单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 700 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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| 41 | 2026-04-04 |
Epithelial tubule interconnection driven by HGF-Met signaling in the kidney
2024-Dec-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2416887121
PMID:39705305
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了肝细胞生长因子（HGF）通过MAPK信号通路和基质金属蛋白酶（MMPs）促进小鼠胚胎肾脏上皮小管吻合的关键机制 | 首次明确了HGF-Met信号通路在驱动上皮小管相互连接（吻合）过程中的核心作用，并开发了一种可视化定量小管连接的新方法 | 研究主要基于小鼠胚胎肾脏模型，其在成年组织或人类组织中的普适性仍需验证 | 探究肾脏上皮小管网络形成过程中小管相互连接的分子机制 | 小鼠胚胎肾脏上皮小管 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 42 | 2026-04-03 |
Guided monocyte fate to FRβ/CD163+ S1 macrophage antagonises atopic dermatitis via fibroblastic matrices in mouse hypodermis
2024-Dec-25, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-024-05543-2
PMID:39720957
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和流式细胞术，揭示了特应性皮炎中FRβ/CD163+ S1巨噬细胞亚型衰竭的机制，并发现通过外源性层粘连蛋白-211模拟成纤维细胞-巨噬细胞互作，可促进单核细胞向S1巨噬细胞分化并缓解皮炎 | 首次系统阐明了皮肤中单核细胞获得S1巨噬细胞身份的调控机制，并识别了由真皮下层成纤维细胞分泌的层粘连蛋白-α2和V型胶原是驱动CD163表达的关键因子，为通过靶向成纤维细胞-巨噬细胞互作治疗特应性皮炎提供了新策略 | 研究主要在鼠模型中进行，其结论在人类特应性皮炎中的适用性有待进一步验证 | 探究特应性皮炎（AD）中巨噬细胞状态失衡的机制，并寻找恢复组织稳态的治疗策略 | 小鼠皮肤中的巨噬细胞（特别是FRβ/CD163+ S1亚型）、单核细胞、嗜酸性粒细胞及真皮下层成纤维细胞 | 单细胞组学 | 特应性皮炎 | 单细胞转录组测序, 流式细胞术, 共培养实验, 计算机模拟配体表达分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞术数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 43 | 2026-04-01 |
Tppp3 is a novel molecule for retinal ganglion cell identification and optic nerve regeneration
2024-12-29, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-024-01917-6
PMID:39734233
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研究论文 | 本研究探索了Tppp3分子在视网膜神经节细胞神经保护和轴突再生中的作用 | 首次揭示了Tppp3在哺乳动物视网膜神经节细胞轴突再生中的促进作用，并发现其通过上调Bmp4等基因和神经炎症通路发挥作用 | 研究主要基于啮齿类动物模型，尚未在更高等的哺乳动物中进行验证 | 寻找促进中枢神经系统轴突再生的分子调控因子 | 视网膜神经节细胞（RGCs） | 神经科学 | 中枢神经系统损伤 | 单细胞RNA测序，bulk RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 小鼠、猕猴和人类的视网膜神经节细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 44 | 2026-04-01 |
Sparse dimensionality reduction for analyzing single-cell-resolved interactions
2024-Dec-26, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioadv/vbaf230
PMID:41092369
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研究论文 | 本文提出了一种针对单细胞细胞间相互作用数据的端到端降维工作流程，旨在简化细胞对间相互作用模式的分析 | 采用稀疏降维方法（特别是Boosting Autoencoder）来精确定位与细胞对簇相关的特定配体-受体相互作用，并提供了包含结果可视化的全面工作流程 | 未在摘要中明确提及具体限制 | 增强单细胞转录组学数据中细胞间相互作用的下游分析 | 单细胞细胞间相互作用数据，特别是基于已知配体-受体相互作用的细胞对 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组学 | Boosting Autoencoder | 单细胞转录组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 45 | 2026-04-01 |
Evaluating the Utilities of Foundation Models in Single-cell Data Analysis
2024-Dec-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.08.555192
PMID:38464157
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研究论文 | 本文通过综合实验评估了基础模型在单细胞测序数据分析中的性能，并比较了其与任务特定方法的优劣 | 首次对十种单细胞基础模型在八个下游任务中的性能进行全面评估，并提出了一个用于评估训练稳定性、超参数影响的框架 | 研究发现单细胞基础模型并非在所有任务中都优于任务特定方法，这挑战了开发单细胞分析基础模型的必要性 | 评估基础模型在单细胞数据分析中的效用，并为模型预训练和微调提供指导 | 单细胞测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 基础模型（如scGPT、Geneformer、CellPLM） | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 46 | 2026-03-31 |
Interpreting single-cell and spatial omics data using deep neural network training dynamics
2024-12, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-024-00721-5
PMID:39633094
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研究论文 | 本研究开发了Annotatability框架，通过监测深度神经网络在单细胞和空间组学数据上的训练动态，来识别注释不匹配并表征生物数据结构 | 提出了一种基于深度神经网络训练动态的新方法，用于评估细胞注释的可靠性并揭示生物信号结构，结合信号感知图嵌入技术进行下游分析 | 未明确说明方法在更大规模或更复杂数据集上的可扩展性，且依赖于预定义的细胞注释，可能受注释主观性影响 | 解决单细胞和空间组学数据注释中的模糊性和错误问题，以更好地解释细胞类型、状态和异质性 | 单细胞和空间组学数据中的细胞注释和生物信号结构 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序，空间组学 | 深度神经网络 | 单细胞RNA测序数据，空间组学数据 | 八个单细胞RNA测序和空间组学数据集 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 47 | 2026-03-31 |
Mapping the gene space at single-cell resolution with gene signal pattern analysis
2024-12, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-024-00734-0
PMID:39706866
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研究论文 | 本文提出了一种名为基因信号模式分析（GSPA）的图信号处理方法，用于从单细胞数据中学习丰富的基因表示，以映射基因空间 | 首次系统性地提出基因嵌入问题，并开发了基于细胞-细胞图的扩散小波字典的GSPA方法，实现了基因在细胞流形上的模式化和定位表征 | 未明确提及方法在特定疾病或大规模数据集上的验证限制 | 开发计算方法来映射单细胞测序分析中的基因空间，并评估基因表示的有效性 | 单细胞测序数据中的基因 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 图信号处理（GSPA） | 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 48 | 2026-03-24 |
The transcription factor TCF21 is necessary for adoption of cell fates by Foxd1+ stromal progenitors during kidney development
2024-Dec-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.14.607910
PMID:39211232
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研究论文 | 本研究探讨了转录因子TCF21在肾脏发育过程中对Foxd1+基质祖细胞命运决定的关键作用 | 首次利用单细胞RNA测序技术系统揭示了TCF21缺失导致Foxd1+基质祖细胞亚群特异性耗竭，并发现突变肾脏中表达血管内皮标记物Endomucin的新型细胞簇 | 研究主要聚焦于胚胎期E14.5时间点，未涵盖肾脏发育全过程；单细胞测序样本量相对有限 | 阐明调控Foxd1+基质祖细胞分化的分子机制 | 小鼠胚胎肾脏中的Foxd1+基质祖细胞及其分化后代 | 发育生物学 | 先天性肾脏异常 | 单细胞RNA测序，免疫染色 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据，组织图像数据 | 32,461个GFP+细胞（来自E14.5胚胎肾脏） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 49 | 2026-03-21 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals a Pivotal Role of DOCK2 in Sjögren Disease
2024-Dec, ACR open rheumatology
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/acr2.11738
PMID:39382155
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了DOCK2在干燥综合征（SjD）发病机制中的关键作用，并验证了其作为治疗靶点的潜力 | 首次在SjD小鼠模型中通过单细胞RNA测序鉴定出CD8+ T细胞亚群中DOCK2的异常高表达，并证明其抑制剂CPYPP能显著改善疾病症状 | 研究基于小鼠模型，其结论在人类患者中的适用性仍需进一步验证 | 解析干燥综合征唾液腺中致病性免疫细胞群及其免疫通路，并探索潜在治疗靶点 | 干燥综合征小鼠模型的唾液腺组织 | 单细胞转录组学 | 干燥综合征（自身免疫性疾病） | 单细胞RNA测序 | 聚类分析 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 50 | 2026-03-20 |
Single-Cell Analysis of Subcutaneous Fat Reveals Profibrotic Cells That Correlate With Visceral Adiposity in HIV
2024-Dec-18, The Journal of clinical endocrinology and metabolism
DOI:10.1210/clinem/dgae369
PMID:38820087
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研究论文 | 本研究通过单细胞分析揭示了HIV感染者皮下脂肪中与内脏脂肪体积相关的促纤维化细胞变化 | 首次在HIV感染者中利用单细胞RNA测序技术，系统性地分析了皮下脂肪组织细胞组成和转录程序与内脏脂肪体积的关联 | 研究为横断面设计，无法确定因果关系，需要进一步的纵向研究来明确方向性和机制 | 探究HIV感染者皮下脂肪组织特异性细胞和分子程序与内脏脂肪体积的关系 | 接受长期抗逆转录病毒治疗的HIV感染者 | 数字病理学 | 心血管代谢疾病 | 单细胞RNA测序，bulk RNA测序，计算机断层扫描 | NA | RNA测序数据，影像数据 | 92名参与者进行bulk RNA测序，43名进行单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 51 | 2026-03-20 |
The astrocyte-enriched gene deathstar plays a crucial role in the development, locomotion, and lifespan of D. melanogaster
2024-12, Fly
IF:2.4Q3
DOI:10.1080/19336934.2024.2368336
PMID:38884422
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，在果蝇大脑中鉴定出一个星形胶质细胞富集表达的新基因deathstar，并揭示了其在个体发育、运动能力和寿命中的关键作用 | 首次在果蝇中鉴定出星形胶质细胞特异性表达的新基因deathstar，并系统阐明了其在发育、运动行为和寿命调控中的生理功能 | 研究主要基于果蝇模型，其发现向哺乳动物系统的直接推广性有待验证；RNA干扰技术可能存在脱靶效应 | 探究果蝇大脑星形胶质细胞特异性表达基因的功能及其在生理和行为调控中的作用 | 黑腹果蝇（Drosophila melanogaster）的大脑组织，特别是星形胶质细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序，RNA干扰，免疫染色 | NA | 单细胞基因表达数据，图像数据 | 果蝇视叶和全脑的单细胞RNA测序数据，转基因成年果蝇脑组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 52 | 2026-03-20 |
Optimization of hybridization chain reaction for imaging single RNA molecules in Drosophila larvae
2024-12, Fly
IF:2.4Q3
DOI:10.1080/19336934.2024.2409968
PMID:39351922
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研究论文 | 本文提出了一种优化的杂交链式反应（HCR）流程，用于在果蝇幼虫中实现单RNA分子的成像 | 开发了优化的HCR探针设计开源代码，仅需五对探针即可实现高特异性、高灵敏度且可多重检测的RNA可视化，显著降低了实验成本和时间 | 未明确说明该方法在其他生物体系或更复杂组织中的适用性，也未提供与其他现有成像方法的定量比较数据 | 优化单RNA分子成像技术，以支持基于单细胞RNA测序数据的筛选项目 | 果蝇幼虫中的特定RNA分子 | 分子成像 | NA | 杂交链式反应（HCR） | NA | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 53 | 2026-03-19 |
Integrating Bulk RNA and Single-Cell RNA Sequencing Identifies and Validates Lactylation-Related Signatures for Intervertebral Disc Degeneration
2024-Dec, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70262
PMID:39636180
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研究论文 | 本研究通过整合Bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，揭示了乳酸化修饰与椎间盘退变（IVDD）的正相关性，建立了乳酸化相关基因（LRGs）特征，并验证了CBX3作为关键靶点及其抑制剂醋酸阿托西班的治疗潜力 | 首次系统性地整合Bulk和单细胞RNA-seq数据解析IVDD中的乳酸化修饰机制，鉴定出6个核心LRGs并发现CBX3的关键作用，首次提出醋酸阿托西班作为CBX3特异性抑制剂可通过调控乳酸化缓解IVDD进展 | 研究主要基于生物信息学分析和体外/体内实验验证，缺乏大规模临床队列验证；醋酸阿托西班的具体作用机制和长期疗效仍需进一步研究 | 探究乳酸化修饰在椎间盘退变（IVDD）中的作用机制，并寻找潜在的治疗靶点和生物标志物 | 椎间盘退变（IVDD）相关的基因表达数据和细胞/动物模型 | 生物信息学 | 椎间盘退变 | Bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 分子对接, 体外实验, 体内实验 | NA | 基因表达数据 | 多个Bulk RNA-seq数据集（未明确样本数量），包含体内和体外实验样本 | NA | 单细胞RNA-seq, Bulk RNA-seq | NA | NA |
| 54 | 2026-03-18 |
HIV-SEQ REVEALS GLOBAL HOST GENE EXPRESSION DIFFERENCES BETWEEN HIV-TRANSCRIBING CELLS FROM VIREMIC AND SUPPRESSED PEOPLE WITH HIV
2024-Dec-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.17.629023
PMID:39763963
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研究论文 | 本研究开发了一种名为HIV-seq的新方法，用于更有效地捕获HIV转录本，并通过单细胞RNA-seq分析HIV感染者细胞，揭示了病毒转录细胞在病毒血症和抑制期间的基因表达差异 | 开发了HIV-seq方法，通过添加针对HIV基因组保守区域的自定义捕获序列，提高了HIV RNA+细胞的检测效率达44%，并结合CITE-seq进行表面表型分析，首次系统比较了病毒血症和ART抑制期间HIV转录细胞的转录特征 | 样本量相对较小，仅基于配对血液样本，可能无法完全代表所有组织中的HIV转录细胞，且方法依赖于自定义捕获序列的设计，可能对HIV变异株的覆盖不完全 | 研究HIV感染者中病毒转录细胞的基因表达差异，特别是在病毒血症和抗逆转录病毒治疗抑制期间的比较，以理解活跃病毒库细胞的持久性机制 | HIV感染者的血液样本，包括病毒血症和ART抑制期间的配对样本 | 单细胞测序 | HIV感染 | 单细胞RNA-seq, CITE-seq | NA | 单细胞转录组数据, 表面表型数据 | 配对血液样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq, 表面表型分析 | NA | NA |
| 55 | 2026-03-14 |
A cross-disease resource of living human microglia identifies disease-enriched subsets and tool compounds recapitulating microglial states
2024-Dec, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-024-01764-7
PMID:39406950
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了来自74名不同神经系统疾病和中枢神经系统区域捐赠者的215,680个活体人类小胶质细胞，揭示了小胶质细胞的异质性，并识别了与疾病相关的亚群及能模拟其状态的化合物 | 构建了一个跨疾病的活体人类小胶质细胞资源库，识别了与疾病相关的亚群，并验证了能在体外模拟特定亚群状态的化合物，如喜树碱 | NA | 理解人类小胶质细胞的异质性，以促进针对其状态或功能的靶向治疗开发 | 活体人类小胶质细胞 | 数字病理学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 215,680个细胞来自74名捐赠者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 56 | 2026-03-14 |
Leveraging deep single-soma RNA sequencing to explore the neural basis of human somatosensation
2024-Dec, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-024-01794-1
PMID:39496796
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研究论文 | 本研究利用单细胞体深度RNA测序和空间转录组学技术，构建了人类背根神经节神经元图谱，揭示了人类体感生理学的新见解 | 首次通过单细胞体深度RNA测序技术，从个体人类背根神经节神经元中检测到平均超过9,000个独特基因，并识别出16种神经元类型，结合跨物种分析揭示了人类特异性神经元类型的存在 | 技术难度可能限制了样本获取和处理，且研究依赖于特定实验条件，可能影响结果的普适性 | 探索人类体感系统的神经基础，特别是背根神经节神经元的分子特征和功能 | 人类背根神经节神经元 | 数字病理学 | NA | RNA-seq, 空间转录组学, RNAscope原位杂交 | NA | RNA序列数据, 空间转录组数据 | 个体人类背根神经节神经元 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 57 | 2024-11-07 |
Mapping out multiple sclerosis with spatial transcriptomics
2024-Dec, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-024-01798-x
PMID:39501034
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 58 | 2026-03-14 |
Cell type mapping reveals tissue niches and interactions in subcortical multiple sclerosis lesions
2024-Dec, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-024-01796-z
PMID:39501036
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研究论文 | 本研究利用单核和空间转录组学技术，绘制了皮层下多发性硬化病变区域的细胞类型图谱，揭示了组织微环境中的细胞组成、相互作用及病变进展机制 | 首次结合单核与空间转录组学，系统性地绘制了皮层下多发性硬化病变中特定组织微环境（如血管周围空间、病变边缘）的细胞类型图谱，并揭示了慢性活动期病变边缘的细胞间通讯网络 | 研究主要聚焦于皮层下病变，可能未全面涵盖其他脑区或疾病阶段的微环境变化；样本量相对有限，需进一步扩大验证 | 解析多发性硬化病变中组织微环境的细胞组成、相互作用及病变进展的分子机制 | 皮层下多发性硬化病变组织及对照组织 | 数字病理学 | 多发性硬化 | 单核转录组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间数据 | NA | NA | 单核RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 59 | 2026-03-13 |
Single-cell sequencing analysis and bulk-seq identify IGFBP6 and TNFAIP6 as novel differential diagnosis markers for postburn pathological scarring
2024-12, Burns : journal of the International Society for Burn Injuries
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.burns.2024.08.021
PMID:39317554
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和批量测序分析，鉴定出IGFBP6和TNFAIP6作为烧伤后病理性瘢痕（如瘢痕疙瘩和增生性瘢痕）的差异诊断标志物 | 首次在细胞水平利用单细胞测序技术结合批量测序，识别出IGFBP6和TNFAIP6作为区分烧伤后瘢痕疙瘩和增生性瘢痕的新型分子诊断标志物 | 研究样本来自单一中心，可能限制结果的普适性；未详细说明单细胞测序平台的具体技术细节 | 识别分子诊断生物标志物以区分烧伤后瘢痕疙瘩和增生性瘢痕 | 烧伤后病理性瘢痕（瘢痕疙瘩和增生性瘢痕）的临床样本 | 数字病理学 | 烧伤后病理性瘢痕 | 单细胞测序, 批量RNA测序, 差异表达分析, 加权基因共表达网络分析, 基因集富集分析, 免疫组织化学染色, 定量逆转录PCR | NA | 基因表达数据, 单细胞数据, 批量测序数据 | 未明确指定样本数量，但包括来自研究中心的烧伤后临床样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 60 | 2026-03-06 |
Spatially Informed Graph Structure Learning Extracts Insights from Spatial Transcriptomics
2024-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202403572
PMID:39382177
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研究论文 | 本文提出了一种名为STAGUE的创新框架，通过图结构学习从空间转录组数据中同时学习细胞图结构和低维嵌入，以提升空间聚类精度并发现新的细胞间相互作用 | STAGUE框架首次结合图结构学习和对比学习，参数化并优化细胞图邻接矩阵，克服了传统方法仅依赖空间邻近性定义图结构的局限性 | 未明确提及具体的数据集规模限制或计算复杂度问题，可能依赖于模拟和真实数据的泛化能力 | 旨在从空间转录组数据中提取更准确的细胞图结构和嵌入，以改善空间聚类和细胞间相互作用的发现 | 空间转录组数据集中的细胞，特别是人类乳腺癌组织 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 图结构学习，对比学习 | 空间转录组数据 | 86个真实和模拟的空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |