单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
301	2025-07-20	Single-Cell Profiling of Lineages and Cell Types in the Vertebrate Brain 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_15 PMID:39745647	研究论文	本文介绍了一种结合CRISPR-Cas9编辑和单细胞RNA测序的技术scGESTALTv2，用于在斑马鱼大脑发育过程中进行细胞谱系追踪和转录组分析	开发了scGESTALTv2技术，将CRISPR-Cas9谱系追踪与单细胞RNA测序相结合，实现了大规模单细胞分辨率的谱系追踪	研究仅限于斑马鱼模型，尚未在其他生物体中验证	开发新的细胞谱系追踪技术并研究脊椎动物大脑中的细胞类型和谱系关系	斑马鱼大脑发育过程中的细胞	单细胞组学	NA	CRISPR-Cas9编辑, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	scGESTALTv2	单细胞转录组数据	数千个大脑细胞和数十种细胞类型
302	2025-07-20	Single-cell analysis of CD14+CD16+ monocytes identifies a subpopulation with an enhanced migratory and inflammatory phenotype 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1475480 PMID:40051633	研究论文	通过单细胞RNA测序分析CD14+CD16+单核细胞，发现了一个具有增强迁移和炎症表型的亚群	首次在CD14+CD16+单核细胞中鉴定出具有特定炎症和迁移特性的亚群（Group 1 monocytes）	研究主要基于体外实验，未在体内模型中验证Group 1 monocytes的功能	探究CD14+CD16+单核细胞亚群在神经炎症疾病中的作用	人类CD14+CD16+单核细胞	单细胞分析	HIV相关神经认知障碍（HIV-NCI）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
303	2025-07-20	Single-cell technologies and spatial transcriptomics: decoding immune low - response states in endometrial cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1636483 PMID:40672944	研究论文	本文探讨了单细胞测序和空间转录组学在解码子宫内膜癌免疫低反应状态中的应用	结合单细胞测序和空间转录组学技术，进行整合多组学分析，以开发免疫疗法并改善预后和诊断	存在道德和法律问题	解决子宫内膜癌中缺乏可靠预测生物标志物的问题，改善免疫疗法效果	子宫内膜癌，特别是无特定分子谱（NSMP）亚型伴随p53突变的宫颈癌	数字病理学	子宫内膜癌	单细胞测序，空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据，空间组织数据	NA
304	2025-07-20	Multi-omics analysis reveals glutathione metabolism-related immune suppression and constructs a prognostic model in lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1608407 PMID:40672941	研究论文	通过多组学分析揭示了谷胱甘肽代谢相关的免疫抑制，并构建了肺腺癌的预后模型	揭示了谷胱甘肽代谢与肺腺癌免疫微环境的关系，构建了基于关键基因的预后模型	研究结果需要进一步在更大样本和临床实践中验证	探究谷胱甘肽代谢与肺腺癌免疫微环境的关系及其临床意义	肺腺癌患者及其免疫微环境	肿瘤免疫学	肺腺癌	GWAS, scRNA-seq, WGCNA, LASSO-Cox回归, qRT-PCR	预后风险模型	基因组数据, 转录组数据, 单细胞RNA测序数据	TCGA数据库和两个独立的GEO数据集中的肺腺癌样本
305	2025-07-20	Integrated single-cell chromatin and transcriptomic analyses of peripheral immune cells in patients with alopecia areata 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1565241 PMID:40672948	研究论文	通过整合单细胞染色质和转录组分析，研究斑秃患者外周免疫细胞的系统免疫失调	首次整合单细胞RNA测序和染色质可及性测序技术，全面分析斑秃患者外周免疫细胞的转录和表观遗传变化	研究样本量相对较小，且仅关注外周血单个核细胞，未涉及病变皮肤组织	探索斑秃患者外周免疫细胞的系统免疫失调机制	斑秃患者和健康对照者的外周血单个核细胞	单细胞组学	斑秃	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞转录组数据, 染色质可及性数据	32,453个高质量细胞，涵盖36种免疫细胞亚型
306	2025-07-20	Prediction and immune landscape study of potentially key autophagy-related biomarkers in preeclampsia with gestational diabetes mellitus 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1571795 PMID:40672961	研究论文	本研究通过生物信息学分析探讨了妊娠期糖尿病合并子痫前期中自噬相关基因的表达变化	整合多组学方法，识别了新的生物标志物和治疗靶点，并利用单细胞RNA测序验证了结果	需要进一步实验验证和更大样本量的研究	探讨妊娠期糖尿病合并子痫前期的分子机制，寻找潜在生物标志物	妊娠期糖尿病合并子痫前期的患者	生物信息学	妊娠期糖尿病和子痫前期	基因表达谱分析、WGCNA、GO和KEGG富集分析、机器学习建模、免疫浸润分析、单细胞RNA测序、RT-qPCR	机器学习模型	基因表达数据	胎盘样本（具体数量未提及）
307	2025-07-20	Precancerous pathways to gastric cancer: a review of experimental animal models recapitulating the correa cascade 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1620756 PMID:40673273	综述	本文全面分析了胃癌前病变的动物模型，评估了各类模型的优缺点及其在模拟人类胃癌发生Correa级联中的能力	重点介绍了遗传工程特别是胃特异性诱导Cre重组酶系统的最新进展，这些模型能忠实再现人类胃癌亚型的谱系及转移性疾病特征	现有模型主要产生表达解痉多肽的化生而非真正的肠化生，限制了其转化相关性	研究胃癌前病变的发病机制以制定有效的预防和治疗策略	胃癌前病变的动物模型	病理学	胃癌	单细胞RNA测序、类器官模型	遗传工程小鼠模型（GEMMs）	实验数据	NA
308	2025-07-19	Stratifin Is Necessary for Spasmolytic Polypeptide-Expressing Metaplasia Development After Acute Gastric Injury 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101521 PMID:40280276	研究论文	研究Stratifin (SFN)在胃急性损伤后主细胞转分化为表达解痉多肽的化生(SPEM)过程中的作用	首次揭示SFN通过调节EGFR/ERK信号通路促进主细胞转分化为SPEM	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本	探究SFN在胃黏膜损伤后主细胞转分化和SPEM形成中的作用机制	Mist1CreERT2; LSL-tdTomato和Mist1CreERT2; Sfnflox/flox小鼠模型	分子生物学	胃疾病	单细胞RNA测序, 免疫组化	小鼠基因敲除模型	RNA测序数据, 组织学图像	基因工程小鼠模型
309	2025-07-19	Topologically associating domains of chromatin on single-cell Hi-C data: a survey of bioinformatic tools and applications in the light of artificial intelligence 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1602234 PMID:40666074	综述	本文综述了在单细胞Hi-C数据上分析拓扑关联域（TADs）的生物信息学工具及其在人工智能视角下的应用	结合人工智能技术，尤其是深度神经网络，探索单细胞Hi-C数据中TAD结构的复杂模式	单细胞Hi-C数据的超稀疏性、噪声、实验伪影、丢失事件以及细胞异质性带来的分析挑战	探讨单细胞水平TAD结构的计算分析方法及其在基因表达调控中的作用	单细胞Hi-C数据中的拓扑关联域（TADs）	生物信息学	NA	单细胞Hi-C（scHi-C）	深度神经网络	单细胞Hi-C数据	涉及大量细胞的数据分析
310	2025-07-19	SPP1+ tumor-associated macrophages define a high-risk subgroup and inform personalized therapy in hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1606195 PMID:40666097	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序和大规模RNA测序数据，建立了一种基于SPP1和FOLR2特征的肿瘤相关巨噬细胞分类系统，并探索了其在肝细胞癌患者分层和个性化治疗中的应用	重新定义了肿瘤相关巨噬细胞的异质性，超越了传统的M1/M2范式，并将TAMs轨迹基因与HCC患者分层联系起来	研究主要基于RNA测序数据，可能未涵盖所有临床相关因素，且需要进一步实验验证SPP1阻断策略的临床效果	探索肿瘤相关巨噬细胞在肝细胞癌中的临床和治疗意义	肝细胞癌患者和肿瘤相关巨噬细胞	digital pathology	hepatocellular carcinoma	sc-RNA seq, bulk RNA-seq, multiple immunofluorescence	unsupervised clustering	RNA-seq data	大规模sc-RNA seq数据集
311	2025-07-19	Integration of single-cell RNA and bulk RNA sequencing revealed malignant ductal cell heterogeneity and prognosis signatures in pancreatic cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1579184 PMID:40666516	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示了胰腺癌中恶性导管细胞的异质性及其预后标志物	发现了ANLN、NT5E和CTSV三个新的预后生物标志物，并揭示了恶性导管细胞与巨噬细胞之间的促肿瘤相互作用	样本量相对较小（74个单细胞RNA测序样本），且需要更多独立队列验证	识别胰腺癌的早期诊断标志物并改善对肿瘤-微环境相互作用的理解	胰腺癌中的恶性导管细胞和巨噬细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序、非负矩阵分解（NMF）、机器学习特征选择	NMF、pySCENIC、CellPhoneDB	RNA测序数据	74个单细胞RNA测序样本，TCGA批量RNA数据，两个独立验证队列
312	2025-07-19	Identification and validation of genes related to stem cells and telomere maintenance mechanisms as biomarkers for breast cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1618193 PMID:40666524	研究论文	该研究通过整合转录组和单细胞RNA测序分析，探讨了干细胞相关基因和端粒维持机制相关基因作为乳腺癌潜在生物标志物的作用及其细胞机制	首次整合转录组和单细胞RNA测序分析，揭示了JUN、NFKB1和SP1作为乳腺癌潜在生物标志物的作用，并强调了间充质细胞在肿瘤生物学中的关键角色	样本量较小（8个乳腺癌肿瘤样本和8个匹配的癌旁组织），可能影响结果的普遍性	探索干细胞相关基因和端粒维持机制相关基因作为乳腺癌生物标志物的潜力及其作用机制	乳腺癌肿瘤样本和匹配的癌旁组织	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、逆转录定量聚合酶链反应（RT-qPCR）	LASSO算法	RNA测序数据	8个乳腺癌肿瘤样本和8个匹配的癌旁组织
313	2025-07-19	Thymic hyperplasia in myasthenia gravis: a narrative review 2025, Mediastinum (Hong Kong, China) DOI:10.21037/med-25-12 PMID:40666538	综述	本文回顾了早期发病型重症肌无力(EOMG)中胸腺病理学的当前知识，探讨了导致胸腺增生的免疫学和环境因素，并指出了未来研究的方向	强调了新兴技术如单细胞和空间转录组学以及胸腺类器官模型在研究胸腺滤泡增生(TFH)机制中的新应用	未具体说明文献检索的时间范围和纳入研究的数量限制	探讨胸腺病理学在早期发病型重症肌无力(EOMG)中的作用及其机制	早期发病型重症肌无力(EOMG)患者的胸腺病理变化	医学研究	重症肌无力	单细胞转录组学, 空间转录组学, 胸腺类器官模型	NA	文献数据	NA
314	2025-07-18	Exploration of M2 macrophage-related biomarkers and a candidate drug for glioblastoma using high-dimensional weighted gene co-expression network analysis 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1587258 PMID:40661076	研究论文	本研究通过高维加权基因共表达网络分析(hdWGCNA)探索了与M2巨噬细胞相关的基因生物标志物，并预测了一种用于胶质母细胞瘤(GBM)的候选药物	利用hdWGCNA方法筛选M2巨噬细胞相关基因模块，并预测候选药物沙利度胺	研究依赖于公开数据库数据，未进行实验验证	识别M2巨噬细胞相关基因标志物并寻找GBM潜在治疗药物	胶质母细胞瘤(GBM)中的M2巨噬细胞	生物信息学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 高维加权基因共表达网络分析(hdWGCNA), 分子对接	诊断模型	基因表达数据	来自GEO数据库的GSE162631和GSE4290数据集
315	2025-07-18	Silencing NEDD4L Effectively Inhibits the Malignant Behaviors of Hepatocellular Carcinoma 2025, Journal of hepatocellular carcinoma IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JHC.S511466 PMID:40661237	研究论文	本研究探讨了NEDD4L在肝细胞癌（HCC）中的表达、生存影响及其调控机制，并验证了沉默NEDD4L对HCC恶性行为的抑制作用	首次全面揭示了NEDD4L在HCC中的表达模式及其通过泛素化调控细胞周期和免疫检查点的双重作用机制	研究主要基于体外实验和数据库分析，缺乏体内实验验证	探究NEDD4L在HCC发生发展中的作用及其作为治疗靶点的潜力	肝细胞癌（HCC）	肿瘤生物学	肝癌	RNA-seq、微阵列分析、单细胞测序、Edu、CCK-8、Transwell、伤口愈合实验	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	多个数据库的HCC患者数据及体外培养的HCC细胞系
316	2025-07-18	Single-cell RNA-sequencing highlights a curtailed NK cell function in convalescent COVID-19 pregnant women 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1560391 PMID:40661959	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术，揭示了COVID-19康复孕妇中NK细胞功能的持续减弱	首次在COVID-19康复孕妇中发现NK细胞功能持续减弱，并揭示了SARS-CoV-2感染对免疫细胞基因表达谱的重编程作用	研究样本量相对较小，且仅针对孕妇群体，结果可能无法推广到其他人群	研究SARS-CoV-2感染如何改变孕妇在感染期间和康复后的免疫景观	COVID-19康复孕妇的免疫细胞（特别是NK细胞）	免疫学	COVID-19	scRNA-seq, 流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据，流式细胞数据	两个独立地理队列的孕妇样本（具体数量未明确说明）
317	2025-07-18	Development of a Starvation Response-Based Model and Its Application in Prognostic Assessment of Liver Hepatocellular Carcinoma 2025, Mediators of inflammation IF:4.4Q2 DOI:10.1155/mi/8828435 PMID:40662145	研究论文	基于饥饿反应相关基因构建风险模型，用于肝细胞癌的预后评估	首次构建基于饥饿反应相关基因的风险模型，用于肝细胞癌的预后预测	研究依赖于公共数据库的数据，未进行独立队列验证	开发肝细胞癌预后评估模型	肝细胞癌患者	数字病理学	肝癌	scRNA-seq, WGCNA, ssGSEA, MCP-Counter, ESTIMATE, TIMER	RiskScore模型	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	公共数据库中的肝细胞癌样本
318	2025-07-17	Overexpression of CX3CL1-CX3CR1 Signaling in the Stria Vascularis rather than the Basilar Membrane May Be the Trigger for Inflammaging in the Cochlea 2025, ORL; journal for oto-rhino-laryngology and its related specialties DOI:10.1159/000545134 PMID:40058359	研究论文	探讨CX3CL1-CX3CR1信号通路在耳蜗炎症衰老中的作用	首次揭示CX3CL1在耳蜗血管纹基底细胞中的过表达可能是激活老年性听力损失局部炎症微环境的触发点	需要进一步的体内干预实验验证	研究CX3CL1-CX3CR1信号通路在耳蜗炎症衰老中的角色	年轻和老年小鼠的耳蜗	生物医学	老年性听力损失	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光、实时定量PCR、Western blot、迁移实验	NA	基因表达数据、蛋白质数据	年轻和老年小鼠的耳蜗样本
319	2025-07-17	Inhibition of Aspartate β-Hydroxylase Enhances Anti-Tumor Immunity 2025, ImmunoTargets and therapy IF:6.2Q1 DOI:10.2147/ITT.S530987 PMID:40655119	研究论文	本研究探讨了抑制天冬氨酸β-羟化酶（ASPH）对增强抗肿瘤免疫力的影响	揭示了ASPH抑制与DNA疫苗接种联合治疗可显著增强CD8+ T细胞的抗肿瘤反应，并激活NK细胞、巨噬细胞和树突状细胞	研究仅在小鼠TC-1/A9模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	研究ASPH抑制对诱导抗肿瘤免疫力的影响及参与的免疫细胞	小鼠TC-1/A9模型中的肿瘤细胞和免疫细胞	肿瘤免疫学	癌症	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、ELISPOT检测	小鼠模型	实验数据	NA
320	2025-07-17	The role of ATF3 in precision medicine of brain arteriovenous malformation: based on endothelial cell proliferation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1567970 PMID:40655140	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和多组学分析，揭示了ATF3在脑动静脉畸形内皮细胞增殖中的关键作用	首次发现ATF3在BAVM发病机制中的关键作用，为BAVM的精准治疗提供了新的可能性	研究主要基于体外细胞实验，需要进一步在动物模型和临床样本中验证	探索脑动静脉畸形的发病机制并开发新的治疗策略	脑动静脉畸形(BAVM)内皮细胞	精准医学	脑动静脉畸形	scRNA-seq, 多组学分析, 细胞实验(CCK-8, RT-qPCR, Transwell等)	NA	单细胞RNA测序数据	NA