单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
461	2025-06-18	Enhanced resistance to Listeria infection in mice surviving sepsis: the role of lipid metabolism and myeloid cell reprogramming 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1588987 PMID:40520167	研究论文	本研究探讨了败血症存活小鼠对李斯特菌感染的增强抵抗力，揭示了脂质代谢和髓系细胞重编程的作用	发现败血症存活诱导的髓系细胞脂质代谢重编程增强了对细胞内病原体的免疫力	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	研究败血症存活后免疫系统如何增强对二次感染的抵抗力	败血症存活小鼠及其对李斯特菌感染的免疫反应	免疫学	败血症	单细胞RNA测序、定量RT-PCR、免疫组织化学、血清细胞因子检测、血浆脂质组学	小鼠盲肠结扎穿刺(CLP)模型	基因表达数据、脂质代谢数据、细胞表型数据	未明确说明具体数量的小鼠样本
462	2025-06-18	Research progress of colorectal cancer in genomic and transcriptomic at multi-level 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1533817 PMID:40520235	综述	本文综述了结直肠癌在基因组和转录组多层次的研究进展	从单基因、批量测序到单细胞测序三个阶段探讨结直肠癌的发生发展机制，强调了肿瘤内细胞间异质性和肿瘤微环境相互作用的重要性	未提及具体临床应用案例或治疗效果数据	探讨结直肠癌的发生、发展和转移机制	结直肠癌	基因组学与转录组学	结直肠癌	批量测序技术、单细胞测序技术	NA	基因组数据、转录组数据	NA
463	2025-06-18	Identification of biomarkers for the diagnosis of chronic kidney disease (CKD) with dilated cardiomyopathy (DCM) by bioinformatics analysis and machine learning 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1562891 PMID:40520229	research paper	通过生物信息学分析和机器学习识别慢性肾病（CKD）伴扩张型心肌病（DCM）的诊断生物标志物	鉴定了MNS1和HERC6作为生物标志物，并开发了新的诊断列线图，为CKD伴DCM的早期诊断提供了新方法	研究依赖于公开数据集，未进行独立实验验证	开发CKD伴DCM的早期诊断方法和潜在治疗策略	慢性肾病（CKD）和扩张型心肌病（DCM）患者	生物信息学	慢性肾病和心血管疾病	生物信息学分析、机器学习（LASSO、SVM-RFE、RF）、单细胞RNA测序	LASSO、SVM-RFE、RF	基因表达数据	多个GEO数据集（GSE57338、GSE29819、GSE104954、GSE145154）
464	2025-06-18	Integrative transcriptomics and single-cell transcriptomics analyses reveal potential biomarkers and mechanisms of action in papillary thyroid carcinoma 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1536198 PMID:40520228	研究论文	通过整合转录组学和单细胞转录组学分析，揭示甲状腺乳头状癌的潜在生物标志物及其作用机制	结合RNA-seq和scRNA-seq技术，首次鉴定出ENTPD1、SERPINA1和TACSTD2作为PTC的潜在转录组水平生物标志物，并揭示了组织干细胞、上皮细胞和平滑肌细胞在PTC中的关键作用	研究依赖于公共数据库的数据，未进行实验验证	鉴定PTC的可靠诊断生物标志物并阐明其发病机制	甲状腺乳头状癌(PTC)	生物信息学	甲状腺癌	RNA-seq, scRNA-seq, 生物信息学分析（差异基因表达分析、GO和KEGG富集分析、WGCNA、机器学习、ROC分析、列线图分析、GSEA）	机器学习	基因表达数据	多个GEO数据集（GSE3467、GSE3678、GSE33630、GSE65144、GSE82208和GSE191288）
465	2025-06-18	Integrative single-cell and cell-free plasma RNA transcriptomics identifies biomarkers for early non-invasive AD screening 2025, Frontiers in aging neuroscience IF:4.1Q2 DOI:10.3389/fnagi.2025.1571783 PMID:40520536	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序和血浆游离RNA测序数据，识别出用于阿尔茨海默病早期非侵入性筛查的生物标志物	首次整合血浆游离RNA和脑单细胞RNA测序数据，识别出34个与AD病理相关的基因，并开发了基于机器学习的预测模型	血浆游离RNA的稳定性可能影响临床转化应用	开发一种非侵入性工具来检测阿尔茨海默病脑部变化	阿尔茨海默病患者和年龄匹配的对照组	digital pathology	geriatric disease	RNA-seq, scRNA-seq	support vector machine, random forest, logistic regression	RNA sequencing data	337份血浆样本(172名AD患者和165名对照)和88份脑组织样本(46名AD患者和42名对照)
466	2025-06-18	scFocus: Detecting branching probabilities in single-cell data with SAC 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.04.036 PMID:40520594	研究论文	本文提出了一种名为scFocus的分析算法，用于在单细胞数据的低维潜在空间中基于强化学习和无监督分支划分细胞亚群	结合分支概率和无监督聚类，有效表征基因表达强度的变化，无需依赖先验信息	NA	提高单细胞转录组数据中细胞分化轨迹的检测精度	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	强化学习	单细胞转录组数据	十个单细胞数据集，包括小规模数据集、常见规模数据集和多批次数据集
467	2025-06-18	The complex interplay of TROP2 and PD-L1 in immune regulation and drug resistance in lung cancer 2025, American journal of cancer research IF:3.6Q2 DOI:10.62347/NHFJ1535 PMID:40520853	研究论文	本研究探讨了TROP2和PD-L1在肺腺癌中的复杂相互作用及其对药物抵抗和免疫治疗疗效的影响	揭示了TROP2和PD-L1在肺腺癌中的相互作用机制，并提出了新的诊断标志物和治疗策略	研究主要集中在肺腺癌，未涵盖其他类型的肺癌	研究TROP2和PD-L1在肺腺癌中的相互作用及其对药物抵抗和免疫治疗的影响	肺癌细胞系、肿瘤组织和免疫细胞	数字病理学	肺癌	转录组分析、免疫组织化学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、免疫组织化学数据、单细胞RNA测序数据	肺癌细胞系、肿瘤组织和免疫细胞样本
468	2025-06-18	Notable influences of estrogen and sex-specific microenvironment in colorectal cancer revealed by single-cell transcriptome analysis 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.106133 PMID:40520886	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了雌激素和性别特异性微环境在结直肠癌中的显著影响	揭示了结直肠癌中性别差异的细胞组成、功能及细胞间相互作用，并验证了雌激素信号通路激活与凋亡活性的正相关性	样本量较小（32例），且未涉及其他激素或环境因素的潜在影响	探究结直肠癌中性别特异性预后差异的生物学机制	结直肠癌患者样本及细胞系	数字病理	结直肠癌	单细胞测序、多重免疫组化、Western blot、TUNEL检测	NA	单细胞转录组数据、蛋白质表达数据	32例结直肠癌样本，共167,437个细胞
469	2025-06-18	PDGF-BB/EGR1 Axis Drives Fibroblast Activation Protein Expression to Promote Abdominal Aortic Aneurysm 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.114429 PMID:40520892	research paper	本研究探讨了成纤维细胞激活蛋白（FAP）在腹主动脉瘤（AAA）发展过程中血管平滑肌细胞（VSMCs）中的分子机制	揭示了PDGF-BB通过转录因子EGR1上调VSMCs中FAP表达的分子机制，并验证了FAP抑制剂在AAA模型中的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，临床转化需要更多验证	阐明FAP在AAA发病机制中的作用并探索其治疗潜力	血管平滑肌细胞（VSMCs）和腹主动脉瘤（AAA）	分子生物学	心血管疾病	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、PET/CT成像	小鼠AAA模型（PPE诱导）	RNA测序数据、影像数据	小鼠模型和1例人类AAA患者
470	2025-06-18	FOS as a biomarker for myocardial infarction treatment with Deng's Yangxin Decoction: a systems biology-based analysis 2025, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2025.1488684 PMID:40520937	研究论文	本研究通过系统生物学方法探讨了邓氏养心汤治疗心肌梗死的潜在生物标志物及其作用机制	首次将FOS确定为邓氏养心汤治疗心肌梗死的核心生物标志物，并揭示了其与免疫浸润调控的潜在关联	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探索邓氏养心汤治疗心肌梗死的生物标志物和作用机制	心肌梗死患者和邓氏养心汤	系统生物学	心血管疾病	加权基因共表达网络分析(WGCNA)、分子对接、CIBERSORT免疫浸润分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	基于公开数据集的心肌梗死患者和对照样本
471	2025-06-18	Extrachromosomal circular DNA drives dynamic genome plasticity: emerging roles in disease progression and clinical potential 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.111765 PMID:40521196	综述	本文综述了染色体外环状DNA（eccDNA）的分类、生物发生、检测方法、生物学功能及其临床意义	提出了压力选择理论，认为eccDNA是细胞适应环境和治疗压力的适应性储备	在理解组织特异性作用、实现临床转化和方法标准化方面仍存在挑战	探讨eccDNA在生理调控和疾病病理中的关键作用及其临床潜力	染色体外环状DNA（eccDNA）及其在多种疾病中的作用	基因组学	癌症、心血管疾病、神经系统疾病、自身免疫性疾病和代谢性疾病	长读长测序、单细胞测序、CRISPR合成和计算工具	NA	基因组数据	NA
472	2025-06-17	Single-cell chromatin accessibility landscape profiling reveals the diversity of epigenetic regulation in the rat nervous system 2025-Jan-24, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-04432-y PMID:39856121	研究论文	通过单细胞ATAC-seq技术分析大鼠神经系统中的染色质可及性，揭示细胞类型特异性调控元件及其在脑功能中的作用	首次在大鼠神经系统多个脑区生成单细胞染色质可及性图谱，并整合RNA-seq数据构建少突胶质前体细胞中以Jun转录因子为中心的基因调控网络	研究仅针对成年大鼠，未涵盖发育阶段或其他物种	解析哺乳动物神经系统的表观遗传调控多样性	16个大鼠脑区的174,593个高质量细胞核	表观遗传学	神经系统疾病	scATAC-seq, 单核RNA-seq	基因调控网络(GRN)	表观基因组数据	174,593个细胞核(来自16个脑区)
473	2025-06-16	Viral Circuit Tracing in Biomedical Pain Research: Methods, Protocols, and Applications 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4615-1_3 PMID:40515898	研究论文	本文综述了病毒回路追踪技术在疼痛研究中的方法、协议和应用	详细介绍了AAV、狂犬病毒和HSV等病毒追踪工具在疼痛相关神经回路研究中的应用，并探索了与光遗传学、化学遗传学和单细胞RNA测序的新兴整合	NA	解析疼痛处理和调制的神经回路，为疼痛管理开发精准干预措施	疼痛相关神经回路，如PAG-DR通路和杏仁核中心回路	生物医学研究	疼痛相关疾病	病毒追踪技术（AAV、狂犬病毒、HSV）、光遗传学、化学遗传学、单细胞RNA测序	NA	神经回路数据	NA
474	2025-06-16	Application of Single-Cell RNA Sequencing in Investigating Virus-Host Interactions 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4615-1_9 PMID:40515904	研究论文	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在研究病毒与宿主相互作用中的应用	利用scRNA-seq技术在单细胞水平上分析宿主和病毒转录本及宿主-病毒相互作用，揭示了病毒感染过程中宿主细胞的分子变化机制	NA	深入研究病毒与宿主之间的相互作用，为病毒感染的诊断和治疗提供新思路和方法	宿主细胞和病毒	基因组学	病毒感染	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
475	2025-06-15	From spots to cells: Cell segmentation in spatial transcriptomics with BOMS 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0311458 PMID:40504785	研究论文	本文提出了一种基于均值漂移的新方法BOMS，用于空间转录组学中的细胞分割，无需辅助图像	BOMS方法仅基于mRNA点的空间位置和基因标签进行细胞分割，无需辅助图像，简化了实现过程并显著提高了执行速度	未提及方法在特定组织类型或复杂组织中的性能表现	改进空间转录组学中的细胞分割准确性	空间转录组学数据中的细胞	数字病理学	NA	空间转录组学	均值漂移	空间转录组数据	多个公开数据集
476	2025-06-15	Single-cell transcriptomics for immune profiling of cerebrospinal fluid in neurological diseases 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1599303 PMID:40510352	综述	本文全面回顾了单细胞转录组学在脑脊液（CSF）中用于理解神经系统疾病的研究	整合了scRNA-seq、scTCR-seq和scBCR-seq技术，探索神经系统疾病的免疫细胞角色和相互作用	当前单细胞转录组学在CSF和神经系统疾病中的应用仍存在局限性	理解神经系统疾病的免疫学机制并探索新的治疗靶点	脑脊液中的免疫细胞	单细胞转录组学	神经系统疾病（多发性硬化症、阿尔茨海默病、帕金森病等）	scRNA-seq、scTCR-seq、scBCR-seq	NA	单细胞转录组数据	NA
477	2025-06-15	Integrative Analysis of Shared Pathogenic Genes and Potential Mechanisms in Gardnerella vaginalis and Persistent HPV16 Infection 2025, Mediators of inflammation IF:4.4Q2 DOI:10.1155/mi/2582989 PMID:40510586	研究论文	通过整合加德纳菌和持续性HPV16感染的转录组数据，揭示了共享的致病机制和潜在生物标志物	首次鉴定出RSAD2和IFIT1作为HPV相关宫颈病变的潜在生物标志物和治疗靶点，并建立了ceRNA网络	研究主要基于体外实验和公共数据集，需要进一步临床验证	阐明加德纳菌和HPV16持续性感染的共同致病机制	加德纳菌和HPV16感染的转录组数据	生物信息学	宫颈癌	转录组分析、单细胞转录组学、孟德尔随机化分析	Random Forest (RF)	转录组数据	GEO数据集GSE75132和体外感染实验数据
478	2025-06-14	Identification of molecular characteristics in polycystic ovary syndrome using single-cell and transcriptome analysis 2025-01-23, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-81110-w PMID:39848950	研究论文	通过单细胞和转录组分析揭示多囊卵巢综合征(PCOS)的分子特征	整合多个数据集进行生物信息学分析，识别PCOS的复杂分子网络，并通过伪时间轨迹分析揭示细胞亚群的潜在发育轨迹	未提及样本量是否足够大以代表更广泛的人群，且仅通过RT-qPCR验证部分基因表达	揭示多囊卵巢综合征(PCOS)的潜在分子机制	多囊卵巢综合征(PCOS)患者	生物信息学	多囊卵巢综合征	scRNA-seq, RT-qPCR, 生物信息学分析	NA	基因表达数据, 单细胞RNA测序数据	数据集GSE138518, GSE155489和PRJNA600740中的样本
479	2025-06-14	Identification of prognostic biomarkers of sepsis and construction of ceRNA regulatory networks 2025-01-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-78502-3 PMID:39843498	研究论文	本研究通过RNA测序和单细胞RNA测序技术，识别了脓毒症的预后生物标志物并构建了ceRNA调控网络	发现了与脓毒症预后相关的核心基因GSPT1和NPRL3，并构建了一个由4个circRNA、26个miRNA和2个mRNA组成的ceRNA调控网络	样本量较小（幸存组26例，非幸存组6例），可能影响结果的普遍性	识别脓毒症的预后生物标志物并探索其调控机制	脓毒症患者的血液样本	生物信息学	脓毒症	RNA测序（mRNA/circRNA）、10×单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、单细胞RNA测序数据	32例脓毒症患者（幸存组26例，非幸存组6例）
480	2025-06-14	DiabetesOmic: A comprehensive multi-omics diabetes database 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.05.008 PMID:40502930	research paper	介绍了一个名为DiabetesOmic的综合多组学糖尿病数据库，旨在收集和分析五种高通量测序模式的转录调控信息	提供了一个全面的多组学数据库，整合了五种高通量测序数据，并手动整理了临床并发症注释	数据库目前仅包含487个样本，可能不足以覆盖所有糖尿病亚型和组织类型	为糖尿病研究提供分子资源，促进对糖尿病病理和进展的深入研究	1型和2型糖尿病患者的多种组织样本	生物信息学	糖尿病	ChIP-seq, RNA-seq, ATAC-seq, scATAC-seq, scRNA-seq	NA	多组学测序数据	487个样本，涵盖1型和2型糖尿病患者的多种组织