单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-03-15	Intrinsic GATA4 expression sensitizes the aortic root to dilation in a Loeys-Dietz syndrome mouse model 2024-Dec, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00562-5 PMID:39567770	研究论文	本文通过单细胞转录组学研究了Tgfbr1 LDS小鼠主动脉中血管平滑肌细胞的异质性，以确定主动脉根部易感性增加的分子决定因素	首次发现Gata4表达的血管平滑肌细胞在主动脉根部表现出较少分化和促炎性特征，并通过实验证明Gata4缺失可以减少LDS小鼠的主动脉根部扩张	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证有限	探讨Loeys-Dietz综合征（LDS）中主动脉根部易感性增加的分子机制	Tgfbr1 LDS小鼠的主动脉血管平滑肌细胞	生物医学	Loeys-Dietz综合征	单细胞转录组学	小鼠模型	RNA测序数据	Tgfbr1 LDS小鼠的主动脉血管平滑肌细胞
142	2025-03-11	ScRNA-seq reveals trained immunity-engaged Th17 cell activation against Edwardsiella piscicida-induced intestinal inflammation in teleost 2024-Dec, Microbiological research IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.micres.2024.127912 PMID:39326350	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了β-葡聚糖训练如何通过调节肠道Th17细胞功能来减轻细菌感染引起的肠道炎症	提出了训练免疫激活调节肠道Th17细胞功能的新概念，为维持肠道稳态提供了新的策略	研究仅限于大菱鲆这一种鱼类，未在其他物种中验证	探究鱼类肠道免疫细胞在细菌感染中维持肠道稳态的细胞机制	大菱鲆（Scophthalmus maximus）的肠道免疫细胞	免疫学	肠道炎症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	NA
143	2025-03-11	Age-Related ECM Stiffness Mediates TRAIL Activation in Muscle Stem Cell Differentiation 2024-Dec, Advanced biology IF:3.2Q3 DOI:10.1002/adbi.202400334 PMID:39601528	研究论文	本研究探讨了年龄相关的细胞外基质（ECM）硬化如何通过TRAIL途径影响肌肉干细胞（MuSC）的分化	揭示了年龄相关ECM硬化通过TRAIL途径影响肌肉干细胞分化的机制，并发现了一个与年龄相关的纤维化群体	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证	研究年龄和/或ECM刚度对肌肉干细胞分化的分子变化的影响	年轻和年老的肌肉干细胞（MuSC）	细胞生物学	老年疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	年轻和年老的肌肉干细胞在不同刚度基质上的培养
144	2025-03-05	HIV-SEQ REVEALS GLOBAL HOST GENE EXPRESSION DIFFERENCES BETWEEN HIV-TRANSCRIBING CELLS FROM VIREMIC AND SUPPRESSED PEOPLE WITH HIV 2024-Dec-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.17.629023 PMID:39763963	研究论文	本文开发了一种名为HIV-seq的新技术，用于更有效地捕获HIV转录本，包括非多聚腺苷酸化的转录本，以便对HIV感染者（PWH）的细胞进行单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析	开发了HIV-seq技术，显著提高了在HIV感染者中检测HIV RNA+细胞的效率，并揭示了在病毒血症和抗逆转录病毒治疗（ART）抑制期间HIV RNA+细胞的转录特征差异	由于HIV转录细胞的低频率和低水平的HIV转录本，研究这些细胞仍然具有挑战性	研究HIV转录细胞在病毒血症和ART抑制期间的转录特征差异，以更好地理解这些细胞在ART期间持续存在的机制	HIV感染者的细胞	基因组学	HIV感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq），CITE-seq	NA	RNA测序数据	配对的血液样本，来自HIV感染者在ART抑制前后的样本
145	2025-03-05	Pseudo-Label Guided Structural Discriminative Subspace Learning for Unsupervised Feature Selection 2024-Dec, IEEE transactions on neural networks and learning systems IF:10.2Q1 DOI:10.1109/TNNLS.2023.3319372 PMID:37796670	研究论文	本文提出了一种新的无监督特征选择方法，名为伪标签引导的结构判别子空间学习（PSDSL）	该方法将概率图的构建引入特征选择学习过程，作为一个统一的通用框架，并设计了伪标签引导的学习机制，结合基于图的方法和最大化类间散布矩阵的思想，构建了一个能提高所选特征判别性的目标函数	NA	提高无监督特征选择的效果	九个真实世界的数据集和三个生物单细胞RNA测序基因数据集	机器学习	NA	单细胞RNA测序（ScRNA-seq）	NA	基因数据	九个真实世界的数据集和三个生物单细胞RNA测序基因数据集
146	2025-03-01	Optimizing CAR-T cell Culture: Differential effects of IL-2, IL-12, and IL-21 on CAR-T cells 2024-Dec, Cytokine IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.cyto.2024.156758 PMID:39299100	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了不同细胞因子（IL-2、IL-12和IL-21）对CAR-T细胞的影响，以优化CAR-T细胞培养条件	首次使用单细胞RNA测序技术系统比较了IL-2、IL-12和IL-21对CAR-T细胞的影响，发现IL-21在防止细胞衰老方面的独特作用	研究仅限于体外实验，未进行体内验证	优化CAR-T细胞培养条件，寻找最有效的细胞因子以促进CAR-T细胞的持久性	CAR-T细胞	细胞治疗	血液系统恶性肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
147	2025-02-27	Single-Cell Analysis of Subcutaneous Fat Reveals Profibrotic Cells That Correlate With Visceral Adiposity in HIV 2024-Dec-18, The Journal of clinical endocrinology and metabolism DOI:10.1210/clinem/dgae369 PMID:38820087	研究论文	本文通过单细胞分析皮下脂肪，揭示了与HIV感染者内脏脂肪量相关的纤维化细胞	首次在HIV感染者中，通过单细胞RNA测序技术，揭示了皮下脂肪中特定细胞类型和转录程序与内脏脂肪量的关系	需要进一步的纵向研究来确定因果关系和机制	研究HIV感染者中皮下脂肪的细胞类型组成和转录程序与内脏脂肪量的关系	HIV感染者	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	92名参与者进行了皮下脂肪活检用于批量RNA测序，43名参与者进行了单细胞RNA测序
148	2025-02-26	Nanomaterial-Mediated Reprogramming of Macrophages to Inhibit Refractory Muscle Fibrosis 2024-Dec, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202410368 PMID:39548911	研究论文	本研究探讨了纳米材料介导的巨噬细胞重编程在抑制难治性肌肉纤维化中的作用	通过工程化纳米材料调控巨噬细胞表型，利用单细胞RNA测序揭示其通过cfNA介导的TLR7/9-NF-κB信号通路减少促纤维化Gal3巨噬细胞比例，从而改变纤维脂肪生成祖细胞的亚群分布	研究主要针对口面部肌肉纤维化，其他类型肌肉纤维化的适用性尚需验证	开发新的治疗策略以调控先天炎症反应-纤维化稳态，治疗难治性肌肉纤维化	口面部肌肉纤维化	生物医学工程	肌肉纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
149	2025-02-25	Ectopic expression of NKG7 enhances CAR-T function and improves the therapeutic efficacy in liquid and solid tumors 2024-Dec, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2024.107506 PMID:39551173	研究论文	本文通过单细胞RNA测序数据探索了肿瘤浸润T细胞的特征，发现NKG7的异位表达能显著增强CAR-T细胞的功能，并提高其在液体和实体肿瘤中的治疗效果	利用临床肿瘤样本的单细胞测序数据寻找增强CAR-T细胞功能的策略，并首次发现NKG7的异位表达能显著提高CAR-T细胞的治疗效果	缺乏治疗后的活检数据，尤其是在实体肿瘤中，限制了CAR-T细胞体内特性的理解	探索增强CAR-T细胞功能的策略，并提高其在液体和实体肿瘤中的治疗效果	消化系统癌症的肿瘤浸润T细胞（TILs）	生物医学	消化系统癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CAR-T细胞模型	RNA测序数据	19个临床样本
150	2025-02-23	Failure of metabolic checkpoint control during late-stage granulopoiesis drives neutropenia in reticular dysgenesis 2024-Dec-26, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024024123 PMID:39378586	研究论文	本文研究了由于线粒体腺苷酸激酶2（AK2）功能丧失导致的严重免疫缺陷综合征——网状发育不全，探讨了代谢检查点在造血过程中的作用	通过结合单细胞转录组学分析和CRISPR模型，揭示了AK2缺陷在造血系统中的影响，特别是在晚期粒细胞生成过程中代谢检查点的失效机制	研究主要基于患者样本和体外模型，可能无法完全反映体内复杂环境	探讨AK2缺陷对造血系统的影响及代谢检查点在维持代谢稳态中的作用	网状发育不全患者样本和原代人类造血干细胞	细胞生物学	免疫缺陷综合征	单细胞转录组学、CRISPR	CRISPR模型	基因表达数据	网状发育不全患者样本和原代人类造血干细胞
151	2025-02-21	SuperSpot: coarse graining spatial transcriptomics data into metaspots 2024-12-26, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae734 PMID:39657949	研究论文	本文介绍了一种名为SuperSpot的工作流程，用于将空间转录组学数据中的相邻且转录组相似的斑点聚合成“元斑点”，以减少数据的大小和稀疏性	提出了SuperSpot工作流程，通过图表示和层次聚类方法将空间转录组学数据中的斑点聚合成元斑点，便于分析大规模数据集	未明确提及具体局限性	开发一种方法来简化空间转录组学数据的分析	空间转录组学数据中的斑点	生物信息学	NA	空间转录组学	图表示和层次聚类	空间转录组学数据	数百万个斑点
152	2025-02-20	NLSDeconv: an efficient cell-type deconvolution method for spatial transcriptomics data 2024-12-26, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae747 PMID:39705170	研究论文	本文介绍了一种基于非负最小二乘的新型细胞类型反卷积方法NLSDeconv及其Python包，用于空间转录组数据的细胞类型贡献估计	NLSDeconv是一种新的基于非负最小二乘的细胞类型反卷积方法，具有竞争性的统计性能和卓越的计算效率	NA	开发一种高效的空间转录组数据细胞类型反卷积方法	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	非负最小二乘法	基因表达数据	多种空间转录组数据集
153	2025-02-20	Scope+: an open source generalizable architecture for single-cell RNA-seq atlases at sample and cell levels 2024-12-26, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae727 PMID:39705183	研究论文	本文介绍了一种名为Scope+的开源、高度优化且可扩展的架构，用于快速访问、元分析和细胞级别的单细胞RNA测序图谱数据	Scope+架构支持细胞级别的元分析，并采用了细胞为单位的数据建模、新颖的数据库优化技术和创新的软件架构设计	现有细胞图谱门户大多不开源且不可适应，不支持细胞级别的元分析	开发一种开源架构，以便研究人员能够快速访问和分析大规模单细胞RNA测序图谱数据	单细胞RNA测序图谱数据	生物信息学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	500万COVID-19血液和免疫细胞
154	2025-02-20	Accurate RNA velocity estimation based on multibatch network reveals complex lineage in batch scRNA-seq data 2024-Dec-18, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-024-02085-8 PMID:39696422	研究论文	本文介绍了一种名为VeloVGI的新方法，用于在批量单细胞RNA测序数据中准确估计RNA速度，以揭示复杂的细胞谱系	VeloVGI通过使用最优传输（OT）和互近邻（MNN）方法在批量数据中构建邻居，并改进VeloVI的速度估计，将图结构整合到编码器中以进行更有效的特征提取	现有RNA速度方法受限于批量效应，无法直接校正输入数据中的批量效应，可能导致速度流估计错误	改进RNA速度估计方法，以更好地理解细胞发育过程	小鼠脊髓和嗅球组织，以及多个公共数据集	单细胞RNA测序	NA	scRNA-seq	VeloVGI	单细胞RNA测序数据	小鼠脊髓和嗅球组织，以及多个公共数据集
155	2025-02-20	B-Cell Activation Gene Signature in Blood and Liver of Hepatitis B e Antigen-Positive Patients With Immune Active Chronic Hepatitis B 2024-Dec-16, The Journal of infectious diseases IF:5.0Q1 DOI:10.1093/infdis/jiae280 PMID:38847286	研究论文	本文研究了慢性乙型肝炎病毒（HBV）感染患者血液和肝脏中B细胞的基因表达特征，揭示了B细胞在免疫活跃慢性HBV中的激活状态	首次通过RNA测序和流式细胞术分析了慢性HBV患者血液和肝脏中B细胞的基因表达特征，揭示了B细胞在免疫活跃慢性HBV中的激活状态	研究样本量有限，且未涉及其他免疫细胞类型的比较分析	探讨慢性HBV感染患者B细胞的激活状态及其基因表达特征	慢性HBV感染患者的血液和肝脏B细胞	免疫学	乙型肝炎	RNA测序、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	慢性HBV患者和健康对照的血液和肝脏B细胞样本
156	2025-02-16	Physical inactivity exacerbates pathologic inflammatory signalling at the single cell level in patients with systemic lupus 2024-Dec, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105432 PMID:39531917	研究论文	本研究探讨了体力活动对系统性红斑狼疮（SLE）患者单细胞水平上病理炎症信号的影响	首次在SLE患者中通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析体力活动对免疫细胞频率和基因表达的影响，揭示了体力不足如何通过CD4+和CD8+ T细胞加剧病理炎症信号	研究依赖于自我报告的体力活动数据，可能存在偏差；样本量相对较小，且仅限于加州地区的患者	探讨体力活动对SLE患者免疫细胞频率和基因表达的影响，揭示体力活动改善SLE症状的机制	123名系统性红斑狼疮（SLE）患者	生物医学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	123名SLE患者
157	2025-02-14	Impaired myofibroblast proliferation is a central feature of pathologic post-natal alveolar simplification 2024-Dec-11, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.94425 PMID:39660606	研究论文	本文通过小鼠模型和单细胞RNA测序技术，探讨了支气管肺发育不良（BPD）中肺泡简化病理机制，特别是肌成纤维细胞增殖受损的作用	揭示了肌成纤维细胞增殖受损是BPD中肺泡简化的核心特征，并指出逆转这一过程可能具有治疗价值	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨BPD中肺泡简化的病理机制，特别是肌成纤维细胞增殖的作用	小鼠模型和单细胞RNA测序数据	数字病理学	支气管肺发育不良（BPD）	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	多个小鼠模型
158	2025-02-14	Immune responses in checkpoint myocarditis across heart, blood and tumour 2024-Dec, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08105-5 PMID:39506125	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、T细胞受体测序、显微镜和蛋白质组学分析，研究了免疫检查点抑制剂相关心肌炎（irMyocarditis）患者的心脏、肿瘤和血液中的免疫反应	首次结合单细胞RNA测序和T细胞受体测序，揭示了irMyocarditis患者心脏、肿瘤和血液中的免疫反应特征，并识别了潜在的生物标志物	样本量相对较小，仅包括28名irMyocarditis患者和41名未受影响个体，可能限制结果的普适性	研究免疫检查点抑制剂相关心肌炎的发病机制及其与抗肿瘤免疫的关系	irMyocarditis患者的心脏、肿瘤和血液样本	免疫学	心肌炎	单细胞RNA测序、T细胞受体测序、显微镜、蛋白质组学分析	NA	RNA测序数据、显微镜图像、蛋白质组学数据	28名irMyocarditis患者和41名未受影响个体
159	2025-02-14	Reconstruction of gene regulatory networks from single cell transcriptomic data 2024-Dec, Vavilovskii zhurnal genetiki i selektsii IF:0.9Q3 DOI:10.18699/vjgb-24-104 PMID:39944798	综述	本文综述了从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据重建基因调控网络（GRNs）的方法和程序	本文特别关注了利用其他组学数据（主要是转录因子结合位点和开放染色质图谱）来提高单细胞转录组数据重建GRN的准确性	单细胞组学数据的技术和生物学特性需要特定的GRN推断方法	理解和研究细胞在发育过程中及响应各种内外刺激时使用的机制	基因调控网络（GRNs）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
160	2025-02-12	Proximity sequencing for the detection of mRNA, extracellular proteins and extracellular protein complexes in single cells 2024-Dec, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01030-x PMID:39147984	研究论文	本文介绍了一种名为邻近测序的逐步操作流程，用于在单细胞水平上同时测量蛋白质、mRNA和数百种位于细胞外膜的蛋白质复合物	提出了一种新的邻近测序方法，能够在单细胞水平上同时测量多种蛋白质复合物，结合转录状态和细胞功能的测量	需要具备基础分子生物学和单细胞测序的专业知识，且整个流程需要大约16小时，分散在几天内完成	开发一种能够在单细胞水平上同时测量蛋白质、mRNA和蛋白质复合物的方法，以研究转录状态与细胞功能之间的相互作用	单细胞中的mRNA、细胞外蛋白质和细胞外蛋白质复合物	单细胞测序	NA	邻近测序	NA	mRNA、蛋白质、蛋白质复合物	单细胞