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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 421 | 2025-11-24 |
Decoding immune low-response states in sepsis: single-cell and 3D spatial transcriptomic insights into immunoparalysis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1696914
PMID:41268561
|
综述 | 本文综述了脓毒症免疫低反应状态(免疫麻痹)的单细胞和3D空间转录组学研究进展 | 整合单细胞RNA/ATAC测序、免疫组库分析和3D空间转录组学技术,解析脓毒症免疫麻痹的细胞程序 | 检测标准化不足、单核细胞HLA-DR阈值缺乏统一标准、临床兼容空间平台有限 | 探讨脓毒症免疫低反应状态的分子机制和精准医疗策略 | 脓毒症患者的免疫细胞(单核细胞、树突状细胞、淋巴细胞、NK细胞) | 单细胞组学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 免疫组库分析, 3D空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | FFPE-ready空间检测 |
| 422 | 2025-11-24 |
A single-cell transcriptomic atlas elucidates the hair cycle and apoptosis mechanisms in goat hair follicles
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1693637
PMID:41268577
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序构建了山羊毛囊凋亡的高分辨率细胞图谱,揭示了毛周期中毛囊细胞凋亡的分子机制 | 首次在山羊毛囊中鉴定出九种细胞类型,发现基质细胞富集Wnt信号通路和凋亡相关基因,并揭示了决定基质细胞命运的关键动态基因和调控因子 | NA | 探索山羊毛周期中毛囊凋亡的分子机制 | 山羊毛囊细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 8,214个毛囊细胞(来自生长期、退行期和休止期) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 423 | 2025-11-23 |
Single Cell Spatial Transcriptomics Reveals Immunotherapy-Driven Bone Marrow Niche Remodeling in AML
2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.24.634753
PMID:39975227
|
研究论文 | 本研究利用单细胞空间转录组学技术揭示了免疫治疗对急性髓系白血病患者骨髓微环境的重塑作用 | 整合单细胞RNA测序与单细胞分辨率空间转录组数据,通过深度学习细胞分割模型实现精确的转录本定位和细胞间距离分析 | 存在测序深度限制,需要通过数据整合来克服 | 研究免疫治疗对急性髓系白血病患者骨髓微环境中白血病细胞与免疫细胞时空相互作用的影响 | 难治性或复发性急性髓系白血病患者的骨髓样本 | 数字病理学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 深度学习图像分析 | 细胞分割模型, 深度学习 | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 424 | 2025-11-23 |
Comparison of imaging-based single-cell resolution spatial transcriptomics profiling platforms using formalin-fixed, paraffin-embedded tumor samples
2025-Jan-17, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5656204/v1
PMID:39877088
|
研究论文 | 本研究使用福尔马林固定石蜡包埋肿瘤样本系统比较了三种成像型单细胞分辨率空间转录组学平台的性能 | 首次使用严格对照实验系统评估商业空间转录组平台的性能,并引入像素级手动评估方法进行病理学意义比较 | 研究仅使用肺癌和胸膜间皮瘤样本,样本类型相对有限 | 比较不同空间转录组学平台在肿瘤研究中的性能差异 | 福尔马林固定石蜡包埋的肺腺癌和胸膜间皮瘤手术切除样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学,RNA测序,多重免疫荧光,HE染色 | NA | 空间转录组数据,图像数据 | 肺腺癌和胸膜间皮瘤组织芯片样本 | Nanostring, Vizgen, 10x Genomics | 单细胞空间转录组学,空间多组学 | CosMx, MERFISH, Xenium, GeoMx Digital Spatial Profiler | CosMx空间分子成像平台,MERFISH多重误差鲁棒荧光原位杂交,Xenium单细胞/多模态空间分析平台 |
| 425 | 2025-11-23 |
Deciphering oligomeric proanthocyanidins' dual osteoprotective mechanisms at single-cell resolution: NR4A1-mediated PTGS2 suppression and β-catenin-Runx2 activation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1679987
PMID:41262236
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示寡聚原花青素治疗骨质疏松的双重机制 | 首次在单细胞分辨率下发现C2 NR4A1+ MSCs亚型,并阐明OPC通过NR4A1介导的PTGS2抑制和β-catenin-Runx2激活的双重机制治疗骨质疏松 | NA | 阐明寡聚原花青素治疗骨质疏松的多靶点作用机制 | 骨质疏松小鼠模型中的间充质干细胞亚型 | 单细胞转录组学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序,网络药理学,细胞实验,动物模型 | Seurat,Monocle,Slingshot,CellChat | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 426 | 2025-11-23 |
Athero-oncology perspective: identifying hub genes for atherosclerosis diagnosis using machine learning
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1616096
PMID:41262249
|
研究论文 | 本研究通过整合癌症基因集和机器学习方法识别与动脉粥样硬化相关的关键枢纽基因,并构建诊断模型 | 首次从动脉粥样硬化-肿瘤学角度整合癌症基因集识别动脉粥样硬化关键基因,并构建基于IRF7、FHOD1和TNF的诊断列线图 | 分子机制仍需进一步深入研究 | 识别动脉粥样硬化诊断相关的关键枢纽基因并探索其免疫分子机制 | 平滑肌细胞、人类和小鼠模型的动脉粥样硬化样本 | 机器学习 | 心血管疾病 | 生物信息学分析、单细胞RNA测序 | SVM-RFE、LASSO回归、随机森林 | 基因表达数据 | GEO数据库数据集、人类颈动脉斑块和小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 427 | 2025-11-23 |
Cellf-deception: human microglia clone 3 (HMC3) cells exhibit more astrocyte-like than microglia-like gene expression
2025, Frontiers in bioinformatics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fbinf.2025.1681811
PMID:41262332
|
研究论文 | 本研究通过基因表达分析发现HMC3细胞系更类似星形胶质细胞而非小胶质细胞 | 首次使用基因对比例方法揭示HMC3细胞系的真实细胞类型特征 | 研究基于基因表达数据,未进行功能验证实验 | 评估HMC3细胞系作为人类小胶质细胞模型的可靠性 | 人类小胶质细胞克隆3(HMC3)细胞系 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | bulk RNA-seq, scRNA-seq | 预测模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 428 | 2025-11-23 |
Neutrophil-Fibroblast Crosstalk Drives Immunofibrosis in Sequelae of Pelvic Inflammatory Disease Through Neutrophil Extracellular Traps
2025, Mediators of inflammation
IF:4.4Q2
DOI:10.1155/mi/3113542
PMID:41262541
|
研究论文 | 本研究探讨中性粒细胞与子宫成纤维细胞通过中性粒细胞胞外诱捕网在盆腔炎性疾病后遗症免疫纤维化中的相互作用机制 | 首次揭示自噬促进NETs生成并通过NETs-成纤维细胞相互作用驱动盆腔组织纤维化的新机制 | 研究主要基于动物模型和体外细胞实验,临床样本验证不足 | 阐明盆腔炎性疾病后遗症组织纤维化的发病机制 | SPID大鼠模型、HL-60来源的中性粒细胞样细胞、子宫成纤维细胞 | 单细胞测序 | 盆腔炎性疾病 | 单细胞RNA测序、细胞共培养、动物模型构建 | 大鼠疾病模型、dHL-60细胞模型 | 单细胞测序数据、体外实验数据 | 公共数据库GSE223639单细胞数据、实验动物模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 429 | 2025-11-23 |
Single-Cell Transcriptomics Uncover EEF1A1-Driven Ubiquitination Dysregulation in T Cell Exhaustion and SLE Pathogenesis via STAT1-Mediated Th1/Th2 Imbalance
2025, Mediators of inflammation
IF:4.4Q2
DOI:10.1155/mi/3708640
PMID:41262540
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了EEF1A1通过STAT1介导的Th1/Th2失衡在T细胞耗竭和系统性红斑狼疮发病机制中的作用 | 首次发现EEF1A1作为泛素化相关枢纽基因通过STAT1磷酸化调控T细胞功能失调和Th1/Th2失衡 | 研究主要基于GSE135779数据集和MRL/lpr小鼠模型,需要更多临床样本验证 | 探究EEF1A1在系统性红斑狼疮发病机制中的作用机制 | 系统性红斑狼疮患者T细胞和MRL/lpr小鼠模型 | 单细胞转录组学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序, hdWGCNA, LASSO回归, 功能验证实验 | NA | 单细胞RNA测序数据 | GSE135779数据集中的SLE样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 430 | 2025-11-23 |
BCL6, DUSP3, and IL6R Are Identified as Shared Druggable Immune-Regulatory Axis in Atrial Fibrillation and Atherosclerosis Through Integrative In Silico and In Vitro Analysis
2025, Human mutation
IF:3.3Q2
DOI:10.1155/humu/7388320
PMID:41262879
|
研究论文 | 通过整合计算分析和体外实验鉴定BCL6、DUSP3和IL6R作为心房颤动和动脉粥样硬化共有的免疫调节枢纽基因 | 首次通过多平台转录组学分析识别出AF和ATH共有的免疫调节枢纽基因,并通过体外实验验证其致病机制 | 研究主要基于公共数据库和体外细胞模型,缺乏体内实验验证 | 探索心房颤动和动脉粥样硬化的共同免疫炎症分子机制 | 心房颤动和动脉粥样硬化患者转录组数据、小鼠心脏成纤维细胞 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 微阵列转录组分析、单细胞RNA测序、siRNA基因敲降、RT-qPCR、蛋白质印迹 | LASSO回归、转录调控网络建模、细胞通讯分析 | 转录组数据、基因表达数据 | 来自公共数据库的多个微阵列数据集 | Thermo Fisher | 单细胞RNA-seq | NA | Thermo Fisher验证的试剂盒和试剂 |
| 431 | 2025-11-22 |
Prognostic and Immunological Implications of Telomere Maintenance-Related Genes in Breast Cancer: A Mechanistic Exploration
2025, Breast cancer (Dove Medical Press)
DOI:10.2147/BCTT.S545745
PMID:41255412
|
研究论文 | 本研究通过分析乳腺癌中端粒维持相关基因构建风险模型,用于预后预测和治疗评估 | 首次系统构建基于端粒维持相关基因的乳腺癌风险预测模型,并结合单细胞RNA测序验证关键基因表达 | 研究基于回顾性数据集,需要前瞻性研究验证模型的临床适用性 | 探讨端粒维持相关基因在乳腺癌中的预后价值和免疫学意义 | 乳腺癌患者及其基因表达数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, Cox回归分析, LASSO回归, 孟德尔随机化分析 | 风险预测模型 | 基因表达数据 | 多个乳腺癌数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 432 | 2025-11-22 |
The Intestinal Immune Network for IgA Production is Involved in the Development and Progression of Sepsis: A Multi-Omics Study
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S548786
PMID:41255589
|
研究论文 | 通过多组学方法研究肠道IgA生成免疫网络在脓毒症发生发展中的作用 | 首次整合bulk RNA测序、单细胞RNA测序、临床试验、动物研究和孟德尔随机化分析,系统揭示肠道IgA免疫网络在脓毒症中的作用机制 | NA | 阐明肠道IgA生成免疫网络在脓毒症发生发展中的作用机制 | 脓毒症患者、动物模型、免疫细胞 | 生物信息学 | 脓毒症 | bulk RNA测序,单细胞RNA测序,孟德尔随机化分析,机器学习 | LASSO,Cox回归,诺莫图模型 | 基因表达数据,临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 433 | 2025-11-22 |
Integrative pharmacovigilance and AI-based framework uncovers potential drug triggers in juvenile idiopathic arthritis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1653003
PMID:41256847
|
研究论文 | 本研究开发了一个结合药物警戒和人工智能的框架,用于识别可能引发或加重幼年特发性关节炎的药物 | 首次整合了四种不相称性算法、三种机器学习模型和毒理基因组学分析,并通过新生成的转录组数据进行多层级验证 | 研究主要依赖于回顾性数据库分析,样本量相对有限,需要进一步的前瞻性研究验证 | 识别可能触发或加重幼年特发性关节炎的药物安全信号 | 幼年特发性关节炎患者和药物安全报告数据 | 自然语言处理 | 幼年特发性关节炎 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 机器学习 | DMPNN, GCN, SVM | 文本报告, 分子描述符, 化学指纹, 结构图, 转录组数据 | FAERS数据库10,012,438份报告,47个个体(39名JIA患者和8名对照)的bulk RNA-seq数据,30个单细胞RNA-seq样本(21个内部PBMC样本和9个公共sJIA样本) | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 434 | 2025-11-22 |
Immune snapshots along the inflammation-to-cancer road in bladder urothelium
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1685237
PMID:41256858
|
综述 | 本文综述了膀胱尿路上皮从炎症到癌症过程中免疫微环境的动态演变过程 | 整合了空间转录组学、单细胞技术和尿液外泌体分析等新技术,提供了炎症-癌症连续过程中的精确免疫快照 | 作为小型综述,可能未涵盖该领域所有最新研究进展 | 阐明膀胱尿路上皮从炎症到癌症过程中的免疫学转变机制 | 膀胱尿路上皮的免疫微环境 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 空间转录组学,单细胞技术,尿液外泌体分析 | NA | 转录组数据,单细胞数据,外泌体数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 435 | 2025-11-22 |
Machine learning-driven exploration of therapeutic targets for atrial fibrillation-joint analysis of single-cell and bulk transcriptomes and experimental validation
2025, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2025.1652467
PMID:41257259
|
研究论文 | 通过机器学习分析心房颤动患者的转录组数据,探索新的治疗靶点和分子机制 | 结合单细胞和批量转录组数据的联合分析,应用三种机器学习算法筛选关键基因,并通过实验验证 | 样本来源仅限于GEO数据库和右心耳组织,需要进一步扩大样本验证 | 探索心房颤动的治疗靶点和诊断生物标志物 | 心房颤动患者的转录组数据和右心耳组织样本 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, RT-qPCR, western blot | LASSO, SVM-RFE, 随机森林, 列线图模型 | 转录组数据, 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 436 | 2025-11-22 |
The analysis reveals novel hub genes and pathways associated with Tetralogy of Fallot
2025, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2025.1604939
PMID:41257258
|
研究论文 | 本研究通过整合bulk和单细胞RNA-seq数据,识别了法洛四联症相关的核心基因和通路 | 首次在单细胞分辨率下验证法洛四联症中脂肪酸代谢通路在心肌细胞中的特异性富集 | 样本量有限,仅使用了两个数据集进行验证 | 探索法洛四联症的核心基因和通路,为疾病预防和干预提供潜在靶点 | 法洛四联症患者的心脏组织 | 生物信息学 | 先天性心脏病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, qRT-PCR, 功能富集分析 | NA | 基因表达数据 | 基于两个数据集GSE146220和GSE217772 | NA | single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 437 | 2025-11-21 |
Immune Microenvironmental Differences Between Obese and Healthy People in a High-Altitude Hypoxic Environment
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S562386
PMID:41243986
|
研究论文 | 比较肥胖与正常体重个体在高海拔缺氧环境下的免疫微环境差异 | 首次在单细胞水平揭示肥胖个体在高海拔缺氧环境下Treg细胞比例减少的免疫机制 | 探索性研究,样本量有限,需要进一步验证 | 探索肥胖加剧高海拔缺氧反应的发病机制并寻找潜在生物标志物 | 肥胖与正常体重个体及动物模型 | 单细胞组学 | 高原病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 438 | 2025-11-21 |
The Role of Fibroblasts in Atopic Dermatitis: Establishing Proinflammatory Microenvironments and Mediating Cellular Crosstalk
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S558464
PMID:41243996
|
综述 | 本文总结了成纤维细胞在特应性皮炎中通过建立促炎微环境和介导细胞间通讯的作用机制 | 突破传统聚焦免疫细胞和角质形成细胞的研究局限,系统阐述成纤维细胞在AD中的主动免疫调节功能 | NA | 深入理解特应性皮炎的致病机制并为常规治疗反应不佳患者提供新治疗策略 | 特应性皮炎中的成纤维细胞 | NA | 特应性皮炎 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 439 | 2025-11-21 |
1-stearoyl-2-arachidonoyl-driven B Cell metabolic dysregulation in chronic rhinosinusitis with nasal polyps: insights from Mendelian randomization and single-cell RNA sequencing
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1719897
PMID:41244838
|
研究论文 | 通过孟德尔随机化和单细胞RNA测序研究慢性鼻窦炎伴鼻息肉中B细胞代谢失调的机制 | 首次发现HLA-DR+ CD33- B细胞和脂质代谢物1-硬脂酰-2-花生四烯酰在CRSwNP中的风险作用,并揭示代谢影响B细胞亚群塑造免疫微环境的新机制 | NA | 探讨慢性鼻窦炎伴鼻息肉的免疫代谢失调机制 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者的免疫细胞和代谢物 | 生物信息学 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉 | 单细胞RNA测序,孟德尔随机化,基因集富集分析,机器学习 | 机器学习 | 单细胞RNA测序数据,代谢组数据,基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 440 | 2025-11-21 |
Decoding the immune microenvironment in osteosarcoma: new insights into checkpoints, vaccines, and CAR-T cells
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1702219
PMID:41244900
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综述 | 本文全面概述骨肉瘤的免疫微环境特征及当前新兴的免疫治疗策略 | 整合单细胞转录组学对骨肉瘤免疫微环境的新见解,系统探讨检查点抑制剂、肿瘤疫苗和CAR-T细胞等联合治疗策略 | 作为综述文章,未提供原始实验数据验证提出的治疗策略 | 改善骨肉瘤患者临床预后的免疫治疗策略研究 | 骨肉瘤及其肿瘤微环境中的免疫细胞 | 肿瘤免疫学 | 骨肉瘤 | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |