单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
401	2025-06-28	Mapping CD4+ T cell diversity in CSF to identify endophenotypes of multiple sclerosis 2025, Brain communications IF:4.1Q2 DOI:10.1093/braincomms/fcaf231 PMID:40574973	研究论文	本研究通过光谱流式细胞术分析脑脊液中的CD4+ T细胞，旨在识别多发性硬化症（MS）的致病性T细胞亚群	利用公开的转录组数据集和单细胞RNA测序数据设计标记物面板，识别与慢性实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）相关的CD4+ T细胞亚群，并将这些发现转化到MS数据集中	研究主要基于小鼠模型EAE的数据，转化到人类MS的适用性需要进一步验证	探索CD4+ T细胞亚群作为MS患者分层和疾病进展的生物标志物	多发性硬化症（MS）患者的脑脊液（CSF）中的CD4+ T细胞	免疫学	多发性硬化症	光谱流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）小鼠模型	转录组数据、流式细胞术数据	独立MS队列的脑脊液细胞样本
402	2025-06-28	Regulatory B cells promote the immunosuppressive microenvironment and progression of clear cell renal cell carcinoma 2025, Immunotherapy advances IF:4.1Q2 DOI:10.1093/immadv/ltaf013 PMID:40575014	研究论文	本研究探讨了调节性B细胞（Bregs）在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的免疫抑制作用和预后意义	建立了基于机器学习的Breg特征模型（CMLBregS），用于风险分层和免疫分析，并发现IRF4作为关键预后标志物	研究主要基于回顾性分析，需要进一步的前瞻性研究验证	探究Bregs在ccRCC中的免疫调节作用及其对预后的影响	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者	肿瘤免疫学	肾细胞癌	空间转录组学、多重免疫荧光（mIF）、免疫组织化学	机器学习模型（CMLBregS）	基因表达数据、免疫组织化学数据	多个队列的ccRCC患者样本
403	2025-06-28	Activation of the IDO1-GCN2-ATF4-CHOP Pathway During the Massive Generation of Antibody-Secreting Cells in Dengue Patients Through Single-Cell Transcriptomics 2025, International journal of tryptophan research : IJTR IF:2.7Q3 DOI:10.1177/11786469251340237 PMID:40575112	研究论文	通过单细胞转录组学研究了登革热患者中抗体分泌细胞（ASC）大量生成时IDO1-GCN2-ATF4-CHOP通路的激活机制	揭示了CD14+单核细胞而非B细胞在色氨酸代谢中的主导作用，以及色氨酸缺乏对B细胞命运的早期影响	需要进一步研究以完全理解这些发现对疾病进展的影响	探究登革热如何调节宿主代谢和B细胞反应	登革热患者的抗体分泌细胞（ASC）和CD14+单核细胞	单细胞转录组学	登革热	单细胞转录组学	NA	转录组数据	公共数据库中的单细胞转录组数据（具体样本数量未提及）
404	2025-06-27	Integrated cancer cell-specific single-cell RNA-seq datasets of immune checkpoint blockade-treated patients 2025-Jan-22, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-04381-6 PMID:39843468	研究论文	本文整合了多种癌症类型的单细胞RNA测序数据集，以研究癌细胞对免疫检查点阻断治疗的响应	整合了八个scRNA-seq数据集，涵盖九种癌症类型，提供了用户友好的界面和代码，便于研究人员探索	样本量虽大但仍有限，且需要一定的技术能力进行数据探索	研究癌细胞对免疫检查点阻断治疗的响应机制	223名患者的90,270个癌细胞和265,671个其他细胞类型	数字病理学	多种癌症	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	223名患者，90,270个癌细胞，265,671个其他细胞类型
405	2025-06-27	Multi-omics analysis unveils the role of inflammatory cancer-associated fibroblasts in chordoma progression 2025-01, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6369 PMID:39611243	研究论文	通过多组学分析揭示了炎症性癌症相关成纤维细胞在脊索瘤进展中的作用	首次通过单细胞RNA测序、空间转录组学等技术揭示了炎症性CAF（iCAF）在脊索瘤中的异质性、空间分布及其与肿瘤恶性进展的关系	样本量相对有限，且未深入探讨iCAF促进脊索瘤进展的具体分子机制	探究癌症相关成纤维细胞（CAFs）在脊索瘤中的异质性、空间分布及其临床意义	脊索瘤组织样本和正常髓核组织样本	数字病理学	脊索瘤	scRNA-seq, ST, bulk RNA-seq, QIF	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据、批量RNA测序数据、免疫荧光数据	7个肿瘤样本和4个对照髓核样本（scRNA-seq），126例患者（bulk RNA-seq），116例患者（QIF验证）
406	2025-06-27	Kininogen enhances seizure susceptibility in mice possibly through bradykinin-induced modulation of calcium transients in glutamatergic and GABAergic neurons 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1509837 PMID:40556759	研究论文	本研究探讨了kininogen在癫痫发生中的功能作用及其通过缓激肽调节谷氨酸能和GABA能神经元钙瞬变的潜在机制	首次揭示了kininogen在癫痫发作中的病理作用及其通过缓激肽调节神经元活动的机制	研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	探究kininogen对癫痫易感性的影响及其作用机制	小鼠脑组织及神经元	神经科学	癫痫	scRNA-seq, 免疫荧光, 免疫印迹, 双光子钙成像	小鼠癫痫模型	基因表达数据, 蛋白质表达数据, 钙成像数据	未明确说明小鼠数量
407	2025-06-27	Single-Cell RNA Transcriptomics and Multi-omics Analyses Reveal the Clinical Effects of Acupuncture on Methadone Reduction 2025, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0741 PMID:40556944	研究论文	通过单细胞RNA转录组学和多组学分析，研究针灸对美沙酮减量的临床效果及其生物学机制	首次整合临床试验数据与多组学分析（包括单细胞测序、转录组学、代谢组学和宏基因组学），揭示针灸通过调节胆汁酸代谢和免疫细胞功能减轻美沙酮使用的不良反应	样本量较小（48名参与者），且仅针对美沙酮维持治疗患者，结果可能不适用于其他阿片类药物使用障碍患者	评估针灸在美沙酮维持治疗患者中的效果，并探索其生物学机制	48名美沙酮维持治疗患者	多组学分析	阿片类药物使用障碍	单细胞测序、转录组学、代谢组学、宏基因组学	NA	外周血单核细胞、血浆、粪便样本	48名美沙酮维持治疗患者（针灸组25人，假针灸组23人）
408	2025-06-27	Single-cell ligand-receptor profiling reveals an immunotherapy-responsive subtype and prognostic signature in triple-negative breast cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1590951 PMID:40557143	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了TNBC中配体-受体（LR）相互作用的分子细节及其作为预后或预测标志物的潜力	首次在TNBC中系统分析LR相互作用的分子细节，并构建了一个基于LR的预后评分系统（LR.score），同时验证了CXCL9/CXCR3轴在免疫细胞招募和抗肿瘤反应中的关键作用	研究样本量相对有限（METABRIC队列n=298，GSE58812队列n=107），且仅在MDA-MB-231细胞系中验证了CXCL9/CXCR3轴的功能	探索TNBC中LR相互作用的分子机制及其在预后和免疫治疗响应中的潜在应用	TNBC患者样本（单细胞RNA测序数据）和MDA-MB-231细胞系	数字病理学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序、RT-qPCR、Western blot、siRNA介导的基因敲低	Lasso回归和逐步多变量分析	RNA测序数据	METABRIC队列298例，GSE58812队列107例
409	2025-06-27	Construction of a novel inflammatory-related prognostic signature of acute myelocytic leukemia based on conjoint analysis of single-cell and bulk RNA sequencing 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1565954 PMID:40557150	研究论文	本研究通过单细胞和批量RNA测序的联合分析，构建了一个与炎症相关的急性髓性白血病预后特征模型	首次结合单细胞和批量RNA测序数据构建急性髓性白血病的炎症相关预后模型	模型验证仅依赖于外部数据集，缺乏前瞻性临床验证	优化急性髓性白血病患者的精准治疗策略并改善预后	急性髓性白血病患者	数字病理学	急性髓性白血病	scRNA-seq, bulk RNA-seq, ssGSEA, LASSO分析	预后风险模型	RNA测序数据	使用GSE114868数据集中的AML患者和对照样本
410	2025-06-27	Novel insights from comprehensive analysis: The role of cuproptosis and peripheral immune infiltration in Alzheimer's disease 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0325799 PMID:40560886	研究论文	本研究通过综合分析铜死亡和周围免疫浸润在阿尔茨海默病中的作用，揭示了与铜死亡相关的关键基因及其在免疫细胞中的表达变化	首次通过机器学习模型筛选出与铜死亡相关的五个hub基因，并探索了这些基因在免疫细胞中的表达变化及其潜在的分子机制	研究主要基于GEO数据库的基因表达数据，缺乏实验验证的广泛性	探讨铜死亡相关基因在阿尔茨海默病中的具体作用及其与免疫浸润的关系	阿尔茨海默病患者的外周血细胞	生物信息学	阿尔茨海默病	基因表达分析、机器学习模型、分子对接分析、单细胞RNA测序、实时定量PCR	机器学习模型	基因表达数据	GEO数据库中的基因表达数据和单细胞RNA测序数据集
411	2025-06-27	Optimization of clustering parameters for single-cell RNA analysis using intrinsic goodness metrics 2025, Frontiers in bioinformatics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fbinf.2025.1562410 PMID:40567596	研究论文	本研究通过利用内在优良性指标，旨在预测单细胞RNA测序中不同参数变化对聚类方法准确性的影响	利用内在优良性指标预测聚类准确性，并提出UMAP方法和分辨率参数对聚类准确性的积极影响	研究仅使用了三个数据集和两种聚类方法，可能限制了结果的普遍适用性	优化单细胞RNA测序中的聚类参数，以提高细胞亚群划分的准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	ElasticNet回归模型	RNA测序数据	三个数据集，每个数据集来自不同的解剖区域并具有真实细胞注释
412	2025-06-27	Stemness-driven clusters in ovarian cancer: immune characteristics and prognostic implications 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1577283 PMID:40567611	研究论文	该研究通过识别卵巢癌中的干细胞相关基因，定义了三个不同的干细胞相关亚组，并构建了一个预后模型，同时验证了AKAP12在卵巢癌进展中的作用	首次在卵巢癌中定义了干细胞相关亚组，并发现AKAP12作为潜在的生物标志物和治疗靶点	研究主要基于转录组数据，需要进一步的实验验证	探索卵巢癌中干细胞相关亚型的特征及其治疗意义	卵巢癌患者和SKOV3细胞	数字病理学	卵巢癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序, WGCNA, LASSO回归	预后模型	转录组数据	卵巢癌患者样本和SKOV3细胞
413	2025-06-27	Hemoglobin-associated CALR in proximal tubule cells can be used as a biomarker for idiopathic membranous nephropathy 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1574852 PMID:40568201	研究论文	本研究通过RNA测序技术识别尿液细胞中的潜在生物标志物，探讨特发性膜性肾病的疾病机制	发现CALR基因与特发性膜性肾病的发病和进展显著相关，并揭示了其在免疫反应和生理过程中的关键作用	研究样本可能不足以代表所有特发性膜性肾病患者群体，且需要进一步验证CALR作为生物标志物的临床应用价值	识别特发性膜性肾病的尿液生物标志物并研究其疾病机制	特发性膜性肾病患者的尿液细胞和肾脏组织	数字病理学	肾病	RNA-seq, scRNA-seq, WGCNA, qRT-PCR	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但包括首次和二次晨尿样本及健康肾脏组织
414	2025-06-27	Multi-omics analysis untangles the crosstalk between intratumor microbiome, lactic acid metabolism and immune status in lung squamous cell carcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1603822 PMID:40568577	研究论文	通过多组学分析探讨肺鳞状细胞癌中肿瘤内微生物组、乳酸代谢与免疫状态之间的相互作用	发现了两种基于乳酸代谢的亚型，具有不同的临床结果和生物学特性，并开发了基于组织病理学图像的深度学习模型来预测这些亚型	研究结果需要进一步验证，特别是在其他癌症类型中的适用性	探讨乳酸代谢模式与肺鳞状细胞癌肿瘤生物学的关系及其潜在的临床意义	肺鳞状细胞癌（LUSC）	数字病理学	肺癌	多组学分析（转录组、基因组、微生物组、数字病理学）	深度学习模型、机器学习算法	转录组数据、基因组数据、微生物组数据、组织病理学图像	多个数据集（具体样本数量未提及）
415	2025-06-27	Dual function of Gasdermin E: pyroptosis-mediated pan-cancer suppression versus HCC-specific oncogenic activity 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1626311 PMID:40568597	research paper	该研究探讨了Gasdermin E（GSDME）在肿瘤发生中的双重作用，既作为肿瘤抑制因子又作为肿瘤促进因子	揭示了GSDME在肝细胞癌（HCC）中的异常过表达模式及其通过非焦亡机制促进免疫抑制和抗PD-1治疗抵抗的作用	当前研究面临三大挑战：阐明HCC中GSDME过表达的机制、澄清非焦亡促肿瘤途径的分子枢纽以及开发控制GSDME功能转换的精准策略	研究GSDME在肿瘤发生中的双重作用及其在HCC中的特异性致癌活性	Gasdermin E（GSDME）及其在多种癌症（包括胃癌、结直肠癌、乳腺癌和肝细胞癌）中的作用	肿瘤学	肝细胞癌（HCC）	单细胞多组学和空间转录组学	NA	NA	NA
416	2025-06-26	Spatial transcriptomic analysis of HIV and tuberculosis coinfection in a humanized mouse model reveals specific transcription patterns, immune responses and early morphological alteration signaling 2025-Jan-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.29.635571 PMID:39975088	research paper	该研究通过空间转录组学分析，揭示了HIV和结核分枝杆菌共感染在小鼠模型中的早期转录模式、免疫反应和形态学改变信号	首次在人类化小鼠模型中，使用空间转录组学技术研究HIV和结核分枝杆菌共感染的早期免疫细胞浸润和转录模式	研究仅关注了感染后三周的早期阶段，未探讨长期感染效应	理解HIV和结核分枝杆菌共感染早期的表型和功能变化	人类化小鼠模型的肺组织	digital pathology	lung cancer	spatial transcriptomics	humanized mouse model	spatial transcriptomic data	多组人类化小鼠（单感染HIV、单感染结核分枝杆菌、共感染组）
417	2025-06-26	A Toolkit for Single-Nucleus Characterization of Glioblastoma 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4654-0_18 PMID:40553287	研究论文	本文介绍了一个用于胶质母细胞瘤单核表征的工具包，包括核分离、计数和质量控制的详细协议	提供了一个优化的单核制备流程，适用于冷冻样本和难以解离的组织，如脑或脑肿瘤组织	未提及该工具包在不同实验室条件下的可重复性和适用性	开发一个高效的单核RNA测序（snRNA-seq）工具包，用于胶质母细胞瘤的表征	胶质母细胞瘤（GBM）的临床标本和患者来源的GBM细胞系	数字病理学	胶质母细胞瘤	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
418	2025-06-26	A CD8+ T Cell Infiltration-Driven Prognostic Signature for Gastric Cancer: Bridging Tumor Immunity and Clinical Outcomes 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/6629479 PMID:40547199	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，揭示了胃癌中CD8+ T细胞的异质性及其与临床预后的关系	首次系统解析了胃癌微环境中CD8+ T细胞的功能亚群，并鉴定了一个由SELL、CD79B和RAMP2组成的三基因预后标志物	样本量相对较小（23例胃癌组织），且需要进一步的前瞻性临床验证	探究胃癌微环境中CD8+ T细胞异质性及其与肿瘤进展和免疫治疗反应的关系	胃癌组织中的CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量转录组分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析	无监督聚类、伪时间轨迹分析	单细胞转录组数据、批量转录组数据	23例胃癌组织（来自GEO数据库）和TCGA-STAD数据集
419	2025-06-26	Interrogation of macrophage-related prognostic signatures reveals a potential immune-mediated therapy strategy by histone deacetylase inhibition in glioma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1554845 PMID:40548122	研究论文	该研究通过分析胶质瘤相关巨噬细胞（GAMs）的基因特征，构建了一个预后模型，并筛选出Vorinostat作为潜在的治疗药物	结合单细胞RNA测序和WGCNA分析，识别了14个与GAMs相关的预后基因，并验证了Vorinostat在胶质瘤微环境中的抑制作用	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅使用了胶质瘤细胞-巨噬细胞共培养模型，未进行体内实验	探索胶质瘤相关巨噬细胞的分子机制，寻找潜在的治疗靶点和药物	胶质瘤相关巨噬细胞（GAMs）	肿瘤免疫学	胶质瘤	scRNA-seq, WGCNA, Cox回归分析, LASSO回归分析	预后模型	基因表达数据	NA
420	2025-06-26	Development of a machine learning-derived dendritic cell signature for prognostic stratification in lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1621370 PMID:40552290	研究论文	开发了一种基于机器学习的树突状细胞特征，用于肺腺癌的预后分层	首次构建了树突状细胞相关特征（DCRS），并验证其在多个外部队列中的预后性能，同时揭示了PLEK2在肺腺癌中的功能作用	研究依赖于单细胞RNA测序数据，可能受到样本量和数据质量的限制	探索树突状细胞在肺腺癌中的转录多样性和预后价值	肺腺癌（LUAD）患者和正常组织的树突状细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、高维加权基因共表达网络分析（hdWGCNA）、伪时间分析	Lasso-Cox、RSF、CoxBoost、Stepwise-Cox	RNA测序数据	七个外部队列的临床样本和肺腺癌细胞系