单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2025-07-31	Investigation of the mechanism of Xiaoyin Jiedu Yin in the treatment of psoriasis based on bioinformatics, machine learning 2025, Frontiers in chemistry IF:3.8Q2 DOI:10.3389/fchem.2025.1623449 PMID:40735022	研究论文	本研究基于生物信息学和机器学习探讨了消银解毒饮治疗银屑病的作用机制	首次结合网络药理学、机器学习靶点筛选和单细胞RNA测序技术，揭示了消银解毒饮通过多靶点协同作用治疗银屑病的机制，并鉴定AKR1B10为核心治疗靶点	研究主要基于体外细胞模型，缺乏动物模型或临床试验验证	探究消银解毒饮治疗银屑病的药理机制	银屑病患者皮肤组织样本和IL-17A诱导的HaCaT细胞模型	生物信息学	银屑病	网络药理学、机器学习靶点筛选、scRNA-seq、空间转录组学	机器学习	基因表达数据	未明确说明样本数量，涉及银屑病患者皮肤组织和HaCaT细胞系
202	2025-07-31	High cGAS-STING expression associates with improved efficacy of neoadjuvant chemo-immunotherapy in head and neck squamous cell carcinoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1584061 PMID:40735041	研究论文	本研究探讨了头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中cGAS和STING表达与新辅助化疗免疫疗法（NACI）疗效的相关性	首次揭示了cGAS和STING表达与NACI疗效的正相关性，并提出了它们作为预测生物标志物的潜力	样本量较小（仅38例患者），且为回顾性研究	探究cGAS和STING表达与HNSCC患者NACI疗效的关系	头颈部鳞状细胞癌患者	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	免疫组织化学、bulk RNA-seq、scRNA-seq	NA	基因表达数据、临床数据	38例HNSCC患者
203	2025-07-31	PM2.5 Induces Cell-Specific Transcriptomic Alterations in the Lungs of Juvenile Mice 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S514437 PMID:40735270	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了PM2.5对幼鼠肺部不同细胞类型的转录组影响	首次在幼鼠模型中利用scRNA-seq技术揭示了PM2.5对不同肺部细胞类型的特异性转录组改变	研究仅基于小鼠模型，结果可能需要进一步在人类样本中验证	探究PM2.5对儿童肺部健康的细胞特异性影响及其分子机制	幼鼠肺部细胞	生物医学	呼吸系统疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), GO和KEGG富集分析, 苏木精-伊红染色	幼鼠PM2.5气道暴露模型	基因表达数据, 组织病理学图像	未明确说明数量的幼鼠肺部样本
204	2025-07-31	Disulfidptosis-Related Genes as Novel Biomarkers and Therapeutic Targets in Dilated Cardiomyopathy 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S525114 PMID:40735269	research paper	该研究通过分析扩张型心肌病（DCM）患者与健康对照中24个二硫键死亡相关基因（DiGs）的表达，构建了预测模型并验证了核心基因的作用	首次将二硫键死亡机制与DCM发病联系起来，并鉴定出ACTN4、MYH10、TLN1、DSTN和NCKAP1作为核心预测基因	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于小鼠模型，需要进一步临床验证	探索二硫键死亡相关基因在扩张型心肌病中的作用机制及治疗靶点	扩张型心肌病患者和小鼠模型	生物信息学	心血管疾病	RNA-seq, 单细胞RNA测序	SVM	基因表达数据	多个GEO数据集中的DCM患者和健康对照样本
205	2025-07-31	Editorial: Single-cell sequencing of the immune microenvironment in cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1660831 PMID:40735316	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
206	2025-07-31	Targeting the KLF5/PI3K/AKT axis as a therapeutic strategy to overcome neoadjuvant chemoresistance in colorectal cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1593639 PMID:40735324	研究论文	本研究探讨了KLF5/PI3K/AKT轴作为克服结直肠癌新辅助化疗耐药性的治疗靶点的潜力	通过单细胞RNA测序分析揭示了KLF5在化疗耐药性中的作用，并提出了KLF5/PI3K/AKT轴作为新的治疗靶点	研究主要基于临床前模型，尚未在人体临床试验中验证	探索克服结直肠癌新辅助化疗耐药性的机制和潜在治疗策略	结直肠癌患者样本和动物模型	肿瘤学	结直肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、InferCNV、差异表达基因分析、通路富集分析、细胞通讯分析、SCENIC、高通量药物筛选	动物模型	RNA测序数据	结直肠癌患者样本(具体数量未提及)和动物模型
207	2025-07-31	An integrated approach for analyzing spatially resolved multi-omics datasets from the same tissue section 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1614288 PMID:40735471	研究论文	本文开发了一种湿实验室和计算框架，用于在同一组织切片上进行空间转录组学（ST）和空间蛋白质组学（SP）的整合分析	首次在同一组织切片上整合ST和SP分析，实现了RNA和蛋白质表达的单细胞水平比较	未提及样本量是否足够大以覆盖广泛的肿瘤异质性	开发一种整合空间多组学数据的方法，以更深入地理解肿瘤-免疫微环境	人类肺癌样本	数字病理学	肺癌	空间转录组学（ST）、空间蛋白质组学（SP）、H&E染色	Weave软件	空间多组学数据	NA
208	2025-07-31	Collection of Growing Bovine Oocytes and Library Preparation for Single-Cell RNA Sequencing 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4658-8_4 PMID:40736790	研究论文	本文详细介绍了用于单细胞RNA测序分析的牛生长卵母细胞的收集和文库制备方案	提供了针对牛生长卵母细胞的详细scRNA-seq分析方案，有助于识别物种特异性转录特征和发育轨迹	NA	研究牛卵母细胞的基因表达和发育过程	牛生长卵母细胞	单细胞测序	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
209	2025-07-30	Single cell transcriptomic analysis reveals transcriptome differences of different cells between eosinophilic chronic rhinosinusitis with nasal polyps and non-eosinophilic chronic rhinosinusitis with nasal polyps 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0328241 PMID:40720416	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉与非嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉之间不同细胞的转录组差异	首次使用单细胞RNA测序技术比较了eCRSwNP和neCRSwNP的细胞异质性和分子机制	样本量较小（3例健康对照和6例患者）	探索eCRSwNP和neCRSwNP的发病机制差异	嗜酸性和非嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者	生物信息学	慢性鼻窦炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	3例健康对照和6例患者（3例eCRSwNP和3例neCRSwNP）
210	2025-07-30	Single-Cell Data and Weighted Correlation Network Analysis Revealed the Regulatory Mechanisms of Macrophages in Carotid Plaques 2025, Journal of immunology research IF:3.5Q2 DOI:10.1155/jimr/9987367 PMID:40727388	研究论文	通过单细胞数据和加权相关网络分析揭示巨噬细胞在颈动脉斑块中的调控机制	在单细胞水平上发现影响颈动脉斑块进展和巨噬细胞调控的潜在生物标志物，并研究其在免疫调控、程序性细胞死亡（PCD）和炎症因子调节中的作用	NA	理解基于巨噬细胞异质性的颈动脉斑块形成机制，为临床干预提供有价值的见解	颈动脉斑块中的巨噬细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞转录组测序、bulk RNA-seq、WGCNA、随机森林、LASSO回归、qRT-PCR、Western blot、ssGSEA	随机森林、LASSO回归	单细胞转录组数据、bulk RNA-seq数据	NA
211	2025-07-30	Identifying and Diagnosing Lytic Cell Death Genes in Atherosclerosis Using Machine Learning and Bioinformatics 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S520039 PMID:40727462	研究论文	本研究利用机器学习和生物信息学方法，探讨了溶解性细胞死亡（LCD）在动脉粥样硬化（AS）中的作用和机制	结合机器学习和生物信息学方法筛选LCD相关基因，并开发了人工神经网络（ANN）模型用于AS的诊断和分期	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	探讨溶解性细胞死亡在动脉粥样硬化中的作用和机制	动脉粥样硬化相关基因和细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞测序、机器学习、生物信息学分析	ANN	基因表达数据	来自GEO数据库的基因表达数据和单细胞测序数据
212	2025-07-29	High Glucose Promotes the Ferroptosis and Dysfunction of Endothelial Cells by Downregulating SLC3A2 and Promoting the Development of Nephropathy 2025, International journal of endocrinology IF:2.3Q3 DOI:10.1155/ije/1186113 PMID:40703306	研究论文	本文研究了高糖环境下内皮细胞的铁死亡和功能障碍，及其在糖尿病肾病中的作用	发现SLC3A2作为关键调节因子，揭示了其在糖尿病肾病中的新机制，并探索了STAT1抑制剂的潜在治疗效果	需要进一步研究机制和策略以改善患者预后	探讨高糖环境下内皮细胞功能障碍和铁死亡在糖尿病肾病中的作用	高糖暴露的内皮细胞和STZ处理的糖尿病小鼠	生物医学研究	糖尿病肾病	单细胞RNA测序、qPCR、western blotting、铁测量、TUNEL检测、生物信息学分析	NA	RNA-seq数据、蛋白质表达数据	GSE13535数据集中的单细胞RNA-seq数据、HUVECs细胞、STZ处理的糖尿病小鼠
213	2025-07-29	Integrative multi-omics analysis reveals the interaction mechanisms between gut microbiota metabolites and ferroptosis in rheumatoid arthritis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1608262 PMID:40703513	研究论文	本研究采用多组学整合分析方法，结合机器学习算法和单细胞转录组数据，揭示了类风湿性关节炎(RA)中铁死亡关键基因与肠道代谢物的调控关系	首次系统研究了RA中铁死亡基因与肠道代谢物的相互作用机制，并发现GPX3和MYC作为关键调控因子	研究结果需要进一步的体内外实验验证	探索RA中铁死亡与肠道菌群代谢物的调控机制	类风湿性关节炎患者	生物信息学	类风湿性关节炎	多组学分析、单细胞RNA测序、分子对接、分子动力学模拟	LASSO、SVM、RFE-RF	转录组数据、单细胞数据	NA
214	2025-07-29	A novel mast cell marker gene-related prognostic signature to predict prognosis and reveal the immune landscape in head and neck squamous cell carcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1538641 PMID:40703522	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建了一个基于14个肥大细胞标记基因的预后模型，用于预测头颈部鳞状细胞癌患者的预后并揭示其免疫景观	结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据构建预后模型，首次系统评估肥大细胞在头颈部鳞状细胞癌中的作用	研究结果需要进一步实验验证，且样本来源仅限于公开数据库	预测头颈部鳞状细胞癌患者的预后并揭示其免疫微环境特征	头颈部鳞状细胞癌患者	生物信息学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，批量RNA测序	Cox回归，LASSO回归	RNA测序数据	来自GSE103322和TCGA数据库的头颈部鳞状细胞癌样本
215	2025-07-29	Identification of lactylation-associated immune and metabolic regulators in bladder cancer via integrated bulk and single-cell transcriptomics 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1604758 PMID:40703521	研究论文	本研究通过整合批量转录组和单细胞转录组数据，鉴定了膀胱癌中与乳酸化相关的免疫和代谢调控因子	发现了FASN和RUNX2作为乳酸化相关枢纽基因在膀胱癌中的关键作用，并揭示了非组蛋白乳酸化的潜在功能	研究主要基于转录组数据，需要更多实验验证乳酸化修饰的具体分子机制	探索乳酸代谢重编程和组蛋白乳酸化在膀胱癌进展中的作用机制	膀胱癌细胞系和肿瘤组织	肿瘤代谢	膀胱癌	转录组测序、单细胞RNA测序、生物信息学分析	NA	转录组数据	TCGA数据库中的膀胱癌样本及体外培养的膀胱癌细胞系
216	2025-07-29	Multi-Target Synergy Against Acute Lung Injury: Systems Pharmacology Decoding Dahuang-Huangqin Herb Pair's Therapeutic Mechanism 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S527378 PMID:40703642	研究论文	本研究通过整合网络药理学和多组学方法，探讨了大黄-黄芩药对治疗急性肺损伤(ALI)的治疗机制	首次结合生物活性化合物筛选、转录组学、孟德尔随机化、单细胞RNA测序、分子对接和体内ALI模型，系统解析了大黄-黄芩药对的多靶点协同作用机制	临床应用需要进一步的药效学优化	揭示大黄-黄芩药对治疗急性肺损伤的多靶点协同作用机制	大黄-黄芩药对的活性成分及其与ALI相关靶点的相互作用	系统药理学	急性肺损伤	网络药理学、多组学分析、孟德尔随机化、单细胞RNA测序、分子对接	NA	转录组数据、蛋白质相互作用数据、分子对接数据、体内实验数据	207种活性成分和93个治疗靶点
217	2025-07-29	A comprehensive characterization of metabolic signatures-hypoxia, glycolysis, and lactylation-in non-healing diabetic foot ulcers 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1593390 PMID:40703704	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法，全面分析了糖尿病足溃疡（DFUs）中的代谢特征，包括缺氧、糖酵解和乳酰化，并鉴定了潜在的诊断和治疗生物标志物	首次在DFUs中系统研究了缺氧、糖酵解和乳酰化的代谢特征，并利用单细胞RNA测序和机器学习方法鉴定了新的生物标志物	研究样本量可能有限，且外部数据集的验证仍需进一步扩大	探究糖尿病足溃疡（DFUs）中代谢失调的机制，并寻找潜在的诊断和治疗靶点	糖尿病足溃疡（DFUs）患者样本	数字病理学	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）	LASSO、支持向量机（SVM）、随机森林（Random Forest）	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
218	2025-07-29	Multi-omics and AI-driven advances in miRNA-mediated hair follicle regulation in cashmere goats 2025, Frontiers in veterinary science IF:2.6Q1 DOI:10.3389/fvets.2025.1635202 PMID:40703926	综述	本文综述了miRNA在调控绒山羊毛囊发育和循环中的作用，以及多组学和AI技术在此领域的应用	整合了单细胞RNA测序、空间转录组学和多组学方法，结合AI分析，揭示了miRNA在毛囊生物学中的新机制和应用潜力	未提及具体实验样本量或研究的地理局限性	探讨miRNA在绒山羊毛囊发育和纤维性状调控中的作用及其在医学和农业中的应用	绒山羊的毛囊发育和纤维性状	生物信息学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学、多组学整合分析、AI分析	NA	转录组数据、蛋白质组数据、表观基因组数据	NA
219	2025-07-28	Sitravatinib in combination with nivolumab plus ipilimumab in patients with advanced clear cell renal cell carcinoma: a phase 1 trial 2025-Jan-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55642-8 PMID:39794332	research paper	一项关于sitravatinib联合nivolumab和ipilimumab治疗晚期透明细胞肾细胞癌的I期临床试验	首次评估sitravatinib与nivolumab和ipilimumab三联疗法在晚期透明细胞肾细胞癌患者中的安全性和有效性	样本量较小（22例患者），且为I期试验，主要关注安全性而非疗效	确定sitravatinib联合nivolumab和ipilimumab三联疗法在晚期透明细胞肾细胞癌患者中的最佳剂量和安全性	22例未经治疗的晚期透明细胞肾细胞癌患者	临床医学	肾细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	临床数据和基因表达数据	22例患者（其中12例进行了肿瘤活检的scRNA-seq分析）
220	2025-07-26	Evolution of SARS-CoV-2 T cell responses as a function of multiple COVID-19 boosters 2025-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.08.631842 PMID:39829792	研究论文	一项为期三年的纵向研究，探讨了多次COVID-19加强疫苗接种对T细胞和抗体反应的长期影响	首次全面分析了多次疫苗接种后T细胞反应的动态变化，揭示了无症状感染者的独特免疫特征	样本量相对较小（78人），且仅针对未报告有症状感染的接种者	了解重复COVID-19疫苗接种对适应性免疫的长期影响	78名接种疫苗且未报告有症状感染的个体	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	免疫反应数据	78名接种疫苗的个体