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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 321 | 2025-10-29 |
Identification of a distinctive gene signature in granulomatous myositis
2025-Jan-02, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.12.27.24319708
PMID:40568658
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研究论文 | 本研究通过转录组分析揭示了肉芽肿性肌炎的特异性基因特征 | 首次系统识别了肉芽肿性肌炎的特异性转录组特征,发现CHIT1基因表达与疾病严重程度密切相关 | 样本量相对有限(38例GM患者),需要更大规模研究验证 | 阐明肉芽肿性肌炎的病理生理机制 | 肌肉活检样本,包括肉芽肿性肌炎患者、其他肌病患者和健康对照 | 数字病理学 | 肉芽肿性肌炎 | RNA测序,空间转录组学,免疫组织化学 | 支持向量机 | RNA测序数据,空间转录组数据,蛋白质表达数据 | 722例肌肉活检(包括38例GM患者) | NA | bulk RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 322 | 2025-10-21 |
A Low Expression of NRF2 Enhances Oxidative Stress and Autophagy in Myofibroblasts, Promoting Progression of Chronic Obstructive Pulmonary Disease
2025, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现肌成纤维细胞中NRF2低表达通过激活氧化应激和自噬通路促进慢性阻塞性肺疾病进展 | 首次在单细胞水平揭示肌成纤维细胞中NRF2低表达通过氧化应激和自噬通路促进COPD进展的机制 | 研究主要基于生物信息学分析和动物模型,需要进一步临床验证 | 探索慢性阻塞性肺疾病炎症反应的潜在机制 | 人肺组织单细胞RNA测序数据和COPD小鼠模型 | 生物信息学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR | NA | 单细胞RNA测序数据, 基因表达数据 | GSE171541数据集中的肺组织样本和COPD小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 323 | 2025-10-17 |
Comprehensive analysis of cuproptosis-related genes involved in immune infiltration and their use in the diagnosis of hepatic ischemia-reperfusion injury: an experimental study
2025-Jan-01, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000001893
PMID:38935114
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研究论文 | 通过生物信息学分析和实验验证,研究铜死亡相关基因在肝缺血再灌注损伤中的免疫浸润作用及诊断价值 | 首次系统分析铜死亡相关基因在HIRI中的作用,构建基于8个特征DE-CRGs的诊断模型,并验证其与免疫浸润的关联 | 研究主要基于公共数据库数据,动物模型验证仅部分确认了7个DE-CRGs | 探索铜死亡在肝缺血再灌注损伤中的作用机制及诊断价值 | 肝缺血再灌注损伤患者样本和动物模型 | 生物信息学 | 肝缺血再灌注损伤 | 基因表达分析,单细胞测序,机器学习算法 | LASSO逻辑回归,诺模图模型 | 基因表达数据,单细胞测序数据 | GSE151648数据集,GSE14951微阵列数据集,GSE171539单细胞测序数据集,HIRI小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq,微阵列 | NA | NA |
| 324 | 2025-10-17 |
Antibiotic use attenuates response to immune checkpoint blockade in urothelial carcinoma via inhibiting CD74-MIF/COPA: revealing cross-talk between anti-bacterial immunity and ant-itumor immunity
2025-Jan-01, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000001901
PMID:38995167
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研究论文 | 本研究探讨抗生素使用通过抑制CD74-MIF/COPA信号通路削弱尿路上皮癌患者对免疫检查点阻断治疗的应答 | 首次通过单细胞分析揭示肿瘤内细菌通过CD74-MIF/COPA信号通路连接抗菌免疫与抗肿瘤免疫的分子机制 | 研究基于观察性数据和回顾性分析,需要进一步实验验证因果关系 | 评估抗生素使用对尿路上皮癌患者免疫检查点阻断治疗效果的影响并探索分子机制 | 尿路上皮癌患者 | 肿瘤免疫学 | 尿路上皮癌 | 单细胞RNA测序,单细胞微生物组分析,批量RNA测序 | NA | 临床数据,转录组数据,微生物组数据 | 3496例尿路上皮癌患者,8个UC样本和63185个单细胞 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 325 | 2025-10-17 |
Artificial intelligence-based multi-modal multi-tasks analysis reveals tumor molecular heterogeneity, predicts preoperative lymph node metastasis and prognosis in papillary thyroid carcinoma: a retrospective study
2025-Jan-01, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000001875
PMID:38990290
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研究论文 | 本研究通过人工智能多模态多任务分析揭示甲状腺乳头状癌的分子异质性,并预测术前淋巴结转移和预后 | 开发了整合组织病理学图像、基因组、转录组和免疫细胞数据的深度学习多模态模型,首次在PTC中实现多维度预测 | 回顾性研究设计,样本来源有限,需要前瞻性验证 | 探索PTC分子异质性,预测淋巴结转移和疾病无进展生存期 | 甲状腺乳头状癌患者 | 数字病理 | 甲状腺癌 | DNA二代测序,单细胞RNA测序,深度学习 | 深度学习多模态模型,GradCAM | 组织病理图像,基因组数据,转录组数据,免疫细胞数据 | 1011例PTC患者(256例来自队列1,275例来自队列2,490例来自TCGA) | NA | 单细胞RNA测序,DNA二代测序 | NA | NA |
| 326 | 2025-10-05 |
Integrated multi-omics analysis of single-cell and spatial transcriptomics reveals distinct hpv-associated immune microenvironment features and prognostic signatures in cervical cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1612623
PMID:41035636
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学分析,揭示了HPV阳性和阴性宫颈癌免疫微环境的异质性特征并构建了预后标志物 | 首次整合单细胞RNA测序、空间转录组学和bulk RNA测序,系统解析了不同HPV状态宫颈癌的空间免疫微环境异质性 | 样本量相对有限,需要更大规模验证研究 | 探究不同HPV状态宫颈癌的免疫微环境特征和预后标志物 | 宫颈癌患者组织样本 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多重免疫荧光分析, Cox回归, LASSO回归 | 风险评分模型 | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, bulk RNA测序数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 327 | 2025-10-05 |
Cancer-Associated Fibroblast-Derived GDF15 Induces Oxidative Stress and Neutrophil Infiltration in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma through the PI3K/AKT/STAT3 Axis Cascade
2025, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.0901
PMID:41035818
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研究论文 | 本研究揭示了头颈部鳞状细胞癌中癌症相关成纤维细胞通过GDF15-GFRAL信号轴诱导氧化应激和中性粒细胞浸润的分子机制 | 首次发现GDF15通过PI3K/AKT/STAT3信号通路级联诱导氧化应激失衡,并通过TNF-α激活ERK1/2通路促进中性粒细胞浸润 | NA | 阐明头颈部鳞状细胞癌中肿瘤细胞与癌症相关成纤维细胞的相互作用机制 | 头颈部鳞状细胞癌肿瘤细胞、癌症相关成纤维细胞、中性粒细胞 | 癌症生物学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 空间转录组测序、单细胞RNA测序、分子相互作用实验、共培养系统、基因敲低/过表达、流式细胞术、动物实验、分子动力学模拟 | NA | 转录组数据、分子相互作用数据、细胞表型数据 | NA | NA | 空间转录组测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 328 | 2025-10-05 |
Decoding Fibroblast Heterogeneity in Osteoarthritis: Identification of a Fibrosis-Associated Subtype and Novel Diagnostic Biomarkers
2025, Mediators of inflammation
IF:4.4Q2
DOI:10.1155/mi/7066432
PMID:41035938
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术识别骨关节炎中成纤维细胞的异质性,发现与纤维化相关的亚型并筛选诊断生物标志物 | 首次在骨关节炎中系统鉴定成纤维细胞亚型,发现纤维化相关亚型Fibroblast 3,并筛选出四个具有强诊断性能的生物标志物 | 研究基于公共数据库的二次分析,缺乏实验验证;样本来源和数量未明确说明 | 解析骨关节炎中成纤维细胞的异质性及其在疾病发展中的作用机制 | 骨关节炎患者的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序, 基因集富集分析, 伪时间轨迹分析 | Seurat, Monocle2 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 329 | 2025-10-05 |
Investigation of the mechanism of Xiaoyin Jiedu Yin in the treatment of psoriasis based on bioinformatics, machine learning
2025, Frontiers in chemistry
IF:3.8Q2
DOI:10.3389/fchem.2025.1623449
PMID:40735022
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研究论文 | 基于生物信息学和机器学习方法研究消银解毒饮治疗银屑病的机制 | 首次结合网络药理学、机器学习靶点筛选和单细胞测序技术系统揭示消银解毒饮的多组分协同作用机制 | 研究主要基于体外细胞模型,需要进一步动物实验和临床验证 | 探索消银解毒饮治疗银屑病的药理作用机制 | 银屑病患者皮肤组织样本和IL-17A诱导的HaCaT细胞 | 机器学习 | 银屑病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,网络药理学 | 机器学习 | 基因表达数据,单细胞数据,空间转录组数据 | 未明确样本数量 | NA | single-cell RNA-seq,spatial transcriptomics | NA | NA |
| 330 | 2025-10-05 |
Single-Cell RNA Sequencing Shows Exercise Protects db/db Mouse Pancreatic Injuries by Regulating Endothelial Cell Homeostasis
2025, Journal of diabetes research
IF:3.6Q2
DOI:10.1155/jdr/9676094
PMID:41030325
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示运动通过调节内皮细胞稳态保护db/db小鼠胰腺损伤的机制 | 首次在单细胞水平系统研究运动对糖尿病胰腺中多种细胞类型的影响,特别是发现内皮细胞亚型在运动保护机制中的关键作用 | 研究仅使用db/db小鼠模型,样本量有限,且未深入验证具体分子机制 | 探究运动对糖尿病胰腺多种细胞类型的保护作用机制 | 6周龄雄性db/db小鼠 | 单细胞组学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 331 | 2025-10-05 |
Spatial transcriptomics reveals distinct role of monocytes/macrophages with high FCGR3A expression in kidney transplant rejections
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1654741
PMID:41030449
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研究论文 | 通过空间转录组学技术揭示高表达FCGR3A的单核细胞/巨噬细胞在肾移植排斥反应中的关键作用 | 首次在肾移植排斥反应中鉴定出高表达FCGR3A的单核细胞/巨噬细胞亚群,并揭示其空间分布与组织病理特征的对应关系 | 研究样本量有限,仅基于核心针活检样本,需要更大规模研究验证 | 探究先天免疫细胞特定亚群在肾移植排斥反应中的作用机制 | 人类肾移植同种异体移植物的石蜡包埋核心针活检样本 | 数字病理学 | 肾移植排斥反应 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 人类肾移植同种异体移植物核心针活检样本 | NA | 空间转录组学 | NA | 福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)核心针活检样本的空间转录组分析 |
| 332 | 2025-10-05 |
Cytotoxic CD4+ T-follicular cells may mediate killing against lymphoma cells
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1657046
PMID:41030456
|
研究论文 | 本研究揭示了具有细胞毒性表型的CD4+ T滤泡细胞在淋巴瘤中的存在和功能作用 | 首次发现并命名了具有细胞毒性表型的CD4+ T滤泡辅助细胞(Tk细胞),并证实了它们在淋巴瘤中的直接杀伤能力 | 研究样本仅限于滤泡性淋巴瘤和弥漫大B细胞淋巴瘤两种亚型,未涉及其他淋巴瘤类型 | 阐明Tk细胞在不同淋巴瘤亚型中的存在和功能相关性 | 滤泡性淋巴瘤和弥漫大B细胞淋巴瘤患者样本 | 免疫学 | 淋巴瘤 | 流式细胞术,单细胞RNA测序,免疫荧光染色,细胞杀伤实验 | NA | 流式细胞数据,单细胞RNA测序数据,免疫荧光图像数据 | 滤泡性淋巴瘤和弥漫大B细胞淋巴瘤患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 333 | 2025-10-05 |
