单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2176 篇文献，本页显示第 201 - 220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2026-03-06 |
Mapping cell-cell fusion at single-cell resolution
2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.11.627873
PMID:39896473
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研究论文 | 本文开发了一种名为ClonMapper Duo（CMDuo）的分子工具包，用于在单细胞分辨率下映射肿瘤细胞群体中的细胞-细胞融合事件 | 通过结合报告基因表达和工程化的荧光相关索引序列与随机生成的核苷酸条形码，CMDuo能够识别并追踪单个细胞融合事件的起源和结果，这是首次在单细胞水平上实现此类映射 | 由于依赖于特定的实验系统和条形码技术，CMDuo可能不适用于所有细胞类型或疾病模型，且需要单细胞RNA-seq数据支持 | 研究细胞-细胞融合在癌症进展和治疗反应中的作用，开发一种高通量单细胞数据平台来映射融合事件 | 三阴性乳腺癌细胞 | 单细胞组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 202 | 2026-03-06 |
Dimensionality reduction for visualizing spatially resolved profiling data using SpaSNE
2025-Jan-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaf002
PMID:39960663
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研究论文 | 本文开发了一种名为SpaSNE的空间解析t-SNE方法，用于整合空间和分子信息，以更准确地可视化空间解析分析数据 | SpaSNE是首个针对空间解析分析数据定制的降维方法，整合了空间和分子信息，相比传统方法如t-SNE和UMAP能提供更准确和有意义的数据可视化 | NA | 开发一种针对空间解析分析数据的降维和可视化方法，以更好地解释细胞类型和分子结构 | 空间解析分析数据集，包括来自不同疾病、组织和细胞类型的细胞 | 空间转录组学 | NA | 空间解析分析技术 | t-SNE, UMAP, SpaSNE | 空间解析分析数据 | 多个公共数据集，涵盖3个实验平台和不同疾病、组织及细胞类型 | 10x Genomics, 其他 | 空间转录组学, 空间解析分析 | Visium, STARmap, MERFISH | Visium, STARmap, MERFISH平台生成的空间解析分析数据 |
| 203 | 2026-03-06 |
Lifting the curse from high-dimensional data: automated projection pursuit clustering for a variety of biological data modalities
2025-Jan-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaf052
PMID:40440093
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研究论文 | 本文提出了一种名为自动投影追踪（APP）的无监督聚类方法，通过将高维数据顺序投影到低维表示来缓解维度诅咒，并在多种生物数据模态上验证其有效性 | 提出了一种替代传统高维空间聚类的方法，通过自动投影追踪技术降低维度诅咒的影响，从而更有效地揭示生物数据中的模式 | 未明确说明方法在极端高维或噪声数据下的鲁棒性，以及计算效率的详细评估 | 开发一种能缓解维度诅咒的无监督聚类方法，以改善高维生物数据的分析 | 高维生物数据，包括转录组学、蛋白质组学、单细胞组学数据等 | 机器学习 | NA | 自动投影追踪（APP） | 无监督聚类算法 | 高维生物数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 流式细胞术, 质谱细胞术, 多重成像, T细胞受体库分析 | NA | NA |
| 204 | 2026-03-06 |
Keeping an Eye Out for Autophagy in the Cornea: Sample Preparation for Single-Cell RNA-Sequencing
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/7651_2023_502
PMID:37930627
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研究论文 | 本文描述了利用单细胞RNA测序技术研究角膜缘上皮干细胞群及自噬对其功能影响的样本制备方法 | 开发了针对角膜/角膜缘组织活细胞单细胞悬液的分离协议，并结合自噬缺陷模型进行scRNA-seq分析 | NA | 研究自噬对角膜缘上皮干细胞功能的影响 | 小鼠角膜缘上皮干细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 205 | 2026-03-06 |
Characterizing the immune infiltrate in secondary syphilis: implications for transmission and pathology
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1549206
PMID:40201184
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研究论文 | 本研究通过免疫组化、bulk RNA测序和单细胞RNA测序技术，分析了二期梅毒皮肤病变中的免疫浸润特征，并探讨了梅毒螺旋体在皮肤中的免疫逃逸机制 | 首次结合单细胞RNA测序和免疫组化技术，系统描绘了二期梅毒皮肤病变中的免疫细胞组成和细胞间通讯网络，并揭示了表皮TLR-MYD88通路在宿主应答中的关键作用 | 研究样本来源于福尔马林固定石蜡包埋的组织，可能影响RNA质量和单细胞测序的灵敏度；体外实验模型可能无法完全模拟体内复杂的免疫微环境 | 阐明梅毒螺旋体在皮肤感染过程中的免疫逃逸机制和宿主免疫应答特征 | 二期梅毒患者的皮肤活检组织、健康人外周血单个核细胞（PBMCs）、原代角质形成细胞和MyD88敲除角质形成细胞 | 数字病理学 | 梅毒 | 免疫组化（IHC）、bulk RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 图像、转录组数据 | 二期梅毒患者的皮肤活检样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 206 | 2026-03-06 |
Serine supplementation suppresses hypoxia-induced pathological retinal angiogenesis
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.105299
PMID:40303351
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研究论文 | 本研究探讨了丝氨酸补充对抑制缺氧诱导的病理性视网膜血管新生的作用及其机制 | 首次系统性地在氧诱导视网膜病变小鼠模型中，通过多组学分析和单细胞RNA测序，揭示了丝氨酸通过增强线粒体脂肪酸氧化和氧化磷酸化来抑制病理性血管新生的新机制，并鉴定出HMGB1蛋白作为关键介导因子 | 研究主要基于小鼠模型，其在人类疾病中的直接适用性尚需进一步验证；干预时间点和剂量方案有待优化；对丝氨酸代谢下游具体信号通路的解析还不够深入 | 探究丝氨酸代谢在抑制缺氧驱动的病理性视网膜血管新生中的作用及分子机制 | 野生型C57BL/6J小鼠的氧诱导视网膜病变模型 | 数字病理学 | 视网膜病变 | 代谢组学, 脂质组学, 蛋白质组学, 单细胞RNA测序, 蛋白质印迹 | 动物模型 | 多组学数据, 图像, 文本 | 未明确具体数量的小鼠视网膜样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 207 | 2026-03-06 |
Comparative transcriptomic analysis of tumor- infiltrating canine natural killer cells and candidate biomarkers from first-in-dog NK immunotherapy trials
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1646849
PMID:41208961
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序比较了犬和人类肿瘤浸润自然杀伤细胞的转录组特征，并评估了犬NK免疫疗法试验中的候选生物标志物 | 首次在犬类中整合血液、组织和肿瘤样本进行单细胞RNA测序分析，建立了犬肉瘤浸润NK细胞特征，并将此特征应用于首次犬免疫疗法临床试验的NK细胞变化背景分析 | 研究样本可能有限，且犬类模型虽与人类相似，但物种间差异仍需谨慎考虑，临床试验的规模和多样性可能不足 | 改善NK细胞在实体癌症中的疗效，并识别跨物种反应的潜在生物标志物 | 犬和人类捐赠者的血液、组织和肿瘤样本中的自然杀伤细胞 | 单细胞转录组学 | 肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 来自犬和人类捐赠者的血液、组织和肿瘤样本，具体数量未在摘要中指定 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 208 | 2026-03-04 |
Inhibition of vascular smooth muscle cell PERK/ATF4 ER stress signaling protects against abdominal aortic aneurysms
2025-Jan-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.183959
PMID:39846252
|
研究论文 | 本研究探讨了血管平滑肌细胞中PERK/ATF4内质网应激信号通路在腹主动脉瘤形成中的作用，并验证了靶向抑制该通路对保护VSMC功能和减少AAA扩张的潜在治疗效果 | 首次通过单细胞RNA测序在人AAA组织中识别出PERK/eIF2α/ATF4通路在VSMCs中的激活，并揭示了TNF-α诱导的PERK依赖性ATF4活化导致细胞凋亡的机制，为AAA治疗提供了新的细胞特异性药物靶点 | 研究主要基于动物模型（弹性酶和血管紧张素II诱导的AAA模型），人类组织的验证可能有限，且长期安全性和临床转化效果尚未明确 | 探究腹主动脉瘤形成中血管平滑肌细胞功能障碍和凋亡的分子机制，并开发有效的治疗策略以预防主动脉破裂 | 腹主动脉瘤组织中的血管平滑肌细胞，以及小鼠AAA模型 | 心血管疾病 | 腹主动脉瘤 | 单细胞RNA测序，基因敲除（Eif2ak3fl/fl Myh11-CreERT2），药物抑制 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 人AAA组织样本和小鼠模型，具体数量未在摘要中说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 209 | 2026-03-03 |
Spatial Transcriptomics in Inflammatory Skin Diseases Using GeoMx Digital Spatial Profiling: A Practical Guide for Applications in Dermatology
2025-Jan, JID innovations : skin science from molecules to population health
DOI:10.1016/j.xjidi.2024.100317
PMID:39559817
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研究论文 | 本文提供了使用NanoString GeoMx数字空间分析仪在炎症性皮肤病中进行空间转录组学研究的实用指南 | 提供了制造商指南中未包含的RNA捕获优化方法和潜在问题解决方案，并通过具体疾病案例展示了空间分析策略 | 主要关注GeoMx平台在皮肤病学的应用，可能不直接适用于其他空间转录组技术或其他组织类型 | 为皮肤病研究者提供数字空间分析技术的实用操作指南和优化策略 | 炎症性皮肤病（银屑病、扁平苔藓、盘状红斑狼疮）的组织样本 | 数字病理学 | 皮肤病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NanoString | 空间转录组学 | GeoMx Digital Spatial Profiler | GeoMx数字空间分析仪 |
| 210 | 2026-03-03 |
Network pharmacology, bioinformatics and in vitro/in vivo validation elucidate the anti-lung cancer activities and potential targets of Rhoifolin
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1727729
PMID:41614077
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研究论文 | 本研究通过整合网络药理学、生物信息学及体外/体内实验，系统探讨了Rhoifolin的抗肺癌活性及其潜在分子靶点EPHB2 | 首次将网络药理学、转录组学与机器学习相结合，识别出EPHB2作为Rhoifolin的关键治疗靶点，并通过分子对接、动力学模拟及体内外实验验证了其直接作用机制 | 研究主要基于H358细胞系和小鼠异种移植模型，临床前数据需在更多肺癌模型和临床试验中进一步验证 | 系统研究Rhoifolin的抗肿瘤效应并识别其关键分子靶点，为肺癌治疗提供新策略 | 肺癌细胞系（如H358）及H358异种移植小鼠模型 | 生物信息学 | 肺癌 | 网络药理学、转录组分析、机器学习、RT-qPCR、Western blot、免疫荧光、分子对接、动力学模拟 | 机器学习 | 转录组数据、单细胞RNA测序数据、临床数据 | 体外细胞实验及H358异种移植小鼠模型，具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 211 | 2026-03-02 |
Serinc5 Regulates Sequential Chondrocyte Differentiation by Inhibiting Sox9 Function in Pre-Hypertrophic Chondrocytes
2025-01, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.31490
PMID:39568258
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析，揭示了Serinc5作为前肥大软骨细胞标记基因，通过抑制Sox9功能调控软骨细胞从增殖到肥大的顺序分化过程 | 首次将Serinc5鉴定为前肥大软骨细胞的标记基因，并阐明其通过抑制Sox9转录活性来调控软骨细胞分化的新机制 | 研究主要基于体外实验和测序分析，体内功能验证和临床相关性有待进一步探索 | 探究前肥大软骨细胞的分子基础及其在生长板软骨细胞分化中的作用机制 | 生长板软骨细胞，特别是前肥大软骨细胞 | 发育生物学 | NA | scRNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, 荧光标记, 组织学分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 染色质免疫沉淀测序数据, 染色质可及性测序数据, 组织学图像 | 荧光标记的生长板软骨细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq | NA | NA |
| 212 | 2026-03-02 |
Single-Cell RNA-Seq and Histological Analysis Reveals Dynamic Lrig1 Expression During Salivary Gland Development
2025-01, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.31487
PMID:39587709
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和组织学分析，揭示了Lrig1在小鼠颌下腺发育过程中的动态表达模式及其功能 | 首次结合单细胞RNA测序与组织学技术，系统性地研究了Lrig1在唾液腺发育中的时空表达及其调控机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类细胞系实验的生理相关性可能有限 | 探究Lrig1在唾液腺发育和成熟过程中的表达模式及功能 | 小鼠颌下腺及人类唾液腺细胞系 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, 免疫荧光染色, RNAscope染色 | NA | 单细胞RNA测序数据, 图像数据 | 不同发育阶段的小鼠颌下腺样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 213 | 2026-03-02 |
Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals Biomechanical Loading-Induced Imbalance in Bone and Fat, Leading to Ossification in Lumbar Intervertebral Disc Nucleus Pulposus Degeneration
2025-01, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.31506
PMID:39854079
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了生物力学负荷如何导致腰椎间盘退变中髓核的骨化和骨-脂肪失衡 | 首次在单细胞水平上识别出受生物力学负荷影响的CITED4+METRN+软骨细胞亚群，并揭示了其在椎间盘退变骨化中的关键作用 | 样本量较小（仅5例新鲜组织），且为回顾性分析，需要更大规模的前瞻性研究验证 | 探究生物力学负荷对腰椎间盘退变中髓核骨化的影响机制 | 腰椎间盘退变患者的髓核组织 | 单细胞转录组学 | 椎间盘退变 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 5例新鲜髓核组织（L3-S1节段）及回顾性石蜡包埋样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 214 | 2026-03-02 |
Enhanced resistance to Listeria infection in mice surviving sepsis: the role of lipid metabolism and myeloid cell reprogramming
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1588987
PMID:40520167
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研究论文 | 本研究探讨了败血症存活小鼠通过脂质代谢和髓系细胞重编程增强对李斯特菌感染的抵抗力 | 揭示了败血症存活后髓系细胞的脂质代谢重编程如何增强对细胞内病原体的免疫保护，为败血症幸存者的免疫恢复提供了新机制 | 研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需进一步验证；未深入探讨脂质代谢变化的具体分子通路 | 探究败血症存活后免疫系统如何通过脂质代谢和髓系细胞重编程增强对二次感染的抵抗力 | 败血症存活小鼠及其脾脏CD11b+Ly6Chigh髓系细胞 | 免疫学 | 败血症 | 单细胞RNA测序、定量RT-PCR、免疫组化、血清细胞因子检测、血浆脂质组学 | NA | RNA序列数据、脂质组学数据、细胞表型数据 | 小鼠模型（具体数量未在摘要中明确） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 215 | 2026-03-01 |
Multi-omics integration in disease research
2025, Progress in brain research
DOI:10.1016/bs.pbr.2025.08.012
PMID:41314746
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综述 | 本章强调多组学整合在理解阿尔茨海默病、帕金森病和肌萎缩侧索硬化等神经退行性疾病生物学中的价值 | 通过整合基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学数据，结合单细胞测序、空间转录组学和高通量质谱等工具，重建分子网络并实现患者分子亚型分层 | 面临数据异质性和标准化不足等挑战 | 推动神经退行性疾病研究中的个性化策略 | 阿尔茨海默病、帕金森病和肌萎缩侧索硬化（ALS） | 多组学整合 | 神经退行性疾病 | 单细胞测序、空间转录组学、质谱分析 | NA | 基因组、转录组、蛋白质组、代谢组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 216 | 2026-03-01 |
Precision medicine in neurodegenerative diseases: From research to clinical practice
2025, Progress in brain research
DOI:10.1016/bs.pbr.2025.08.006
PMID:41314744
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综述 | 本章概述了精准医学如何重塑神经退行性疾病的理解、诊断和治疗方式 | 整合了遗传、分子、生物标志物、影像技术和数字工具等多维度信息，推动精准医学从研究向临床实践转化 | 面临试验设计、数据整合、不平等获取和监管障碍等挑战 | 探讨精准医学在神经退行性疾病中的应用，旨在改善诊断、治疗和疾病管理 | 阿尔茨海默病、帕金森病、肌萎缩侧索硬化症和亨廷顿病等神经退行性疾病 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 单细胞转录组学、影像技术、数字工具 | NA | 遗传数据、分子数据、生物标志物数据、影像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 217 | 2026-02-27 |
CREB Drives Acinar to Ductal Cells Reprogramming and Promotes Pancreatic Cancer Progression in Preclinical Models of Alcoholic Pancreatitis
2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101606
PMID:40812683
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研究论文 | 本研究探讨了在酒精性慢性胰腺炎背景下，CREB与致癌KrasG12D/+在促进胰腺癌进展中的分子相互作用 | 揭示了CREB在酒精性胰腺炎模型中驱动腺泡细胞向导管细胞重编程并加速胰腺癌进展的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证 | 阐明慢性炎症下CREB与Kras*协同促进胰腺癌进展的分子机制 | 胰腺腺泡细胞、导管病变、胰腺上皮内瘤变 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、Western blotting、磷酸激酶阵列、定量PCR、谱系追踪 | 遗传工程小鼠模型（KC, KCC-/-） | 基因表达数据、组织学图像 | 多种遗传背景的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 218 | 2026-02-26 |
Single-cell transcriptome analysis profiles cellular dynamics and transcriptional changes in diabetic wound tissues following ESWT treatment
2025, Frontiers in physiology
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fphys.2025.1693937
PMID:41334557
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，构建了体外冲击波疗法治疗糖尿病伤口组织的细胞图谱，揭示了该疗法促进组织修复的细胞机制 | 首次在单细胞分辨率下系统描绘了体外冲击波疗法对糖尿病伤口组织的细胞动态和转录重编程影响，并阐明了其通过调节巨噬细胞、成纤维细胞和内皮细胞状态以及增强免疫细胞通讯网络来促进修复的机制 | 研究主要基于转录组层面的分析，缺乏对蛋白质水平和功能验证的深入探索；样本量相对有限，且为观察性研究，因果关系需进一步验证 | 探究体外冲击波疗法促进糖尿病伤口愈合的细胞和分子机制 | 糖尿病伤口组织 | 数字病理学 | 糖尿病并发症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 约39,475个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 219 | 2026-01-23 |
Correction: High-resolution single-cell RNA sequencing using canFam4 reveals novel immune subsets and checkpoint programs in healthy dogs
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1773404
PMID:41567218
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correction | 本文是对先前发表的一篇关于使用canFam4进行高分辨率单细胞RNA测序以揭示健康犬类新型免疫亚群和检查点程序的研究文章的更正 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 220 | 2026-02-20 |
Upregulation of interferon-γ activation in patients with anti-interferon-γ autoantibodies immunodeficiency syndrome: insights from single-cell analysis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1659383
PMID:41710026
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研究论文 | 本研究首次通过单细胞RNA测序分析了抗干扰素-γ自身抗体免疫缺陷综合征的免疫图谱，揭示了其Th1偏向、IFN-γ驱动的疾病机制 | 首次对AIGAs免疫缺陷综合征进行单细胞RNA测序分析，绘制了其免疫细胞亚群图谱，并揭示了CD4+ Tem与CD14+单核细胞间的交互作用驱动持续Th1炎症的新机制 | 样本量较小（8名患者和3名健康对照），且研究主要基于外周血单核细胞，可能未完全反映组织特异性免疫变化 | 阐明抗干扰素-γ自身抗体免疫缺陷综合征的致病机制和免疫景观 | 抗干扰素-γ自身抗体免疫缺陷综合征患者的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 免疫缺陷综合征 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 | 8名AIGAs患者（4名感染期，4名稳定期）和3名健康对照用于scRNA-seq；扩展队列包括15名患者和10名对照用于流式验证 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |