单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
601	2025-05-28	Integrating single-cell RNA-Seq and bulk RNA-Seq data to explore the key role of fatty acid metabolism in hepatocellular carcinoma 2025-01-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85506-0 PMID:39814999	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，探索脂肪酸代谢在肝细胞癌（HCC）中的关键作用	首次结合单细胞RNA测序和WGCNA分析，识别出与HCC预后相关的脂质代谢基因，并发现PTGES3作为核心基因与免疫细胞浸润及不良预后相关	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外实验，缺乏体内实验数据	探索脂质代谢在肝细胞癌进展中的作用机制及其作为治疗靶点的潜力	肝细胞癌（HCC）患者	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序, 批量RNA测序, WGCNA, 分子对接	NA	RNA测序数据, 临床数据	来自TCGA和GEO数据库的HCC患者转录组和临床数据集
602	2025-05-28	Multimodal screen identifies noise-regulatory proteins 2025-01-06, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.09.015 PMID:39406240	研究论文	通过整合单细胞RNA测序、蛋白质组学和调控因子富集分析，识别出32个潜在的噪声调控蛋白，并发现SON蛋白能在不改变平均表达水平的情况下调控转录噪声	首次发现一类能够独立于平均表达水平调控基因表达噪声的蛋白质，特别是SON蛋白的噪声调控功能及其对细胞命运选择的影响	研究仅在小鼠胚胎干细胞中验证了SON蛋白的功能，尚未在其他细胞类型或生物体中广泛验证	探索是否存在能够独立于平均表达水平调控基因表达噪声的蛋白质或通路	基因表达噪声调控蛋白，特别是SON蛋白	分子生物学	NA	单细胞RNA测序、蛋白质组学、调控因子富集分析、长读长RNA测序、总RNA测序	NA	RNA测序数据、蛋白质组数据	NA
603	2025-05-28	scAI-SNP: a method for inferring ancestry from single-cell data 2025, BMC methods DOI:10.1186/s44330-025-00029-4 PMID:40401145	research paper	介绍了一种名为scAI-SNP的工具，用于直接从单细胞基因组数据推断祖先信息	开发了scAI-SNP工具，能够直接从单细胞数据中推断祖先，解决了自我报告种族和民族信息的偏差和不可用性问题	NA	确保单细胞图谱能够代表人类遗传多样性，通过推断数据捐赠者的祖先信息	单细胞基因组数据	基因组学	NA	单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq	NA	单细胞基因组数据	3201名来自26个种群群体的个体
604	2025-05-28	Bulk and single-cell RNA sequencing identify prognostic signatures related to FGFBP2+ NK cell in hepatocellular carcinoma 2025, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.19337 PMID:40416605	research paper	本研究通过批量RNA测序和单细胞RNA测序技术，识别了与FGFBP2+ NK细胞相关的肝细胞癌（HCC）预后标志物	首次利用单细胞RNA测序技术分析FGFBP2+ NK细胞在HCC中的异质性及其与预后的关系，并构建了RiskScore模型	研究主要依赖于公共数据库的数据，缺乏独立队列验证	识别与FGFBP2+ NK细胞相关的HCC预后标志物，探索其作为潜在治疗靶点的可能性	肝细胞癌（HCC）组织和FGFBP2+ NK细胞	digital pathology	liver cancer	bulk RNA-seq, scRNA-seq	RiskScore model	RNA sequencing data	未明确说明样本数量，数据来源于公共数据库
605	2025-05-28	Single-cell and spatial transcriptomics reveal correlation between RNA methylation-related miRNA risk model and immune infiltration in hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1553239 PMID:40416872	research paper	该研究通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了RNA甲基化相关miRNA风险模型与肝细胞癌免疫浸润之间的相关性	首次构建了基于RNA甲基化相关miRNAs（RMRMs）的风险评分模型，并发现其与HCC免疫微环境的相关性	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外细胞实验	探索RNA甲基化相关miRNAs在肝细胞癌免疫微环境中的作用及其预后预测价值	肝细胞癌（HCC）患者样本和Huh-7细胞系	digital pathology	liver cancer	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、miRNA测序	machine learning	RNA-seq数据、单细胞数据、空间转录组数据	未明确说明患者样本量（包含高风险和低风险组），体外实验使用Huh-7细胞系
606	2025-05-28	Uncovering key regulatory pathways and prognostic biomarkers in the tumor microenvironment of high-grade serous ovarian cancer through single-cell RNA sequencing and experimental validation 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1591430 PMID:40416874	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和实验验证，揭示了高级别浆液性卵巢癌肿瘤微环境中的关键调控通路和预后生物标志物	发现了PTN信号通路作为潜在治疗靶点，并确定SDC4作为预后不良的生物标志物	需要进一步研究以全面阐明SDC4在卵巢癌进展中的功能作用	识别高级别浆液性卵巢癌肿瘤微环境中的新型调控靶点和信号通路	高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）的肿瘤微环境	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、qRT-PCR、Western blotting	NA	RNA测序数据、临床数据	GSE146026数据集中的HGSOC样本、TCGA数据集、OVCAR3和SKOV3卵巢癌细胞系
607	2025-05-28	Acetylcholine from tuft cells promotes M2 macrophages polarization in Hirschsprung-associated enterocolitis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1559966 PMID:40416975	研究论文	本研究探讨了乙酰胆碱（ACH）在先天性巨结肠相关肠炎（HAEC）中的抗炎机制及其来源	首次发现tuft细胞分泌的ACH通过促进M2巨噬细胞极化在HAEC中发挥抗炎作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索ACH在HAEC中的抗炎机制，为HAEC的防治提供新方向	先天性巨结肠相关肠炎（HAEC）	医学研究	先天性巨结肠	单细胞转录组测序（scRNA-seq）、免疫荧光、Western blot、RT-qPCR、ELISA、类器官培养	Ednrb-/-小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明样本数量，使用Ednrb-/-小鼠和体外培养的类器官
608	2025-05-28	Single-cell transcriptomic analysis identifies a stress response Schwann cell subtype 2025, Open medicine (Warsaw, Poland) DOI:10.1515/med-2025-1186 PMID:40417312	research paper	通过单细胞转录组学分析，鉴定出一种与压力感知相关的雪旺细胞亚型（SRSCs），并揭示其在周围神经损伤修复中的关键作用	首次发现并命名了一种新的雪旺细胞亚型（SRSCs），揭示了其在压力感知和神经损伤修复中的独特功能	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究雪旺细胞在周围神经系统中的异质性及其在神经损伤修复中的作用	正常和脊髓神经损伤小鼠模型的背根神经节中的雪旺细胞	单细胞转录组学	周围神经疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠背根神经节细胞
609	2025-05-28	Integration of Bulk and Single-Cell RNA Sequencing to Identify RNA Modifications-Related Prognostic Signature in Ovarian Cancer 2025, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S523878 PMID:40417417	研究论文	通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，识别与RNA修饰相关的卵巢癌预后特征基因	首次整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，识别与RNA修饰相关的卵巢癌预后基因，并构建风险预测模型	研究依赖于公共数据库的数据，未进行独立队列验证	识别和验证与RNA修饰相关的卵巢癌预后基因	卵巢癌患者	数字病理	卵巢癌	RNA测序（包括批量RNA测序和单细胞RNA测序），RT-qPCR	LASSO回归	RNA测序数据	公共数据库中的卵巢癌患者RNA测序数据
610	2025-05-28	Association of High Tumor-Stroma Ratio with Prostate Cancer Progression: Insights from Clinical and Genomic Data 2025, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S515066 PMID:40417419	研究论文	本研究探讨了肿瘤间质比例（TSR）在前列腺癌中的预后价值，并通过临床病理数据和RNA测序技术探索了肿瘤-间质相互作用及潜在治疗靶点	首次系统评估TSR在前列腺癌中的预后意义，发现间质细胞相关基因BGN可作为潜在治疗靶点，并预测了针对高TSR患者的抗癌药物靶点	研究采用回顾性设计，需要前瞻性验证	评估肿瘤间质比例在前列腺癌中的预后价值并探索肿瘤-间质相互作用机制	前列腺腺癌患者（两个队列：TCGA队列453例和LUSH队列320例）	数字病理学	前列腺癌	bulk/single-cell RNA测序、数字图像分析、定量实时PCR、体外实验和体内异种移植实验	多变量Cox回归	临床病理数据、RNA测序数据、图像数据	773例前列腺癌患者（TCGA 453例 + LUSH 320例）
611	2025-05-28	Integrative analysis of bulk and single-cell RNA sequencing data reveals increased arachidonic acid metabolism in osteoarthritic chondrocytes 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1552029 PMID:40417665	research paper	通过整合分析大量和单细胞RNA测序数据，揭示了骨关节炎软骨细胞中花生四烯酸代谢的增加	首次揭示了MIF刺激软骨细胞通过激活ERK/PLA2G4A信号通路增加花生四烯酸产生的机制	研究主要基于公共数据库数据，实验验证样本量有限	探究骨关节炎中软骨细胞的代谢调控机制	人类膝关节软骨细胞	digital pathology	osteoarthritis	RNA-seq, scRNA-seq, GSVA, WGCNA, qPCR, WB, ELISA, IHC	NA	RNA sequencing data, protein expression data	公共数据库数据及OA患者软骨样本
612	2025-05-28	Near-infrared fluorescent nanoprobe enables noninvasive, longitudinal monitoring of graft outcome in RPE transplantation 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1583790 PMID:40417666	研究论文	开发了一种近红外荧光纳米探针，用于无创、长期监测视网膜色素上皮细胞移植后的移植效果和免疫排斥反应	利用近红外荧光纳米探针标记供体RPE细胞，实现了移植细胞在体内的长期追踪和免疫排斥反应的评估	纳米探针信号强度随时间减弱，且信号分布扩展至脉络膜，可能影响长期监测的准确性	开发一种简单有效的方法，用于定量评估RPE细胞移植的治疗效果和免疫排斥反应	视网膜色素上皮细胞（RPE）移植和免疫排斥反应	生物医学工程	视网膜退行性疾病	近红外荧光成像、免疫荧光染色、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	荧光信号图像、RNA测序数据	小鼠模型
613	2025-05-27	Dynamic Reprogramming of Stromal Pdgfra-expressing cells during WNT-Mediated Transformation of the Intestinal Epithelium 2025-Jan-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.22.634326 PMID:39896606	研究论文	本研究揭示了在WNT驱动的肿瘤发生过程中，表达Pdgfra的成纤维细胞如何动态重编程以促进肠道上皮的再生样状态	首次揭示了Pdgfra成纤维细胞在WNT介导的组织转化中的动态重编程作用，并发现TGFB信号在这一过程中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类组织中的验证尚未进行	探究WNT介导的肠道上皮转化过程中基质细胞的作用机制	表达Pdgfra的成纤维细胞和肠道上皮细胞	肿瘤生物学	肠道肿瘤	单细胞RNA测序(RNA-seq)	小鼠模型	RNA测序数据	NA
614	2025-05-26	Identification of prognostic biomarkers for endometrioid endometrial carcinoma based on the miRNA and mRNA co-expression network regulated by estradiol 2025, Clinics (Sao Paulo, Brazil) DOI:10.1016/j.clinsp.2025.100672 PMID:40319860	研究论文	本研究通过miRNA和mRNA共表达网络识别了与雌二醇调控相关的子宫内膜样子宫内膜癌预后生物标志物	首次发现miR-142-5p-SACS和miR-30a-5p-GPR157作为雌二醇调控的潜在诊断和预后生物标志物	样本量相对有限（n=408 TCGA数据 + n=9实验数据），且需要进一步实验验证	识别与雌二醇调控相关的子宫内膜样子宫内膜癌预后生物标志物	子宫内膜样子宫内膜癌（EEC）患者和经雌二醇处理的子宫内膜癌Ishikawa细胞	生物信息学	子宫内膜癌	RNA测序、单细胞转录组测序、生物信息学分析	共表达网络分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络	RNA表达谱数据、单细胞转录组数据	408例TCGA数据 + 9例实验样本（3×250nM雌二醇组、3×50nM雌二醇组、3×对照组）
615	2025-05-26	Single cell RNA-sequencing identified CCR7+/RELB+/IRF1+ T cell responding for juvenile idiopathic arthritis pathogenesis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1528446 PMID:40406113	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，揭示了CCR7+/RELB+/IRF1+ T细胞在青少年特发性关节炎（JIA）发病机制中的关键作用	首次在单细胞水平上鉴定了HLA-B27阳性和阴性JIA患者的免疫细胞异质性，并发现CCR7+/RELB+/IRF1+三重阳性T细胞在HLA-B27阳性JIA患者中特异性存在	研究样本量未明确说明，且机制研究主要基于假设，需要进一步实验验证	探索青少年特发性关节炎不同亚型的疾病异质性并分析其发病机制	青少年特发性关节炎患者的外周血单个核细胞（PBMCs）	单细胞组学	青少年特发性关节炎	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	未明确说明（包含HLA-B27阳性和阴性JIA患者、pSS患者和SLE患者的外周血样本）
616	2025-05-26	Decoding multiple myeloma: single-cell insights into tumor heterogeneity, immune dynamics, and disease progression 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1584350 PMID:40406148	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析多发性骨髓瘤的肿瘤异质性、免疫动态和疾病进展	利用单细胞RNA测序技术识别了多发性骨髓瘤中的11种不同细胞类型，并揭示了神经免疫调控在肿瘤微环境中的关键作用	研究样本可能不足以完全代表多发性骨髓瘤的所有亚型	探索多发性骨髓瘤的肿瘤异质性、免疫动态和疾病进展机制	多发性骨髓瘤（MM）和高危冒烟型多发性骨髓瘤（SMMh）样本	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CytoTRACE, Monocle2, Slingshot	RNA-seq数据	NA
617	2025-05-26	Identification of common hub genes and construction of immune regulatory networks in aplastic anemia, myelodysplastic syndromes, and acute myeloid leukemia 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1547289 PMID:40406144	研究论文	本研究通过生物信息学分析和实验验证，识别了再生障碍性贫血(AA)、骨髓增生异常综合征(MDS)和急性髓系白血病(AML)的共同枢纽基因，并构建了免疫调控网络	首次发现POLG和MAP2K7作为AA、MDS和AML的共同枢纽基因，揭示了MIF介导的细胞通讯在20多条免疫调控通路中的作用	枢纽基因对细胞增殖和迁移没有显著影响，体外验证结果有限	探索AA、MDS和AML的共同发病机制，为预防疾病进展提供基础	再生障碍性贫血、骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病	生物信息学	血液系统疾病	基因表达差异分析、基因集富集分析、加权基因共表达网络分析、免疫浸润分析、单细胞测序、细胞通讯分析、孟德尔随机化、RT-qPCR、ELISA	NA	基因表达数据	来自GEO数据库的相关数据集（具体数量未说明）
618	2025-05-26	Single-cell RNA sequencing reveals adrb1 as a sympathetic nerve-regulated immune checkpoint driving T cell exhaustion and impacting immunotherapy in esophageal squamous cell carcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1520766 PMID:40406147	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了ADRB1作为交感神经调节的免疫检查点，驱动T细胞耗竭并影响食管鳞状细胞癌的免疫治疗效果	首次发现ADRB1在食管鳞状细胞癌中作为免疫检查点的作用，并通过单细胞RNA测序和实验验证揭示了其在T细胞耗竭和免疫治疗中的作用	研究主要基于单细胞RNA测序和TCGA数据，需要进一步的体内实验验证ADRB1的调控机制和治疗潜力	探索ADRB1在食管鳞状细胞癌中的免疫调节作用及其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者样本中的T细胞和其他免疫细胞	数字病理学	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、荧光激活细胞分选（FACS）、拷贝数变异（CNV）分析	NA	单细胞RNA测序数据、TCGA数据	未明确提及具体样本数量，但涉及ESCC患者的新辅助治疗前后样本
619	2025-05-26	Single-Cell RNA-Seq Recognized Key Genes for Metastasis and Macrophage Infiltration in Colorectal Cancer 2025, Human mutation IF:3.3Q2 DOI:10.1155/humu/9488531 PMID:40406545	研究论文	通过单细胞RNA测序技术识别结直肠癌转移和巨噬细胞浸润的关键基因	首次利用单细胞RNA测序数据识别出ZFAND2A作为结直肠癌转移和巨噬细胞浸润的关键基因，并验证其在癌细胞活性和巨噬细胞极化中的功能	研究主要基于体外实验，尚未进行体内验证	探索结直肠癌转移和免疫细胞浸润的分子机制	结直肠癌组织和相关基因	数字病理学	结直肠癌	scRNA-seq, qRT-PCR, WB分析, CCK-8, transwell实验, ELISA, 流式细胞术	lasso回归	基因表达数据	GSE261012和GSE234804数据集中的样本
620	2025-05-26	CD9 expression rivals IDH mutation as a prognostic marker in glioma: a novel nomogram approach 2025, Frontiers in neurology IF:2.7Q3 DOI:10.3389/fneur.2025.1507443 PMID:40406701	研究论文	本研究评估了四跨膜蛋白CD9在胶质瘤中的预后意义和功能机制，以确立其临床相关性并确定治疗策略	CD9作为胶质瘤的预后生物标志物，其过表达与肿瘤发展的因果关系得到证实，并开发了基于CD9的列线图以提高预后精确度	研究样本主要来自TCGA和CGGA队列，可能无法完全代表所有胶质瘤患者群体	评估CD9在胶质瘤中的预后意义和功能机制，确立其临床相关性并确定治疗策略	胶质瘤患者样本	数字病理学	胶质瘤	多组学分析、单细胞RNA测序、Mendelian randomization (MR)、KEGG富集分析、PPI网络构建	Cox回归、CellChat、Monocle3	基因组数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据	1,033个胶质瘤样本（来自TCGA和CGGA队列）和20个胶质母细胞瘤病例的单细胞RNA测序数据