单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2024-12-20	Single-cell RNA sequencing uncovers heterogenous immune cell responses upon exposure to food additive (E171) titanium dioxide 2024-Dec-19, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-024-03036-9 PMID:39696498	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，揭示了在暴露于食品添加剂二氧化钛（E171 TiO）后，免疫细胞的异质性反应	首次通过单细胞RNA测序技术，详细分析了不同免疫细胞亚群在暴露于E171 TiO后的转录组和免疫反应的异质性	研究仅使用了Sprague-Dawley大鼠作为模型，可能无法完全代表所有物种的免疫反应	探讨食品添加剂E171 TiO对免疫系统的细胞毒性和转录组影响	免疫细胞在暴露于E171 TiO后的异质性反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了32只Sprague-Dawley大鼠（16只处理组，16只对照组）
62	2024-12-20	Zi Shen Wan Fang repaired blood-brain barrier integrity in diabetic cognitive impairment mice via preventing cerebrovascular cells senescence 2024-Dec-19, Chinese medicine IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s13020-024-01041-6 PMID:39696612	研究论文	本研究探讨了Zi Shen Wan Fang（ZSWF）通过预防脑血管细胞衰老修复糖尿病认知障碍小鼠血脑屏障完整性的机制	首次揭示了ZSWF通过抑制Cdkn1a和衰老相关分泌表型（SASP）基因的表达，预防脑血管细胞衰老，从而修复血脑屏障完整性并改善认知功能	实验仅在动物模型上进行，尚未在人体中验证其有效性和安全性	揭示糖尿病认知障碍小鼠血脑屏障完整性破坏的机制，并阐明ZSWF修复血脑屏障完整性及改善认知功能的机制	糖尿病认知障碍小鼠及其血脑屏障完整性	NA	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫荧光分析，分子对接	NA	基因表达数据	糖尿病小鼠模型，ZSWF剂量为9.36和18.72 g/kg，持续8周
63	2024-12-20	Radiotherapy-resistant prostate cancer cells escape immune checkpoint blockade through the senescence-related ataxia telangiectasia and Rad3-related protein 2024-Dec-19, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.12636 PMID:39698847	研究论文	本文研究了放射治疗后前列腺癌细胞通过衰老相关ATR蛋白逃避免疫检查点阻断的机制	首次揭示了细胞质ATR的激活与细胞衰老相关，阻碍了放射治疗和免疫检查点阻断联合治疗的效果	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床验证仍需进一步研究	探讨放射治疗后前列腺癌细胞对免疫检查点阻断的耐药机制	放射治疗后的前列腺癌细胞及其对免疫检查点阻断的耐药性	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括LNCaP细胞和临床样本，以及小鼠异种移植实验
64	2024-12-20	Statistical analysis supports pervasive RNA subcellular localization and alternative 3' UTR regulation 2024-Dec-19, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.87517 PMID:39699003	研究论文	本文开发了一种名为SPRAWL的统计框架，用于检测小鼠大脑和肝脏中细胞类型特异性的RNA亚细胞定位调控，并研究了3' UTR长度与亚细胞定位之间的相关性	提出了新的统计框架SPRAWL，用于整合多组学单细胞分辨率的基因异构体测量，以优先筛选功能性3' UTR候选者	研究仅限于小鼠大脑和肝脏的数据，尚未在其他物种或组织中验证	研究RNA亚细胞定位及其与3' UTR调控的关系，并开发新的统计方法来分析这些关系	小鼠大脑和肝脏中的RNA亚细胞定位及3' UTR调控	基因组学	NA	空间转录组学技术	统计框架	基因表达数据	小鼠大脑和肝脏的单细胞数据
65	2024-12-20	Exploring tumor microenvironment interactions and apoptosis pathways in NSCLC through spatial transcriptomics and machine learning 2024-Dec-19, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands) DOI:10.1007/s13402-024-01025-6 PMID:39699801	研究论文	本文通过空间转录组学和机器学习探索了非小细胞肺癌（NSCLC）中肿瘤微环境相互作用和凋亡通路	本文首次结合空间转录组学和机器学习方法，深入研究了NSCLC中程序性细胞死亡的内在机制及其与肿瘤微环境的相互作用	本文主要依赖于数据库和基因数据，实验验证部分仅限于体外实验，缺乏体内实验验证	探索NSCLC中程序性细胞死亡的机制及其与肿瘤微环境的相互作用，寻找新的治疗靶点	非小细胞肺癌（NSCLC）细胞及其肿瘤微环境	数字病理学	肺癌	空间转录组学、单细胞测序、Mendelian随机化	机器学习算法	基因数据	使用GEO数据库和TCGA NSCLC基因数据，具体样本数量未明确提及
66	2024-12-20	Detecting gene expression in Caenorhabditis elegans 2024-Dec-18, Genetics IF:3.3Q2 DOI:10.1093/genetics/iyae167 PMID:39693264	综述	本文综述了用于检测和分析秀丽隐杆线虫基因表达的各种方法	介绍了近年来发展的新技术，如单细胞RNA测序和高通量蛋白质组学，以高分辨率检测基因表达	未具体讨论每种技术的局限性	探讨秀丽隐杆线虫基因表达检测方法及其在生物学研究中的应用	秀丽隐杆线虫的基因表达	NA	NA	RNA测序，单细胞RNA测序，高通量蛋白质组学	NA	基因表达数据	NA
67	2024-12-20	Lhx2 specifically expressed in hepatic stellate cells promotes liver regeneration and inhibits liver fibrosis 2024-Dec-18, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001201 PMID:39693275	研究论文	本研究探讨了肝星状细胞中特异性表达的转录因子Lhx2在促进肝再生和抑制肝纤维化中的作用及其分子机制	首次揭示了Lhx2在肝星状细胞中具有促进再生和抑制纤维化的双重功能，并阐明了其调控机制	NA	识别肝星状细胞中同时促进再生和抑制纤维化的特定靶点，并阐明其分子机制	肝星状细胞中的转录因子Lhx2及其在肝再生和纤维化中的作用	NA	肝病	RNA-seq	NA	RNA	急性肝损伤和慢性肝损伤的小鼠模型，以及健康和纤维化肝脏组织的肝星状细胞
68	2024-12-20	Adenoviral-vectored neoantigen vaccine augments hyperexpanded CD8+ T cell control of tumor challenge in mice 2024-Dec-18, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009644 PMID:39694702	研究论文	本研究探讨了腺病毒载体的新抗原疫苗在增强小鼠肿瘤免疫控制中的作用	首次评估了腺病毒载体在传递新抗原疫苗中的效用，并展示了其相较于肽疫苗在诱导CD8+ T细胞免疫反应和肿瘤控制方面的优势	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证其效果	评估腺病毒载体新抗原疫苗在肿瘤免疫控制中的效果	腺病毒载体新抗原疫苗与肽疫苗在肿瘤免疫控制中的比较	免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和T细胞受体测序（TCR-seq）	NA	RNA	小鼠模型
69	2024-12-20	Infiltrative classical monocyte-derived and SPP1 lipid-associated macrophages mediate inflammation and fibrosis in ANCA-associated glomerulonephritis 2024-Dec-18, Nephrology, dialysis, transplantation : official publication of the European Dialysis and Transplant Association - European Renal Association DOI:10.1093/ndt/gfae292 PMID:39694817	研究论文	本文研究了在抗中性粒细胞胞质抗体（ANCA）相关性肾小球肾炎（AGN）中，肾脏巨噬细胞亚群如何介导炎症和纤维化	首次通过单细胞转录组分析揭示了AGN中肾脏巨噬细胞的多样性，并识别出与疾病相关的特定巨噬细胞亚型	研究样本仅来自少数患者，可能限制了结果的普遍性	探讨肾脏巨噬细胞在ANCA相关性肾小球肾炎中的作用机制	ANCA相关性肾小球肾炎患者的肾脏巨噬细胞	数字病理学	肾病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	25485个高质量的肾脏CD45+免疫细胞来自5名AGN患者
70	2024-12-20	Diffusion-based generation of gene regulatory network from scRNA-seq data with DigNet 2024-Dec-18, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279551.124 PMID:39694856	研究论文	提出了一种基于离散扩散生成模型的DigNet，用于从单细胞RNA测序数据生成基因调控网络	DigNet通过多步恢复过程和马尔可夫性质，确保全局网络结构与调控模块的兼容性，并通过元细胞整合和非欧几里得离散空间建模，提高了对scRNA-seq数据噪声和GRN稀疏性的鲁棒性	NA	从单细胞RNA测序数据中逆向工程构建细胞特异性的基因调控网络	单细胞RNA测序数据和基因调控网络	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序	离散扩散生成模型	基因表达数据	数十种最先进的网络推断方法
71	2024-12-20	LINC02257 regulates malignant phenotypes of colorectal cancer via interacting with miR-1273g-3p and YB1 2024-Dec-18, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-07259-4 PMID:39695079	研究论文	本研究通过多层次生物信息学分析和功能验证，揭示了LINC02257在结直肠癌中的潜在致病作用及其调控机制	首次揭示了LINC02257通过与miR-1273g-3p和YB1相互作用调控结直肠癌恶性表型的机制	实验主要在体外细胞模型中进行，缺乏体内实验验证	识别结直肠癌中的潜在致病性长链非编码RNA并研究其功能	LINC02257在结直肠癌中的作用及其分子机制	NA	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
72	2024-12-20	Single-cell transcriptomic and spatial analysis reveal the immunosuppressive microenvironment in relapsed/refractory angioimmunoblastic T-cell lymphoma 2024-Dec-18, Blood cancer journal IF:12.9Q1 DOI:10.1038/s41408-024-01199-0 PMID:39695118	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和成像质谱流式技术分析了复发/难治性血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤的免疫抑制微环境	首次揭示了复发/难治性血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤中恶性T滤泡辅助细胞的增殖机制及其与不良预后的关联，并发现了B细胞的恶性转化中间状态以及髓系细胞的功能障碍	研究仅限于复发/难治性病例与新诊断病例的比较，未涉及其他类型淋巴瘤的分析	揭示复发/难治性血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤的免疫抑制微环境特征及潜在治疗靶点	复发/难治性血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤与新诊断病例的细胞组成和空间结构	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、成像质谱流式技术（IMC）	NA	转录组数据、图像数据	复发/难治性血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤与新诊断病例的样本
73	2024-12-20	Spatial transcriptomic clocks reveal cell proximity effects in brain ageing 2024-Dec-18, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08334-8 PMID:39695234	研究论文	本文构建了一个空间分辨的单细胞转录组脑图谱，并开发了空间衰老时钟模型，用于研究脑衰老过程中的细胞邻近效应	首次通过空间转录组学技术揭示了T细胞和神经干细胞在脑衰老中的邻近效应，并提出了潜在的干预靶点	研究仅限于两个干预措施（运动和部分重编程），且样本量相对较小	研究脑衰老过程中细胞间的相互作用及其对组织衰老的影响	成年生命周期中不同年龄段的脑细胞及其在运动和部分重编程干预下的变化	单细胞组学	神经退行性疾病	空间转录组学	机器学习模型	转录组数据	420万细胞，来自20个不同年龄段和两个干预措施
74	2024-12-20	A single-cell mass cytometry-based atlas of the developing mouse brain 2024-Dec-18, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01786-1 PMID:39695302	研究论文	本文通过基于质谱流式细胞术的单细胞图谱，研究了小鼠发育脑中不同细胞系的分子变化	首次通过质谱流式细胞术对发育中小鼠脑的单细胞蛋白质丰度进行了表征，并展示了蛋白质水平测量在识别功能性细胞状态中的价值	NA	填补单细胞蛋白质丰度在发育脑中未被表征的空白	小鼠发育脑中的单细胞蛋白质丰度	数字病理学	NA	质谱流式细胞术	NA	单细胞数据	24,290,787个细胞，来自C57/BL6小鼠的胚胎期和新生期样本，每个样本有2到4个生物学重复
75	2024-12-20	Prion protein regulates invasiveness in glioblastoma stem cells 2024-Dec-18, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-13285-4 PMID:39695426	研究论文	本文研究了朊蛋白（PrPC）在胶质母细胞瘤干细胞中的表达对肿瘤侵袭性的影响	首次揭示了PrPC在胶质母细胞瘤干细胞中的表达对肿瘤迁移、增殖和自我更新等关键肿瘤进展途径的调控作用	研究主要基于体外实验和基因组数据分析，缺乏体内实验验证	探讨PrPC在胶质母细胞瘤干细胞中的表达对肿瘤侵袭性和增殖的影响	胶质母细胞瘤干细胞及其朊蛋白表达	数字病理学	脑肿瘤	CRISPR-Cas9技术、RNA测序、免疫荧光、Western blot、流式细胞术、Transwell实验、生长曲线实验、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	U87和U251胶质母细胞瘤细胞系，以及来自TCGA和Broad Institute的单细胞数据