Characterization of MAIT cells in glioblastoma reveals a potential immunosuppressive role through a MAIT-neutrophil axis
2025 Jan-Dec, Neuro-oncology advances
IF:3.7Q2
DOI:10.1093/noajnl/vdaf173
PMID:41030524
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研究论文 | 本研究通过多组学技术揭示了胶质母细胞瘤中MAIT细胞通过MAIT-中性粒细胞轴发挥免疫抑制作用的机制 | 首次系统表征胶质母细胞瘤中MAIT细胞的特征,发现MAIT-中性粒细胞轴在肿瘤免疫抑制微环境中的新作用 | 样本量相对有限(20例组织样本),需要进一步功能验证实验 | 探究MAIT细胞在胶质母细胞瘤免疫微环境中的作用机制 | 胶质母细胞瘤患者的外周血样本和肿瘤组织样本 | 免疫肿瘤学 | 胶质母细胞瘤 | 流式细胞术, bulk RNA-seq, scRNA-seq, 多重组织成像 | NA | 流式细胞数据, RNA测序数据, 单细胞测序数据, 组织成像数据 | 20例胶质母细胞瘤组织样本及对应外周血样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 334 | 2025-10-05 |
Exosome-based Sfrp2 inhibition in mesangial cells alleviates osteoporosis and promotes osteointegration in diabetic kidney disease
2025, Regenerative biomaterials
IF:5.6Q1
DOI:10.1093/rb/rbaf093
PMID:41030909
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研究论文 | 本研究通过外泌体递送Sfrp2 siRNA靶向肾小球系膜细胞,揭示了SFRP2介导的肾-骨轴在糖尿病肾病和骨质疏松中的作用机制 | 首次发现肾小球系膜细胞分泌的SFRP2是连接肾脏损伤与骨丢失的关键分子桥梁,并利用外泌体成功实现靶向治疗 | 研究仅使用小鼠和大鼠模型,尚未在人类临床中得到验证 | 探究糖尿病肾病与骨质疏松之间的分子机制,并开发针对性的治疗策略 | 糖尿病肾病小鼠和大鼠模型 | 分子生物学 | 糖尿病肾病,骨质疏松 | 单细胞测序,外泌体递送,siRNA干扰 | NA | 基因表达数据,组织形态学数据 | 糖尿病小鼠和大鼠模型 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 335 | 2025-10-05 |
Characterization of the phenotype and function of PRELP+ fibroblast subtype in liver metastatic colorectal cancer
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1615259
PMID:41031085
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序鉴定并表征了结直肠癌肝转移中PRELP阳性癌症相关成纤维细胞亚型的表型和功能 | 首次在结直肠癌肝转移中鉴定出PRELP+ CAF这一独特的终末分化成纤维细胞亚型,并揭示其通过免疫抑制微环境促进肿瘤进展的机制 | 研究样本量有限,功能验证实验需要进一步扩展 | 探究结直肠癌肝转移中成纤维细胞的异质性和特定功能 | 结直肠癌原发灶伴肝转移(mCC)和肝转移灶(mLC)组织样本 | 单细胞组学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光, 转录组分析, 伪时间轨迹分析, 多重免疫荧光染色, 细胞间通讯分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 组织图像数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 336 | 2025-10-05 |
Identification and Validation of Fibroblast-Associated Genes in Osteoarthritis Based on High-Dimensional Weighted Gene Coexpression Network Analysis
2025, Journal of immunology research
IF:3.5Q2
DOI:10.1155/jimr/5547701
PMID:41031145
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研究论文 | 基于单细胞转录组数据筛选与成纤维细胞相关的骨关节炎关键诊断基因 | 首次结合成纤维细胞特异性单细胞数据和hdWGCNA方法系统筛选并验证骨关节炎诊断关键基因 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 筛选骨关节炎中与成纤维细胞相关的关键诊断基因 | 骨关节炎患者的单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序,RNA测序,加权基因共表达网络分析 | 诊断模型 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的OA和对照样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 337 | 2025-10-05 |
