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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 541 | 2025-11-04 |
Construction of a prognostic prediction model for concurrent radiotherapy in cervical cancer using GEO and TCGA databases with preliminary validation analysis
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0334281
PMID:41171827
|
研究论文 | 利用GEO和TCGA数据库构建宫颈癌同步放疗预后预测模型并进行初步验证分析 | 首次整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,识别出MPP5、SNX7、LSM12和GALNT3四个与放疗敏感性相关的关键基因并构建预后预测模型 | 研究样本量相对有限,需要更大规模的前瞻性研究进一步验证模型的临床适用性 | 开发宫颈癌同步放疗的预后预测模型,识别可靠的预后标志物 | 宫颈癌患者和相关的基因表达数据 | 生物信息学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 免疫组织化学 | Cox回归模型 | 基因表达数据, 临床数据 | 144例宫颈癌样本(来自TCGA数据库)和两个GEO数据集(GSE236738和GSE56363) | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 542 | 2025-11-04 |
In-Silico discovery of Pediatric Acute-Myeloid-Leukemia (pAML) causing druggable molecular signatures highlighting their pathogenetic processes and therapeutic agents through single-cell RNA-Seq profile analysis
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0335410
PMID:41171828
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析发现儿童急性髓系白血病的可靶向分子特征及其治疗药物 | 首次通过整合单细胞RNA测序数据识别pAML关键细胞类型和核心基因,并系统筛选潜在治疗药物 | 研究基于计算模拟和体外数据分析,需要进一步实验验证 | 发现儿童急性髓系白血病的致病分子特征和替代治疗药物 | 儿童急性髓系白血病患者和健康对照组的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 白血病 | 单细胞RNA测序,分子对接,分子动力学模拟 | PPI网络分析,调控网络分析,GSEA分析 | 单细胞RNA测序数据 | 两个数据集(GSE154109和GSE235923) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 543 | 2025-11-03 |
Integrated single-cell and bulk RNA sequencing analysis reveals ACACA as a potential prognostic and immunotherapeutic biomarker across cancers
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1599223
PMID:41169354
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研究论文 | 通过整合单细胞和bulk RNA测序分析,揭示ACACA作为跨癌种潜在预后和免疫治疗生物标志物 | 首次在多癌种水平系统研究ACACA的表达模式及其与免疫微环境的关联 | 研究主要基于公共数据库数据,实验验证仅限于肺癌和肉瘤细胞 | 探索ACACA在癌症中的多组学特征和免疫学意义 | 多种癌症类型(重点关注肺癌和肉瘤) | 生物信息学 | 多癌种(重点关注肺癌和肉瘤) | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,转录组学,蛋白质组学 | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据,临床数据 | TCGA、CPTAC、HPA和GEO数据库中的多癌种样本 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 544 | 2025-11-03 |
ADAM8 in macrophages exacerbates sepsis-induced cardiomyopathy by impeding efferocytosis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1654688
PMID:41169382
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研究论文 | 本研究揭示了ADAM8在巨噬细胞中通过阻碍胞葬作用加剧脓毒症诱发的心肌病 | 首次发现ADAM8在脓毒症心肌病中调控巨噬细胞胞葬作用的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类临床样本中验证 | 探究ADAM8在脓毒症诱发心肌病中的具体作用机制 | 小鼠模型和RAW264.7巨噬细胞系 | 分子生物学 | 脓毒症心肌病 | 单细胞转录组测序,RNA转录组测序,免疫荧光 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,蛋白质表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 545 | 2025-11-03 |
Multi-omics analysis and evidence of IL1R1 as a potential biomarker for diabetes-associated intervertebral disc degeneration
