本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2025-10-06 |
Cell state transitions are decoupled from cell division during early embryo development
2024-Dec, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-024-01546-0
PMID:39516639
|
研究论文 | 本研究通过细胞周期阻滞实验证明斑马鱼胚胎发育中细胞分化与细胞分裂可解耦发生 | 首次在胚胎发育过程中系统证明细胞分裂对所有胚胎组织分化并非必需 | 研究仅针对斑马鱼早期胚胎发育阶段,未涉及其他物种或后期发育过程 | 探究细胞分裂在胚胎细胞分化过程中的作用机制 | 斑马鱼胚胎 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 42 | 2025-10-06 |
Single-cell analysis reveals the loss of FABP4-positive proliferating valvular endothelial cells relates to functional mitral regurgitation
2024-12-20, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-024-03791-4
PMID:39707349
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析功能性二尖瓣反流患者二尖瓣叶的细胞组成和分子变化 | 首次在功能性二尖瓣反流中发现FABP4阳性增殖性瓣膜内皮细胞亚群的异常减少及其在疾病中的作用 | 样本量较小(仅6例患者),需要更大规模研究验证 | 研究功能性二尖瓣反流的发病机制和分子变化 | 二尖瓣反流患者的二尖瓣叶组织和原代瓣膜内皮细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,生物信息学分析,免疫组织化学,体外细胞实验 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | 6例心脏移植患者(3例二尖瓣反流,3例对照) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 43 | 2025-10-06 |
Epithelial tubule interconnection driven by HGF-Met signaling in the kidney
2024-Dec-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2416887121
PMID:39705305
|
研究论文 | 本研究揭示了HGF-Met信号通路通过MAPK和MMPs促进肾脏上皮小管吻合的机制 | 首次发现HGF能够独立于细胞增殖促进上皮小管吻合,并建立了可视化定量分析小管连接的实验方法 | 研究仅限于胚胎小鼠肾脏模型,尚未在人类或其他成年动物模型中验证 | 探究肾脏上皮小管吻合的分子机制 | 胚胎小鼠肾脏上皮小管 | 发育生物学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,荧光图像 | 胚胎小鼠肾脏组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 44 | 2025-10-06 |
Decoding aging in the heart via single cell dual omics of non-cardiomyocytes
2024-Dec-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.111469
PMID:39735437
|
研究论文 | 通过单细胞双组学技术解析心脏非心肌细胞在衰老过程中的分子变化 | 首次在单细胞水平同时应用转录组和表观基因组分析心脏非心肌细胞的衰老过程,揭示了细胞类型内衰老异质性和细胞间通讯的变化 | 研究仅限于小鼠模型,未在人类样本中验证;仅关注非心肌细胞,未包含心肌细胞分析 | 解析心脏衰老的细胞和分子机制 | 年轻、中年和老年小鼠的心脏非心肌细胞 | 单细胞组学 | 心脏衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据 | 年轻、中年和老年三个年龄组的小鼠心脏非心肌细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 45 | 2025-10-06 |
Genomic and the tumor microenvironment heterogeneity in multifocal hepatocellular carcinoma
2024-Dec-12, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001191
PMID:39666875
|
研究论文 | 本研究通过整合全外显子组测序和单细胞RNA测序,深入解析了多灶性肝细胞癌中瘤内转移和多中心发生的肿瘤微环境异质性 | 首次在单细胞分辨率下系统比较了多灶性肝细胞癌中瘤内转移和多中心发生的基因组和肿瘤微环境差异 | 样本量相对有限(7名患者的23个样本),需要在更大队列中验证 | 阐明多灶性肝细胞癌中瘤内转移和多中心发生的肿瘤微环境异质性 | 多灶性肝细胞癌患者组织样本 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 全外显子组测序,单细胞RNA测序,免疫组织化学 | NA | 基因组数据,转录组数据,图像数据 | 7名患者的23个样本,另有验证队列 | NA | 单细胞RNA-seq,全外显子组测序 | NA | NA |
| 46 | 2025-10-06 |
Distinct immune microenvironment of venous tumor thrombus in hepatocellular carcinoma at single-cell resolution
2024-Dec-10, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001182
PMID:39656099
|
研究论文 | 通过单细胞分辨率技术揭示肝细胞癌中静脉肿瘤血栓的独特免疫微环境特征 | 首次在单细胞水平系统揭示PVTT中C5aR+TAMs的免疫抑制功能及其临床意义 | 样本量有限,机制研究主要基于细胞系实验 | 探索肝细胞癌中门静脉肿瘤血栓的免疫微环境特征 | 肝细胞癌患者的门静脉肿瘤血栓、原发肿瘤和血液样本 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 飞行时间质谱流式技术, 单细胞RNA测序, 多重荧光免疫组化染色 | NA | 单细胞数据, 蛋白质表达数据, 基因表达数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 质谱流式技术 | NA | NA |
| 47 | 2025-10-06 |
Proximity sequencing for the detection of mRNA, extracellular proteins and extracellular protein complexes in single cells
2024-12, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01030-x
PMID:39147984
|
研究论文 | 介绍一种能够同时检测单细胞中mRNA、细胞外蛋白和细胞外蛋白复合物的邻近测序方法 | 首次实现单细胞水平上同时测量蛋白质、mRNA和数百种位于细胞外膜的蛋白复合物 | 需要基本的分子生物学和单细胞测序专业知识,实验过程需要数天时间完成 | 开发能够同时检测单细胞中多种生物分子的测序方法 | 单细胞中的mRNA、细胞外蛋白和细胞外蛋白复合物 | 单细胞测序 | NA | 邻近测序 | NA | 测序数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 48 | 2025-10-06 |
CHST4 associates with high-abundance immune infiltration in hormone receptor-positive breast cancer
2024-12-31, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiae190
PMID:39213175
|
研究论文 | 本研究揭示了CHST4在激素受体阳性乳腺癌中通过调节免疫细胞浸润影响肿瘤进展的新机制 | 首次发现CHST4在HR+ BRCA中异常下调并与淋巴结转移相关,揭示了其通过调节硫酸化外周淋巴结地址素增强免疫细胞浸润的新功能 | 研究主要基于生物信息学分析和免疫组化验证,缺乏体内功能实验直接证明CHST4的因果作用 | 探究CHST4在激素受体阳性乳腺癌免疫浸润调控中的作用机制 | 激素受体阳性乳腺癌组织和相关免疫细胞 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 免疫组化染色、富集分析、单细胞测序分析 | NA | 组织样本、单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 49 | 2025-10-06 |
Immune landscape of isocitrate dehydrogenase-stratified primary and recurrent human gliomas
2024-Dec-05, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noae139
PMID:39126294
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学和光谱流式细胞术解析人类胶质瘤的免疫景观 | 发现表达颗粒溶素的新型炎症性小胶质细胞亚群,建立超越M1/M2范式的巨噬细胞极化基因组框架,提供胶质瘤特异性肿瘤免疫微环境参考特征 | 样本量相对有限,未完全阐明遗传差异和治疗效果对免疫的长期影响 | 解析IDH分层的人类原发性和复发性胶质瘤的免疫特征 | 48例人类胶质瘤样本中的免疫细胞 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单细胞转录组测序, 光谱流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞术数据 | 144,678个单细胞转录组, 超过200万个免疫细胞, 来自48例人类胶质瘤 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 50 | 2025-10-06 |
Unraveling plant-microbe symbioses using single-cell and spatial transcriptomics
2024-12, Trends in plant science
IF:17.3Q1
DOI:10.1016/j.tplants.2024.06.008
PMID:38991926
|
综述 | 探讨单细胞和空间转录组学技术在研究植物-微生物共生关系中的应用与优势 | 首次系统评述单细胞和空间转录组学在植物-微生物共生研究中的创新应用,突破了传统RNA-seq技术的细胞分辨率限制 | 当前技术难以在同一细胞中同时捕获植物和微生物的转录本 | 研究植物与微生物之间的共生关系建立机制 | 植物-微生物共生体系 | 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 51 | 2025-10-06 |
Genome-scale modeling identifies dynamic metabolic vulnerabilities during the epithelial to mesenchymal transition
2024-Dec-27, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-07408-7
PMID:39730911
|
研究论文 | 通过基因组尺度代谢建模识别上皮-间质转化过程中的动态代谢脆弱性 | 整合时间序列转录组学、蛋白质组学和单细胞转录组学数据,结合机制性计算模型揭示EMT过程中的时间动态代谢依赖关系 | 研究基于TGF-β刺激的细胞培养模型,可能无法完全反映体内EMT过程的复杂性 | 探索上皮-间质转化过程中的代谢网络重编程机制 | 上皮-间质转化过程中的细胞代谢变化 | 计算生物学 | 肺癌 | 基因组尺度代谢建模,时间序列转录组学,时间序列蛋白质组学,单细胞转录组学,CRISPR-Cas9筛选 | 机制性计算模型 | 转录组数据,蛋白质组数据,单细胞数据 | 多个细胞培养模型的EMT数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq,蛋白质组学 | NA | NA |
| 52 | 2025-10-06 |
Associations between cuprotosis-related genes and the spectrum of metabolic dysfunction-associated fatty liver disease: An exploratory study
2024-12, Diabetes, obesity & metabolism
DOI:10.1111/dom.15946
PMID:39285685
|
研究论文 | 本研究探索铜死亡相关基因与代谢功能障碍相关脂肪肝疾病谱系之间的关联 | 首次系统研究铜死亡相关基因在MAFLD不同疾病阶段(包括肝癌)中的表达变化和功能作用 | 样本量相对有限,需要进一步功能验证实验 | 探索铜死亡相关基因在MAFLD疾病进展中的作用机制 | 代谢功能障碍相关脂肪肝疾病患者和MAFLD相关肝细胞癌患者 | 生物信息学 | 代谢功能障碍相关脂肪肝疾病 | RNA测序,单细胞RNA测序,全基因组关联分析 | 逻辑回归分析,差异相关性分析 | 基因表达数据,临床数据 | MAFLD患者331例,MAFLD相关HCC患者271例,验证队列656例 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 53 | 2025-10-06 |
Mapping the gene space at single-cell resolution with gene signal pattern analysis
2024-Dec, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-024-00734-0
PMID:39706866
|
研究论文 | 提出一种名为基因信号模式分析(GSPA)的图信号处理方法,用于从单细胞数据中学习基因表征 | 首次系统性地构建了基因嵌入问题,并开发了基于细胞-细胞图上扩散小波字典的基因表征学习方法 | NA | 开发能够从单细胞数据中学习基因表征的计算方法 | 单细胞测序数据中的基因表达模式 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序,图信号处理 | GSPA(基因信号模式分析) | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 54 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomic and spatial analysis reveal the immunosuppressive microenvironment in relapsed/refractory angioimmunoblastic T-cell lymphoma
2024-12-18, Blood cancer journal
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41408-024-01199-0
PMID:39695118
|
研究论文 | 通过单细胞转录组和空间分析揭示复发/难治性血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤的免疫抑制微环境特征 | 首次结合单细胞RNA测序和成像质谱流式技术系统比较初诊与复发/难治性AITL的细胞组成和空间结构,发现YY1驱动的恶性Tfh细胞增殖、B细胞恶性转化中间状态及髓系细胞功能失调等新机制 | 样本量有限,主要基于观察性分析,缺乏功能性验证实验 | 解析复发/难治性AITL免疫抑制微环境的细胞和分子特征 | 血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤患者样本 | 数字病理 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序, 成像质谱流式 | NA | 单细胞转录组数据, 空间蛋白表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 55 | 2025-10-06 |
A low level of tumor necrosis factor α in tumor microenvironment maintains the self-renewal of glioma stem cells by Vasorin-mediated glycolysis
2024-Dec-05, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noae147
PMID:39093693
|
研究论文 | 本研究探讨肿瘤微环境中低水平TNFα通过Vasorin介导的糖酵解维持胶质瘤干细胞自我更新的机制 | 首次揭示低水平TNFα通过VASN介导的糖酵解促进胶质瘤干细胞自我更新的新机制 | 未明确说明样本规模和研究局限性 | 探索肿瘤微环境中TNFα对胶质瘤干细胞自我更新的调控作用及其临床意义 | 胶质瘤干细胞和肿瘤相关巨噬细胞 | 肿瘤生物学 | 胶质母细胞瘤 | 空间转录组学,RNA测序,单细胞RNA测序,质谱分析 | 体外和体内模型 | 基因表达数据,蛋白质数据,单细胞数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 56 | 2025-10-06 |
Airway-derived emphysema-specific alveolar type II cells exhibit impaired regenerative potential in COPD
2024-Dec, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.02071-2023
PMID:39147413
|
研究论文 | 本研究发现了COPD肺气肿特异性肺泡II型细胞亚群,并证明其再生能力受损 | 首次鉴定出位于扩张远端肺泡囊中的肺气肿特异性ATII细胞亚群(asATII细胞),该细胞共表达肺泡标志物和气道俱乐部细胞标志物 | 研究主要基于单细胞测序和类器官实验,需要进一步体内功能验证 | 探究COPD中肺组织再生障碍的潜在驱动因素 | 人类和小鼠的肺泡II型细胞和气道俱乐部细胞 | 单细胞生物学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序,谱系标记,肺泡类器官培养 | NA | 单细胞转录组数据,空间定位数据 | 人类和小鼠COPD模型样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 57 | 2025-10-06 |
Brca1 haploinsufficiency promotes early tumor onset and epigenetic alterations in a mouse model of hereditary breast cancer
2024-Dec, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-01958-6
PMID:39528827
|
研究论文 | 本研究通过新型基因工程小鼠模型揭示了Brca1单倍体不足通过表观遗传改变加速遗传性乳腺癌发生的机制 | 发现Brca1杂合状态本身存在固有的促肿瘤表观遗传改变,挑战了传统的'二次打击'假说 | 研究基于小鼠模型,在人类中的适用性需要进一步验证 | 探究Brca1杂合性如何促进乳腺癌早期发生 | Brca1杂合基因工程小鼠的乳腺上皮细胞 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, ATAC-seq | 基因工程小鼠模型 | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 58 | 2025-10-06 |
Pax3/7 gene function in Oikopleura dioica supports a neuroepithelial-like origin for its house-making Fol territory
2024-12, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2024.08.012
PMID:39181419
|
研究论文 | 本研究通过CRISPR-Cas9突变株和单细胞RNA测序分析,探讨了Oikopleura dioica中pax37A和pax37B基因在房室制造滤器区域发育中的功能 | 首次揭示pax37B(而非pax37A)对房室滤器细胞分化的特异性调控作用,并提出滤器区域分泌上皮细胞可能保留或进化了神经上皮特征的新假说 | 研究仅针对特定海洋生物模型,其结论在其他生物中的普适性仍需验证 | 探究Pax3/7基因在尾索动物房室制造上皮发育中的功能机制 | Oikopleura dioica(尾索动物)的房室制造上皮及其滤器细胞 | 发育生物学 | NA | CRISPR-Cas9基因编辑, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 野生型和突变型Oikopleura dioica个体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 59 | 2025-10-06 |
Immune cell single-cell RNA sequencing analyses link an age-associated T cell subset to symptomatic benign prostatic hyperplasia
2024-Dec-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.30.629739
PMID:39803459
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现与年龄相关的CD8 T细胞亚群与症状性良性前列腺增生相关 | 首次发现年龄相关的CD8 T细胞亚群(Taa)通过颗粒酶K介导的前列腺基质成纤维细胞SASP因子产生促进症状性BPH | 研究样本量有限,机制研究主要在体外进行 | 探究年龄相关免疫细胞变化在良性前列腺增生发病机制中的作用 | 人类前列腺组织和患者来源的前列腺成纤维细胞 | 单细胞生物学 | 前列腺增生 | 单细胞RNA测序,体外细胞培养,细胞因子检测 | NA | 单细胞RNA测序数据,临床评分数据 | 未明确样本数量的人类前列腺组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 60 | 2025-10-06 |
STING Activation in Macrophages and Microglia Drives Poststroke Inflammation: Implications for Neuroinflammatory Mechanisms and Therapeutic Interventions
2024-12, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.70106
PMID:39698742
|
研究论文 | 本研究揭示了STING激活通过I型干扰素信号驱动巨噬细胞和小胶质细胞向促炎表型转变的机制及其在脑卒中后神经炎症中的作用 | 首次阐明持续性吞噬作用通过激活STING信号通路促使巨噬细胞和小胶质细胞表型转变的具体机制 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化价值需进一步验证 | 探究脑卒中后巨噬细胞和小胶质细胞表型转变的分子机制 | 巨噬细胞、小胶质细胞及脑卒中模型小鼠 | 神经科学 | 脑卒中 | 单细胞RNA测序、免疫染色、细胞培养 | 动物疾病模型 | 基因表达数据、行为学数据、影像数据 | C57BL/6雄性小鼠及原代细胞培养 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |