单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-05-31	Spatially resolved single-cell atlas unveils a distinct cellular signature of fatal lung COVID-19 in a Malawian population 2024-Dec, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03354-3 PMID:39567718	研究论文	通过尸检单细胞研究揭示了马拉维人群中致命性肺部COVID-19的独特细胞特征	首次在非洲人群中揭示了COVID-19的细胞机制，并比较了不同人群间的免疫和炎症机制差异	样本量较小（n=16），且仅针对马拉维人群，可能限制结果的普遍性	研究COVID-19在非洲人群中的细胞病理学特征及其与HIV、疟疾等环境因素的相互作用	马拉维成年人的肺部、血液和鼻腔细胞	数字病理学	COVID-19	单细胞转录组学、高维成像	NA	单细胞转录组数据、影像数据	16例（9例COVID-19阳性，7例阴性）
62	2025-05-28	Disrupting CENP-N mediated SEPT9 methylation as a strategy to inhibit aerobic glycolysis and liver metastasis in colorectal cancer 2024-Dec, Clinical & experimental metastasis IF:4.2Q2 DOI:10.1007/s10585-024-10316-z PMID:39424682	研究论文	本研究探讨了CENP-N介导的SEPT9甲基化在结直肠癌有氧糖酵解和肝转移中的作用	发现CENP-N通过介导SEPT9甲基化促进有氧糖酵解和肝转移的新通路	NA	探索抑制结直肠癌进展和肝转移的潜在治疗靶点	结直肠癌细胞	肿瘤学	结直肠癌	单细胞RNA测序、甲基化特异性PCR (MSP)、ChIP实验	NA	基因表达数据、甲基化数据	NA
63	2025-05-26	Fibroblast-specific TGF-β signaling mediates cardiac dysfunction, fibrosis, and hypertrophy in obese diabetic mice 2024-Dec-14, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae210 PMID:39373248	research paper	该研究探讨了成纤维细胞特异性TGF-β信号在2型糖尿病心肌病发病机制中的作用	揭示了成纤维细胞特异性TGF-β/Smad3信号通路在糖尿病心肌病中的关键作用，并发现TSP-4可能作为糖尿病诱导的纤维化介质	体外实验未显示TSP-4对心脏成纤维细胞有明显的激活作用	研究TGF-β诱导的成纤维细胞激活在糖尿病心肌病发病机制中的作用	肥胖糖尿病小鼠（db/db小鼠）的心脏成纤维细胞	心血管疾病研究	心血管疾病	转录组学研究、scRNA-seq、Ingenuity通路分析（IPA）	小鼠模型	基因表达数据、scRNA-seq数据	肥胖db/db小鼠和瘦型小鼠
64	2025-05-24	A cross-disease resource of living human microglia identifies disease-enriched subsets and tool compounds recapitulating microglial states 2024-Dec, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01764-7 PMID:39406950	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析了来自74名捐赠者的215,680个活体人类小胶质细胞，揭示了小胶质细胞的异质性及其在不同神经系统疾病中的作用	首次大规模跨疾病分析人类小胶质细胞异质性，发现与神经退行性疾病相关的特定亚群，并验证了能够模拟这些亚群状态的化合物	研究主要基于转录组数据，可能未能完全捕捉小胶质细胞的功能状态	揭示人类小胶质细胞的异质性及其在神经系统疾病中的作用，为靶向治疗开发提供依据	人类小胶质细胞	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), RNAscope免疫荧光, MERFISH	NA	单细胞转录组数据	215,680个活体人类小胶质细胞，来自74名捐赠者
65	2025-05-20	Magnetic soft microrobots for erectile dysfunction therapy 2024-Dec-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2407809121 PMID:39556757	研究论文	开发了一种用于治疗勃起功能障碍的磁性软微型机器人，用于增强间充质基质细胞的保留和存活率	创新的磁性软微型机器人设计，包含超软水凝胶微球和磁性纳米颗粒链，具有清除活性氧的功能	NA	提高间充质基质细胞在勃起功能障碍治疗中的保留和存活率	间充质基质细胞（MSCs）和勃起功能障碍（ED）动物模型	生物医学工程	勃起功能障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	NA	大鼠和比格犬ED模型
66	2025-05-17	Detecting global and local hierarchical structures in cell-cell communication using CrossChat 2024-12-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54821-x PMID:39627184	研究论文	开发了一个名为CrossChat的计算框架，用于检测和分析细胞间通讯的全局和局部层次结构	提出了一个新颖的计算框架CrossChat，能够通过多分辨率聚类方法和树检测方法，全面分析细胞间通讯的层次结构	NA	理解和分析细胞间通讯的层次结构及其对复杂组织功能的调控作用	细胞间通讯的层次结构	生物信息学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（Spatial Transcriptomics）	多分辨率聚类方法、树检测方法	scRNA-seq数据、空间转录组数据	两个来自COVID-19患者的非空间scRNA-seq数据集、两个来自小鼠胚胎皮肤的空间转录组数据集
67	2025-05-17	Endothelial Pim3 kinase protects the vascular barrier during lung metastasis 2024-12-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54445-1 PMID:39627185	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析了小鼠肺部黑色素瘤细胞到达后6小时内肺内皮细胞的转录重编程，发现了一个反应性毛细血管内皮细胞簇(rCap)，并揭示了Pim3激酶在保护血管屏障中的作用	首次发现反应性毛细血管内皮细胞簇(rCap)及其在转移性微环境中的作用，揭示了Pim3激酶在维持血管屏障功能中的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证有限；仅观察了6小时内的早期变化	探究转移性微环境中内皮细胞的分子调控机制及其在癌症转移中的作用	小鼠肺内皮细胞和黑色素瘤细胞	癌症生物学	黑色素瘤	scRNA-Seq	NA	基因表达数据	NA
68	2025-05-16	Parallel labeled-line organization of sympathetic outflow for selective organ regulation in mice 2024-12-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54928-1 PMID:39658565	research paper	该研究通过结合单细胞转录组数据和病毒遗传工具包，在小鼠中识别出脊髓交感节前神经元的两种亚型，揭示了其对不同器官的选择性调控机制	首次在分子水平上定义了脊髓交感节前神经元的两种亚型，并展示了它们对胃肠道运动和肾上腺介导的葡萄糖代谢的选择性调控	研究仅在小鼠中进行，尚未在人类或其他动物模型中验证	探究脊髓交感节前神经元的神经回路组织及其对器官功能的选择性调控	小鼠的脊髓交感节前神经元及其靶向的肾上腺和腹腔/肠系膜上神经节	神经科学	NA	单细胞转录组测序、病毒遗传工具包、化学遗传学操控	NA	转录组数据、神经解剖学数据	小鼠模型
69	2025-05-16	CDK9 recruits HUWE1 to degrade RARα and offers therapeutic opportunities for cutaneous T-cell lymphoma 2024-12-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54354-3 PMID:39632829	research paper	该研究通过筛选小分子抑制剂库，发现CDK9是皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)生长的驱动因子，并揭示了CDK9通过招募E3连接酶HUWE1促进RARα降解的机制	发现CDK9在CTCL生长中的关键作用，并首次揭示CDK9通过HUWE1介导RARα降解的分子机制，提出CDK9-PROTAC与ATRA联合治疗的新策略	研究主要基于体外和小鼠模型，尚未进行临床试验验证	探索CTCL的靶向治疗新方法	皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)	肿瘤生物学	皮肤T细胞淋巴瘤	单细胞RNA-seq、PROTAC技术	小鼠异种移植模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，涉及体外细胞和小鼠模型
70	2025-05-16	Parallel measurement of transcriptomes and proteomes from same single cells using nanodroplet splitting 2024-12-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54099-z PMID:39638780	研究论文	介绍了一种名为nanoSPLITS的集成平台，能够从同一单细胞中同时进行转录组和蛋白质组的全局分析	开发了nanoSPLITS技术，实现了单细胞水平上转录组和蛋白质组的并行测量，并能够将转录组数据映射到现有的大规模单细胞RNA测序参考数据库	NA	通过单细胞多组学技术深入了解基因调控网络、细胞多样性和时间动态	单细胞（包括人类胰岛原代细胞）	单细胞多组学	NA	RNA测序和质谱蛋白质组学	NA	转录组和蛋白质组数据	NA
71	2025-05-16	Synaptic connectome of the Drosophila circadian clock 2024-12-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54694-0 PMID:39638801	research paper	该研究通过果蝇FlyWire大脑连接组，绘制了动物昼夜节律时钟的全面连接图谱，揭示了额外的背侧时钟神经元和新的间接光输入路径	发现果蝇昼夜节律网络包含约240个神经元而非150个，揭示了广泛的网络内对侧突触连接和新的间接光输入路径，以及时钟调节下行神经元的路径	NA	理解多样化的节律性生理和行为如何被协调	果蝇昼夜节律时钟的突触连接组	神经科学	NA	FlyWire大脑连接组分析、单细胞转录组学、受体定位	NA	连接组数据、转录组数据	约240个神经元
72	2025-05-16	NiCo identifies extrinsic drivers of cell state modulation by niche covariation analysis 2024-12-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54973-w PMID:39639035	研究论文	本文介绍了一种名为NiCo的计算框架，用于整合单细胞分辨率空间转录组学与匹配的单细胞RNA测序参考数据，以推断空间生态位对细胞状态的影响	NiCo能够预测新的生态位相互作用，这些相互作用控制着组织发育和稳态中的细胞状态变化，例如预测了库普弗细胞与邻近星状细胞之间的反馈机制	现有计算方法在捕捉同一生态位内个体细胞类型间串扰驱动的细胞状态变化方面能力有限	理解细胞状态在发育、稳态和疾病中的调控机制	小鼠胚胎发生、成年小肠和肝脏数据	生物信息学	NA	单细胞分辨率空间转录组学、单细胞RNA测序	NiCo	空间转录组数据、RNA测序数据	NA
73	2025-05-16	Decoding the molecular, cellular, and functional heterogeneity of zebrafish intracardiac nervous system 2024-12-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54830-w PMID:39632839	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、解剖学研究和电生理技术，全面分类和表征了斑马鱼心内神经系统（IcNS）的分子、细胞和功能异质性	揭示了IcNS中神经元类型的多样性，并鉴定出具有类似中枢模式发生器网络中起搏/节律生成神经元特性的神经元亚群	研究主要基于斑马鱼模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探索心内神经系统的组织结构和功能，及其在心脏节律调控中的作用	斑马鱼心内神经系统（IcNS）	神经科学	心血管疾病	单细胞RNA测序、解剖学研究、电生理技术	NA	分子数据、细胞数据、功能数据	NA
74	2025-05-16	Dual function of PHF16 in reinstating homeostasis of murine intestinal epithelium after crypt regeneration 2024-12-02, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.08.009 PMID:39232563	研究论文	研究揭示了表观遗传调节因子PHF16在小鼠肠道上皮稳态恢复中的双重功能	发现PHF16通过HBO1介导的组蛋白H3K14乙酰化诱导RAR/RXR靶基因，同时通过CDC73的泛素化抑制YAP/TAZ活性，从而恢复肠道上皮稳态	研究仅限于小鼠模型，未在人类肠道组织中进行验证	探究PHF16在肠道上皮损伤后稳态恢复中的作用机制	小鼠肠道干细胞和再生干细胞	表观遗传学	肠道疾病	scRNA-seq, RNA-seq, ATAC-seq	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但使用了Phf16小鼠和肠道类器官
75	2025-05-15	Single-cell RNA sequencing of the holothurian regenerating intestine reveals the pluripotency of the coelomic epithelium 2024-Dec-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.01.601561 PMID:39005414	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究海参再生肠道的细胞组成，揭示了体腔上皮的多能性	首次应用scRNA-seq和HCR-FISH技术解析海参再生芽基的细胞群，发现四种新的前体细胞群	研究仅关注再生芽基的转录组特征，未涉及功能验证实验	探究海参肠道再生过程中芽基细胞的分子特征	海参再生肠道中的细胞群	单细胞组学	NA	scRNA-seq, HCR-FISH	NA	单细胞转录组数据	13个不同的细胞簇
76	2025-05-15	Cancer-specific innate and adaptive immune rewiring drives resistance to PD-1 blockade in classic Hodgkin lymphoma 2024-12-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54512-7 PMID:39737927	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和空间分析，揭示了经典霍奇金淋巴瘤(cHL)中PD-1阻断反应的免疫重编程机制	发现了循环和肿瘤浸润的IL1β单核细胞/巨噬细胞群体在cHL患者中的存在，并揭示了其在PD-1阻断抵抗中的作用	研究样本可能有限，未明确提及样本量，且结果主要基于cHL患者，可能不适用于其他癌症类型	探究cHL患者对PD-1阻断反应的免疫机制	经典霍奇金淋巴瘤(cHL)患者和健康捐赠者的免疫细胞	肿瘤免疫学	经典霍奇金淋巴瘤	单细胞RNA测序, 空间分析	NA	RNA测序数据, 空间分析数据	NA
77	2025-05-15	Immune checkpoint inhibitor-induced severe epidermal necrolysis mediated by macrophage-derived CXCL10 and abated by TNF blockade 2024-12-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54180-7 PMID:39737932	研究论文	本文研究了免疫检查点抑制剂（ICI）诱导的严重表皮坏死松解症的发病机制，并探讨了TNF阻断剂在治疗中的作用	发现巨噬细胞来源的CXCL10在ICI诱导的SJS/TEN中起关键作用，并通过TNF阻断剂治疗显著改善患者症状	样本量较小（25名患者），且研究结果需进一步验证	探究ICI诱导的严重皮肤不良反应（SCAR）的发病机制及潜在治疗方法	ICI诱导的Stevens-Johnson综合征/中毒性表皮坏死松解症（SJS/TEN）患者	免疫治疗	皮肤不良反应	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	25名ICI诱导的SJS/TEN患者
78	2025-05-15	Spatial transcriptomic analysis drives PET imaging of tight junction protein expression in pancreatic cancer theranostics 2024-12-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54761-6 PMID:39737976	研究论文	利用空间转录组学和蛋白质组学技术筛选胰腺导管腺癌(PDAC)的分子靶点，并开发针对Claudin-4的肽类分子成像剂	首次结合空间转录组学和蛋白质组学数据筛选PDAC分子靶点，并开发出针对Claudin-4的高特异性分子成像剂	研究仅针对Claudin-4进行了验证，未评估其他潜在靶点的成像效果	开发胰腺导管腺癌的分子成像诊断方法	胰腺导管腺癌(PDAC)组织和转移灶	数字病理学	胰腺癌	空间转录组学、蛋白质组学、PET成像	NA	转录组数据、蛋白质组数据、PET图像数据	人类手术样本（具体数量未提及）
79	2025-05-14	Aging-induced immune microenvironment remodeling fosters melanoma in male mice via γδ17-Neutrophil-CD8 axis 2024-12-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55164-3 PMID:39738047	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了雄性小鼠中衰老如何通过γδ17-中性粒细胞-CD8轴促进黑色素瘤转移	发现了衰老通过下调S1pr1受体驱动γδ17T细胞扩增，进而招募促肿瘤中性粒细胞抑制CD8+T细胞功能的机制	研究仅针对雄性小鼠模型，未涵盖雌性个体	探究衰老免疫系统促进肿瘤转移的分子机制	雄性小鼠的肺免疫微环境	肿瘤免疫学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本量（基于年轻与老年雄性小鼠对比）
80	2025-05-14	Pax3/7 gene function in Oikopleura dioica supports a neuroepithelial-like origin for its house-making Fol territory 2024-12, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.08.012 PMID:39181419	research paper	研究Pax3/7基因在Oikopleura dioica中对其房屋制造区域Fol的功能支持，提出其可能具有神经上皮样起源	首次通过CRISPR-Cas9突变株和scRNA-seq数据分析，揭示了pax37B而非pax37A在Fol区域细胞分化中的关键作用，并提出了Fol区域高度特化的分泌上皮细胞可能维持或进化出神经上皮特征的新观点	研究仅限于Oikopleura dioica这一特定物种，结论在其他物种中的普适性有待验证	探究Pax3/7基因在Oikopleura dioica房屋制造上皮（OE）发育中的作用	Oikopleura dioica的pax37A和pax37B基因及其在OE发育中的功能	发育生物学	NA	CRISPR-Cas9基因编辑、scRNA-seq	NA	基因表达数据、单细胞转录组数据	野生型和CRISPR-Cas9突变株的Oikopleura dioica样本