Metabolism in Colorectal Adenocarcinoma by Targeting HIF-1α/LDHA Pathway
2025, The American journal of Chinese medicine
DOI:10.1142/S0192415X25500958
PMID:41219135
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研究论文 | 本研究探讨了大麻二酚通过靶向HIF-1α/LDHA通路,重编程结直肠腺癌葡萄糖代谢的抗肿瘤机制 | 首次揭示大麻二酚通过抑制HIF-1α/LDHA通路来靶向肿瘤代谢重编程,并发现其与糖酵解抑制剂2-DG具有协同作用 | 研究主要基于体外实验和单细胞转录组学分析,缺乏体内动物模型的全面验证 | 探究大麻二酚在结直肠腺癌中的抗肿瘤作用机制,特别是其对肿瘤代谢重编程的影响 | 结直肠腺癌细胞系及组织样本 | 肿瘤代谢研究 | 结直肠癌 | 单细胞转录组学、网络药理学、蛋白质组学、代谢测定 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据、代谢数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 64 | 2025-12-10 |
Strain-specific tropism and transcriptional responses of enterovirus D68 infection in human spinal cord organoids
2025, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2025.1698639
PMID:41347238
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,分析了人类脊髓类器官中肠道病毒D68感染的细胞嗜性和转录反应,揭示了不同病毒株在神经元和胶质细胞中的差异感染模式 | 首次在人类脊髓类器官模型中,通过单细胞分辨率揭示了EV-D68不同毒株(B2和B3)的细胞嗜性差异及其宿主转录响应,为急性弛缓性脊髓炎的发病机制提供了新见解 | 研究基于类器官模型,可能无法完全模拟体内复杂的脊髓微环境;样本规模有限,且仅分析了两种病毒株 | 探究肠道病毒D68感染导致急性弛缓性脊髓炎的细胞嗜性和感染动力学机制 | 源自诱导多能干细胞的人类脊髓类器官 | 单细胞组学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量,但涉及健康及感染两种EV-D68毒株(B2和B3)的脊髓类器官 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 65 | 2025-12-10 |
Multi-Omics Analysis and Experimental Validation Identify RAD51 as a Key Biomarker in OSCC
2025 Jan-Dec, IET systems biology
IF:1.9Q3
DOI:10.1049/syb2.70048
PMID:41350246
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析和实验验证,识别RAD51作为口腔鳞状细胞癌的关键生物标志物 | 整合多组学数据(包括单细胞转录组学)和实验验证,首次系统阐明RAD51在OSCC中的功能及其与免疫浸润和化疗耐药性的关联 | 研究主要基于细胞系HSC-3进行实验验证,缺乏体内模型或临床样本的直接验证 | 阐明RAD51在口腔鳞状细胞癌中的具体功能和调控机制,评估其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力 | 口腔鳞状细胞癌(OSCC)细胞系HSC-3及相关的多组学数据 | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | 多组学分析、单细胞RNA测序、siRNA敲低、功能测定(增殖、迁移、侵袭、ROS积累、化疗敏感性) | NA | 转录组数据、单细胞RNA测序数据、实验数据 | 使用OSCC细胞系HSC-3进行实验,多组学分析涉及多个癌症数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 66 | 2025-12-09 |
Single-cell transcriptomics unravels the early immune landscape of renal allograft rejection and nominates Ccl3-Ccr5 as a therapeutic target
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1663251
PMID:41200203
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了肾移植早期急性排斥反应的免疫景观,并识别出Ccl3-Ccr5轴作为治疗靶点 | 首次在单细胞分辨率下描绘了肾移植早期急性排斥反应的免疫细胞动态和细胞间通讯网络,并验证了Ccl3-Ccr5轴作为治疗靶点的潜力 | 研究基于大鼠模型,结果在人类中的适用性需进一步验证;样本时间点有限,可能未覆盖所有动态变化 | 阐明肾移植早期急性排斥反应的免疫细胞动态和局部细胞间通讯机制,并探索潜在治疗靶点 | 大鼠肾移植模型中的CD45+免疫细胞 | 数字病理学 | 肾移植排斥反应 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),多重免疫荧光,治疗干预实验 | 无监督聚类,细胞轨迹推断,细胞间通讯网络分析 | 单细胞转录组数据,图像数据 | 大鼠肾移植模型在移植后第0、1、3、7天采集的CD45+免疫细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 67 | 2025-12-09 |
Identification of novel lipid metabolism-related biomarkers of aortic dissection by integrating single-cell RNA sequencing analysis and machine learning algorithms
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1681989
PMID:41246346
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序分析和机器学习算法,识别了主动脉夹层中与脂质代谢相关的新型生物标志物PLIN2和PLIN3 | 采用多模态策略结合单细胞RNA测序和机器学习,首次将PLIN2和PLIN3确定为主动脉夹层中脂质代谢的关键调节因子,并探索其作为诊断标志物和治疗靶点的潜力 | 研究主要基于计算分析和动物模型验证,缺乏大规模临床样本的直接验证,且分子机制需进一步实验探究 | 识别主动脉夹层中与脂质代谢失调相关的新型生物标志物,以阐明其病理机制并探索潜在治疗靶点 | 主动脉夹层患者样本和Ang II诱导的主动脉夹层小鼠模型 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 机器学习算法, 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析, 细胞间通讯分析, 伪时间轨迹重建, 分子对接 | 机器学习算法 | RNA测序数据 | 主动脉夹层和对照样本的单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 68 | 2025-12-09 |
Correction: Single-cell transcriptomics unravels the early immune landscape of renal allograft rejection and nominates Ccl3-Ccr5 as a therapeutic target
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1740964
PMID:41357176
|
correction | 本文是对先前发表文章的更正,涉及肾脏移植排斥早期免疫景观的单细胞转录组学研究 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 69 | 2025-12-09 |
Correction: Identification of novel lipid metabolism-related biomarkers of aortic dissection by integrating single-cell RNA sequencing analysis and machine learning algorithms
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1742065
PMID:41357238
|
correction | 本文是对先前一篇关于整合单细胞RNA测序分析和机器学习算法识别主动脉夹层新型脂质代谢相关生物标志物文章的更正 | NA | NA | NA | NA | NA | 主动脉夹层 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 70 | 2025-12-08 |
Decoding the distinct immune landscape and possible regulatory mechanisms of autoimmune hepatitis through integrated single-cell and bulk RNA sequencing
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0335605
PMID:41343465
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序,解码了自身免疫性肝炎的独特免疫景观和可能的调控机制 | 整合单细胞和批量RNA测序数据,识别了AIH中失调的免疫细胞群、信号通路及潜在治疗靶点 | 数据来源于公共数据库,可能受样本来源和测序技术限制,未进行实验验证 | 解码自身免疫性肝炎的免疫景观和调控机制 | 自身免疫性肝炎患者 | 数字病理学 | 自身免疫性肝炎 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 71 | 2025-12-08 |
Single cell RNA sequencing reveals a dysbalance of proinflammatory vs. immunosuppressive dendritic cells in mouse and human aortic aneurysms
2025, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2025.1713030
PMID:41346489
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了小鼠和人类主动脉瘤中促炎性与免疫抑制性树突状细胞的失衡状态 | 首次通过单细胞RNA测序整合分析,系统表征了主动脉瘤中树突状细胞的异质性,并定义了新的DC3亚型及其促炎表型 | 研究主要基于动物模型数据向人类疾病转化,需要进一步的人类样本验证 | 探究树突状细胞在主动脉瘤发病机制中的具体作用 | 小鼠主动脉瘤模型和人类主动脉瘤组织 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个小鼠AA模型及人类AA样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 72 | 2025-12-08 |
Comprehensive analysis of the role of diverse programmed cell death patterns in sepsis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1685533
PMID:41346577
|
研究论文 | 本研究通过整合公共转录组数据与独立验证队列,系统分析了脓毒症中多种程序性细胞死亡模式的作用,并开发了诊断风险评分 | 首次系统整合公共微阵列、单细胞转录组数据及独立高通量测序验证,全面揭示了脓毒症中铁死亡、双硫死亡、NETosis和胞吞性死亡四种关键失调的PCD通路,并确定了单核细胞作为整合PCD、代谢重编程和免疫通讯的核心枢纽 | 研究主要基于转录组数据,缺乏蛋白质或功能层面的直接验证;样本量相对有限,且部分数据来自公共数据库,可能存在批次效应 | 系统表征脓毒症中多样化的程序性细胞死亡模式及其临床相关性,以寻找新的诊断标志物和治疗靶点 | 脓毒症患者和健康对照的转录组数据(包括公共数据集和独立队列) | 生物信息学 | 脓毒症 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 微阵列 | LASSO回归 | 转录组数据 | 公共数据集:81名对照,165名脓毒症患者;单细胞数据集:4名对照,4名早期脓毒症患者,共52,315个细胞;外加一个独立的RNA-seq验证队列 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 73 | 2025-12-08 |
R3HDM4 influences kidney renal clear cell carcinoma progression, immune modulation, and potential links to the IGSF8 immune checkpoint
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1722358
PMID:41346582
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研究论文 | 本研究探讨了R3HDM4基因在肾透明细胞癌中的致癌作用、免疫调节功能及其与免疫检查点IGSF8的潜在联系 | 首次通过整合多组学数据系统评估R3HDM4在KIRC中的预后价值,并发现其通过调控EMT和免疫微环境影响肿瘤进展,同时揭示了与IGSF8免疫检查点的潜在关联 | IGSF8在免疫检查点调控中的作用仍属推测,需要进一步实验验证;研究主要基于生物信息学分析,临床样本验证相对有限 | 阐明R3HDM4在肾透明细胞癌发病机制中的作用,探索其作为预后标志物和治疗靶点的潜力 | 肾透明细胞癌组织样本、癌细胞系、肿瘤微环境中的免疫细胞 | 生物信息学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序、免疫组化、Western印迹、RT-qPCR、siRNA敲低 | NA | 基因表达数据、临床数据、DNA甲基化数据、免疫浸润数据 | 来自TCGA、GEO、ArrayExpress、ICGC等多个数据库的KIRC样本数据,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 74 | 2025-12-08 |
Disc inflammation and intercellular communication in shaping the immune microenvironment of intervertebral disc degeneration
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1719293
PMID:41346614
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研究论文 | 本研究通过整合多组转录组和单细胞RNA-seq数据,结合生物信息学分析和体外验证,识别了与椎间盘退变相关的关键生物标志物及其免疫调控作用 | 整合了多种生物信息学方法(如SHAP、孟德尔随机化、CellChat分析)和单细胞RNA-seq数据,系统性地揭示了MMP9、HPGD和UCHL1作为IDD关键生物标志物的作用,并首次强调了MIF信号通路在髓核细胞与免疫细胞互作中的关键角色 | 研究主要基于生物信息学分析和体外验证,缺乏体内实验或临床样本的广泛验证,可能限制其直接临床转化性 | 探究椎间盘退变的分子和免疫机制,识别诊断和治疗潜在靶点 | 椎间盘退变相关的基因和免疫细胞 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞RNA-seq, Western blot | ANN, LASSO, 随机森林, SVM-RFE | 转录组数据, 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 75 | 2025-12-08 |
Myeloid PDLIM2 repression as a common mechanism of infection susceptibility in lung diseases
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1669117
PMID:41346604
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研究论文 | 本文探讨了PDLIM2在肺部疾病中的抑制作用及其与感染易感性的关联 | 揭示了PDLIM2在肺部疾病中的广泛抑制作用,特别是在髓系细胞中,作为驱动COPD、ILD/IPF和肺癌的共同机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,人类样本数据有限,且未详细探讨PDLIM2抑制的具体分子机制 | 研究PDLIM2在慢性阻塞性肺病(COPD)和间质性肺病(ILD/IPF)中的作用及其与感染易感性的关系 | 人类肺部样本、PDLIM2条件敲除小鼠和野生型小鼠 | 生物医学研究 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、组织学分析、体外吞噬和中性粒细胞胞外陷阱(NET)形成实验 | 条件敲除小鼠模型 | 基因表达数据、组织学图像、单细胞RNA测序数据 | 人类肺部样本(具体数量未明确)、PDLIM2条件敲除小鼠和野生型小鼠(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 76 | 2025-12-08 |
Prognostic differential subpopulation classification and immunotherapy response prediction in pancreatic cancer patients based on the gene features of necrotizing apoptosis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1592231
PMID:41346619
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研究论文 | 本研究基于坏死性凋亡相关基因特征,对胰腺癌患者进行预后亚群分类并预测免疫治疗反应 | 通过多组学数据(包括单细胞数据集、孟德尔随机化和空间转录组学分析)揭示CHST11作为关键预后生物标志物与坏死性凋亡及胰腺癌恶性预后的关联 | NA | 探索坏死性凋亡相关基因在胰腺癌中的预后意义 | 胰腺癌患者 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 聚类分析、差异表达分析、Spearman相关分析、孟德尔随机化、空间转录组学 | 预后模型 | 基因表达数据、单细胞数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 77 | 2025-12-08 |
Integrated multi-omics reveals GABARAP-mediated mitophagy and pyruvate metabolism as key drivers of osteosarcoma progression
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1680554
PMID:41346635
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和多组学分析,揭示了GABARAP介导的线粒体自噬与丙酮酸代谢在骨肉瘤进展中的关键驱动作用 | 首次系统性地将GABARAP、线粒体自噬和丙酮酸代谢在骨肉瘤中联系起来,并揭示了其通过代谢适应和免疫逃逸促进肿瘤进展的机制 | 研究主要基于公共数据集和体外实验,缺乏体内模型验证;样本量有限,且未涉及治疗干预的临床前评估 | 探究骨肉瘤中细胞异质性、肿瘤微环境特征以及线粒体自噬与代谢的相互作用机制 | 骨肉瘤细胞、肿瘤微环境中的免疫细胞(T细胞、NK细胞、Tregs、M2巨噬细胞) | 生物信息学、肿瘤生物学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、多组学整合分析、体外功能实验 | NA | 单细胞RNA测序数据、空间转录组数据、公共基因表达数据集 | 多个公共数据集(GSE162454, GSE237070, TARGET, GSE21257, GSE32981) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 78 | 2025-12-08 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Peritoneal Environment and New Insights into Fibrosis in a Continuous Ambulatory Peritoneal Dialysis Patient: A Longitudinal Self-Controlled Study from Dialysis Initiation to 3-Year Follow-Up
2025 Jan-Dec, Kidney diseases (Basel, Switzerland)
DOI:10.1159/000548294
PMID:41347053
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了一名连续非卧床腹膜透析患者从透析开始到3年随访期间腹膜透析流出液中的细胞动态变化,揭示了腹膜纤维化的机制 | 首次在连续非卧床腹膜透析患者中采用纵向自对照设计,利用单细胞RNA测序技术从透析起始至3年随访期间动态解析腹膜微环境及纤维化进程 | 研究仅基于单一样本,样本量较小,可能限制结果的普遍性 | 探究长期腹膜透析中腹膜微环境的动态变化及其与腹膜纤维化的关系 | 连续非卧床腹膜透析患者的腹膜透析流出液中的免疫细胞和腹膜间皮细胞 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 1名连续非卧床腹膜透析患者在透析起始和3年随访两个时间点的样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 79 | 2025-12-07 |
Single-cell sequencing in molecular diagnostics: Transformative yet untapped potential
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1621081
PMID:41340965
|
综述 | 本文综述了单细胞测序技术在分子诊断领域的潜力、当前应用、整合挑战及其在肿瘤学、遗传学与罕见病、传染病和自身免疫性疾病等多个临床领域的发展前景 | 系统性地阐述了单细胞测序技术从研究工具向临床诊断转化的未开发潜力,并强调了其在解析细胞异质性、发现新生物标志物和理解复杂疾病通路方面的独特价值 | 文章指出单细胞测序技术在临床应用中面临数据分析、标准化和常规化整合的挑战,其全面临床转化仍需克服技术瓶颈 | 探讨单细胞测序技术在改善临床分子诊断方面的潜力,并分析其在多个疾病领域的应用前景与挑战 | 单细胞测序技术及其在临床诊断中的应用 | 数字病理学 | 肿瘤学,遗传与罕见病,传染病,自身免疫性疾病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞遗传与转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 80 | 2025-12-07 |
Identification of Mitochondrial Unfolded Protein Response-Related Genes and Diagnostic Biomarkers in Atherosclerosis by Integrative Multidimensional Analysis and Experimental Validation
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S562903
PMID:41341216
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研究论文 | 本研究通过整合多维分析结合实验验证,识别了与动脉粥样硬化相关的线粒体未折叠蛋白反应基因及其诊断生物标志物 | 首次整合多维数据集、机器学习算法、单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析,系统性探索UPRmt与动脉粥样硬化的关联,并识别出七个关键枢纽基因 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,样本量相对有限(101例AS和67例对照),且实验验证部分仅针对部分基因 | 阐明线粒体未折叠蛋白反应与动脉粥样硬化的关系,并寻找相关的诊断生物标志物和治疗靶点 | 动脉粥样硬化患者样本(来自GEO数据库)及相关基因表达数据 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 微阵列、单细胞RNA-seq、RT-qPCR、Western blot、免疫荧光、分子模拟 | 12种机器学习算法(具体算法未指明)、CellChat算法 | 基因表达数据(微阵列和单细胞RNA-seq数据) | 168个样本(101个动脉粥样硬化样本和67个对照样本) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |