单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
461	2025-05-11	Single-Cell RNA-Sequencing Analysis Provides Insights into IgA Nephropathy 2025-Jan-29, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom15020191 PMID:40001494	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术探讨IgA肾病的免疫特征和分子机制	利用scRNA-seq技术揭示了IgA肾病中的免疫特征和细胞间相互作用	未提及样本量的具体信息，可能影响结果的广泛性	理解IgA肾病的复杂分子机制并开发生物标志物和特异性治疗策略	IgA肾病患者的免疫细胞和肾脏细胞	数字病理学	肾脏疾病	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
462	2025-05-11	Genomic and Transcriptomic Approaches Advance the Diagnosis and Prognosis of Neurodegenerative Diseases 2025-Jan-24, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16020135 PMID:40004464	review	本文综述了基因组学和转录组学技术在神经退行性疾病诊断和预后中的最新进展	介绍了基因组学和转录组学技术（如全基因组测序、单细胞RNA测序和CRISPR筛选）在神经退行性疾病早期诊断和个性化预后中的革命性应用	将基因组学发现转化为临床实践仍面临疾病异质性和神经退行性病理生理学复杂性的挑战	探讨基因组学和转录组学技术在神经退行性疾病诊断和预后中的应用	神经退行性疾病（如阿尔茨海默病、帕金森病、亨廷顿病和肌萎缩侧索硬化症）	基因组学和转录组学	神经退行性疾病	全基因组测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR筛选、全基因组关联研究（GWAS）、多基因风险评分（PRS）和空间转录组学	NA	基因组和转录组数据	NA
463	2025-05-11	Shiba: A versatile computational method for systematic identification of differential RNA splicing across platforms 2025-Jan-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.30.596331 PMID:38895326	research paper	开发了一种名为Shiba的计算方法，用于系统识别不同RNA测序平台间的差异RNA剪接	Shiba方法在捕获注释和非注释的剪接事件方面具有更高的准确性、灵敏度和可重复性，解决了连接读段不平衡的问题，显著减少了假阳性	NA	开发一种全面的方法，用于整合转录本组装、剪接事件识别、读段计数和差异剪接分析	RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	RNA测序数据	模拟数据和真实RNA-seq数据集
464	2025-05-11	Integrated RNA sequencing analysis and machine learning identifies a metabolism-related prognostic signature in clear cell renal cell carcinoma 2025-01-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85618-7 PMID:39799252	research paper	该研究通过整合RNA测序分析和机器学习，识别出透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中与代谢相关的预后特征	利用单细胞RNA测序(scRNA-seq)构建具有代谢差异的恶性细胞层次结构，并开发了基于机器学习的代谢相关预后特征(MRPS)	需要进一步研究验证MRPS在其他癌症类型中的适用性	探究代谢重编程如何影响ccRCC患者的异质性和预后	透明细胞肾细胞癌(ccRCC)患者	machine learning	肾癌	scRNA-seq	machine learning	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但比较了51个已发表的签名
465	2025-05-11	Unravelling approaches to study macrophages: from classical to novel biophysical methodologies 2025, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.19039 PMID:39989743	review	本文综述了研究巨噬细胞的经典和新型生物物理方法	介绍了单细胞测序、单细胞质谱、微流控技术、扫描探针显微镜和原子力光谱等高科技方法	NA	探讨研究巨噬细胞的方法学进展	巨噬细胞	细胞生物学	NA	单细胞测序、单细胞质谱、微流控技术、扫描探针显微镜、原子力光谱	NA	NA	NA
466	2025-05-11	Calnexin promotes glioblastoma progression by inducing protective mitophagy through the MEK/ERK/BNIP3 pathway 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.105591 PMID:39990231	研究论文	该研究揭示了钙联蛋白（CANX）通过MEK/ERK/BNIP3通路促进胶质母细胞瘤（GBM）进展的机制	首次发现CANX通过激活MEK/ERK/BNIP3通路诱导保护性线粒体自噬，从而促进GBM进展和化疗耐药	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在临床患者中进行验证	探索GBM化疗耐药的分子机制并寻找新的治疗靶点	胶质母细胞瘤细胞系和GBM颅内异种移植小鼠模型	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	转录组测序、单细胞测序、透射电镜、Western blot、免疫荧光、流式细胞术	GBM颅内异种移植小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据、细胞功能数据	未明确说明具体样本量，涉及多种GBM细胞系和小鼠模型
467	2025-05-11	CD34+ PI16+ fibroblast progenitors aggravate neointimal lesions of allograft arteries via CCL11/CCR3-PI3K/AKT pathway 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.104650 PMID:39990233	研究论文	本文研究了CD34+ PI16+成纤维祖细胞通过CCL11/CCR3-PI3K/AKT途径加剧同种异体移植动脉新生内膜病变的机制	首次鉴定出CD34+ PI16+成纤维祖细胞亚群，并揭示其通过分泌CCL11激活平滑肌细胞PI3K/AKT信号通路促进新生内膜增生的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体组织中验证	探究CD34+干细胞/祖细胞在移植动脉粥样硬化中的作用机制	同种异体移植动脉的新生内膜病变	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、趋化因子抗体微阵列、ELISA检测、免疫组化	多种基因修饰小鼠模型(BALB/c, C57BL/6J, CD34-CreER等)	基因表达数据、蛋白质数据、组织图像数据	多种基因修饰小鼠模型
468	2025-05-11	Contribution of cuproptosis and immune-related genes to idiopathic pulmonary fibrosis disease 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1458341 PMID:39991151	research paper	本研究探讨了铜死亡和免疫相关基因在特发性肺纤维化(IPF)中的诊断价值	首次系统分析了铜死亡相关基因和免疫相关基因在IPF中的诊断潜力	研究依赖于生物信息学分析，需要进一步实验验证	探索IPF的新型诊断生物标志物	特发性肺纤维化患者	生物信息学	肺纤维化	微阵列分析、WGCNA、单细胞RNA测序	ROC曲线分析	基因表达数据	四个GEO数据集
469	2025-05-11	Single-cell RNA sequencing of circulating immune cells supports inhibition of TNFAIP3 and NFKBIA translation as psoriatic arthritis biomarkers 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1483393 PMID:39991156	研究论文	通过单细胞RNA测序技术识别银屑病关节炎的生物标志物	发现TNFAIP3和NFKBIA在银屑病关节炎CD8+ T细胞中的翻译可能受到抑制，并作为潜在的生物标志物	样本量较小（3例PsA患者、3例PsC患者和2例健康对照）	识别区分银屑病关节炎（PsA）、无关节炎的皮肤银屑病（PsC）和健康对照（HC）的生物标志物	外周血单个核细胞（PBMCs）中的免疫细胞	数字病理学	银屑病关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、NanoString nCounter®平台、免疫印迹	NA	RNA测序数据、蛋白质表达数据	3例PsA患者、3例PsC患者和2例HC
470	2025-05-11	Multiomics in silico analysis identifies TM4SF4 as a cell surface target in hepatocellular carcinoma 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0307048 PMID:39999090	research paper	通过多组学计算机分析鉴定TM4SF4作为肝细胞癌的细胞表面靶点	首次通过多组学计算机分析鉴定出TM4SF4作为肝细胞癌的潜在治疗靶点，具有在癌细胞中高表达而在正常组织中低表达的特性	研究主要基于计算机分析，需要进一步的实验验证TM4SF4作为治疗靶点的有效性和安全性	寻找肝细胞癌的细胞表面靶点以减少细胞免疫治疗的脱靶毒性	肝细胞癌(HCC)细胞	生物信息学	肝细胞癌	多组学计算机分析, scRNA-seq, 免疫组化	NA	基因表达数据, 蛋白质表达数据	791例HCC样本(来自四个独立数据集), 15,787个HCC细胞(scRNA-seq数据)
471	2025-05-10	Progress in Assessing Retinal Microglia Using Single-Cell RNA Sequencing 2025, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-3-031-76550-6_24 PMID:39930187	research paper	比较两种视网膜细胞制备方法和三种数据库整合算法，以评估视网膜微胶质细胞	比较了两种视网膜细胞制备方法和三种数据库整合算法，发现Pap/Whole解离产生的活化微胶质细胞比例较小，且Harmony整合方法在这些数据集上获得了最高的Silhouette分数	研究仅针对健康视网膜中的微胶质细胞，未涉及视网膜退化过程中的变化	评估视网膜微胶质细胞的研究方法，优化单细胞RNA测序的数据分析流程	视网膜微胶质细胞	digital pathology	retinal degeneration	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq data	NA
472	2025-05-10	Exploring the therapeutic potential of fibroadipogenic progenitors in muscle disease 2025 Jan-Feb, Journal of neuromuscular diseases IF:3.2Q2 DOI:10.1177/22143602241298545 PMID:39973455	review	探讨纤维脂肪生成祖细胞（FAPs）在肌肉疾病中的治疗潜力	综述了FAPs在肌肉稳态和再生中的作用，及其在肌肉疾病中的异常表现，提出了针对FAPs的治疗干预策略	NA	探索FAPs在肌肉疾病中的作用及其治疗潜力	纤维脂肪生成祖细胞（FAPs）	肌肉疾病研究	肌病和肌营养不良	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
473	2025-05-10	Single-cell sequencing elucidates the mechanism of NUSAP1 in glioma and its diagnostic and prognostic significance 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1512867 PMID:39975552	研究论文	通过单细胞测序技术探索NUSAP1在神经胶质瘤中的作用机制及其诊断和预后意义	利用单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据结合基础实验，揭示了NUSAP1作为神经胶质瘤终末亚群的关键标记物及其与不良预后的关联	研究主要基于TCGA和GEO数据库的RNA-seq和微阵列数据，可能需要更多独立样本验证	探索神经胶质瘤的个性化精准治疗策略	神经胶质瘤细胞亚群	数字病理学	神经胶质瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), RNA-seq, 微阵列	NA	RNA-seq数据, 微阵列数据, scRNA-seq数据	来自TCGA和GEO数据库的神经胶质瘤患者样本
474	2025-05-10	Advancements in single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics: transforming biomedical research 2025, Acta biochimica Polonica IF:1.4Q4 DOI:10.3389/abp.2025.13922 PMID:39980637	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学在生物医学研究中的最新进展和应用	强调了空间转录组学在保留RNA转录组空间信息方面的突破，克服了传统scRNA-seq的局限性	scRNA-seq技术无法保留RNA转录组的空间信息，因为需要组织解离和细胞分离	探讨单细胞测序技术和空间转录组学在生物医学研究中的应用和进展	单细胞RNA测序和空间转录组学技术	生物医学研究	癌症研究	scRNA-seq, 空间转录组学	NA	RNA测序数据	NA
475	2025-05-10	Cancer stem cells and tumor-associated macrophages as mates in tumor progression: mechanisms of crosstalk and advanced bioinformatic tools to dissect their phenotypes and interaction 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1529847 PMID:39981232	review	本文综述了癌症干细胞（CSCs）与肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在肿瘤进展中的相互作用机制，以及利用先进生物信息学工具解析它们的表型和互作	整合了最新的单细胞RNA测序、空间转录组学和轨迹分析技术，提供了对CSCs与TAMs互作的多细胞对话的全面理解	未提及具体实验数据或样本量，主要基于现有研究的综述	阐明CSCs生物学及其与TME免疫细胞（特别是TAMs）的复杂相互作用，从原发肿瘤到转移形成的全面场景	癌症干细胞（CSCs）和肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	digital pathology	cancer	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics, trajectory analysis	NA	biological and computational data	NA
476	2025-05-10	An anoikis-related signature predicts prognosis and immunotherapy response in gastrointestinal cancers 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1477913 PMID:39981252	研究论文	研究通过构建与失巢凋亡相关的基因特征（Anoscore），预测胃肠道癌症的预后和免疫治疗反应	首次构建了基于失巢凋亡相关基因的预后特征（Anoscore），并验证其在胃肠道癌症预后预测和个性化治疗方案选择中的潜力	研究主要基于公共数据库的回顾性数据，需要进一步的前瞻性临床研究验证	探索失巢凋亡相关基因在胃肠道癌症预后中的作用	胃肠道癌症患者（包括食管癌、胃癌、结肠癌和直肠癌）	生物信息学	胃肠道癌症	RNA测序、单细胞测序分析、LASSO回归分析	Cox回归模型	RNA测序数据和临床数据	来自TCGA和GEO数据库的胃肠道癌症患者数据
477	2025-05-10	Advancing personalized, predictive, and preventive medicine in bladder cancer: a multi-omics and machine learning approach for novel prognostic modeling, immune profiling, and therapeutic target discovery 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1572034 PMID:40330458	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别并分析了膀胱癌中与免疫原性细胞死亡相关的多组学特征，构建了一个预后标志物ICDRS，并探讨了其临床和生物学意义	利用多组学数据和机器学习算法构建了膀胱癌的预后标志物ICDRS，揭示了其与免疫细胞浸润、肿瘤微环境及药物敏感性的关联	研究依赖于公开数据集，样本量有限，且未进行实验验证	推进膀胱癌的个性化、预测性和预防性医学研究	膀胱癌患者	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq), WGCNA, ssGSEA	Lasso, Ridge, CoxBoost	RNA测序数据	单细胞RNA测序数据9个样本，批量RNA测序数据TCGA-BLCA 403个样本，GSE13507 160个样本
478	2025-05-10	METTL1-driven nucleotide metabolism reprograms the immune microenvironment in hepatocellular carcinoma: a multi-omics approach for prognostic biomarker discovery 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1582203 PMID:40330476	research paper	本研究揭示了METTL1通过驱动核苷酸代谢重编程在肝细胞癌（HCC）中调节肿瘤免疫微环境的新机制，并开发了一个基于多组学方法的预后生物标志物模型	首次揭示了METTL1驱动的核苷酸代谢重编程在HCC免疫微环境重塑中的关键作用，并构建了整合METTL1表达和免疫检查点特征的预后预测模型	研究主要基于计算分析和体外实验，需要更多体内实验和临床样本验证	探索HCC中代谢和免疫失调的分子机制，并开发预后预测模型	肝细胞癌（HCC）患者样本和细胞模型	digital pathology	liver cancer	多组学分析（包括单细胞RNA测序）、NMF聚类、WGCNA、机器学习算法	预后预测模型（基于多种机器学习算法）	基因组数据、转录组数据、临床数据	来自TCGA、GEO和ICGC数据库的HCC患者样本
479	2025-05-10	Comprehensive analysis of plasma cell heterogeneity and immune interactions in multiple myeloma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1549742 PMID:40330467	研究论文	本研究通过单细胞测序和转录组数据分析，深入探讨了多发性骨髓瘤中浆细胞的异质性及其免疫相互作用	首次通过单细胞测序鉴定出10种主要细胞类型，并构建了预后预测模型，揭示了风险组与免疫特征的关联	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	探索多发性骨髓瘤发展的潜在机制，为改进治疗方法和提高患者预后提供新方向	多发性骨髓瘤中的浆细胞及其异质性	生物信息学	多发性骨髓瘤	单细胞测序，转录组分析，NMF，WGCNA，LASSO，multiCox回归分析	预后预测模型	转录组数据	多个公共数据库中的样本，具体数量未明确说明
480	2025-05-10	Multi-omics identification of a polyamine metabolism related signature for hepatocellular carcinoma and revealing tumor microenvironment characteristics 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1570378 PMID:40330470	研究论文	本研究通过多组学方法鉴定了一个与多胺代谢相关的肝细胞癌特征，并揭示了肿瘤微环境特征	使用101种机器学习算法构建了一个包含9个基因的多胺代谢相关特征（PMRS），并验证了其在肝细胞癌患者中的预后价值	研究结果需要进一步的临床实验验证	探索多胺代谢在肝细胞癌中的作用，并开发预后风险特征	肝细胞癌（HCC）患者	生物信息学	肝细胞癌	RNA-seq, scRNA-seq, RT-qPCR, 机器学习算法	机器学习算法（未指定具体模型）	RNA测序数据, 单细胞RNA测序数据	TCGA和GEO数据库中的肝细胞癌样本