单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
641	2024-11-15	Deciphering the cellular landscape and potential targets of nasopharyngeal and oral cancers using single-cell RNA sequencing 2024-Dec, Cell biology international IF:3.3Q3 DOI:10.1002/cbin.12236 PMID:39205595	研究论文	使用单细胞RNA测序技术研究鼻咽癌和口腔癌的细胞异质性及其潜在治疗靶点	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了鼻咽癌和口腔癌的肿瘤微环境中的细胞多样性及其相互作用，并发现MHC-II高表达的上皮细胞亚群与良好的预后和CD4 T细胞浸润相关	研究仅限于鼻咽癌和口腔癌，未涉及其他类型的癌症	揭示鼻咽癌和口腔癌的细胞异质性及其潜在治疗靶点	鼻咽癌和口腔癌的肿瘤微环境中的细胞类型及其相互作用	数字病理学	头颈部癌症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
642	2024-11-13	Spatial domains identification in spatial transcriptomics using modality-aware and subspace-enhanced graph contrastive learning 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.10.029 PMID:39507820	研究论文	本文提出了一种基于图对比学习和子空间分析的框架GRAS4T，用于空间转录组学中的空间域识别	结合对比学习和子空间分析模型，通过捕捉同一域内点的自表达性来准确区分不同的空间域	NA	开发一种新的方法来提高空间转录组学数据中空间域识别的准确性	空间转录组学数据中的空间域	空间转录组学	NA	图对比学习	图对比学习框架	空间转录组数据	八个来自五个不同平台的空间转录组数据集
643	2024-10-30	Integrating multiomics and Single-Cell communication analysis to uncover Ankylosing spondylitis mechanisms 2024-Dec-25, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113276 PMID:39357209	研究论文	本文通过整合多组学和单细胞通信分析，揭示了强直性脊柱炎的发病机制	本文首次通过单细胞测序和分子对接技术，识别了Cassia twigs在治疗强直性脊柱炎中的潜在药物靶点	样本量相对较小，且仅限于特定类型的样本	探讨强直性脊柱炎的发病机制及Cassia twigs的治疗作用	强直性脊柱炎患者和非患者的血液样本及临床数据	生物信息学	风湿性疾病	单细胞测序	逻辑回归	基因表达数据	28,458个个体样本，其中6,101个为强直性脊柱炎患者，22,357个为非患者
644	2024-10-30	Single-cell sequencing in diffuse large B-cell lymphoma: C1qC is a potential tumor-promoting factor 2024-Dec-25, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113319 PMID:39388888	研究论文	研究C1qC在弥漫性大B细胞淋巴瘤中的潜在促瘤机制	首次揭示了C1qC在弥漫性大B细胞淋巴瘤中的促瘤作用，并提出了C1qC作为潜在治疗靶点的可能性	研究主要集中在C1qC在M2巨噬细胞中的表达及其对淋巴瘤细胞的影响，未全面探讨C1qC在其他免疫细胞中的作用	探索C1qC在弥漫性大B细胞淋巴瘤中的潜在机制及其临床意义	弥漫性大B细胞淋巴瘤患者及C1qC在免疫细胞中的表达	数字病理学	淋巴瘤	单细胞测序	NA	基因表达数据	涉及弥漫性大B细胞淋巴瘤患者的临床数据及免疫细胞样本
645	2024-10-30	Single-cell sequencing reveals the heterogeneity of immune landscape in drug users with HIV infection 2024-Dec-25, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113338 PMID:39405936	研究论文	本文通过单细胞RNA测序揭示了药物使用者中HIV感染的免疫景观异质性	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了药物使用者与非药物使用者中HIV感染的免疫细胞异质性	研究仅限于外周血单核细胞，未涵盖其他组织或器官的免疫细胞	揭示药物使用对HIV感染免疫发病机制的影响	健康对照个体、药物使用HIV感染者和非药物使用HIV感染者的外周血单核细胞	数字病理学	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	RNA	健康对照个体、药物使用HIV感染者和非药物使用HIV感染者的外周血单核细胞样本
646	2024-10-30	Mtb/HIV co-infection immune microenvironment subpopulations heterogeneity 2024-Dec-25, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113341 PMID:39405943	研究论文	研究了HIV-1和结核分枝杆菌（Mtb）共感染患者外周血单个核细胞的免疫微环境异质性	构建了Mtb/HIV共感染的单细胞全局转录图谱，揭示了不同细胞亚群的异质性，并发现了可能参与免疫反应的关键细胞亚群	研究仅基于Gene Expression Omnibus数据库和中国国家基因库核苷酸序列档案的单细胞RNA测序数据，样本量和数据来源有限	探讨HIV-1和结核分枝杆菌共感染对免疫反应和免疫细胞亚群的影响	HIV-1感染者和Mtb/HIV共感染者的外周血单个核细胞	NA	结核病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
647	2024-10-29	Comprehensive integration of single-cell RNA and transcriptome RNA sequencing to establish a pyroptosis-related signature for improving prognostic prediction of gastric cancer 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.02.002 PMID:38404710	研究论文	本研究整合单细胞RNA测序和转录组RNA测序数据，建立了一个与细胞焦亡相关的特征，以提高胃癌患者的预后预测	首次整合单细胞RNA测序和转录组RNA测序数据，建立了一个与细胞焦亡相关的特征，用于预测胃癌患者的生存时间和治疗反应	需要进一步验证该特征在不同人群和不同治疗方案中的适用性	探索细胞焦亡相关基因作为胃癌患者的预后生物标志物和治疗指标的价值	胃癌患者的细胞焦亡相关基因表达和分布	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	LASSO分析	RNA	GSE183904数据集和TCGA数据库中的胃癌转录组数据
648	2024-10-28	Recent advances in spatially variable gene detection in spatial transcriptomics 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.01.016 PMID:38370977	综述	本文综述了空间转录组学中空间变异基因检测的最新进展	本文介绍了近年来提出的多种新方法及其创新概念	NA	探讨空间转录组学数据分析中的空间变异基因检测方法	空间转录组学数据中的空间变异基因	空间转录组学	NA	空间转录组学技术	NA	转录组数据	NA
649	2024-10-26	Interactions between polycyclic aromatic hydrocarbons and genetic variants in the cGAS-STING pathway affect the risk of colorectal cancer 2024-Dec, Archives of toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1007/s00204-024-03862-8 PMID:39287666	研究论文	研究多环芳烃与cGAS-STING通路基因变异在结直肠癌风险中的相互作用	首次探讨了cGAS-STING通路基因变异与多环芳烃暴露在结直肠癌风险中的相互作用	研究样本量较小，可能影响结果的普适性	探讨基因与环境因素在结直肠癌风险中的相互作用	cGAS-STING通路基因变异与多环芳烃暴露	NA	结直肠癌	RNA测序	NA	RNA	NA
650	2024-10-24	Circulating RAC1 contributed to steroid-sensitive nephrotic syndrome: Mendelian randomization, single-cell RNA-sequencing, proteomic, and experimental evidence 2024-Dec, Renal failure IF:3.0Q1 DOI:10.1080/0886022X.2024.2416087 PMID:39422242	研究论文	研究探讨并验证了循环RAC1与类固醇敏感性肾病综合征（SSNS）之间的潜在因果关系	通过孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、蛋白质组学分析和实验研究，首次系统地验证了循环RAC1与SSNS之间的因果关系	研究主要集中在基因表达和蛋白质水平上，未深入探讨RAC1在细胞内的具体作用机制	探索并验证循环RAC1与类固醇敏感性肾病综合征之间的潜在因果关系	循环RAC1与类固醇敏感性肾病综合征（SSNS）	NA	肾病	单细胞RNA测序、蛋白质组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质数据	包括SSNS患者和健康对照的外周血单个核细胞样本，以及最小变化肾病综合征患者的样本
651	2024-10-21	Predictive biomarkers for immune checkpoint inhibitors therapy in lung cancer 2024-Dec-31, Human vaccines & immunotherapeutics IF:4.1Q2 DOI:10.1080/21645515.2024.2406063 PMID:39415535	综述	本文综述了用于预测肺癌免疫检查点抑制剂疗效的生物标志物及其相关技术	本文结合单细胞测序和空间成像技术，以及深度学习和人工智能，探讨了新的预测生物标志物	PD-L1作为首个预测生物标志物，其预测价值仅限于特定人群	探讨用于预测肺癌免疫检查点抑制剂疗效的生物标志物及其相关技术	肺癌患者对免疫检查点抑制剂的反应	数字病理	肺癌	单细胞测序、空间成像技术、深度学习、人工智能	NA	NA	NA
652	2024-10-21	Excavating regulated cell death signatures to predict prognosis, tumor microenvironment and therapeutic response in HR+/HER2- breast cancer 2024-Dec, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102117 PMID:39241556	研究论文	研究探讨了调控性细胞死亡（RCD）在HR+/HER2-乳腺癌中的作用及其临床价值	构建了一个基于六个关键基因的RCD评分系统（CDScore），用于预测HR+/HER2-乳腺癌的预后、肿瘤微环境和治疗反应	NA	探索调控性细胞死亡在HR+/HER2-乳腺癌中的作用及其临床应用	HR+/HER2-乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
653	2024-10-20	Schisandrin C inhibits AKT1-regulated cell proliferation in A549 cells 2024-Dec-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113110 PMID:39260306	研究论文	研究了五味子素C对A549细胞增殖的影响及其机制	首次探讨了五味子素C通过抑制AKT1信号通路来抑制A549细胞增殖的机制	仅在体外细胞实验和部分临床样本中验证了效果，缺乏大规模临床试验数据	探讨五味子素C对肺癌的影响及其作用机制	A549细胞和肺癌患者组织	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	A549细胞和肺癌患者组织样本
654	2024-10-20	Potential crosstalk between Naïve CD4+ T cells and SPP1+ Macrophages is associated with clinical outcome and therapeutic response in hepatocellular carcinoma 2024-Dec-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113231 PMID:39332093	研究论文	研究探讨了肝细胞癌中幼稚CD4+ T细胞与SPP1+巨噬细胞之间的潜在交叉对话及其对临床结果和治疗反应的影响	建立了基于幼稚CD4+ T细胞和SPP1+巨噬细胞交叉对话的机器学习模型TMPS，用于预测预后和治疗反应	NA	研究肝细胞癌中肿瘤微环境内细胞间交叉对话及其对临床结果和治疗反应的影响	幼稚CD4+ T细胞和SPP1+巨噬细胞的交叉对话	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）和批量RNA测序（RNA-seq）	机器学习模型	RNA测序数据	4个独立队列
655	2024-10-20	Decoding the mosaic of inflammatory bowel disease: Illuminating insights with single-cell RNA technology 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.07.011 PMID:39421242	综述	本文综述了单细胞RNA技术在炎症性肠病（IBD）研究中的应用，涵盖了发病机制、诊断、治疗和预后	单细胞RNA测序（scRNA-seq）作为一种强大的工具，能够克服传统批量RNA测序的局限，提供IBD患者中各种细胞类型的全面转录组谱	需要纵向研究、整合多种单细胞和空间转录组技术，以及探索肠道微生物在IBD中的作用	增强对炎症性肠病（IBD）的理解，包括发病机制、诊断、治疗和预后	炎症性肠病（IBD），包括溃疡性结肠炎（UC）和克罗恩病（CD）	数字病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
656	2024-10-19	The astrocyte-enriched gene deathstar plays a crucial role in the development, locomotion, and lifespan of D. melanogaster 2024-Dec, Fly IF:2.4Q3 DOI:10.1080/19336934.2024.2368336 PMID:38884422	研究论文	研究探讨了基因deathstar在果蝇发育、运动和寿命中的关键作用	通过单细胞RNA测序技术，首次发现并验证了基因deathstar在星形胶质细胞中的特异性表达及其对果蝇发育和生理功能的影响	研究主要集中在雄性果蝇上，对雌性果蝇的影响未进行深入探讨	揭示星形胶质细胞特异性基因在果蝇发育和生理功能中的作用	果蝇的星形胶质细胞及其特异性基因deathstar	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及果蝇的视觉叶和脑部的多个发育阶段
657	2024-10-19	Revolutionizing prognostic predictions in colorectal cancer: Macrophage‑driven transcriptional insights from single‑cell RNA sequencing and gene co‑expression network analysis 2024-Dec, Oncology letters IF:2.5Q3 DOI:10.3892/ol.2024.14721 PMID:39411205	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和基因共表达网络分析，揭示了结直肠癌中巨噬细胞驱动的转录组特征，并构建了一个新的预后模型	本研究首次通过单细胞RNA测序和基因共表达网络分析，识别了与巨噬细胞相关的预后生物标志物，并构建了一个新的预后模型	研究结果需要进一步的前瞻性研究验证	提高结直肠癌免疫治疗的预后预测准确性	结直肠癌中的巨噬细胞及其相关生物标志物	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	非负矩阵分解算法	基因表达数据	23个样本
658	2024-10-16	A comprehensive overview of graph neural network-based approaches to clustering for spatial transcriptomics 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2023.11.055 PMID:38089467	综述	本文全面概述了基于图神经网络的空间转录组学聚类方法	本文提供了对最新GNN-based空间聚类方法的全面概述，并比较分析了这些方法在空间聚类中的性能	本文指出了现有方法的局限性，并提出了未来研究的方向	探讨和评估基于图神经网络的空间转录组学聚类方法	空间转录组学数据的空间聚类	机器学习	NA	图神经网络	图神经网络	空间转录组学数据	60个聚类场景
659	2024-10-12	MIR4435-2HG: A novel biomarker for triple-negative breast cancer diagnosis and prognosis, activating cancer-associated fibroblasts and driving tumor invasion through EMT associated with JNK/c-Jun and p38 MAPK signaling pathway activation 2024-Dec-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113191 PMID:39317050	研究论文	本研究旨在鉴定MIR4435-2HG作为三阴性乳腺癌（TNBC）的诊断和预后生物标志物，并探讨其在TNBC中的生物学作用	首次鉴定MIR4435-2HG作为TNBC的诊断和预后生物标志物，并揭示其在激活癌症相关成纤维细胞和驱动肿瘤侵袭中的作用	NA	鉴定MIR4435-2HG作为TNBC的诊断和预后生物标志物，并探讨其在TNBC中的生物学作用	MIR4435-2HG在三阴性乳腺癌中的表达及其生物学功能	NA	乳腺癌	单细胞RNA测序分析、肿瘤微环境浸润分析、CCK-8、transwell实验、伤口愈合实验、RNA-seq、qRT-PCR、western blotting	NA	转录组数据	来自TCGA数据库的临床病理信息和转录组数据
660	2024-10-12	Spatial transcriptomics reveal tumor microenvironment and SLCO2A1 correlated with tumor suppression in hypopharyngeal squamous cell carcinoma 2024-Dec-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113243 PMID:39340989	研究论文	本文通过空间转录组学分析了喉下鳞状细胞癌（HSCC）的肿瘤微环境，并发现SLCO2A1与肿瘤抑制相关	首次报道了HSCC的空间转录组学分析，揭示了肿瘤微环境和SLCO2A1在肿瘤抑制中的作用	研究样本量较小，仅涉及四名患者	探讨喉下鳞状细胞癌的肿瘤和成纤维细胞异质性以及免疫微环境	喉下鳞状细胞癌的肿瘤组织、肿瘤周围组织和淋巴转移组织	数字病理学	头颈部肿瘤	空间转录组学	NA	基因表达数据	四名喉下鳞状细胞癌患者