单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1543 篇文献，本页显示第 361 - 380 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 361 | 2025-07-06 |
Single-cell atlas of human skin implicates APOE pro-inflammatory signaling in diabetic foot ulcers
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1591944
PMID:40612951
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术，研究糖尿病足溃疡(DFU)患者皮肤组织中APOE+成纤维细胞的作用及其与疾病进展的关联 | 首次在DFU患者中鉴定出APOE过表达的成纤维细胞亚群，并揭示其在糖尿病发生和发展中的潜在作用 | 研究样本量未明确说明，且体外实验结果需要在体内进一步验证 | 探究糖尿病足溃疡的分子机制和潜在治疗靶点 | 人类皮肤组织中的成纤维细胞 | 数字病理学 | 糖尿病足溃疡 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫组织化学染色, 体外实验 | NA | RNA测序数据, 图像数据 | NA |
| 362 | 2025-07-05 |
Tumor-associated macrophage-based predictive and prognostic model for hepatocellular carcinoma
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0325120
PMID:40601653
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研究论文 | 该研究通过整合单细胞RNA测序数据和批量测序数据，构建了一个基于肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）特征的肝细胞癌（HCC）预后模型 | 整合单细胞RNA测序和批量测序数据，构建了一个新的HCC预后模型，并揭示了TAMs在HCC肿瘤微环境中的作用 | 需要在更大规模的前瞻性研究中验证结果，并进一步研究TAMs在HCC进展中的功能影响 | 研究肝细胞癌（HCC）的预后机制，并开发一个基于TAMs特征的预后模型 | 肝细胞癌（HCC）患者 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序（scRNAseq）、批量测序、生物信息学分析（差异基因表达分析、Cox回归、逻辑回归建模） | Cox回归模型、逻辑回归模型 | RNA测序数据 | 多个HCC队列的数据 |
| 363 | 2025-07-05 |
Identification of three T cell-related genes as diagnostic and prognostic biomarkers for triple-negative breast cancer and exploration of potential mechanisms
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1584334
PMID:40606662
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研究论文 | 本研究通过分析TCGA-BRCA数据集和GEO数据库的单细胞RNA测序数据，识别了三个与T细胞相关的基因（CACNA1H、KCNJ11和S100B）作为三阴性乳腺癌（TNBC）的诊断和预后生物标志物 | 首次将T细胞相关基因与TNBC的诊断和预后联系起来，并构建了基于这三个基因的逻辑回归模型，其诊断TNBC的AUC达到0.917 | 研究依赖于公共数据库的数据，未进行实验验证，且样本量可能不足以覆盖所有TNBC亚型 | 识别TNBC的诊断和预后生物标志物，探索其潜在的免疫相关机制 | 三阴性乳腺癌（TNBC）患者 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、机器学习算法 | 逻辑回归（LR）模型 | 转录组数据、临床数据 | TCGA-BRCA数据集和GEO数据库中的样本 |
| 364 | 2025-07-05 |
Comprehensive bioinformatics analysis of the common mechanism of atherosclerosis and atrial fibrillation: emphasizing mitochondrial metabolic disorder and immune inflammation
2025, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2025.1595048
PMID:40607061
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研究论文 | 通过综合生物信息学分析揭示动脉粥样硬化和心房颤动的共同机制，重点关注线粒体代谢紊乱和免疫炎症 | 首次提出MRPS23作为连接线粒体功能障碍和免疫失调的新型生物标志物，并探索其在动脉粥样硬化和心房颤动共病中的潜在作用 | 需要进一步的临床前模型和临床队列验证以转化为诊断或治疗应用 | 揭示动脉粥样硬化和心房颤动的共同分子通路，并识别诊断生物标志物 | 动脉粥样硬化(AS)和心房颤动(AF)的转录组数据集 | 生物信息学 | 心血管疾病 | GO和KEGG富集分析、WGCNA、LASSO、SVM、随机森林、单细胞RNA测序(scRNA-seq) | LASSO、SVM、随机森林 | 转录组数据 | NA |
| 365 | 2025-07-05 |
Interferon Regulatory Factor 4 Recruits Immature B Cells to Signal Tertiary Lymphoid Structure Immaturity and Progression of Clear Cell Renal Cell Carcinoma
2025, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.113737
PMID:40607252
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research paper | 该研究通过整合转录组和临床数据，构建了一个与三级淋巴结构（TLS）相关的预后风险评分，并揭示了干扰素调节因子4（IRF4）在促进TLS不成熟和免疫功能障碍中的机制作用 | 构建了TLS相关的预后风险评分，揭示了IRF4在TLS不成熟和免疫功能障碍中的新机制 | 研究主要基于ccRCC患者数据，结果可能不适用于其他类型的癌症 | 探究TLS在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的预后相关性及其调控机制 | 928名ccRCC患者的转录组和临床数据，以及786-O和769-P ccRCC细胞系 | 肿瘤免疫学 | 透明细胞肾细胞癌 | 转录组分析、免疫组化、多重免疫荧光分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学 | 机器学习算法 | 转录组数据、临床数据、图像数据 | 928名ccRCC患者 |
| 366 | 2025-07-05 |
Integrative multi-omics analysis of IFNγ-induced macrophages and atherosclerotic plaques reveals macrophage-dependent STAT1-driven transcription in atherosclerosis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1590953
PMID:40607379
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research paper | 该研究通过整合多组学分析，揭示了IFNγ诱导的巨噬细胞和动脉粥样硬化斑块中STAT1驱动的转录机制在动脉粥样硬化中的作用 | 发现了STAT1与PU.1在巨噬细胞特异性IFNγ激活转录反应中的协同作用，并鉴定了新的生物标志物和治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，可能无法完全反映人类动脉粥样硬化的复杂性 | 探究巨噬细胞STAT1介导的信号在动脉粥样硬化进展中的作用 | IFNγ诱导的巨噬细胞和人类及小鼠的动脉粥样硬化病变 | digital pathology | cardiovascular disease | ATAC-seq, ChIP-seq, RNA-seq, scRNA-seq | NA | genomic data, transcriptomic data | 人类颈动脉和冠状动脉粥样硬化病变样本，以及LDLr-/-和ApoE-/-高脂饮食小鼠模型的主动脉病变样本 |
| 367 | 2025-07-05 |
Integrative analysis of T cell-associated markers in Ewing sarcoma reveals prognostic signatures and immune dynamics
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1586544
PMID:40607387
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA-seq分析，探讨了尤文肉瘤中T细胞相关标志物的预后特征和免疫动态 | 识别了CLEC11A、BDP1和ID3作为关键的T细胞相关预后标志物，并构建了一个预测模型，揭示了ID3在免疫逃逸和肿瘤增殖中的作用 | 研究样本量较小，且仅基于RNA-seq数据，未考虑其他分子层面的影响 | 探索尤文肉瘤中T细胞相关标志物的预后特征和免疫动态，以改善预后评估和免疫治疗策略 | 尤文肉瘤患者样本和细胞系 | 数字病理学 | 尤文肉瘤 | 单细胞RNA测序、批量RNA-seq、WGCNA、CIBERSORT算法 | Cox回归模型 | RNA-seq数据 | 未明确提及具体样本数量，但使用了外部数据集进行验证 |
| 368 | 2025-07-05 |
Single-cell analysis of peripheral blood and pleural effusion reveals functional diversity of γδ T cells in tuberculosis infection
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1605827
PMID:40607390
|
研究论文 | 通过单细胞测序分析结核病患者外周血和胸水中的γδ T细胞亚群，揭示其在结核感染中的功能多样性 | 首次在单细胞水平上鉴定出结核病患者外周血和胸水中的7个γδ T细胞亚群，并发现具有强效应功能的Vδ2细胞亚群 | 研究样本量有限，且仅关注了γδ T细胞，未涉及其他免疫细胞类型的相互作用 | 探究γδ T细胞在结核病免疫应答中的具体作用和分化机制 | 结核病患者的外周血单个核细胞(PBMC)和结核性胸水细胞(TPE) | 免疫学 | 结核病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本数量，仅提及结核病患者的外周血和胸水样本 |
| 369 | 2025-07-05 |
Decoding neuroinflammation in Alzheimer's disease: a multi-omics and AI-driven perspective for precision medicine
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1616899
PMID:40607399
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research paper | 本文探讨了利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和AI驱动的多组学平台解码阿尔茨海默病（AD）中复杂的免疫炎症网络，以实现精准医疗 | 结合scRNA-seq和AI驱动的多组学分析，突破了传统大规模组织分析中的信号平均化限制，发现了与疾病相关的新的细胞亚群和关键分子标志物 | 尽管技术先进，但有效的治疗选择仍然有限 | 解码AD中的神经炎症，实现精准医疗 | 阿尔茨海默病（AD）患者脑组织 | 精准医疗 | 阿尔茨海默病 | scRNA-seq, AI-driven analytics, multi-omics platforms | AI-driven analytics | RNA-seq数据, 多组学数据 | NA |
| 370 | 2025-07-05 |
Landscape analysis of matrix metalloproteinases reveals key prognostic markers for prostate cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1582992
PMID:40607407
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研究论文 | 本研究全面分析了基质金属蛋白酶（MMPs）在前列腺癌（PCa）中的作用，并特别强调了MMP11在肿瘤微环境重编程中的关键作用 | 首次全面评估了MMPs在PCa中的表达特征和预后价值，并发现MMP11通过重塑肿瘤微环境促进PCa进展 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于细胞水平 | 探索MMPs在PCa中的预后价值和生物学功能 | 前列腺癌组织和细胞 | 肿瘤生物学 | 前列腺癌 | 生物信息学分析（UCSC/GEO数据库）、COX回归分析、单细胞转录组分析、空间转录组分析 | NA | 基因表达数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据 | 来自UCSC和GEO数据库的多个前列腺癌数据集 |
| 371 | 2025-07-05 |
The functional and clinical significance of nucleoporin NUP153 across human cancers: a systematic study based on multi-omics analysis and bench work validation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1613688
PMID:40607419
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研究论文 | 本研究通过多组学分析和实验验证，探讨了核孔蛋白NUP153在多种癌症中的功能和临床意义 | 首次系统研究了NUP153在多种癌症中的表达模式、突变情况、诊断价值及其与肿瘤免疫微环境的关系，并验证了其在胃癌中的高表达及其与免疫细胞浸润的相关性 | 需要进一步研究阐明NUP153在癌症中的具体分子机制及其临床应用的可行性 | 探索NUP153在癌症中的功能和临床意义 | 多种癌症类型，特别是胃癌 | 癌症研究 | 多种癌症，包括胆管癌、结直肠癌、头颈部鳞状细胞癌、胃癌等 | 多组学分析、免疫组化、RT-qPCR、单细胞分析、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、免疫细胞浸润数据、药物敏感性数据 | 来自TCGA和GTEx等公共数据库的数据，以及胃癌组织的实验验证样本 |
| 372 | 2025-07-05 |
Identification and validation of a KRAS-macrophage-associated gene signature as prognostic biomarkers and potential therapeutic targets in melanoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1566432
PMID:40607411
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研究论文 | 本研究通过多平台方法识别并验证了一个与KRAS信号和巨噬细胞相关的基因特征（KMPAG），作为黑色素瘤的预后生物标志物和潜在治疗靶点 | 首次构建了KRAS-巨噬细胞预后相关基因特征（KMPAG），并验证其在黑色素瘤预后和治疗反应预测中的价值 | 研究主要基于公共数据库数据，实验验证部分仍需进一步扩展 | 探索KRAS信号通路在黑色素瘤肿瘤微环境中的作用，并开发预后生物标志物 | 皮肤黑色素瘤（SKCM）患者样本和细胞系 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因集富集分析（GSEA）、免疫组化（IHC） | LASSO回归模型 | 基因表达数据 | 来自GEO和TCGA数据库的黑色素瘤样本 |
| 373 | 2025-07-04 |
SpatialDeX Is a Reference-Free Method for Cell-Type Deconvolution of Spatial Transcriptomics Data in Solid Tumors
2025-Jan-02, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1472
PMID:39387817
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研究论文 | 开发了一种名为SpatialDeX的参考自由方法，用于在固体肿瘤的空间转录组数据中进行细胞类型去卷积 | SpatialDeX是一种基于回归模型的方法，无需单细胞RNA-seq参考即可估计肿瘤ST点中的细胞类型比例，并在性能上与基于参考的方法相当，优于其他参考自由方法 | NA | 开发一种无需单细胞RNA-seq参考的方法，用于解析空间转录组数据中的细胞类型比例，以更深入地了解肿瘤微环境的动态 | 固体肿瘤的空间转录组数据 | 数字病理学 | 肿瘤 | 空间转录组学(ST) | 回归模型 | 基因表达数据 | NA |
| 374 | 2025-07-04 |
Clearance of p21 highly expressing senescent cells accelerates cutaneous wound healing
2025-Jan, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-024-00755-4
PMID:39537987
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research paper | 该研究通过Xenium空间转录组学技术识别了一种在伤口愈合过程中诱导产生的具有促炎特征的p21高表达衰老细胞群，并发现清除这些细胞可以加速伤口闭合 | 首次识别并描述了p21高表达衰老细胞群在伤口愈合中的独特作用，揭示了其通过NF-κB抑制部分介导的机制 | 未明确p21高表达衰老细胞群的具体分子机制及其与其他类型衰老细胞的相互作用 | 探究衰老细胞在组织重塑中的多功能性，特别是p21高表达细胞在伤口愈合中的作用 | p21高表达的衰老细胞 | 生物医学 | 伤口愈合 | Xenium空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA |
| 375 | 2025-07-04 |
Triple-Negative Breast Cancer on the Rise: Breakthroughs and Beyond
2025, Breast cancer (Dove Medical Press)
DOI:10.2147/BCTT.S516125
PMID:40599557
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综述 | 本文综述了三阴性乳腺癌（TNBC）的发病率上升、分子遗传学特征、治疗进展及个性化诊断和治疗的新趋势 | 总结了TNBC的最新治疗进展，包括免疫检查点抑制剂、PARP抑制剂和抗体药物偶联物的应用，以及机器学习成像和空间转录组学等诊断工具的进展 | 作为综述文章，未涉及原始研究数据，主要依赖已有文献的综合分析 | 探讨TNBC的发病率、分子机制、治疗选择和诊断技术的进展 | 三阴性乳腺癌（TNBC）及其患者群体 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 机器学习成像、空间转录组学 | NA | NA | NA |
| 376 | 2025-07-04 |
Identification of anoikis-related subtypes and a risk score prognosis model, the association with TME landscapes and therapeutic responses in hepatocellular carcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1602831
PMID:40599775
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研究论文 | 本研究通过分析肝癌中与失巢凋亡相关基因的表达、突变和拷贝数变异，建立了预后风险评分模型，并探讨了其与肿瘤微环境特征和免疫治疗反应的关系 | 首次在肝癌中鉴定了两种不同的失巢凋亡亚型，并开发了一个基于TTC26和TPX2的双基因预后模型，揭示了TTC26在肝癌细胞增殖、迁移和侵袭中的促进作用 | 研究主要基于公共数据集，需要更多独立队列验证模型的临床适用性 | 阐明失巢凋亡相关基因在肝癌中的预后意义和治疗相关性 | 肝癌患者和肝癌细胞系 | 肿瘤基因组学 | 肝癌 | WGCNA, LASSO Cox回归, 单细胞RNA-seq | 预后风险评分模型 | 基因表达数据, 突变数据, 拷贝数变异数据 | 公共数据集中的肝癌样本 |
| 377 | 2025-07-04 |
Single-cell RNA sequencing: new insights for pulmonary endothelial cells
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1576067
PMID:40599812
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review | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在肺内皮细胞（PECs）研究中的新见解及其在生理和病理条件下的应用 | 利用scRNA-seq技术揭示了PECs在表型多样性和分子特征上的异质性，及其在肺微环境中的空间定位依赖性 | 未提及具体的技术限制或样本量不足等问题 | 探讨scRNA-seq在PECs研究中的应用及其对肺病理生理学治疗的推动作用 | 肺内皮细胞（PECs） | digital pathology | lung cancer | scRNA-seq | NA | RNA-seq数据 | NA |
| 378 | 2025-07-03 |
Ash1l loss-of-function results in structural birth defects and altered cortical development
2025-Jan-07, Brain : a journal of neurology
IF:10.6Q1
DOI:10.1093/brain/awae218
PMID:38943682
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研究论文 | 本研究探讨了组蛋白甲基转移酶ASH1L功能丧失对小鼠出生缺陷和大脑皮层发育的影响 | 首次揭示了ASH1L在出生后存活和正常颅面发育中的关键作用，并阐明了其对大脑皮层神经元命运决定的影响 | 研究仅基于小鼠模型，人类相关性需要进一步验证 | 探究ASH1L功能丧失对发育的影响及其与神经发育障碍的关联 | 小鼠模型（特别是大脑皮层发育） | 神经发育生物学 | 自闭症 | 免疫组织化学、EdU标记、单细胞RNA测序 | Ash1l基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据、组织学图像 | 胚胎期e18.5样本77个，出生后样本41个，鼻骨分析样本31个，皮层分析每组6个基因型 |
| 379 | 2025-07-03 |
Deciphering normal and cancer stem cell niches by spatial transcriptomics: opportunities and challenges
2025-Jan-07, Genes & development
IF:7.5Q1
DOI:10.1101/gad.351956.124
PMID:39496456
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综述 | 本文探讨了通过空间转录组学解析正常和癌症干细胞微环境的机会与挑战 | 利用NGS、单细胞转录组学和空间转录组学等先进技术，揭示肿瘤异质性和治疗抵抗性的分子机制 | 技术限制和计算工具在处理特定瓶颈时的不足 | 研究正常干细胞和癌症干细胞及其微环境的特性 | 正常干细胞（NSCs）和癌症干细胞（CSCs）及其微环境 | 数字病理学 | 癌症 | NGS, 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 分子数据 | NA |
| 380 | 2025-07-03 |
Reduced T-Cell stemness underlies Th17 expansion and graft dysfunction in kidney transplant recipients
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1588941
PMID:40584830
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，探讨了肾脏移植受者中T细胞干性降低与Th17细胞扩增及移植物功能障碍的关系 | 首次将CD4+ T细胞干性降低、Th17细胞极化优势及S100-TLR4轴信号传导与移植物功能障碍联系起来，并提出了潜在的生物标志物和治疗靶点 | 样本量较小（单细胞测序n=20，批量验证n=192），且未进行功能实验验证机制 | 阐明区分移植物功能稳定与受损受者的免疫机制 | 肾脏移植受者的外周血单个核细胞 | 免疫学 | 终末期肾病 | 单细胞RNA测序，批量RNA测序，WGCNA | Monocle（拟时序分析），iTalk（配体-受体互作推断） | RNA测序数据 | 单细胞测序20例（10正常/10异常），批量验证192例 |