单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-07-08	Characterization of T-bet expressing B cells in lupus patients indicates a putative prognostic and therapeutic value of these cells for the disease 2025-Jan-21, Clinical and experimental immunology IF:3.4Q3 DOI:10.1093/cei/uxaf008 PMID:39918986	研究论文	本研究探讨了T-bet+ B细胞在系统性红斑狼疮（SLE）患者中的预后和治疗价值	首次提出T-bet+ B细胞可作为SLE疾病严重程度的预后生物标志物，并可能成为新的治疗靶点	样本量较小（10名健康捐赠者和22名活动性SLE患者），需要更大规模的研究验证	研究T-bet+ B细胞在系统性红斑狼疮中的预后和治疗潜力	系统性红斑狼疮（SLE）患者和健康捐赠者的外周血样本	免疫学	系统性红斑狼疮	流式细胞术、全血培养实验、scRNA-seq数据分析	NA	流式细胞数据、scRNA-seq数据	10名健康捐赠者和22名活动性SLE患者
42	2025-07-06	Identification of prognostic biomarkers related to epithelial-mesenchymal transition and anoikis in hepatocellular carcinoma using transcriptomics and single-cell sequencing 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1600546 PMID:40612108	研究论文	本研究通过转录组学和单细胞测序技术，探索了上皮-间质转化（EMT）和失巢凋亡相关基因在肝细胞癌（HCC）中的作用，并鉴定了五个预后生物标志物	首次结合EMT和失巢凋亡相关基因，利用单细胞RNA测序和多种生物信息学分析方法，鉴定了五个新的HCC预后生物标志物	研究结果需要进一步实验验证，且样本来源有限（主要依赖公共数据库）	探索EMT和失巢凋亡相关基因在HCC中的作用机制并寻找预后生物标志物	肝细胞癌（HCC）患者样本	生物信息学	肝癌	单细胞RNA测序, RT-qPCR, WGCNA	风险评分模型, 列线图	转录组数据, 单细胞测序数据	TCGA-HCC、ICGC-LIPI-JP和GSE149614数据集中的HCC样本
43	2025-07-06	Recent advances in biomarker detection of oral squamous cell carcinoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1597086 PMID:40612351	综述	本文全面探讨和评估了口腔鳞状细胞癌生物标志物检测的前沿技术及其未来发展潜力	综述了包括单细胞测序、空间转录组学、纳米孔测序、生物传感器技术和人工智能等新兴技术在生物标志物检测中的应用	存在临床验证缺口、高实施成本和分析复杂性等可扩展性障碍	提高口腔鳞状细胞癌的早期检测率，改善患者预后和生活质量	口腔鳞状细胞癌的生物标志物	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞测序、空间转录组学、纳米孔测序、生物传感器技术、人工智能	NA	NA	NA
44	2025-07-06	A novel, rapid, and practical prognostic model for sepsis patients based on dysregulated immune cell lactylation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1625311 PMID:40612938	研究论文	本研究基于免疫细胞乳酸化修饰失调，开发了一种新型、快速且实用的脓毒症患者预后模型	首次系统揭示了乳酸化修饰在脓毒症进展中的动态变化模式，并构建了首个基于乳酸化相关枢纽基因的预后预测模型	模型验证仅采用单中心前瞻性队列（N=51），需要更大规模多中心研究进一步验证	探索脓毒症进程中乳酸化修饰的动态变化并开发预后预测模型	脓毒症患者的血液转录组数据和单细胞RNA测序数据	生物信息学	脓毒症	单细胞RNA测序、机器学习算法、伪时间轨迹重建	基于k-means聚类和机器学习算法的预后模型	转录组数据	训练队列未明确样本量，验证队列包含51例脓毒症患者
45	2025-07-06	Applications and Prospects of Single-Cell RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics in Cervical Cancer 2025, BioMed research international IF:2.6Q3 DOI:10.1155/bmri/1532745 PMID:40612935	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）在宫颈癌研究中的最新进展及其应用前景	探讨了scRNA-seq和ST技术在揭示宫颈癌异质性、肿瘤微环境、肿瘤进化轨迹及治疗抗性机制方面的创新应用	未提及具体实验数据或样本量的限制	旨在通过scRNA-seq和ST技术更深入地理解宫颈癌的异质性和肿瘤微环境，以开发更有效的治疗和预防策略	宫颈癌（CC）及其肿瘤微环境（TME）	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	NA
46	2025-07-06	Bridging aging, immunity, and atherosclerosis: novel insights into senescence-related genes 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1557266 PMID:40612944	研究论文	该研究通过RNA测序和单细胞RNA测序数据，结合机器学习算法，识别了与衰老相关的基因作为动脉粥样硬化的生物标志物，并探讨了这些基因在免疫细胞浸润和巨噬细胞分化中的作用	首次结合多种机器学习算法（LASSO、SVM和RF）筛选衰老相关基因，并通过单细胞RNA测序构建AS斑块的细胞图谱，揭示了衰老血管细胞与巨噬细胞的互作机制	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于小鼠模型，人类样本的临床验证不足	探索衰老相关基因在动脉粥样硬化中的作用及其作为诊断标志物的潜力	人类组织RNA测序数据和小鼠主动脉斑块	生物信息学	心血管疾病	RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫荧光	LASSO、SVM、RF	RNA测序数据、单细胞数据	未明确说明人类样本数量，使用ApoE-/- AS小鼠模型
47	2025-07-06	Single-cell atlas of human skin implicates APOE pro-inflammatory signaling in diabetic foot ulcers 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1591944 PMID:40612951	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究糖尿病足溃疡(DFU)患者皮肤组织中APOE+成纤维细胞的作用及其与疾病进展的关联	首次在DFU患者中鉴定出APOE过表达的成纤维细胞亚群，并揭示其在糖尿病发生和发展中的潜在作用	研究样本量未明确说明，且体外实验结果需要在体内进一步验证	探究糖尿病足溃疡的分子机制和潜在治疗靶点	人类皮肤组织中的成纤维细胞	数字病理学	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫组织化学染色, 体外实验	NA	RNA测序数据, 图像数据	NA
48	2025-07-05	Tumor-associated macrophage-based predictive and prognostic model for hepatocellular carcinoma 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0325120 PMID:40601653	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序数据和批量测序数据，构建了一个基于肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）特征的肝细胞癌（HCC）预后模型	整合单细胞RNA测序和批量测序数据，构建了一个新的HCC预后模型，并揭示了TAMs在HCC肿瘤微环境中的作用	需要在更大规模的前瞻性研究中验证结果，并进一步研究TAMs在HCC进展中的功能影响	研究肝细胞癌（HCC）的预后机制，并开发一个基于TAMs特征的预后模型	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNAseq）、批量测序、生物信息学分析（差异基因表达分析、Cox回归、逻辑回归建模）	Cox回归模型、逻辑回归模型	RNA测序数据	多个HCC队列的数据
49	2025-07-05	Identification of three T cell-related genes as diagnostic and prognostic biomarkers for triple-negative breast cancer and exploration of potential mechanisms 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1584334 PMID:40606662	研究论文	本研究通过分析TCGA-BRCA数据集和GEO数据库的单细胞RNA测序数据，识别了三个与T细胞相关的基因（CACNA1H、KCNJ11和S100B）作为三阴性乳腺癌（TNBC）的诊断和预后生物标志物	首次将T细胞相关基因与TNBC的诊断和预后联系起来，并构建了基于这三个基因的逻辑回归模型，其诊断TNBC的AUC达到0.917	研究依赖于公共数据库的数据，未进行实验验证，且样本量可能不足以覆盖所有TNBC亚型	识别TNBC的诊断和预后生物标志物，探索其潜在的免疫相关机制	三阴性乳腺癌（TNBC）患者	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、机器学习算法	逻辑回归（LR）模型	转录组数据、临床数据	TCGA-BRCA数据集和GEO数据库中的样本
50	2025-07-05	Comprehensive bioinformatics analysis of the common mechanism of atherosclerosis and atrial fibrillation: emphasizing mitochondrial metabolic disorder and immune inflammation 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1595048 PMID:40607061	研究论文	通过综合生物信息学分析揭示动脉粥样硬化和心房颤动的共同机制，重点关注线粒体代谢紊乱和免疫炎症	首次提出MRPS23作为连接线粒体功能障碍和免疫失调的新型生物标志物，并探索其在动脉粥样硬化和心房颤动共病中的潜在作用	需要进一步的临床前模型和临床队列验证以转化为诊断或治疗应用	揭示动脉粥样硬化和心房颤动的共同分子通路，并识别诊断生物标志物	动脉粥样硬化(AS)和心房颤动(AF)的转录组数据集	生物信息学	心血管疾病	GO和KEGG富集分析、WGCNA、LASSO、SVM、随机森林、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	LASSO、SVM、随机森林	转录组数据	NA
51	2025-07-05	Interferon Regulatory Factor 4 Recruits Immature B Cells to Signal Tertiary Lymphoid Structure Immaturity and Progression of Clear Cell Renal Cell Carcinoma 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.113737 PMID:40607252	research paper	该研究通过整合转录组和临床数据，构建了一个与三级淋巴结构（TLS）相关的预后风险评分，并揭示了干扰素调节因子4（IRF4）在促进TLS不成熟和免疫功能障碍中的机制作用	构建了TLS相关的预后风险评分，揭示了IRF4在TLS不成熟和免疫功能障碍中的新机制	研究主要基于ccRCC患者数据，结果可能不适用于其他类型的癌症	探究TLS在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的预后相关性及其调控机制	928名ccRCC患者的转录组和临床数据，以及786-O和769-P ccRCC细胞系	肿瘤免疫学	透明细胞肾细胞癌	转录组分析、免疫组化、多重免疫荧光分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	机器学习算法	转录组数据、临床数据、图像数据	928名ccRCC患者
52	2025-07-05	Integrative multi-omics analysis of IFNγ-induced macrophages and atherosclerotic plaques reveals macrophage-dependent STAT1-driven transcription in atherosclerosis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1590953 PMID:40607379	research paper	该研究通过整合多组学分析，揭示了IFNγ诱导的巨噬细胞和动脉粥样硬化斑块中STAT1驱动的转录机制在动脉粥样硬化中的作用	发现了STAT1与PU.1在巨噬细胞特异性IFNγ激活转录反应中的协同作用，并鉴定了新的生物标志物和治疗靶点	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，可能无法完全反映人类动脉粥样硬化的复杂性	探究巨噬细胞STAT1介导的信号在动脉粥样硬化进展中的作用	IFNγ诱导的巨噬细胞和人类及小鼠的动脉粥样硬化病变	digital pathology	cardiovascular disease	ATAC-seq, ChIP-seq, RNA-seq, scRNA-seq	NA	genomic data, transcriptomic data	人类颈动脉和冠状动脉粥样硬化病变样本，以及LDLr-/-和ApoE-/-高脂饮食小鼠模型的主动脉病变样本
53	2025-07-05	Integrative analysis of T cell-associated markers in Ewing sarcoma reveals prognostic signatures and immune dynamics 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1586544 PMID:40607387	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA-seq分析，探讨了尤文肉瘤中T细胞相关标志物的预后特征和免疫动态	识别了CLEC11A、BDP1和ID3作为关键的T细胞相关预后标志物，并构建了一个预测模型，揭示了ID3在免疫逃逸和肿瘤增殖中的作用	研究样本量较小，且仅基于RNA-seq数据，未考虑其他分子层面的影响	探索尤文肉瘤中T细胞相关标志物的预后特征和免疫动态，以改善预后评估和免疫治疗策略	尤文肉瘤患者样本和细胞系	数字病理学	尤文肉瘤	单细胞RNA测序、批量RNA-seq、WGCNA、CIBERSORT算法	Cox回归模型	RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量，但使用了外部数据集进行验证
54	2025-07-05	Single-cell analysis of peripheral blood and pleural effusion reveals functional diversity of γδ T cells in tuberculosis infection 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1605827 PMID:40607390	研究论文	通过单细胞测序分析结核病患者外周血和胸水中的γδ T细胞亚群，揭示其在结核感染中的功能多样性	首次在单细胞水平上鉴定出结核病患者外周血和胸水中的7个γδ T细胞亚群，并发现具有强效应功能的Vδ2细胞亚群	研究样本量有限，且仅关注了γδ T细胞，未涉及其他免疫细胞类型的相互作用	探究γδ T细胞在结核病免疫应答中的具体作用和分化机制	结核病患者的外周血单个核细胞(PBMC)和结核性胸水细胞(TPE)	免疫学	结核病	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，仅提及结核病患者的外周血和胸水样本
55	2025-07-05	Decoding neuroinflammation in Alzheimer's disease: a multi-omics and AI-driven perspective for precision medicine 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1616899 PMID:40607399	research paper	本文探讨了利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和AI驱动的多组学平台解码阿尔茨海默病（AD）中复杂的免疫炎症网络，以实现精准医疗	结合scRNA-seq和AI驱动的多组学分析，突破了传统大规模组织分析中的信号平均化限制，发现了与疾病相关的新的细胞亚群和关键分子标志物	尽管技术先进，但有效的治疗选择仍然有限	解码AD中的神经炎症，实现精准医疗	阿尔茨海默病（AD）患者脑组织	精准医疗	阿尔茨海默病	scRNA-seq, AI-driven analytics, multi-omics platforms	AI-driven analytics	RNA-seq数据, 多组学数据	NA
56	2025-07-05	Landscape analysis of matrix metalloproteinases reveals key prognostic markers for prostate cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1582992 PMID:40607407	研究论文	本研究全面分析了基质金属蛋白酶（MMPs）在前列腺癌（PCa）中的作用，并特别强调了MMP11在肿瘤微环境重编程中的关键作用	首次全面评估了MMPs在PCa中的表达特征和预后价值，并发现MMP11通过重塑肿瘤微环境促进PCa进展	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于细胞水平	探索MMPs在PCa中的预后价值和生物学功能	前列腺癌组织和细胞	肿瘤生物学	前列腺癌	生物信息学分析（UCSC/GEO数据库）、COX回归分析、单细胞转录组分析、空间转录组分析	NA	基因表达数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据	来自UCSC和GEO数据库的多个前列腺癌数据集
57	2025-07-05	The functional and clinical significance of nucleoporin NUP153 across human cancers: a systematic study based on multi-omics analysis and bench work validation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1613688 PMID:40607419	研究论文	本研究通过多组学分析和实验验证，探讨了核孔蛋白NUP153在多种癌症中的功能和临床意义	首次系统研究了NUP153在多种癌症中的表达模式、突变情况、诊断价值及其与肿瘤免疫微环境的关系，并验证了其在胃癌中的高表达及其与免疫细胞浸润的相关性	需要进一步研究阐明NUP153在癌症中的具体分子机制及其临床应用的可行性	探索NUP153在癌症中的功能和临床意义	多种癌症类型，特别是胃癌	癌症研究	多种癌症，包括胆管癌、结直肠癌、头颈部鳞状细胞癌、胃癌等	多组学分析、免疫组化、RT-qPCR、单细胞分析、空间转录组学	NA	基因表达数据、免疫细胞浸润数据、药物敏感性数据	来自TCGA和GTEx等公共数据库的数据，以及胃癌组织的实验验证样本
58	2025-07-05	Identification and validation of a KRAS-macrophage-associated gene signature as prognostic biomarkers and potential therapeutic targets in melanoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1566432 PMID:40607411	研究论文	本研究通过多平台方法识别并验证了一个与KRAS信号和巨噬细胞相关的基因特征（KMPAG），作为黑色素瘤的预后生物标志物和潜在治疗靶点	首次构建了KRAS-巨噬细胞预后相关基因特征（KMPAG），并验证其在黑色素瘤预后和治疗反应预测中的价值	研究主要基于公共数据库数据，实验验证部分仍需进一步扩展	探索KRAS信号通路在黑色素瘤肿瘤微环境中的作用，并开发预后生物标志物	皮肤黑色素瘤（SKCM）患者样本和细胞系	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因集富集分析（GSEA）、免疫组化（IHC）	LASSO回归模型	基因表达数据	来自GEO和TCGA数据库的黑色素瘤样本
59	2025-07-04	SpatialDeX Is a Reference-Free Method for Cell-Type Deconvolution of Spatial Transcriptomics Data in Solid Tumors 2025-Jan-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1472 PMID:39387817	研究论文	开发了一种名为SpatialDeX的参考自由方法，用于在固体肿瘤的空间转录组数据中进行细胞类型去卷积	SpatialDeX是一种基于回归模型的方法，无需单细胞RNA-seq参考即可估计肿瘤ST点中的细胞类型比例，并在性能上与基于参考的方法相当，优于其他参考自由方法	NA	开发一种无需单细胞RNA-seq参考的方法，用于解析空间转录组数据中的细胞类型比例，以更深入地了解肿瘤微环境的动态	固体肿瘤的空间转录组数据	数字病理学	肿瘤	空间转录组学(ST)	回归模型	基因表达数据	NA
60	2025-07-04	Clearance of p21 highly expressing senescent cells accelerates cutaneous wound healing 2025-Jan, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-024-00755-4 PMID:39537987	research paper	该研究通过Xenium空间转录组学技术识别了一种在伤口愈合过程中诱导产生的具有促炎特征的p21高表达衰老细胞群，并发现清除这些细胞可以加速伤口闭合	首次识别并描述了p21高表达衰老细胞群在伤口愈合中的独特作用，揭示了其通过NF-κB抑制部分介导的机制	未明确p21高表达衰老细胞群的具体分子机制及其与其他类型衰老细胞的相互作用	探究衰老细胞在组织重塑中的多功能性，特别是p21高表达细胞在伤口愈合中的作用	p21高表达的衰老细胞	生物医学	伤口愈合	Xenium空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA