单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
621	2024-11-25	Integrative analysis of anoikis-related genes prognostic signature with immunotherapy and identification of CDKN3 as a key oncogene in lung adenocarcinoma 2024-Dec-25, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113282 PMID:39383787	研究论文	研究分析了与失巢凋亡相关的基因在肺腺癌中的表达模式和预后意义，并鉴定了CDKN3作为关键的致癌基因	构建了基于失巢凋亡相关基因的风险评分模型，并验证了其在免疫治疗和临床应用中的有效性	NA	研究失巢凋亡相关基因在肺腺癌中的预后价值及其与免疫治疗的关系	肺腺癌患者的失巢凋亡相关基因表达及其预后意义	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	LASSO Cox回归	基因表达数据	使用了TCGA-LUAD数据库和GEO数据集，以及临床样本
622	2024-11-25	OSCC-derived EVs educate fibroblasts and remodel collagen landscape 2024-Dec, Matrix biology : journal of the International Society for Matrix Biology IF:4.5Q2 DOI:10.1016/j.matbio.2024.10.004 PMID:39393503	研究论文	研究探讨了口腔鳞状细胞癌（OSCC）来源的细胞外囊泡（EVs）如何通过调节癌症相关肌成纤维细胞（mCAFs）和相关胶原蛋白来重塑肿瘤微环境	首次揭示了OSCC来源的EVs在调控纤维母细胞向mCAFs分化以及特定胶原蛋白类型富集中的重要作用	NA	探讨OSCC来源的EVs在肿瘤微环境重塑中的作用机制	OSCC来源的EVs、纤维母细胞、mCAFs、胶原蛋白	数字病理学	口腔癌	单细胞测序、免疫荧光染色、蛋白质组分析	NA	单细胞测序数据、免疫荧光图像、蛋白质组数据	OSCC组织样本
623	2024-11-23	Atlas of Metastatic Gastric Cancer Links Ferroptosis to Disease Progression and Immunotherapy Response 2024-Dec, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2024.07.038 PMID:39097198	研究论文	研究通过单细胞转录组和免疫分析，揭示了胃腺癌转移过程中铁死亡与疾病进展及免疫治疗反应的关系	首次大规模分析了胃腺癌转移的单细胞数据，揭示了铁死亡在疾病进展中的作用，并提出了联合CAR-T细胞疗法的新治疗策略	研究主要集中在治疗前患者的样本，未来需进一步验证在治疗后患者中的效果	深入理解胃腺癌转移的肿瘤和免疫生物学机制，开发创新有效的治疗方法	胃腺癌转移的肿瘤细胞及其微环境	数字病理学	胃癌	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	68对治疗前原发性和转移性肿瘤样本
624	2024-11-23	CVGAE: A Self-Supervised Generative Method for Gene Regulatory Network Inference Using Single-Cell RNA Sequencing Data 2024-Dec, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-024-00633-y PMID:38778003	研究论文	提出了一种基于单细胞RNA测序数据的自我监督生成方法CVGAE用于基因调控网络推断	使用图神经网络进行归纳表示学习，将基因表达数据和观测拓扑结构合并到低维向量空间中，并采用多层GraphSAGE作为编码器和改进的解码器来克服网络稀疏性问题	NA	改进基因调控网络推断的准确性和模型泛化能力	单细胞RNA测序数据中的基因调控网络	机器学习	NA	单细胞RNA测序	图神经网络	基因表达数据	多个包含四个相关真实网络的单细胞数据集
625	2024-11-23	Luteinizing Hormone Receptor Mutation (LHRN316S) Causes Abnormal Follicular Development Revealed by Follicle Single-Cell Analysis and CRISPR/Cas9 2024-Dec, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-024-00646-7 PMID:39150470	研究论文	通过单细胞RNA测序和CRISPR/Cas9技术研究黄体生成素受体突变对卵泡发育的影响	首次通过单细胞RNA测序揭示了黄体生成素受体突变对卵泡发育的影响，并利用CRISPR/Cas9技术构建了LHR小鼠模型	研究主要集中在体外实验和小鼠模型，需要进一步的人体研究来验证结果	探讨黄体生成素受体突变对卵泡发育的影响及其在女性不孕治疗中的潜在应用	卵泡中的卵母细胞、卵丘颗粒细胞和壁颗粒细胞	NA	女性不孕	单细胞RNA测序、CRISPR/Cas9	NA	RNA	14只LHR雌性小鼠和ICR野生型雄性小鼠交配
626	2024-11-20	Landscape of multiple tissues' gene expression pattern associated with severe sepsis: Genetic insights from Mendelian randomization and trans-omics analysis 2024-Dec-01, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2024.123181 PMID:39471899	研究论文	研究了与严重脓毒症相关的多组织基因表达模式，并使用孟德尔随机化和跨组学分析方法揭示了ST7L作为泛组织风险因子的作用	首次揭示了ST7L作为泛组织风险因子在严重脓毒症中的作用，并通过跨组学分析验证了其在树突状细胞中的表达和功能	研究主要基于基因表达数据和跨组学分析，缺乏对临床治疗的直接指导	揭示与严重脓毒症相关的多组织基因表达模式，并识别潜在的治疗靶点	严重脓毒症患者的基因表达模式和跨组织风险因子	基因组学	脓毒症	孟德尔随机化、全基因组关联研究、表达数量性状位点分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	26个队列中的12种组织类型
627	2024-11-20	Integrated analysis of multi-omics data for the discovery of biomarkers and therapeutic targets for juvenile idiopathic arthritis 2024-Dec, Journal of translational autoimmunity IF:4.7Q2 DOI:10.1016/j.jtauto.2024.100256 PMID:39554251	研究论文	本研究通过多组学数据的综合分析，发现了青少年特发性关节炎的生物标志物和治疗靶点	首次使用两样本孟德尔随机化分析方法，揭示了血浆蛋白与青少年特发性关节炎之间的因果关系	研究仅限于血浆蛋白的分析，未涉及其他可能的生物标志物	识别和开发青少年特发性关节炎的新药物靶点和生物标志物，以提高治疗效果	青少年特发性关节炎及其相关血浆蛋白	生物信息学	风湿性疾病	两样本孟德尔随机化分析、共定位分析、bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq	NA	蛋白质组学、转录组学	未具体说明样本数量
628	2024-11-19	Single-cell profiling of the peripheral blood immune landscape during mid- and late-stage pregnancy 2024-Dec-01, Physiological genomics IF:2.5Q2 DOI:10.1152/physiolgenomics.00041.2024 PMID:39555960	研究论文	研究了中期和晚期妊娠妇女外周血单核细胞（PBMC）的免疫谱，揭示了妊娠不同阶段的免疫细胞亚型和分子特性的显著差异	首次详细描述了中期和晚期妊娠妇女外周血免疫谱的变化，发现了一种罕见的T细胞亚型“XIST+ T细胞”，并揭示了其在妊娠期间的免疫调节作用	样本量较小，仅包括三名中期和晚期妊娠妇女，可能影响结果的普适性	确定中期和晚期妊娠妇女外周血单核细胞的免疫谱，为研究妊娠相关疾病提供基础	中期和晚期妊娠妇女的外周血单核细胞	免疫学	妊娠相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和流式细胞术	NA	单细胞RNA数据	三名中期妊娠妇女和三名晚期妊娠妇女的外周血样本
629	2024-11-18	Characterization of CD8+ virtual memory T cells in IL-4 knockout mice using single-cell RNA sequencing 2024-Dec-17, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150950 PMID:39515094	研究论文	研究了IL-4敲除小鼠中CD8+虚拟记忆T细胞的单细胞RNA测序特征	首次详细描述了IL-4敲除小鼠中CD8+虚拟记忆T细胞的基因表达特征及其在缺乏IL-4情况下的变化	研究仅限于IL-4敲除小鼠，未探讨其他免疫调节因子对CD8+虚拟记忆T细胞的影响	探讨IL-4对CD8+虚拟记忆T细胞在周围组织中扩展的微小影响	IL-4敲除C57BL/6小鼠的CD8+虚拟记忆T细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序	Seurat分析	基因表达数据	来自野生型和IL-4敲除小鼠的CD8脾细胞
630	2024-11-18	Discovering explainable biomarkers for breast cancer anti-PD1 response via network Shapley value analysis 2024-Dec, Computer methods and programs in biomedicine IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.cmpb.2024.108481 PMID:39488042	研究论文	本文提出了一种基于合作博弈理论的新型特征选择方法，用于识别乳腺癌免疫治疗反应的解释性生物标志物	本文创新性地将Shapley值分析应用于基因调控网络，以量化特征重要性，并通过网络扩展原则和节点邻接性来增强特征选择的可解释性	NA	旨在识别预测乳腺癌免疫治疗反应的生物标志物	乳腺癌患者的免疫治疗反应	机器学习	乳腺癌	Shapley值分析	NA	单细胞RNA测序数据	NA
631	2024-11-17	RB1 Mutations Induce Smoking-Related Bladder Cancer by Modulating the Cytochrome P450 Pathway 2024-Dec, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24409 PMID:39239764	研究论文	研究探讨了RB1基因突变如何通过调节细胞色素P450途径促进吸烟相关的膀胱癌发生	首次揭示了RB1突变在吸烟相关膀胱癌中的作用机制，并阐明了其通过抑制细胞色素P450途径和调节肿瘤免疫微环境来驱动肿瘤发生	研究主要基于TCGA数据集和细胞实验，缺乏临床样本的验证	探讨吸烟引起的RB1突变与膀胱癌发生之间的关系及其分子机制	RB1基因突变、细胞色素P450途径、膀胱癌细胞	数字病理学	膀胱癌	RT-qPCR	NA	转录组数据	使用了The Cancer Genome Atlas (TCGA) 数据集和细胞实验样本
632	2024-11-17	Spatial proteomics and transcriptomics of the maternal-fetal interface in placenta accreta spectrum 2024-Dec, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1016/j.trsl.2024.09.004 PMID:39349165	研究论文	研究探讨了在严重胎盘植入谱（PAS）病例中，母胎界面在胎盘植入（胎盘增厚）情况下的蛋白质组学和转录组学变化	通过系统生物学方法，结合免疫组化、空间转录组学和蛋白质组学，揭示了胎盘植入区域中T细胞和转录因子的空间分布变化，以及与细胞凋亡抑制和细胞粘附相关的蛋白质表达变化	研究主要集中在胎盘植入区域，未涵盖所有PAS病例，且未探讨这些变化对母婴长期健康的影响	探讨胎盘植入谱病例中母胎界面的蛋白质组学和转录组学变化	胎盘植入谱病例中的母胎界面	数字病理学	妊娠相关疾病	免疫组化、空间转录组学、蛋白质组学	NA	蛋白质、基因表达	NA
633	2024-11-17	STGAT: Graph attention networks for deconvolving spatial transcriptomics data 2024-Dec, Computer methods and programs in biomedicine IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.cmpb.2024.108431 PMID:39461117	研究论文	本文提出了一种名为STGAT的图注意力网络方法，用于解卷积空间转录组数据	STGAT通过生成伪空间转录组数据和构建综合图，利用图注意力网络动态分配权重，显著提高了细胞类型组成的预测准确性	NA	提高空间转录组数据分析的分辨率和准确性	空间转录组数据和单细胞RNA测序数据的整合与解卷积	数字病理学	NA	图注意力网络	图注意力网络	空间转录组数据	NA
634	2024-11-17	Integrating transcriptomic data and digital pathology for NRG-based prediction of prognosis and therapy response in gastric cancer 2024-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2024.2426758 PMID:39527470	研究论文	本文研究了非凋亡性细胞死亡相关基因（NRG）在胃癌（GC）中的预后和治疗反应预测作用，并开发了一种基于深度学习的模型	首次将转录组数据与数字病理学结合，构建NRG特征并开发深度学习模型，用于胃癌患者的预后和治疗反应预测	NA	研究非凋亡性细胞死亡相关基因在胃癌中的预后和治疗反应预测作用	胃癌患者的转录组数据和数字病理学图像	数字病理学	胃癌	RNA-seq	ResNet50	图像	NA
635	2024-11-15	Integration of transcriptomics and spatial biology analyses reveals Galactomyces ferment filtrate promotes epidermal interconnectivity via induction of keratinocyte differentiation, proliferation and cellular bioenergetics 2024-Dec, International journal of cosmetic science IF:2.7Q2 DOI:10.1111/ics.12991 PMID:38924095	研究论文	研究评估了Galactomyces Ferment Filtrate（GFF）对表皮分化和氧化应激反应的影响	首次通过转录组学和空间生物学分析揭示了GFF促进表皮细胞间连通性，并通过诱导角质形成细胞分化、增殖和细胞生物能量来实现	NA	评估GFF对表皮分化和氧化应激反应的影响	角质形成细胞和体外皮肤组织	NA	NA	转录组学	NA	转录组数据	多个供体的角质形成细胞和体外皮肤组织
636	2024-11-15	Single-cell integrated transcriptomics reveals the role of keratinocytes in head and neck squamous cell carcinoma 2024-Dec, Journal of applied genetics IF:2.0Q3 DOI:10.1007/s13353-024-00842-7 PMID:38421592	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，全面分析了头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）的细胞水平特征，揭示了角质形成细胞在HNSCC发展中的潜在作用	通过hdWGCNA共表达网络分析，识别了与HNSCC进展相关的基因模块，并构建了一个基于特定基因的预测模型，展示了其在多个数据集中的稳健预测性能	需要进一步研究来验证和扩展这些发现，以最终改善HNSCC患者的治疗效果	理解HNSCC的分子机制，识别预后标志物和治疗靶点，以提高患者治疗效果	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）及其相关细胞类型	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	多个数据集
637	2024-11-15	Prediction of clinical prognosis and drug sensitivity in hepatocellular carcinoma through the combination of multiple cell death pathways 2024-Dec, Cell biology international IF:3.3Q3 DOI:10.1002/cbin.12235 PMID:39192561	研究论文	研究通过结合多种细胞死亡途径预测肝细胞癌的临床预后和药物敏感性	开发了一种基于细胞死亡指数（CDI）的预测模型，结合了多种细胞死亡途径和临床信息，用于预测肝细胞癌的预后和药物敏感性	研究依赖于现有数据集，可能存在数据偏差；模型在不同数据集上的验证结果可能存在差异	开发一种预测肝细胞癌临床预后和药物敏感性的模型	肝细胞癌患者的临床预后和药物敏感性	机器学习	肝癌	机器学习算法	NA	转录组数据、单细胞转录组数据、基因组数据和临床信息	使用了来自TCGA-LIHC、GSE14520、GSE45436和GSE166635数据集的数据
638	2024-11-15	Elucidating ferroptosis mechanisms in heart failure through transcriptomics, single-cell sequencing, and experimental validation 2024-Dec, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111416 PMID:39293745	研究论文	本研究通过转录组学、单细胞测序和实验验证，阐明了铁死亡在心力衰竭中的机制	首次通过转录组学和单细胞测序技术，识别并验证了与心力衰竭相关的铁死亡基因，揭示了这些基因在不同细胞类型中的差异表达模式	研究主要基于公共数据集和实验模型，需要进一步的临床验证	阐明铁死亡在心力衰竭中的机制，并识别潜在的治疗靶点	心力衰竭相关的铁死亡基因及其在不同细胞类型中的表达模式	基因组学	心血管疾病	转录组学、单细胞测序、LASSO回归、SVM-RFE机器学习	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	心力衰竭细胞和小鼠模型
639	2024-11-15	SNRPB2 in the pan-cancer landscape: A bioinformatics exploration and validation in hepatocellular carcinoma 2024-Dec, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111445 PMID:39366532	研究论文	本文探讨了SNRPB2在泛癌中的作用，并通过实验验证了其在肝细胞癌中的影响	首次系统研究了SNRPB2在多种癌症中的表达及其与预后和免疫微环境的关系，并通过实验验证了其对肝癌细胞增殖和迁移的影响	需要进一步研究SNRPB2的潜在机制和临床治疗潜力	探讨SNRPB2在癌症中的作用及其作为预后标志物和免疫治疗候选者的潜力	SNRPB2在多种癌症中的表达及其对肝癌细胞增殖和迁移的影响	数字病理学	肝癌	基因表达分析、基因组和表观基因组分析、基因集富集分析、免疫细胞浸润评估	NA	基因表达数据、基因组数据、表观基因组数据	来自多个公共数据库的数据，包括TCGA、CPTAC和GEO
640	2024-11-15	Identification and Verification of Key Genes in Colorectal Cancer Liver Metastases Through Analysis of Single-Cell Sequencing Data and TCGA Data 2024-Dec, Annals of surgical oncology IF:3.4Q1 DOI:10.1245/s10434-024-16194-9 PMID:39382748	研究论文	本研究通过单细胞测序数据和TCGA数据分析，识别和验证结直肠癌肝转移中的关键基因	本研究首次通过单细胞RNA测序数据和TCGA数据结合，识别出结直肠癌肝转移中的关键基因，并进行了实验验证	研究主要基于现有数据库和实验验证，未涉及大规模临床试验	识别结直肠癌肝转移中的关键基因，为治疗提供潜在靶点	结直肠癌肝转移样本和相关基因	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	17个结直肠癌肝转移样本