SPP1+ Macrophage-Associated Prognostic Signature in Hepatocellular Carcinoma via Integrated Single-Cell and Bulk Transcriptomic Analysis
2025, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/ijog/5555332
PMID:41031219
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研究论文 | 通过整合单细胞和批量转录组分析开发肝细胞癌中SPP1+巨噬细胞相关的预后标志物 | 首次构建基于SPP1+巨噬细胞的七基因预后特征,并应用多算法AI框架提升模型性能 | NA | 探索SPP1+巨噬细胞在肝细胞癌免疫微环境中的作用并开发预后预测模型 | 肝细胞癌患者样本 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 批量转录组测序 | Cox回归, Lasso回归, 多算法AI框架 | 基因表达数据 | 来自GEO、TCGA和ICGC数据库的肝细胞癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 338 | 2025-10-05 |
Single-Cell Transcriptomic Analysis Highlights the Impact of NFKB2-Mediated MIF-CD44 Signaling Axis in Endometrioid Endometrial Cancer
2025, International journal of women's health
DOI:10.2147/IJWH.S530666
PMID:41040843
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示NFKB2介导的MIF-CD44信号轴在子宫内膜样子宫内膜癌中的关键作用 | 首次在单细胞水平系统描绘EC肿瘤微环境,发现M2_like2巨噬细胞与SOX9+LGR5-上皮细胞间通过MIF-(CD74+CD44)信号轴进行强烈通讯,并证实NFKB2介导MIF对CD44受体的促癌作用 | 样本量相对有限(15例EC和5例正常样本),主要基于公共数据库分析,实验验证仍需加强 | 解析子宫内膜样子宫内膜癌肿瘤微环境的细胞组成和细胞间通讯机制 | 子宫内膜样子宫内膜癌患者组织和正常子宫内膜组织 | 单细胞组学 | 子宫内膜癌 | 单细胞RNA测序 | 生物信息学分析(包括拟时序轨迹、拷贝数变异、细胞通讯分析) | 单细胞转录组数据 | 15例子宫内膜样子宫内膜癌样本和5例正常子宫内膜样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 339 | 2025-10-05 |
Cell-weighted polygenic risk scores are associated with β-amyloid and tau biomarkers in Alzheimer's disease
2025, Brain communications
IF:4.1Q2
DOI:10.1093/braincomms/fcaf353
PMID:41040848
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据开发细胞加权多基因风险评分,探索不同细胞类型对阿尔茨海默病中β-淀粉样蛋白和tau蛋白生物标志物的影响 | 首次开发细胞特异性加权的多基因风险评分,揭示不同细胞类型对阿尔茨海默病病理的差异化贡献 | 研究样本主要来自BioFINDER队列,需要在更广泛人群中验证 | 探究不同细胞类型在阿尔茨海默病β-淀粉样蛋白和tau蛋白病理积累中的作用机制 | BioFINDER-1和BioFINDER-2研究中的认知正常个体、轻度认知障碍患者、阿尔茨海默病痴呆患者和非阿尔茨海默病神经退行性疾病患者 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA-seq, 全基因组关联研究 | 回归模型 | 基因表达数据, 脑脊液生物标志物数据, 认知评估数据 | BioFINDER-1: 1293人(认知正常734人, 轻度认知障碍235人, 阿尔茨海默病痴呆97人, 其他神经疾病227人); BioFINDER-2: 1736人(认知正常773人, 轻度认知障碍358人, 阿尔茨海默病痴呆286人, 其他神经疾病319人) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 340 | 2025-10-05 |
Structure-guided integrative soft deep clustering analysis of scRNA-seq and scATAC-seq data
2025, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2025.1678891
PMID:41040877
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研究论文 | 提出一种结构引导的软深度聚类框架,用于整合分析单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据 | 开发了结构引导的软深度聚类框架,通过概率聚类分配捕捉细胞动态过渡状态,并采用对比学习对齐多模态表示 | NA | 解决单细胞聚类中硬分配方法无法捕捉细胞动态过渡状态的问题 | 单细胞多组学数据 | 机器学习 | NA | 对比学习, 注意力机制 | 深度学习, 软聚类 | 单细胞RNA-seq数据, 单细胞ATAC-seq数据 | 四个基准数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |