单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2168 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-05-08 |
A deconvolution framework that uses single-cell sequencing plus a small benchmark data set for accurate analysis of cell type ratios in complex tissue samples
2025-01-22, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278822.123
PMID:39586714
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研究论文 | 提出一种利用单细胞测序和小型基准数据集进行复杂组织样本细胞类型比例准确分析的解卷积框架 | 利用实验设计匹配跨平台生物信号以揭示技术差异，并开发基于加权非负最小二乘法的DeMixSC框架，通过识别和调整高技术差异基因，将基准数据与大规模患者队列对齐，大幅提高解卷积准确性 | 依赖组织特异性基准数据集的可用性，未讨论数据规模对框架泛化能力的影响 | 解决单细胞/细胞核RNA-seq数据与批量数据间平台技术差异导致的解卷积不准问题 | 健康视网膜组织和卵巢癌组织的细胞类型比例，以及年龄相关黄斑变性患者和卵巢癌患者队列 | 机器学习 | 年龄相关黄斑变性、卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | 加权非负最小二乘法 | 基因表达数据 | 两个基准数据集（健康视网膜和卵巢癌组织）及453名年龄相关黄斑变性患者、30名卵巢癌患者队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 22 | 2026-05-08 |
Inferring disease progression stages in single-cell transcriptomics using a weakly supervised deep learning approach
2025-01-22, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278812.123
PMID:39622637
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研究论文 | 提出一种弱监督深度学习方法scIDST，用于从单细胞转录组学数据推断疾病进展阶段 | 首次利用弱监督框架推断单个细胞的疾病进展水平，能检测到患者与健康供体比较分析无法发现的差异表达基因 | NA | 开发一种新方法解决患者组织中细胞异质性导致的差异基因表达分析困难 | 患者来源组织中的单细胞/单细胞核基因组测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 23 | 2026-05-08 |
Single cell atlas of canine natural killer cells identifies distinct circulating and tissue resident gene profiles
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1571085
PMID:40443661
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建犬自然杀伤细胞图谱，识别循环和组织驻留基因特征，并与人类NK细胞进行比较 | 首次利用单细胞RNA测序全面分析犬在不同器官（血液、肺、肝、脾、胎盘）中NK细胞的异质性，并与人类对应组织进行跨物种比较，发现显著的同源性和组织特异性特征 | 未说明具体局限性 | 表征犬和人类NK细胞在发育、异质性、活化、抑制和组织驻留方面的差异基因表达，以优化跨物种NK免疫疗法 | 犬和人类自然杀伤细胞，涉及血液、肺、肝、脾和胎盘组织 | 单细胞基因组学 | 癌症免疫学 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 未明确样本数量，涉及犬和人类多个组织 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'基因表达方案 |
| 24 | 2026-05-07 |
Metabolic Adaptations Rewire CD4 T Cells in a Subset-Specific Manner in Human Critical Illness with and without Sepsis
2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.27.635146
PMID:39975258
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研究论文 | 本研究探讨了危重症（含脓毒症）患者中CD4 T细胞亚群特异性代谢重编程及其机制 | 首次揭示危重症中CD4 T细胞亚群特异性代谢可塑性——调节性T细胞获得糖酵解能力并稳定免疫抑制标志物，通过单细胞转录组学鉴定犬尿氨酸代谢为Treg糖酵解适应与抑制性重编程的关键机制 | 主要基于体外细胞实验和临床样本关联分析，未在动物模型中验证因果性；样本量及亚群功能验证的深度有限 | 阐明危重症（脓毒症）患者CD4 T细胞代谢与免疫功能异常的机制关联 | 危重症患者（含脓毒症）及健康成人的CD4 T细胞 | 机器学习的部分应用（单细胞转录组学分析） | 脓毒症、危重症相关免疫功能障碍 | 单细胞转录组测序 | 不适用（未明确提及特定机器学习模型） | 单细胞转录组数据 | 危重症患者（含脓毒症）及健康成人（具体数目未说明） | 不适用（未提及具体平台公司） | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 25 | 2026-05-06 |
Meta-analyses of mouse and human prostate single-cell transcriptomes reveal widespread epithelial plasticity in tissue regression, regeneration, and cancer
2025-01-17, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-025-01432-w
PMID:39825401
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研究论文 | 通过对小鼠和人类前列腺单细胞转录组进行荟萃分析，揭示组织退化、再生和癌症中广泛的上皮可塑性 | 利用随机矩阵理论去噪并建立参考细胞类型分类，通过最优传输比较跨物种上皮细胞群体的转录组相似性，以及结合拷贝数变异分析揭示前列腺癌进展中的转录程序 | 未提及具体限制 | 研究前列腺上皮细胞在组织稳态、退化、再生及癌症中的动态变化和可塑性 | 小鼠和人类前列腺组织中的上皮细胞群体 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | 随机矩阵理论, 最优传输 | 单细胞转录组数据 | 新生成和已发表的多个小鼠和人类前列腺单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 26 | 2026-05-06 |
SenPred: a single-cell RNA sequencing-based machine learning pipeline to classify deeply senescent dermal fibroblast cells for the detection of an in vivo senescent cell burden
2025-01-14, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-024-01418-0
PMID:39810225
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研究论文 | 基于单细胞RNA测序的机器学习管道SenPred，用于分类深层衰老的真皮成纤维细胞，以检测体内衰老细胞负荷 | 首次利用2D和3D培养的深层衰老成纤维细胞的单细胞转录组数据，构建机器学习模型预测衰老；发现3D模型比2D更准确检测体内衰老细胞 | 目前仅为概念验证，仅针对特定细胞类型（真皮成纤维细胞）和衰老触发条件，无法推广到其他组织（如肺成纤维细胞） | 开发一个基于单细胞RNA测序的机器学习管道，以精准检测体内衰老成纤维细胞，助力衰老相关疾病研究 | 人类真皮成纤维细胞（2D和3D培养的深层衰老细胞，以及体内皮肤组织） | 机器学习 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | 机器学习管道（未指定具体模型类型，如CNN等，故输出NA） | 单细胞转录组数据 | 未明确提及样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 27 | 2026-05-06 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Evolutionary Reconfiguration of Embryonic Cell Fate Specification in the Sea Urchin Heliocidaris erythrogramma
2025-01-06, Genome biology and evolution
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/gbe/evae258
PMID:39587400
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研究论文 | 利用单细胞转录组学揭示了海胆物种Heliocidaris erythrogramma胚胎细胞命运决定的进化重构 | 首次通过跨物种单细胞转录组时间序列分析，识别出海洋无脊椎动物发育调控网络的进化变化，发现主要生命史转变中细胞命运决定的时空分离 | 主要基于表达相关性推断调控相互作用，缺乏直接的实验验证，且仅比较了两个物种的祖先和衍生状态 | 研究胚胎发育中细胞命运决定的进化变化及其与表型多样性的关联 | 两种海胆：Heliocidaris erythrogramma（衍生状态）和Lytechinus variegatus（祖先状态）的胚胎细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | 两种海胆物种的多个发育时间点单细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | NA |
| 28 | 2026-05-03 |
<italic>PDIA5</italic> and <italic>ARFIP1</italic> as Immunogenetic Biomarkers and Therapeutic Targets in Pancreatic Neuroendocrine Neoplasms: A Multi-Omics Study Integrating MR, Gene Expression Microarray, and Single-Cell Transcriptomics
2025, Neuroendocrinology
IF:3.2Q2
DOI:10.1159/000548070
PMID:41129479
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研究论文 | 通过多组学方法（包括孟德尔随机化、基因表达微阵列和单细胞转录组学）鉴定胰腺神经内分泌肿瘤的免疫遗传学生物标志物和治疗靶点 | 首次结合血浆蛋白质组学MR、WGCNA、单细胞RNA测序及免疫介导分析，系统识别PDIA5和ARFIP1作为胰腺神经内分泌肿瘤的潜在生物标志物和治疗靶点 | 需要进一步的实验验证和临床探索 | 识别胰腺神经内分泌肿瘤的分子靶点和生物标志物以改善患者预后 | 胰腺神经内分泌肿瘤（PanNENs） | 机器学 | 胰腺神经内分泌肿瘤 | 孟德尔随机化、基因表达微阵列、单细胞RNA测序、免疫组化 | NA | 基因表达数据、蛋白质组数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 29 | 2026-05-02 |
Sleeve gastrectomy reveals the plasticity of the human gastric epithelium
2025-Jan-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-56135-y
PMID:39833151
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研究论文 | 通过组织学和单细胞RNA测序，发现袖状胃切除术导致人类胃上皮细胞重塑，包括产酸壁细胞和肠嗜铬样细胞亚群的变化 | 首次在单细胞水平揭示袖状胃切除术后人类胃上皮的重塑机制，并建立胃泌素调控胃酸稳态的数学模型 | 本文未明确提及局限性 | 探究袖状胃切除术后胃上皮细胞的适应性重塑机制 | 12名接受袖状胃切除术的女性患者的胃上皮细胞 | 数字病理学 | 肥胖症 | 单细胞RNA测序 | 非线性比例积分控制模型 | 转录组数据 | 12名女性患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 30 | 2026-05-02 |
Detecting gene expression in Caenorhabditis elegans
2025-01-08, Genetics
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/genetics/iyae167
PMID:39693264
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综述 | 介绍秀丽隐杆线虫中检测基因表达的多种方法，包括原位检测、批量RNA测序、单细胞RNA测序和高通量蛋白质组学 | 系统总结了近年来线虫基因表达检测技术的新进展，并提供了选择方法和公开资源的实用指导 | 未深入比较各技术的具体性能指标或局限性，可能缺乏对最新前沿技术（如空间转录组学）的覆盖 | 为线虫基因表达检测方法提供综述和选择指南 | 秀丽隐杆线虫 | 自然语言处理 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 原位杂交 | NA | 文本, 图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 31 | 2026-05-02 |
Epigenetic control of antigen presentation failure in osteosarcoma: from single-cell chromatin maps to therapeutic strategies
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1728091
PMID:41383594
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迷你综述 | 本文综述了骨肉瘤中抗原呈递失败的表观遗传调控机制，并阐述了单细胞染色质图谱如何指导恢复肿瘤抗原可见性的治疗策略 | 通过整合单细胞ATAC-seq与单细胞和空间转录组学，解析了HLA、NLRC5及抗原加工基因的启动子-增强子可及性，区分可逆性抑制与固定病变，并将微环境应激与干扰素能力联系起来 | 尽管有令人鼓舞的临床前证据，但疗效将取决于克隆选择、保持干扰素信号传导的治疗安排以及与先天激动剂和免疫检查点阻断剂的合理组合 | 阐明骨肉瘤中抗原呈递失败的表观遗传机制，并概述单细胞染色质分析如何指导恢复肿瘤抗原可见性的策略 | 骨肉瘤肿瘤免疫生态系统中的恶性克隆、分化状态、髓系细胞和T细胞微环境 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞ATAC-seq, 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 染色质可及性数据, 转录组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 32 | 2026-05-02 |
Development of a Multilayered Prognostic Model for Wilms' Tumor Based on Characteristic Lymphocyte Genes
2025, Genetics research
IF:1.4Q4
DOI:10.1155/genr/1964582
PMID:41438620
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研究论文 | 基于特征淋巴细胞基因构建Wilms肿瘤多层预后模型 | 首次整合淋巴细胞基因表达与临床因素建立Wilms肿瘤预后列线图，利用单细胞RNA测序数据识别关键基因 | 未提及 | 开发整合遗传和临床因素的Wilms肿瘤预后列线图，提高评估准确性和临床效用 | Wilms肿瘤患者 | 机器学习 | 肾母细胞瘤 | RNA-seq, scRNA-seq | Cox回归模型，列线图 | 基因表达数据 | 125名患者（RNA-seq），2437个样本（scRNA-seq） | 未提及 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 未提及 | 未提及 |
