单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
761	2025-04-24	Comprehensive analysis of cuproptosis-related genes involved in immune infiltration and their use in the diagnosis of hepatic ischemia-reperfusion injury: an experimental study 2025-Jan-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000001893 PMID:38935114	研究论文	本研究通过分析铜死亡相关基因在免疫浸润中的作用，构建了一个用于诊断肝缺血再灌注损伤的预测模型	首次探讨铜死亡在肝缺血再灌注损伤中的作用，并构建了基于8个特征性铜死亡相关基因的诊断模型	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅在小鼠模型中进行	研究铜死亡相关基因在肝缺血再灌注损伤中的作用及其诊断价值	肝缺血再灌注损伤患者和小鼠模型	生物信息学	肝缺血再灌注损伤	基因表达分析、机器学习算法、单细胞测序	LASSO逻辑回归、列线图模型	基因表达数据	GSE151648数据集（未明确样本量）、GSE14951和GSE171539验证数据集、小鼠模型
762	2025-04-24	Critical role of Slc22a8 in maintaining blood-brain barrier integrity after experimental cerebral ischemia-reperfusion 2025-Jan, Journal of cerebral blood flow and metabolism : official journal of the International Society of Cerebral Blood Flow and Metabolism IF:4.9Q1 DOI:10.1177/0271678X241264401 PMID:39068534	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了Slc22a8在脑缺血再灌注后维持血脑屏障完整性中的关键作用	首次发现Slc22a8在脑缺血再灌注后血脑屏障破坏中的关键调控作用，并证实其过表达可通过激活Wnt/β-catenin信号通路改善屏障功能	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探究脑缺血再灌注后血脑屏障破坏的分子机制	小鼠脑缺血再灌注模型中的内皮细胞和周细胞	神经科学	脑缺血	多组学分析、转录组测序、单细胞RNA测序	小鼠大脑中动脉闭塞/再灌注(MCAO/R)模型	转录组数据、蛋白质数据	三个小鼠MCAO/R模型的转录组测序数据集和E13.5小鼠的BBB与非BBB内皮细胞数据
763	2025-04-24	Antibiotic use attenuates response to immune checkpoint blockade in urothelial carcinoma via inhibiting CD74-MIF/COPA: revealing cross-talk between anti-bacterial immunity and ant-itumor immunity 2025-Jan-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000001901 PMID:38995167	研究论文	本研究探讨了抗生素使用对接受免疫检查点阻断治疗的尿路上皮癌患者预后和反应的影响，并揭示了其潜在分子机制	揭示了抗生素通过抑制CD74-MIF/COPA信号通路减弱免疫检查点阻断疗效的新机制，阐明了抗细菌免疫与抗肿瘤免疫之间的串扰	样本量相对有限，且为观察性研究，无法完全排除混杂因素的影响	评估抗生素使用对尿路上皮癌患者免疫治疗疗效的影响并探索其分子机制	尿路上皮癌患者及肿瘤微环境	肿瘤免疫治疗	尿路上皮癌	单细胞RNA测序、单细胞微生物组分析、批量RNA测序	NA	临床数据、转录组数据、微生物组数据	3496例UC患者(汇总分析)、8例UC样本和63185个单细胞(单细胞分析)
764	2025-04-24	Artificial intelligence-based multi-modal multi-tasks analysis reveals tumor molecular heterogeneity, predicts preoperative lymph node metastasis and prognosis in papillary thyroid carcinoma: a retrospective study 2025-Jan-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000001875 PMID:38990290	研究论文	该研究通过人工智能多模态多任务分析揭示了甲状腺乳头状癌的分子异质性，预测了术前淋巴结转移和预后	开发了一种基于深度学习的多模态模型，整合组织病理学图像、基因组、转录组和免疫细胞数据，预测淋巴结转移和无病生存期	研究为回顾性研究，可能存在选择偏倚	探索甲状腺乳头状癌的分子异质性，预测淋巴结转移和预后	甲状腺乳头状癌患者	数字病理学	甲状腺癌	DNA-based NGS, scRNA-seq	深度学习多模态模型	图像、基因组、转录组、免疫细胞数据	1011例PTC患者（256例来自队列1，275例来自队列2，499例来自TCGA）
765	2025-04-24	Prediction of tumor-reactive T cell receptors from scRNA-seq data for personalized T cell therapy 2025-Jan, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02161-y PMID:38454173	research paper	该论文提出了一种名为predicTCR的机器学习分类器，用于从单细胞RNA测序数据中预测肿瘤反应性T细胞受体（TCRs），以加速个性化T细胞疗法的开发	开发了一种抗原无关的机器学习方法predicTCR，能够比以往基于基因集富集的方法更准确地识别肿瘤反应性TCRs，将特异性和敏感性的几何平均值从0.38提高到0.74	NA	加速个性化T细胞疗法的开发	肿瘤反应性T细胞受体（TCRs）	machine learning	cancer	scRNA-seq	machine learning classifier	RNA sequencing data	NA
766	2025-04-24	Glucose deprivation and identification of TXNIP as an immunometabolic modulator of T cell activation in cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1548509 PMID:40260243	研究论文	本研究探讨了葡萄糖剥夺对T细胞活化的影响，并鉴定了TXNIP作为免疫代谢调节剂在癌症中的作用	首次将TXNIP鉴定为葡萄糖限制条件下T细胞活化的免疫代谢调节剂，并证实其下调可增强T细胞的抗肿瘤功能	研究主要基于体外实验，需要进一步在体内模型中验证TXNIP的调控机制	探索肿瘤微环境中葡萄糖剥夺对T细胞功能的影响及其分子机制	T细胞活化、TXNIP蛋白	免疫代谢	癌症	混合淋巴细胞反应(MLR)、多参数流式细胞术、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明样本数量，使用来自癌症患者的肿瘤浸润T细胞
767	2025-04-24	Combination of anlotinib with immunotherapy enhanced both anti-angiogenesis and immune response in high-grade serous ovarian cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1539616 PMID:40260248	研究论文	本研究探讨了安罗替尼与免疫疗法联合治疗高级别浆液性卵巢癌的效果及其对肿瘤微环境的影响	首次在高级别浆液性卵巢癌中系统评估了安罗替尼与抗PD-L1/PD-1抗体联合治疗的临床前和临床效果，并通过单细胞RNA测序揭示了其作用机制	样本量较小(36例患者)，且为回顾性研究	评估安罗替尼联合免疫治疗在高级别浆液性卵巢癌中的疗效及其作用机制	高级别浆液性卵巢癌患者及PBMC-PDX模型	肿瘤免疫治疗	卵巢癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), PBMC-PDX模型	PBMC-PDX模型	临床数据, 单细胞转录组数据	36例HGSOC患者, PBMC-PDX模型
768	2025-04-24	Type I IFN receptor blockade alleviates liver fibrosis through macrophage-derived STAT3 signaling 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1528382 PMID:40260261	研究论文	该研究探讨了I型IFN受体阻断通过巨噬细胞来源的STAT3信号缓解肝纤维化的机制	揭示了I型IFN信号在肝纤维化中的作用，并证明IFNAR-1阻断通过调节巨噬细胞炎症反应减轻肝纤维化	研究基于CCl4处理的小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究I型IFN信号在肝纤维化中的作用及其治疗潜力	CCl4诱导的肝纤维化小鼠模型	肝脏疾病研究	肝纤维化	单细胞RNA测序(scRNA-seq), IFNAR-1抗体阻断	小鼠肝纤维化模型	基因表达数据, 单细胞RNA测序数据	CCl4处理的小鼠模型
769	2025-04-23	Keeping an Eye Out for Autophagy in the Cornea: Sample Preparation for Single-Cell RNA-Sequencing 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/7651_2023_502 PMID:37930627	研究论文	本文描述了如何利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术研究角膜缘上皮干细胞群以及自噬对其功能的影响	开发了一种用于分离角膜缘/角膜组织活单细胞悬液的协议，并分析了scRNA-seq数据	研究仅使用了Beclin1杂合小鼠模型，可能不适用于其他自噬缺陷模型	研究自噬对角膜缘上皮干细胞功能的影响	角膜缘上皮干细胞	单细胞测序	角膜疾病	scRNA-seq	Beclin1杂合小鼠模型	基因表达数据	NA
770	2025-04-23	Identification and Characterization of Prognostic Macrophage Subpopulations for Human Esophageal Carcinoma 2025, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673284207240108105724 PMID:38362682	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了食管癌组织中巨噬细胞的多样性、分布和分化轨迹，并鉴定了一个与预后相关的巨噬细胞亚型（HSPA6+巨噬细胞）	首次在单细胞水平上分析了食管癌组织中巨噬细胞的多样性、分化轨迹及细胞间通讯，并鉴定了一个新的预后相关巨噬细胞亚型HSPA6+	研究仅基于公开数据库GSE154763的单细胞RNA测序数据，缺乏实验验证	探究巨噬细胞在食管癌进展中的作用及其作为治疗靶点的潜力	食管癌组织和癌旁组织中的巨噬细胞	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Seurat R包, Monocle2, Cell Chat	单细胞RNA测序数据	GSE154763数据集中的食管癌组织和癌旁组织样本
771	2025-04-23	Comprehensive multiomics analysis identifies PYCARD as a key pyroptosis-related gene in osteoarthritis synovial macrophages 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1558139 PMID:40196125	research paper	通过多组学分析确定PYCARD作为骨关节炎滑膜巨噬细胞中焦亡相关关键基因	首次通过多组学分析确定PYCARD在骨关节炎滑膜巨噬细胞焦亡中的核心作用，并预测了57种潜在治疗化合物	研究主要基于RNA测序数据，缺乏实验验证PYCARD在焦亡中的具体机制	探索焦亡在骨关节炎发病机制中的作用，并寻找潜在治疗靶点	骨关节炎患者的滑膜组织和巨噬细胞	生物信息学	骨关节炎	bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, LASSO-Cox回归模型, 蛋白互作网络分析	LASSO-Cox回归模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量
772	2025-04-23	Two chemotherapeutic agents expand stem-like CD62L+CD8+ T cells in antitumor immune responses 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1533857 PMID:40236705	research paper	研究两种化疗药物DAC和5-FU如何扩增干细胞样CD62L+CD8+ T细胞以增强抗肿瘤免疫反应	揭示了DAC和5-FU能够扩增干细胞样CD8+ TTSM细胞和CD62L+CD8+ Tpex细胞，并增强CX3CR1+ Texint细胞的效应功能	Eomes条件性敲除仅部分影响DAC的作用，对5-FU无影响，机制尚未完全阐明	探索化疗药物对干细胞样CD8+ T细胞亚群的影响及其在抗肿瘤免疫中的作用	人类结直肠肿瘤样本和小鼠CT26、B16肿瘤模型	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞测序、流式细胞术	小鼠肿瘤模型	测序数据、流式数据	人类结直肠肿瘤样本和小鼠模型
773	2025-04-23	Repertoire-based mapping and time-tracking of T helper cell subsets in scRNA-Seq 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1536302 PMID:40255395	研究论文	本文介绍了一种名为TCR-Track的方法，利用免疫组库数据将表型分类的Th细胞亚群映射到scRNA-Seq图谱上	提出TCR-Track方法，能够准确映射Th细胞亚群，并揭示了Th克隆在外周血中的内在程序稳定性	研究样本数量有限，仅涉及122名捐赠者	研究CD4+ T辅助细胞亚群在scRNA-Seq中的映射关系及其功能程序	CD4+ T辅助细胞亚群	免疫学	COVID-19	scRNA-Seq, CITE-Seq	TCR-Track	单细胞RNA测序数据	122名捐赠者
774	2025-04-23	Single-cell and spatial transcriptomic insights into glioma cellular heterogeneity and metabolic adaptations 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1561388 PMID:40255400	综述	本文综述了单细胞RNA测序和空间转录组学在揭示胶质母细胞瘤细胞异质性和代谢重编程方面的最新进展	整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示胶质母细胞瘤细胞亚群的代谢适应性和空间分布特征	代谢冗余和时空动态变化等当前挑战尚未完全解决	解码胶质母细胞瘤的代谢景观并探索新的治疗策略	胶质母细胞瘤的细胞亚群及其代谢活动	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
775	2025-04-23	Longitudinal Changes in Peripheral and Alveolar Monocyte and Inflammatory Biomarkers are Distinct in Hypercapnia Patients Following Pulmonary Sepsis-Induced ARDS 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S508311 PMID:40255660	research paper	该研究比较了肺炎败血症诱发的ARDS患者中高碳酸血症与非高碳酸血症患者的细胞组成和炎症生物标志物的初始值和纵向变化	提供了关于单核细胞中心簇和相关生物标志物的新视角，这些在驱动肺炎败血症诱发的ARDS后高碳酸血症中起关键作用	样本量较小（61例严重肺炎患者），且研究时间较短（2022年12月至2023年4月）	探究高碳酸血症在ARDS中的免疫学机制	肺炎败血症诱发的ARDS患者（包括高碳酸血症和非高碳酸血症患者）以及非败血症肺炎患者作为对照	NA	ARDS（急性呼吸窘迫综合征）	单细胞RNA测序（ScRNA-seq）、流式细胞术、细胞因子面板分析	NA	临床数据、呼吸参数、外周血单个核细胞（PBMCs）、支气管肺泡灌洗液（BALF）	61例严重肺炎患者（11例非败血症肺炎患者作为对照，50例肺炎败血症患者中26例发展为高碳酸血症）
776	2025-04-23	Integrated multi-omics analysis reveals the functional and prognostic significance of lactylation-related gene PRDX1 in breast cancer 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1580622 PMID:40256656	研究论文	本研究通过整合多组学数据，揭示了乳酰化相关基因PRDX1在乳腺癌中的功能和预后意义	首次全面分析了PRDX1在乳腺癌中的表达模式、细胞间通讯网络和空间异质性，并构建了基于PRDX1阳性单核细胞基因表达谱的预后模型	未来研究需要将PRDX1与其他生物标志物整合以提高个性化医疗的精确性	探究乳酰化相关基因PRDX1在乳腺癌中的调控机制及其预后意义	乳腺癌患者	生物信息学	乳腺癌	GWAS、单细胞RNA测序、空间转录组学、批量RNA测序、SMR分析、Cox回归、LASSO回归	预后预测模型	基因组数据、转录组数据	来自TCGA和GEO数据库的多组学数据
777	2025-04-23	Immune Landscape Variation in Antineutrophil Cytoplasmic Antibody-Associated Vasculitis Circulation Before and After Plasmapheresis by Single-Cell Transcriptome 2025, Mediators of inflammation IF:4.4Q2 DOI:10.1155/mi/5531382 PMID:40256686	研究论文	通过单细胞转录组研究血浆置换前后抗中性粒细胞胞浆抗体相关血管炎循环中的免疫景观变化	提出了一种新的单核细胞分类方法，并发现特定单核细胞簇与疾病活动性的相关性	研究样本量未明确提及，可能影响结果的普遍性	探索血浆置换对AAV患者免疫细胞的影响及其机制	抗中性粒细胞胞浆抗体相关血管炎(AAV)患者	生物医学研究	血管炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术	NA	基因表达数据	NA
778	2025-04-23	Comprehensive evaluation of methods for identifying tissues or cell types of origin of the plasma cell-free transcriptome 2025, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.19241 PMID:40256737	研究论文	本文全面评估了用于识别血浆游离RNA（cfRNA）来源组织或细胞类型的方法	首次系统比较了七种解卷积方法在cfRNA来源分析中的性能，并利用单细胞RNA测序数据作为参考进行深入评估	未提及具体样本量限制或方法适用范围限制	评估和比较不同方法在识别血浆cfRNA来源方面的准确性和稳健性	血浆游离RNA（cfRNA）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	七种解卷积方法（未具体说明）	RNA测序数据	NA
779	2025-04-22	Integrative machine learning approach for identification of new molecular scaffold and prediction of inhibition responses in cancer cells using multi-omics data 2025-Jan-15, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elaf006 PMID:40251828	研究论文	本研究利用多组学数据和机器学习方法，识别新的分子支架并预测癌细胞中的抑制反应	结合机器学习和多组学数据（包括单细胞RNA-seq数据）来预测药物反应，并识别新的潜在先导化合物	研究为计算机模拟（in silico）工作，尚未进行临床验证	提高癌症治疗的个性化和有效性，设计新的靶向癌症治疗药物	癌细胞系（特别是对Idasanutlin有反应的细胞系）和ChEMBL数据库中的化合物	机器学习	癌症	多组学数据分析、单细胞RNA-seq、分子对接和动力学研究	机器学习模型（具体类型未明确说明）	多组学数据、单细胞RNA-seq数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多个癌细胞系和ChEMBL数据库中的化合物
780	2025-04-22	Understanding developing kidneys and Wilms tumors one cell at a time 2025, Current topics in developmental biology DOI:10.1016/bs.ctdb.2024.11.005 PMID:40254343	review	本文综述了单细胞测序技术在正常肾脏发育和Wilms肿瘤研究中的应用及其技术选择	总结了当前可用的单细胞测序技术，并讨论了它们在肾脏发育和Wilms肿瘤研究中的应用及技术组合的潜力	未提及具体实验数据或样本量的限制	探讨单细胞测序技术在肾脏发育和Wilms肿瘤研究中的应用	正常肾脏发育和Wilms肿瘤	生物医学	Wilms肿瘤	单细胞测序	NA	单细胞数据	NA