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当前共找到 2176 篇文献，本页显示第 221 - 240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2026-02-19 |
Integrated analysis of single-cell and bulk transcriptomes reveals the prognostic value of polyamine metabolism biomarkers and immune microenvironment features in gastric cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1658975
PMID:41693709
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量转录组数据，揭示了多胺代谢生物标志物和免疫微环境特征在胃癌中的预后价值 | 首次在胃癌中整合单细胞和批量RNA-seq数据，系统评估多胺代谢相关基因的预后意义，并构建了一个基于13个基因的稳健预后模型 | 研究主要基于公共数据集，缺乏前瞻性临床验证，且样本量可能有限 | 评估多胺代谢相关基因在胃癌预后和免疫微环境中的作用，并开发预后分层模型 | 胃癌患者的转录组数据，包括单细胞和批量RNA-seq数据 | 生物信息学 | 胃癌 | RNA-seq，单细胞RNA-seq，机器学习算法 | StepCox，弹性网络，以及10种机器学习算法的组合 | 转录组数据 | 未明确指定具体样本数量，但涉及多个公共数据集 | NA | 单细胞RNA-seq，批量RNA-seq | NA | NA |
| 222 | 2026-02-19 |
KLF4 orchestrates a Ccl2+ fibroblast-mediated inflammatory network driving preterm birth
2025, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2025.1700275
PMID:41694684
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，揭示了KLF4通过调控Ccl2+成纤维细胞亚群介导的炎症网络在早产发病机制中的关键作用 | 首次结合单细胞转录组学和孟德尔随机化方法，鉴定出KLF4是早产的遗传风险因子，并阐明了Ccl2+成纤维细胞亚群在KLF4依赖的炎症调控网络中的核心作用 | 研究主要基于小鼠和大鼠模型，虽进行了临床样本验证，但在人类中的直接机制证据仍需进一步探索；单细胞数据集来源有限 | 阐明早产的分子机制，并寻找潜在的治疗靶点 | 早产小鼠模型、大鼠宫内感染模型、人类早产患者外周血和胎盘组织 | 单细胞组学 | 早产 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化, qRT-PCR, 蛋白质印迹, 免疫组织化学, 胎盘外植体培养 | NA | 单细胞转录组数据, 基因表达数据, 临床样本数据 | 来自公共数据集GSE200289和E-MTAB-11491的小鼠单细胞数据，以及FinnGen和IEU GWAS数据库的eQTL数据，并进行了体内外实验验证 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 223 | 2026-02-19 |
M2 macrophage infiltration drives tumor progression and identifies a multigene prognostic signature in esophageal cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1659048
PMID:41704537
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示了M2肿瘤相关巨噬细胞在食管癌进展中的机制作用，并构建了一个四基因预后模型 | 利用单细胞RNA测序和批量RNA测序数据整合分析，识别了M2巨噬细胞相关的关键基因，并构建了一个新的四基因预后特征，同时通过体内外实验验证了IL1RN和IL36G在肿瘤进展中的功能作用 | NA | 阐明M2肿瘤相关巨噬细胞在食管癌进展中的机制作用，并构建一个M2巨噬细胞相关基因特征用于预后预测 | 食管癌患者 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | 加权基因共表达网络分析, 多变量Cox回归分析 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 224 | 2026-02-18 |
Deconvolution and Phylogeny Inference of Diverse Variant Types Integrating Bulk DNA-seq with Single-cell RNA-seq
2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.24.634791
PMID:39975330
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研究论文 | 本文开发了一种名为TUSV-int的方法，通过整合bulk DNA-seq和scRNA-seq数据，进行去卷积和系统发育推断，以解决癌症克隆结构重建中的技术限制 | TUSV-int首次整合bulk DNA-seq和scRNA-seq数据，利用整数线性规划同时处理SNV、CNA和SV等多种变异类型，提高了克隆谱系树的分辨率 | 方法依赖于scRNA-seq数据的可用性，且scDNA-seq的高成本和挑战性可能限制大规模队列应用，对结构变异和拷贝数变异的观测在RNA-seq中仍存在困难 | 开发一种整合多组学数据的方法，以改进癌症克隆谱系树的重建和突变历史解析 | 癌症基因组数据，包括bulk DNA-seq和scRNA-seq数据，专注于乳腺癌数据集 | 生物信息学 | 乳腺癌 | bulk DNA-seq, scRNA-seq | 整数线性规划 | 基因组序列数据，RNA序列数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, bulk DNA-seq | NA | NA |
| 225 | 2026-02-16 |
Comprehensive analysis of scRNA-seq and bulk RNA-seq reveals the non-cardiomyocytes heterogeneity and novel cell populations in dilated cardiomyopathy
2025-Jan-06, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05983-1
PMID:39762897
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研究论文 | 本研究通过整合分析扩张型心肌病（DCM）和正常心脏组织的单细胞RNA测序（scRNA-seq）与批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，揭示了DCM中非心肌细胞的异质性，并识别了参与疾病过程的新型细胞亚群 | 首次构建了DCM的单细胞转录图谱，并利用多种机器学习算法（xCell, EPIC, MCP counter, CIBERSORT）高精度地识别了DCM相关细胞类型，发现了具有不同功能的成纤维细胞和巨噬细胞新亚群（如增殖性F3细胞、肌成纤维细胞F6细胞、M2-like1和M2-like2巨噬细胞），并揭示了GAS6-MERTK轴在细胞间通讯中的潜在作用 | 样本量相对较小（7个DCM样本和3个正常样本），研究结果需要在更大规模的队列中进行验证 | 揭示扩张型心肌病（DCM）中非心肌细胞的异质性及其在疾病发生中的作用，探索潜在的免疫治疗靶点 | 人类心脏组织（来自DCM患者和正常供体） | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq） | 机器学习算法（包括xCell, EPIC, MCP counter, CIBERSORT） | 基因表达数据（转录组） | 总计70,958个单细胞数据点，来源于7个DCM样本和3个正常心脏组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq，批量RNA-seq | NA | NA |
| 226 | 2026-02-16 |
Integrating traditional omics and AI-driven approaches for discovery and validation of novel MicroRNA biomarkers and therapeutic targets in thyroid cancer
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1727032
PMID:41684520
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研究论文 | 本研究整合传统组学技术与人工智能方法，结合单细胞验证，以发现和验证甲状腺癌中新型microRNA生物标志物和治疗靶点 | 将批量转录组学的荟萃分析与机器学习特征选择、单细胞空间图谱相结合，增强了生物标志物的发现和验证能力 | 未明确说明样本来源的多样性或潜在偏差，且单细胞数据仅来自23个样本，可能限制普遍性 | 发现和验证甲状腺癌中可靠的生物标志物和治疗靶点 | 甲状腺癌样本、TPC-1和BHT101细胞系、以及小鼠异种移植模型 | 机器学习 | 甲状腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, CRISPRi, 功能实验 | 机器学习特征选择 | 转录组数据, 单细胞数据 | 3个批量RNA-seq数据集和23个甲状腺癌样本的196,145个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 227 | 2026-02-15 |
ABCA8-positive lipid-metabolic CAFs mediate immunotherapy resistance in TNBC
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1729275
PMID:41675524
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组学，揭示了ABCA8阳性脂质代谢相关癌症相关成纤维细胞（lpCAFs）通过脂质代谢重编程促进M2巨噬细胞极化，从而在三阴性乳腺癌（TNBC）中建立免疫抑制性肿瘤微环境并介导免疫检查点阻断（ICB）治疗抵抗的机制 | 首次利用整合的单细胞和空间转录组学数据，在TNBC中鉴定出ABCA8+ lpCAFs和APOE+ LAMs在免疫-基质交界处共定位，并阐明其通过脂质代谢重编程驱动免疫抑制性TME的新机制 | 研究主要基于体外共培养实验和回顾性数据分析，缺乏体内模型验证；样本量相对有限，且未涵盖所有TNBC亚型 | 阐明TNBC中ICB治疗抵抗的关键细胞机制，特别是脂质介导的基质-免疫相互作用 | 三阴性乳腺癌（TNBC）肿瘤微环境中的细胞，特别是癌症相关成纤维细胞（CAFs）和巨噬细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学，多模态交叉分析（MIA）算法，BODIPY染色，油红O染色，qPCR，流式细胞术，Western blotting | NA | 单细胞RNA测序数据，空间转录组数据 | 3个TNBC数据集的scRNA-seq数据，43个TNBC样本的空间转录组数据 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 228 | 2026-02-15 |
Single-cell RNA-sequencing of peripheral blood mononuclear cells reveals the transcriptome profile of Microtus fortis immune cells during the early phase of infection with Schistosoma japonicum
2025, Frontiers in cellular and infection microbiology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcimb.2025.1739541
PMID:41675929
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了东方田鼠和昆明小鼠在感染日本血吸虫早期外周血单个核细胞的转录组变化，揭示了东方田鼠作为非许可宿主的免疫反应机制 | 首次在单细胞水平上比较了东方田鼠（自然非许可宿主）和昆明小鼠（易感宿主）在感染日本血吸虫早期外周血免疫细胞的转录组差异，揭示了Cxcl9在单核细胞中的特异性上调以及Th2细胞和抗体分泌细胞的独特激活模式 | 研究仅关注了感染后10天的时间点，未能提供免疫反应的动态变化过程；样本量相对较小，可能影响统计效力；且仅分析了外周血单个核细胞，未涉及其他组织或细胞类型 | 探究东方田鼠对日本血吸虫感染的天然抵抗力的分子机制 | 东方田鼠（Microtus fortis）和昆明小鼠的外周血单个核细胞（PBMCs） | 单细胞转录组学 | 血吸虫病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未感染动物（对照组）和感染后10天的动物样本，具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 229 | 2026-02-15 |
Applications of AI to single-cell and spatial transcriptomics: current state-of-the-art and challenges
2025, Frontiers in bioinformatics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fbinf.2025.1715821
PMID:41676376
|
综述 | 本文综述了人工智能在单细胞和空间转录组学数据分析中的应用现状、主流算法及其面临的挑战 | 系统梳理了AI在10个单细胞/空间转录组核心分析任务中的应用，并评估了不同算法在实际研究中的适用性 | 未提供具体的实验验证数据，主要基于文献综述和方法学比较 | 评估人工智能技术在单细胞和空间转录组学数据分析中的应用效果与发展趋势 | 单细胞转录组学与空间转录组学数据分析方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | 深度学习算法 | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 230 | 2026-02-14 |
A metabolic-radioimmune signature predicts therapy response and immune reprogramming in non-small cell lung cancer
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1693277
PMID:41306526
|
研究论文 | 本研究系统探讨了非小细胞肺癌（NSCLC）中放疗诱导的肿瘤微环境（TME）代谢重塑，并基于放疗抵抗相关代谢基因（RRMGs）建立了一个预测模型，以优化治疗分层和放疗增敏剂发现 | 首次系统整合了NSCLC肿瘤细胞、肿瘤引流淋巴结（TDLNs）的批量转录组数据和肿瘤组织的单细胞RNA-seq数据，利用scFEA算法重建代谢通量图，并识别出7个关键的RRMGs构建预后模型，同时预测并实验验证了新的放疗增敏剂 | 研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平或代谢组学的直接验证；模型在独立队列中的验证AUC相对较低（0.618），可能需要更多样本进一步验证；实验验证仅限于细胞水平，缺乏体内模型或临床前研究 | 优化NSCLC的放疗治疗分层，发现新的放疗增敏剂，并理解放疗诱导的代谢重编程如何驱动治疗抵抗 | 非小细胞肺癌（NSCLC）的肿瘤细胞、肿瘤引流淋巴结（TDLNs）和免疫细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA-seq, 批量转录组分析, WGCNA, Cox回归, CIBERSORT, TIDE算法, scFEA算法, qRT-PCR, 蛋白质印迹, 分子对接 | 预后风险模型（基于RRMGs）, 列线图 | 转录组数据, 单细胞RNA-seq数据 | TCGA放疗队列和独立放疗免疫治疗队列的数据，具体样本数未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 231 | 2026-02-14 |
Integrated single-cell and spatial transcriptomics combined with whole-exome sequencing reveal key hub genes and epithelial heterogeneity in bladder cancer
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1748105
PMID:41669266
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组、空间转录组和全外显子组测序数据，揭示了膀胱癌上皮细胞的异质性，并鉴定了与肿瘤突变负荷相关的关键枢纽基因 | 首次整合单细胞RNA-seq、空间转录组和WES数据，结合TMB分析，系统解析膀胱癌上皮细胞亚群，并利用Ro/e算法识别出关键的TMB相关上皮亚群Epi14 | 样本量相对有限（13个单细胞样本，30个WES样本），且为回顾性研究，需要更大规模的前瞻性队列验证 | 阐明膀胱癌上皮细胞的异质性及其在肿瘤发生发展中的作用，并鉴定与肿瘤突变负荷相关的关键基因 | 膀胱癌患者组织样本中的上皮细胞 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA-seq, 全外显子组测序, 空间转录组学, qPCR, Western blot | 随机生存森林, UMAP, Monocle2, CellChat, CytoTRACE, spacexr, PROGENy | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 外显子组测序数据, 批量转录组数据 | 13个单细胞RNA-seq样本, 514个批量转录组样本, 30个WES样本, 共77,263个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 全外显子组测序 | NA | NA |
| 232 | 2026-02-12 |
MRGPRX2-expressing mast cells are increased in the GI tract of individuals with active inflammatory bowel disease and hereditary α-tryptasemia
2025, Frontiers in allergy
IF:3.3Q2
DOI:10.3389/falgy.2025.1726096
PMID:41647192
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研究论文 | 本研究探讨了遗传性α-类胰蛋白酶血症（HαT）患者胃肠道中MRGPRX2表达肥大细胞的增加及其在炎症性肠病（IBD）中的作用 | 首次在HαT背景下，结合空间转录组学和质谱流式细胞术，揭示了胃肠道肥大细胞表型改变及MRGPRX2表达上调与IBD活动的关联 | 样本量较小（空间转录组学n=8，质谱流式n=14），且仅针对特定肠道部位（降结肠和小肠）进行分析，可能限制结果的普适性 | 阐明HαT对胃肠道肥大细胞表型及MRGPRX2表达的影响，探索其在IBD症状发生中的潜在机制 | 遗传性α-类胰蛋白酶血症（HαT）患者及匹配的非HαT对照者的肠道组织样本 | 空间转录组学 | 炎症性肠病 | 空间转录组分析、质谱流式细胞术（CyTOF）、微滴数字PCR（ddPCR）、基因分型 | NA | 组织样本、转录组数据、蛋白质表达数据 | 854份生物样本库IBD样本进行基因分型；空间转录组分析8例（HαT=4，对照=4）；质谱流式分析14例（HαT=5，对照=9） | NA | 空间转录组学、单细胞蛋白质组学 | NA | NA |
| 233 | 2026-02-12 |
Multi-omics integration and machine learning-driven construction of an immunogenic cell death prognostic model for colon cancer and functional validation of FCGR2A
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1746907
PMID:41657770
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研究论文 | 本研究通过多组学整合与机器学习构建了一个基于免疫原性细胞死亡（ICD）相关基因的结肠癌预后模型，并验证了关键基因FCGR2A的功能 | 首次系统性地利用ICD相关基因构建结肠癌预后模型，结合单细胞RNA-seq数据解析T细胞状态，并通过大量机器学习模型组合优化特征选择 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏前瞻性临床队列验证；体外功能实验仅针对单个基因（FCGR2A） | 开发基于免疫原性细胞死亡的预后模型，探索其与肿瘤免疫微环境及治疗敏感性的关联 | 结肠腺癌（COAD）患者 | 机器学习 | 结肠癌 | 转录组学分析、单细胞RNA-seq、机器学习模型构建 | 随机生存森林（Random Survival Forest） | 转录组数据、临床数据、单细胞RNA-seq数据 | TCGA和GTEx的结肠腺癌患者数据，以及GSE17538和GSE38832作为外部验证队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 234 | 2026-02-12 |
Multi-omics characterization of RNF157 expression patterns in hepatocellular carcinoma and development of an RNF157-associated prognostic signature
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1738424
PMID:41657776
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研究论文 | 本研究通过整合多组学和单细胞分析，表征了肝细胞癌中E3泛素连接酶RNF157的表达模式，开发了一个RNF157相关的预后特征，并探讨了其与肿瘤微环境的关系 | 在单细胞分辨率下表征RNF157在肝细胞癌中的异质性表达模式，并基于此开发了一个新的预后特征模型 | 预后模型的预测性能中等，需要独立验证才能临床应用 | 表征RNF157在肝细胞癌中的表达模式，开发预后特征，并探索其与肿瘤微环境的关系 | 肝细胞癌患者样本 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 多组学分析, 流式细胞术 | 预后特征模型 | RNA表达数据, 单细胞RNA测序数据 | 来自TCGA、GEO数据库和scRNA-seq数据集(GSE149614)的临床和RNA表达数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 235 | 2026-02-12 |
Integrative multi-omics and experimental analyses implicate PTK2 as a lorazepam-associated biomarker and potential therapeutic target in ovarian cancer
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1744802
PMID:41657774
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研究论文 | 本研究通过整合多组学分析和实验验证，发现PTK2是劳拉西泮与卵巢癌之间的潜在生物标志物和治疗靶点 | 首次将神经活性药物劳拉西泮与卵巢癌的分子靶点联系起来，并通过空间转录组学揭示了PTK2在肿瘤微环境中的特异性分布 | 研究主要基于生物信息学分析和体外细胞实验，缺乏体内动物模型验证和临床样本的直接药效学证据 | 识别和验证劳拉西泮与卵巢癌共有的分子靶点，以发现新的生物标志物和治疗机制 | 卵巢癌相关基因与劳拉西泮潜在靶点的交集基因，特别是PTK2基因 | 计算生物学 | 卵巢癌 | qPCR, CCK-8, 克隆形成, 伤口愈合, 流式细胞术, 单细胞转录组学, 空间转录组学 | Lasso-Cox模型 | 基因表达数据, 单细胞数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 236 | 2026-02-12 |
Single-cell RNA-seq reveals a key role for Vibrio cholerae Mak toxins in Tetrahymena pyriformis killing and bacterial survival
2025, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2025.1729243
PMID:41657991
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA-seq技术揭示了霍乱弧菌Mak毒素在杀死四膜虫和细菌在EFVs中存活的关键作用 | 首次利用单细胞转录组学分析霍乱弧菌暴露于四膜虫时的异质性基因表达，并识别出Mak毒素作为抵抗原生动物捕食和EFVs内存活的关键介质 | 研究仅关注霍乱弧菌和四膜虫的相互作用，分子机制细节仍需进一步探索 | 探究霍乱弧菌抵抗原生动物捕食的分子机制及其在EFVs中的存活策略 | 霍乱弧菌和四膜虫 | 单细胞转录组学 | 霍乱 | 单细胞RNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 5,344个细菌细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 237 | 2026-02-12 |
BMP and NODAL paracrine signalling regulate the totipotent-like cell state in embryonic stem cells
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1720355
PMID:41660012
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和计算框架，探讨了细胞间通讯如何调控胚胎干细胞中的全能样细胞状态，揭示了BMP和NODAL信号通路的关键作用 | 首次结合单细胞RNA测序和计算建模，系统分析胚胎干细胞中配体-受体相互作用，并功能验证BMP和NODAL信号在调控全能样细胞状态中的核心角色 | 研究主要基于体外培养系统，可能无法完全模拟体内胚胎发育的复杂环境，且信号通路的调控机制仍需进一步在体内验证 | 探究细胞间通讯在调控胚胎干细胞命运转变中的作用，特别是针对全能样细胞状态 | 异质性胚胎干细胞群体，尤其是模拟两细胞期胚胎的全能样细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 计算框架（用于建模配体-受体相互作用和下游调控效应） | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 238 | 2026-02-09 |
CRISPR-based genetic screens in human pluripotent stem cells derived neurons and brain organoids
2025-Jan, Cell and tissue research
IF:3.2Q3
DOI:10.1007/s00441-024-03934-2
PMID:39585363
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综述 | 本文综述了基于CRISPR的功能基因组学筛选方法在人类多能干细胞衍生的神经元和脑类器官中的应用，以研究神经发育障碍的发病机制 | 结合CRISPR基因筛选与单细胞RNA测序技术，揭示人类神经细胞中遗传变异的下游基因和细胞通路，为神经发育障碍提供新见解 | 存在当前挑战，如技术应用的限制和未来方向需进一步探索 | 利用CRISPR技术研究神经发育障碍的遗传机制和潜在治疗策略 | 人类多能干细胞衍生的神经元和脑类器官 | 自然语言处理 | 神经发育障碍 | CRISPR基因编辑，单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 239 | 2026-02-09 |
A monocyte-derived blood transcriptomic signature reveals systemic immunosuppression in HCC and partial reversal following curative therapy
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1717978
PMID:41646974
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了早期肝细胞癌（HCC）诱导的系统性免疫抑制转录组特征，并发现治愈性治疗可部分逆转该特征，同时开发了一个源自单核细胞的23基因血液标志物，具有诊断和预后潜力 | 首次在早期HCC患者中通过纵向单细胞RNA测序（治疗前后）结合健康对照，系统描绘了肿瘤负荷及其切除对系统性免疫转录组的重塑，并鉴定出一个与肿瘤组织免疫抑制特征一致的CD14+单核细胞亚群及其23基因标志物 | 样本量较小（仅6名患者），治疗后随访时间较短（1-3个月），且未完全恢复至健康水平 | 阐明肿瘤负荷及其切除如何重塑系统性免疫转录组，并提取具有诊断和预后潜力的血液标志物 | 早期肝细胞癌（HCC）患者、健康对照者、外周血单个核细胞（PBMCs）、肿瘤及癌旁肝组织免疫细胞 | 单细胞组学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、bulk PBMC转录组分析 | NA | 单细胞转录组数据、bulk转录组数据 | 6名早期HCC患者（治疗前后配对样本）及6名年龄匹配的健康对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 240 | 2026-02-09 |
Single-cell and machine learning integration reveals OS-driven CCND1 promotes an aggressive phenotype in papillary thyroid carcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1722524
PMID:41646983
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和机器学习方法，揭示了氧化应激驱动的CCND1在甲状腺乳头状癌中促进侵袭性表型的关键作用 | 首次在单细胞水平上系统评估了氧化应激与甲状腺乳头状癌的关系，并利用机器学习模型识别出CCND1、SOX4和TFF3作为关键生物标志物，同时通过体外实验验证了氧化应激直接驱动CCND1过表达的机制 | 研究主要基于生物信息学分析和体外细胞模型，缺乏体内实验验证和临床样本的深入功能验证 | 识别甲状腺乳头状癌中与氧化应激相关的生物标志物，为临床诊断和治疗提供潜在靶点 | 甲状腺乳头状癌组织、正常甲状腺组织以及TPC-1细胞系 | 数字病理学 | 甲状腺乳头状癌 | 单细胞RNA测序, 机器学习, 加权基因共表达网络分析, 伪时间分析, CellChat分析, 蛋白质印迹, 免疫印迹, ROS检测, 细胞活力测定 | 机器学习模型 | 单细胞RNA测序数据, 独立验证数据集, 体外实验数据 | 未明确指定样本数量，但使用了PTC和正常甲状腺组织的单细胞RNA测序数据以及TPC-1细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |