单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-05-15	Single-cell RNA sequencing of the holothurian regenerating intestine reveals the pluripotency of the coelomic epithelium 2024-Dec-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.01.601561 PMID:39005414	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究海参再生肠道的细胞组成，揭示了体腔上皮的多能性	首次应用scRNA-seq和HCR-FISH技术解析海参再生芽基的细胞群，发现四种新的前体细胞群	研究仅关注再生芽基的转录组特征，未涉及功能验证实验	探究海参肠道再生过程中芽基细胞的分子特征	海参再生肠道中的细胞群	单细胞组学	NA	scRNA-seq, HCR-FISH	NA	单细胞转录组数据	13个不同的细胞簇
122	2025-05-15	Cancer-specific innate and adaptive immune rewiring drives resistance to PD-1 blockade in classic Hodgkin lymphoma 2024-12-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54512-7 PMID:39737927	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和空间分析，揭示了经典霍奇金淋巴瘤(cHL)中PD-1阻断反应的免疫重编程机制	发现了循环和肿瘤浸润的IL1β单核细胞/巨噬细胞群体在cHL患者中的存在，并揭示了其在PD-1阻断抵抗中的作用	研究样本可能有限，未明确提及样本量，且结果主要基于cHL患者，可能不适用于其他癌症类型	探究cHL患者对PD-1阻断反应的免疫机制	经典霍奇金淋巴瘤(cHL)患者和健康捐赠者的免疫细胞	肿瘤免疫学	经典霍奇金淋巴瘤	单细胞RNA测序, 空间分析	NA	RNA测序数据, 空间分析数据	NA
123	2025-05-15	Immune checkpoint inhibitor-induced severe epidermal necrolysis mediated by macrophage-derived CXCL10 and abated by TNF blockade 2024-12-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54180-7 PMID:39737932	研究论文	本文研究了免疫检查点抑制剂（ICI）诱导的严重表皮坏死松解症的发病机制，并探讨了TNF阻断剂在治疗中的作用	发现巨噬细胞来源的CXCL10在ICI诱导的SJS/TEN中起关键作用，并通过TNF阻断剂治疗显著改善患者症状	样本量较小（25名患者），且研究结果需进一步验证	探究ICI诱导的严重皮肤不良反应（SCAR）的发病机制及潜在治疗方法	ICI诱导的Stevens-Johnson综合征/中毒性表皮坏死松解症（SJS/TEN）患者	免疫治疗	皮肤不良反应	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	25名ICI诱导的SJS/TEN患者
124	2025-05-14	Aging-induced immune microenvironment remodeling fosters melanoma in male mice via γδ17-Neutrophil-CD8 axis 2024-12-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55164-3 PMID:39738047	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了雄性小鼠中衰老如何通过γδ17-中性粒细胞-CD8轴促进黑色素瘤转移	发现了衰老通过下调S1pr1受体驱动γδ17T细胞扩增，进而招募促肿瘤中性粒细胞抑制CD8+T细胞功能的机制	研究仅针对雄性小鼠模型，未涵盖雌性个体	探究衰老免疫系统促进肿瘤转移的分子机制	雄性小鼠的肺免疫微环境	肿瘤免疫学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本量（基于年轻与老年雄性小鼠对比）
125	2025-05-14	Pax3/7 gene function in Oikopleura dioica supports a neuroepithelial-like origin for its house-making Fol territory 2024-12, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.08.012 PMID:39181419	research paper	研究Pax3/7基因在Oikopleura dioica中对其房屋制造区域Fol的功能支持，提出其可能具有神经上皮样起源	首次通过CRISPR-Cas9突变株和scRNA-seq数据分析，揭示了pax37B而非pax37A在Fol区域细胞分化中的关键作用，并提出了Fol区域高度特化的分泌上皮细胞可能维持或进化出神经上皮特征的新观点	研究仅限于Oikopleura dioica这一特定物种，结论在其他物种中的普适性有待验证	探究Pax3/7基因在Oikopleura dioica房屋制造上皮（OE）发育中的作用	Oikopleura dioica的pax37A和pax37B基因及其在OE发育中的功能	发育生物学	NA	CRISPR-Cas9基因编辑、scRNA-seq	NA	基因表达数据、单细胞转录组数据	野生型和CRISPR-Cas9突变株的Oikopleura dioica样本
