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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 721 | 2025-10-06 |
A single-cell compendium of human cerebrospinal fluid identifies disease-associated immune cell populations
2025-Jan-02, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI177793
PMID:39744938
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研究论文 | 通过整合公共数据集和自身研究,构建了包含139名受试者的人类脑脊液单细胞转录组图谱,揭示了神经系统疾病相关的免疫细胞群体 | 发现了CSF中特有的AREG+树突状细胞新亚群,并在多发性硬化症患者中更为丰富 | 研究主要基于现有数据集整合,可能受到原始数据质量和一致性的限制 | 建立脑脊液免疫细胞的单细胞转录组参考图谱,用于神经系统疾病研究 | 人类脑脊液和血液样本中的免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | 数据整合分析 | 单细胞转录组数据 | 139名受试者,包含135份脑脊液样本和58份血液样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 722 | 2025-10-06 |
Spatial differences in gene expression across the dorsal raphe nucleus in a model of early Alzheimer's disease
2025-Jan, Journal of Alzheimer's disease : JAD
DOI:10.1177/13872877241299119
PMID:39584353
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研究论文 | 本研究利用空间转录组技术探索早期阿尔茨海默病模型中背缝核不同亚区的基因表达差异 | 首次在阿尔茨海默病模型中揭示背缝核不同亚区对病理变化的差异性易感性,并发现长链非编码RNA Map2k3os可能参与tau蛋白磷酸化调控 | 空间转录组技术存在局限性,需要结合其他验证方法 | 识别与5-羟色胺神经元对AD病理易感性或抵抗性相关的遗传成分 | 过表达人tau蛋白的小鼠模型(htau小鼠)的背缝核组织 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间基因表达分析,RNAscope,免疫组织化学 | NA | 空间基因表达数据,图像数据 | htau小鼠背缝核组织样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | Visium空间基因表达平台 |
| 723 | 2025-10-06 |
Refining breast cancer genetic risk and biology through multi-ancestry fine-mapping analyses of 192 risk regions
2025-Jan, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-02031-y
PMID:39753771
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研究论文 | 通过多族群精细定位分析192个风险区域,完善乳腺癌遗传风险和生物学机制 | 首次对已知乳腺癌风险位点进行多族群精细定位分析,发现131个新关联信号并将50个信号的因果变异缩小至单个变异 | 因果变异和目标基因的确认仍需进一步功能验证 | 精细定位乳腺癌遗传风险位点并探索其生物学机制 | 172,737例女性乳腺癌病例和242,009例对照(非洲、亚洲和欧洲 ancestry) | 基因组学 | 乳腺癌 | 全基因组关联研究(GWAS), 单细胞RNA测序, 体外实验 | NA | 基因组数据, 功能基因组学数据 | 414,746个样本(172,737病例 + 242,009对照) | NA | 单细胞RNA-seq, 全基因组关联分析 | NA | NA |
| 724 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA Sequencing before and after Light Chain Escape Reveals Intrapatient Multiple Myeloma Subpopulations with Divergent Osteolytic Gene Expression
2025-01-01, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0170
PMID:39699274
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究多发性骨髓瘤患者轻链逃逸现象,揭示与骨溶解基因表达相关的肿瘤亚群 | 首次在单细胞水平追踪轻链逃逸现象,发现LAMP5过表达与骨溶解风险的新关联 | 研究基于单个患者的纵向样本,样本量有限 | 理解多发性骨髓瘤中轻链逃逸现象的分子机制和临床意义 | 多发性骨髓瘤患者骨髓活检样本 | 单细胞组学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序,药物敏感性测试,拷贝数变异推断 | NA | 单细胞转录组数据,临床血清数据 | 1名患者在诊断时、首次复发和复发/难治时间点的系列骨髓活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 725 | 2025-10-06 |
Graph-Based 3-Dimensional Spatial Gene Neighborhood Networks of Single Cells in Gels and Tissues
2025, BME frontiers
IF:5.0Q1
DOI:10.34133/bmef.0110
PMID:40084126
|
研究论文 | 开发了3D空间基因邻域网络嵌入方法,用于识别亚细胞基因邻近关系和细胞间通讯中的关键亚细胞模式 | 结合3D成像空间转录组学和图深度学习,首次在三维空间中分析亚细胞基因邻近关系 | 三维空间数据复杂度增加,需要新的分析方法,未明确说明样本量大小 | 识别亚细胞基因邻近关系和细胞间通讯中的关键亚细胞模式 | 间充质干细胞、外周血单核细胞、小鼠下丘脑和皮层中的星形胶质细胞与神经元 | 空间转录组学 | NA | 3D成像空间转录组学、多重误差鲁棒荧光原位杂交(MERFISH) | 图自编码器 | 3D空间转录组数据、图像数据 | NA | NA | 空间转录组学、3D成像 | NA | NA |
| 726 | 2025-10-06 |
Comprehensive sequencing of the lung neuroimmune landscape in response to asthmatic induction
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1518771
PMID:40181989
|
研究论文 | 本研究通过多组学测序技术全面解析哮喘诱导下肺神经免疫图谱的转录组变化 | 首次结合单核RNA测序与空间转录组学揭示哮喘诱导下迷走神经节和肺组织中神经免疫转录组的细胞簇特异性及空间分布特征 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究哮喘诱导如何改变肺神经免疫转录组 | 小鼠迷走神经节(结状/颈静脉神经节)和肺组织 | 空间转录组学 | 哮喘 | RNA测序, 单核RNA测序, 空间RNA测序 | NA | 转录组数据 | 初始状态和经链格孢诱导的哮喘小鼠模型 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学, 标准RNA测序 | NA | NA |
| 727 | 2025-10-06 |
Robust Cluster Prediction Across Data Types Validates Association of Sex and Therapy Response in GBM
2025-Jan-28, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17030445
PMID:39941811
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研究论文 | 利用稳健集成机器学习构建跨数据类型的预测模型,验证胶质母细胞瘤中性别与治疗反应的关联 | 使用注释的“遗留数据”训练能够跨平台(包括RNA-seq和潜在scRNA-seq)进行多目标预测的稳健模型 | 预测特征集仅对女性患者有效,应用于男性患者产生意外结果 | 验证胶质母细胞瘤中性别特异性分型与治疗反应的关联 | 胶质母细胞瘤患者 | 机器学习 | 胶质母细胞瘤 | 基因微阵列,RNA-seq,scRNA-seq | 稳健集成机器学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 基因微阵列,RNA-seq,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 728 | 2025-10-06 |
Low fucosylation defines the glycocalyx of progenitor cells and melanocytes in the human limbal stem cell niche
2025-01-14, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2024.11.008
PMID:39706176
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研究论文 | 本研究揭示了人角膜缘干细胞微环境中祖细胞和黑色素细胞糖萼的低岩藻糖基化特征 | 首次发现角膜缘祖细胞和黑色素细胞表面存在特异性低岩藻糖基化特征,并证明岩藻糖基化调控对干细胞增殖潜能的重要影响 | 研究主要基于体外实验,需要进一步验证在体内环境中的生理意义 | 探索成人干细胞糖萼的独特组成及其在干细胞自我更新和分化中的调控作用 | 人角膜缘上皮细胞、毛囊上皮和睑板腺导管基底细胞 | 细胞生物学 | 眼科疾病 | 荧光激活细胞分选,单细胞转录组学 | NA | 流式细胞数据,转录组数据 | 人角膜缘组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 729 | 2025-10-06 |
Robust single-nucleus RNA sequencing reveals depot-specific cell population dynamics in adipose tissue remodeling during obesity
2025-Jan-13, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.97981
PMID:39804687
|
研究论文 | 开发了一种稳健的单核RNA测序技术,用于研究肥胖期间脂肪组织重塑中的细胞群体动态 | 提出了一种适用于多种组织类型的核分离技术,显著提高了snRNA-seq数据质量,并首次通过整合bulk核RNA-seq识别了按大小和功能分类的脂肪细胞亚群 | 研究主要基于小鼠模型,技术在不同组织类型中的普适性需要进一步验证 | 研究肥胖过程中脂肪组织重塑的细胞动力学机制 | 小鼠脂肪组织中的各种细胞类型,特别是脂肪细胞亚群 | 单细胞测序 | 肥胖 | 单核RNA测序(snRNA-seq), bulk核RNA-seq | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单核RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 730 | 2025-10-06 |
Deep topic modeling of spatial transcriptomics in the rheumatoid arthritis synovium identifies distinct classes of ectopic lymphoid structures
2025-Jan-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.08.631928
PMID:39829741
|
研究论文 | 开发DeepTopics方法分析类风湿关节炎滑膜空间转录组数据,识别异位淋巴结构的细胞组成和微环境特征 | 提出基于狄利克雷变分自编码器的无参考解卷积方法DeepTopics,首次在类风湿关节炎滑膜中发现两种不同的异位淋巴结构细胞模式 | 仅分析6名患者的8个滑膜组织样本,样本量有限 | 研究类风湿关节炎滑膜中细胞类型相互作用和微环境对细胞状态的影响 | 类风湿关节炎患者的滑膜组织和异位淋巴结构 | 空间转录组学 | 类风湿关节炎 | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | 狄利克雷变分自编码器 | 空间转录组数据 | 6名患者的8个滑膜组织样本 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 731 | 2025-10-06 |
scProAtlas: an atlas of multiplexed single-cell spatial proteomics imaging in human tissues
2025-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae990
PMID:39526396
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研究论文 | 构建了一个名为scProAtlas的多重单细胞空间蛋白质组学成像图谱数据库 | 开发了首个整合多种空间蛋白质组学技术的综合性功能注释知识库,包含近1,750万个细胞的详细空间信息 | 与空间转录组学相比,空间蛋白质组学检测的蛋白质数量有限 | 帮助用户全面理解不同组织类型在单细胞分辨率和多尺度下的空间背景 | 人类组织中的细胞空间分布 | 数字病理学 | NA | 空间蛋白质组学成像 | NA | 空间蛋白质组学图像数据 | 17,468,394个细胞,来自15种组织的945个感兴趣区域 | NA | 空间蛋白质组学成像 | NA | 八种空间蛋白质成像技术 |
| 732 | 2025-10-06 |
Spatial Expression of Long Non-Coding RNAs in Human Brains of Alzheimer's Disease
2025-Jan-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.27.620550
PMID:39554066
|
研究论文 | 通过空间转录组学分析阿尔茨海默病患者大脑中长链非编码RNA的空间表达模式 | 首次系统绘制人类大脑中lncRNA的空间表达图谱,发现lncRNA比mRNA具有更强的亚区域特异性表达 | 样本量相对有限(78个脑切片,21名参与者),仅分析前额叶皮层区域 | 探索长链非编码RNA在阿尔茨海默病发病机制中的空间表达和功能作用 | ROSMAP研究参与者的78个死后大脑切片 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | 网络分析,统计建模 | 空间转录组数据 | 78个脑切片来自21名ROSMAP参与者 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 733 | 2025-10-06 |
Unveiling Cancer-Related Metaplastic Cells in Both Helicobacter pylori Infection and Autoimmune Gastritis
2025-Jan, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2024.08.032
PMID:39236896
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研究论文 | 本研究通过比较幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎中的胃化生细胞,发现两者均可诱导具有致癌潜能的ANPEP/CD13阳性化生细胞 | 首次在单细胞水平系统比较两种不同病因胃炎中的化生细胞特征,并鉴定出共有的癌症相关化生细胞亚型 | 样本量有限,需要更大规模研究验证发现 | 探究幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎诱导的化生细胞差异及其癌症风险 | 小鼠模型和人类参与者(幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎患者) | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞转录组测序,免疫荧光 | NA | 转录组数据,图像数据 | 小鼠模型和人类活检标本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 734 | 2025-10-06 |
Induction of a Müller Glial Cell-Specific Protective Pathway Safeguards the Retina From Diabetes-Induced Damage
2025-Jan-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db24-0199
PMID:39446557
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了糖尿病对视网膜不同细胞类型的特异性影响,并发现Müller胶质细胞通过Zfp36基因发挥保护作用 | 首次在单细胞水平系统描绘糖尿病进程中视网膜细胞类型的转录组变化,并鉴定出Müller胶质细胞特异性保护通路 | 研究仅在大鼠模型中进行,尚未在人类样本验证 | 阐明糖尿病引起视网膜病变的细胞特异性分子机制 | 糖尿病大鼠模型的视网膜细胞 | 单细胞生物学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 糖尿病大鼠视网膜细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 735 | 2025-10-06 |
Characterizing the immune infiltrate in secondary syphilis: implications for transmission and pathology
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1549206
PMID:40201184
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研究论文 | 本研究通过免疫组织化学和单细胞RNA测序分析二期梅毒皮肤病变的免疫浸润特征 | 首次揭示表皮TLR通过MYD88感知梅毒螺旋体的机制,以及病原体在皮肤中逃避免疫反应的策略 | 研究样本仅限于皮肤活检和体外细胞实验,未涵盖其他组织或临床阶段 | 阐明梅毒螺旋体在皮肤中的免疫逃避机制和宿主免疫反应特征 | 二期梅毒患者的皮肤活检组织、健康人PBMCs、原代和MyD88敲除角质形成细胞 | 数字病理学 | 梅毒 | 免疫组织化学, bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 图像, 转录组数据 | 二期梅毒皮肤活检样本、健康人PBMCs、原代角质形成细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 736 | 2025-10-06 |
FlyPhoneDB2: A computational framework for analyzing cell-cell communication in Drosophila scRNA-seq data integrating AlphaFold-multimer predictions
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.06.032
PMID:40677242
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研究论文 | 介绍FlyPhoneDB2计算框架,用于分析果蝇单细胞RNA测序数据中的细胞间通讯,整合了AlphaFold-multimer预测 | 显著扩展了配体-受体对知识库,整合哺乳动物物种注释和AlphaFold-Multimer结构预测,优化算法性能并增加新功能 | 原始FlyPhoneDB受限于可用配体-受体对数量较少 | 开发改进的计算工具来分析细胞间通讯 | 果蝇单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序,AlphaFold-Multimer预测 | 计算框架 | 单细胞RNA测序数据 | 果蝇全身单核RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 737 | 2025-10-06 |
Medulloblastoma: biology and immunotherapy
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1602930
PMID:40677711
|
综述 | 本文综述了髓母细胞瘤的生物学特征及免疫治疗最新进展 | 整合单细胞转录组学对髓母细胞瘤亚型的新发现,系统探讨肿瘤微环境与免疫治疗的关联机制 | NA | 探讨髓母细胞瘤生物学特性与免疫治疗策略的协同应用 | 髓母细胞瘤及其肿瘤微环境组分 | NA | 髓母细胞瘤 | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 738 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomic analysis of 4NQO-induced tongue cancer revealed cellular lineage diversity and evolutionary trajectory
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1592044
PMID:40678065
|
研究论文 | 通过空间转录组学分析4NQO诱导的舌癌,揭示细胞谱系多样性和进化轨迹 | 首次结合人工智能算法和空间转录组学技术系统描绘4NQO诱导舌癌的空间时间演化过程,识别出13个细胞亚群和肿瘤侵袭相关开关基因 | 基于化学诱导的舌癌模型,与人类自发舌癌可能存在差异 | 阐明化学诱导舌癌的细胞谱系多样性和肿瘤进化轨迹 | 4NQO诱导的舌癌组织 | 空间转录组学 | 舌癌 | 空间转录组测序, AI算法 | AI分类器 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 739 | 2025-10-06 |
FN1 from cancer-associated fibroblasts orchestrates pancreatic cancer metastasis via integrin-PI3K/AKT signaling
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1595523
PMID:40678072
|
研究论文 | 本研究揭示了癌症相关成纤维细胞中FN1通过整合素-PI3K/AKT信号轴驱动胰腺癌转移的分子机制 | 首次发现FN1在转移性CAF亚群中高表达,并通过整合素受体激活PI3K/AKT通路,同时证明其双重作用:直接促进肿瘤侵袭和间接形成免疫抑制微环境 | 研究主要基于体外实验和生物信息学分析,缺乏体内动物模型验证 | 阐明癌症相关成纤维细胞在胰腺导管腺癌转移中的具体分子机制 | 胰腺导管腺癌(PDAC)、癌症相关成纤维细胞(CAFs) | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 转录组测序、单细胞测序、Western blotting、qRT-PCR、Transwell迁移实验 | NA | 基因表达数据、单细胞数据、临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、转录组测序 | NA | NA |
| 740 | 2025-10-06 |
Cooling Blood and Detoxicating Formula Treats Psoriasis Through RHCG-Related Mechanisms
2025, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/ijog/5132158
PMID:40678620
|
研究论文 | 本研究探讨凉血解毒方通过RHCG相关机制治疗银屑病的潜力 | 首次结合网络药理学、单细胞RNA测序和空间转录组学技术系统揭示凉血解毒方治疗银屑病的作用机制,并发现RHCG是关键作用靶点 | 需要进一步的临床验证和机制研究 | 探索凉血解毒方治疗银屑病的治疗潜力和作用机制 | 银屑病实验模型 | 生物医学 | 银屑病 | 网络药理学,单细胞RNA测序,空间转录组学,分子对接 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |