单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-09-15	Topology-aware pathway analysis of spatial transcriptomics 2025, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.19729 PMID:40827204	研究论文	本研究开发了一种基于通路信号流（PSF）算法的空间转录组学通路分析方法，用于捕捉生物通路在组织空间中的拓扑活动	首次将基因表达转化为通路水平活动，整合表达数据与相互作用网络计算通路分支特异性活动值，突破传统方法忽略通路连通性的局限	方法依赖于预定义的KEGG信号通路数据库，可能未覆盖所有潜在通路交互	提升空间转录组学数据分析中对生物通路拓扑结构和信号传播的解析能力	人类黑色素瘤和小鼠脑组织的10x Genomics Visium空间转录组数据	空间转录组学	黑色素瘤	PSF算法，KEGG信号通路分析	无监督聚类（Seurat Louvain, Vesalius, spatialGE）	空间转录组数据	两个公共数据集（人类黑色素瘤和小鼠脑组织）
42	2025-09-15	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Pericytes Acquire a Fibrotic Phenotype and Promote Mesenteric Adipose Tissue Fibrosis in Crohn's Disease 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S528171 PMID:40831515	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示克罗恩病中周细胞获得纤维化表型并促进肠系膜脂肪组织纤维化的机制	首次发现周细胞是驱动克罗恩病肠系膜脂肪组织纤维化的关键基质细胞群体，并鉴定STEAP4作为周细胞特异性标志物	研究主要基于体外实验和相关性分析，需要进一步体内功能验证	阐明克罗恩病爬行脂肪纤维化的细胞起源及周细胞的参与机制	克罗恩病患者的肠系膜脂肪组织样本及原代周细胞	单细胞组学	克罗恩病	scRNA-seq, 免疫荧光, 细胞比例分析, CytoTRACE, 伪时间分析	NA	单细胞转录组数据, 组织学数据	克罗恩病患者肠系膜脂肪组织样本及原代细胞培养
43	2025-09-15	Spatial transcriptomics reveals Inhba/Smad2/E2f4 axis in Lrp2high thecal cell proliferation in androgen-induced PCOS mice 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1633254 PMID:40831751	研究论文	本研究通过空间转录组学技术揭示了PCOS小鼠模型中Lrp2高表达卵泡膜细胞异常增殖的Inhba/Smad2/E2f4信号轴机制	首次发现并验证了Inhba/Smad2/E2f4信号轴在PCOS卵泡膜细胞异常增殖中的关键调控作用	研究基于DHEA诱导的小鼠模型，人类PCOS的完全适用性需进一步验证	探究多囊卵巢综合征（PCOS）中卵泡膜细胞异常增殖的分子机制	DHEA诱导的PCOS小鼠模型及体外培养的卵泡膜细胞	空间转录组学	多囊卵巢综合征	空间转录组学、siRNA敲降、EdU标记、流式细胞术	NA	空间基因表达数据	PCOS小鼠卵巢组织及体外培养细胞模型
44	2025-09-15	Revealing key regulatory factors in lung adenocarcinoma: the role of epigenetic regulation of autophagy-related genes from transcriptomics, scRNA-seq, and machine learning 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1542338 PMID:40832611	研究论文	本研究通过转录组学、单细胞RNA测序和机器学习揭示肺腺癌中自噬相关基因的表观遗传调控关键因子及其在肿瘤微环境中的作用	首次整合bulk转录组与scRNA-seq数据，结合机器学习筛选出KDM6B和KANSL1作为肺腺癌诊断标志物，并实验验证其促进T细胞耗竭的作用	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅针对部分基因功能，缺乏临床样本验证	探究表观遗传-自噬相关基因在肺腺癌肿瘤微环境中的调控机制并寻找诊断标志物	肺腺癌组织样本、免疫细胞（特别是耗竭T细胞）、KDM6B和KANSL1基因	生物信息学	肺腺癌	RNA-seq, scRNA-seq, 实时PCR, Western blot, 机器学习算法	limma包差异分析，机器学习分类模型	转录组数据，单细胞数据，实验数据	未明确样本数量，包含肺癌组织和正常组织对比
45	2025-09-15	Integrative analysis of lactylation related genes in prostate cancer: unveiling heterogeneity through single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq and machine learning 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1634985 PMID:40832598	研究论文	通过单细胞RNA测序、批量RNA测序和机器学习整合分析前列腺癌中乳酰化相关基因，揭示其异质性及预后意义	首次系统整合单细胞和批量RNA测序数据，结合机器学习构建前列腺癌乳酰化相关基因的预后模型，并关联免疫微环境和靶向治疗反应	基于公共数据库和有限临床样本验证，需进一步实验验证乳酰化功能机制	系统研究乳酰化相关基因对前列腺癌预后和免疫调控的影响	前列腺癌患者RNA测序数据及临床样本	生物信息学	前列腺癌	单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, 机器学习	无监督聚类, 预后模型（未指定具体算法）	RNA测序数据	来自TCGA-PRAD、GSE116918和GSE54460数据库的多中心前列腺癌样本
46	2025-09-15	SPOCK1 promotes the progression of breast cancer by modulating cancer-associated fibroblasts and exerts a synergistic effect with ANXA2 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1619171 PMID:40837013	研究论文	本研究通过多组学分析揭示SPOCK1通过调控癌症相关成纤维细胞促进乳腺癌进展，并与ANXA2存在协同效应	首次系统阐明SPOCK1在乳腺癌中通过CAFs调节肿瘤微环境的机制，并发现其与ANXA2的协同作用	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内功能验证和临床前模型数据	探索SPOCK1在乳腺癌中的表达模式、预后意义及免疫微环境调控机制	乳腺癌组织样本和癌细胞系	癌症生物学	乳腺癌	RNA测序、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、多重免疫组化(mIHC)	统计模型（R和GraphPad Prism分析）	基因组数据、转录组数据、临床数据	TCGA和GEO数据库的乳腺癌样本（具体数量未明确说明）
47	2025-09-15	Is postoperative cognitive dysfunction a disease of microglial inflammatory memory? A state-transition model from metabolic stress to epigenetic lock-in 2025, Frontiers in molecular neuroscience IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fnmol.2025.1648161 PMID:40843245	综述	提出术后认知功能障碍（POCD）是由小胶质细胞身份稳定转变驱动的炎症记忆回路模型，而非短暂神经炎症	将POCD重新定义为小胶质细胞命运转变，提出线粒体功能障碍-染色质重塑-持续极化共同演化的闭环炎症记忆回路机制	NA	解释术后认知功能障碍的持久性机制并提出治疗策略	小胶质细胞炎症记忆机制	神经科学	老年疾病	单细胞转录组学、染色质可及性分析	状态转换模型	NA	NA
48	2025-09-15	Integrated multi-omics profiling of immune microenvironment and drug resistance signatures for precision prognosis in prostate cancer 2025, Cancer drug resistance (Alhambra, Calif.) DOI:10.20517/cdr.2025.47 PMID:40843359	研究论文	本研究通过整合多组学数据开发了一个以前列腺癌免疫微环境为中心的预后模型，用于精准预测治疗抵抗和患者生存	首次结合多组学数据、单细胞RNA测序和实验验证，构建了连接免疫异质性、基因组不稳定性和治疗抵抗的预后框架，并识别出亚型特异性耐药模式	研究主要依赖公共数据库（TCGA和GEO）的回顾性数据，外部验证样本量相对有限（329例），且实验验证仅在细胞系中进行	开发前列腺癌的精准预后模型，解析肿瘤微环境与治疗抵抗的关系	前列腺癌患者（来自TCGA-PRAD的554个样本和329个外部验证样本）及835个前列腺癌细胞	数字病理	前列腺癌	多组学整合分析、CIBERSORT、ESTIMATE、WGCNA、ScRNA-seq、LASSO回归	LASSO回归模型	转录组数据、基因组数据、单细胞RNA测序数据	883个样本（554 TCGA + 329外部验证）和835个细胞
49	2025-09-15	Pathophysiological Insights Into the Role of Osteoclasts in Osteoarthritis: Mechanisms, Therapeutic Targets, and Future Directions 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S525245 PMID:40851840	综述	本文探讨了破骨细胞在骨关节炎发病机制中的作用及其作为治疗靶点的潜力	整合单细胞RNA测序技术与传统方法，从时空维度研究破骨细胞基因表达模式，可能发现新的治疗靶点	NA	填补骨关节炎治疗领域的知识空白并推动创新治疗方法的发展	破骨细胞在骨关节炎中的功能与调控机制	骨生物学	骨关节炎	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
50	2025-09-15	Comprehensive Insights Into the Role of TRPM4 in Pan-Cancer Progression and Immune Regulation 2025, ImmunoTargets and therapy IF:6.2Q1 DOI:10.2147/ITT.S542176 PMID:40860345	研究论文	本研究探讨TRPM4在泛癌进展和免疫调控中的作用，通过多组学分析和实验验证揭示其与肿瘤预后及免疫治疗反应的关联	首次全面分析TRPM4在33种癌症类型中的表达模式、免疫浸润特征及与免疫治疗疗效的关系，并结合实验验证其功能	样本量有限（特别是临床验证部分仅19例肺腺癌患者），主要依赖生物信息学分析，实验验证需进一步扩展	探究TRPM4在泛癌中的表达特征、预后价值、免疫调控作用及对免疫治疗反应的影响	33种癌症类型的肿瘤样本（来自TCGA、GTEx等数据库）及乳腺癌、肺腺癌、食管癌细胞系	生物信息学与肿瘤免疫学	泛癌（包括肺癌、乳腺癌、食管癌等）	RNA-seq（bulk和scRNA-seq）、免疫组化（IHC）、多重免疫荧光（mIHC）、基因敲低实验	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据、单细胞数据、临床病理数据	TCGA+GTEx泛癌数据集（33种癌症）、19例肺腺癌患者组织样本、多种癌细胞系
51	2025-09-15	smartSim: simulation of splice aware single cell smart-seq3 data 2025, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbaf183 PMID:40861396	研究论文	本文介绍了smartSim，一种用于模拟Smart-seq3单细胞RNA测序数据的仿真工具	首次开发能够模拟Smart-seq3协议特异性偏差（包括UMI和内部读段）的剪接感知单细胞数据仿真器	NA	为单细胞RNA测序中的异构体重建和选择性剪接检测计算方法提供基准测试资源	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	Smart-seq3, RNA-seq	NA	测序数据	NA
52	2025-09-14	An improved nuclei isolation protocol from leaf tissue for single-cell transcriptomics 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0302118 PMID:40929130	研究论文	本研究提出了一种改进的玉米叶片细胞核分离方法，用于单细胞转录组学研究，有效减少叶绿体污染	利用叶绿体自发荧光特性，在FACS步骤中有效去除叶绿体，从而显著降低污染并提高测序数据比对率	方法目前仅针对玉米叶片进行验证，尚未在其他高叶绿体含量植物组织中测试	开发适用于高叶绿体含量植物组织的单核RNA测序细胞核分离方案	玉米叶片组织	植物生物学	NA	单核RNA测序(snRNA-seq), 荧光激活细胞分选(FACS), DAPI染色	NA	转录组测序数据	NA
53	2025-09-13	SpaIM: Single-cell Spatial Transcriptomics Imputation via Style Transfer 2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.24.634756 PMID:39975319	研究论文	提出一种名为SpaIM的创新风格迁移学习模型，利用单细胞RNA测序数据增强空间转录组数据的基因表达预测	首次通过风格迁移学习将scRNA-seq与ST数据分离为数据无关的内容和数据特定的风格，有效整合两种数据优势	NA	解决空间转录组技术中基因信号稀疏和检测能力有限的问题，提升基因覆盖度和表达准确性	空间转录组数据和单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 空间转录组技术(ST)	风格迁移学习	基因表达数据	53个不同的空间转录组数据集，涵盖测序和成像基础的空间技术及多种组织类型
54	2025-09-13	CD226 identifies effector CD8+ T cells during tuberculosis and costimulates recognition of Mycobacterium tuberculosis-infected macrophages 2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.22.634303 PMID:39896604	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了CD226在结核病期间效应CD8+ T细胞识别结核分枝杆菌感染巨噬细胞中的关键共刺激作用	发现CD226是区分功能性和耗竭性CD8+ T细胞谱系的最显著差异表达基因，并证实CD226共刺激对T细胞识别感染巨噬细胞至关重要	研究仅限于C57BL/6J小鼠模型，未涉及人类样本或其他动物模型	探究慢性结核感染期间肺实质CD8+ T细胞多样性变化及其识别机制	C57BL/6J小鼠的CD8+ T细胞和结核分枝杆菌感染的巨噬细胞	免疫学	结核病	scRNA-seq, IFNγ-eYFP报告基因小鼠模型	NA	单细胞转录组数据	6周和41周感染阶段的C57BL/6J小鼠细胞样本
55	2025-09-13	Isotope Encoded Spatial Biology Identifies Amyloid Plaque-Age-Dependent Structural Maturation, Synaptic Loss, and Increased Toxicity 2025-Jan-22, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5829037/v1 PMID:39975899	研究论文	本研究利用同位素编码空间生物学技术探究Aβ斑块随年龄增长的结构成熟过程及其与突触损失和毒性增加的关系	首次结合质谱成像与稳定同位素标记技术对Aβ斑块进行时间标记，实现斑块老化的空间追踪，并关联单斑块空间转录组学分析	研究基于小鼠模型，结果向人类阿尔茨海默病的直接转化需进一步验证	阐明阿尔茨海默病中Aβ斑块形成、成熟及导致神经毒性的过程	Aβ斑块及其周围脑组织	空间生物学	阿尔茨海默病	质谱成像、稳定同位素标记、空间转录组学、高光谱共聚焦显微镜	NA	质谱成像数据、转录组数据、显微镜图像	10至18月龄的Aβ敲入小鼠脑组织切片
56	2025-09-13	Rethinking large scale phylogenomics with EukPhylo v1.0, a flexible toolkit to enable phylogeny-informed data curation and analyses of diverse eukaryotic lineages 2025-Jan-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.19.607962 PMID:39416055	研究论文	介绍EukPhylo v1.0工具包，用于系统发育信息指导的真核生物数据整理与分析	提供模块化、用户友好的流程，通过系统发育信息去除污染并改进真核生命树估计	NA	解决微生物真核生物系统基因组学中的数据污染和可重复性挑战	多样真核生物谱系，包括细菌和古菌	生物信息学	NA	单细胞测序，同源基因家族分析	NA	基因组序列数据	来自1,000种不同物种的500个保守基因家族
57	2025-09-13	TrimNN: Characterizing cellular community motifs for studying multicellular topological organization in complex tissues 2025-Jan-17, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5584635/v1 PMID:39877090	研究论文	提出一种名为TrimNN的图神经网络方法，用于识别空间转录组和蛋白质组数据中的细胞群落基序，以研究复杂组织中的多细胞拓扑结构	采用自下而上的图深度学习框架，将细胞生态位表示为可计数的拓扑块，具有可解释性和泛化性	NA	研究不同细胞类型在组织空间模式中的拓扑协调规则	空间转录组和蛋白质组数据中的细胞空间排列	生物信息学	NA	空间转录组学、空间蛋白质组学	图神经网络	空间组学数据	NA
58	2025-09-13	GraphVelo allows for accurate inference of multimodal omics velocities and molecular mechanisms for single cells 2025-Jan-15, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5613372/v1 PMID:39877092	研究论文	提出GraphVelo，一种基于图的机器学习方法，用于从单细胞多组学数据中准确推断速度向量和分子机制	通过图学习方法在低维流形切空间中推断速度向量，保留向量大小和方向信息，并扩展RNA速度到多模态数据	NA	解决现有RNA速度方法在复杂转录动态、低表达或非转录组数据中的局限性	单细胞多组学数据，包括病毒-宿主互作组和多组学数据集	机器学习	NA	scRNA-seq, 多组学分析	图神经网络	单细胞多组学数据	多个合成和实验scRNA-seq数据集
59	2025-09-13	Prognostic model construction and immune microenvironment analysis of pyroptosis-related genes in hepatocellular carcinoma based on single-cell RNA sequencing 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1595539 PMID:40918134	研究论文	基于单细胞RNA测序构建肝细胞癌焦亡相关基因的预后模型并分析免疫微环境	首次在单细胞分辨率下系统研究焦亡相关基因在肝细胞癌中的预后意义，并开发基于八基因特征的LASSO-Cox预后模型	样本量相对有限（TCGA n=365, ICGC n=231），需进一步扩大验证队列	探索焦亡相关基因在肝细胞癌预后和免疫微环境中的作用	肝细胞癌患者肿瘤组织及配对癌旁组织（10例样本的60,496个细胞）	生物信息学	肝细胞癌	scRNA-seq, LASSO-Cox回归, RT-PCR, 免疫组化分析	LASSO-Cox prognostic model	单细胞RNA测序数据，临床生存数据	TCGA队列365例，ICGC验证队列231例，10例肿瘤组织的60,496个细胞
60	2025-09-13	STmiR: A Novel XGBoost-based framework for spatially resolved miRNA activity prediction in cancer transcriptomics 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0322082 PMID:40924781	研究论文	提出了一种基于XGBoost的空间miRNA活性预测框架STmiR，用于解析肿瘤微环境中miRNA的空间调控机制	首次将XGBoost模型应用于空间转录组数据，实现miRNA活性的高精度空间预测（Spearman相关系数>0.8）并发现泛癌保守miRNA	依赖批量RNA-seq数据作为先验知识，且空间转录组技术本身存在分辨率限制	开发空间分辨的miRNA活性预测工具以揭示癌症中的miRNA调控网络	四种主要癌症类型（乳腺癌、肺癌、卵巢癌、前列腺癌）及九种癌症的10X Visium空间转录组数据	生物信息学	癌症	空间转录组技术（10X Visium）、批量RNA-seq（TCGA/CCLE）	XGBoost	空间转录组数据、批量RNA-seq数据	覆盖四种主要癌症类型及九种癌症的独立空间转录组数据集