单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 1942 篇文献，本页显示第 261 - 280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2025-11-10 |
Identification and validation of plasma protein biomarkers as therapeutic targets in acute myeloid leukemia: an integrative multi-omics study
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1659811
PMID:41200167
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学方法识别并验证了急性髓系白血病中具有因果作用的新型循环蛋白生物标志物 | 首次提供TNFAIP8、TCL1A、WFDC1和TNFSF8在AML中因果作用的遗传证据，并发现13种靶向这些蛋白的候选药物 | 研究主要基于欧洲人群数据（deCODE、UK Biobank、FinnGen），可能限制结果在其他人群的普适性 | 识别和验证AML中具有因果作用的循环蛋白生物标志物，为靶向治疗开发和疾病监测提供新见解 | 急性髓系白血病患者和健康对照 | 多组学整合分析 | 急性髓系白血病 | 蛋白质组范围孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、ELISA、药物重定位分析、全表型关联研究 | 孟德尔随机化模型 | 蛋白质定量性状位点数据、全基因组关联研究数据、单细胞RNA测序数据、血浆蛋白水平数据 | 来自deCODE、UK Biobank Pharma Proteomics Project、FinnGen和UK Biobank四个大型队列的数据，包含AML患者和健康对照 | NA | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 基因组关联分析 | NA | NA |
| 262 | 2025-11-10 |
Differential gene expression profiling and machine learning-based discovery of key genetic markers in VTE and CKD
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1654673
PMID:41200172
|
研究论文 | 通过转录组学和机器学习分析识别静脉血栓栓塞和慢性肾脏病共享的关键基因标记 | 首次结合三种机器学习算法(LASSO、SVM-RFE、随机森林)识别VTE和CKD共享的关键基因，并构建诊断列线图 | 研究依赖公共数据集，需要进一步实验验证基因功能机制 | 揭示静脉血栓栓塞和慢性肾脏病之间的遗传特征和分子通路联系 | VTE和CKD患者的基因表达谱数据 | 机器学习 | 静脉血栓栓塞,慢性肾脏病 | 转录组分析,单细胞RNA测序 | LASSO,SVM-RFE,随机森林 | 基因表达数据 | 使用多个数据集(GSE37171和GSE48000)的患者样本 | NA | 单细胞RNA测序,转录组分析 | NA | NA |
| 263 | 2025-11-10 |
Identification of immunogenic cell death signature genes in hepatocellular carcinoma: from single-cell transcriptomics to in vitro mechanistic validation and comprehensive prognostic modeling with hundreds of machine learning algorithms
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1649618
PMID:41200185
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组学和多组学数据，识别肝细胞癌中的免疫原性细胞死亡特征基因，并构建预后模型 | 首次在肝细胞癌中系统表征免疫原性细胞死亡特征，整合单细胞和批量转录组数据，并通过数百种机器学习算法优化预后模型 | 研究样本量相对有限，需要前瞻性临床验证 | 开发肝细胞癌免疫治疗的可靠预后生物标志物和精准分层模型 | 肝细胞癌患者样本和HepG2细胞系 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 批量转录组学, 机器学习, 功能验证实验 | 多种机器学习算法, ssGSEA, WGCNA | 单细胞转录组数据, 批量转录组数据 | 7个HCC样本(44,461个细胞), 三个独立队列(TCGA-HCC 371例, GSE14520 242例, ICGC 445例) | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 264 | 2025-11-10 |
CD44 and CLDN3 as immune-metabolic regulators in acute pancreatitis: a multi-modal transcriptomics study and experimental validation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1665200
PMID:41200201
|
研究论文 | 本研究通过多模态转录组学分析和实验验证，揭示了CD44和CLDN3作为急性胰腺炎中免疫代谢调控关键生物标志物的作用 | 首次发现CD44和CLDN3是胰腺腺泡细胞与免疫细胞间免疫代谢失调的关键生物标志物，并揭示了CLDN3在mRNA和蛋白水平表达不一致的现象 | 研究样本量有限，主要基于公共数据集和动物模型验证，需要进一步临床研究确认 | 探索急性胰腺炎中免疫代谢调控的关键分子机制 | 急性胰腺炎小鼠模型和公共转录组数据集 | 生物信息学 | 急性胰腺炎 | 转录组测序，单细胞RNA测序，机器学习算法，免疫组织化学 | 三种机器学习算法，单样本基因集富集分析 | 基因表达数据，单细胞转录组数据 | 多个公共数据集（GSE65146，GSE109227，GSE279876）和动物模型 | NA | 转录组测序，单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 265 | 2025-11-10 |
DOCK3 orchestrates metastasis and immune microenvironment in prostate cancer
2025, Frontiers in urology
DOI:10.3389/fruro.2025.1662692
PMID:41200217
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了DOCK3在前列腺癌转移和肿瘤免疫微环境重塑中的关键作用 | 首次系统阐明DOCK3在前列腺癌中协调转移和免疫微环境的双重功能，发现其与肿瘤突变负荷和细胞毒性免疫细胞浸润的显著关联 | 研究主要基于计算分析和现有数据库，缺乏实验验证DOCK3功能机制 | 探究DOCK3在前列腺癌转移和肿瘤免疫微环境中的作用 | 前列腺癌患者样本和细胞 | 生物信息学 | 前列腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 基因组分析 | DESeq2, CIBERSORT, ssGSEA, xCell, WGCNA, Harmony, UMAP | 基因表达数据, 单细胞数据, 基因组数据 | TCGA-PRAD: 499个肿瘤/52个正常样本; GEO单细胞数据: 45,325个细胞 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 266 | 2025-11-09 |
MFSD12 promotes proliferation, metastasis and invasion of hepatocellular carcinoma cells and its potential correlation with HAVCR2/LGALS9 immune checkpoint axis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1681887
PMID:41194934
|
研究论文 | 本研究探讨MFSD12在肝细胞癌中的表达特征及其通过调控HAVCR2/LGALS9免疫检查点轴促进肿瘤进展的机制 | 首次系统揭示MFSD12在肝细胞癌中的特异性高表达及其双重作用机制：既促进肿瘤细胞增殖转移，又调控肿瘤免疫微环境 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内动物模型验证 | 探究MFSD12在肝细胞癌进展中的作用及其与免疫检查点的相关性 | 肝细胞癌细胞系和肿瘤微环境中的免疫细胞 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序，免疫组化，siRNA干扰，生物信息学分析 | NA | 基因表达数据，临床数据，单细胞测序数据 | 整合TCGA、GEO和ArrayExpress数据库的多组学数据 | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 267 | 2025-11-09 |
Revealing tissue architecture through the hypercomplex Fourier analysis of spatial transcriptomics data
2025, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf191
PMID:41195088
|
研究论文 | 提出了一种使用四元数域离散傅里叶变换分析空间转录组学数据的新方法 | 首次将四元数表示应用于空间转录组学数据，将每个位置的转录组特征表示为三维向量，实现了多维ST数据的傅里叶分析 | 方法主要针对空间转录组学数据，对其他类型组学数据的适用性需要进一步验证 | 开发新的数学框架来分析和可视化空间转录组学数据 | 空间转录组学数据和单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | 四元数域离散傅里叶变换 | 空间转录组学数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium HD | 10x Visium HD空间转录组平台 |
| 268 | 2025-11-09 |
Role of Monocyte/Macrophage-Associated Gene Ccl9 in Acute Myocardial Infarction Analysis: Based on Bulk and Single Cell RNA Sequencing Data
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S516092
PMID:41195292
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，识别了急性心肌梗死中单核/巨噬细胞相关基因，并重点探讨了Ccl9在调控M2巨噬细胞极化和减轻心肌细胞损伤中的作用 | 首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据系统分析急性心肌梗死中的单核/巨噬细胞相关基因，并通过实验验证Ccl9在M2巨噬细胞极化和心肌保护中的新功能 | 研究主要基于公共数据库数据，动物和细胞实验样本量有限，需要进一步临床验证 | 探索急性心肌梗死中单核/巨噬细胞相关基因的表达特征及其在疾病进展中的作用机制 | 急性心肌梗死患者基因表达数据、AMI小鼠模型、原代小鼠心肌细胞和RAW264.7巨噬细胞系 | 生物信息学 | 心血管疾病 | RNA测序, 单细胞RNA测序, qRT-PCR, 细胞共培养 | t-SNE, 差异表达分析, 免疫浸润分析 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 三个GEO数据集(GSE163129, GSE158157, GSE23294)及动物实验样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 269 | 2025-11-09 |
Across the space: applications of spatial transcriptomic technology in healthy and diseased muscle
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1656918
PMID:41195339
|
综述 | 探讨空间转录组技术在健康和病变肌肉组织中的应用及其对细胞相互作用研究的推动作用 | 系统梳理空间转录组技术在肌肉研究中的创新应用，突破单细胞技术无法保留空间信息的局限 | 作为综述文章，未涉及原始实验数据收集与分析 | 总结空间转录组技术在肌肉组织研究中的应用进展 | 骨骼肌组织中的细胞群体及其空间相互作用 | 空间转录组学 | 肌肉疾病 | 空间转录组技术 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 270 | 2025-11-08 |
Unveiling and verification of mitochondria-related genes as potential diagnostic biomarkers in ulcerative colitis based on bioinformatics analysis and experimental validation
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0336224
PMID:41187148
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证，构建了基于线粒体相关基因的溃疡性结肠炎诊断模型 | 首次系统性地识别线粒体相关差异表达基因作为溃疡性结肠炎的潜在诊断标志物，并验证ACADM和ACADSB基因在疾病中的重要作用 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据，需要更多前瞻性研究验证诊断模型的临床适用性 | 构建溃疡性结肠炎的诊断模型，阐明线粒体相关基因在疾病发病机制中的作用 | 溃疡性结肠炎患者和健康对照者 | 生物信息学 | 溃疡性结肠炎 | RNA测序，单细胞RNA测序，生物信息学分析 | 诊断模型 | 基因表达数据 | 465名溃疡性结肠炎患者和154名健康对照 | NA | RNA-seq，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 271 | 2025-11-08 |
Construction and validation of an anoikis-related prognostic model for lung adenocarcinoma based on bulk and single-cell transcriptomic data
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0335788
PMID:41187171
|
研究论文 | 基于批量和单细胞转录组数据构建并验证肺腺癌失巢凋亡相关预后模型 | 首次结合批量转录组和单细胞RNA测序数据，开发了包含7个基因的失巢凋亡相关预后特征，并揭示了TIMP1通过促进Treg细胞活性导致免疫抑制肿瘤微环境的机制 | 模型验证仅限于两个GEO数据库队列，需要更多独立队列验证临床适用性 | 开发并验证肺腺癌失巢凋亡相关预后预测模型 | 肺腺癌患者 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, 免疫组化, 多重免疫荧光 | Cox回归, LASSO回归, 随机森林 | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 两个GEO数据库肺腺癌队列 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 272 | 2025-11-08 |
Finding differentially expressed genes between cell fates predicted by image-based deep learning
2025, Biophysics and physicobiology
IF:1.6Q4
DOI:10.2142/biophysico.bppb-v22.0022
PMID:41189733
|
研究论文 | 开发了一种整合基于图像的深度学习细胞命运预测与单细胞转录组分析的方法，用于发现不同预测命运间的差异表达基因 | 首次将图像基深度学习细胞命运预测与单细胞全转录组分析相结合，在转录组谱未显示明显聚类时仍能检测差异表达基因 | 仅作为原理验证应用于热应激诱导的细胞死亡模型，尚未在其他细胞命运决定过程中验证 | 发现细胞命运决定过程中的早期触发基因 | 哺乳动物细胞系（经历热应激后命运不同的细胞） | 计算机视觉, 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序, 延时成像, 深度学习 | 深度学习模型 | 图像, 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 273 | 2025-11-07 |
Identification of Seven in absentia homolog 2 as a potential efferocytosis-related biomarker in diabetic foot ulcers
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0334163
PMID:41183121
|
研究论文 | 本研究鉴定SIAH2作为糖尿病足溃疡中胞葬作用相关的潜在生物标志物，并探讨其在伤口愈合中的作用机制 | 首次发现SIAH2在糖尿病足溃疡中与胞葬作用相关，并揭示其通过调控角质形成细胞迁移、血管生成和细胞间通讯参与伤口愈合过程 | 样本量较小（仅20例患者），缺乏更大规模的验证研究 | 探究糖尿病足溃疡伤口愈合机制，寻找与胞葬作用相关的生物标志物 | II型糖尿病患者的血液和皮肤样本 | 生物医学研究 | 糖尿病足溃疡 | RNA-seq, 单细胞测序, 生物信息学分析, 体外实验 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据, 临床数据 | 20例II型糖尿病患者 | NA | RNA-seq, 单细胞测序 | NA | NA |
| 274 | 2025-11-07 |
Identification of Dendritic Cell-Associated Genes in COPD Based on Bioinformatics
2025, International journal of chronic obstructive pulmonary disease
IF:2.7Q2
DOI:10.2147/COPD.S543753
PMID:41185886
|
研究论文 | 通过生物信息学分析和实验验证鉴定COPD患者肺组织中树突状细胞相关基因 | 首次结合单细胞RNA测序、RNA测序数据和WGCNA分析系统鉴定COPD中树突状细胞相关基因，并通过动物模型和细胞实验验证 | 研究主要基于公共数据库和动物模型，需要在人类临床样本中进一步验证 | 鉴定慢性阻塞性肺疾病(COPD)患者肺组织中树突状细胞相关基因 | COPD患者肺组织、香烟烟雾诱导的肺气肿小鼠模型、骨髓来源树突状细胞 | 生物信息学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序,RNA测序,加权基因共表达网络分析,RT-qPCR,Western blot | NA | 基因表达数据 | 多个公共数据库(GSE196638, GSE26296, GSE38974)和动物模型 | NA | 单细胞RNA测序,RNA测序 | NA | NA |
| 275 | 2025-11-06 |
Deconvolution and phylogeny inference of diverse variant types integrating bulk DNA-seq with single-cell RNA-seq
2025, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf234
PMID:41169710
|
研究论文 | 提出TUSV-int框架，整合bulk DNA-seq和单细胞RNA-seq数据进行去卷积和系统发育推断 | 首次整合bulk DNA-seq和scRNA-seq数据，同时处理SNV、CNA和SV多种变异类型 | scDNA-seq数据成本高且技术挑战大，限制了在大规模队列中的常规应用 | 重建克隆谱系树以研究癌症进化 | 癌症基因组数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 整数线性规划(ILP) | 系统发育推断模型 | DNA测序数据,RNA测序数据 | NA | NA | bulk DNA-seq,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 276 | 2025-11-06 |
Integrating single-cell transcriptomics and whole-genome CRISPR CAS9 screen identifies a cell cluster associated with tumor dependency in triple-negative breast cancer
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1705923
PMID:41179682
|
研究论文 | 本研究整合单细胞转录组学和全基因组CRISPR筛选，识别出三阴性乳腺癌中与肿瘤依赖性相关的细胞亚群 | 首次结合单细胞转录组学与全基因组CRISPR筛选技术，系统识别三阴性乳腺癌肿瘤依赖性相关细胞亚群及其临床意义 | 研究主要基于公共数据库分析，实验验证仅限于体外细胞功能验证 | 识别三阴性乳腺癌的肿瘤依赖性基因和细胞亚群，探索新的治疗靶点 | 三阴性乳腺癌患者样本和细胞系 | 单细胞组学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA-seq, 全基因组CRISPR CAS9筛选, 基因组测序 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据, 基因组数据 | 多个公共数据库(TCGA-BRCA, METABRIC, DEPMAP)的样本数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 基因组测序 | NA | NA |
| 277 | 2025-11-06 |
Amelioration of intervertebral disc degeneration using engineered extracellular vesicle-delivered ZDHHC5 via inhibiting PANoptosis
2025 Jan-Dec, Journal of tissue engineering
IF:6.7Q1
DOI:10.1177/20417314251351011
PMID:41179831
|
研究论文 | 本研究通过工程化细胞外囊泡递送ZDHHC5抑制PANoptosis来改善椎间盘退变 | 首次发现PANoptosis是椎间盘退变的关键机制，并揭示PTH预处理的细胞外囊泡通过ZDHHC5/YBX1/ZBP1轴调控PANoptosis的新机制 | 细胞外囊泡产量有限且作用机制尚未完全明确 | 开发基于细胞外囊泡的椎间盘退变无细胞治疗策略 | 人脐带间充质干细胞来源的细胞外囊泡 | 细胞治疗 | 椎间盘退变 | 单细胞RNA测序,转录组分析 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 278 | 2025-11-06 |
Enhanced ICOS Signaling Between Dendritic Cells and T Cells Characterizes the Immune Landscape of Human Cholangiocarcinoma
2025, Human mutation
IF:3.3Q2
DOI:10.1155/humu/9981470
PMID:41180156
|
研究论文 | 通过整合分析两个独立的单细胞RNA测序数据集，全面绘制了人类胆管癌的细胞景观和细胞间通讯网络 | 首次发现树突状细胞与T细胞间增强的ICOS信号传导是胆管癌的显著特征，并验证了ICOS-ICOSL轴在CD8+T细胞活化中的功能重要性 | NA | 探索胆管癌肿瘤微环境中的细胞相互作用和免疫调控机制 | 人类胆管癌组织样本 | 单细胞分析 | 胆管癌 | 单细胞RNA测序 | CellChat分析 | 单细胞转录组数据 | 两个独立数据集（具体样本数未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 279 | 2025-11-06 |
Identification of keratinocyte-associated genes for immune characterization and drug response prediction in oral squamous cell carcinoma
2025, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.19953
PMID:41180476
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析识别口腔鳞状细胞癌中角质形成细胞相关基因，并构建诊断模型 | 首次系统分析角质形成细胞在OSCC中的作用机制，发现KRT16、CSTA和CSTB等新型生物标志物 | 研究主要基于公共数据库数据，实验验证样本量有限 | 识别角质形成细胞相关基因用于口腔鳞状细胞癌的免疫特征分析和药物反应预测 | 口腔鳞状细胞癌组织和细胞 | 生物信息学 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 加权基因共表达网络分析 | 诊断模型, 列线图 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的OSCC单细胞和批量RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 280 | 2025-11-06 |
PTGDS: As a Specific Biomarker for Septic Cardiomyopathy
2025, Infection and drug resistance
IF:2.9Q2
DOI:10.2147/IDR.S554915
PMID:41180608
|
研究论文 | 本研究通过RNA测序筛选脓毒症心肌病的特异性生物标志物，发现PTGDS作为新型诊断标志物 | 首次发现PTGDS作为脓毒症心肌病的特异性生物标志物，并通过单细胞RNA测序确定其在NK细胞和T细胞中的表达定位 | 基于初步概念验证队列，样本量有限 | 筛选脓毒症心肌病的特异性生物标志物，为早期识别和预后评估提供研究靶点 | 20例脓毒症患者和10例健康志愿者的外周血样本 | 生物信息学 | 脓毒症心肌病 | RNA测序, 单细胞RNA测序, PPI分析, GO富集分析, KEGG通路分析, 生存分析, ROC曲线分析 | NA | RNA测序数据, 单细胞RNA测序数据 | 30例样本（20例脓毒症患者，10例健康志愿者） | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |