单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-06-13	A Risk Model Based on Ferroptosis-Related Genes OSMR, G0S2, IGFBP6, IGHG2, and FMOD Predicts Prognosis in Glioblastoma Multiforme 2025-Jan, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70161 PMID:39815665	研究论文	本研究通过多组学方法探索了铁死亡相关基因在胶质母细胞瘤中的分类及其风险模型的预后评估价值	建立了一个基于五个铁死亡相关基因（OSMR、G0S2、IGFBP6、IGHG2、FMOD）的风险模型，用于预测胶质母细胞瘤的预后	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探索铁死亡分类及其风险模型在胶质母细胞瘤中的预后评估价值	胶质母细胞瘤患者	生物信息学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、LASSO回归分析、Meta分析	风险模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	TCGA-GBM和CGGA-GBM数据集作为训练和测试队列
182	2025-06-13	Exploring the mechanism of action of succinic acid in ovarian cancer via single-cell sequencing of the tumor immune microenvironment 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1535504 PMID:40196737	研究论文	本研究通过单细胞测序技术探索了琥珀酸在卵巢癌中的作用机制及其潜在治疗靶点	首次结合生物信息学和单细胞测序技术分析琥珀酸在卵巢癌中的治疗靶点及免疫微环境特征	样本量未明确说明，且未进行体内外实验验证关键枢纽基因的功能	探究琥珀酸在卵巢癌中的潜在治疗靶点及作用机制	卵巢癌患者的肿瘤免疫微环境	数字病理学	卵巢癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	未明确说明
183	2025-06-13	Gene set optimization for single cell transcriptomics 2025, Computational intelligence methods for bioinformatics and biostatistics : ... international meeting, CIBB ... : revised selected papers. CIBB (Meeting) DOI:10.1007/978-3-031-89704-7_14 PMID:40487192	research paper	本文提出了一种针对单细胞转录组数据的基因集优化方法，以提高基因集测试的统计功效和可解释性	利用Human Protein Atlas单细胞类型图谱中的信息，计算细胞类型特异性基因和基因集权重，从而优化基因集集合	该方法依赖于Human Protein Atlas的数据，可能受限于该数据库的覆盖范围和准确性	优化单细胞转录组数据的基因集测试方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	81种人类细胞类型
184	2025-06-13	Multi-omics analysis and single-cell sequencing revealed the lysosome associated molecular subtypes and prognostic model development of papillary thyroid carcinoma 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0325486 PMID:40493560	研究论文	通过多组学分析和单细胞测序揭示了甲状腺乳头状癌（PTC）中溶酶体相关的分子亚型，并开发了预后模型	开发了一个基于溶酶体相关基因（LAGs）的评分系统用于风险分层，并通过单细胞测序验证了这些基因在不同细胞类型中的表达	研究主要依赖于TCGA和GEO数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	研究溶酶体在PTC中的基因组和生物学特征，并开发预后模型	甲状腺乳头状癌（PTC）患者	数字病理学	甲状腺癌	多组学分析、单细胞测序、western blot、qRT-PCR、集落形成实验、Transwell实验	LAG评分系统	基因组数据、单细胞测序数据	TCGA和GEO数据库中的PTC样本
185	2025-06-13	Malignant epithelial cell marker-driven risk signature enables precise stratification in esophageal cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1610991 PMID:40496864	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建了食管癌的细胞图谱，并基于恶性上皮细胞的标记基因开发了一个多基因风险评分模型，用于预测预后、免疫状态和潜在药物反应	首次在单细胞水平上系统表征了食管癌上皮细胞的异质性，并基于恶性上皮细胞标记基因开发了一个具有预测预后、免疫状态和药物反应能力的六基因风险模型	研究主要基于回顾性数据，需要前瞻性研究进一步验证模型的临床适用性	开发一个能够精确分层食管癌患者预后和指导个性化治疗的风险模型	食管鳞状细胞癌(ESCC)患者组织和细胞系	数字病理学	食管癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, inferCNV分析, SCENIC, Monocle, qRT-PCR	多基因风险评分模型	RNA测序数据	TCGA和GEO(GSE53624)队列数据，以及ESCC组织样本和细胞系
186	2025-06-13	Deciphering mitochondrial dysfunction in keratoconus: Insights into ACSL4 from machine learning-based bulk and single-cell transcriptome analyses and experimental validation 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.05.013 PMID:40496889	研究论文	通过基于机器学习的批量转录组和单细胞转录组分析及实验验证，探讨了圆锥角膜中线粒体功能障碍的作用，特别是ACSL4基因的关键角色	首次将ACSL4基因鉴定为圆锥角膜的潜在生物标志物，并揭示了其在基质刚度变化下的表达模式	研究主要基于体外模型，需要进一步在体内实验中验证ACSL4的功能	探讨圆锥角膜中线粒体功能障碍的分子机制	圆锥角膜患者及体外培养的人基质角膜细胞	数字病理学	圆锥角膜	转录组分析、定量PCR、Western blot、单细胞测序	多种机器学习模型	转录组数据、单细胞数据	104个线粒体相关差异表达基因，体外培养的人基质角膜细胞
187	2025-06-13	[ELUCIDATION OF PATHOGENESIS IN HUMAN INFLAMMATORY SKIN DISEASES USING SINGLE-CELL RNA-SEQ ANALYSIS] 2025, Arerugi = [Allergy] DOI:10.15036/arerugi.74.107 PMID:40500185	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
188	2025-06-12	Coupling of response biomarkers between tumor and peripheral blood in patients undergoing chemoimmunotherapy 2025-Jan-21, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101882 PMID:39731918	研究论文	本文研究了化疗免疫治疗中肿瘤与外周血之间反应生物标志物的耦合关系	首次结合外周血单核细胞的时间序列RNA测序和肿瘤转录组数据，揭示了CD8 T效应记忆细胞在响应者外周血中的富集及其与肿瘤微环境转录状态的关联	研究样本量较小（N=54），且为单臂2期临床试验，缺乏对照组	探索化疗免疫治疗的免疫学机制并寻找预测性生物标志物	间皮瘤患者	肿瘤免疫学	间皮瘤	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, TCR-seq	NA	转录组数据	54名患者
189	2025-06-12	Innate immune cell barrier-related genes inform precision prognosis in pancreatic cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1559373 PMID:40486509	研究论文	本研究通过分析先天免疫细胞屏障相关基因，开发了一个预测胰腺癌预后的模型，并揭示了新的治疗靶点	开发了基于先天免疫细胞屏障相关基因的CDRG-RSF预后模型，并发现UBASH3B基因在免疫抑制和药物耐药性中的双重作用	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	识别胰腺癌的预后生物标志物，开发预测模型，并发现个性化治疗的新靶点	胰腺癌患者及其相关基因表达数据	精准医学	胰腺癌	scRNA-seq, 机器学习算法	RSF模型	基因表达数据	TCGA和GTEx数据集中的样本
190	2025-06-12	TSLP pretreatment inhibits M1 macrophage polarization and attenuates LPS-induced iNKT cell-dependent acute lung injury 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1583235 PMID:40486522	研究论文	研究TSLP在脓毒症相关急性呼吸窘迫综合征(ARDS)中的作用及其机制	首次揭示TSLP通过抑制M1巨噬细胞极化和减少iNKT细胞依赖的炎症反应来减轻LPS诱导的急性肺损伤	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	探索TSLP在脓毒症相关ARDS中的保护作用机制	野生型小鼠和Jα18-/-小鼠的肺组织和免疫细胞	免疫学	急性呼吸窘迫综合征	转录组测序、单细胞转录组测序、流式细胞术	LPS诱导的急性肺损伤小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明小鼠数量，但涉及野生型和基因敲除小鼠模型
191	2025-06-12	Single-Cell Transcriptomic Profiling Reveals KRAS/TP53-Driven Neutrophil Reprogramming in Luad: A Multi-Gene Prognostic Model and Therapeutic Targeting of RHOV 2025, Oncology research IF:2.0Q3 DOI:10.32604/or.2025.062584 PMID:40486872	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了KRAS/TP53突变驱动的肺腺癌（LUAD）肿瘤微环境中中性粒细胞的重编程，并开发了一个基于中性粒细胞的预后标志物	揭示了KRAS/TP53突变对肿瘤微环境中中性粒细胞动态的影响，开发了五基因预后标志物，并验证了RHOV作为治疗靶点的潜力	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于体外细胞模型	阐明KRAS/TP53突变如何重编程肿瘤微环境，并开发LUAD的预后标志物	肺腺癌（LUAD）肿瘤微环境中的中性粒细胞	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序，加权基因共表达网络分析（hdWGCNA），LASSO回归	预后标志物模型	转录组数据	TCGA-LUAD队列及外部验证队列（IMvigor210, GSE78220）
192	2025-06-12	Topology entropy: Enhancing graph partitioning for TAD identification and single-cell clustering 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.04.037 PMID:40487196	研究论文	本文提出了一种名为拓扑熵的新方法，用于量化生物图的复杂性，并开发了两种方法TEC-O和TEC-U，分别用于有序和无序生物图的分割	引入了拓扑熵来量化生物图的复杂性，并证明最小化相关熵等同于最优图分割，开发了两种新方法TEC-O和TEC-U	NA	探索大规模图中复杂结构的量化方法，并优化生物图的分割	生物图，包括Hi-C接触图和单细胞测序数据	生物信息学	NA	Hi-C测序，单细胞测序	TEC-O, TEC-U	图数据，测序数据	五个细胞系的Hi-C数据和十个单细胞测序数据集
193	2025-06-12	Exploring the anti-gastric cancer mechanisms of Diosgenin through integrated network analysis, bioinformatics, single-cell sequencing, and cell experiments 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1600960 PMID:40487391	研究论文	本研究通过整合网络分析、生物信息学、单细胞测序和细胞实验，探讨了薯蓣皂苷元抗胃癌的机制	采用多方法策略（包括网络分析、生物信息学、单细胞RNA测序、孟德尔随机化和细胞实验）全面研究薯蓣皂苷元的抗胃癌机制，并识别了关键效应分子	未明确说明样本量及具体实验设计的局限性	全面研究薯蓣皂苷元抗胃癌的作用机制	薯蓣皂苷元及其在胃癌中的作用靶点	生物信息学	胃癌	单细胞RNA测序、生物信息学分析、Western blot	NA	基因表达数据、蛋白质数据	NA
194	2025-06-12	Single-cell and transcriptomic analyses reveal the role of PCDH17 in the non-inflammatory tumor microenvironment of pancreatic cancer 2025, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2025.1559909 PMID:40487760	研究论文	通过单细胞和转录组分析揭示PCDH17在胰腺癌非炎症性肿瘤微环境中的作用	首次揭示了PCDH17在胰腺癌肿瘤微环境中的调控机制及其与炎症基因和免疫细胞浸润的关联	研究主要基于单细胞数据分析，实验验证部分有待进一步扩展	探究PCDH17在胰腺癌肿瘤微环境中的调控作用	胰腺癌组织、内皮细胞、T细胞	肿瘤学	胰腺癌	单细胞测序、免疫荧光技术	NA	单细胞数据、转录组数据	多种肿瘤类型的组织样本（具体数量未明确说明）
195	2025-06-12	Utilizing Multi-omics analysis to elucidate the role of mitochondrial gene defects in Gastric cancer progression 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0325520 PMID:40489463	研究论文	通过多组学分析揭示线粒体基因缺陷在胃癌进展中的作用	识别了八个与线粒体自噬相关的预后基因，并建立了预测胃癌患者3年生存状态的预后模型，其中DUSP1被确定为关键基因	研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏实验验证	阐明线粒体自噬相关基因在胃癌进展中的作用	胃癌细胞	生物信息学	胃癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序, LASSO-Cox回归分析, ssGSEA算法, CIBERSORT算法	预后模型	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的胃癌样本
196	2025-06-12	Integration of Bulk and Single-Cell Transcriptomics Reveals BCL2L14 as a Novel IGKC+ T Cell-Associated Therapeutic Target in Breast Cancer 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S523147 PMID:40491783	研究论文	本研究通过整合批量转录组和单细胞转录组数据，发现BCL2L14作为IGKC+ T细胞亚群的新型治疗靶点在乳腺癌中的作用	发现了一个新的IGKC+ T细胞亚群及其相关生物标志物BCL2L14，并验证了其在乳腺癌进展中的关键作用	研究主要基于转录组数据，需要进一步的体内实验验证	识别乳腺癌中新的免疫细胞亚群及其相关生物标志物，以开发靶向治疗策略	乳腺癌患者的肿瘤微环境中的免疫细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序、加权基因共表达网络分析（WGCNA）	机器学习算法	RNA测序数据	乳腺癌队列中的多个样本
197	2025-06-12	GSDMD is a novel predictive biomarker for immunotherapy response: in the pan-cancer and single cell landscapes 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1570901 PMID:40491921	研究论文	该文章探讨了GSDMD作为免疫治疗反应预测生物标志物的潜力及其在肿瘤免疫微环境中的作用	首次将GSDMD确立为跨癌种免疫治疗反应的预测生物标志物，并揭示了其通过增强焦亡途径调控PARPi抗肿瘤效应的新机制	研究主要基于TCGA数据库和类器官模型，尚未进行大规模临床队列验证	探索GSDMD作为免疫治疗预测标志物的潜力及其调控肿瘤免疫微环境的机制	多种癌症类型（pan-cancer）及免疫细胞群体	肿瘤免疫学	泛癌种	单细胞RNA测序、类器官功能实验、生物信息学分析	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	TCGA泛癌数据集及单细胞测序数据
198	2025-06-12	A telomere-associated molecular landscape reveals immunological, microbial, and therapeutic heterogeneity in colorectal cancer 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1615533 PMID:40492114	research paper	该研究开发了一个名为TELscore的端粒评分系统，通过整合转录组和肿瘤内微生物组数据，揭示了结直肠癌中的免疫、微生物和治疗异质性	开发了TELscore评分系统，首次将端粒生物学、免疫微环境和肿瘤内微生物组整合到结直肠癌的分子分型中	研究主要基于公开数据集，需要进一步的前瞻性临床验证	探索端粒生物学在结直肠癌中的临床意义并开发新的分子分型工具	结直肠癌患者	digital pathology	colorectal cancer	转录组测序，16S rRNA测序，scRNA-seq，全切片数字病理成像，免疫组化	NA	转录组数据，微生物组数据，病理图像数据，单细胞RNA测序数据	多个公开结直肠癌队列的数据
199	2025-06-12	Unveiling fatty acid subtypes: immunometabolic interplay and therapeutic opportunities in gastric cancer 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1570873 PMID:40492126	研究论文	本研究开发了一个基于脂肪酸代谢相关基因的预测特征，用于评估胃癌患者的预后	通过整合转录组学和代谢组学数据，揭示了脂肪酸代谢特征在胃癌患者中的临床相关性，并开发了一个新的R包GCFAMS用于预后评估	研究样本量有限，且需要进一步验证模型的临床适用性	开发一个基于脂肪酸代谢相关基因的预测特征，用于评估胃癌患者的预后	胃癌患者	生物信息学	胃癌	单细胞RNA测序，转录组学，代谢组学	随机森林模型，Cox回归	基因表达数据，代谢数据	多个数据集中的胃癌患者样本
200	2025-06-12	Fibroblast Heterogeneity in Hepatocellular Carcinoma and Identification of Prognostic Markers Based on Single-cell Transcriptome Analysis 2025, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673348482241028074147 PMID:39528451	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了肝细胞癌中成纤维细胞的异质性及其转录调控机制，并识别了潜在的预后标志物	首次在肝细胞癌中系统分析了成纤维细胞的异质性、转录调控机制及其与肿瘤微环境的相互作用，并发现了与预后相关的关键转录因子CEBPD和FOSB	研究样本量有限，且仅基于单细胞转录组数据，需要进一步的实验验证	探索成纤维细胞在肝细胞癌中的复杂作用及其转录调控机制，发现潜在的预后标志物	肝细胞癌中的成纤维细胞	单细胞转录组学	肝细胞癌	单细胞转录组测序、inferCNV、CellChat、Monocle 2、SCENIC分析、qRT-PCR、Transwell实验	NA	单细胞转录组数据	来自GSE149614数据集的非肿瘤肝组织和原发性肝细胞癌组织样本