单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
641	2025-05-21	Single-Cell RNA Sequencing on Formalin-Fixed and Paraffin-Embedded (FFPE) Tissue Identified Multi-Ciliary Cells in Breast Cancer 2025-01-29, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14030197 PMID:39936988	研究论文	评估福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本和新鲜固定（FF）样本在单细胞RNA测序（scRNAseq）中的适用性	首次在乳腺癌中鉴定并验证了多纤毛肿瘤细胞（MCCs）这一先前认知不足的亚群	仅分析了两种乳腺癌亚型（IDC和ILC）的四个样本，样本量有限	评估FFPE和FF样本在scRNAseq中的适用性，并探索乳腺癌细胞亚群	乳腺癌组织样本（包括IDC和ILC）	数字病理学	乳腺癌	scRNAseq, IHC, FISH, 电子显微镜	NA	RNA测序数据, 图像数据	4个乳腺癌样本（2种亚型）用于主要分析，214个ER阳性浸润性癌用于FOXJ1验证
642	2025-05-21	Smooth Muscle Cells and Fibroblasts in the Proximal Thoracic Aorta Exhibit Minor Differences Between Embryonic Origins in Angiotensin II-driven Transcriptional Alterations 2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.23.610985 PMID:39896657	研究论文	研究探讨了血管紧张素II（AngII）对近端胸主动脉中平滑肌细胞和成纤维细胞的转录组影响，并比较了不同胚胎起源细胞的差异	揭示了AngII诱导的转录组变化在不同胚胎起源的平滑肌细胞和成纤维细胞中的差异，并发现了一个新的成纤维细胞亚群	研究仅关注了AngII诱导的胸主动脉病变的病理前期阶段，未涉及更长期的病理变化	探究AngII对不同胚胎起源的平滑肌细胞和成纤维细胞转录组的影响	近端胸主动脉中的平滑肌细胞和成纤维细胞	心血管疾病	胸主动脉病变	单细胞RNA测序	Mef2c-Cre R26R mT/mG小鼠模型	转录组数据	未明确提及具体样本数量，但使用了Mef2c-Cre R26R mT/mG小鼠
643	2025-05-21	A panoramic view of cell population dynamics in mammalian aging 2025-Jan-17, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adn3949 PMID:39607904	研究论文	本文通过单细胞转录组图谱PanSci，揭示了哺乳动物衰老过程中细胞群体动力学的全景视图	提出了PanSci单细胞转录组图谱，分析了超过2000万细胞，揭示了3000多种细胞状态和200多个与衰老相关的细胞群体，发现了器官、谱系和性别特异性的细胞动力学变化	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类衰老过程	阐明衰老相关的细胞群体动力学	小鼠组织中的细胞群体	单细胞组学	衰老相关疾病	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	超过2000万细胞，来自623个小鼠组织样本
644	2025-05-21	Cholecystokinin (CCK) Is a Mediator Between Nutritional Intake and Gonadal Development in Teleosts 2025-01-08, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14020078 PMID:39851506	research paper	该研究探讨了胆囊收缩素（CCK）在鱼类营养摄入与性腺发育之间的中介作用	首次发现CCK通过下丘脑-垂体-性腺（HPG）轴调控鱼类繁殖，并揭示了CCK对GnRH3和FSH的刺激作用	研究主要基于草鱼模型，结果在其他鱼类中的普适性尚需验证	阐明营养摄入影响性腺发育的分子机制	草鱼的下丘脑-垂体-性腺轴	NA	NA	单细胞RNA测序、原代细胞培养	NA	基因表达数据	NA
645	2025-05-21	Comprehensive Analysis Identifies THEMIS2 as a Potential Prognostic and Immunological Biomarker in Glioblastoma 2025-01-07, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14020066 PMID:39851494	research paper	该研究首次将THEMIS2鉴定为胶质母细胞瘤中肿瘤相关巨噬细胞介导的免疫抑制的关键调控因子	首次发现THEMIS2在胶质母细胞瘤免疫抑制中的关键作用，并证实其与患者预后不良和免疫细胞浸润增加相关	未提及研究样本量大小，且需要进一步实验验证THEMIS2作为治疗靶点的可行性	探索胶质母细胞瘤免疫逃逸机制并寻找新的预后标志物和治疗靶点	胶质母细胞瘤患者样本和肿瘤微环境中的免疫细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
