单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2025-05-23	Self and parasite-derived peptides selected upon DERAA-bearing HLA-DRB1 alleles activate CD4+ T cells from Chagas cardiomyopathy patients and are associated with ventricular dysfunction 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1527115 PMID:40391216	研究论文	该研究探讨了特定HLA-DRB1等位基因与恰加斯心肌病严重临床表现的关联，以及这些等位基因如何通过激活CD4+ T细胞参与心肌病的病理过程	发现携带DERAA基序的HLA-DRB1等位基因与恰加斯心肌病的严重临床表现相关，并揭示了这些等位基因通过激活CD4+ T细胞参与病理过程的机制	研究样本可能有限，且未涵盖所有可能的HLA-DRB1等位基因	探究特定HLA-DRB1等位基因在恰加斯心肌病病理过程中的作用	恰加斯心肌病患者（心脏型CCC和不确定型IND）的CD4+ T细胞	免疫学	恰加斯心肌病	计算分析、体外功能实验、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、肽段序列数据	恰加斯心肌病患者（包括CCC和IND）的CD4+ T细胞样本
322	2025-05-23	Comprehensive Single-Cell RNA Sequencing Analysis of Cervical Cancer: Insights Into Tumor Microenvironment and Gene Expression Dynamics 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/5027347 PMID:40395456	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析宫颈癌的肿瘤微环境和基因表达动态	利用scRNA-seq技术揭示了宫颈癌的细胞异质性和基因表达动态，识别了与肿瘤进展相关的关键基因	未明确提及样本量是否足够大以覆盖所有亚型，以及是否进行了实验验证	探索宫颈癌的细胞异质性和基因表达动态，以寻找潜在的治疗靶点	宫颈癌样本	数字病理学	宫颈癌	scRNA-seq, 高级生物信息学工具	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
323	2025-05-23	Pan-cancer analysis of phagocytosis regulators in female-specific cancers: a focus on HMGB2 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1565924 PMID:40396172	research paper	该研究通过公共数据库分析，探讨了吞噬作用调节因子在女性特异性癌症中的作用，特别关注HMGB2的功能	首次全面分析了吞噬作用调节因子在女性特异性癌症中的表达、突变及功能，并验证了HMGB2在肿瘤细胞行为中的关键作用	研究主要基于公共数据库分析，实验验证部分仅限于体外实验，缺乏体内实验数据	探讨吞噬作用调节因子在女性特异性癌症中的作用，为开发有效治疗策略提供依据	女性特异性癌症（如乳腺癌、宫颈癌、卵巢癌和子宫内膜癌）中的吞噬作用调节因子	digital pathology	female-specific cancers	公共数据库分析、DNA甲基化分析、单细胞测序、体外实验	NA	genomic data, methylation data, single-cell sequencing data	基于公共数据库的多癌症样本分析，具体数量未明确说明
324	2025-05-23	Integrative single-cell and spatial transcriptomics analysis reveals MDK-NCL pathway's role in shaping the immunosuppressive environment of lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1546382 PMID:40396179	研究论文	通过整合单细胞和空间转录组学分析，揭示了MDK-NCL通路在肺腺癌免疫抑制微环境形成中的作用	首次揭示了MDK-NCL信号通路在肺腺癌免疫抑制微环境中的关键作用，并提出了其作为潜在治疗靶点的可能性	研究主要基于公共数据集和有限的自有样本，需要更大规模的临床验证	探究肺腺癌肿瘤微环境的细胞组成及MDK-NCL信号通路的作用	肺腺癌肿瘤微环境中的细胞群	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 空间转录组学(ST), 批量RNA测序(bulk RNA-seq)	Seurat, inferCNV	RNA测序数据	TCGA-LUAD队列和内部队列样本
325	2025-05-23	Application of Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes by Sequencing (CITE-Seq) to Precisely Dissect the Brain Tumor Immune Microenvironment 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4558-1_3 PMID:40402445	研究论文	本文探讨了CITE-Seq技术在精确解析脑肿瘤免疫微环境中的应用	利用CITE-Seq技术同时获取单细胞的转录组和表面蛋白信息，为细胞表型和功能研究提供了新方法	未提及具体样本量或实验设计的局限性	研究脑肿瘤免疫微环境的细胞组成和相互作用	脑肿瘤微环境中的恶性细胞、免疫细胞、星形胶质细胞和其他基质细胞	数字病理学	脑肿瘤	CITE-Seq, scRNAseq	NA	转录组数据、蛋白质组数据	NA
326	2025-05-23	Immune Single-Cell Annotation by Molecular Signature-Based Deconvolution with MIXTURE 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4558-1_13 PMID:40402455	研究论文	本文提出了一种基于MIXTURE算法的单细胞RNA测序数据注释协议，用于提高肿瘤免疫微环境中细胞类型识别的准确性	使用v-SVR反卷积算法MIXTURE，解决了无监督注释方法的局限性，提供了更精确和细致的细胞类型注释	仅应用于黑色素瘤的单细胞RNA测序数据集，未在其他类型的数据集上验证	优化免疫治疗策略，解析肿瘤免疫微环境	单细胞RNA测序数据集中的细胞类型	数字病理学	黑色素瘤	scRNA-seq	v-SVR	RNA测序数据	一个已注释的黑色素瘤scRNA-seq数据集
327	2025-05-22	Mapping Human Uterine Disorders Through Single-Cell Transcriptomics 2025-01-21, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14030156 PMID:39936948	research paper	该研究通过单细胞转录组学技术探索人类子宫疾病的细胞异质性和分子机制	利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术揭示了子宫疾病中的关键细胞类型、信号通路和阶段特异性动态	面临可扩展性和可重复性等挑战	研究子宫疾病的细胞和分子基础，以发现生物标志物和治疗靶点	子宫内膜异位症、腺肌症、子宫内膜癌和子宫肌瘤等子宫疾病	digital pathology	gynecological disease	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics	NA	RNA-seq data	NA
328	2025-05-22	Liver X receptor unlinks intestinal regeneration and tumorigenesis 2025-Jan, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08247-6 PMID:39567700	研究论文	本研究通过RNA测序数据集挖掘和多种实验方法，发现肝脏X受体（LXR）通路激活作为组织对损伤的适应性反应，能够相互调节肠道再生和肿瘤发生	首次揭示了LXR通路在肠道损伤修复和肿瘤发生中的双重调节作用，并发现CYP27A1酶在这一过程中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探索肠道再生与肿瘤发生之间的分子调控机制	肠道上皮细胞和结直肠癌	分子生物学	结直肠癌	RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序、肠道类器官培养、功能获得和缺失实验	NA	基因表达数据	两种肠道损伤模型和人类结直肠癌标本
329	2025-05-22	A research protocol for a prospective, multicenter, cohort study on interferon therapy for chronic hepatitis B combined with metabolism-associated fatty liver disease to achieve clinical cure 2025, Frontiers in public health IF:3.0Q2 DOI:10.3389/fpubh.2025.1546182 PMID:40161022	研究论文	一项前瞻性、多中心、队列研究，探讨聚乙二醇干扰素治疗慢性乙型肝炎合并代谢相关脂肪性肝病以实现临床治愈的效果	填补了慢性乙型肝炎合并代谢相关脂肪性肝病患者治疗策略的空白，并探讨了MAFLD对HBsAg清除的影响及免疫学机制	干扰素治疗常伴随副作用，可能降低患者依从性，影响长期随访和结果监测；MAFLD人群的异质性可能对干扰素治疗的疗效产生不同影响	评估聚乙二醇干扰素治疗慢性乙型肝炎合并代谢相关脂肪性肝病的疗效和安全性，并探讨MAFLD对HBsAg清除的影响	慢性乙型肝炎患者（HBsAg <1,500 IU/mL，HBeAg阴性，HBV DNA <10 IU/mL）及合并代谢相关脂肪性肝病的患者	临床医学	慢性乙型肝炎、代谢相关脂肪性肝病	单细胞转录组测序技术	NA	临床数据、转录组数据	多中心设计，具体样本量未明确提及
330	2025-05-22	TNFRSF12A expression in stomach adenocarcinoma and its preliminary role in predicting immunotherapy response 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1578068 PMID:40391219	研究论文	本研究探讨了TNFRSF12A在胃腺癌中的表达模式及其在预测免疫治疗反应中的初步作用	揭示了TNFRSF12A在胃腺癌中的高表达及其与免疫治疗反应的关系，为胃腺癌的个性化治疗提供了新思路	TNFRSF12A表达与临床特征无显著差异，研究样本来源有限	研究TNFRSF12A在胃腺癌中的表达模式及其在免疫治疗反应预测中的作用	胃腺癌(STAD)	肿瘤学	胃腺癌	scRNA-seq, TIDE评分, TMB分析, 体外实验	NA	基因表达数据, 单细胞数据	来自TCGA、GEO和GEPIA的数据集，体外实验使用胃腺癌细胞
331	2025-05-22	Single-cell and multi-omics integration reveals cholesterol biosynthesis as a synergistic target with HER2 in aggressive breast cancer 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.04.030 PMID:40391299	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和多组学分析，揭示了胆固醇生物合成与HER2在侵袭性乳腺癌中的协同作用，并提出了针对这两个通路的联合治疗策略	开发了一个整合计算框架，结合scRNA-seq和多组学分析，首次发现胆固醇生物合成与HER2表达的显著相关性，并验证了联合靶向这两个通路的协同治疗效果	研究主要基于计算分析和体外实验，需要进一步的体内实验和临床试验验证	解码乳腺癌的分子机制并识别新的治疗靶点	乳腺癌患者的恶性细胞亚群	计算生物学	乳腺癌	scRNA-seq, 多组学分析	NA	基因表达谱, 蛋白质组数据, 药物处理评分, 细胞表面HER2强度测量	NA
332	2025-05-21	Single-Cell RNA Sequencing on Formalin-Fixed and Paraffin-Embedded (FFPE) Tissue Identified Multi-Ciliary Cells in Breast Cancer 2025-01-29, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14030197 PMID:39936988	研究论文	评估福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本和新鲜固定（FF）样本在单细胞RNA测序（scRNAseq）中的适用性	首次在乳腺癌中鉴定并验证了多纤毛肿瘤细胞（MCCs）这一先前认知不足的亚群	仅分析了两种乳腺癌亚型（IDC和ILC）的四个样本，样本量有限	评估FFPE和FF样本在scRNAseq中的适用性，并探索乳腺癌细胞亚群	乳腺癌组织样本（包括IDC和ILC）	数字病理学	乳腺癌	scRNAseq, IHC, FISH, 电子显微镜	NA	RNA测序数据, 图像数据	4个乳腺癌样本（2种亚型）用于主要分析，214个ER阳性浸润性癌用于FOXJ1验证
333	2025-05-21	Smooth Muscle Cells and Fibroblasts in the Proximal Thoracic Aorta Exhibit Minor Differences Between Embryonic Origins in Angiotensin II-driven Transcriptional Alterations 2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.23.610985 PMID:39896657	研究论文	研究探讨了血管紧张素II（AngII）对近端胸主动脉中平滑肌细胞和成纤维细胞的转录组影响，并比较了不同胚胎起源细胞的差异	揭示了AngII诱导的转录组变化在不同胚胎起源的平滑肌细胞和成纤维细胞中的差异，并发现了一个新的成纤维细胞亚群	研究仅关注了AngII诱导的胸主动脉病变的病理前期阶段，未涉及更长期的病理变化	探究AngII对不同胚胎起源的平滑肌细胞和成纤维细胞转录组的影响	近端胸主动脉中的平滑肌细胞和成纤维细胞	心血管疾病	胸主动脉病变	单细胞RNA测序	Mef2c-Cre R26R mT/mG小鼠模型	转录组数据	未明确提及具体样本数量，但使用了Mef2c-Cre R26R mT/mG小鼠
334	2025-05-21	A panoramic view of cell population dynamics in mammalian aging 2025-Jan-17, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adn3949 PMID:39607904	研究论文	本文通过单细胞转录组图谱PanSci，揭示了哺乳动物衰老过程中细胞群体动力学的全景视图	提出了PanSci单细胞转录组图谱，分析了超过2000万细胞，揭示了3000多种细胞状态和200多个与衰老相关的细胞群体，发现了器官、谱系和性别特异性的细胞动力学变化	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类衰老过程	阐明衰老相关的细胞群体动力学	小鼠组织中的细胞群体	单细胞组学	衰老相关疾病	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	超过2000万细胞，来自623个小鼠组织样本
335	2025-05-21	Cholecystokinin (CCK) Is a Mediator Between Nutritional Intake and Gonadal Development in Teleosts 2025-01-08, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14020078 PMID:39851506	research paper	该研究探讨了胆囊收缩素（CCK）在鱼类营养摄入与性腺发育之间的中介作用	首次发现CCK通过下丘脑-垂体-性腺（HPG）轴调控鱼类繁殖，并揭示了CCK对GnRH3和FSH的刺激作用	研究主要基于草鱼模型，结果在其他鱼类中的普适性尚需验证	阐明营养摄入影响性腺发育的分子机制	草鱼的下丘脑-垂体-性腺轴	NA	NA	单细胞RNA测序、原代细胞培养	NA	基因表达数据	NA
336	2025-05-21	Comprehensive Analysis Identifies THEMIS2 as a Potential Prognostic and Immunological Biomarker in Glioblastoma 2025-01-07, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14020066 PMID:39851494	research paper	该研究首次将THEMIS2鉴定为胶质母细胞瘤中肿瘤相关巨噬细胞介导的免疫抑制的关键调控因子	首次发现THEMIS2在胶质母细胞瘤免疫抑制中的关键作用，并证实其与患者预后不良和免疫细胞浸润增加相关	未提及研究样本量大小，且需要进一步实验验证THEMIS2作为治疗靶点的可行性	探索胶质母细胞瘤免疫逃逸机制并寻找新的预后标志物和治疗靶点	胶质母细胞瘤患者样本和肿瘤微环境中的免疫细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
337	2025-05-21	Skeletal stem/progenitor cell-derived rather than osteoblast-derived IGF2 supports the development and homeostasis of skeletal system via STAT3 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.112605 PMID:40384861	research paper	该研究揭示了骨骼干细胞/祖细胞（SSPCs）而非成骨细胞来源的IGF2通过STAT3信号支持骨骼系统的发育和稳态	首次明确了SSPCs来源的IGF2在骨骼发育中的作用机制，并发现STAT3的药理激活可逆转骨骼畸形	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床中验证	探究IGF2基因在骨骼发育和稳态中的作用机制	小鼠模型和骨髓间充质干细胞（BMSCs）	分子生物学	骨骼畸形（Silver-Russell Syndrome）	scRNA-seq, RNA-seq	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	多种基因敲除小鼠模型及其BMSCs
338	2025-05-21	Single-cell RNA sequencing of adult primate neocortex reveals the regulatory dynamics of neural plasticity 2025, American journal of translational research IF:1.7Q4 DOI:10.62347/ZEOR5569 PMID:40385068	研究论文	通过单细胞RNA测序研究成年灵长类动物新皮质的基因表达动态，揭示神经可塑性的分子基础	揭示了SST+和PVALB+神经元的不同谱系及与神经可塑性和轴突生长相关的关键基因	研究仅关注了视觉皮层中的抑制性神经元，可能无法全面反映整个新皮质的基因表达动态	研究成年灵长类动物新皮质的基因表达动态及其分子机制	成年食蟹猴的初级视觉皮层（V1）中的抑制性神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA velocity、scVelo算法	NA	单细胞转录组数据	食蟹猴的初级视觉皮层（V1）中的抑制性神经元
339	2025-05-21	Intra-tumoural RAMP1+ B cells promote resistance to neoadjuvant anti-PD-1-based therapy in oesophageal squamous cell carcinoma 2025, Immunotherapy advances IF:4.1Q2 DOI:10.1093/immadv/ltaf012 PMID:40385640	研究论文	本研究探讨了食管鳞状细胞癌(ESCC)中B细胞亚群及其上游信号在免疫治疗抵抗中的作用	发现了一种新型的RAMP1阳性B细胞亚群，该细胞群在免疫治疗抵抗的ESCC中积累，并通过CGRP-RAMP轴介导免疫抑制	研究主要基于体外实验，需要进一步的体内实验验证	探究ESCC对免疫治疗产生抵抗的机制	食管鳞状细胞癌患者样本	肿瘤免疫学	食管癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	具有不同免疫治疗反应的ESCC标本
340	2025-05-21	Targeting Tumor Differentiation Grade-related Genes Prognostic Signature Including COL5A1 Based on Single-cell RNA-seq in Gastric Cancer 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.107509 PMID:40386054	research paper	该研究基于单细胞RNA测序技术，在胃癌中鉴定了一个新的肿瘤分化等级相关基因预后标志物，并提供了新的生物标志物	首次在胃癌中基于单细胞RNA测序数据构建肿瘤分化等级相关基因预后标志物，并发现COL5A1作为潜在生物标志物	研究样本量未明确说明，且仅基于GEO数据库的公开数据	探索胃癌中肿瘤分化等级相关基因的预后价值并建立预后标志物	胃癌组织和相关基因	digital pathology	gastric cancer	scRNA-seq, WGCNA, H&E染色	Cox回归模型	RNA-seq数据	NA