单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1543 篇文献，本页显示第 441 - 460 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 441 | 2025-06-21 |
Role of CD28+ PD-1+ Tc cells in immune response and prognosis prediction in hepatocellular carcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1576193
PMID:40534863
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研究论文 | 本研究探讨了CD28+PD-1+ Tc细胞在肝细胞癌（HCC）中的免疫反应作用和预后预测价值 | 首次建立了单细胞HCC转录图谱，聚焦于CD28+PD-1+ Tc细胞的细胞间通讯和轨迹分析，揭示了其在HCC中的预后意义和分子特征 | 样本量较小（仅10例HCC样本），且未探讨CD28+PD-1+ Tc细胞功能异常的具体分子机制 | 阐明CD28+PD-1+ Tc细胞在HCC中的预后意义和分子特征 | 肝细胞癌（HCC）组织和对应正常组织中的CD28+PD-1+ Tc细胞 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、富集分析 | NA | 单细胞转录组数据、流式细胞数据 | 10例HCC样本及其对应正常组织样本，共鉴定25644个T细胞 |
| 442 | 2025-06-21 |
Integrated transcriptomics and machine learning reveal REN as a dual regulator of tumor stemness and NK cell evasion in Wilms tumor progression
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1612987
PMID:40534868
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research paper | 该研究通过整合转录组学和机器学习技术，揭示了REN基因在Wilms肿瘤进展中作为肿瘤干性和自然杀伤细胞逃逸的双重调节因子的作用 | 首次发现REN基因在Wilms肿瘤中同时调控肿瘤干性和NK细胞逃逸的双重功能，并开发了新的癌症干性预后指数(CSPI)用于风险分层 | 研究主要基于体外实验和计算模拟，需要进一步的体内实验验证 | 探索Wilms肿瘤进展中肿瘤干性和免疫逃逸的分子机制 | Wilms肿瘤(WT)患者样本和肿瘤细胞 | digital pathology | Wilms tumor | scRNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq, 分子对接模拟 | machine learning | RNA-seq数据 | 未明确说明样本数量 |
| 443 | 2025-06-21 |
Aging induces T cells with distinct transcriptomic profiles and functions in brain-associated tissues
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1619196
PMID:40534878
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研究论文 | 研究探讨了衰老对脑相关组织中CD4和CD8 T细胞转录组和功能的影响 | 揭示了衰老诱导的CD153表达CD4+ T细胞在脑相关组织中的积累及其潜在保护作用 | 研究仅在小鼠模型中进行，人类相关性尚不明确 | 了解衰老对非淋巴组织中T细胞转录组和功能的影响 | 年轻和老年小鼠脑相关组织中的CD4+和CD8+ T细胞 | 免疫学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术 | NA | RNA测序数据, 流式细胞数据 | 年轻和老年小鼠的脑膜、脉络丛和海马体组织 |
| 444 | 2025-06-21 |
Role of ADME genes in breast cancer prognosis: an analysis of risk scoring models based on multi-omics data
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1582862
PMID:40535120
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研究论文 | 本研究通过多组学数据分析ADME基因在乳腺癌预后中的作用，并构建了一个基于ADME相关基因的风险评分模型 | 首次结合多组学数据（包括批量RNA测序、单细胞RNA测序和空间转录组数据）分析ADME基因在乳腺癌预后中的作用，并构建了一个新的风险评分模型（ARPS） | 研究结果需要在更大规模的临床队列中进行验证，且机制研究尚不充分 | 探讨ADME相关基因在乳腺癌预后中的作用及其在个性化治疗中的潜在应用 | 乳腺癌患者 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 批量RNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组 | Cox回归模型、stepAIC分析 | 多组学数据 | TCGA-BRCA、METABRIC和GSE58812队列中的患者数据 |
| 445 | 2025-06-21 |
Current status, hotspots and frontiers of ion channel-related research in glioblastoma: a bibliometric analysis from 2005 to 2024
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1588598
PMID:40535121
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研究论文 | 通过文献计量学方法分析2005年至2024年间胶质母细胞瘤离子通道相关研究的现状、热点和前沿 | 首次系统性地整合和可视化胶质母细胞瘤离子通道领域的知识结构和研究焦点，并识别出新兴研究方向如离子通道与肿瘤微环境的相互作用 | 研究仅基于Web of Science数据库的文献，可能遗漏其他数据库的重要研究 | 探索胶质母细胞瘤中离子通道的作用机制及其与肿瘤生物学过程的关系 | 胶质母细胞瘤及其相关离子通道 | 生物医学研究 | 胶质母细胞瘤 | 文献计量学分析、单细胞空间转录组学、纳米颗粒技术 | NA | 文献数据 | 764篇文章和234篇综述 |
| 446 | 2025-06-21 |
Identifying a prognostic signature for clear cell renal cell carcinoma: the convergence of single-cell and bulk sequencing with machine learning
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1560095
PMID:40535574
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研究论文 | 通过单细胞和批量测序与机器学习的结合，构建了一个预测透明细胞肾细胞癌预后的机器学习相关特征（MLRS） | 使用了一个新颖的计算框架构建MLRS，整合了10种机器学习方法，并在多个独立数据集中验证了其预测预后的能力 | 未提及具体的研究样本量限制或数据来源的局限性 | 预测透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的预后并筛选可能受益于免疫治疗的患者 | 透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者 | 机器学习 | 肾癌 | 单细胞RNA测序、qRT-PCR、CCK-8检测 | 机器学习（整合10种方法） | 基因表达数据 | NA |
| 447 | 2025-06-21 |
Revealing Potential Therapeutic Targets in Gastric Cancer through Inflammation and Protein-Protein Interaction Hub Networks
2025, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.112218
PMID:40535808
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研究论文 | 通过炎症和蛋白质-蛋白质相互作用中心网络揭示胃癌的潜在治疗靶点 | 发现了18个可作为胃癌靶向治疗的生物标志物，特别是SPP1-CD44配体-受体轴的新炎症信号通路 | 研究基于公共数据库的数据，未进行实验验证 | 探索胃癌的潜在治疗靶点和生物标志物 | 胃癌相关基因和免疫细胞 | 生物信息学 | 胃癌 | RNA-seq, scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 四个bulk RNA-seq数据集和两个scRNA-seq数据集 |
| 448 | 2025-06-21 |
A Comprehensive Analysis of the Role of DSN1 in Pan-Cancer Prognosis and Immunotherapy
2025, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.111585
PMID:40535813
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研究论文 | 本文通过公共数据库分析了DSN1在多种癌症中的表达模式及其与预后的关系，并探讨了其在免疫治疗中的潜在作用 | 首次全面分析了DSN1在泛癌中的表达模式、预后价值及其与免疫治疗反应的相关性 | 研究主要基于公共数据库数据，缺乏实验验证 | 探索DSN1在癌症发生、发展和免疫治疗中的作用 | 多种癌症类型（如COAD、LUAD、UCEC等） | 癌症基因组学 | 泛癌 | mRNA测序、蛋白质组学、单细胞测序、基因集富集分析 | 生存分析模型 | mRNA表达数据、蛋白质表达数据、单细胞测序数据 | 多种癌症类型的公共数据库样本 |
| 449 | 2025-06-20 |
Telomemore enables single-cell analysis of cell cycle and chromatin condensation
2025-Jan-24, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf031
PMID:39878215
|
研究论文 | 该论文介绍了Telomemore工具，用于单细胞分析细胞周期和染色质凝聚状态 | 揭示了ATAC-seq端粒样读段不能用于推断端粒长度，但可作为染色质凝聚的生物标志物，并开发了Telomemore工具来量化非对齐的亚端粒读段 | 未明确提及具体局限性 | 开发新工具以增强单细胞数据分析能力 | 单细胞ATAC-seq和RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 长读长测序 | NA | 基因组数据 | 多个公共数据集和新生成的多组纤维母细胞和B细胞图谱 |
| 450 | 2025-06-19 |
A Potential Contribution of S100A11 to Skin Fibrosis and Pulmonary Involvement in Systemic Sclerosis
2025-Jan, Experimental dermatology
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/exd.70026
PMID:40525602
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research paper | 本研究探讨了S100A11在系统性硬化症（SSc）皮肤纤维化和肺部受累中的潜在作用 | 首次发现S100A11在SSc皮肤成纤维细胞中高表达，并与细胞衰老相关基因共表达，同时发现血清S100A11水平与SSc皮肤厚度评分和间质性肺病参数显著相关 | 研究样本量未明确说明，功能机制尚未完全阐明 | 探究S100A11在系统性硬化症纤维化过程中的病理生理作用 | 系统性硬化症患者皮肤样本和血清 | 医学研究 | 系统性硬化症 | 免疫组织化学染色（IHC）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、酶联免疫吸附试验（ELISA） | NA | 组织样本、血清样本、基因表达数据 | 未明确说明患者和对照组的具体样本量 |
| 451 | 2025-06-18 |
SpatialSNV: A novel method for identifying and analyzing spatially resolved SNVs in tumor microenvironments
2025-Jan-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaf065
PMID:40515555
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研究论文 | 本研究开发了一种名为SpatialSNV的新方法，用于在肿瘤微环境中识别和分析空间解析的单核苷酸变异（SNVs） | SpatialSNV方法首次利用空间转录组学平台在肿瘤切片中识别有效的SNVs，揭示了SNVs与肿瘤微环境动态的关系 | 未提及具体的技术限制或样本量不足的问题 | 探索SNVs在肿瘤微环境中的作用，并识别潜在的 therapeutic targets | 肿瘤微环境中的单核苷酸变异（SNVs） | 数字病理学 | 结直肠癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA |
| 452 | 2025-06-18 |
Enhanced Spatial Transcriptomics Analysis of Mouse Lung Tissues Reveals Cell-Specific Gene Expression Changes Associated with Pulmonary Hypertension
2025, Journal of respiratory biology and translational medicine
DOI:10.70322/jrbtm.2025.10004
PMID:40502298
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研究论文 | 本文提出了一种高分辨率空间转录组学协议，用于分析小鼠肺组织中的细胞特异性基因表达变化，特别是在肺动脉高压模型中 | 开发了一种固定冷冻小鼠肺组织切片的方法，结合10X Genomics Xenium平台，实现了高保真度的空间转录组学数据 | 仅使用了预设计的379基因小鼠面板，可能未涵盖所有相关基因 | 研究肺动脉高压（PH）模型中肺组织的细胞特异性基因表达变化 | 小鼠肺组织 | 数字病理学 | 肺动脉高压 | 空间转录组学、荧光原位杂交（FISH）、高通量成像 | NA | 空间转录组数据 | NA |
| 453 | 2025-06-18 |
Survey of transcriptome analyses of hippocampal neurogenesis with focus on adult dentate gyrus stem cells
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1605116
PMID:40519263
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综述 | 本文综述了关于海马神经发生的转录组分析，重点关注成年齿状回干细胞的研究 | 通过单细胞RNA测序和克隆研究揭示了成年齿状回中神经干细胞异质性群体的存在，包括长寿命和早期快速耗竭的群体 | 关于人类成年神经发生的研究较少，且存在物种间神经发生过程动态差异的问题 | 探讨海马神经发生的分子机制及其在学习和记忆中的作用 | 成年齿状回神经干细胞及其发育轨迹 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 454 | 2025-06-18 |
Adult-onset hypothyroidism induces granulosa cell apoptosis and affects ovarian follicle development in rats
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1610694
PMID:40519262
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研究论文 | 研究成年发病甲状腺功能减退对大鼠卵巢发育和基因表达的影响 | 首次使用单细胞RNA测序技术研究甲状腺功能减退对卵巢颗粒细胞和卵母细胞基因表达的影响，并发现甲状腺功能减退促进氧化应激 | 研究仅基于大鼠模型，结果可能无法完全适用于人类 | 探究成年发病甲状腺功能减退对卵巢发育和生育能力的影响 | 成年雌性大鼠 | 生殖医学 | 甲状腺功能减退 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确说明样本数量的大鼠模型 |
| 455 | 2025-06-18 |
Pan-cancer analysis of TMED2: unraveling potential immune characteristics and prognostic value in cancer therapy
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1578627
PMID:40519935
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research paper | 该研究通过多数据库综合分析TMED2在泛癌中的表达、预后价值及其与免疫特征的关系 | 首次全面探索TMED2在泛癌中的调控作用及其与免疫特征和信号通路的关联 | 研究主要基于公共数据库分析，需要进一步实验验证TMED2的具体作用机制 | 探究TMED2在癌症治疗中的潜在免疫特性和预后价值 | 多种癌症类型（包括CESC、MESO、LGG和UVM）及其相关细胞 | digital pathology | pan-cancer | 单细胞测序、通路富集分析、PPI网络分析 | NA | 基因表达数据、临床病理数据 | 多个公共数据库中的癌症和正常组织样本 |
| 456 | 2025-06-18 |
Single-cell transcriptome profiling reveals dynamic cell populations and immune infiltration in cerebral cavernous malformation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1592343
PMID:40519934
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research paper | 该研究通过单细胞转录组分析揭示了脑海绵状血管畸形（CCM）病变组织中的细胞亚群和免疫浸润动态 | 首次在CCM病变组织中进行了单细胞RNA测序，揭示了单核细胞、中性粒细胞和NK细胞的增加以及基因表达和信号通路的失调 | 样本来源仅限于散发性CCM患者，未涵盖家族性CCM病例 | 全面绘制散发性CCM患者病理组织中的细胞亚群和信号通路变化 | CCM患者的病变脑血管组织和对照组的正常脑血管组织 | digital pathology | cerebral cavernous malformation | 单细胞RNA测序、多重荧光免疫组化 | NA | RNA-seq数据 | CCM患者的病变组织和对照组的正常组织（具体样本数量未明确说明） |
| 457 | 2025-06-18 |
Transcriptional profiling reveals H.pylori-associated genes induced inflammatory cell infiltration and chemoresistance in gastric cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1592558
PMID:40519938
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研究论文 | 本研究通过转录组生物信息学分析，揭示了幽门螺杆菌(H. pylori)感染在胃癌(GC)中通过ACSM5和HSPB2基因表达影响肿瘤微环境(TME)和化疗耐药的机制 | 建立了幽门螺杆菌相关预后指数(HPI)，发现高HPI与不良预后相关，并揭示了HPI与肿瘤微环境细胞浸润增强和抗肿瘤药物耐药性的关联 | 研究主要基于生物信息学分析，虽然进行了部分实验验证，但仍需更多体内外实验进一步证实 | 探索幽门螺杆菌感染对胃癌肿瘤微环境和化疗耐药的影响机制 | 胃癌患者样本和细胞系 | 生物信息学 | 胃癌 | 转录组生物信息学分析、scRNA-seq、药物敏感性检测 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据、临床样本数据 | TCGA和GSE62254数据集中的胃癌样本 |
| 458 | 2025-06-18 |
Omics-based Approach Towards Macrophages: New Perspectives of Biology and Function in the Normal and Diseased Heart
2025, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.112061
PMID:40520014
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综述 | 本文系统总结了巨噬细胞在心血管疾病调控中的多样表型和功能可塑性，特别强调了多组学技术提供的新见解 | 利用单细胞RNA测序、空间转录组学和代谢组学等多组学技术揭示了巨噬细胞的异质性、细胞间相互作用、功能机制和空间组织 | NA | 研究巨噬细胞在心血管疾病中的多样性和功能，为临床巨噬细胞靶向策略提供参考 | 巨噬细胞 | 生物医学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、代谢组学 | NA | 组学数据 | NA |
| 459 | 2025-06-18 |
Integrative Single-Cell and Spatial Transcriptomics Analysis Reveals ECM-remodeling Cancer-associated Fibroblast-Derived POSTN as a Key Mediator in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Progression
2025, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.108618
PMID:40520021
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研究论文 | 通过整合单细胞转录组学和空间转录组学分析，揭示了ECM重塑的癌症相关成纤维细胞衍生的POSTN在胰腺导管腺癌进展中的关键作用 | 首次整合大规模单细胞转录组学和空间转录组学数据，鉴定了8种不同的成纤维细胞亚群，并发现ECM重塑成纤维细胞通过POSTN-ITGAV/ITGB5配体-受体轴促进肿瘤进展 | 研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平的验证，且药物抑制实验仅部分逆转了恶性表型 | 解析胰腺导管腺癌中成纤维细胞的异质性及其与上皮细胞的相互作用 | 胰腺导管腺癌(PDAC)中的成纤维细胞和上皮细胞 | 数字病理 | 胰腺癌 | 单细胞转录组学, 空间转录组学(ST) | NA | 转录组数据 | NA |
| 460 | 2025-06-18 |
ITLN1 exacerbates Crohn's colitis by driving ZBP1-dependent PANoptosis in intestinal epithelial cells through antagonizing TRIM8-mediated CAPN2 ubiquitination
2025, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.105550
PMID:40520022
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research paper | 本研究探讨了肠道上皮细胞（IECs）的PANoptosis如何促进克罗恩病（CD）进展的机制 | 发现了ITLN1-TRIM8-CAPN2轴在驱动IEC PANoptosis中的作用，并提出了ITLN1靶向治疗作为CD治疗的潜在策略 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本的验证可能有限 | 探究克罗恩病（CD）进展中肠道上皮细胞PANoptosis的机制 | 克罗恩病患者的结肠组织和IL-10 KO小鼠模型 | 生物医学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫共沉淀（Co-IP）、质谱分析（MS）、RNA-seq | IL-10 KO小鼠模型 | RNA测序数据、蛋白质相互作用数据 | 克罗恩病患者的结肠组织和IL-10 KO小鼠 |