单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-04-25	Metabolic reprogramming by mutant GNAS creates an actionable dependency in intraductal papillary mucinous neoplasms of the pancreas 2024-Dec-10, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332412 PMID:39277181	研究论文	本文研究了KRAS和GNAS突变在胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMNs)中的作用，揭示了GNAS R201C突变如何导致代谢重编程和糖酵解依赖性	首次揭示了GNAS R201C突变导致胃(幽门型)化生的基因特征，并发现KRAS G12D和GNAS R201C共表达细胞对糖酵解途径的依赖性	研究主要基于小鼠模型和体外细胞系，人类IPMNs中的验证仍需进一步研究	阐明GNAS R201C突变对胰腺肿瘤表型、转录组特征和基因组依赖性的影响	胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMNs)及其小鼠模型	癌症生物学	胰腺癌	CRISPR/Cas9筛选、RNA测序(包括单细胞和空间转录组)、实时代谢分析	p48Cre; KrasLSL-G12D; Rosa26LSL-rtTA; Tg (TetO-GnasR201C)小鼠模型	基因组数据、转录组数据、代谢数据	NA
102	2025-04-19	PPARγ-dependent remodeling of translational machinery in adipose progenitors is impaired in obesity 2024-Dec-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114945 PMID:39579770	研究论文	研究肥胖小鼠中PPARγ激动剂治疗对脂肪组织前体细胞翻译机制的影响	揭示了PPARγ激动剂通过调控核糖体因子表达和翻译选择性促进脂肪组织可塑性的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究PPARγ激动剂如何改善肥胖状态下脂肪组织的适应性	肥胖小鼠的脂肪组织基质血管部分(SVF)细胞	代谢研究	肥胖症	单细胞RNA测序，多核糖体分析	小鼠模型	RNA测序数据	肥胖小鼠的腹股沟和附睾脂肪组织SVF
103	2025-04-18	Current insights into human pathogenic phenuiviruses and the host immune system 2024-12, Virulence IF:5.5Q1 DOI:10.1080/21505594.2024.2384563 PMID:39072499	综述	本文综述了人类致病性phenuiviruses与宿主免疫系统的最新研究进展	全面概述了phenuiviruses的宿主识别机制、病毒免疫逃逸及潜在治疗方法，特别关注RVFV和SFTSV	NA	探讨phenuiviruses的致病机制及宿主免疫反应	人类致病性phenuiviruses（如RVFV、SFTSV和HRTV）及其与宿主免疫系统的相互作用	病毒学	病毒感染	宏基因组学、代谢组学、单细胞转录组学、蛋白质组学、基因编辑、单克隆抗体和疫苗	NA	NA	NA
104	2025-04-18	Hidden liver-joint axis: HBV infection causes rheumatoid arthritis via TRAFD1 with imbalance of HBV X protein and trans-ferulic acid 2024-12, Virulence IF:5.5Q1 DOI:10.1080/21505594.2024.2422540 PMID:39484999	研究论文	该研究揭示了乙型肝炎病毒（HBV）通过TRAFD1和HBx蛋白与反式阿魏酸（TFA）的失衡导致类风湿性关节炎（RA）的机制	首次发现HBV通过上调TRAFD1促进RA中的纤维母细胞-肌纤维母细胞转化（FMT），并识别出TFA通过抑制TRAFD1表达改善HBx诱导的RA	研究主要基于细胞和小鼠模型，需要进一步在人类临床试验中验证	探究HBV感染与RA之间的关联及其分子机制	HBV感染患者、RA患者、纤维母细胞样滑膜细胞（FLS）、HBV转基因小鼠、HBx转基因小鼠和TRAFD1敲除小鼠	分子生物学与免疫学	类风湿性关节炎	孟德尔随机化分析、单细胞转录组分析、代谢组学、WGCNA	CIA小鼠模型	转录组数据、代谢组数据	未明确说明样本数量，但涉及患者样本、细胞模型和小鼠模型
105	2025-04-15	Single-cell transcriptomics reveal distinctive patterns of fibroblast activation in heart failure with preserved ejection fraction 2024-12, Basic research in cardiology IF:7.5Q1 DOI:10.1007/s00395-024-01074-w PMID:39311911	research paper	该研究通过单细胞转录组学揭示了保留射血分数心力衰竭（HFpEF）中成纤维细胞激活的独特模式	发现了HFpEF特有的成纤维细胞激活特征，包括代谢、缺氧和炎症转录因子及通路的诱导，以及Angiopoietin-like 4（Angptl4）的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究HFpEF中成纤维细胞激活的分子机制	小鼠和人类心肌组织中的间质细胞，特别是成纤维细胞和巨噬细胞	digital pathology	cardiovascular disease	scRNAseq（单细胞RNA测序）	NA	RNA-seq数据	小鼠模型和人类心肌组织样本
106	2025-04-15	Single-cell transcriptome unveils unique transcriptomic signatures of human organ-specific endothelial cells 2024-12, Basic research in cardiology IF:7.5Q1 DOI:10.1007/s00395-024-01087-5 PMID:39508863	research paper	该研究通过构建一个包含超过21万个内皮细胞的图谱，揭示了人类不同组织中内皮细胞的转录组、表型、代谢和转录调控的显著差异	揭示了毛细血管内皮细胞比其他类型内皮细胞具有更高的异质性，并发现内皮细胞的衰老特性更多由体细胞位置而非组织类型决定	NA	探究人类不同组织中内皮细胞的异质性及其与特定疾病的关联	人类24个组织中38个区域的超过21万个内皮细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	超过21万个内皮细胞，来自24个人类组织的38个区域
107	2025-04-11	Single-nucleus chromatin accessibility and transcriptomic map of breast tissues of women of diverse genetic ancestry 2024-Dec, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03011-9 PMID:39122969	研究论文	通过单核染色质可及性和转录组图谱分析，研究不同遗传背景女性乳腺组织的细胞类型和基因表达差异	首次构建了涵盖多种遗传背景女性乳腺组织的染色质可及性和基因表达图谱，揭示了新的细胞亚型标记和基因调控网络	样本量相对有限（92名女性），可能无法涵盖所有遗传背景的多样性	探索健康乳腺组织中遗传背景依赖的细胞类型和基因表达变异性	92名不同遗传背景女性的乳腺组织样本	单细胞组学	乳腺癌	单核染色质可及性分析、单细胞转录组测序、空间转录组学	NA	单细胞RNA-seq数据、染色质可及性数据	92名女性乳腺组织样本
108	2025-04-10	Synthetic control removes spurious discoveries from double dipping in single-cell and spatial transcriptomics data analyses 2024-Dec-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.21.550107 PMID:37546812	research paper	本文提出了一种名为ClusterDE的统计方法，用于在单细胞和空间转录组数据分析中识别可靠的细胞类型和空间域标记基因，同时控制假发现率	ClusterDE通过生成合成零数据作为阴性对照，有效检测并消除由双重分析引起的虚假发现，提高了标记基因的可靠性	未明确提及具体局限性	解决单细胞和空间转录组数据分析中双重分析导致的假阳性标记基因问题	单细胞和空间转录组数据中的细胞类型和空间域标记基因	生物信息学	NA	单细胞和空间转录组数据分析	ClusterDE	单细胞和空间转录组数据	未明确提及具体样本量
109	2025-04-10	An integrated single-nucleus and spatial transcriptomics atlas reveals the molecular landscape of the human hippocampus 2024-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.26.590643 PMID:38712198	研究论文	通过整合单核和空间转录组学数据，揭示了人类海马的分子景观	结合空间分辨转录组学（SRT）和单核RNA测序（snRNA-seq）数据，首次定义了海马细胞类型和空间域的分子特征	研究样本仅来自10名成年神经典型供体，可能限制结果的普遍性	揭示人类海马体的分子特征及其与空间组织的关系	人类海马体组织	生物信息学	NA	空间分辨转录组学（SRT）、单核RNA测序（snRNA-seq）、非负矩阵分解（NMF）	NMF	转录组数据	10名成年神经典型供体的海马体组织
110	2025-04-10	Mucosal Single-Cell Profiling of Crohn's-Like Disease of the Pouch Reveals Unique Pathogenesis and Therapeutic Targets 2024-Dec, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2024.07.025 PMID:39084267	research paper	通过单细胞分析研究克罗恩样袋病（CDP）的黏膜细胞，揭示其独特的发病机制和治疗靶点	首次使用单细胞RNA测序和质谱流式技术对CDP患者黏膜细胞进行深入分析，发现内质网应激在CDP中的重要作用	样本量相对有限（50例患者），且仅针对特定患者群体（有溃疡性结肠炎病史的患者）	探究克罗恩样袋病（CDP）的发病机制并寻找潜在治疗靶点	接受回肠袋-肛门吻合术的50例患者的黏膜细胞（包括正常回肠袋和CDP患者）	digital pathology	inflammatory bowel disease	single-cell RNA sequencing, mass cytometry, immunohistochemistry	NA	single-cell RNA sequencing data, mass cytometry data	50例接受回肠袋-肛门吻合术的患者（包括正常回肠袋和CDP患者）
111	2025-04-10	scRNA-Seq reveals age-dependent microglial evolution as a determinant of immune response following spinal cord injury 2024-12, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2024.111116 PMID:39515654	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了脊髓损伤后不同年龄组小胶质细胞的亚型及其功能差异	首次系统性地鉴定了脊髓损伤后年龄依赖性小胶质细胞亚型演化及其免疫功能差异	研究主要基于生物信息学分析，动物模型验证样本量有限	探究年龄因素如何通过小胶质细胞亚型影响脊髓损伤后的免疫反应	脊髓损伤后的小胶质细胞	生物信息学	脊髓损伤	scRNA-seq, 免疫荧光染色	伪时间轨迹分析, CellChat细胞通讯分析	基因表达数据	整合GEO数据库中多个数据集的小鼠模型样本
112	2025-04-09	Transcriptomic Analysis of Air-Liquid Interface Culture in Human Lung Organoids Reveals Regulators of Epithelial Differentiation 2024-12-02, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13231991 PMID:39682739	研究论文	通过单细胞RNA测序分析气液界面培养对人肺类器官上皮细胞分化的影响	揭示了气液界面培养在促进纤毛细胞分化和减少基底细胞方面的显著效果，并识别了上皮细胞分化的关键信号	未提及样本量的具体信息，可能影响结果的普遍性	识别影响上皮细胞分化的关键因素，开发体外呼吸模型	人肺类器官中的上皮细胞	生物医学工程	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
113	2025-04-08	Novel Perspective on Sevoflurane-Induced Cognitive Dysfunction: Implications of Neuronal SIRPα and Microglial Synaptic Remodeling 2024-12-18, ACS chemical neuroscience IF:4.1Q2 DOI:10.1021/acschemneuro.4c00485 PMID:39644326	研究论文	本研究探讨了神经元SIRPα和小胶质细胞突触重塑在七氟烷诱导的新生小鼠认知功能障碍中的作用	揭示了神经元SIRPα和小胶质细胞突触重塑在七氟烷诱导的认知功能障碍中的新机制，并提出了潜在的干预靶点	研究仅基于新生小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究七氟烷麻醉对新生小鼠认知功能的影响及其分子机制	新生小鼠	神经科学	认知功能障碍	单细胞转录组测序、慢病毒介导的基因过表达	小鼠模型	转录组数据、行为学数据	未明确说明数量的新生小鼠
114	2025-04-05	Unraveling the immunomodulatory impact of hydroxychloroquine on peripheral T cells using single-cell RNA sequencing 2024-12, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2024.103324 PMID:39405653	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了羟氯喹（HCQ）对外周T细胞的免疫调节作用	首次在单细胞水平上详细描述了HCQ对T细胞亚群的影响，特别是对效应CD4和CD8 T细胞的调控机制	研究主要基于体外实验，体内效应的验证需要进一步研究	阐明HCQ在T细胞中的免疫调节机制	外周T细胞	免疫学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，包括体外刺激的T细胞和狼疮患者的T细胞样本
115	2025-04-05	Cellular communication network factor 3 contributes to the pathological process of rheumatoid arthritis through promoting cell senescence and osteoclastogenesis in the joint 2024-12, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2024.103334 PMID:39549484	研究论文	本文探讨了细胞通讯网络因子3（CCN3）在类风湿性关节炎（RA）病理过程中的作用及其治疗潜力	研究发现CCN3通过促进细胞衰老和破骨细胞生成在RA关节中发挥重要作用，并评估了CCN3抗体作为治疗靶点的潜力	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人类临床试验中验证CCN3抗体的治疗效果	探究CCN3在RA病理过程中的分子功能及其作为治疗靶点的潜力	类风湿性关节炎患者的关节组织和实验模型小鼠	病理学	类风湿性关节炎	scRNA-seq	实验性RA模型	基因表达数据和细胞实验数据	公共scRNA-seq数据和实验模型小鼠
116	2025-04-05	EZH2 promotes B-cell autoimmunity in primary Sjogren's syndrome via METTL3-mediated m6A modification 2024-12, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2024.103341 PMID:39577129	研究论文	本研究探讨了EZH2在原发性干燥综合征(pSS)中通过METTL3介导的m6A修饰促进B细胞自身免疫反应的机制	揭示了EZH2通过METTL3介导的m6A修饰调控B细胞自身免疫反应的新机制，并提出了EZH2抑制作为pSS治疗的潜在策略	研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化效果需要进一步验证	阐明EZH2在pSS中B细胞自身免疫反应中的作用并探索其治疗潜力	原发性干燥综合征(pSS)患者和干燥综合征小鼠模型中的B细胞	免疫学	干燥综合征	单细胞RNA测序、RNA-seq、ChIP-seq、ChIP-qPCR、流式细胞术、CFSE检测、RIP-qPCR、m6A-RIP-qPCR	NA	基因表达数据、表观遗传数据、临床数据	pSS患者外周血和唾液腺样本、三种不同干燥综合征小鼠模型
117	2025-04-04	Single-Cell Multiomics Identifies Glycan Epitope LacNAc as a Potential Cell-Surface Effector Marker of Peripheral T Cells in Bladder Cancer Patients 2024-12-20, ACS chemical biology IF:3.5Q2 DOI:10.1021/acschembio.4c00635 PMID:39582226	研究论文	该研究通过单细胞多组学技术，鉴定出糖基化表位LacNAc作为膀胱癌患者外周T细胞的潜在表面效应标记物	首次系统整合了单细胞转录组、T细胞受体(TCR)库和糖基化表位LacNAc分析，揭示了LacNAc在外周T细胞中的新功能	研究仅针对膀胱癌患者，未验证其他癌症类型中LacNAc的功能	探索外周血免疫细胞在肿瘤进展中的表型变化及其分子机制	膀胱癌患者的外周血T细胞	数字病理学	膀胱癌	单细胞多组学分析、化学酶标记、DNA条形码	NA	单细胞转录组数据、TCR序列数据、糖基化数据	膀胱癌患者的外周血样本
118	2025-04-03	Long-term, cell type-specific effects of prenatal stress on dorsal striatum and relevant behaviors in mice 2024-Dec-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.27.627207 PMID:39763907	研究论文	研究产前压力对小鼠背侧纹状体及相关行为的长期细胞类型特异性影响	揭示了产前压力通过改变背侧纹状体中多种细胞类型的基因表达，影响与神经发育障碍相关的行为	研究仅使用小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探讨产前压力如何影响成年后代纹状体依赖性行为及其分子机制	小鼠背侧纹状体及其相关行为	神经科学	自闭症谱系障碍 (ASD)	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	小鼠模型	基因表达数据	NA
119	2025-04-03	Transcriptomic Evaluation of a Stress Vulnerability Network Using Single-Cell RNA Sequencing in Mouse Prefrontal Cortex 2024-Dec-01, Biological psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1016/j.biopsych.2024.05.023 PMID:38866174	研究论文	通过单细胞RNA测序技术评估小鼠前额叶皮层中的应激脆弱性网络	首次识别出大脑中与潜在应激脆弱性状态相关的细胞类型和基因	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究应激脆弱性神经网络的分子机制	雄性及雌性C57BL/6小鼠（n=12）的前额叶皮层	神经科学	情绪障碍（包括重度抑郁症）	单细胞RNA测序（scRNA-seq），多部位体内神经电生理记录	NA	转录组数据，神经电生理数据	12只C57BL/6小鼠
120	2025-04-03	Spatially Informed Graph Structure Learning Extracts Insights from Spatial Transcriptomics 2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202403572 PMID:39382177	研究论文	介绍了一种名为STAGUE的创新框架，用于从空间转录组学数据中学习细胞图结构和低维嵌入	STAGUE框架能够同时学习细胞图结构和低维嵌入，并通过对比学习生成可学习的图视图，提高了空间聚类精度并促进了新型细胞间相互作用的发现	未明确提及具体限制	探索空间转录组学数据集中的细胞间相互作用	空间转录组学数据	空间转录组学	乳腺癌	空间转录组学	图结构学习	空间转录组数据	86个真实和模拟的空间转录组数据集