76	2024-12-20	Vitamin D binding protein and receptor prevalence in a large population with periodontitis: single nucleotide polymorphism and transcriptomic profiling 2024-Dec-18, BMC oral health IF:2.6Q1 DOI:10.1186/s12903-024-05227-0 PMID:39695565	研究论文	本文研究了维生素D结合蛋白（VDBP）和受体（VDR）基因在牙周炎患者中的单核苷酸多态性（SNP）及其转录组表达情况	首次通过大规模人群样本和转录组分析，揭示了VDR和VDBP基因的SNP与慢性牙周炎（CP）易感性的关系	研究仅分析了部分SNP位点，未涵盖所有可能的相关位点，且样本量有限	探讨VDR和VDBP基因的SNP及其转录组表达与慢性牙周炎易感性的关系	600名受试者（包括307名慢性牙周炎患者和293名健康对照）的基因组DNA和牙龈组织的转录组数据	NA	牙周炎	单核苷酸多态性检测（MassARRAY系统），转录组测序	回归分析模型	基因组数据，转录组数据	600名受试者（307名慢性牙周炎患者，293名健康对照）
77	2024-12-20	Intestinal metaplasia key molecules and UPP1 activation via Helicobacter pylori /NF-kB: drivers of malignant progression in gastric cancer 2024-Dec-18, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03598-6 PMID:39695769	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序分析，研究了胃癌发展过程中的分子和细胞动态变化	首次构建了详细的单细胞图谱，揭示了胃上皮细胞在肠化生过程中获得类肠干细胞表型的现象，并发现了UPP1作为关键癌基因在胃癌进展中的作用	研究仅限于胃窦黏膜活检样本，未涵盖其他部位的胃黏膜	揭示胃癌发生过程中分子和细胞的动态变化，探索癌前病变的关键分子	胃窦黏膜的单细胞RNA测序数据，涵盖非萎缩性胃炎、慢性萎缩性胃炎、肠化生和早期胃癌等多个阶段	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	26,028个高质量的胃窦黏膜细胞
78	2024-12-20	Application of Single-Cell Genomics to Animal Models of Periodontitis and Peri-Implantitis 2024-Dec-18, Journal of clinical periodontology IF:5.8Q1 DOI:10.1111/jcpe.14093 PMID:39695834	综述	本文综述了单细胞基因组学技术在牙周炎和种植体周围炎动物模型中的应用	通过单细胞RNA测序（scRNAseq）揭示了牙周炎和种植体周围炎中的细胞异质性和特定细胞作用，克服了传统批量RNA测序的局限性	目前研究主要集中在动物模型上，尚未广泛应用于临床实践	旨在整合单细胞基因组学技术与牙周炎和种植体周围炎的动物模型，以深入理解疾病发病机制并推动精准治疗的发展	牙周炎和种植体周围炎的动物模型	数字病理学	牙周疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因组数据	动物模型
79	2024-12-20	Spall: accurate and robust unveiling cellular landscapes from spatially resolved transcriptomics data using a decomposition network 2024-Dec-18, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-06003-1 PMID:39695962	研究论文	本文提出了一种名为Spall的新型分解网络，用于从空间转录组数据中准确推断细胞类型比例，并揭示细胞分布模式	Spall引入了GATv2模块，采用灵活的动态注意力机制来捕捉spots之间的关系，并结合跳跃连接以减少细胞特异性信息的丢失，从而提高了对稀有细胞类型的预测能力	NA	解决现有计算方法在细胞分布的空间连续性与细胞特异性特征保留之间的平衡问题	空间转录组数据中的细胞分布模式	机器学习	胰腺导管腺癌	空间转录组学	分解网络	转录组数据	多个数据集，包括人类胰腺导管腺癌样本、小鼠大脑皮层和小鼠小脑样本
80	2024-12-20	New insights into the role of mitophagy related gene affecting the metastasis of osteosarcoma through scRNA-seq and CRISPR-Cas9 genome editing 2024-Dec-18, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-024-01989-w PMID:39696352	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和CRISPR-Cas9基因编辑技术，探讨了线粒体自噬相关基因在骨肉瘤转移中的作用	首次通过整合单细胞测序和CRISPR-Cas9基因编辑技术，识别出与骨肉瘤转移相关的线粒体自噬关键基因，并构建了预测患者预后的mitophagy_score模型	研究主要集中在细胞和动物实验层面，尚未在临床试验中验证这些发现	揭示线粒体自噬在骨肉瘤转移过程中的作用，并开发相关的预后模型和治疗策略	骨肉瘤细胞中的线粒体自噬相关基因及其在转移中的作用	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR-Cas9基因编辑	NA	单细胞RNA测序数据、批量测序数据	数百个配体-受体相互作用、细胞生物学实验和动物研究