单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2025-07-26	Reversal of inflammatory reprogramming by vasodilator agents in pulmonary hypertension 2025-Jan, ERJ open research IF:4.3Q1 DOI:10.1183/23120541.00486-2024 PMID:39811555	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了血管扩张剂对肺动脉高压（PAH）患者外周血单个核细胞（PBMCs）炎症反应的逆转作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了血管扩张剂治疗对PAH患者PBMCs炎症转录组和信号通路的逆转作用，并发现单核细胞中'代谢调节中的胰高血糖素信号'通路在治疗后发生逆转	样本量较小（对照组3例，治疗前PAH患者4例，PDE5i治疗组7例，PDE5i+macitentan治疗组6例），且仅观察了3个月的治疗效果	阐明血管扩张剂是否逆转PAH的炎症激活机制，并开发基于血液的诊断和预后工具	特发性PAH（iPAH）和系统性硬化相关PAH（sscPAH）患者及非PAH对照的外周血单个核细胞	单细胞组学	肺动脉高压	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	对照组3例，治疗前PAH患者4例，PDE5i治疗组7例，PDE5i+macitentan治疗组6例
222	2025-07-26	Integrated Multi-Omics Profiling Identifies PDZ-Binding Kinase (PBK) as a Novel Prognostic Biomarker in Hepatocellular Carcinoma 2025, Journal of hepatocellular carcinoma IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JHC.S493907 PMID:40697330	研究论文	该研究通过整合多组学分析，鉴定出PDZ结合激酶（PBK）作为肝细胞癌（HCC）的新型预后生物标志物	首次发现PBK通过三种协同机制驱动HCC进展，并作为预后分层和免疫治疗抵抗预测的双功能生物标志物	研究主要基于TCGA-LIHC队列数据，需进一步临床样本验证	寻找肝细胞癌的新型免疫治疗靶点	肝细胞癌（HCC）患者肿瘤样本及Huh7细胞系	肿瘤基因组学	肝细胞癌	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、siRNA敲低	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	TCGA-LIHC队列样本及Huh7细胞系
223	2025-07-26	Integrated Transcriptomic Analysis Provided Diagnostic and Pathophysiological Insights for Epilepsy 2025, Journal of immunology research IF:3.5Q2 DOI:10.1155/jimr/5925485 PMID:40697415	研究论文	通过整合转录组分析，为癫痫的诊断和病理生理学提供新见解	鉴定了与癫痫密切相关的四个关键基因（CD3D、CD3G、CTSW和JCHAIN），并构建了一个具有强区分能力的诊断模型	研究依赖于公开的转录组数据集，可能受到样本量和数据质量的限制	揭示癫痫的病理生理学基础并改进潜在诊断和治疗策略	癫痫相关的差异表达基因（DEGs）和枢纽基因	生物信息学	癫痫	转录组分析、单细胞测序、蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络分析	诊断模型	基因表达数据	两个癫痫数据集（GSE143272和GSE32534）及单细胞测序数据（GSE201048）
224	2025-07-26	Mechanistic Insights into Shenzhuo Formula for Diabetic Retinopathy: Integrating UPLC-Q-TOF-MS/MS, Network Pharmacology, Single-Cell RNA Sequencing Data, and Experimental Validation 2025, Drug design, development and therapy DOI:10.2147/DDDT.S505055 PMID:40698062	研究论文	本研究通过整合UPLC-Q-TOF-MS/MS、网络药理学、单细胞RNA测序数据和实验验证，探讨了参竹配方(SZF)在糖尿病视网膜病变(DR)治疗中的潜在机制	首次结合多种先进技术手段全面解析SZF的作用机制，并发现HIF-1α-VEGFA信号通路可能是其核心作用靶点	需要进一步的实验验证来确认这些机制	开发更安全有效的早期糖尿病视网膜病变治疗策略	糖尿病视网膜病变(DR)	生物医学研究	糖尿病视网膜病变	UPLC-Q-TOF-MS/MS, 网络药理学, 单细胞RNA测序, 分子对接	Db/db小鼠模型	质谱数据, 测序数据, 影像数据	Db/db小鼠(未明确数量)和GSE245561数据集中的临床样本
225	2025-07-26	Mapping the immunological landscape and emerging immunotherapeutic strategies in cervical cancer: a comprehensive review 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1620501 PMID:40708940	综述	本文全面回顾了宫颈癌的免疫学景观及新兴免疫治疗策略	整合了单细胞RNA测序、空间转录组学和多路成像等先进技术来理解免疫异质性并发现新治疗靶点	缺乏可靠的生物标志物来预测哪些患者能从免疫治疗中获益，且患者间免疫景观的异质性增加了复杂性	开发针对宫颈癌的有效、个性化免疫治疗策略	宫颈癌的肿瘤免疫微环境	肿瘤免疫学	宫颈癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、多路成像	NA	NA	NA
226	2025-07-26	Gut-tropic α4β7+CD8+ T cells contribute to pancreatic β cell destruction in type 1 diabetes 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1623428 PMID:40709181	研究论文	本文探讨了肠道趋向性α4β7+CD8+ T细胞在1型糖尿病中对胰腺β细胞的破坏作用	揭示了肠道趋向性CD8+ T细胞在1型糖尿病发病机制中的新作用，并发现整合素α4β7是其致病性的关键介质	研究样本量相对较小，且主要基于观察性数据，需要进一步实验验证	阐明非特异性T细胞向胰岛迁移的机制及其在1型糖尿病中的潜在致病作用	1型糖尿病患者、健康对照者及NOD小鼠	免疫学	1型糖尿病	单细胞RNA测序、相关性分析、细胞因子分析	NA	临床数据、单细胞RNA测序数据	99名1型糖尿病患者、57名健康对照者、10名1型糖尿病供体、11名自身抗体阳性供体、15名非糖尿病对照及NOD小鼠
227	2025-07-25	Identification of podocyte molecular markers in diabetic kidney disease via single-cell RNA sequencing and machine learning 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0328352 PMID:40690456	研究论文	通过单细胞RNA测序和机器学习识别糖尿病肾病中的足细胞分子标记	利用单细胞RNA测序数据和多种机器学习算法，揭示了糖尿病肾病中足细胞的异质性和功能差异，并鉴定了ARHGEF26作为潜在的诊断生物标志物	研究主要关注早期糖尿病肾病，可能不适用于晚期病例	阐明糖尿病肾病中足细胞的功能及其分子标记	糖尿病肾病患者的足细胞	数字病理学	糖尿病肾病	scRNA-seq, RT-qPCR, Western blot	机器学习算法	RNA测序数据	早期糖尿病肾病患者的单细胞RNA测序数据
228	2025-07-25	3D visualization of uterus and ovary: tissue clearing techniques and biomedical applications 2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2025.1610539 PMID:40692613	综述	本文综述了组织透明化和三维可视化技术在子宫和卵巢研究中的最新进展及其生物医学应用	整合了组织透明化技术与空间转录组学和AI分析工具，实现了全面的三维分子图谱	未提及具体实验数据或样本量的详细信息	促进对女性生殖系统功能的理解，并探索早期诊断子宫和卵巢病理的潜在策略	子宫和卵巢组织	数字病理学	妇科疾病	组织透明化技术（有机溶剂基、水凝胶基和水凝胶包埋方法）、光片显微镜、多光子显微镜	NA	三维图像数据	NA
229	2025-07-25	Immune cell single-cell RNA sequencing analyses link an age-associated T cell subset to symptomatic benign prostatic hyperplasia 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1585446 PMID:40692782	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，研究发现一种与年龄相关的T细胞亚群与症状性良性前列腺增生（BPH）相关	首次将年龄相关的CD8+ T细胞亚群（Taa）与BPH症状联系起来，并揭示了Granzyme K在促进前列腺基质成纤维细胞炎症反应中的作用	研究样本量较小，且主要关注老年男性，可能限制了结果的普遍性	探讨年龄相关免疫细胞变化对BPH症状的贡献	老年男性（>50岁）的前列腺组织及BPH患者来源的成纤维细胞	免疫学	前列腺癌	scRNA-seq, ELISA	NA	单细胞RNA测序数据	老年男性前列腺组织（小≤40g和大≥90g）及3例年轻器官捐赠者的前列腺组织
230	2025-07-25	Cross-talk of m6A methylation modification and the tumor microenvironment composition in esophageal cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1572810 PMID:40692788	研究论文	本研究探讨了m6A甲基化修饰与食管癌肿瘤微环境组成之间的相互作用，并开发了一个m6A评分系统来预测免疫治疗反应	首次揭示了m6A甲基化在食管癌肿瘤微环境中的关键作用，并开发了新型m6A评分系统作为预测免疫治疗反应的生物标志物	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	阐明m6A甲基化修饰对食管癌肿瘤微环境的影响并开发预测性生物标志物	食管癌患者样本和肿瘤微环境	生物信息学	食管癌	scRNA-seq, 共识聚类算法, 主成分分析	NA	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的食管癌数据集
231	2025-07-25	Integrating GEO Database, Mendelian Randomization, and Molecular Docking to Identify HLA-C as a Potential Therapeutic Target for Periodontitis 2025, Mediators of inflammation IF:4.4Q2 DOI:10.1155/mi/9163431 PMID:40692979	研究论文	本研究通过整合GEO数据库、孟德尔随机化和分子对接技术，识别HLA-C作为牙周炎的潜在治疗靶点	首次结合多种生物信息学方法和分子对接技术，系统性地探索牙周炎的分子机制并验证HLA-C作为治疗靶点的潜力	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探索牙周炎的分子机制并识别关键治疗靶点	牙周炎相关基因表达数据和HLA-C分子	生物信息学	牙周炎	GEO数据库分析、孟德尔随机化(MR)、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、分子对接(MD)	NA	基因表达微阵列数据、单细胞RNA测序数据	GSE10334微阵列数据集（具体样本数量未明确说明）
232	2025-07-25	Tumor-associated bacteria activate PRDX1-driven glycolysis to promote immune evasion and PD-1 antibody resistance in hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2025.1599691 PMID:40693141	研究论文	本研究探讨了肿瘤相关细菌通过激活PRDX1驱动的糖酵解促进肝细胞癌免疫逃逸和PD-1抗体耐药性的机制	首次将肿瘤内细菌与PD-1耐药性通过氧化还原调节代谢联系起来，并提出PRDX1和肠道菌群双重靶向作为一种新型组合免疫治疗策略	研究样本量较小（29例HCC临床样本和8只小鼠每组），需要更大规模的验证	探索细菌感染如何重塑肿瘤代谢从而削弱抗PD-1治疗的疗效	肝细胞癌（HCC）肿瘤微环境中的微生物、代谢和免疫相互作用	肿瘤免疫学	肝细胞癌	16S rRNA基因测序、单细胞RNA测序、流式细胞术	原位HCC小鼠模型	基因测序数据、流式细胞数据	29例HCC临床样本和12,487个细胞的单细胞RNA测序数据，每组8只小鼠的动物模型
233	2025-07-24	Highly multiplexed spatial transcriptomics in bacteria 2025-Jan-24, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adr0932 PMID:39847624	research paper	该研究开发了一种名为bacterial-MERFISH的新方法，用于在细菌中实现高通量、空间分辨的转录组分析	结合1000倍体积扩展与多重错误鲁棒荧光原位杂交（MERFISH），解决了细菌mRNA高密度带来的技术挑战	未明确说明该方法在不同种类细菌中的适用性或潜在的技术限制	研究细菌在复杂环境中的单细胞决策行为	细菌（包括肠道共生菌）的mRNA和操作子	空间转录组学	NA	MERFISH（多重错误鲁棒荧光原位杂交）	NA	空间转录组数据	未明确说明具体样本数量，但涉及单个细菌内数千个操作子的分析
234	2025-07-24	Hepatocellular carcinoma hosts cholinergic neural cells and tumoral hepatocytes harboring targetable muscarinic receptors 2025-Jan, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2024.101245 PMID:39717507	研究论文	本研究揭示了肝细胞癌中存在胆碱能神经细胞和携带可靶向毒蕈碱受体的肿瘤肝细胞，为肝癌治疗提供了新思路	首次在人类HCC中发现密集的DCX+、synaptophysin+、NeuN+、VAChT+神经细胞簇，并提出神经元评分新概念	研究主要基于回顾性数据，需要进一步前瞻性临床验证	探索肝细胞癌中胆碱能神经调控机制及其治疗潜力	人类肝细胞癌组织、大鼠HCC模型、TCGA等多组学数据集	肿瘤生物学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、生物信息学分析、细胞生物学实验	NA	基因组数据、转录组数据、临床数据	法国肝脏生物样本库样本、TCGA数据集、欧洲验证队列
235	2025-07-24	Cell signaling characterization for spatial transcriptomics (ST) data using network analysis 2025, Complex networks & their applications XIII : proceedings of the thirteenth International Conference on Complex Networks and Their Applications: COMPLEX NETWORKS 2024. Volume 1. International Conference on Complex Networks and Their Appl... DOI:10.1007/978-3-031-82435-7_32 PMID:40510773	研究论文	本文提出了一种基于网络分析的细胞间通讯方法，用于空间转录组学（ST）数据	提出了一种新的网络模型，用于量化ST数据中的配体-受体相互作用信号活性，并验证了其在真实ST数据集上的有效性	仅验证了三种相互作用，可能无法涵盖所有细胞间通讯情况	开发一种用于空间转录组学数据的细胞间通讯分析方法	空间转录组学数据中的配体-受体相互作用	空间转录组学	NA	网络分析	网络模型	空间转录组学数据	一个真实的ST数据集
236	2025-07-24	Melanocyte dysfunctions: future and promise of stem cells 2025, American journal of stem cells IF:1.5Q4 DOI:10.62347/EOIC7075 PMID:40686746	综述	本文综述了黑色素细胞（MCs）和黑色素干细胞（McSCs）在皮肤色素沉着和附属器官色素沉着中的作用，以及它们在治疗白癜风、头发灰白、伤口愈合障碍和黑色素瘤等疾病中的潜在应用	探讨了McSCs在皮肤稳态和修复中的关键作用，以及利用单细胞RNA测序、空间转录组学、基因编辑和全基因组测序等前沿技术对McSCs生物学及其调控微环境的深入理解	对McSCs在黑色素细胞功能障碍（如白癜风）中的特性缺乏全面理解	探讨McSCs在皮肤健康和疾病治疗中的作用及潜在应用	人类黑色素细胞（MCs）和黑色素干细胞（McSCs）	再生医学	白癜风	单细胞RNA测序、空间转录组学、基因编辑、全基因组测序	NA	NA	NA
237	2025-07-24	Single-Cell Transcriptome Analyses of Four Pain Related Genes in Osteosarcoma 2025, Cancer informatics IF:2.4Q3 DOI:10.1177/11769351251331508 PMID:40686838	research paper	通过单细胞转录组分析研究骨肉瘤中四个疼痛相关基因的表达模式	首次在骨肉瘤中利用单细胞转录组测序技术分析四个疼痛相关基因（ARTN、PSPN、GDNF、NRTN）在不同细胞类型中的表达差异	研究仅分析了基因表达模式，未验证这些基因在疼痛调控中的具体功能机制	探究骨肉瘤中疼痛相关基因的细胞特异性表达模式	人类骨肉瘤组织和16种骨肉瘤细胞系	digital pathology	osteosarcoma	scRNA-seq	NA	gene expression data	骨肉瘤组织和16种骨肉瘤细胞系
238	2025-07-24	Integrated Single-Cell and Spatial Transcriptomic Analysis Identifies ISR-Related Genes Driving Immune Regulation in Parkinson's Disease 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S521744 PMID:40687147	研究论文	通过整合单细胞和空间转录组分析，识别了帕金森病中与整合应激反应(ISR)相关的基因，这些基因在免疫调控中起关键作用	首次在帕金森病中系统研究了ISR相关基因的作用，并发现了DDIT4等关键基因在神经炎症调控中的新机制	研究主要基于公开数据库数据，部分发现需进一步实验验证	探索帕金森病进展中的分子机制，特别是ISR相关基因的作用	帕金森病患者和小鼠模型的脑组织	生物信息学	帕金森病	单细胞RNA测序, 空间转录组学, Lasso回归, 随机森林算法	随机森林, Lasso回归	转录组数据	公开数据库GEO中的数据集(具体数量未明确说明)
239	2025-07-24	Integrated Analysis of Ferroptosis- and Cellular Senescence-Related Biomarkers in Atherosclerosis Based on Machine Learning and Single-Cell Sequencing Data 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S529581 PMID:40687151	研究论文	本研究通过生物信息学方法结合机器学习算法和单细胞测序数据，识别了与铁死亡和细胞衰老相关的动脉粥样硬化生物标志物	首次整合铁死亡和细胞衰老相关基因，利用多种机器学习算法和单细胞测序技术分析动脉粥样硬化的分子亚型和诊断标志物	研究结果主要基于生物信息学分析，虽然进行了动物实验验证，但临床样本验证仍需进一步开展	探索铁死亡和细胞衰老在动脉粥样硬化中的作用机制并寻找诊断生物标志物	动脉粥样硬化相关基因表达数据和单细胞测序数据	生物信息学	心血管疾病	RNA-seq, 单细胞测序, WGCNA	机器学习算法(8种)	基因表达数据	来自GEO数据库的动脉粥样硬化基因表达数据集
240	2025-07-24	Leveraging multiple labeled datasets for the automated annotation of single-cell RNA and ATAC data 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.06.043 PMID:40687986	研究论文	本文介绍了一种名为JIND-Multi的新框架，用于在多个标注数据集之间传递细胞类型标签，适用于scRNA-Seq和scATAC-Seq数据	JIND-Multi能够处理scRNA-Seq和scATAC-Seq数据，且不需要配对的scRNA-Seq数据，显著减少了未分类细胞的比例	需要相同类型的标注数据，可能对罕见细胞类型的适应性有限	提高单细胞RNA和ATAC数据的自动化注释精度	单细胞RNA和ATAC测序数据	生物信息学	NA	scRNA-Seq, scATAC-Seq	JIND-Multi	单细胞测序数据	NA