单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-12-20	Intestinal metaplasia key molecules and UPP1 activation via Helicobacter pylori /NF-kB: drivers of malignant progression in gastric cancer 2024-Dec-18, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03598-6 PMID:39695769	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序分析，研究了胃癌发展过程中的分子和细胞动态变化	首次构建了详细的单细胞图谱，揭示了胃上皮细胞在肠化生过程中获得类肠干细胞表型的现象，并发现了UPP1作为关键癌基因在胃癌进展中的作用	研究仅限于胃窦黏膜活检样本，未涵盖其他部位的胃黏膜	揭示胃癌发生过程中分子和细胞的动态变化，探索癌前病变的关键分子	胃窦黏膜的单细胞RNA测序数据，涵盖非萎缩性胃炎、慢性萎缩性胃炎、肠化生和早期胃癌等多个阶段	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	26,028个高质量的胃窦黏膜细胞
102	2024-12-20	Application of Single-Cell Genomics to Animal Models of Periodontitis and Peri-Implantitis 2024-Dec-18, Journal of clinical periodontology IF:5.8Q1 DOI:10.1111/jcpe.14093 PMID:39695834	综述	本文综述了单细胞基因组学技术在牙周炎和种植体周围炎动物模型中的应用	通过单细胞RNA测序（scRNAseq）揭示了牙周炎和种植体周围炎中的细胞异质性和特定细胞作用，克服了传统批量RNA测序的局限性	目前研究主要集中在动物模型上，尚未广泛应用于临床实践	旨在整合单细胞基因组学技术与牙周炎和种植体周围炎的动物模型，以深入理解疾病发病机制并推动精准治疗的发展	牙周炎和种植体周围炎的动物模型	数字病理学	牙周疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因组数据	动物模型
103	2024-12-20	Spall: accurate and robust unveiling cellular landscapes from spatially resolved transcriptomics data using a decomposition network 2024-Dec-18, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-06003-1 PMID:39695962	研究论文	本文提出了一种名为Spall的新型分解网络，用于从空间转录组数据中准确推断细胞类型比例，并揭示细胞分布模式	Spall引入了GATv2模块，采用灵活的动态注意力机制来捕捉spots之间的关系，并结合跳跃连接以减少细胞特异性信息的丢失，从而提高了对稀有细胞类型的预测能力	NA	解决现有计算方法在细胞分布的空间连续性与细胞特异性特征保留之间的平衡问题	空间转录组数据中的细胞分布模式	机器学习	胰腺导管腺癌	空间转录组学	分解网络	转录组数据	多个数据集，包括人类胰腺导管腺癌样本、小鼠大脑皮层和小鼠小脑样本
104	2024-12-20	New insights into the role of mitophagy related gene affecting the metastasis of osteosarcoma through scRNA-seq and CRISPR-Cas9 genome editing 2024-Dec-18, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-024-01989-w PMID:39696352	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和CRISPR-Cas9基因编辑技术，探讨了线粒体自噬相关基因在骨肉瘤转移中的作用	首次通过整合单细胞测序和CRISPR-Cas9基因编辑技术，识别出与骨肉瘤转移相关的线粒体自噬关键基因，并构建了预测患者预后的mitophagy_score模型	研究主要集中在细胞和动物实验层面，尚未在临床试验中验证这些发现	揭示线粒体自噬在骨肉瘤转移过程中的作用，并开发相关的预后模型和治疗策略	骨肉瘤细胞中的线粒体自噬相关基因及其在转移中的作用	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR-Cas9基因编辑	NA	单细胞RNA测序数据、批量测序数据	数百个配体-受体相互作用、细胞生物学实验和动物研究
105	2024-12-20	Accurate RNA velocity estimation based on multibatch network reveals complex lineage in batch scRNA-seq data 2024-Dec-18, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-024-02085-8 PMID:39696422	研究论文	本文提出了一种新的RNA速度估计方法VeloVGI，通过多批次网络处理批次效应，改进了单细胞RNA测序数据的细胞发育轨迹推断	VeloVGI通过最优传输（OT）和互最近邻（MNN）方法构建批次数据的邻居关系，并结合图结构到编码器中以提高特征提取效果，从而克服了现有方法受批次效应影响的局限性	NA	改进RNA速度估计方法，解决单细胞RNA测序数据中的批次效应问题	单细胞RNA测序数据中的RNA速度估计	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	包括小鼠脊髓和嗅球组织以及多个公共数据集
106	2024-12-20	Spatial transcriptome profiling identifies DTX3L and BST2 as key biomarkers in esophageal squamous cell carcinoma tumorigenesis 2024-Dec-18, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-024-01422-4 PMID:39696540	研究论文	本文通过空间转录组学分析，揭示了食管鳞状细胞癌（ESCC）发生过程中的转录和免疫变化，并鉴定了关键的生物标志物DTX3L和BST2	首次通过数字空间分析（DSP）和单细胞空间转录组学（SMI）技术，系统性地研究了ESCC从正常组织到癌变的分子和免疫特征，并发现了与ESCC进展相关的关键生物标志物DTX3L和BST2	研究样本量较小，且主要集中在早期ESCC（pT1）患者，可能无法完全代表所有ESCC患者的特征	揭示食管鳞状细胞癌（ESCC）发生过程中的转录和免疫变化，并鉴定临床上有意义的生物标志物	食管鳞状细胞癌（ESCC）的转录和免疫变化，以及相关的生物标志物	数字病理学	食管癌	数字空间分析（DSP）、单细胞空间转录组学（SMI）、免疫组化（IHC）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	11名早期ESCC（pT1）患者和4名pT1 ESCC患者的单细胞空间转录组数据，以及20名pT1 ESCC患者的免疫组化分析
107	2024-12-20	BDNF augmentation reverses cranial radiation therapy-induced cognitive decline and neurodegenerative consequences 2024-Dec-18, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-024-01906-9 PMID:39696694	研究论文	本文研究了BDNF增强剂对颅脑放射治疗引起的认知功能下降和神经退行性后果的逆转作用	首次在颅脑放射治疗模型中验证了Riluzole（RZ）通过增加BDNF水平来逆转认知功能下降和神经退行性后果	研究仅在动物模型中进行，尚未在人类中验证	探讨Riluzole对颅脑放射治疗引起的认知功能下降和神经退行性后果的影响	颅脑放射治疗后的成年小鼠	NA	脑癌	空间转录组学分析	NA	基因表达数据	颅脑放射治疗后的成年小鼠模型
108	2024-12-20	Age-Dependent Bi-Phasic Dynamics of Ly49+CD8+ Regulatory T Cell Population 2024-Dec-18, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.14461 PMID:39696807	研究论文	研究探讨了年龄依赖的Ly49+CD8+调节性T细胞群体的双相动态变化	首次在衰老背景下研究了非冗余的Foxp3CD8调节性T细胞，并发现了其在小鼠和人中的双相动态变化模式	研究主要基于小鼠和人类外周血单核细胞，未涉及其他物种或组织	探讨年龄对CD8调节性T细胞群体的影响及其在免疫调节和衰老中的作用	小鼠和人类外周血单核细胞中的CD8调节性T细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠和人类外周血单核细胞样本
109	2024-12-20	Cycling alpha cells in regenerative drug-treated human pancreatic islets may serve as key beta cell progenitors 2024-Dec-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101832 PMID:39626675	研究论文	本文研究了在DYRK1A抑制剂治疗下的人胰腺胰岛中，循环α细胞可能作为β细胞前体细胞的作用	首次通过单细胞RNA测序发现循环α细胞对DYRK1A抑制剂最为敏感，并可能通过转分化成为β细胞	研究仅限于体外实验，尚未在临床上验证其有效性	探索恢复糖尿病患者β细胞数量的新方法	人胰腺胰岛中的循环α细胞和β细胞	NA	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	人胰腺胰岛样本
110	2024-12-20	Miltefosine reinvigorates exhausted T cells by targeting their bioenergetic state 2024-Dec-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101869 PMID:39657666	研究论文	本文研究了米替福新通过靶向生物能量状态来重新激活耗竭的T细胞	本文首次发现米替福新能够通过非PD-1/PD-L1依赖的方式恢复CAR-T细胞的功能，并在终末期耗竭状态下增强CAR-T细胞的活性	本文主要在体外和小鼠模型中验证了米替福新的效果，尚未在临床试验中进行验证	研究如何通过药物恢复耗竭T细胞的功能，以提高免疫检查点抑制剂和CAR-T细胞疗法的疗效	耗竭的T细胞和CAR-T细胞	免疫学	NA	单细胞测序	NA	细胞	涉及同种异体和同基因的肿瘤模型
111	2024-12-20	A prognostic molecular signature of hepatic steatosis is spatially heterogeneous and dynamic in human liver 2024-Dec-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101871 PMID:39657669	研究论文	本文通过整合临床表型和结果、循环蛋白质组学和组织转录组学，识别出与肝脂肪变性相关的动态功能生物标志物	本文创新性地利用多模态成像和广泛的蛋白质组学分析，识别出与肝脂肪变性进展相关的蛋白质，并展示了这些转录本在空间转录组学中的差异表达	NA	识别与肝脂肪变性相关的动态功能生物标志物	肝脂肪变性及其在人类肝脏中的空间异质性和动态变化	数字病理学	代谢性疾病	蛋白质组学、转录组学	NA	蛋白质、转录本	NA
112	2024-12-20	Single-cell RNA sequencing of chronic idiopathic erythroderma defines disease-specific markers 2024-Dec-16, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.11.037 PMID:39694280	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序，研究了慢性特发性红皮病的分子特征，并定义了疾病特异性标志物	发现了慢性特发性红皮病中独特的CD8A+KLRK1+ T细胞克隆扩增模式，以及MHC II基因在角质形成细胞和成纤维细胞中的上调，这些特征与其他形式的红皮病不同	研究样本量较小，仅包括5名慢性特发性红皮病患者，可能影响结果的普遍性	建立慢性特发性红皮病的分子疾病图谱，以提高对该疾病的病理理解并发现潜在的治疗靶点	慢性特发性红皮病患者的血液和皮肤样本，以及红皮病性皮肤T细胞淋巴瘤、中重度特应性皮炎、银屑病和健康对照个体的样本	数字病理学	皮肤疾病	单细胞RNA测序，T细胞受体测序	NA	RNA	5名慢性特发性红皮病患者，8名红皮病性皮肤T细胞淋巴瘤患者，15名中重度特应性皮炎患者，10名银屑病患者，20名健康对照个体
113	2024-12-20	Increased lamina propria B cells play roles in fructose-induced hypertension of Dahl salt-sensitive rats 2024-Dec-14, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2024.123314 PMID:39675553	研究论文	研究探讨了Dahl盐敏感大鼠中果糖诱导的高血压与肠黏膜固有层B细胞增加之间的关系	首次通过单细胞RNA测序分析了肠黏膜固有层细胞和外周血单核细胞在果糖诱导的高血压中的作用，发现肠黏膜固有层B细胞的增加与果糖诱导的高血压有关	研究仅限于Dahl盐敏感和盐抵抗大鼠，未探讨其他动物模型或人类中的情况	探讨果糖诱导的高血压与肠黏膜固有层B细胞增加之间的关系	Dahl盐敏感和盐抵抗大鼠的肠黏膜固有层细胞和外周血单核细胞	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	8周龄的Dahl盐敏感和盐抵抗雄性大鼠，每组分为四组，每组接受自来水或20%果糖溶液4周
114	2024-12-20	Smooth muscle cell-specific CD47 deletion suppresses atherosclerosis 2024-Dec-13, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2024.123315 PMID:39675550	研究论文	研究探讨了平滑肌细胞特异性CD47缺失对动脉粥样硬化的抑制作用	首次报道了CD47在动脉粥样硬化中调节平滑肌细胞表型的关键作用，并发现平滑肌细胞特异性CD47缺失可抑制动脉粥样硬化	研究主要集中在小鼠模型和体外细胞实验，尚未在人类临床试验中验证	探讨平滑肌细胞CD47信号在调节平滑肌细胞表型和动脉粥样硬化中的作用	平滑肌细胞、动脉粥样硬化病变、CD47和TSP1信号通路	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组织化学、分子生物学技术	NA	基因表达数据	包括人类和小鼠的动脉粥样硬化血管组织和平滑肌细胞
115	2024-12-20	Multiplexing cortical brain organoids for the longitudinal dissection of developmental traits at single-cell resolution 2024-Dec-09, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02555-5 PMID:39653820	研究论文	本文开发并验证了多重皮质脑类器官的策略，用于在单细胞分辨率下纵向解析发育特征	提出了两种多重脑类器官的策略（镶嵌模型和下游多重化），并开发了新的计算方法SCanSNP用于细胞身份的去卷积	NA	提高人类神经生物学研究的可扩展性和机制精度	皮质脑类器官的发育轨迹和遗传变异的关系	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	多个多能干细胞系
116	2024-12-20	Expansion of peripheral cytotoxic CD4+ T cells in Alzheimer's disease: New insights from multi-omics evidence 2024-Dec-08, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110976 PMID:39657893	研究论文	本文通过多组学证据分析了阿尔茨海默病（AD）患者外周血单核细胞（PBMCs）中CD4细胞毒性T细胞（CD4-CTLs）的扩增情况	首次揭示了AD患者外周血中CD4-CTLs的显著增加，并发现了TBX21和MYBL1作为CD4-CTL扩增的关键转录因子，以及SRGN和ITGB1作为风险基因的遗传调控作用	NA	研究阿尔茨海默病中适应性免疫反应的作用机制	阿尔茨海默病患者的CD4细胞毒性T细胞及其在疾病中的作用	NA	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	阿尔茨海默病患者的PBMCs样本
117	2024-12-20	Cell Type Differentiation Using Network Clustering Algorithms 2024-Dec-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.04.626793 PMID:39677670	研究论文	本文研究了使用网络聚类算法在单细胞RNA测序数据中进行细胞类型分类的方法	本文引入了Infomap算法，并发现其在单细胞RNA测序数据中对细胞类型的分类效果优于其他方法	本文仅使用了PBMC和ROSMAP两个数据集进行验证，可能需要更多数据集来进一步验证方法的普适性	开发和比较不同的算法以准确识别单细胞RNA测序数据中的细胞类型	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图神经网络（scGNN）	基因表达数据	两个独立数据集：PBMC和ROSMAP
118	2024-12-20	MerQuaCo: a computational tool for quality control in image-based spatial transcriptomics 2024-Dec-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.04.626766 PMID:39677693	研究论文	本文介绍了一种名为MerQuaCo的计算工具，用于图像为基础的空间转录组学数据的质量控制	开发了MerQuaCo，这是一种开源代码，能够自动检测和量化数据中的缺陷，无需用户输入，从而简化了数据质量评估过程	本文主要集中在新鲜冷冻成年小鼠大脑切片的数据集上，可能限制了其在其他类型样本或实验中的应用	开发和验证一种自动化的工具，用于评估和提高空间转录组学数据的质量	641个新鲜冷冻成年小鼠大脑切片的数据集	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	图像	641个新鲜冷冻成年小鼠大脑切片
119	2024-12-20	Endoplasmic Reticulum Stress Induces ROS Production and Activates NLRP3 Inflammasome Via the PERK-CHOP Signaling Pathway in Dry Eye Disease 2024-Dec-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.65.14.34 PMID:39699913	研究论文	本研究探讨了内质网（ER）应激在干眼病（DED）发展中的潜在作用	首次揭示了内质网应激通过PERK-CHOP信号通路诱导ROS产生并激活NLRP3炎症小体，从而在干眼病中发挥作用	研究主要基于小鼠模型和细胞模型，尚未在人类临床试验中验证	探讨内质网应激在干眼病发展中的作用及其潜在治疗靶点	干眼病小鼠模型和人类角膜上皮细胞	NA	干眼病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	包括干眼小鼠模型的角膜组织和人类角膜上皮细胞（HCECs和HCE-2细胞）
120	2024-12-20	A novel multi-omics approach for identifying key genes in intervertebral disc degeneration 2024-Dec, SLAS technology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.slast.2024.100223 PMID:39528158	研究论文	本文采用多组学方法结合单细胞RNA测序、差异基因表达分析和孟德尔随机化，研究了椎间盘退变的关键基因	首次通过多组学方法结合单细胞RNA测序、差异基因表达分析和孟德尔随机化，揭示了椎间盘退变的遗传基础，并识别出可能调控椎间盘退变的关键基因	研究依赖于公开的单细胞数据集，可能存在数据偏倚；基因网络分析和功能富集分析的结果需要进一步实验验证	揭示椎间盘退变的遗传基础，并识别可能的调控基因	椎间盘退变相关的不同细胞类型及其分子通路	数字病理学	脊柱疾病	单细胞RNA测序、差异基因表达分析、孟德尔随机化	NA	基因表达数据	1,164个差异表达基因，涉及四种与椎间盘退变相关的重要细胞类型