单细胞与空转测序相关文章

本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!

如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!

Sample Image
添加微信请说明来意
Sample Image
微信赞赏

除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。

当前筛选条件: [分区不过滤] [IF不过滤] [发表日期:202501-202501] [清除筛选条件]
当前共找到 2148 篇文献,本页显示第 21 - 40 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
21 2026-02-05
The role of mitophagy-related genes in prognosis and immunotherapy of cutaneous melanoma: a comprehensive analysis based on single-cell RNA sequencing and machine learning
2025-Jan-11, Immunologic research IF:3.3Q3
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法,阐明了线粒体自噬相关基因在皮肤黑色素瘤预后和免疫治疗中的作用,并开发了一个预测模型 首次结合单细胞RNA测序和多种机器学习算法,构建了一个基于线粒体自噬相关基因的皮肤黑色素瘤预后模型,并揭示了其与免疫微环境及治疗响应的关联 研究依赖于公开数据库数据,未进行大规模独立临床队列验证,且模型在外部验证中的泛化能力有待进一步确认 阐明线粒体自噬相关基因在皮肤黑色素瘤中的作用,并开发预后预测模型 皮肤黑色素瘤患者的数据及细胞系 机器学习 皮肤黑色素瘤 单细胞RNA测序,RT-qPCR 多种机器学习算法(包括但不限于ssGSEA, WGCNA) 单细胞RNA测序数据,批量转录组数据,临床数据 未明确指定样本数量,但使用了公开数据库中的皮肤黑色素瘤数据 NA 单细胞RNA测序 NA NA
22 2026-02-05
A novel tumor-progressing fibroblast signature derived from single-cell RNA sequencing enables prognostic stratification and reveals RNF11 as a functional regulator in bladder cancer
2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析膀胱癌中的癌症相关成纤维细胞,构建了一个基于四个基因的肿瘤进展成纤维细胞风险评分模型,用于预后分层,并验证了RNF11在膀胱癌进展中的功能调节作用 整合单细胞RNA测序与批量转录组学数据,构建了一个新的CAF相关预后模型(TPFR),并首次在膀胱癌中功能验证了RNF11作为肿瘤进展调节因子的作用 研究样本量相对有限(单细胞数据来自8名患者),且模型验证主要依赖于回顾性队列,需要在前瞻性临床队列中进一步验证 开发一个基于癌症相关成纤维细胞分子特征的预后分层模型,以改善膀胱癌患者的风险预测和精准医疗策略 膀胱癌患者、膀胱癌细胞系(T24和5637) 数字病理学 膀胱癌 单细胞RNA测序、批量RNA测序、shRNA敲低、增殖/迁移/侵袭实验、转录组分析 非负矩阵分解共识聚类、LASSO-Cox回归、逐步选择模型 单细胞RNA测序数据、批量转录组数据 单细胞数据:8名BLCA患者;训练队列:359个TCGA-BLCA样本;验证队列:476个E-MTAB-4321样本;细胞实验:T24和5637膀胱癌细胞系 NA 单细胞RNA-seq NA NA
23 2026-02-05
Single-cell transcriptomics reveals mechanisms of Galt gene editing-induced liver injury involving HGF-VEGF-mediated intercellular signaling in mice
2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1
研究论文 本研究通过构建Galt基因编辑小鼠模型,利用单细胞转录组学揭示了Galt基因编辑诱导肝损伤的分子机制,涉及HGF-VEGF介导的细胞间信号传导 首次结合CRISPR/Cas9基因编辑技术与单细胞转录组学分析,系统阐明了Galt基因缺陷通过HGF和VEGF信号通路增强导致肝细胞水肿和肝损伤的新机制 研究仅基于小鼠模型,尚未在人类样本或临床环境中验证,且机制研究仍处于探索阶段,需要进一步功能实验确认 阐明Galt基因编辑诱导肝损伤的分子机制,为半乳糖血症的发病机制提供新见解 Galt基因编辑小鼠(GAL小鼠)模型 单细胞转录组学 半乳糖血症 CRISPR/Cas9基因编辑,单细胞RNA-seq,qRT-PCR,Western blotting,H&E染色 小鼠疾病模型 单细胞转录组数据,基因表达数据,组织病理学图像 未明确指定样本数量,但基于GAL小鼠模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
24 2026-02-05
Adiponectin receptor T-cadherin emerges as a novel regulator of adipose stem cell quiescence and adipogenesis
2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA-seq分析揭示了T-cadherin在脂肪干细胞静息和脂肪生成中的调控作用 首次将T-cadherin鉴定为脂肪干细胞中一个具有干细胞特性的独特亚群的调控因子,并阐明其通过DPP4维持干细胞状态的新机制 研究主要基于体外实验,未在体内模型中验证T-cadherin的功能;样本来源仅限于人类皮下脂肪组织 探究脂肪组织细胞和间充质干细胞的异质性,特别是T-cadherin在脂肪干细胞静息和脂肪生成中的调控作用 人类皮下脂肪组织来源的间充质干细胞 单细胞组学 NA 单细胞RNA-seq, 慢病毒转导, 长期活细胞成像, 脂肪生成分化实验 NA 单细胞RNA-seq数据, 图像数据 未明确样本数量的人类皮下脂肪组织来源MSCs NA 单细胞RNA-seq NA NA
25 2026-02-05
Commentary: Analysis of head and neck cancer scRNA-seq data identified PRDM6 promotes tumor progression by modulating immune gene expression
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
26 2026-02-05
Unveiling the IL-1β/CXCL2 axis: a shared therapeutic target in periodontitis and inflammatory bowel disease
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过整合牙周炎和炎症性肠病的转录组数据,揭示了IL-1β/CXCL2轴作为两种疾病共有的炎症治疗靶点 首次整合牙周炎和炎症性肠病的批量与单细胞RNA-seq数据,识别出跨疾病的髓系细胞为中心的IL-1β/趋化因子炎症程序,并验证了IL-1β-CXCL2通路作为潜在治疗靶点 功能阻断研究尚未进行,需要进一步实验验证治疗因果关系 揭示牙周炎与炎症性肠病之间共享的细胞和分子机制,以寻找共同的治疗靶点 牙周炎患者和炎症性肠病患者的转录组数据,以及双炎症啮齿动物模型 生物信息学 牙周炎和炎症性肠病 单细胞RNA-seq, 批量转录组分析, 免疫组织化学 NA 转录组数据, 单细胞RNA-seq数据, 图像数据 两个牙周炎队列(GSE16134和GSE10334),18个炎症性肠病样本的51,322个细胞 NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
27 2026-02-05
Commentary: Lactylation-related gene AKR1A1 contributes to osteoporosis via metabolic-immune regulation: evidence from multi-omics integration, single-cell transcriptomics, and in vitro validation
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
28 2026-02-05
Decoding thymic development: a single-cell atlas of tree shrew immunity
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序技术构建了树鼩出生后胸腺发育的全面细胞图谱,揭示了其免疫系统在物种间的保守性与特异性 首次通过单细胞RNA测序构建树鼩胸腺发育的细胞图谱,并识别出如ZNF683基因在CD8aa细胞发育后期表达等物种特异性变异 研究主要关注胸腺细胞,可能未全面覆盖树鼩整个免疫系统的复杂性;样本年龄范围可能限制了对发育全阶段的理解 解析树鼩作为临床前哺乳动物模型的免疫系统,特别是胸腺发育过程 树鼩的出生后胸腺细胞 单细胞组学 NA 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) NA 单细胞RNA测序数据 未明确指定样本数量,但涉及年轻和年老树鼩的胸腺细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
29 2026-02-03
A regularized Bayesian Dirichlet-multinomial regression model for integrating single-cell-level omics and patient-level clinical study data
2025-Jan-07, Biometrics IF:1.4Q2
研究论文 提出一种正则化贝叶斯狄利克雷-多项式回归框架,用于整合单细胞RNA测序数据与患者临床数据,以探究细胞类型丰度与临床变量之间的关系 引入新型分层树结构以识别不同细胞类型水平上的关联,并首次将正则化贝叶斯狄利克雷-多项式回归应用于单细胞与临床数据的整合分析 未明确说明模型对数据规模和质量的敏感性,且仅在三类疾病中验证,普适性有待进一步验证 开发一种整合单细胞组学数据与患者临床数据的方法,以揭示细胞类型丰度与临床变量之间的关联 肺纤维化、COVID-19和非小细胞肺癌患者的单细胞RNA测序数据及临床数据 单细胞组学 肺纤维化, COVID-19, 非小细胞肺癌 单细胞RNA测序 正则化贝叶斯狄利克雷-多项式回归模型 单细胞RNA测序数据, 临床数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
30 2026-02-03
Analysis of head and neck cancer scRNA-seq data identified PRDM6 promotes tumor progression by modulating immune gene expression
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序数据和IRIS3平台分析头颈鳞状细胞癌,发现PRDM6通过调节免疫基因表达促进肿瘤进展 首次发现组蛋白甲基转移酶PRDM6在肿瘤细胞增殖中的新作用,并揭示其通过诱导免疫应答基因表达促进肿瘤进展,同时建立了PRDM6与HPV阳性HNSCC的关联 未明确说明样本数量、具体技术平台细节以及实验验证的完整范围 探究头颈鳞状细胞癌的免疫机制,特别是HPV相关肿瘤中转录因子-免疫应答基因网络的作用 头颈鳞状细胞癌患者样本 数字病理学 头颈癌 单细胞RNA测序 IRIS3(细胞类型特异性调控网络推断工具) 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
31 2026-02-03
Lactylation-related gene AKR1A1 contributes to osteoporosis via metabolic-immune regulation: evidence from multi-omics integration, single-cell transcriptomics, and in vitro validation
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过整合多组学数据、单细胞转录组学和体外验证,系统鉴定了与骨质疏松症中赖氨酸乳酰化相关的关键差异表达基因,并探讨了其在代谢-免疫调控轴中的潜在作用 首次将乳酰化修饰与骨质疏松症的代谢-免疫调控轴联系起来,并通过多组学整合、单细胞转录组学和体外实验验证,揭示了AKR1A1基因在疾病中的关键作用及其通过SPP1-CD44信号通路介导免疫细胞间通讯的新机制 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,体外实验仅使用了RAW264.7巨噬细胞系,缺乏体内动物模型验证和临床样本的直接验证 系统识别骨质疏松症中与赖氨酸乳酰化相关的关键差异表达基因,并探索其在疾病发病机制中的代谢和免疫调控作用 骨质疏松症相关的基因表达数据、乳酰化相关基因、RAW264.7巨噬细胞 生物信息学 骨质疏松症 基因表达微阵列、单细胞RNA测序、qPCR、Western blot、免疫共沉淀 机器学习模型(113种组合) 基因表达数据、单细胞转录组数据 五个骨质疏松症相关基因表达微阵列数据集和一个单细胞RNA测序数据集 NA 单细胞RNA-seq NA NA
32 2026-02-02
Efficacy of CTLA-4 checkpoint therapy is dependent on IL-21 signaling to mediate cytotoxic reprogramming of PD-1+CD8+ T cells
2025-Jan, Nature immunology IF:27.7Q1
研究论文 本研究通过免疫分析晚期黑色素瘤患者的PD-1+CD8+ T细胞,揭示了CTLA-4检查点疗法依赖IL-21信号通路介导PD-1+CD8+ T细胞的细胞毒性重编程机制 首次发现CTLA-4检查点疗法的疗效依赖于IL-21信号通路,并揭示了其与抗PD-1单药疗法在信号传导上的主要差异 研究主要基于晚期黑色素瘤患者样本,可能不适用于其他癌症类型;机制研究部分依赖于小鼠模型,需进一步验证 探究抗PD-1和抗CTLA-4检查点疗法的疗效机制,特别关注IL-21信号通路在T细胞重编程中的作用 晚期黑色素瘤患者的PD-1+CD8+ T细胞以及B16F10黑色素瘤小鼠模型 免疫学 黑色素瘤 单细胞转录组分析、T细胞受体库分析、免疫分析 NA 转录组数据、免疫数据 NA NA NA NA NA
33 2026-02-02
Neoadjuvant therapy-associated malignant phenotype score predicts prognosis and highlights the roles of MIF signaling and DUXAP8 in ESCC
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过整合单细胞和批量转录组数据,构建了一个新的食管鳞状细胞癌(ESCC)恶性细胞来源的预后特征模型NTAMPS,并验证了其预测预后和免疫治疗反应的能力,同时发现DUXAP8是关键的驱动基因 首次通过整合新辅助治疗前后的单细胞转录组数据,构建了一个基于恶性上皮细胞内在分子特征的预后评分模型NTAMPS,并系统性地将其与免疫微环境、免疫治疗反应和药物敏感性相关联 研究主要基于回顾性队列数据,需要在前瞻性临床队列中进行进一步验证;单细胞测序样本量有限,可能无法完全捕捉肿瘤异质性 识别与新辅助治疗反应相关的恶性细胞内在分子决定因素,以改善ESCC的预后分层和个体化治疗决策 食管鳞状细胞癌(ESCC)患者,包括接受新辅助治疗前后的肿瘤组织样本 数字病理学 食管鳞状细胞癌 单细胞RNA测序,批量RNA测序,qRT-PCR,功能实验 LASSO-Cox回归模型 单细胞转录组数据,批量转录组数据 来自TCGA、GEO队列以及内部单细胞测序数据的ESCC患者样本 NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
34 2026-02-02
TIMP1 as a context-dependent biomarker linking cancer progression and cardiovascular disorders: a multi-level and bioinformatics study
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过多组学与生物信息学分析,揭示了TIMP1在癌症与心血管疾病中的双重作用 首次系统性地将TIMP1作为连接癌症进展与心血管疾病的枢纽基因进行研究,揭示了其在不同疾病背景下的特异性功能 研究主要基于公共数据库的生物信息学分析,实验验证部分有限,且心血管疾病队列样本量相对较小 探究TIMP1在癌症与心血管疾病中的系统性表达模式、功能及临床意义 结直肠癌、胃癌、动脉粥样硬化、心力衰竭的样本与公共数据集 生物信息学 结直肠癌, 胃癌, 心血管疾病 微阵列分析, 单细胞RNA测序, 免疫组化, Western blot, Transwell实验 NA 基因表达数据, 基因组数据, 表观遗传数据, 单细胞数据, 临床数据 基于TCGA/GTEx等公共数据库的大规模泛癌数据集,以及结直肠癌、胃癌模型、动脉粥样硬化队列(GSE100927)和心力衰竭队列(GSE5406)的样本 NA 单细胞RNA-seq, 微阵列 NA NA
35 2026-02-02
Integrating single-cell RNA sequencing with spatial transcriptomics reveal the fibrosis-related genes in hepatocellular carcinoma
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和bulk RNA-seq数据,鉴定出肝细胞癌中与纤维化相关的预后基因LUC7L3、CREB1和YIPF4,并探索了它们在肿瘤微环境中的作用 首次整合单细胞RNA测序、空间转录组学和bulk RNA-seq数据来系统鉴定肝细胞癌中纤维化相关的预后基因,并通过空间转录组学验证了这些基因的空间分布和相互作用 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步实验验证;样本量可能有限;机制研究尚不深入 鉴定肝细胞癌中与纤维化相关的预后基因,并探索其在肿瘤微环境中的作用 肝细胞癌肿瘤微环境中的细胞和基因 数字病理学 肝细胞癌 单细胞RNA测序, 空间转录组学, bulk RNA-seq, 生物信息学分析 随机生存森林算法 基因表达数据, 空间转录组数据 基于公共数据库GSE149614和GSE245908的数据集 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq NA NA
36 2026-02-02
Multimodal analysis of TAAD pathogenesis: SHAP-enhanced interpretable models and single-cell sequencing analysis reveal immune microenvironment alterations
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过整合转录组和单细胞转录组数据,结合机器学习算法和SHAP分析,揭示了SIX4、SCNN1B和PCDH11X作为TAAD的关键调控因子,并阐明了SIX4在血管平滑肌细胞可塑性和免疫微环境重塑中的作用 采用SHAP增强的可解释模型量化基因贡献,并整合批量与单细胞转录组数据揭示TAAD的分子机制和免疫微环境改变 研究主要基于转录组数据,缺乏蛋白质水平验证;样本来源和数量可能限制结果的普适性 阐明TAAD的分子机制,识别可靠的生物标志物以改善诊断和指导靶向干预 斯坦福A型主动脉夹层(TAAD)患者样本及血管平滑肌细胞 机器学习 心血管疾病 转录组测序,单细胞转录组测序,CCK-8实验,伤口愈合实验 LASSO,随机森林,SVM-RFE 转录组数据,单细胞转录组数据 整合了四个转录组数据集和两个单细胞转录组数据集 NA 单细胞RNA-seq NA NA
37 2026-02-02
The expression of mercaptopyruvate sulfurtransferase serves as a potential biomarker for prognostic stratification and immunotherapy in certain cancers
2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2
研究论文 本研究通过生物信息学分析和临床样本验证,探讨了MPST基因在多种癌症中的表达、预后分层和免疫治疗潜力 首次对MPST基因进行全面的泛癌分析,结合单细胞测序数据揭示其在肿瘤免疫微环境中的功能状态 研究主要基于公共数据库和初步临床验证,需要更多实验和前瞻性研究来确认MPST作为生物标志物的临床适用性 评估MPST基因在癌症诊断、预后和免疫反应中的潜在影响 多种癌症类型,包括肺腺癌等 生物信息学 多种癌症 生物信息学分析,免疫组化染色,单细胞测序 NA 基因表达数据,DNA甲基化数据,蛋白质相互作用网络,临床样本图像 基于TCGA和HPA数据库的多种癌症样本,以及收集的临床组织样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
38 2026-02-02
Spatial transcriptome and single-cell sequencing reveal the role of nucleotide metabolism in breast cancer progression and tumor microenvironment
2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2
研究论文 本研究通过整合单细胞测序和空间转录组学技术,揭示了核苷酸代谢在乳腺癌进展和肿瘤微环境中的作用 整合五种单细胞富集评分方法对乳腺癌细胞群进行综合分析,并利用空间转录组学数据映射单细胞簇,以区分肿瘤细胞亚型 NA 探索核苷酸代谢在乳腺癌细胞中的复杂性及其与肿瘤微环境的相互作用 乳腺癌细胞及其与肿瘤微环境的相互作用 数字病理学 乳腺癌 单细胞测序, 空间转录组学 机器学习算法 转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
39 2026-02-02
DPCDI: an artificial intelligent-derived indicator interpreting the diagnostic, stratification, and therapeutic implications of druggability programmed cell death in heart failure
2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2
研究论文 本文开发了一种名为DPCDI的人工智能衍生指标,用于解释心力衰竭中可药物化程序性细胞死亡的诊断、分层和治疗意义 通过整合机器学习框架(Lasso和随机森林算法)识别了15个关键基因构建DPCDI,并结合非负矩阵因子分析、单细胞RNA测序、孟德尔随机化分析和实验验证,为心力衰竭提供了全面的诊断、风险分层和靶向治疗开发框架 NA 开发一个指标以解释心力衰竭中可药物化程序性细胞死亡的诊断、分层和治疗意义 心力衰竭患者和HF小鼠模型 机器学习 心血管疾病 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析, 分子对接 Lasso, 随机森林, 非负矩阵因子分析 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
40 2026-02-02
High glucose-induced PLCG1 histone acetylation to promote ferroptosis by LAMP2A/HSPA8 in a diabetic nephropathy model
2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1
研究论文 本研究探讨了高血糖诱导的PLCG1组蛋白乙酰化通过LAMP2A/HSPA8信号通路促进铁死亡,从而在糖尿病肾病模型中加速疾病进展 首次揭示了PLCG1通过组蛋白乙酰化调控LAMP2A/HSPA8信号通路,促进线粒体氧化应激和铁死亡,在糖尿病肾病中的新作用机制 研究主要基于小鼠模型和细胞实验,缺乏大规模临床样本验证;单细胞RNA测序数据的分析深度可能有限 探究PLCG1在糖尿病肾病中的分子机制及其与铁死亡的关系 糖尿病肾病小鼠模型(C57BL/6小鼠)和高糖诱导的NRK-52E细胞 分子生物学与病理学 糖尿病肾病 单细胞RNA测序、生物信息学分析、组蛋白乙酰化检测、蛋白质印迹 NA RNA测序数据、蛋白质表达数据、临床生化指标 糖尿病肾病患者与正常对照组、小鼠模型、NRK-52E细胞系 NA 单细胞RNA测序 NA NA
回到顶部