单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-03-13	The tumor coagulome as a potential biological determinant of postsurgical recurrence of oral squamous cell carcinoma 2025, Frontiers in oral health IF:3.0Q1 DOI:10.3389/froh.2025.1554739 PMID:40065838	研究论文	本研究探讨了肿瘤凝血组作为口腔鳞状细胞癌（OSCC）术后复发的潜在生物学决定因素	首次将肿瘤凝血组与OSCC术后复发联系起来，并识别了与复发相关的七个凝血相关基因	研究主要依赖于转录组数据分析，未进行实验验证	研究肿瘤凝血组在OSCC术后复发中的作用	口腔鳞状细胞癌（OSCC）患者	数字病理学	口腔癌	RNA-seq	机器学习	转录组数据	TCGA等来源的85个基因的RNA-seq数据
182	2025-03-13	Augmenting the human interactome for disease prediction through gene networks inferred from human cell atlas 2025, Animal cells and systems IF:2.5Q1 DOI:10.1080/19768354.2025.2472002 PMID:40066175	研究论文	本文介绍了一种名为scNET的框架，用于从单细胞转录组数据中推断细胞类型特异性的共表达网络，并展示了其在增强人类相互作用组以更准确预测疾病基因方面的应用	开发了scNET框架，通过dropout填补、元细胞形成和数据转换等方法解决了单细胞数据推断网络时的噪声和稀疏性问题，显著提高了疾病基因预测的准确性	虽然scNET框架在数据预处理方面有所改进，但单细胞数据的噪声和稀疏性仍然是挑战，且需要进一步验证其在不同数据集上的普适性	通过从单细胞基因表达数据中推断细胞类型特异性的共表达网络，增强人类相互作用组，以提高疾病基因预测的准确性	单细胞转录组数据	网络医学	NA	单细胞转录组测序	scNET	单细胞基因表达数据	覆盖多种细胞类型和组织的单细胞图谱数据，整合了超过850K的推断链接
183	2025-03-12	Multimodal hierarchical classification of CITE-seq data delineates immune cell states across lineages and tissues 2025-Jan-27, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100938 PMID:39814026	研究论文	本文介绍了一种名为MMoCHi的多模态分类器层次结构，用于跨多种单细胞模态的准确细胞类型分类	MMoCHi是一种不依赖参考图谱的基于标记的方法，能够整合多模态数据进行细胞类型分类，并在识别不易分辨的免疫细胞亚群和揭示亚群标记方面优于现有的转录组分类器和多模态无监督聚类方法	NA	开发一种能够整合单细胞转录组和表面蛋白质组数据的分类器，以准确注释细胞类型	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和CITE-seq数据	生物信息学	NA	CITE-seq, scRNA-seq	MMoCHi	单细胞转录组和表面蛋白质组数据	分选的T淋巴细胞亚群和跨组织的人类免疫细胞数据集
184	2025-03-12	Tremor in the Age of Omics: An Overview of the Transcriptomic Landscape of Essential Tremor 2025-Jan-24, Cerebellum (London, England) DOI:10.1007/s12311-025-01793-3 PMID:39853640	综述	本文综述了转录组学在原发性震颤（ET）研究中的应用，旨在识别涉及的生物途径并探索进一步研究的可能方向	强调了单细胞和单核RNA测序技术（scRNA-seq和snRNA-seq）在揭示ET分子和细胞事件中的潜力，并提出了多个假设，将轴突导向和钙信号传导途径联系起来	需要增加样本量以揭示ET临床和病理异质性的细微差别，并需要整合多组学方法以全面理解疾病的病理生理学	探索ET的病理机制和潜在治疗方法	原发性震颤（ET）患者	转录组学	原发性震颤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
185	2025-03-12	Subepicardial adipose genes contribute to the deterioration of heart failure preserved ejection fraction 2025, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2025.1501397 PMID:40060963	研究论文	本研究探讨了内脏脂肪细胞基因对心力衰竭保留射血分数（HFpEF）恶化的影响，并通过单细胞测序数据、细胞系和人类样本验证了关键基因的表达	通过Venn图和蛋白质-蛋白质相互作用网络筛选出与内脏脂肪细胞相关的差异表达基因，并验证了这些基因在HFpEF患者中的表达及其对细胞衰老的影响	研究主要依赖于生物信息学分析和体外实验，缺乏大规模的临床验证	探讨内脏脂肪细胞基因在HFpEF恶化中的作用，并寻找潜在的治疗靶点	内脏脂肪细胞基因、HFpEF患者的心肌细胞和纤维细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞测序、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	人类样本、细胞系
186	2025-03-12	scLTNN: an innovative tool for automatically visualizing single-cell trajectories 2025, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbaf033 PMID:40061870	研究论文	本文介绍了一种名为scLTNN的创新工具，用于自动可视化单细胞轨迹	结合人工神经网络和分布模型，创建了scLTNN工具，能够自动推断细胞的起源和终端状态，并以最小的计算资源和时间准确描绘细胞发育轨迹	NA	开发一种新的工具，用于自动推断和可视化单细胞RNA测序数据中的细胞命运轨迹	人类骨髓细胞、小鼠胰腺内分泌谱系和斑马鱼胚胎的轴向中胚层谱系	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	人工神经网络	单细胞RNA测序数据	人类骨髓细胞、小鼠胰腺内分泌谱系和斑马鱼胚胎的轴向中胚层谱系
187	2025-03-12	Application of Spatial Omics in the Cardiovascular System 2025, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0628 PMID:40062231	综述	本文探讨了空间组学技术在心血管系统研究中的应用，包括空间转录组学、空间蛋白质组学、空间代谢组学、空间基因组学和空间表观组学	空间组学技术的应用为心血管疾病的分子和细胞基础提供了更深入的见解，并强调了其在心血管科学中的关键贡献	未具体提及研究的局限性	探讨空间组学技术在心血管疾病研究中的应用及其对精准医学、靶向治疗和个性化治疗的贡献	心血管系统	生物信息学	心血管疾病	空间转录组学、空间蛋白质组学、空间代谢组学、空间基因组学、空间表观组学	NA	多组学数据	NA
188	2025-03-09	Spatiotemporal transcriptome and metabolome landscapes of cotton somatic embryos 2025-Jan-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-55870-6 PMID:39833155	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和空间代谢组学技术，探索了棉花体细胞胚胎发生过程中的基因表达和代谢模式	首次在棉花中应用单细胞RNA测序、空间转录组学和空间代谢组学技术，揭示了体细胞胚胎发生过程中的关键基因和代谢物的时空表达模式	研究主要集中在棉花体细胞胚胎发生过程的特定阶段，可能无法全面反映整个发育过程的动态变化	研究棉花体细胞胚胎发生过程中的基因表达和代谢模式，以促进作物育种和改良	棉花体细胞胚胎	植物生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）、空间代谢组学（SM）	NA	基因表达数据、代谢物数据	NA
189	2025-03-09	Herpesviruses mimic zygotic genome activation to promote viral replication 2025-Jan-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-55928-5 PMID:39814710	研究论文	本文揭示了疱疹病毒通过模仿合子基因组激活（ZGA）来促进病毒复制的新机制	首次发现疱疹病毒通过诱导DUX4表达来模拟合子基因组激活，从而促进病毒转录和复制	研究主要基于HSV-1病毒，其他疱疹病毒的机制可能有所不同	探讨疱疹病毒如何利用宿主细胞的合子基因组激活机制来促进自身复制	疱疹病毒、乳头瘤病毒和Merkel细胞多瘤病毒	病毒学	病毒感染	单细胞测序、CRISPR/Cas9基因编辑、纳米抗体构建	NA	单细胞测序数据	患者单细胞测序数据集
190	2025-03-09	Comprehensive analysis of cuproptosis-related genes involved in immune infiltration and their use in the diagnosis of hepatic ischemia-reperfusion injury: an experimental study 2025-Jan-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000001893 PMID:38935114	研究论文	本研究通过分析铜死亡相关基因在免疫浸润中的作用，构建了肝缺血再灌注损伤（HIRI）的诊断模型，并验证了其预测准确性	首次揭示了铜死亡在HIRI中的作用，并构建了基于铜死亡相关基因的HIRI诊断模型	研究主要依赖于公开数据集和动物模型，尚未在临床样本中进行大规模验证	研究铜死亡相关基因在HIRI中的作用，并构建诊断模型	肝缺血再灌注损伤（HIRI）	生物信息学	肝病	基因表达分析、机器学习算法、单细胞测序	LASSO逻辑回归、层次聚类	基因表达数据	GSE151648数据集、GSE14951微阵列数据集、GSE171539单细胞测序数据集、HIRI小鼠模型
191	2025-03-09	Antibiotic use attenuates response to immune checkpoint blockade in urothelial carcinoma via inhibiting CD74-MIF/COPA: revealing cross-talk between anti-bacterial immunity and ant-itumor immunity 2025-Jan-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000001901 PMID:38995167	研究论文	本研究探讨了抗生素使用对接受免疫检查点阻断治疗的尿路上皮癌患者预后的影响，并揭示了抗生素通过抑制CD74-MIF/COPA信号通路影响抗肿瘤免疫的分子机制	首次通过单细胞转录组和单细胞微生物组分析，揭示了尿路上皮癌微环境中抗菌免疫与抗肿瘤免疫之间的相互作用，并明确了CD74-MIF/COPA信号通路在这一过程中的关键作用	研究主要基于回顾性数据，且样本量相对有限，需要进一步的前瞻性研究验证	评估抗生素使用对尿路上皮癌患者免疫检查点阻断治疗预后的影响，并探索其分子机制	尿路上皮癌患者	肿瘤免疫学	尿路上皮癌	单细胞RNA测序、单细胞微生物组分析、批量RNA测序	NA	RNA测序数据、临床数据	3496名接受免疫检查点阻断治疗的尿路上皮癌患者，8个尿路上皮癌样本和63185个单细胞
192	2025-03-09	Artificial intelligence-based multi-modal multi-tasks analysis reveals tumor molecular heterogeneity, predicts preoperative lymph node metastasis and prognosis in papillary thyroid carcinoma: a retrospective study 2025-Jan-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000001875 PMID:38990290	研究论文	本研究利用人工智能技术，通过多模态多任务分析揭示了甲状腺乳头状癌（PTC）的分子异质性，预测了术前淋巴结转移和预后	开发了一种基于深度学习的多模态模型，结合组织病理学图像、基因组、转录组和免疫细胞数据，预测淋巴结转移和无病生存期	研究为回顾性研究，可能存在选择偏倚，且样本量虽大但来自不同来源，可能存在异质性	揭示PTC的分子异质性，预测淋巴结转移和预后，以改善诊断和治疗策略	521名PTC患者（来自医院）和499名PTC患者（来自TCGA数据库）	数字病理学	甲状腺癌	DNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	深度学习模型	图像、基因组数据、转录组数据、免疫细胞数据	1011名PTC患者（256名来自队列1，275名来自队列2，499名来自TCGA）
193	2025-03-09	AI applications in HIV research: advances and future directions 2025, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2025.1541942 PMID:40051479	综述	本文探讨了人工智能（AI）在HIV研究中的应用进展及未来方向	整合AI与单细胞测序等技术，实现精确生物标志物识别和改进治疗靶向	数据限制和模型可解释性等挑战	探索AI技术在HIV研究中的应用进展	人类免疫缺陷病毒1型（HIV-1）和获得性免疫缺陷综合征（AIDS）	医学研究	HIV/AIDS	单细胞测序	NA	NA	NA
194	2025-03-09	Single-cell genomics and spatial transcriptomics in islet transplantation for diabetes treatment: advancing towards personalized therapies 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1554876 PMID:40051625	review	本文综述了单细胞和空间转录组学在胰岛移植治疗糖尿病中的应用，强调了这些技术在糖尿病管理中的革命性潜力	结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，全面解析胰岛移植中的细胞多样性和功能，以及移植胰岛与宿主组织的相互作用	需要解决伦理和技术挑战，以成功将这些集成方法应用于研究和临床实践	通过单细胞和空间转录组学技术，提升胰岛移植的效果，改善糖尿病患者的治疗结果	胰岛移植中的细胞多样性和功能，以及移植胰岛与宿主组织的相互作用	digital pathology	diabetes	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics	NA	gene expression data	NA
195	2025-03-09	Development of a prognostic model for hepatocellular carcinoma based on microvascular invasion characteristic genes by spatial transcriptomics sequencing 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1529569 PMID:40051627	研究论文	本研究通过空间转录组测序，基于微血管侵犯（MVI）特征基因开发了一种新的肝细胞癌（HCC）预后预测模型	首次基于MVI特征基因构建HCC预后预测模型，并通过外部验证队列验证其预测性能优于现有模型	研究样本量较小，仅包含4个不同分级的MVI样本	开发一种基于MVI特征基因的HCC预后预测模型，用于区分高风险和低风险患者并评估患者预后	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	空间转录组测序，单核RNA测序	Cox回归分析，LASSO回归分析，随机生存森林	基因表达数据	4个不同分级的MVI样本
196	2025-03-08	Highly multiplexed spatial transcriptomics in bacteria 2025-Jan-24, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adr0932 PMID:39847624	研究论文	本文介绍了一种结合1000倍体积扩展与多重错误鲁棒荧光原位杂交（MERFISH）的新方法——细菌-MERFISH，用于高分辨率、高通量地分析细菌中的数千个操纵子	开发了细菌-MERFISH方法，克服了细菌信使RNA高密度带来的挑战，实现了对单个细菌内数千个操纵子的高分辨率空间分析	NA	研究细菌在复杂环境中的单细胞决策行为	细菌	数字病理学	NA	多重错误鲁棒荧光原位杂交（MERFISH）	NA	图像	NA
197	2025-03-08	iDog: a multi-omics resource for canids study 2025-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1031 PMID:39526388	研究论文	iDog是一个为家犬和野生犬科动物研究设计的综合公共资源，整合了多组学数据，为全球犬类研究社区提供数据服务	iDog 2.0显著增加了基因组样本数量，包括来自1929个现代样本的29.55百万个单核苷酸多态性（SNPs）和16.54百万个插入/缺失（InDels），以及来自111个古代犬科样本的29.09百万个SNPs，并新增了13个分析工具	NA	为全球犬类研究社区提供综合的多组学数据资源	家犬（Canis lupus familiaris）和野生犬科动物	生物信息学	NA	多组学数据分析	NA	基因组数据、基因表达数据、单细胞转录组数据、DNA甲基化数据、染色质可及性数据	1929个现代样本、111个古代样本、105057个Beagle海马细胞、547个DNA甲基化样本、87个染色质可及性样本
198	2025-03-08	Unveiling macrophage dynamics and efferocytosis-related targets in diabetic kidney disease: insights from single-cell and bulk RNA-sequencing 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1521554 PMID:40046045	研究论文	本研究通过单细胞和批量RNA测序揭示了糖尿病肾病中巨噬细胞的动态变化和凋亡细胞清除相关靶点	首次阐明了糖尿病肾病中巨噬细胞亚型的动态转变，并识别出三个关键的巨噬细胞凋亡细胞清除调控基因	研究主要基于早期糖尿病肾病患者的测序数据，可能无法完全反映疾病晚期的变化	阐明糖尿病肾病中巨噬细胞的异质性和表型动态，并确定凋亡细胞清除中的关键靶点	糖尿病肾病患者的巨噬细胞	生物信息学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	NA	RNA测序数据	早期糖尿病肾病患者的测序数据
199	2025-03-08	The role of tenascin-C in tumor microenvironments and its potential as a therapeutic target 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1554312 PMID:40046232	综述	本文综述了Tenascin-C（TNC）在肿瘤微环境（TME）中的多方面作用及其作为治疗靶点的潜力	整合了单细胞测序和空间组学的最新进展，提出了利用TNC进行个性化癌症治疗的创新策略	未提及具体的研究样本量或实验数据	探讨TNC在不同肿瘤微环境中的作用及其作为癌症预后生物标志物和治疗靶点的潜力	Tenascin-C（TNC）及其在肿瘤微环境中的相互作用	肿瘤生物学	癌症	单细胞测序，空间组学	NA	NA	NA
200	2025-03-08	Integrating genome-wide association studies and transcriptomics prioritizes drug targets for meningioma 2025, Brain communications IF:4.1Q2 DOI:10.1093/braincomms/fcaf053 PMID:40046334	研究论文	本研究通过整合全基因组关联研究（GWAS）和转录组学分析，揭示了脑膜瘤的病理基础并发现了新的药物靶点	利用总结数据为基础的孟德尔随机化（SMR）、共定位分析和孟德尔随机化方法，确定了四个关键治疗靶点，并通过分子对接识别了潜在调节剂	NA	揭示脑膜瘤的分子基础并发现新的药物靶点	脑膜瘤	精准肿瘤学	脑膜瘤	GWAS, 转录组分析, SMR, 共定位分析, 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, 分子对接	NA	基因组数据, 转录组数据	NA