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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 301 | 2026-04-04 |
A single-cell compendium of human cerebrospinal fluid identifies disease-associated immune cell populations
2025-Jan-02, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI177793
PMID:39744938
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研究论文 | 本研究通过整合公开数据集和自身研究,构建了一个包含139名受试者的单细胞转录组学图谱,涵盖脑脊液和血液样本,用于识别与神经系统疾病相关的免疫细胞群体 | 首次构建了一个全面的脑脊液免疫细胞单细胞转录组学参考图谱,识别了MS患者中特有的AREG+树突状细胞新亚群,并阐明了不同疾病间免疫细胞频率和分布的差异 | 研究依赖于公开数据集和自身样本的整合,可能存在批次效应或样本选择偏差,且疾病范围虽广但每种疾病的样本量可能有限 | 通过单细胞转录组学分析脑脊液免疫细胞,以阐明神经系统疾病的病理生理机制 | 人类脑脊液和血液样本中的免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 多发性硬化症、阿尔茨海默病、帕金森病、COVID-19、自身免疫性脑炎等神经系统疾病 | 单细胞RNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 139名受试者,包括135个脑脊液样本和58个血液样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 302 | 2026-04-02 |
Single-Cell RNA-Sequencing Analysis Provides Insights into IgA Nephropathy
2025-01-29, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15020191
PMID:40001494
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在IgA肾病研究中的应用进展 | 利用scRNA-seq技术揭示了IgA肾病中免疫特征的全景,包括外周血B细胞和Th细胞活化、细胞毒性T细胞耗竭、肾脏浸润细胞亚型,以及系膜细胞和内皮细胞在肾损伤早期的关键作用 | NA | 探讨单细胞RNA测序技术在IgA肾病研究中的进展,以理解其复杂分子机制并开发生物标志物和特异性治疗策略 | IgA肾病(IgAN) | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 303 | 2026-04-02 |
Integrated single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq analysis to investigate key adipogenesis genes in adipose-derived stem cells
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0335152
PMID:41325391
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA-seq和bulk RNA-seq数据,探索了脂肪来源干细胞(ADSCs)在脂肪生成过程中的关键基因及其阶段特异性调控网络 | 整合了bulk和单细胞RNA-seq数据,识别了脂肪生成早期和晚期的阶段特异性调控基因,并构建了包含mRNA、miRNA和lncRNA的ceRNA调控网络 | 研究主要基于转录组数据,未涉及蛋白质水平或功能验证,且样本来源和数量可能有限 | 探究ADSCs脂肪生成过程中的关键调控基因和阶段特异性转录调控网络 | 脂肪来源干细胞(ADSCs) | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, qPCR | NA | RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 304 | 2026-03-29 |
SwarmMAP: Swarm Learning for Decentralized Cell Type Annotation in Single Cell Sequencing Data
2025-Jan-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.13.632775
PMID:39868099
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研究论文 | 本文开发了一种名为SwarmMAP的基于群体学习(Swarm Learning)的机器学习方法,用于在单细胞测序数据中以去中心化的方式自动进行细胞类型注释 | 首次将群体学习应用于单细胞测序数据的细胞类型注释,实现了在无需交换原始数据的情况下进行去中心化模型训练,解决了数据隐私和可扩展性问题 | 摘要中未明确提及具体的研究局限性 | 开发一种标准化、自动化且保护隐私的跨数据集细胞类型注释方法 | 人类心脏、肺和乳腺组织的单细胞转录组数据 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 基于Swarm Learning的机器学习模型 | 单细胞转录组数据 | 摘要中未提供具体样本数量,涉及多个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 305 | 2026-03-28 |
Decreased miR-486-5p is involved in lipopolysaccharide-induced HTR-8/SVneo cell dysfunction by promoting SMAD2 expression
2025-01-01, Reproduction (Cambridge, England)
DOI:10.1530/REP-23-0502
PMID:39475824
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研究论文 | 本研究探讨了miR-486-5p/Smad2通路在脂多糖诱导的绒毛外滋养细胞功能障碍及早期妊娠丢失发病机制中的作用 | 揭示了miR-486-5p通过靶向SMAD2调控绒毛外滋养细胞侵袭和TNFα产生的新机制,并利用单细胞RNA测序数据验证了SMAD2在复发性流产患者中的表达变化 | 研究主要基于细胞系HTR-8/SVneo和动物模型,人类样本验证有限,且未深入探讨其他潜在靶点或通路 | 阐明miR-486-5p在早期妊娠丢失发病机制中的具体作用及其分子通路 | 绒毛外滋养细胞(EVT)系HTR-8/SVneo、LPS诱导的早期妊娠丢失模型、人类蜕膜单细胞RNA测序数据 | 生殖医学 | 早期妊娠丢失 | 单细胞RNA测序、转录组分析、细胞功能实验 | NA | 基因表达数据、细胞实验数据 | 细胞系实验及公共数据库(GEO)中的人类样本数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 306 | 2026-03-28 |
Modeling reproductive and pregnancy-associated tissues using organ-on-chip platforms: challenges, limitations, and the high throughput data frontier
2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2025.1568389
PMID:40236940
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综述 | 本文综述了使用器官芯片平台建模生殖和妊娠相关组织的挑战、局限性以及高通量数据前沿 | 探讨了器官芯片技术在生殖和妊娠领域应用的创新点,包括克服现有平台限制的新方法,如空间转录组学和成像流式细胞术 | 描述了器官芯片平台的局限性,如细胞数量少、上清液体积低、制造材料限制以及分子和生化检测的不足 | 旨在评估器官芯片技术在生殖和妊娠相关生理病理建模及药物评估中的应用潜力和挑战 | 生殖和妊娠相关的器官芯片平台 | 生物医学工程 | NA | 空间转录组学、成像流式细胞术、外泌体分析 | NA | 图像、分子数据 | NA | NA | 器官芯片、微生理系统 | NA | NA |
| 307 | 2026-03-25 |
High fat diet-induced loss of pituitary plasticity in aging female mice with ablated leptin signaling in somatotropes
2025, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2025.1617109
PMID:40741169
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研究论文 | 本研究探讨高脂饮食对缺乏生长激素细胞中瘦素受体的老年雌性小鼠垂体转录组功能的影响 | 首次揭示高脂饮食通过下调翻译调控通路和减少多潜能细胞表达,损害老年小鼠垂体可塑性,尤其在瘦素受体缺失突变体中更显著 | 研究仅基于小鼠模型,未涉及人类样本;样本量相对较小;未深入探讨高脂饮食诱导的氧化应激具体分子机制 | 探究高脂饮食如何影响缺乏生长激素细胞瘦素受体的老年雌性小鼠垂体转录组功能 | 10月龄缺乏生长激素细胞瘦素受体的雌性突变小鼠及其同窝对照小鼠 | 单细胞转录组学 | 肥胖相关代谢疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、生物信息学分析、葡萄糖耐量测试、代谢笼监测 | NA | 单细胞转录组数据、血清激素和细胞因子数据 | 老年雌性突变小鼠和对照小鼠,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 308 | 2026-03-25 |
MFSD12 promotes proliferation, metastasis and invasion of hepatocellular carcinoma cells and its potential correlation with HAVCR2/LGALS9 immune checkpoint axis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1681887
PMID:41194934
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研究论文 | 本研究探讨了MFSD12在肝细胞癌(LIHC)进展中的潜在作用,发现其高表达与不良预后相关,并可能通过促进肿瘤细胞增殖、迁移和侵袭,以及与HAVCR2/LGALS9免疫检查点轴相互作用来调节肿瘤免疫微环境 | 首次在泛癌分析中揭示MFSD12在LIHC中的特异性高表达,并通过单细胞RNA测序和功能实验验证其在肿瘤细胞和先天淋巴样细胞中的表达,以及通过MFSD12-siRNA调控HAVCR2/LGALS9免疫检查点轴的新机制 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验,缺乏体内模型验证,且MFSD12与HAVCR2/LGALS9轴的具体相互作用机制尚未完全阐明 | 探究MFSD12在肝细胞癌进展中的潜在作用及其与免疫检查点轴的相关性 | 肝细胞癌(LIHC)细胞及肿瘤微环境中的免疫细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序,免疫组化分析,生物信息学分析 | NA | 基因表达数据,单细胞RNA测序数据,临床数据 | 基于TCGA、GEO和ArrayExpress数据库的泛癌数据集,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 309 | 2026-03-25 |
Comprehensive Single-Cell Characterization of LDL in the Ovarian Cancer Microenvironment and Its Prognostic Implications
2025, Mediators of inflammation
IF:4.4Q2
DOI:10.1155/mi/6540537
PMID:41873739
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析,系统揭示了低密度脂蛋白在卵巢癌微环境中的分布、功能通路及预后价值,并构建了一个有效的预后预测模型 | 首次在单细胞水平上全面表征LDL在卵巢癌微环境中的分布和功能,并构建了基于多队列验证的LDL相关卵巢癌预后特征模型 | 研究主要基于转录组数据,缺乏对LDL蛋白水平或代谢功能的直接验证 | 阐明LDL在卵巢癌肿瘤微环境中的具体作用机制及其预后意义 | 卵巢癌患者的单细胞转录组数据及八个队列的批量RNA-seq数据 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | 机器学习模型 | 转录组数据 | 涉及多个队列的卵巢癌患者样本,具体数量未在摘要中明确 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 310 | 2026-03-25 |
Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals an Inflammatory Antigen-Presenting Macrophages Subtype Drive Vitiligo Pathogenesis Through STAT1-Mediated Dual Mechanisms
2025, Mediators of inflammation
IF:4.4Q2
DOI:10.1155/mi/8878698
PMID:41873751
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了白癜风中一种未表征的炎症性抗原呈递巨噬细胞亚型,通过STAT1介导的双重机制驱动疾病发病 | 首次在白癜风中鉴定出一种新的炎症性抗原呈递巨噬细胞亚型(Mac-InflamAP),并阐明其通过STAT1介导的直接抑制黑素细胞和增强T细胞活化的双重机制 | 研究主要基于单细胞转录组数据和实验验证,但样本量可能有限,且体内外实验的转化应用需进一步验证 | 阐明巨噬细胞在白癜风发病机制中的异质性和功能,特别是通过STAT1介导的机制 | 健康与白癜风患者的皮肤组织,包括巨噬细胞、T细胞和黑素细胞 | 数字病理学 | 白癜风 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 311 | 2026-03-25 |
Integrative Genomic and Single-Cell Insights Into Efferocytosis-Mediated Immune Regulation in Clear Cell Renal Cell Carcinoma
2025, Mediators of inflammation
IF:4.4Q2
DOI:10.1155/mi/8710699
PMID:41873768
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研究论文 | 本文通过整合基因组学和单细胞技术,探讨了efferocytosis在透明细胞肾细胞癌中的免疫调节作用及其预后意义 | 首次在ccRCC中系统量化efferocytosis通路活性,并构建了基于岭回归的预后模型,结合多组学整合和单细胞空间转录组学鉴定出RAC1作为关键风险基因 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证相对有限,且样本来源和平台可能引入偏差 | 阐明efferocytosis在ccRCC中的预后价值和分子机制,以发现潜在生物标志物和治疗靶点 | 透明细胞肾细胞癌(ccRCC)患者样本 | 生物信息学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 免疫组化, 基因组学分析 | 岭回归模型 | 基因组数据, 转录组数据, 单细胞数据, 空间转录组数据, 蛋白质数据 | 未明确指定样本数量,但使用了多个独立数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 312 | 2026-03-25 |
Glioblastoma Prognosis and Therapeutic Response Predicted by a Cancer-Associated Fibroblasts Risk Score
2025, Mediators of inflammation
IF:4.4Q2
DOI:10.1155/mi/4342537
PMID:41873770
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研究论文 | 本研究基于癌症相关成纤维细胞特征,开发了一个用于预测胶质母细胞瘤预后和治疗反应的评分模型 | 首次系统性地将CAFs相关特征整合到GBM预后模型中,并构建了包含风险评分和临床病理特征的列线图,提高了预测准确性 | 研究主要依赖公共数据库数据,缺乏前瞻性临床验证,且样本量可能有限 | 开发一个基于CAFs的预后模型,以改善GBM患者的精确分层和治疗策略 | 胶质母细胞瘤患者及其肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | 回归分析模型 | 单细胞RNA测序数据 | 来自多个公共数据库的GBM相关数据,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 313 | 2026-03-23 |
Spatial transcriptomics reveals distinct role of monocytes/macrophages with high FCGR3A expression in kidney transplant rejections
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1654741
PMID:41030449
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术,揭示了高表达FCGR3A的单核细胞/巨噬细胞在肾移植排斥反应中的关键作用 | 首次在肾移植排斥反应中,通过空间转录组学识别出高表达FCGR3A的单核细胞/巨噬细胞亚群,并关联其空间分布与组织病理学特征 | 研究基于有限的人类肾移植活检样本,未涉及长期随访或功能验证实验 | 探究先天免疫细胞亚群在肾移植排斥反应中的具体作用机制 | 人类肾移植物的福尔马林固定石蜡包埋核心针活检样本 | 空间转录组学 | 肾移植排斥反应 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 人类肾移植活检样本(具体数量未明确) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 314 | 2026-03-21 |
CellChat for systematic analysis of cell-cell communication from single-cell transcriptomics
2025-01, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01045-4
PMID:39289562
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研究论文 | 本文介绍了CellChat v2,一个用于从单细胞转录组数据中推断和分析细胞间通信网络的更新计算工具 | CellChat v2通过简化的质量作用模型量化细胞间信号通信概率,整合了配体-受体核心相互作用及辅助因子调制,并提供了系统比较分析和交互式探索功能 | 协议执行时间取决于数据集大小,且需要基本的R语言和单细胞数据分析知识,但无需专门的生物信息学培训 | 开发并应用计算工具来系统分析单细胞转录组数据中的细胞间通信网络 | 单细胞转录组数据中的细胞群体及其通信网络 | 计算生物学 | NA | 单细胞转录组测序 | 基于质量作用的简化模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 315 | 2026-03-21 |
CX3CR1+ Monocytes/Macrophages Promote Regional Immune Injury in Mesangial Proliferative Glomerulonephritis through Crosstalk with Activated Mesangial Cells
2025, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.0716
PMID:40458609
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研究论文 | 本研究揭示了在系膜增生性肾小球肾炎中,活化的系膜细胞与CX3CR1+单核细胞/巨噬细胞通过CX3CL1-CX3CR1轴相互作用,促进肾小球局部免疫损伤的机制 | 首次通过单细胞RNA测序和细胞通讯分析,明确了CX3CL1-CX3CR1轴在MsPGN局部免疫损伤中的核心作用,并验证了靶向该轴的抗体(quetmolimab)的治疗潜力 | NA | 阐明系膜增生性肾小球肾炎中局部免疫损伤的分子机制,并探索新的治疗靶点 | IgA肾病患者的临床标本、MsPGN动物模型、系膜细胞、单核细胞/巨噬细胞 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, RNA-seq, Luminex多重免疫分析, 分子分析 | NA | 单细胞转录组数据, 基因表达数据, 蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 316 | 2026-03-20 |
The quality of SIV-specific fCD8 T cells limits SIV RNA production in Tfh cells during antiretroviral therapy
2025-01-31, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.00812-24
PMID:39641620
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研究论文 | 本研究通过建立SIV慢性感染cART模型,揭示了SIV-Gag特异性fCD8 T细胞的质量与Tfh细胞中SIV RNA产量之间的负相关关系,特别是在cART治疗或自然控制者中 | 首次在SIV感染猕猴模型中,结合组织切片分析和单细胞测序,系统研究了不同感染状态下(未治疗、cART治疗、自然控制)Tfh和fCD8 T细胞的特性,并揭示了cART下fCD8 T细胞更易耗竭和免疫衰老的转录组特征 | 研究样本量较小(15只猕猴),且为动物模型,结果向人类HIV感染的直接外推需谨慎 | 探究在慢性持续性HIV/SIV感染中,淋巴组织内HIV/SIV特异性滤泡CD8 T细胞(fCD8 T细胞)对潜伏感染细胞(主要存在于滤泡辅助T细胞,Tfh)的影响,以寻找潜在的治愈策略 | 15只感染SIVmac239的食蟹猴,分为进展者(8只,建立慢性期cART模型)和自然控制者(7只) | 传染病学,免疫学 | HIV/SIV感染 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),激活诱导标记物(AIMs)分析,组织切片分析 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞术数据,组织学数据 | 15只食蟹猴 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 317 | 2026-03-18 |
ImageDoubler: image-based doublet identification in single-cell sequencing
2025-01-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-55434-0
PMID:39747095
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研究论文 | 本研究提出了一种基于图像的模型ImageDoubler,用于识别单细胞测序中的双联体 | 首次利用Fluidigm单细胞测序图像数据进行双联体识别,相比传统基于基因组模拟数据的方法,F1分数至少提升33.1% | 方法目前主要针对Fluidigm平台图像数据,在其他单细胞测序平台上的适用性有待验证 | 开发更有效的单细胞测序双联体检测方法 | 单细胞测序数据中的双联体(两个或多个细胞被一起测序) | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | 图像识别模型 | 图像 | NA | Fluidigm | 单细胞测序 | NA | Fluidigm单细胞测序图像数据 |
| 318 | 2026-03-15 |
Single-cell atlas of endothelial cells in atherosclerosis: identifying C1 CXCL12+ ECs as key proliferative drivers for immunological precision therapeutics in atherosclerosis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1569988
PMID:40421026
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术绘制了动脉粥样硬化中内皮细胞的图谱,识别出C1 CXCL12+ ECs作为关键增殖驱动亚群,并探讨其在疾病进展中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序全面绘制动脉粥样硬化内皮细胞图谱,识别出C1 CXCL12+ ECs这一关键增殖驱动亚群,并揭示FOXM1在其中的调控作用 | NA | 揭示动脉粥样硬化中内皮细胞的异质性及其在疾病进展中的关键作用,为精准免疫治疗提供新靶点 | 动脉粥样硬化中的内皮细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 319 | 2026-03-15 |
Analysis of head and neck cancer scRNA-seq data identified PRDM6 promotes tumor progression by modulating immune gene expression
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1596916
PMID:40936897
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据和IRIS3平台分析头颈鳞状细胞癌,发现PRDM6通过调控免疫基因表达促进肿瘤进展 | 首次发现组蛋白甲基转移酶PRDM6在头颈癌中通过诱导免疫应答基因表达促进肿瘤细胞增殖的新功能,并揭示HPV病毒癌蛋白通过上调PRDM6表达与HPV阳性头颈癌相关 | 未明确说明样本量大小,机制研究可能仍需进一步实验验证 | 探究头颈鳞状细胞癌中免疫应答基因调控网络及其在肿瘤进展中的作用机制 | 头颈鳞状细胞癌患者样本 | 数字病理学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序 | IRIS3(细胞类型特异性调控网络推断工具) | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 320 | 2026-03-14 |
Linking Cellular Senescence to Vascular Pathology: The Diagnostic Potential of Superoxide Dismutase 2 in Aortic Dissection
2025, Vascular health and risk management
IF:2.6Q2
DOI:10.2147/VHRM.S553609
PMID:41334574
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研究论文 | 本研究通过整合生物信息学和单细胞转录组学分析,探讨了血管衰老的分子和细胞机制及其在主动脉夹层(AD)发病中的关键作用,并确定了超氧化物歧化酶2(SOD2)作为AD的潜在诊断生物标志物和治疗靶点 | 首次将SOD2与主动脉夹层的血管衰老和免疫调节联系起来,并通过单细胞RNA测序揭示了其在巨噬细胞和树突状细胞中的特异性表达,同时构建了基因-药物相互作用网络以探索靶向治疗的可能性 | 研究主要基于公开数据集和单细胞测序数据,需要进一步的实验验证和临床队列研究来确认SOD2的诊断和治疗价值 | 探讨血管衰老在主动脉夹层发病中的分子和细胞机制,并寻找潜在的诊断生物标志物和治疗靶点 | 主动脉夹层组织样本及相关公开数据集(GSE52093, GSE153434) | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 生物信息学分析, ROC分析 | NA | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 基于两个公开数据集(GSE52093, GSE153434)的样本,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |