单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
501	2025-05-08	Inferred developmental origins of brain tumors from single-cell RNA-sequencing data 2025 Jan-Dec, Neuro-oncology advances IF:3.7Q2 DOI:10.1093/noajnl/vdaf016 PMID:40321621	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据，通过计算工具COORS识别脑肿瘤的发育起源	开发了COORS计算工具，首次在单细胞水平上注释脑肿瘤中的发育样细胞状态，并提供了细胞起源分类和细胞年龄回归的新方法	研究主要基于计算预测，需要实验验证；样本类型和数量可能有限	识别脑肿瘤的发育起源，为靶向治疗策略提供依据	髓母细胞瘤(MB)、胶质瘤和弥漫性中线胶质瘤(DMG)等脑肿瘤	数字病理学	脑肿瘤	scRNA-Seq	多层感知机(MLP)	单细胞RNA测序数据	多种脑癌数据集(具体数量未明确说明)
502	2025-05-08	A prognostic glycolysis-related gene signature in osteosarcoma: implications for metabolic programming, immune microenvironment, and drug response 2025, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.19369 PMID:40321814	research paper	该研究建立了一个与糖酵解相关的基因风险特征，用于评估骨肉瘤的预后和药物反应	首次基于糖酵解相关基因（GRGs）建立了一个风险特征模型，用于骨肉瘤的预后评估和药物反应预测	研究样本量有限，且仅基于公开数据集，需要进一步实验验证	评估糖酵解相关基因在骨肉瘤预后和药物反应中的作用	骨肉瘤患者	生物信息学	骨肉瘤	mRNA表达谱分析、非负矩阵分解（NMF）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RT-PCR	非负矩阵分解（NMF）	mRNA表达数据	来自GEO数据库的三个数据集（GSE16091, GSE39058, GSE21257）
503	2025-05-07	Derivation of a Human Brain Organoid with Microglia Development 2025-Jan-17, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/67491 PMID:39895643	research paper	该研究开发了一种包含小胶质细胞发育的人类大脑类器官模型，用于研究神经炎症和神经感染性疾病	通过将iPSC分化的造血祖细胞（HPC）整合到iPSC衍生的胚胎体（EBs）中，成功构建了同时包含小胶质细胞和神经元的大脑类器官模型	当前方法在技术上具有挑战性，可能导致最终类器官中小胶质细胞的数量和质量存在不一致性	研究小胶质细胞与神经元发育的早期相互作用，以及神经炎症和神经感染性疾病的模型建立	人类大脑类器官	神经科学	神经炎症和神经感染性疾病	免疫染色和单细胞RNA测序（sc-RNA-seq）分析	3D类器官模型	基因表达数据和图像数据	NA
504	2025-05-07	APMAT analysis reveals the association between CD8 T cell receptors, cognate antigen, and T cell phenotype and persistence 2025-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.08.631993 PMID:39829843	研究论文	本文介绍了一种名为APMAT的实验计算框架，用于高通量捕获和分析CD8 T细胞，以及配对抗原、TCR序列和单细胞转录组	开发了APMAT框架，首次实现了抗原-TCR配对与T细胞表型的多组学分析，揭示了抗原-TCR对的物理化学特征与T细胞表型和持久性的强关联	研究仅针对HLA A*02:01 COVID-19参与者，样本量相对有限（62人）	阐明I类肽抗原、特异性CD8 T细胞受体（TCR）和抗原刺激后出现的T细胞表型之间的关系	CD8 T细胞及其TCR序列、抗原和单细胞转录组	免疫学	COVID-19	单细胞分析、高通量测序	NA	单细胞转录组数据、TCR序列数据	62名HLA A*02:01 COVID-19参与者
505	2025-05-07	Analysis of synthetic polymer hydrogel-based generation of leukemia stem cells 2025-01, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.151149 PMID:39700762	研究论文	本文通过合成聚合物水凝胶培养K562白血病细胞，使其获得白血病干细胞特性，并研究了AKR1B1和TSPYL5在干细胞特性生成中的关键作用	首次利用合成聚合物水凝胶培养系统快速生成白血病干细胞，并鉴定出AKR1B1和TSPYL5作为潜在的干细胞治疗靶点	研究仅针对K562白血病细胞系，未在其他白血病模型或体内实验中验证	开发快速生成白血病干细胞的方法并探索其治疗靶点	K562白血病细胞	癌症研究	白血病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	K562细胞系
506	2025-05-07	TBX3 shapes an immunosuppressive microenvironment and induces immunotherapy resistance 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.103175 PMID:39897553	research paper	该研究探讨了TBX3在膀胱癌免疫抑制微环境中的作用及其对免疫治疗抵抗的影响	首次系统性地揭示了TBX3通过调节TGFβ1表达促进免疫抑制微环境形成的分子机制，并验证了TBX3作为免疫治疗疗效预测标志物的潜力	研究主要基于公共数据库和体外实验，需要更多临床样本验证TBX3的临床应用价值	探索膀胱癌免疫治疗抵抗的分子机制并寻找新的治疗靶点	膀胱癌组织和细胞	肿瘤免疫学	膀胱癌	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、高通量细胞因子阵列、ProcartaPlex多重免疫分析、TissueFAXS全景组织定量分析	NA	RNA测序数据、组织微阵列数据	多个公共数据库样本和真实世界免疫治疗队列
507	2025-05-07	Glycosphingolipids-Dependent Phospholipid Metabolism Enhances Cancer Initiation and Progression through SMPD1/GLTP/B3GALT4/ST8SIA6 Signaling Axis: A Novel Therapeutic Target 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.103834 PMID:39898245	研究论文	通过整合单细胞测序数据和TCGA数据库，研究鞘脂代谢在结直肠癌发生发展中的关键作用	发现鞘脂代谢失调在结直肠癌发展中的关键作用，并确定了几个潜在的治疗靶点	未提及实验验证或临床前研究的具体结果	探索结直肠癌发生发展的分子机制，并寻找潜在的治疗靶点	结直肠癌细胞	癌症研究	结直肠癌	单细胞测序	NA	测序数据	NA
508	2025-05-07	Comprehensive Pan-Cancer Analysis of RAC1 Decoding the Impact on Cancer Prognosis and B cell immune Regulation 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.104488 PMID:39898257	研究论文	本文对RAC1在33种癌症类型中的表达及其对癌症预后和B细胞免疫调节的影响进行了全面分析	揭示了RAC1在多种癌症中的高表达及其与不良预后的关联，首次系统研究了RAC1在肿瘤免疫微环境中的作用	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证	探索RAC1在泛癌水平上的表达特征及其对肿瘤免疫微环境的调控作用	33种癌症类型中的RAC1表达	癌症基因组学	泛癌分析	基因组变异分析（CNV、TMB、MSI）、单细胞转录组分析、空间转录组分析	预后特征模型	基因组数据、转录组数据	33种癌症类型的多组学数据
509	2025-05-07	Integrating Tissue Microarray to GeoMx® Digital Spatial Profiler : Spatial Transcriptomics Assay with Bioinformatics Analysis 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4276-4_9 PMID:39900760	研究论文	本文介绍了如何将组织微阵列整合到GeoMx®数字空间分析仪中，进行空间转录组学检测及生物信息学分析	详细描述了数字空间分析仪（DSP）的NGS检测协议及生物信息学分析流程，特别关注组织微阵列的整合及GeoMx RNA检测的特定方法	依赖于NanoString公司提供的GeoMX DSP指南和GeoMx数据分析手册的当前版本，需定期检查更新	推动空间转录组学技术在疾病研究和治疗中的应用	组织微阵列和GeoMx RNA检测	空间转录组学	NA	NGS, RNA-Seq, 空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
510	2025-05-07	Accelerating Single-Cell Sequencing Data Analysis with SciDAP: A User-Friendly Approach 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4276-4_13 PMID:39900764	研究论文	介绍了一种名为SciDAP的用户友好平台，用于加速单细胞测序数据分析	SciDAP平台为不具备计算专业知识的生物学家提供了便携且可重复的测序数据分析流程，使用Common Workflow Language (CWL)编写	未提及具体的数据分析精度或与其他平台的比较	解决单细胞测序数据分析中的复杂性和可重复性问题	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、单细胞ATAC测序(scATAC-Seq)和单细胞多组学测序(scMultiome)数据	生物信息学	NA	scRNA-Seq, scATAC-Seq, scMultiome, scVDJ-Seq	NA	测序数据	NA
511	2025-05-07	Analysis of downstream targets of PAX6 and LHX2, fundamental regulators of the developing mammalian neocortex 2025, Journal of biosciences IF:2.1Q2 PMID:39912400	研究论文	分析PAX6和LHX2这两个哺乳动物大脑皮层发育中的基本调控因子的下游靶基因	比较了PAX6和LHX2的染色质占据情况以及各自缺失时的转录失调，识别了共同直接和间接靶基因，并分析了它们在神经发生过程中的表达模式	未进行实验验证所提出的假设	探究PAX6和LHX2在哺乳动物大脑皮层发育中的基因调控网络	PAX6和LHX2转录因子及其下游靶基因	发育生物学	NA	染色质占据分析、单细胞RNA-seq	NA	基因组数据、转录组数据	NA
512	2025-05-06	Development of a hypoxia-responsive macrophage prognostic model using single-cell and bulk RNA sequencing in pancreatic cancer 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0322618 PMID:40315225	research paper	开发了一种基于单细胞和批量RNA测序的低氧响应性巨噬细胞预后模型，用于胰腺癌	整合了单细胞RNA测序数据和TCGA-PAAD数据库，构建了一个包含13个关键基因的低氧相关预后模型，该模型在预测化疗反应和不良预后方面优于传统临床病理特征	未明确说明样本量的具体数量，且模型的泛化能力需进一步验证	研究胰腺导管腺癌（PDAC）中低氧肿瘤微环境的复杂动态，构建低氧相关预后模型	胰腺导管腺癌（PDAC）患者	digital pathology	pancreatic cancer	scRNA-seq, bulk RNA sequencing	Cox regression, Lasso regression	RNA sequencing data	NA
513	2025-05-06	Integration of single-cell and bulk RNA sequencing identifies and validates T cell-related prognostic model in hepatocellular carcinoma 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0322706 PMID:40315269	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，构建并验证了一个与T细胞相关的肝细胞癌预后模型	首次整合单细胞和批量RNA测序数据，识别T细胞相关基因并构建预后模型，模型包含PTTG1、LMNB1、SLC38A1和BATF等基因	样本量相对较小，单细胞数据仅来自10名患者，外部验证数据集有限	开发肝细胞癌患者的预后风险模型，以改善个性化治疗策略	肝细胞癌患者及其T细胞相关基因	数字病理学	肝细胞癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, IHC	LASSO回归	RNA测序数据	10名患者的scRNA-seq数据，TCGA数据库的批量RNA-seq数据，25名患者的IHC验证数据
514	2025-05-04	Single cell approaches define neural stem cell niches and identify microglial ligands that can enhance precursor-mediated oligodendrogenesis 2025-01-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115194 PMID:39823226	研究论文	利用单细胞RNA测序和单细胞空间转录组学技术，研究稳态和损伤条件下前脑神经干细胞（NSC）微环境，并鉴定出促进少突胶质细胞生成的微胶质细胞配体	首次定义了背侧和外侧脑室-室下区（V-SVZ）为两个不同的微环境区域，并发现损伤后微胶质细胞释放的特定配体可促进少突胶质细胞生成	研究主要基于小鼠模型，人类相关性的验证尚不明确	探索神经干细胞微环境在稳态和损伤条件下的动态变化及其对少突胶质细胞生成的影响	前脑神经干细胞（NSC）及其微环境	神经科学	神经系统损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	未明确说明具体样本数量，但涉及稳态和损伤条件下的神经干细胞及其微环境分析
515	2025-05-04	Adenosine diphosphate stimulates VEGF-independent choroidal endothelial cell proliferation: A potential escape from anti-VEGF therapy 2025-Jan-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2418752122 PMID:39835893	研究论文	研究腺苷二磷酸（ADP）对脉络膜内皮细胞（EC）增殖的刺激作用及其在抗VEGF治疗中的潜在逃逸机制	首次发现ADP能够通过P2Y1受体而非VEGF途径刺激脉络膜内皮细胞增殖，揭示了抗VEGF治疗可能的逃逸机制	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证	探究组织特异性内皮细胞对普遍代谢物的血管功能反应	牛脉络膜内皮细胞（BCEC）及其他牛或人眼来源的内皮细胞	细胞生物学	脉络膜新生血管疾病	生化纯化、单细胞转录组学	小鼠脉络膜新生血管模型	实验数据、转录组数据	未明确说明具体样本数量，涉及小鼠EL4淋巴瘤提取物、牛和人眼来源的内皮细胞
516	2025-05-04	WWC proteins-mediated compensatory mechanism restricts schwannomatosis driven by NF2 loss of function 2025-Jan-24, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adp4765 PMID:39841844	research paper	该研究揭示了WWC蛋白介导的补偿机制如何限制由NF2功能缺失引发的神经鞘瘤病，并开发了一种高渗透性和短潜伏期的小鼠模型	发现了NF2通过招募E3泛素连接酶β-TrCP1/2促进WWC1-3泛素化和降解的机制，并创建了一种模拟患者病症的小鼠模型	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中验证	研究NF2相关神经鞘瘤病的发病机制并开发有效的临床前模型	NF2相关神经鞘瘤病的发病机制和小鼠模型	分子生物学	神经鞘瘤病	单细胞转录组分析	小鼠模型	基因表达数据	NA
517	2025-05-04	Single-cell sequencing of human Langerhans cells identifies altered gene expression profiles in patients with atopic dermatitis 2025-Jan-24, ImmunoHorizons DOI:10.1093/immhor/vlae009 PMID:39849992	research paper	通过单细胞RNA测序分析特应性皮炎患者和健康对照者的Langerhans细胞和皮肤T细胞，揭示AD皮肤中LCs的基因表达变化及其在炎症循环中的作用	首次在单细胞水平上识别出AD患者皮肤中LCs的四个亚群，并发现其中两个促炎/成熟亚群在AD皮肤中富集	研究样本量有限，且未深入探讨LCs与S. aureus互作的具体分子机制	探究Langerhans细胞在特应性皮炎发病机制中的作用	特应性皮炎患者和健康对照者的皮肤Langerhans细胞和T细胞	digital pathology	atopic dermatitis	single-cell RNA sequencing, bulk RNA sequencing	NA	RNA-seq数据	来自AD患者和健康对照者的皮肤活检样本
518	2025-05-04	Tremor in the Age of Omics: An Overview of the Transcriptomic Landscape of Essential Tremor 2025-Jan-24, Cerebellum (London, England) DOI:10.1007/s12311-025-01793-3 PMID:39853640	综述	本文综述了原发性震颤（ET）的转录组学研究现状，旨在揭示其生物学通路并探索进一步研究的可能方向	强调了单细胞和单核RNA测序技术（scRNA-seq和snRNA-seq）在揭示ET分子和细胞事件中的潜力，并指出多个研究中共享的生物学通路，特别是轴突导向和钙信号传导	样本量不足可能限制了揭示ET临床和病理异质性的细微差别	探讨ET的病理机制和潜在治疗方法	原发性震颤（ET）	转录组学	运动障碍	scRNA-seq, snRNA-seq	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本量，但指出增加样本量对研究的重要性
519	2025-05-04	Specific types of male infertility are correlated with T cell exhaustion or senescence signatures 2025-Jan-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56193-2 PMID:39856063	research paper	该研究通过结合多参数表型分析和单细胞RNA测序，揭示了不育男性在精液和全身水平的免疫状态	首次发现年轻不育男性具有类似健康老年男性的促炎环境，并鉴定了两种不育状况下T细胞衰竭和衰老的特定特征	研究样本量未明确说明，且机制研究尚不深入	探究男性不育与免疫状态之间的关联	不育男性的精液和血液样本	生殖医学	男性不育症	scRNA-seq, 多参数表型分析	NA	单细胞转录组数据, 表型数据	未明确说明
520	2025-05-04	Identification of cold tumor induction-related markers in pancreatic cancer and the clinical implication of PCDH7 2025-Jan-24, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-025-06095-z PMID:39856454	研究论文	本研究旨在识别与胰腺导管腺癌（PDAC）中冷肿瘤免疫微环境（TIME）诱导相关的标记基因，并探讨PCDH7的临床意义	首次鉴定了与PDAC冷TIME诱导相关的六个基因，并验证了PCDH7作为预后标记物与CD8+ T细胞浸润的负相关性	研究样本量较小（10个原代培养物），且主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	识别与PDAC冷TIME诱导相关的标记基因并评估其临床意义	胰腺导管腺癌（PDAC）细胞及肿瘤免疫微环境	肿瘤免疫学	胰腺癌	RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组织化学（IHC）	KrasG12D/+; Trp53R172H/+; Pdx-1-Cre (KPC)小鼠模型	基因表达数据、免疫组织化学数据	10个小鼠PDAC原代培养物及人类PDAC样本