单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
681	2025-05-01	Single-cell RNA sequencing identifies CXADR as a fate determinant of the placental exchange surface 2025-01-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55597-w PMID:39747179	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究小鼠滋养层干细胞在分化早期阶段的命运决定因子CXADR，揭示其在小鼠胎盘迷路两层合胞体分化动态中的调控作用	首次发现CXADR作为胎盘交换表面命运决定因子，揭示了滋养层干细胞分化过程中未被怀疑的细胞谱系多样化轨迹和调控因子	研究仅基于小鼠模型，人类胎盘中的相关机制仍需进一步验证	解析滋养层细胞谱系分化的分子机制，为理解人类妊娠健康与疾病提供依据	小鼠滋养层干细胞	单细胞基因组学	妊娠并发症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	未明确说明数量的小鼠滋养层干细胞样本
682	2025-05-01	Orthologous marker groups reveal broad cell identity conservation across plant single-cell transcriptomes 2025-01-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55755-0 PMID:39747890	research paper	提出了一种名为Orthologous Marker Gene Groups (OMGs)的新计算方法，用于识别植物单细胞转录组中的细胞类型，并促进跨物种细胞类型的快速比较	开发了OMGs方法，无需跨物种数据整合即可准确确定物种间细胞相似性，并推出了用户友好的OMG浏览器工具	依赖于已发表的单细胞数据，可能受限于数据质量和注释的准确性	提高植物单细胞RNA测序中细胞类型识别的准确性并研究细胞类型的保守性	植物单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	15种不同植物物种的100万个细胞，268个细胞簇
683	2025-05-01	Physiological premature aging of ovarian blood vessels leads to decline in fertility in middle-aged mice 2025-01-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55509-y PMID:39747922	研究论文	该研究通过全器官成像和单细胞测序技术，揭示了中年小鼠卵巢血管过早老化导致生育能力下降的机制	首次发现卵巢血管内皮细胞老化是导致卵巢血管密度下降的主要原因，而非VEGFA不足，并验证了红景天苷对改善卵巢血管功能和生育能力的潜在治疗作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究中年女性生育能力下降的机制并寻找潜在干预策略	中年雌性小鼠的卵巢血管系统	生殖生物学	生殖衰老	全器官成像、单细胞测序、基因修饰小鼠模型	NA	图像数据、单细胞测序数据	未明确说明数量的小鼠样本
684	2025-05-01	Dissecting tumor transcriptional heterogeneity from single-cell RNA-seq data by generalized binary covariance decomposition 2025-Jan, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01997-z PMID:39747597	research paper	该研究提出了一种名为广义二元协方差分解（GBCD）的统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中解析肿瘤转录异质性	GBCD方法能够将转录异质性分解为可解释的组分，包括患者特异性、数据集特异性以及与疾病亚型相关的共享组分，且在存在强烈肿瘤间异质性的情况下，比现有方法产生更可解释的结果	NA	解析肿瘤转录异质性，识别与癌症进展相关的转录变异模式	胰腺导管腺癌的单细胞RNA测序数据	生物信息学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	广义二元协方差分解（GBCD）	单细胞RNA测序数据	NA
685	2025-05-01	Decoding the role of SLC25A5 in osteosarcoma drug resistance and CD8+ T cell exhaustion: The therapeutic potential of phyllanthin 2025-Jan, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2024.156291 PMID:39752785	research paper	该研究通过单细胞RNA测序数据集全面分析肿瘤免疫微环境（TIME），探讨SLC25A5在骨肉瘤耐药性和CD8+ T细胞耗竭中的作用，并评估phyllanthin的治疗潜力	首次揭示了SLC25A5在骨肉瘤中的致病作用及其通过改变TIME和促进CD8+ T细胞耗竭影响化疗敏感性的机制，并提出phyllanthin作为新型治疗剂	研究主要基于单细胞RNA测序数据和体外实验，缺乏体内实验验证	探究骨肉瘤的发病机制及耐药性，寻找新的治疗策略	骨肉瘤细胞及其肿瘤免疫微环境	digital pathology	osteosarcoma	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	多个单细胞RNA测序数据集
686	2025-05-01	Blood DNA virome associates with autoimmune diseases and COVID-19 2025-Jan, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-02022-z PMID:39753770	研究论文	该研究通过分析日本人群的全基因组测序数据，探讨了血液DNA病毒组与自身免疫疾病及COVID-19的关联	首次在人群规模上系统量化了血液DNA病毒组的两个成分（内源性HHV-6和anellovirus），并揭示了它们与自身免疫疾病及COVID-19的关联	研究主要基于日本人群，结果在其他人群中的普适性有待验证	探索人类病毒组与自身免疫及感染性疾病的关系	6,321名日本个体，包括自身免疫疾病患者（银屑病、类风湿性关节炎、系统性红斑狼疮等）、COVID-19患者及健康对照	基因组学	自身免疫疾病, COVID-19	全基因组测序, 长读长测序, 单细胞RNA测序	GWAS	基因组数据	6,321名日本个体
687	2025-05-01	Linking tumor immune infiltration to enhanced longevity in recurrence-free breast cancer 2025-Jan, ESMO open IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.esmoop.2024.104109 PMID:39765189	研究论文	本研究探讨了B细胞/免疫球蛋白(IGG)特征与乳腺癌患者死亡率风险的关系，发现高IGG特征表达与死亡风险显著降低相关	揭示了IGG特征与乳腺癌患者长期生存的显著关联，特别是在无复发情况下，并识别出与B细胞和T细胞克隆性相关的关键基因子集	研究主要基于回顾性数据分析，需要前瞻性研究验证	探索肿瘤免疫浸润与乳腺癌患者长期生存的关系	9638名乳腺癌患者	肿瘤免疫学	乳腺癌	空间GeoMx分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	9638名乳腺癌患者(来自三个数据集)
688	2025-05-01	Intercellular Communication Network of CellChat Uncovers Mechanisms of Kidney Fibrosis Based on Single-Cell RNA Sequencing 2025, Kidney & blood pressure research IF:2.3Q2 DOI:10.1159/000545209 PMID:40112793	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析细胞间通讯网络，探讨了Empagliflozin在非糖尿病慢性肾病模型中减缓肾纤维化的潜在机制	利用单细胞RNA测序技术揭示Empagliflozin通过调节TGF-β信号通路和MIF途径中的细胞间通讯，减少M2巨噬细胞数量，从而减缓肾纤维化的新机制	研究仅基于大鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究Empagliflozin在非糖尿病慢性肾病中减缓肾纤维化的作用机制	5/6肾切除大鼠模型	数字病理学	慢性肾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	三组大鼠：假手术组、5/6肾切除安慰剂组和5/6肾切除Empagliflozin治疗组
689	2025-05-01	Multi-omics Analysis of Histone-related Genes in Osteosarcoma: A Multidimensional Integrated Study Revealing Drug Sensitivity and Immune Microenvironment Characteristics 2025 Jan-Dec, Technology in cancer research & treatment IF:2.7Q3 DOI:10.1177/15330338251336275 PMID:40241525	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序数据和大规模临床信息，系统分析了骨肉瘤中组蛋白修饰的空间异质性及其临床意义	首次系统揭示了骨肉瘤中组蛋白修饰的空间异质性及其临床意义，提出了'表观遗传-免疫'调控网络假说，并开发了基于组蛋白修饰的预后模型	NA	探索骨肉瘤中组蛋白修饰的空间异质性及其临床意义，开发预后模型并提出精准治疗策略	骨肉瘤微环境中的细胞类型及其组蛋白修饰特征	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	LASSO Cox回归	RNA测序数据、临床信息	NA
690	2025-05-01	A novel Wnt/β-catenin signaling gene signature for progression and metastasis of gastric cancer 2025, Oncology research IF:2.0Q3 DOI:10.32604/or.2024.054366 PMID:40296906	研究论文	本研究通过分析Wnt/β-catenin信号通路相关基因，开发了一个用于预测胃癌进展和转移的五基因特征	发现AEBP1和TCF3在细胞核内的协同作用可增强Wnt信号通路相关基因的表达，促进胃癌的侵袭、迁移和恶性转移	研究未涉及大规模临床验证，且基因特征的普适性有待进一步验证	开发预测胃癌预后的基因特征并探索其分子机制	胃癌细胞及相关基因	癌症研究	胃癌	LASSO回归、单细胞RNA测序、双荧光素酶报告基因检测	基因特征模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
691	2025-05-01	Ginkgo biloba extract EGb 761® ameliorates cognitive impairment and alleviates TNFα response in 5xFAD Alzheimer's disease model mice 2025-Jan, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2024.156327 PMID:39778487	research paper	研究银杏叶提取物EGb 761®在5xFAD阿尔茨海默病模型小鼠中改善认知障碍和减轻TNFα反应的药理作用	揭示了EGb 761®通过多模式活性改善认知缺陷，包括性别特异性和非性别特异性机制，特别是对疾病相关小胶质细胞阶段2（DAM2）的影响	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探究EGb 761®在阿尔茨海默病中的药理作用及其分子机制	5xFAD阿尔茨海默病模型小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	5xFAD小鼠模型	基因表达数据、行为测试数据	8周大的5xFAD和野生型小鼠
692	2025-05-01	Computational Approaches in Spatial Transcriptomics for the Study of Mammalian Spermatogenesis 2025, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-3-031-82990-1_8 PMID:40301257	review	本文综述了用于研究哺乳动物精子发生的空间转录组学计算方法	介绍了空间转录组学技术如何将男性生育研究从单细胞水平扩展到二维空间坐标系统，并探讨了新的计算方法以提取生物学见解	NA	研究哺乳动物精子发生的转录动态及其在原生组织环境中的基因表达模式	啮齿动物和人类睾丸中的精子发生过程	computational biology	male infertility	spatial transcriptomics (ST), single-cell RNA sequencing	NA	spatial gene expression data	NA
693	2025-04-29	Enhancer RNA in cancer: identification, expression, resources, relationship with immunity, drugs, and prognosis 2025-Jan-15, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elaf007 PMID:40285345	综述	本文综述了增强子RNA（eRNA）在癌症中的识别、表达、资源、与免疫、药物及预后的关系	强调了eRNA在免疫细胞互作和肿瘤微环境重编程中的关键作用，以及其作为免疫治疗反应和化疗耐药性监测的预测生物标志物的潜力	未提及具体实验数据或样本量的限制	探讨eRNA在癌症生物学中的调控作用及其在精准肿瘤学中的潜在应用	增强子RNA（eRNA）及其在癌症中的功能	癌症生物学	多种恶性肿瘤	RNA-seq、单细胞转录组学、表观基因组整合方法	NA	RNA序列数据、表观遗传数据	NA
694	2025-04-29	The Potential Biological Roles and Clinical Significance of Anaphase-Promoting Complex Subunit 1 in Colorectal Cancer 2025 Jan-Dec, Cancer control : journal of the Moffitt Cancer Center IF:2.5Q3 DOI:10.1177/10732748251330059 PMID:40229946	research paper	该研究全面评估了ANAPC1在结直肠癌中的异常表达模式及其生物学行为和临床意义	首次整合大量mRNA表达数据、单细胞RNA测序和免疫组化数据，全面评估ANAPC1在结直肠癌中的作用	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探讨ANAPC1在结直肠癌中的生物学角色和临床意义	结直肠癌组织和细胞	肿瘤生物学	结直肠癌	scRNA-seq, RT-PCR, WB, CCK-8, 伤口愈合实验, 细胞周期分析, 凋亡实验	NA	mRNA表达数据, 单细胞RNA测序数据, 免疫组化数据	2329例mRNA表达数据, 416例组织样本
695	2025-04-29	scRSSL: Residual semi-supervised learning with deep generative models to automatically identify cell types 2025 Jan-Dec, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.12107 PMID:40261690	研究论文	提出了一种基于半监督学习的深度残差生成模型（scRSSL），用于自动识别单细胞转录组数据中的细胞类型	创新性地将残差网络引入半监督生成模型，解决了单细胞数据样本不平衡的问题	未提及具体局限性	解决单细胞转录组数据分析中细胞类型识别的挑战	单细胞转录组数据	数字病理	NA	scRNA-seq	深度残差生成模型（scRSSL）	单细胞转录组数据	未提及具体样本数量
696	2025-04-29	Macrophages and cardiac lesion in zebrafish: what can single-cell RNA sequencing reveal? 2025, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2025.1570582 PMID:40290186	review	本文综述了单细胞RNA测序在斑马鱼心脏损伤后巨噬细胞研究中的应用	利用单细胞RNA测序技术揭示斑马鱼心脏损伤后巨噬细胞的表型可塑性及其在再生过程中的作用	需要更多关于损伤后更长时间点的基因表达研究以理解胶原瘢痕吸收的动态	探讨斑马鱼心脏损伤后巨噬细胞的表型变化及其在心脏再生中的作用	斑马鱼心脏损伤后的巨噬细胞	digital pathology	cardiovascular disease	scRNAseq	NA	RNA sequencing data	斑马鱼心脏损伤后1至14天的巨噬细胞样本
697	2025-04-29	Integrating multi-omics and experimental techniques to decode ubiquitinated protein modifications in hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1545472 PMID:40290433	研究论文	本研究通过整合多组学数据和实验技术，系统探索了泛素化在肝细胞癌（HCC）肿瘤微环境（TME）中的作用及其对癌症进展和免疫调节的影响	揭示了泛素化在HCC中的多面性调控作用，特别是UBE2C基因在免疫逃逸和肿瘤进展中的关键作用，并提出了UBE2C作为HCC潜在预后生物标志物和治疗靶点的新方向	研究主要基于公共数据集和体外实验，缺乏体内实验验证和更大规模的临床样本验证	系统探索泛素化在HCC肿瘤微环境中的作用及其对癌症进展和免疫调节的影响	肝细胞癌（HCC）及其肿瘤微环境中的各种细胞类型（浆细胞、成纤维细胞、内皮细胞和上皮-间质转化细胞）	生物信息学	肝细胞癌	多组学数据分析、空间转录组学、体外实验（transwell、CCK8、伤口愈合实验）	NA	多组学数据、转录组数据、实验数据	多个公共HCC数据集
698	2025-04-29	Identification and Experimental Validation of PANoptosis-Related Genes in Idiopathic Pulmonary Fibrosis by Bioinformatics Analysis 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S505229 PMID:40291456	research paper	通过生物信息学分析识别和实验验证与特发性肺纤维化（IPF）中PANoptosis相关的基因	建立了包含IGF1、GPX3、GADD45β、SMAD7和TIMP3的五基因PANoptosis相关特征，并验证了其诊断性能	需要进一步研究这些基因在IPF发病机制中的生物学功能和机制	识别与IPF中PANoptosis相关的差异表达基因（DEGs）并解释其免疫景观和细胞分布特征	特发性肺纤维化（IPF）	生物信息学	特发性肺纤维化	生物信息学分析、单细胞RNA测序	机器学习算法	基因表达数据	两个IPF数据集和一个额外的GEO数据集，以及博来霉素诱导的肺纤维化模型
699	2025-04-29	Dynamic changes in lactate-related genes in microglia and their role in immune cell interactions after ischemic stroke 2025, Open medicine (Warsaw, Poland) DOI:10.1515/med-2025-1178 PMID:40292254	研究论文	本研究旨在阐明缺血性卒中后小胶质细胞中乳酸相关基因的动态变化及其与免疫细胞的关联	首次系统性地研究了缺血性卒中后小胶质细胞中乳酸相关基因的动态变化及其与免疫细胞的相互作用	研究主要基于公开数据集，缺乏实验验证	探索缺血性卒中后乳酸相关基因在小胶质细胞中的表达变化及其功能	小胶质细胞和免疫细胞	生物信息学	缺血性卒中	bulk-sequencing, scRNA-seq, t-SNE, CIBERSORT	NA	基因表达数据	多个公开数据集（GSE30655、GSE35338、GSE174574、GSE225948）
700	2025-04-27	Fibroblastic reticular cells generate protective intratumoral T cell environments in lung cancer 2025-Jan-23, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.10.042 PMID:39566495	研究论文	本研究揭示了在人类非小细胞肺癌中，表达CCL19的纤维网状细胞（FRCs）如何生成相互连接的T细胞环境（TEs），并探讨了这些环境对肿瘤浸润T细胞的影响	首次展示了FRCs在肿瘤微环境中如何通过特定的分子网络调控T细胞激活途径，并证实了FRCs在肿瘤免疫治疗中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和人类非小细胞肺癌样本，可能不适用于其他类型的癌症	探讨肿瘤微环境中纤维网状细胞（FRCs）对T细胞活性和抗肿瘤免疫的影响	人类非小细胞肺癌和小鼠模型中的纤维网状细胞（FRCs）及T细胞	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞转录组学、细胞命运图谱分析	NA	转录组数据、免疫组织化学数据	人类非小细胞肺癌样本和小鼠模型