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当前共找到 2168 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2026-05-01 |
Cell signaling characterization for spatial transcriptomics (ST) data using network analysis
2025, Complex networks & their applications. International Conference on Complex Networks and Their Applications
DOI:10.1007/978-3-031-82435-7_32
PMID:40510773
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研究论文 | 提出一种基于网络分析的细胞通讯方法，用于空间转录组学数据的细胞信号表征 | 首次为空间转录组学数据构建全连接有向加权网络模型，利用低维嵌入和加权入度中心性量化配体-受体交互的信号活动 | 仅在三个特定配体-受体交互上验证，未评估高通量交互的扩展性 | 开发一种从空间转录组学数据中表征细胞信号活动的方法 | 空间转录组学数据中的配体-受体相互作用 | 机器学习， 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 网络模型（加权有向图） | 基因表达数据 | 一个真实空间转录组学数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 42 | 2026-04-30 |
Cross-species analyses of thymic mimetic cells reveal evolutionarily ancient origins and both conserved and species-specific elements
2025-Jan-14, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2024.11.025
PMID:39731911
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研究论文 | 通过跨物种分析胸腺模拟细胞，揭示其演化古老起源及保守与物种特异性特征 | 首次对人类儿童胸腺模拟细胞进行单细胞RNA测序，并与小鼠和斑马鱼数据整合，发现保守的演化特征和物种特异性适应 | 未明确说明局限性 | 探究胸腺模拟细胞的跨物种保守性与物种特异性，及其在自身免疫中的潜在作用 | 人类儿童、小鼠和斑马鱼的胸腺模拟细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类儿童捐献者（具体数量未说明），小鼠和斑马鱼样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 43 | 2026-04-28 |
Liver X receptor unlinks intestinal regeneration and tumorigenesis
2025-01, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08247-6
PMID:39567700
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研究论文 | 研究发现肝X受体（LXR）通路在肠道损伤中激活，通过调节上皮细胞分泌双调蛋白（Areg）促进再生，同时抑制肿瘤发生 | 首次揭示LXR可作为肠道再生与肿瘤发生之间的分子开关，通过CYP27A1酶介导的配体生成机制实现损伤修复与抗癌的平衡调节 | 需要进一步验证LXR在人肠道中的具体调控网络，以及长期激活LXR对正常组织稳态的影响 | 探究肠道损伤后组织再生与肿瘤发生之间是否存在解偶联的分子机制 | 小鼠肠道损伤模型、肠道类器官、人结直肠癌标本 | 分子生物学， 癌症生物学 | 结直肠癌 | RNA-seq， 单细胞RNA测序， 药理学干预， 基因敲除/过表达 | NA | 基因表达数据， 单细胞转录组数据 | 两种小鼠肠道损伤模型的RNA-seq数据集， 人结直肠癌标本（具体数量未提及） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 44 | 2026-04-28 |
Single-cell multi-omics analysis reveals cellular subpopulations associated with relapse in high-risk B-ALL following intensified chemotherapy
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1645546
PMID:41312364
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研究论文 | 对高危B细胞急性淋巴细胞白血病强化化疗后复发相关的细胞亚群进行单细胞多组学分析 | 结合scRNA-seq和scATAC-seq的单细胞多组学分析，首次鉴定出与强化化疗耐药相关的HSC/MPP和Pro-B细胞亚群及其分子特征 | NA | 揭示高危B-ALL强化化疗后复发的分子机制 | 高危B-ALL患儿强化化疗后的外周血单核细胞（PBMCs）及健康对照 | 数字病理学 | 儿童急性淋巴细胞白血病（B-ALL） | scRNA-seq, scATAC-seq | NA | 单细胞组学数据 | 高危B-ALL患儿及健康对照的PBMCs | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3', 10x Chromium Single Cell ATAC |
| 45 | 2026-04-27 |
Smooth Muscle Cells and Fibroblasts in the Proximal Thoracic Aorta Exhibit Minor Differences Between Embryonic Origins in Angiotensin II-driven Transcriptional Alterations
2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.23.610985
PMID:39896657
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研究论文 | 探究在血管紧张素II驱动的转录变化中，近端胸主动脉平滑肌细胞和成纤维细胞在胚胎起源间的微小差异 | 首次在预病理阶段比较了血管紧张素II诱导下第二心场和心脏神经嵴起源的平滑肌细胞与成纤维细胞的转录组差异，并发现了新的成纤维细胞亚群 | 仅关注预病理阶段，未涉及长期血管紧张素II输注后的进展期变化；且差异微小，可能需更大样本量或更敏感的方法来验证 | 揭示血管紧张素II介导的胸主动脉病变中不同胚胎起源细胞（平滑肌细胞和成纤维细胞）的转录组响应差异 | 小鼠近端胸主动脉的平滑肌细胞和成纤维细胞，分为第二心场起源和非第二心场起源 | 机器学习和生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠近端胸主动脉组织，经血管紧张素II输注或基线对照，每组样本量未明确说明 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 46 | 2026-04-25 |
Transcriptional determinants of goal-directed learning and representational drift in the parahippocampal cortex
2025-01-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.115175
PMID:39792551
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研究论文 | 本文通过双光子钙成像与空间转录组学技术，揭示了内嗅皮层中目标导向学习的转录决定因素及表征漂移机制 | 首次结合空间转录组学和钙成像技术，识别出即刻早期基因定义的神经元网络，并发现脑源性神经营养因子缺失会破坏该网络及学习能力 | 未说明 | 解析内嗅皮层中表征漂移的分子机制及其在目标导向学习中的作用 | 小鼠内嗅皮层神经元 | 神经科学 | NA | 双光子钙成像, 空间转录组学 | NA | 钙成像图像, 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学, 双光子成像 | NA | NA |
| 47 | 2026-04-25 |
Dissecting the cell microenvironment of ovarian endometrioma through single-cell RNA sequencing
2025-01, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-024-2638-9
PMID:39470923
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序解析卵巢子宫内膜瘤的细胞微环境 | 首次利用单细胞转录组学揭示卵巢子宫内膜瘤中IGFBP5巨噬细胞激活、NK细胞耗竭及IQCG和KLF2上皮异常增殖等关键细胞和分子特征 | 样本量有限且仅聚焦于组织水平，可能未完全反映疾病进展中的动态变化 | 阐明卵巢子宫内膜瘤的分子和细胞机制，以改善诊断和治疗策略 | 卵巢子宫内膜瘤患者和健康捐赠者的子宫内膜组织细胞 | 单细胞转录组学 | 卵巢子宫内膜瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 超过52,000个来自卵巢子宫内膜瘤患者和健康捐赠者的单个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 48 | 2026-04-25 |
Resolving the developmental mechanisms of cardiac microthrombosis of SARS-CoV-2 based on single-cell transcriptome analysis
2025-01, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-023-2624-9
PMID:39470924
|
研究论文 | 利用单细胞转录组分析解析SARS-CoV-2引发心脏微血栓的发育机制 | 首次通过单细胞测序分析揭示了SARS-CoV-2感染后心脏微血栓形成的关键细胞类型（MYO1ERASGEF1B单核来源巨噬细胞）及其通过激活趋化因子CCL3和CCL5启动外源性凝血通路的机制，并发现铁含量升高、氧化应激和代谢改变在其中的作用 | 样本来源仅限于死亡患者，可能无法完全代表整体病程；缺乏对活体患者动态变化的验证 | 阐明SARS-CoV-2感染引起心脏微血栓的细胞和分子机制 | 健康捐赠者、COVID-19伴凝血异常高凝期死亡患者和纤溶期死亡患者的右心室游离壁组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 61,187个细胞，来自24种免疫细胞亚群和13种心脏驻留细胞亚群 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 49 | 2026-04-25 |
Lung macrophages in pulmonary homeostasis and disease: from basic biology to clinical applications
2025, Central-European journal of immunology
DOI:10.5114/ceji.2025.154651
PMID:42028388
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综述 | 总结了肺巨噬细胞在肺部稳态和疾病中的基本生物学功能及其作用机制 | 通过单细胞转录组学、CRISPR基因编辑和蛋白质组学等先进技术，系统揭示了肺巨噬细胞的异质性、发育起源和功能景观 | 该领域仍面临挑战，未来研究需要跨学科努力以阐明巨噬细胞在疾病中的分子机制 | 探讨肺巨噬细胞在肺部疾病中的作用机制及临床应用的潜在治疗靶点 | 肺巨噬细胞 | machine learning | lung cancer, acute respiratory distress syndrome, asthma, chronic obstructive pulmonary disease, influenza, tuberculosis | 单细胞转录组学、CRISPR基因编辑、蛋白质组学 | NA | NA | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 50 | 2026-04-24 |
Single-cell omics: experimental workflow, data analyses and applications
2025-01, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-023-2561-0
PMID:39060615
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综述 | 全面总结单细胞组学实验流程、数据分析方法及应用 | 系统梳理单细胞组学技术从基因组到代谢组的多层次扩展，以及空间转录组和CRISPR筛选等整合进展 | 未详细说明具体技术对比和性能评估 | 提供单细胞测序及相关数据分析的方法学选择指导 | 单细胞组学技术及其应用 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞基因组学, 单细胞表观基因组学, 单细胞蛋白质组学, 单细胞代谢组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 51 | 2026-04-24 |
Perspective on recent developments and challenges in regulatory and systems genomics
2025, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf106
PMID:40626041
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综述文章 | 讨论调控和系统基因组学的最新发展、技术局限与未来方向 | 系统评述了顺式调控密码的解读进展、序列-功能神经网络方法及新兴空间转录组学技术 | 指出当前计算方法的基准测试挑战、技术局限及知识空白 | 旨在推动更通用的顺式调控代码模型的构建 | 非编码区的顺式调控元件及基因调控网络 | 机器学习 | NA | 空间转录组学、三维染色质组织分析、基因组学检测 | 序列-功能神经网络 | 基因表达数据、染色质构象数据、基因组序列数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 52 | 2026-04-23 |
An immune-focused supplemental alignment pipeline captures information missed from dominant single-cell RNA-seq analyses, including allele-specific MHC-I regulation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1596760
PMID:40861433
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研究论文 | 本文介绍了一种名为nimble的补充对齐工具，用于增强标准RNA-seq分析流程，特别关注免疫相关基因数据的捕获 | 开发了nimble工具，通过自定义基因空间和可定制的评分标准，补充标准RNA-seq分析，有效恢复因遗传多态性或基因组注释不准确而丢失的免疫基因数据 | 未明确提及具体的技术限制或样本量不足等问题 | 提高RNA-seq数据分析的准确性和完整性，特别是在免疫学研究中捕获标准分析可能遗漏的信息 | RNA-seq数据，包括bulk和单细胞RNA-seq数据，重点关注免疫相关基因如MHC和KIR | 自然语言处理 | NA | RNA-seq，单细胞RNA-seq | NA | 序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 53 | 2026-04-23 |
Revealing tissue architecture through the hypercomplex Fourier analysis of spatial transcriptomics data
2025, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf191
PMID:41195088
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研究论文 | 本文提出了一种使用四元数域离散傅里叶变换分析空间转录组学数据的方法 | 首次将四元数表示应用于空间转录组学数据，实现多维特征整合和傅里叶分析 | 方法主要针对Visium HD数据，在其他平台或单细胞RNA测序数据中的应用需进一步验证 | 开发新的数学框架以增强空间转录组学数据的分析和可视化能力 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 四元数域离散傅里叶变换 | 空间转录组学数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium HD | Visium HD空间转录组学平台 |
| 54 | 2026-04-23 |
Single-Cell RNA Sequencing Identifies CCR6-Driven Immune Landscape Changes in RM1 Prostate Cancer Bone Metastasis
2025 Jan-Dec, DNA and cell biology reports
DOI:10.1089/dcbr.2025.0001
PMID:42004296
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了CCR6缺失如何影响RM1前列腺癌骨转移模型中骨髓免疫细胞的通讯与动态变化 | 首次在RM1前列腺癌骨转移模型中，通过单细胞RNA测序系统揭示了CCR6驱动的免疫微环境重塑机制，并识别了关键的转录因子网络和细胞通讯通路变化 | 研究基于小鼠模型，虽然与人类去势抵抗性前列腺癌骨转移数据有保守性验证，但直接临床转化仍需进一步人体实验确认 | 探究CCR6在前列腺癌骨转移免疫微环境中的作用机制，以寻找免疫治疗新靶点 | RM1前列腺癌骨转移模型中的骨髓免疫细胞 | 单细胞组学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 野生型与CCR6敲除C57BL/6小鼠注射RM1-BoM3细胞后的骨髓样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 55 | 2026-04-22 |
TimeFlies: an snRNA-seq aging clock for the fruit fly head sheds light on sex-biased aging
2025-Jan-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.25.625273
PMID:39896546
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研究论文 | 本文介绍了TimeFlies，一种基于单细胞RNA测序的果蝇头部衰老时钟，利用深度学习预测供体年龄并揭示性别差异 | 开发了首个基于全基因组基因表达谱的泛细胞类型单细胞转录组衰老时钟，并应用于探究性别差异在衰老中的机制 | 研究局限于果蝇头部，未涉及其他组织或物种，且单细胞测序技术可能存在技术偏差 | 构建一个稳健的单细胞转录组衰老时钟，以识别年龄相关基因并探究性别特异性衰老途径 | 果蝇头部细胞 | 自然语言处理 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 基因表达数据 | 未指定具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 56 | 2026-04-22 |
Spatial proteomics and transcriptomics characterization of tissue and multiple cancer types including decalcified marrow
2025-Jan, Cancer biomarkers : section A of Disease markers
IF:2.2Q3
DOI:10.1177/18758592241308757
PMID:40109220
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研究论文 | 本研究通过优化空间生物学技术方法，包括开发多癌组织微阵列和分子与蛋白质友好的脱钙方案，评估了PhenoCycler-Fusion和Xenium平台在多种肿瘤类型（包括脱钙骨髓）中的空间蛋白质组学和转录组学应用 | 开发了分子与蛋白质友好的脱钙方案，用于处理FFPE骨髓核心样本，以保留核酸用于有效的空间蛋白质组学和转录组学分析，并建立了系统性的组织质量、标记物完整性和数据可重复性评估方法 | 未明确提及样本量限制或技术适用范围的具体局限性 | 优化空间生物学技术方法，解决不同组织和肿瘤类型的预分析挑战，以支持下游空间生物学研究 | 多癌组织微阵列（TMA）和脱钙处理的FFPE骨髓核心样本 | 空间生物学 | 多癌种 | 空间蛋白质组学、空间转录组学、高重免疫组织化学（IHC）、单细胞分析 | NA | 图像、转录组数据、蛋白质表达数据 | NA | 10x Genomics, Akoya Biosciences | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | Xenium, PhenoCycler-Fusion | Xenium用于空间转录组学分析，PhenoCycler-Fusion用于高重空间蛋白质组学分析 |
| 57 | 2026-04-21 |
PDGF-BB overexpressing dental pulp stem cells improve angiogenesis in dental pulp regeneration
2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2025.1578410
PMID:40343206
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现人牙髓中PDGF(+)间充质子集具有增强的血管生成特征，并通过过表达PDGF-BB的牙髓干细胞改善牙髓再生中的血管生成 | 首次利用单细胞RNA测序识别牙髓中具有血管生成潜能的PDGF(+)间充质子集，并通过基因工程过表达PDGF-BB增强牙髓干细胞的血管生成能力 | 研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果需进一步验证 | 改善牙髓再生中的血管生成，以克服牙髓组织营养供应受限的挑战 | 人牙髓样本、牙髓干细胞(DPSCs)、人脐静脉内皮细胞(HUVECs)、大鼠肾脏包膜移植模型 | 数字病理学 | 牙髓疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、多重免疫组化、慢病毒载体转导 | NA | RNA测序数据、图像数据 | 未明确具体样本数量，涉及人牙髓样本和大鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 58 | 2026-04-17 |
Organ-specific microenvironments drive divergent T cell evolution in acute graft-versus-host disease
2025-Jan-29, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.ads1298
PMID:39879321
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研究论文 | 本研究利用非人灵长类动物急性移植物抗宿主病模型，结合多参数流式细胞术、群体转录组分析和单细胞RNA/TCR测序，揭示了肺和肝脏中浸润T细胞在转录程序和克隆扩增方面的器官特异性差异 | 首次在aGVHD模型中系统揭示组织微环境信号如何独立于抗原特异性驱动T细胞的器官特异性转录程序和克隆进化 | 研究基于非人灵长类动物模型，临床转化需进一步验证；单细胞测序样本量相对有限 | 探究组织特异性T细胞免疫应答在急性移植物抗宿主病中的机制 | 非人灵长类动物急性移植物抗宿主病模型中的组织浸润T细胞 | 系统免疫学 | 移植物抗宿主病 | 多参数流式细胞术、群体转录组分析、单细胞RNA测序、单细胞TCR测序 | NA | 单细胞转录组数据、TCR序列数据、流式细胞数据 | 非人灵长类动物模型样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞TCR-seq | NA | NA |
| 59 | 2026-04-15 |
Experimental and Computational Methods for Allelic Imbalance Analysis from Single-Nucleus RNA-seq Data
2025-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.13.607784
PMID:39185246
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研究论文 | 本文探讨了实验和计算方法如何改进单细胞RNA测序数据中的等位基因失衡分析 | 开发了新的计算工具套件，专注于利用单核RNA测序中的内含子区域读取来增强等位基因特异性表达分析，并比较了等位基因失衡分析与eQTL分析在识别SNP/基因对方面的效能 | 未明确说明样本的具体来源或实验设计的潜在偏差 | 改进单细胞RNA测序数据中的等位基因失衡分析方法 | 单细胞RNA测序和单核RNA测序数据，特别是来自帕金森病队列的样本 | 生物信息学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序，单核RNA测序，等位基因特异性表达分析 | NA | RNA测序数据 | 94名个体的帕金森病队列 | NA | 单细胞RNA-seq，单核RNA-seq | NA | NA |
| 60 | 2026-04-14 |
Cell motility influences microfluidics capturing in scRNA-seq
2025, Open research Europe
DOI:10.12688/openreseurope.19781.2
PMID:41971304
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研究论文 | 本研究探讨了微流体捕获方法在单细胞RNA测序中对运动性细胞（如鞭毛寄生虫）的适用性，并提出了一种快速冷却策略以提高封装效率 | 首次系统研究了微流体系统对运动性细胞的捕获偏差，并开发了一种通过快速冷却至0°C来降低细胞运动性、避免转录组变化的优化方法 | 研究仅针对鞭毛寄生虫在10x Genomics平台上的应用，未涵盖其他运动性细胞类型或微流体系统，且样本规模可能有限 | 优化微流体单细胞RNA测序协议，以更准确地捕获和分析运动性细胞，避免因细胞运动性导致的亚群丢失偏差 | 鞭毛寄生虫（具体物种未在摘要中明确说明） | 单细胞测序技术 | 寄生虫感染（未指定具体疾病） | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本数量 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium（推断，基于平台描述） | 10x Genomics微流体单细胞RNA测序平台（具体配置未详细说明） |