单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
341	2025-05-21	IL7-IL7R Interaction Mediates Fibroblast-Driven Macrophage-to-Osteoclast Differentiation in Periodontitis 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S524284 PMID:40386183	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和实验验证，揭示了IL7R+巨噬细胞在牙周炎中作为破骨细胞前体的作用及其调控机制	首次发现IL7R+巨噬细胞亚群具有显著的破骨细胞分化潜能，并阐明IL7/IL7R信号轴在其中的关键作用	NA	鉴定牙周炎中具有破骨细胞生成潜能的巨噬细胞亚群及其调控机制	人类和小鼠牙周炎样本中的巨噬细胞和单核细胞	免疫学	牙周炎	单细胞RNA测序、酶联免疫吸附试验、TRAP染色、micro-CT、qPCR、流式细胞术、免疫荧光染色	机器学习模型	单细胞RNA测序数据	NA
342	2025-05-21	Single-Cell and Spatial Transcriptomics Explore Purine Metabolism-Related Prognostic Risk Model and Tumor Immune Microenvironment Modulation in Ovarian Cancer 2025, Human mutation IF:3.3Q2 DOI:10.1155/humu/5530325 PMID:40386292	研究论文	本研究利用单细胞和空间转录组学探索嘌呤代谢相关的预后风险模型及卵巢癌肿瘤免疫微环境调控	首次构建基于12个嘌呤代谢相关基因的预后模型，并发现NME6+上皮细胞高表达组与更好的预后相关	研究依赖于公共数据集，缺乏独立队列验证	探索嘌呤代谢在卵巢癌预后及免疫微环境调控中的作用	卵巢癌患者样本及细胞系	数字病理学	卵巢癌	单细胞测序，空间转录组学，RT-qPCR	LASSO回归模型	基因表达数据	来自不同公共数据集的样本，具体数量未明确说明
343	2025-05-20	Exploring the comorbidity mechanisms between atherosclerosis and hashimoto's thyroiditis based on microarray and single-cell sequencing analysis 2025-01-13, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85112-0 PMID:39805933	研究论文	通过微阵列和单细胞测序分析探索动脉粥样硬化与桥本甲状腺炎之间的共病机制	首次通过整合微阵列和单细胞测序数据，识别了PTPRC和TYROBP作为动脉粥样硬化与桥本甲状腺炎共病的关键潜在生物标志物和治疗靶点	研究依赖于公开数据集，缺乏实验验证，且样本量有限	探索动脉粥样硬化与桥本甲状腺炎之间的共病机制	动脉粥样硬化与桥本甲状腺炎患者基因表达数据	生物信息学	动脉粥样硬化, 桥本甲状腺炎	微阵列, 单细胞测序, WGCNA, CIBERSORT	Limma, cytoHubba	基因表达数据	来自GEO数据库的多个数据集
344	2025-05-20	Central control of dynamic gene circuits governs T cell rest and activation 2025-Jan, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08314-y PMID:39663454	研究论文	该研究通过CRISPR筛选和单细胞转录组学，揭示了MED12在调控T细胞静息和激活状态动态基因回路中的核心作用	首次在多种原代人类CD4 T细胞环境中进行CRISPR筛选，发现MED12作为动态调控枢纽控制不同T细胞状态的特异性调控网络	研究主要聚焦于IL-2Rα调控网络，可能未完全涵盖T细胞状态转换的所有调控机制	揭示T细胞在不同状态下动态基因调控回路的分子机制	原代人类CD4 T细胞	免疫学	免疫相关疾病	CRISPR筛选、单细胞转录组学、免疫沉淀-质谱分析	NA	基因表达数据、蛋白质互作数据	多种原代人类CD4 T细胞环境
345	2025-05-19	Infants display reduced NK cell responses in RSV and increased inflammatory responses in SARS-CoV-2 infections 2025-Jan-13, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5640872/v1 PMID:39877087	研究论文	该研究通过单细胞转录组学、表观基因组学和细胞因子分析，比较了婴儿在RSV和SARS-CoV-2感染中的免疫反应差异	揭示了RSV和SARS-CoV-2感染在婴儿中引发的不同免疫反应模式，特别是NK细胞反应和炎症反应的差异	样本量相对较小（RSV 19例，SARS-CoV-2 30例，健康对照17例），且仅分析了血液样本	比较婴儿在RSV和SARS-CoV-2感染中的免疫反应差异	婴儿（中位年龄2.3个月）的血液样本	免疫学	呼吸道感染	单细胞转录组学、表观基因组学、细胞因子分析	NA	单细胞转录组数据、表观基因组数据、细胞因子数据	RSV感染19例，SARS-CoV-2感染30例，健康对照17例
346	2025-05-18	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Macrophage Dynamics During MASH in Leptin-Deficient Rats 2025-01-10, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14020096 PMID:39851524	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了瘦素缺陷大鼠在代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）过程中巨噬细胞的动态变化	首次在大鼠模型中详细描述了MASH期间肝巨噬细胞的动态变化，包括M1到M2的独特转变及Cd163的表达特征	研究仅基于瘦素缺陷大鼠模型，结果可能不适用于其他MASH模型或人类疾病	探究大鼠MASH模型中肝巨噬细胞的动态变化及其在疾病发展中的作用	瘦素缺陷大鼠的肝组织	数字病理学	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	16周龄瘦素缺陷大鼠的肝组织
347	2025-05-18	Immune Gene Expression Profiling in Individuals with Turner Syndrome, Graves' Disease, and a Healthy Female by Single-Cell RNA Sequencing: A Comparative Study 2025-01-10, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14020093 PMID:39851522	研究论文	通过单细胞RNA测序比较特纳综合征患者、健康女性和Graves病女性患者的免疫基因表达差异	首次使用scRNA-seq技术比较特纳综合征患者与健康女性及Graves病患者的免疫基因表达差异，并鉴定出43个差异表达基因	样本量较小，仅包括一名特纳综合征患者、一名健康女性和一名Graves病患者	分析特纳综合征患者与健康女性及Graves病患者之间免疫基因表达的差异	特纳综合征患者、健康女性和Graves病女性患者的抗原特异性CD4(+) T细胞	基因组学	特纳综合征, Graves病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	3名个体（1名特纳综合征患者、1名健康女性、1名Graves病患者）
348	2025-05-18	Temporal evolution of fibroblast responses following salivary gland ductal ligation injury 2025, Frontiers in dental medicine IF:1.5Q3 DOI:10.3389/fdmed.2025.1581376 PMID:40375832	research paper	研究唾液腺导管结扎损伤后成纤维细胞反应的时序演变	通过单细胞RNA测序和通路分析，识别了三种独特的成纤维细胞群，并确定了主要的损伤响应纤维化细胞类型	研究仅关注了7天内的反应，未涉及长期纤维化机制	理解成纤维细胞在损伤早期和后期的反应，以促进开发减少纤维化和促进腺体再生的治疗方法	唾液腺中的成纤维细胞	生物医学研究	Sjögren's Disease	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
349	2025-05-18	Integrative single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing reveals the characteristics of glutathione metabolism and protective role of GSTA4 gene in pancreatic cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1571431 PMID:40375987	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序和大块RNA测序数据，揭示了胰腺癌中谷胱甘肽代谢的特征以及GSTA4基因的保护作用	首次在胰腺癌中系统分析了谷胱甘肽代谢相关基因的预后意义，并实验验证了GSTA4基因的肿瘤抑制作用	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外实验	探究谷胱甘肽代谢相关基因在胰腺癌中的预后意义并识别关键分子靶点	胰腺癌组织和细胞	digital pathology	pancreatic cancer	single-cell RNA sequencing, bulk RNA sequencing	NA	RNA-seq data	930例胰腺癌患者样本
350	2025-05-18	Integrating single-cell sequencing and transcriptome analysis to unravel the mechanistic role of sialylation-related genes in sepsis-induced acute respiratory distress syndrome 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1528769 PMID:40375981	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和转录组分析，探讨了唾液酸化相关基因在脓毒症诱导的急性呼吸窘迫综合征（ARDS）中的机制作用	首次将单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据与转录组分析相结合，揭示了CD19和GPR65作为关键基因在脓毒症诱导的ARDS中的作用，并确定了CD14单核细胞（CD14Mono）为关键细胞类型	研究依赖于公开数据集和有限的临床样本，可能影响结果的普遍性	探讨唾液酸化相关基因在脓毒症诱导的ARDS中的分子机制	脓毒症诱导的急性呼吸窘迫综合征（ARDS）患者	生物信息学	急性呼吸窘迫综合征	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、机器学习	列线图模型（nomogram model）	基因表达数据	三个公开数据集（GSE32707、GSE66890、GSE151263）及临床样本
351	2025-05-18	Integrative multi-omics and Mendelian randomization analysis reveal SPP1+ tumor-associated macrophage-driven prognostic signature for hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1594610 PMID:40376263	研究论文	本研究通过整合多组学和孟德尔随机化分析，揭示了SPP1+肿瘤相关巨噬细胞驱动的肝细胞癌预后特征	首次构建了基于SPP1+ TAMs相关基因的风险评分模型(STRS)，用于预测肝细胞癌患者的总体生存率	研究结果需要进一步在更大规模的前瞻性队列中进行验证	探索SPP1+肿瘤相关巨噬细胞在肝细胞癌中的预后意义并构建预测模型	肝细胞癌患者	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、孟德尔随机化(MR)分析、LASSO回归	STRS风险评分模型	基因表达数据	TCGA和GEO数据库中的肝细胞癌患者队列
352	2025-05-18	Tumor-microenvironment and molecular biology of classic Hodgkin lymphoma in children, adolescents, and young adults 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1515250 PMID:40376590	综述	本文综述了儿童、青少年和年轻成人经典霍奇金淋巴瘤（cHL）的肿瘤微环境（TME）和分子生物学特性，强调了近期在cHL生物学理解、年龄差异和生物标志物开发方面的突破	利用单细胞测序和多路空间成像技术揭示了TME组成和功能的年龄相关差异，并开发了年龄特异性预后指标	NA	解析cHL的肿瘤微环境及其年龄相关差异，以促进生物标志物驱动的靶向治疗开发	儿童、青少年和年轻成人（AYAs）的经典霍奇金淋巴瘤（cHL）	肿瘤生物学	经典霍奇金淋巴瘤	单细胞测序、多路空间成像	NA	分子生物学数据、成像数据	NA
353	2025-05-17	Stratification of enterochromaffin cells by single-cell expression analysis 2025-Jan-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.08.24.554649 PMID:37662229	研究论文	通过单细胞表达分析对肠嗜铬细胞进行分层	整合单细胞转录组学和空间图像分析，识别出14个沿肠道拓扑组织的EC细胞簇，并发现具有不同转录因子和激素表达的亚型	EC细胞功能多样性的分子和细胞基础尚未完全阐明	研究肠嗜铬细胞的功能多样性及其在肠道动态平衡中的作用	肠嗜铬细胞（EC细胞）	单细胞生物学	NA	单细胞转录组学、空间图像分析、遗传学、化学遗传学和药理学方法	NA	单细胞转录组数据、图像数据	NA
354	2025-05-17	CENPF as a Potential Biomarker Associated with the Immune Microenvironment of Renal Cancer 2025 Jan-Dec, Technology in cancer research & treatment IF:2.7Q3 DOI:10.1177/15330338251330791 PMID:40165474	研究论文	本研究探讨了CENPF作为肾癌潜在预后生物标志物的作用及其与肿瘤免疫微环境的关系	首次将CENPF与肾癌免疫微环境调控联系起来，并验证其作为预后生物标志物的潜力	研究主要基于TCGA数据库的回顾性分析，需要进一步前瞻性研究验证	寻找肾癌预后生物标志物并探索其与免疫微环境的关系	肾癌患者（包括KIRC、KICH和KIRP亚型）	肿瘤免疫学	肾癌	qPCR、单细胞测序、CIBERSORT算法	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	TCGA数据库样本及GSE159115单细胞数据集
355	2025-05-17	T-cell receptors identified by a personalized antigen-agnostic screening approach target shared neoantigen KRAS Q61H 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1509855 PMID:40165973	研究论文	提出了一种个性化抗原无关筛选方法，识别针对共享新抗原KRAS Q61H的T细胞受体	开发了一种不依赖已知抗原的肿瘤特异性T细胞克隆型识别方法，并验证了其针对KRAS Q61H突变的治疗效果	样本量较小（7名NSCLC患者），且仅验证了部分预测的肿瘤特异性克隆型	开发一种抗原无关的方法来识别肿瘤特异性T细胞受体，以推进实体瘤的过继性细胞治疗	非小细胞肺癌（NSCLC）患者的肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）和邻近组织驻留淋巴细胞	免疫治疗	非小细胞肺癌	scRNA-Seq, TCRβ-chain repertoire分析, TCR-T细胞工程	NA	基因表达数据, TCR序列数据	7名NSCLC患者
356	2025-05-17	Enhancing pancreatic cancer treatment: the role of H101 oncolytic virus in irreversible electroporation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1546242 PMID:40170848	研究论文	本研究探讨了H101溶瘤病毒与不可逆电穿孔（IRE）联合治疗胰腺癌的效果及其机制	首次提出将H101溶瘤病毒作为IRE治疗的补充手段，通过激活JNK-MAPK通路增强治疗效果	研究主要基于细胞实验和小鼠模型，尚未进行人体临床试验	提高胰腺癌治疗效果	胰腺癌细胞和小鼠皮下肿瘤模型	肿瘤治疗	胰腺癌	bulk RNA-seq, scRNA-seq	小鼠皮下肿瘤模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量
357	2025-05-17	Single-cell sequencing in non-obstructive azoospermia: insights from primary and re-analysis studies 2025, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2025.1539063 PMID:40177631	综述	本文系统评价了10项原发性研究和22项二次研究，探讨单细胞测序在非梗阻性无精子症中的应用及其分子机制	整合了原发性与二次分析研究，揭示了转录调控因子、RNA转录、内分泌干扰物和微管细胞骨架在精子发生障碍中的新作用	缺乏将单细胞研究成果转化为临床应用的深入讨论	探讨单细胞测序在非梗阻性无精子症研究中的应用及其分子机制	人类睾丸组织中的生殖细胞、支持细胞和间质细胞	数字病理学	男性不育症	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	10项原发性研究和22项二次研究的数据
358	2025-05-17	Integrating bulk and single-cell RNA sequencing reveals SH3D21 promotes hepatocellular carcinoma progression by activating the PI3K/AKT/mTOR pathway 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0302766 PMID:40179068	研究论文	本研究通过整合大量和单细胞RNA测序数据，揭示了SH3D21通过激活PI3K/AKT/mTOR通路促进肝细胞癌进展的机制	首次揭示了SH3D21作为新型遗传生物标志物在肝细胞癌中的表达和功能，并阐明其通过PI3K/AKT/mTOR通路促进肿瘤进展的机制	研究主要基于公共数据库和体外实验，缺乏体内实验验证	探究SH3D21在肝细胞癌中的表达特征、临床意义及其促癌机制	肝细胞癌患者样本和癌细胞系	癌症基因组学	肝细胞癌	RNA测序（bulk和单细胞）、qRT-PCR、CCK-8实验、集落形成实验、Western blot	NA	RNA测序数据、实验数据	来自TCGA、ICGC和GEO数据库的样本数据
359	2025-05-17	Predicting and comparing transcription start sites in single cell populations 2025, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012878 PMID:40179341	研究论文	该研究开发了一个名为scTSS的计算流程，用于预测和比较单细胞群体中的转录起始位点（TSS）	scTSS能够同时处理配对端和单端5'单细胞RNA测序数据，并进行差异TSS使用分析	当前方法主要针对配对端数据，对单端数据的潜力开发不足	开发一个计算流程来预测和比较单细胞群体中的转录起始位点	单细胞RNA测序数据中的转录起始位点	生物信息学	NA	5'单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Binomial广义线性混合模型	RNA测序数据	两种不同疾病的单细胞数据
360	2025-05-17	Unraveling the spatial and signaling dynamics and splicing kinetics of immune infiltration in osteoarthritis synovium 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1521038 PMID:40181977	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，揭示了骨关节炎滑膜中免疫浸润的空间动态、剪接动力学和信号通路	首次构建了骨关节炎滑膜的空间和转录图谱，鉴定了驱动免疫浸润的关键基因和转录因子，并提出了潜在的治疗药物	样本量相对较小（8例OA和4例健康样本），需要在更大队列中验证发现	解析骨关节炎滑膜中免疫浸润的空间动态和分子机制	骨关节炎患者和健康对照的滑膜组织	数字病理	骨关节炎	scRNA-seq, 空间转录组学, Spatrio, STT分析, NMF, CellPhoneDB, pyLIGER	空间转移张量(STT), 非负矩阵分解(NMF)	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	12例样本（8例OA患者和4例健康对照）