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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2026-06-26 |
Integrative Machine Learning of Glioma and Coronary Artery Disease Reveals Key Tumour Immunological Links
2025-01, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70377
PMID:39868675
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研究论文 | 结合机器学习和单细胞RNA测序,探索胶质瘤肿瘤微环境,并揭示与冠状动脉疾病的免疫联系 | 首次整合机器学习与单细胞RNA测序,结合全基因组关联研究和孟德尔随机化,识别影响癌症和心血管疾病预后的肿瘤微环境遗传变异,发现F3基因作为关键调控因子揭示免疫治疗潜力 | 未明确说明限制 | 探索胶质瘤肿瘤微环境与冠状动脉疾病之间的免疫学联系,并通过机器学习识别新的分子亚型和生物标志物 | 胶质瘤肿瘤微环境 | 机器学习 | 胶质瘤, 冠状动脉疾病 | 单细胞RNA测序, 全基因组关联研究, 孟德尔随机化 | 机器学习模型(未具体说明) | 单细胞转录组数据, 遗传变异数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 182 | 2026-06-26 |
Multi-omics analysis reveals distinct gene regulatory mechanisms between primary and organoid-derived human hepatocytes
2025-01-01, Disease models & mechanisms
IF:4.0Q1
DOI:10.1242/dmm.050883
PMID:39878507
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研究论文 | 通过多组学分析揭示原代与类器官来源人肝细胞之间的基因调控机制差异 | 通过整合单细胞转录组和染色质可及性分析,发现AP-1因子与肝脏特异性转录因子共同占据调控区域,并识别出在两种肝细胞类型中特异性激活的转录因子集 | 未提及明显的局限性 | 揭示原代人肝细胞与类器官来源肝细胞之间基因调控机制的差异 | 原代人肝细胞和肝内胆管类器官来源的人肝细胞 | 机器学习, 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 183 | 2026-06-23 |
Think twice: how single-cell suspensions from solid tissues for single-cell transcriptomics are well prepared
2025-Jan, Infectious diseases & immunity
DOI:10.1097/ID9.0000000000000136
PMID:42325859
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综述 | 本文详细分析了从实体组织中制备高质量单细胞悬液的关键步骤,包括酶消化、机械解离和细胞活力评估 | 对实体组织单细胞悬液制备过程中的关键实验细节进行了深入分析和澄清 | 未提及具体实验比较或定量评价不同制备方法的优劣 | 指导研究人员优化从实体组织制备单细胞悬液的实验流程以获得高质量单细胞测序数据 | 实体组织单细胞悬液制备过程 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 184 | 2026-06-20 |
Identification of cell-type specificity, trans- and cis-acting functions of plant lincRNAs from single-cell transcriptomes
2025-01, The New phytologist
DOI:10.1111/nph.20269
PMID:39550625
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研究论文 | 利用单细胞转录组数据鉴定植物lincRNA的细胞类型特异性及顺式和反式作用功能 | 首次在单细胞分辨率下系统鉴定植物lincRNA的细胞类型特异性,并揭示其顺式和反式调控作用 | 未提供具体限制信息 | 研究植物lincRNA在单细胞水平上的细胞类型特异性及其顺式和反式调控功能 | 水稻、拟南芥、番茄和玉米的lincRNA | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 185 | 2026-06-18 |
Convergent and divergent immune aberrations in COVID-19, post-COVID-19-interstitial lung disease, and idiopathic pulmonary fibrosis
2025-01-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00528.2024
PMID:39510135
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研究论文 | 研究COVID-19、COVID-19后间质性肺病和特发性肺纤维化中循环免疫细胞的转录和表型变化 | 首次揭示50基因特征在COVID-19和IPF中的风险预测作用,并阐明单核细胞与T细胞亚群之间的基因组失衡是疾病预后的关键 | 未明确提及研究局限性,但样本量相对较小(227例)且需进一步验证机制的因果关系 | 探讨COVID-19、COVID-19后间质性肺病和特发性肺纤维化中免疫异常的共同与差异特征 | COVID-19患者、COVID-19后间质性肺病患者、特发性肺纤维化患者及健康对照者的外周血免疫细胞 | 数字病理学 | COVID-19, 特发性肺纤维化 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, Luminex | NA | 基因表达数据, 蛋白质组数据 | 227例(包括COVID-19、COVID-19后间质性肺病、特发性肺纤维化及对照组) | Nanostring, 10x Genomics | 基因表达谱分析, 单细胞RNA-seq | nCounter, 10x Chromium | nCounter基因表达分析系统, 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
| 186 | 2026-06-18 |
Potential function exploration of lncRNAs in idiopathic pulmonary fibrosis: insights from whole transcriptome sequencing data analysis
2025 Jan-Dec, Clinics (Sao Paulo, Brazil)
DOI:10.1016/j.clinsp.2025.100732
PMID:40782499
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研究论文 | 通过全转录组测序数据分析,探索长链非编码RNA在特发性肺纤维化中的潜在功能 | 首次利用整合RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,系统分析特发性肺纤维化中长链非编码RNA的差异表达及其共表达网络,并鉴定出六个关键长链非编码RNA作为潜在生物标志物 | 样本量较小(12名特发性肺纤维化患者和5名对照),且功能验证不足,需进一步实验确认长链非编码RNA的机制作用 | 阐明长链非编码RNA在特发性肺纤维化中的表达模式和功能作用,并评估其作为诊断标志物和治疗靶点的潜力 | 特发性肺纤维化患者和健康对照的肺组织样本 | 机器学习和生物信息学 | 特发性肺纤维化 | RNA测序,单细胞RNA测序 | 加权基因共表达网络分析 | 转录组测序数据 | 12名特发性肺纤维化患者和5名对照者的肺组织样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 187 | 2026-06-17 |
Single Cell Transcriptome Signatures of Sarcoidosis in Lung Immune Cell Populations
2025-Jan-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.20.633917
PMID:39896662
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research paper | 通过对结节病患者和健康对照的支气管肺泡灌洗液细胞进行单细胞RNA测序,揭示了与结节病风险和进展相关的细胞类型、基因表达模式及细胞间相互作用的特征 | 首次在单细胞水平上系统地描述了结节病中巨噬细胞亚群(包括定居型、高金属硫蛋白定居型、招募型、促纤维化招募型和增殖型)的独特基因表达谱,并发现定居巨噬细胞和招募巨噬细胞中与疾病进展相关的基因表达变化 | 样本量相对较小,可能限制了检测一些罕见细胞类型或弱效应的能力;未明确提及结节病的具体病因机制 | 识别与结节病风险和进展相关的细胞特异性分子变化,包括细胞组成、基因表达模式和细胞间相互作用 | 结节病患者(包括进展性和非进展性)和健康对照者的支气管肺泡灌洗液细胞 | machine learning | sarcoidosis | single-cell RNA-seq | NA | single-cell RNA-seq data | 16例结节病患者(8例进展性、8例非进展性)和14例健康对照 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' protocol (基于CellRanger预处理) |
| 188 | 2026-06-17 |
Brain aging and rejuvenation at single-cell resolution
2025-01-08, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2024.12.007
PMID:39788089
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综述 | 本文综述了单细胞组学技术在脑衰老与再生研究中的应用,揭示了细胞类型特异性的年龄相关变化及细胞间相互作用,并探讨了组合式再生干预的前景 | 首次从单细胞分辨率系统总结脑衰老的细胞类型特异性特征,提出神经干细胞作为再生干预焦点的创新方向,并强调组合式再生方法的潜力 | 未提供原始实验数据,主要基于已发表研究的二次分析;未深入探讨单细胞组学技术在人类脑组织中的技术限制 | 系统梳理单细胞组学技术对脑衰老机制的研究进展,评估再生干预效果,并展望未来研究方向 | 大脑中各类细胞,包括神经元、胶质细胞和神经干细胞,以及它们在不同年龄阶段的转录组变化 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病, 帕金森病 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 189 | 2026-06-17 |
Identification of prognostic biomarkers for endometrioid endometrial carcinoma based on the miRNA and mRNA co-expression network regulated by estradiol
2025, Clinics (Sao Paulo, Brazil)
DOI:10.1016/j.clinsp.2025.100672
PMID:40319860
|
研究论文 | 基于雌二醇调控的miRNA和mRNA共表达网络,鉴定子宫内膜样子宫内膜癌的预后生物标志物 | 首次通过雌二醇处理的Ishikawa细胞和TCGA数据整合,发现miR-142-5p-SACS和miR-30a-5p-GPR157作为EEC潜在预后标志物,并结合单细胞转录组分析基因表达变化 | 研究基于有限的细胞系样本(n=3每组)和公共数据库,缺乏大规模临床验证 | 鉴定与雌二醇调控相关的子宫内膜样子宫内膜癌预后生物标志物 | 子宫内膜癌Ishikawa细胞,以及TCGA数据库中的EEC患者数据(n=408) | 机器学习 | 子宫内膜癌 | RNA-seq, miRNA-seq, 单细胞转录组测序 | Kaplan-Meier生存分析 | RNA表达谱,miRNA表达谱,单细胞转录组数据 | 408例TCGA样本,6个细胞样本(雌二醇处理组和对照组各3个) | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 190 | 2026-06-08 |
Single-cell transcriptomics reveals keratinocyte dynamic processes associated with S100a4 expression in psoriasiform dermatitis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1744860
PMID:41660613
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研究论文 | 利用单细胞转录组学揭示S100a4在银屑病样皮炎中调控角质形成细胞动态过程的机制 | 首次通过S100a4基因敲除小鼠模型结合单细胞RNA测序,揭示了S100a4在银屑病发病中的具体细胞特异性转录调控机制,并发现Klf9介导的Krt15转录失调是角化过度的关键驱动因素 | 未明确提及实验样本量及人类样本验证,机制研究仅在动物模型中进行 | 探究S100a4在银屑病发病中的具体功能及分子机制 | S100a4基因敲除小鼠的银屑病模型角质形成细胞 | 数字病理学 | 银屑病 | CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明小鼠样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 191 | 2026-06-07 |
Cross-species analyses of thymic mimetic cells reveal evolutionarily ancient origins and both conserved and species-specific elements
2025-01-14, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2024.11.025
PMID:39731911
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research paper | 通过对人类、小鼠和斑马鱼的胸腺模仿细胞进行单细胞RNA测序,揭示了其进化上的古老起源以及保守和物种特异性特征 | 首次对多个物种(人类、小鼠、斑马鱼)的胸腺模仿细胞进行跨物种单细胞分析,发现其进化保守性和物种特异性适应,并揭示了人类模仿细胞中神经内分泌亚型的多样化和肌肉亚型的扩张 | 当前知识主要来自小鼠模型,人类样本仅限于儿科供体,可能无法完全代表成年或病理状态 | 探索胸腺模仿细胞的进化起源、跨物种保守性及其在自身免疫中的潜在作用 | 人类儿科供体、小鼠和斑马鱼的胸腺模仿细胞 | digital pathology | autoimmunity | single-cell RNA sequencing | NA | gene expression data | 人类儿科供体(具体数量未提及)、小鼠和斑马鱼的胸腺模仿细胞样本 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 192 | 2026-06-07 |
Single-cell RNA sequencing unraveled immune-related expression heterogeneity and lymphoid cell development dysregulation in childhood asthma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1606650
PMID:41550933
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术揭示儿童哮喘的免疫相关表达异质性和淋巴细胞发育失调 | 首次通过单细胞RNA测序分析儿童哮喘患者外周血单个核细胞,发现造血干细胞和祖细胞免疫基因的早期表达倾向,以及淋巴细胞发育的普遍失调,并识别出潜在治疗靶点SQSTM1、HSPA5和A2M | 样本量较小(仅3例患者和4例对照),且未发现所有患者间完全一致的异常模式,可能限制发现的外推性 | 阐明免疫失调在儿童哮喘发病机制中的作用 | 儿童哮喘患者和年龄匹配健康对照的外周血单个核细胞 | 单细胞转录组学 | 儿童哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 3例儿童哮喘患者和4例年龄匹配健康对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 193 | 2026-06-07 |
Study on the spatiotemporal regulation of interferon-stimulated genes during Zika virus infection
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1702266
PMID:41573570
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研究论文 | 本研究整合多系统转录组数据,结合细胞实验和生物信息学分析,系统探究了寨卡病毒感染过程中干扰素刺激基因的时空调控特征及功能 | 首次通过跨系统(人脑类器官、单核细胞来源树突状细胞、外周血单个核细胞)转录组数据整合分析,揭示干扰素刺激基因在寨卡病毒感染中的时空动态调控和细胞异质性,并筛选出潜在诊断生物标志物 | 研究样本量有限,且缺乏体内动物模型验证;部分发现的机制尚需进一步功能实验确认 | 阐释寨卡病毒感染中宿主干扰素刺激基因的时空调控特征及其抗病毒作用 | 寨卡病毒感染的人脑类器官、单核细胞来源树突状细胞、感染患者外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 寨卡病毒感染 | RNA-seq, 单细胞转录组测序, siRNA敲低实验 | LASSO回归 | 转录组测序数据, 单细胞转录组数据 | 人脑类器官、单核细胞来源树突状细胞、感染患者外周血单个核细胞(具体数量未详述) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 194 | 2026-06-07 |
ULMnet: inferring physical cell-cell communication networks from scRNAseq data using univariate linear models
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1722504
PMID:41583424
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研究论文 | 本研究开发了ULMnet方法,利用单变量线性模型从scRNAseq数据中推断物理细胞间通信网络 | 首次利用scRNAseq中的多联体(多重态)推断物理细胞间相互作用,而非传统的分泌信号分析 | 方法灵敏度约56%有待提高,且仅适用于scRNAseq数据中的多联体识别 | 开发计算工具从scRNAseq数据推断物理细胞间相互作用网络 | scRNAseq数据集中的细胞多联体(多重态)及物理附着的细胞对 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序(scRNAseq) | 单变量线性模型(ULM) | 单细胞转录组数据 | 多种数据集包括细胞对、部分解离组织及健康/癌组织常规scRNAseq数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 195 | 2026-06-07 |
Liquid-liquid phase separation-driven molecular subtyping and prognostic modeling in colorectal cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1741979
PMID:41583431
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研究论文 | 本研究基于液-液相分离构建了结直肠癌分子亚型和预后模型 | 首次系统揭示液-液相分离调控在结直肠癌进展中的作用,并基于LLPS相关基因构建预后风险模型 | 未提及具体局限性 | 探索液-液相分离失调如何促进结直肠癌进展,并构建预后模型以指导个体化治疗 | 结直肠癌患者样本(566例肿瘤样本和19例正常对照) | 机器学习 | 结直肠癌 | 空间转录组学, RNA测序 | Cox回归, LASSO回归 | 转录组数据, 空间转录组数据 | 566例结直肠癌样本和19例正常对照 | NA | 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 196 | 2026-06-07 |
Advances in the identification of novel cell signatures in benign prostatic hyperplasia and prostate cancer using single-cell RNA sequencing
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1684895
PMID:41583437
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综述 | 利用单细胞RNA测序技术识别良性前列腺增生和前列腺癌中新型细胞标志物的进展 | 系统总结了单细胞RNA测序在揭示良性前列腺增生和前列腺癌共享分子机制及新型细胞亚群中的最新发现,强调了该技术在解析细胞异质性和提供新治疗靶点方面的潜力 | 作为综述,未提供原始实验数据或验证结果,且依赖于现有研究,可能存在发表偏倚 | 探讨单细胞RNA测序在发现良性前列腺增生和前列腺癌中新型细胞亚群和分子标志物方面的作用,以促进对这两种疾病分子机制的理解和临床管理 | 良性前列腺增生和前列腺癌相关的细胞亚群及分子标志物 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 197 | 2026-06-07 |
Revealing the role of regulatory microglial IRF7-NLRP3 interactions in optic nerve damage of normal-tension glaucoma based on single-cell RNA sequencing
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1700998
PMID:41601638
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序揭示调节性小胶质细胞IRF7-NLRP3相互作用在正常眼压性青光眼视神经损伤中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序揭示OPTN(E50K)突变通过IRF7-NLRP3相互作用调控小胶质细胞炎症,进而影响正常眼压性青光眼视神经损伤的机制 | 该研究主要基于小鼠模型,尚缺乏人体样本的直接证据 | 探索IRF7与NLRP3分子相互作用引起的小胶质细胞炎症在正常眼压性青光眼视神经损伤中的作用 | 野生型和OPTN(E50K)突变小鼠的视网膜小胶质细胞 | 单细胞组学, 数字病理学 | 正常眼压性青光眼 | 单细胞RNA测序, Western blot, qPCR, 免疫荧光, 分子对接 | NA | 基因表达数据 | 野生型和OPTN(E50K)突变小鼠的视网膜样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 198 | 2026-06-07 |
Unveiling the immunometabolic landscape of colorectal cancer through PANoptosis-related gene expression
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1615022
PMID:41601652
|
研究论文 | 通过PANoptosis相关基因表达揭示结直肠癌的免疫代谢景观 | 首次基于PANoptosis相关基因构建CPAN指数,有效区分结直肠癌高风险与低风险患者,并揭示其免疫代谢特征 | 未提及外部验证集的多样本来源及潜在偏倚,且PANoptosis机制在体内模型中的验证尚待进一步研究 | 探究PANoptosis相关基因在结直肠癌中的表达模式及其对免疫微环境和代谢重编程的影响,并构建风险分层模型 | 结直肠癌患者组织样本及细胞系(如CRC细胞系) | 数字病理学 | 结直肠癌 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 基因敲降 | LASSO回归模型 | 基因表达数据 | 多个批量RNA-Seq数据集及单细胞RNA-Seq数据集,具体样本量未明确提及 | Illumina | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | Illumina NovaSeq | NA |
| 199 | 2026-06-07 |
Decoding inflammatory regulation in ovarian cancer at single-cell resolution
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1719669
PMID:41601649
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综述 | 本文综述了单细胞技术揭示卵巢癌微环境中炎症调控机制的研究进展 | 聚焦卵巢癌的“双微环境”特性,整合单细胞组学解析炎症驱动的免疫抑制、基质重编程和耐药机制 | 单细胞技术的高成本和数据整合复杂性限制了临床转化,且缺乏纵向动态研究 | 阐释单细胞技术解析卵巢癌微环境中炎症调控的机制及临床转化挑战 | 卵巢癌微环境中的免疫细胞、基质细胞及炎症信号通路 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、多组学 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序, 10x Visium空间转录组学FFPE样本 |
| 200 | 2026-06-07 |
TRIM29 drives ulcerative colitis by disrupting lipid metabolism via lysosomal dysfunction: a multi-omics and experimental study
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1728932
PMID:41601651
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research paper | 通过多组学和实验研究揭示TRIM29通过溶酶体功能障碍扰乱脂质代谢驱动溃疡性结肠炎 | 首次发现TRIM29通过破坏溶酶体功能并重编程脂质代谢来驱动溃疡性结肠炎,并阐明TRIM29-溶酶体-脂质代谢轴 | 依赖DSS诱导的小鼠模型和体外细胞实验,结果需在人类样本中进一步验证 | 探究溃疡性结肠炎的潜在发病机制,特别是脂质代谢和溶酶体功能障碍的作用 | 溃疡性结肠炎组织样本、DSS诱导的结肠炎小鼠模型以及结肠上皮细胞 | machine learning | ulcerative colitis | RNA-seq, single-cell RNA-seq | LASSO, SVM, XGBoost | transcriptomic data, single-cell RNA-seq data | 未明确说明样本量,涉及公开转录组数据和单细胞RNA-seq数据 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |