单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-05-31	Left atrial single-cell transcriptomics reveals amphiregulin as a surrogate marker for atrial fibrillation 2024-Dec-02, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07308-w PMID:39622943	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了心房颤动（AF）中单核-巨噬细胞的异质性及其与非免疫细胞的相互作用，并确定了功能性生物标志物	首次在AF患者中鉴定出单核细胞和IL1B巨噬细胞中上调的基因AREG，并发现血清AREG水平可作为持续性AF的生物标志物	样本来源仅限于左心房组织，未涉及其他心脏区域	识别AF患者中单核-巨噬细胞的异质性及其与非免疫细胞的相互作用，并寻找功能性生物标志物	AF患者的左心房组织	单细胞转录组学	心血管疾病	单细胞RNA-seq和核RNA-seq	NA	RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量，但涉及AF患者和健康对照组的左心房组织
102	2025-05-31	Mechanism of multifunctional adaptor protein SHARPIN regulating myocardial fibrosis and how SNP mutation affect the prognosis of myocardial infarction 2024-12, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2024.167467 PMID:39159699	研究论文	本研究旨在阐明SHARPIN蛋白在心肌纤维化中的分子机制，并探讨其单核苷酸多态性（SNP）rs117299156对心肌梗死患者预后的影响	揭示了SHARPIN在心肌纤维化中的关键作用，并首次探讨了其SNP rs117299156对心肌梗死患者预后的影响	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类数据的样本量和代表性可能有限	阐明SHARPIN在心肌纤维化中的分子机制及其SNP对心肌梗死预后的影响	小鼠模型、成年小鼠心脏成纤维细胞、人类心脏组织单细胞测序数据、心肌梗死患者	心血管疾病研究	心血管疾病	腺病毒介导的shRNA感染、转录组分析、单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据、临床数据	SHARPIN+/-和野生型小鼠、人类心脏组织单细胞测序数据、心肌梗死患者群体
103	2025-05-31	UBAP2 contributes to radioresistance by enhancing homologous recombination through SLC27A5 ubiquitination in hepatocellular carcinoma 2024-12, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2024.167481 PMID:39186963	研究论文	本研究探讨了UBAP2通过SLC27A5泛素化增强同源重组从而促进肝细胞癌（HCC）放射抵抗的机制	首次揭示了UBAP2通过泛素-蛋白酶体系统降解SLC27A5，进而调控RAD51表达和同源重组过程，导致HCC放射抵抗的新机制	研究主要基于体外和动物实验，临床转化应用仍需进一步验证	探究肝细胞癌放射抵抗的分子机制	肝细胞癌（HCC）	癌症生物学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组分析	NA	基因表达数据	人类HCC样本（具体数量未明确说明）
104	2025-05-31	CD36-mediated accumulation of MDSCs exerts abscopal immunosuppressive responses in hepatocellular carcinoma after insufficient microwave ablation 2024-12, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2024.167493 PMID:39233261	研究论文	本研究探讨了微波消融不足（iMWA）后肝细胞癌（HCC）中远处未消融肿瘤的免疫景观变化	揭示了CD36介导的MDSCs积累在iMWA后对远处未消融肿瘤的免疫抑制作用，并提出了CD36抑制剂作为免疫治疗新靶点	样本量较小（仅2名患者），需要在更大规模研究中验证	明确HCC患者在iMWA后远处未消融肿瘤的免疫景观变化	肝细胞癌患者和小鼠模型中的肿瘤组织	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多色免疫荧光、RNA测序和流式细胞术	小鼠双侧肝癌模型	RNA测序数据、免疫荧光图像、流式细胞数据	2名初治患者（每人2个HCC病灶）和小鼠模型
105	2025-05-31	Optimization of hybridization chain reaction for imaging single RNA molecules in Drosophila larvae 2024-Dec, Fly IF:2.4Q3 DOI:10.1080/19336934.2024.2409968 PMID:39351922	研究论文	本文提出了一种优化的杂交链式反应（HCR）流程，用于在果蝇幼虫中成像单RNA分子	该方法仅需五对探针即可实现高特异性和敏感性的RNA可视化，显著降低了实验成本和时间	NA	优化RNA可视化技术以提高基因表达研究的效率和成本效益	果蝇幼虫中的单RNA分子	分子生物学	NA	杂交链式反应（HCR）	NA	RNA分子图像	NA
106	2025-05-31	Machine learning based analysis of single-cell data reveals evidence of subject-specific single-cell gene expression profiles in acute myeloid leukaemia patients and healthy controls 2024-12, Biochimica et biophysica acta. Gene regulatory mechanisms DOI:10.1016/j.bbagrm.2024.195062 PMID:39366464	研究论文	利用机器学习和单细胞RNA测序数据对急性髓系白血病患者和健康对照进行分类，并发现个体特异性单细胞基因表达谱	首次在个体水平上高精度（>70%）分类AML患者和健康对照的单细胞转录组谱，并揭示了患者异质性的分子决定因素	研究依赖于公开可用的单细胞RNA测序数据，样本来源和数量可能受限	探索急性髓系白血病患者和健康对照的单细胞基因表达谱差异，以支持患者分层和个性化治疗策略	急性髓系白血病患者和健康对照的单核细胞、树突细胞和祖细胞群体	机器学习	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	机器学习	单细胞RNA测序数据	公开可用的单细胞RNA测序数据（具体数量未提及）
107	2025-05-31	Single-cell Sequencing of Circulating Human Plasmablasts during Staphylococcus aureus Bacteremia 2024-Dec-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300858 PMID:39451041	研究论文	通过单细胞测序技术研究金黄色葡萄球菌菌血症患者循环浆母细胞的抗体反应	发现了四种新型单克隆抗体，其中三种对表皮葡萄球菌具有交叉反应性	样本量较小（17名患者），且仅针对特定细菌感染	研究金黄色葡萄球菌菌血症患者的B细胞反应并发现治疗性单克隆抗体	金黄色葡萄球菌菌血症患者的循环浆母细胞	免疫学	金黄色葡萄球菌菌血症	单细胞转录组基因表达测序、可变重链和轻链Ig基因测序	NA	单细胞基因表达数据、抗体序列数据	17名金黄色葡萄球菌菌血症患者的外周血样本，超过400个浆母细胞
108	2025-05-31	An organotypic atlas of human vascular cells 2024-Dec, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03376-x PMID:39566559	研究论文	该研究整合了19个人体器官和组织的单细胞转录组数据，定义了42种血管细胞状态，并揭示了血管细胞的组织特异性和分子特征	首次整合多器官单细胞转录组数据，系统性地定义了血管细胞状态，并揭示了血管细胞的组织特异性和分子通讯机制	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平和功能验证	探索人类血管系统的分子特征和组织特异性	人类血管系统中的内皮细胞和周细胞	单细胞组学	血管疾病	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	约67,000个细胞（来自62名捐赠者）
109	2025-05-31	Spatially resolved single-cell atlas unveils a distinct cellular signature of fatal lung COVID-19 in a Malawian population 2024-Dec, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03354-3 PMID:39567718	研究论文	通过尸检单细胞研究揭示了马拉维人群中致命性肺部COVID-19的独特细胞特征	首次在非洲人群中揭示了COVID-19的细胞机制，并比较了不同人群间的免疫和炎症机制差异	样本量较小（n=16），且仅针对马拉维人群，可能限制结果的普遍性	研究COVID-19在非洲人群中的细胞病理学特征及其与HIV、疟疾等环境因素的相互作用	马拉维成年人的肺部、血液和鼻腔细胞	数字病理学	COVID-19	单细胞转录组学、高维成像	NA	单细胞转录组数据、影像数据	16例（9例COVID-19阳性，7例阴性）
110	2025-05-28	Disrupting CENP-N mediated SEPT9 methylation as a strategy to inhibit aerobic glycolysis and liver metastasis in colorectal cancer 2024-Dec, Clinical & experimental metastasis IF:4.2Q2 DOI:10.1007/s10585-024-10316-z PMID:39424682	研究论文	本研究探讨了CENP-N介导的SEPT9甲基化在结直肠癌有氧糖酵解和肝转移中的作用	发现CENP-N通过介导SEPT9甲基化促进有氧糖酵解和肝转移的新通路	NA	探索抑制结直肠癌进展和肝转移的潜在治疗靶点	结直肠癌细胞	肿瘤学	结直肠癌	单细胞RNA测序、甲基化特异性PCR (MSP)、ChIP实验	NA	基因表达数据、甲基化数据	NA
111	2025-05-20	Magnetic soft microrobots for erectile dysfunction therapy 2024-Dec-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2407809121 PMID:39556757	研究论文	开发了一种用于治疗勃起功能障碍的磁性软微型机器人，用于增强间充质基质细胞的保留和存活率	创新的磁性软微型机器人设计，包含超软水凝胶微球和磁性纳米颗粒链，具有清除活性氧的功能	NA	提高间充质基质细胞在勃起功能障碍治疗中的保留和存活率	间充质基质细胞（MSCs）和勃起功能障碍（ED）动物模型	生物医学工程	勃起功能障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	NA	大鼠和比格犬ED模型
112	2025-05-17	Detecting global and local hierarchical structures in cell-cell communication using CrossChat 2024-12-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54821-x PMID:39627184	研究论文	开发了一个名为CrossChat的计算框架，用于检测和分析细胞间通讯的全局和局部层次结构	提出了一个新颖的计算框架CrossChat，能够通过多分辨率聚类方法和树检测方法，全面分析细胞间通讯的层次结构	NA	理解和分析细胞间通讯的层次结构及其对复杂组织功能的调控作用	细胞间通讯的层次结构	生物信息学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（Spatial Transcriptomics）	多分辨率聚类方法、树检测方法	scRNA-seq数据、空间转录组数据	两个来自COVID-19患者的非空间scRNA-seq数据集、两个来自小鼠胚胎皮肤的空间转录组数据集
113	2025-05-17	Endothelial Pim3 kinase protects the vascular barrier during lung metastasis 2024-12-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54445-1 PMID:39627185	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析了小鼠肺部黑色素瘤细胞到达后6小时内肺内皮细胞的转录重编程，发现了一个反应性毛细血管内皮细胞簇(rCap)，并揭示了Pim3激酶在保护血管屏障中的作用	首次发现反应性毛细血管内皮细胞簇(rCap)及其在转移性微环境中的作用，揭示了Pim3激酶在维持血管屏障功能中的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证有限；仅观察了6小时内的早期变化	探究转移性微环境中内皮细胞的分子调控机制及其在癌症转移中的作用	小鼠肺内皮细胞和黑色素瘤细胞	癌症生物学	黑色素瘤	scRNA-Seq	NA	基因表达数据	NA
114	2025-05-16	Parallel labeled-line organization of sympathetic outflow for selective organ regulation in mice 2024-12-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54928-1 PMID:39658565	research paper	该研究通过结合单细胞转录组数据和病毒遗传工具包，在小鼠中识别出脊髓交感节前神经元的两种亚型，揭示了其对不同器官的选择性调控机制	首次在分子水平上定义了脊髓交感节前神经元的两种亚型，并展示了它们对胃肠道运动和肾上腺介导的葡萄糖代谢的选择性调控	研究仅在小鼠中进行，尚未在人类或其他动物模型中验证	探究脊髓交感节前神经元的神经回路组织及其对器官功能的选择性调控	小鼠的脊髓交感节前神经元及其靶向的肾上腺和腹腔/肠系膜上神经节	神经科学	NA	单细胞转录组测序、病毒遗传工具包、化学遗传学操控	NA	转录组数据、神经解剖学数据	小鼠模型
115	2025-05-16	CDK9 recruits HUWE1 to degrade RARα and offers therapeutic opportunities for cutaneous T-cell lymphoma 2024-12-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54354-3 PMID:39632829	research paper	该研究通过筛选小分子抑制剂库，发现CDK9是皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)生长的驱动因子，并揭示了CDK9通过招募E3连接酶HUWE1促进RARα降解的机制	发现CDK9在CTCL生长中的关键作用，并首次揭示CDK9通过HUWE1介导RARα降解的分子机制，提出CDK9-PROTAC与ATRA联合治疗的新策略	研究主要基于体外和小鼠模型，尚未进行临床试验验证	探索CTCL的靶向治疗新方法	皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)	肿瘤生物学	皮肤T细胞淋巴瘤	单细胞RNA-seq、PROTAC技术	小鼠异种移植模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，涉及体外细胞和小鼠模型
116	2025-05-16	Parallel measurement of transcriptomes and proteomes from same single cells using nanodroplet splitting 2024-12-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54099-z PMID:39638780	研究论文	介绍了一种名为nanoSPLITS的集成平台，能够从同一单细胞中同时进行转录组和蛋白质组的全局分析	开发了nanoSPLITS技术，实现了单细胞水平上转录组和蛋白质组的并行测量，并能够将转录组数据映射到现有的大规模单细胞RNA测序参考数据库	NA	通过单细胞多组学技术深入了解基因调控网络、细胞多样性和时间动态	单细胞（包括人类胰岛原代细胞）	单细胞多组学	NA	RNA测序和质谱蛋白质组学	NA	转录组和蛋白质组数据	NA
117	2025-05-16	Synaptic connectome of the Drosophila circadian clock 2024-12-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54694-0 PMID:39638801	research paper	该研究通过果蝇FlyWire大脑连接组，绘制了动物昼夜节律时钟的全面连接图谱，揭示了额外的背侧时钟神经元和新的间接光输入路径	发现果蝇昼夜节律网络包含约240个神经元而非150个，揭示了广泛的网络内对侧突触连接和新的间接光输入路径，以及时钟调节下行神经元的路径	NA	理解多样化的节律性生理和行为如何被协调	果蝇昼夜节律时钟的突触连接组	神经科学	NA	FlyWire大脑连接组分析、单细胞转录组学、受体定位	NA	连接组数据、转录组数据	约240个神经元
118	2025-05-16	NiCo identifies extrinsic drivers of cell state modulation by niche covariation analysis 2024-12-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54973-w PMID:39639035	研究论文	本文介绍了一种名为NiCo的计算框架，用于整合单细胞分辨率空间转录组学与匹配的单细胞RNA测序参考数据，以推断空间生态位对细胞状态的影响	NiCo能够预测新的生态位相互作用，这些相互作用控制着组织发育和稳态中的细胞状态变化，例如预测了库普弗细胞与邻近星状细胞之间的反馈机制	现有计算方法在捕捉同一生态位内个体细胞类型间串扰驱动的细胞状态变化方面能力有限	理解细胞状态在发育、稳态和疾病中的调控机制	小鼠胚胎发生、成年小肠和肝脏数据	生物信息学	NA	单细胞分辨率空间转录组学、单细胞RNA测序	NiCo	空间转录组数据、RNA测序数据	NA
119	2025-05-16	Decoding the molecular, cellular, and functional heterogeneity of zebrafish intracardiac nervous system 2024-12-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54830-w PMID:39632839	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、解剖学研究和电生理技术，全面分类和表征了斑马鱼心内神经系统（IcNS）的分子、细胞和功能异质性	揭示了IcNS中神经元类型的多样性，并鉴定出具有类似中枢模式发生器网络中起搏/节律生成神经元特性的神经元亚群	研究主要基于斑马鱼模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探索心内神经系统的组织结构和功能，及其在心脏节律调控中的作用	斑马鱼心内神经系统（IcNS）	神经科学	心血管疾病	单细胞RNA测序、解剖学研究、电生理技术	NA	分子数据、细胞数据、功能数据	NA
120	2025-05-16	Dual function of PHF16 in reinstating homeostasis of murine intestinal epithelium after crypt regeneration 2024-12-02, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.08.009 PMID:39232563	研究论文	研究揭示了表观遗传调节因子PHF16在小鼠肠道上皮稳态恢复中的双重功能	发现PHF16通过HBO1介导的组蛋白H3K14乙酰化诱导RAR/RXR靶基因，同时通过CDC73的泛素化抑制YAP/TAZ活性，从而恢复肠道上皮稳态	研究仅限于小鼠模型，未在人类肠道组织中进行验证	探究PHF16在肠道上皮损伤后稳态恢复中的作用机制	小鼠肠道干细胞和再生干细胞	表观遗传学	肠道疾病	scRNA-seq, RNA-seq, ATAC-seq	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但使用了Phf16小鼠和肠道类器官