单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
381	2025-07-03	Single-cell transcriptomics of vascularized human brain organoids decipher lineage-specific stress adaptation in fetal hypoxia-reoxygenation injury 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.117001 PMID:40585969	研究论文	本研究建立了一种先进的血管化人类皮质类器官模型，用于解码缺氧-再氧合过程中的细胞类型特异性损伤机制和治疗靶点	通过整合皮质和血管类器官开发了血管化人类皮质类器官模型，揭示了人类特异性神经血管病理生理学和应激适应网络	现有模型在理解人类特异性细胞机制方面存在局限性	解码缺氧-再氧合过程中的细胞类型特异性损伤机制和治疗靶点	血管化人类皮质类器官模型	数字病理学	新生儿疾病	单细胞转录组学	血管化人类皮质类器官模型	转录组数据	NA
382	2025-07-03	Endothelium-specific sensing of mechanical signals drives epidermal aging through coordinating retinoid metabolism 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.112299 PMID:40585982	research paper	研究揭示了机械响应性内皮细胞通过整合素介导的机械转导调控视黄醇代谢，从而驱动皮肤衰老的机制	首次揭示了内皮细胞通过机械信号感知调控皮肤衰老的三方轴（成纤维细胞-内皮-表皮）机制，并验证了视黄醇代谢物的 rejuvenating 效果	研究主要基于体外皮肤类器官模型和小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探究机械敏感的内皮细胞在皮肤衰老过程中的作用机制	人类皮肤样本（年轻、中年、老年）、小鼠衰老模型、皮肤类器官系统	生物医学	皮肤衰老	scRNA-seq、空间转录组学、PCCFM、CellChat分析、RNA-seq、免疫荧光染色、HE染色、RT-qPCR	皮肤类器官模型、小鼠衰老模型	单细胞转录组数据、空间转录组数据、机械特性数据	不同年龄段的人类皮肤样本（具体数量未明确说明）、小鼠模型和皮肤类器官系统
383	2025-07-03	Epithelial cells with high TOP2A expression promote cervical cancer progression by regulating the transcription factor FOXM1 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1604960 PMID:40589640	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究宫颈癌中高表达TOP2A的上皮细胞亚群及其在肿瘤进展中的作用	发现了一个高表达TOP2A的上皮细胞亚群，该亚群通过LAMC1-(ITGA3-ITGB1)信号通路在肿瘤微环境中起关键作用，并揭示了FOXM1作为关键转录因子的功能	未提及样本量是否足够大，以及是否进行了临床验证	探索宫颈癌进展中上皮细胞的分子特征，为精准治疗提供潜在靶点	宫颈癌中的上皮细胞(EPCs)	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), Slingshot, Cellchat, SCENIC, CCK-8, 集落形成实验, EDU实验, 划痕实验, transwell实验	NA	单细胞RNA测序数据	NA
384	2025-07-03	ScRNA-seq combined with ATAC-seq analysis to explore the metabolic balance mechanism of CCl4-induced liver inflammatory injury 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1600685 PMID:40589742	研究论文	通过结合scRNA-seq和ATAC-seq分析，探索CCl4诱导的肝脏炎症损伤的代谢平衡机制	首次揭示了肝细胞组蛋白乙酰化随损伤时间延长而增强的现象，并发现了脂肪酸代谢在肝细胞损伤中的主导作用，以及Zhx2和Zbtb20在代谢平衡恢复中的关键调控作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索CCl4诱导的肝损伤后的细胞代谢机制	CCl4诱导的慢性肝损伤小鼠模型	生物信息学	肝病	scRNA-seq, ATAC-seq, RNA-seq	NA	基因组数据	小鼠模型
385	2025-07-03	Sphingosine-1-phosphate stimulates colorectal cancer tumor microenvironment angiogenesis and induces macrophage polarization via macrophage migration inhibitory factor 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1564213 PMID:40589755	研究论文	本研究通过整合多组学数据和体外实验，探讨了鞘氨醇-1-磷酸（S1P）在结直肠癌肿瘤微环境中的作用及其通过巨噬细胞迁移抑制因子（MIF）途径促进血管生成和诱导巨噬细胞极化的机制	揭示了S1P在结直肠癌肿瘤微环境中通过MIF途径促进血管生成和巨噬细胞极化的新机制，并提出了抑制S1P合成可能具有抗肿瘤效果的新策略	研究主要基于体外实验和组学数据分析，缺乏体内实验验证	阐明S1P在结直肠癌肿瘤微环境中的作用机制及其对血管生成和巨噬细胞极化的影响	结直肠癌肿瘤微环境中的S1P及其相关分子机制	肿瘤生物学	结直肠癌	RNA-seq, scRNA-seq, 免疫组化染色（IHC）, 空间转录组学	NA	基因表达数据, 蛋白质表达数据	NA
386	2025-07-03	Therapeutic implications of cancer-associated fibroblast heterogeneity: insights from single-cell and multi-omics analysis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1580315 PMID:40589759	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多组学数据分析，探讨了癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性及其在肿瘤微环境中的功能作用	识别了四种CAF亚群及其与肿瘤相关信号通路的差异，开发了用于生存预测和免疫治疗敏感性评估的风险评分模型（RiskScore），并验证了核心基因在肿瘤发展中的关键作用	研究可能受限于样本数量和多样性，且实验验证仅在部分基因上进行	探索CAF异质性及其在肿瘤微环境中的功能作用，为个性化治疗提供理论支持	癌症相关成纤维细胞（CAFs）及其在肿瘤微环境中的亚群	肿瘤生物学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多组学数据分析、siRNA干扰、qPCR、Western blotting	RiskScore模型、Cox和LASSO回归	单细胞RNA测序数据、多组学数据	未明确提及具体样本数量
387	2025-07-03	Cell types and neuronal genetic architecture in the rat CSF-contacting nucleus and the role of 5-HT in this nucleus in mediating morphine addiction through the brain-CSF circuit 2025, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2025.1603486 PMID:40589789	研究论文	本研究通过单细胞测序技术揭示了脑脊液接触核的细胞组成和基因表达特征，并探讨了其在吗啡成瘾中的作用机制	首次系统描绘了脑脊液接触核的单细胞转录组图谱，发现其通过调控5-HT释放参与脑脊液介导的神经调节机制	研究主要基于大鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明脑脊液接触核的细胞组成和基因表达特征，探究其在吗啡成瘾中的作用机制	大鼠脑脊液接触核	神经科学	药物成瘾	单细胞RNA测序、化学遗传学技术、UPLC-MS、ELISA	NA	基因表达数据、行为学数据、生化检测数据	单细胞RNA测序数据(登录号CRR790158)
388	2025-07-03	Spatial Transcriptomic Analyses of Spermatogenesis 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4698-4_3 PMID:40601269	研究论文	本文介绍了空间转录组技术在精子发生研究中的应用，并提供了使用Curio Biosciences的Seeker（SlideSeq V2）方法的具体步骤	利用空间转录组技术解决了传统转录组方法破坏组织三维结构的局限性，提供了精子发生过程中细胞异质性的空间信息	仅针对小鼠睾丸中的圆形精子细胞进行了示例分析，可能无法全面代表其他生殖细胞类型	探索精子发生过程中的细胞异质性和空间组织	小鼠睾丸组织中的生殖细胞	空间转录组学	NA	空间转录组学（SlideSeq V2）	NA	空间转录组数据	小鼠睾丸组织样本
389	2025-07-02	Gonadal sex and temperature independently influence germ cell differentiation and meiotic progression in Trachemys scripta 2025-Jan-07, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2413191121 PMID:39793067	研究论文	本研究探讨了温度和性腺性别对红耳滑龟生殖细胞分化和减数分裂进程的独立影响	揭示了温度对生殖细胞性分化的直接影响，独立于其对性腺体细胞的影响	研究仅针对红耳滑龟这一TSD物种，结果可能不适用于其他物种	探究温度是否直接影响生殖细胞分化和性别认同的其他方面	红耳滑龟(Trachemys scripta)的生殖细胞	发育生物学	NA	减数分裂铺片分析、单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	NA
390	2025-07-02	An insight into COVID-19 host immunity at single-cell resolution 2025, International reviews of immunology IF:4.3Q2 DOI:10.1080/08830185.2024.2443420 PMID:39707914	综述	本文系统性地描述了COVID-19感染及不同疫苗接种期间，单细胞转录组学揭示的宿主免疫细胞类型和状态的相对丰度及分子行为的病毒诱导失调	利用单细胞转录组学高分辨率研究COVID-19宿主免疫反应，识别和表征疾病相关特定细胞群	基于过去三到四年发表的单细胞研究，可能未涵盖最新进展	探讨COVID-19宿主免疫反应的细胞和分子机制	先天和适应性免疫细胞类型及状态	单细胞转录组学	COVID-19	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序数据	NA
391	2025-07-02	Inonotus obliquus (chaga) ameliorates folic acid-induced renal fibrosis in mice: the crosstalk analysis among PT cells, macrophages and T cells based on single-cell sequencing 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1556739 PMID:40160460	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了桦褐孔菌（Chaga）对叶酸诱导的小鼠肾纤维化的治疗作用及其细胞和分子机制	首次使用单细胞RNA测序技术研究Chaga在肾纤维化中的治疗作用，揭示了其通过调节巨噬细胞和T细胞的炎症反应及近端肾小管细胞的基因表达来减轻纤维化的潜在机制	需要进一步的实验验证以确立其临床应用	探讨桦褐孔菌（Chaga）对肾纤维化的治疗作用及其机制	叶酸诱导的肾纤维化小鼠模型	数字病理	肾脏疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学、UPLC-MS、H&E和Masson三色染色	小鼠模型	基因表达数据、图像数据	82,496个肾脏细胞
392	2025-07-02	Corrigendum: Inonotus obliquus (chaga) ameliorates folic acid-induced renal fibrosis in mice: the crosstalk analysis among PT cells, macrophages and T cells based on single-cell sequencing 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1629322 PMID:40510421	correction	本文是对先前发表文章的更正	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
393	2025-07-02	Candida albicans: a historical overview of investigations into an important human pathogen 2025-Jan-01, Canadian journal of microbiology IF:1.8Q4 DOI:10.1139/cjm-2025-0036 PMID:40522159	综述	本文回顾了白色念珠菌研究的历史发展，从早期临床观察到现代高通量基因组技术	整合了基因组学、转录组学和基因组编辑技术（如CRISPR-Cas9）在白色念珠菌研究中的应用	主要关注历史和技术进展，未深入讨论具体实验数据或临床案例	追踪白色念珠菌研究的演变并探讨新技术在对抗侵袭性念珠菌病中的应用	白色念珠菌（Candida albicans）	病原微生物学	真菌感染	基因组测序、功能基因组学、单细胞转录组学、CRISPR-Cas9	NA	基因组数据、转录组数据	NA
394	2025-07-01	Identification of a distinctive gene signature in granulomatous myositis 2025-Jan-02, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.12.27.24319708 PMID:40568658	研究论文	本研究通过转录组学分析揭示了肉芽肿性肌炎的特异性基因特征	首次定义了肉芽肿性肌炎的独特转录组特征，并发现CHIT1基因表达与疾病活动性高度相关	样本量相对有限（38例GM患者），且仅使用了肌肉活检样本	阐明肉芽肿性肌炎的病理生理学机制	肉芽肿性肌炎患者的肌肉活检样本	数字病理学	肉芽肿性肌炎	RNA测序、空间转录组学、免疫组织化学	支持向量机(SVM)	RNA测序数据	722例肌肉活检样本（包含38例GM患者）
395	2025-07-01	Congestion Enriches Intra-hepatic Macrophages Through Reverse Zonation of CXCL9 in Liver Sinusoidal Endothelial Cells 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101475 PMID:39923846	研究论文	研究探讨了肝脏窦状隙充血如何通过CXCL9的反向分区影响肝内巨噬细胞的富集，进而导致充血性纤维化和门静脉高压	揭示了CXCL9在肝窦内皮细胞中的反向分区现象及其在充血性肝病中富集肝内巨噬细胞的机制	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，结果在人类中的普适性需要进一步验证	探究充血性肝病中肝窦微环境变化及其对纤维化和门静脉高压的影响	充血性肝病（CH）和Fontan相关肝病（FALD）患者及小鼠模型	肝脏病理学	肝脏疾病	成像质谱流式细胞术（IMC）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA原位杂交（RNAish）	小鼠部分下腔静脉结扎模型（pIVCL）	组织图像、单细胞转录组数据	CH和FALD患者肝组织样本及小鼠模型
396	2025-06-29	Convergent and divergent immune aberrations in COVID-19, post-COVID-19-interstitial lung disease, and idiopathic pulmonary fibrosis 2025-Jan-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00528.2024 PMID:39510135	研究论文	研究COVID-19、COVID-19后间质性肺疾病(ILD)和特发性肺纤维化(IPF)中循环免疫细胞的转录和表型变化	发现了一个50基因特征，能够预测IPF和COVID-19死亡率，并揭示了单核细胞和T细胞亚群的基因组失衡	样本量相对较小，且未涉及长期随访数据	探究COVID-19、COVID-19后ILD和IPF中免疫细胞的异常变化及其与疾病预后的关系	227名COVID-19、COVID-19后ILD、IPF患者及对照组的全血和外周血单个核细胞(PBMCs)	免疫学	COVID-19, 间质性肺疾病, 特发性肺纤维化	nCounter基因表达分析, Luminex多重检测, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据, 蛋白质水平数据	227名受试者(包括COVID-19、COVID-19后ILD、IPF患者及对照组)
397	2025-06-29	Periplakin Attenuates Liver Fibrosis via Reprogramming CD44Low Cells into CD44High Liver Progenitor Cells 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101498 PMID:40107450	研究论文	本文研究了periakin（PPL）通过将CD44Low细胞重编程为CD44High肝祖细胞（LPCs）来减轻肝纤维化的机制	发现PPL+CD44Low细胞可以重编程为PPL+CD44High LPCs，并证实后者能显著抑制肝纤维化	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探索PPL在肝纤维化中的作用机制及其潜在治疗应用	肝纤维化患者和小鼠模型中的肝祖细胞（LPCs）	肝脏疾病研究	肝纤维化	单细胞测序、腺病毒转染	小鼠肝纤维化模型	基因表达数据、细胞表型数据	人类肝纤维化患者样本和小鼠模型
398	2025-06-28	Cross-cohort multi-omics analysis identifies novel clusters driven by EMT signatures in colorectal cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1628005 PMID:40574852	研究论文	本研究通过整合五个单细胞RNA测序队列，系统分析了结直肠癌的肿瘤细胞异质性，并基于VEGFR+肿瘤细胞特征基因对患者进行分层，揭示了EMT亚型与转移进展的机制联系	首次建立了结直肠癌的单细胞分辨率分子分类系统，并确定了HOXC6作为新的治疗靶点	研究样本量相对较小，且未涵盖所有结直肠癌亚型	系统表征结直肠癌肿瘤细胞异质性并探索其临床意义	结直肠癌患者及其肿瘤细胞	数字病理	结直肠癌	单细胞RNA测序	无监督聚类分析	RNA测序数据	70个CRC样本和164,173个细胞
399	2025-06-28	Single cell dissection reveals SFRP2+ fibroblasts amplifying inflammatory responses in oral lichen planus 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1553963 PMID:40574847	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了口腔扁平苔藓(OLP)中SFRP2+成纤维细胞在炎症反应中的关键作用	首次鉴定出SFRP2+成纤维细胞作为OLP炎症性成纤维细胞的来源，并发现其通过Wnt5a表达与CD8+ T细胞相互作用放大炎症反应	样本量相对较小(4例OLP患者和1例健康对照的单细胞测序)，且机制研究主要在体外进行	探究疾病特异性成纤维细胞在口腔扁平苔藓发病机制中的作用	口腔扁平苔藓患者和健康个体的口腔黏膜组织及原代培养的成纤维细胞	单细胞组学	口腔扁平苔藓	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光染色、多重免疫荧光	NA	单细胞转录组数据、免疫荧光图像数据	4例OLP患者和1例健康对照进行scRNA-seq，51例OLP患者和24例健康个体进行原代成纤维细胞分析
400	2025-06-28	Comprehensive analysis of single-cell and bulk RNA sequencing data reveals an EGFR signature for predicting immunotherapy response and prognosis in pan-cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1604394 PMID:40574864	research paper	通过单细胞和批量RNA测序数据的综合分析，揭示了一个基于EGFR的基因特征，用于预测泛癌免疫治疗反应和预后	开发了一个新的EGFR相关基因特征(EGFR.Sig)，作为预测免疫治疗反应的生物标志物，并在泛癌中验证其预测性能	研究依赖于现有数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	开发新的生物标志物以优化免疫检查点抑制剂的治疗效果	泛癌患者	machine learning	pan-cancer	scRNA-Seq, bulk RNA-Seq, machine learning	multiple machine learning algorithms	RNA sequencing data	34个泛癌scRNA-Seq队列和10个bulk RNA-Seq队列