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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
61 2026-09-16
PI3 as a Common Hub Gene Linking Atopic Dermatitis and Ulcerative Colitis Through Immune Cell Recruitment Mechanisms
2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2
研究论文 该研究通过生物信息学分析揭示了特应性皮炎(AD)和溃疡性结肠炎(UC)共享的枢纽基因PI3及其通过免疫细胞招募机制联系两种疾病的潜在通路。 首次通过整合多组学数据、机器学习算法和单细胞RNA测序,鉴定出PI3作为AD和UC的共同枢纽基因,并揭示CCR1可能是两种疾病共享的免疫细胞招募机制的潜在共同靶点。 研究主要依赖公共数据库的回顾性数据,缺乏实验验证,且未在独立前瞻性队列中验证PI3的诊断价值。 识别AD和UC之间的共享枢纽基因和免疫学特征,探索两种疾病共同的发病机制。 特应性皮炎(AD)和溃疡性结肠炎(UC)患者及其相关基因表达数据集 机器学习 特应性皮炎、溃疡性结肠炎 转录组测序、单细胞RNA测序 机器学习模型(三种算法,如LASSO、SVM-RFE、随机森林等) 基因表达数据(微阵列/转录组数据)、单细胞转录组数据 来自GSE121212和GSE75214数据集的基因表达数据,具体样本量未明确提及 NA bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq NA NA
62 2026-09-13
Prediction of Gene Regulatory Connections with Joint Single-Cell Foundation Models and Graph-Based Learning
2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 提出scRegNet框架,结合单细胞基础模型与图学习进行基因调控连接预测 利用大规模预训练的单细胞基础模型与联合图学习,解决监督学习对大量TF-DNA结合数据的依赖问题,在多个基准数据集上达到最优性能,且对噪声训练数据更鲁棒 摘要未明确提及研究局限性 解决基因调控网络推断中的基因调控连接预测问题 scRNA-seq数据、基因调控网络、转录因子-DNA结合数据 机器学习 NA scRNA-seq 单细胞基础模型、图神经网络 文本、图数据 7个scRNA-seq基准数据集 NA single-cell RNA-seq NA NA
63 2026-09-13
Spatial and Single-Cell Analyses Reveal Heterogeneity of DNAM-1 Receptor-Ligand Interactions That Instructs Intratumoral γδT-cell Activity
2025-01-15, Cancer research IF:12.5Q1
研究论文 本研究通过空间和单细胞RNA测序及空间代谢组学分析,揭示了神经母细胞瘤中CD112和CD155配体的异质性表达如何通过DNAM-1受体调控γδT细胞的抗肿瘤活性 首次结合空间和单细胞多组学技术,阐明了肿瘤微环境中CD112/CD155配体异质性通过DNAM-1受体调控γδT细胞功能亚群分化的机制,并揭示了CD155通过TRIM21介导的泛素化降解下调DNAM-1表达的新通路 摘要中未明确提及研究的具体局限性 探究肿瘤细胞配体CD112和CD155对γδT细胞激活的调控机制及其在肿瘤微环境中的异质性 神经母细胞瘤肿瘤细胞和肿瘤内γδT细胞 空间转录组学与单细胞分析 神经母细胞瘤 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 空间代谢组学 NA 空间转录组数据, 单细胞转录组数据, 代谢组数据, 图像 NA NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 空间代谢组学 NA NA
64 2026-09-13
Predicting and comparing transcription start sites in single cell populations
2025, PLoS computational biology IF:3.8Q1
研究论文 介绍了一个名为scTSS的计算流程,用于预测和比较单细胞群体中的转录起始位点,支持双端和单端5' scRNA-seq数据,并应用于两种疾病的数据分析 填补了单细胞背景下TSS分析工具缺乏比较评估的空白,同时支持双端和单端5' scRNA-seq数据,并采用二项广义线性混合模型进行差异TSS使用分析 摘要中未明确提及研究的局限性 开发一个计算流程,能够预测和比较单细胞群体中的转录起始位点,并分析差异TSS使用 单细胞RNA测序数据中的转录起始位点 机器学习 NA 5' 单细胞RNA测序 二项广义线性混合模型 文本 NA NA 5' 单细胞RNA测序 NA NA
65 2026-09-10
Intrahepatic Exhausted Antiviral Immunity in an Immunocompetent Mouse Model of Chronic Hepatitis B
2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1
研究论文 开发了一种免疫活性小鼠慢性乙型肝炎模型,并利用单细胞RNA测序剖析了肝内耗竭的抗病毒免疫特征 首次在免疫活性小鼠中再现了慢性乙型肝炎患者肝内耗竭性抗病毒免疫,并通过肝内递送转座子载体建立模型 未提及 建立免疫活性小鼠慢性乙型肝炎模型,用于肝内免疫谱分析,并评估IFNα和TLR7激动剂SA-5的治疗效果 慢性乙型肝炎小鼠模型中的肝内免疫细胞(如耗竭CD8+ T细胞、巨噬细胞和自然杀伤细胞) 免疫学 慢性乙型肝炎 单细胞RNA-seq 小鼠模型 单细胞转录组数据 慢性乙型肝炎小鼠模型组与治疗组,具体样本量未提及 NA 单细胞RNA-seq NA NA
66 2026-09-10
Single-cell Profiling of Intrahepatic Immune Cells Reveals an Expansion of Tissue-resident Cytotoxic CD4+ T Lymphocyte Subset Associated With Pathogenesis of Alcoholic-associated Liver Diseases
2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序分析酒精性肝病(ALD)患者的肝免疫细胞图谱,发现GZMK+组织驻留性细胞毒性CD4+ T淋巴细胞亚群在ALD发病机制中起关键作用 首次揭示了ALD患者肝内CD4+ T细胞显著扩增并超过CD8+ T细胞,且识别出GZMK+CD4+ T细胞亚群具有组织驻留和终末效应特征,及其在肝纤维化区域的富集 样本量可能有限,且主要依赖转录组数据,未深入验证GZMK+CD4+ T细胞的功能机制 探索酒精性肝病(ALD)与健康个体及代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD)相比,肝免疫细胞的转录组特征及其在ALD发病机制中的作用 健康人、MASLD患者和ALD患者的肝脏免疫细胞 单细胞转录组学 酒精性肝病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 健康人、MASLD和ALD患者的肝样本,具体数量未提供 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序平台
67 2026-09-10
The Human Milk-derived Peptide Drives Rapid Regulation of Macrophage Inflammation Responses in the Neonatal Intestine
2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1
研究论文 本研究鉴定人乳细胞外囊泡中的β-酪蛋白衍生肽CASB135-150,并揭示其通过靶向巨噬细胞、抑制NF-κB信号通路,快速调节新生儿肠道炎症反应,从而保护坏死性小肠结肠炎引起的肠道损伤 首次发现人乳细胞外囊泡中新型肽CASB135-150能快速调控巨噬细胞炎症反应,并阐明其通过破坏FHL2/TRAF6复合物、降低TRAF6蛋白水平来抑制NF-κB信号通路的分子机制 研究主要基于大鼠模型和体外细胞实验,人体验证不足;CASB135-150精准递送至肠道巨噬细胞的体内过程及长期安全性需进一步探讨 探究人乳细胞外囊泡中肽段在新生儿先天免疫稳态调节和肠道健康中的作用,并开发针对坏死性小肠结肠炎的潜在治疗策略 人乳细胞外囊泡、大鼠坏死性小肠结肠炎模型、骨髓来源巨噬细胞和肠道巨噬细胞 免疫学 坏死性小肠结肠炎 单细胞RNA测序、RNA测序、免疫荧光分析、免疫共沉淀、蛋白质-蛋白质相互作用分析 NA 基因表达数据、图像数据 大鼠模型及巨噬细胞培养样本 10x Genomics 单细胞RNA测序、批量RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序平台(推测)
68 2026-09-10
PKMζ, a Brain-specific PKCζ Isoform, is Required for Glycolysis and Myofibroblastic Activation of Hepatic Stellate Cells
2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1
研究论文 本研究旨在探讨肝星状细胞中糖酵解和肌成纤维细胞活化所需的脑特异性PKCζ亚型PKMζ的作用机制 发现PKMζ(而非全长PKCζ)在肝星状细胞中表达,并通过磷酸化VASP促进Glut1锚定于质膜,从而调控糖酵解和细胞活化 摘要未提及具体局限性 阐明Glut1如何锚定/停靠于肝星状细胞质膜,以理解TGFβ1诱导的糖酵解和HSC活化机制 原代人及小鼠肝星状细胞、结直肠癌肝转移的癌症相关成纤维细胞、小鼠肿瘤模型 分子生物学 肝纤维化,结直肠癌肝转移 RT-PCR, Western blotting, 免疫荧光, shRNA, 过表达, 生物素化, 2-NBDG摄取实验, Seahorse糖酵解压力测试, 定点突变, RNA测序, 单细胞RNA测序, 肿瘤/肝星状细胞共植入实验 细胞模型, 小鼠模型 基因表达数据, 蛋白质数据, 糖酵解数据, 转录组数据, 单细胞转录组数据, 组织学图像 原代人及小鼠肝星状细胞, 小鼠肿瘤样本(数量未在摘要中明确) NA RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
69 2026-09-10
Interferon-γ Signaling in Eosinophilic Esophagitis Affects Epithelial Barrier Function and Programmed Cell Death
2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序和类器官模型探究干扰素-γ信号在嗜酸性食管炎中对上皮屏障功能和程序性细胞死亡的作用 首次在单细胞水平解析嗜酸性食管炎中干扰素应答基因在不同细胞类型的表达,并揭示干扰素-γ对上皮细胞分化和屏障功能的显著影响 未详细说明样本量及统计效力,且类器官模型可能无法完全模拟体内复杂的免疫微环境 阐明干扰素信号在嗜酸性食管炎中对食管上皮细胞功能和屏障完整性的影响机制 嗜酸性食管炎患者的食管上皮细胞、CD8+ T细胞、类器官模型 单细胞转录组学、免疫学 嗜酸性食管炎 单细胞RNA测序、批量RNA测序、类器官培养 NA 基因表达数据、图像(类器官形态) NA NA 单细胞RNA-seq、批量RNA-seq NA NA
70 2026-09-10
Cellular Crosstalk Promotes Hepatic Progenitor Cell Proliferation and Stellate Cell Activation in 3D Co-culture
2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1
研究论文 研究在3D共培养系统中,肝星状细胞与肝祖细胞的相互作用促进祖细胞增殖和星状细胞活化,模拟肝损伤后的细胞事件 建立了3D类器官共培养系统,实时观察细胞相互作用,并发现3D共培养中星状细胞激活与2D单培养不同,特定基因簇上调 摘要未提及局限性信息 探究肝祖细胞与肝星状细胞在3D共培养中的直接相互作用及其在肝损伤和纤维化中的相关性 小鼠肝星状细胞和肝祖细胞(未分化胆管细胞类器官)及人类肝脏外植体 细胞生物学 肝纤维化 3D类器官共培养, 荧光标记, 细胞分选, 空间转录组学 类器官共培养模型 基因表达数据 人类肝脏外植体 NA 空间转录组学 NA NA
71 2026-09-10
Periplakin Attenuates Liver Fibrosis via Reprogramming CD44Low Cells into CD44High Liver Progenitor Cells
2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1
研究论文 该研究揭示了周斑蛋白(PPL)通过将CD44Low细胞重编程为CD44High肝祖细胞来减轻肝纤维化的机制 首次发现PPL在肝纤维化中促进LPC扩增,并证明PPL+CD44Low细胞可重编程为PPL+CD44High LPC,从而减轻纤维化,提供了一种潜在的治疗策略 未提及具体局限性 探讨PPL对肝纤维化进程中肝祖细胞衍生和功能的影响及其治疗潜力 肝纤维化患者和小鼠模型中的肝组织及细胞(PPL+CD44Low和CD44High LPC) 数字病理学 肝纤维化 单细胞测序、腺病毒介导的基因过表达、细胞移植 NA 基因表达数据、图像 人类和小鼠肝纤维化模型(具体数量未提及) NA 单细胞RNA测序 NA NA
72 2026-09-09
Droplet-Based Single-Cell 3' mRNA Sequencing of Marburg Virus-Infected Samples
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
研究论文 本文描述了利用10x Chromium Next GEM单细胞基因组学方法对马尔堡病毒感染的非人灵长类血液样本进行基于液滴的单细胞3' mRNA测序的协议,并提供了在BSL-4实验室处理样本的安全程序及确保后续测序质量的见解 首次在BSL-4条件下使用活病毒对马尔堡病毒感染样本进行单细胞RNA测序,提供了安全移除样本且不影响下游测序质量的详细规程,使高致病性病原体研究能够超越传统的类似模型系统 未明确提及 建立一个在生物安全四级实验室条件下处理马尔堡病毒感染样本并进行单细胞3' mRNA测序的协议,以研究病毒与宿主在转录组水平的相互作用 马尔堡病毒感染的恒河猴外周血样本 单细胞转录组学 马尔堡病毒感染 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据(单细胞) 非人灵长类(恒河猴)血液样本(具体数量未提及) 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium Next GEM 10x Chromium Next GEM 单细胞 3' mRNA 测序
73 2026-09-08
Using Callus as an Ex Vivo System for Chromatin Analysis
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
综述 该综述讨论了用于染色质分析的外植体系统,特别是使用子叶来源的愈伤组织作为简单、易得且稳健的平台,以支持高通量多组学分析。 提出使用子叶来源的愈伤组织作为外植体系统进行染色质分析,作为传统方法(如细胞类型特异性富集或单细胞测序)的替代方案,以简化操作并降低技术门槛。 未详细说明具体实验数据或结果,可能缺乏实证支持。 评估不同方法在减少细胞异质性方面的优缺点,并强调愈伤组织系统在多组学研究中的应用潜力。 用于染色质分析的植物组织样本(如子叶来源的愈伤组织)。 分子生物学 NA 下一代测序、单细胞测序 NA NA NA NA NA NA NA
74 2026-09-08
Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Cellular Origin and Evolution of Small-Cell Neuroendocrine Carcinoma of the Cervix
2025-01, Journal of medical virology IF:6.8Q1
研究论文 通过单细胞 RNA 测序和全外显子测序,揭示宫颈小细胞神经内分泌癌的细胞组成、起源和演化轨迹 首次在单细胞分辨率下全面描述宫颈 SCNEC 的细胞组成、HPV 感染相关特征和基因表达谱,并发现其可能起源于鳞状上皮细胞,提出高危 HPV 感染和 SOX2 扩增可能促进肿瘤发生的假设 仅基于两名患者样本,样本量小,可能限制结果的普遍性;验证使用外部数据,未进行功能实验确认机制 阐明宫颈 SCNEC 的细胞异质性、起源和肿瘤发生轨迹 宫颈小细胞神经内分泌癌患者肿瘤组织和邻近正常宫颈组织 单细胞测序 宫颈小细胞神经内分泌癌 单细胞 RNA 测序、全外显子测序、bulk RNA-seq NA 单细胞转录组、全外显子组、bulk 转录组 2 名宫颈 SCNEC 患者的肿瘤组织和相邻正常宫颈组织 NA 单细胞 RNA 测序、全外显子测序 NA NA
75 2026-09-05
An integrated single-cell and spatial transcriptomic atlas of thyroid cancer progression identifies prognostic fibroblast subpopulations
2025-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文通过整合单细胞和空间转录组学数据,构建甲状腺癌进展的图谱,识别与疾病进展相关的预后成纤维细胞亚群。 首次整合单细胞测序、空间转录组学和bulk RNA测序,系统描绘甲状腺癌从分化型到未分化型进展过程中基质细胞亚群及其空间分布的变化。 摘要未提及研究的局限性,如样本数量、验证实验或机制研究的深度等。 旨在通过整合单细胞和空间转录组学,解析甲状腺癌进展中的基质细胞异质性,并识别与肿瘤侵袭和转移相关的成纤维细胞亚群。 甲状腺癌的肿瘤细胞和基质细胞,特别是癌症相关成纤维细胞(CAFs)。 数字病理学 甲状腺癌 单细胞RNA测序、空间转录组学、bulk RNA测序 NA 转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序,空间转录组学,bulk RNA测序 NA NA
76 2026-09-05
Dissection of Gene Expression at the Single-Cell Level: scRNA-seq
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
综述 本章讨论了单细胞RNA测序(scRNA-seq)如何成为以单细胞分辨率深入理解基因表达的金标准技术 强调单细胞RNA测序通过生成条形码化单个细胞,能够追踪成千上万转录本的来源,揭示与疾病相关的新型细胞类型及不同细胞状态 文中未明确提及局限性 阐述单细胞RNA测序在单细胞水平解析基因表达的优势和应用价值 感兴趣的组织的单细胞转录组 转录组学 NA 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
77 2026-09-04
Homebuilt Imaging-Based Spatial Transcriptomics: Tertiary Lymphoid Structures as a Case Example
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
研究论文 本文提供了一份全面的DIY指南,用于以较低成本进行基于成像的空间转录组学实验,并以三级淋巴结构作为案例。 提出了一种利用开源方法降低成本的DIY空间转录组学实验完整指南,从项目定义到实验选择、湿实验、仪器和分析。 摘要中未提及具体局限性。 旨在通过开源方法降低空间转录组学实验成本,并指导研究者进行此类实验。 以三级淋巴结构(TLS)为具体案例。 数字病理学 未明确提及 空间转录组学 NA 图像 NA NA 空间转录组学 NA NA
78 2026-09-04
Repertoires and Tumor-Reactivity Analysis of B Cell Immunoglobulins Derived from Cancer Patients
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
研究论文 本文描述了从人类原发实体瘤中获取单个B细胞进行单细胞RNA测序,并结合计算分析识别B细胞亚群和免疫球蛋白受体谱系,以及评估抗体肿瘤结合能力的方法。 提供了一种系统性方法,将单细胞RNA测序与计算分析相结合,从实体瘤中分离B细胞并表征其免疫球蛋白库,同时引入评估和量化表达抗体肿瘤结合能力的实用技术。 主要局限在于样品处理和分析涉及专业方法,可能导致技术依赖性,且肿瘤反应性和特异性分析仅通过结合能力评估,未深入功能验证。 描述一种研究癌症患者B细胞免疫球蛋白谱系及其肿瘤反应性的方法,以增进对免疫疗法的理解和潜在临床应用。 来自人类原发实体瘤的单个B细胞及其免疫球蛋白。 单细胞测序 实体瘤 单细胞RNA测序、B细胞受体免疫谱分析、计算生物学 计算分析(未指定具体模型类型) 单细胞测序数据、FASTQ等 未指定具体样本数 NA 单细胞RNA测序 NA NA
79 2026-09-03
GDF10 attenuates MASH progression by restoring quiescent hepatic stellate cells via competitive inhibition of TGF-β/SMAD2 signaling
2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1
研究论文 该研究揭示了GDF10通过竞争性抑制TGF-β/SMAD2信号传导恢复静息态肝星状细胞,从而减轻代谢功能障碍相关脂肪性肝炎(MASH)进展 首次将GDF10鉴定为肝星状细胞静息态的主调控因子,并阐明其通过竞争性结合TGF-β受体2抑制SMAD2/3磷酸化的双重调节机制 尚未在人类临床试验中验证GDF10治疗的有效性和安全性 阐明GDF10在MASH相关肝纤维化中的调控机制并开发靶向治疗策略 肝星状细胞及MASH相关肝纤维化 数字病理学 非酒精性脂肪性肝炎(MASH)相关肝纤维化 单细胞RNA测序、AAV介导的基因过表达、脂质纳米颗粒(LNP)递送系统 NA 基因表达数据 小鼠模型(饮食诱导MASH和CCl4诱导肝纤维化)及人类肝硬化样本 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序平台
80 2026-09-03
Single-Cell RNA Sequencing Identifies CCR6-Driven Immune Landscape Changes in RM1 Prostate Cancer Bone Metastasis
2025 Jan-Dec, DNA and cell biology reports
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序分析了CCR6缺陷对RM1前列腺癌骨转移小鼠模型骨髓免疫微环境的影响,揭示了免疫细胞动态变化及相关信号通路 首次通过单细胞RNA测序揭示CCR6在RM1前列腺癌骨转移中对免疫细胞通讯和转录网络的调控作用,并验证了人类去势抵抗性前列腺癌骨转移中的保守免疫相互作用 研究主要基于小鼠模型,对人类样本的验证依赖于公开数据集,需进一步临床验证 探究CCR6缺陷如何影响前列腺癌骨转移过程中的免疫微环境,以评估靶向CCR6增强免疫治疗效果的潜力 野生型和CCR6基因敲除的C57BL/6小鼠骨髓及RM1-BoM3细胞注射后的肿瘤微环境 单细胞转录组学 前列腺癌骨转移 单细胞RNA测序 基因敲除小鼠模型 单细胞转录组数据 涉及野生型和CCR6敲除的C57BL/6小鼠,具体数量未说明 NA 单细胞RNA测序 NA NA
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