单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-04-02	Combining machine learning and single-cell sequencing to identify key immune genes in sepsis 2025-01-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85799-1 PMID:39789158	research paper	本研究通过结合机器学习和单细胞测序技术，识别脓毒症中的关键免疫基因	结合多种机器学习算法和单细胞测序数据，识别并验证了脓毒症中的关键免疫基因	样本量较小（脓毒症患者23例，健康对照10例），可能影响结果的普遍性	识别脓毒症的新型生物标志物	脓毒症患者和健康对照的外周血样本	machine learning	sepsis	RNA-seq, qPCR, single-cell sequencing	Random Forest, LASSO regression, SVM, XGBoost, Logistic regression, AdaBoost, KNN	RNA sequencing data	脓毒症患者23例，健康对照10例
2	2025-04-02	Integrative bioinformatics and immunohistochemical analysis unravel the prognostic significance and immunological implication of LIMCH1 in breast cancer: a retrospective study 2025-01-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85255-0 PMID:39789044	research paper	通过整合生物信息学和免疫组化分析，揭示LIMCH1在乳腺癌中的预后意义和免疫学影响	首次将生物信息学分析与临床免疫组化数据结合，研究LIMCH1在乳腺癌中的预后价值和免疫微环境影响	回顾性研究设计可能引入选择偏倚，需要前瞻性研究验证	探索LIMCH1作为乳腺癌预后标志物和治疗靶点的潜力	乳腺癌患者	digital pathology	breast cancer	bioinformatics analysis, immunohistochemistry (IHC), single-cell RNA sequencing (scRNA-seq)	nomogram	genomic data, clinical data, image data	TCGA队列和临床IHC队列数据
3	2025-04-02	Genetic associations of plasma metabolites with immune cells in hyperthyroidism revealed by Mendelian randomization and GWAS-sc-eQTLs xQTLbiolinks analysis 2025-01-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85664-1 PMID:39779799	research paper	该研究利用孟德尔随机化（MR）和GWAS-sc-eQTLs xQTLbiolinks分析，探讨了血浆代谢物与免疫细胞在甲状腺功能亢进症（HD）中的遗传关联	首次揭示了特定免疫细胞表型（如CD25在幼稚成熟B细胞和CD8+NKT细胞上）与HD之间的因果关系，并发现硫酸百里香酚作为潜在代谢介质	研究结果依赖于GWAS数据的可用性和质量，且样本主要来自欧洲人群，可能限制结果的普适性	探究免疫细胞表型、HD及血浆代谢物之间的因果关系和潜在机制	免疫细胞表型、HD患者及血浆代谢物	遗传学与免疫学	甲状腺功能亢进症	孟德尔随机化（MR）、GWAS、sc-eQTL分析	MR-Egger、MR-PRESSO、多变量MR	基因组数据、代谢组数据	免疫细胞表型GWAS数据（n=18,622）、HD数据（3,731病例，480,867对照）、血浆代谢物数据（n=115,078）
4	2025-04-02	Inonotus obliquus (chaga) ameliorates folic acid-induced renal fibrosis in mice: the crosstalk analysis among PT cells, macrophages and T cells based on single-cell sequencing 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1556739 PMID:40160460	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了桦褐孔菌（Chaga）对叶酸诱导的小鼠肾纤维化的治疗作用及其细胞和分子机制	首次应用单细胞RNA测序技术研究Chaga在肾纤维化治疗中的作用，揭示了其通过调节巨噬细胞和T细胞反应减轻纤维化的潜在机制	需要进一步的实验验证以确立其临床应用	探讨桦褐孔菌对肾纤维化的治疗作用及其机制	叶酸诱导的肾纤维化小鼠模型	生物医学	肾脏疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学、UPLC-MS、组织学评估	小鼠模型	基因表达数据、组织学图像	82,496个肾脏细胞
5	2025-04-02	A research protocol for a prospective, multicenter, cohort study on interferon therapy for chronic hepatitis B combined with metabolism-associated fatty liver disease to achieve clinical cure 2025, Frontiers in public health IF:3.0Q2 DOI:10.3389/fpubh.2025.1546182 PMID:40161022	研究论文	一项前瞻性、多中心队列研究，探讨聚乙二醇干扰素治疗慢性乙型肝炎合并代谢相关脂肪性肝病以实现临床治愈的效果	填补了慢性乙型肝炎合并代谢相关脂肪性肝病患者治疗策略的空白，并通过单细胞转录组测序技术探索HBsAg清除的免疫学机制	干扰素治疗常伴随副作用，可能降低患者依从性，影响长期随访和结果监测；代谢相关脂肪性肝病患者的异质性可能对干扰素治疗效果产生不同影响	评估聚乙二醇干扰素治疗慢性乙型肝炎合并代谢相关脂肪性肝病的疗效和安全性，并阐明代谢相关脂肪性肝病对HBsAg清除的影响	以核苷酸类似物治疗为主、HBsAg<1,500 IU/mL、HBeAg阴性、HBV DNA<10 IU/mL的慢性乙型肝炎患者及合并代谢相关脂肪性肝病的患者	临床医学	慢性乙型肝炎, 代谢相关脂肪性肝病	单细胞转录组测序技术	NA	临床数据	在北京和河北的四个医疗中心招募患者
6	2025-04-02	A novel lactylation-related gene signature to predict prognosis and treatment response in lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1549724 PMID:40161374	研究论文	本研究通过构建乳酸化相关基因特征模型，预测肺腺癌患者的预后和治疗反应	首次在肺腺癌中研究乳酸化相关基因特征及其与免疫细胞浸润的关系	研究主要基于TCGA和GEO数据库的回顾性数据，需要进一步实验验证	探索乳酸化相关基因特征在肺腺癌预后和治疗反应中的作用	肺腺癌患者和细胞系	数字病理学	肺癌	RNA测序、单细胞测序、CCK8实验、transwell实验	LASSO回归模型、列线图	基因表达数据	TCGA和GEO数据库中的肺腺癌患者样本
7	2025-04-02	Early Detection of Malignant Cells in Gastric Lavage via Hexokinase 2 and Single-Cell Sequencing for Gastric Cancer Diagnosis 2025, Risk management and healthcare policy IF:2.7Q2 DOI:10.2147/RMHP.S510123 PMID:40161902	研究论文	本研究提出了一种通过检测胃灌洗液中脱落的肿瘤细胞来早期诊断胃癌的新方法	利用HK2代谢标记物和单细胞测序技术识别胃灌洗液中高糖酵解活性的肿瘤细胞，为胃癌早期诊断提供了新方法	样本量较小（仅60例），且对严重不典型增生的敏感性仅为57%	开发一种非侵入性的胃癌早期诊断方法	胃灌洗液中的脱落肿瘤细胞	数字病理学	胃癌	单细胞测序（SCS），全基因组拷贝数变异分析	NA	单细胞基因组数据	60例（10例胃癌患者，26例癌前病变患者，15例良性胃病患者，9例健康对照）
8	2025-04-02	Analysis and Validation of Mitophagy-Related Genes in Diabetic Foot Ulcers 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S504001 PMID:40162084	research paper	该研究旨在识别与糖尿病足溃疡(DFU)发病和进展相关的线粒体自噬枢纽基因，并分析其免疫细胞浸润特征和单细胞表达谱	首次鉴定出ANO6和ALDH2两个线粒体自噬相关枢纽基因在DFU中的显著下调，并揭示了其与免疫细胞浸润的关联	需要更大样本量的研究以及更深入的炎症机制探索才能将这些发现转化为治疗策略	探索线粒体自噬相关基因在糖尿病足溃疡发病机制中的作用	糖尿病足溃疡患者的皮肤组织	生物信息学	糖尿病足溃疡	GSEA, CIBERSORT, scRNA-seq, RT-PCR, WB	机器学习算法	基因表达数据	来自GSE80178和GSE68183数据集的DFU样本
9	2025-04-02	CENPF as a Potential Biomarker Associated with the Immune Microenvironment of Renal Cancer 2025 Jan-Dec, Technology in cancer research & treatment IF:2.7Q3 DOI:10.1177/15330338251330791 PMID:40165474	研究论文	本研究探讨了CENPF作为肾癌潜在预后生物标志物的作用及其与肿瘤免疫微环境的关系	首次将CENPF与肾癌的免疫微环境联系起来，并验证其作为预后生物标志物的潜力	研究主要基于TCGA数据库的回顾性分析，需要进一步的前瞻性研究验证	探索肾癌的新型预后生物标志物及其与肿瘤免疫微环境的相互作用	肾癌患者（特别是肾透明细胞癌KIRC患者）的肿瘤组织和血浆样本	数字病理学	肾癌	qPCR、单细胞测序、CIBERSORT算法	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	TCGA数据库中的KICH、KIRP和KIRC样本，以及GSE159115数据集中的单细胞测序数据
10	2025-04-02	scCCTR: An iterative selection-based semi-supervised clustering model for single-cell RNA-seq data 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.03.018 PMID:40165824	研究论文	提出了一种名为scCCTR的新型半监督聚类算法，用于单细胞RNA测序数据的细胞聚类	通过迭代选择高置信度细胞和标签来指导深度学习模型，结合Transformer神经网络的多头注意力机制提高聚类精度	未明确提及具体局限性	提高单细胞RNA测序数据聚类的准确性和有效性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Transformer	基因表达数据	未明确提及具体样本量
11	2025-04-02	Inflammation and cancer: molecular mechanisms and clinical consequences 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1564572 PMID:40165901	综述	本文综述了炎症与癌症之间的分子机制及其临床后果，重点关注癌症相关炎症对肿瘤进展和治疗反应的影响	结合单细胞RNA测序和空间分子成像分析等先进技术，阐明了慢性炎症与癌症之间的联系通路	主要关注胃肠道癌症中的慢性炎症与癌症联系机制，可能不全面覆盖所有癌症类型	探讨炎症与癌症之间的分子机制及其临床影响	癌症相关炎症及其对肿瘤微环境的影响	肿瘤生物学	癌症	单细胞RNA测序, 空间分子成像分析	NA	分子数据, 细胞数据	NA
12	2025-04-02	T-cell receptors identified by a personalized antigen-agnostic screening approach target shared neoantigen KRAS Q61H 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1509855 PMID:40165973	研究论文	本文介绍了一种个性化抗原无关筛选方法，用于识别靶向共享新抗原KRAS Q61H的T细胞受体	提出了一种直接抗原无关识别肿瘤特异性T细胞克隆型的方法，并通过TCR-T细胞验证其反应性	样本量较小（7名NSCLC患者），且仅在部分患者中验证了TCR-T细胞的反应性	开发一种不依赖已知抗原的TCR筛选方法，以推进实体瘤的过继细胞治疗	非小细胞肺癌（NSCLC）患者的肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）和邻近组织驻留淋巴细胞	肿瘤免疫治疗	非小细胞肺癌	scRNA-Seq, TCRβ-chain repertoire分析, TCR-T细胞工程	NA	基因表达数据, TCR序列数据	7名NSCLC患者的手术标本
13	2025-04-02	Identification of immune characteristic biomarkers and therapeutic targets in cuproptosis for rheumatoid arthritis by integrated bioinformatics analysis and single-cell RNA sequencing analysis 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1520400 PMID:40166070	研究论文	本研究通过整合生物信息学分析和单细胞RNA测序分析，识别了类风湿关节炎中与铜死亡相关的免疫特征生物标志物和治疗靶点	首次揭示了铜死亡相关基因在类风湿关节炎中的表达变化及其与免疫浸润的关联，并提出了潜在的治疗药物	铜死亡相关基因在类风湿关节炎中的具体机制仍需进一步实验验证	阐明铜死亡相关基因与类风湿关节炎的潜在关联，寻找新的生物标志物和治疗靶点	类风湿关节炎患者和对照组的铜死亡相关基因	生物信息学	类风湿关节炎	单细胞RNA测序, 生物信息学分析	NA	RNA测序数据	NA
14	2025-04-02	A dynamic peripheral immune landscape during human pregnancy 2025-Jan, Fundamental research IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.fmre.2022.06.011 PMID:40166108	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了孕妇在不同妊娠阶段外周血单个核细胞的动态转录变化，揭示了母体免疫系统的适应性变化	首次从免疫角度提出了妊娠具有促衰老效应的新观点，并发现这种效应可能在产后恢复	研究仅关注外周血单个核细胞，未涉及其他免疫组织或细胞类型	阐明妊娠期间母体免疫系统的动态变化及其与疾病风险的关系	孕妇外周血单个核细胞	免疫学	妊娠相关疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	不同妊娠阶段的孕妇外周血样本
15	2025-04-01	UDA-seq: universal droplet microfluidics-based combinatorial indexing for massive-scale multimodal single-cell sequencing 2025-Jan-20, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02586-y PMID:39833568	research paper	介绍了一种名为UDA-seq的通用工作流程，用于大规模多模态单细胞测序	UDA-seq通过整合后索引步骤提高了通量，并系统性地适应了现有的基于液滴的单细胞多模态方法	需要进一步验证其在更广泛的组织和细胞类型中的适用性	开发一种通用的单细胞多模态测序方法，以提高通量和自动化潜力	各种组织和细胞类型，包括临床活检标本	digital pathology	cancer	droplet microfluidics, single-cell combinatorial indexing sequencing	NA	single-cell multimodal data	超过100,000个高质量单细胞数据集，来自36个冷冻临床活检标本
16	2025-04-01	Single-Cell RNA sequencing reveals mitochondrial dysfunction in microtia chondrocytes 2025-01-06, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85169-x PMID:39762337	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了小耳症软骨细胞中的线粒体功能障碍	首次在小耳症软骨细胞中发现线粒体功能障碍，并识别出与线粒体功能相关的关键基因	研究样本仅限于单侧非综合征性小耳症患者，结果可能不适用于其他类型的小耳症	探究小耳症软骨细胞中线粒体功能障碍的机制	小耳症患者和健康对照者的软骨细胞	数字病理学	小耳症	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	小耳症患者和健康对照者的软骨样本
17	2025-04-01	Spatial transcriptomics unveils estrogen-modulated immune responses and structural alterations in the ectocervical mucosa of depot medroxyprogesterone acetate users 2025-01-06, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-83775-9 PMID:39762272	研究论文	本研究利用高分辨率空间转录组学技术，揭示了使用长效醋酸甲羟孕酮（DMPA）避孕药后，宫颈黏膜中雌激素调节的免疫反应和结构变化	首次应用空间转录组学技术揭示DMPA使用者的宫颈黏膜分子标记的空间定位及其与雌激素调控的关联	研究样本来自肯尼亚性工作者，可能限制了结果的普遍性	探究DMPA对宫颈黏膜屏障功能的影响及其分子机制	使用DMPA或非激素避孕药的肯尼亚性工作者的宫颈组织样本	数字病理学	妇科疾病	空间转录组学、基因集富集分析、免疫组化	无监督聚类	基因表达数据、免疫组化图像	来自肯尼亚性工作者的宫颈组织样本（具体数量未明确提及）
18	2025-04-01	Integrated analysis and single-cell sequencing of mitochondrial metabolism related gene molecular subtype and diagnostic model in ulcerative colitis 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0320010 PMID:40153427	研究论文	通过公共数据库数据和单细胞测序技术，研究线粒体代谢相关基因在溃疡性结肠炎中的分子亚型和诊断模型	首次结合机器学习和单细胞测序技术，系统分析线粒体代谢相关基因在溃疡性结肠炎中的作用及其分子亚型	研究依赖于公共数据库数据，可能受限于数据的质量和样本量	探索溃疡性结肠炎的发病机制和潜在生物标志物	溃疡性结肠炎患者	生物信息学	溃疡性结肠炎	单细胞测序、qRT-PCR、western blot	机器学习模型	基因表达数据	NA
19	2025-03-30	A single-cell atlas of normal and KRASG12D-malformed lymphatic vessels 2025-Jan-28, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.185181 PMID:39874106	research paper	该研究通过单细胞RNA测序构建了正常和KRASG12D畸变的淋巴管图谱，揭示了KRAS突变对淋巴管成熟的损害机制	首次构建了正常和KRASG12D畸变淋巴管的单细胞图谱，并发现KRAS突变会损害淋巴管成熟	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	阐明KRAS介导的复杂淋巴管异常(CLAs)的具体机制	野生型小鼠和KrasG12D小鼠的肺淋巴管内皮细胞(LECs)	单细胞测序	复杂淋巴管异常	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	成年野生型小鼠和KrasG12D小鼠的肺淋巴管内皮细胞，整合了4个发育阶段的数据
20	2025-03-30	Orchestrated response from heterogenous fibroblast subsets contributes to repair from surgery-induced stress after airway reconstruction 2025-Jan-21, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.186263 PMID:39836476	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了气道重建手术后的成纤维细胞亚群及其在手术诱导应激反应中的作用	首次鉴定了5种成纤维细胞亚群，并揭示了它们在气道重建中的不同功能和空间分布	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探究气道重建手术后成纤维细胞在伤口愈合和纤维化过程中的作用机制	小鼠气道组织中的成纤维细胞亚群	单细胞转录组学	气道疾病	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	NA	基因表达数据	NA