本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 361 | 2025-12-04 |
Single-cell RNA sequencing data analysis of the inner ear in gentamicin-treated mice via intraperitoneal injection
2025, Open medicine (Warsaw, Poland)
DOI:10.1515/med-2025-1242
PMID:41323644
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,揭示了腹腔注射庆大霉素对小鼠内耳细胞的影响机制 | 首次利用单细胞RNA测序技术系统分析庆大霉素腹腔注射后小鼠内耳细胞的转录组变化,并探讨了地塞米松的保护作用 | 研究仅使用昆明小鼠,样本量较小,且未进行长期观察或机制验证实验 | 阐明庆大霉素腹腔注射引起耳毒性的细胞和分子机制 | 小鼠内耳细胞,包括外毛细胞、支持细胞和免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 耳毒性听力损失 | 单细胞RNA测序 | Seurat分析流程 | 单细胞转录组数据 | 昆明小鼠,分为正常对照组、庆大霉素组和庆大霉素+地塞米松组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 362 | 2025-12-04 |
pyALRA: python implementation of low-rank zero-preserving approximation of single cell RNA-seq
2025, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf279
PMID:41323649
|
研究论文 | 本文介绍了pyALRA,一个用于单细胞RNA-seq数据插补的Python实现,旨在提高工具的可访问性和计算效率 | 通过Python重新实现(r-)ALRA R包,实现了低秩零保留近似方法,并在速度和内存消耗上有所改进 | 未在摘要中明确提及具体局限性 | 开发一个高效且易于访问的单细胞RNA-seq预处理和校正工具 | 单细胞RNA-seq数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq | 低秩零保留近似模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 363 | 2025-12-03 |
Eosinophils Enhance Granuloma-Mediated Control of Persistent Salmonella Infection
2025-Jan-03, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5610725/v1
PMID:39801515
|
研究论文 | 本研究通过小鼠模型揭示了嗜酸性粒细胞在控制鼠伤寒沙门氏菌持续性感染中的宿主保护作用 | 首次发现嗜酸性粒细胞通过CCL11依赖性机制被招募至肉芽肿,并在控制持续性细菌感染中发挥关键作用 | 研究仅基于小鼠模型,尚未在人类感染中得到验证 | 探究嗜酸性粒细胞在宿主对抗持续性细菌感染中的作用机制 | 鼠伤寒沙门氏菌(Tm)感染的小鼠模型 | 感染免疫学 | 细菌感染 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 364 | 2025-12-02 |
Immune cell communication networks and memory CD8+ T cell signatures sustaining chronic inflammation in COVID-19 and Long COVID
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1689507
PMID:41200182
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了COVID-19及长新冠患者的免疫细胞图谱,揭示了记忆CD8+ T细胞在慢性炎症中的核心作用及其分子特征 | 在单细胞分辨率下绘制了COVID-19及长新冠的免疫景观,首次系统性地揭示了记忆CD8+ T细胞在MHC-I介导的细胞通讯网络中的中心地位及其与慢性炎症的关联,并利用机器学习模型识别出预测慢性免疫失调的关键基因标志 | 研究样本量相对有限(73,110个PBMCs),且仅基于外周血单核细胞分析,未能涵盖组织特异性免疫反应;机器学习模型的验证仍需在独立队列中进行 | 探究COVID-19及长新冠中持续免疫失调和慢性炎症的分子机制,特别是记忆CD8+ T细胞的功能异常与炎症维持的关系 | 来自健康、暴露、感染及住院四个疾病状态个体的外周血单核细胞(PBMCs) | 生物信息学 | COVID-19及长新冠 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序(bulk RNA-seq)、机器学习模型训练、SHAP解释框架 | XGBoost等九种机器学习模型 | 单细胞转录组数据、批量转录组数据 | 73,110个外周血单核细胞(PBMCs),来自四个疾病状态(健康、暴露、感染、住院)的个体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 365 | 2025-12-01 |
Discovery of PAK2 as a Key Regulator of Cancer Stem Cell in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma Using Multi-Omic Techniques
2025, Stem cells international
IF:3.8Q2
DOI:10.1155/sci/1325262
PMID:41311809
|
研究论文 | 本研究通过多组学技术发现PAK2是头颈部鳞状细胞癌中调控癌症干细胞的关键基因 | 首次揭示PAK2通过调控程序性细胞死亡、肿瘤干细胞特性和免疫微环境在HNSC发病机制中的核心作用,并筛选出潜在靶向治疗药物 | NA | 系统筛选头颈部鳞状细胞癌的关键致病基因并探索其治疗靶点 | 头颈部鳞状细胞癌组织和细胞 | 生物信息学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞测序,空间转录组学,机器学习,分子对接 | 多种机器学习算法 | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据,临床数据 | GSE150321数据集,TCGA数据集和外部验证数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 366 | 2025-12-01 |
Chaperonins in Hepatocellular Carcinoma: Unveiling Their Role in Tumor Proliferation and Immune Modulation Through Multiomics Analysis
2025, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/ijog/6152675
PMID:41312091
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示分子伴侣蛋白在肝细胞癌中的表达特征及其在肿瘤增殖和免疫调节中的作用机制 | 首次系统性地将分子伴侣蛋白表达谱与基因组异常关联,并通过单细胞RNA测序和空间转录组学验证CCT6B在细胞周期调控和M2巨噬细胞浸润中的关键作用 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步实验验证具体分子机制 | 探索分子伴侣蛋白在肝细胞癌进展中的分子机制和临床意义 | 肝细胞癌组织和分子伴侣蛋白家族成员 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 多组学分析, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 功能富集分析, 体外实验 | 差异表达分析, 生存分析, 单变量Cox回归 | 基因表达数据, 临床数据, 单细胞数据, 空间转录组数据 | 公共数据库中的肝细胞癌样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 367 | 2025-12-01 |
Navigating tumour microenvironment in endometrial carcinoma: a comprehensive review integrating immunohistochemistry, single-cell RNA-sequencing and spatial transcriptomics
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1685565
PMID:41312167
|
综述 | 整合免疫组织化学、单细胞RNA测序和空间转录组学技术,全面探讨子宫内膜癌肿瘤微环境的研究进展 | 这是首篇将scRNA-seq、ST和IHC三种技术整合应用于子宫内膜癌研究的综合性综述 | NA | 深入理解子宫内膜癌肿瘤微环境的动态变化和细胞间相互作用 | 子宫内膜癌肿瘤微环境 | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 免疫组织化学, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间位置数据, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 368 | 2025-12-01 |
Single-cell multi-omics analysis reveals cellular subpopulations associated with relapse in high-risk B-ALL following intensified chemotherapy
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1645546
PMID:41312364
|
研究论文 | 通过单细胞多组学分析识别与高危B-ALL强化化疗后复发相关的细胞亚群 | 首次结合scRNA-seq和scATAC-seq技术分析高危B-ALL患者强化化疗后的细胞亚群,识别出与治疗抵抗相关的特定细胞亚群及其分子特征 | 样本量有限,仅针对儿科高危B-ALL患者,未涉及其他类型白血病或成人患者 | 探索高危B-ALL患者强化化疗后复发的分子机制 | 儿科高危B-ALL患者外周血单个核细胞及健康对照 | 单细胞多组学 | B细胞急性淋巴细胞白血病 | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序,生物信息学分析 | 谱聚类分析 | 单细胞转录组数据,染色质可及性数据 | 高危B-ALL患者和健康对照的外周血单个核细胞 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序,单细胞多组学 | NA | NA |
| 369 | 2025-12-01 |
Multi-omics integration identifies ASPH and PTTG1 as potential causal drivers of lung adenocarcinoma progression and immune evasion
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1689275
PMID:41312363
|
研究论文 | 本研究通过多组学整合分析鉴定出ASPH和PTTG1作为肺腺癌进展和免疫逃逸的潜在因果驱动基因 | 首次结合单细胞转录组学、孟德尔随机化分析和功能实验验证,系统识别肺腺癌中上皮来源的因果驱动基因 | 研究样本量相对有限,需要更大规模的前瞻性研究验证 | 探索肺腺癌血管生成和免疫逃逸的上皮源性调控机制及因果基因 | 肺腺癌组织和细胞系 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析, 蛋白质印迹, 基因敲低, 细胞功能实验 | 预后风险模型 | 单细胞转录组数据, 基因组数据, 临床数据 | GEO和TCGA队列的临床样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 370 | 2024-11-30 |
Dissecting the effect of genetic variants on atherosclerosis: integrating bulk and single-cell transcriptomics
2025-Jan-16, European heart journal
IF:37.6Q1
DOI:10.1093/eurheartj/ehae489
PMID:39607792
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 371 | 2025-11-30 |
Analysis of the Mechanism Underlying Radiotherapy Resistance Caused by Oligodendroglia Cells in Glioblastoma by Applying the Single-cell RNA Sequencing Technology
2025, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析胶质母细胞瘤中少突胶质细胞导致放疗抵抗的分子机制 | 首次识别出两个具有放疗抵抗特性的少突胶质细胞亚群ODC3和ODC4,并揭示它们通过不同分子通路获得放疗抵抗性 | 研究基于公共数据库的回顾性分析,缺乏实验验证 | 探索胶质母细胞瘤放疗抵抗的分子机制及关键影响因素 | 胶质母细胞瘤组织样本 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | Seurat, Monocle2, AUCell, maftools | 单细胞RNA测序数据,基因突变数据 | 来自GEO和TCGA数据库的胶质母细胞瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 372 | 2025-11-30 |
Integrated Single-cell RNA-seq and Bulk RNA-seq Identify Diagnostic Biomarkers for Postmenopausal Osteoporosis
2025, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,筛选出绝经后骨质疏松症的诊断生物标志物 | 首次结合单细胞转录组图谱和WGCNA分析骨质疏松症,识别出单核细胞亚型特异性表达的新型生物标志物 | 未提及样本量的具体数字和验证队列的详细信息 | 探索绝经后骨质疏松症的诊断生物标志物,为早期诊断和治疗靶点提供依据 | 绝经后骨质疏松症患者样本 | 生物信息学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, WGCNA, 基因集富集分析 | 列线图诊断模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 373 | 2025-11-30 |
Proximity-based proteomics (BioID) uncovers the Rho GTPase interactome in kidney podocytes
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1625950
PMID:41306285
|
研究论文 | 本研究通过邻近标记技术绘制了肾足细胞中Rho GTPases的相互作用网络 | 首次在足细胞中系统绘制RhoA、Rac1和Cdc42的相互作用组,发现约50%的相互作用是足细胞特有的,并鉴定出KIAA1522作为新型Cdc42效应子和ARHGEF12作为关键RhoA调节因子 | NA | 揭示肾足细胞中Rho GTPases的信号网络及其在足细胞损伤中的作用机制 | 人类肾足细胞、HEK293细胞、HeLa细胞、斑马鱼模型 | 蛋白质组学 | 肾脏疾病 | 邻近依赖性生物素标记(BioID)、单细胞RNA测序、基因敲除 | NA | 蛋白质相互作用数据、基因表达数据 | NA | NA | 邻近标记蛋白质组学、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 374 | 2025-11-30 |
A metabolic-radioimmune signature predicts therapy response and immune reprogramming in non-small cell lung cancer
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1693277
PMID:41306526
|
研究论文 | 本研究通过整合转录组数据建立基于放射抵抗相关代谢基因的预后特征,用于预测非小细胞肺癌的放疗反应和免疫治疗疗效 | 首次系统描绘放疗诱导的肿瘤微环境代谢重编程全景图,并构建具有预后预测价值的放射抵抗相关代谢基因特征 | 研究主要基于回顾性数据分析,需要更多前瞻性临床研究验证 | 优化非小细胞肺癌治疗分层和放射增敏剂发现 | 非小细胞肺癌肿瘤细胞、免疫细胞和肿瘤引流淋巴结 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 批量转录组测序, 分子对接, qRT-PCR, 蛋白质印迹 | Cox回归模型, WGCNA, 诺莫图 | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | TCGA放疗队列和独立放射免疫治疗队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 375 | 2025-11-30 |
Targeting Matrix Metalloproteinase-9 to Alleviate T Cell Exhaustion and Improve Sepsis Prognosis
2025, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.0996
PMID:41306770
|
研究论文 | 本研究通过构建分子互作扰动网络,首次揭示脓毒症免疫异质性的网络生物学基础,并确定单核细胞来源的MMP9是驱动CD4 T细胞功能障碍的关键调节因子 | 首次构建脓毒症免疫异质性的分子互作扰动网络,发现MMP9通过双重机制调控T细胞耗竭,并验证选择性MMP9抑制剂可逆转T细胞功能障碍 | NA | 阐明脓毒症免疫异质性的分子机制并寻找有效治疗靶点 | 人类外周血样本和免疫细胞 | 免疫学 | 脓毒症 | 单细胞转录组学,蛋白质组学,功能验证 | NA | 转录组数据,蛋白质数据,功能实验数据 | 1,862例人类外周血样本,超过450,000个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 376 | 2025-11-30 |
Ocular surface health and disease: insight from single-cell RNA sequencing
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1683167
PMID:41306916
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在眼表组织健康与疾病研究中的原理、应用及局限性 | 首次系统总结scRNA-seq在眼表组织细胞多样性解析和疾病机制研究中的综合应用 | 技术本身存在检测灵敏度限制和细胞捕获偏差,且眼表组织样本获取难度较大 | 探讨单细胞RNA测序技术在眼表组织研究和疾病机制解析中的应用价值 | 眼表组织(角膜、睑板腺、结膜、泪腺)及相关疾病 | 单细胞组学 | 眼表疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 377 | 2025-11-30 |
Multi-omics reveals that NOTCH1 promotes cervical cancer progression and reduces radiosensitivity
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1703032
PMID:41306984
|
研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示了NOTCH1在促进宫颈癌进展和降低放疗敏感性中的作用机制 | 首次从单细胞水平揭示NOTCH1在宫颈癌恶性细胞中的表达特征及其通过MIF配体-受体通路影响浆细胞分化的新机制 | NA | 阐明NOTCH1在宫颈癌进展和放疗抵抗中的分子机制 | 宫颈癌组织和细胞系 | 生物医学 | 宫颈癌 | 单细胞测序,cDNA微阵列,高通量测序,免疫组织化学 | NA | 基因组数据,转录组数据,蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 378 | 2025-11-30 |
The Role of Vitamin D Metabolism-Related Genes in Recurrent Pregnancy Loss and Their Immune Microenvironmental Changes
2025, Journal of multidisciplinary healthcare
IF:2.7Q2
DOI:10.2147/JMDH.S541670
PMID:41307047
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学分析揭示了维生素D代谢相关基因DOCK11和ETV2在复发性流产中的作用机制 | 首次将维生素D代谢基因与复发性流产的免疫微环境变化联系起来,并发现DOCK11和ETV2作为新型生物标志物 | 研究样本量有限,需要更大规模的临床验证 | 阐明维生素D代谢在复发性流产发生中的潜在机制 | 复发性流产患者的基因表达数据和免疫细胞 | 生物信息学 | 复发性流产 | 转录组测序, RT-qPCR, Western blotting, 单细胞RNA测序 | 加权基因共表达网络分析, 机器学习, 孟德尔随机化 | 基因表达数据, 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
| 379 | 2025-11-30 |
Multi-omics integration in disease research
2025, Progress in brain research
DOI:10.1016/bs.pbr.2025.08.012
PMID:41314746
|
综述 | 本章重点阐述多组学整合在理解阿尔茨海默病、帕金森病和肌萎缩侧索硬化等神经退行性疾病生物学机制中的价值 | 通过整合基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学数据,结合单细胞测序、空间转录组学等高通量工具,重建连接遗传风险、基因调控、蛋白质功能障碍和代谢失衡的分子网络 | 面临数据异质性和标准化有限的挑战 | 推进神经退行性疾病研究中的个性化策略 | 阿尔茨海默病、帕金森病和肌萎缩侧索硬化(ALS)等神经退行性疾病 | 多组学整合 | 神经退行性疾病 | 单细胞测序,空间转录组学,质谱分析,基因组学,转录组学,蛋白质组学,代谢组学 | NA | 基因组数据,转录组数据,蛋白质组数据,代谢组数据,神经影像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 380 | 2025-11-30 |
Precision medicine in neurodegenerative diseases: From research to clinical practice
2025, Progress in brain research
DOI:10.1016/bs.pbr.2025.08.006
PMID:41314744
|
综述 | 本章概述精准医学如何重塑神经退行性疾病的认知、诊断和治疗方式 | 整合基因治疗、药物基因组学和个性化生活方式策略,并引入单细胞转录组学、数字孪生等未来工具 | 存在试验设计、数据整合、不平等获取和监管障碍等应用挑战 | 推动精准医学在神经退行性疾病领域从研究向临床实践转化 | 阿尔茨海默病、帕金森病、肌萎缩侧索硬化症和亨廷顿病等神经退行性疾病患者 | 精准医学 | 神经退行性疾病 | 单细胞转录组学、成像技术、数字工具、生物标志物分析 | 数字孪生 | 遗传数据、分子数据、生物标志物、临床特征、影像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |