单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
661	2024-10-10	VSIG4 induces the immunosuppressive microenvironment by promoting the infiltration of M2 macrophage and Tregs in clear cell renal cell carcinoma 2024-Dec-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113105 PMID:39260310	研究论文	本文研究了VSIG4在透明细胞肾细胞癌中通过促进M2巨噬细胞和Tregs的浸润来诱导免疫抑制微环境的作用	发现了新的免疫检查点靶点VSIG4，并探讨了其在透明细胞肾细胞癌中的作用及其与免疫治疗耐药性的关系	NA	探索透明细胞肾细胞癌中的新型免疫治疗靶点	透明细胞肾细胞癌中的免疫相关基因VSIG4及其在免疫抑制微环境中的作用	数字病理学	肾癌	多组学数据分析、病理学审查、批量转录组数据、单细胞测序、Western blotting、免疫组化、体外/体内实验	NA	基因表达数据、病理图像	训练组：36个正常组织和267个透明细胞肾细胞癌组织；验证组：36个正常组织和266个透明细胞肾细胞癌组织
662	2024-10-09	Enhancing metastatic colorectal cancer prediction through advanced feature selection and machine learning techniques 2024-Dec-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113033 PMID:39226823	研究论文	本研究通过先进的特征选择和机器学习技术，提高了转移性结直肠癌的预测准确性	引入了创新的成本敏感快速相关性过滤（CS-FCBF）算法，显著提高了预测模型的性能	NA	提高转移性结直肠癌的预测准确性，改善患者生存结果	转移性结直肠癌的预测和诊断	机器学习	结直肠癌	成本敏感快速相关性过滤（CS-FCBF）算法	NA	单细胞RNA测序数据	184个基因特征减少到9个关键基因
663	2024-10-09	A multi-task deep learning model based on comprehensive feature integration and self-attention mechanism for predicting response to anti-PD1/PD-L1 2024-Dec-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113099 PMID:39265355	研究论文	本文提出了一种基于综合特征集成和自注意力机制的多任务深度学习模型，用于预测抗PD1/PD-L1治疗的反应	本文创新性地整合了多层次的特征，并利用自注意力机制构建了多任务深度学习模型，以提高预测免疫检查点抑制剂疗效的准确性	本文的模型在不同癌症类型中的表现存在差异，且样本量较小，可能影响模型的泛化能力	本研究旨在通过多维特征选择和深度学习模型构建，提高免疫检查点抑制剂疗效预测的准确性	本研究主要针对抗PD1/PD-L1治疗的反应进行预测	机器学习	NA	深度学习	多任务深度学习模型	基因表达数据	本研究涉及的样本包括膀胱尿路上皮癌测试集1（n=298）、膀胱尿路上皮癌测试集2（n=89）、非小细胞肺癌测试集（n=27）和皮肤黑色素瘤测试集（n=27）
664	2024-10-04	Implications of accumulation of clonally expanded and senescent CD4+GNLY+ T cells in immunological non-responders of HIV-1 infection 2024-Dec, Emerging microbes & infections IF:8.4Q1 DOI:10.1080/22221751.2024.2396868 PMID:39239709	研究论文	研究探讨了HIV-1感染免疫无应答者中CD4+GNLY+ T细胞的积累及其与免疫重建的关系	首次揭示了CD4GNLY T细胞在HIV-1感染免疫无应答者中的高克隆扩增和衰老特征，并探讨了其与免疫重建的关系	研究样本量较小，可能影响结果的普适性	阐明CD4GNLY T细胞的特征及其与HIV-1感染免疫无应答者免疫重建的关系	HIV-1感染免疫无应答者中的CD4GNLY T细胞	免疫学	HIV感染	单细胞RNA测序、单细胞TCR测序、流式细胞术、酶联免疫吸附试验	NA	单细胞RNA数据、TCR数据、流式细胞数据、血浆细胞因子数据	HIV-1感染免疫无应答者的血液样本
665	2024-10-04	Integrating cellular experiments, single-cell sequencing, and machine learning to identify endoplasmic reticulum stress biomarkers in idiopathic pulmonary fibrosis 2024-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2024.2409352 PMID:39340293	研究论文	本研究整合细胞实验、单细胞测序和机器学习技术，识别特发性肺纤维化中的内质网应激相关生物标志物	首次将内质网应激与特发性肺纤维化的生物标志物识别相结合，并开发了具有强预测能力的诊断和预后模型	NA	揭示特发性肺纤维化中的内质网应激相关生物标志物	特发性肺纤维化患者肺组织中的内质网应激相关基因和细胞类型	机器学习	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析、蛋白质-蛋白质相互作用分析	机器学习算法	基因表达数据	多个数据集和体外实验样本
666	2024-10-02	Bulk and single-cell transcriptomics identify gene signatures of stem cell-derived NK cell donors with superior cytolytic activity 2024-Dec-19, Molecular therapy. Oncology DOI:10.1016/j.omton.2024.200870 PMID:39346765	研究论文	研究通过批量和单细胞转录组学分析，识别出具有优越细胞毒性活性的干细胞衍生NK细胞供体的基因特征	首次通过批量和单细胞RNA测序，揭示了不同NK细胞供体在分化过程中的转录组特征差异，并定义了能够预测供体细胞毒性潜力的多因素基因表达特征	研究仅限于脐带血干细胞衍生的NK细胞，未涵盖其他来源的NK细胞	识别具有优越抗肿瘤活性的NK细胞供体，以支持有效的NK细胞疗法开发	脐带血干细胞衍生的NK细胞	数字病理学	癌症	RNA测序	NA	基因表达数据	10个脐带血干细胞衍生的NK细胞批次
667	2024-09-30	Maximizing single cell dissociation protocol for individual zebrafish embryo 2024-Dec, MethodsX IF:1.6Q2 DOI:10.1016/j.mex.2024.102958 PMID:39329153	研究论文	本文介绍了一种优化的小鱼胚胎单细胞分离协议	提出了针对小鱼胚胎的高质量单细胞悬液分离方法	NA	优化单细胞分离技术，以研究细胞异质性和细胞状态	小鱼胚胎	发育生物学	NA	单细胞测序	NA	细胞	单个小鱼胚胎
668	2024-09-27	Dysfunctional β-cell longevity in diabetes relies on energy conservation and positive epistasis 2024-Dec, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202402743 PMID:39313296	研究论文	研究了PFKFB3表达的β细胞在糖尿病中的功能障碍及其与能量保存和正向上位性的关系	揭示了PFKFB3通过与抗凋亡基因的相互作用，促进糖尿病中功能障碍β细胞的长期存活，并提出了通过抑制PFKFB3来清除这些细胞以恢复葡萄糖耐量的方法	NA	探讨PFKFB3在糖尿病中如何掩盖功能障碍β细胞的竞争特性	PFKFB3表达的β细胞及其在糖尿病中的功能障碍	NA	糖尿病	scRNA-seq和空间转录组学	NA	转录组数据	来自nPOD T2D胰腺的PFKFB3阳性β细胞
669	2024-09-25	AFSC: A self-supervised augmentation-free spatial clustering method based on contrastive learning for identifying spatial domains 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.09.005 PMID:39310278	研究论文	提出了一种基于对比学习的无数据增强自监督空间聚类方法AFSC，用于识别空间域	设计了无负样本或数据增强的对比学习模块，并结合空间信息和基因表达进行潜在表示学习	未提及	改进空间聚类方法以识别空间域	空间转录组数据中的空间域	生物信息学	NA	对比学习	自监督学习模型	基因表达数据	多个不同分辨率的空间转录组数据集
670	2024-09-25	UQCRB and LBH are correlated with Gleason score progression in prostate cancer: Spatial transcriptomics and experimental validation 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.08.026 PMID:39310280	研究论文	本研究利用空间转录组学技术分析前列腺癌组织中不同病理结构与Gleason评分进展的关系，并验证了UQCRB和LBH基因在前列腺癌进展中的作用	首次通过空间转录组学技术分析前列腺癌组织中Gleason评分进展相关的分子事件，并验证了UQCRB和LBH基因在前列腺癌进展中的关键作用	研究主要基于TCGA-PRAD数据集和实验验证，未来需在更多样本和临床数据中进一步验证	探讨前列腺癌中Gleason评分进展相关的分子机制	前列腺癌组织及其Gleason评分进展相关的基因	数字病理学	前列腺癌	空间转录组学	NA	转录组数据	不同病理结构的前列腺癌组织样本
671	2024-09-25	Deciphering the cellular and molecular landscapes of Wnt/β-catenin signaling in mouse embryonic kidney development 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.08.025 PMID:39310276	研究论文	研究探讨了Wnt/β-catenin信号通路在小鼠胚胎肾脏发育中的细胞和分子机制	首次详细分析了Wnt/β-catenin信号通路激活后在不同胚胎肾脏细胞类型中的基因表达变化，并鉴定了直接转录靶点	研究主要集中在体外实验，缺乏体内验证	揭示Wnt/β-catenin信号通路在胚胎肾脏发育中的具体作用	小鼠胚胎肾脏细胞和基因表达	数字病理学	NA	RNA测序、单细胞RNA测序、ChIP-seq	NA	基因表达数据	使用了来自小鼠胚胎肾脏的多个数据集，包括GSE131240、GSE20325、GSE39583和GSE39837
672	2024-09-19	Shexiang Tongxin dropping pill ameliorates microvascular obstruction via downregulating ALOX12 after myocardial ischemia-reperfusion 2024-Dec-01, International journal of cardiology IF:3.2Q2 DOI:10.1016/j.ijcard.2024.132481 PMID:39179033	研究论文	研究了麝香通心滴丸通过下调ALOX12改善心肌缺血-再灌注后的微血管阻塞	首次揭示了麝香通心滴丸通过下调ALOX12改善心肌缺血-再灌注后的微血管阻塞的具体作用和机制	研究仅在动物模型中进行，尚未在临床患者中验证	阐明麝香通心滴丸在心肌缺血-再灌注诱导的微血管功能障碍中的作用及其潜在机制	小鼠心脏功能和微血管阻塞	心血管疾病	心血管疾病	蛋白质组学和单细胞RNA测序	NA	蛋白质和RNA	小鼠心脏和心脏微血管内皮细胞
673	2024-09-07	Identifying the importance of PCK1 in maintaining ileal epithelial barrier integrity in Crohn's disease 2024-Dec-30, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2024.148872 PMID:39159791	研究论文	研究探讨了PCK1基因在克罗恩病中维持回肠上皮屏障完整性的重要性	首次揭示了PCK1基因在克罗恩病中对回肠上皮屏障的维持作用	研究样本量较小，且仅限于回肠组织	探讨克罗恩病患者肠道屏障功能障碍的关键基因	克罗恩病患者的回肠组织和Caco-2细胞系	NA	克罗恩病	单细胞RNA测序、基因芯片、免疫组化	NA	基因表达数据	11名克罗恩病患者和多个对照组的回肠组织样本
674	2024-09-07	A nomoscore of four genes for predicting the rupture risk in abdominal aortic aneurysm patients with osteoarthritis 2024-Dec-30, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2024.148877 PMID:39173977	研究论文	本研究旨在通过基因表达数据和机器学习算法，识别与腹主动脉瘤破裂风险相关的潜在生物标志物，并开发预测模型	本研究首次结合基因表达数据和单细胞RNA测序数据，利用机器学习算法识别出四个关键基因，并开发了一个高预测性能的诺模图	本研究主要基于已有的基因表达和单细胞RNA测序数据，未来需要在更多样本和临床数据中验证其有效性	发现并验证能够预测腹主动脉瘤破裂风险的潜在生物标志物	腹主动脉瘤患者及其破裂风险	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	LASSO, 随机森林, SVM-RFE	基因表达数据	两个基因表达数据集（GSE98278, GSE51588）和两个单细胞RNA测序数据集（GSE164678, GSE152583）
675	2024-09-06	Time-resolved scRNA-seq reveals transcription dynamics of polarized macrophages with influenza A virus infection and antigen presentation to T cells 2024-Dec, Emerging microbes & infections IF:8.4Q1 DOI:10.1080/22221751.2024.2387450 PMID:39129565	研究论文	本研究利用时间分辨单细胞测序技术结合代谢RNA标记，揭示了流感A病毒感染后骨髓来源巨噬细胞在不同极化状态下的转录动态变化	本研究首次采用时间分辨单细胞测序技术，捕捉了传统scRNA-seq方法所缺乏的转录活动的时间维度，并揭示了M2极化巨噬细胞是支持流感A病毒成功复制的唯一状态	NA	研究流感A病毒感染后骨髓来源巨噬细胞在不同极化状态下的转录动态变化及其对T细胞抗原呈递能力的影响	骨髓来源巨噬细胞在流感A病毒感染后的转录动态变化及其对CD4和CD8 T细胞的抗原呈递能力	数字病理学	流感	时间分辨单细胞测序技术	NA	单细胞RNA测序数据	NA
676	2024-09-06	Comprehensive scRNA-seq analysis to identify new markers of M2 macrophages for predicting the prognosis of prostate cancer 2024-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2024.2398195 PMID:39221762	研究论文	通过单细胞RNA测序分析识别M2巨噬细胞的新标记物，用于预测前列腺癌的预后	首次通过单细胞RNA测序和加权基因共表达网络分析（WGCNA）整合M2巨噬细胞的标记基因和枢纽基因，筛选出前列腺癌的预后基因签名	研究主要基于公共数据库的数据，缺乏体内实验验证	探讨M2巨噬细胞在前列腺癌中的预后价值	M2巨噬细胞及其相关基因在前列腺癌中的作用	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	加权基因共表达网络分析（WGCNA）	基因表达数据	2431个M2巨噬细胞标记基因和650个枢纽基因
677	2024-08-30	Exploring the molecular mechanisms of asthma across multiple datasets 2024-12, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2023.2258926 PMID:38489401	研究论文	本研究通过分析212名个体的基因表达数据，包括哮喘患者和健康对照，识别出267个差异表达基因，并利用多种生物信息学工具探索这些基因在哮喘发病机制中的潜在作用。	本研究揭示了哮喘的新遗传方面，并强调了综合生物信息学在解码复杂疾病模式中的力量。	这些发现需要进一步验证，C1orf64和C7orf26在哮喘中的确切作用有待进一步研究以验证其治疗潜力。	探索哮喘的分子机制，发现新的分子靶点和全面理解其发病机制。	哮喘患者和健康对照的基因表达数据。	NA	哮喘	差异基因表达分析、通路富集、药物靶点预测和单细胞分析	NA	基因表达数据	212名个体
678	2024-08-25	A highly neutralizing human monoclonal antibody targeting a novel linear epitope on staphylococcal enterotoxin B 2024-Dec-31, Human vaccines & immunotherapeutics IF:4.1Q2 DOI:10.1080/21645515.2024.2360338 PMID:38857905	研究论文	本研究通过单细胞测序技术从参与五价疫苗临床试验的志愿者中分离的PBMCs中鉴定出一种针对SEB的新型线性表位的人源单克隆抗体Hm0487，并通过X射线晶体学和功能研究验证了其高效中和SEB的能力	本研究首次鉴定出一种针对SEB的新型线性表位的人源单克隆抗体Hm0487，并揭示了其通过别构效应而非竞争受体结合位点来中和SEB的机制	NA	研究旨在发现和验证一种新型的人源单克隆抗体，用于中和SEB的毒性及其引起的感染	SEB毒素及其引起的中毒性休克综合征	NA	中毒性休克综合征	单细胞测序，X射线晶体学	NA	蛋白质结构	从参与五价疫苗临床试验的志愿者中分离的PBMCs
679	2024-08-21	Integrative analysis of single-Cell RNA sequencing and experimental validation in the study of abdominal aortic aneurysm progression 2024-Dec-15, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2024.148820 PMID:39103059	研究论文	本研究整合单细胞RNA测序数据和实验验证，探讨腹主动脉瘤进展中的细胞相互作用和分子机制	通过单细胞RNA测序和细胞间相互作用分析，揭示了腹主动脉瘤中特定的配体-受体对在疾病发生中的关键作用	NA	理解腹主动脉瘤发展的细胞相互作用和分子机制，以识别潜在的治疗靶点	腹主动脉瘤及其对照样本的单细胞和批量RNA测序数据	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	使用了来自GEO数据库的GSE197748、GSE164678和GSE183464数据集，包括腹主动脉瘤和对照样本的单细胞和批量RNA测序数据
680	2024-08-14	Single-cell transcriptomic analysis uncovers heterogeneity in the labial gland microenvironment of primary Sjögren's syndrome 2024-Dec, Journal of translational autoimmunity IF:4.7Q2 DOI:10.1016/j.jtauto.2024.100248 PMID:39131726	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了原发性干燥综合征患者唇腺微环境的细胞和分子机制	揭示了唇腺微环境中上皮细胞分化减少和干扰素信号通路增强等新的细胞功能变化	样本量较小，仅包括三名患者和三名健康对照	探究原发性干燥综合征唇腺微环境的细胞和分子机制	原发性干燥综合征患者的唇腺细胞	数字病理学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	32,337个细胞，来自三名原发性干燥综合征患者和三名健康个体