单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2025-06-04	To Explore the Key Subgroup and Their Immune Microenvironment During the Formation of Coronary Plaque With scRNA-seq 2025, Cardiology research and practice IF:1.8Q3 DOI:10.1155/crp/3221767 PMID:40454289	研究论文	通过单细胞RNA测序技术探索冠状动脉斑块形成过程中的关键亚群及其免疫微环境	利用多种技术（包括单细胞RNA测序、CytoTRACE、monocle、slingshot、CellChat和SCENIC）研究了NK细胞中的关键亚群C1 RACK1+ NK细胞在冠状动脉斑块形成中的作用	样本量较小，仅包含15个个体标本	理解冠状动脉斑块形成过程中的细胞异质性及其免疫微环境	NK细胞中的C1 RACK1+亚群	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CytoTRACE、monocle、slingshot、CellChat、SCENIC	NA	单细胞RNA测序数据	15个个体标本
242	2025-06-03	Bulk integrated single-cell-spatial transcriptomics reveals the impact of preoperative chemotherapy on cancer-associated fibroblasts and tumor cells in colorectal cancer, and construction of related predictive models using machine learning 2025-01, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2024.167535 PMID:39374811	research paper	本研究通过整合批量、单细胞和空间转录组数据，探究了术前化疗对结直肠癌中成纤维细胞和上皮细胞的影响，并利用机器学习构建了预测模型	识别了与术前化疗和结直肠癌预后相关的三个细胞亚群（NOTCH3+Fib、TNNT1+Epi和HSPA1A+Epi），并构建了独立的预后预测模型PCRSM	研究样本量相对较小（22个独立队列），且未进行大规模临床验证	探究术前化疗对结直肠癌中成纤维细胞和上皮细胞的影响，并构建预测模型	结直肠癌患者中的成纤维细胞和上皮细胞	digital pathology	colorectal cancer	bulk, single-cell, and spatial transcriptomic sequencing	machine learning	transcriptomics data	22个独立队列的结直肠癌样本
243	2025-06-02	Lifting the curse from high-dimensional data: automated projection pursuit clustering for a variety of biological data modalities 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaf052 PMID:40440093	research paper	本文提出了一种名为自动投影追踪（APP）的无监督聚类方法，用于处理高维生物数据	通过将高维数据顺序投影到低维表示中，减轻了维度诅咒的影响	NA	开发一种新的聚类方法以更有效地分析高维生物数据	高维生物数据，包括转录组学、蛋白质组学和单细胞组学数据	machine learning	NA	unsupervised clustering, projection pursuit	APP	high-dimensional biological data	多种生物数据模态，包括流式和质谱细胞仪数据、scRNA-seq、多重成像数据和T细胞受体库数据
244	2025-06-02	A glutamine metabolism gene signature with prognostic and predictive value for colorectal cancer survival and immunotherapy response 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1599141 PMID:40443528	research paper	该研究构建了一个基于谷氨酰胺代谢基因的评分系统GLMscore，用于预测结直肠癌患者的生存预后和免疫治疗反应	创新性地构建了GLMscore评分系统，整合多组学数据揭示了谷氨酰胺代谢在结直肠癌中的生物学特征及其与免疫微环境和微生物组的关联	研究结果需要在更大规模的前瞻性队列中进行验证	探索谷氨酰胺代谢在结直肠癌进展和治疗反应中的作用，并开发预测工具	结直肠癌患者	digital pathology	colorectal cancer	transcriptome sequencing, 16S rRNA gene sequencing, scRNA-seq	NA	transcriptomic data, microbiome data, pathological images	多个队列的结直肠癌患者数据
245	2025-06-02	Single-cell RNA-seq uncovers lineage-specific regulatory alterations of fibroblasts and endothelial cells in ligamentum flavum hypertrophy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1569296 PMID:40443657	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究韧带黄韧带肥大中成纤维细胞和内皮细胞的谱系特异性调控变化	首次在韧带黄韧带肥大中鉴定出五种不同的成纤维细胞亚群，并揭示了间充质成纤维细胞亚群与疾病发病机制的密切关联	未明确说明样本量是否足够大以覆盖所有可能的细胞亚群变异	建立韧带黄韧带的单细胞图谱，为腰椎管狭窄症的药物治疗确定高优先级靶点	韧带黄韧带肥大中的成纤维细胞和内皮细胞	数字病理学	腰椎管狭窄症	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	未明确说明
246	2025-06-02	TSPAN4+ fibroblasts coordinate metastatic niche assembly through migrasome-driven metabolic reprogramming and stromal-immune crosstalk in pancreatic adenocarcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1594879 PMID:40443671	research paper	该研究探讨了TSPAN4+成纤维细胞在胰腺癌转移中的关键作用，通过迁移体驱动的代谢重编程和基质-免疫细胞互作协调转移微环境的组装	首次揭示TSPAN4+成纤维细胞通过迁移体介导的机制调控胰腺癌转移微环境，并阐明其与免疫细胞的互作网络	研究主要基于单细胞和空间转录组数据，需要更多体内实验验证TSPAN4靶向治疗的实际效果	探索胰腺癌转移微环境中的关键调控细胞及其作用机制	胰腺癌组织中的TSPAN4+成纤维细胞及其与免疫细胞的互作	digital pathology	pancreatic cancer	scRNA-seq, 空间转录组, siRNA转染, qRT-PCR	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	整合GEO和TCGA数据库数据，具体样本量未明确说明
247	2025-06-02	Single cell atlas of canine natural killer cells identifies distinct circulating and tissue resident gene profiles 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1571085 PMID:40443661	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究犬类自然杀伤细胞（NK细胞）在不同组织中的基因表达特征，并与人类NK细胞进行比较	首次构建了犬类NK细胞在不同组织中的单细胞图谱，并揭示了与人类NK细胞的跨物种同源性	研究仅限于犬类和人类NK细胞的比较，未涉及其他物种	深入理解犬类NK细胞的异质性，为优化跨物种NK免疫治疗提供依据	犬类和人类的自然杀伤细胞（NK细胞）	免疫学	癌症	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	来自血液、肺、肝、脾和胎盘的犬类NK细胞，以及来自相同组织的人类NK细胞
248	2025-06-02	Optimizing single cell RNA sequencing of stem cells. A streamlined workflow for enhanced sensitivity and reproducibility in hematopoietic studies. The use of human umbilical cord blood-derived hematopoietic stem and progenitor cells 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1590889 PMID:40443736	研究论文	本文优化了造血干细胞和祖细胞（HSPCs）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）工作流程，以提高灵敏度和可重复性	优化了scRNA-seq协议，并提出了将CD34+和CD133+ HSPCs数据集合并为“伪批量”分析的创新方法	研究样本数量有限，可能影响结果的普遍性	在分子水平上比较CD34+和CD133+ HSPCs的转录组差异	人脐带血来源的造血干细胞和祖细胞（HSPCs）	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞分选（FACS）	UMAP（均匀流形逼近与投影）	RNA测序数据	有限数量的人脐带血细胞
249	2025-06-02	Integrated single-cell and transcriptome sequencing data reveal the value of IL1RAP in gastric cancer microenvironment and prognosis 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1584619 PMID:40444099	研究论文	通过整合单细胞和转录组测序数据，揭示了IL1RAP在胃癌微环境和预后中的价值	首次通过机器学习和单细胞数据分析，揭示了IL1RAP在胃癌微环境中的关键作用及其作为免疫治疗疗效预测因子的潜力	研究依赖于公共数据集，缺乏实验验证	探究IL1RAP在胃癌微环境中的作用及其对预后的影响	胃癌患者	数字病理学	胃癌	单细胞测序、转录组测序、机器学习	机器学习算法（未指定具体模型）	转录组数据、单细胞数据	胃癌患者的公共数据集（未明确样本数量）
250	2025-06-01	Exploring the level of metabolic reprogramming and the role of prognostic factor SF3A3 in hepatocellular carcinoma through integrated single-cell landscape analysis 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0323559 PMID:40424306	研究论文	本研究通过整合单细胞景观分析探索肝细胞癌（HCC）中的代谢重编程水平及预后因子SF3A3的作用	揭示了HCC细胞中代谢重编程的异质性，并确定了SF3A3作为新的治疗靶点	研究依赖于公共数据库的单细胞RNA测序数据，可能受限于数据的质量和覆盖范围	研究HCC中代谢重编程的异质性并识别新的治疗靶点	肝细胞癌（HCC）细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	诊断模型	RNA测序数据	公共数据库中的单细胞RNA测序数据
251	2025-06-01	Identification of biomarkers associated with inflammatory response in Parkinson's disease by bioinformatics and machine learning 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0320257 PMID:40435035	研究论文	结合生物信息学和机器学习筛选与帕金森病炎症反应相关的生物标志物基因	使用多种机器学习算法（LASSO、SVM-RFE和随机森林）筛选生物标志物基因，并通过单细胞转录组数据分析验证其与特定细胞类型的关联	未提及样本量大小，可能影响结果的泛化性	筛选与帕金森病炎症反应相关的生物标志物基因	帕金森病患者基因表达数据	生物信息学	帕金森病	生物信息学分析、机器学习	LASSO、SVM-RFE、随机森林	基因表达数据	NA
252	2025-06-01	Intercellular communication between FAP+ fibroblasts and SPP1+ macrophages in prostate cancer via multi-omics 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1560998 PMID:40438108	研究论文	通过多组学方法研究前列腺癌中FAP+成纤维细胞与SPP1+巨噬细胞之间的细胞间通讯	揭示了FAP+成纤维细胞与SPP1+巨噬细胞在前列腺癌中的独特互作模式，并识别了潜在的免疫抑制性肿瘤微环境信号通路	样本量相对较小（23个前列腺样本），且需要进一步的功能验证	探索前列腺癌肿瘤微环境中细胞间通讯的机制，以发现新的治疗靶点	FAP+成纤维细胞和SPP1+巨噬细胞	肿瘤微环境研究	前列腺癌	bulk RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、免疫组化和免疫荧光染色	NA	RNA测序数据、空间转录组数据、免疫染色图像	23个前列腺样本的23,519个单细胞RNA测序数据
253	2025-06-01	Unraveling the immune evasion mechanisms in the tumor microenvironment of head and neck squamous cell carcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1597202 PMID:40438103	综述	本文综述了头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）肿瘤微环境中的免疫逃逸机制，并提出了一个新的'三位一体'调控网络	提出了一个包含代谢重编程介导的免疫检查点调控、基质细胞驱动的免疫功能障碍和表观遗传重塑促进免疫耐受的'三位一体'调控网络	对特定免疫逃逸通路的理解仍不完全，且缺乏个性化的治疗策略	探讨HNSCC肿瘤微环境中的免疫逃逸机制，为开发多靶点联合疗法提供理论基础	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞测序、空间转录组学	NA	NA	NA
254	2025-06-01	Tumor-infiltrating immune cell signature score reveals prognostic biomarkers and therapeutic targets for colorectal cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1583327 PMID:40438100	research paper	该研究通过整合结直肠癌转录组数据，构建并验证了一个基于肿瘤浸润免疫细胞相关基因的预后模型，并探索了其在预测免疫治疗效果方面的潜力	利用多种机器学习技术（如RSF、LASSO和Cox回归）构建了一个基于五个关键TIIC-RNAs的预后模型，该模型在生存预测上优于现有的22种预后模型，并揭示了TIIC特征评分与肿瘤浸润免疫细胞、代谢特征及染色体不稳定性之间的显著相关性	需要进一步研究评估TIIC特征评分的临床实用性，并确认其在不同人群和治疗背景下的相关性	探索肿瘤浸润免疫细胞相关基因在结直肠癌中的预后价值，以发现新的生物标志物和治疗靶点	结直肠癌（CRC）患者	digital pathology	colorectal cancer	scRNA-seq, NGS, RNA-seq	Random Survival Forest (RSF), LASSO regression, Cox proportional hazards regression	transcriptome data, scRNA-seq data	TCGA-CRC数据集及外部验证数据集
255	2025-06-01	Construction of a stromal cell-related prognostic signature based on a 101-combination machine learning framework for predicting prognosis and immunotherapy response in triple-negative breast cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1544348 PMID:40438115	研究论文	本研究基于101种机器学习算法组合构建了一个与基质细胞相关的预后特征模型，用于预测三阴性乳腺癌（TNBC）的预后和免疫治疗反应	首次整合10种机器学习算法和101种模型组合构建基质细胞相关预后特征模型，并验证了FN1作为关键致癌基因的作用	研究结果需要进一步在更大样本和前瞻性研究中验证	识别基质细胞标记基因并开发预后特征模型，预测TNBC生存结果和免疫治疗反应	三阴性乳腺癌（TNBC）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、qRT-PCR、免疫组化、RNA干扰、CCK-8检测、凋亡检测和伤口愈合实验	101种机器学习算法组合	转录组数据	来自GEO数据库的单细胞RNA测序数据集和独立队列（GSE91061）
256	2025-06-01	Single-cell transcriptome conservation in a multispecies comparative analysis of fresh and cryopreserved insulinoma cell lines 2025, Veterinary oncology (London, England) DOI:10.1186/s44356-025-00025-4 PMID:40438246	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术对多种胰岛素瘤细胞系进行了跨物种比较分析，并探讨了冷冻保存对胰腺β细胞单细胞转录组的影响	首次在跨物种胰岛素瘤细胞系中鉴定出保守的集群标记基因，并验证了冷冻保存样本在单细胞转录组研究中的可行性	研究仅针对细胞系进行，未涉及原代肿瘤组织样本	理解胰岛素瘤的单细胞转录组特征并评估冷冻保存对样本质量的影响	犬源(canINS, CM)和鼠源(INS-1, MIN6)胰岛素瘤细胞系	单细胞转录组学	胰岛素瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Seurat分析流程	单细胞转录组数据	4种胰岛素瘤细胞系(2种犬源和2种鼠源)的新鲜与冷冻保存样本
257	2025-06-01	Single-cell transcriptomic analysis of canine insulinoma reveals distinct sub-populations of insulin-expressing cancer cells 2025, Veterinary oncology (London, England) DOI:10.1186/s44356-025-00026-3 PMID:40438247	研究论文	首次对犬恶性胰岛素瘤进行单细胞转录组分析，揭示了胰岛素表达癌细胞的不同亚群	首次在犬胰岛素瘤中鉴定出两种转录特征不同的胰岛素表达肿瘤细胞亚群（INS和INSFOS），并发现了肿瘤细胞异质性和新的免疫微环境特征	样本规模较小（仅两只犬的三个样本）	探索犬恶性胰岛素瘤的单细胞转录组特征	犬恶性胰岛素瘤细胞	数字病理学	胰腺神经内分泌肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	5,532个细胞（来自两只拳师犬的两个原发胰岛素瘤和一个转移灶）
258	2025-06-01	Biomarker identification associated with M2 tumor-associated macrophage infiltration in glioblastoma 2025, Frontiers in neurology IF:2.7Q3 DOI:10.3389/fneur.2025.1545608 PMID:40438577	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别与M2型肿瘤相关巨噬细胞浸润相关的生物标志物，以预测胶质母细胞瘤的预后	结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别与M2型肿瘤相关巨噬细胞相关的预后基因，并构建预后特征	研究结果需要进一步的外部验证和功能实验验证	识别与M2型肿瘤相关巨噬细胞浸润相关的生物标志物，以预测胶质母细胞瘤的预后	胶质母细胞瘤（GBM）患者	生物信息学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq），WGCNA，LASSO回归分析	LASSO回归	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
259	2025-05-31	Polyamine metabolism dysregulation contributes to muscle fiber vulnerability in ALS 2025-01-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115123 PMID:39932195	研究论文	该研究探讨了肌萎缩侧索硬化症（ALS）中肌肉纤维易损性与多胺代谢失调的关系	首次通过空间转录组学数据识别出多胺代谢是ALS受影响肌肉纤维中的主要改变通路，并证明恢复多胺稳态可以挽救SOD1小鼠的肌肉表型	研究仅基于SOD1小鼠模型，未在人类ALS患者中验证	理解ALS疾病进展中神经支配改变如何干扰肌肉稳态	SOD1小鼠模型的骨骼肌	神经退行性疾病研究	肌萎缩侧索硬化症（ALS）	空间转录组学	SOD1小鼠模型	转录组数据	NA
260	2025-05-31	Gut bacterial L-lysine alters metabolism and histone methylation to drive dendritic cell tolerance 2025-01-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115125 PMID:39932193	research paper	该研究揭示了肠道细菌代谢物L-赖氨酸通过调控树突状细胞的代谢和组蛋白甲基化，促进免疫耐受的机制	首次发现L-赖氨酸通过AMPK/AcCoA-mTOR轴激活SGOC代谢，增加SAM和DOT1L表达，从而增强H3K79me2富集，促进免疫耐受	研究主要基于小鼠模型，人类中的相关性尚需进一步验证	探究肠道细菌代谢物如何诱导树突状细胞免疫耐受的分子机制	树突状细胞(DCs)和肠道共生细菌	免疫学	免疫炎症性疾病	scRNA-seq, 条件性基因敲除小鼠模型	NA	基因表达数据	使用免疫炎症性疾病小鼠模型和Phgdh条件敲除小鼠