单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-03-26	Elucidating Molecule-Crosstalk of Neutrophil Extracellular Traps Between Cardiovascular Disease and Psoriasis: Insights Into Mendelian Randomization, Single-Cell RNA Analysis, Shared Targets and the Role of Resveratrol 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S493416 PMID:40125083	研究论文	本研究通过整合多种分析方法探讨了中性粒细胞胞外陷阱（NETs）在左心室肥厚（LVH）和银屑病（PSO）之间的分子交互作用	首次揭示了AKT1和RIPK1基因通过NETs相关通路在LVH和PSO中的调控作用，并发现白藜芦醇对这些蛋白的高结合亲和力	研究机制尚未完全阐明，需要进一步验证	探索LVH和PSO之间的分子交互机制，寻找潜在治疗靶点	左心室肥厚（LVH）和银屑病（PSO）患者	生物医学	心血管疾病和银屑病	批量RNA测序、单细胞RNA测序、孟德尔随机化、免疫微环境分析、分子对接	预测模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量
62	2025-03-26	Causal Correlations Between Plasma Metabolites, Inflammatory Proteins, and Chronic Obstructive Pulmonary Disease: A Mendelian Randomization and Bioinformatics-Based Investigation 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S513526 PMID:40125086	研究论文	本研究利用孟德尔随机化和生物信息学方法探讨了血浆代谢物、炎症蛋白与慢性阻塞性肺病之间的因果关系	首次通过孟德尔随机化方法系统分析代谢-炎症-COPD的因果关系，并发现NRXN3在肺内皮细胞中表达对COPD具有保护作用	研究结果需要更多实验验证，且样本来源可能存在局限性	探究代谢、炎症与慢性阻塞性肺病之间的因果关系及其潜在机制	血浆代谢物、炎症蛋白和慢性阻塞性肺病	生物信息学	慢性阻塞性肺病	孟德尔随机化(MR)、蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI)、基因本体论(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集、单细胞测序、转录组分析	NA	基因组数据、蛋白质组数据、转录组数据	识别出63种代谢物、10种代谢物比率和48种炎症蛋白与COPD相关
63	2025-03-26	Exploring the Association Between Immune Cell Phenotypes and Osteoporosis Mediated by Inflammatory Cytokines: Insights from GWAS and Single-Cell Transcriptomics 2025, ImmunoTargets and therapy IF:6.2Q1 DOI:10.2147/ITT.S510102 PMID:40125424	研究论文	本研究通过GWAS和单细胞转录组学探索了免疫细胞表型与炎症细胞因子介导的骨质疏松症之间的关联	首次通过双样本孟德尔随机化和单细胞转录组学分析揭示了IgD⁺CD24⁺ B细胞通过调节IL-17C水平加剧骨质疏松症风险的具体机制	研究主要基于欧洲人群的GWAS数据，可能限制结果在其他人群中的普适性	阐明免疫细胞表型和炎症细胞因子在骨质疏松症发病机制中的作用	731种免疫细胞类型、91种和41种炎症因子（可能有部分重叠）与5种骨质疏松症类型	生物医学	骨质疏松症	双样本孟德尔随机化(MR)、单细胞转录组学、微CT、流式细胞术、ELISA、Western blotting、免疫组化	地塞米松诱导的骨质疏松症模型	基因组数据、单细胞转录组数据、影像数据、蛋白质数据	GWAS数据样本量未明确说明，单细胞数据来自GEO数据库
64	2025-03-25	Adenosine diphosphate stimulates VEGF-independent choroidal endothelial cell proliferation: A potential escape from anti-VEGF therapy 2025-Jan-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2418752122 PMID:39835893	research paper	研究探讨了腺苷二磷酸（ADP）对视网膜脉络膜内皮细胞（EC）增殖的刺激作用及其与抗VEGF疗法逃逸的潜在关联	首次发现ADP能独立于VEGF通路刺激视网膜脉络膜内皮细胞增殖，并揭示了P2Y1受体在这一过程中的关键作用	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体临床试验中验证	探究组织特异性内皮细胞对普遍代谢物的血管功能响应机制	牛和人类眼源性内皮细胞（BCEC）	分子生物学	视网膜脉络膜新生血管疾病	单细胞转录组学、生化纯化技术	小鼠脉络膜新生血管模型	基因表达数据、细胞增殖数据	未明确说明样本数量（使用牛/人眼源性EC和小鼠模型）
65	2025-03-25	Cloning and validating systems for high throughput molecular recording 2025, Methods in enzymology DOI:10.1016/bs.mie.2025.01.015 PMID:40121084	research paper	本文描述了用于构建分子记录谱系追踪系统的优化克隆和验证程序	利用CRISPR-Cas9条形码编辑技术在基因组整合的工程DNA盒中产生突变，通过单细胞RNA测序读取并生成高分辨率谱系树	未提及具体的技术限制或样本量不足的问题	开发和验证高通量分子记录技术，用于细胞历史信息的记录和存储	细胞谱系追踪系统	分子生物学	NA	CRISPR-Cas9条形码编辑, 单细胞RNA测序	NA	DNA序列, RNA序列	未提及具体样本数量
66	2025-03-23	Exploring the therapeutic potential of fibroadipogenic progenitors in muscle disease 2025 Jan-Feb, Journal of neuromuscular diseases IF:3.2Q2 DOI:10.1177/22143602241298545 PMID:39973455	综述	本文探讨了纤维脂肪生成祖细胞（FAPs）在肌肉疾病中的治疗潜力	通过单细胞RNA测序等技术深入解析FAPs的功能和特化，揭示其在健康和疾病中的作用	未具体提及研究的具体局限性	探索FAPs在肌肉疾病中的作用及其作为治疗靶点的潜力	纤维脂肪生成祖细胞（FAPs）及其在肌肉再生和疾病中的作用	肌肉生物学	肌肉疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
67	2025-03-23	Single-cell RNA-seq reveals disease-specific CD8+ T cell clonal expansion and a high frequency of transcriptionally distinct double-negative T cells in diabetic NOD mice 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0317987 PMID:40106422	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了糖尿病NOD小鼠中CD8+ T细胞的克隆扩增和转录上独特的双阴性T细胞的高频率存在	首次在单细胞水平上揭示了T1D进展过程中T细胞的克隆扩增和转录特征，并发现了与疾病相关的TCR序列和潜在生物标志物	研究仅限于NOD小鼠模型，未在人类样本中验证	识别与1型糖尿病（T1D）进展相关的T细胞克隆扩增和转录特征	非肥胖糖尿病（NOD）小鼠的T细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NOD小鼠的外周血和胰岛组织
68	2025-03-23	A single-cell RNA sequencing atlas of the healthy canine lung: a foundation for comparative studies 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1501603 PMID:40114924	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，构建了健康犬肺组织的细胞图谱，揭示了细胞和分子异质性，并鉴定了46个转录上不同的细胞亚群	首次对健康犬肺组织进行单细胞RNA测序分析，揭示了新的细胞亚群和标记物，并提供了犬肺疾病的分子基础	研究样本仅来自四只犬，样本量较小，可能限制结果的普适性	构建健康犬肺组织的单细胞RNA测序图谱，为犬肺疾病的研究提供分子基础，并促进与人类肺疾病的比较研究	健康犬肺组织	单细胞RNA测序	肺疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	四只犬的26,278个细胞
69	2025-03-23	Targeting glycolysis in esophageal squamous cell carcinoma: single-cell and multi-omics insights for risk stratification and personalized therapy 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1559546 PMID:40115255	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和多组学方法，揭示了食管鳞状细胞癌（ESCC）中糖酵解介导的机制，重点关注风险分层和治疗机会	提出了一个基于糖酵解的七基因风险评分模型，用于ESCC患者的风险分层和个性化治疗指导	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探讨ESCC中糖酵解代谢的作用及其在风险分层和个性化治疗中的应用	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、Western blotting	非负矩阵分解（NMF）、Cox回归	RNA测序数据、临床数据	来自TCGA和GEO数据库的数据集
70	2025-03-22	[Nafamostat Mesylate Alleviates Renal Ischemia-Reperfusion Injury in a Rat Model Through HMGB1 Modulation: An Omics Analysis -Based Study of the Protective Effect and the Mechanisms Involved] 2025-Jan-20, Sichuan da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Sichuan University. Medical science edition DOI:10.12182/20250160506 PMID:40109453	研究论文	本研究探讨了甲磺酸萘莫司他（NM）在肾缺血再灌注损伤（RIRI）模型中的器官保护作用及其潜在机制	通过单细胞RNA测序技术分析了NM对RIRI模型中HMGB1介导的巨噬细胞功能异常的调节作用	研究仅使用了雄性SD大鼠，未考虑性别差异对结果的影响	探讨NM在RIRI模型中的保护作用及其机制	21只健康雄性Sprague-Dawley（SD）大鼠	生物医学	肾脏疾病	单细胞RNA测序、免疫荧光、Western blotting	NA	血清样本、肾组织样本	21只SD大鼠，分为3组，每组7只
71	2025-03-22	Identification of a Subpopulation of Astrocyte Progenitor Cells in the Neonatal Subventricular Zone: Evidence that Migration is Regulated by Glutamate Signaling 2025-Jan-09, Neurochemical research IF:3.7Q2 DOI:10.1007/s11064-024-04326-2 PMID:39789409	研究论文	本研究通过基因工程小鼠模型，探索了新生儿脑室下区星形胶质细胞前体细胞的亚群及其迁移机制，特别是谷氨酸信号在其中的调控作用	首次发现并描述了新生儿脑室下区星形胶质细胞前体细胞的亚群，并提供了谷氨酸信号调控这些细胞迁移的新证据	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探索新生儿脑室下区星形胶质细胞前体细胞的亚群及其迁移机制	基因工程小鼠模型中的星形胶质细胞前体细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫荧光、器官型切片培养	NA	基因表达数据、荧光成像数据	1-3天大的小鼠皮质星形胶质细胞培养物
72	2025-03-22	LKB1 inactivation promotes epigenetic remodeling-induced lineage plasticity and antiandrogen resistance in prostate cancer 2025-Jan, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-024-01025-z PMID:39743630	研究论文	本文探讨了LKB1失活在前列腺癌中促进表观遗传重塑诱导的谱系可塑性和抗雄激素耐药性的分子机制	揭示了LKB1失活导致AR独立的谱系可塑性和全局DNA低甲基化，并提出了通过靶向DNA低甲基化的潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型和单细胞RNA测序，尚未在人类临床试验中验证	研究AR独立谱系可塑性的分子机制，并探索潜在的治疗策略	人类和小鼠前列腺癌样本	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序、全基因组亚硫酸氢盐测序	基因工程小鼠模型	RNA测序数据、DNA甲基化数据	人类和小鼠前列腺癌样本
73	2025-03-22	Identification and Evaluation of Lipocalin-2 in Sepsis-Associated Encephalopathy via Machine Learning Approaches 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S504390 PMID:40109658	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法，识别并评估了在脓毒症相关脑病中起关键作用的Lipocalin-2（LCN2）基因	首次结合单细胞RNA测序和多种机器学习算法，识别出LCN2作为中性粒细胞诱导的脓毒症相关脑病的关键基因，并通过体内实验验证了其作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	识别与脓毒症相关脑病（SAE）相关的关键基因，并探索潜在的治疗靶点	脓毒症患者和小鼠模型	机器学习	脓毒症相关脑病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、Western blotting、行为测试	多种二分类机器学习算法	基因表达数据、行为数据	脓毒症患者和小鼠模型
74	2025-03-22	Integrated single-cell analysis reveals the regulatory network of disulfidptosis-related lncRNAs in bladder cancer: constructing a prognostic model and predicting treatment response 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1527036 PMID:40110199	研究论文	本研究通过单细胞测序和RNA测序数据，构建了一个与膀胱癌（BLCA）患者预后相关的二硫化物死亡相关长链非编码RNA（DRLs）模型	首次将二硫化物死亡相关基因（DRGs）与长链非编码RNA（lncRNAs）结合，构建了一个新的预后模型，并探讨了其在膀胱癌中的潜在应用	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探讨二硫化物死亡相关长链非编码RNA（DRLs）作为膀胱癌（BLCA）患者预后标志物的潜力	膀胱癌（BLCA）患者	生物信息学	膀胱癌	单细胞测序，RNA测序，RT-qPCR	LASSO回归，Cox回归	单细胞测序数据，RNA测序数据，临床信息	来自GEO和TCGA数据库的样本
75	2025-03-22	Aspartate beta-hydroxylase is a prognostic factor in gallbladder cancer with the function of promoting tumorigenesis and chemoresistance 2025, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2025.1452345 PMID:40110547	研究论文	本研究探讨了天冬氨酸β-羟化酶（ASPH）在胆囊癌中的预后价值及其在促进肿瘤发生和化疗耐药中的作用	首次通过RNAseq数据集分析、孟德尔随机化、免疫组化、单细胞测序和网络药理学等多种方法，全面评估了ASPH在胆囊癌中的功能和潜在治疗靶点	研究主要基于临床样本和数据库分析，缺乏体内实验验证	探索胆囊癌的预后标志物及其在肿瘤发生和化疗耐药中的作用	胆囊癌患者及其组织样本	癌症生物学	胆囊癌	RNAseq、孟德尔随机化、免疫组化、单细胞测序、网络药理学	NA	RNAseq数据、临床样本数据、单细胞测序数据	215名胆囊癌患者
76	2025-03-21	Cellular Crosstalk Promotes Hepatic Progenitor Cell Proliferation and Stellate Cell Activation in 3D Co-culture 2025-Jan-30, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101472 PMID:39892785	研究论文	本文介绍了一种体外3D共培养系统，用于研究肝祖细胞和星状细胞之间的相互作用，并验证其在人类肝脏外植体中的共表达	开发了一种新的3D共培养系统，能够实时观察细胞形态和行为，并揭示了肝祖细胞和星状细胞之间的直接相互作用	研究主要基于体外实验，可能无法完全模拟体内复杂的生理环境	研究肝祖细胞和星状细胞在肝脏损伤后的相互作用及其在肝纤维化中的作用	小鼠肝星状细胞和荧光标记的肝祖细胞	细胞生物学	肝纤维化	3D共培养系统，空间转录组学	3D器官样共培养系统	基因表达数据，空间转录组数据	小鼠肝星状细胞和荧光标记的肝祖细胞
77	2025-03-21	Transcriptional determinants of goal-directed learning and representational drift in the parahippocampal cortex 2025-Jan-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115175 PMID:39792551	研究论文	本文研究了目标导向学习中的转录决定因素以及海马旁皮层中表征漂移的机制	揭示了即刻早期基因（IEG）定义的网络在形成刺激-结果关联中的作用，并发现脑源性神经营养因子在任务学习中的关键作用	研究主要局限于海马旁皮层的特定区域，未涉及其他可能相关的脑区	探讨任务学习中的表征漂移及其分子机制	海马旁皮层中的神经元	神经科学	NA	双光子钙成像、空间转录组学	NA	钙成像数据、基因表达数据	未明确提及样本数量
78	2025-03-21	Interferon-γ Signaling in Eosinophilic Esophagitis Affects Epithelial Barrier Function and Programmed Cell Death 2025-Jan-28, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101466 PMID:39884574	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了嗜酸性食管炎（EoE）中干扰素（IFN）信号对上皮屏障功能和程序性细胞死亡的影响	首次使用单细胞RNA测序技术揭示了EoE患者上皮细胞中干扰素反应特征基因（ISGs）的表达，并探讨了IFN-α和IFN-γ对上皮细胞功能的影响	研究主要基于体外器官模型，可能无法完全反映体内复杂的环境	探讨干扰素信号在嗜酸性食管炎中对上皮细胞功能的影响	嗜酸性食管炎患者的上皮细胞	生物医学	嗜酸性食管炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	器官模型	RNA测序数据	嗜酸性食管炎患者的活检组织
79	2025-03-21	SeqBMC: Single-cell data processing using iterative block matrix completion algorithm based on matrix factorisation 2025 Jan-Dec, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.70003 PMID:39943646	研究论文	本文提出了一种基于矩阵分解的迭代块矩阵补全算法SeqBMC，用于处理单细胞RNA测序数据中的缺失值	SeqBMC算法通过矩阵分块和矩阵分解技术，有效补全单细胞RNA测序数据中的缺失值，并保留可能存在的生物零值	算法依赖于机器学习方法，可能需要更多的生物学先验知识来进一步提高效果	提高单细胞RNA测序数据中基因表达矩阵的分类性能	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	矩阵分解	基因表达矩阵	NA
80	2025-03-21	Integrative analysis of semaphorins family genes in colorectal cancer: implications for prognosis and immunotherapy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1536545 PMID:40103807	研究论文	本文通过整合分析结肠癌中的semaphorins家族基因，探讨了其在预后和免疫治疗中的潜在价值	开发了一种新的机器学习框架，结合了10种机器学习算法及其101种组合，构建了SEMAs相关评分（SRS），并进行了多组学分析，包括单细胞RNA测序和空间转录组分析	未明确提及研究的局限性	探讨semaphorins家族基因在结肠癌中的预后价值和免疫治疗潜力	结肠癌患者及其相关基因	机器学习	结肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组（ST）	机器学习算法组合	基因表达数据，单细胞数据，空间转录组数据	未明确提及样本数量