单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-07-16	Histopathologic Evaluation and Single-Cell Spatial Transcriptomics of the Colon Reveal Cellular and Molecular Abnormalities Linked to J-Pouch Failure in Patients with Inflammatory Bowel Disease 2025-Jan-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.27.635092 PMID:39974918	研究论文	本研究通过组织病理学评估和单细胞空间转录组学分析，揭示了与炎症性肠病患者J型储袋失败相关的细胞和分子异常	首次结合组织病理学特征和单细胞空间转录组学技术，系统研究了结肠切除术后储袋失败的预测因素和分子机制	研究为回顾性病例对照设计，样本量虽大但来自单一医疗中心	探究结肠切除术标本的组织病理学特征与储袋失败的关联，并揭示其分子机制	417例接受回肠储袋肛管吻合术(IPAA)的溃疡性结肠炎患者	数字病理学	炎症性肠病	单细胞空间转录组学	NA	组织病理学图像和转录组数据	417例患者（其中部分进行空间转录组分析）
2	2025-07-16	Single Cell Spatial Transcriptomics Reveals Immunotherapy-Driven Bone Marrow Niche Remodeling in AML 2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.24.634753 PMID:39975227	研究论文	本研究利用多组学方法研究了免疫治疗对急性髓系白血病患者骨髓微环境中白血病细胞与免疫细胞时空相互作用的影响	整合单细胞RNA测序数据与单细胞分辨率空间转录组数据，克服了测序深度限制，并采用深度学习特征进行图像分析	研究样本可能有限，且仅针对特定免疫治疗方案（pembrolizumab联合地西他滨）	探究免疫治疗对急性髓系白血病患者骨髓微环境的重塑作用	难治性或复发性急性髓系白血病患者的骨髓微环境	数字病理学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序、空间转录组学	深度学习模型	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	未明确提及具体样本数量（难治性或复发性急性髓系白血病患者）
3	2025-07-16	The chromatin remodeler ADNP regulates neurodevelopmental disorder risk genes and neocortical neurogenesis 2025-Jan-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2405981122 PMID:39808658	研究论文	本文研究了染色质重塑复合物ChAHP在神经发育障碍（NDDs）风险基因和新皮质神经发生中的作用	揭示了Adnp通过两步过程调控新皮质发育中上层神经元的产生，并识别了与NDDs相关的风险基因网络	研究主要基于小鼠模型，人类神经发育的适用性需要进一步验证	探索染色质重塑复合物ChAHP在神经发育障碍中的作用机制	小鼠新皮质发育过程中的神经发生和基因表达	神经科学	神经发育障碍	单细胞转录组学、cut&run-seq、组织学方法	条件性突变小鼠模型	基因表达数据、染色质结合数据	NA
4	2025-07-16	Exploration of M2 macrophage-related biomarkers and a candidate drug for glioblastoma using high-dimensional weighted gene co-expression network analysis 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1587258 PMID:40661076	研究论文	本研究通过高维加权基因共表达网络分析（hdWGCNA）探索了与M2巨噬细胞相关的基因生物标志物，并预测了胶质母细胞瘤（GBM）的候选药物	利用hdWGCNA方法筛选M2巨噬细胞相关基因，并预测候选药物，为GBM的机制理解和治疗提供新视角	研究依赖于公开数据库的数据，未进行实验验证	识别M2巨噬细胞相关基因生物标志物并预测GBM的候选药物	胶质母细胞瘤（GBM）中的M2巨噬细胞	生物信息学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、高维加权基因共表达网络分析（hdWGCNA）、分子对接	诊断模型	基因表达数据	来自GEO数据库的scRNA-seq数据（GSE162631）和表达数据（GSE4290）
5	2025-07-16	Silencing NEDD4L Effectively Inhibits the Malignant Behaviors of Hepatocellular Carcinoma 2025, Journal of hepatocellular carcinoma IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JHC.S511466 PMID:40661237	research paper	本研究探讨了NEDD4L在肝细胞癌(HCC)中的表达、生存影响及其调控机制，并通过体外功能实验验证了NEDD4L对HCC恶性生物学行为的影响	首次系统性地研究了NEDD4L在HCC中的功能及其作为独立预后标志物的潜力，并揭示了其通过泛素化调控细胞周期和DNA损伤修复的新机制	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探究NEDD4L在HCC发生发展中的作用及其作为治疗靶点的潜力	肝细胞癌(HCC)	肿瘤生物学	肝细胞癌	RNA-seq, 微阵列分析, 单细胞测序, Edu, CCK-8, Transwell, 伤口愈合实验	NA	基因表达数据, 单细胞测序数据	多个数据库的HCC患者数据
6	2025-07-16	Single-cell RNA-sequencing highlights a curtailed NK cell function in convalescent COVID-19 pregnant women 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1560391 PMID:40661959	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术，揭示了COVID-19康复孕妇中NK细胞功能的持续减弱	首次发现SARS-CoV-2感染会重编程康复孕妇中NK细胞、单核细胞、T细胞和B细胞的基因表达谱，并持续影响其免疫功能	研究样本量有限，且仅针对孕妇群体，结果可能无法推广到其他人群	探究SARS-CoV-2感染如何改变孕妇在感染期间和康复后的免疫景观	COVID-19康复孕妇和健康孕妇的免疫细胞	免疫学	COVID-19	scRNA-seq, 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据, 流式细胞数据	两个独立地理队列的孕妇样本
7	2025-07-16	Development of a Starvation Response-Based Model and Its Application in Prognostic Assessment of Liver Hepatocellular Carcinoma 2025, Mediators of inflammation IF:4.4Q2 DOI:10.1155/mi/8828435 PMID:40662145	研究论文	基于饥饿反应相关基因构建风险模型，用于肝细胞癌的预后评估	首次构建基于饥饿反应相关基因的风险模型，用于预测肝细胞癌的预后	研究依赖于公共数据库的数据，未进行独立队列验证	开发肝细胞癌的预后评估模型	肝细胞癌患者	数字病理	肝细胞癌	scRNA-seq, WGCNA, ssGSEA, MCP-Counter, ESTIMATE, TIMER	RiskScore模型	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	公共数据库中的肝细胞癌患者数据
8	2025-07-15	Inhibition of Aspartate β-Hydroxylase Enhances Anti-Tumor Immunity 2025, ImmunoTargets and therapy IF:6.2Q1 DOI:10.2147/ITT.S530987 PMID:40655119	研究论文	本研究探讨了抑制天冬氨酸β-羟化酶（ASPH）对增强抗肿瘤免疫的影响，并分析了相关免疫细胞的作用	首次揭示了ASPH抑制与DNA疫苗接种联合治疗可显著增强CD8+ T细胞的抗肿瘤免疫反应，并激活多种免疫细胞	研究仅在小鼠TC-1/A9模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	研究ASPH抑制对抗肿瘤免疫的诱导作用及其机制	小鼠TC-1/A9肿瘤模型及相关的免疫细胞	肿瘤免疫学	肿瘤	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、ELISPOT检测	小鼠肿瘤模型	实验数据	未明确说明样本数量，但涉及小鼠模型和多种免疫细胞分析
9	2025-07-15	The role of ATF3 in precision medicine of brain arteriovenous malformation: based on endothelial cell proliferation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1567970 PMID:40655140	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多组学分析，阐明了ATF3在脑动静脉畸形内皮细胞增殖中的关键作用	揭示了ATF3在BAVM发病机制中的关键作用，并验证了其通过影响内皮细胞增殖促进BAVM进展的可能性	NA	探索脑动静脉畸形的发病机制并开发新的治疗策略	脑动静脉畸形(BAVM)内皮细胞	精准医学	脑动静脉畸形	scRNA-seq, 多组学分析, 细胞实验(转染、CCK-8、RT-qPCR等)	NA	单细胞RNA测序数据	NA
10	2025-07-15	Using pseudotime derivative on single-cell RNA sequencing data to identify genes undergoing cell cycle regulation 2025, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbaf123 PMID:40655197	研究论文	本文开发了一种利用单细胞RNA测序数据中的伪时间导数来识别细胞周期调控基因的稳健方法	通过伪时间方法和基因表达速度计算，无需化学修饰或特定细胞周期阶段选择即可研究细胞周期	方法主要应用于细胞系实验，可能不适用于所有细胞类型	开发一种基于单细胞RNA测序研究细胞周期调控基因的新方法	细胞周期调控基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	伪时间方法	基因表达数据	NA
11	2025-07-15	Single-cell analysis reveals the spatiotemporal effects of long-term electromagnetic field exposure on the liver 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1579121 PMID:40655943	研究论文	本研究通过单细胞分析揭示了长期电磁场暴露对肝脏的时空影响	首次利用单细胞RNA测序和时空分辨分析技术，系统评估了长期电磁场暴露对肝脏不同细胞类型的影响	研究仅在小鼠模型中进行，结果可能无法完全反映人类情况	系统评估长期电磁场暴露对肝脏的影响	小鼠肝脏细胞	生物医学研究	肝脏疾病	单细胞RNA测序、脂质组学分析、组织学分析	NA	转录组数据、脂质组数据、组织学数据	长期暴露于2.45 GHz电磁场的小鼠
12	2025-07-15	Multi-Omics Analysis Reveals the transforming growth factor-β Signaling-Driven Multicellular Interactions with Prognostic Relevance in Cervical Cancer Progression 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.114505 PMID:40657372	研究论文	通过多组学分析揭示了TGF-β信号驱动的多细胞相互作用在宫颈癌进展中的预后相关性	首次在单细胞分辨率上系统描绘了宫颈癌进展中肿瘤微环境的时空演变，发现了一个新的转移相关上皮亚群（Epi0_AGR2）及其与中性粒细胞和癌症相关成纤维细胞（CAFs）的协同作用	样本量相对较小（scRNA-seq n=11），且主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证	阐明宫颈癌进展中肿瘤微环境异质性的动态变化及其预后意义	宫颈癌患者的肿瘤微环境	数字病理学	宫颈癌	scRNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq, mIHC	计算模型	单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 批量转录组数据	scRNA-seq（n=11：局部3例，区域4例，转移4例），TCGA-CESC队列（n=304）
13	2025-07-15	Integration of Multi-Scale Profiling and Machine Learning Reveals the Prognostic Role of Extracellular Matrix-Related Cancer-Associated Fibroblasts in Lung Adenocarcinoma 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.113580 PMID:40657391	研究论文	本研究通过整合多尺度分析和机器学习，揭示了细胞外基质相关癌症相关成纤维细胞（eCAFs）在肺腺癌（LUAD）中的预后作用	首次将eCAFs与SPP1+巨噬细胞的相互作用机制与LUAD的进展和预后联系起来，并开发了一个基于28个eCAFs相关基因的预后模型	需要进一步的实验验证	探索eCAFs及其与SPP1+巨噬细胞的相互作用在LUAD进展和预后中的作用	肺腺癌（LUAD）患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序，机器学习	机器学习算法	转录组数据	15个LUAD肿瘤样本，整合了TCGA、GSE31210、GSE72094等多队列数据
14	2025-07-13	Rational therapeutic targeting of myeloid cells in glioblastoma: challenges and perspectives 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1472710 PMID:40642066	review	本文综述了胶质母细胞瘤（GB）中髓系细胞的异质性和可塑性，并讨论了靶向治疗GB相关巨噬细胞（GAMs）的前景与挑战	通过多组学、单细胞转录组学和多模态空间分析揭示了GB中髓系细胞的多样性及其在肿瘤微环境（TME）中的作用	综述性文章未涉及具体实验数据，主要基于现有研究的总结和讨论	探讨GB中髓系细胞的异质性及其在治疗中的潜在靶点	胶质母细胞瘤（GB）及其肿瘤微环境中的髓系细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	多组学、单细胞转录组学、多模态空间分析	NA	NA	NA
15	2025-07-13	Integrated analysis of single-cell RNA-seq and spatial transcriptomics to identify the lactylation-related protein TUBB2A as a potential biomarker for glioblastoma in cancer cells by machine learning 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1601533 PMID:40642071	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，结合机器学习方法，鉴定出与乳酰化相关的蛋白质TUBB2A作为胶质母细胞瘤的潜在生物标志物	创新性地展示了胶质母细胞瘤中乳酰化水平的显著升高，并验证了其作为独立预后因素的价值，同时建立了与乳酰化相关的预后基因模型	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分相对有限	探究乳酰化在胶质母细胞瘤中的作用及其作为生物标志物的潜力	胶质母细胞瘤细胞和组织	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、机器学习	AUCell、UCell、IQR方法	RNA-seq数据、空间转录组数据	人类胶质母细胞瘤样本
16	2025-07-13	Enhancing fibroblast-epithelial cell communications: Serpine2 as a key molecule in Fusobacterium nucleatum-promoted colon cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1563922 PMID:40642075	研究论文	本研究通过整合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq（scRNA-seq）技术，揭示了Fusobacterium nucleatum（Fn）通过增强成纤维细胞-上皮细胞间通讯促进结肠癌进展的分子机制，并鉴定出Serpine2作为关键分子	首次整合bulk RNA-seq和scRNA-seq技术系统解析Fn促结肠癌机制，发现Serpine2作为Fn介导的癌症转移新标志物	未阐明Serpine2下游具体作用通路，动物模型验证不足	揭示Fn促进结肠癌进展的分子机制	结肠癌组织样本、Fn细菌、成纤维细胞和上皮细胞	肿瘤微环境研究	结肠癌	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 机器学习算法	三种机器学习算法（未指定具体模型）	RNA测序数据、临床组织样本数据	临床组织样本及外部数据集（未提具体数量），体外共培养实验
17	2025-07-13	Amplification of select autonomous HERV loci and surrounding host gene transcription in monocytes from patients with post-acute sequelae of COVID-19 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1621657 PMID:40642078	研究论文	研究COVID-19后急性后遗症患者单核细胞中选择性自主HERV位点及其周围宿主基因转录的扩增	开发了基于窗口的HERV比对方法（WHA），并首次在PASC患者单核细胞中鉴定出共扩增的HERV位点和邻近宿主基因转录本	样本量较小（12名PASC患者），且仅分析了单核细胞中的HERV表达模式	探索COVID-19后急性后遗症（PASC）患者单核细胞中HERV的激活模式及其与宿主基因转录的关系	COVID-19后急性后遗症患者、流感患者、登革热患者和败血症患者的单核细胞	基因组学	COVID-19后急性后遗症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基于窗口的HERV比对方法（WHA）	NA	RNA测序数据	31名正常个体、12名PASC患者及多项研究中COVID-19、流感、登革热和败血症患者的数据
18	2025-07-13	Multi-omics analysis reveals the role of ribosome biogenesis in malignant clear cell renal cell carcinoma and the development of a machine learning-based prognostic model 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1602898 PMID:40642093	研究论文	通过多组学分析揭示了核糖体生物发生在恶性透明细胞肾细胞癌中的作用，并开发了一种基于机器学习的预后模型	首次整合了bulk RNA测序、单细胞RNA测序和空间转录组测序数据，揭示了核糖体生物发生在ccRCC中的关键作用，并开发了一个基于118种机器学习算法组合的预后模型	研究结果需要在更大规模的独立队列中进行验证，且模型的实际临床应用效果有待进一步评估	阐明核糖体生物发生在ccRCC发病机制和预后中的作用，并开发预后模型	透明细胞肾细胞癌(ccRCC)	数字病理学	肾癌	bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组测序, qRT-PCR	机器学习	RNA测序数据	内部和外部验证队列(具体数量未明确说明)
19	2025-07-12	Conserved patterns of transcriptional dysregulation, heterogeneity, and cell states in clear cell kidney cancer 2025-01-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115169 PMID:39792555	研究论文	通过单细胞转录组学分析透明细胞肾癌中的转录失调模式和细胞状态	识别了肿瘤和血管系统中保守的转录失调模式及其上游调控因子，揭示了与转移潜力相关的Chr14q缺失的亚克隆转录后果，以及预后显著的肿瘤内转录异质性模式	样本量相对较小（75个多区域活检），且仅针对透明细胞肾癌	理解透明细胞肾癌中转录程序的保守模式和细胞状态，以推动新的癌症治疗方法	透明细胞肾癌肿瘤组织和正常肾脏组织的多区域活检样本	数字病理学	肾癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	75个多区域活检样本（来自肾肿瘤和正常肾脏）
20	2025-07-12	Targeting mitophagy in diabetic retinopathy: novel insights into SQSTM1/BNIP3L pathway regulated by luteolin 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1593213 PMID:40635752	研究论文	本研究探讨了木犀草素通过SQSTM1/BNIP3L通路激活线粒体自噬在糖尿病视网膜病变中的治疗潜力	揭示了木犀草素通过SQSTM1/BNIP3L通路激活线粒体自噬的新机制，并建立了单核细胞活性与DR进展之间的新联系	木犀草素的具体分子机制尚未完全阐明	探索木犀草素对糖尿病视网膜病变的治疗作用及其分子机制	糖尿病视网膜病变患者的外周血单核细胞和视网膜组织	医学研究	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、分子对接模拟、DCFDA测定、H&E和PAS染色、ELISA、免疫荧光、免疫组化、Western blotting	NA	单细胞RNA测序数据、蛋白质表达数据	糖尿病视网膜病变患者的外周血单核细胞和视网膜组织样本