单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 602 篇文献，本页显示第 581 - 600 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 581 | 2024-08-05 |
The prognostic marker KRT81 is involved in suppressing CD8 + T cells and predicts immunotherapy response for triple-negative breast cancer
2024-Dec-31, Cancer biology & therapy
IF:4.4Q2
DOI:10.1080/15384047.2024.2355705
PMID:38778753
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研究论文 | 本研究探讨了角蛋白81（KRT81）在三阴性乳腺癌中的预后标志作用及其对免疫治疗反应的预测。 | KRT81被发现是三阴性乳腺癌的独立预测因子，并与免疫微环境相关，表明其在个性化治疗中的重要性。 | 目前研究主要集中在KRT81的表达相关性，尚未充分探讨其他潜在的影响因素。 | 研究KRT81在三阴性乳腺癌中的作用及其作为免疫治疗预后标志的潜力。 | 三阴性乳腺癌及其相关的免疫细胞浸润情况。 | 数字病理学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及多种三阴性及非三阴性乳腺癌样本的差异表达分析 |
| 582 | 2024-08-04 |
Current insights into human pathogenic phenuiviruses and the host immune system
2024-Dec, Virulence
IF:5.5Q1
DOI:10.1080/21505594.2024.2384563
PMID:39072499
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review | 本文综述了人类致病性phenuivirus与宿主免疫系统之间的相互作用 | 文章创新性在于系统性总结了病毒免疫逃逸机制及其相关宿主免疫网络 | 研究主要集中于RVFV和SFTSV，可能存在对其他病毒的了解不足 | 旨在阐明人类致病性phenuivirus感染过程中宿主识别及治疗方法 | 研究对象为phenuivirus及其与宿主免疫系统的相互作用 | 数字病理学 | NA | 宏基因组学、代谢组学、单细胞转录组学、蛋白组学、基因编辑、单克隆抗体和疫苗 | NA | NA | NA |
| 583 | 2024-08-04 |
A global view of altered ligand-receptor interactions in bone marrow aging based on single-cell sequencing
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.06.020
PMID:39050783
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研究论文 | 基于单细胞转录组测序检测骨髓衰老的配体-受体相互作用 | 首次系统性探讨了衰老对骨髓配体-受体相互作用的影响 | 研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类 | 了解衰老对骨髓的细胞间通讯的影响 | 对年轻和老年小鼠的骨髓细胞进行分析 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 研究涉及384,124条相互作用和16种骨髓细胞类型 |
| 584 | 2024-08-05 |
LiverSCA: A comprehensive and user-friendly cell atlas in human hepatocellular carcinoma
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.06.031
PMID:39050786
|
研究论文 | 我们开发了一个名为LiverSCA的细胞图谱，旨在支持肝癌相关的研究 | 提供了一个用户友好的网络界面和全面的功能，使研究人员能够轻松访问肝癌肿瘤微环境的细胞和分子景观 | NA | 帮助研究人员在肝癌研究中快速而便捷地探索细胞和分子特征 | 人类肝细胞癌的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | NA |
| 585 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals heterogeneity and differential expression of the maternal-fetal interface during ICP and normal pregnancy
2024-Dec, The journal of maternal-fetal & neonatal medicine : the official journal of the European Association of Perinatal Medicine, the Federation of Asia and Oceania Perinatal Societies, the International Society of Perinatal Obstetricians
DOI:10.1080/14767058.2024.2361278
PMID:38835155
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研究论文 | 本研究揭示了在妊娠期肝内胆汁淤积（ICP）与正常妊娠中母-胎界面的细胞异质性和基因表达差异 | 首次应用单细胞RNA测序技术系统性分析了ICP与正常妊娠中胎盘的细胞类型、基因特征和功能变化 | 样本数量较小，仅分析了两名个体，可能影响结果的通用性 | 研究ICP影响胎盘的遗传机制 | 对比ICP和正常妊娠胎盘中母-胎界面的细胞类型和基因表达 | 数字病理学 | 妊娠期肝内胆汁淤积 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达 | 2名个体，一名为ICP患者，一名为正常妊娠者 |
| 586 | 2024-08-05 |
Integrating bulk RNA-seq and scRNA-seq analyses revealed the function and clinical value of thrombospondins in colon cancer
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.05.021
PMID:38827236
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研究论文 | 本研究揭示了血小板反应蛋白在结肠癌中的功能和临床价值。 | 研究首次系统分析了血小板反应蛋白在结肠癌中的表达及作用，识别了其作为新的治疗靶点和预后标志物的潜力。 | 该研究依赖于多个高通量数据集，可能存在数据异质性和分析方法的局限性。 | 明确血小板反应蛋白在结肠癌中的具体作用及其临床意义。 | 利用1981个样本分析血小板反应蛋白在结肠癌中的预后相关性和细胞来源。 | 数字病理学 | 结肠癌 | RNA-seq | NA | 样本 | 1981个样本 |
| 587 | 2024-08-04 |
Computational modeling for deciphering tissue microenvironment heterogeneity from spatially resolved transcriptomics
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.05.028
PMID:38800634
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研究论文 | 本文探讨了如何通过空间转录组学技术解读组织微环境的异质性 | 将空间转录组学数据分析的方法分类为机器学习方法、概率模型方法和深度学习方法，并讨论每种方法的优缺点 | 未涉及具体的实验验证或应用案例 | 开发计算方法以揭示组织微环境的异质性 | 空间转录组学数据，特别是细胞类型分布和空间功能区域的识别 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 机器学习模型, 概率模型, 深度学习模型 | 组学数据 | NA |
| 588 | 2024-08-04 |
NTCdb: Single-cell transcriptome database of human inflammatory-associated diseases
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.04.057
PMID:38765608
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研究论文 | 提出了一个人类炎症相关疾病的单细胞转录组数据库NTCdb | 集成了来自17种炎症相关疾病的1,023,166个细胞的开放数据，填补了关于免疫细胞数据的空白 | 目前数据库可能仍缺乏广泛的临床样本或特定疾病的细胞数据 | 建立一个关于炎症相关疾病的单细胞转录组数据库，以支持疾病机制的研究 | 单细胞转录组数据，特别是来自炎症相关疾病的免疫细胞 | 数字病理学 | 炎症相关疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 细胞数据 | 来源于17种炎症相关疾病的1,023,166个细胞 |
| 589 | 2024-08-04 |
A contrastive learning approach to integrate spatial transcriptomics and histological images
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.04.039
PMID:38707535
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研究论文 | 本文介绍了一种基于对比学习的模型ConGcR，用于整合基因表达、空间位置和组织形态数据，以进行数据表征和空间组织结构识别 | 本研究创新性地提出了ConGcR模型，结合图卷积和ResNet编码器，增强了空间嵌入表示的建模能力 | 未提及具体限制 | 本研究旨在提高组织架构识别的准确性，并为空间转录组分析任务提供有效的数据表征 | 研究对象包括16个人脑、4只鸡心、8个乳腺肿瘤和30个来自人类肺部的空间转录组样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组技术 | 对比学习模型 | 基因表达、空间位置、组织图像 | 共58个样本，包括16个人脑、4只鸡心、8个乳腺肿瘤和30个人肺样本 |
| 590 | 2024-08-05 |
Integration of single-nucleus and exosome RNA sequencing dissected inter-cellular communication and biomarkers in pancreatic ductal adenocarcinoma
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.04.021
PMID:38689717
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研究论文 | 本研究通过snRNA-seq和外泌体小RNA测序构建了胰腺癌的细胞间通讯网络 | 结合miRNA追踪与配体-受体分析，提供了一种新方法来揭示胰腺癌微环境中的细胞间复杂互动 | 虽然使用了多种技术，但可能未能捕捉到所有类型的细胞间通讯 | 研究胰腺导管腺癌中的细胞间通讯及潜在生物标志物 | 胰腺导管腺癌（PDAC）组织及其外泌体 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（snRNA-seq）、小RNA测序 | NA | RNA序列 | 胰腺导管腺癌组织样本 |
| 591 | 2024-08-04 |
Co-expression of immune checkpoints in glioblastoma revealed by single-nucleus RNA sequencing and spatial transcriptomics
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.04.014
PMID:38633388
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研究论文 | 本研究揭示了胶质母细胞瘤中的免疫检查点的共表达及其分子特征 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组分析，首次揭示了胶质母细胞瘤中免疫检查点表达模式及其潜在的免疫逃逸机制 | 本研究基于未治疗的胶质母细胞瘤样本，可能无法完全反映治疗后的情况 | 为了更好地理解胶质母细胞瘤的肿瘤微环境及其免疫逃逸机制 | 未治疗的胶质母细胞瘤样本 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序和空间转录组 | NA | RNA数据 | 180名胶质瘤患者用于预后验证 |
| 592 | 2024-08-04 |
Unraveling the hidden complexity: Exploring dental tissues through single-cell transcriptional profiling
2024-Dec, Regenerative therapy
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.reth.2024.03.023
PMID:38596822
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综述 | 本研究探讨了使用单细胞转录组技术对牙齿及周围组织的细胞组成进行分析 | 本文创新地采用单细胞转录组技术，揭示了哺乳动物牙齿和牙周组织的细胞复杂性 | 本综述主要集中在现有的单细胞转录组研究上，可能未涵盖所有相关研究 | 揭示牙齿生物学的复杂性以及相关细胞的组成和功能 | 对小鼠及人类牙齿和牙周组织进行单细胞转录组分析 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组 | NA | 细胞 | 涉及小鼠和人类的健康及龋齿牙齿的单细胞样本 |
| 593 | 2024-08-04 |
MDFI promotes the proliferation and tolerance to chemotherapy of colorectal cancer cells by binding ITGB4/LAMB3 to activate the AKT signaling pathway
2024-12-31, Cancer biology & therapy
IF:4.4Q2
DOI:10.1080/15384047.2024.2314324
PMID:38375821
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研究论文 | 本研究探讨了MDFI通过结合ITGB4/LAMB3激活AKT信号通路以促进结直肠癌细胞的增殖和化疗耐受性 | 发现MDFI与ITGB4/LAMB3之间的正相关关系以及其在AKT信号通路中的新作用 | 缺乏大规模临床样本的验证 | 研究MDFI在结直肠癌细胞中的作用及其机制 | 结直肠癌细胞及其相关的信号通路 | 数字病理学 | 结直腸癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 使用了来自GSE144735数据集的样本和TCGA及CCLE数据 |
| 594 | 2024-08-07 |
Comprehensive analysis of anoikis-related genes in diagnosis osteoarthritis: based on machine learning and single-cell RNA sequencing data
2024-Dec, Artificial cells, nanomedicine, and biotechnology
DOI:10.1080/21691401.2024.2318210
PMID:38423139
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研究论文 | 本研究通过机器学习和单细胞RNA测序数据，全面分析了与细胞凋亡相关的基因在骨关节炎诊断中的作用 | 首次利用单细胞RNA测序数据和机器学习模型，识别出与骨关节炎进展相关的细胞凋亡相关基因和通路 | 研究仅使用了两个微阵列数据集和一个单细胞RNA测序数据集，可能存在数据集选择的局限性 | 发现基于转录组的新型细胞凋亡相关生物标志物和通路，用于骨关节炎的进展诊断 | 骨关节炎及其相关的细胞凋亡机制 | 机器学习 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | XGB, SVM, RF, GLM | 基因表达数据 | 25,852个细胞，来自6个骨关节炎软骨样本 |
| 595 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis with childhood and adult systemic lupus erythematosus
2024-Dec, Autoimmunity
IF:3.3Q3
DOI:10.1080/08916934.2023.2281228
PMID:38347676
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据分析了儿童和成人系统性红斑狼疮患者的外周血单个核细胞（PBMC）的组成和转录特征 | 首次比较了儿童和成人系统性红斑狼疮患者的PBMC组成和转录变异，并发现了潜在的治疗靶点 | NA | 探讨儿童和成人系统性红斑狼疮患者的PBMC组成和转录特征的差异 | 儿童和成人系统性红斑狼疮患者及健康对照者的PBMC | 数字病理学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 儿童和成人系统性红斑狼疮患者及健康对照者的PBMC样本 |
| 596 | 2024-08-05 |
scSID: A lightweight algorithm for identifying rare cell types by capturing differential expression from single-cell sequencing data
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.12.043
PMID:38274993
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研究论文 | 提出了一种单细胞相似性划分算法(scSID)用于识别稀有细胞类型 | scSID通过分析细胞间和细胞内的相似性，捕捉稀有细胞类型的相似性差异 | 未提及具体的局限性 | 识别稀有细胞类型并改善现有识别方法 | 稀有细胞类型的识别 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 数据集 | 多个数据集，包括68K PBMC和肠道样本 |
| 597 | 2024-08-05 |
scIALM: A method for sparse scRNA-seq expression matrix imputation using the Inexact Augmented Lagrange Multiplier with low error
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.12.027
PMID:38274995
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研究论文 | 提出了一种名为scIALM的方法，用于稀疏单细胞RNA表达矩阵的插补恢复 | 使用不准确的增广拉格朗日乘子法来恢复矩阵中的未知条目，表现出极低的错误率 | 未提供明显的样本量和数据特征的限制 | 旨在改善单细胞RNA测序数据中矩阵的格式，以增强下游分析的准确性 | 原始的稀疏单细胞RNA表达数据矩阵 | 数字路径学 | NA | NA | NA | 矩阵 | 四个数据集 |
| 598 | 2024-08-07 |
scQA: A dual-perspective cell type identification model for single cell transcriptome data
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.12.021
PMID:38235363
|
研究论文 | 介绍了一种名为scQA的新方法，该方法能够从定性和定量两个角度同时识别细胞类型和细胞类型特异性关键基因 | scQA方法不仅识别细胞类型，还提取与这些细胞类型相关的关键基因，实现双向聚类，并采用创新的标签传播策略进行细胞聚类 | NA | 开发一种新的算法，用于从单细胞转录组数据中识别细胞类型和关键基因 | 单细胞转录组数据中的细胞类型和关键基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 双向聚类模型 | 转录组数据 | 20个公开可用的单细胞转录组数据集 |
| 599 | 2024-08-05 |
Single-cell multi-omics in the study of digestive system cancers
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.12.007
PMID:38223343
|
review | 本文全面回顾了单细胞组学技术在消化系统癌症研究中的进展 | 文章创新性地总结了单细胞多组学技术在消化系统肿瘤研究中的应用及其未来发展趋势 | 文章未提及具体的实验数据或样本量 | 研究消化系统癌症的单细胞组学技术的应用 | 消化系统癌症 | 数字病理学 | 消化系统癌症 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 600 | 2024-08-07 |
Immunocompetent mouse models revealed that S100A4+ monocytes/macrophages facilitate long-term Zika virus infection in the testes
2024-Dec, Emerging microbes & infections
IF:8.4Q1
DOI:10.1080/22221751.2023.2300466
PMID:38164719
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研究论文 | 本研究通过使用抗IFNAR抗体阻断的C57BL/6雄性小鼠和hSTAT2敲入雄性小鼠，建立了免疫活性小鼠模型，揭示了S100A4+单核细胞/巨噬细胞在睾丸中促进寨卡病毒长期感染的作用。 | 本研究首次使用免疫活性小鼠模型，揭示了S100A4+单核细胞/巨噬细胞在寨卡病毒睾丸感染中的关键作用，并提出了寨卡病毒在男性生殖系统中长期感染的新机制。 | NA | 研究寨卡病毒如何在男性生殖系统中侵入和持续存在。 | 寨卡病毒在男性生殖系统中的感染机制。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用抗IFNAR抗体阻断的C57BL/6雄性小鼠和hSTAT2敲入雄性小鼠 |