单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2024-12-20	Formation of CSE-YAP complex drives FOXD3-mediated transition of neurotoxic astrocytes in Parkinson's disease 2024-Dec, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2024.107507 PMID:39547464	研究论文	本文揭示了胱硫醚γ-裂解酶（CSE）在帕金森病（PD）中通过形成CSE-YAP复合物驱动FOXD3介导的神经毒性星形胶质细胞转变的作用	首次揭示了CSE在PD中通过形成CSE-YAP复合物驱动神经毒性星形胶质细胞转变的作用，并发现了FOXD3作为调控星形胶质细胞表型的新型转录因子	研究主要基于体外和体内实验，缺乏临床试验验证	探讨帕金森病进展中神经毒性星形胶质细胞的分子机制	帕金森病中的星形胶质细胞及其分子机制	NA	帕金森病	单细胞测序，RNA测序，无标记质谱	NA	基因表达数据	来自PD患者的单细胞测序数据和MPP处理的星形胶质细胞的RNA测序数据
122	2024-12-20	Ectopic expression of NKG7 enhances CAR-T function and improves the therapeutic efficacy in liquid and solid tumors 2024-Dec, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2024.107506 PMID:39551173	研究论文	本文通过单细胞RNA测序数据研究了肿瘤浸润T细胞的特征，发现NKG7的异位表达可以增强CAR-T细胞的功能，提高其在液体和实体肿瘤中的治疗效果	首次发现NKG7的异位表达可以显著提高CAR-T细胞的细胞毒性和治疗效果，并促进TNF-α和IL-2的表达	缺乏治疗后尤其是实体肿瘤中的活检数据，限制了对CAR-T细胞体内特性的全面理解	探索提高CAR-T细胞治疗效果的策略	消化系统癌症的肿瘤浸润T细胞和CAR-T细胞	数字病理学	消化系统癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA	19个消化系统癌症的临床样本
123	2024-12-20	Lessons about physiological relevance learned from large-scale meta-analysis of co-expression networks in brain organoids 2024-Dec, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3002965 PMID:39693319	研究论文	本文通过大规模的单细胞RNA测序数据集的整合分析，研究了脑类器官在基因共表达关系上与人类发育中大脑的相似性	本文首次通过大规模的单细胞RNA测序数据的元分析，评估了不同脑类器官协议的可靠性	本文依赖于公开的单细胞RNA测序数据，可能存在数据质量和代表性的限制	研究脑类器官在基因共表达关系上与人类发育中大脑的相似性	脑类器官与人类发育中大脑的基因共表达关系	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因共表达网络	百万级单细胞RNA测序数据集
124	2024-12-20	Changes in AXL and/or MITF melanoma subpopulations in patients receiving immunotherapy 2024-Dec, Immuno-oncology technology DOI:10.1016/j.iotech.2024.101009 PMID:39697983	研究论文	本研究分析了接受免疫治疗的黑色素瘤患者中AXL和/或MITF亚群的变化	首次通过NanoString基因表达分析、单细胞RNA测序和多重免疫荧光原位杂交技术，研究了AXL+和MITF+黑色素瘤亚群在免疫治疗中的变化	研究样本量较小，且免疫治疗对AXL+或MITF+肿瘤细胞丰度的变化与生存率无显著相关性	探讨免疫治疗对黑色素瘤患者中AXL+和MITF+亚群的影响	接受免疫治疗的黑色素瘤患者中的AXL+和MITF+亚群	NA	黑色素瘤	NanoString基因表达分析、单细胞RNA测序、多重免疫荧光原位杂交	NA	mRNA、蛋白质	NA
125	2024-12-20	STING Activation in Macrophages and Microglia Drives Poststroke Inflammation: Implications for Neuroinflammatory Mechanisms and Therapeutic Interventions 2024-Dec, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70106 PMID:39698742	研究论文	本研究探讨了STING激活在小胶质细胞和巨噬细胞中的作用，揭示了其在驱动中风后炎症中的关键机制	首次揭示了STING激活通过I型干扰素信号通路驱动中风后小胶质细胞和巨噬细胞向促炎表型的转变	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人类样本中验证	探讨中风后小胶质细胞和巨噬细胞的表型转变机制及其潜在的治疗干预策略	小胶质细胞、巨噬细胞和中风后神经炎症	NA	中风	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了C57BL/6雄性小鼠进行实验，并进行了体外培养的小胶质细胞和骨髓来源的巨噬细胞实验
126	2024-12-19	Single-Cell Analysis of Subcutaneous Fat Reveals Profibrotic Cells That Correlate With Visceral Adiposity in HIV 2024-Dec-18, The Journal of clinical endocrinology and metabolism DOI:10.1210/clinem/dgae369 PMID:38820087	研究论文	研究分析了HIV患者皮下脂肪的单细胞RNA测序数据，揭示了与内脏脂肪体积相关的成纤维细胞和中间巨噬细胞的比例增加	首次揭示了HIV患者皮下脂肪中特定细胞类型和转录程序与内脏脂肪体积的关系	需要进一步的纵向研究来确定方向性和机制	研究HIV患者皮下脂肪的细胞类型组成和转录程序与内脏脂肪体积的关系	HIV患者的皮下脂肪组织	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	92名HIV患者进行了皮下脂肪组织的bulk RNA测序，43名进行了单细胞RNA测序
127	2024-12-19	Novel Perspective on Sevoflurane-Induced Cognitive Dysfunction: Implications of Neuronal SIRPα and Microglial Synaptic Remodeling 2024-Dec-18, ACS chemical neuroscience IF:4.1Q2 DOI:10.1021/acschemneuro.4c00485 PMID:39644326	研究论文	本研究探讨了神经元SIRPα和微胶质突触重塑在七氟醚诱导的新生小鼠认知功能障碍中的作用	首次揭示了神经元SIRPα和微胶质突触重塑在七氟醚诱导的认知功能障碍中的作用，并发现了IRF8与SIRPα表达的相关性	研究仅在新生小鼠模型中进行，结果的普适性有待进一步验证	探讨七氟醚诱导的认知功能障碍的机制	新生小鼠的神经元SIRPα和微胶质突触重塑	NA	认知功能障碍	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	新生小鼠
128	2024-12-19	Initial regional cytoarchitectonic differences in dorsal and orbitobasal human developing frontal cortex revealed by spatial transcriptomics 2024-Dec-18, Brain structure & function IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00429-024-02865-6 PMID:39692769	研究论文	本文通过空间转录组学技术研究了人类发育中额叶皮质的背侧和眶额区域在转录水平上的细胞结构差异	发现了发育中的人类额叶皮质背侧和眶额区域在转录水平上的差异表达基因，证实了高级联合前额叶皮质的区域模式和特化在胎儿早期发育中已经出现	研究仅集中在15周孕龄的胎儿额叶皮质，未涵盖其他发育阶段	深入研究人类发育中额叶皮质的细胞结构特征在转录水平上的差异	人类发育中额叶皮质的背侧和眶额区域	NA	NA	NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler (DSP)	NA	基因表达数据	15周孕龄的胎儿额叶皮质样本
129	2024-12-19	Aging and head and neck cancer insights from single cell and spatial transcriptomic analyses 2024-Dec-18, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01672-z PMID:39692961	研究论文	本研究通过单细胞测序和空间转录组学分析，深入探讨了衰老相关基因（ARGs）在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的表达及其预后意义	本研究首次结合单细胞测序和空间转录组学分析，揭示了ARGs在HNSCC中的表达及其对预后的影响	本研究主要基于数据库数据和现有工具进行分析，缺乏实验验证	提供新的理论支持并为个性化治疗提供方向	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的衰老相关基因（ARGs）	数字病理学	头颈部癌症	单细胞测序、空间转录组学分析	Cox回归模型	基因表达数据	使用GSE139324系列数据和TCGA数据库中的样本
130	2024-12-19	An improved bacterial single-cell RNA-seq reveals biofilm heterogeneity 2024-Dec-17, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.97543 PMID:39689163	研究论文	本研究提出了一种改进的细菌单细胞RNA测序方法RiboD-PETRI，用于探索生物膜异质性	引入了一种新的方法RiboD，通过去除核糖体RNA衍生的cDNA，显著提高了mRNA检测率，解决了细菌单细胞RNA测序中rRNA过多的问题	NA	解决细菌单细胞RNA测序中rRNA过多的问题，并探索生物膜的异质性	细菌单细胞RNA测序和生物膜异质性	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
131	2024-12-19	A STT3A-dependent PD-L1 glycosylation modification mediated by GMPS drives tumor immune evasion in hepatocellular carcinoma 2024-Dec-17, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-024-01432-0 PMID:39690246	研究论文	本文研究了肝细胞癌中GMPS通过调节PD-L1的糖基化修饰促进肿瘤免疫逃逸的机制	首次揭示了GMPS通过调节PD-L1的糖基化修饰促进肝细胞癌免疫逃逸的机制，并提出了靶向GMPS作为肝细胞癌治疗新策略的可能性	实验主要集中在体外和细胞水平，缺乏临床试验验证	探索肝细胞癌快速生长和转移的调控机制，并寻找潜在的治疗靶点	肝细胞癌组织、GMPS、PD-L1、CD8 T细胞	数字病理学	肝癌	scRNA-Seq	NA	蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	晚期肝细胞癌组织
132	2024-12-19	Predictive significance of MPT-driven necrosis-related genes signature in gastric cancer and their impact on the tumor microenvironment 2024-Dec-17, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12094-024-03832-7 PMID:39690336	研究论文	本研究探讨了MPT驱动的坏死相关基因（MPTDNRGs）在胃癌（GC）中的预测意义及其对肿瘤免疫微环境（TIME）的影响	首次揭示了MPTDN相关基因在胃癌中的突变率和表达差异，并构建了预测胃癌预后的风险模型，同时评估了其对免疫治疗反应的影响	研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，未来需要更多临床样本的验证	探讨MPTDN相关基因在胃癌中的预测意义及其对肿瘤免疫微环境的影响	胃癌患者的MPTDN相关基因表达及其对预后和免疫治疗反应的影响	数字病理学	胃癌	RNA测序（RNA-seq）	LASSO回归	RNA序列数据	来自TCGA和GEO数据库的胃癌样本，以及尿路上皮癌样本用于验证
133	2024-12-19	Synovial innate immune exhaustion is associated with worse pain in knee osteoarthritis 2024-Dec-17, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43089 PMID:39690716	研究论文	研究探讨了膝关节骨性关节炎患者中滑膜先天免疫细胞耗竭与疼痛加剧之间的关系	首次揭示了滑膜先天免疫细胞耗竭与膝关节骨性关节炎患者疼痛加剧之间的关联，并提出了免疫调节巨噬细胞耗竭可能是治疗新靶点的观点	研究样本量较小，且仅限于膝关节骨性关节炎患者，结果的普适性有待进一步验证	旨在识别与膝关节骨性关节炎患者疼痛加剧相关的滑膜先天免疫细胞亚群及病理生理机制	膝关节骨性关节炎患者的滑膜组织及先天免疫细胞	NA	骨关节炎	空间转录组学、蛋白质组学、单细胞RNA测序	NA	组织	122名膝关节骨性关节炎患者的滑膜组织样本，其中32个样本用于空间转录组学和蛋白质组学分析，8个样本用于单细胞RNA测序
134	2024-12-19	Enhancing immuno-oncology investigations through multidimensional decoding of tumor microenvironment with IOBR 2.0 2024-Dec-16, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100910 PMID:39626665	研究论文	本文介绍了IOBR 2.0工具包，用于通过多组学数据对肿瘤微环境进行多维解码，以增强免疫肿瘤学研究	IOBR 2.0通过多组学数据整合和单细胞RNA测序数据构建基因特征和参考矩阵，提供了更全面的肿瘤-免疫相互作用分析	研究结果仍需在大规模临床队列中进行验证	通过多组学数据整合推进肿瘤微环境研究	肿瘤微环境及其与免疫疗法的关系	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组测序	NA	转录组数据	NA
135	2024-12-19	A statistical approach for systematic identification of transition cells from scRNA-seq data 2024-Dec-16, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100913 PMID:39644902	研究论文	本文提出了一种名为CellTran的统计方法，利用配对基因表达相关性从scRNA-seq数据中识别过渡细胞	该方法无需明确解析基因调控网络，即可检测过渡细胞，并揭示其独特的基因表达特征	NA	揭示驱动细胞状态转换的分子机制，并增强识别疾病干预治疗靶点的能力	从scRNA-seq数据中识别过渡细胞及其基因表达特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	统计方法	基因表达数据	涉及多种生物学背景的样本，包括组织再生、胚胎发育、癌前病变和疫苗接种后的体液反应
136	2024-12-19	Single-cell RNA sequencing algorithms underestimate changes in transcriptional noise compared to single-molecule RNA imaging 2024-Dec-16, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100933 PMID:39662473	研究论文	本文通过小分子扰动和单细胞RNA测序算法，比较了转录噪音在单细胞RNA测序和单分子RNA荧光原位杂交中的量化差异	首次通过单分子RNA荧光原位杂交验证了单细胞RNA测序算法在量化转录噪音时的系统性低估	所有单细胞RNA测序算法在量化噪音变化时均存在系统性低估	评估和比较不同单细胞RNA测序算法在量化转录噪音方面的准确性	人类和小鼠的单细胞RNA测序数据以及代表性基因的单分子RNA荧光原位杂交数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单分子RNA荧光原位杂交（smFISH）	NA	基因表达数据	人类和小鼠的单细胞RNA测序数据以及代表性基因的单分子RNA荧光原位杂交数据
137	2024-12-19	Cellular heterogeneity and cytokine signatures in acute myeloid leukemia: A novel prognostic model 2024-Dec-16, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102194 PMID:39689517	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了急性髓性白血病（AML）的细胞异质性和细胞因子特征，并构建了一个新的预后风险评分模型	本研究首次通过单细胞RNA测序揭示了AML患者骨髓样本中的多种细胞亚群，并基于关键细胞因子相关基因构建了一个预后风险评分模型	本研究依赖于公开数据集，可能无法完全代表所有AML患者的特征	研究AML的细胞异质性和细胞因子特征，并开发一个新的预后模型以提高诊断和治疗的精准性	急性髓性白血病患者的细胞异质性、细胞因子相关基因及其预后价值	数字病理学	血液系统恶性肿瘤	单细胞RNA测序	预后风险评分模型	基因表达数据	多个独立AML患者队列
138	2024-12-19	Expanding the landscape of antibody discovery 2024-Dec-16, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100936 PMID:39689694	研究论文	本文介绍了一种结合抗体-核糖体-mRNA复合物、抗原细胞表面展示和单细胞RNA测序技术的方法，用于筛选多样化的抗体基因库	本文创新性地将抗体-核糖体-mRNA复合物、抗原细胞表面展示和单细胞RNA测序技术结合，成功筛选出多样化的抗体基因库	NA	开发一种新的方法用于抗体-抗原配对发现	抗体基因库和病毒受体蛋白库	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
139	2024-12-19	Dynamics of Liver Cancer Cellular Taxa Revealed Through Single-cell RNA Sequencing: advances and challenges 2024-Dec-15, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217394 PMID:39689824	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在揭示肝癌细胞动态变化中的进展和挑战	单细胞RNA测序技术揭示了肝癌异质性和肿瘤微环境的关键分子驱动因素和表型景观	本文主要讨论了当前技术的挑战和局限性	探讨单细胞RNA测序技术在肝癌研究中的应用及其对个性化治疗的推动作用	肝癌的细胞动态变化、肿瘤微环境及其分子驱动因素	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
140	2024-12-19	Supervised Screening of EGFR Inhibitors Validated through Computational Structural Biology Approaches 2024-Dec-12, ACS medicinal chemistry letters IF:3.5Q2 DOI:10.1021/acsmedchemlett.4c00385 PMID:39691517	研究论文	本研究整合多组学数据，利用机器学习方法筛选EGFR抑制剂，并通过计算结构生物学方法验证其有效性	本研究创新性地结合了多组学数据和机器学习方法，筛选出具有潜在抗乳腺癌活性的EGFR抑制剂，并通过计算结构生物学方法验证其分子相互作用和构象动力学	本研究主要基于细胞系数据和计算模型，尚未进行体内实验验证	筛选和验证针对乳腺癌中EGFR过表达的有效治疗化合物	乳腺癌细胞系中的EGFR抑制剂	机器学习	乳腺癌	单细胞RNA测序	支持向量机、人工神经网络、随机森林	多组学数据	使用了来自Cancer Cell Line Encyclopedia和Genomics of Drug Sensitivity in Cancer数据库的乳腺癌细胞系数据