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1692185
PMID:41169383
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析鉴定IL1R1作为糖尿病相关椎间盘退变的潜在生物标志物 | 首次将IL1R1确立为连接2型糖尿病和椎间盘退变的关键分子桥梁,揭示了中性粒细胞介导的炎症机制 | 研究主要基于生物信息学分析,需要进一步实验验证 | 探索2型糖尿病与椎间盘退变之间的共享分子机制 | 人类T2DM和IDD转录组数据集、糖尿病小鼠髓核组织 | 生物信息学 | 糖尿病相关椎间盘退变 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, 分子对接 | LASSO, 随机森林, 人工神经网络 | 转录组数据, 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
| 546 | 2025-11-03 |
Comprehensive analyses of single-cell and bulk RNA-seq reveal the biological and prognostic roles of BMP4 in pancreatic adenocarcinoma
2025, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2025.1686938
PMID:41169612
|
研究论文 | 通过单细胞和bulk RNA-seq综合分析BMP4在胰腺腺癌中的生物学功能和预后作用 | 首次系统揭示BMP4在胰腺癌中的代谢调控功能及其作为独立预后因子的价值 | BMP4对免疫细胞浸润的影响有限,其预后作用主要独立于免疫调节机制 | 探究BMP4在胰腺腺癌中的生物学功能和临床预后意义 | 胰腺腺癌患者样本和细胞 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 547 | 2025-11-03 |
Opportunities and challenges in the application of spatiotemporal transcriptomics in plant research
2025, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2025.1684057
PMID:41169728
|
综述 | 探讨时空转录组学技术在植物研究中的应用机遇与挑战 | 系统阐述空间转录组技术如何整合高通量转录组学与高分辨率组织成像,突破传统转录组学局限 | NA | 为系统揭示生命过程的时空调控提供理论和方法学支持 | 植物组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据,组织图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 548 | 2025-11-03 |
Research advances of the establishment and characterization of Helicobacter pylori infection animal models
2025, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2025.1683366
PMID:41170432
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综述 | 本文综述了幽门螺杆菌感染动物模型的建立与表征研究进展 | 探讨了空间转录组学在该领域的潜在应用,并系统总结了模型建立的关键要素 | 综述性文章,不包含原始实验数据 | 支持临床前研究,建立稳定可重复的动物模型以模拟人类感染和疾病进展 | 幽门螺杆菌感染动物模型 | NA | 胃部疾病 | 空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 549 | 2025-11-03 |
Multiplets in scRNA-seq data: Extent of the problem and efficacy of methods for removal
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0333687
PMID:41166377
|
研究论文 | 评估单细胞RNA测序数据中多重捕获问题的普遍程度及现有检测方法的有效性 | 通过细胞哈希数据确定真实多重捕获率的下限,揭示常用启发式估计系统性低估问题,并提出改进的泊松模型 | 大多数数据集缺乏多重标记技术验证,研究者只能依赖有限的工具和启发式方法 | 评估单细胞RNA测序中多重捕获问题的严重性和现有检测方法的效能 | 公共可用的单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,细胞哈希技术 | 泊松模型 | 单细胞RNA测序数据 | 多个公共数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 液滴式单细胞RNA测序 |
| 550 | 2025-11-02 |
GTestimate: improving relative gene expression estimation in scRNA-seq using the Good-Turing estimator
2025-Jan-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaf084
PMID:41159548
|
研究论文 | 提出基于Good-Turing估计器的单细胞RNA测序标准化方法GTestimate,用于改进基因相对表达量估计 | 首次将Good-Turing估计器应用于单细胞RNA测序标准化,并开发了新型细胞靶向PCR扩增方法(cta-seq)进行验证 | 未明确说明方法在特定细胞类型或实验条件下的适用性限制 | 改进单细胞RNA测序中的技术变异问题,提高基因相对表达量估计的准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, PCR扩增 | Good-Turing估计器 | 基因表达数据 | 4个示例数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 551 | 2025-11-02 |
Unsupervised multiscale clustering of single-cell transcriptomes to identify hierarchical structures of cell subtypes
2025-Jan-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaf111
PMID:41066207
|
研究论文 | 开发了一种用于单细胞转录组数据的多尺度聚类方法,以识别细胞亚型的层次结构 | 提出构建稀疏细胞-细胞相关性网络的无监督多尺度聚类方法,能够在多个分辨率下识别新的细胞类型和亚型 | NA | 改进单细胞RNA测序数据中的细胞聚类方法,以揭示更精细的细胞景观结构 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 多尺度聚类 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 552 | 2025-11-02 |
Integrated machine learning-based establishment of a prognostic model in multicenter cohorts for acute myeloid leukemia
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1649594
PMID:41164126
|
研究论文 | 本研究通过整合机器学习方法建立了急性髓系白血病的预后模型MLAPS | 使用10种机器学习算法的101个模型开发预后特征,并通过实验验证CD69在AML恶性进展中的作用 | NA | 评估白血病细胞相关基因的功能和预后意义 | 急性髓系白血病患者 | 机器学习 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序 | 集成机器学习模型 | 基因表达数据 | 多个独立队列验证 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 553 | 2025-11-02 |
Integrative modeling of malignant epithelial programs in EGFR-mutant LUAD via single-cell transcriptomics and multi-algorithm machine learning
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1661679
PMID:41164195
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研究论文 | 通过单细胞转录组学和多算法机器学习整合建模EGFR突变肺腺癌中的恶性上皮程序 | 在单细胞水平解析EGFR突变上皮细胞的恶性程序,开发了EGFRmERS预后评分系统并验证其优于现有模型,首次将PERP鉴定为关键功能基因 | 使用公开数据库数据,样本来源可能受限;功能验证仅限于体外实验 | 表征EGFR突变肺腺癌中恶性上皮细胞特征,开发预后预测模型 | EGFR突变肺腺癌患者样本中的恶性上皮细胞 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序,qRT-PCR,Transwell迁移/侵袭实验,集落形成实验 | inferCNV,k-means聚类,Monocle2,十种机器学习算法 | 单细胞转录组数据,批量转录组数据 | 多个独立队列的EGFR突变肺腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 554 | 2025-11-02 |
Integrative multi-omics reveals energy metabolism-related prognostic signatures and immunogenetic landscapes in lung adenocarcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1679464
PMID:41164190
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学方法开发了能量代谢相关预后模型,用于评估肺腺癌预后并揭示相关免疫遗传通路 | 首次结合孟德尔随机化和机器学习方法构建能量代谢相关基因的预后模型,并通过单细胞RNA测序揭示其在肿瘤微环境中的细胞特异性表达 | 研究样本量有限,需要更大规模的前瞻性研究验证模型的临床适用性 | 探索能量代谢相关基因在肺腺癌中的预后价值和免疫遗传机制 | 肺腺癌患者和细胞系 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 多组学整合分析, 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, RT-qPCR | 随机生存森林机器学习算法 | 基因组数据, 转录组数据, 临床数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 555 | 2025-11-02 |
Ménière's disease and vestibular migraine: a narrative review of pathogenetic insights, diagnostic evolution, and clinical management advances
2025, Frontiers in neurology
IF:2.7Q3
DOI:10.3389/fneur.2025.1653509
PMID:41164402
|
综述 | 比较分析梅尼埃病与前庭性偏头痛的发病机制、临床特征和诊断标准,总结研究进展并展望未来研究方向 | 提出整合单细胞转录组学、高分辨率内耳MRI、标准化蛋白质组平台和机器学习方法的综合研究框架 | 现有生物标志物研究受限于样本量小和缺乏标准化验证方案 | 阐明梅尼埃病与前庭性偏头痛的发病机制并改进临床诊疗策略 | 梅尼埃病和前庭性偏头痛患者 | 医学研究 | 前庭疾病 | 单细胞转录组学, 高分辨率MRI, 蛋白质组学, 机器学习 | 机器学习 | 临床数据, 影像数据, 分子数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 556 | 2025-10-31 |
Proteome-wide and network pharmacology integration identifies sunitinib as a potential therapeutic for type 2 diabetes targets
2025, Therapeutic advances in endocrinology and metabolism
IF:3.9Q2
DOI:10.1177/20420188251376325
PMID:41146943
|
研究论文 | 通过全蛋白质组孟德尔随机化分析和网络药理学整合,识别出舒尼替尼作为2型糖尿病的潜在治疗药物 | 首次将全蛋白质组孟德尔随机化分析与网络药理学整合,系统识别2型糖尿病治疗靶点并发现舒尼替尼的潜在治疗价值 | 需要未来临床试验验证研究结果并评估舒尼替尼的实际疗效 | 识别2型糖尿病的潜在生物标志物和治疗靶点 | 人类蛋白质组与2型糖尿病关联 | 生物信息学 | 2型糖尿病 | 孟德尔随机化分析,蛋白质-蛋白质相互作用网络,通路富集分析,单细胞RNA测序 | 逆方差加权MR,贝叶斯加权MR | 蛋白质组数据,基因组数据 | deCODE Genetics: 35,559个体(4,907种蛋白质); FinnGen研究: 65,085例T2D病例,335,112例对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 557 | 2025-10-30 |
Research overview and hotspots in the field of recurrent miscarriage: A literature-mining study
2025, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2025.1605088
PMID:41140654
|
文献挖掘研究 | 通过文献计量学分析复发性流产领域的研究概况和热点 | 首次对2015-2024年复发性流产领域进行系统的文献计量分析,识别关键研究方向和热点 | 仅基于Web of Science数据库的3114篇文献,可能存在文献收录不全的局限性 | 分析复发性流产领域的研究现状、发展趋势和研究热点 | 复发性流产相关研究文献 | 文献计量学 | 复发性流产 | 文献计量分析、共现分析、共被引分析 | NA | 文献数据 | 3114篇文献 | NA | NA | NA | NA |
| 558 | 2025-10-30 |
The role of the nervous system in the occurrence, development, and immune response of renal cell carcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1681503
PMID:41142779
|
综述 | 系统探讨神经系统在肾细胞癌发生发展及免疫应答中的作用机制 | 首次系统阐述神经免疫系统在肾癌中的作用机制,提出靶向神经免疫轴的新型治疗策略 | 主要基于临床前研究数据,缺乏大规模临床验证 | 阐明神经系统在肾癌发生发展和免疫应答中的调控作用 | 肾细胞癌及其肿瘤微环境 | 肿瘤免疫学 | 肾细胞癌 | 空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 559 | 2025-10-30 |
Prognostic genes related to mitochondrial dynamics and mitophagy in diffuse large B-cell lymphoma are identified and validated using an integrated analysis of bulk and single-cell RNA sequencing
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1686948
PMID:41142795
|
研究论文 | 通过整合分析批量RNA测序和单细胞RNA测序数据,识别并验证了与弥漫性大B细胞淋巴瘤线粒体动力学和线粒体自噬相关的预后基因 | 首次将线粒体动力学相关基因与DLBCL预后联系起来,建立了整合风险评分和临床参数的复合预测模型,并在单细胞水平验证了基因表达与B细胞分化的关联 | 研究主要基于公共数据库和有限临床样本验证,需要更大规模的前瞻性研究进一步验证 | 探讨线粒体动力学相关基因在DLBCL患者预后中的作用 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤患者 | 生物信息学 | 淋巴瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, RT-qPCR, WGCNA, LASSO-Cox回归 | 风险评分模型, nomogram模型 | 基因表达数据, 临床数据 | 公共RNA-seq数据库和临床样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 560 | 2025-10-30 |
Elevated SerpinB2 regulates MUC5AC expression via STAT6 signaling in nasal epithelial cells in allergic rhinitis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1669777
PMID:41142810
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研究论文 | 本研究探讨了在过敏性鼻炎中SerpinB2通过STAT6信号通路调控MUC5AC表达的机制 | 首次揭示SerpinB2在过敏性鼻炎中通过STAT6信号通路调控MUC5AC表达的新机制 | 研究主要基于体外细胞实验,需要进一步的体内实验验证 | 评估SerpinB2在过敏性鼻炎中的表达及其通过STAT6信号通路调控MUC5AC的机制 | 过敏性鼻炎患者和健康对照者的鼻上皮细胞 | 分子生物学 | 过敏性鼻炎 | 单细胞RNA测序,qRT-PCR,Western blot,免疫荧光,ELISA | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据 | 间歇性和持续性过敏性鼻炎患者及健康对照者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |