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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 441 | 2025-11-21 |
Spatial transcriptomics reveals an unexpected impact of tau and tau pathology on the expression of transthyretin
2025, Frontiers in aging neuroscience
IF:4.1Q2
DOI:10.3389/fnagi.2025.1656850
PMID:41245137
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术揭示了tau蛋白对转甲状腺素蛋白(TTR)表达的意外调控作用 | 首次发现tau蛋白对Ttr mRNA和蛋白表达的调控作用,揭示了tau可能通过影响TTR参与Aβ疾病进展的反馈环路 | 研究仅使用小鼠模型,需要在人类样本中进一步验证 | 探究tau蛋白如何改变大脑中mRNA表达 | THY-Tau22转基因小鼠和TauKO基因敲除小鼠 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学,免疫荧光 | NA | 空间转录组数据,免疫荧光图像 | 两种小鼠模型(THY-Tau22和TauKO) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 442 | 2025-11-21 |
Fibroblast-derived interleukin-11 as a potential biomarker for intestinal fibrostenosis in Crohn's disease
2025, Therapeutic advances in gastroenterology
IF:3.9Q1
DOI:10.1177/17562848251391093
PMID:41245384
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研究论文 | 本研究探讨白细胞介素-11作为克罗恩病肠道纤维狭窄潜在生物标志物的价值 | 首次发现成纤维细胞来源的IL-11在克罗恩病纤维狭窄组织中富集并促进肠道纤维化 | 观察性研究设计,样本量有限,需要更大规模研究验证 | 研究白细胞介素在检测克罗恩病相关肠道纤维狭窄中的价值 | 克罗恩病患者的肠道组织和血清样本 | 生物标志物研究 | 克罗恩病 | RNA测序,实时聚合酶链反应,免疫组织化学,单细胞RNA测序,Luminex血清检测 | NA | 转录组数据,血清蛋白数据,组织学数据 | 克罗恩病患者手术切除的配对组织样本(包含未受累和纤维狭窄段) | NA | bulk RNA-seq,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 443 | 2025-11-21 |
Functional analysis of TWIST1 domains regulating smooth muscle cell phenotype
2025, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2025.1659847
PMID:41246007
|
研究论文 | 本研究通过分析TWIST1转录因子的不同结构域和二聚体组成对平滑肌细胞表型的调控机制 | 首次系统解析TWIST1不同结构域和不同二聚体组合对平滑肌细胞表型调控的独立功能 | 研究主要基于体外细胞实验,需要进一步体内验证 | 阐明TWIST1在血管疾病中调控平滑肌细胞表型的分子机制 | 人冠状动脉平滑肌细胞(HCASMCs) | 分子生物学 | 心血管疾病 | RNA测序, 增殖和迁移实验 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 444 | 2025-11-21 |
Regulatory T cell therapies: from patient data to biological insights
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1675114
PMID:41246323
|
综述 | 本文综述了调节性T细胞疗法的临床进展与优化策略,重点探讨如何通过临床数据和先进监测技术改进治疗效果 | 整合临床样本数据与单细胞多组学技术,提出将Treg疗法优化为能够建立免疫耐受的“活体药物” | NA | 改进调节性T细胞疗法,提升其治疗自身免疫性疾病和促进移植耐受的效果 | 调节性T细胞疗法及临床样本数据 | 自然语言处理 | 自身免疫性疾病 | 单细胞多组学分析、表观遗传分析、空间转录组学 | NA | 临床数据、多组学数据 | NA | NA | 单细胞多组学、空间转录组学 | NA | NA |
| 445 | 2025-11-21 |
Cholesterol metabolism shapes immune low-response states in LUAD: a multi-omics cholesterol metabolism signature predicts immunotherapy benefit and identifies DHCR7 as a therapeutic target
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1696360
PMID:41246332
|
研究论文 | 本研究开发了基于胆固醇代谢基因的特征模型,用于预测肺腺癌患者的预后和免疫治疗反应,并鉴定DHCR7作为潜在治疗靶点 | 首次在肺腺癌中建立多组学胆固醇代谢特征模型,发现DHCR7基因与免疫抑制的关联,并验证其作为免疫治疗增敏靶点的潜力 | 研究主要基于回顾性队列分析,需要更多前瞻性研究验证 | 探究胆固醇代谢在肺腺癌免疫微环境中的作用及其对免疫治疗的影响 | 肺腺癌患者样本和细胞系 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 多组学分析,单细胞转录组,免疫组化,流式细胞术,体外和体内实验 | 特征模型 | 基因组数据,转录组数据,单细胞数据,实验数据 | 1,682例肺腺癌样本(包括7个初治队列和3个免疫治疗队列) | NA | 单细胞RNA-seq,多重免疫组化,流式细胞术 | NA | NA |
| 446 | 2025-11-21 |
Single-cell and spatial transcriptomics integration reveals FAM49B promotes tumor-associated macrophages polarization in colorectal cancer via the MK pathway
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1682637
PMID:41246334
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组学数据,揭示了FAM49B通过MDK-NCL轴促进结直肠癌中肿瘤相关巨噬细胞极化的机制 | 首次发现FAM49B通过MDK-NCL信号轴调控肿瘤相关巨噬细胞极化,揭示了其在塑造免疫抑制肿瘤微环境中的新功能 | 样本量相对有限(16例患者),需要更大规模的研究验证 | 探究FAM49B在结直肠癌免疫抑制肿瘤微环境形成中的作用机制 | 结直肠癌患者组织样本、恶性上皮细胞、肿瘤相关巨噬细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、蛋白质组学分析 | CellChat分析、伪时间轨迹分析 | 单细胞RNA-seq数据、空间转录组数据、bulk RNA数据 | 16例结直肠癌患者的33个单细胞RNA-seq样本和2对配对空间转录组样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 447 | 2025-11-21 |
Integrative multi-omics analysis of gastric cancer evolution from precancerous lesions to metastasis identifies a deep learning-based prognostic model
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1680517
PMID:41246350
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和深度学习技术,构建了胃癌从癌前病变到转移的演化图谱和预后模型 | 首次在胃癌中整合多组学数据揭示肿瘤微环境动态重塑过程,并开发基于深度学习的预后预测模型 | 样本量相对有限,仅包含6种组织类型的252,399个细胞 | 解析胃癌进展过程中肿瘤微环境的细胞异质性、空间组织和细胞间通讯 | 胃炎、肠化生、原发肿瘤、癌旁正常组织和转移病灶 | 数字病理 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, WGCNA, 深度学习 | 深度学习模型 | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 临床数据 | 252,399个细胞来自6种组织类型 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 448 | 2025-11-20 |
MetaLigand: A database for predicting non-peptide ligand mediated cell-cell communication
2025-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.14.633094
PMID:39868215
|
研究论文 | 介绍MetaLigand数据库工具,用于预测非肽配体介导的细胞间通讯 | 整合233种非肽配体的生物合成酶、转运蛋白基因和受体基因数据,结合从头合成和补救合成途径提高预测准确性 | NA | 开发预测非肽配体-受体相互作用和细胞间通讯的工具 | 非肽配体(脂质、氨基酸、碳水化合物、非肽神经递质和激素)及其介导的细胞间通讯 | 生物信息学 | 年龄相关性黄斑变性 | 转录组数据分析,单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 转录组数据,单细胞RNA测序数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 449 | 2025-11-20 |
Plasma Proteome Profiling Identifies Biomarkers and Potential Drug Targets for Non-Small Cell Lung Cancer
2025, International journal of medical sciences
IF:3.2Q1
DOI:10.7150/ijms.107109
PMID:41049426
|
研究论文 | 通过血浆蛋白质组分析和遗传学方法识别非小细胞肺癌的潜在生物标志物和药物靶点 | 首次通过蛋白质组范围的孟德尔随机化分析识别出8种与NSCLC病因有因果关系的血浆蛋白,并进行了多方法验证 | 研究主要基于遗传数据,需要进一步实验验证这些蛋白质在NSCLC发病机制中的具体作用 | 识别非小细胞肺癌的新型生物标志物和潜在药物靶点 | 肺腺癌和肺鳞状细胞癌患者 | 生物信息学 | 肺癌 | 蛋白质组分析、孟德尔随机化、GWAS、scRNA-seq、基因功能分析 | 孟德尔随机化、贝叶斯共定位、SMR、HEIDI | 遗传数据、蛋白质组数据、基因表达数据 | LUAD: 11,273例(GWAS) + 1,590例(FinnGen); LUSC: 7,426例(GWAS) + 1,510例(FinnGen) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 450 | 2025-11-20 |
Immune-related gene signatures of thin endometrium: a transcriptomic and single-cell study
2025, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2025.1626451
PMID:41113715
|
研究论文 | 通过转录组学和单细胞研究揭示薄型子宫内膜的免疫相关基因特征 | 首次整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据,发现薄型子宫内膜中免疫相关基因的差异表达特征 | 样本量有限,需要更大规模研究验证发现 | 识别薄型子宫内膜相关的差异表达基因和免疫特征 | 薄型子宫内膜患者和健康对照者的子宫内膜组织 | 转录组学 | 生殖系统疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, qPCR | NA | 基因表达数据 | 薄型子宫内膜患者和健康对照者的子宫内膜组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 451 | 2025-11-19 |
Distinct causes of three phenotypic hallmarks of hematopoietic aging
2025-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.14.632900
PMID:39868295
|
研究论文 | 本研究通过实验模型解析NFkappaB活性在造血衰老表型中的作用机制 | 建立了NFkappaB活性升高实验模型,首次揭示造血衰老三大表型由不同调控机制驱动 | 实验模型可能无法完全模拟自然衰老过程 | 解析造血衰老表型的分子机制 | 造血干细胞(HSC)和骨髓微环境 | 单细胞组学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序,表观基因组学,转录组学 | IkappaBminus实验模型 | 单细胞RNA测序数据,表观基因组数据,转录组数据 | 老年小鼠和人类HSC数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 452 | 2025-11-19 |
Single-Cell RNA-Seq Reveals Adventitial Fibroblast Alterations during Mouse Atherosclerosis
2025-Jan-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.05.616802
PMID:39868275
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示小鼠动脉粥样硬化过程中外膜成纤维细胞的动态变化 | 首次在动脉粥样硬化发生过程中对外膜细胞进行单细胞RNA测序分析,并发现SERPINH1基因在成纤维细胞功能中的关键作用 | 研究仅使用雄性Ldlr -/-小鼠模型,样本量较小(每组两个样本,每个样本由三只小鼠混合) | 探究外膜细胞在动脉粥样硬化中的作用机制 | 小鼠主动脉外膜细胞和人类外膜成纤维细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 雄性Ldlr -/-小鼠,每组两个样本(每个样本由三只小鼠混合) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 453 | 2025-11-19 |
<italic>PDIA5</italic> and <italic>ARFIP1</italic> as Immunogenetic Biomarkers and Therapeutic Targets in Pancreatic Neuroendocrine Neoplasms: A Multi-Omics Study Integrating MR, Gene Expression Microarray, and Single-Cell Transcriptomics
2025, Neuroendocrinology
IF:3.2Q2
DOI:10.1159/000548070
PMID:41129479
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研究论文 | 通过多组学方法鉴定PDIA5和ARFIP1作为胰腺神经内分泌肿瘤的免疫遗传生物标志物和治疗靶点 | 整合孟德尔随机化、基因表达微阵列和单细胞转录组学数据,首次系统鉴定PDIA5和ARFIP1在胰腺神经内分泌肿瘤中的生物标志物价值 | 需要进一步验证和临床探索 | 识别胰腺神经内分泌肿瘤的可操作分子靶点和生物标志物 | 胰腺神经内分泌肿瘤(PanNENs) | 生物信息学 | 胰腺神经内分泌肿瘤 | 孟德尔随机化,基因表达微阵列,单细胞RNA测序,免疫组织化学 | 加权基因共表达网络分析(WGCNA),CIBERSORT | 蛋白质组数据,基因表达数据,单细胞转录组数据 | 多个公共数据集(GSE73338、GSE43795、GSE256136、TCGA、GTEx) | NA | 单细胞RNA-seq,基因表达微阵列 | NA | NA |
| 454 | 2025-11-18 |
Single Cell Profiling in the Sox10Dom Hirschsprung Mouse Implicates Hox Genes in Enteric Neuron Trajectory Allocation
2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101590
PMID:40701368
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析Sox10Dom突变小鼠肠神经系统发育,揭示了Hox基因在肠神经元轨迹分配中的作用 | 首次将Hox基因表达变化(特别是Hoxa6)与肠神经元轨迹改变相关联 | 研究仅限于小鼠模型,样本量相对较小 | 探究Sox10缺陷如何改变肠神经元比例及其在肠神经系统早期发育中的作用机制 | Sox10+/+和Sox10Dom/+同窝小鼠的肠神经系统祖细胞、发育中神经元和肠胶质细胞 | 单细胞组学 | 先天性巨结肠症 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, 杂交链式反应 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | Sox10+/+和Sox10Dom/+同窝小鼠的肠神经系统细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 455 | 2025-11-18 |
CREB Drives Acinar to Ductal Cells Reprogramming and Promotes Pancreatic Cancer Progression in Preclinical Models of Alcoholic Pancreatitis
2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101606
PMID:40812683
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研究论文 | 本研究揭示了CREB在酒精性胰腺炎模型中驱动腺泡细胞向导管细胞重编程并促进胰腺癌进展的机制 | 首次阐明CREB与致癌Kras在慢性炎症环境下协同促进胰腺癌进展的分子机制,发现CREB持续激活可导致不可逆的腺泡-导管化生 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证 | 探究CREB在酒精性胰腺炎背景下促进胰腺癌进展的分子机制 | 遗传修饰小鼠模型(Ptf1aCreERTM/+;LSL-KrasG12D/+等)的胰腺组织 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,谱系追踪,Western blotting,磷酸化激酶阵列,定量PCR | NA | 基因表达数据,组织学图像,蛋白质印迹数据 | 多种遗传修饰小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 456 | 2025-11-18 |
Targeting Ferroptosis Restores the Antiviral Activity of CD8+ T Cells During Chronic Hepatitis B Virus Infection
2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101612
PMID:40803501
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研究论文 | 本研究揭示铁死亡是慢性乙型肝炎病毒感染中CD8+ T细胞功能失调的关键机制,并证明靶向铁死亡可恢复其抗病毒活性 | 首次发现HBV特异性CD8+ T细胞在慢性感染中发生铁死亡,并阐明棕榈酸和TGF-β1通过调控CD36和GPX4协同促进该过程的机制 | NA | 探究慢性HBV感染中CD8+ T细胞功能失调的机制及干预策略 | 慢性乙型肝炎患者的CD8+ T细胞,特别是HBV特异性CD8+ T细胞 | 免疫学 | 乙型肝炎 | 流式细胞术, 电子显微镜, 单细胞RNA测序, MHC I四聚体技术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞数据, 电子显微镜图像 | 慢性乙型肝炎患者的CD8+ T细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 457 | 2025-11-17 |
Single-cell atlas of human penile corpus cavernosum reveals cellular and functional heterogeneity of aging-related erectile dysfunction
2025, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2025.1671482
PMID:41234230
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建人类阴茎海绵体细胞图谱,揭示与衰老相关的勃起功能障碍的细胞和功能异质性 | 首次在单细胞分辨率下揭示衰老阴茎海绵体的细胞异质性和免疫微环境特征,识别了关键细胞亚群和分子特征 | 样本量较小(6例ARED患者),且对照组使用公开数据 | 阐明衰老相关勃起功能障碍的细胞和转录组异质性及免疫微环境 | 人类阴茎组织样本 | 单细胞组学 | 勃起功能障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6例老年ARED患者(4例轻度ED,2例重度ED)和3例年轻健康对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 458 | 2025-11-17 |
A spatially resolved single-cell landscape of colorectal cancer liver metastasis reveals a stromal-tumor glycolytic signaling interaction
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1687485
PMID:41234356
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组数据,揭示了结直肠癌肝转移中基质-肿瘤细胞通过HGF-MET-MYC信号轴形成糖酵解代谢生态位的空间机制 | 首次在空间分辨率水平发现高恶性度CRC亚群与基质成纤维细胞的空间共定位,并揭示HGF-MET-MYC信号轴驱动的糖酵解代谢生态位 | 样本数量有限(35个单细胞RNA-seq数据集),主要依赖计算分析需进一步实验验证 | 解析结直肠癌肝转移的分子和空间动态机制 | 结直肠癌原发肿瘤、肝转移灶及匹配正常组织 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, inferCNV, CytoTRACE, CellChat, NicheNet, 体外共培养, 免疫组织化学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | 35个单细胞RNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 459 | 2025-11-17 |
SegDecon bridges histology and transcriptomics through AI-based nuclei segmentation and image-informed spatial deconvolution
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.10.041
PMID:41234485
|
研究论文 | 提出SegDecon计算框架,通过AI驱动的细胞核分割和图像信息空间解卷积连接组织学与转录组学 | 将图像衍生的细胞计数估计整合到贝叶斯解卷积中,使用HSV色彩空间转换、形态学过滤和深度学习实例分割增强细胞核分割 | 仅在鼠脑空间转录组数据上进行了评估,未在其他组织或物种中验证 | 提高空间转录组学中细胞组成空间定位的精确度 | 鼠脑组织 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 深度学习实例分割,改进的cell2location模型 | 组织图像,空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 460 | 2025-11-17 |
Single-cell sequencing reveals cellular heterogeneity and molecular mechanisms in tendon and enthesis injury repair
2025, Frontiers in physiology
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fphys.2025.1685955
PMID:41234689
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综述 | 本文通过单细胞测序技术揭示肌腱和骨附着点损伤修复过程中的细胞异质性及分子机制 | 利用多模态整合方法精确识别肌腱和骨附着点细胞亚群,阐明细胞间通讯及愈合过程中的分化路径 | NA | 探索肌腱和骨附着点损伤修复的细胞分子机制 | 肌腱和骨附着点细胞 | 单细胞生物学 | 肌腱损伤 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |