单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-03-29	The role of TRAF2 in pan-cancer revealed by integrating informatics and experimental validation 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1563435 PMID:40144665	研究论文	通过整合信息学和实验验证揭示了TRAF2在泛癌中的作用	揭示了TRAF2在多种癌症中的突变和过表达情况，及其与肿瘤微环境中免疫检查点基因和免疫细胞浸润的关联	研究主要基于数据库分析和体外实验，体内实验仅针对肝细胞癌，未涵盖所有癌症类型	探讨TRAF2在癌症预后和免疫治疗中的潜在作用	TRAF2基因及其在多种癌症中的表达和功能	生物信息学与肿瘤免疫学	肝癌及其他多种癌症	数据库分析（HPA、TIMER 2.0、TCGA、cBioPortal、GSCA、LinkedOmics）、单细胞测序、免疫荧光染色、siRNA敲除	Cox回归分析、Kaplan-Meier生存分析	基因表达数据、突变数据、表观遗传数据、单细胞测序数据	多种癌症的肿瘤组织和正常组织样本（具体数量未明确提及）
42	2025-03-29	Programmed cell death-related prognostic genes mediate dysregulation of the immune microenvironment in triple-negative breast cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1563630 PMID:40145099	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析三阴性乳腺癌中的程序性细胞死亡相关基因，揭示其对肿瘤微环境的调控机制	首次全面解析PCD介导的TNBC微环境失调分子框架，并鉴定CEBPB+ CAF亚型作为免疫治疗抵抗的关键预测因子	样本量较小（仅9例TNBC样本），需要在更大队列中验证发现	阐明程序性细胞死亡在三阴性乳腺癌肿瘤微环境失调中的作用机制	三阴性乳腺癌患者样本和同源小鼠模型	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	scRNA-seq, SCENIC, Monocle, CellChat, scMetabolism, qRT-PCR, 免疫印迹, 免疫组化, 多重免疫荧光	NMF, Cox回归模型	单细胞转录组数据, 临床样本数据	9例TNBC样本（人类）及同源小鼠模型
43	2025-03-28	Utilizing sc-linker to integrate single-cell RNA sequencing and human genetics to identify cell types and driver genes associated with non-small cell lung cancer 2025-Jan-23, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13525-1 PMID:39849454	研究论文	利用sc-linker整合单细胞RNA测序和人类遗传学数据，识别与非小细胞肺癌相关的细胞类型和驱动基因	结合scRNA-seq、表观基因组SNP-to-gene映射和GWAS摘要统计，推断遗传变异影响的潜在细胞类型和疾病	研究依赖于sc-linker框架的准确性，且样本来源和数量可能影响结果的普适性	识别与非小细胞肺癌相关的特定细胞类型和驱动基因，以揭示致病机制和开发治疗策略	非小细胞肺癌（NSCLC）相关的细胞类型和基因	数字病理学	肺癌	scRNA-seq, GWAS, MAGMA	sc-linker	单细胞RNA测序数据、表观基因组数据、GWAS摘要统计数据	NA
44	2025-03-28	The multi-target mechanism of action of Selaginella doederleinii Hieron in the treatment of nasopharyngeal carcinoma: a network pharmacology and multi-omics analysis 2025-01-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-83921-3 PMID:39747499	研究论文	本研究通过网络药理学和多组学分析探讨了石上柏在治疗鼻咽癌中的多靶点作用机制	结合网络药理学、多组学分析及分子对接技术，揭示了石上柏活性成分通过多靶点、多途径协同作用治疗鼻咽癌的潜在机制	研究主要基于生物信息学分析，需进一步实验验证	探究石上柏治疗鼻咽癌的多靶点作用机制	鼻咽癌相关靶基因及石上柏活性成分	网络药理学	鼻咽癌	WGCNA分析、单细胞RNA测序、分子对接、分子动力学模拟	NA	基因表达数据、蛋白质互作数据	GSE53819数据集（具体样本数未提及）
45	2025-03-28	Spatiotemporal Cellular Dynamics of Germinal Center Reaction in Coronavirus Disease 2019 Lung-Draining Lymph Node Based on Imaging-Based Spatial Transcriptomics 2025-01, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2024.102180 PMID:39522760	研究论文	本研究利用基于成像的空间转录组学技术，揭示了SARS-CoV-2感染非人灵长类动物后，肺引流淋巴结中免疫细胞组成和组织结构形成的动态变化	首次使用成像空间转录组学技术解析COVID-19康复期和再感染过程中生发中心形成的免疫细胞动态变化	研究对象仅限于非人灵长类动物，未涉及人类患者	阐明SARS-CoV-2感染后淋巴结构恢复的细节及其对免疫记忆的影响	SARS-CoV-2感染的非人灵长类动物的肺引流淋巴结	空间转录组学	COVID-19	成像空间转录组学	NA	空间转录组数据	非人灵长类动物样本（具体数量未提及）
46	2025-03-28	Myosin 1f and Proline-rich 13 are transcriptionally upregulated yet functionally redundant in CD4+ T cells during blood-stage Plasmodium infection 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0320375 PMID:40132035	研究论文	研究在疟疾实验模型中，CD4+ T细胞中Myo1f和Prr13基因的转录上调及其功能冗余性	首次在T辅助细胞中鉴定并研究了Myo1f和Prr13基因的功能，尽管这些基因在效应和记忆分化过程中转录上调，但在功能上是冗余的	研究仅限于小鼠模型中的Plasmodium chabaudi chabaudi AS感染，可能不适用于其他疟原虫物种或人类感染	探究CD4+ T细胞在疟疾感染期间的分化机制，特别是Myo1f和Prr13基因的作用	CD4+ T细胞，特别是Plasmodium特异性TCR转基因PbTII细胞	免疫学	疟疾	scRNA-seq, 条件性基因敲除	小鼠感染模型	基因表达数据	NA
47	2025-03-28	Single-cell and transcriptome analyses revealed CTHRC1 a potential therapeutic target mediating invasion and tumor microenvironment in TNBC: experimental validation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1534981 PMID:40134434	研究论文	研究CTHRC1在三阴性乳腺癌(TNBC)肿瘤微环境中的关键作用及其作为潜在治疗靶点的可能性	首次系统性地研究了CTHRC1在TNBC中的表达特征及其通过调节M2型巨噬细胞影响肿瘤免疫微环境的机制	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探索CTHRC1在TNBC肿瘤微环境中的作用及其治疗潜力	三阴性乳腺癌(TNBC)患者样本和肿瘤微环境	肿瘤生物学	乳腺癌	RNA转录组分析、单细胞测序、多重免疫荧光分析	NA	RNA测序数据、单细胞测序数据	来自TCGA和GEO数据库的TNBC患者样本数据
48	2025-03-28	Jing-Yin-Gu-Biao formula protects mice from postinfluenza Staphylococcus aureus infection by ameliorating acute lung injury and improving hypercoagulable state via inhibiting NETosis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1567522 PMID:40134435	研究论文	本研究探讨了荆银固表方（JYGBF）对流感后金黄色葡萄球菌感染的保护作用及其机制	首次发现JYGBF通过抑制NETosis改善急性肺损伤和高凝状态	研究仅限于小鼠模型，尚未进行人体临床试验	评估JYGBF对流感后金黄色葡萄球菌感染的保护作用及相关机制	流感后金黄色葡萄球菌感染的小鼠模型	医学	急性呼吸道感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠感染模型	体内和体外实验数据	未明确说明具体样本数量
49	2025-03-28	Differential neuropilin isoform expressions highlight plasticity in macrophages in the heterogenous TME through in-silico profiling 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1547330 PMID:40134439	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了神经纤毛蛋白（NRP）异构体NRP1和NRP2在肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）中的差异表达及其在肿瘤微环境（TME）中的不同作用机制	首次在单细胞水平上揭示了NRP1和NRP2在ccRCC和SKCM肿瘤中的差异表达模式，并发现了与这两种异构体过表达相关的特定基因集	研究仅基于两种癌症类型（ccRCC和SKCM）的数据，可能无法完全代表其他癌症类型中NRP异构体的表达模式	探究NRP1和NRP2在肿瘤相关巨噬细胞中的差异表达及其在肿瘤微环境中的作用机制	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）和皮肤黑色素瘤（SKCM）中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	肾癌, 黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 差异基因表达分析（DEGA）	聚类算法	RNA测序数据	来自ccRCC和SKCM肿瘤的样本（具体数量未明确说明）
50	2025-03-28	Discrepancies between human and murine model cerebral aneurysms at single-cell resolution 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1512938 PMID:40134579	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术比较了人类和小鼠模型脑动脉瘤的细胞和分子差异	首次在单细胞分辨率下系统地比较了人类和小鼠模型脑动脉瘤的差异，揭示了表型可修饰细胞的关键不同	研究仅基于单细胞RNA测序数据，未进行功能验证实验	探究人类和小鼠模型脑动脉瘤的细胞和分子差异	人类和小鼠模型的脑动脉瘤组织	digital pathology	cardiovascular disease	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	未明确说明样本数量
51	2025-03-28	Application and Progression of Single-Cell RNA Sequencing in Diabetes Mellitus and Diabetes Complications 2025, Journal of diabetes research IF:3.6Q2 DOI:10.1155/jdr/3248350 PMID:40135071	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在糖尿病及其并发症研究中的应用和进展	强调了scRNA-seq在糖尿病研究中识别新型生物标志物和免疫治疗靶点的潜力	未提及具体实验数据或样本量的限制	探讨scRNA-seq在糖尿病及其并发症研究中的应用	糖尿病及其并发症（如糖尿病视网膜病变、糖尿病心肌病和糖尿病肾病）	digital pathology	糖尿病	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
52	2025-03-27	AQP1 Affects Necroptosis by Targeting RIPK1 in Endothelial Cells of Atherosclerosis 2025, Vascular health and risk management IF:2.6Q2 DOI:10.2147/VHRM.S487327 PMID:40129682	研究论文	本研究探讨了AQP1通过靶向RIPK1影响动脉粥样硬化内皮细胞中的坏死性凋亡	揭示了AQP1通过抑制RIPK3和MLKL的表达来抑制动脉粥样硬化中的坏死性凋亡的新机制	研究主要基于体外实验和测序分析，缺乏体内实验验证	探究AQP1是否通过结合RIPK1并降低RIPK3和MLKL的表达来影响动脉粥样硬化中的坏死性凋亡	动脉粥样硬化患者和正常人的股动脉和主动脉样本	分子生物学	心血管疾病	单细胞测序、空间转录组学、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、Western Blot(WB)	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	动脉粥样硬化组织和正常组织的样本
53	2025-03-27	Hypoxia-associated genes as predictors of outcomes in gastric cancer: a genomic approach 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1553477 PMID:40129974	研究论文	研究缺氧相关基因在胃腺癌中的作用并构建预后模型	通过单细胞RNA测序分析鉴定出四个缺氧亚群和四个非缺氧亚群，构建了一个由五个H1特异性转录因子组成的预后模型，该模型在预测总生存期方面表现出色	研究依赖于TCGA和GEO数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探讨缺氧相关基因在胃腺癌中的影响并构建预后模型	胃腺癌(STAD)患者和细胞系	基因组学	胃癌	scRNA-seq, qRT-PCR, WGCNA, GO-BP/KEGG富集分析	LassoCox算法	RNA表达数据和临床数据	来自TCGA和GEO数据库的胃腺癌样本，以及GSE183904中的原发胃癌样本
54	2025-03-27	Interleukin-27-polarized HIV-resistant M2 macrophages are a novel subtype of macrophages that express distinct antiviral gene profiles in individual cells: implication for the antiviral effect via different mechanisms in the individual cell-dependent manner 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1550699 PMID:40129989	research paper	该研究探讨了IL-27极化的HIV抗性M2巨噬细胞（27-Mac）作为一种新型巨噬细胞亚型的生物学功能和基因表达特征，及其通过不同抗病毒基因产物在个体细胞中抵抗HIV感染的机制	发现27-Mac是一种新型巨噬细胞亚型，具有独特的抗病毒基因表达谱和不同于其他M2d亚型的抗HIV机制	研究仅基于体外实验，未在体内模型中验证27-Mac的抗病毒效果	探究IL-27极化的巨噬细胞（27-Mac）的生物学特性和抗HIV机制	健康供体来源的单核细胞分化而来的巨噬细胞	免疫学	HIV感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、p24抗原捕获试验、活性氧（ROS）测定、吞噬试验、IsoPlexis细胞因子检测系统	NA	基因表达数据、细胞功能数据	健康供体来源的单核细胞
55	2025-03-26	TM4SF1 overexpression in tumor-associated endothelial cells promotes microvascular invasion in hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1526177 PMID:40123905	研究论文	本研究探讨了肿瘤相关内皮细胞（TECs）在肝细胞癌（HCC）微血管侵犯（MVI）中的作用，并发现TM4SF1的高表达通过影响上皮-间质转化（EMT）促进MVI	首次揭示了TM4SF1在TECs中的高表达通过调控EMT促进HCC的微血管侵犯，为HCC治疗提供了新的潜在靶点	样本量较小（仅3例MVI和2例非MVI患者），且未进行体内功能验证实验	探究肿瘤相关内皮细胞在肝细胞癌微血管侵犯中的分子机制	肝细胞癌患者的肿瘤相关内皮细胞	肿瘤生物学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）、生物信息学分析	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据、病理标本数据	3例MVI和2例非MVI患者的scRNA-seq数据，5个ST数据集，4例HCC术后病理标本
56	2025-03-26	Identification and validation of m6A RNA methylation and ferroptosis-related biomarkers in sepsis: transcriptome combined with single-cell RNA sequencing 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1543517 PMID:40124361	research paper	该研究通过转录组和单细胞RNA测序技术，识别并验证了与脓毒症相关的m6A RNA甲基化和铁死亡相关生物标志物	首次结合m6A RNA甲基化和铁死亡相关基因，通过机器学习方法筛选出DPP4和TXN作为脓毒症的生物标志物，并在单细胞水平进行了验证	研究样本量有限，且需要进一步实验验证这些生物标志物的功能机制	探索脓毒症的分子机制并寻找潜在的治疗靶点	脓毒症患者和对照组的转录组数据及临床样本	生物信息学	脓毒症	转录组测序, 单细胞RNA测序, RT-qPCR	WGCNA, 机器学习方法	RNA测序数据, 临床样本数据	公共数据库中的转录组数据集及临床样本
57	2025-03-26	Integrative analysis of single-cell and bulk RNA sequencing reveals the oncogenic role of ANXA5 in gastric cancer and its association with drug resistance 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1562395 PMID:40124374	研究论文	通过整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了ANXA5在胃癌中的致癌作用及其与耐药性的关联	首次整合单细胞和批量RNA测序数据，识别出MUC5AC+恶性上皮细胞群在胃癌侵袭和EMT中的关键作用，并验证了ANXA5的致癌功能	研究主要基于公共数据库数据，实验验证部分可能样本量有限	探索胃癌进展的分子机制并寻找潜在治疗靶点	胃癌组织样本和细胞系	生物信息学	胃癌	RNA-seq（单细胞和批量）	预后风险模型	基因表达数据	来自TCGA、GEO和OMIX001073数据库的多个数据集
58	2025-03-26	Genetic factors associated with erectile dysfunction- mendelian randomisation analysis 2025, American journal of clinical and experimental urology IF:1.5Q3 DOI:10.62347/BVHS3637 PMID:40124574	研究论文	本研究通过孟德尔随机化分析探讨了与勃起功能障碍(ED)相关的潜在遗传保护基因	首次通过孟德尔随机化分析识别出263个与ED相关的基因，其中TRIP10显示出最强的保护作用	研究主要基于芬兰人群的GWAS数据，可能不适用于其他人群	从遗传学角度探索ED的潜在保护基因	勃起功能障碍(ED)患者和对照人群	遗传学	勃起功能障碍	GWAS、孟德尔随机化分析、eQTL分析、单细胞测序	孟德尔随机化模型	基因组数据、单细胞测序数据	95,178人(1,154例ED患者和94,024例对照)
59	2025-03-26	TGF-β-mediated activation of fibroblasts in cervical cancer: implications for tumor microenvironment and prognosis 2025, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.19072 PMID:40124621	研究论文	本研究探讨了TGF-β信号在宫颈癌相关成纤维细胞中的作用及其与免疫细胞的相互作用，旨在阐明其对宫颈癌进展的影响	通过单细胞RNA测序数据识别了TME中的主要细胞类型，并构建了一个基于三个基因的预后模型，验证了其在临床应用中的潜力	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分相对有限	阐明TGF-β信号在宫颈癌微环境中的作用及其对肿瘤进展的影响	宫颈癌患者的肿瘤微环境，特别是癌症相关成纤维细胞和免疫细胞	肿瘤生物学	宫颈癌	scRNA-seq, WGCNA, qRT-PCR, CCK-8, 划痕实验	预后基因模型（基于ITGA5、SHF和SNRPN）	基因表达数据	TCGA-CESC数据集及实验验证的宫颈癌细胞
60	2025-03-26	Distinct Immunological Features Compared to Lichen Planus and Oral Lichen Planus 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S506313 PMID:40125076	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了口腔扁平苔藓（OLP）与扁平苔藓（LP）在免疫病理机制上的差异	发现了OLP患者NK细胞中前列腺素D2合成酶（PTGDS）的高表达，以及一种新型CXCR4高-TSC22D3高CD4细胞毒性T细胞亚群	样本量较小（16名OLP患者和5名健康对照），且需要进一步验证潜在的治疗靶点	阐明OLP与LP在免疫病理机制上的差异，为精准诊断和治疗提供依据	口腔扁平苔藓（OLP）患者和扁平苔藓（LP）患者的免疫细胞和组织微环境	免疫学	口腔扁平苔藓和扁平苔藓	单细胞转录组学、酶联免疫吸附试验（ELISA）	NA	转录组数据、蛋白质数据	16名OLP患者和5名健康对照的PBMCs，以及OLP和LP的病变组织