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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2025-11-14 |
Profiling Shared Cytotoxic Immune Signatures in SLE-Associated Coronary Injury Through Transcriptomics and Machine Learning
2025, ImmunoTargets and therapy
IF:6.2Q1
DOI:10.2147/ITT.S539756
PMID:41209049
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研究论文 | 通过转录组学和机器学习分析系统性红斑狼疮相关冠状动脉损伤中的共享细胞毒性免疫特征 | 首次发现SLE和CAD共享细胞毒性淋巴细胞驱动的分子轴,识别GZMK和KLRK1作为核心生物标志物 | 冠状动脉微血管功能障碍亚组样本量较小(n=4),需要在扩大队列中进一步验证 | 揭示系统性红斑狼疮与冠状动脉疾病之间的共享分子机制 | 系统性红斑狼疮患者、冠状动脉疾病患者、外周血单个核细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | 转录组测序,单细胞RNA测序,qPCR | 机器学习诊断模型 | 基因表达数据 | 多个公共数据集(GSE45291,GSE61145等)和验证队列,包括4例SLE冠状动脉微血管功能障碍患者 | NA | bulk RNA-seq,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 242 | 2025-11-14 |
Mathematical strategies for predicting resistant subpopulations from scRNAseq data of a PANC-1 3D tissue model: Insight into gemcitabine resistance and TGFB1-induced invasion and EMT
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.10.032
PMID:41209344
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析3D培养的PANC-1细胞模型,开发数学策略预测吉西他滨耐药亚群并研究TGFB1诱导的侵袭和上皮间质转化 | 开发了基于互信息的机器学习框架(gSELECT)和新型数学方法,能够从看似相似的细胞群体中预测耐药亚群 | 研究仅基于PANC-1细胞系,需要进一步的功能验证和临床前模型验证 | 研究胰腺导管腺癌的化疗耐药机制和侵袭表型 | 3D培养的PANC-1胰腺癌细胞系 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, 机器学习, 数学建模 | 基于互信息的机器学习框架(gSELECT) | 单细胞RNA测序数据 | PANC-1细胞3D培养模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 243 | 2025-11-14 |
Single-cell analysis decodes cellular dynamics in clear cell renal cell carcinoma with tumor thrombus
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.10.019
PMID:41209347
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序解析透明细胞肾细胞癌中肿瘤血栓形成的细胞动态和分子特征 | 首次对原发性ccRCC肿瘤及其匹配静脉肿瘤血栓进行系统性单细胞分析,揭示了血栓内独特的免疫抑制微环境和细胞间通讯网络 | 研究样本量有限,未包含不同临床分期的系统比较 | 阐明透明细胞肾细胞癌中肿瘤血栓形成的细胞和分子机制 | 原发性透明细胞肾细胞癌肿瘤组织及匹配的静脉肿瘤血栓 | 单细胞组学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 匹配的原发肿瘤和肿瘤血栓样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 244 | 2025-11-14 |
The Alterations in the Osteoimmune Microenvironment of STZ-Induced Type 2 Diabetic Mice:A Single-Cell RNA Sequencing Analysis
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S544316
PMID:41209384
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析揭示STZ诱导的2型糖尿病小鼠骨髓免疫微环境的改变 | 首次在单细胞水平描绘2型糖尿病小鼠骨髓免疫细胞的转录组特征和细胞间通讯网络 | 研究仅基于小鼠模型,样本量相对有限,需要进一步的人类样本验证 | 阐明2型糖尿病骨髓免疫微环境的细胞组成和功能变化 | 野生型和STZ诱导的2型糖尿病小鼠的骨髓细胞 | 单细胞转录组学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, UMAP降维, 伪时间分析, 基因富集分析, CellphoneDB细胞通讯分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 20,245个细胞(9,360个野生型细胞 + 10,885个糖尿病细胞) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 245 | 2025-11-14 |
Kushe Tincture Ameliorates DNCB-Induced Atopic Dermatitis by Affecting NF-Kb/JAK-STAT3 Pathway: Bioinformatics Analysis and Animal Experiment Verification
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S562462
PMID:41209388
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和动物实验验证苦参酊剂通过影响NF-Kb/JAK-STAT3通路改善DNCB诱导的特应性皮炎 | 首次结合单细胞RNA测序、空间转录组学和动物实验系统揭示苦参酊剂治疗特应性皮炎的分子机制 | 研究主要聚焦于NF-KB1和STAT3两个核心靶点,可能忽略其他潜在作用靶点 | 探索苦参酊剂治疗DNCB诱导的特应性皮炎的作用机制 | DNCB诱导的特应性皮炎小鼠模型 | 生物信息学 | 特应性皮炎 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,流式细胞术,Western blotting | NA | 基因表达数据,蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 246 | 2025-11-14 |
Retinoic Acid-Loaded Cartilage Organoids Attenuate Chondrocyte Senescence in Osteoarthritis
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S545622
PMID:41209382
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研究论文 | 本研究开发了一种负载视黄酸的仿生软骨类器官系统,用于减轻骨关节炎中的软骨细胞衰老 | 结合多组学分析和机器学习识别关键衰老相关基因,开发新型三相GelMA/HAMA软骨类器官系统实现视黄酸时空控释 | 研究主要基于大鼠DMM模型,需要进一步临床验证 | 开发靶向软骨细胞衰老的骨关节炎治疗策略 | 骨关节炎软骨细胞、大鼠DMM模型 | 机器学习和生物信息学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析、分子对接、分子动力学模拟 | 机器学习算法 | 基因表达数据、单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 247 | 2025-11-14 |
Microbial function in food fermentations: Current research and future directions
2025, Current research in microbial sciences
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.crmicr.2025.100491
PMID:41209716
|
综述 | 概述食品发酵中微生物功能研究方法,涵盖传统到新兴技术,并总结近期发酵食品微生物功能研究进展 | 强调从微生物组成研究向功能研究的范式转变,提出稳定同位素探测和单细胞测序等新兴技术的应用潜力 | 现有功能预测方法产生群体平均数据,掩盖功能异质性、稀有类群和低丰度种群中的关键贡献者 | 指导复杂发酵系统中微生物功能的针对性研究 | 食品发酵过程中的微生物群落 | 微生物组学 | NA | 扩增子测序、组学技术、稳定同位素探测、单细胞测序 | NA | 微生物组数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 248 | 2025-11-14 |
Ce -NeRV3D - a C. elegans Neuron RNA-seq Visualization tool in 3D
2025, microPublication biology
DOI:10.17912/micropub.biology.001830
PMID:41210177
|
研究论文 | 开发了一个用于在秀丽隐杆线虫3D神经系统中可视化基因表达模式的Blender插件工具 | 首次实现了在完整3D神经系统解剖结构中无限制数量基因表达模式的可视化,并提供可定制的颜色映射和交互式数据探索功能 | NA | 开发神经系统中基因表达空间分布的可视化工具 | 秀丽隐杆线虫的神经系统 | 生物信息学可视化 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、3D解剖结构数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 249 | 2025-11-14 |
PRTS: Predicting Single-Cell Spatial Transcriptomic Maps from Histological Images
2025, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.0961
PMID:41210658
|
研究论文 | 提出PRTS框架,能够直接从组织学图像预测单细胞分辨率的空间转录组数据 | 首次实现仅使用H&E染色组织图像就能准确预测单细胞水平转录组数据,将分析单元数量提升约27倍 | NA | 开发从组织学图像预测空间转录组数据的方法,降低空间转录组技术的应用成本 | 组织切片中的细胞 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学,组织学成像 | NA | 图像,转录组数据 | 每个组织切片约60,000个可分析细胞区域 | NA | 空间转录组学,单细胞分析 | NA | NA |
| 250 | 2025-11-14 |
Exploring the Glycolytic Mechanisms in "Driver Gene-Negative" Lung Adenocarcinoma (LUAD): A Single-Cell RNA Sequencing Approach to Identify the MIF-HIF-1α Axis
2025, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.119149
PMID:41210694
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探索驱动基因阴性肺腺癌中的糖酵解机制,发现MIF-HIF-1α轴在糖酵解过程中的关键作用 | 首次在驱动基因阴性肺腺癌中揭示MIF与HIF-1α之间的正反馈调控轴,为这类缺乏有效靶向治疗的患者提供了新的治疗靶点 | 样本量相对有限(49例患者),需要更大规模的研究验证发现 | 阐明驱动基因阴性肺腺癌中糖酵解通路的作用,识别关键基因和潜在治疗靶点 | 驱动基因阴性肺腺癌患者 | 单细胞测序分析 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,基因集富集分析,免疫印迹 | 风险评分模型,Seurat分析流程 | RNA测序数据 | 49例驱动基因阴性肺腺癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 251 | 2025-11-14 |
Identification and validation of the important role of tryptophan-related gene CYP1B1 in the development and progression of sepsis
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0335944
PMID:41212877
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证发现色氨酸代谢相关基因CYP1B1在脓毒症发生发展中起重要作用 | 首次发现CYP1B1在脓毒症单核细胞中高表达并通过激活单核细胞促进疾病进展 | 研究主要基于公共数据库数据和体外实验,需要更多临床样本验证 | 阐明色氨酸代谢在脓毒症免疫特征中的功能 | 脓毒症患者血液样本和单核细胞 | 生物信息学 | 脓毒症 | RNA测序,单细胞测序,RT-qPCR,Transwell实验,Western blot,免疫荧光染色 | NA | RNA测序数据,基因表达数据 | 来自GSE28750、GSE65682、GSE69528和GSE137342数据集的血液样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 252 | 2025-11-14 |
Single cell deciphering of pruritic keloids: the interaction between fibroblasts and Schwann cells through the Midkine signaling
2025, Burns & trauma
IF:6.3Q1
DOI:10.1093/burnst/tkaf057
PMID:41216187
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示瘢痕疙瘩中成纤维细胞与雪旺细胞通过Midkine信号通路的相互作用机制 | 首次发现Midkine(MDK)在瘢痕疙瘩疼痛和瘙痒中的关键作用,并阐明成纤维细胞通过MDK激活修复表型雪旺细胞的分子机制 | 未明确MDK信号通路的具体下游分子机制 | 探索成纤维细胞和雪旺细胞在瘙痒性和疼痛性瘢痕疙瘩中的潜在作用 | 瘢痕疙瘩组织中的成纤维细胞和雪旺细胞 | 单细胞测序分析 | 皮肤纤维增生性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 253 | 2025-11-14 |
Different metabolic paradigms and distribution of regulatory T cells between primary and lymph node metastasis prostate cancer
2025, CytoJournal
IF:2.5Q2
DOI:10.25259/Cytojournal_44_2025
PMID:41216232
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析比较了原发性前列腺癌和淋巴结转移中调节性T细胞的代谢特征和分布差异 | 首次在单细胞水平揭示了前列腺癌原发灶与转移灶中Treg细胞亚群的代谢重编程差异及其与淋巴转移的关系 | 样本量有限,需要更大规模的研究验证结果 | 探究前列腺癌原发灶与淋巴结转移中调节性T细胞的代谢特征和分布差异 | 原发性前列腺癌和淋巴结转移组织样本 | 单细胞测序分析 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学 | NA | 单细胞RNA测序数据,免疫组织化学图像 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 254 | 2025-11-14 |
Development of a novel prognostic prediction model using mitochondrial-related genes and single-cell sequencing data for colorectal carcinoma
2025, Translational gastroenterology and hepatology
IF:3.8Q2
DOI:10.21037/tgh-25-89
PMID:41216283
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研究论文 | 本研究开发了一种基于线粒体相关基因和单细胞测序数据的结直肠癌预后预测模型 | 首次结合单细胞RNA测序数据和线粒体基因集构建结直肠癌预后预测模型,识别出5个关键线粒体基因并建立风险评分系统 | 需要在更广泛的患者队列中验证研究结果,样本来源相对有限 | 系统研究线粒体基因在结直肠癌中的预后潜力,开发可靠的风险评分模型 | 结直肠癌患者组织样本 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,差异基因表达分析,基因集富集分析,通路分析,Cox比例风险回归分析 | Cox回归模型,风险评分模型 | 单细胞RNA测序数据,基因表达数据 | TCGA数据库结直肠癌组织样本,外部验证集GSE17536队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 255 | 2025-11-14 |
Decoding the Prognosis-Related S100A9high Monocyte in Glioblastoma Using Single-Cell and Spatial Transcriptome Sequencing
2025, OncoTargets and therapy
IF:2.7Q3
DOI:10.2147/OTT.S553018
PMID:41216330
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组测序技术揭示了胶质母细胞瘤中S100A9高表达单核细胞的异质性及其与不良预后的关联 | 首次从配体-受体网络角度识别胶质母细胞瘤亚型,并发现S100A9高表达单核细胞这一新型预后不良相关细胞亚群 | 研究样本量有限,需要更大规模验证;机制研究主要基于体外实验 | 解析胶质母细胞瘤中单核细胞的异质性及其在肿瘤微环境中的功能 | 胶质母细胞瘤患者样本中的单核细胞和巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序, 免疫荧光, T细胞共培养实验 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 图像数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序 | NA | NA |
| 256 | 2025-11-13 |
Single-cell analysis of lung epithelial cells reveals age and cell population-specific responses to SARS-CoV-2 infection in ciliated cells
2025-Jan-21, Clinical and experimental immunology
IF:3.4Q3
DOI:10.1093/cei/uxae118
PMID:39780400
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研究论文 | 通过单细胞分析揭示肺上皮细胞对SARS-CoV-2感染的年龄和细胞群体特异性反应 | 发现两种纤毛细胞亚群(FOXJ1高/低)具有不同感染率和免疫应答特征,并首次揭示儿童与成人肺细胞对病毒感染的差异基因表达 | 研究基于体外气液界面培养模型,可能与体内真实情况存在差异 | 研究先天免疫信号在肺发育和年龄中对SARS-CoV-2感染应答的作用 | 儿童和成人肺组织来源的气道上皮细胞 | 单细胞生物学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | Seurat, scType, Monocle | 单细胞转录组数据 | 儿童和成人肺组织样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 257 | 2025-11-11 |
Correction: Exposing the cellular situation: findings from single-cell RNA sequencing in breast cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1709624
PMID:41208986
|
correction | 对乳腺癌单细胞RNA测序研究文章的更正 | NA | NA | NA | NA | NA | breast cancer | single-cell RNA sequencing | NA | NA | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 258 | 2025-11-10 |
Single-cell sequencing reveals the response mechanisms of vascular endothelial cells to glucocorticoids in diabetic retinopathy
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0334230
PMID:41196918
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研究论文 | 通过单细胞测序技术揭示糖皮质激素在糖尿病视网膜病变中对血管内皮细胞的响应机制 | 首次在单细胞水平系统分析糖皮质激素活性在糖尿病视网膜病变血管内皮细胞中的变化特征 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要实验验证 | 探究糖皮质激素在糖尿病视网膜病变发病机制中的作用 | 糖尿病视网膜病变组织中的血管内皮细胞 | 生物信息学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞RNA测序 | 伪时间分析、转录因子分析、细胞通讯分析 | 单细胞RNA测序数据 | GEO数据库数据集GSE178121 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 259 | 2025-11-10 |
Single-cell transcriptomics in metastatic breast cancer: mapping tumor evolution and therapeutic resistance
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1669741
PMID:41199747
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综述 | 本文综述单细胞转录组学在转移性乳腺癌研究中的应用,重点阐述其在描绘肿瘤进化、揭示治疗抵抗机制方面的作用 | 采用单细胞转录组学技术高分辨率解析转移性乳腺癌的肿瘤异质性、细胞进化轨迹和治疗抵抗机制,整合空间转录组学和多组学平台提供肿瘤生态系统全景视图 | 存在技术挑战,临床应用的标准化和推广仍需进一步研究 | 探讨单细胞转录组学如何重塑对转移性乳腺癌生物学特性的理解并指导精准治疗 | 转移性乳腺癌肿瘤细胞、肿瘤微环境中的免疫细胞、基质细胞和内皮细胞 | 单细胞组学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 多组学 | NA | NA |
| 260 | 2025-11-10 |
Integrative multi-omics identifies MEIS3 as a diagnostic biomarker and immune modulator in hypertrophic cardiomyopathy
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1675467
PMID:41200169
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研究论文 | 本研究通过整合多组学分析鉴定MEIS3作为肥厚型心肌病的诊断生物标志物和免疫调节因子 | 首次发现MEIS3在HCM中作为基质中心免疫调节因子的关键作用,并构建了lncRNA-miRNA-MEIS3调控网络 | 样本量较小(HCM患者n=4,健康对照n=3),需要更大规模研究验证 | 表征转录因子MEIS3在肥厚型心肌病中的临床和免疫学作用 | 肥厚型心肌病患者和健康对照的外周血样本及心肌组织 | 生物信息学 | 心血管疾病 | RNA测序,单细胞RNA测序,机器学习算法 | LASSO,随机森林 | 基因表达数据,单细胞数据 | 7个样本(4例HCM患者,3例健康对照) | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |