本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2025-10-06 |
Spatially resolved single-cell atlas unveils a distinct cellular signature of fatal lung COVID-19 in a Malawian population
2024-Dec, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-024-03354-3
PMID:39567718
|
研究论文 | 通过空间分辨单细胞图谱揭示马拉维人群中致命性肺部COVID-19的独特细胞特征 | 首次在非洲人群中建立致命性COVID-19的空间分辨单细胞图谱,揭示了与欧美亚洲人群不同的干扰素γ驱动的肺驻留巨噬细胞反应机制 | 样本量较小(COVID-19组n=9,对照组n=7),仅限马拉维单一地区人群 | 研究非洲人群中COVID-19肺部疾病的细胞机制和病理生物学特征 | 马拉维成年人的肺组织、血液和鼻腔细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞转录组测序,高维成像,组织学分析 | NA | 单细胞转录组数据,组织图像数据 | 16例马拉维成年人(9例COVID-19,7例对照) | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 142 | 2025-10-06 |
Disrupting CENP-N mediated SEPT9 methylation as a strategy to inhibit aerobic glycolysis and liver metastasis in colorectal cancer
2024-Dec, Clinical & experimental metastasis
IF:4.2Q2
DOI:10.1007/s10585-024-10316-z
PMID:39424682
|
研究论文 | 本研究揭示了CENP-N通过介导SEPT9甲基化促进结直肠癌有氧糖酵解和肝转移的新机制 | 首次发现CENP-N与SEPT9直接相互作用并增强其特定赖氨酸残基的甲基化,从而驱动代谢重编程和转移的新通路 | NA | 探索CENP-N介导SEPT9甲基化在结直肠癌有氧糖酵解和肝转移中的作用机制 | 结直肠癌细胞系及动物模型 | 癌症生物学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,甲基化特异性PCR,染色质免疫沉淀,功能分析实验 | NA | 基因表达数据,甲基化数据,功能实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 143 | 2025-10-06 |
Magnetic soft microrobots for erectile dysfunction therapy
2024-Dec-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2407809121
PMID:39556757
|
研究论文 | 开发了一种用于治疗勃起功能障碍的磁性软微机器人,可提高间充质基质细胞的保留率和存活率 | 设计了包含磁性纳米粒子链的超软水凝胶微球,具有活性氧清除功能,能够适应狭窄血管形状 | NA | 提高勃起功能障碍治疗的细胞治疗效果 | 大鼠和比格犬勃起功能障碍模型 | 生物医学工程 | 勃起功能障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 144 | 2025-10-06 |
Detecting global and local hierarchical structures in cell-cell communication using CrossChat
2024-12-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54821-x
PMID:39627184
|
研究论文 | 开发CrossChat计算框架用于检测细胞间通讯的全局和局部层次结构 | 提出首个能够同时推断细胞间通讯全局和局部层次结构的计算方法,突破了现有方法仅能在预定义细胞群间分析通讯的局限 | 方法验证仅限于文中提到的四个数据集,需要更多数据验证通用性 | 开发计算框架以揭示细胞间通讯的层次结构 | 细胞间通讯系统 | 生物信息学 | COVID-19, 皮肤发育 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 多分辨率聚类, 树检测方法 | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | 两个非空间scRNA-seq数据集(COVID-19患者和小鼠胚胎皮肤), 两个空间转录组数据集(小鼠胚胎和小鼠创伤皮肤) | 10x Genomics, BGI | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 10x Visium, Stereo-seq | 10x Visium空间转录组技术, BGI Stereo-seq空间转录组技术 |
| 145 | 2025-10-06 |
Endothelial Pim3 kinase protects the vascular barrier during lung metastasis
2024-12-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54445-1
PMID:39627185
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现肺内皮细胞在黑色素瘤转移过程中的转录重编程,揭示了Pim3激酶在保护血管屏障功能中的关键作用 | 首次发现反应性毛细血管内皮细胞簇(rCap)及其标志物Pim3激酶在肺转移微环境中保护血管屏障功能的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据验证有限;观察时间点较早(6小时),长期效应尚不明确 | 探究肺转移微环境中内皮细胞的分子调控机制及其在癌症转移中的作用 | 小鼠肺内皮细胞和黑色素瘤细胞 | 单细胞生物学 | 肺癌转移 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠肺组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 146 | 2025-10-06 |
Parallel labeled-line organization of sympathetic outflow for selective organ regulation in mice
2024-12-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54928-1
PMID:39658565
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和病毒遗传工具揭示了小鼠脊髓交感节前神经元的分子亚型及其对器官的选择性调控机制 | 首次在分子水平鉴定出脊髓交感节前神经元的两个亚型,并证明其通过平行标记线组织实现器官选择性调控 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在其它物种中验证 | 阐明交感神经系统输出特异性的神经环路组织机制 | 小鼠脊髓交感节前神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组测序,病毒遗传工具,化学遗传学操作 | NA | 基因表达数据,神经解剖数据,生理功能数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 147 | 2025-10-06 |
CDK9 recruits HUWE1 to degrade RARα and offers therapeutic opportunities for cutaneous T-cell lymphoma
2024-12-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54354-3
PMID:39632829
|
研究论文 | 本研究通过筛选小分子抑制剂库发现CDK9是皮肤T细胞淋巴瘤生长的关键驱动因子,并揭示了CDK9通过招募E3连接酶HUWE1降解RARα的机制 | 首次发现CDK9通过招募HUWE1降解RARα促进CTCL生长,并开发了CDK9-PROTAC与ATRA联合治疗的协同抗肿瘤策略 | 研究主要基于体外实验和小鼠模型,尚未进行临床试验验证 | 探索皮肤T细胞淋巴瘤的靶向治疗新策略 | 皮肤T细胞淋巴瘤细胞和小鼠模型 | 肿瘤生物学 | 皮肤T细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序,PROTAC技术,小分子抑制剂筛选 | NA | 基因表达数据,细胞增殖数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 148 | 2025-10-06 |
Parallel measurement of transcriptomes and proteomes from same single cells using nanodroplet splitting
2024-12-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54099-z
PMID:39638780
|
研究论文 | 开发了一种名为nanoSPLITS的单细胞多组学平台,能够从同一单细胞并行测量转录组和蛋白质组 | 首次实现了从同一单细胞进行全局转录组和蛋白质组的并行测量,通过纳米液滴分裂技术整合RNA测序和质谱蛋白质组学 | NA | 开发单细胞多组学技术以更全面理解基因调控网络和细胞多样性 | 细胞周期蛋白依赖性激酶1抑制细胞和人类胰岛原代细胞 | 单细胞多组学 | NA | 单细胞RNA测序, 质谱蛋白质组学 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | nanoSPLITS | 纳米液滴分裂技术,整合RNA测序和质谱蛋白质组学的单细胞多组学平台 |
| 149 | 2025-10-06 |
Synaptic connectome of the Drosophila circadian clock
2024-12-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54694-0
PMID:39638801
|
研究论文 | 本研究通过果蝇脑连接组数据构建了首个完整的动物昼夜节律时钟突触连接图谱 | 发现了额外的背侧时钟神经元,将果蝇昼夜节律网络神经元数量从150个修正为约240个;揭示了广泛的网络内对侧突触连接和新型间接光输入通路;整合单细胞转录组和受体定位解析了神经肽信号传导机制 | NA | 解析昼夜节律时钟如何协调多种节律性生理过程和行为 | 果蝇昼夜节律时钟神经元网络 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组测序, 受体定位, 连接组学分析 | NA | 连接组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间连接组学 | FlyWire脑连接组 | 果蝇全脑连接组数据集 |
| 150 | 2025-10-06 |
NiCo identifies extrinsic drivers of cell state modulation by niche covariation analysis
2024-12-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54973-w
PMID:39639035
|
研究论文 | 提出NiCo计算框架,通过整合单细胞空间转录组和单细胞RNA测序数据来推断空间生态位对细胞状态的影响 | 开发了能够捕获同一生态位内不同细胞类型间相互作用驱动的细胞状态变化的计算方法 | 方法依赖于单细胞分辨率空间转录组数据的可用性 | 理解细胞状态在组织发育、稳态和疾病中的调控机制 | 小鼠胚胎发生、成年小肠和肝脏组织 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 计算框架 | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 多个小鼠组织样本(胚胎、小肠、肝脏) | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 151 | 2025-10-06 |
Decoding the molecular, cellular, and functional heterogeneity of zebrafish intracardiac nervous system
2024-12-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54830-w
PMID:39632839
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序、解剖学研究和电生理技术对斑马鱼心内神经系统进行全面分类和功能表征 | 首次系统揭示心内神经系统的细胞类型多样性,发现具有起搏器/节律生成特征的神经元亚群 | 研究仅限于斑马鱼模型,人类心内神经系统的直接相关性需要进一步验证 | 解析心内神经系统的分子、细胞和功能异质性 | 斑马鱼心内神经系统 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 解剖学研究, 电生理技术 | NA | 单细胞转录组数据, 解剖学数据, 电生理记录 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 152 | 2025-10-06 |
Dual function of PHF16 in reinstating homeostasis of murine intestinal epithelium after crypt regeneration
2024-12-02, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.08.009
PMID:39232563
|
研究论文 | 本研究揭示了表观遗传调控因子PHF16通过双重机制恢复肠道上皮稳态 | 首次发现PHF16通过HBO1介导的H3K14乙酰化激活RAR/RXR靶基因,同时通过CDC73泛素化抑制YAP/TAZ活性的双重机制 | 研究主要基于小鼠模型和肠道类器官,人类临床相关性尚需验证 | 探究PHF16在肠道上皮稳态恢复中的分子机制 | 小鼠肠道干细胞、再生干细胞和肠道类器官 | 表观遗传学 | 肠道损伤修复 | 单细胞RNA测序, RNA测序, ATAC测序 | NA | 基因表达数据, 表观遗传数据 | Phf16基因敲除小鼠模型和肠道类器官 | NA | 单细胞RNA测序, RNA测序, ATAC测序 | NA | NA |
| 153 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing of the holothurian regenerating intestine reveals the pluripotency of the coelomic epithelium
2024-Dec-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.01.601561
PMID:39005414
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术研究海参肠道再生过程中体腔上皮细胞的多能性 | 首次在棘皮动物再生研究中应用单细胞RNA测序技术,识别出再生原基中的13个不同细胞群,并发现至少4种新的前体细胞群 | 研究局限于海参这一特定物种,分子机制仍需进一步验证 | 探究海参肠道再生过程中再生原基细胞的分子特征和分化潜能 | 海参再生肠道组织中的细胞群体 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序, HCR-FISH分析 | NA | 单细胞转录组数据, 荧光原位杂交图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 154 | 2025-10-06 |
Cancer-specific innate and adaptive immune rewiring drives resistance to PD-1 blockade in classic Hodgkin lymphoma
2024-12-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54512-7
PMID:39737927
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间分析揭示了经典霍奇金淋巴瘤对PD-1阻断治疗的免疫应答机制 | 首次发现循环和肿瘤浸润的IL1β单核细胞/巨噬细胞群在cHL患者中的特异性存在及其与PD-1阻断耐药性的关联 | 样本来源和数量未明确说明,需要进一步验证外周血检测的临床实用性 | 阐明经典霍奇金淋巴瘤对PD-1阻断治疗的免疫应答机制和耐药性原因 | 经典霍奇金淋巴瘤患者和健康供体的免疫细胞 | 单细胞测序分析 | 经典霍奇金淋巴瘤 | 单细胞RNA测序,空间分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 155 | 2025-10-06 |
Immune checkpoint inhibitor-induced severe epidermal necrolysis mediated by macrophage-derived CXCL10 and abated by TNF blockade
2024-12-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54180-7
PMID:39737932
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了免疫检查点抑制剂诱导的严重表皮坏死松解症的发病机制 | 首次发现巨噬细胞来源的CXCL10在ICI-SJS/TEN发病机制中的关键作用,并证实TNF阻断可有效治疗该病症 | 样本量较小(仅25例患者),需要更大规模研究验证 | 探究免疫检查点抑制剂诱导严重皮肤不良反应的分子机制和治疗方法 | 免疫检查点抑制剂诱导的Stevens-Johnson综合征/中毒性表皮坏死松解症患者 | 单细胞测序分析 | 皮肤不良反应 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6个队列共25例ICI诱导SJS/TEN患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 156 | 2025-10-06 |
Aging-induced immune microenvironment remodeling fosters melanoma in male mice via γδ17-Neutrophil-CD8 axis
2024-12-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-55164-3
PMID:39738047
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了雄性小鼠衰老过程中肺免疫微环境重塑促进黑色素瘤转移的机制 | 首次发现衰老通过γδ17-中性粒细胞-CD8轴促进肿瘤转移的免疫机制,并证明senolytic药物procyanidin C1可逆转此过程 | 研究仅限于雄性小鼠模型,未涉及雌性动物或人类样本 | 探究衰老免疫系统如何促进肿瘤转移的分子机制 | 雄性小鼠的肺免疫微环境和黑色素瘤转移模型 | 单细胞测序分析 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | 小鼠肿瘤转移模型 | 单细胞转录组数据 | 年轻和年老雄性小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 157 | 2025-10-06 |
The relationship between Sjögren's syndrome and recurrent pregnancy loss: a bioinformatics analysis
2024-12, Reproductive biomedicine online
IF:3.7Q1
DOI:10.1016/j.rbmo.2024.104363
PMID:39299134
|
研究论文 | 通过生物信息学分析揭示干燥综合征与复发性流产之间的基因关联 | 首次发现干燥综合征与复发性流产共享KCNN3枢纽基因及相关生物学通路 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要实验验证 | 探索干燥综合征与复发性流产之间的基因相关性 | 干燥综合征和复发性流产的基因表达数据 | 生物信息学 | 自身免疫疾病与生殖疾病 | 加权基因共表达网络分析(WGCNA), limma分析, 单细胞RNA测序 | ceRNA网络 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的干燥综合征和复发性流产样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 158 | 2025-05-10 |
Multivariate stochastic modeling for transcriptional dynamics with cell-specific latent time using SDEvelo
2024-12-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-55146-5
PMID:39738101
|
研究论文 | 本文提出了一种名为SDEvelo的生成方法,通过多元随机微分方程(SDE)建模未剪接和剪接RNA的动态,以推断RNA速度 | SDEvelo首次通过多元随机微分方程建模RNA速度,显式地模拟转录动态中的固有不确定性,并估计跨基因的细胞特异性潜在时间 | 未提及具体局限性 | 改进单细胞RNA测序(scRNA-seq)研究中的动态建模方法,以更准确地重建和预测细胞分化和状态转换的定向轨迹 | 未剪接和剪接RNA的动态 | 生物信息学 | 癌症 | scRNA-seq, 空间转录组学 | SDE | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组学数据 | 模拟数据和四个scRNA-seq及空间转录组学数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 159 | 2025-10-07 |
Interpretable single-cell factor decomposition using sciRED
2024-Dec-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.01.605536
PMID:39149356
|
研究论文 | 开发了一种名为sciRED的可解释单细胞因子分解方法,用于改进单细胞RNA测序数据的分析 | 通过去除已知混杂效应、使用旋转提高因子可解释性、将因子映射到已知协变量、识别可能捕获隐藏生物现象的未解释因子 | NA | 改进单细胞RNA测序数据的因子分析解释性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 因子分解模型 | 基因表达数据 | 多个单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 160 | 2025-05-08 |
Induced B-Cell Receptor Diversity Predicts PD-1 Blockade Immunotherapy Response
2024-Dec-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.03.626669
PMID:39677742
|
research paper | 研究通过单细胞RNA测序和高清空间转录组学分析,揭示了B细胞受体多样性在预测PD-1阻断免疫治疗反应中的作用 | 发现PD-1抑制成功反应的特征是治疗后B细胞受体克隆多样性的诱导,并验证了其作为跨多种癌症治疗反应预测因子的普遍性 | 研究样本主要集中在特定类型的癌症患者,可能限制了结果的广泛适用性 | 探索PD-1阻断免疫治疗反应的机制,并寻找预测治疗反应的生物标志物 | 局部晚期或转移性基底细胞癌患者,以及胶质母细胞瘤、黑色素瘤和头颈部鳞状细胞癌患者 | digital pathology | basal cell carcinoma, glioblastoma, melanoma, head and neck squamous cell carcinoma | single-cell RNA sequencing, high-definition spatial transcriptomics, spatial immunoreceptor profiling | machine learning | RNA sequencing data | 一组局部晚期或转移性基底细胞癌患者,以及更大的胶质母细胞瘤、黑色素瘤和头颈部鳞状细胞癌患者队列 | NA | NA | NA | NA |