单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 2188 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-09-24 |
From spots to cells: Cell segmentation in spatial transcriptomics with BOMS
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0311458
PMID:40504785
|
研究论文 | 本文提出了一种基于均值漂移的新方法 BOMS，利用mRNA空间位置和基因标签实现空间转录组学中的细胞分割，无需辅助图像 | BOMS 无需任何辅助 DAPI/Poly(A) 染色图像，仅基于mRNA spot的空间位置和基因标签进行细胞分割，实现简单且执行速度显著更快 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 解决基于成像的空间转录组学中细胞分割不准确导致mRNA错误分配的问题 | 公开可用的空间转录组学数据集中的mRNA spot | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 均值漂移 | 图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2 | 2026-09-24 |
Novel insights from comprehensive analysis: The role of cuproptosis and peripheral immune infiltration in Alzheimer's disease
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0325799
PMID:40560886
|
研究论文 | 该研究通过整合GEO数据库的转录组数据，利用机器学习、单细胞分析、分子对接及qPCR等技术，系统探究了铜死亡相关基因及外周免疫浸润在阿尔茨海默病中的作用 | 首次综合运用多种机器学习模型筛选出FDX1、GLS、PDK1、MAP2K1和SOD1五个铜死亡相关特征基因，并结合单细胞分析揭示其在外周血免疫细胞中的表达变化及MIF通路的潜在作用，同时通过分子对接预测了靶向药物 | 研究主要基于公共数据库的转录组数据，样本量有限，缺乏大规模独立队列验证；分子对接和药物预测结果尚未经过体内外实验验证；外周血基因表达变化与中枢神经系统病理之间的关联机制尚不明确 | 探究铜死亡相关基因在阿尔茨海默病中的具体作用及其与外周免疫浸润的关系，寻找新的诊断标志物和治疗靶点 | 阿尔茨海默病患者的外周血细胞及基因表达数据 | 机器学习, 数字病理学, 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | bulk RNA-seq, scRNA-seq, 实时定量PCR（qPCR）, 分子对接 | 机器学习模型（四种）, 无监督聚类 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据, 图像（分子对接结构） | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2026-09-24 |
Comprehensive multi-omics analysis reveals the prognostic and immune regulatory characteristics of the PTPN family in osteosarcoma
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0326872
PMID:40570022
|
研究论文 | 本研究通过综合多组学分析揭示了PTPN家族在骨肉瘤中的预后和免疫调控特征 | 首次系统性地利用转录组数据和单细胞RNA测序数据，结合共识聚类和随机森林模型，全面解析PTPN家族在骨肉瘤预后评估和免疫调控中的作用，并筛选出PTPN23进行实验验证 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏前瞻性临床队列验证，且实验验证仅针对PTPN23，未涵盖整个PTPN家族 | 探究PTPN家族在骨肉瘤中的致癌和免疫调控作用，提升预后评估水平并为个体化治疗奠定基础 | 骨肉瘤患者及其转录组数据和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | 随机森林 | 文本, 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 4 | 2026-09-23 |
Sparse Semiparametric Discriminant Analysis for High-dimensional Zero-inflated Data
2025, Journal of machine learning research : JMLR
IF:4.3Q2
PMID:42325817
|
研究论文 | 提出一种基于截断隐高斯Copula模型的稀疏半参数判别分析方法，用于处理高维零膨胀数据的分类问题 | 提出基于截断隐高斯Copula模型的半参数判别分析框架，能够同时处理偏态和零膨胀问题，且估计过程对数据变换具有鲁棒性；引入稀疏正则化保证模型可解释性，并在高维设置下证明了分类方向的一致性 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 解决高维零膨胀数据在线性分类方法中因分布假设违反导致的分类规则和解释无效的问题 | 人类肠道微生物组数据、乳腺癌microRNA数据、单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、microRNA测序、微生物组测序 | 截断隐高斯Copula模型、稀疏半参数判别分析 | 高维组学数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq, microRNA测序 | NA | NA |
| 5 | 2026-09-23 |
Bioinformatics-based Investigation to Unveiling The miRNA-Immunity Axis in The Tumor Microenvironment of Pancreatic Cancer
2025, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.172407.3
PMID:42358587
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学方法揭示了胰腺癌肿瘤微环境中记忆CD4+ T细胞的miRNA-免疫调控轴 | 首次综合单细胞RNA测序和多种miRNA预测数据库，构建了胰腺癌中记忆CD4+ T细胞的miRNA-mRNA相互作用网络，并识别出hsa-miR-1207-5p、hsa-miR-6805-5p和hsa-miR-149-3p及其靶基因CLPS、NR4A2和SOCS3在免疫逃逸中的核心作用 | 摘要中未提及具体的实验验证和样本量限制 | 探究胰腺导管腺癌肿瘤微环境中记忆CD4+ T细胞的细胞类型变异，特别是miRNA失调通路对免疫反应的影响 | 胰腺导管腺癌（PDAC）和非肿瘤胰腺样本中的记忆CD4+ T细胞 | 生物信息学 | 胰腺癌 | scRNA-seq, miRNA预测数据库分析, Affymetrix Multispecies miRNA-4 Array | NA | 单细胞RNA测序数据, miRNA表达数据 | PDAC和非肿瘤胰腺样本（具体数量未提及） | Affymetrix | scRNA-seq, miRNA微阵列 | Affymetrix Multispecies miRNA-4 Array | NA |
| 6 | 2026-09-21 |
Targeting the CD74 signaling axis suppresses inflammation and rescues defective hematopoiesis in RUNX1-familial platelet disorder
2025-01-08, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adn9832
PMID:39772771
|
研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序和功能分析揭示了RUNX1-家族性血小板障碍中CD74信号轴驱动炎症和造血缺陷的机制，并证明靶向CD74及其下游通路可逆转分化缺陷 | 首次发现CD74信号轴是RUNX1-FPD前白血病阶段炎症的驱动因素之一，并证明靶向CD74及其下游JAK/STAT和mTOR通路可逆转分化缺陷、减轻炎症，提出将JAK1/2抑制剂和mTOR抑制剂重新用于早期干预策略 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探究RUNX1-家族性血小板障碍中炎症的早期驱动机制，寻找可预防白血病进展的干预策略 | RUNX1-家族性血小板障碍患者的骨髓样本及造血干细胞和祖细胞 | 单细胞组学 | 家族性血小板障碍、白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本、图像 | 10例样本进行单细胞RNA测序，超过75例患者样本进行功能分析 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7 | 2026-09-21 |
Gut microbial production of lithocholic acid reprograms pro-resolutive macrophages to enhance vedolizumab responsiveness via the TGR5/FXR-NF-κB axis
2025-Jan-02, The ISME journal
DOI:10.1093/ismejo/wrag028
PMID:41697021
|
研究论文 | 该研究通过人源化小鼠结肠炎模型、多组学和单细胞测序，揭示了肠道菌群代谢物石胆酸通过TGR5/FXR-NF-κB轴重编程促缓解巨噬细胞，从而增强克罗恩病对维得利珠单抗的响应 | 首次阐明肠道菌群代谢物石胆酸通过TGR5/FXR-NF-κB信号网络重编程巨噬细胞为促缓解表型，从而增强维得利珠单抗在克罗恩病中的疗效，揭示了微生物-免疫回路 | 研究主要基于动物模型和体外实验，临床样本验证有限，需要更大规模的临床队列进一步证实石胆酸作为生物标志物的预测价值 | 阐明维得利珠单抗在克罗恩病中响应性的机制，探索肠道菌群代谢物对治疗应答的调控作用 | 克罗恩病患者来源的临床供体粪便样本、人源化小鼠模型、伪无菌小鼠 | 机器学习, 单细胞组学, 微生物组学, 代谢组学 | 克罗恩病, 炎症性肠病 | 宏基因组测序, 代谢组学, 靶向代谢组学, 单细胞RNA测序, 转录组分析, 粪便微生物移植 | NA | 图像, 文本, 测序数据, 代谢数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 宏基因组测序, 代谢组学, 转录组测序 | NA | NA |
| 8 | 2026-09-21 |
Lyz1-Expressing Alveolar Type II Cells Contribute to Lung Regeneration
2025, Journal of respiratory biology and translational medicine
DOI:10.70322/jrbtm.2025.10011
PMID:41550210
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序鉴定出一个特异性表达Lyz1的AT2细胞亚群，并揭示其在肺损伤后参与肺泡再生的祖细胞功能 | 首次鉴定出特异性表达Lyz1的AT2细胞亚群，并通过细胞命运图谱证明其作为肺泡再生祖细胞参与生成自我更新的AT2细胞和分化的AT1细胞，且在3D类器官中表现出显著增强的增殖能力 | 摘要中未明确说明研究的局限性 | 探究异质性AT2细胞群体在肺稳态和肺泡再生中的具体贡献，鉴定参与肺修复的特定AT2细胞亚群 | 小鼠肺组织中的肺泡上皮II型细胞（AT2细胞）及其亚群，以及肺损伤后的再生过程 | 单细胞组学 | 肺损伤 | 单细胞RNA测序、细胞命运图谱、3D类器官培养 | NA | 单细胞转录组数据、图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9 | 2026-09-21 |
Bayesian Sparse Gaussian Mixture Model for Clustering in High Dimensions
2025, Journal of machine learning research : JMLR
IF:4.3Q2
PMID:41799364
|
研究论文 | 本文研究高维稀疏高斯混合模型的聚类问题，提出了一种基于连续 spike-and-slab 先验的贝叶斯方法，并证明了其后验收敛率是最优的，最后通过模拟和单细胞 RNA 测序数据分析验证了方法 | 提出了一种计算可行的贝叶斯方法，使用连续 spike-and-slab 先验处理高维高斯混合模型中的稀疏聚类中心，证明了后验收敛率的最优性，并且不需要预先指定聚类数量，可以自适应估计 | 约束最大似然估计器由于目标函数非凸和可行集离散而计算不可行，所提方法主要针对稀疏聚类中心，可能在其他场景下适用性有限 | 研究高维稀疏高斯混合模型的聚类问题，旨在开发一种计算可行且统计最优的贝叶斯估计方法 | 高维高斯混合模型，聚类中心具有稀疏性，聚类数量随样本量增长 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯稀疏高斯混合模型 | 数值数据, 文本数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10 | 2026-09-20 |
Epithelial cell diversity and immune remodeling in bladder cancer progression: insights from single-cell transcriptomics
2025-01-30, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06138-6
PMID:39885578
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示膀胱癌从非肌层浸润性到肌层浸润性进展过程中上皮细胞多样性和免疫微环境重塑的动态变化 | 首次系统描绘膀胱癌进展过程中肿瘤微环境的单细胞转录组图谱，揭示了糖酵解增强、T细胞耗竭路径（从CD8+TCF7初始T细胞到CD8+STMN1终末耗竭T细胞）、LAMP3+树突状细胞转化以及VEGFA+肥大细胞促进血管生成等关键机制 | 样本量较小（仅11例），缺乏功能验证实验，未进行纵向追踪验证，单细胞转录组数据可能受批次效应影响 | 探索膀胱癌进展过程中肿瘤细胞异质性和肿瘤微环境组分的变化，识别潜在治疗靶点 | 膀胱癌患者的肿瘤组织及癌旁正常组织，包括非肌层浸润性膀胱癌和肌层浸润性膀胱癌 | 数字病理学、机器学习 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序、bulk RNA-seq、免疫组化、多重免疫荧光 | NA | 图像、文本 | 11例膀胱癌样本（4例NMIBC、4例MIBC、3例癌旁正常组织） | NA | 单细胞RNA-seq、bulk RNA-seq | NA | NA |
| 11 | 2026-09-20 |
Prognostic models of immune-related cell death and stress unveil mechanisms driving macrophage phenotypic evolution in colorectal cancer
2025-01-28, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06143-9
PMID:39875913
|
研究论文 | 该研究构建了免疫相关细胞死亡和应激（ICDS）预后模型，并揭示了肿瘤细胞通过铜死亡下调GAL3ST4表达抑制M2型巨噬细胞极化的机制 | 构建了免疫相关细胞死亡和应激（ICDS）预后模型，揭示了GAL3ST4促进巨噬细胞向M2促肿瘤表型转化，以及肿瘤细胞铜死亡抑制GAL3ST4表达进而抑制M2型巨噬细胞极化的新机制 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 构建结直肠癌免疫相关细胞死亡和应激预后模型，阐明免疫细胞浸润与程序性细胞死亡和应激之间的复杂相互作用，并揭示驱动巨噬细胞表型演变的机制 | 结直肠癌患者转录组数据及肿瘤微环境中的巨噬细胞 | 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞测序， 机器学习， 富集分析， 反卷积算法， 拟时序分析， 细胞通讯分析， 生化实验 | 机器学习预后模型 | 转录组数据， 单细胞测序数据 | TCGA和GEO数据库的结直肠癌转录组数据， 以及七个独立队列 | NA | 单细胞RNA测序， 批量RNA测序 | NA | NA |
| 12 | 2026-09-20 |
UBE2J1 is identified as a novel plasma cell-related gene involved in the prognosis of high-grade serous ovarian cancer
2025-01-28, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06135-9
PMID:39876019
|
研究论文 | 本研究利用单细胞测序和批量测序数据分析高级别浆液性卵巢癌中浆细胞相关标志物，鉴定UBE2J1为预后相关的新癌基因，并通过体外和体内实验验证其功能 | 首次鉴定UBE2J1为高级别浆液性卵巢癌中浆细胞相关的新型预后标志物和癌基因，揭示其通过促进上皮间质转化促进肿瘤进展的新机制 | 单细胞测序数据来源于公共数据库，样本量有限；UBE2J1调控浆细胞与肿瘤微环境相互作用的具体分子机制尚未完全阐明 | 鉴定高级别浆液性卵巢癌中浆细胞的关键标志物并探索其在肿瘤预后中的作用 | 高级别浆液性卵巢癌组织及正常卵巢组织、HGSOC细胞系、体内肿瘤模型 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序， 批量RNA测序 | LASSO回归， 单因素Cox回归 | 基因表达数据， 图像 | 来自GEO数据库的单细胞测序数据和TCGA-HGSOC队列的批量测序数据，具体样本量未在摘要中明确说明 | NA | 单细胞RNA测序， 批量RNA测序 | NA | NA |
| 13 | 2026-09-20 |
Single-cell analyses of intestinal epithelium reveal the dysregulation of gut immune microenvironment in systemic lupus erythematosus
2025-01-27, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06147-5
PMID:39871323
|
研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序分析MRL/Lpr狼疮小鼠与对照组小鼠肠道上皮的免疫和结构微环境，揭示肠道免疫稳态失调在系统性红斑狼疮发病中的作用 | 首次在狼疮自身免疫背景下对肠道上皮进行高分辨率单细胞图谱分析，揭示了CD8αα+ IELs减少、CD8αβ+ IELs增加以及γδT细胞通过AHRR-氧化应激-铁死亡通路丢失的新机制，并发现硒 supplementation可逆转γδT细胞丢失并改善狼疮症状 | 研究主要基于MRL/Lpr小鼠模型，尚未在人类狼疮患者中验证；样本量有限；硒补充治疗的长期效果和安全性需要进一步评估 | 探究狼疮自身免疫背景下肠道免疫稳态是否被破坏，以及肠道上皮免疫和结构微环境的变化 | MRL/Lpr狼疮小鼠和MRL/Mpj对照小鼠的肠道上皮组织 | 单细胞组学、免疫学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序、qPCR、流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据、图像 | MRL/Lpr狼疮小鼠和MRL/Mpj对照小鼠的肠道上皮样本（具体数量未在摘要中说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 14 | 2026-09-20 |
Tumor-associated-fibrosis and active collagen-CD44 axis characterize a poor-prognosis subtype of gastric cancer and contribute to tumor immunosuppression
2025-01-27, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06070-9
PMID:39871345
|
研究论文 | 该研究通过多组学数据整合识别了一个以纤维化为特征的胃癌不良预后亚型，并揭示了胶原-CD44信号轴在肿瘤免疫抑制中的关键作用 | 首次通过共识聚类识别了以肿瘤相关纤维化为主要特征的胃癌亚型，揭示了CAF与免疫细胞之间活跃的Collagen-CD44信号轴在肿瘤进展中的上调，并发现CD44高表达与免疫抑制细胞招募及免疫检查点上调相关 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析，缺乏前瞻性临床验证和体内外功能实验验证Collagen-CD44轴的直接治疗靶向效果 | 探索肿瘤相关纤维化在胃癌免疫抑制中的具体机制，识别纤维化相关胃癌亚型并寻找新的治疗靶点 | 胃癌患者样本，包括TCGA的375例胃癌样本、GEO的15例胃癌单细胞样本、19个免疫治疗队列及2个GWAS数据集 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序，GWAS，共识聚类，拟时序分析 | NA | 图像，文本 | 375例TCGA胃癌样本，15例GEO胃癌单细胞样本，19个免疫治疗队列，2个GWAS数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 15 | 2026-09-20 |
Cell signaling communication within papillary craniopharyngioma revealed by an integrated analysis of single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing
2025-01-27, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06149-3
PMID:39871369
|
研究论文 | 通过对乳头状颅咽管瘤进行单细胞RNA测序和批量RNA测序的整合分析，揭示肿瘤细胞间的主要信号通讯 | 首次整合单细胞RNA测序和批量RNA测序分析乳头状颅咽管瘤中上皮细胞、成纤维细胞和中性粒细胞之间的信号通讯，发现ANXA1-FPR1和MIF-(CD74+CXCR2)等关键信号通路 | 样本量较小，仅使用了5个PCP样本进行单细胞RNA测序和11个肿瘤样本进行批量RNA测序 | 阐明乳头状颅咽管瘤肿瘤细胞间的主要信号通讯 | 乳头状颅咽管瘤肿瘤组织中的上皮细胞、成纤维细胞和中性粒细胞 | 数字病理学 | 颅咽管瘤 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | 文本 | 5个PCP样本用于单细胞RNA测序，11个肿瘤样本和5个正常对照用于批量RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 16 | 2026-09-20 |
Single-cell profiling of SLC family transporters: uncovering the role of SLC7A1 in osteosarcoma
2025-01-22, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06086-1
PMID:39844299
|
研究论文 | 该研究通过单细胞测序和RNA-seq数据分析，构建了骨肉瘤中SLC家族转运蛋白的预后模型，并揭示了SLC7A1在骨肉瘤恶性进展和免疫微环境调控中的作用 | 首次系统性地在单细胞水平上解析了骨肉瘤中SLC家族转运蛋白的表达格局，构建了由九个基因组成的SLC相关预后模型，并发现SLC7A1是预后最差的标志物，同时揭示了SLC7A1调控肿瘤细胞与巨噬细胞互作的新机制，并通过虚拟筛选鉴定出千金藤素作为SLC7A1的潜在抑制剂 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据分析，体外实验验证尚需进一步的体内动物实验和临床试验来证实SLC7A1作为治疗靶点的有效性和安全性 | 系统解析SLC家族转运蛋白在骨肉瘤中的表达特征和预后价值，探究SLC7A1在骨肉瘤恶性进展和免疫微环境调控中的功能，并筛选靶向SLC7A1的潜在治疗药物 | 骨肉瘤细胞、骨肉瘤微环境中的各类细胞（尤其是髓系细胞和巨噬细胞）以及骨肉瘤患者样本 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | LASSO回归, CIBERSORT | 单细胞转录组数据, RNA-seq数据, 图像 | GSE152048和GSE162454单细胞测序数据集以及TARGET和GSE21257 RNA-seq队列 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | NA |
| 17 | 2026-09-20 |
Single-cell atlas reveals multi-faced responses of losartan on tubular mitochondria in diabetic kidney disease
2025-01-21, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06074-5
PMID:39838394
|
研究论文 | 该研究通过单核RNA测序技术构建了糖尿病肾病小鼠肾脏的单细胞图谱，揭示了氯沙坦对肾小管细胞线粒体的多方面保护作用 | 首次利用单核RNA测序技术全面揭示氯沙坦对糖尿病肾病肾小管细胞线粒体动态扰动的多方面治疗响应，并发现了一个具有线粒体自噬表型的特定肾小管亚群 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类样本验证仅限于初步的共定位和表达分析，样本量有限 | 利用单核RNA测序技术全面揭示氯沙坦对糖尿病肾病肾小管细胞线粒体的治疗响应及其保护机制 | 糖尿病肾病小鼠肾脏组织、HK-2细胞系以及糖尿病肾病患者肾脏标本 | 单细胞转录组学 | 糖尿病肾病 | 单核RNA测序, 基因本体富集分析, GSEA/GSVA评分, 免疫荧光, 蛋白质印迹, 电子显微镜, 激光共聚焦显微镜 | NA | 图像, 文本 | 小鼠分为CON、DKD、LST三组，HK-2细胞分为LG、HG、HG+LST三组，具体样本数量未提及 | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
| 18 | 2026-09-20 |
Amantadine modulates novel macrophage phenotypes to enhance neural repair following spinal cord injury
2025-01-13, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05916-y
PMID:39806436
|
研究论文 | 该研究通过微阵列和单细胞RNA测序揭示脊髓损伤后巨噬细胞动态变化，并发现金刚烷胺可调节巨噬细胞表型促进神经修复 | 首次鉴定出三种巨噬细胞亚型（BAMs、IMs、CIMs）及其分化轨迹（Il-1b+ IMs → Mrc1+ BAMs → Arg1+ CIMs），并发现金刚烷胺通过调节HIF-1α和NF-κB通路调控该过程 | 研究仅基于小鼠模型，尚未进行临床转化验证；分子对接仅为假设，需进一步验证直接靶点 | 探究脊髓损伤后巨噬细胞表型动态变化及金刚烷胺对神经修复的调节作用 | 小鼠脊髓损伤模型及巨噬细胞 | 数字病理学, 机器学习 | 脊髓损伤 | 微阵列, 单细胞RNA测序, 高维基因共表达网络分析, slingshot轨迹分析, 免疫荧光染色, 流式细胞术, 蛋白质印迹, 分子对接 | NA | 基因表达数据, 图像, 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 微阵列 | NA | NA |
| 19 | 2026-09-20 |
The microenvironment cell index is a novel indicator for the prognosis and therapeutic regimen selection of cancers
2025-01-13, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05950-w
PMID:39806464
|
研究论文 | 该研究基于三阴性乳腺癌微环境细胞浸润构建了微环境细胞指数（MCI）预后模型，并探索了新的治疗策略 | 构建了由六种微环境细胞组成的MCI指数，并在此基础上结合空间分布特征开发了MCI增强（MCI-e）模型，能够更准确地预测三阴性乳腺癌患者的预后；同时发现抑制胰岛素信号通路可显著延长MCI高表达患者的肿瘤小鼠生存时间 | 研究主要基于生物信息学分析和动物实验验证，尚需大规模前瞻性临床试验进一步验证MCI和MCI-e模型的临床适用性 | 建立基于微环境细胞浸润的预后预测模型，并探索三阴性乳腺癌的新治疗策略 | 三阴性乳腺癌（TNBC）患者及荷瘤小鼠 | 数字病理学 | 乳腺癌 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间分辨转录组学, 多重免疫荧光染色 | LASSO-Cox回归 | 图像, 文本 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 20 | 2026-09-20 |
Impact of potential biomarkers, SNRPE, COX7C, and RPS27, on idiopathic Parkinson's disease
2025-01, Genes & genomics
IF:1.6Q3
DOI:10.1007/s13258-024-01591-x
PMID:39467967
|
研究论文 | 该研究通过全血基因表达数据集进行生物信息学分析，识别特发性帕金森病中的差异表达基因、通路及枢纽基因，并结合甲基化、microRNA及单细胞RNA测序数据验证潜在生物标志物 | 整合全血转录组、差异甲基化区域、差异表达microRNA及黑质单细胞RNA测序数据，系统识别并验证SNRPE、COX7C和RPS27作为特发性帕金森病的潜在生物标志物 | 未提及实验验证（如qPCR或蛋白水平验证），样本量未明确说明，单细胞RNA测序数据来源及具体样本信息不详 | 识别适用于特发性帕金森病的关键基因、分子机制及潜在生物标志物 | 特发性帕金森病患者的外周血样本及黑质组织 | 机器学习 | 帕金森病 | bulk RNA-seq, 甲基化测序, microRNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 文本, 图像 | 未明确说明样本量 | NA | bulk RNA-seq, 甲基化测序, microRNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |