单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-08-06	scRSSL: Residual semi-supervised learning with deep generative models to automatically identify cell types 2025 Jan-Dec, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.12107 PMID:40261690	研究论文	提出了一种基于半监督学习的深度残差生成模型（scRSSL），用于自动识别单细胞转录组数据中的细胞类型	创新性地将残差网络引入半监督生成模型，利用半监督学习解决样本不平衡问题，并通过残差神经网络提取单细胞数据的局部特征	未提及具体的数据集规模限制或模型计算复杂度	解决单细胞转录组数据中细胞类型识别的挑战	单细胞转录组数据	数字病理学	NA	scRNA-seq	深度残差生成模型（scRSSL）	单细胞转录组数据	未明确提及具体样本量
182	2025-08-06	SAE1 May Play a Pro-Carcinogenic Role in Pancreatic Adenocarcinoma: A Comprehensive Study Integrating Multiple Pieces of Evidence 2025 Jan-Dec, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.70017 PMID:40302186	研究论文	该研究通过整合多种证据全面探讨了SAE1在胰腺腺癌(PAAD)中的促癌作用	首次全面整合mRNA数据、免疫组化、CRISPR修饰细胞系分析和单细胞RNA测序等多种技术手段研究SAE1在PAAD中的作用	未明确说明样本量大小和研究人群特征	探究SAE1在胰腺腺癌发生发展中的作用机制	胰腺腺癌(PAAD)	肿瘤学研究	胰腺癌	mRNA数据分析、免疫组化、CRISPR修饰、单细胞RNA测序、ChIP-Seq、分子对接模型	NA	mRNA数据、蛋白质表达数据、单细胞测序数据、临床数据	NA
183	2025-08-06	Exploring Key Genes of Glutathione Metabolism in Systemic Lupus Erythematosus Based on Mendelian Randomisation, Single-Cell RNA Sequencing and Multiple Machine Learning Approaches 2025 Jan-Dec, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.70021 PMID:40458850	研究论文	本研究通过孟德尔随机化、单细胞RNA测序和多种机器学习方法，探索了系统性红斑狼疮中谷胱甘肽代谢的关键基因	结合了孟德尔随机化、多组学整合、机器学习和SHAP方法，首次揭示了谷胱甘肽代谢通路在系统性红斑狼疮中的关键作用，并发现LAP3基因在其免疫微环境中的重要作用	研究样本量有限，且需要进一步实验验证LAP3基因的功能机制	探索系统性红斑狼疮的病因和潜在治疗靶点	系统性红斑狼疮患者和健康对照的血清代谢物和单细胞RNA测序数据	生物信息学	系统性红斑狼疮	孟德尔随机化(MR), 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 机器学习(ML)	LASSO回归, CatBoost, XGBoost, NGBoost	基因组数据, 代谢组数据	1400种血清代谢物, 多个数据集(包括GSE112087)
184	2025-08-06	Machine learning combining external validation to explore the immunopathogenesis of diabetic foot ulcer and predict therapeutic drugs 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0328906 PMID:40749079	研究论文	本研究利用机器学习和单细胞方法探索糖尿病足溃疡（DFU）的免疫机制并识别潜在治疗药物	结合机器学习、单细胞测序和外部验证，识别了DFU的核心基因和潜在治疗药物	研究结果需要进一步的临床实验验证	探索糖尿病足溃疡的免疫发病机制并预测治疗药物	糖尿病足溃疡（DFU）患者	机器学习	糖尿病足溃疡	单细胞测序、分子对接和动力学模拟	机器学习算法	基因表达数据	GEO数据集和外部数据集GSE147890
185	2025-08-04	Uncovering the molecular mechanisms of Qingdu Zengye Decoction in the treatment of nasopharyngeal carcinoma: an integrative investigation 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1648294 PMID:40746726	研究论文	本研究通过整合计算药理学、功能实验和单细胞转录组分析，揭示了清毒增液汤（QZD）在治疗鼻咽癌中的分子机制	首次采用单细胞转录组测序（scRNA-seq）技术解析QZD在鼻咽癌肿瘤微环境中的空间靶向定位，并发现其通过多靶点调控发挥抗肿瘤作用	研究主要基于体外实验和计算模拟，缺乏临床疗效验证	阐明清毒增液汤治疗鼻咽癌的作用机制	鼻咽癌细胞及肿瘤微环境	计算药理学	鼻咽癌	网络药理学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子对接	NA	转录组数据、蛋白质相互作用数据	未明确说明样本量（基于体外实验和计算分析）
186	2025-08-04	Epiplakin expression is lost in psoriatic skin lesions and is downregulated by IFN-γ in ex vivo skin cultures 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1617737 PMID:40746860	research paper	该研究探讨了epiplakin（EPPK1）在银屑病皮肤病变中的表达缺失及其在体外皮肤培养中被IFN-γ下调的机制	首次揭示了EPPK1在银屑病皮肤病变中的特异性下调及其与IFN-γ的关联	研究主要基于体外实验和动物模型，未涉及大规模临床样本验证	探究EPPK1在炎症性皮肤病（特别是银屑病）中的作用及其调控机制	人类银屑病皮肤样本和小鼠表皮	皮肤病理学	银屑病	单细胞RNA测序（scRNAseq）、免疫荧光、细胞因子处理	NA	RNA测序数据、免疫染色图像	人类银屑病皮肤样本和小鼠表皮样本（具体数量未提及）
187	2025-08-04	Exploring the prognostic significance and therapeutic potential of SUCLG2 in prostate cancer 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1592779 PMID:40747103	研究论文	本研究探讨了SUCLG2在前列腺癌中的预后意义和治疗潜力，并构建了一个基于脂质代谢的风险模型	首次从脂质代谢角度构建了前列腺癌的16基因风险模型，并验证了SUCLG2作为潜在标志物和治疗靶点的作用	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证SUCLG2的具体作用机制	探索前列腺癌的分子发病机制并开发有效的诊断和治疗策略	前列腺癌样本和前列腺癌上皮细胞系22Rv1	数字病理学	前列腺癌	高通量RNA测序、单细胞RNA测序、定量实时聚合酶链反应、免疫荧光检测	Cox比例风险回归模型、LASSO回归	RNA测序数据	497个前列腺癌样本（来自TCGA数据库）和前列腺癌细胞系
188	2025-08-04	Transcriptome combined single-cell sequencing explores molecular mechanisms of ANGPTL4 in sepsis-induced acute lung injury 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0328551 PMID:40743234	研究论文	本研究通过转录组和单细胞测序技术，探索ANGPTL4在脓毒症诱导的急性肺损伤中的分子机制	首次系统分析ANGPTL4在急性肺损伤进展中的时空表达模式和功能网络，并预测其与药物的相互作用	ANGPTL4与Q9BY76-Quercetin的相互作用需要进一步研究，且研究主要基于小鼠模型	阐明ANGPTL4在脓毒症诱导的急性肺损伤中的分子机制	急性肺损伤患者和小鼠模型	分子生物学	急性肺损伤	转录组测序、单细胞测序、分子对接	NA	基因表达数据	来自GEO数据库的急性肺损伤患者数据和小鼠模型
189	2025-08-04	Integrating single-cell regulatory atlas and multi-omics data for differential treatment response and multimodal predictive modeling in CDK 4/6 inhibitor-treated breast cancer 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1585574 PMID:40746611	研究论文	本研究整合单细胞调控图谱和多组学数据，解码CDK4/6抑制剂耐药机制并开发预测生物标志物	首次结合单细胞RNA-seq和多组学数据构建肿瘤预后调控因子指数(TPRI)，并开发多模态预测模型	甲基化数据整合的样本量有限	解码CDK4/6抑制剂治疗反应的异质性机制并开发预测模型	HR+/HER2-乳腺癌患者	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA-seq, qPCR, 多组学分析	logistic回归	基因表达数据, miRNA数据	单细胞RNA-seq数据14例, 批量多组学数据1149例(TCGA-BRCA 1059例 + GSE186901 90例)
190	2025-08-04	"Molecular pigeon" network of lncRNA and miRNA: decoding metabolic reprogramming in patients with lung cancer 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1578927 PMID:40746614	综述	本文综述了长链非编码RNA（lncRNA）和微小RNA（miRNA）在肺癌患者代谢重编程中的关键作用，并阐明了相关的复杂lncRNA-miRNA网络	揭示了lncRNA和miRNA通过竞争性内源RNA机制在肺癌代谢重编程中的新作用，为肺癌的诊断和治疗提供了新的靶点和途径	未提及具体实验数据或样本量，可能缺乏实证支持	探讨lncRNA和miRNA在肺癌代谢重编程中的作用及其潜在的治疗和诊断价值	肺癌患者中的lncRNA和miRNA	分子生物学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	NA
191	2025-08-03	Comparative transcriptomic and genomic analysis of tumor cells in the marginal and center regions of tumor nests in human hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1611951 PMID:40741331	研究论文	通过比较人类肝细胞癌肿瘤巢边缘和中心区域的肿瘤细胞的转录组和基因组分析，揭示了肿瘤巢的空间异质性	首次在空间转录组学水平上揭示了肝细胞癌肿瘤巢边缘和中心区域的基因表达差异及功能分化	样本量较小（8例患者），且仅针对肝细胞癌	探究肝细胞癌肿瘤巢边缘和中心区域的生物学特性及异质性	肝细胞癌肿瘤巢边缘和中心区域的肿瘤细胞	数字病理学	肝细胞癌	空间转录组学（ST）、基因本体（GO）富集分析、inferCNV	NA	空间转录组数据、基因组数据	8例HCC患者的19个空间转录组样本（包含24个肿瘤巢和15个肝纤维化结节）
192	2025-08-03	Bioinformatics-based analysis of the relationship between STC1 expression and immune infiltration in gastric cancer 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1499121 PMID:40741411	研究论文	本研究通过生物信息学方法分析了STC1在胃癌中的表达及其与免疫浸润的关系	首次揭示了STC1表达与胃癌免疫浸润及T细胞耗竭的关联，并验证了其作为免疫治疗靶点的潜力	研究主要基于公开数据库的回顾性分析，缺乏实验验证	评估STC1作为胃癌免疫治疗靶点的潜力	胃癌组织样本和公共数据库中的RNAseq数据	生物信息学	胃癌	RNAseq, ssGSEA, TIMER, scRNA-seq, GSEA	Cox回归分析	RNA测序数据和微阵列数据	来自TCGA_STAD项目、TCGA-GTEx项目和GEO数据库(GSE66229)的样本
193	2025-08-03	Identification of CTSC-driven progression in ESCC by single-cell sequencing and experimental validation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1585139 PMID:40740774	research paper	通过单细胞测序和实验验证识别CTSC驱动的食管鳞状细胞癌（ESCC）进展	整合多个单细胞数据集，构建基于凋亡相关基因的风险模型，并通过实验验证CTSC在ESCC进展中的作用	样本量较小（18个样本），且仅针对ESCC进行研究	探究ESCC肿瘤微环境（TME）的分子机制并构建预后相关基因的风险模型	食管鳞状细胞癌（ESCC）的肿瘤微环境和恶性细胞亚型	digital pathology	esophageal squamous cell carcinoma	single-cell sequencing, immunohistochemistry (IHC), in vitro and in vivo experiments	COX regression analysis	single-cell RNA-seq data, immunohistochemistry data	92,714 cells from 18 samples
194	2025-08-03	Identification of a stromal immunosuppressive barrier orchestrated by SPP1+/C1QC+ macrophages and CD8+ exhausted T cells driving gastric cancer immunotherapy resistance 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1618591 PMID:40740771	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和大规模RNA测序数据，揭示了胃癌中由Macro_SPP1/C1QC巨噬细胞和CD8_Tex_C1 T细胞驱动的基质免疫抑制屏障，及其在免疫治疗抵抗中的作用	首次识别了由特定巨噬细胞和T细胞亚群构成的免疫抑制屏障，并揭示了其通过MIF-CD74/CXCR4/CD44轴驱动免疫抑制的分子机制	研究主要基于转录组数据，需要进一步的实验验证这些细胞亚群的功能及其在免疫治疗抵抗中的具体作用	探究胃癌免疫治疗抵抗的细胞和分子机制	胃癌组织中的免疫细胞及其相互作用网络	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、bulk-RNA测序、免疫荧光	无监督聚类	转录组数据、空间数据	NFHGC队列数据集（具体样本量未明确说明）
195	2025-08-03	Integrated multi-omics and machine learning reveal an immunogenic cell death-related signature for prognostic stratification and therapeutic optimization in colorectal cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1606874 PMID:40740776	研究论文	通过整合多组学数据和机器学习，揭示了一种与免疫原性细胞死亡相关的特征，用于结直肠癌的预后分层和治疗优化	整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，鉴定了11个与预后相关的ICD基因，并构建了一个优化的11基因ICD相关特征（ICDRS）	需要进一步的验证研究来指导个性化治疗策略	系统表征免疫原性细胞死亡（ICD）在结直肠癌（CRC）中的预后意义和治疗潜力	结直肠癌（CRC）患者	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序，批量转录组数据分析	StepCox [forward], RSF	转录组数据	训练和验证数据集中的结直肠癌患者
196	2025-08-03	Integrative spatial and single-cell transcriptomics elucidate programmed cell death-driven tumor microenvironment dynamics in hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1589563 PMID:40740783	研究论文	本研究通过整合空间转录组学和单细胞转录组学，开发了一个程序性细胞死亡（PCD）评分预测模型，用于评估肝细胞癌（HCC）的预后并阐明肿瘤微环境的差异	开发了一个基于17个PCD相关基因的预测模型，揭示了PCD评分与肿瘤微环境及免疫细胞耗竭的关系，并鉴定了关键致癌基因UBE2E1	研究主要基于公共数据库数据，缺乏独立队列的外部验证	评估肝细胞癌的预后并阐明肿瘤微环境差异	肝细胞癌患者	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组测序（ST-seq）	PCD评分预测模型	转录组数据	363名TCGA数据库患者和221名GEO数据库患者
197	2025-08-03	Deciphering spatially confined immune evasion niches in osteosarcoma with 3-D spatial transcriptomics: a literature review 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1640645 PMID:40740859	文献综述	本文综述了利用3-D空间转录组学技术解析骨肉瘤中空间受限的免疫逃逸生态位的研究进展	整合3-D空间转录组学技术揭示骨肉瘤中免疫逃逸生态位的空间分层结构及其与治疗抵抗的关系	主要基于临床前研究数据，尚未在临床队列中得到全面验证	阐明骨肉瘤免疫微环境的空间异质性以突破当前治疗瓶颈	骨肉瘤肿瘤生态系统及其免疫逃逸生态位	数字病理学	骨肉瘤	3-D空间转录组学（3-D ST）	NA	空间转录组数据	NA（文献综述不涉及具体样本量）
198	2025-08-03	Natural killer cell as a potential predictive biomarker for early immune checkpoint inhibitor-associated cardiovascular adverse events: a retrospective cohort study 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1556373 PMID:40740863	研究论文	本研究探讨了外周免疫细胞在早期免疫检查点抑制剂相关心血管不良事件中的预测价值	首次发现基线NK细胞比例可作为早期免疫检查点抑制剂相关心血管不良事件的潜在预测标志物	回顾性研究设计可能存在选择偏倚，样本量相对有限	评估外周免疫细胞对早期免疫检查点抑制剂相关心血管不良事件的预测价值	接受免疫检查点抑制剂治疗的患者	免疫治疗	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 倾向评分匹配(PSM)	ROC曲线分析	基因表达数据, 临床数据	203名患者
199	2025-08-03	Multi-Omics Analysis Combined with Machine Learning Identified FABP4 in Smooth Muscle Cells as a Pathogenic Factor in Atherosclerosis 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S519114 PMID:40740974	研究论文	通过多组学分析和机器学习，研究发现平滑肌细胞中的FABP4是动脉粥样硬化的致病因子	结合单细胞RNA测序和机器学习技术，识别出与动脉粥样硬化相关的Scissor+平滑肌细胞，并发现FABP4作为潜在治疗靶点	研究主要基于体外实验和计算预测，需要进一步的体内实验验证	探索平滑肌细胞在动脉粥样硬化中的作用，并寻找潜在治疗靶点	平滑肌细胞（SMCs）	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、机器学习、qRT-PCR	LASSO回归、随机森林、支持向量机（SVM）	基因表达数据	475个Scissor+ SMCs和1363个Scissor- SMCs
200	2025-08-03	High fat diet-induced loss of pituitary plasticity in aging female mice with ablated leptin signaling in somatotropes 2025, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2025.1617109 PMID:40741169	研究论文	本研究探讨了高脂饮食（HFD）对缺乏生长激素细胞中瘦素受体（LEPR）的老年雌性小鼠垂体转录组功能的影响	揭示了高脂饮食通过下调翻译调控通路和减少可能具有多潜能功能的细胞表达，损害垂体可塑性	研究仅针对老年雌性小鼠，未涉及其他年龄或性别群体	探究高脂饮食对缺乏生长激素细胞中瘦素受体的老年雌性小鼠垂体功能的影响	老年雌性小鼠（10个月大）及其垂体细胞	内分泌学	肥胖症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和生物信息学分析	LEPR缺失的转基因小鼠模型	转录组数据	老年雌性突变小鼠和同窝对照小鼠