单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
761	2025-05-12	Decoding immune cell interactions during cardiac allograft vasculopathy: insights derived from bioinformatic strategies 2025, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2025.1568528 PMID:40342971	review	本文综述了单细胞和多组学方法在心脏同种异体移植血管病变（CAV）研究中的应用，总结了最新发现并讨论了其对理解CAV发病机制的意义	总结了单细胞RNA测序等先进技术在揭示CAV中免疫-内皮-基质相互作用方面的突破性发现	目前将这些技术应用于CAV的研究仍然较少，限制了这些发现向临床实践的转化	理解心脏移植后慢性同种异体移植血管病变（CAV）的发病机制	心脏移植受者的血管病变	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学、蛋白质组学、代谢组学	NA	转录组数据、蛋白质组数据、代谢组数据	NA
762	2025-05-12	PDGF-BB overexpressing dental pulp stem cells improve angiogenesis in dental pulp regeneration 2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2025.1578410 PMID:40343206	research paper	研究通过scRNA-seq发现PDGF(+)间充质亚群具有增强的血管生成特征，并通过过表达PDGF-BB的DPSCs改善牙髓再生中的血管生成	通过scRNA-seq识别PDGF(+)亚群并验证其与血管的关联，以及通过基因工程增强DPSCs的血管生成能力	研究主要基于体外和动物模型，尚未进行临床试验	改善牙髓再生中的血管生成问题	牙髓干细胞（DPSCs）和PDGF(+)间充质亚群	digital pathology	dental disease	scRNA-seq, 多重免疫组化, 慢病毒载体转染	NA	RNA-seq数据, 免疫组化图像	人类牙髓样本和大鼠肾囊移植模型
763	2025-05-12	Leveraging transcriptome-wide association studies identifies the relationship between upper respiratory flora and cell type-specific gene expression in severe respiratory disease 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0322864 PMID:40343915	研究论文	本研究利用转录组范围关联研究（TWAS）探讨了上呼吸道菌群与严重流感样疾病（ILI）中免疫细胞特异性基因表达的关系	首次结合GWAS数据和scRNA-seq数据，通过TWAS方法揭示了上呼吸道菌群与免疫细胞基因表达的关联，并识别了影响ILI进展的关键免疫细胞类型和通路	研究样本量相对有限（1195例GWAS数据），且仅关注了严重ILI患者	探究上呼吸道菌群如何通过调节免疫细胞功能影响ILI的疾病进展	上呼吸道菌群和免疫细胞（如CD4+T效应记忆细胞、cDCs、NK细胞等）	基因组学与免疫学	呼吸道疾病	GWAS、scRNA-seq、LDSC、MAGMA、scDRS、FUSION	TWAS	基因组数据和单细胞转录组数据	1195例严重ILI相关的GWAS数据
764	2025-05-12	scRNA-seq and scATAC-seq analyses highlight the role of TNF signaling pathway in chronic obstructive pulmonary disease model mice 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0322538 PMID:40343927	研究论文	通过scRNA-seq和scATAC-seq分析，研究TNF信号通路在慢性阻塞性肺疾病模型小鼠中的作用	结合scRNA-seq和scATAC-seq技术，揭示了TNF信号通路在COPD模型小鼠中的重要作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中验证	探究TNF信号通路在慢性阻塞性肺疾病(COPD)发病机制中的作用	C57BL/6小鼠的肺组织样本	生物信息学	慢性阻塞性肺疾病	scRNA-seq, scATAC-seq	COPD小鼠模型	单细胞测序数据	未明确说明数量的小鼠肺组织样本
765	2025-05-11	Single-Cell RNA-Sequencing Analysis Provides Insights into IgA Nephropathy 2025-Jan-29, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom15020191 PMID:40001494	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术探讨IgA肾病的免疫特征和分子机制	利用scRNA-seq技术揭示了IgA肾病中的免疫特征和细胞间相互作用	未提及样本量的具体信息，可能影响结果的广泛性	理解IgA肾病的复杂分子机制并开发生物标志物和特异性治疗策略	IgA肾病患者的免疫细胞和肾脏细胞	数字病理学	肾脏疾病	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
766	2025-05-11	Genomic and Transcriptomic Approaches Advance the Diagnosis and Prognosis of Neurodegenerative Diseases 2025-Jan-24, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16020135 PMID:40004464	review	本文综述了基因组学和转录组学技术在神经退行性疾病诊断和预后中的最新进展	介绍了基因组学和转录组学技术（如全基因组测序、单细胞RNA测序和CRISPR筛选）在神经退行性疾病早期诊断和个性化预后中的革命性应用	将基因组学发现转化为临床实践仍面临疾病异质性和神经退行性病理生理学复杂性的挑战	探讨基因组学和转录组学技术在神经退行性疾病诊断和预后中的应用	神经退行性疾病（如阿尔茨海默病、帕金森病、亨廷顿病和肌萎缩侧索硬化症）	基因组学和转录组学	神经退行性疾病	全基因组测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR筛选、全基因组关联研究（GWAS）、多基因风险评分（PRS）和空间转录组学	NA	基因组和转录组数据	NA
767	2025-05-11	Shiba: A versatile computational method for systematic identification of differential RNA splicing across platforms 2025-Jan-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.30.596331 PMID:38895326	research paper	开发了一种名为Shiba的计算方法，用于系统识别不同RNA测序平台间的差异RNA剪接	Shiba方法在捕获注释和非注释的剪接事件方面具有更高的准确性、灵敏度和可重复性，解决了连接读段不平衡的问题，显著减少了假阳性	NA	开发一种全面的方法，用于整合转录本组装、剪接事件识别、读段计数和差异剪接分析	RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	RNA测序数据	模拟数据和真实RNA-seq数据集
768	2025-05-11	Integrated RNA sequencing analysis and machine learning identifies a metabolism-related prognostic signature in clear cell renal cell carcinoma 2025-01-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85618-7 PMID:39799252	research paper	该研究通过整合RNA测序分析和机器学习，识别出透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中与代谢相关的预后特征	利用单细胞RNA测序(scRNA-seq)构建具有代谢差异的恶性细胞层次结构，并开发了基于机器学习的代谢相关预后特征(MRPS)	需要进一步研究验证MRPS在其他癌症类型中的适用性	探究代谢重编程如何影响ccRCC患者的异质性和预后	透明细胞肾细胞癌(ccRCC)患者	machine learning	肾癌	scRNA-seq	machine learning	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但比较了51个已发表的签名
769	2025-05-11	Unravelling approaches to study macrophages: from classical to novel biophysical methodologies 2025, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.19039 PMID:39989743	review	本文综述了研究巨噬细胞的经典和新型生物物理方法	介绍了单细胞测序、单细胞质谱、微流控技术、扫描探针显微镜和原子力光谱等高科技方法	NA	探讨研究巨噬细胞的方法学进展	巨噬细胞	细胞生物学	NA	单细胞测序、单细胞质谱、微流控技术、扫描探针显微镜、原子力光谱	NA	NA	NA
770	2025-05-11	Calnexin promotes glioblastoma progression by inducing protective mitophagy through the MEK/ERK/BNIP3 pathway 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.105591 PMID:39990231	研究论文	该研究揭示了钙联蛋白（CANX）通过MEK/ERK/BNIP3通路促进胶质母细胞瘤（GBM）进展的机制	首次发现CANX通过激活MEK/ERK/BNIP3通路诱导保护性线粒体自噬，从而促进GBM进展和化疗耐药	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在临床患者中进行验证	探索GBM化疗耐药的分子机制并寻找新的治疗靶点	胶质母细胞瘤细胞系和GBM颅内异种移植小鼠模型	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	转录组测序、单细胞测序、透射电镜、Western blot、免疫荧光、流式细胞术	GBM颅内异种移植小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据、细胞功能数据	未明确说明具体样本量，涉及多种GBM细胞系和小鼠模型
771	2025-05-11	CD34+ PI16+ fibroblast progenitors aggravate neointimal lesions of allograft arteries via CCL11/CCR3-PI3K/AKT pathway 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.104650 PMID:39990233	研究论文	本文研究了CD34+ PI16+成纤维祖细胞通过CCL11/CCR3-PI3K/AKT途径加剧同种异体移植动脉新生内膜病变的机制	首次鉴定出CD34+ PI16+成纤维祖细胞亚群，并揭示其通过分泌CCL11激活平滑肌细胞PI3K/AKT信号通路促进新生内膜增生的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体组织中验证	探究CD34+干细胞/祖细胞在移植动脉粥样硬化中的作用机制	同种异体移植动脉的新生内膜病变	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、趋化因子抗体微阵列、ELISA检测、免疫组化	多种基因修饰小鼠模型(BALB/c, C57BL/6J, CD34-CreER等)	基因表达数据、蛋白质数据、组织图像数据	多种基因修饰小鼠模型
772	2025-05-11	Contribution of cuproptosis and immune-related genes to idiopathic pulmonary fibrosis disease 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1458341 PMID:39991151	research paper	本研究探讨了铜死亡和免疫相关基因在特发性肺纤维化(IPF)中的诊断价值	首次系统分析了铜死亡相关基因和免疫相关基因在IPF中的诊断潜力	研究依赖于生物信息学分析，需要进一步实验验证	探索IPF的新型诊断生物标志物	特发性肺纤维化患者	生物信息学	肺纤维化	微阵列分析、WGCNA、单细胞RNA测序	ROC曲线分析	基因表达数据	四个GEO数据集
773	2025-05-11	Single-cell RNA sequencing of circulating immune cells supports inhibition of TNFAIP3 and NFKBIA translation as psoriatic arthritis biomarkers 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1483393 PMID:39991156	研究论文	通过单细胞RNA测序技术识别银屑病关节炎的生物标志物	发现TNFAIP3和NFKBIA在银屑病关节炎CD8+ T细胞中的翻译可能受到抑制，并作为潜在的生物标志物	样本量较小（3例PsA患者、3例PsC患者和2例健康对照）	识别区分银屑病关节炎（PsA）、无关节炎的皮肤银屑病（PsC）和健康对照（HC）的生物标志物	外周血单个核细胞（PBMCs）中的免疫细胞	数字病理学	银屑病关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、NanoString nCounter®平台、免疫印迹	NA	RNA测序数据、蛋白质表达数据	3例PsA患者、3例PsC患者和2例HC
774	2025-05-11	Multiomics in silico analysis identifies TM4SF4 as a cell surface target in hepatocellular carcinoma 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0307048 PMID:39999090	research paper	通过多组学计算机分析鉴定TM4SF4作为肝细胞癌的细胞表面靶点	首次通过多组学计算机分析鉴定出TM4SF4作为肝细胞癌的潜在治疗靶点，具有在癌细胞中高表达而在正常组织中低表达的特性	研究主要基于计算机分析，需要进一步的实验验证TM4SF4作为治疗靶点的有效性和安全性	寻找肝细胞癌的细胞表面靶点以减少细胞免疫治疗的脱靶毒性	肝细胞癌(HCC)细胞	生物信息学	肝细胞癌	多组学计算机分析, scRNA-seq, 免疫组化	NA	基因表达数据, 蛋白质表达数据	791例HCC样本(来自四个独立数据集), 15,787个HCC细胞(scRNA-seq数据)
775	2025-05-10	Progress in Assessing Retinal Microglia Using Single-Cell RNA Sequencing 2025, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-3-031-76550-6_24 PMID:39930187	research paper	比较两种视网膜细胞制备方法和三种数据库整合算法，以评估视网膜微胶质细胞	比较了两种视网膜细胞制备方法和三种数据库整合算法，发现Pap/Whole解离产生的活化微胶质细胞比例较小，且Harmony整合方法在这些数据集上获得了最高的Silhouette分数	研究仅针对健康视网膜中的微胶质细胞，未涉及视网膜退化过程中的变化	评估视网膜微胶质细胞的研究方法，优化单细胞RNA测序的数据分析流程	视网膜微胶质细胞	digital pathology	retinal degeneration	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq data	NA
776	2025-05-10	Exploring the therapeutic potential of fibroadipogenic progenitors in muscle disease 2025 Jan-Feb, Journal of neuromuscular diseases IF:3.2Q2 DOI:10.1177/22143602241298545 PMID:39973455	review	探讨纤维脂肪生成祖细胞（FAPs）在肌肉疾病中的治疗潜力	综述了FAPs在肌肉稳态和再生中的作用，及其在肌肉疾病中的异常表现，提出了针对FAPs的治疗干预策略	NA	探索FAPs在肌肉疾病中的作用及其治疗潜力	纤维脂肪生成祖细胞（FAPs）	肌肉疾病研究	肌病和肌营养不良	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
777	2025-05-10	Single-cell sequencing elucidates the mechanism of NUSAP1 in glioma and its diagnostic and prognostic significance 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1512867 PMID:39975552	研究论文	通过单细胞测序技术探索NUSAP1在神经胶质瘤中的作用机制及其诊断和预后意义	利用单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据结合基础实验，揭示了NUSAP1作为神经胶质瘤终末亚群的关键标记物及其与不良预后的关联	研究主要基于TCGA和GEO数据库的RNA-seq和微阵列数据，可能需要更多独立样本验证	探索神经胶质瘤的个性化精准治疗策略	神经胶质瘤细胞亚群	数字病理学	神经胶质瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), RNA-seq, 微阵列	NA	RNA-seq数据, 微阵列数据, scRNA-seq数据	来自TCGA和GEO数据库的神经胶质瘤患者样本
778	2025-05-10	Advancements in single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics: transforming biomedical research 2025, Acta biochimica Polonica IF:1.4Q4 DOI:10.3389/abp.2025.13922 PMID:39980637	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学在生物医学研究中的最新进展和应用	强调了空间转录组学在保留RNA转录组空间信息方面的突破，克服了传统scRNA-seq的局限性	scRNA-seq技术无法保留RNA转录组的空间信息，因为需要组织解离和细胞分离	探讨单细胞测序技术和空间转录组学在生物医学研究中的应用和进展	单细胞RNA测序和空间转录组学技术	生物医学研究	癌症研究	scRNA-seq, 空间转录组学	NA	RNA测序数据	NA
779	2025-05-10	Cancer stem cells and tumor-associated macrophages as mates in tumor progression: mechanisms of crosstalk and advanced bioinformatic tools to dissect their phenotypes and interaction 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1529847 PMID:39981232	review	本文综述了癌症干细胞（CSCs）与肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在肿瘤进展中的相互作用机制，以及利用先进生物信息学工具解析它们的表型和互作	整合了最新的单细胞RNA测序、空间转录组学和轨迹分析技术，提供了对CSCs与TAMs互作的多细胞对话的全面理解	未提及具体实验数据或样本量，主要基于现有研究的综述	阐明CSCs生物学及其与TME免疫细胞（特别是TAMs）的复杂相互作用，从原发肿瘤到转移形成的全面场景	癌症干细胞（CSCs）和肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	digital pathology	cancer	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics, trajectory analysis	NA	biological and computational data	NA
780	2025-05-10	An anoikis-related signature predicts prognosis and immunotherapy response in gastrointestinal cancers 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1477913 PMID:39981252	研究论文	研究通过构建与失巢凋亡相关的基因特征（Anoscore），预测胃肠道癌症的预后和免疫治疗反应	首次构建了基于失巢凋亡相关基因的预后特征（Anoscore），并验证其在胃肠道癌症预后预测和个性化治疗方案选择中的潜力	研究主要基于公共数据库的回顾性数据，需要进一步的前瞻性临床研究验证	探索失巢凋亡相关基因在胃肠道癌症预后中的作用	胃肠道癌症患者（包括食管癌、胃癌、结肠癌和直肠癌）	生物信息学	胃肠道癌症	RNA测序、单细胞测序分析、LASSO回归分析	Cox回归模型	RNA测序数据和临床数据	来自TCGA和GEO数据库的胃肠道癌症患者数据