| 33 | 2026-05-01 |
Deciphering normal and cancer stem cell niches by spatial transcriptomics: opportunities and challenges
2025-01-07, Genes & development
IF:7.5Q1
DOI:10.1101/gad.351956.124
PMID:39496456
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综述 | 讨论空间转录组学在解析正常和癌症干细胞生态位中的机遇与挑战 | 系统总结了不同空间技术如何用于识别干细胞并揭示其微环境空间模式，同时强调了计算工具在克服技术瓶颈中的作用 | 受技术限制，表征干细胞生态位仍面临挑战，且计算解决方案需进一步优化 | 探讨空间转录组学在正常和癌症干细胞生态位研究中的应用及挑战 | 正常干细胞和癌症干细胞及其相关微环境生态位 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 34 | 2026-05-01 |
Single Cell Data Enables Dissecting Cell Types Present in Bulk Transcriptome Data
2025-01, Stem cells and development
IF:2.5Q2
DOI:10.1089/scd.2024.0152
PMID:39611952
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研究论文 | 提出一个管道，利用单细胞RNA测序数据解析批量转录组数据中的细胞类型组成 | 整合scRNA-seq数据与解卷积方法，实现了从批量转录组数据中估计细胞类型比例，为类器官质量评估提供了新工具 | 未明确说明该方法在不同组织或条件下的泛化能力，可能受限于已有scRNA-seq数据集的代表性 | 开发一种方法，通过单细胞数据解析批量转录组中的细胞类型组成，用于类器官模型的质量评估 | iPSC衍生的肾和脑类器官批量转录组数据 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 解卷积模型 | 基因表达数据 | 使用两个肾脏scRNA-seq数据集和一个脑scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 35 | 2026-05-01 |
Characterization of Ferroptosis-Related Genes in Aplastic Anaemia: An Integrated Analysis of Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data
2025, Acta haematologica
IF:1.7Q3
DOI:10.1159/000543656
PMID:39938486
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研究论文 | 利用批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，综合分析了再生障碍性贫血中与铁死亡相关的基因 | 首次基于批量与单细胞RNA测序数据整合分析，发现铁死亡相关基因（DDIT4和NCF2）在再生障碍性贫血（AA）中的作用，并揭示它们在血小板和基质细胞中的活性升高 | 研究基于公共数据集，缺乏实验验证；样本量有限，可能影响结论的通用性 | 探索再生障碍性贫血（AA）中关键的铁死亡相关基因（FRGs）及其潜在机制 | 再生障碍性贫血（AA）患者和对照样本 | 机器学习 | 再生障碍性贫血 | NA | NA | 基因表达数据 | NA（使用公共数据库数据，未明确样本数量） | NA | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 36 | 2026-05-01 |
Cell signaling characterization for spatial transcriptomics (ST) data using network analysis
2025, Complex networks & their applications. International Conference on Complex Networks and Their Applications
DOI:10.1007/978-3-031-82435-7_32
PMID:40510773
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研究论文 | 提出一种基于网络分析的细胞通讯方法，用于空间转录组学数据的细胞信号表征 | 首次为空间转录组学数据构建全连接有向加权网络模型，利用低维嵌入和加权入度中心性量化配体-受体交互的信号活动 | 仅在三个特定配体-受体交互上验证，未评估高通量交互的扩展性 | 开发一种从空间转录组学数据中表征细胞信号活动的方法 | 空间转录组学数据中的配体-受体相互作用 | 机器学习， 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 网络模型（加权有向图） | 基因表达数据 | 一个真实空间转录组学数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 37 | 2026-04-30 |
Cross-species analyses of thymic mimetic cells reveal evolutionarily ancient origins and both conserved and species-specific elements
2025-Jan-14, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2024.11.025
PMID:39731911
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研究论文 | 通过跨物种分析胸腺模拟细胞，揭示其演化古老起源及保守与物种特异性特征 | 首次对人类儿童胸腺模拟细胞进行单细胞RNA测序，并与小鼠和斑马鱼数据整合，发现保守的演化特征和物种特异性适应 | 未明确说明局限性 | 探究胸腺模拟细胞的跨物种保守性与物种特异性，及其在自身免疫中的潜在作用 | 人类儿童、小鼠和斑马鱼的胸腺模拟细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类儿童捐献者（具体数量未说明），小鼠和斑马鱼样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 38 | 2026-04-28 |
Liver X receptor unlinks intestinal regeneration and tumorigenesis
2025-01, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08247-6
PMID:39567700
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研究论文 | 研究发现肝X受体（LXR）通路在肠道损伤中激活，通过调节上皮细胞分泌双调蛋白（Areg）促进再生，同时抑制肿瘤发生 | 首次揭示LXR可作为肠道再生与肿瘤发生之间的分子开关，通过CYP27A1酶介导的配体生成机制实现损伤修复与抗癌的平衡调节 | 需要进一步验证LXR在人肠道中的具体调控网络，以及长期激活LXR对正常组织稳态的影响 | 探究肠道损伤后组织再生与肿瘤发生之间是否存在解偶联的分子机制 | 小鼠肠道损伤模型、肠道类器官、人结直肠癌标本 | 分子生物学， 癌症生物学 | 结直肠癌 | RNA-seq， 单细胞RNA测序， 药理学干预， 基因敲除/过表达 | NA | 基因表达数据， 单细胞转录组数据 | 两种小鼠肠道损伤模型的RNA-seq数据集， 人结直肠癌标本（具体数量未提及） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 39 | 2026-04-28 |
Single-cell multi-omics analysis reveals cellular subpopulations associated with relapse in high-risk B-ALL following intensified chemotherapy
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1645546
PMID:41312364
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研究论文 | 对高危B细胞急性淋巴细胞白血病强化化疗后复发相关的细胞亚群进行单细胞多组学分析 | 结合scRNA-seq和scATAC-seq的单细胞多组学分析，首次鉴定出与强化化疗耐药相关的HSC/MPP和Pro-B细胞亚群及其分子特征 | NA | 揭示高危B-ALL强化化疗后复发的分子机制 | 高危B-ALL患儿强化化疗后的外周血单核细胞（PBMCs）及健康对照 | 数字病理学 | 儿童急性淋巴细胞白血病（B-ALL） | scRNA-seq, scATAC-seq | NA | 单细胞组学数据 | 高危B-ALL患儿及健康对照的PBMCs | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3', 10x Chromium Single Cell ATAC |
| 40 | 2026-04-27 |
Smooth Muscle Cells and Fibroblasts in the Proximal Thoracic Aorta Exhibit Minor Differences Between Embryonic Origins in Angiotensin II-driven Transcriptional Alterations
2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.23.610985
PMID:39896657
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研究论文 | 探究在血管紧张素II驱动的转录变化中，近端胸主动脉平滑肌细胞和成纤维细胞在胚胎起源间的微小差异 | 首次在预病理阶段比较了血管紧张素II诱导下第二心场和心脏神经嵴起源的平滑肌细胞与成纤维细胞的转录组差异，并发现了新的成纤维细胞亚群 | 仅关注预病理阶段，未涉及长期血管紧张素II输注后的进展期变化；且差异微小，可能需更大样本量或更敏感的方法来验证 | 揭示血管紧张素II介导的胸主动脉病变中不同胚胎起源细胞（平滑肌细胞和成纤维细胞）的转录组响应差异 | 小鼠近端胸主动脉的平滑肌细胞和成纤维细胞，分为第二心场起源和非第二心场起源 | 机器学习和生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠近端胸主动脉组织，经血管紧张素II输注或基线对照，每组样本量未明确说明 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |