单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
341	2025-07-11	SeuratExtend: streamlining single-cell RNA-seq analysis through an integrated and intuitive framework 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaf076 PMID:40627366	research paper	介绍了一个名为SeuratExtend的R包，旨在简化单细胞RNA测序数据分析	SeuratExtend通过整合多种工具和数据库，提供了一个用户友好且直观的界面，用于执行包括功能富集、轨迹推断等多种分析	未明确提及具体的技术或应用限制	简化单细胞RNA测序数据分析流程，提高分析的可及性和效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
342	2025-07-11	Molecular insights into glioblastoma progression: role of CHCHD2P9 in tumor heterogeneity and prognosis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1581850 PMID:40630954	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和细胞实验探讨了CHCHD2P9在胶质母细胞瘤进展中的作用及其与预后的关系	发现CHCHD2P9作为胶质母细胞瘤终末亚群的关键标志物，并揭示其表达水平与临床预后不良相关	研究未明确CHCHD2P9调控胶质瘤细胞增殖和迁移的具体分子机制	探索胶质母细胞瘤进展中的分子特征和细胞间相互作用	胶质母细胞瘤亚群	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	RNA测序数据	未明确样本数量
343	2025-07-11	Immunogenic cell death-related biomarkers in heart failure probed by transcriptome and single-cell sequencing 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1560903 PMID:40630963	研究论文	本研究通过转录组和单细胞测序技术，识别并验证了与心力衰竭（HF）相关的免疫原性细胞死亡（ICD）生物标志物	首次识别并验证了CD163、FPR1和VSIG4作为HF的ICD相关生物标志物，为HF的临床诊断和治疗提供了新的理论基础	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	识别HF患者中与ICD相关的生物标志物并探索其潜在机制	心力衰竭患者和动物模型	生物信息学	心血管疾病	转录组测序、单细胞RNA测序、RT-qPCR	机器学习方法、PPI网络、nomogram模型	基因表达数据	来自GSE57338、GSE3586和GSE5406数据集的数据，以及GSE183852单细胞数据集
344	2025-07-11	Taurine-mediated metabolic immune crosstalk indicates and promotes immunosuppression with anti-PD-1 resistance in bladder cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1618439 PMID:40630945	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和批量转录组分析，揭示了膀胱癌肿瘤微环境中牛磺酸代谢失调的分子机制及其在免疫抑制中的作用	开发了牛磺酸代谢失调指数（TMs）作为独立的预后生物标志物，并揭示了其在免疫治疗抵抗中的作用	研究主要基于计算分析和体外实验，需要进一步的体内实验验证	探索牛磺酸代谢在膀胱癌肿瘤微环境中的作用及其对免疫治疗的影响	膀胱癌（BLCA）患者样本和肿瘤微环境中的细胞亚群	肿瘤免疫学	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）、批量转录组分析	机器学习方法	转录组数据	TCGA队列中的膀胱癌患者样本
345	2025-07-10	Single-nuclei RNA-sequencing fails to detect molecular dysregulation in the preeclamptic placenta 2025-01, Placenta IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.placenta.2024.12.011 PMID:39733647	research paper	本研究比较了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）在检测子痫前期胎盘分子失调方面的效果	揭示了scRNA-seq在全面转录组学研究中的优势，尤其是在理解病理中的细胞类型特异性失调方面	snRNA-seq在检测绒毛外滋养层、基质、血管系统和免疫细胞转录本方面不够全面，且未能检测到与疾病相关的应激和炎症	比较scRNA-seq和snRNA-seq在子痫前期胎盘研究中的敏感性和细胞类型检测能力	子痫前期胎盘组织	基因组学	子痫前期	scRNA-seq, snRNA-seq	NA	RNA测序数据	45,836个细胞和27,078个核，来自10例早发性子痫前期（EPE）病例和3例早期特发性对照（ECT）
346	2025-07-10	Single-cell transcriptomic and m6A methylation analyses reveal platelet-mediated immune regulatory mechanisms in sepsis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1607732 PMID:40625751	研究论文	本研究通过单细胞转录组和m6A甲基化分析，揭示了脓毒症中血小板介导的免疫调节机制	首次整合单细胞RNA测序和m6A甲基化测序数据，揭示了脓毒症中血小板功能重塑的m6A依赖机制，并鉴定出关键靶基因RPA1	研究样本量有限，仅基于GSE167363数据集，需要更大规模的临床样本验证	探究脓毒症中免疫细胞组成变化、细胞间通讯特征及m6A修饰的潜在调控机制	脓毒症患者的外周血单个核细胞(PBMCs)	生物信息学	脓毒症	单细胞RNA测序, m6A甲基化测序	NA	单细胞转录组数据, 甲基化数据	GSE167363数据集中的脓毒症患者样本
347	2025-07-10	Perspective on recent developments and challenges in regulatory and systems genomics 2025, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbaf106 PMID:40626041	综述	本文讨论了在调控和系统基因组学领域的最新发展和挑战，特别是关于顺式调控代码的解码及其在预测遗传变异对表型影响中的应用	讨论了利用序列到功能的神经网络学习顺式调控序列规则的新方法，以及空间转录组学等新兴技术	指出了当前知识的空白、技术限制以及计算方法在基准测试方面的挑战	解码顺式调控代码以预测遗传变异对表型的影响，并识别人类疾病中的遗传变异	顺式调控元件、3D染色质组织、基因调控网络	系统基因组学	NA	空间转录组学、基因组学检测	序列到功能的神经网络	基因组序列数据、3D染色质组织数据	NA
348	2025-07-10	CYLD as a key regulator of myocardial infarction-to-heart failure transition revealed by multi-omics integration 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1592985 PMID:40626177	研究论文	本研究通过多组学整合分析，揭示了CYLD作为心肌梗死向心力衰竭转变的关键调控基因	利用多组学数据和先进计算工具，首次发现CYLD在心肌梗死向心力衰竭转变中的关键调控作用	研究主要基于公开数据集，缺乏实验验证	探索心肌梗死向心力衰竭转变的分子机制	心肌梗死和心力衰竭患者	生物信息学	心血管疾病	RNA-seq, 单细胞转录组测序	随机森林	基因表达数据	5个GEO数据集(GSE59867, GSE62646, GSE168281, GSE267644, GSE269269)
349	2025-07-09	Reduced Thioredoxin Regulates IL-1β Secretion via NLRP3 of IL-1β+ Alveolar Macrophages in COPD 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S513004 PMID:40620599	研究论文	本研究探讨了慢性阻塞性肺疾病(COPD)中氧化还原蛋白硫氧还蛋白(TRX)的变化及其在IL-1β释放中的作用	首次发现reTRX在COPD中的异常变化及其通过NLRP3途径调控IL-1β分泌的机制	研究主要基于细胞和小鼠模型，临床样本验证不足	探究COPD发病过程中TRX的变化及其在炎症反应中的作用	COPD患者的肺泡巨噬细胞(AM)、COPD小鼠模型和THP-1细胞模型	呼吸系统疾病研究	慢性阻塞性肺疾病(COPD)	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、蛋白活性分析、Monocle2分析、分子动力学(MD)模拟、免疫共沉淀(CO-IP)	COPD小鼠模型、THP-1细胞模型	基因表达数据、蛋白质活性数据	GEO数据库中的COPD肺组织scRNA-seq数据、实验构建的体内外模型
350	2025-07-09	Electroacupuncture at ST36 Treatment Suppresses the Microglial Pyroptosis Through Activating α7nAChR in a Rat Model of Asphyxial Cardiac Arrest 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S525373 PMID:40620602	研究论文	本研究探讨了电针刺激ST36穴位通过激活α7nAChR抑制小胶质细胞焦亡，从而在大鼠窒息性心脏骤停模型中发挥神经保护作用	首次揭示了电针ST36通过α7nAChR依赖的机制抑制小胶质细胞焦亡，为心脏骤停后脑缺血损伤的治疗提供了新思路	研究仅在大鼠模型中进行，尚未进行临床验证	探究电针ST36对心脏骤停诱导的全局性脑缺血损伤的神经保护作用及其机制	窒息性心脏骤停大鼠模型和原代小胶质细胞OGD/R模型	神经科学	心脏骤停	单细胞RNA测序、免疫荧光、流式细胞术、ELISA、组织病理染色	大鼠心脏骤停/心肺复苏模型、原代小胶质细胞OGD/R模型	基因表达数据、行为学数据、细胞学数据	未明确说明具体数量的大鼠和细胞样本
351	2025-07-09	Unveiling PANoptosis in Acute Kidney Injury: An Integrative Multi-Dimensional Approach to Identify Key Biomarkers 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S525222 PMID:40620603	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和转录组数据，结合机器学习算法，识别了与急性肾损伤（AKI）中PANoptosis相关的五个关键基因	首次在AKI中研究了PANoptosis的作用，并识别了五个关键基因作为潜在的生物标志物	研究结果需要进一步的临床验证，以确认这些生物标志物在人类AKI中的适用性	探究PANoptosis在急性肾损伤（AKI）中的具体作用及其相关生物标志物	急性肾损伤（AKI）患者和动物模型	生物信息学	急性肾损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和转录组数据分析	机器学习算法	RNA测序数据	未明确提及样本数量，但包括AKI患者和动物模型数据
352	2025-07-09	Integrating single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq and network pharmacology reveals protective effect of salidroside in peritoneal dialysis-associated peritoneal fibrosis 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1558366 PMID:40620673	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、批量RNA测序和网络药理学分析，探讨了红景天苷在腹膜透析相关腹膜纤维化中的保护作用及其机制	首次探索红景天苷在腹膜透析诱导的腹膜纤维化中的治疗潜力，并整合多种组学技术揭示其作用机制	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果尚需进一步验证	探究红景天苷对腹膜透析相关腹膜纤维化的保护作用及其分子机制	腹膜透析诱导的腹膜纤维化小鼠模型	网络药理学	腹膜纤维化	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
353	2025-07-09	Prognostic implications of high- OXPHOS macrophages in gastric cancer: a single-cell transcriptomics and tumor microenvironment communication study 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1533990 PMID:40620715	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析胃癌肿瘤微环境，揭示了高OXPHOS巨噬细胞的作用并建立了一个新的预后标志物	首次基于高OXPHOS巨噬细胞建立胃癌预后标志物，并鉴定出NPC2、LY96和TPP1等关键巨噬细胞表达标记物	研究样本量相对有限，且仅基于公开数据库数据	解析胃癌肿瘤微环境的单细胞转录组学特征，建立预后标志物	胃癌患者肿瘤组织和正常胃组织	数字病理学	胃癌	单细胞测序	NA	转录组数据	435例胃癌患者
354	2025-07-09	BCMA: An integrative and versatile database for multi-scale and multi-omics molecular atlas of breast cancer 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.06.031 PMID:40621063	研究论文	介绍了一个名为BCMA的多尺度、多组学乳腺癌分子图谱数据库，旨在促进乳腺癌的精准治疗研究	整合了多种组学数据和单细胞转录组数据，提供了一个用户友好的基因中心搜索界面，支持多种分析功能	未提及具体的技术验证或独立数据集的验证结果	建立一个综合的、多尺度的乳腺癌分子图谱数据库，以促进对乳腺癌分子特征的理解和生物标志物的发现	乳腺癌患者的多组学数据和单细胞转录组数据	数字病理学	乳腺癌	多组学分析、单细胞转录组测序	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据、临床数据	5424例病例和236,363个细胞
355	2025-07-08	Characterization of T-bet expressing B cells in lupus patients indicates a putative prognostic and therapeutic value of these cells for the disease 2025-Jan-21, Clinical and experimental immunology IF:3.4Q3 DOI:10.1093/cei/uxaf008 PMID:39918986	研究论文	本研究探讨了T-bet+ B细胞在系统性红斑狼疮（SLE）患者中的预后和治疗价值	首次提出T-bet+ B细胞可作为SLE疾病严重程度的预后生物标志物，并可能成为新的治疗靶点	样本量较小（10名健康捐赠者和22名活动性SLE患者），需要更大规模的研究验证	研究T-bet+ B细胞在系统性红斑狼疮中的预后和治疗潜力	系统性红斑狼疮（SLE）患者和健康捐赠者的外周血样本	免疫学	系统性红斑狼疮	流式细胞术、全血培养实验、scRNA-seq数据分析	NA	流式细胞数据、scRNA-seq数据	10名健康捐赠者和22名活动性SLE患者
356	2025-07-06	Identification of prognostic biomarkers related to epithelial-mesenchymal transition and anoikis in hepatocellular carcinoma using transcriptomics and single-cell sequencing 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1600546 PMID:40612108	研究论文	本研究通过转录组学和单细胞测序技术，探索了上皮-间质转化（EMT）和失巢凋亡相关基因在肝细胞癌（HCC）中的作用，并鉴定了五个预后生物标志物	首次结合EMT和失巢凋亡相关基因，利用单细胞RNA测序和多种生物信息学分析方法，鉴定了五个新的HCC预后生物标志物	研究结果需要进一步实验验证，且样本来源有限（主要依赖公共数据库）	探索EMT和失巢凋亡相关基因在HCC中的作用机制并寻找预后生物标志物	肝细胞癌（HCC）患者样本	生物信息学	肝癌	单细胞RNA测序, RT-qPCR, WGCNA	风险评分模型, 列线图	转录组数据, 单细胞测序数据	TCGA-HCC、ICGC-LIPI-JP和GSE149614数据集中的HCC样本
357	2025-07-06	Recent advances in biomarker detection of oral squamous cell carcinoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1597086 PMID:40612351	综述	本文全面探讨和评估了口腔鳞状细胞癌生物标志物检测的前沿技术及其未来发展潜力	综述了包括单细胞测序、空间转录组学、纳米孔测序、生物传感器技术和人工智能等新兴技术在生物标志物检测中的应用	存在临床验证缺口、高实施成本和分析复杂性等可扩展性障碍	提高口腔鳞状细胞癌的早期检测率，改善患者预后和生活质量	口腔鳞状细胞癌的生物标志物	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞测序、空间转录组学、纳米孔测序、生物传感器技术、人工智能	NA	NA	NA
358	2025-07-06	A novel, rapid, and practical prognostic model for sepsis patients based on dysregulated immune cell lactylation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1625311 PMID:40612938	研究论文	本研究基于免疫细胞乳酸化修饰失调，开发了一种新型、快速且实用的脓毒症患者预后模型	首次系统揭示了乳酸化修饰在脓毒症进展中的动态变化模式，并构建了首个基于乳酸化相关枢纽基因的预后预测模型	模型验证仅采用单中心前瞻性队列（N=51），需要更大规模多中心研究进一步验证	探索脓毒症进程中乳酸化修饰的动态变化并开发预后预测模型	脓毒症患者的血液转录组数据和单细胞RNA测序数据	生物信息学	脓毒症	单细胞RNA测序、机器学习算法、伪时间轨迹重建	基于k-means聚类和机器学习算法的预后模型	转录组数据	训练队列未明确样本量，验证队列包含51例脓毒症患者
359	2025-07-06	Applications and Prospects of Single-Cell RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics in Cervical Cancer 2025, BioMed research international IF:2.6Q3 DOI:10.1155/bmri/1532745 PMID:40612935	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）在宫颈癌研究中的最新进展及其应用前景	探讨了scRNA-seq和ST技术在揭示宫颈癌异质性、肿瘤微环境、肿瘤进化轨迹及治疗抗性机制方面的创新应用	未提及具体实验数据或样本量的限制	旨在通过scRNA-seq和ST技术更深入地理解宫颈癌的异质性和肿瘤微环境，以开发更有效的治疗和预防策略	宫颈癌（CC）及其肿瘤微环境（TME）	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	NA
360	2025-07-06	Bridging aging, immunity, and atherosclerosis: novel insights into senescence-related genes 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1557266 PMID:40612944	研究论文	该研究通过RNA测序和单细胞RNA测序数据，结合机器学习算法，识别了与衰老相关的基因作为动脉粥样硬化的生物标志物，并探讨了这些基因在免疫细胞浸润和巨噬细胞分化中的作用	首次结合多种机器学习算法（LASSO、SVM和RF）筛选衰老相关基因，并通过单细胞RNA测序构建AS斑块的细胞图谱，揭示了衰老血管细胞与巨噬细胞的互作机制	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于小鼠模型，人类样本的临床验证不足	探索衰老相关基因在动脉粥样硬化中的作用及其作为诊断标志物的潜力	人类组织RNA测序数据和小鼠主动脉斑块	生物信息学	心血管疾病	RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫荧光	LASSO、SVM、RF	RNA测序数据、单细胞数据	未明确说明人类样本数量，使用ApoE-/- AS小鼠模型