单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
721	2025-04-27	Single-Cell RNA-Seq and Histological Analysis Reveals Dynamic Lrig1 Expression During Salivary Gland Development 2025-Jan, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1 DOI:10.1002/jcp.31487 PMID:39587709	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和组织学分析揭示了Lrig1在唾液腺发育过程中的动态表达模式	首次系统研究了Lrig1在唾液腺发育不同阶段的表达模式及其功能，并预测了可能调控LRIG1表达的转录因子	研究主要基于小鼠模型，人类细胞实验仅使用了HSG细胞系，可能需要更多临床样本验证	探究Lrig1在发育中和成熟小鼠颌下腺中的表达模式及功能	小鼠颌下腺和人类唾液腺细胞系	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、qRT-PCR、免疫荧光(IF)、RNAscope染色	NA	基因表达数据、图像数据	不同发育阶段的小鼠颌下腺样本和HSG细胞系
722	2025-04-27	H. Pylori-Facilitated TERT/Wnt/β-Catenin Triggers Spasmolytic Polypeptide-Expressing Metaplasia and Oxyntic Atrophy 2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202401227 PMID:39587848	research paper	该研究揭示了幽门螺杆菌通过激活TERT/Wnt/β-Catenin通路促进胃黏膜中主细胞去分化和SPEM发生的机制	首次发现CagA通过破坏TERT与其E3连接酶SYVN1的相互作用来增加TERT蛋白表达，进而激活Wnt/β-Catenin通路	研究主要关注cagA阳性幽门螺杆菌，未涉及其他菌株的影响	阐明幽门螺杆菌诱导胃黏膜SPEM发生的分子机制	幽门螺杆菌感染的胃黏膜主细胞	分子病理学	胃癌前病变	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
723	2025-04-27	Spatiotemporal Cellular Dynamics of Germinal Center Reaction in Coronavirus Disease 2019 Lung-Draining Lymph Node Based on Imaging-Based Spatial Transcriptomics 2025-Jan, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2024.102180 PMID:39522760	research paper	本研究利用基于成像的空间转录组学技术，探讨了SARS-CoV-2感染非人灵长类动物后肺引流淋巴结中免疫细胞组成和组织结构形成的动态变化	首次使用成像空间转录组学技术揭示了COVID-19恢复期和再感染过程中生发中心形成与免疫细胞动态变化的空间特征	研究仅针对非人灵长类动物模型，结果向人类转化的适用性有待验证	阐明SARS-CoV-2感染后淋巴结构恢复的细节及其对免疫记忆的影响	SARS-CoV-2感染的非人灵长类动物的肺引流淋巴结	digital pathology	COVID-19	imaging-based spatial transcriptomics	NA	spatial transcriptomic data	非人灵长类动物模型（具体数量未说明）
724	2025-04-27	PKMζ, a Brain-specific PKCζ Isoform, is Required for Glycolysis and Myofibroblastic Activation of Hepatic Stellate Cells 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.101429 PMID:39542399	研究论文	本研究探讨了PKMζ在肝星状细胞（HSCs）糖酵解和肌纤维母细胞活化中的作用及其机制	首次揭示PKMζ通过磷酸化VASP促进Glut1在HSCs质膜上的锚定/停靠，从而调控糖酵解和HSC活化	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证	阐明Glut1在HSCs质膜上锚定/停靠的分子机制	肝星状细胞（HSCs）	细胞生物学	肝纤维化	RT-PCR, Western blotting, 免疫荧光, RNA测序, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据, 蛋白质数据	原代人和小鼠HSCs, 结直肠肝转移患者的CAFs
725	2025-04-27	Spatial and Single-Cell Transcriptomics Unraveled Spatial Evolution of Papillary Thyroid Cancer 2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202404491 PMID:39540244	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和空间分辨转录组学，研究甲状腺乳头状癌的空间异质性、恶性和转移机制	结合scRNA-seq和SRT技术，揭示了PTC细胞的多途径进化机制，并鉴定了两个恶性和转移的标志性特征	未提及样本量大小，可能影响结果的普适性	探究甲状腺乳头状癌的空间异质性、恶性和转移的分子机制	甲状腺乳头状癌（PTC）细胞	数字病理	甲状腺癌	scRNA-seq, SRT	NA	转录组数据	NA
726	2025-04-27	A comprehensive human embryo reference tool using single-cell RNA-sequencing data 2025-Jan, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02493-2 PMID:39543283	研究论文	开发了一个基于单细胞RNA测序数据的全面人类胚胎参考工具，用于评估人类胚胎模型的准确性	整合了六个已发表的人类数据集，构建了一个从受精卵到原肠胚发育阶段的通用参考工具，并开发了早期胚胎发生预测工具	参考工具的准确性依赖于现有数据集的质量和覆盖范围，可能存在未覆盖的发育阶段或细胞类型	为人类胚胎模型的分子、细胞和结构保真度评估提供参考工具	人类胚胎发育过程中的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Uniform Manifold Approximation and Projection (UMAP)	单细胞RNA测序数据	整合了六个已发表的人类数据集
727	2025-04-27	Identification of novel metabolism-related biomarkers of Kawasaki disease by integrating single-cell RNA sequencing analysis and machine learning algorithms 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1541939 PMID:40276515	研究论文	通过整合单细胞RNA测序分析和机器学习算法，识别川崎病的新型代谢相关生物标志物	首次在单细胞水平上揭示了川崎病中胆汁酸代谢和脂肪酸代谢的细胞异质性，并利用机器学习算法鉴定了与这两种代谢相关的特征基因	研究主要基于公共数据集，需要进一步实验验证这些基因在川崎病发病机制中的具体作用	探索川崎病中胆汁酸代谢和脂肪酸代谢的分子机制，并寻找潜在的诊断生物标志物	川崎病患者的免疫细胞（单核细胞和自然杀伤细胞）	生物信息学	川崎病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、定量实时PCR（qRT-PCR）、高维加权相关网络分析（hdWGCNA）	机器学习算法	基因表达数据	公共数据集GSE1687323、GSE68004和GSE73461，以及自主生成的scRNA-seq数据
728	2025-04-27	Pan-cancer analysis identified CD248 as a potential target for multiple tumor types 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1554632 PMID:40276611	研究论文	本研究通过泛癌分析确定CD248作为多种肿瘤类型的潜在治疗靶点	首次在泛癌范围内分析CD248的作用，并发现其与肿瘤进展、免疫细胞浸润及患者预后的关联	研究主要基于数据库分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探索CD248在泛癌中的潜在作用及其作为治疗靶点的可能性	多种肿瘤类型及头颈部鳞状细胞癌细胞系	肿瘤学	泛癌	qRT-PCR、Western blot、transwell实验、划痕愈合实验、EdU实验	NA	mRNA表达数据、蛋白质表达数据、单细胞测序数据	多种肿瘤数据库数据及HNSC细胞系
729	2025-04-26	p53 mutation biases squamocolumnar junction progenitor cells towards dysplasia rather than metaplasia in Barrett's oesophagus 2025-Jan-17, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332095 PMID:39353725	研究论文	本研究探讨了p53突变在Barrett食管（BE）向食管腺癌（EAC）进展过程中对贲门祖细胞命运和功能的影响	揭示了p53突变在慢性损伤环境下如何通过Notch激活抑制祖细胞向化生分化，直接促进发育不良	研究主要基于小鼠模型，人类BE中的具体机制仍需进一步验证	阐明p53突变在BE向EAC恶性转化中的细胞机制	L2-IL1β小鼠模型中的Cck2r+贲门祖细胞	癌症生物学	食管腺癌	谱系追踪、scRNA-seq、类器官培养、原位移植、计算分析	小鼠疾病模型（L2-IL1β）	单细胞转录组数据、病理学数据	未明确说明实验动物数量，但涉及多组学分析
730	2025-04-26	TIMP1 Mediates Astrocyte-Dependent Local Immunosuppression in Brain Metastasis Acting on Infiltrating CD8+ T Cells 2025-Jan-13, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-0134 PMID:39354883	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序解析了脑转移瘤相关星形胶质细胞的异质性，发现了一类能够抑制浸润T细胞抗肿瘤活性的星形胶质细胞亚群，并揭示了TIMP1在其中的关键作用	首次发现pSTAT3+星形胶质细胞通过分泌TIMP1调控CD63+ CD8+ T细胞功能，提出了联合免疫检查点阻断与星形胶质细胞介导的局部免疫抑制的治疗策略	研究主要基于小鼠和人类脑转移模型，临床转化效果需进一步验证	探究脑转移瘤中星形胶质细胞对免疫治疗的调控机制	脑转移瘤相关星形胶质细胞和浸润CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	脑转移瘤	单细胞RNA测序	小鼠和人类脑转移模型	RNA测序数据	NA
731	2025-04-26	Development of the TP53 mutation associated hypopharyngeal squamous cell carcinoma prognostic model through bulk multi-omics sequencing and single-cell sequencing 2025 Jan-Feb, Brazilian journal of otorhinolaryngology IF:1.7Q2 DOI:10.1016/j.bjorl.2024.101499 PMID:39341197	研究论文	本研究基于TP53突变构建了一个预测下咽鳞状细胞癌（HPSCC）患者预后的模型	结合bulk多组学测序和单细胞测序技术，识别出关键基因POLD2和POLR2G，构建了预后模型，并验证了其预测能力	证据等级为5级，可能意味着研究样本量有限或 retrospective 性质	开发基于TP53突变的HPSCC预后预测模型	下咽鳞状细胞癌患者	数字病理学	下咽鳞状细胞癌	bulk多组学测序, 单细胞测序	LASSO回归模型	基因表达数据, 单细胞数据	来自TCGA和GSE65858等多个GEO数据集的数据
732	2025-04-26	Single-cell Profiling of Intrahepatic Immune Cells Reveals an Expansion of Tissue-resident Cytotoxic CD4+ T Lymphocyte Subset Associated With Pathogenesis of Alcoholic-associated Liver Diseases 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.101411 PMID:39349248	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探索了酒精相关肝病(ALD)患者肝内免疫细胞的转录组特征，揭示了GZMK+CD4+ T淋巴细胞亚群在疾病进展中的关键作用	首次在ALD患者肝脏中发现并表征了具有组织驻留特征和终末效应状态的GZMK+CD4+ T细胞亚群，并证实其在肝纤维化区域的显著富集	研究样本量有限，且尚未阐明GZMK+CD4+ T细胞促进ALD进展的具体分子机制	阐明酒精相关肝病的免疫致病机制	健康人群、代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD)患者和酒精相关肝病(ALD)患者的肝脏免疫细胞	单细胞组学	酒精相关肝病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	健康对照、MASLD和ALD患者的肝脏样本(具体数量未明确说明)
733	2025-04-26	Pathogenesis of Germinal Matrix Hemorrhage: Insights from Single-Cell Transcriptomics 2025-Jan, Annual review of pathology DOI:10.1146/annurev-pathmechdis-111523-023446 PMID:39401848	review	本文综述了单细胞转录组学在揭示人类胎儿大脑生发基质中神经发生和血管生成新机制方面的最新进展	利用单细胞转录组学揭示了免疫-血管相互作用在生发基质血管形态发生中的关键作用，以及促炎因子如何破坏这一过程导致出血	NA	阐明生发基质出血的发病机制并探索治疗干预措施	人类胎儿大脑生发基质中的神经发生和血管生成过程	生物医学	新生儿疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
734	2025-04-26	The Human Milk-derived Peptide Drives Rapid Regulation of Macrophage Inflammation Responses in the Neonatal Intestine 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.101420 PMID:39414025	研究论文	本研究探讨了母乳细胞外囊泡中的肽CASB135-150在调节新生儿肠道先天免疫稳态中的作用及其对坏死性小肠结肠炎的保护机制	首次鉴定了母乳细胞外囊泡中的β-酪蛋白衍生肽CASB135-150，并阐明其通过破坏FHL2/TRAF6复合物抑制NF-κB信号通路的分子机制	研究主要基于大鼠坏死性小肠结肠炎模型，人体内的效果尚需进一步验证	探索母乳肽对新生儿肠道先天免疫稳态的调节作用	母乳细胞外囊泡中的肽CASB135-150及其对巨噬细胞炎症反应的调控	免疫学	坏死性小肠结肠炎	免疫荧光分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、共免疫沉淀(co-IP)、RNA测序(RNA-seq)	大鼠坏死性小肠结肠炎模型	分子生物学数据、测序数据	未明确说明具体样本数量（使用大鼠模型和体外培养的骨髓来源巨噬细胞）
735	2025-04-26	Impact of potential biomarkers, SNRPE, COX7C, and RPS27, on idiopathic Parkinson's disease 2025-Jan, Genes & genomics IF:1.6Q3 DOI:10.1007/s13258-024-01591-x PMID:39467967	研究论文	本研究通过生物信息学方法识别了特发性帕金森病(IPD)的潜在生物标志物SNRPE、COX7C和RPS27	首次在全血样本中识别出与IPD相关的关键基因和分子机制，并通过表观遗传学和RNA干扰验证了这些基因的调控	研究样本仅来自血液，未直接验证这些生物标志物在脑组织中的功能	寻找适用于特发性帕金森病的生物标志物	特发性帕金森病患者	生物信息学	帕金森病	基因表达分析、GO和KEGG通路分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、甲基化数据、microRNA数据	124个差异表达基因(来自未明确数量的IPD患者血液样本)
736	2025-04-26	Machine learning identification of NK cell immune characteristics in hepatocellular carcinoma based on single-cell sequencing and bulk RNA sequencing 2025-Jan, Genes & genomics IF:1.6Q3 DOI:10.1007/s13258-024-01581-z PMID:39433650	研究论文	本研究利用单细胞测序和大规模RNA测序技术，结合机器学习方法，识别肝细胞癌中具有NK细胞免疫特征的分子标志物	首次发现CD7在肝细胞癌中的高表达及其与预后的相关性，并验证了CD7高表达的NK细胞对肝癌细胞生长的抑制作用	样本量较小(8例正常肝组织和8例肝癌组织)，需要更大规模的研究验证结果	识别肝细胞癌中NK细胞的免疫特征分子标志物，并开发预后预测系统	肝细胞癌组织和正常肝组织中的NK细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序，大规模RNA测序，RT-qPCR，MTS，流式细胞术	机器学习模型	RNA测序数据	8例正常肝组织和8例肝癌组织
737	2025-04-26	Challenges and Opportunities in the Clinical Translation of High-Resolution Spatial Transcriptomics 2025-Jan, Annual review of pathology DOI:10.1146/annurev-pathmechdis-111523-023417 PMID:39476415	review	本文回顾了高分辨率空间转录组学技术在临床转化中的挑战与机遇	探讨了空间转录组学技术在亚细胞分辨率下数字化基因表达的潜力，及其在疾病机制识别和个性化治疗中的应用	讨论了高分辨率空间转录组学技术在快速转化中面临的挑战	推动空间转录组学技术在临床病理学中的应用，以实现个性化医疗	常规收集和存档的临床样本	digital pathology	NA	spatial transcriptomics, next-generation sequencing	deep learning	gene expression data	NA
738	2025-04-26	Therapeutic targets for hepatocellular carcinoma identified using proteomics and Mendelian randomization 2025-Jan, Journal of gastroenterology and hepatology IF:3.7Q2 DOI:10.1111/jgh.16785 PMID:39477889	研究论文	本研究利用蛋白质组学和孟德尔随机化方法识别了与肝细胞癌风险相关的10种蛋白质生物标志物，并探讨了其在HCC治疗中的潜在应用	首次通过整合多组学数据和孟德尔随机化方法系统识别HCC相关蛋白标志物，并深入分析其细胞表达特征、蛋白互作网络及成药性	研究结果主要基于欧洲人群数据，需要在其他种族群体中进行验证	发现肝细胞癌的新型治疗靶点和蛋白标志物	肝细胞癌相关蛋白质	生物医学研究	肝细胞癌	蛋白质组学、孟德尔随机化(MR)、单细胞测序、KEGG通路分析、PPI网络分析	孟德尔随机化模型	蛋白质组数据、基因组数据	多个GWAS数据集(7个已发表研究)、DeCODE队列、FinnGen队列和UK Biobank数据
739	2025-04-26	RAC2 as a Tumor-Suppressive Biomarker Associated with T Cell Infiltration in Breast Cancer 2025-Jan, Cancer biotherapy & radiopharmaceuticals DOI:10.1089/cbr.2024.0142 PMID:39479793	研究论文	本研究探讨了RAC2在乳腺癌中的肿瘤抑制作用和与T细胞浸润的关联	首次揭示了RAC2作为乳腺癌预后和诊断标志物的潜力，并阐明了其与免疫浸润的关系	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证	探究RAC2在乳腺癌中的作用及其临床意义	乳腺癌组织和健康组织	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序、免疫组化分析、基因集分析	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	来自TCGA和GEO数据库的乳腺癌数据集
740	2025-04-26	S100A8/A9 high-expression macrophages mediate renal tubular epithelial cell damage in acute kidney injury following acute type A aortic dissection surgery 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1530741 PMID:40270593	研究论文	探讨S100A8/A9高表达巨噬细胞在急性A型主动脉夹层手术后急性肾损伤中对肾小管上皮细胞的损伤作用	首次揭示S100A8/A9通过促进巨噬细胞向M1表型转化并激活TNF信号通路在急性肾损伤中的作用机制	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未在临床患者中进行验证	阐明S100A8/A9在急性A型主动脉夹层手术后急性肾损伤中的分子机制	肾小管上皮细胞和巨噬细胞	分子生物学	急性肾损伤和急性A型主动脉夹层	转录组测序和单细胞测序	小鼠AKI模型和RAW264.7细胞模型	基因表达数据和细胞实验数据	未明确说明样本数量，涉及小鼠模型和TCMK-1、RAW264.7细胞系