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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 761 | 2025-10-06 |
Integration of single-cell RNA and bulk RNA sequencing revealed malignant ductal cell heterogeneity and prognosis signatures in pancreatic cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1579184
PMID:40666516
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和bulk RNA测序揭示胰腺癌中恶性导管细胞的异质性及其预后标志物 | 首次通过整合单细胞和bulk RNA测序识别出ANLN、NT5E和CTSV作为胰腺癌新型预后生物标志物,并揭示恶性导管细胞与巨噬细胞之间的促肿瘤相互作用机制 | 样本量相对有限(74个单细胞RNA测序样本),需要在更大队列中进一步验证 | 探索胰腺癌中恶性导管细胞的异质性并鉴定预后相关基因标志物 | 胰腺癌患者样本中的恶性导管细胞和肿瘤微环境细胞 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,染色体拷贝数变异分析,非负矩阵分解,机器学习特征选择 | 非负矩阵分解,机器学习特征选择算法 | 单细胞RNA测序数据,bulk RNA测序数据 | 74个单细胞RNA测序样本,TCGA数据集和两个独立验证队列 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 762 | 2025-10-06 |
Identification and validation of genes related to stem cells and telomere maintenance mechanisms as biomarkers for breast cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1618193
PMID:40666524
|
研究论文 | 通过整合转录组和单细胞RNA测序分析,鉴定并验证与干细胞和端粒维持机制相关的乳腺癌生物标志物 | 首次整合转录组和单细胞RNA测序分析干细胞相关基因和端粒维持机制相关基因在乳腺癌中的作用,并识别关键细胞亚群 | 样本量较小(8对样本),需要更大规模研究验证 | 探索干细胞相关基因和端粒维持机制相关基因作为乳腺癌生物标志物的潜力 | 乳腺癌肿瘤组织和配对癌旁正常组织 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, RT-qPCR, LASSO算法, PPI网络分析 | LASSO | RNA测序数据, 单细胞数据 | 8对乳腺癌肿瘤和癌旁组织(共16个样本) | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | NA |
| 763 | 2025-10-06 |
Thymic hyperplasia in myasthenia gravis: a narrative review
2025, Mediastinum (Hong Kong, China)
DOI:10.21037/med-25-12
PMID:40666538
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综述 | 本文综述了早发型重症肌无力中胸腺滤泡增生的病理特征、免疫机制及研究进展 | 整合了单细胞和空间转录组学等新兴技术对胸腺增生机制的研究前景 | 基于文献综述,缺乏原始实验数据验证 | 探讨早发型重症肌无力中胸腺增生的病理机制和未来研究方向 | 乙酰胆碱受体抗体阳性重症肌无力患者的胸腺病理 | 病理学 | 重症肌无力 | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 胸腺类器官模型 | NA | 文献数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 764 | 2025-10-06 |
Exploration of M2 macrophage-related biomarkers and a candidate drug for glioblastoma using high-dimensional weighted gene co-expression network analysis
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1587258
PMID:40661076
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研究论文 | 本研究通过高维加权基因共表达网络分析探索M2巨噬细胞相关生物标志物,并预测胶质母细胞瘤候选药物 | 首次结合单细胞RNA测序和hdWGCNA方法系统识别M2巨噬细胞相关基因标志物,并预测thalidomide作为候选治疗药物 | 研究基于公共数据库数据,需要实验验证;样本来源有限 | 识别M2巨噬细胞相关基因生物标志物并预测胶质母细胞瘤治疗药物 | 胶质母细胞瘤组织和细胞 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 高维加权基因共表达网络分析, 分子对接 | 诊断模型 | 基因表达数据 | GSE162631和GSE4290数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 765 | 2025-10-06 |
Silencing NEDD4L Effectively Inhibits the Malignant Behaviors of Hepatocellular Carcinoma
2025, Journal of hepatocellular carcinoma
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JHC.S511466
PMID:40661237
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研究论文 | 本研究探讨NEDD4L在肝细胞癌中的表达、预后价值及其通过调控细胞周期和免疫检查点促进肝癌恶性行为的机制 | 首次系统揭示NEDD4L在肝癌中的双重调控作用——既通过泛素化降解细胞周期抑制因子促进细胞异常增殖,又通过下调免疫检查点促进免疫逃逸 | 研究主要基于数据库分析和体外实验,缺乏体内动物模型验证 | 探究NEDD4L在肝细胞癌发生发展中的作用机制及治疗潜力 | 肝细胞癌细胞系及患者单细胞测序数据 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | RNA-seq, 微阵列, 单细胞测序, Edu, CCK-8, Transwell, 伤口愈合实验 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据, 体外功能实验数据 | 多个数据库的肝癌患者数据 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
| 766 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA-sequencing highlights a curtailed NK cell function in convalescent COVID-19 pregnant women
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1560391
PMID:40661959
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了康复期COVID-19孕妇中NK细胞功能受损的免疫特征 | 首次在康复期孕妇中发现SARS-CoV-2感染导致NK细胞和细胞毒性T细胞功能持续受损,揭示了感染后免疫系统长期改变 | 研究样本仅来自两个地理队列,需要更大规模研究验证 | 研究SARS-CoV-2感染对孕妇免疫系统的短期和长期影响 | 孕妇(包括COVID-19感染期和康复期) | 单细胞组学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,细胞因子检测 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | 两个独立地理队列的孕妇样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | Chromium Single Cell 3' Gel Bead Chip and Library Kit | 10x Chromium Single Cell 3'(Drop-seq方法) |
| 767 | 2025-10-06 |
Development of a Starvation Response-Based Model and Its Application in Prognostic Assessment of Liver Hepatocellular Carcinoma
2025, Mediators of inflammation
IF:4.4Q2
DOI:10.1155/mi/8828435
PMID:40662145
|
研究论文 | 本研究基于饥饿反应相关基因构建了首个肝细胞癌预后风险模型 | 首次基于饥饿反应相关基因构建肝细胞癌预后风险模型,揭示了SRRGs在LIHC预后预测中的价值 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 开发基于饥饿反应相关基因的肝细胞癌预后评估模型 | 肝细胞癌患者、Huh7和THLE-2细胞系 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序、转录组分析、WGCNA、功能富集分析、ssGSEA、伤口愈合实验、transwell实验 | RiskScore风险模型 | 转录组数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 768 | 2025-10-06 |
Inhibition of Aspartate β-Hydroxylase Enhances Anti-Tumor Immunity
2025, ImmunoTargets and therapy
IF:6.2Q1
DOI:10.2147/ITT.S530987
PMID:40655119
|
研究论文 | 本研究探讨了抑制天冬氨酸β-羟化酶(ASPH)如何增强DNA疫苗诱导的抗肿瘤免疫反应 | 首次发现ASPH抑制可增强DNA疫苗激发的CD8+T细胞免疫反应,并对MHC-I下调的肿瘤产生有效免疫 | 研究仅使用小鼠TC-1/A9肿瘤模型,尚未在人类临床试验中验证 | 研究ASPH抑制对诱导抗肿瘤免疫的影响及参与的免疫细胞 | 小鼠TC-1/A9肿瘤模型及相关的免疫细胞 | 免疫肿瘤学 | 肿瘤 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序, ELISPOT检测 | NA | 基因表达数据, 细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 769 | 2025-10-06 |
The role of ATF3 in precision medicine of brain arteriovenous malformation: based on endothelial cell proliferation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1567970
PMID:40655140
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和多组学分析揭示了ATF3在脑动静脉畸形内皮细胞增殖中的关键作用 | 首次发现ATF3在脑动静脉畸形发病机制中的关键作用,并验证其通过影响内皮细胞增殖促进疾病进展 | NA | 探索脑动静脉畸形的发病机制并开发新的治疗策略 | 脑动静脉畸形患者的内皮细胞 | 数字病理学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序, 多组学分析, 细胞转染, CCK-8, RT-qPCR, Transwell, EdU, 管形成实验 | monocle2, CytoTRACE, slingshot, CellChat, pySCENIC | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 多组学分析 | NA | NA |
| 770 | 2025-10-06 |
Using pseudotime derivative on single-cell RNA sequencing data to identify genes undergoing cell cycle regulation
2025, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf123
PMID:40655197
|
研究论文 | 开发了一种利用单细胞RNA测序数据和伪时间导数识别细胞周期调控基因的新方法 | 通过伪时间方法和基因表达速度计算,无需细胞周期同步化或选择实验即可研究细胞周期 | 方法主要适用于细胞系实验,可能受技术变异影响 | 开发无需化学修饰或特定阶段细胞选择的研究细胞周期的方法 | 细胞周期调控基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 伪时间分析方法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 771 | 2025-10-06 |
Single-cell analysis reveals the spatiotemporal effects of long-term electromagnetic field exposure on the liver
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1579121
PMID:40655943
|
研究论文 | 通过单细胞分析研究长期电磁场暴露对肝脏的时空影响 | 首次在单细胞分辨率下系统评估长期电磁场暴露对肝脏的时空影响,揭示了不同肝细胞区域对电磁辐射的敏感性差异 | 研究仅使用小鼠模型,结果向人类外推需谨慎 | 系统评估长期电磁场暴露对肝脏的影响 | 小鼠肝脏细胞 | 单细胞分析 | 肝脏疾病 | 单细胞RNA测序,脂质组学分析,组织学分析 | NA | 单细胞转录组数据,血清生化数据,组织学图像 | 长期电磁场暴露的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 772 | 2025-10-06 |
Multi-Omics Analysis Reveals the transforming growth factor-β Signaling-Driven Multicellular Interactions with Prognostic Relevance in Cervical Cancer Progression
2025, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.114505
PMID:40657372
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了宫颈癌进展中TGF-β信号驱动的多细胞相互作用及其预后相关性 | 首次在单细胞分辨率上系统描绘宫颈癌不同进展阶段的肿瘤微环境动态变化,发现TGF-β驱动的Epi0-中性粒细胞-CAFs生态位形成及其预后价值 | 样本量相对有限(scRNA-seq仅11例),需要更大队列验证 | 解析宫颈癌进展过程中肿瘤微环境异质性演变及其预后意义 | 宫颈癌患者肿瘤组织 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量RNA测序,多重免疫组化 | 计算模型,基因集变异分析 | 单细胞转录组数据,空间转录组数据,批量转录组数据 | scRNA-seq: 11例(局部3例、区域4例、转移4例),TCGA-CESC队列: 304例 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量RNA测序 | NA | NA |
| 773 | 2025-10-06 |
Integration of Multi-Scale Profiling and Machine Learning Reveals the Prognostic Role of Extracellular Matrix-Related Cancer-Associated Fibroblasts in Lung Adenocarcinoma
2025, International journal of medical sciences
IF:3.2Q1
DOI:10.7150/ijms.113580
PMID:40657391
|
研究论文 | 本研究通过整合多尺度分析和机器学习方法,揭示了细胞外基质相关癌症相关成纤维细胞在肺腺癌进展和预后中的关键作用 | 首次系统鉴定eCAFs作为CAF分化的进化终点,发现其通过COL1A1-CD44和COL1A2-CD44配体-受体对与SPP1+巨噬细胞相互作用的新机制 | 需要进一步的实验验证 | 研究肺腺癌中细胞外基质相关癌症相关成纤维细胞的预后作用和治疗靶点价值 | 肺腺癌肿瘤样本和多个队列的转录组数据 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 机器学习 | 101种机器学习算法 | 单细胞RNA测序数据, 转录组数据 | 15个LUAD肿瘤样本,整合TCGA、GSE31210、GSE72094多队列数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组分析 | NA | NA |
| 774 | 2025-10-06 |
Histopathologic Evaluation and Single-Cell Spatial Transcriptomics of the Colon Reveal Cellular and Molecular Abnormalities Linked to J-Pouch Failure in Patients with Inflammatory Bowel Disease
2025-Jan-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.27.635092
PMID:39974918
|
研究论文 | 本研究通过组织病理学评估和单细胞空间转录组学分析结肠组织,揭示与炎症性肠病患者J型储袋失败相关的细胞和分子异常 | 首次结合组织病理学特征和单细胞空间转录组学技术系统分析J型储袋失败的预测因素和分子机制 | 回顾性研究设计,单细胞空间转录组学仅分析了部分患者亚群 | 探究与炎症性肠病患者J型储袋失败相关的组织病理学特征和分子机制 | 接受回肠储袋肛管吻合术(IPAA)的炎症性肠病患者 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 单细胞空间转录组学,组织病理学评估 | NA | 空间转录组数据,组织病理图像 | 417名患者队列,部分患者进行单细胞空间转录组分析 | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 775 | 2025-10-06 |
The chromatin remodeler ADNP regulates neurodevelopmental disorder risk genes and neocortical neurogenesis
2025-Jan-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2405981122
PMID:39808658
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研究论文 | 本研究揭示了染色质重塑复合物ChAHP通过调控神经发育障碍风险基因和神经发生过程在脑发育中的关键作用 | 首次发现Adnp通过两步过程调控大脑皮层上层神经元生成:维持祖细胞增殖和调控神经元基因表达程序 | 研究主要基于小鼠模型,在人类中的直接相关性需要进一步验证 | 探究染色质重塑复合物ChAHP在神经发育和神经发育障碍中的作用机制 | 小鼠新皮层发育过程中的神经祖细胞和分化神经元 | 神经发育生物学 | 神经发育障碍 | 单细胞转录组学, cut&run-seq, 组织学方法 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据, 染色质结合数据, 组织图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 776 | 2025-10-06 |
Rational therapeutic targeting of myeloid cells in glioblastoma: challenges and perspectives
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1472710
PMID:40642066
|
综述 | 探讨胶质母细胞瘤中髓系细胞的异质性与可塑性,以及靶向治疗的前景与挑战 | 整合多组学、单细胞转录组学和空间多模态分析揭示脑髓系细胞多样性及其在肿瘤微环境中的调控机制 | NA | 阐述胶质母细胞瘤中髓系细胞的治疗靶向策略 | 胶质母细胞瘤中的髓系细胞(包括小胶质细胞、边界相关巨噬细胞和单核来源的胶质瘤相关巨噬细胞) | 肿瘤免疫学 | 胶质母细胞瘤 | 多组学分析, 单细胞转录组学, 空间多模态分析 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 777 | 2025-10-06 |
Integrated analysis of single-cell RNA-seq and spatial transcriptomics to identify the lactylation-related protein TUBB2A as a potential biomarker for glioblastoma in cancer cells by machine learning
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1601533
PMID:40642071
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学整合分析,结合机器学习识别乳酸化相关蛋白TUBB2A作为胶质母细胞瘤的潜在生物标志物 | 创新性地开发了基于四分位距的乳酸化筛选方法,并在单细胞分辨率下评估胶质母细胞瘤中的乳酸化活性 | 研究样本量有限,需要进一步扩大验证 | 阐明乳酸化在胶质母细胞瘤患者异质性和复发中的具体作用机制 | 胶质母细胞瘤癌细胞和组织 | 机器学习 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 机器学习 | AUCell, UCell, 机器学习算法 | 基因表达数据, 空间转录组数据, 组织图像数据 | 人类胶质母细胞瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 778 | 2025-10-06 |
Enhancing fibroblast-epithelial cell communications: Serpine2 as a key molecule in Fusobacterium nucleatum-promoted colon cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1563922
PMID:40642075
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研究论文 | 本研究通过整合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,揭示了Fusobacterium nucleatum通过增强成纤维细胞-上皮细胞通讯促进结肠癌进展的分子机制 | 首次发现Serpine2作为Fn促进结肠癌进展和转移的关键分子标志物,并阐明了Fn通过增强成纤维细胞-巨噬细胞-上皮细胞相互作用促进癌症进展的新机制 | 研究样本量有限,需要更大规模的临床验证;机制研究仍需进一步深入 | 阐明Fusobacterium nucleatum促进结肠癌进展的分子机制 | 结肠癌组织样本、临床组织样本、体外共培养实验 | 生物信息学 | 结肠癌 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 机器学习算法, 体外共培养实验 | 三种机器学习算法 | RNA-seq数据, 临床数据 | 临床组织样本和外部数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 779 | 2025-10-06 |
Amplification of select autonomous HERV loci and surrounding host gene transcription in monocytes from patients with post-acute sequelae of COVID-19
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1621657
PMID:40642078
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现COVID-19后遗症患者单核细胞中特定自主HERV位点及其周围宿主基因转录的扩增 | 开发了基于窗口的HERV比对方法,首次在PASC患者单核细胞中鉴定出三个共同表达的HERV位点,并发现与邻近宿主基因的共扩增现象 | 样本量有限(12名PASC患者),仅分析了单核细胞数据,未涉及其他免疫细胞类型 | 研究COVID-19后遗症患者单核细胞中人类内源性逆转录病毒的激活模式 | COVID-19患者、流感患者、登革热患者、脓毒症患者和正常个体的单核细胞 | 基因组学 | COVID-19后遗症 | 单细胞RNA测序 | WHA(基于窗口的HERV比对方法) | 单细胞RNA测序数据 | 31名正常个体、多个COVID-19研究队列、12名PASC患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 780 | 2025-10-06 |
Multi-omics analysis reveals the role of ribosome biogenesis in malignant clear cell renal cell carcinoma and the development of a machine learning-based prognostic model
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1602898
PMID:40642093
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研究论文 | 通过多组学分析揭示核糖体生物发生在恶性透明细胞肾细胞癌中的作用,并开发基于机器学习的预后模型 | 首次系统整合bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq和空间转录组学数据,揭示核糖体生物发生在ccRCC中的关键作用,并构建了基于118种机器学习算法组合的预后模型 | 研究主要基于回顾性数据分析,需要进一步实验验证核糖体生物发生的具体分子机制 | 探究核糖体生物发生在ccRCC发病机制和预后中的作用,开发预后预测模型 | 透明细胞肾细胞癌患者和肿瘤组织 | 生物信息学, 机器学习 | 肾细胞癌 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, qRT-PCR, 代谢通量推断 | 机器学习算法组合 | 基因表达数据, 单细胞数据, 空间转录组数据 | 内部和外部验证队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |