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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 301 | 2025-11-03 |
Multiplets in scRNA-seq data: Extent of the problem and efficacy of methods for removal
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0333687
PMID:41166377
|
研究论文 | 评估单细胞RNA测序数据中多重捕获问题的普遍程度及现有检测方法的有效性 | 通过细胞哈希数据确定真实多重捕获率的下限,揭示常用启发式估计系统性低估问题,并提出改进的泊松模型 | 大多数数据集缺乏多重标记技术验证,研究者只能依赖有限的工具和启发式方法 | 评估单细胞RNA测序中多重捕获问题的严重性和现有检测方法的效能 | 公共可用的单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,细胞哈希技术 | 泊松模型 | 单细胞RNA测序数据 | 多个公共数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 液滴式单细胞RNA测序 |
| 302 | 2025-11-02 |
GTestimate: improving relative gene expression estimation in scRNA-seq using the Good-Turing estimator
2025-Jan-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaf084
PMID:41159548
|
研究论文 | 提出基于Good-Turing估计器的单细胞RNA测序标准化方法GTestimate,用于改进基因相对表达量估计 | 首次将Good-Turing估计器应用于单细胞RNA测序标准化,并开发了新型细胞靶向PCR扩增方法(cta-seq)进行验证 | 未明确说明方法在特定细胞类型或实验条件下的适用性限制 | 改进单细胞RNA测序中的技术变异问题,提高基因相对表达量估计的准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, PCR扩增 | Good-Turing估计器 | 基因表达数据 | 4个示例数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 303 | 2025-11-02 |
Unsupervised multiscale clustering of single-cell transcriptomes to identify hierarchical structures of cell subtypes
2025-Jan-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaf111
PMID:41066207
|
研究论文 | 开发了一种用于单细胞转录组数据的多尺度聚类方法,以识别细胞亚型的层次结构 | 提出构建稀疏细胞-细胞相关性网络的无监督多尺度聚类方法,能够在多个分辨率下识别新的细胞类型和亚型 | NA | 改进单细胞RNA测序数据中的细胞聚类方法,以揭示更精细的细胞景观结构 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 多尺度聚类 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 304 | 2025-11-02 |
Integrated machine learning-based establishment of a prognostic model in multicenter cohorts for acute myeloid leukemia
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1649594
PMID:41164126
|
研究论文 | 本研究通过整合机器学习方法建立了急性髓系白血病的预后模型MLAPS | 使用10种机器学习算法的101个模型开发预后特征,并通过实验验证CD69在AML恶性进展中的作用 | NA | 评估白血病细胞相关基因的功能和预后意义 | 急性髓系白血病患者 | 机器学习 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序 | 集成机器学习模型 | 基因表达数据 | 多个独立队列验证 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 305 | 2025-11-02 |
Integrative modeling of malignant epithelial programs in EGFR-mutant LUAD via single-cell transcriptomics and multi-algorithm machine learning
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1661679
PMID:41164195
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研究论文 | 通过单细胞转录组学和多算法机器学习整合建模EGFR突变肺腺癌中的恶性上皮程序 | 在单细胞水平解析EGFR突变上皮细胞的恶性程序,开发了EGFRmERS预后评分系统并验证其优于现有模型,首次将PERP鉴定为关键功能基因 | 使用公开数据库数据,样本来源可能受限;功能验证仅限于体外实验 | 表征EGFR突变肺腺癌中恶性上皮细胞特征,开发预后预测模型 | EGFR突变肺腺癌患者样本中的恶性上皮细胞 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序,qRT-PCR,Transwell迁移/侵袭实验,集落形成实验 | inferCNV,k-means聚类,Monocle2,十种机器学习算法 | 单细胞转录组数据,批量转录组数据 | 多个独立队列的EGFR突变肺腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 306 | 2025-11-02 |
Integrative multi-omics reveals energy metabolism-related prognostic signatures and immunogenetic landscapes in lung adenocarcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1679464
PMID:41164190
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学方法开发了能量代谢相关预后模型,用于评估肺腺癌预后并揭示相关免疫遗传通路 | 首次结合孟德尔随机化和机器学习方法构建能量代谢相关基因的预后模型,并通过单细胞RNA测序揭示其在肿瘤微环境中的细胞特异性表达 | 研究样本量有限,需要更大规模的前瞻性研究验证模型的临床适用性 | 探索能量代谢相关基因在肺腺癌中的预后价值和免疫遗传机制 | 肺腺癌患者和细胞系 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 多组学整合分析, 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, RT-qPCR | 随机生存森林机器学习算法 | 基因组数据, 转录组数据, 临床数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 307 | 2025-11-02 |
Ménière's disease and vestibular migraine: a narrative review of pathogenetic insights, diagnostic evolution, and clinical management advances
2025, Frontiers in neurology
IF:2.7Q3
DOI:10.3389/fneur.2025.1653509
PMID:41164402
|
综述 | 比较分析梅尼埃病与前庭性偏头痛的发病机制、临床特征和诊断标准,总结研究进展并展望未来研究方向 | 提出整合单细胞转录组学、高分辨率内耳MRI、标准化蛋白质组平台和机器学习方法的综合研究框架 | 现有生物标志物研究受限于样本量小和缺乏标准化验证方案 | 阐明梅尼埃病与前庭性偏头痛的发病机制并改进临床诊疗策略 | 梅尼埃病和前庭性偏头痛患者 | 医学研究 | 前庭疾病 | 单细胞转录组学, 高分辨率MRI, 蛋白质组学, 机器学习 | 机器学习 | 临床数据, 影像数据, 分子数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 308 | 2025-10-31 |
Proteome-wide and network pharmacology integration identifies sunitinib as a potential therapeutic for type 2 diabetes targets
2025, Therapeutic advances in endocrinology and metabolism
IF:3.9Q2
DOI:10.1177/20420188251376325
PMID:41146943
|
研究论文 | 通过全蛋白质组孟德尔随机化分析和网络药理学整合,识别出舒尼替尼作为2型糖尿病的潜在治疗药物 | 首次将全蛋白质组孟德尔随机化分析与网络药理学整合,系统识别2型糖尿病治疗靶点并发现舒尼替尼的潜在治疗价值 | 需要未来临床试验验证研究结果并评估舒尼替尼的实际疗效 | 识别2型糖尿病的潜在生物标志物和治疗靶点 | 人类蛋白质组与2型糖尿病关联 | 生物信息学 | 2型糖尿病 | 孟德尔随机化分析,蛋白质-蛋白质相互作用网络,通路富集分析,单细胞RNA测序 | 逆方差加权MR,贝叶斯加权MR | 蛋白质组数据,基因组数据 | deCODE Genetics: 35,559个体(4,907种蛋白质); FinnGen研究: 65,085例T2D病例,335,112例对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 309 | 2025-10-30 |
Research overview and hotspots in the field of recurrent miscarriage: A literature-mining study
2025, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2025.1605088
PMID:41140654
|
文献挖掘研究 | 通过文献计量学分析复发性流产领域的研究概况和热点 | 首次对2015-2024年复发性流产领域进行系统的文献计量分析,识别关键研究方向和热点 | 仅基于Web of Science数据库的3114篇文献,可能存在文献收录不全的局限性 | 分析复发性流产领域的研究现状、发展趋势和研究热点 | 复发性流产相关研究文献 | 文献计量学 | 复发性流产 | 文献计量分析、共现分析、共被引分析 | NA | 文献数据 | 3114篇文献 | NA | NA | NA | NA |
| 310 | 2025-10-30 |
The role of the nervous system in the occurrence, development, and immune response of renal cell carcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1681503
PMID:41142779
|
综述 | 系统探讨神经系统在肾细胞癌发生发展及免疫应答中的作用机制 | 首次系统阐述神经免疫系统在肾癌中的作用机制,提出靶向神经免疫轴的新型治疗策略 | 主要基于临床前研究数据,缺乏大规模临床验证 | 阐明神经系统在肾癌发生发展和免疫应答中的调控作用 | 肾细胞癌及其肿瘤微环境 | 肿瘤免疫学 | 肾细胞癌 | 空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 311 | 2025-10-30 |
Prognostic genes related to mitochondrial dynamics and mitophagy in diffuse large B-cell lymphoma are identified and validated using an integrated analysis of bulk and single-cell RNA sequencing
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1686948
PMID:41142795
|
研究论文 | 通过整合分析批量RNA测序和单细胞RNA测序数据,识别并验证了与弥漫性大B细胞淋巴瘤线粒体动力学和线粒体自噬相关的预后基因 | 首次将线粒体动力学相关基因与DLBCL预后联系起来,建立了整合风险评分和临床参数的复合预测模型,并在单细胞水平验证了基因表达与B细胞分化的关联 | 研究主要基于公共数据库和有限临床样本验证,需要更大规模的前瞻性研究进一步验证 | 探讨线粒体动力学相关基因在DLBCL患者预后中的作用 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤患者 | 生物信息学 | 淋巴瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, RT-qPCR, WGCNA, LASSO-Cox回归 | 风险评分模型, nomogram模型 | 基因表达数据, 临床数据 | 公共RNA-seq数据库和临床样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 312 | 2025-10-30 |
Elevated SerpinB2 regulates MUC5AC expression via STAT6 signaling in nasal epithelial cells in allergic rhinitis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1669777
PMID:41142810
|
研究论文 | 本研究探讨了在过敏性鼻炎中SerpinB2通过STAT6信号通路调控MUC5AC表达的机制 | 首次揭示SerpinB2在过敏性鼻炎中通过STAT6信号通路调控MUC5AC表达的新机制 | 研究主要基于体外细胞实验,需要进一步的体内实验验证 | 评估SerpinB2在过敏性鼻炎中的表达及其通过STAT6信号通路调控MUC5AC的机制 | 过敏性鼻炎患者和健康对照者的鼻上皮细胞 | 分子生物学 | 过敏性鼻炎 | 单细胞RNA测序,qRT-PCR,Western blot,免疫荧光,ELISA | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据 | 间歇性和持续性过敏性鼻炎患者及健康对照者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 313 | 2025-10-30 |
Effects of hormone-primed oviduct epithelial cell co-culture system on swine SCNT embryo development
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1692877
PMID:41142920
|
研究论文 | 本研究建立了激素预处理的猪输卵管上皮细胞共培养系统,显著提高了猪体细胞核移植胚胎的囊胚形成率 | 首次使用雌二醇和孕酮预处理的输卵管上皮细胞建立共培养系统,更好地模拟输卵管生理环境 | 囊胚总细胞数未增加,具体分子机制仍需进一步验证 | 提高猪体细胞核移植胚胎的发育效率 | 猪体细胞核移植胚胎 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组测序(SMART-seq2) | NA | 基因表达数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 314 | 2025-10-30 |
Identification and Validation of the Key Genes of Diabetic Vasculopathy: Evidence Based on Bioinformatics Analysis and Animal Study
2025, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/ijog/7850852
PMID:41143005
|
研究论文 | 通过生物信息学分析和动物实验识别并验证糖尿病血管病变的关键基因 | 整合三种不同算法确定关键基因,结合调控网络分析、免疫浸润分析和单细胞RNA测序,并通过动物实验进行验证 | 研究样本量有限,动物模型验证仅为初步实验 | 探索糖尿病血管病变的分子机制并识别关键致病基因 | 2型糖尿病患者动脉样本和糖尿病小鼠模型 | 生物信息学 | 糖尿病血管病变 | 生物信息学分析,单细胞RNA测序,动物实验 | 蛋白-蛋白相互作用网络,调控网络分析 | 基因表达数据,单细胞RNA测序数据 | GSE13760数据集中的T2DM和对照动脉样本 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 315 | 2025-10-30 |
Identification and characterization of senescent macrophages in renal allograft rejection: a cross-species MultiOmics study
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1623124
PMID:41142786
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研究论文 | 通过跨物种多组学研究识别和表征肾移植排斥中的衰老巨噬细胞 | 首次鉴定出肾移植排斥中的新型衰老浸润巨噬细胞(SnIMs),并揭示其跨物种保守的NF-κB/Cebpb驱动转录特征 | 研究主要基于动物模型和回顾性临床数据,需要进一步功能验证 | 探究免疫细胞衰老在肾移植排斥中的作用机制 | 肾移植患者活检样本和年龄匹配的大鼠同种异体移植模型 | 数字病理学 | 肾移植排斥 | 单细胞转录组学, 微阵列, 免疫细胞浸润算法, 组织病理学 | NA | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据, 病理图像 | 肾移植活检队列和大鼠移植模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
| 316 | 2025-10-30 |
Multi-scale data reveal a CD24(+) MUCL1(+) tumor subgroup associated with unfavorable prognosis in ER+ breast cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1695689
PMID:41142825
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研究论文 | 通过多组学方法识别ER+乳腺癌中与不良预后相关的CD24(+) MUCL1(+)肿瘤亚群 | 首次系统揭示MUCL1+CD24+细胞在乳腺癌中的生物学特性和临床意义,并开发可临床转化的影像组学方法 | NA | 识别ER+乳腺癌患者中预后不良的肿瘤亚群以进行预后分层 | ER+乳腺癌患者 | 数字病理 | 乳腺癌 | 单细胞转录组学, bulk RNA测序, 多重免疫组化, 影像组学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据, 基因组数据, 医学影像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 317 | 2025-10-30 |
Human axillary lymph node T follicular helper (Tfh) and Precursor-Tfh cells exhibit functional flexibility following seasonal influenza vaccination
2025, Clinical & translational immunology
IF:4.6Q2
DOI:10.1002/cti2.70056
PMID:41143063
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析人类腋窝淋巴结中T滤泡辅助细胞及其前体细胞在季节性流感疫苗接种后的功能可塑性 | 首次在人体淋巴结中揭示Tfh细胞谱系具有功能可塑性,能够分化为不同命运谱系 | 样本量较小(仅5名个体),且仅观察疫苗接种后5天的时间点 | 评估疫苗接种后免疫反应中CD4+T细胞亚群的适应性和可塑性潜力 | 人类腋窝淋巴结中的T滤泡辅助细胞和Pre-Tfh细胞 | 免疫学 | 传染病 | 单细胞RNA测序,T细胞受体分析,基因表达分析 | 伪时间轨迹分析 | 单细胞转录组数据 | 5名个体的疫苗引流和对侧腋窝淋巴结 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 318 | 2025-10-30 |
Exercise induced immune regulation and drug efficacy in rhinitis nasopharyngeal carcinoma implications for tumor microenvironment single cell immune signal transduction
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1673383
PMID:41159023
|
综述 | 探讨运动通过调节免疫信号增强免疫疗法在过敏性鼻炎和鼻咽癌治疗中疗效的机制 | 首次系统阐述运动通过单细胞技术调控肿瘤微环境免疫信号转导以增强免疫治疗效果的协同机制 | 尚未建立标准化的个体化运动方案,缺乏大规模临床验证 | 研究运动与免疫疗法联合治疗对肿瘤微环境的调控作用 | 过敏性鼻炎和鼻咽癌患者 | 单细胞生物学 | 鼻咽癌 | 单细胞RNA测序, 空间组学 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 319 | 2025-10-30 |
Fibroblast heterogeneity and FN1-mediated signaling in endometriosis revealed by single-cell and spatial transcriptomics
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1680849
PMID:41159025
|
研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学揭示子宫内膜异位症中成纤维细胞异质性和FN1介导的信号传导机制 | 首次整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术系统解析子宫内膜异位症中成纤维细胞亚群的异质性及其在纤维化和免疫调节中的关键作用 | 样本量有限(15例患者),空间转录组数据仅来自两个异位病灶 | 探究子宫内膜异位症中成纤维细胞异质性及其在疾病进展中的分子机制 | 子宫内膜异位症患者的病灶组织 | 数字病理学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 功能富集分析, 轨迹推断 | CellChat | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 15例子宫内膜异位症患者 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 320 | 2025-01-23 |
Finding and Profiling Renal Cells with Spatial Transcriptomics
2025-Jan-22, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000632
PMID:39836482
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |