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当前共找到 2148 篇文献，本页显示第 721 - 740 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 721 | 2025-10-05 |
Revealing key regulatory factors in lung adenocarcinoma: the role of epigenetic regulation of autophagy-related genes from transcriptomics, scRNA-seq, and machine learning
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1542338
PMID:40832611
|
研究论文 | 本研究通过转录组学、单细胞RNA测序和机器学习方法，揭示了肺腺癌中自噬相关基因的表观遗传调控机制 | 首次系统研究表观遗传-自噬基因在肺腺癌肿瘤微环境中的作用，并鉴定出KDM6B和KANSL1作为新的诊断标志物 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证相对有限，需要进一步的功能机制研究 | 探索肺腺癌中表观遗传调控的自噬相关基因在肿瘤免疫微环境中的作用机制 | 肺腺癌组织和相关免疫细胞 | 生物信息学, 机器学习 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 实时PCR, Western blot | 机器学习算法 | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 722 | 2025-10-05 |
Integrative analysis of lactylation related genes in prostate cancer: unveiling heterogeneity through single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq and machine learning
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1634985
PMID:40832598
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序、批量RNA测序和机器学习方法，系统分析前列腺癌中乳酸化相关基因的作用 | 首次在前列腺癌中整合单细胞和批量RNA测序数据系统研究乳酸化相关基因，并开发了基于机器学习的预后预测模型 | 研究依赖于公共数据库数据，需要进一步实验验证 | 系统研究乳酸化相关基因在前列腺癌中的作用及其预后价值 | 前列腺癌患者 | 机器学习 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 机器学习 | 整合机器学习技术 | RNA测序数据 | 来自TCGA-PRAD、GSE116918和GSE54460数据库的前列腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 723 | 2025-10-05 |
SPOCK1 promotes the progression of breast cancer by modulating cancer-associated fibroblasts and exerts a synergistic effect with ANXA2
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1619171
PMID:40837013
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析系统探索了SPOCK1在乳腺癌中的表达模式、预后意义及其通过调控癌症相关成纤维细胞促进乳腺癌进展的机制 | 首次系统揭示SPOCK1通过调控癌症相关成纤维细胞促进乳腺癌进展的机制，并发现其与ANXA2的协同作用 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验，需要进一步的功能验证实验 | 探索SPOCK1在乳腺癌中的表达模式、预后意义及其在肿瘤微环境中的作用机制 | 乳腺癌组织样本和细胞系 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 多重免疫组织化学, 转录组分析, 基因组分析 | NA | 转录组数据, 基因组数据, 临床数据, 单细胞测序数据 | TCGA和GEO数据库中的乳腺癌样本 | NA | 单细胞RNA测序, 多重免疫组织化学, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 724 | 2025-10-05 |
Is postoperative cognitive dysfunction a disease of microglial inflammatory memory? A state-transition model from metabolic stress to epigenetic lock-in
2025, Frontiers in molecular neuroscience
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fnmol.2025.1648161
PMID:40843245
|
综述 | 提出术后认知功能障碍是由小胶质细胞炎症记忆驱动的状态转换模型 | 将POCD重新定义为小胶质细胞命运转换而非短暂免疫反应，提出线粒体功能障碍-染色质重塑-持续极化的闭环炎症记忆回路 | 理论模型尚未通过实验完全验证，需要时间分辨的单细胞技术进一步证实 | 阐明术后认知功能障碍的持续性和机制 | 小胶质细胞炎症记忆和表观遗传机制 | 神经科学 | 术后认知功能障碍 | 时间分辨单细胞转录组学、染色质可及性分析 | 状态转换模型 | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 725 | 2025-10-05 |
Integrated multi-omics profiling of immune microenvironment and drug resistance signatures for precision prognosis in prostate cancer
2025, Cancer drug resistance (Alhambra, Calif.)
DOI:10.20517/cdr.2025.47
PMID:40843359
|
研究论文 | 本研究开发了一个以前列腺癌肿瘤微环境为中心的预后模型，整合多组学数据揭示免疫异质性、基因组不稳定性与治疗耐药性的关联 | 首次将肿瘤微环境动态、基因组不稳定性和药物耐药异质性整合到前列腺癌预后模型中，并通过单细胞RNA测序揭示亚型特异性耐药模式 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据，需要进一步的前瞻性临床验证 | 开发基于肿瘤微环境的精准预后模型，指导前列腺癌个体化治疗 | 前列腺癌患者和癌细胞系 | 生物信息学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序，多组学数据分析，LASSO回归，CIBERSORT，ESTIMATE，WGCNA | LASSO回归模型 | 转录组数据，基因组数据 | 554个TCGA-PRAD样本和329个外部验证样本，835个前列腺癌细胞 | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 726 | 2025-10-05 |
Pathophysiological Insights Into the Role of Osteoclasts in Osteoarthritis: Mechanisms, Therapeutic Targets, and Future Directions
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S525245
PMID:40851840
|
综述 | 本文探讨骨关节炎中破骨细胞的病理生理作用机制及靶向治疗前景 | 整合单细胞RNA测序与传统方法从时空维度研究破骨细胞基因表达模式，探索新型治疗靶点 | 未涉及具体临床实验数据验证 | 填补骨关节炎治疗知识空白并推动创新疗法发展 | 骨关节炎中的破骨细胞 | 骨生物学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 727 | 2025-10-05 |
Comprehensive Insights Into the Role of TRPM4 in Pan-Cancer Progression and Immune Regulation
2025, ImmunoTargets and therapy
IF:6.2Q1
DOI:10.2147/ITT.S542176
PMID:40860345
|
研究论文 | 本研究通过多组学数据分析探讨TRPM4在泛癌进展和免疫调控中的作用 | 首次系统性分析TRPM4在泛癌中的表达模式及其与免疫浸润和免疫治疗反应的关系 | 样本量有限，特别是验证实验仅涉及19例肺腺癌患者 | 研究TRPM4在泛癌进展和免疫调控中的作用 | 多种癌症类型（泛癌分析），重点验证乳腺癌、肺腺癌和食管癌 | 生物信息学 | 泛癌分析 | RNA测序，单细胞RNA测序，免疫组织化学，多重免疫荧光，体外实验 | NA | 基因表达数据，蛋白质表达数据，免疫细胞浸润数据 | TCGA和GTEx数据库的泛癌数据，19例肺腺癌患者组织样本 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 728 | 2025-10-05 |
smartSim: simulation of splice aware single cell smart-seq3 data
2025, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf183
PMID:40861396
|
研究论文 | 开发了一个用于模拟Smart-seq3单细胞RNA测序数据的仿真工具smartSim | 首个专门针对Smart-seq3协议设计的读段模拟器，能够模拟已知和新的剪接事件，生成包含UMI和内部读段的真实数据 | 基于经验数据分布模拟，可能无法完全覆盖所有真实实验变异 | 为单细胞RNA测序中的剪接分析和异构体重建计算工具提供基准测试资源 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 测序读段 | NA | NA | single-cell RNA-seq | Smart-seq3 | Smart-seq3全长单细胞RNA测序协议 |
| 729 | 2025-10-05 |
An improved nuclei isolation protocol from leaf tissue for single-cell transcriptomics
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0302118
PMID:40929130
|
研究论文 | 本研究开发了一种从玉米叶片组织中分离细胞核的改进方案，用于单细胞转录组学研究 | 利用叶绿体自发荧光特性在FACS步骤中有效去除叶绿体污染，提高了测序reads与基因组和转录组的比对效率 | 该方法主要针对高叶绿体含量的植物叶片组织，在其他组织类型中的适用性需要进一步验证 | 开发适用于高叶绿体含量植物组织的单细胞核RNA测序样品制备方法 | 玉米叶片组织 | 植物生物学 | NA | 单细胞核RNA测序，荧光激活细胞分选 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 730 | 2025-10-05 |
SpaIM: Single-cell Spatial Transcriptomics Imputation via Style Transfer
2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.24.634756
PMID:39975319
|
研究论文 | 提出一种通过风格迁移学习利用单细胞RNA测序数据增强空间转录组数据的新方法 | 首创将风格迁移学习应用于空间转录组数据插补，通过分离数据无关内容和数据特定风格实现跨技术数据整合 | 未明确说明方法对特定组织类型或技术平台的适用性限制 | 解决空间转录组技术中基因信号稀疏和检测能力有限的问题 | 空间转录组数据和单细胞RNA测序数据 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组技术 | 风格迁移学习模型 | 基因表达数据 | 53个不同的空间转录组数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 涵盖测序基和成像基空间技术 |
| 731 | 2025-10-05 |
Isotope Encoded Spatial Biology Identifies Amyloid Plaque-Age-Dependent Structural Maturation, Synaptic Loss, and Increased Toxicity
2025-Jan-22, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5829037/v1
PMID:39975899
|
研究论文 | 本研究通过同位素编码空间生物学技术追踪阿尔茨海默病中淀粉样斑块的形成与成熟过程 | 首次结合质谱成像与稳定同位素标记技术对淀粉样斑块进行时间标记，实现斑块老化的空间追踪 | 研究基于Aβ敲入小鼠模型，结果向人类疾病的转化需进一步验证 | 阐明阿尔茨海默病中Aβ斑块形成与成熟导致神经毒性的机制 | Aβ敲入小鼠模型中的淀粉样斑块 | 空间生物学 | 阿尔茨海默病 | 质谱成像、稳定同位素标记、空间转录组学、高光谱共聚焦显微镜 | NA | 质谱成像数据、空间转录组数据、显微镜图像 | 10至18月龄小鼠脑切片 | NA | 空间转录组学、质谱成像 | NA | NA |
| 732 | 2025-10-05 |
Rethinking large scale phylogenomics with EukPhylo v1.0, a flexible toolkit to enable phylogeny-informed data curation and analyses of diverse eukaryotic lineages
2025-Jan-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.19.607962
PMID:39416055
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研究论文 | 介绍EukPhylo v1.0工具包，用于真核生物系统发育基因组学数据管理和分析 | 开发了模块化、用户友好的流程，通过系统发育信息指导的污染去除和改进的同源基因家族估计方法 | 未明确说明样本来源限制或特定技术局限性 | 解决真核生物系统发育基因组学分析中的数据污染和可重复性问题 | 真核生物、细菌和古菌的多样化谱系 | 生物信息学 | NA | 系统发育基因组学、单细胞测序、同源基因家族分析 | NA | 基因组序列数据、多序列比对、基因树 | 1,000种真核生物、细菌和古菌物种，分析500个保守基因家族 | NA | 单细胞测序、基因组学分析 | NA | NA |
| 733 | 2025-10-05 |
TrimNN: Characterizing cellular community motifs for studying multicellular topological organization in complex tissues
2025-Jan-17, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5584635/v1
PMID:39877090
|
研究论文 | 提出TrimNN方法用于识别空间转录组和蛋白质组数据中的细胞群落基序，研究复杂组织中多细胞拓扑结构 | 采用自下而上的图神经网络方法识别保守的细胞组织模式，将细胞生态位区分为可计数的拓扑块，具有可解释性和通用性 | NA | 研究不同细胞类型在组织空间模式中的拓扑协调规则 | 复杂组织中的细胞空间排列 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，空间蛋白质组学 | 图神经网络 | 空间组学数据 | NA | NA | 空间转录组学，空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 734 | 2025-10-05 |
GraphVelo allows for accurate inference of multimodal omics velocities and molecular mechanisms for single cells
2025-Jan-15, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5613372/v1
PMID:39877092
|
研究论文 | 提出基于图的机器学习方法GraphVelo，用于从单细胞高通量数据中准确推断多组学速度和分子机制 | 利用现有方法推断的RNA速度作为输入，在单细胞数据形成的低维流形切空间中推断速度向量，保留向量大小和方向信息 | 需要依赖现有RNA速度推断方法的结果作为输入 | 扩展RNA速度分析方法到多模态数据，揭示基因、病毒与宿主细胞以及不同基因调控层之间的定量非线性调控关系 | 单细胞多组学数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序，多组学分析 | 图神经网络 | 单细胞多模态组学数据 | 多个合成和实验scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq，多组学 | NA | NA |
| 735 | 2025-10-05 |
Prognostic model construction and immune microenvironment analysis of pyroptosis-related genes in hepatocellular carcinoma based on single-cell RNA sequencing
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1595539
PMID:40918134
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研究论文 | 基于单细胞RNA测序构建肝细胞癌焦亡相关基因的预后模型并分析免疫微环境 | 首次在单细胞分辨率下系统研究焦亡相关基因在肝细胞癌中的预后意义，并构建了结合肿瘤分期和焦亡特征的临床预测工具 | 样本量相对有限，需要更多独立队列验证模型的普适性 | 构建肝细胞癌焦亡相关基因的预后模型并分析其与免疫微环境的关系 | 肝细胞癌患者肿瘤组织和配对癌旁组织 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序，RT-PCR，免疫组化分析 | LASSO-Cox回归模型 | 单细胞RNA测序数据，临床数据 | 10例HCC肿瘤及配对癌旁组织（60,496个细胞），TCGA-LIHC队列365例，ICGC队列231例 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 736 | 2025-10-05 |
STmiR: A Novel XGBoost-based framework for spatially resolved miRNA activity prediction in cancer transcriptomics
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0322082
PMID:40924781
|
研究论文 | 开发了一种基于XGBoost的空间miRNA活性预测框架STmiR，用于分析癌症转录组中的miRNA空间动态 | 首次将XGBoost模型应用于空间转录组数据中的miRNA活性预测，整合bulk RNA-seq和空间转录组数据建模非线性miRNA-mRNA相互作用 | 依赖于现有空间转录组技术的限制，可能无法完全捕捉miRNA的复杂空间动态 | 开发空间分辨的miRNA活性预测方法以解析癌症中miRNA介导的调控机制 | 多种癌症类型（乳腺癌、肺癌、卵巢癌、前列腺癌等）的肿瘤微环境 | 空间转录组学 | 癌症 | 空间转录组学，bulk RNA-seq | XGBoost | 转录组数据，空间表达数据 | 九种癌症的10X Visium ST数据集，涵盖四种主要癌症类型 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10X Visium | 10X Visium空间转录组平台 |
| 737 | 2025-10-05 |
Updates on Parkinson's Disease
2025, Neuropsychiatric disease and treatment
IF:2.5Q2
DOI:10.2147/NDT.S540718
PMID:40926796
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综述 | 本文综述了帕金森病的最新研究进展，包括发病机制、诊断方法和治疗策略 | 整合α-突触核蛋白种子扩增检测与多模态神经影像技术实现92%的前驱期诊断准确率；开发闭环深部脑刺激系统实现63%的优效症状控制；利用单细胞空间转录组学识别多巴胺能神经元脆弱特征 | 生物标志物在不同种族队列中存在30%的α-突触核蛋白阈值变异性；非运动症状管理仍是当前挑战 | 推动帕金森病从对症治疗向精准靶向干预的转变 | 帕金森病患者及疾病机制 | 神经科学 | 帕金森病 | 单细胞空间转录组学，数字表型分析，神经影像技术 | NA | 生物分子数据，影像数据，临床数据 | NA | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 738 | 2025-10-05 |
Identification of Potential Targets for EGFR-Regulated Nucleus Pulposus Degeneration Using Single-Cell RNA Sequencing and Machine Learning
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S530776
PMID:40927356
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法识别了EGFR调控椎间盘髓核细胞退变的关键下游靶点 | 首次结合单细胞RNA测序和多种机器学习算法识别EGFR在髓核细胞退变中的下游调控靶点JAK1 | 样本量有限，仅包含6个严重椎间盘退变样本 | 识别EGFR在髓核细胞退变过程中的关键下游调控分子 | 椎间盘髓核细胞 | 机器学习 | 椎间盘退变 | 单细胞RNA测序，基因集富集分析，加权基因共表达网络分析 | Lasso，XGBoost，随机森林 | 单细胞RNA测序数据 | 6个严重椎间盘退变样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 739 | 2025-10-05 |
Integrated Single-Cell and Transcriptome Analysis with Experimental Validation Reveals PANoptosis-Related Gene Signatures in the Immune Microenvironment of Autoimmune Thyroiditis
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S525270
PMID:40927355
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研究论文 | 通过整合单细胞和转录组分析结合实验验证，揭示自身免疫性甲状腺炎免疫微环境中PANoptosis相关基因特征 | 首次在自身免疫性甲状腺炎中研究PANoptosis的作用，识别了5个关键PANoptosis相关基因并验证其诊断价值 | 研究样本量有限，需要更大规模验证 | 阐明PANoptosis基因与自身免疫性甲状腺炎免疫微环境的关系 | 自身免疫性甲状腺炎患者和动物模型 | 生物信息学 | 自身免疫性甲状腺炎 | scRNA-seq, bulk RNA-seq, RT-qPCR, 免疫组织化学染色, ELISA | WGCNA, ssGSEA | 基因表达数据, 单细胞数据 | 公共数据库中的AIT数据及临床样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 740 | 2025-10-05 |
PRMT1-Mediated PARP1 Methylation Drives Lung Metastasis and Chemoresistance via P65 Activation in Triple-Negative Breast Cancer
2025, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.0854
PMID:40927753
|
研究论文 | 本研究揭示PRMT1通过甲基化PARP1激活P65，驱动三阴性乳腺癌肺转移和化疗耐药的新机制 | 首次发现PRMT1通过甲基化PARP1调控NF-κB信号通路，增强肿瘤细胞干性并诱导肿瘤微环境免疫抑制 | PRMT1在肺转移和化疗耐药中的具体作用机制仍需进一步验证 | 探究PRMT1在三阴性乳腺癌肺转移和化疗耐药中的作用机制 | 三阴性乳腺癌细胞 | 癌症生物学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 生物信息学分析, 质谱分析, 免疫共沉淀, ELISA | NA | 基因表达数据, 蛋白质相互作用数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |