单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2176 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-12-13 |
Application of computational algorithms for single-cell RNA-seq and ATAC-seq in neurodegenerative diseases
2025-01-15, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elae044
PMID:39500613
|
综述 | 本文综述了整合单细胞RNA测序和ATAC测序数据的计算工具与机器学习方法，及其在神经退行性疾病中的应用 | 整合scRNA-seq和scATAC-seq数据以关联转录组与染色质可及性，揭示神经退行性疾病的致病机制 | 面临数据稀疏性和计算需求高的挑战 | 促进单细胞多组学技术在神经退行性疾病研究中的应用，以阐明病理机制并识别治疗靶点 | 阿尔茨海默病和帕金森病等神经退行性疾病 | 机器学习 | 神经退行性疾病 | scRNA-seq, scATAC-seq | NA | 单细胞转录组和染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 2 | 2025-10-06 |
Spatial Transcriptomic Analyses of Spermatogenesis
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4698-4_3
PMID:40601269
|
研究论文 | 本章概述了空间转录组技术及其在精子发生研究中的应用 | 将空间转录组技术应用于精子发生研究，解决了传统转录组方法无法保留组织空间结构的问题 | 仅提供了基于小鼠睾丸的示例分析，方法适用范围有待进一步验证 | 开发空间转录组技术在精子发生研究中的应用方法 | 小鼠睾丸组织和精子发生过程 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据，组织切片图像 | 小鼠睾丸组织样本 | Curio Biosciences | 空间转录组学 | Seeker (SlideSeq V2) | Curio Biosciences Seeker平台（基于SlideSeq V2技术） |
| 3 | 2026-07-25 |
Inhibiting BCL2L1 preferentially targets aneuploid cells in acute myeloid leukemia
2025-Jan-25, Acta biochimica et biophysica Sinica
IF:3.3Q1
DOI:10.3724/abbs.2026083
PMID:42494299
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4 | 2025-10-07 |
Integrative machine learning approach for identification of new molecular scaffold and prediction of inhibition responses in cancer cells using multi-omics data
2025-01-15, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elaf006
PMID:40251828
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和机器学习方法，识别新的分子支架并预测癌细胞中的抑制反应 | 结合机器学习与多组学数据预测药物反应，并采用相似性搜索方法从ChEMBL数据库识别潜在先导化合物 | 研究为计算机模拟分析，尚未进行实验验证 | 开发预测癌症细胞药物抑制反应的方法并识别新的治疗分子 | 癌细胞系和MDM2抑制剂 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA-seq, 分子对接, 分子动力学 | 机器学习 | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5 | 2025-10-07 |
Enhancer RNA in cancer: identification, expression, resources, relationship with immunity, drugs, and prognosis
2025-01-15, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elaf007
PMID:40285345
|
综述 | 本综述系统阐述了增强子RNA在癌症中的鉴定方法、表达特征、功能机制及其与免疫治疗、药物反应和预后的关联 | 全面整合eRNA在肿瘤免疫微环境重编程中的作用，提出eRNA特征作为免疫治疗反应和化疗耐药性监测的预测生物标志物 | 属于综述性文章，未涉及原始实验数据验证 | 系统总结eRNA在癌症生物学中的调控功能及其临床转化潜力 | 增强子RNA及其在癌症中的调控机制 | 生物信息学 | 癌症 | RNA-seq, 单细胞转录组学, 表观基因组整合分析 | NA | 基因组学数据, 转录组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 表观基因组学 | NA | NA |
| 6 | 2025-10-05 |
A survey of biclustering and clustering methods in clustering different types of single-cell RNA sequencing data
2025-01-15, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elaf010
PMID:40795763
|
综述 | 本文系统综述了双聚类和聚类方法在不同类型单细胞RNA测序数据分析中的应用与性能比较 | 首次系统评估5种双聚类和21种聚类方法在10个真实scRNA-seq数据集上的性能，并从六个维度量化数据集特性以推荐最适合的方法 | 仅评估了有限数量的方法（5种双聚类和21种聚类），且仅使用10个公开数据集，可能无法覆盖所有场景 | 评估当前无监督方法在单细胞RNA测序数据分析中的发展现状，总结各方法的优缺点和改进策略 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 双聚类方法, 聚类方法 | 基因表达数据 | 10个公开真实数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7 | 2025-11-27 |
VARGG: a deep learning framework advancing precise spatial domain identification and cellular heterogeneity analysis in spatial transcriptomics
2025-01-15, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elaf018
PMID:41275376
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研究论文 | 提出VARGG深度学习框架，通过结合视觉Transformer和图神经网络提升空间转录组学中空间域识别精度和细胞异质性分析能力 | 首次将预训练视觉Transformer与图神经网络自编码器结合，利用自注意力机制捕获全局上下文信息，并通过多层门控残差图神经网络和高斯噪声增强特征表示和模型泛化能力 | NA | 开发能够准确识别空间域并分析细胞异质性的深度学习框架 | 人类胶质母细胞瘤、小鼠胚胎、乳腺癌等组织样本 | 空间转录组学 | 胶质母细胞瘤,乳腺癌 | 空间转录组学 | Vision Transformer,图神经网络自编码器 | 空间基因表达数据 | 多个不同规模数据集 | 10x Genomics,其他 | 空间转录组学 | 10x Visium, Slide-seqV2, Stereo-seq, MERFISH | 10x Visium空间转录组平台 |
| 8 | 2025-10-06 |
Clearance of p21 highly expressing senescent cells accelerates cutaneous wound healing
2025-01, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-024-00755-4
PMID:39537987
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术识别伤口愈合过程中p21高表达衰老细胞的作用机制 | 首次发现p21高表达衰老细胞亚群在伤口愈合中的促炎特性及其清除对伤口闭合的加速作用 | 未明确p21高表达衰老细胞的具体来源及其与其他衰老细胞亚群的相互作用机制 | 探究p21高表达衰老细胞在皮肤伤口愈合过程中的功能作用 | 皮肤伤口愈合过程中的衰老细胞亚群 | 空间转录组学 | 皮肤创伤 | Xenium空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | Xenium空间转录组分析平台 |
| 9 | 2026-07-10 |
Highly multiplexed spatial transcriptomics in bacteria
2025-01-24, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adr0932
PMID:39847624
|
研究论文 | 结合1000倍体积膨胀和多重误差鲁棒荧光原位杂交技术，创建细菌MERFISH方法，实现单个细菌内数千个操纵子的高通量空间分辨分析 | 首次将MERFISH技术应用于细菌空间转录组学，通过1000倍体积膨胀克服细菌mRNA高密度难题 | 未明确提及局限性 | 开发细菌高多重空间转录组学方法并研究细菌在复杂环境中的单细胞行为 | 细菌（包括炭疽杆菌和肠道共生菌） | 数字病理学 | NA | MERFISH, 膨胀显微术 | NA | 图像 | 单个细菌水平 | NA | 空间转录组学 | MERFISH | 细菌MERFISH（结合1000倍体积膨胀和多重误差鲁棒荧光原位杂交） |
| 10 | 2026-07-10 |
Distinct myeloid-derived suppressor cell populations in human glioblastoma
2025-01-17, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.abm5214
PMID:39818911
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析33例胶质瘤，在IDH野生型胶质母细胞瘤中鉴定出两种不同的髓源性抑制细胞亚群，并揭示其与肿瘤干细胞的相互作用 | 首次在人类胶质母细胞瘤中鉴定出早期祖细胞型MDSC和单核细胞型MDSC两种亚群，并发现它们与代谢性干细胞样肿瘤细胞在假栅栏区的空间共定位和配体-受体相互作用的分子机制 | 未提及具体局限性 | 阐明胶质瘤相关髓系细胞在肿瘤生长和免疫逃逸中的作用 | 33例胶质瘤的免疫细胞和肿瘤细胞 | 计算生物学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | 33例胶质瘤样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台，10x Visium空间转录组学平台 |
| 11 | 2026-07-10 |
Single-cell RNA sequencing: an emerging tool revealing dysregulated innate and adaptive immune response at single cell level in Kawasaki disease
2025-01, Expert review of clinical immunology
IF:3.9Q2
DOI:10.1080/1744666X.2024.2401105
PMID:39230194
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综述 | 本文强调了单细胞RNA测序技术在川崎病中揭示先天性和适应性免疫反应失调的关键作用 | 首次系统综述scRNA-seq在川崎病免疫细胞转录组谱和信号通路表征中的高分辨率应用潜力 | 依赖现有文献数据，缺乏原始实验验证；scRNA-seq技术本身存在成本高、数据分析复杂等局限性 | 探讨scRNA-seq在川崎病诊断、预后和个性化治疗中的诊断和治疗潜力 | 川崎病患者的免疫细胞转录组和信号/反应通路 | 机器学习 | 川崎病 | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 12 | 2026-07-10 |
Understanding developing kidneys and Wilms tumors one cell at a time
2025, Current topics in developmental biology
DOI:10.1016/bs.ctdb.2024.11.005
PMID:40254343
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综述 | 综述了单细胞测序技术在正常肾脏发育和肾母细胞瘤研究中的应用，讨论了不同技术的优劣及其组合策略 | 系统总结了单细胞测序技术在肾脏发育和肾母细胞瘤领域的应用，并分析了不同技术组合如何最大化生物学理解 | 未提供实验数据验证，仅基于现有文献综述技术现状 | 探讨单细胞测序技术在肾脏发育和肾母细胞瘤研究中的应用及技术选择策略 | 发育中的肾脏和肾母细胞瘤 | 数字病理学 | 肾母细胞瘤 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 13 | 2026-07-10 |
Genomic Exploration of Nonalcoholic Fatty Liver Disease: Insights From Gene Expression and Variation in Morbidly Obese Individuals
2025, Journal of obesity
IF:3.8Q2
DOI:10.1155/jobe/9245699
PMID:40365443
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研究论文 | 利用整合生物信息学分析，包括bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq，探索非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）的差异表达基因及其遗传变异，重点关注肥胖患者中NAFLD的发病机制 | 鉴定了与代谢、免疫和脂质功能相关的新基因（如和），并在肥胖患者肝细胞中过表达，同时发现这些基因的新型致病性变异可能与NAFLD相关 | 研究可能受限于样本代表性、验证范围或致病性变异的直接功能验证不足 | 通过基因表达和遗传变异分析，阐明NAFLD的疾病机制并识别潜在治疗靶点和生物标志物 | 肥胖患者的肝组织及相关基因（如和） | 数字病理学 | 非酒精性脂肪性肝病 | RNA-seq，单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据，遗传变异数据 | NA | NA | bulk RNA-seq，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 14 | 2026-07-04 |
Single-cell sequencing in diabetic retinopathy: progress and prospects
2025-Jan-13, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-06066-x
PMID:39806376
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综述 | 综述单细胞测序在糖尿病视网膜病变研究中的进展与前景 | 全面总结了单细胞测序及其多组学、空间转录组技术解析视网膜异质性及病理机制的最新应用 | 未提供具体实验数据及定量比较分析，主要集中在技术潜力的讨论上 | 探讨单细胞测序技术如何促进对糖尿病视网膜病变发病机制的理解及新治疗策略的开发 | 糖尿病视网膜病变的视网膜细胞、视网膜类器官及单细胞外囊泡 | 数字病理学， 单细胞组学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞RNA测序， 单细胞多组学测序， 立体测序 | NA | 转录组数据， 多组学数据， 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq， 单细胞多组学， 空间转录组学 | NA | NA |
| 15 | 2026-07-04 |
Efficient Predictor for Immunotherapy Efficacy: Detecting Pan-Clones Effector Tumor Antigen-Specific T Cells in Blood by Nanoparticles Loading Whole Tumor Antigens
2025-01, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202409913
PMID:39498880
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研究论文 | 利用负载全肿瘤抗原的纳米颗粒检测血液中泛克隆效应肿瘤抗原特异性T细胞，以预测免疫治疗效果 | 提出一种基于纳米颗粒负载全细胞肿瘤抗原的方法，可高效激活并检测泛克隆效应肿瘤抗原特异性T细胞，将ETASTs与其他T细胞的差异转化为激活与非激活状态，并通过测量激活状态和细胞毒性功能标志物进行区分 | NA | 开发一种高效、非侵入性的生物标志物，用于预测肺癌及其他癌症的免疫治疗效果 | 肺癌患者、健康个体及良性肺结节患者血液中的效应肿瘤抗原特异性T细胞 | 机器学习 | 肺癌 | 纳米颗粒负载全肿瘤抗原、单细胞测序 | NA | 生物标志物数据 | 肺癌患者、健康个体及良性肺结节患者样本 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 16 | 2026-07-04 |
Deficiency of FABP7 Triggers Premature Neural Differentiation in Idiopathic Normocephalic Autism Organoids
2025-01, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202406849
PMID:39556706
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研究论文 | 通过正常头围自闭症患者类器官模型，发现FABP7缺乏引发神经干细胞过早分化，并揭示FABP7/MEK通路在自闭症发病中的作用 | 首次在正常头围自闭症患者的脑类器官模型中鉴定出FABP7表达下调及其通过MEK通路调控神经干细胞过早分化的分子机制 | 主要基于体外类器官模型和动物实验，需要进一步在人体组织中验证FABP7/MEK通路的临床相关性 | 探究正常头围自闭症患者神经干细胞异常分化的分子机制 | 来自前瞻性出生队列的正常头围自闭症患者诱导多能干细胞来源的脑类器官 | 数字病理学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、组织形态学数据 | 多个细胞系和时间序列样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'试剂盒进行scRNA-seq |
| 17 | 2026-07-04 |
Spatial differences in gene expression across the dorsal raphe nucleus in a model of early Alzheimer's disease
2025-01, Journal of Alzheimer's disease : JAD
DOI:10.1177/13872877241299119
PMID:39584353
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研究论文 | 利用空间基因表达技术研究早期阿尔茨海默病模型中背侧缝核的基因表达差异 | 首次在早期阿尔茨海默病的小鼠模型中应用空间转录组学技术，发现背侧缝核内不同亚区域对tau蛋白病理性损害的差异性易感，并鉴定了相关长链非编码RNA Map2k3os的可能调控作用 | 需要进一步研究Map2k3os的相互作用机制，并强调汇聚数据验证以克服空间转录组学技术的局限性 | 识别5-羟色胺神经元对阿尔茨海默病病理性损害的易感或抵抗的潜在遗传因素 | 过表达人tau蛋白的htau小鼠的背侧缝核 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学、RNAscope、免疫组化 | NA | 基因表达数据、图像 | htau小鼠（早期阿尔茨海默病临床前模型）的背侧缝核组织样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | Visium空间基因表达平台 |
| 18 | 2026-07-03 |
Integrated single-cell and bulk transcriptomic analysis reveals shared pathogenesis and prognostic biomarkers in breast and thyroid cancers
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1710915
PMID:41601694
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研究论文 | 整合单细胞和批量转录组分析揭示了乳腺癌和甲状腺癌的共享致病机制及预后生物标志物 | 通过整合单细胞与批量RNA测序数据，首次系统揭示乳腺癌和甲状腺癌共享的分子机制，并构建了基于101种机器学习算法的预后模型，发现SMR3B作为共享预后基因 | 研究主要基于生物信息学分析，功能性验证仅在细胞水平进行，缺乏临床样本和体内实验的进一步验证 | 阐明乳腺癌和甲状腺癌的共享发病机制，并鉴定共同的预后生物标志物和治疗靶点 | 乳腺癌和甲状腺癌的共享分子特征及肿瘤微环境 | 数字病理学 | 乳腺癌, 甲状腺癌 | RNA-seq, 单细胞转录组测序 | 机器学习算法 | 单细胞转录组数据, 批量转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 19 | 2026-07-02 |
Neoadjuvant therapy-associated malignant phenotype score predicts prognosis and highlights the roles of MIF signaling and DUXAP8 in ESCC
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1683349
PMID:41613113
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研究论文 | 通过整合单细胞和批量转录组数据，建立新辅助治疗相关的恶性表型评分，预测食管鳞癌预后并揭示MIF信号通路和DUXAP8的作用 | 首次构建基于恶性上皮细胞转录重塑的新辅助治疗相关恶性表型评分，并整合单细胞和批量转录组数据，识别了MIF信号通路和长链非编码RNA DUXAP8作为潜在治疗靶点 | 未提及明确的局限性，但可能包括样本量有限、缺乏独立外部验证队列以及功能验证仅针对单一基因DUXAP8 | 开发基于恶性细胞内在分子特征的预后评分，并探索与新辅助治疗反应相关的分子机制，以改善食管鳞癌患者的预后分层和个体化治疗决策 | 食管鳞癌患者在术前行新辅助治疗前后的恶性上皮细胞 | 机器学习 | 食管癌 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、LASSO-Cox回归、免疫组织化学、qRT-PCR | LASSO-Cox回归模型 | 单细胞转录组数据、批量转录组数据 | 单细胞RNA测序数据（ESCC患者治疗前后）、TCGA和GEO队列的批量RNA-seq数据，以及TCGA-ESCA和GSE53624队列用于验证 | NA | 单细胞RNA-seq、批量RNA-seq | NA | NA |
| 20 | 2026-07-02 |
TIMP1 as a context-dependent biomarker linking cancer progression and cardiovascular disorders: a multi-level and bioinformatics study
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1699962
PMID:41613136
|
研究论文 | 通过多层级生物信息学分析，揭示TIMP1作为连接癌症进展与心血管疾病的上下文依赖性生物标志物的作用 | 首次系统性地跨疾病分析TIMP1在多种癌症与心血管疾病中的表达模式、调控机制及功能差异，发现其作为连接肿瘤生物学与心血管疾病的潜在中介分子 | 主要基于公开数据库的生物信息学分析，细胞系实验仅用于靶向验证，缺乏体内动物模型和临床试验验证 | 探究TIMP1在癌症与心血管疾病中的系统性表达模式及其作为跨疾病生物标志物的潜力 | 结直肠癌、胃癌、动脉粥样硬化、心力衰竭等疾病的组织样本及细胞系 | 生物信息学 | 结直肠癌, 胃癌, 动脉粥样硬化, 心力衰竭 | 微阵列分析, RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 免疫组织化学, Western blotting, Transwell实验 | NA | 转录组数据, 单细胞数据, 基因表达数据, 临床数据 | 公共数据库多队列数据，包括TCGA/GTEx及GEO数据集（如GSE63032, GSE100927, GSE5406），具体样本量未明确 | Illumina | 微阵列, 单细胞RNA-seq | Illumina微阵列, 单细胞测序平台（未具体说明） | 基于公开数据集的分析，平台细节未完全提供 |