单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-04-02	Cytokine expression and cytokine-mediated cell-cell communication during skeletal muscle regeneration revealed by integrative analysis of single-cell RNA sequencing data 2024-Dec, Journal of cell communication and signaling IF:3.6Q3 DOI:10.1002/ccs3.12055 PMID:39691872	研究论文	通过整合分析单细胞RNA测序数据，揭示了骨骼肌再生过程中细胞因子的表达及其介导的细胞间通讯	整合了15个公开可用的单细胞RNA测序数据集，全面分析了393种注释的小鼠细胞因子在再生肌肉中的表达，揭示了广泛的、动态的细胞因子表达和双向细胞间通讯	研究仅关注早期再生时间点（0、2、5和7天），未涵盖整个再生过程	探究骨骼肌再生过程中细胞因子的表达及其在细胞间通讯中的作用	小鼠骨骼肌再生过程中的细胞因子表达和细胞间通讯	单细胞RNA测序分析	骨骼肌损伤	scRNA-seq	CellChat	单细胞RNA测序数据	15个公开可用的scRNA-seq数据集
122	2025-03-30	Scaling deep identifiable models enables zero-shot characterization of single-cell biological states 2024-Dec-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.11.566161 PMID:38014345	research paper	本文介绍了一种名为scShift的深度可识别模型，用于解决单细胞RNA-seq数据分析中的批次效应问题，并展示了其在零样本表征单细胞生物状态方面的能力	开发了scShift，一个深度变分推理框架，能够有效解耦批次依赖和独立的变异，并在大规模单细胞图谱训练中展现出零样本能力	未明确提及具体限制，但可能依赖于大规模数据集的有效性和多样性	解决单细胞RNA-seq数据分析中的批次效应问题，实现跨数据集的生物差异识别	单细胞RNA-seq数据，特别是肺纤维化状态和COVID-19后纤维化	machine learning	lung fibrosis, COVID-19	scRNA-seq	deep variational inference framework	single-cell RNA-seq data	超过200个训练的scShift模型，涉及大规模单细胞图谱
123	2025-03-29	Postischemic inactivation of HIF prolyl hydroxylases in endothelium promotes maladaptive kidney repair by inducing glycolysis 2024-Dec-02, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI176207 PMID:39621585	研究论文	本文研究了内皮细胞中氧感应脯氨酰羟化酶（PHD）在缺血性急性肾损伤（AKI）后肾脏修复中的作用	发现内皮PHD1、PHD2和PHD3的同时失活会通过诱导糖酵解促进肾脏不良修复，并揭示了MCT4抑制剂syrosingopine的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型，人类肾脏样本的验证有限	探索缺血性AKI向CKD转变的内皮细胞机制	小鼠和人类肾脏内皮细胞	肾脏病学	急性肾损伤和慢性肾病	scRNA-Seq	PHDTiEC小鼠模型	基因表达数据	小鼠和人类肾脏样本
124	2025-03-28	Cycling alpha cells in regenerative drug-treated human pancreatic islets may serve as key beta cell progenitors 2024-Dec-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101832 PMID:39626675	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了DYRK1A抑制剂在人类胰岛中促进α细胞转化为β细胞的潜在机制	首次发现循环α细胞可能是DYRK1A抑制剂作用下转化为β细胞的前体细胞	研究机制尚未完全阐明，且未进行体内功能验证	探索恢复糖尿病患者β细胞数量的潜在治疗方法	人类胰岛细胞	再生医学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	药物处理的人类胰岛细胞样本
125	2025-03-27	Arctiin alleviates knee osteoarthritis by suppressing chondrocyte oxidative stress induced by accumulated iron via AKT/NRF2/HO-1 signaling pathway 2024-12-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-83383-7 PMID:39738432	研究论文	研究探讨了Arctiin（ARC）通过抑制铁积累诱导的软骨细胞氧化应激，减轻膝骨关节炎（KOA）的作用机制	首次揭示了ARC通过AKT/NRF2/HO-1信号通路减轻KOA中软骨细胞氧化应激的作用	研究未涉及ARC在人体中的长期安全性和有效性	阐明ARC在铁积累诱导的KOA中的治疗作用及其机制	膝骨关节炎患者的软骨细胞	骨关节炎研究	膝骨关节炎	单细胞RNA测序、CCK-8检测、Annexin V-FITC/PI染色、Q-RTPCR、Western Blotting、Micro-CT、Safranin O-Fast Green染色	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据、影像数据	未明确说明样本数量，涉及KOA患者和非KOA个体的软骨细胞
126	2025-03-27	Integrated analyses of Mendelian randomization, eQTL, and single-cell transcriptome identify CCN3 as a potential biomarker in aortic dissection 2024-12-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-83611-0 PMID:39738466	研究论文	本研究通过整合孟德尔随机化、eQTL和单细胞转录组分析，探讨血浆分泌蛋白作为主动脉夹层(AD)潜在生物标志物的可能性，并鉴定出CCN3作为潜在的保护性生物标志物	首次整合多种分析方法鉴定AD相关血浆蛋白生物标志物，并发现CCN3在AD中的保护作用	样本量有限，需要更大规模研究验证结果	探索主动脉夹层的血浆蛋白生物标志物	主动脉夹层患者和健康对照	生物信息学	心血管疾病	GWAS、eQTL分析、单细胞转录组测序、qPCR、ELISA	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质数据	三个GEO数据集和实验验证样本（数量未明确说明）
127	2025-03-27	Claudin 7 suppresses invasion and metastasis through repression of a smooth muscle actin program 2024-Dec-02, The Journal of cell biology IF:7.4Q1 DOI:10.1083/jcb.202311002 PMID:39320351	research paper	研究揭示了Claudin 7通过抑制平滑肌肌动蛋白相关基因的表达来抑制乳腺癌的侵袭和转移	首次明确了Claudin 7在乳腺癌转移中的抑制作用及其通过调控平滑肌肌动蛋白相关基因的机制	研究主要基于小鼠模型和人类细胞系，尚未在更广泛的临床样本中验证	探究Claudin 7在乳腺癌侵袭和转移中的作用机制	小鼠乳腺癌模型器官、人类细胞系、新鲜人类肿瘤组织、RNA-seq数据	癌症生物学	乳腺癌	RNA-seq、单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	小鼠乳腺癌模型器官、人类细胞系、新鲜人类肿瘤组织及公共RNA-seq数据
128	2025-03-27	Different gene expression patterns between mouse and human brain pericytes revealed by single-cell/nucleus RNA sequencing 2024-12, Vascular pharmacology IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.vph.2024.107434 PMID:39423955	研究论文	通过单细胞/核RNA测序技术比较了小鼠和人类大脑周细胞的基因表达模式	首次系统地比较了小鼠和人类大脑周细胞的基因表达差异，并识别了物种特异性基因	研究仅基于两种单细胞RNA测序平台的数据，可能未涵盖所有潜在的基因表达差异	比较小鼠和人类大脑周细胞的基因表达模式，为周细胞的转化研究提供资源	小鼠和人类大脑周细胞	基因组学	神经系统疾病	单细胞/核RNA测序（Smart-seq和10x）	NA	RNA测序数据	四个小鼠和人类成年大脑周细胞的单细胞/核RNA测序数据集
129	2025-03-27	Targeting GSDME-mediated macrophage polarization for enhanced antitumor immunity in hepatocellular carcinoma 2024-Dec, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-024-01231-0 PMID:39496854	研究论文	本研究探讨了GSDME介导的巨噬细胞极化在肝细胞癌（HCC）抗肿瘤免疫中的作用及其潜在治疗策略	发现GSDME在抗PD1耐药患者中显著上调，并揭示了GSDME通过激活PI3K-AKT通路促进M2样巨噬细胞极化的机制，提出Eliprodil与抗PD1联合治疗的新策略	样本量较小（仅9例HCC患者），需要更大规模的临床研究验证	探索增强肝细胞癌抗肿瘤免疫的新机制和治疗策略	肝细胞癌患者肿瘤组织、肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）、CD8+T细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	RNA测序、单细胞测序、流式细胞术	c-Myc+/+;Alb-Cre+/+小鼠自发性HCC模型、尾静脉注射模型	RNA测序数据、单细胞测序数据、流式细胞数据	9例HCC患者的肿瘤组织
130	2025-03-26	Development of a prognostic gene signature and exploration of P4HA1 in the modulation of cuproptosis in colorectal cancer 2024-12-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-82625-y PMID:39738206	research paper	本研究通过分析TCGA数据库中的结直肠癌患者转录组和临床数据，探讨铜死亡在结直肠癌中的作用，并开发了一个包含六个关键基因的预后模型	首次开发了一个基于铜死亡相关基因的预后模型，并发现P4HA1作为关键基因在调节铜死亡和肿瘤进展中的作用	研究主要依赖于公共数据库数据，缺乏大规模前瞻性临床验证	探索铜死亡在结直肠癌中的作用并开发预后模型	结直肠癌患者	digital pathology	colorectal cancer	WGCNA, LASSO回归, 随机森林, 单细胞测序	预后模型	转录组数据, 临床数据	TCGA数据库中的结直肠癌患者样本及两个独立外部验证数据集
131	2025-03-23	Identification and validation of up-regulated TNFAIP6 in osteoarthritis with type 2 diabetes mellitus 2024-12-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-82985-5 PMID:39733138	研究论文	本研究通过转录组分析探讨了2型糖尿病（T2DM）与骨关节炎（OA）之间的关系，并验证了TNFAIP6在T2DM相关OA中的上调表达	首次在转录水平上研究了T2DM与OA之间的关系，并发现TNFAIP6在T2DM相关OA中的关键作用	研究主要基于RNA测序数据，缺乏更深入的分子机制验证	探讨T2DM与OA之间的分子关联，寻找潜在的诊断和治疗靶点	2型糖尿病（T2DM）和骨关节炎（OA）患者	生物信息学	骨关节炎	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	加权基因共表达网络分析（WGCNA）	RNA测序数据	大鼠软骨细胞和人类关节软骨样本
132	2025-03-23	A prognostic molecular signature of hepatic steatosis is spatially heterogeneous and dynamic in human liver 2024-Dec-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101871 PMID:39657669	研究论文	本文通过整合临床表型、循环蛋白质组学和组织转录组学，识别了肝脂肪变性的动态功能生物标志物	使用多模态成像和广泛的蛋白质组分析，识别了与肝脂肪变性进展相关的蛋白质，并通过空间转录组学揭示了这些转录本在脂肪变性区域中的差异表达	NA	识别肝脂肪变性的动态功能生物标志物，并探索其在脂肪肝疾病和多系统代谢结果中的关联	人类肝脏	生物医学	脂肪肝	多模态成像、蛋白质组分析、空间转录组学	NA	蛋白质组数据、转录组数据	NA
133	2025-03-22	Single-cell transcriptome analysis of stem cells from human exfoliated deciduous teeth investigating functional heterogeneity in immunomodulation 2024-12-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-82734-8 PMID:39732760	研究论文	本文通过单细胞转录组分析研究了人类脱落乳牙干细胞（SHED）在免疫调节中的功能异质性	揭示了SHED在不同分化状态下的免疫调节能力，并比较了其与人类骨髓来源间充质干细胞（hBMSCs）和人类脐带来源间充质干细胞（hUCMSCs）的免疫调节特性	研究主要基于体外实验，未涉及体内实验验证	探讨SHED在炎症和自身免疫疾病治疗中的潜力	人类脱落乳牙干细胞（SHED）	单细胞转录组学	炎症和自身免疫疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	未明确提及具体样本数量
134	2025-03-22	Extrasinusoidal macrophages are a distinct subset of immunologically active dural macrophages 2024-12-20, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adh1129 PMID:39705337	研究论文	本文通过单细胞转录组学、命运图谱、共聚焦成像、克隆分析和转基因小鼠模型，全面表征了硬脑膜外窦巨噬细胞，揭示了它们在自身免疫性神经炎症中的作用	首次全面表征了硬脑膜外窦巨噬细胞，揭示了其与软脑膜和中枢神经系统实质巨噬细胞在起源、扩展动力学和转录谱上的差异，并发现其在自身免疫性神经炎症中执行凋亡粒细胞的吞噬作用	研究中使用的转基因小鼠模型可能无法完全模拟人类疾病状态，且单细胞转录组学数据的解释可能存在偏差	研究硬脑膜外窦巨噬细胞的细胞和功能异质性，及其在生理和病理过程中的作用	硬脑膜外窦巨噬细胞	免疫学	自身免疫性神经炎症	单细胞转录组学、命运图谱、共聚焦成像、克隆分析、转基因小鼠模型	NA	单细胞转录组数据、成像数据	转基因小鼠模型
135	2025-03-21	Hematopoietic stem cell heterogeneity and age-related platelet bias: implications for bone marrow transplantation and blood disorders 2024-Dec-02, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-024-04084-6 PMID:39623507	研究论文	本文探讨了造血干细胞（HSCs）的异质性和与年龄相关的血小板偏向性，及其对骨髓移植和血液疾病的影响	揭示了血小板偏向性造血干细胞（P-HSCs）的存在及其在衰老过程中的扩展，提供了跨物种血小板偏向性HSCs的进化保守性证据	当前方法学存在局限性，需要进一步研究以优化HSC疗法并改善血液疾病的临床结果	研究HSCs的异质性和血小板偏向性对骨髓移植和血液疾病的影响	造血干细胞（HSCs）	血液学	血液疾病	单细胞RNA测序，分子条形码	NA	NA	NA
136	2025-03-21	Local Controlled Delivery of IL-4 Decreases Inflammatory Bone Loss in a Murine Model of Periodontal Disease 2024-Dec-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2400332 PMID:39465979	研究论文	本文探讨了在慢性炎症性疾病中，通过局部控制递送IL-4来减少炎症性骨丢失的可行性	使用可生物降解聚合物载体封装IL-4，并在口腔内局部递送，以靶向巨噬细胞，从而减少炎症性骨丢失并促进骨再生	研究仅在鼠类模型中进行，尚未在人体中验证其效果	评估在慢性炎症性疾病中，通过局部控制递送IL-4来减少炎症性骨丢失的可行性	鼠类模型中的牙周病	免疫学	牙周病	单细胞RNA测序技术	NA	基因表达数据	鼠类模型
137	2025-03-19	Altered Purinergic Signaling and CD8+ T Cell Dysregulation in STAT3 GOF Syndrome 2024-Dec-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.12.626682 PMID:39713308	研究论文	本文研究了STAT3功能获得性突变（GOF）导致的CD8+ T细胞功能失调及其分子机制	揭示了STAT3 GOF通过改变嘌呤能信号通路导致CD8+ T细胞功能失调的新机制	研究主要基于STAT3 GOF患者和小鼠模型，可能不适用于其他类型的免疫失调疾病	探讨STAT3 GOF变异如何导致CD8+ T细胞功能失调及其分子机制	STAT3 GOF患者和小鼠模型中的CD8+ T细胞	免疫学	自身免疫性疾病	高维免疫分析、单细胞RNA测序、功能评估	NA	基因表达数据、功能数据	STAT3 GOF患者和小鼠模型的CD8+ T细胞
138	2025-03-19	Single-cell analysis reveals a unique microenvironment in peri-implantitis 2024-12, Journal of clinical periodontology IF:5.8Q1 DOI:10.1111/jcpe.13982 PMID:38566468	研究论文	本研究通过单细胞分析揭示了种植体周围炎的独特微环境	首次通过单细胞RNA测序技术比较了种植体周围炎、牙周炎和健康个体的微环境差异，发现了种植体周围炎特有的免疫微环境特征	样本量有限，未进行长期随访研究	揭示种植体周围炎的独特微环境，为寻找新的治疗方法提供依据	种植体周围炎患者、牙周炎患者和健康个体的活检样本	数字病理学	牙周病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	种植体周围炎患者、牙周炎患者和健康个体的活检样本
139	2025-03-16	Gpnmb and Spp1 mark a conserved macrophage injury response masking fibrosis-specific programming in the lung 2024-Dec-20, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.182700 PMID:39509324	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了小鼠肺部损伤后巨噬细胞的不同亚群及其在纤维化和非纤维化修复中的作用	揭示了Gpnmb和Spp1标记的巨噬细胞亚群在组织损伤中的保守反应，并发现这些细胞不足以驱动纤维化	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步研究	探讨肺部损伤后巨噬细胞亚群在纤维化和非纤维化修复中的作用	小鼠肺部巨噬细胞	数字病理	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠肺部巨噬细胞样本
140	2025-03-16	Predicting lung aging using scRNA-Seq data 2024-Dec, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012632 PMID:39700255	研究论文	本文开发了一种名为PolyEN的新回归模型，用于基于单细胞RNA测序数据预测年龄	提出了PolyEN模型，该模型能够学习随时间变化的基因表达连续表示，并整合基因信息进行年龄预测	NA	基于单细胞RNA测序数据进行年龄预测，以了解患者对多种疾病和状况的易感性	肺上皮细胞和肺内皮细胞	生物信息学	肺病	scRNA-Seq	PolyEN	单细胞RNA测序数据	NA