单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
301	2025-05-28	Integrative analysis of bulk and single-cell RNA sequencing data reveals increased arachidonic acid metabolism in osteoarthritic chondrocytes 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1552029 PMID:40417665	research paper	通过整合分析大量和单细胞RNA测序数据，揭示了骨关节炎软骨细胞中花生四烯酸代谢的增加	首次揭示了MIF刺激软骨细胞通过激活ERK/PLA2G4A信号通路增加花生四烯酸产生的机制	研究主要基于公共数据库数据，实验验证样本量有限	探究骨关节炎中软骨细胞的代谢调控机制	人类膝关节软骨细胞	digital pathology	osteoarthritis	RNA-seq, scRNA-seq, GSVA, WGCNA, qPCR, WB, ELISA, IHC	NA	RNA sequencing data, protein expression data	公共数据库数据及OA患者软骨样本
302	2025-05-28	Near-infrared fluorescent nanoprobe enables noninvasive, longitudinal monitoring of graft outcome in RPE transplantation 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1583790 PMID:40417666	研究论文	开发了一种近红外荧光纳米探针，用于无创、长期监测视网膜色素上皮细胞移植后的移植效果和免疫排斥反应	利用近红外荧光纳米探针标记供体RPE细胞，实现了移植细胞在体内的长期追踪和免疫排斥反应的评估	纳米探针信号强度随时间减弱，且信号分布扩展至脉络膜，可能影响长期监测的准确性	开发一种简单有效的方法，用于定量评估RPE细胞移植的治疗效果和免疫排斥反应	视网膜色素上皮细胞（RPE）移植和免疫排斥反应	生物医学工程	视网膜退行性疾病	近红外荧光成像、免疫荧光染色、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	荧光信号图像、RNA测序数据	小鼠模型
303	2025-05-27	Dynamic Reprogramming of Stromal Pdgfra-expressing cells during WNT-Mediated Transformation of the Intestinal Epithelium 2025-Jan-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.22.634326 PMID:39896606	研究论文	本研究揭示了在WNT驱动的肿瘤发生过程中，表达Pdgfra的成纤维细胞如何动态重编程以促进肠道上皮的再生样状态	首次揭示了Pdgfra成纤维细胞在WNT介导的组织转化中的动态重编程作用，并发现TGFB信号在这一过程中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类组织中的验证尚未进行	探究WNT介导的肠道上皮转化过程中基质细胞的作用机制	表达Pdgfra的成纤维细胞和肠道上皮细胞	肿瘤生物学	肠道肿瘤	单细胞RNA测序(RNA-seq)	小鼠模型	RNA测序数据	NA
304	2025-05-26	Identification of prognostic biomarkers for endometrioid endometrial carcinoma based on the miRNA and mRNA co-expression network regulated by estradiol 2025, Clinics (Sao Paulo, Brazil) DOI:10.1016/j.clinsp.2025.100672 PMID:40319860	研究论文	本研究通过miRNA和mRNA共表达网络识别了与雌二醇调控相关的子宫内膜样子宫内膜癌预后生物标志物	首次发现miR-142-5p-SACS和miR-30a-5p-GPR157作为雌二醇调控的潜在诊断和预后生物标志物	样本量相对有限（n=408 TCGA数据 + n=9实验数据），且需要进一步实验验证	识别与雌二醇调控相关的子宫内膜样子宫内膜癌预后生物标志物	子宫内膜样子宫内膜癌（EEC）患者和经雌二醇处理的子宫内膜癌Ishikawa细胞	生物信息学	子宫内膜癌	RNA测序、单细胞转录组测序、生物信息学分析	共表达网络分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络	RNA表达谱数据、单细胞转录组数据	408例TCGA数据 + 9例实验样本（3×250nM雌二醇组、3×50nM雌二醇组、3×对照组）
305	2025-05-26	Single cell RNA-sequencing identified CCR7+/RELB+/IRF1+ T cell responding for juvenile idiopathic arthritis pathogenesis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1528446 PMID:40406113	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，揭示了CCR7+/RELB+/IRF1+ T细胞在青少年特发性关节炎（JIA）发病机制中的关键作用	首次在单细胞水平上鉴定了HLA-B27阳性和阴性JIA患者的免疫细胞异质性，并发现CCR7+/RELB+/IRF1+三重阳性T细胞在HLA-B27阳性JIA患者中特异性存在	研究样本量未明确说明，且机制研究主要基于假设，需要进一步实验验证	探索青少年特发性关节炎不同亚型的疾病异质性并分析其发病机制	青少年特发性关节炎患者的外周血单个核细胞（PBMCs）	单细胞组学	青少年特发性关节炎	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	未明确说明（包含HLA-B27阳性和阴性JIA患者、pSS患者和SLE患者的外周血样本）
306	2025-05-26	Decoding multiple myeloma: single-cell insights into tumor heterogeneity, immune dynamics, and disease progression 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1584350 PMID:40406148	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析多发性骨髓瘤的肿瘤异质性、免疫动态和疾病进展	利用单细胞RNA测序技术识别了多发性骨髓瘤中的11种不同细胞类型，并揭示了神经免疫调控在肿瘤微环境中的关键作用	研究样本可能不足以完全代表多发性骨髓瘤的所有亚型	探索多发性骨髓瘤的肿瘤异质性、免疫动态和疾病进展机制	多发性骨髓瘤（MM）和高危冒烟型多发性骨髓瘤（SMMh）样本	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CytoTRACE, Monocle2, Slingshot	RNA-seq数据	NA
307	2025-05-26	Identification of common hub genes and construction of immune regulatory networks in aplastic anemia, myelodysplastic syndromes, and acute myeloid leukemia 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1547289 PMID:40406144	研究论文	本研究通过生物信息学分析和实验验证，识别了再生障碍性贫血(AA)、骨髓增生异常综合征(MDS)和急性髓系白血病(AML)的共同枢纽基因，并构建了免疫调控网络	首次发现POLG和MAP2K7作为AA、MDS和AML的共同枢纽基因，揭示了MIF介导的细胞通讯在20多条免疫调控通路中的作用	枢纽基因对细胞增殖和迁移没有显著影响，体外验证结果有限	探索AA、MDS和AML的共同发病机制，为预防疾病进展提供基础	再生障碍性贫血、骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病	生物信息学	血液系统疾病	基因表达差异分析、基因集富集分析、加权基因共表达网络分析、免疫浸润分析、单细胞测序、细胞通讯分析、孟德尔随机化、RT-qPCR、ELISA	NA	基因表达数据	来自GEO数据库的相关数据集（具体数量未说明）
308	2025-05-26	Single-cell RNA sequencing reveals adrb1 as a sympathetic nerve-regulated immune checkpoint driving T cell exhaustion and impacting immunotherapy in esophageal squamous cell carcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1520766 PMID:40406147	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了ADRB1作为交感神经调节的免疫检查点，驱动T细胞耗竭并影响食管鳞状细胞癌的免疫治疗效果	首次发现ADRB1在食管鳞状细胞癌中作为免疫检查点的作用，并通过单细胞RNA测序和实验验证揭示了其在T细胞耗竭和免疫治疗中的作用	研究主要基于单细胞RNA测序和TCGA数据，需要进一步的体内实验验证ADRB1的调控机制和治疗潜力	探索ADRB1在食管鳞状细胞癌中的免疫调节作用及其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者样本中的T细胞和其他免疫细胞	数字病理学	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、荧光激活细胞分选（FACS）、拷贝数变异（CNV）分析	NA	单细胞RNA测序数据、TCGA数据	未明确提及具体样本数量，但涉及ESCC患者的新辅助治疗前后样本
309	2025-05-26	Single-Cell RNA-Seq Recognized Key Genes for Metastasis and Macrophage Infiltration in Colorectal Cancer 2025, Human mutation IF:3.3Q2 DOI:10.1155/humu/9488531 PMID:40406545	研究论文	通过单细胞RNA测序技术识别结直肠癌转移和巨噬细胞浸润的关键基因	首次利用单细胞RNA测序数据识别出ZFAND2A作为结直肠癌转移和巨噬细胞浸润的关键基因，并验证其在癌细胞活性和巨噬细胞极化中的功能	研究主要基于体外实验，尚未进行体内验证	探索结直肠癌转移和免疫细胞浸润的分子机制	结直肠癌组织和相关基因	数字病理学	结直肠癌	scRNA-seq, qRT-PCR, WB分析, CCK-8, transwell实验, ELISA, 流式细胞术	lasso回归	基因表达数据	GSE261012和GSE234804数据集中的样本
310	2025-05-26	CD9 expression rivals IDH mutation as a prognostic marker in glioma: a novel nomogram approach 2025, Frontiers in neurology IF:2.7Q3 DOI:10.3389/fneur.2025.1507443 PMID:40406701	研究论文	本研究评估了四跨膜蛋白CD9在胶质瘤中的预后意义和功能机制，以确立其临床相关性并确定治疗策略	CD9作为胶质瘤的预后生物标志物，其过表达与肿瘤发展的因果关系得到证实，并开发了基于CD9的列线图以提高预后精确度	研究样本主要来自TCGA和CGGA队列，可能无法完全代表所有胶质瘤患者群体	评估CD9在胶质瘤中的预后意义和功能机制，确立其临床相关性并确定治疗策略	胶质瘤患者样本	数字病理学	胶质瘤	多组学分析、单细胞RNA测序、Mendelian randomization (MR)、KEGG富集分析、PPI网络构建	Cox回归、CellChat、Monocle3	基因组数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据	1,033个胶质瘤样本（来自TCGA和CGGA队列）和20个胶质母细胞瘤病例的单细胞RNA测序数据
311	2025-05-25	Distinct myeloid-derived suppressor cell populations in human glioblastoma 2025-Jan-17, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.abm5214 PMID:39818911	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，鉴定了人类胶质母细胞瘤中两种不同的髓系来源抑制细胞（MDSC）群体，并揭示了它们与肿瘤细胞的相互作用机制	首次在IDH野生型胶质母细胞瘤中发现两种功能不同的MDSC亚群（E-MDSC和M-MDSC），并阐明其空间分布特征及与肿瘤干细胞的互作网络	样本量相对有限（33例胶质瘤），且仅关注了IDH野生型与突变型之间的差异	探究胶质瘤相关髓系细胞在肿瘤进展和免疫逃逸中的作用机制	人类胶质瘤组织中的免疫细胞和肿瘤细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	33例胶质瘤样本
312	2025-05-25	Isolation and Preparation of Embryonic Zebrafish Retinal Cells for Single-Cell RNA Sequencing 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4087-6_6 PMID:39240518	研究论文	本文描述了从斑马鱼胚胎视网膜中分离和制备单细胞用于单细胞RNA测序的方法	提供了一种可重复生成高质量单细胞悬浮液的方法，适用于斑马鱼眼睛及其他发育或再生组织的scRNA-Seq实验	方法主要针对斑马鱼胚胎视网膜细胞，可能不直接适用于其他物种或组织类型	开发适用于斑马鱼眼睛单细胞RNA测序的高质量单细胞悬浮液制备方法	斑马鱼胚胎视网膜细胞	单细胞测序	NA	scRNA-Seq, 10× Genomics v3.1系统	NA	RNA序列数据	斑马鱼胚胎视网膜细胞（具体数量未提及）
313	2025-05-25	Insights into early acne pathogenesis: Exploring intercellular dynamics and key dysregulated genes 2025, Cell signaling DOI:10.46439/signaling.3.053 PMID:40401196	评论	探讨早期痤疮发病机制中的细胞间动态和关键失调基因	利用单细胞RNA测序和空间转录组学数据集分析痤疮患者的细胞通讯，识别与炎症反应和角化过度相关的失调基因	NA	探索早期痤疮的发病机制和潜在治疗靶点	痤疮患者的主要皮肤细胞类型，包括内皮细胞、成纤维细胞、淋巴细胞、髓系细胞、角质形成细胞和平滑肌细胞	生物医学研究	痤疮	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据	NA
314	2025-05-24	TLR7 responses in glomerular macrophages accelerate the progression of glomerulonephritis in NZBWF1 mice 2025-Jan-27, International immunology IF:4.8Q2 DOI:10.1093/intimm/dxaf005 PMID:39868591	研究论文	本研究探讨了TLR7在肾小球巨噬细胞中的反应如何加速NZBWF1小鼠肾小球肾炎的进展	揭示了TLR7信号通过促进单核细胞迁移至肾小球及巨噬细胞产生IL-1β等机制加剧肾小球肾炎的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	阐明巨噬细胞TLR7反应在肾小球肾炎进展中的作用机制	NZBWF1小鼠模型中的肾小球巨噬细胞	免疫学	系统性红斑狼疮/肾小球肾炎	scRNA-seq	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本量的NZBWF1小鼠
315	2025-05-24	Plasticity in metastatic colorectal cancer 2025-01-20, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.018 PMID:39837278	research paper	该研究通过单细胞转录组测序技术，探索了结直肠癌（CRC）进展过程中癌细胞状态的变化	使用单细胞转录组测序技术绘制了CRC进展过程中癌细胞状态变化的图谱	NA	研究结直肠癌（CRC）进展和耐药性中癌细胞状态的变化	结直肠癌细胞	digital pathology	colorectal cancer	single-cell transcriptome sequencing	NA	transcriptomic data	NA
316	2025-05-24	Comprehensive analysis of autophagy-related prognostic genes in breast cancer using bulk and single-cell RNA sequencing 2025, American journal of clinical and experimental immunology IF:1.4Q4 DOI:10.62347/XPCM9169 PMID:40401006	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和传统高通量RNA测序（bulk RNA-seq）分析了乳腺癌中的自噬相关基因（ARGs），并开发了一个基于3个自噬相关基因的预后模型	首次在乳腺癌中结合单细胞和批量RNA测序数据构建自噬相关基因的预后模型，并识别出FEZ1、STX11和ADAMTSL1这三个关键基因	研究样本量有限，外部验证数据集较少，且未进行功能实验验证基因的生物学机制	阐明乳腺癌中的自噬景观并开发预后模型	乳腺癌患者和肿瘤细胞	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	Cox比例风险回归模型	RNA测序数据	TCGA数据集、GSE75688、GSE20685和GSE48390数据集中的样本
317	2025-05-24	Erratum: Integrated Analysis of Single-Cell RNA-Seq and Bulk RNA-Seq Combined with Multiple Machine Learning Identified a Novel Immune Signature in Diabetic Nephropathy [Corrigendum] 2025, Diabetes, metabolic syndrome and obesity : targets and therapy DOI:10.2147/DMSO.S540734 PMID:40406633	correction	该文章是对先前发表的一篇关于糖尿病肾病免疫特征的论文的更正	NA	NA	NA	NA	NA	diabetic nephropathy	NA	NA	NA	NA
318	2025-05-23	Single-cell analyses of intestinal epithelium reveal the dysregulation of gut immune microenvironment in systemic lupus erythematosus 2025-Jan-27, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06147-5 PMID:39871323	research paper	通过单细胞RNA测序分析揭示了系统性红斑狼疮中肠道免疫微环境的失调	首次在系统性红斑狼疮背景下揭示了肠道上皮免疫和结构细胞间的通讯模式改变，以及抗氧化硒对γδT细胞损失的逆转作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证尚不充分	探究系统性红斑狼疮中肠道免疫微环境的失调机制	MRL/Lpr狼疮小鼠和MRL/Mpj对照小鼠的肠道上皮细胞	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、定量PCR(qPCR)、流式细胞术、体内实验	NA	单细胞转录组数据	MRL/Lpr狼疮小鼠和MRL/Mpj对照小鼠的肠道上皮细胞样本
319	2025-05-23	Mechanism of enhancing chemotherapy efficacy in pancreatic ductal adenocarcinoma with paricalcitol and hydroxychloroquine 2025-Jan-21, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101881 PMID:39730001	研究论文	探讨帕立骨化醇和羟氯喹联合使用在增强胰腺导管腺癌化疗效果中的分子机制及其潜力	揭示了帕立骨化醇和羟氯喹联合使用通过调节自噬和内质网应激相关转录物，增强吉西他滨对胰腺导管腺癌的治疗效果	研究结果主要基于体外实验和小鼠模型，临床样本量有限	阐明帕立骨化醇和羟氯喹联合使用在增强胰腺导管腺癌对吉西他滨敏感性中的分子机制	胰腺导管腺癌(PDAC)	肿瘤学	胰腺癌	蛋白质组学、单细胞RNA测序(RNA-seq)	体外实验、原位小鼠模型、患者来源的异种移植模型(PDX)	分子生物学数据、转录组数据	体外实验、小鼠模型及临床试验(NCT04524702)中的患者配对活检样本
320	2025-05-23	Author Correction: Uncovering functional lncRNAs by scRNA-seq with ELATUS 2025-Jan-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55730-9 PMID:39774948	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA