单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1543 篇文献，本页显示第 281 - 300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2025-07-21 |
Spatial Expression of Long Non-Coding RNAs in Human Brains of Alzheimer's Disease
2025-Jan-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.27.620550
PMID:39554066
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术，分析了阿尔茨海默病（AD）患者大脑中长链非编码RNA（lncRNA）的空间表达模式 | 首次在老年人大脑中绘制了lncRNA的空间表达图谱，并揭示了lncRNA在AD发病机制中的潜在功能作用 | 样本量相对较小（21名参与者），且仅分析了背外侧前额叶皮层 | 探索lncRNA在阿尔茨海默病发病机制中的空间表达模式和功能作用 | 21名ROSMAP参与者的78个死后大脑切片 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | 统计建模 | 转录组数据 | 21名参与者的78个大脑切片 |
| 282 | 2025-07-21 |
Unveiling Cancer-Related Metaplastic Cells in Both Helicobacter pylori Infection and Autoimmune Gastritis
2025-Jan, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2024.08.032
PMID:39236896
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研究论文 | 本研究通过小鼠模型和人类参与者，探究了幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎引发的胃化生细胞的差异及其与癌症风险的关系 | 发现了一种与癌症相关的新型化生细胞亚型，该亚型在幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎中均存在，并表达癌症相关生物标志物ANPEP/CD13 | 研究样本量未明确说明，且仅针对两种特定胃炎类型进行研究 | 探究幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎引发的胃化生细胞的差异及其与癌症风险的关系 | 小鼠模型和人类胃活检样本 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞转录组学、免疫荧光 | NA | 转录组数据、组织病理学图像 | 未明确说明（包括小鼠模型和人类活检样本） |
| 283 | 2025-07-21 |
Induction of a Müller Glial Cell-Specific Protective Pathway Safeguards the Retina From Diabetes-Induced Damage
2025-Jan-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db24-0199
PMID:39446557
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析糖尿病对大鼠视网膜不同细胞类型的转录变化，揭示了Müller胶质细胞通过Zfp36基因发挥保护作用的机制 | 首次发现Müller胶质细胞通过Zfp36基因在糖尿病视网膜病变中发挥保护作用，并验证了该基因的过表达可以减缓病变发展 | 研究仅在大鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证 | 阐明糖尿病视网膜病变中细胞特异性反应的分子机制 | 大鼠视网膜细胞（特别是Müller胶质细胞、视杆细胞和无长突细胞） | 分子生物学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞转录组学、腺相关病毒工具 | NA | 转录组数据 | 糖尿病大鼠模型视网膜细胞 |
| 284 | 2025-07-21 |
Characterizing the immune infiltrate in secondary syphilis: implications for transmission and pathology
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1549206
PMID:40201184
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研究论文 | 该研究通过免疫组织化学、批量RNA测序和单细胞RNA测序等方法，分析了二期梅毒皮肤病变中的免疫浸润特征及其对传播和病理的影响 | 揭示了表皮TLR通过MYD88感知对梅毒感染宿主反应的贡献，强调了梅毒螺旋体通过皮肤逃避免疫反应的机制 | 研究主要基于皮肤活检样本，可能无法全面反映全身免疫反应 | 研究梅毒感染中的免疫逃避机制和宿主免疫反应 | 二期梅毒患者的皮肤活检样本、健康个体的PBMCs以及原代或MyD88敲除的角质形成细胞 | 免疫学 | 梅毒 | 免疫组织化学(IHC)、批量RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据、免疫组织化学图像 | 二期梅毒患者的皮肤活检样本、健康个体的PBMCs |
| 285 | 2025-07-21 |
FlyPhoneDB2: A computational framework for analyzing cell-cell communication in Drosophila scRNA-seq data integrating AlphaFold-multimer predictions
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.06.032
PMID:40677242
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research paper | 介绍FlyPhoneDB2，一个用于分析果蝇单细胞RNA测序数据中细胞间通讯的计算框架，整合了AlphaFold-multimer预测 | FlyPhoneDB2显著扩展了知识库，包括更多的配体-受体对，整合了哺乳动物物种的注释和AlphaFold-Multimer的结构预测，并优化了算法性能和噪声过滤 | FlyPhoneDB的实用性受到可用配体-受体对数量较少的限制 | 开发一个计算框架，用于分析果蝇单细胞RNA测序数据中的细胞间通讯 | 果蝇单细胞RNA测序数据 | computational biology | tumor-induced cachexia | single-cell RNA-sequencing, AlphaFold-Multimer | NA | scRNA-seq data | whole-body single-nuclei RNA-seq datasets from flies with gut tumors induced by the Yorkie oncogene |
| 286 | 2025-07-21 |
Medulloblastoma: biology and immunotherapy
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1602930
PMID:40677711
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综述 | 本文讨论了髓母细胞瘤的生物学特性及免疫治疗的最新进展 | 总结了髓母细胞瘤的分子特征和免疫微环境，探讨了新旧免疫治疗方法的结合应用 | 未提及具体临床试验数据或治疗效果的具体数据 | 探讨髓母细胞瘤的生物学特性和免疫治疗的应用 | 髓母细胞瘤及其免疫微环境 | 肿瘤免疫学 | 髓母细胞瘤 | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA |
| 287 | 2025-07-21 |
Spatial transcriptomic analysis of 4NQO-induced tongue cancer revealed cellular lineage diversity and evolutionary trajectory
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1592044
PMID:40678065
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研究论文 | 利用空间转录组学和AI算法研究4NQO诱导的舌癌细胞谱系多样性和进化轨迹 | 首次结合AI分类器和空间转录组学技术，详细描绘了化学诱导舌癌的时空演变和瘤内异质性 | 研究基于化学诱导的舌癌模型，可能与自然发生的舌癌存在差异 | 阐明舌癌的细胞行为特征和肿瘤进化过程 | 4NQO诱导的舌癌模型 | 数字病理学 | 舌癌 | 空间转录组测序 | AI分类器 | 空间转录组数据 | 未明确说明样本数量（舌癌组织） |
| 288 | 2025-07-21 |
FN1 from cancer-associated fibroblasts orchestrates pancreatic cancer metastasis via integrin-PI3K/AKT signaling
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1595523
PMID:40678072
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研究论文 | 本研究探讨了癌症相关成纤维细胞（CAFs）中的FN1基因通过整合素-PI3K/AKT信号通路促进胰腺导管腺癌（PDAC）转移的分子机制 | 发现FN1作为PI3K通路中的关键枢纽基因，通过整合素受体激活PI3K/AKT通路，影响细胞侵袭和免疫微环境，并揭示了其双重作用 | 研究主要基于体外实验和临床数据分析，缺乏体内实验验证 | 阐明CAFs在PDAC转移中的作用及其分子机制 | 胰腺导管腺癌（PDAC）及其肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞（CAFs） | 肿瘤生物学 | 胰腺癌 | 转录组测序、单细胞测序、Transwell迁移实验、Western blotting、qRT-PCR | 体外共培养模型 | 转录组数据、单细胞测序数据、临床数据 | NA |
| 289 | 2025-07-21 |
Cooling Blood and Detoxicating Formula Treats Psoriasis Through RHCG-Related Mechanisms
2025, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/ijog/5132158
PMID:40678620
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研究论文 | 本研究探讨了凉血解毒方（CBDF）通过RHCG相关机制治疗银屑病的潜力 | 结合网络药理学、单细胞RNA测序和空间转录组学技术，首次揭示了CBDF中槲皮素和山奈酚等活性成分通过RHCG靶点调控炎症通路的作用机制 | 需要进一步的临床验证和机制研究 | 探索凉血解毒方治疗银屑病的分子机制 | 银屑病模型 | 分子药理学 | 银屑病 | 网络药理学、scRNA-seq、空间转录组学、分子对接 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 290 | 2025-07-21 |
Evaluating transcriptional tumour microenvironment response to immunotherapy using microarray analysis: From harvesting tumours to data analysis
2025, Methods in cell biology
DOI:10.1016/bs.mcb.2025.01.004
PMID:40683680
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研究论文 | 本文介绍了一种使用微阵列转录组分析评估肿瘤对免疫疗法反应的实验方法 | 提出了一种成本效益高的微阵列转录组分析方法，用于评估免疫疗法的肿瘤微环境反应 | 该方法在需要详细转录组信息时可能不如scRNA-seq精确 | 评估肿瘤微环境对免疫疗法的转录反应 | 肿瘤微环境中的细胞和非细胞成分 | 数字病理学 | 癌症 | 微阵列转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA |
| 291 | 2025-07-21 |
Next-generation deconvolution of the tumor microenvironment with omnideconv
2025, Methods in cell biology
DOI:10.1016/bs.mcb.2025.01.003
PMID:40683686
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研究论文 | 介绍了一种名为omnideconv的R包，用于整合多种解卷积方法，简化其使用并统一语义，以量化乳腺癌患者RNA-seq数据的细胞组成 | 开发了omnideconv，一个整合多种解卷积方法的R包，解决了现有方法在编程语言、计算流程和输入/输出数据方面的多样性问题 | 未提及具体的性能比较或在实际应用中的局限性 | 开发一个统一的计算工具，用于从批量RNA-seq数据中估计细胞类型比例 | 乳腺癌微环境中的恶性细胞和正常细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA-seq, scRNA-seq | NA | RNA-seq数据 | 一个乳腺癌患者队列的批量RNA-seq数据 |
| 292 | 2025-07-21 |
Guidelines for the assessment of high endothelial venule functionality and health
2025, Methods in cell biology
DOI:10.1016/bs.mcb.2025.02.001
PMID:40683671
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指南 | 本文提供了评估高内皮小静脉（HEVs）功能性和健康状况的指南 | 开发了在应激条件下（如炎症或淋巴结转移）评估HEV变化的指南，包括通过免疫荧光染色在蛋白质水平和单细胞RNA测序在RNA水平的评估 | 分离和培养HEVs会导致其表型丢失，因此体内评估是唯一可靠的检查方法 | 评估HEVs在应激条件下的变化 | 高内皮小静脉（HEVs） | NA | NA | 免疫荧光染色, 单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质水平数据, RNA水平数据 | NA |
| 293 | 2025-07-20 |
Multimodal hierarchical classification of CITE-seq data delineates immune cell states across lineages and tissues
2025-Jan-27, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100938
PMID:39814026
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MMoCHi的多模态分类器层次结构，用于跨多种单细胞模态的精确细胞类型分类 | MMoCHi是一种基于标记的方法，不依赖于参考图谱，能够整合多模态数据进行细胞类型注释，并在识别不易分辨的免疫细胞亚群方面优于现有方法 | NA | 开发一种能够整合单细胞转录组和表面蛋白质组数据的分类器，以更准确地进行细胞类型注释 | 免疫细胞亚群 | 生物信息学 | NA | CITE-seq, scRNA-seq | MMoCHi | 单细胞转录组和表面蛋白质组数据 | 分类的T淋巴细胞亚群和跨组织人类免疫细胞数据集 |
| 294 | 2025-07-20 |
CD8 + T cells mediate vaccination-induced lymphatic containment of latent Mycobacterium tuberculosis infection following immunosuppression, while B cells are dispensable
2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.23.634479
PMID:39896630
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研究论文 | 本研究探讨了CD8 + T细胞在疫苗接种诱导的潜伏结核分枝杆菌感染淋巴管控制中的作用，而B细胞则非必需 | 揭示了CD8 + T细胞在预防潜伏结核感染再激活中的关键作用，并发现B细胞在此过程中非必需 | 研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证 | 解析潜伏结核感染控制与再激活的免疫学机制 | 潜伏感染结核分枝杆菌的小鼠模型 | 免疫学 | 结核病 | 空间转录组学、多参数成像、网络分析、生物信息学整合 | 小鼠模型 | 组织病理学图像 | 多种免疫细胞缺陷小鼠品系 |
| 295 | 2025-07-20 |
Aberrant Activation of Wound-Healing Programs within the Metastatic Niche Facilitates Lung Colonization by Osteosarcoma Cells
2025-Jan-17, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-0049
PMID:39540841
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序等方法，揭示了骨肉瘤细胞如何通过诱导肺微环境中的异常伤口愈合程序促进肺转移，并评估了抗纤维化药物nintedanib在抑制转移中的作用 | 首次揭示了骨肉瘤肺转移中肿瘤细胞与肺微环境的相互作用机制，并验证了抗纤维化药物nintedanib的治疗潜力 | 研究主要基于小鼠模型和人类异种移植模型，临床转化效果仍需进一步验证 | 阐明骨肉瘤肺转移微环境形成的细胞和分子机制，并寻找潜在的治疗靶点 | 骨肉瘤细胞及其诱导的肺转移微环境 | 肿瘤生物学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、多参数免疫荧光 | 小鼠转移模型和人类异种移植模型 | 转录组数据、蛋白质表达数据、空间分布数据 | 免疫活性小鼠模型、免疫缺陷人类异种移植模型及患者样本 |
| 296 | 2025-07-20 |
Single-cell analysis reveals Mycobacterium tuberculosis ESX-1-mediated accumulation of permissive macrophages in infected mouse lungs
2025-Jan-17, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adq8158
PMID:39813329
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研究论文 | 通过单细胞分析揭示了结核分枝杆菌ESX-1在感染小鼠肺部促进易感巨噬细胞积累的作用 | 首次使用多种单细胞RNA测序技术研究了ESX-1在MNP异质性和反应中的作用，并发现ESX-1依赖的免疫逃逸转录特征 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证 | 探究结核分枝杆菌ESX-1对肺单核吞噬细胞(MNPs)招募和分化的影响 | 小鼠和鼠骨髓源性巨噬细胞(BMDM) | 单细胞分析 | 结核病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | RNA测序数据 | 小鼠和鼠骨髓源性巨噬细胞样本 |
| 297 | 2025-07-20 |
Exploring the utility of snRNA-seq in profiling human bladder tissue: A comprehensive comparison with scRNA-seq
2025-Jan-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.111628
PMID:39850354
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研究论文 | 本文探讨了snRNA-seq在人类膀胱组织分析中的应用，并与scRNA-seq进行了全面比较 | 首次在人类膀胱组织中比较了snRNA-seq和scRNA-seq的优缺点，发现scRNA-seq提供更具区分性的基因集，而snRNA-seq有助于捕获先前代表性不足的细胞类型 | 研究仅针对人类膀胱组织，结果可能不适用于其他组织类型 | 确定snRNA-seq和scRNA-seq在表征下尿路细胞类型方面的优势和局限性 | 人类膀胱组织 | 基因组学 | NA | scRNA-seq, snRNA-seq | NA | RNA测序数据 | 未明确说明样本数量 |
| 298 | 2025-07-20 |
Single Cell Transcriptomic Profiling of MYBPC3-Associated Hypertrophic Cardiomyopathy Across Species Reveals Conservation of Biological Process But Not Gene Expression
2025-Jan-07, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.124.035780
PMID:39719426
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序技术，研究MYBPC3相关肥厚型心肌病在不同物种间的生物学过程保守性及基因表达差异 | 首次跨物种（猫、人类和小鼠）比较MYBPC3相关肥厚型心肌病的单细胞转录组差异，揭示生物学过程保守但驱动基因存在物种特异性 | 小鼠模型未能完全复现人类HCM的所有特征，跨物种比较的样本量有限 | 阐明MYBPC3相关肥厚型心肌病的跨物种病理通路异同，评估小鼠模型的临床相关性 | 携带MYBPC3变异的猫、人类和小鼠心脏组织 | 单细胞转录组学 | 心血管疾病 | 单核RNA测序（snRNA-seq） | MAST（单细胞转录组模型分析算法） | 单细胞转录组数据 | 猫、人类和小鼠的MYBPC3变异阳性/阴性心脏组织样本（具体数量未明确说明） |
| 299 | 2025-07-20 |
CellChat for systematic analysis of cell-cell communication from single-cell transcriptomics
2025-Jan, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01045-4
PMID:39289562
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研究论文 | 本文介绍了CellChat v2，一个用于从单细胞转录组数据中推断和分析细胞间通讯网络的更新计算工具 | CellChat v2增加了额外的比较功能，扩展了配体-受体对数据库，并提供了丰富的功能注释和交互式CellChat Explorer | 需要基本的R语言和单细胞数据分析知识，但对专业生物信息学培训没有要求 | 系统分析细胞间通讯网络，识别不同生物条件下改变的细胞间通讯、信号和细胞群体 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组测序 | 基于质量作用定律的简化模型 | 单细胞转录组数据 | NA |
| 300 | 2025-07-20 |
CRISPR-based genetic screens in human pluripotent stem cells derived neurons and brain organoids
2025-Jan, Cell and tissue research
IF:3.2Q3
DOI:10.1007/s00441-024-03934-2
PMID:39585363
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review | 本文总结了基于CRISPR的功能基因组学筛选方法在人类多能干细胞衍生的神经元和脑类器官中的应用 | 结合CRISPR基因筛选与单细胞RNA测序技术，揭示神经发育障碍的发病机制 | 当前方法仍面临一些挑战，如技术限制和样本复杂性 | 研究神经发育障碍的遗传机制并探索潜在治疗策略 | 人类多能干细胞衍生的神经元和脑类器官 | 功能基因组学 | 神经发育障碍（如小头畸形和自闭症谱系障碍） | CRISPR, scRNA-seq | NA | 基因组数据, 转录组数据 | NA |