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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 641 | 2024-10-30 |
Mtb/HIV co-infection immune microenvironment subpopulations heterogeneity
2024-Dec-25, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.113341
PMID:39405943
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研究论文 | 研究了HIV-1和结核分枝杆菌(Mtb)共感染患者外周血单个核细胞的免疫微环境异质性 | 构建了Mtb/HIV共感染的单细胞全局转录图谱,揭示了不同细胞亚群的异质性,并发现了可能参与免疫反应的关键细胞亚群 | 研究仅基于Gene Expression Omnibus数据库和中国国家基因库核苷酸序列档案的单细胞RNA测序数据,样本量和数据来源有限 | 探讨HIV-1和结核分枝杆菌共感染对免疫反应和免疫细胞亚群的影响 | HIV-1感染者和Mtb/HIV共感染者的外周血单个核细胞 | NA | 结核病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 642 | 2024-10-29 |
Comprehensive integration of single-cell RNA and transcriptome RNA sequencing to establish a pyroptosis-related signature for improving prognostic prediction of gastric cancer
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.02.002
PMID:38404710
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研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序和转录组RNA测序数据,建立了一个与细胞焦亡相关的特征,以提高胃癌患者的预后预测 | 首次整合单细胞RNA测序和转录组RNA测序数据,建立了一个与细胞焦亡相关的特征,用于预测胃癌患者的生存时间和治疗反应 | 需要进一步验证该特征在不同人群和不同治疗方案中的适用性 | 探索细胞焦亡相关基因作为胃癌患者的预后生物标志物和治疗指标的价值 | 胃癌患者的细胞焦亡相关基因表达和分布 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO分析 | RNA | GSE183904数据集和TCGA数据库中的胃癌转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 643 | 2024-10-28 |
Recent advances in spatially variable gene detection in spatial transcriptomics
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.01.016
PMID:38370977
|
综述 | 本文综述了空间转录组学中空间变异基因检测的最新进展 | 本文介绍了近年来提出的多种新方法及其创新概念 | NA | 探讨空间转录组学数据分析中的空间变异基因检测方法 | 空间转录组学数据中的空间变异基因 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 644 | 2024-10-26 |
Interactions between polycyclic aromatic hydrocarbons and genetic variants in the cGAS-STING pathway affect the risk of colorectal cancer
2024-Dec, Archives of toxicology
IF:4.8Q1
DOI:10.1007/s00204-024-03862-8
PMID:39287666
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研究论文 | 研究多环芳烃与cGAS-STING通路基因变异在结直肠癌风险中的相互作用 | 首次探讨了cGAS-STING通路基因变异与多环芳烃暴露在结直肠癌风险中的相互作用 | 研究样本量较小,可能影响结果的普适性 | 探讨基因与环境因素在结直肠癌风险中的相互作用 | cGAS-STING通路基因变异与多环芳烃暴露 | NA | 结直肠癌 | RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 645 | 2024-10-24 |
Circulating RAC1 contributed to steroid-sensitive nephrotic syndrome: Mendelian randomization, single-cell RNA-sequencing, proteomic, and experimental evidence
2024-Dec, Renal failure
IF:3.0Q1
DOI:10.1080/0886022X.2024.2416087
PMID:39422242
|
研究论文 | 研究探讨并验证了循环RAC1与类固醇敏感性肾病综合征(SSNS)之间的潜在因果关系 | 通过孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、蛋白质组学分析和实验研究,首次系统地验证了循环RAC1与SSNS之间的因果关系 | 研究主要集中在基因表达和蛋白质水平上,未深入探讨RAC1在细胞内的具体作用机制 | 探索并验证循环RAC1与类固醇敏感性肾病综合征之间的潜在因果关系 | 循环RAC1与类固醇敏感性肾病综合征(SSNS) | NA | 肾病 | 单细胞RNA测序、蛋白质组学分析 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据 | 包括SSNS患者和健康对照的外周血单个核细胞样本,以及最小变化肾病综合征患者的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 646 | 2024-10-21 |
Predictive biomarkers for immune checkpoint inhibitors therapy in lung cancer
2024-Dec-31, Human vaccines & immunotherapeutics
IF:4.1Q2
DOI:10.1080/21645515.2024.2406063
PMID:39415535
|
综述 | 本文综述了用于预测肺癌免疫检查点抑制剂疗效的生物标志物及其相关技术 | 本文结合单细胞测序和空间成像技术,以及深度学习和人工智能,探讨了新的预测生物标志物 | PD-L1作为首个预测生物标志物,其预测价值仅限于特定人群 | 探讨用于预测肺癌免疫检查点抑制剂疗效的生物标志物及其相关技术 | 肺癌患者对免疫检查点抑制剂的反应 | 数字病理 | 肺癌 | 单细胞测序、空间成像技术、深度学习、人工智能 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 647 | 2024-10-21 |
Excavating regulated cell death signatures to predict prognosis, tumor microenvironment and therapeutic response in HR+/HER2- breast cancer
2024-Dec, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2024.102117
PMID:39241556
|
研究论文 | 研究探讨了调控性细胞死亡(RCD)在HR+/HER2-乳腺癌中的作用及其临床价值 | 构建了一个基于六个关键基因的RCD评分系统(CDScore),用于预测HR+/HER2-乳腺癌的预后、肿瘤微环境和治疗反应 | NA | 探索调控性细胞死亡在HR+/HER2-乳腺癌中的作用及其临床应用 | HR+/HER2-乳腺癌患者 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 648 | 2024-10-20 |
Schisandrin C inhibits AKT1-regulated cell proliferation in A549 cells
2024-Dec-05, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.113110
PMID:39260306
|
研究论文 | 研究了五味子素C对A549细胞增殖的影响及其机制 | 首次探讨了五味子素C通过抑制AKT1信号通路来抑制A549细胞增殖的机制 | 仅在体外细胞实验和部分临床样本中验证了效果,缺乏大规模临床试验数据 | 探讨五味子素C对肺癌的影响及其作用机制 | A549细胞和肺癌患者组织 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | A549细胞和肺癌患者组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 649 | 2024-10-20 |
Potential crosstalk between Naïve CD4+ T cells and SPP1+ Macrophages is associated with clinical outcome and therapeutic response in hepatocellular carcinoma
2024-Dec-05, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.113231
PMID:39332093
|
研究论文 | 研究探讨了肝细胞癌中幼稚CD4+ T细胞与SPP1+巨噬细胞之间的潜在交叉对话及其对临床结果和治疗反应的影响 | 建立了基于幼稚CD4+ T细胞和SPP1+巨噬细胞交叉对话的机器学习模型TMPS,用于预测预后和治疗反应 | NA | 研究肝细胞癌中肿瘤微环境内细胞间交叉对话及其对临床结果和治疗反应的影响 | 幼稚CD4+ T细胞和SPP1+巨噬细胞的交叉对话 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学(ST)和批量RNA测序(RNA-seq) | 机器学习模型 | RNA测序数据 | 4个独立队列 | NA | NA | NA | NA |
| 650 | 2024-10-19 |
The astrocyte-enriched gene deathstar plays a crucial role in the development, locomotion, and lifespan of D. melanogaster
2024-Dec, Fly
IF:2.4Q3
DOI:10.1080/19336934.2024.2368336
PMID:38884422
|
研究论文 | 研究探讨了基因deathstar在果蝇发育、运动和寿命中的关键作用 | 通过单细胞RNA测序技术,首次发现并验证了基因deathstar在星形胶质细胞中的特异性表达及其对果蝇发育和生理功能的影响 | 研究主要集中在雄性果蝇上,对雌性果蝇的影响未进行深入探讨 | 揭示星形胶质细胞特异性基因在果蝇发育和生理功能中的作用 | 果蝇的星形胶质细胞及其特异性基因deathstar | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及果蝇的视觉叶和脑部的多个发育阶段 | NA | NA | NA | NA |
| 651 | 2024-10-19 |
Revolutionizing prognostic predictions in colorectal cancer: Macrophage‑driven transcriptional insights from single‑cell RNA sequencing and gene co‑expression network analysis
2024-Dec, Oncology letters
IF:2.5Q3
DOI:10.3892/ol.2024.14721
PMID:39411205
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和基因共表达网络分析,揭示了结直肠癌中巨噬细胞驱动的转录组特征,并构建了一个新的预后模型 | 本研究首次通过单细胞RNA测序和基因共表达网络分析,识别了与巨噬细胞相关的预后生物标志物,并构建了一个新的预后模型 | 研究结果需要进一步的前瞻性研究验证 | 提高结直肠癌免疫治疗的预后预测准确性 | 结直肠癌中的巨噬细胞及其相关生物标志物 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解算法 | 基因表达数据 | 23个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 652 | 2024-10-16 |
A comprehensive overview of graph neural network-based approaches to clustering for spatial transcriptomics
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.11.055
PMID:38089467
|
综述 | 本文全面概述了基于图神经网络的空间转录组学聚类方法 | 本文提供了对最新GNN-based空间聚类方法的全面概述,并比较分析了这些方法在空间聚类中的性能 | 本文指出了现有方法的局限性,并提出了未来研究的方向 | 探讨和评估基于图神经网络的空间转录组学聚类方法 | 空间转录组学数据的空间聚类 | 机器学习 | NA | 图神经网络 | 图神经网络 | 空间转录组学数据 | 60个聚类场景 | NA | NA | NA | NA |
| 653 | 2024-10-12 |
MIR4435-2HG: A novel biomarker for triple-negative breast cancer diagnosis and prognosis, activating cancer-associated fibroblasts and driving tumor invasion through EMT associated with JNK/c-Jun and p38 MAPK signaling pathway activation
2024-Dec-05, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.113191
PMID:39317050
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研究论文 | 本研究旨在鉴定MIR4435-2HG作为三阴性乳腺癌(TNBC)的诊断和预后生物标志物,并探讨其在TNBC中的生物学作用 | 首次鉴定MIR4435-2HG作为TNBC的诊断和预后生物标志物,并揭示其在激活癌症相关成纤维细胞和驱动肿瘤侵袭中的作用 | NA | 鉴定MIR4435-2HG作为TNBC的诊断和预后生物标志物,并探讨其在TNBC中的生物学作用 | MIR4435-2HG在三阴性乳腺癌中的表达及其生物学功能 | NA | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序分析、肿瘤微环境浸润分析、CCK-8、transwell实验、伤口愈合实验、RNA-seq、qRT-PCR、western blotting | NA | 转录组数据 | 来自TCGA数据库的临床病理信息和转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 654 | 2024-10-12 |
Spatial transcriptomics reveal tumor microenvironment and SLCO2A1 correlated with tumor suppression in hypopharyngeal squamous cell carcinoma
2024-Dec-05, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.113243
PMID:39340989
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研究论文 | 本文通过空间转录组学分析了喉下鳞状细胞癌(HSCC)的肿瘤微环境,并发现SLCO2A1与肿瘤抑制相关 | 首次报道了HSCC的空间转录组学分析,揭示了肿瘤微环境和SLCO2A1在肿瘤抑制中的作用 | 研究样本量较小,仅涉及四名患者 | 探讨喉下鳞状细胞癌的肿瘤和成纤维细胞异质性以及免疫微环境 | 喉下鳞状细胞癌的肿瘤组织、肿瘤周围组织和淋巴转移组织 | 数字病理学 | 头颈部肿瘤 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 四名喉下鳞状细胞癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 655 | 2024-10-10 |
VSIG4 induces the immunosuppressive microenvironment by promoting the infiltration of M2 macrophage and Tregs in clear cell renal cell carcinoma
2024-Dec-05, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.113105
PMID:39260310
|
研究论文 | 本文研究了VSIG4在透明细胞肾细胞癌中通过促进M2巨噬细胞和Tregs的浸润来诱导免疫抑制微环境的作用 | 发现了新的免疫检查点靶点VSIG4,并探讨了其在透明细胞肾细胞癌中的作用及其与免疫治疗耐药性的关系 | NA | 探索透明细胞肾细胞癌中的新型免疫治疗靶点 | 透明细胞肾细胞癌中的免疫相关基因VSIG4及其在免疫抑制微环境中的作用 | 数字病理学 | 肾癌 | 多组学数据分析、病理学审查、批量转录组数据、单细胞测序、Western blotting、免疫组化、体外/体内实验 | NA | 基因表达数据、病理图像 | 训练组:36个正常组织和267个透明细胞肾细胞癌组织;验证组:36个正常组织和266个透明细胞肾细胞癌组织 | NA | NA | NA | NA |
| 656 | 2024-10-09 |
Enhancing metastatic colorectal cancer prediction through advanced feature selection and machine learning techniques
2024-Dec-05, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.113033
PMID:39226823
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研究论文 | 本研究通过先进的特征选择和机器学习技术,提高了转移性结直肠癌的预测准确性 | 引入了创新的成本敏感快速相关性过滤(CS-FCBF)算法,显著提高了预测模型的性能 | NA | 提高转移性结直肠癌的预测准确性,改善患者生存结果 | 转移性结直肠癌的预测和诊断 | 机器学习 | 结直肠癌 | 成本敏感快速相关性过滤(CS-FCBF)算法 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 184个基因特征减少到9个关键基因 | NA | NA | NA | NA |
| 657 | 2024-10-09 |
A multi-task deep learning model based on comprehensive feature integration and self-attention mechanism for predicting response to anti-PD1/PD-L1
2024-Dec-05, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.113099
PMID:39265355
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研究论文 | 本文提出了一种基于综合特征集成和自注意力机制的多任务深度学习模型,用于预测抗PD1/PD-L1治疗的反应 | 本文创新性地整合了多层次的特征,并利用自注意力机制构建了多任务深度学习模型,以提高预测免疫检查点抑制剂疗效的准确性 | 本文的模型在不同癌症类型中的表现存在差异,且样本量较小,可能影响模型的泛化能力 | 本研究旨在通过多维特征选择和深度学习模型构建,提高免疫检查点抑制剂疗效预测的准确性 | 本研究主要针对抗PD1/PD-L1治疗的反应进行预测 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 多任务深度学习模型 | 基因表达数据 | 本研究涉及的样本包括膀胱尿路上皮癌测试集1(n=298)、膀胱尿路上皮癌测试集2(n=89)、非小细胞肺癌测试集(n=27)和皮肤黑色素瘤测试集(n=27) | NA | NA | NA | NA |
| 658 | 2024-10-04 |
Implications of accumulation of clonally expanded and senescent CD4+GNLY+ T cells in immunological non-responders of HIV-1 infection
2024-Dec, Emerging microbes & infections
IF:8.4Q1
DOI:10.1080/22221751.2024.2396868
PMID:39239709
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研究论文 | 研究探讨了HIV-1感染免疫无应答者中CD4+GNLY+ T细胞的积累及其与免疫重建的关系 | 首次揭示了CD4GNLY T细胞在HIV-1感染免疫无应答者中的高克隆扩增和衰老特征,并探讨了其与免疫重建的关系 | 研究样本量较小,可能影响结果的普适性 | 阐明CD4GNLY T细胞的特征及其与HIV-1感染免疫无应答者免疫重建的关系 | HIV-1感染免疫无应答者中的CD4GNLY T细胞 | 免疫学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序、单细胞TCR测序、流式细胞术、酶联免疫吸附试验 | NA | 单细胞RNA数据、TCR数据、流式细胞数据、血浆细胞因子数据 | HIV-1感染免疫无应答者的血液样本 | NA | NA | NA | NA |
| 659 | 2024-10-04 |
Integrating cellular experiments, single-cell sequencing, and machine learning to identify endoplasmic reticulum stress biomarkers in idiopathic pulmonary fibrosis
2024-Dec, Annals of medicine
IF:4.9Q1
DOI:10.1080/07853890.2024.2409352
PMID:39340293
|
研究论文 | 本研究整合细胞实验、单细胞测序和机器学习技术,识别特发性肺纤维化中的内质网应激相关生物标志物 | 首次将内质网应激与特发性肺纤维化的生物标志物识别相结合,并开发了具有强预测能力的诊断和预后模型 | NA | 揭示特发性肺纤维化中的内质网应激相关生物标志物 | 特发性肺纤维化患者肺组织中的内质网应激相关基因和细胞类型 | 机器学习 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析、蛋白质-蛋白质相互作用分析 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | 多个数据集和体外实验样本 | NA | NA | NA | NA |
| 660 | 2024-10-02 |
Bulk and single-cell transcriptomics identify gene signatures of stem cell-derived NK cell donors with superior cytolytic activity
2024-Dec-19, Molecular therapy. Oncology
DOI:10.1016/j.omton.2024.200870
PMID:39346765
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研究论文 | 研究通过批量和单细胞转录组学分析,识别出具有优越细胞毒性活性的干细胞衍生NK细胞供体的基因特征 | 首次通过批量和单细胞RNA测序,揭示了不同NK细胞供体在分化过程中的转录组特征差异,并定义了能够预测供体细胞毒性潜力的多因素基因表达特征 | 研究仅限于脐带血干细胞衍生的NK细胞,未涵盖其他来源的NK细胞 | 识别具有优越抗肿瘤活性的NK细胞供体,以支持有效的NK细胞疗法开发 | 脐带血干细胞衍生的NK细胞 | 数字病理学 | 癌症 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 10个脐带血干细胞衍生的NK细胞批次 | NA | NA | NA | NA |