126	2025-05-13	The relationship between Sjögren's syndrome and recurrent pregnancy loss: a bioinformatics analysis 2024-12, Reproductive biomedicine online IF:3.7Q1 DOI:10.1016/j.rbmo.2024.104363 PMID:39299134	research paper	通过生物信息学分析揭示干燥综合征与复发性流产之间的基因相关性	首次揭示干燥综合征与复发性流产共享生物学通路，并鉴定出关键基因KCNN3	研究基于公开数据库数据，需进一步实验验证	探索干燥综合征与复发性流产之间的基因相关性	干燥综合征和复发性流产患者的基因数据	生物信息学	干燥综合征, 复发性流产	WGCNA, limma分析, 单细胞RNA测序, ceRNA网络构建	NA	基因表达数据	来自Gene Expression Omnibus数据库的样本数据
127	2025-05-10	Multivariate stochastic modeling for transcriptional dynamics with cell-specific latent time using SDEvelo 2024-12-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55146-5 PMID:39738101	研究论文	本文提出了一种名为SDEvelo的生成方法，通过多元随机微分方程（SDE）建模未剪接和剪接RNA的动态，以推断RNA速度	SDEvelo首次通过多元随机微分方程建模RNA速度，显式地模拟转录动态中的固有不确定性，并估计跨基因的细胞特异性潜在时间	未提及具体局限性	改进单细胞RNA测序（scRNA-seq）研究中的动态建模方法，以更准确地重建和预测细胞分化和状态转换的定向轨迹	未剪接和剪接RNA的动态	生物信息学	癌症	scRNA-seq, 空间转录组学	SDE	单细胞RNA测序数据, 空间转录组学数据	模拟数据和四个scRNA-seq及空间转录组学数据集
128	2025-05-10	Systemic immune profiling analysis identifying M2-TAM related genes predicted colon cancer prognosis and chemotherapy responses 2024-Dec-27, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000040979 PMID:39969348	research paper	该研究通过系统性免疫分析识别与M2-TAM相关的基因，预测结肠癌的预后和化疗反应	开发了新的M2样巨噬细胞标记物，构建了基于M2的预后模型，并验证了其独立预后因素的作用	研究依赖于公共数据库数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探索与M2样巨噬细胞相关的基因特征，以预测结肠癌的预后和化疗反应	结肠癌患者	digital pathology	colon cancer	bulk transcriptome, single-cell RNA sequencing, weighted gene coexpression network analysis, least absolute shrinkage and selection operator, Cox regression	risk model	RNA sequencing data, clinical data	来自The Cancer Genome Atlas和Gene Expression Omnibus数据库的结肠癌患者数据
129	2025-05-10	Interpretable single-cell factor decomposition using sciRED 2024-Dec-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.01.605536 PMID:39149356	研究论文	本文介绍了一种名为sciRED的方法，用于改进单细胞RNA测序数据的因子分析解释性	开发了sciRED方法，通过消除已知混杂效应、使用旋转提高因子可解释性、将因子映射到已知协变量等方式，改进了单细胞RNA测序数据的因子分析	NA	提高单细胞RNA测序数据因子分析的解释性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	sciRED	基因表达数据	多个scRNA-seq数据集（包括肾脏图谱、PBMC数据集、大鼠肝脏图谱和健康人类肝脏图谱）
130	2025-05-08	Induced B-Cell Receptor Diversity Predicts PD-1 Blockade Immunotherapy Response 2024-Dec-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.03.626669 PMID:39677742	research paper	研究通过单细胞RNA测序和高清空间转录组学分析，揭示了B细胞受体多样性在预测PD-1阻断免疫治疗反应中的作用	发现PD-1抑制成功反应的特征是治疗后B细胞受体克隆多样性的诱导，并验证了其作为跨多种癌症治疗反应预测因子的普遍性	研究样本主要集中在特定类型的癌症患者，可能限制了结果的广泛适用性	探索PD-1阻断免疫治疗反应的机制，并寻找预测治疗反应的生物标志物	局部晚期或转移性基底细胞癌患者，以及胶质母细胞瘤、黑色素瘤和头颈部鳞状细胞癌患者	digital pathology	basal cell carcinoma, glioblastoma, melanoma, head and neck squamous cell carcinoma	single-cell RNA sequencing, high-definition spatial transcriptomics, spatial immunoreceptor profiling	machine learning	RNA sequencing data	一组局部晚期或转移性基底细胞癌患者，以及更大的胶质母细胞瘤、黑色素瘤和头颈部鳞状细胞癌患者队列
131	2025-05-07	Biophysical model for joint analysis of chromatin and RNA sequencing data 2024-Dec, Physical review. E DOI:10.1103/PhysRevE.110.064405 PMID:39916216	研究论文	提出了一种用于联合分析染色质和RNA测序数据的生物物理模型	开发了一种生物物理模型，用于参数化多组数据，并评估多组数据相对于未注册的单细胞RNA-seq和单细胞ATAC-seq的优势	未提及具体样本量或实验验证的局限性	研究如何联合分析染色质可及性和基因表达数据，以评估多组数据的优势	染色质动态和转录过程	生物信息学	NA	ATAC-seq, RNA-seq, 单细胞多组学方法	生物物理模型	测序数据	NA
132	2025-05-04	TCR transgenic clone selection guided by immune receptor analysis and single-cell RNA expression of polyclonal responders 2024-Dec-30, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.98344 PMID:39854619	研究论文	本文介绍了一种利用单细胞测序和TCR库分析快速选择最佳TCR转基因克隆的方法，并成功生成了针对SARS-CoV-2 Spike蛋白的特异性TCR转基因小鼠	结合单细胞测序和TCR库分析，无需杂交瘤筛选即可快速选择最佳TCR克隆，并生成特异性TCR转基因小鼠	方法依赖于单细胞测序和TCR库分析技术，可能对实验条件和技术要求较高	开发一种快速选择抗原特异性TCR序列并生成TCR转基因小鼠的方法	T细胞受体(TCR)转基因克隆和SARS-CoV-2 Spike蛋白特异性CD8 T细胞	免疫学	COVID-19	单细胞测序、TCR库分析、PCR克隆	CORSET8转基因小鼠模型	单细胞RNA表达数据、TCR序列数据	NA
133	2025-05-04	NK cell exhaustion in Wilson's disease revealed by single-cell RNA sequencing predicts the prognosis of cholecystitis 2024-Dec-30, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.98867 PMID:39854622	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示威尔逊病中NK细胞耗竭与胆囊炎预后的关系	首次在威尔逊病中发现NK细胞耗竭现象，并证实其与胆囊炎不良预后的相关性	研究为回顾性临床研究，需要进一步的前瞻性研究验证	探究威尔逊病中代谢异常如何影响胆囊炎风险及预后的机制	威尔逊病患者及其肝脏免疫细胞	数字病理学	威尔逊病, 胆囊炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据, 临床数据	未明确说明样本量的威尔逊病患者队列
134	2025-05-03	Single-cell RNA sequencing reveals S100A8/A9hi neutrophils-induced endothelial cell death and lymphocyte infiltration after ischemic stroke 2024-12-31, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.151023 PMID:39579533	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究缺血性中风后中性粒细胞、内皮细胞和T细胞的转录变化及其对血脑屏障破坏的影响	揭示了S100A8/A9高表达中性粒细胞诱导的内皮细胞死亡和淋巴细胞浸润的新机制，并发现S100A8/A9抑制剂paquinimod具有神经保护作用	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平的功能验证	探究缺血性中风后免疫细胞与血脑屏障之间的相互作用机制	中性粒细胞、内皮细胞和T细胞	生物医学	缺血性中风	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	未明确说明样本数量
135	2025-05-03	Revealing the roles of IL-7R in abdominal aortic aneurysm through integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq 2024-12-31, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.151042 PMID:39586133	研究论文	通过整合单细胞RNA-seq和批量RNA-seq分析，揭示IL-7R在腹主动脉瘤中的作用	首次通过整合单细胞和批量RNA-seq数据，发现IL-7R在腹主动脉瘤中的关键作用及其通过JAK/STAT通路促进IFN-γ分泌的机制	研究主要基于公共数据库数据，缺乏临床样本验证	探索腹主动脉瘤的发病机制及潜在治疗靶点	腹主动脉瘤组织中的基因表达及免疫细胞	生物信息学	心血管疾病	批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 免疫荧光染色	NA	RNA-seq数据, 单细胞数据	三个批量RNA-seq数据集及单细胞RNA-seq数据
136	2025-05-02	Single-cell transcriptomic profiling of lung fibroblasts in a bleomycin-induced systemic sclerosis mouse model 2024-12-31, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.151017 PMID:39608052	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究系统性硬化症小鼠模型中肺成纤维细胞的作用	识别出两种不同的成纤维细胞亚群：nephronectin阳性(NPNT)和peptidase inhibitor 16阳性(PI16)细胞，并比较了皮下和气管内博来霉素诱导的小鼠模型	研究仅基于小鼠模型，结果可能无法完全适用于人类	探索系统性硬化症相关肺纤维化的分子机制	系统性硬化症小鼠模型中的肺成纤维细胞	数字病理学	系统性硬化症	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	博来霉素诱导的小鼠模型
137	2025-05-02	Surface Molecular Markers for the Isolation of Viable Fibroblast Subpopulations in the Female Reproductive Tract: A Comprehensive Review 2024-Dec-30, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26010233 PMID:39796089	综述	本文综述了女性生殖道中成纤维细胞亚群的表面分子标记及其在选择性细胞分离中的潜在应用	利用单细胞RNA测序(scRNA-seq)和荧光激活细胞分选(FACS)技术，鉴定了女性生殖系统中多种成纤维细胞亚型及其特异性表面标记	成纤维细胞亚群的分子特征定义仍面临挑战	识别和表征成纤维细胞亚群及其特异性表面标记，探索其在临床应用中作为分子靶点的潜力	女性生殖系统中的成纤维细胞亚群	生物分子与医学研究	NA	scRNA-seq, FACS	NA	转录组数据	基于两千多篇研究文章的分析
138	2025-05-02	Differential Expression of CXCL12 in Human and Mouse Hair: Androgens Induce CXCL12 in Human Dermal Papilla and Dermal Sheath Cup 2024-Dec-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26010095 PMID:39795953	research paper	研究揭示了CXCL12在人和小鼠毛发中的差异表达，以及雄激素如何诱导人类真皮乳头和真皮鞘杯细胞中CXCL12的表达	首次证明雄激素诱导的CXCL12对人类真皮乳头细胞和真皮鞘杯细胞的直接影响，并提出了通过抗体抑制CXCL12作为治疗雄性激素性脱发的潜在策略	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，未涉及体内治疗效果的直接验证	探究CXCL12在人和小鼠毛发中的表达差异及其在雄性激素性脱发中的作用机制	人类和小鼠的真皮乳头细胞(DPCs)和真皮鞘杯细胞(DSCs)	分子生物学	雄性激素性脱发(AGA)	单细胞RNA测序、免疫组织化学、毛发器官培养	NA	RNA测序数据、免疫组织化学图像	人类和小鼠的皮肤样本
139	2025-05-02	MPCD Index for Hepatocellular Carcinoma Patients Based on Mitochondrial Function and Cell Death Patterns 2024-Dec-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26010118 PMID:39795978	研究论文	本研究基于线粒体功能和细胞死亡模式，构建了一个肝细胞癌患者的MPCD指数，用于分类患者并研究其多组学特征、免疫微环境和药物敏感性	首次结合线粒体功能和程序性细胞死亡模式构建MPCDI指数，并发现其与免疫治疗反应和药物敏感性的关联	研究结果需要进一步临床验证，且样本来源仅限于公开数据库	探索肝细胞癌中线粒体功能与细胞死亡模式的关系，并开发新的预后标志物	肝细胞癌患者	生物信息学	肝细胞癌	scRNA-seq, RNA-seq	机器学习框架	单细胞数据和转录组数据	来自TCGA、GEO和ICGC数据库的数据
140	2025-05-02	Advances in DNA/RNA Sequencing and Their Applications in Acute Myeloid Leukemia (AML) 2024-Dec-25, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26010071 PMID:39795930	综述	探讨DNA/RNA测序技术在急性髓系白血病（AML）中的最新进展及其临床应用潜力与限制	总结了DNA/RNA测序技术（如WGS、WES、RNA-Seq和scRNA-Seq）在AML分子机制研究中的关键作用，特别是发现驱动突变和白血病干细胞（LSCs）亚群	临床广泛应用受限于成本、数据复杂性和伦理问题	提升AML的诊断、预后评估和个性化治疗开发	急性髓系白血病（AML）及其分子特征	基因组学	急性髓系白血病	WGS, WES, RNA-Seq, scRNA-Seq	NA	基因组和转录组数据	NA