646	2025-05-21	Skeletal stem/progenitor cell-derived rather than osteoblast-derived IGF2 supports the development and homeostasis of skeletal system via STAT3 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.112605 PMID:40384861	research paper	该研究揭示了骨骼干细胞/祖细胞（SSPCs）而非成骨细胞来源的IGF2通过STAT3信号支持骨骼系统的发育和稳态	首次明确了SSPCs来源的IGF2在骨骼发育中的作用机制，并发现STAT3的药理激活可逆转骨骼畸形	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床中验证	探究IGF2基因在骨骼发育和稳态中的作用机制	小鼠模型和骨髓间充质干细胞（BMSCs）	分子生物学	骨骼畸形（Silver-Russell Syndrome）	scRNA-seq, RNA-seq	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	多种基因敲除小鼠模型及其BMSCs
647	2025-05-21	Single-cell RNA sequencing of adult primate neocortex reveals the regulatory dynamics of neural plasticity 2025, American journal of translational research IF:1.7Q4 DOI:10.62347/ZEOR5569 PMID:40385068	研究论文	通过单细胞RNA测序研究成年灵长类动物新皮质的基因表达动态，揭示神经可塑性的分子基础	揭示了SST+和PVALB+神经元的不同谱系及与神经可塑性和轴突生长相关的关键基因	研究仅关注了视觉皮层中的抑制性神经元，可能无法全面反映整个新皮质的基因表达动态	研究成年灵长类动物新皮质的基因表达动态及其分子机制	成年食蟹猴的初级视觉皮层（V1）中的抑制性神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA velocity、scVelo算法	NA	单细胞转录组数据	食蟹猴的初级视觉皮层（V1）中的抑制性神经元
648	2025-05-21	Intra-tumoural RAMP1+ B cells promote resistance to neoadjuvant anti-PD-1-based therapy in oesophageal squamous cell carcinoma 2025, Immunotherapy advances IF:4.1Q2 DOI:10.1093/immadv/ltaf012 PMID:40385640	研究论文	本研究探讨了食管鳞状细胞癌(ESCC)中B细胞亚群及其上游信号在免疫治疗抵抗中的作用	发现了一种新型的RAMP1阳性B细胞亚群，该细胞群在免疫治疗抵抗的ESCC中积累，并通过CGRP-RAMP轴介导免疫抑制	研究主要基于体外实验，需要进一步的体内实验验证	探究ESCC对免疫治疗产生抵抗的机制	食管鳞状细胞癌患者样本	肿瘤免疫学	食管癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	具有不同免疫治疗反应的ESCC标本
649	2025-05-21	Targeting Tumor Differentiation Grade-related Genes Prognostic Signature Including COL5A1 Based on Single-cell RNA-seq in Gastric Cancer 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.107509 PMID:40386054	research paper	该研究基于单细胞RNA测序技术，在胃癌中鉴定了一个新的肿瘤分化等级相关基因预后标志物，并提供了新的生物标志物	首次在胃癌中基于单细胞RNA测序数据构建肿瘤分化等级相关基因预后标志物，并发现COL5A1作为潜在生物标志物	研究样本量未明确说明，且仅基于GEO数据库的公开数据	探索胃癌中肿瘤分化等级相关基因的预后价值并建立预后标志物	胃癌组织和相关基因	digital pathology	gastric cancer	scRNA-seq, WGCNA, H&E染色	Cox回归模型	RNA-seq数据	NA
650	2025-05-21	IL7-IL7R Interaction Mediates Fibroblast-Driven Macrophage-to-Osteoclast Differentiation in Periodontitis 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S524284 PMID:40386183	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和实验验证，揭示了IL7R+巨噬细胞在牙周炎中作为破骨细胞前体的作用及其调控机制	首次发现IL7R+巨噬细胞亚群具有显著的破骨细胞分化潜能，并阐明IL7/IL7R信号轴在其中的关键作用	NA	鉴定牙周炎中具有破骨细胞生成潜能的巨噬细胞亚群及其调控机制	人类和小鼠牙周炎样本中的巨噬细胞和单核细胞	免疫学	牙周炎	单细胞RNA测序、酶联免疫吸附试验、TRAP染色、micro-CT、qPCR、流式细胞术、免疫荧光染色	机器学习模型	单细胞RNA测序数据	NA
651	2025-05-21	Single-Cell and Spatial Transcriptomics Explore Purine Metabolism-Related Prognostic Risk Model and Tumor Immune Microenvironment Modulation in Ovarian Cancer 2025, Human mutation IF:3.3Q2 DOI:10.1155/humu/5530325 PMID:40386292	研究论文	本研究利用单细胞和空间转录组学探索嘌呤代谢相关的预后风险模型及卵巢癌肿瘤免疫微环境调控	首次构建基于12个嘌呤代谢相关基因的预后模型，并发现NME6+上皮细胞高表达组与更好的预后相关	研究依赖于公共数据集，缺乏独立队列验证	探索嘌呤代谢在卵巢癌预后及免疫微环境调控中的作用	卵巢癌患者样本及细胞系	数字病理学	卵巢癌	单细胞测序，空间转录组学，RT-qPCR	LASSO回归模型	基因表达数据	来自不同公共数据集的样本，具体数量未明确说明
652	2025-05-20	Exploring the comorbidity mechanisms between atherosclerosis and hashimoto's thyroiditis based on microarray and single-cell sequencing analysis 2025-01-13, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85112-0 PMID:39805933	研究论文	通过微阵列和单细胞测序分析探索动脉粥样硬化与桥本甲状腺炎之间的共病机制	首次通过整合微阵列和单细胞测序数据，识别了PTPRC和TYROBP作为动脉粥样硬化与桥本甲状腺炎共病的关键潜在生物标志物和治疗靶点	研究依赖于公开数据集，缺乏实验验证，且样本量有限	探索动脉粥样硬化与桥本甲状腺炎之间的共病机制	动脉粥样硬化与桥本甲状腺炎患者基因表达数据	生物信息学	动脉粥样硬化, 桥本甲状腺炎	微阵列, 单细胞测序, WGCNA, CIBERSORT	Limma, cytoHubba	基因表达数据	来自GEO数据库的多个数据集
653	2025-05-19	Infants display reduced NK cell responses in RSV and increased inflammatory responses in SARS-CoV-2 infections 2025-Jan-13, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5640872/v1 PMID:39877087	研究论文	该研究通过单细胞转录组学、表观基因组学和细胞因子分析，比较了婴儿在RSV和SARS-CoV-2感染中的免疫反应差异	揭示了RSV和SARS-CoV-2感染在婴儿中引发的不同免疫反应模式，特别是NK细胞反应和炎症反应的差异	样本量相对较小（RSV 19例，SARS-CoV-2 30例，健康对照17例），且仅分析了血液样本	比较婴儿在RSV和SARS-CoV-2感染中的免疫反应差异	婴儿（中位年龄2.3个月）的血液样本	免疫学	呼吸道感染	单细胞转录组学、表观基因组学、细胞因子分析	NA	单细胞转录组数据、表观基因组数据、细胞因子数据	RSV感染19例，SARS-CoV-2感染30例，健康对照17例
654	2025-05-18	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Macrophage Dynamics During MASH in Leptin-Deficient Rats 2025-01-10, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14020096 PMID:39851524	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了瘦素缺陷大鼠在代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）过程中巨噬细胞的动态变化	首次在大鼠模型中详细描述了MASH期间肝巨噬细胞的动态变化，包括M1到M2的独特转变及Cd163的表达特征	研究仅基于瘦素缺陷大鼠模型，结果可能不适用于其他MASH模型或人类疾病	探究大鼠MASH模型中肝巨噬细胞的动态变化及其在疾病发展中的作用	瘦素缺陷大鼠的肝组织	数字病理学	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	16周龄瘦素缺陷大鼠的肝组织
655	2025-05-18	Immune Gene Expression Profiling in Individuals with Turner Syndrome, Graves' Disease, and a Healthy Female by Single-Cell RNA Sequencing: A Comparative Study 2025-01-10, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14020093 PMID:39851522	研究论文	通过单细胞RNA测序比较特纳综合征患者、健康女性和Graves病女性患者的免疫基因表达差异	首次使用scRNA-seq技术比较特纳综合征患者与健康女性及Graves病患者的免疫基因表达差异，并鉴定出43个差异表达基因	样本量较小，仅包括一名特纳综合征患者、一名健康女性和一名Graves病患者	分析特纳综合征患者与健康女性及Graves病患者之间免疫基因表达的差异	特纳综合征患者、健康女性和Graves病女性患者的抗原特异性CD4(+) T细胞	基因组学	特纳综合征, Graves病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	3名个体（1名特纳综合征患者、1名健康女性、1名Graves病患者）
656	2025-05-18	Temporal evolution of fibroblast responses following salivary gland ductal ligation injury 2025, Frontiers in dental medicine IF:1.5Q3 DOI:10.3389/fdmed.2025.1581376 PMID:40375832	research paper	研究唾液腺导管结扎损伤后成纤维细胞反应的时序演变	通过单细胞RNA测序和通路分析，识别了三种独特的成纤维细胞群，并确定了主要的损伤响应纤维化细胞类型	研究仅关注了7天内的反应，未涉及长期纤维化机制	理解成纤维细胞在损伤早期和后期的反应，以促进开发减少纤维化和促进腺体再生的治疗方法	唾液腺中的成纤维细胞	生物医学研究	Sjögren's Disease	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
657	2025-05-18	Integrative single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing reveals the characteristics of glutathione metabolism and protective role of GSTA4 gene in pancreatic cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1571431 PMID:40375987	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序和大块RNA测序数据，揭示了胰腺癌中谷胱甘肽代谢的特征以及GSTA4基因的保护作用	首次在胰腺癌中系统分析了谷胱甘肽代谢相关基因的预后意义，并实验验证了GSTA4基因的肿瘤抑制作用	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外实验	探究谷胱甘肽代谢相关基因在胰腺癌中的预后意义并识别关键分子靶点	胰腺癌组织和细胞	digital pathology	pancreatic cancer	single-cell RNA sequencing, bulk RNA sequencing	NA	RNA-seq data	930例胰腺癌患者样本
658	2025-05-18	Integrating single-cell sequencing and transcriptome analysis to unravel the mechanistic role of sialylation-related genes in sepsis-induced acute respiratory distress syndrome 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1528769 PMID:40375981	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和转录组分析，探讨了唾液酸化相关基因在脓毒症诱导的急性呼吸窘迫综合征（ARDS）中的机制作用	首次将单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据与转录组分析相结合，揭示了CD19和GPR65作为关键基因在脓毒症诱导的ARDS中的作用，并确定了CD14单核细胞（CD14Mono）为关键细胞类型	研究依赖于公开数据集和有限的临床样本，可能影响结果的普遍性	探讨唾液酸化相关基因在脓毒症诱导的ARDS中的分子机制	脓毒症诱导的急性呼吸窘迫综合征（ARDS）患者	生物信息学	急性呼吸窘迫综合征	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、机器学习	列线图模型（nomogram model）	基因表达数据	三个公开数据集（GSE32707、GSE66890、GSE151263）及临床样本
659	2025-05-18	Integrative multi-omics and Mendelian randomization analysis reveal SPP1+ tumor-associated macrophage-driven prognostic signature for hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1594610 PMID:40376263	研究论文	本研究通过整合多组学和孟德尔随机化分析，揭示了SPP1+肿瘤相关巨噬细胞驱动的肝细胞癌预后特征	首次构建了基于SPP1+ TAMs相关基因的风险评分模型(STRS)，用于预测肝细胞癌患者的总体生存率	研究结果需要进一步在更大规模的前瞻性队列中进行验证	探索SPP1+肿瘤相关巨噬细胞在肝细胞癌中的预后意义并构建预测模型	肝细胞癌患者	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、孟德尔随机化(MR)分析、LASSO回归	STRS风险评分模型	基因表达数据	TCGA和GEO数据库中的肝细胞癌患者队列
660	2025-05-18	Tumor-microenvironment and molecular biology of classic Hodgkin lymphoma in children, adolescents, and young adults 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1515250 PMID:40376590	综述	本文综述了儿童、青少年和年轻成人经典霍奇金淋巴瘤（cHL）的肿瘤微环境（TME）和分子生物学特性，强调了近期在cHL生物学理解、年龄差异和生物标志物开发方面的突破	利用单细胞测序和多路空间成像技术揭示了TME组成和功能的年龄相关差异，并开发了年龄特异性预后指标	NA	解析cHL的肿瘤微环境及其年龄相关差异，以促进生物标志物驱动的靶向治疗开发	儿童、青少年和年轻成人（AYAs）的经典霍奇金淋巴瘤（cHL）	肿瘤生物学	经典霍奇金淋巴瘤	单细胞测序、多路空间成像	NA	分子生物学数据、成像数据	NA