单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 2148 篇文献,本页显示第 321 - 340 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
321 2025-12-09
Correction: Identification of novel lipid metabolism-related biomarkers of aortic dissection by integrating single-cell RNA sequencing analysis and machine learning algorithms
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
correction 本文是对先前一篇关于整合单细胞RNA测序分析和机器学习算法识别主动脉夹层新型脂质代谢相关生物标志物文章的更正 NA NA NA NA NA 主动脉夹层 单细胞RNA测序 机器学习算法 NA NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
322 2025-12-08
Decoding the distinct immune landscape and possible regulatory mechanisms of autoimmune hepatitis through integrated single-cell and bulk RNA sequencing
2025, PloS one IF:2.9Q1
研究论文 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序,解码了自身免疫性肝炎的独特免疫景观和可能的调控机制 整合单细胞和批量RNA测序数据,识别了AIH中失调的免疫细胞群、信号通路及潜在治疗靶点 数据来源于公共数据库,可能受样本来源和测序技术限制,未进行实验验证 解码自身免疫性肝炎的免疫景观和调控机制 自身免疫性肝炎患者 数字病理学 自身免疫性肝炎 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 NA RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
323 2025-12-08
Single cell RNA sequencing reveals a dysbalance of proinflammatory vs. immunosuppressive dendritic cells in mouse and human aortic aneurysms
2025, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序揭示了小鼠和人类主动脉瘤中促炎性与免疫抑制性树突状细胞的失衡状态 首次通过单细胞RNA测序整合分析,系统表征了主动脉瘤中树突状细胞的异质性,并定义了新的DC3亚型及其促炎表型 研究主要基于动物模型数据向人类疾病转化,需要进一步的人类样本验证 探究树突状细胞在主动脉瘤发病机制中的具体作用 小鼠主动脉瘤模型和人类主动脉瘤组织 单细胞组学 心血管疾病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 多个小鼠AA模型及人类AA样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
324 2025-12-08
Comprehensive analysis of the role of diverse programmed cell death patterns in sepsis
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过整合公共转录组数据与独立验证队列,系统分析了脓毒症中多种程序性细胞死亡模式的作用,并开发了诊断风险评分 首次系统整合公共微阵列、单细胞转录组数据及独立高通量测序验证,全面揭示了脓毒症中铁死亡、双硫死亡、NETosis和胞吞性死亡四种关键失调的PCD通路,并确定了单核细胞作为整合PCD、代谢重编程和免疫通讯的核心枢纽 研究主要基于转录组数据,缺乏蛋白质或功能层面的直接验证;样本量相对有限,且部分数据来自公共数据库,可能存在批次效应 系统表征脓毒症中多样化的程序性细胞死亡模式及其临床相关性,以寻找新的诊断标志物和治疗靶点 脓毒症患者和健康对照的转录组数据(包括公共数据集和独立队列) 生物信息学 脓毒症 RNA-seq, 单细胞RNA测序, 微阵列 LASSO回归 转录组数据 公共数据集:81名对照,165名脓毒症患者;单细胞数据集:4名对照,4名早期脓毒症患者,共52,315个细胞;外加一个独立的RNA-seq验证队列 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
325 2025-12-08
R3HDM4 influences kidney renal clear cell carcinoma progression, immune modulation, and potential links to the IGSF8 immune checkpoint
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究探讨了R3HDM4基因在肾透明细胞癌中的致癌作用、免疫调节功能及其与免疫检查点IGSF8的潜在联系 首次通过整合多组学数据系统评估R3HDM4在KIRC中的预后价值,并发现其通过调控EMT和免疫微环境影响肿瘤进展,同时揭示了与IGSF8免疫检查点的潜在关联 IGSF8在免疫检查点调控中的作用仍属推测,需要进一步实验验证;研究主要基于生物信息学分析,临床样本验证相对有限 阐明R3HDM4在肾透明细胞癌发病机制中的作用,探索其作为预后标志物和治疗靶点的潜力 肾透明细胞癌组织样本、癌细胞系、肿瘤微环境中的免疫细胞 生物信息学 肾癌 单细胞RNA测序、免疫组化、Western印迹、RT-qPCR、siRNA敲低 NA 基因表达数据、临床数据、DNA甲基化数据、免疫浸润数据 来自TCGA、GEO、ArrayExpress、ICGC等多个数据库的KIRC样本数据,具体数量未明确说明 NA 单细胞RNA-seq NA NA
326 2025-12-08
Disc inflammation and intercellular communication in shaping the immune microenvironment of intervertebral disc degeneration
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过整合多组转录组和单细胞RNA-seq数据,结合生物信息学分析和体外验证,识别了与椎间盘退变相关的关键生物标志物及其免疫调控作用 整合了多种生物信息学方法(如SHAP、孟德尔随机化、CellChat分析)和单细胞RNA-seq数据,系统性地揭示了MMP9、HPGD和UCHL1作为IDD关键生物标志物的作用,并首次强调了MIF信号通路在髓核细胞与免疫细胞互作中的关键角色 研究主要基于生物信息学分析和体外验证,缺乏体内实验或临床样本的广泛验证,可能限制其直接临床转化性 探究椎间盘退变的分子和免疫机制,识别诊断和治疗潜在靶点 椎间盘退变相关的基因和免疫细胞 数字病理学 老年疾病 单细胞RNA-seq, Western blot ANN, LASSO, 随机森林, SVM-RFE 转录组数据, 单细胞RNA-seq数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
327 2025-12-08
Myeloid PDLIM2 repression as a common mechanism of infection susceptibility in lung diseases
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本文探讨了PDLIM2在肺部疾病中的抑制作用及其与感染易感性的关联 揭示了PDLIM2在肺部疾病中的广泛抑制作用,特别是在髓系细胞中,作为驱动COPD、ILD/IPF和肺癌的共同机制 研究主要基于小鼠模型和体外实验,人类样本数据有限,且未详细探讨PDLIM2抑制的具体分子机制 研究PDLIM2在慢性阻塞性肺病(COPD)和间质性肺病(ILD/IPF)中的作用及其与感染易感性的关系 人类肺部样本、PDLIM2条件敲除小鼠和野生型小鼠 生物医学研究 肺部疾病 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、组织学分析、体外吞噬和中性粒细胞胞外陷阱(NET)形成实验 条件敲除小鼠模型 基因表达数据、组织学图像、单细胞RNA测序数据 人类肺部样本(具体数量未明确)、PDLIM2条件敲除小鼠和野生型小鼠(具体数量未明确) NA 单细胞RNA测序 NA NA
328 2025-12-08
Prognostic differential subpopulation classification and immunotherapy response prediction in pancreatic cancer patients based on the gene features of necrotizing apoptosis
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究基于坏死性凋亡相关基因特征,对胰腺癌患者进行预后亚群分类并预测免疫治疗反应 通过多组学数据(包括单细胞数据集、孟德尔随机化和空间转录组学分析)揭示CHST11作为关键预后生物标志物与坏死性凋亡及胰腺癌恶性预后的关联 NA 探索坏死性凋亡相关基因在胰腺癌中的预后意义 胰腺癌患者 生物信息学 胰腺癌 聚类分析、差异表达分析、Spearman相关分析、孟德尔随机化、空间转录组学 预后模型 基因表达数据、单细胞数据、空间转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
329 2025-12-08
Integrated multi-omics reveals GABARAP-mediated mitophagy and pyruvate metabolism as key drivers of osteosarcoma progression
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和多组学分析,揭示了GABARAP介导的线粒体自噬与丙酮酸代谢在骨肉瘤进展中的关键驱动作用 首次系统性地将GABARAP、线粒体自噬和丙酮酸代谢在骨肉瘤中联系起来,并揭示了其通过代谢适应和免疫逃逸促进肿瘤进展的机制 研究主要基于公共数据集和体外实验,缺乏体内模型验证;样本量有限,且未涉及治疗干预的临床前评估 探究骨肉瘤中细胞异质性、肿瘤微环境特征以及线粒体自噬与代谢的相互作用机制 骨肉瘤细胞、肿瘤微环境中的免疫细胞(T细胞、NK细胞、Tregs、M2巨噬细胞) 生物信息学、肿瘤生物学 骨肉瘤 单细胞RNA测序、空间转录组学、多组学整合分析、体外功能实验 NA 单细胞RNA测序数据、空间转录组数据、公共基因表达数据集 多个公共数据集(GSE162454, GSE237070, TARGET, GSE21257, GSE32981) NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
330 2025-12-08
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Peritoneal Environment and New Insights into Fibrosis in a Continuous Ambulatory Peritoneal Dialysis Patient: A Longitudinal Self-Controlled Study from Dialysis Initiation to 3-Year Follow-Up
2025 Jan-Dec, Kidney diseases (Basel, Switzerland)
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析了一名连续非卧床腹膜透析患者从透析开始到3年随访期间腹膜透析流出液中的细胞动态变化,揭示了腹膜纤维化的机制 首次在连续非卧床腹膜透析患者中采用纵向自对照设计,利用单细胞RNA测序技术从透析起始至3年随访期间动态解析腹膜微环境及纤维化进程 研究仅基于单一样本,样本量较小,可能限制结果的普遍性 探究长期腹膜透析中腹膜微环境的动态变化及其与腹膜纤维化的关系 连续非卧床腹膜透析患者的腹膜透析流出液中的免疫细胞和腹膜间皮细胞 数字病理学 肾脏疾病 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 1名连续非卧床腹膜透析患者在透析起始和3年随访两个时间点的样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
331 2025-12-07
Single-cell sequencing in molecular diagnostics: Transformative yet untapped potential
2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2
综述 本文综述了单细胞测序技术在分子诊断领域的潜力、当前应用、整合挑战及其在肿瘤学、遗传学与罕见病、传染病和自身免疫性疾病等多个临床领域的发展前景 系统性地阐述了单细胞测序技术从研究工具向临床诊断转化的未开发潜力,并强调了其在解析细胞异质性、发现新生物标志物和理解复杂疾病通路方面的独特价值 文章指出单细胞测序技术在临床应用中面临数据分析、标准化和常规化整合的挑战,其全面临床转化仍需克服技术瓶颈 探讨单细胞测序技术在改善临床分子诊断方面的潜力,并分析其在多个疾病领域的应用前景与挑战 单细胞测序技术及其在临床诊断中的应用 数字病理学 肿瘤学,遗传与罕见病,传染病,自身免疫性疾病 单细胞测序 NA 单细胞遗传与转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
332 2025-12-07
Identification of Mitochondrial Unfolded Protein Response-Related Genes and Diagnostic Biomarkers in Atherosclerosis by Integrative Multidimensional Analysis and Experimental Validation
2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2
研究论文 本研究通过整合多维分析结合实验验证,识别了与动脉粥样硬化相关的线粒体未折叠蛋白反应基因及其诊断生物标志物 首次整合多维数据集、机器学习算法、单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析,系统性探索UPRmt与动脉粥样硬化的关联,并识别出七个关键枢纽基因 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,样本量相对有限(101例AS和67例对照),且实验验证部分仅针对部分基因 阐明线粒体未折叠蛋白反应与动脉粥样硬化的关系,并寻找相关的诊断生物标志物和治疗靶点 动脉粥样硬化患者样本(来自GEO数据库)及相关基因表达数据 生物信息学 心血管疾病 微阵列、单细胞RNA-seq、RT-qPCR、Western blot、免疫荧光、分子模拟 12种机器学习算法(具体算法未指明)、CellChat算法 基因表达数据(微阵列和单细胞RNA-seq数据) 168个样本(101个动脉粥样硬化样本和67个对照样本) NA 单细胞RNA-seq NA NA
333 2025-12-07
Trophic and temporal dynamics of macrophage biology in human inner ear organogenesis
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究利用单细胞转录组学数据,揭示了人类内耳发育过程中巨噬细胞的多样性和动态变化 首次在人类内耳中鉴定出七个不同的巨噬细胞亚型,并关联其与特定发育阶段,同时验证了胚胎和更确定来源的巨噬细胞共同参与内耳形成 研究主要基于转录组数据,功能验证和机制探索尚不充分,且样本时间点有限 探究人类内耳巨噬细胞的起源、功能及其在器官发生中的作用 人类内耳巨噬细胞 数字病理学 NA 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 涵盖胎儿周7.5至16.4及成年期样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
334 2025-12-07
Mendelian randomization integrated with multi-omics analysis identifies TNIK as a key gene in gut microbiota-induced IBD development
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过整合孟德尔随机化与多组学分析,识别出TNIK作为肠道菌群诱导IBD发展的关键基因 首次结合孟德尔随机化、批量RNA-seq差异表达基因、机器学习模型和单细胞RNA-seq,系统性地识别并验证了TNIK在肠道菌群与IBD相互作用中的因果角色 研究主要基于观察性数据和动物模型,人类样本中的直接因果验证有限,且单细胞数据来源单一队列 识别肠道菌群相关的IBD因果基因,并确定介导菌群-宿主互作的关键靶点和细胞类型 肠道菌群、溃疡性结肠炎(UC)、克罗恩病(CD)的GWAS数据,人类结肠组织RNA-seq数据,IL-10-/- IBD小鼠模型 生物信息学 炎症性肠病 GWAS, RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 免疫组织化学染色 机器学习模型(嵌套交叉验证) 基因组数据, 转录组数据, 单细胞转录组数据, 图像数据 GWAS数据集、两个人类结肠RNA-seq数据集(GSE87473, GSE75214)、一个单细胞RNA-seq数据集(GSE116222)、IL-10-/-小鼠模型 NA RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
335 2025-12-07
A Machine Learning-Derived Taurine Metabolism Signature Predicts Prognosis and Immune Landscape in Lung Adenocarcinoma via Integrative Single-Cell Analysis
2025, Mediators of inflammation IF:4.4Q2
研究论文 本研究通过整合批量组织和单细胞转录组数据,构建了一个基于牛磺酸代谢相关基因的预后模型(TRS),并探讨了其在肺腺癌中的功能 首次构建了基于牛磺酸代谢相关基因的预后模型(TRS),并通过整合单细胞RNA-seq数据揭示了其与肿瘤微环境及免疫逃逸的关联,同时实验验证了关键基因KIF2C的促癌功能 研究主要基于回顾性转录组数据,需要更多前瞻性临床队列验证;体外功能实验未能完全模拟体内肿瘤微环境的复杂性 阐明牛磺酸代谢相关通路在肺腺癌中的作用机制,并评估其与临床预后的相关性 肺腺癌(LUAD)患者样本及细胞系 机器学习 肺癌 RNA-seq, 单细胞RNA-seq LASSO回归, 逐步Cox模型, SuperPC算法 转录组数据, 临床数据 TCGA数据库及GEO中五个LUAD数据集(具体样本数未明确说明) NA 单细胞RNA-seq NA NA
336 2025-12-07
Machine learning integration identifying an eight-gene diagnostic signature for acute mountain sickness
2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1
研究论文 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,利用机器学习方法识别并验证了一个包含八个基因的血液生物标志物签名,用于急性高原病的诊断 首次结合单细胞和批量转录组数据,通过机器学习筛选出八个基因的签名,为急性高原病提供了可靠的生物标志物诊断模型 样本量相对有限,外部验证队列规模较小,且诊断模型在资源有限人群中的实际应用效果需进一步验证 建立急性高原病的诊断模型,以弥补当前依赖自报告问卷诊断的不足 急性高原病患者和对照组的血液样本 机器学习 急性高原病 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 定量PCR, 表观遗传分析, KEGG通路富集分析 Stepglm[both] + NaiveBayes RNA测序数据, 基因表达数据 单细胞RNA测序10例, 批量RNA测序192例, 训练队列160例, 外部验证队列GSE103940 22例和GSE75665 10例 NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
337 2025-12-06
Integrative Multi-Omics and Functional Characterization Reveal MCM4 as a Key Oncogenic Regulator in Hepatocellular Carcinoma
2025, OncoTargets and therapy IF:2.7Q3
研究论文 本研究通过整合多组学和功能验证,揭示了MCM4作为肝细胞癌中关键致癌调控因子的作用 首次在肝细胞癌中系统整合多组学数据、单细胞及空间转录组学分析,全面验证MCM4的致癌功能及其作为预后生物标志物的潜力 研究主要基于公共数据集和体外细胞实验,缺乏体内动物模型验证和临床样本的直接功能验证 识别肝细胞癌的稳健预后生物标志物和治疗靶点 肝细胞癌(HCC) 生物信息学 肝细胞癌 整合生物信息学分析、单细胞转录组学、空间转录组学、siRNA敲低、质粒过表达 NA 基因表达数据、蛋白质相互作用网络、单细胞数据、空间转录组数据 三个公共HCC数据集(GSE14520、GSE56545、GSE84402)及HCCDB数据库 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
338 2025-12-06
Scaling transformers to high-dimensional sparse data: a Reformer-BERT approach for large-scale classification
2025, Frontiers in artificial intelligence IF:3.0Q2
研究论文 本研究开发了一种名为scReformer-BERT的新方法,用于基于单细胞RNA测序数据的大规模细胞类型自动分类 结合Reformer编码器与BERT架构,提出了一种针对高维稀疏数据的Transformer扩展方法,用于大规模预训练模型在细胞类型分类中的应用 本研究仅关注主要细胞类别的一级分类任务,未涉及更细粒度的细胞亚型或复杂细胞相互作用 开发并评估一个鲁棒的大规模预训练模型,用于自动化细胞类型分类,以提高高通量基因组研究中细胞识别的效率和精度 人类细胞类型及其基于单细胞RNA测序数据的分类 机器学习 NA 单细胞RNA测序 BERT, Transformer, Reformer 高维分子特征数据 大量单细胞RNA测序数据集 NA 单细胞RNA-seq NA NA
339 2025-12-06
SPHK1-mediated M2 macrophage polarization drives TGF-β1-dependent thrombus fibrosis
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究探讨了SPHK1通过调节M2巨噬细胞极化促进血栓纤维化的机制 首次揭示了SPHK1在M2巨噬细胞极化中的关键作用及其通过TGF-β1依赖性机制驱动血栓纤维化的新机制 研究主要基于动物模型和体外实验,临床样本量有限,且未涉及其他潜在信号通路 探究SPHK1是否通过调节M2巨噬细胞极化促进血栓纤维化 患者血栓组织、大鼠血栓模型、骨髓源性巨噬细胞和成纤维细胞 数字病理学 心血管疾病 单细胞RNA测序、组织学染色、免疫荧光、共培养实验 NA 图像、文本 患者血栓组织(急性血栓和CTEPH)、大鼠血栓模型、骨髓源性巨噬细胞 NA 单细胞RNA测序 NA NA
340 2025-12-06
Comprehensive analysis of metabolism-related genes in sepsis reveals metabolic-immune heterogeneity and highlights GYG1 as a potential therapeutic target
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过整合多组学数据,系统分析了脓毒症中代谢相关基因,揭示了代谢-免疫异质性,并识别出GYG1作为潜在治疗靶点 首次基于代谢相关基因对脓毒症患者进行分层,构建了代谢风险评分系统,并通过单细胞RNA-seq和体内实验验证了GYG1在调控先天免疫过度激活中的关键作用 研究主要依赖于转录组数据,缺乏蛋白质水平验证;体内实验仅使用LPS诱导的小鼠模型,可能无法完全模拟人类脓毒症的复杂性 探究脓毒症中代谢相关基因对免疫功能障碍的驱动作用,并识别潜在治疗靶点 脓毒症患者的转录组数据、LPS诱导的脓毒症小鼠模型 生物信息学 脓毒症 bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 机器学习, 细胞间通讯分析 机器学习模型 转录组数据 未明确指定患者数量,但包括外部队列验证 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
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