单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1950 篇文献，本页显示第 501 - 520 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 501 | 2025-10-05 |
Identification of Potential Targets for EGFR-Regulated Nucleus Pulposus Degeneration Using Single-Cell RNA Sequencing and Machine Learning
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S530776
PMID:40927356
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法识别了EGFR调控椎间盘髓核细胞退变的关键下游靶点 | 首次结合单细胞RNA测序和多种机器学习算法识别EGFR在髓核细胞退变中的下游调控靶点JAK1 | 样本量有限，仅包含6个严重椎间盘退变样本 | 识别EGFR在髓核细胞退变过程中的关键下游调控分子 | 椎间盘髓核细胞 | 机器学习 | 椎间盘退变 | 单细胞RNA测序，基因集富集分析，加权基因共表达网络分析 | Lasso，XGBoost，随机森林 | 单细胞RNA测序数据 | 6个严重椎间盘退变样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 502 | 2025-10-05 |
Integrated Single-Cell and Transcriptome Analysis with Experimental Validation Reveals PANoptosis-Related Gene Signatures in the Immune Microenvironment of Autoimmune Thyroiditis
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S525270
PMID:40927355
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研究论文 | 通过整合单细胞和转录组分析结合实验验证，揭示自身免疫性甲状腺炎免疫微环境中PANoptosis相关基因特征 | 首次在自身免疫性甲状腺炎中研究PANoptosis的作用，识别了5个关键PANoptosis相关基因并验证其诊断价值 | 研究样本量有限，需要更大规模验证 | 阐明PANoptosis基因与自身免疫性甲状腺炎免疫微环境的关系 | 自身免疫性甲状腺炎患者和动物模型 | 生物信息学 | 自身免疫性甲状腺炎 | scRNA-seq, bulk RNA-seq, RT-qPCR, 免疫组织化学染色, ELISA | WGCNA, ssGSEA | 基因表达数据, 单细胞数据 | 公共数据库中的AIT数据及临床样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 503 | 2025-10-05 |
PRMT1-Mediated PARP1 Methylation Drives Lung Metastasis and Chemoresistance via P65 Activation in Triple-Negative Breast Cancer
2025, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.0854
PMID:40927753
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研究论文 | 本研究揭示PRMT1通过甲基化PARP1激活P65，驱动三阴性乳腺癌肺转移和化疗耐药的新机制 | 首次发现PRMT1通过甲基化PARP1调控NF-κB信号通路，增强肿瘤细胞干性并诱导肿瘤微环境免疫抑制 | PRMT1在肺转移和化疗耐药中的具体作用机制仍需进一步验证 | 探究PRMT1在三阴性乳腺癌肺转移和化疗耐药中的作用机制 | 三阴性乳腺癌细胞 | 癌症生物学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 生物信息学分析, 质谱分析, 免疫共沉淀, ELISA | NA | 基因表达数据, 蛋白质相互作用数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 504 | 2025-10-05 |
Multi-Omics and Clinical Validation Identify Key Glycolysis- and Immune-Related Genes in Sepsis
2025, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S539158
PMID:40927774
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研究论文 | 本研究通过多组学分析和临床验证识别了脓毒症中关键的糖酵解和免疫相关基因 | 整合多组学数据、孟德尔随机化和机器学习算法识别脓毒症中与免疫重塑相关的五个关键糖酵解基因 | 研究样本量有限，需要更大规模的临床验证 | 阐明脓毒症中糖酵解重编程与免疫功能障碍的分子机制 | 脓毒症患者外周血样本和转录组数据 | 生物信息学 | 脓毒症 | 转录组测序, ssGSEA, WGCNA, 孟德尔随机化, 机器学习, RT-qPCR, scRNA-seq, CIBERSORT | LASSO, SVM-RFE, Boruta | 基因表达数据, 临床数据 | 临床脓毒症队列的外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 505 | 2025-10-05 |
Unveiling the mechanism of Pogostemon cablin (Blanco) Benth in treating heat illnesses via network pharmacology and molecular simulation
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0331401
PMID:40920657
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研究论文 | 本研究通过网络药理学和分子模拟技术揭示广藿香治疗热射病的作用机制 | 首次整合网络药理学、单细胞RNA测序和分子动力学模拟系统解析广藿香治疗热射病的分子靶点 | 样本量较小（11例患者和14例健康志愿者），需要更大规模研究验证 | 阐明广藿香治疗热射病的分子作用机制 | 热射病患者和健康志愿者的外周血样本 | 生物信息学 | 热射病 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 加权基因共表达网络分析, 分子对接, 分子动力学模拟 | 网络药理学分析, 分子对接模型 | RNA测序数据, 分子结构数据 | 25例（11例热射病患者+14例健康志愿者） | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 506 | 2025-10-05 |
Serine supplementation suppresses hypoxia-induced pathological retinal angiogenesis
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.105299
PMID:40303351
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研究论文 | 本研究探讨丝氨酸补充对缺氧诱导的病理性视网膜血管生成的影响 | 首次揭示丝氨酸通过增强线粒体脂肪酸氧化和氧化磷酸化来抑制病理性视网膜新生血管的机制 | 研究仅限于小鼠氧诱导视网膜病变模型，尚未在人类临床试验中验证 | 研究丝氨酸代谢在抑制缺氧驱动的视网膜新生血管中的作用 | C57BL/6J小鼠氧诱导视网膜病变模型 | 眼科疾病研究 | 视网膜病变 | 代谢组学、脂质组学、蛋白质组学、单细胞RNA测序、Western blotting | 动物模型 | 多组学数据、组织学图像、分子表达数据 | 未明确样本数量的小鼠视网膜组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 507 | 2025-10-05 |
A drug response prediction method for single-cell tumors combining attention networks and transfer learning
2025, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2025.1631898
PMID:40917838
|
研究论文 | 提出一种结合注意力网络和迁移学习的单细胞肿瘤药物反应预测方法 | 首次将迁移学习与注意力机制结合用于单细胞药物反应预测，通过预训练和注意力网络提升模型表达能力 | 方法仅在四种单细胞RNA测序数据集上验证，需要更多肿瘤类型和药物验证 | 提高单细胞水平肿瘤药物反应预测准确性，支持个性化癌症治疗 | 小鼠急性髓系白血病细胞和人口腔鳞状细胞癌细胞 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 注意力网络, 迁移学习 | 基因表达数据 | 四种单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 508 | 2025-10-05 |
Integrative scRNA-seq and transcriptomic analysis initially reveals monocyte/macrophage activation drives EV-A71-induced immune dysregulation and neural injury in severe HFMD
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1620633
PMID:40918094
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和转录组分析，揭示单核细胞/巨噬细胞激活驱动EV-A71诱导的免疫失调和重症手足口病神经损伤 | 首次结合单细胞测序和转录组分析系统揭示EV-A71感染中单核细胞/巨噬细胞早期激活机制及其与神经损伤的关联 | 样本量有限，仅比较一名重症患者和一名健康对照，需要更大规模验证 | 阐明EV-A71发展为重症手足口病的免疫机制，特别是巨噬细胞介导的免疫失调作用 | EV-A71病毒感染的单核细胞/巨噬细胞、外周血单个核细胞、神经细胞系SH-SY5Y | 单细胞生物学 | 手足口病 | 单细胞RNA测序, 转录组测序, 生物信息学分析, 细胞共培养 | 细胞轨迹分析, GO注释, KEGG通路分析 | 单细胞RNA测序数据, 转录组数据, 细胞实验数据 | 一名EV-A71感染重症手足口病患者和一名健康对照的外周血单个核细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 509 | 2025-10-05 |
Exploring research trends in cancer immunotherapy via single-cell technologies: a scientometric perspective
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1640224
PMID:40918118
|
综述 | 通过文献计量学方法分析单细胞技术在癌症免疫治疗领域的研究趋势 | 首次从文献计量学角度系统分析单细胞技术在癌症免疫治疗领域的研究现状和发展趋势 | 仅基于Web of Science数据库文献，可能存在收录偏倚 | 探索单细胞技术在癌症免疫治疗领域的研究趋势和热点 | 4856篇相关科学文献 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞测序，空间转录组学 | 文献计量分析 | 文献元数据 | 4856篇文献 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 510 | 2025-10-05 |
Gzmk+ CD8 T cells in inflammatory diseases
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1661755
PMID:40918115
|
综述 | 本文综述了Gzmk+ CD8 T细胞在炎症性疾病中的调控机制和功能作用 | 首次系统总结Gzmk+ CD8 T细胞这一新发现细胞亚群的非细胞毒性促炎功能 | NA | 阐明Gzmk+ CD8 T细胞在炎症性疾病中的调控机制和功能作用 | Gzmk+ CD8 T细胞 | 免疫学 | 炎症性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 511 | 2025-10-05 |
Spatial transcriptomics uncovers immune-cell plasticity and dedifferentiation signatures in aggressive lung adenocarcinoma subtypes
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1620886
PMID:40918135
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术揭示肺腺癌亚型中免疫细胞可塑性和去分化特征 | 首次在肺腺癌中系统揭示不同组织学亚型的空间细胞组成特征和去分化状态 | 样本来源单一机构，样本量有限，需要更大规模验证 | 解析肺腺癌进展过程中亚型转变的分子特征 | 肺腺癌患者手术切除的肿瘤样本 | 空间转录组学 | 肺腺癌 | 空间转录组学 | 差异基因表达分析、空间配体-受体互作分析、轨迹推断 | 空间转录组数据 | 未明确具体样本数量 | Illumina | 空间转录组学 | Illumina NovaSeq 6000 | Illumina NovaSeq 6000测序系统 |
| 512 | 2025-10-05 |
Exploring the biological functions and immune regulatory roles of IRAK3, TNFRSF1A, CX3CR1, and JUNB in T2DM combined with MAFLD: integrated bioinformatics and single-cell analysis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1587225
PMID:40918148
|
研究论文 | 本研究通过整合生物信息学和单细胞分析，探索IRAK3、TNFRSF1A、CX3CR1和JUNB在2型糖尿病合并代谢相关脂肪肝病中的生物学功能和免疫调节作用 | 首次通过整合生物信息学分析和单细胞测序技术，系统鉴定并验证了T2DM合并MAFLD的四个自噬相关诊断生物标志物，并深入探索了细胞多样性和细胞通讯机制 | 研究主要基于公共数据库数据和动物实验，需要在人类临床样本中进一步验证 | 识别和验证与T2DM相关MAFLD的自噬相关诊断生物标志物，研究疾病进展中的调控机制 | 2型糖尿病合并代谢相关脂肪肝病的大鼠模型和人类基因表达数据 | 生物信息学 | 2型糖尿病合并代谢相关脂肪肝病 | 单细胞RNA测序, 实时荧光定量PCR, 免疫组织化学, 机器学习 | 机器学习, WGCNA分析 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 四个GEO数据集(GSE15653, GSE89632, GSE24807, GSE23343)和动物实验 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 513 | 2025-10-05 |
Multiomics Integration and Machine Learning Reveal Colony Stimulating Factor 3 Receptor as a Key Gene and Therapeutic Target in Crohn's Disease
2025, Mediators of inflammation
IF:4.4Q2
DOI:10.1155/mi/1619237
PMID:40918404
|
研究论文 | 通过多组学整合和机器学习识别CSF3R作为克罗恩病的关键基因和治疗靶点 | 首次整合多组学数据和三种机器学习算法系统识别CSF3R在克罗恩病中的关键作用，并通过孟德尔随机化分析和实验验证其因果机制 | 样本来源和数量可能有限，需要进一步大样本验证 | 识别克罗恩病的关键分子驱动因子和潜在治疗靶点 | 克罗恩病患者和健康对照的肠道活检组织 | 机器学习 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序, qPCR, 蛋白质印迹, 免疫组织化学, 免疫荧光, 分子对接 | 随机森林, SVM-RFE, LASSO | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 蛋白质表达数据 | 克罗恩病患者和健康对照的肠道活检组织 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | NA |
| 514 | 2025-10-05 |
Marker Gene-Guided Graph Neural Networks for Enhanced Spatial Transcriptomics Clustering
2025, AI medicine
DOI:10.53941/aim.2025.100001
PMID:40918416
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研究论文 | 提出一种基于标记基因引导图神经网络的空间转录组学聚类增强方法 | 首次将标记基因信息融入图神经网络框架，通过对比学习和少量标记基因表达标注的微调来增强细胞嵌入学习和聚类效果 | 仅在两套真实数据集上验证，需要依赖标记基因的先验知识 | 提升空间转录组学数据的聚类分析性能 | 空间转录组学数据中的细胞/点 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | 图神经网络(GNN), 对比学习 | 基因表达数据, 空间位置信息 | 两套真实数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 515 | 2025-10-05 |
Role of Meox1 in promoting lung tumor vascularization and impairing CD8+ T cell mediated immunity
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1645671
PMID:40919158
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研究论文 | 本研究探讨Meox1转录因子在促进肺肿瘤血管形成和损害CD8+ T细胞介导的免疫中的作用 | 首次系统性地通过scRNA-seq和SCENIC框架揭示Meox1在非小细胞肺癌中的转录调控网络，并证实其双重功能 | 研究主要基于动物模型系统，需要进一步验证在人类临床样本中的适用性 | 探究Meox1转录因子在肺肿瘤血管形成和免疫调节中的功能机制 | 非小细胞肺癌肿瘤组织中的内皮细胞和免疫细胞 | 肿瘤生物学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, siRNA基因敲除, SCENIC调控网络分析 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 516 | 2025-10-05 |
Organelle stresses and energetic metabolisms promote endothelial-to-mesenchymal transition and fibrosis via upregulating FOSB and MEOX1 in Alzheimer's disease
2025, Frontiers in molecular neuroscience
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fnmol.2025.1605012
PMID:40919531
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研究论文 | 本研究通过转录组分析揭示了阿尔茨海默病中细胞器应激和能量代谢重编程通过上调FOSB和MEOX1促进内皮-间质转化和纤维化的分子机制 | 首次发现细胞器应激和能量代谢重编程通过FOSB和MEOX1驱动阿尔茨海默病中的内皮-间质转化、细胞死亡和纤维化 | 主要基于小鼠模型研究，人类数据验证相对有限 | 阐明阿尔茨海默病中内皮-间质转化、细胞死亡和纤维化的转录组机制 | 3xTg-AD小鼠模型脑组织和人类AD患者脑组织 | 转录组学 | 阿尔茨海默病 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 3xTg-AD小鼠模型和人类AD患者脑组织样本 | NA | RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 517 | 2025-10-05 |
A survey of biclustering and clustering methods in clustering different types of single-cell RNA sequencing data
2025-Jan-15, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elaf010
PMID:40795763
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综述 | 本文系统综述了双聚类和聚类方法在不同类型单细胞RNA测序数据分析中的应用与性能比较 | 首次系统评估5种双聚类和21种聚类方法在10个真实scRNA-seq数据集上的性能，并从六个维度量化数据集特性以推荐最适合的方法 | 仅评估了有限数量的方法（5种双聚类和21种聚类），且仅使用10个公开数据集，可能无法覆盖所有场景 | 评估当前无监督方法在单细胞RNA测序数据分析中的发展现状，总结各方法的优缺点和改进策略 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 双聚类方法, 聚类方法 | 基因表达数据 | 10个公开真实数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 518 | 2025-10-05 |
A framework to mine laser microdissection-based omics data and uncover regulators of pancreatic cancer heterogeneity
2025-Jan-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaf101
PMID:40910795
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研究论文 | 开发并验证了一种基于激光显微切割的空间分辨RNA测序框架，用于挖掘胰腺癌异质性调控机制 | 提出优化的LMD-seq框架，在检测低表达基因方面优于单细胞RNA-seq方法，并首次绘制了PDAC形态生物型的调控网络图谱 | NA | 揭示胰腺导管腺癌肿瘤内异质性的分子机制和关键调控因子 | 胰腺导管腺癌(PDAC)肿瘤组织 | 生物信息学 | 胰腺癌 | RNA测序(RNA-seq), 激光显微切割(LMD) | NA | 空间分辨转录组数据 | NA | NA | RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 激光显微切割测序(LMD-seq) |
| 519 | 2025-10-05 |
Discovery of Multiple Effects of Reactive Oxygen Species on Lung Adenocarcinoma at the Single-cell and Bulk Tissue Levels
2025, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
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研究论文 | 本研究在单细胞和批量组织水平上探讨了活性氧对肺腺癌的影响机制 | 首次在单细胞和批量组织水平系统分析ROS对LUAD的多重影响，并开发了ROS相关基因特征 | 未明确说明样本来源和具体样本量 | 探究ROS在肺腺癌发展和治疗中的作用机制 | 肺腺癌组织和细胞 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序，批量转录组测序 | LASSO回归，逐步多元回归 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 520 | 2025-10-05 |
Enhancing Single-Cell RNA-Seq Data Completeness With a Graph Learning Framework
2025 Jan-Feb, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2024.3492384
PMID:39504287
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研究论文 | 提出基于变分图自编码器的单细胞RNA测序数据插补方法VAImpute，用于检测和填补dropout事件 | 利用细胞/基因间的copula相关性构建图网络，通过变分图自编码器学习数据固有分布来预测dropout事件 | NA | 提高单细胞RNA测序数据的完整性，减少dropout事件的影响 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分图自编码器 | 基因表达矩阵 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |