单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-04-04	Single-cell profiling transcriptomic reveals cellular heterogeneity and cellular crosstalk in breast cancer lymphatic node, bone, and brain metastases 2025-01-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85531-z PMID:39820531	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示乳腺癌淋巴结、骨和脑转移的细胞异质性和细胞间通讯	首次在单细胞水平上比较了原发性乳腺癌与淋巴结、骨和脑转移的微环境异质性，并鉴定了与转移相关的恶性上皮细胞亚群和癌症相关成纤维细胞（CAFs）的亚群	样本量较小（原发性乳腺癌n=4，淋巴结转移n=4，脑转移n=3，骨转移n=2），可能影响结果的普遍性	探究乳腺癌转移至淋巴结、骨和脑的潜在细胞起源和驱动因素	乳腺癌的原发组织和转移组织（淋巴结、骨、脑）	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序、InferCNV算法、CellChat包、基因集变异分析、免疫组化染色、多光谱免疫组化染色	NA	单细胞转录组数据	原发性乳腺癌（n=4）、淋巴结转移（n=4）、脑转移（n=3）、骨转移（n=2）
2	2025-04-04	Integrative genetics and multiomics analysis reveal mechanisms and therapeutic targets in vitiligo highlighting JAK STAT pathway regulation of CTSS 2025-01-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-86134-4 PMID:39824912	研究论文	该研究通过整合多组学数据揭示了白癜风发病机制中的遗传和分子机制，特别是JAK/STAT通路对CTSS的调控作用	整合GWAS、pQTL、eQTL、微阵列和单细胞RNA-seq等多组学数据，首次系统阐明JAK/STAT通路通过调控CTSS参与白癜风发病的新机制	需要进一步实验验证CTSS及相关基因的治疗潜力	阐明白癜风的遗传和分子发病机制并寻找潜在治疗靶点	白癜风患者血液和皮肤病变组织	多组学分析	白癜风	GWAS-meta分析、分子对接、SMR分析、微阵列、单细胞RNA-seq	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	未明确说明样本量（包含GWAS数据和单细胞RNA-seq数据）
3	2025-04-04	Integrating single-cell RNA-Seq and bulk RNA-Seq data to explore the key role of fatty acid metabolism in hepatocellular carcinoma 2025-01-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85506-0 PMID:39814999	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，探索脂肪酸代谢在肝细胞癌中的关键作用	首次整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，结合WGCNA分析，揭示了PTGES3在肝细胞癌中的关键作用及其与免疫细胞浸润的关联	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外实验，缺乏体内实验验证	探索脂肪酸代谢在肝细胞癌进展中的作用，并寻找潜在的治疗靶点	肝细胞癌患者及其相关基因表达数据	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序, 批量RNA测序, WGCNA, 分子对接	NA	转录组数据, 临床数据	来自TCGA和GEO数据库的肝细胞癌患者数据
4	2025-04-04	CENPF as a Potential Biomarker Associated with the Immune Microenvironment of Renal Cancer 2025 Jan-Dec, Technology in cancer research & treatment IF:2.7Q3 DOI:10.1177/15330338251330791 PMID:40165474	研究论文	本研究探讨了中心粒蛋白F（CENPF）作为肾癌潜在预后生物标志物的作用及其与肿瘤免疫微环境的关系	首次发现CENPF在肾癌中的高表达与不良预后相关，并揭示了其与特定免疫细胞亚群的关联	研究主要基于回顾性数据，需要前瞻性研究进一步验证	探索肾癌的新型预后生物标志物及其在肿瘤免疫微环境中的作用	肾癌患者（包括KIRC、KICH和KIRP亚型）的组织和血浆样本	数字病理学	肾癌	qPCR、单细胞测序、CIBERSORT算法	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	TCGA数据库中的肾癌样本及GSE159115数据集
5	2025-04-04	Enhancing pancreatic cancer treatment: the role of H101 oncolytic virus in irreversible electroporation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1546242 PMID:40170848	研究论文	本研究探讨了H101溶瘤病毒与不可逆电穿孔（IRE）联合治疗胰腺癌的效果及其机制	首次提出将H101溶瘤病毒作为IRE治疗的补充疗法，通过激活JNK-MAPK通路增强治疗效果	研究主要基于细胞实验和小鼠模型，尚未进行临床试验	提高胰腺癌治疗效果	胰腺癌细胞和小鼠模型	肿瘤治疗	胰腺癌	bulk RNA-seq, scRNA-seq	小鼠皮下肿瘤模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量
6	2025-04-04	A Noninvasive Menstrual Blood-Based Diagnostic Platform for Endometriosis Using Digital Droplet Enzyme-Linked Immunosorbent Assay and Single-Cell RNA Sequencing 2025, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0652 PMID:40171018	research paper	开发了一种基于月经血的无创诊断平台，用于子宫内膜异位症的检测，结合了数字液滴酶联免疫吸附试验（ddELISA）和单细胞RNA测序技术	首次将月经血作为无创诊断样本，开发了高灵敏度的ddELISA方法，并结合单细胞RNA测序验证了月经血中子宫内膜细胞的炎症和免疫特性与子宫内膜异位症病变相似	研究中未提及样本的具体数量，且新方法的临床实用性尚需进一步验证	开发一种高特异性、无创的体外诊断方法，用于子宫内膜异位症的检测	月经血中的遗传和炎症标志物	digital pathology	endometriosis	digital droplet enzyme-linked immunosorbent assay (ddELISA), single-cell RNA sequencing	NA	genetic and inflammatory markers, RNA sequencing data	NA
7	2025-04-04	Spatial genomics reveals cholesterol metabolism as a key factor in colorectal cancer immunotherapy resistance 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1549237 PMID:40171265	研究论文	该研究利用空间转录组学技术揭示了胆固醇代谢在结直肠癌免疫治疗耐药中的关键作用	首次通过空间转录组学技术系统分析了肿瘤微环境中胆固醇代谢与免疫治疗耐药的关系	研究样本量相对较小(16个肿瘤)，且基于小鼠模型(Mc38)的结果需要进一步在人类样本中验证	探索结直肠癌免疫检查点抑制剂(ICI)治疗耐药的分子机制	MC38同源肿瘤模型(小鼠结直肠癌模型)	空间转录组学	结直肠癌	空间转录组学、bulk-RNA测序	MC38同源肿瘤模型	空间转录组数据、bulk-RNA测序数据	16个肿瘤样本，48,636个转录组测序点
8	2025-04-04	Uncovering the heterogeneity of NK cells on the prognosis of HCC by integrating bulk and single-cell RNA-seq data 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1570647 PMID:40171266	研究论文	本研究通过整合bulk和单细胞RNA-seq数据，揭示了自然杀伤细胞(NK细胞)在肝细胞癌(HCC)预后中的异质性	首次基于NK细胞标志物建立了两基因预后特征，并揭示了其在肿瘤微环境(TME)中的作用，为免疫治疗策略提供了新见解	研究样本量有限，且仅基于特定数据集进行分析	探究NK细胞在HCC肿瘤微环境中的作用及其预后价值	肝细胞癌(HCC)患者及其肿瘤微环境中的NK细胞	数字病理	肝细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), WGCNA, ssGSEA	预后风险评分模型	RNA-seq数据	来自GSE149614和TCGA数据集的样本(具体数量未明确说明)
9	2025-04-04	Integrating Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data Reveals the Prognostic Significance of HOXC9-Related Immune Gene Signatures in Hepatocellular Carcinoma 2025, OncoTargets and therapy IF:2.7Q3 DOI:10.2147/OTT.S509625 PMID:40177614	研究论文	本研究整合了批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，构建了一个基于HOXC9相关免疫基因（HRIGs）的风险评分模型，并评估其在肝细胞癌（HCC）中的预后价值	首次整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据构建HRIGs风险评分模型，并验证其在HCC预后评估和免疫治疗预测中的有效性	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本选择和测序技术的限制	评估HOXC9相关免疫基因在肝细胞癌预后中的作用	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理	肝癌	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO-Cox回归分析	RNA测序数据，临床信息	来自TCGA和GEO数据库的HCC患者数据
10	2025-04-04	Single-cell sequencing in non-obstructive azoospermia: insights from primary and re-analysis studies 2025, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2025.1539063 PMID:40177631	综述	本文综述了单细胞测序在非梗阻性无精子症（NOA）中的应用，整合了原始研究和再分析研究的结果	首次系统地评估了NOA中单细胞测序的原始研究和再分析研究，揭示了转录调控因子、RNA转录、内分泌干扰物和微管细胞骨架等新发现	缺乏将单细胞研究成果转化为临床应用的讨论	探讨单细胞测序在NOA研究中的应用及其对男性不育治疗的潜在贡献	人类NOA睾丸组织中的生殖细胞、支持细胞和间质细胞	数字病理学	男性不育	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	10项原始研究和22项再分析研究
11	2025-04-03	A quantitative prediction method utilizing whole omics data for biosensing 2025-01-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-84323-1 PMID:39870652	研究论文	开发了一种名为OmicSense的定量预测方法，利用全组学数据进行生物传感预测	使用混合高斯分布作为概率分布，提高了对多维和噪声数据的鲁棒性，并优先利用网络中的中心节点	未提及具体的数据集规模限制或计算资源需求	开发一种能够充分利用组学数据进行生物标志物预测的定量方法	转录组、代谢组和微生物组数据集	机器学习	NA	全组学数据分析	混合高斯分布模型	转录组、代谢组和微生物组数据	未明确提及具体样本数量
12	2025-04-03	Elucidating the role of pyrimidine metabolism in prostate cancer and its therapeutic implications 2025-01-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-86052-5 PMID:39814835	研究论文	本研究探讨了嘧啶代谢在前列腺癌中的作用及其与免疫微环境、药物敏感性和肿瘤突变负荷的关联	揭示了嘧啶代谢相关基因在前列腺癌P2亚组中的显著上调，以及其与免疫细胞调控和药物敏感性的潜在联系	NA	研究嘧啶代谢在前列腺癌中的作用及其治疗意义	前列腺癌样本	NA	前列腺癌	转录组和单细胞RNA测序分析	NA	转录组数据	NA
13	2025-04-03	Integrated bioinformatics analysis identified cuproptosis-related hub gene Mpeg1 as potential biomarker in spinal cord injury 2025-01-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-86170-0 PMID:39814871	research paper	该研究通过整合生物信息学分析，确定了与铜死亡相关的枢纽基因Mpeg1作为脊髓损伤的潜在生物标志物	首次揭示了铜死亡在脊髓损伤中的作用，并识别出关键基因Mpeg1	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分有待进一步加强	探索铜死亡在脊髓损伤中的作用机制并寻找潜在治疗靶点	脊髓损伤样本和铜死亡相关基因	生物信息学	脊髓损伤	RNA测序、ssGSEA、WGCNA、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	1、3、7天脊髓损伤样本（来自GEO数据库）
14	2025-04-03	Exploring the comorbidity mechanisms between atherosclerosis and hashimoto's thyroiditis based on microarray and single-cell sequencing analysis 2025-01-13, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85112-0 PMID:39805933	research paper	本研究通过微阵列和单细胞测序分析探索动脉粥样硬化与桥本甲状腺炎之间的共病机制	识别了PTPRC和TYROBP作为关键的潜在生物标志物和治疗靶点，揭示了异常免疫反应可能是AS和HT的共同致病机制	研究依赖于公开数据集，未进行实验验证，样本来源和数量可能限制结果的普适性	探索动脉粥样硬化与桥本甲状腺炎之间的共病机制	动脉粥样硬化(AS)和桥本甲状腺炎(HT)患者基因表达数据	生物信息学	心血管疾病, 自身免疫性疾病	微阵列分析, 单细胞测序, WGCNA, CIBERSORT	NA	基因表达数据	来自GEO数据库的AS和HT相关数据集
15	2025-04-03	Integrated RNA sequencing analysis and machine learning identifies a metabolism-related prognostic signature in clear cell renal cell carcinoma 2025-01-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85618-7 PMID:39799252	研究论文	通过整合RNA测序分析和机器学习，识别出与透明细胞肾细胞癌代谢相关的预后特征	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）去卷积构建具有代谢差异的恶性细胞层次结构，并开发了基于机器学习的代谢相关预后特征（MRPS）方法	需要进一步研究代谢重编程如何影响透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的患者间异质性和预后	研究代谢重编程对透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者异质性和预后的影响	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）	机器学习	肾细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习	RNA测序数据	NA
16	2025-04-03	Single-Cell RNA-Seq Analysis of Hearts in Patients with Fetal Tetralogy of Fallot 2025, Cardiology IF:1.9Q3 DOI:10.1159/000540406 PMID:39097963	research paper	通过单细胞RNA测序分析胎儿法洛四联症患者心脏的细胞学特征	首次在胎儿法洛四联症中应用单细胞RNA测序技术，比较了正常与缺陷心脏细胞的差异	样本量较小，仅包括一个TOF患者和一个健康胎儿的心脏样本	探索法洛四联症的细胞学特征及其早期检测和治疗的新方法	胎儿心脏样本（一个TOF患者和一个健康胎儿）	digital pathology	cardiovascular disease	single-cell RNA-seq	NA	RNA-seq data	两个样本（一个TOF患者和一个健康胎儿）
17	2025-04-03	Single-cell analysis of CD14+CD16+ monocytes identifies a subpopulation with an enhanced migratory and inflammatory phenotype 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1475480 PMID:40051633	research paper	通过单细胞RNA测序分析CD14+CD16+单核细胞，发现了一个具有增强迁移和炎症表型的亚群	首次在CD14+CD16+单核细胞中鉴定出具有特定基因表达特征和功能的Group 1亚群	研究仅基于体外实验，未在体内验证Group 1单核细胞的作用	探究CD14+CD16+单核细胞在神经炎症疾病中的异质性和功能	人类CD14+CD16+单核细胞	单细胞测序	HIV相关神经认知障碍(HIV-NCI)	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
18	2025-04-03	Inonotus obliquus (chaga) ameliorates folic acid-induced renal fibrosis in mice: the crosstalk analysis among PT cells, macrophages and T cells based on single-cell sequencing 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1556739 PMID:40160460	研究论文	通过单细胞测序技术研究桦褐孔菌（Chaga）对叶酸诱导的小鼠肾纤维化的改善作用及其细胞和分子机制	首次使用单细胞RNA测序技术研究Chaga在肾纤维化治疗中的作用，揭示了其通过调节M1/M2巨噬细胞比例和T细胞反应减轻纤维化的潜在机制	需要进一步的实验验证以确定其临床应用价值	探究桦褐孔菌（Chaga）对肾纤维化的治疗作用及其机制	叶酸诱导的肾纤维化小鼠模型	数字病理	肾脏疾病	单细胞RNA测序, 空间转录组学, UPLC-MS	小鼠模型	单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 组织学图像	82,496个肾脏细胞
19	2025-04-03	A research protocol for a prospective, multicenter, cohort study on interferon therapy for chronic hepatitis B combined with metabolism-associated fatty liver disease to achieve clinical cure 2025, Frontiers in public health IF:3.0Q2 DOI:10.3389/fpubh.2025.1546182 PMID:40161022	研究论文	一项前瞻性、多中心、队列研究，探讨聚乙二醇干扰素治疗慢性乙型肝炎合并代谢相关脂肪性肝病以实现临床治愈的效果	填补了慢性乙型肝炎合并代谢相关脂肪性肝病治疗策略的空白，并探索了T淋巴细胞特性及单细胞转录组测序技术在HBsAg清除中的免疫学机制	干扰素治疗常伴随副作用，可能降低患者依从性，影响长期随访和结果监测；MAFLD人群的异质性可能对干扰素治疗的疗效产生不同影响	评估聚乙二醇干扰素治疗慢性乙型肝炎合并代谢相关脂肪性肝病的疗效和安全性，并阐明MAFLD对HBsAg清除的影响	慢性乙型肝炎患者（以NA治疗为主，HBsAg <1,500 IU/mL，HBeAg阴性，HBV DNA <10 IU/mL）及慢性乙型肝炎合并代谢相关脂肪性肝病患者	临床医学	慢性乙型肝炎, 代谢相关脂肪性肝病	单细胞转录组测序技术	NA	临床数据	多中心设计，具体样本量未明确提及
20	2025-04-03	A novel lactylation-related gene signature to predict prognosis and treatment response in lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1549724 PMID:40161374	研究论文	研究通过构建乳酸化相关基因特征模型，预测肺腺癌患者的预后和治疗反应	首次在肺腺癌中研究乳酸化相关基因特征，并构建风险预后模型，探索其与免疫浸润和化疗药物敏感性的关系	研究主要基于TCGA和GEO数据库的RNA测序数据，需要进一步实验验证	探索乳酸化相关基因特征在肺腺癌中的作用及其临床意义	肺腺癌患者和细胞系	生物信息学	肺腺癌	RNA测序，单细胞测序，CCK8实验，transwell实验	LASSO回归分析，列线图	RNA测序数据，单细胞测序数据	来自TCGA和GEO数据库的肺腺癌患者样本