单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-07-12	Integrated single-cell and bulk RNA dequencing to identify and validate prognostic genes related to T Cell senescence in acute myeloid leukemia 2025, Frontiers in bioinformatics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fbinf.2025.1606284 PMID:40635996	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，识别并验证了与急性髓性白血病（AML）中T细胞衰老相关的预后基因	结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别了与AML进展相关的T细胞衰老基因，并构建了一个新的AML风险模型	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	探索T细胞衰老相关基因在AML进展中的作用，并构建预测模型	急性髓性白血病（AML）患者	生物信息学	急性髓性白血病	scRNA-seq, RNA-seq, RT-qPCR	风险模型	RNA测序数据	来自TCGA数据库的AML患者数据，以及GSE116256、GSE114868和GSE71014数据集
22	2025-07-12	Single-cell transcriptome and multi-omics integration reveal ferroptosis-driven immune microenvironment remodeling in knee osteoarthritis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1608378 PMID:40636124	研究论文	本研究通过单细胞转录组和多组学整合揭示了铁死亡驱动的膝关节骨关节炎免疫微环境重塑	首次在单细胞分辨率下探索铁死亡与免疫功能障碍的相互作用，并鉴定出KOA的诊断生物标志物	样本量相对较小（单细胞数据n=11，批量RNA-seq队列分别为20/18和8/4）	解析铁死亡驱动的免疫重塑并鉴定KOA的诊断生物标志物	膝关节骨关节炎（KOA）患者的软骨细胞和免疫微环境	生物信息学	膝关节骨关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）	LASSO-SVM诊断模型	转录组数据	单细胞数据11例，批量RNA-seq队列分别为20例KOA/18例对照和8例KOA/4例对照
23	2025-07-12	Investigating the role of tumor cell heterogeneity and angiogenesis genes in the prognosis of multiple myeloma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1610833 PMID:40636123	研究论文	本研究探讨了肿瘤细胞异质性和血管生成相关基因在多发性骨髓瘤预后中的作用	通过整合转录组数据和单细胞RNA测序数据，识别了CREB3L2转录因子在抑制血管生成和肿瘤细胞增殖迁移中的关键作用，并构建了高精度的预后模型	研究依赖于公共数据库数据，未进行独立队列验证	探索肿瘤细胞异质性和血管生成相关基因对多发性骨髓瘤预后的影响	多发性骨髓瘤患者	生物信息学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序、差异基因表达分析、CNV分析、转录因子分析	预后预测模型	转录组数据、单细胞RNA测序数据	公共数据库(Xena/GEO)中的多发性骨髓瘤患者样本
24	2025-07-12	A bibliometric analysis of studies related to the nuclear factor kappa B signaling pathway in knee osteoarthritis between 2004 and 2023 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1572161 PMID:40636390	研究论文	本文通过文献计量学方法分析了2004至2023年间关于核因子κB（NF-κB）信号通路在膝骨关节炎（KOA）中的研究趋势和热点	首次系统性地对NF-κB信号通路在KOA领域的研究进行文献计量学分析，揭示了该领域的研究热点和发展趋势	缺乏实时可视化NF-κB活性的体内成像技术	识别NF-κB信号通路在KOA研究中的主要研究领域和趋势	2004-2023年间发表的752篇关于NF-κB信号通路在KOA中的研究文献	文献计量学分析	膝骨关节炎	文献计量学分析工具（CiteSpace、VOSviewer等）	NA	文献数据	752篇研究文献
25	2025-07-12	Delineation of single-cell Altas provides new insights for development of coronary artery lesions in Kawasaki disease: bad and good signaling molecules 2025, Frontiers in pediatrics IF:2.1Q2 DOI:10.3389/fped.2025.1596643 PMID:40636515	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，揭示了川崎病（KD）患者冠状动脉病变（CALs）发展的新信号分子	首次在单细胞水平上描绘了KD患者CAL发展的信号分子图谱，识别了MCH-II和RESISTIN作为CAL发展的不良和保护信号	样本量较小（每组3例患者），且仅分析了外周血单个核细胞	探究KD患者CAL发展的分子机制	川崎病（KD）患者的外周血单个核细胞	数字病理	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	12例样本（3例KD非CAL患者治疗前后，3例KD CAL患者治疗前，3例KD CAL患者治疗后）
26	2025-07-12	Identification of Shared Biomarkers in Chronic Kidney Disease and Diabetic Nephropathy Using Single-Cell Sequencing 2025, Diabetes, metabolic syndrome and obesity : targets and therapy DOI:10.2147/DMSO.S514319 PMID:40636753	研究论文	通过单细胞测序技术识别慢性肾病和糖尿病肾病的共享生物标志物	首次使用单细胞RNA测序技术比较慢性肾病和糖尿病肾病的基因表达差异，并识别出共享的生物标志物	样本量较小，仅包括3个对照组、3个慢性肾病和3个糖尿病肾病病例	识别慢性肾病和糖尿病肾病的共享生物标志物，探索其共同发病机制	人类血液样本中的不同细胞类型	生物信息学	慢性肾病和糖尿病肾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	9例人类血液样本（3对照、3慢性肾病、3糖尿病肾病）
27	2025-07-11	SeuratExtend: streamlining single-cell RNA-seq analysis through an integrated and intuitive framework 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaf076 PMID:40627366	research paper	介绍了一个名为SeuratExtend的R包，旨在简化单细胞RNA测序数据分析	SeuratExtend通过整合多种工具和数据库，提供了一个用户友好且直观的界面，用于执行包括功能富集、轨迹推断等多种分析	未明确提及具体的技术或应用限制	简化单细胞RNA测序数据分析流程，提高分析的可及性和效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
28	2025-07-11	Molecular insights into glioblastoma progression: role of CHCHD2P9 in tumor heterogeneity and prognosis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1581850 PMID:40630954	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和细胞实验探讨了CHCHD2P9在胶质母细胞瘤进展中的作用及其与预后的关系	发现CHCHD2P9作为胶质母细胞瘤终末亚群的关键标志物，并揭示其表达水平与临床预后不良相关	研究未明确CHCHD2P9调控胶质瘤细胞增殖和迁移的具体分子机制	探索胶质母细胞瘤进展中的分子特征和细胞间相互作用	胶质母细胞瘤亚群	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	RNA测序数据	未明确样本数量
29	2025-07-11	Immunogenic cell death-related biomarkers in heart failure probed by transcriptome and single-cell sequencing 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1560903 PMID:40630963	研究论文	本研究通过转录组和单细胞测序技术，识别并验证了与心力衰竭（HF）相关的免疫原性细胞死亡（ICD）生物标志物	首次识别并验证了CD163、FPR1和VSIG4作为HF的ICD相关生物标志物，为HF的临床诊断和治疗提供了新的理论基础	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	识别HF患者中与ICD相关的生物标志物并探索其潜在机制	心力衰竭患者和动物模型	生物信息学	心血管疾病	转录组测序、单细胞RNA测序、RT-qPCR	机器学习方法、PPI网络、nomogram模型	基因表达数据	来自GSE57338、GSE3586和GSE5406数据集的数据，以及GSE183852单细胞数据集
30	2025-07-11	Taurine-mediated metabolic immune crosstalk indicates and promotes immunosuppression with anti-PD-1 resistance in bladder cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1618439 PMID:40630945	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和批量转录组分析，揭示了膀胱癌肿瘤微环境中牛磺酸代谢失调的分子机制及其在免疫抑制中的作用	开发了牛磺酸代谢失调指数（TMs）作为独立的预后生物标志物，并揭示了其在免疫治疗抵抗中的作用	研究主要基于计算分析和体外实验，需要进一步的体内实验验证	探索牛磺酸代谢在膀胱癌肿瘤微环境中的作用及其对免疫治疗的影响	膀胱癌（BLCA）患者样本和肿瘤微环境中的细胞亚群	肿瘤免疫学	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）、批量转录组分析	机器学习方法	转录组数据	TCGA队列中的膀胱癌患者样本
31	2025-07-10	Single-nuclei RNA-sequencing fails to detect molecular dysregulation in the preeclamptic placenta 2025-01, Placenta IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.placenta.2024.12.011 PMID:39733647	research paper	本研究比较了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）在检测子痫前期胎盘分子失调方面的效果	揭示了scRNA-seq在全面转录组学研究中的优势，尤其是在理解病理中的细胞类型特异性失调方面	snRNA-seq在检测绒毛外滋养层、基质、血管系统和免疫细胞转录本方面不够全面，且未能检测到与疾病相关的应激和炎症	比较scRNA-seq和snRNA-seq在子痫前期胎盘研究中的敏感性和细胞类型检测能力	子痫前期胎盘组织	基因组学	子痫前期	scRNA-seq, snRNA-seq	NA	RNA测序数据	45,836个细胞和27,078个核，来自10例早发性子痫前期（EPE）病例和3例早期特发性对照（ECT）
32	2025-07-10	Single-cell transcriptomic and m6A methylation analyses reveal platelet-mediated immune regulatory mechanisms in sepsis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1607732 PMID:40625751	研究论文	本研究通过单细胞转录组和m6A甲基化分析，揭示了脓毒症中血小板介导的免疫调节机制	首次整合单细胞RNA测序和m6A甲基化测序数据，揭示了脓毒症中血小板功能重塑的m6A依赖机制，并鉴定出关键靶基因RPA1	研究样本量有限，仅基于GSE167363数据集，需要更大规模的临床样本验证	探究脓毒症中免疫细胞组成变化、细胞间通讯特征及m6A修饰的潜在调控机制	脓毒症患者的外周血单个核细胞(PBMCs)	生物信息学	脓毒症	单细胞RNA测序, m6A甲基化测序	NA	单细胞转录组数据, 甲基化数据	GSE167363数据集中的脓毒症患者样本
33	2025-07-10	Perspective on recent developments and challenges in regulatory and systems genomics 2025, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbaf106 PMID:40626041	综述	本文讨论了在调控和系统基因组学领域的最新发展和挑战，特别是关于顺式调控代码的解码及其在预测遗传变异对表型影响中的应用	讨论了利用序列到功能的神经网络学习顺式调控序列规则的新方法，以及空间转录组学等新兴技术	指出了当前知识的空白、技术限制以及计算方法在基准测试方面的挑战	解码顺式调控代码以预测遗传变异对表型的影响，并识别人类疾病中的遗传变异	顺式调控元件、3D染色质组织、基因调控网络	系统基因组学	NA	空间转录组学、基因组学检测	序列到功能的神经网络	基因组序列数据、3D染色质组织数据	NA
34	2025-07-10	CYLD as a key regulator of myocardial infarction-to-heart failure transition revealed by multi-omics integration 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1592985 PMID:40626177	研究论文	本研究通过多组学整合分析，揭示了CYLD作为心肌梗死向心力衰竭转变的关键调控基因	利用多组学数据和先进计算工具，首次发现CYLD在心肌梗死向心力衰竭转变中的关键调控作用	研究主要基于公开数据集，缺乏实验验证	探索心肌梗死向心力衰竭转变的分子机制	心肌梗死和心力衰竭患者	生物信息学	心血管疾病	RNA-seq, 单细胞转录组测序	随机森林	基因表达数据	5个GEO数据集(GSE59867, GSE62646, GSE168281, GSE267644, GSE269269)
35	2025-07-09	Reduced Thioredoxin Regulates IL-1β Secretion via NLRP3 of IL-1β+ Alveolar Macrophages in COPD 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S513004 PMID:40620599	研究论文	本研究探讨了慢性阻塞性肺疾病(COPD)中氧化还原蛋白硫氧还蛋白(TRX)的变化及其在IL-1β释放中的作用	首次发现reTRX在COPD中的异常变化及其通过NLRP3途径调控IL-1β分泌的机制	研究主要基于细胞和小鼠模型，临床样本验证不足	探究COPD发病过程中TRX的变化及其在炎症反应中的作用	COPD患者的肺泡巨噬细胞(AM)、COPD小鼠模型和THP-1细胞模型	呼吸系统疾病研究	慢性阻塞性肺疾病(COPD)	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、蛋白活性分析、Monocle2分析、分子动力学(MD)模拟、免疫共沉淀(CO-IP)	COPD小鼠模型、THP-1细胞模型	基因表达数据、蛋白质活性数据	GEO数据库中的COPD肺组织scRNA-seq数据、实验构建的体内外模型
36	2025-07-09	Electroacupuncture at ST36 Treatment Suppresses the Microglial Pyroptosis Through Activating α7nAChR in a Rat Model of Asphyxial Cardiac Arrest 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S525373 PMID:40620602	研究论文	本研究探讨了电针刺激ST36穴位通过激活α7nAChR抑制小胶质细胞焦亡，从而在大鼠窒息性心脏骤停模型中发挥神经保护作用	首次揭示了电针ST36通过α7nAChR依赖的机制抑制小胶质细胞焦亡，为心脏骤停后脑缺血损伤的治疗提供了新思路	研究仅在大鼠模型中进行，尚未进行临床验证	探究电针ST36对心脏骤停诱导的全局性脑缺血损伤的神经保护作用及其机制	窒息性心脏骤停大鼠模型和原代小胶质细胞OGD/R模型	神经科学	心脏骤停	单细胞RNA测序、免疫荧光、流式细胞术、ELISA、组织病理染色	大鼠心脏骤停/心肺复苏模型、原代小胶质细胞OGD/R模型	基因表达数据、行为学数据、细胞学数据	未明确说明具体数量的大鼠和细胞样本
37	2025-07-09	Unveiling PANoptosis in Acute Kidney Injury: An Integrative Multi-Dimensional Approach to Identify Key Biomarkers 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S525222 PMID:40620603	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和转录组数据，结合机器学习算法，识别了与急性肾损伤（AKI）中PANoptosis相关的五个关键基因	首次在AKI中研究了PANoptosis的作用，并识别了五个关键基因作为潜在的生物标志物	研究结果需要进一步的临床验证，以确认这些生物标志物在人类AKI中的适用性	探究PANoptosis在急性肾损伤（AKI）中的具体作用及其相关生物标志物	急性肾损伤（AKI）患者和动物模型	生物信息学	急性肾损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和转录组数据分析	机器学习算法	RNA测序数据	未明确提及样本数量，但包括AKI患者和动物模型数据
38	2025-07-09	Integrating single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq and network pharmacology reveals protective effect of salidroside in peritoneal dialysis-associated peritoneal fibrosis 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1558366 PMID:40620673	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、批量RNA测序和网络药理学分析，探讨了红景天苷在腹膜透析相关腹膜纤维化中的保护作用及其机制	首次探索红景天苷在腹膜透析诱导的腹膜纤维化中的治疗潜力，并整合多种组学技术揭示其作用机制	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果尚需进一步验证	探究红景天苷对腹膜透析相关腹膜纤维化的保护作用及其分子机制	腹膜透析诱导的腹膜纤维化小鼠模型	网络药理学	腹膜纤维化	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
39	2025-07-09	Prognostic implications of high- OXPHOS macrophages in gastric cancer: a single-cell transcriptomics and tumor microenvironment communication study 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1533990 PMID:40620715	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析胃癌肿瘤微环境，揭示了高OXPHOS巨噬细胞的作用并建立了一个新的预后标志物	首次基于高OXPHOS巨噬细胞建立胃癌预后标志物，并鉴定出NPC2、LY96和TPP1等关键巨噬细胞表达标记物	研究样本量相对有限，且仅基于公开数据库数据	解析胃癌肿瘤微环境的单细胞转录组学特征，建立预后标志物	胃癌患者肿瘤组织和正常胃组织	数字病理学	胃癌	单细胞测序	NA	转录组数据	435例胃癌患者
40	2025-07-09	BCMA: An integrative and versatile database for multi-scale and multi-omics molecular atlas of breast cancer 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.06.031 PMID:40621063	研究论文	介绍了一个名为BCMA的多尺度、多组学乳腺癌分子图谱数据库，旨在促进乳腺癌的精准治疗研究	整合了多种组学数据和单细胞转录组数据，提供了一个用户友好的基因中心搜索界面，支持多种分析功能	未提及具体的技术验证或独立数据集的验证结果	建立一个综合的、多尺度的乳腺癌分子图谱数据库，以促进对乳腺癌分子特征的理解和生物标志物的发现	乳腺癌患者的多组学数据和单细胞转录组数据	数字病理学	乳腺癌	多组学分析、单细胞转录组测序	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据、临床数据	5424例病例和236,363个细胞