单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2025-07-17	Using pseudotime derivative on single-cell RNA sequencing data to identify genes undergoing cell cycle regulation 2025, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbaf123 PMID:40655197	研究论文	利用单细胞RNA测序数据的伪时间导数识别细胞周期调控基因	开发了一种通过单细胞RNA测序研究细胞周期的方法，避免了传统的细胞周期同步或选择实验	NA	研究细胞周期及其调控组件	细胞周期调控基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	伪时间方法	RNA测序数据	NA
322	2025-07-17	Single-cell analysis reveals the spatiotemporal effects of long-term electromagnetic field exposure on the liver 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1579121 PMID:40655943	研究论文	通过单细胞分析揭示了长期电磁场暴露对肝脏的时空影响	首次系统性评估长期电磁场暴露对肝脏的影响，并利用单细胞RNA测序和时空分辨分析揭示不同肝细胞对电磁辐射的敏感性和反应模式	研究仅在小鼠模型中进行，结果可能无法完全适用于人类	评估长期电磁场暴露对肝脏的影响	小鼠肝脏	生物医学	NA	单细胞RNA测序、脂质组学分析、组织学分析	NA	RNA测序数据、脂质组数据、组织学图像	小鼠暴露于2.45 GHz电磁场长达5个月
323	2025-07-17	Multi-Omics Analysis Reveals the transforming growth factor-β Signaling-Driven Multicellular Interactions with Prognostic Relevance in Cervical Cancer Progression 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.114505 PMID:40657372	研究论文	通过多组学分析揭示了转化生长因子-β信号驱动的多细胞相互作用在宫颈癌进展中的预后相关性	首次在单细胞分辨率下系统描绘了宫颈癌进展阶段肿瘤微环境（TME）的重塑过程，并发现了一个新的转移相关上皮亚群（Epi0_AGR2）以及TGF-β驱动的细胞协同作用作为转移开关	样本量相对较小（scRNA-seq n=11），需要在更大规模的队列中进行验证	解析宫颈癌进展中肿瘤微环境异质性的时空演变及其预后意义	宫颈癌患者的原发灶（局部n=3、区域n=4、转移n=4）和TCGA-CESC队列（n=304）	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、多重免疫组化（mIHC）	计算模型（基于TME转移生态位特征）	单细胞转录组数据、空间转录组数据、批量转录组数据	scRNA-seq样本11例（局部3例/区域4例/转移4例），TCGA队列304例
324	2025-07-17	Integration of Multi-Scale Profiling and Machine Learning Reveals the Prognostic Role of Extracellular Matrix-Related Cancer-Associated Fibroblasts in Lung Adenocarcinoma 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.113580 PMID:40657391	研究论文	本研究通过多尺度分析和机器学习，揭示了细胞外基质相关癌症相关成纤维细胞（eCAFs）在肺腺癌（LUAD）中的预后作用	首次将eCAFs与SPP1+巨噬细胞的相互作用机制作为肺腺癌进展和预后的关键因素，并开发了一个包含28个eCAFs相关基因的预后模型	需要进一步的实验验证	探索肺腺癌的新型治疗靶点和预后策略	肺腺癌（LUAD）患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序，机器学习	机器学习算法	转录组数据	15个LUAD肿瘤样本，整合了TCGA、GSE31210、GSE72094等多队列数据
325	2025-07-16	Histopathologic Evaluation and Single-Cell Spatial Transcriptomics of the Colon Reveal Cellular and Molecular Abnormalities Linked to J-Pouch Failure in Patients with Inflammatory Bowel Disease 2025-Jan-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.27.635092 PMID:39974918	研究论文	本研究通过组织病理学评估和单细胞空间转录组学分析，揭示了与炎症性肠病患者J型储袋失败相关的细胞和分子异常	首次结合组织病理学特征和单细胞空间转录组学技术，系统研究了结肠切除术后储袋失败的预测因素和分子机制	研究为回顾性病例对照设计，样本量虽大但来自单一医疗中心	探究结肠切除术标本的组织病理学特征与储袋失败的关联，并揭示其分子机制	417例接受回肠储袋肛管吻合术(IPAA)的溃疡性结肠炎患者	数字病理学	炎症性肠病	单细胞空间转录组学	NA	组织病理学图像和转录组数据	417例患者（其中部分进行空间转录组分析）
326	2025-07-16	Single Cell Spatial Transcriptomics Reveals Immunotherapy-Driven Bone Marrow Niche Remodeling in AML 2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.24.634753 PMID:39975227	研究论文	本研究利用多组学方法研究了免疫治疗对急性髓系白血病患者骨髓微环境中白血病细胞与免疫细胞时空相互作用的影响	整合单细胞RNA测序数据与单细胞分辨率空间转录组数据，克服了测序深度限制，并采用深度学习特征进行图像分析	研究样本可能有限，且仅针对特定免疫治疗方案（pembrolizumab联合地西他滨）	探究免疫治疗对急性髓系白血病患者骨髓微环境的重塑作用	难治性或复发性急性髓系白血病患者的骨髓微环境	数字病理学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序、空间转录组学	深度学习模型	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	未明确提及具体样本数量（难治性或复发性急性髓系白血病患者）
327	2025-07-16	The chromatin remodeler ADNP regulates neurodevelopmental disorder risk genes and neocortical neurogenesis 2025-Jan-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2405981122 PMID:39808658	研究论文	本文研究了染色质重塑复合物ChAHP在神经发育障碍（NDDs）风险基因和新皮质神经发生中的作用	揭示了Adnp通过两步过程调控新皮质发育中上层神经元的产生，并识别了与NDDs相关的风险基因网络	研究主要基于小鼠模型，人类神经发育的适用性需要进一步验证	探索染色质重塑复合物ChAHP在神经发育障碍中的作用机制	小鼠新皮质发育过程中的神经发生和基因表达	神经科学	神经发育障碍	单细胞转录组学、cut&run-seq、组织学方法	条件性突变小鼠模型	基因表达数据、染色质结合数据	NA
328	2025-07-13	Rational therapeutic targeting of myeloid cells in glioblastoma: challenges and perspectives 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1472710 PMID:40642066	review	本文综述了胶质母细胞瘤（GB）中髓系细胞的异质性和可塑性，并讨论了靶向治疗GB相关巨噬细胞（GAMs）的前景与挑战	通过多组学、单细胞转录组学和多模态空间分析揭示了GB中髓系细胞的多样性及其在肿瘤微环境（TME）中的作用	综述性文章未涉及具体实验数据，主要基于现有研究的总结和讨论	探讨GB中髓系细胞的异质性及其在治疗中的潜在靶点	胶质母细胞瘤（GB）及其肿瘤微环境中的髓系细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	多组学、单细胞转录组学、多模态空间分析	NA	NA	NA
329	2025-07-13	Integrated analysis of single-cell RNA-seq and spatial transcriptomics to identify the lactylation-related protein TUBB2A as a potential biomarker for glioblastoma in cancer cells by machine learning 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1601533 PMID:40642071	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，结合机器学习方法，鉴定出与乳酰化相关的蛋白质TUBB2A作为胶质母细胞瘤的潜在生物标志物	创新性地展示了胶质母细胞瘤中乳酰化水平的显著升高，并验证了其作为独立预后因素的价值，同时建立了与乳酰化相关的预后基因模型	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分相对有限	探究乳酰化在胶质母细胞瘤中的作用及其作为生物标志物的潜力	胶质母细胞瘤细胞和组织	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、机器学习	AUCell、UCell、IQR方法	RNA-seq数据、空间转录组数据	人类胶质母细胞瘤样本
330	2025-07-13	Enhancing fibroblast-epithelial cell communications: Serpine2 as a key molecule in Fusobacterium nucleatum-promoted colon cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1563922 PMID:40642075	研究论文	本研究通过整合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq（scRNA-seq）技术，揭示了Fusobacterium nucleatum（Fn）通过增强成纤维细胞-上皮细胞间通讯促进结肠癌进展的分子机制，并鉴定出Serpine2作为关键分子	首次整合bulk RNA-seq和scRNA-seq技术系统解析Fn促结肠癌机制，发现Serpine2作为Fn介导的癌症转移新标志物	未阐明Serpine2下游具体作用通路，动物模型验证不足	揭示Fn促进结肠癌进展的分子机制	结肠癌组织样本、Fn细菌、成纤维细胞和上皮细胞	肿瘤微环境研究	结肠癌	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 机器学习算法	三种机器学习算法（未指定具体模型）	RNA测序数据、临床组织样本数据	临床组织样本及外部数据集（未提具体数量），体外共培养实验
331	2025-07-13	Amplification of select autonomous HERV loci and surrounding host gene transcription in monocytes from patients with post-acute sequelae of COVID-19 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1621657 PMID:40642078	研究论文	研究COVID-19后急性后遗症患者单核细胞中选择性自主HERV位点及其周围宿主基因转录的扩增	开发了基于窗口的HERV比对方法（WHA），并首次在PASC患者单核细胞中鉴定出共扩增的HERV位点和邻近宿主基因转录本	样本量较小（12名PASC患者），且仅分析了单核细胞中的HERV表达模式	探索COVID-19后急性后遗症（PASC）患者单核细胞中HERV的激活模式及其与宿主基因转录的关系	COVID-19后急性后遗症患者、流感患者、登革热患者和败血症患者的单核细胞	基因组学	COVID-19后急性后遗症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基于窗口的HERV比对方法（WHA）	NA	RNA测序数据	31名正常个体、12名PASC患者及多项研究中COVID-19、流感、登革热和败血症患者的数据
332	2025-07-13	Multi-omics analysis reveals the role of ribosome biogenesis in malignant clear cell renal cell carcinoma and the development of a machine learning-based prognostic model 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1602898 PMID:40642093	研究论文	通过多组学分析揭示了核糖体生物发生在恶性透明细胞肾细胞癌中的作用，并开发了一种基于机器学习的预后模型	首次整合了bulk RNA测序、单细胞RNA测序和空间转录组测序数据，揭示了核糖体生物发生在ccRCC中的关键作用，并开发了一个基于118种机器学习算法组合的预后模型	研究结果需要在更大规模的独立队列中进行验证，且模型的实际临床应用效果有待进一步评估	阐明核糖体生物发生在ccRCC发病机制和预后中的作用，并开发预后模型	透明细胞肾细胞癌(ccRCC)	数字病理学	肾癌	bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组测序, qRT-PCR	机器学习	RNA测序数据	内部和外部验证队列(具体数量未明确说明)
333	2025-07-12	Conserved patterns of transcriptional dysregulation, heterogeneity, and cell states in clear cell kidney cancer 2025-01-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115169 PMID:39792555	研究论文	通过单细胞转录组学分析透明细胞肾癌中的转录失调模式和细胞状态	识别了肿瘤和血管系统中保守的转录失调模式及其上游调控因子，揭示了与转移潜力相关的Chr14q缺失的亚克隆转录后果，以及预后显著的肿瘤内转录异质性模式	样本量相对较小（75个多区域活检），且仅针对透明细胞肾癌	理解透明细胞肾癌中转录程序的保守模式和细胞状态，以推动新的癌症治疗方法	透明细胞肾癌肿瘤组织和正常肾脏组织的多区域活检样本	数字病理学	肾癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	75个多区域活检样本（来自肾肿瘤和正常肾脏）
334	2025-07-12	Targeting mitophagy in diabetic retinopathy: novel insights into SQSTM1/BNIP3L pathway regulated by luteolin 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1593213 PMID:40635752	研究论文	本研究探讨了木犀草素通过SQSTM1/BNIP3L通路激活线粒体自噬在糖尿病视网膜病变中的治疗潜力	揭示了木犀草素通过SQSTM1/BNIP3L通路激活线粒体自噬的新机制，并建立了单核细胞活性与DR进展之间的新联系	木犀草素的具体分子机制尚未完全阐明	探索木犀草素对糖尿病视网膜病变的治疗作用及其分子机制	糖尿病视网膜病变患者的外周血单核细胞和视网膜组织	医学研究	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、分子对接模拟、DCFDA测定、H&E和PAS染色、ELISA、免疫荧光、免疫组化、Western blotting	NA	单细胞RNA测序数据、蛋白质表达数据	糖尿病视网膜病变患者的外周血单核细胞和视网膜组织样本
335	2025-07-12	Integrated single-cell and bulk RNA dequencing to identify and validate prognostic genes related to T Cell senescence in acute myeloid leukemia 2025, Frontiers in bioinformatics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fbinf.2025.1606284 PMID:40635996	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，识别并验证了与急性髓性白血病（AML）中T细胞衰老相关的预后基因	结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别了与AML进展相关的T细胞衰老基因，并构建了一个新的AML风险模型	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	探索T细胞衰老相关基因在AML进展中的作用，并构建预测模型	急性髓性白血病（AML）患者	生物信息学	急性髓性白血病	scRNA-seq, RNA-seq, RT-qPCR	风险模型	RNA测序数据	来自TCGA数据库的AML患者数据，以及GSE116256、GSE114868和GSE71014数据集
336	2025-07-12	Single-cell transcriptome and multi-omics integration reveal ferroptosis-driven immune microenvironment remodeling in knee osteoarthritis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1608378 PMID:40636124	研究论文	本研究通过单细胞转录组和多组学整合揭示了铁死亡驱动的膝关节骨关节炎免疫微环境重塑	首次在单细胞分辨率下探索铁死亡与免疫功能障碍的相互作用，并鉴定出KOA的诊断生物标志物	样本量相对较小（单细胞数据n=11，批量RNA-seq队列分别为20/18和8/4）	解析铁死亡驱动的免疫重塑并鉴定KOA的诊断生物标志物	膝关节骨关节炎（KOA）患者的软骨细胞和免疫微环境	生物信息学	膝关节骨关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）	LASSO-SVM诊断模型	转录组数据	单细胞数据11例，批量RNA-seq队列分别为20例KOA/18例对照和8例KOA/4例对照
337	2025-07-12	Investigating the role of tumor cell heterogeneity and angiogenesis genes in the prognosis of multiple myeloma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1610833 PMID:40636123	研究论文	本研究探讨了肿瘤细胞异质性和血管生成相关基因在多发性骨髓瘤预后中的作用	通过整合转录组数据和单细胞RNA测序数据，识别了CREB3L2转录因子在抑制血管生成和肿瘤细胞增殖迁移中的关键作用，并构建了高精度的预后模型	研究依赖于公共数据库数据，未进行独立队列验证	探索肿瘤细胞异质性和血管生成相关基因对多发性骨髓瘤预后的影响	多发性骨髓瘤患者	生物信息学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序、差异基因表达分析、CNV分析、转录因子分析	预后预测模型	转录组数据、单细胞RNA测序数据	公共数据库(Xena/GEO)中的多发性骨髓瘤患者样本
338	2025-07-12	A bibliometric analysis of studies related to the nuclear factor kappa B signaling pathway in knee osteoarthritis between 2004 and 2023 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1572161 PMID:40636390	研究论文	本文通过文献计量学方法分析了2004至2023年间关于核因子κB（NF-κB）信号通路在膝骨关节炎（KOA）中的研究趋势和热点	首次系统性地对NF-κB信号通路在KOA领域的研究进行文献计量学分析，揭示了该领域的研究热点和发展趋势	缺乏实时可视化NF-κB活性的体内成像技术	识别NF-κB信号通路在KOA研究中的主要研究领域和趋势	2004-2023年间发表的752篇关于NF-κB信号通路在KOA中的研究文献	文献计量学分析	膝骨关节炎	文献计量学分析工具（CiteSpace、VOSviewer等）	NA	文献数据	752篇研究文献
339	2025-07-12	Delineation of single-cell Altas provides new insights for development of coronary artery lesions in Kawasaki disease: bad and good signaling molecules 2025, Frontiers in pediatrics IF:2.1Q2 DOI:10.3389/fped.2025.1596643 PMID:40636515	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，揭示了川崎病（KD）患者冠状动脉病变（CALs）发展的新信号分子	首次在单细胞水平上描绘了KD患者CAL发展的信号分子图谱，识别了MCH-II和RESISTIN作为CAL发展的不良和保护信号	样本量较小（每组3例患者），且仅分析了外周血单个核细胞	探究KD患者CAL发展的分子机制	川崎病（KD）患者的外周血单个核细胞	数字病理	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	12例样本（3例KD非CAL患者治疗前后，3例KD CAL患者治疗前，3例KD CAL患者治疗后）
340	2025-07-12	Identification of Shared Biomarkers in Chronic Kidney Disease and Diabetic Nephropathy Using Single-Cell Sequencing 2025, Diabetes, metabolic syndrome and obesity : targets and therapy DOI:10.2147/DMSO.S514319 PMID:40636753	研究论文	通过单细胞测序技术识别慢性肾病和糖尿病肾病的共享生物标志物	首次使用单细胞RNA测序技术比较慢性肾病和糖尿病肾病的基因表达差异，并识别出共享的生物标志物	样本量较小，仅包括3个对照组、3个慢性肾病和3个糖尿病肾病病例	识别慢性肾病和糖尿病肾病的共享生物标志物，探索其共同发病机制	人类血液样本中的不同细胞类型	生物信息学	慢性肾病和糖尿病肾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	9例人类血液样本（3对照、3慢性肾病、3糖尿病肾病）