单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 703 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2026-06-26 |
Low expression of CCKBR in the acinar cells is associated with insufficient starch hydrolysis in ruminants
2024-12-20, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-07406-9
PMID:39706905
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研究论文 | 结合单细胞RNA测序和蛋白质组学分析，揭示成年山羊腺泡细胞中CCKBR低表达导致淀粉水解不足的机制 | 首次通过单细胞RNA测序与蛋白质组学联合分析，阐明反刍动物小肠淀粉消化率低的分子机制，发现CCKBR受体低表达和十二指肠CCK-I细胞分布少共同导致肠-胰反射缓慢 | 未提及 | 解析反刍动物小肠淀粉消化率低的生理机制 | 成年山羊和新生山羊的胰腺外分泌功能 | NA | NA | 单细胞RNA测序，蛋白质组学分析 | NA | 基因表达数据，蛋白质数据 | 山羊样本（成年山羊和新生山羊） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 62 | 2026-06-19 |
Evaluating predictive patterns of antigen-specific B cells by single-cell transcriptome and antibody repertoire sequencing
2024-12-18, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2024.11.005
PMID:39662471
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research paper | 利用单细胞转录组和抗体库测序评估抗原特异性B细胞的预测模式 | 首次结合单细胞转录组和抗体库测序数据，使用机器学习预测抗原特异性B细胞，并评估了基于基因表达和抗体序列特征的模型性能 | 仅使用小鼠免疫B细胞数据，可能无法直接应用于人类或其他物种；机器学习模型的泛化能力需进一步验证 | 评估机器学习和基于基因表达与抗体库特征的模型在预测抗原特异性B细胞方面的性能 | 来自免疫小鼠的B细胞，标记为抗原特异性或非特异性 | machine learning | NA | 单细胞转录组测序, 抗体库测序 | CNN, LSTM, GAN, 线性模型, 非线性模型, 基于蛋白质语言模型的迁移学习 | 单细胞转录组数据, 抗体库序列数据 | 来自免疫小鼠的B细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序, 抗体库测序 | NA | NA |
| 63 | 2026-06-19 |
Tracking the gene expression programs and clonal relationships that underlie mast, myeloid, and T lineage specification from stem cells
2024-12-18, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2024.11.001
PMID:39615483
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研究论文 | 利用多能干细胞分化系统，结合时间分辨单细胞RNA测序和转录谱系条形码技术，追踪从干细胞到肥大细胞、髓系和T细胞谱系规范过程中的基因表达程序和克隆关系 | 首次使用时间分辨单细胞RNA测序和转录谱系条形码技术，实时捕捉人类T细胞规范的转录动态和细胞命运限制事件，鉴定出YBX1在T细胞谱系规范中的作用，并揭示肥大细胞和髓系潜能早期在造血过程中相互分叉 | 可能受限于体外分化系统的模型特性，未涉及体内微环境的影响 | 理解人类T细胞规范的转录动态和细胞命运限制事件 | 人类多能干细胞分化而来的造血祖细胞及其衍生的肥大细胞、髓系和T细胞 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序、转录谱系条形码 | 基因调控网络推断 | 单细胞转录组数据 | 时间分辨的单细胞RNA测序数据，涉及体外分化系统的多个时间点样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 64 | 2026-06-17 |
Ionizing radiation inhibits zebrafish embryo hatching through induction of tissue inhibitors of metalloproteinases (TIMPs) expression
2024-12, The FEBS journal
DOI:10.1111/febs.17318
PMID:39547957
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术，揭示电离辐射通过诱导组织金属蛋白酶抑制剂表达抑制斑马鱼胚胎孵化的分子机制 | 首次通过单细胞RNA测序在脊椎动物发育过程中揭示电离辐射对脑/中枢神经系统和孵化腺细胞簇比例的影响，并发现组织金属蛋白酶抑制剂在孵化腺中上调是导致孵化延迟的关键调控机制 | 虽然观察到了孵化延迟，但未观察到包括大脑在内的某些器官的形态学变化 | 揭示电离辐射对水生生物和人类生物学效应的分子机制，特别是在脊椎动物发育过程中的影响 | 斑马鱼胚胎 | 生物信息学 | 辐射损伤 | 单细胞RNA测序、全胚胎原位杂交 | NA | 基因表达数据 | 斑马鱼胚胎，暴露于5戈瑞电离辐射 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 65 | 2026-06-15 |
Single-Cell Analysis of Subcutaneous Fat Reveals Profibrotic Cells That Correlate With Visceral Adiposity in HIV
2024-12-18, The Journal of clinical endocrinology and metabolism
DOI:10.1210/clinem/dgae369
PMID:38820087
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析HIV感染者皮下脂肪中的促纤维化细胞，发现其与内脏脂肪组织体积相关 | 首次在HIV感染者中揭示了皮下脂肪组织特异性的细胞组成和转录程序与内脏脂肪组织体积的关联，特别是中间巨噬细胞、肌成纤维细胞和MYOC+成纤维细胞的比例升高 | 需要进一步的纵向研究来确定方向性和机制 | 表征HIV感染者皮下脂肪组织细胞类型特异性组成和转录程序，探索与内脏脂肪组织体积增大的关联 | 长期接受抗逆转录病毒治疗的HIV感染者 | 机器学习 | 心血管疾病, 代谢性疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 92名参与者进行批量RNA测序，43名进行单细胞RNA测序 | Illumina | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | Illumina NovaSeq | 单细胞RNA测序使用10x Chromium平台 |
| 66 | 2026-06-02 |
Single-cell RNA sequencing offers opportunities to explore the depth of physiology, adaptation, and biochemistry in non-model organisms exposed to pollution
2024-12, Comparative biochemistry and physiology. Part D, Genomics & proteomics
DOI:10.1016/j.cbd.2024.101339
PMID:39393164
|
综述 | 本短篇综述强调了单细胞RNA测序在揭示基因型-表型关系中的关键作用，特别是在非模式生物对环境污染反应中的应用潜力 | 将单细胞RNA测序的应用范围从典型疾病研究扩展到非模式生物对环境污染物的反应，提供了对细胞异质性的全面理解 | 未详细讨论单细胞RNA测序在非模式生物中应用的技术挑战或数据分析难点 | 通过分析已发表文章，说明单细胞RNA测序在生物学领域的最新进展，并探讨其在非模式生物对环境污染反应研究中的潜力 | 单细胞RNA测序应用相关的已发表文章 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 67 | 2026-06-02 |
Batch effects correction in scRNA-seq based on biological-noise decoupling autoencoder and central-cross loss
2024-12, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 提出基于生物噪声解耦自编码器和中心交叉损失的BDACL模型，用于消除单细胞RNA测序数据的批次效应 | 通过自编码器重构数据和层次聚类树逐步合并小簇，引入中心交叉损失以无监督方式消除批次效应，同时保留稀有细胞类型 | 未提及具体局限性 | 解决单细胞RNA测序数据中批次效应导致稀有细胞类型信息丢失的问题 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 自编码器 | 基因表达数据 | 不适用 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 不适用 |
| 68 | 2026-06-02 |
CopyMix: Mixture model based single-cell clustering and copy number profiling using variational inference
2024-12, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 提出CopyMix模型，通过变分推断同时进行单细胞聚类和拷贝数变异分析，以研究肿瘤异质性 | 首次通过变分推断联合推断细胞聚类及其拷贝数谱，避免了传统分步处理中引入的人为聚类伪影 | 未明确说明局限性 | 开发一种能同时进行单细胞聚类和拷贝数谱推断的方法，以更好地研究肿瘤异质性 | 肿瘤细胞亚群 | 机器学习 | 肿瘤 | 单细胞DNA测序 | 混合隐马尔可夫模型 | 拷贝数数据 | NA | NA | 单细胞DNA测序 | NA | NA |
| 69 | 2026-06-02 |
Deconvolution of cell-type-associated markers predictive of response to neoadjuvant radiotherapy
2024-12, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序数据，对直肠癌新辅助放疗前样本进行细胞类型解卷积，识别预测放疗反应的细胞类型相关标记 | 首次通过整合单细胞和批量转录组数据，系统解析了直肠癌新辅助放疗响应的细胞类型特异性标记及其相互作用网络 | 未明确说明具体局限性 | 揭示直肠癌放疗后耐药和复发的细胞来源分子标记及治疗靶点 | 直肠癌患者新辅助放疗前的肿瘤样本 | 数字病理学, 机器学习 | 直肠癌 | 单细胞RNA测序, 转录组分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 批量转录组数据 | 三个独立数据集（GSE119409、GSE35452、GSE45404） | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 70 | 2026-06-01 |
Airway-derived emphysema-specific alveolar type II cells exhibit impaired regenerative potential in COPD
2024-Dec, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.02071-2023
PMID:39147413
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研究论文 | 发现了一种位于肺泡远端囊泡中的特异性ATII细胞亚群（asATII细胞），该细胞在COPD中表现出再生潜力受损，并可能成为新的治疗靶点 | 首次发现并描述了一种同时表达肺泡标记物表面活性蛋白C和club细胞标记物SCGB3A2的肺气肿特异性ATII细胞亚群（asATII细胞），并在小鼠模型中证实其来源于club细胞 | 未提及具体研究局限，但基于摘要可推断可能包括：研究主要在体外类器官模型中进行，缺乏体内功能验证；样本量及临床相关性有待进一步确认 | 探究COPD肺气肿中组织再生受损的驱动因素，特别是肺上皮祖细胞异常 | COPD患者和健康对照的肺泡II型（ATII）细胞及气道club细胞 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序、谱系标记 | NA | 基因表达数据 | 人及小鼠样本（具体数量未提供） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 71 | 2026-05-31 |
Atlas of Metastatic Gastric Cancer Links Ferroptosis to Disease Progression and Immunotherapy Response
2024-12, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2024.07.038
PMID:39097198
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研究论文 | 对转移性胃癌进行单细胞转录组和免疫图谱分析，揭示铁死亡在疾病进展和免疫治疗反应中的作用 | 首次构建大规模转移性胃癌的单细胞图谱，揭示铁死亡逃逸机制及其与免疫治疗联合的潜在治疗策略 | 主要基于治疗初治患者，可能无法完全反映治疗后的动态变化 | 通过单细胞和免疫图谱揭示转移性胃癌的肿瘤和免疫生物学特征，探索铁死亡在疾病进展中的作用及联合治疗策略 | 68对配对的治疗初治原发性转移性胃癌患者肿瘤样本 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞转录组测序, 免疫分析 | NA | 单细胞转录组数据, 免疫数据 | 68对配对的治疗初治原发性转移性胃癌肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 72 | 2026-05-31 |
Mucosal Single-Cell Profiling of Crohn's-Like Disease of the Pouch Reveals Unique Pathogenesis and Therapeutic Targets
2024-12, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2024.07.025
PMID:39084267
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研究论文 | 通过单细胞分析揭示贮袋克罗恩样病的独特发病机制和治疗靶点 | 首次利用单细胞RNA测序和质谱流式技术对贮袋克罗恩样病患者黏膜细胞进行全面分析，发现其内质网应激升高可能是新型诊断标志物和治疗靶点 | 研究样本量有限（50例），且主要基于横断面分析，缺乏纵向动态观察 | 探究溃疡性结肠炎患者术后贮袋克罗恩样病的病理生理机制 | 贮袋克罗恩样病患者、正常贮袋患者、贮袋炎患者及家族性腺瘤性息肉病患者的黏膜细胞 | 单细胞分析 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序、质谱流式技术、免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据、质谱流式数据 | 50例患者（包括正常和CDP组）：其中部分样本进行单细胞RNA测序，部分进行质谱流式分析 | 10x Genomics, Fluidigm | 单细胞RNA测序, 质谱流式技术 | 10x Chromium, CyTOF | 10x Chromium Single Cell 3'试剂盒用于单细胞RNA测序；质谱流式技术使用CyTOF平台 |
| 73 | 2026-05-31 |
Identification of Key Genes in Fetal Gut Development at Single-Cell Level by Exploiting Machine Learning Techniques
2024-12, Proteomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1002/pmic.202400104
PMID:39324223
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研究论文 | 利用机器学习技术对单细胞测序数据进行分析，识别胎儿肠道发育过程中的关键基因 | 采用了增量特征选择方法结合四种特征排序算法，从大规模单细胞数据中提取关键基因和分类规则，构建高效分类器 | 未提及明确的局限性 | 通过机器学习技术增强对胎儿肠道发育的理解 | 胎儿肠道发育过程中的细胞，包括结肠、十二指肠和回肠的上皮、免疫、间充质和血管细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 62,849个样本，每个样本有33,694个基因特征 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 74 | 2026-05-30 |
Reliable estrogen-related prognostic signature for uterine corpus endometrial carcinoma
2024-12, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 本研究探索子宫体子宫内膜癌(UCEC)中关键的雌激素相关基因(ERGs)，并构建可靠的预后风险评分 | 首次结合单细胞RNA测序和批量RNA数据识别出8个雌激素相关基因构建预后风险评分，并发现其与免疫微环境及药物敏感性相关 | 未提及外部验证队列，且样本来源可能存在偏倚 | 探索子宫体子宫内膜癌中关键的雌激素相关基因并建立预后预测模型 | 子宫体子宫内膜癌患者 | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序 | LASSO Cox回归、多元Cox回归 | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本量，数据来源包括GEO和TCGA数据库 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 75 | 2026-05-30 |
Highlighting roles of autophagy in human diseases: a perspective from single-cell RNA sequencing analyses
2024-12, Drug discovery today
IF:6.5Q1
DOI:10.1016/j.drudis.2024.104224
PMID:39521332
|
综述 | 该综述探讨了自噬在人类疾病中的作用，并从单细胞RNA测序分析的角度进行了阐述 | 利用单细胞RNA测序技术揭示自噬通路在多种生理和病理背景下的转录景观，提供了分子层面的新视角 | 未明确说明具体局限性 | 总结单细胞RNA测序在自噬研究中的最新进展，并强调其在多种疾病分子特征研究中的潜力 | 自噬相关的人类疾病 | 单细胞转录组学 | 癌症及其他疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 76 | 2026-05-29 |
Neuronal cell populations in circumoral nerve ring of sea cucumber Apostichopus japonicus: Ultrastructure and transcriptional profile
2024-12, Comparative biochemistry and physiology. Part D, Genomics & proteomics
DOI:10.1016/j.cbd.2024.101263
PMID:38850626
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术研究了仿刺参围口神经环中神经元的超微结构和转录谱，鉴定出六种神经元细胞类型 | 首次对海参神经元细胞进行单细胞转录组分析，鉴定了六种神经元类型及神经肽前体基因和G蛋白偶联受体的表达模式 | 仅聚焦于围口神经环区域，未涵盖海参其他神经组织；尚未对鉴定出的神经元类型进行功能验证 | 阐明海参神经元细胞的类型、分子特征和进化意义 | 仿刺参（Apostichopus japonicus）围口神经环中的神经元细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 77 | 2026-05-27 |
Pulmonary fibroblast activation during Aspergillus fumigatus infection enhances lung defense via immunomodulation and tissue remodeling
2024-Dec-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.19.629499
PMID:39763713
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研究论文 | 本研究通过细胞谱系追踪、靶向细胞消融和单细胞RNA测序，揭示了肺成纤维细胞在烟曲霉感染中的激活及其通过免疫调节和组织重塑增强宿主防御的作用 | 首次发现肺成纤维细胞在烟曲霉感染中的保护性角色，证明成纤维细胞通过免疫调节和细胞外基质分泌参与宿主防御，而非仅仅作为组织损伤的被动响应者 | 未明确说明研究局限性 | 探索肺成纤维细胞在烟曲霉感染引起的肺损伤中的功能响应及其对宿主防御的重要性 | 肺成纤维细胞及烟曲霉感染的小鼠模型 | 数字病理学 | 侵袭性曲霉病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 免疫正常和免疫抑制小鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3′测序 |
| 78 | 2026-05-23 |
Single-cell profiling of the peripheral blood immune landscape during mid- and late-stage pregnancy
2024-12-01, Physiological genomics
IF:2.5Q2
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研究论文 | 通过单细胞测序分析中晚期妊娠外周血免疫细胞图谱 | 首次揭示了HOPX+ CD4+ T细胞、ZNF683+CD8+ T细胞和KLRB1+CD8+ T细胞在妊娠中晚期显著差异，并发现了罕见XIST+ T细胞亚型在妊娠中可能参与免疫相关基因转录翻译调控和胰岛素信号通路 | 样本量较小，仅纳入3例中期和3例晚期妊娠女性，且未涉及早期妊娠对比或妊娠相关疾病研究 | 建立中晚期妊娠女性外周血单个核细胞免疫谱，为研究妊娠相关疾病提供基础 | 中晚期妊娠女性的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 妊娠相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 6例妊娠女性（中期3例，晚期3例） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 79 | 2026-05-22 |
The contribution of the sphingosine 1-phosphate signaling pathway to chronic kidney diseases: recent findings and new perspectives
2024-12, Pflugers Archiv : European journal of physiology
DOI:10.1007/s00424-024-03029-5
PMID:39384640
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综述 | 本文综述了鞘氨醇-1-磷酸信号通路在慢性肾病和肾纤维化中的最新发现和研究前景 | 系统总结了S1P信号在多种特定慢性肾病（如糖尿病肾病、狼疮性肾炎、局灶节段性肾小球硬化症、法布里病和IgA肾病）中的作用，并探讨了S1P作为疾病进展生物标志物的潜力以及空间转录组学等先进技术的应用 | 文章未提及自身局限性，但作为综述，可能受限于现有研究的数量和质量 | 分析S1P信号通路在慢性肾病发病机制和肾纤维化中的最新研究进展，并探讨其作为治疗靶点和生物标志物的潜力 | 慢性肾病，包括糖尿病肾病、狼疮性肾炎、局灶节段性肾小球硬化症、法布里病和IgA肾病 | 机器学习 | 慢性肾病 | NA | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 80 | 2026-05-21 |
3D printed PGCL@PLA/10CSPL composite scaffolds loaded with fibronectin 1 for intervertebral disc degeneration treatment
2024-12-13, Biofabrication
IF:8.2Q1
DOI:10.1088/1758-5090/ad998f
PMID:39668784
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研究论文 | 本研究设计并制备了一种3D打印的PGCL@PLA/10CSPL复合支架，装载纤连蛋白1用于治疗椎间盘退变 | 首次将单细胞转录组分析鉴定的纤连蛋白1装载于具有电活性的3D打印复合支架中，用于促进异常髓核退变加速和骨融合 | NA | 开发一种新型支架系统用于椎间盘退变治疗，以恢复椎间盘高度和生物力学功能 | 人类正常和退变髓核的单细胞转录组数据，以及3D打印复合支架的体内外性能 | 数字病理学 | 椎间盘退变 | 单细胞转录组分析，3D打印 | NA | 单细胞转录组数据 | 公共单细胞转录组数据集（正常和退变髓核样本） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |