单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-06-12	Protocol for using scCURE to construct an immunotherapy outcome prediction model 2024-12-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103476 PMID:39661506	研究论文	本文介绍了一种使用scCURE构建免疫治疗结果预测模型的协议	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）在免疫治疗期间识别变化和未变化的细胞（scCURE）来构建预测模型	需要参考Zou等人的完整细节以执行该协议	预测癌症患者的免疫治疗结果	癌症患者	数字病理学	癌症	scRNA-seq, bulk RNA-seq	scCURE	RNA测序数据	NA
82	2025-06-12	Profiling low-mRNA content cells in complex human tissues using BD Rhapsody single-cell analysis 2024-12-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103475 PMID:39661509	研究论文	本文介绍了一种使用BD Rhapsody单细胞分析平台高效回收低mRNA含量免疫细胞的协议	优化了前列腺、肺和肝组织的组织解离方法，并利用Sample Tag抗体标记细胞，提高了低mRNA含量免疫细胞的回收率	协议的具体执行细节需要参考Salcher等人的文献，可能限制了方法的立即广泛应用	解决单细胞RNA测序中低mRNA含量免疫细胞回收的挑战	前列腺、肺和肝组织中的低mRNA含量免疫细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), BD Rhapsody平台	NA	RNA序列数据	NA
83	2025-06-12	SRSF2 is essential for maintaining pancreatic beta-cell identity and regulating glucose homeostasis in mice 2024-12, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research DOI:10.1016/j.bbamcr.2024.119845 PMID:39265887	研究论文	本文探讨了剪接因子SRSF2在维持胰腺β细胞特性和调节小鼠葡萄糖稳态中的关键作用	首次揭示了SRSF2缺失导致β细胞从适应性阶段转变为适应不良阶段，并详细描述了其对β细胞增殖和功能的影响	研究仅限于小鼠模型，未在人类样本中验证	研究SRSF2在胰腺β细胞存活和葡萄糖稳态中的作用	小鼠胰腺β细胞	分子生物学	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	10个月大的SRSF2敲除小鼠
84	2025-06-11	Generation of a fluorescent hESC reporter line (Kle033-A-1) for the isolation of distinct midbrain progenitor cell types 2024-12, Stem cell research IF:0.8Q4 DOI:10.1016/j.scr.2024.103523 PMID:39383604	research paper	该研究通过CRISPR/Cas9技术生成了一种荧光标记的人类胚胎干细胞系，用于分离两种潜在的中脑多巴胺能前体细胞	利用CRISPR/Cas9技术生成荧光标记的hESC报告细胞系，用于分离特定中脑多巴胺能前体细胞	未提及实验结果的验证或应用效果	开发更精确的帕金森病细胞替代治疗策略	人类胚胎干细胞(hESC)及其中脑多巴胺能前体细胞	干细胞研究	帕金森病	CRISPR/Cas9, scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
85	2025-06-07	Single-Cell Analysis of Bone Marrow CD8+ T Cells in Myeloid Neoplasms Reveals Pathways Associated with Disease Progression and Response to Treatment with Azacitidine 2024-12-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0310 PMID:39485042	研究论文	通过单细胞分析骨髓CD8+ T细胞在髓系肿瘤中的作用，揭示了与疾病进展和阿扎胞苷治疗反应相关的通路	发现了CD57+CXCR3+ CD8+ T细胞亚群与阿扎胞苷治疗反应及患者生存率的关系，并揭示了IFN和TGF-β信号通路在治疗反应中的作用	样本量相对较小（104例），且仅针对髓系肿瘤患者	探究CD8+ T细胞在髓系肿瘤进展和治疗反应中的作用	骨髓CD8+ T细胞	数字病理学	髓系肿瘤（包括骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病）	质谱流式细胞术、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据、流式细胞数据	104例治疗前骨髓样本
86	2025-06-05	Single-Cell Transcriptomic Analysis Identifies Senescent Osteocytes That Trigger Bone Destruction in Breast Cancer Metastasis 2024-12-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0857 PMID:39312185	research paper	该研究通过单细胞转录组分析揭示了乳腺癌骨转移中衰老骨细胞触发骨破坏的机制	首次发现乳腺癌骨转移中骨细胞会提前衰老并表现出独特的衰老相关分泌表型(SASP)，促进骨破坏	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证有限	探究乳腺癌骨转移导致骨破坏的细胞分子机制	乳腺癌骨转移中的骨细胞	digital pathology	breast cancer	单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing)、多重原位杂交(multiplex in situ hybridization)、人工智能辅助分析	NA	基因表达数据	小鼠模型和少量乳腺癌骨转移患者样本
87	2025-06-05	Dynamic Evolution of Fibroblasts Revealed by Single-Cell RNA Sequencing of Human Pancreatic Cancer 2024-12-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-23-0489 PMID:39485038	research paper	通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，研究人类胰腺癌中成纤维细胞的动态演化及其在肿瘤微环境中的作用	结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了胰腺癌中成纤维细胞的分化轨迹及其在恶性转化过程中的细胞间网络	研究主要聚焦于胰腺导管腺癌，其他类型的胰腺癌可能具有不同的微环境特征	探索胰腺癌微环境中基质细胞与癌细胞之间的相互作用，以寻找新的治疗干预点	正常、炎症和恶性胰腺组织中的成纤维细胞	digital pathology	pancreatic cancer	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics	NA	RNA sequencing data, spatial transcriptomics data	正常、炎症和恶性胰腺组织样本
88	2025-06-04	Precision targeting of β-catenin induces tumor reprogramming and immunity in hepatocellular cancers 2024-Dec-12, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5494074/v1 PMID:39711542	研究论文	研究探讨了在β-catenin突变的肝细胞癌中，使用新型siRNA脂质纳米颗粒（LNP-CTNNB1）进行精准靶向治疗的效果及其与免疫检查点抑制剂（ICI）的协同作用	首次展示了LNP-CTNNB1在β-catenin突变的肝细胞癌模型中的显著疗效，并通过单细胞和空间转录组学揭示了肿瘤细胞和免疫微环境的重新编程机制	研究主要基于动物模型和小样本患者数据，临床效果尚需大规模临床试验验证	探索β-catenin靶向治疗在肝细胞癌中的疗效及其与免疫治疗的协同作用	β-catenin突变的肝细胞癌模型和患者	肿瘤免疫治疗	肝细胞癌	siRNA脂质纳米颗粒（LNP-CTNNB1）、单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据、临床数据	多个β-catenin突变的免疫活性肝细胞癌模型和部分患者样本
89	2025-06-04	Derivation of transplantable human thyroid follicular epithelial cells from induced pluripotent stem cells 2024-12-10, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.10.004 PMID:39515316	研究论文	该研究从人类诱导多能干细胞(iPSCs)中成功衍生出可移植的甲状腺滤泡上皮细胞(TFCs)，为治疗术后和先天性甲状腺功能减退症提供了新的潜在治疗方法	开发了一种新型人类iPSC系，通过表达NKX2-1和PAX8位点的荧光标记物来识别和纯化将发育为TFCs的细胞，并优化了无血清培养基序列以促进逐步定向分化	虽然iPSC衍生的TFCs能够持久表达甲状腺特异性蛋白，但无法在体内挽救甲状腺功能减退症	开发从人类iPSCs生产成熟功能性甲状腺滤泡细胞的方法，用于治疗甲状腺功能减退症	人类诱导多能干细胞(iPSCs)和甲状腺滤泡细胞(TFCs)	再生医学	甲状腺功能减退症	单细胞RNA测序、异种移植	NA	基因表达数据	多个iPSC系
90	2025-06-04	Spatial transcriptomics reveals molecular cues underlying the site specificity of the adult mouse oral mucosa and its stem cell niches 2024-12-10, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.10.007 PMID:39547226	research paper	该研究通过空间转录组学技术揭示了成年小鼠口腔黏膜及其干细胞微环境的分子特征	首次定义了口腔不同部位独特和共有的细胞微环境分子标记，并鉴定了FGF通路作为口腔上皮干细胞的潜在微环境因子	研究仅限于小鼠模型，人类口腔黏膜可能存在差异	解析维持口腔黏膜部位特异性的分子机制	成年小鼠的舌头、颊部和腭部组织	spatial transcriptomics	NA	tomo-seq空间转录组学	NA	空间转录组数据	成年小鼠的舌头、颊部和腭部组织样本
91	2025-06-04	Bone morphogenetic protein 4 induces hematopoietic stem cell development from murine hemogenic endothelial cells in culture 2024-12-10, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.10.005 PMID:39547225	研究论文	本研究探讨了骨形态发生蛋白4（BMP4）在诱导小鼠胚胎造血内皮细胞（HECs）向造血干细胞（HSCs）分化中的作用	发现BMP4是促进早期HECs向HSCs分化的关键因子，为体外诱导HSCs提供了新方法	研究仅在小鼠胚胎细胞中进行，尚未在人类细胞中验证	阐明早期HECs向HSCs分化的信号需求	小鼠胚胎造血内皮细胞（HECs）	干细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	基因表达数据	E9.5和E10.5小鼠胚胎细胞
92	2025-06-03	Binding profiles for 961 Drosophila and C. elegans transcription factors reveal tissue-specific regulatory relationships 2024-Dec-23, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279037.124 PMID:39438113	研究论文	该研究通过modENCODE和modERN联盟的努力，系统地测定了果蝇和线虫中转录因子（TF）的结合事件，揭示了组织特异性的调控关系	发现了转录因子与染色质结合的'metapeaks'集群，并展示了这些集群的特性及其在基因表达调控中的作用	研究主要局限于两种模式生物（果蝇和线虫），可能无法完全代表其他生物的调控机制	解析转录因子在基因组中的结合位点及其调控关系	果蝇和线虫中的转录因子	基因组学	NA	ChIP-seq, 单细胞RNA-seq	机器学习模型	基因组数据, 转录组数据	605个果蝇TF和356个线虫TF，分别识别了3.6M和0.9M的结合位点
93	2025-05-31	Reprogramming of epidermal keratinocytes by PITX1 transforms the cutaneous cellular landscape and promotes wound healing 2024-Dec-20, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.182844 PMID:39480496	研究论文	研究探讨了转录因子PITX1在表皮角质形成细胞中的重编程作用及其对伤口愈合的促进作用	首次揭示了PITX1通过重编程表皮角质形成细胞的身份和细胞间通讯，模拟口腔组织特性并促进伤口愈合	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类组织中进行验证	阐明PITX1在口腔角质形成细胞特性建立和伤口愈合能力中的作用机制	小鼠皮肤和口腔（颊）黏膜的表皮角质形成细胞	细胞生物学	伤口愈合障碍	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和空间转录组学	NA	基因表达数据	小鼠皮肤和口腔黏膜组织样本
94	2025-05-31	Flotillin-2 dampens T cell antigen sensitivity and functionality 2024-Dec-20, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.182328 PMID:39499901	研究论文	研究发现Flotillin-2（Flot2）蛋白通过调节T细胞表面TCR的聚集来调控T细胞对抗原的敏感性和功能	首次揭示Flot2通过调控TCR纳米簇的形成来调节T细胞对抗原的敏感性，从而影响T细胞的功能	研究主要关注Flot2在CD4+ T细胞中的作用，对其他T细胞亚群的影响尚不明确	探究Flot2在T细胞抗原敏感性和功能调控中的作用机制	Flot2缺陷型T细胞和野生型T细胞	免疫学	癌症和慢性感染	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、超分辨率显微镜	Flot2基因敲除小鼠模型	基因表达数据、显微镜图像数据	Flot2缺陷型和野生型CD4+ T细胞
95	2025-05-31	Interleukin-1β Drives Disease Progression in Arrhythmogenic Cardiomyopathy 2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.11.628020 PMID:39763850	研究论文	该研究通过单核RNA测序和空间转录组学分析，揭示了心律失常性心肌病（ACM）中炎症-纤维化微环境的作用，并探索了抗IL-1β治疗的潜在益处	首次在ACM中鉴定出炎症-纤维化微环境，并证明抗IL-1β治疗可以减轻纤维化、改善心脏功能	研究主要基于小鼠模型，人类样本数量有限，需要进一步临床验证	探索ACM疾病进展的分子机制并寻找潜在治疗靶点	ACM患者心肌样本和Desmoglein-2突变小鼠模型	心血管疾病研究	心律失常性心肌病	单核RNA测序（snRNAseq）、空间转录组学	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	ACM患者心肌样本和对照供体样本（具体数量未明确说明），以及Desmoglein-2突变小鼠
96	2025-05-31	Estimating and correcting index hopping misassignments in single-cell RNA-seq data 2024-Dec-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.21.619353 PMID:39484535	研究论文	本文提出了一种估计和纠正单细胞RNA测序数据中索引跳跃误分配的方法	开发了一种简单的计算方法来估计和纠正索引跳跃率，通过量化不同细胞类型中误分配的基因	该方法依赖于细胞具有不同的表达谱，可能不适用于表达谱相似的细胞群体	解决单细胞RNA测序数据中索引跳跃导致的读段误分配问题	小鼠皮肤细胞的混合群体	单细胞RNA测序	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	1152个细胞
97	2025-05-31	scTrends: A living review of commercial single-cell and spatial 'omic technologies 2024-Dec-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100723 PMID:39667347	综述	本文提供了一个关于商业单细胞和空间组学技术的动态综述，涵盖从基础技术到新兴方法的关键方法和趋势	动态更新商业单细胞和空间组学技术的最新进展，强调可能扩展药物研究数据生成范围的新兴方法	主要关注商业平台，可能未涵盖所有学术或实验性技术	理解和导航单细胞及空间组学技术在生物医学研究和药物开发中的商业化和应用	商业单细胞和空间组学技术平台	生物医学研究	NA	单细胞技术、空间转录组学、微流控技术、组合索引、下一代测序	NA	组学数据	NA
98	2025-05-31	Synovial tissue myeloid dendritic cell subsets exhibit distinct tissue-niche localization and function in health and rheumatoid arthritis 2024-12-10, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.11.004 PMID:39609125	research paper	该研究通过单细胞和空间转录组学分析，揭示了类风湿性关节炎（RA）患者滑膜组织中树突状细胞（DC）亚群的分布和功能差异	发现了健康与RA患者滑膜组织中DC亚群的不同分布和功能，特别是在活跃RA中发现了炎症性DC3s和CCR7 DC2s的新作用	研究未涉及如何实际恢复耐受性DC2s或靶向致病性DC3s的具体治疗方法	探索RA患者滑膜组织中DC亚群的功能和分布，以寻找恢复免疫耐受的新途径	人类滑膜组织中的树突状细胞（DC）亚群	免疫学	类风湿性关节炎	单细胞转录组学、空间转录组学、共培养系统	NA	转录组数据	NA
99	2025-05-31	Tissue-resident natural killer cells support survival in pancreatic cancer through promotion of cDC1-CD8 T activity 2024-Dec-10, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.92672 PMID:39656086	研究论文	该研究揭示了组织驻留自然杀伤细胞（trNK）通过促进cDC1-CD8 T细胞活性在胰腺癌中支持生存的机制	发现IR联合CCR5抑制和PD1阻断能通过招募trNK样细胞群增强CD8 T细胞活性，提出了一种新的治疗策略	研究主要基于小鼠模型和人类scRNA-seq数据，需要进一步临床验证	探索胰腺癌免疫抑制微环境中增强抗肿瘤免疫应答的新方法	胰腺导管腺癌（PDAC）的免疫微环境	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），离子辐射（IR）	小鼠原位PDAC肿瘤模型	基因表达数据	人类scRNA-seq PDAC队列数据和小鼠模型数据
100	2025-05-31	Single-cell transcriptomics of human organoid-derived enteroendocrine cell populations from the small intestine 2024-Dec-05, The Journal of physiology DOI:10.1113/JP287463 PMID:39639676	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，对人类小肠类器官衍生的肠内分泌细胞（EECs）进行了转录组学分析	利用CRISPR-Cas9技术对类器官进行基因修饰，首次系统地绘制了人类EECs的单细胞转录组图谱，并揭示了不同EEC亚群在营养感知机制上的差异表达	研究仅基于类器官模型，可能与体内真实情况存在差异	解析人类肠内分泌细胞的异质性及其在代谢调控中的作用	人类十二指肠和回肠类器官衍生的肠内分泌细胞	单细胞转录组学	糖尿病, 肥胖症, 肠道疾病	单细胞RNA测序, CRISPR-Cas9基因编辑, 流式细胞分选	NA	单细胞转录组数据	人类十二指肠和回肠活检组织衍生的类器官