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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2025-10-06 |
Estimating and correcting index hopping misassignments in single-cell RNA-seq data
2024-Dec-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.21.619353
PMID:39484535
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研究论文 | 本研究开发了一种估计和校正单细胞RNA测序数据中索引跳跃错误分配的方法 | 通过差异表达分析识别特征基因来量化索引跳跃错误率,并提出了简单的计算校正方法 | 方法依赖于存在具有不同表达谱的细胞类型,且校正效果可能因数据集而异 | 估计和校正单细胞RNA测序中的索引跳跃错误分配问题 | 小鼠皮肤细胞的混合群体 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 1152个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 板式单细胞RNA测序 |
| 142 | 2025-10-06 |
scTrends: A living review of commercial single-cell and spatial 'omic technologies
2024-Dec-11, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2024.100723
PMID:39667347
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综述 | 本文提供了关于商业单细胞和空间组学技术的动态综述,涵盖关键技术方法和行业趋势 | 采用动态综述形式持续跟踪快速发展的技术领域,系统梳理从成熟到新兴的商业平台 | NA | 为生物医学研究和药物开发领域提供单细胞与空间组学技术的商业化与应用导航 | 商业单细胞和空间组学技术平台 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序、空间转录组学 | NA | 组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 微流控, 板式方法, 组合索引, 下一代测序, 成像技术 | NA | NA |
| 143 | 2025-10-06 |
Synovial tissue myeloid dendritic cell subsets exhibit distinct tissue-niche localization and function in health and rheumatoid arthritis
2024-12-10, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2024.11.004
PMID:39609125
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学分析滑膜组织树突状细胞亚群在健康和类风湿关节炎中的组织定位和功能差异 | 首次在人类滑膜组织中鉴定出具有不同功能和定位的树突状细胞亚群,揭示了它们在类风湿关节炎发病机制中的特异性作用 | 研究主要基于组织活检样本,样本量相对有限,且未能完全阐明树突状细胞功能调控的分子机制 | 探索滑膜组织树突状细胞亚群在类风湿关节炎免疫耐受失衡中的作用机制 | 人类滑膜组织活检样本中的树突状细胞亚群 | 单细胞生物学 | 类风湿关节炎 | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 共培养系统 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | 滑膜组织活检样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 144 | 2025-10-06 |
Tissue-resident natural killer cells support survival in pancreatic cancer through promotion of cDC1-CD8 T activity
2024-Dec-10, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.92672
PMID:39656086
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研究论文 | 本研究揭示了组织驻留自然杀伤细胞通过促进cDC1-CD8 T细胞活性在胰腺癌中支持生存的作用机制 | 首次证明电离辐射联合CCR5抑制剂和PD1阻断疗法能通过招募组织驻留NK细胞增强CD8 T细胞活性,提出新型治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据来自单细胞测序队列,需要进一步临床验证 | 探索胰腺癌免疫抑制微环境中增强抗肿瘤免疫应答的新机制 | 胰腺导管腺癌(PDAC)小鼠模型和人类PDAC单细胞测序队列 | 免疫肿瘤学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 小鼠原位PDAC肿瘤模型和人类PDAC单细胞测序队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 145 | 2025-10-06 |
Left atrial single-cell transcriptomics reveals amphiregulin as a surrogate marker for atrial fibrillation
2024-Dec-02, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-07308-w
PMID:39622943
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研究论文 | 通过左心房单细胞转录组学揭示双调蛋白作为心房颤动的替代标志物 | 首次在单细胞水平揭示左心房中单核-巨噬细胞的异质性及其通过EGF信号与成纤维细胞的相互作用,并发现AREG在房颤患者中特异性上调 | 样本来源有限,需要更大规模研究验证AREG作为生物标志物的临床价值 | 识别心房颤动患者的单核-巨噬细胞异质性、细胞间相互作用及功能性生物标志物 | 左心房组织样本及患者血清样本 | 单细胞转录组学 | 心房颤动 | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | Cell-Chat分析 | 单细胞转录组数据, 血清生物标志物数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq | NA | NA |
| 146 | 2025-10-06 |
Mechanism of multifunctional adaptor protein SHARPIN regulating myocardial fibrosis and how SNP mutation affect the prognosis of myocardial infarction
2024-12, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease
DOI:10.1016/j.bbadis.2024.167467
PMID:39159699
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研究论文 | 本研究揭示了SHARPIN蛋白在心肌纤维化中的分子机制及其SNP突变对心肌梗死预后的影响 | 首次阐明SHARPIN在心肌纤维化中的具体作用机制,并发现rs117299156 SNP突变与心肌梗死患者卒中风险的关联 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究SHARPIN蛋白调控心肌纤维化的分子机制及其SNP突变对心肌梗死预后的影响 | 小鼠心脏成纤维细胞、人类心脏组织、心肌梗死患者 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞测序、转录组分析、腺病毒shRNA感染 | NA | 基因表达数据、临床数据 | SHARPIN+/-和野生型小鼠模型、人类心脏组织样本、心肌梗死患者队列 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 147 | 2025-10-06 |
UBAP2 contributes to radioresistance by enhancing homologous recombination through SLC27A5 ubiquitination in hepatocellular carcinoma
2024-12, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease
DOI:10.1016/j.bbadis.2024.167481
PMID:39186963
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研究论文 | 本研究揭示了UBAP2通过泛素-蛋白酶体途径降解SLC27A5增强同源重组,从而导致肝细胞癌放射抵抗的机制 | 首次发现UBAP2通过调控SLC27A5稳定性影响同源重组过程,提出UBAP2/SLC27A5轴作为肝细胞癌放射增敏新靶点 | 研究主要基于体外和动物实验,需要进一步临床验证 | 探索肝细胞癌放射抵抗的分子机制 | 肝细胞癌 | 单细胞测序 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,转录组分析 | tSNE评分模型 | 单细胞RNA测序数据,转录组数据 | 人类HCC样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 148 | 2025-10-06 |
CD36-mediated accumulation of MDSCs exerts abscopal immunosuppressive responses in hepatocellular carcinoma after insufficient microwave ablation
2024-12, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease
DOI:10.1016/j.bbadis.2024.167493
PMID:39233261
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示肝癌微波消融后远端未消融肿瘤中CD8+T细胞减少和MDSCs积累的免疫抑制机制 | 首次发现CD36介导的MDSCs积累在微波消融后发挥远端免疫抑制作用,并证实CD36抑制剂可逆转此免疫抑制 | 仅纳入2例初治患者样本,样本量较小;动物模型仍需进一步验证 | 阐明肝癌不完全微波消融后远端未消融肿瘤的免疫微环境变化 | 肝癌患者肿瘤组织样本和双侧肝癌小鼠模型 | 数字病理 | 肝癌 | 单细胞RNA测序,RNA测序,流式细胞术,多色免疫荧光 | NA | 单细胞RNA测序数据,RNA测序数据,流式细胞数据,免疫荧光图像 | 2例初治肝癌患者(各含2个病灶),双侧肝癌小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq,RNA-seq | NA | NA |
| 149 | 2025-10-06 |
Optimization of hybridization chain reaction for imaging single RNA molecules in Drosophila larvae
2024-Dec, Fly
IF:2.4Q3
DOI:10.1080/19336934.2024.2409968
PMID:39351922
|
研究论文 | 本文开发了一种优化的杂交链式反应(HCR)方法,用于果蝇幼虫中单个RNA分子的成像检测 | 开发了优化的HCR探针设计流程,仅需五对探针即可实现高特异性和灵敏度的RNA可视化,并支持多重检测 | 主要适用于中等通量的多基因筛选项目,可能不适用于需要极高通量的应用场景 | 优化RNA原位杂交技术,降低实验成本和时间 | 果蝇幼虫中的单个RNA分子 | 分子生物学成像 | NA | 杂交链式反应(HCR),单细胞RNA测序 | NA | 图像数据 | NA | NA | RNA原位杂交,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 150 | 2025-10-06 |
Machine learning based analysis of single-cell data reveals evidence of subject-specific single-cell gene expression profiles in acute myeloid leukaemia patients and healthy controls
2024-12, Biochimica et biophysica acta. Gene regulatory mechanisms
DOI:10.1016/j.bbagrm.2024.195062
PMID:39366464
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序数据和机器学习分析急性髓系白血病患者与健康对照的个体特异性基因表达谱 | 发现祖细胞可用于高精度(>70%)个体水平分类,揭示患者异质性的分子决定因素 | 使用公开可用数据,样本来源和数量可能有限 | 通过单细胞数据分析探索AML患者与健康对照的基因表达差异 | 急性髓系白血病患者和健康对照的单核细胞、树突细胞和祖细胞群体 | 机器学习 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | 机器学习 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 151 | 2025-10-06 |
Single-cell Sequencing of Circulating Human Plasmablasts during Staphylococcus aureus Bacteremia
2024-Dec-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2300858
PMID:39451041
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析金黄色葡萄球菌菌血症患者循环浆母细胞的抗体反应,并鉴定出四种功能性单克隆抗体 | 首次结合单细胞转录组和免疫球蛋白基因测序,从患者浆母细胞中鉴定出针对金黄色葡萄球菌表面的新型单克隆抗体,其中三种具有交叉反应性 | 样本量相对较小(17名患者),仅分析了循环浆母细胞而未研究其他B细胞亚群 | 研究金黄色葡萄球菌菌血症期间人类循环浆母细胞的抗体反应特征 | 金黄色葡萄球菌菌血症患者的循环浆母细胞 | 单细胞测序 | 细菌感染 | 单细胞转录组测序,免疫球蛋白可变区基因测序 | NA | 单细胞基因表达数据,免疫球蛋白序列数据 | 17名金黄色葡萄球菌菌血症患者的外周血样本,超过400个浆母细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 152 | 2025-10-06 |
An organotypic atlas of human vascular cells
2024-Dec, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-024-03376-x
PMID:39566559
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研究论文 | 通过整合19个人体器官的单细胞转录组数据,构建了人类血管细胞的器官特异性图谱 | 首次在跨器官尺度系统定义了42种血管细胞状态,揭示了动脉内皮轴从大血管到小血管的血管型过渡特征 | 研究基于62名捐赠者的数据,样本来源和数量仍有限 | 探索人类血管系统中不同血管床的功能差异及其分子决定因素 | 人类血管系统中的内皮细胞和周细胞 | 单细胞生物学 | 血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 约67,000个细胞(来自62名捐赠者,19个器官和组织) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 153 | 2025-10-06 |
Spatially resolved single-cell atlas unveils a distinct cellular signature of fatal lung COVID-19 in a Malawian population
2024-Dec, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-024-03354-3
PMID:39567718
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研究论文 | 通过空间分辨单细胞图谱揭示马拉维人群中致命性肺部COVID-19的独特细胞特征 | 首次在非洲人群中建立致命性COVID-19的空间分辨单细胞图谱,揭示了与欧美亚洲人群不同的干扰素γ驱动的肺驻留巨噬细胞反应机制 | 样本量较小(COVID-19组n=9,对照组n=7),仅限马拉维单一地区人群 | 研究非洲人群中COVID-19肺部疾病的细胞机制和病理生物学特征 | 马拉维成年人的肺组织、血液和鼻腔细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞转录组测序,高维成像,组织学分析 | NA | 单细胞转录组数据,组织图像数据 | 16例马拉维成年人(9例COVID-19,7例对照) | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 154 | 2025-10-06 |
Disrupting CENP-N mediated SEPT9 methylation as a strategy to inhibit aerobic glycolysis and liver metastasis in colorectal cancer
2024-Dec, Clinical & experimental metastasis
IF:4.2Q2
DOI:10.1007/s10585-024-10316-z
PMID:39424682
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研究论文 | 本研究揭示了CENP-N通过介导SEPT9甲基化促进结直肠癌有氧糖酵解和肝转移的新机制 | 首次发现CENP-N与SEPT9直接相互作用并增强其特定赖氨酸残基的甲基化,从而驱动代谢重编程和转移的新通路 | NA | 探索CENP-N介导SEPT9甲基化在结直肠癌有氧糖酵解和肝转移中的作用机制 | 结直肠癌细胞系及动物模型 | 癌症生物学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,甲基化特异性PCR,染色质免疫沉淀,功能分析实验 | NA | 基因表达数据,甲基化数据,功能实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 155 | 2025-10-06 |
Magnetic soft microrobots for erectile dysfunction therapy
2024-Dec-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2407809121
PMID:39556757
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研究论文 | 开发了一种用于治疗勃起功能障碍的磁性软微机器人,可提高间充质基质细胞的保留率和存活率 | 设计了包含磁性纳米粒子链的超软水凝胶微球,具有活性氧清除功能,能够适应狭窄血管形状 | NA | 提高勃起功能障碍治疗的细胞治疗效果 | 大鼠和比格犬勃起功能障碍模型 | 生物医学工程 | 勃起功能障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 156 | 2025-10-06 |
Detecting global and local hierarchical structures in cell-cell communication using CrossChat
2024-12-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54821-x
PMID:39627184
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研究论文 | 开发CrossChat计算框架用于检测细胞间通讯的全局和局部层次结构 | 提出首个能够同时推断细胞间通讯全局和局部层次结构的计算方法,突破了现有方法仅能在预定义细胞群间分析通讯的局限 | 方法验证仅限于文中提到的四个数据集,需要更多数据验证通用性 | 开发计算框架以揭示细胞间通讯的层次结构 | 细胞间通讯系统 | 生物信息学 | COVID-19, 皮肤发育 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 多分辨率聚类, 树检测方法 | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | 两个非空间scRNA-seq数据集(COVID-19患者和小鼠胚胎皮肤), 两个空间转录组数据集(小鼠胚胎和小鼠创伤皮肤) | 10x Genomics, BGI | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 10x Visium, Stereo-seq | 10x Visium空间转录组技术, BGI Stereo-seq空间转录组技术 |
| 157 | 2025-10-06 |
Endothelial Pim3 kinase protects the vascular barrier during lung metastasis
2024-12-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54445-1
PMID:39627185
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现肺内皮细胞在黑色素瘤转移过程中的转录重编程,揭示了Pim3激酶在保护血管屏障功能中的关键作用 | 首次发现反应性毛细血管内皮细胞簇(rCap)及其标志物Pim3激酶在肺转移微环境中保护血管屏障功能的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据验证有限;观察时间点较早(6小时),长期效应尚不明确 | 探究肺转移微环境中内皮细胞的分子调控机制及其在癌症转移中的作用 | 小鼠肺内皮细胞和黑色素瘤细胞 | 单细胞生物学 | 肺癌转移 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠肺组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 158 | 2025-10-06 |
Parallel labeled-line organization of sympathetic outflow for selective organ regulation in mice
2024-12-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54928-1
PMID:39658565
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和病毒遗传工具揭示了小鼠脊髓交感节前神经元的分子亚型及其对器官的选择性调控机制 | 首次在分子水平鉴定出脊髓交感节前神经元的两个亚型,并证明其通过平行标记线组织实现器官选择性调控 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在其它物种中验证 | 阐明交感神经系统输出特异性的神经环路组织机制 | 小鼠脊髓交感节前神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组测序,病毒遗传工具,化学遗传学操作 | NA | 基因表达数据,神经解剖数据,生理功能数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 159 | 2025-10-06 |
CDK9 recruits HUWE1 to degrade RARα and offers therapeutic opportunities for cutaneous T-cell lymphoma
2024-12-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54354-3
PMID:39632829
|
研究论文 | 本研究通过筛选小分子抑制剂库发现CDK9是皮肤T细胞淋巴瘤生长的关键驱动因子,并揭示了CDK9通过招募E3连接酶HUWE1降解RARα的机制 | 首次发现CDK9通过招募HUWE1降解RARα促进CTCL生长,并开发了CDK9-PROTAC与ATRA联合治疗的协同抗肿瘤策略 | 研究主要基于体外实验和小鼠模型,尚未进行临床试验验证 | 探索皮肤T细胞淋巴瘤的靶向治疗新策略 | 皮肤T细胞淋巴瘤细胞和小鼠模型 | 肿瘤生物学 | 皮肤T细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序,PROTAC技术,小分子抑制剂筛选 | NA | 基因表达数据,细胞增殖数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 160 | 2025-10-06 |
Parallel measurement of transcriptomes and proteomes from same single cells using nanodroplet splitting
2024-12-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54099-z
PMID:39638780
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研究论文 | 开发了一种名为nanoSPLITS的单细胞多组学平台,能够从同一单细胞并行测量转录组和蛋白质组 | 首次实现了从同一单细胞进行全局转录组和蛋白质组的并行测量,通过纳米液滴分裂技术整合RNA测序和质谱蛋白质组学 | NA | 开发单细胞多组学技术以更全面理解基因调控网络和细胞多样性 | 细胞周期蛋白依赖性激酶1抑制细胞和人类胰岛原代细胞 | 单细胞多组学 | NA | 单细胞RNA测序, 质谱蛋白质组学 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | nanoSPLITS | 纳米液滴分裂技术,整合RNA测序和质谱蛋白质组学的单细胞多组学平台 |