单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-12-21	Double-target Magnetic Stimulation Attenuates Oligodendrocyte Apoptosis and Oxidative Stress Impairment after Spinal Cord Injury via GAP43 2024-Dec-17, The spine journal : official journal of the North American Spine Society DOI:10.1016/j.spinee.2024.12.025 PMID:39701305	研究论文	本研究评估了双靶点（大脑和脊髓）磁刺激（DTMS）治疗对脊髓损伤（SCI）大鼠功能恢复和神经回路改善的影响，并探讨了DTMS对胶质细胞的调节作用	首次揭示了DTMS通过GAP43介导的抗凋亡和抗氧化应激作用促进少突胶质细胞分支和成熟以及轴突再生的机制	本研究仅在动物模型中进行，尚未在人体中验证DTMS的效果	评估DTMS对脊髓损伤后功能恢复和神经回路改善的影响，并探讨其对胶质细胞的调节机制	脊髓损伤大鼠模型	神经科学	脊髓损伤	单细胞RNA测序、透射电子显微镜、Western blot、免疫荧光染色、TUNEL染色、Annexin V-FITC凋亡试剂盒、脂质ROS试剂盒	NA	组织样本	脊髓损伤大鼠模型（T10水平）
42	2024-12-21	Dissecting the cellular reprogramming and tumor microenvironment in left- and right-sided Colorectal Cancer by single cell RNA sequencing 2024-Dec-13, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1016/j.trsl.2024.12.002 PMID:39675521	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了左右侧结直肠癌的细胞重编程和肿瘤微环境差异	首次系统性地比较了左右侧结直肠癌的细胞组成、转录特征和潜在功能，揭示了右侧结直肠癌中更复杂的免疫抑制模式和细胞间相互作用	研究依赖于公共数据库的数据，可能存在样本选择偏倚和数据异质性	探讨左右侧结直肠癌的细胞重编程和肿瘤微环境差异，为个性化治疗方案提供依据	左右侧结直肠癌的肿瘤微环境和细胞组成	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	55个结直肠癌样本中的126,279个细胞
43	2024-12-21	C3G improves lipid droplet accumulation in the proximal tubules of high-fat diet-induced ORG mice 2024-Dec-13, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2024.107550 PMID:39675540	研究论文	本文研究了Cyanidin-3-glucoside（C3G）在高脂饮食诱导的ORG小鼠模型中改善近端小管脂滴积累的作用及其机制	首次揭示了C3G通过调节肠道微生物群和抑制PPARγ/CD36通路来减少ORG小鼠近端小管脂滴积累的作用	研究仅在动物模型中进行，尚未在人体中验证C3G的疗效	探讨C3G在ORG中的治疗效果及其潜在机制	高脂饮食诱导的ORG小鼠模型	NA	肾脏疾病	16S rRNA测序、代谢组学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	粪便、血清、肾脏的代谢数据	三组小鼠：正常对照组、ORG组和C3G治疗组
44	2024-12-21	Increased inflammatory signature in myeloid cells of non-small cell lung cancer patients with high clonal hematopoiesis burden 2024-Dec-06, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.96951 PMID:39641768	研究论文	研究探讨了非小细胞肺癌患者中克隆性造血负担与免疫治疗反应及炎症标志物的关系	首次揭示了非小细胞肺癌患者中克隆性造血负担与免疫治疗反应之间的潜在联系，并发现严重克隆性造血组中髓系细胞的炎症途径显著富集	研究样本量有限，且未发现克隆性造血状态对免疫治疗反应的显著影响	探讨非小细胞肺癌患者中克隆性造血负担与免疫治疗反应及炎症标志物的关系	非小细胞肺癌患者的血液样本及免疫治疗反应	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序、全外显子测序	NA	RNA	100名转移性非小细胞肺癌患者及63份血液样本，以及180名患者的独立复制队列
45	2024-12-21	Turncoat antibodies unmasked in a model of autoimmune demyelination: from biology to therapy 2024-Dec-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.03.623846 PMID:39677612	研究论文	本研究在自身免疫性脱髓鞘模型中揭示了分泌自身抗体的滤泡外浆母细胞，并探讨了针对这些自身抗体的新疗法	发现了一种合成抗MOG抗体8-18C5，能够阻止致病性抗体与MOG的结合，并验证了其治疗潜力	研究主要基于实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）小鼠模型，需进一步验证在人类疾病中的效果	探讨自身免疫性疾病中自身抗体的性质及其治疗潜力	实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）小鼠模型中的自身抗体	免疫学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）小鼠模型及MOG抗体疾病（MOGAD）患者
46	2024-12-21	Co-regulator activity of Mediator of DNA Damage Checkpoint 1 (MDC1) is associated with DNA repair dysfunction and PARP inhibitor sensitivity in lobular carcinoma of the breast 2024-Dec-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.29.564555 PMID:39677775	研究论文	本文研究了MDC1在乳腺小叶癌中的共调节作用及其与DNA修复功能障碍和PARP抑制剂敏感性的关系	首次发现MDC1在乳腺小叶癌细胞中与ER的共调节作用，并揭示了这种作用与DNA修复功能障碍和PARP抑制剂敏感性相关	研究主要集中在乳腺小叶癌细胞系和异种移植模型，可能无法完全代表所有乳腺小叶癌患者的临床情况	探讨MDC1在乳腺小叶癌中的作用及其与DNA修复功能障碍和PARP抑制剂敏感性的关系	乳腺小叶癌细胞及其DNA修复功能	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	多个乳腺小叶癌异种移植模型
47	2024-12-21	Analysis of synthetic polymer hydrogel-based generation of leukemia stem cells 2024-Dec-06, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.151149 PMID:39700762	研究论文	研究通过合成聚合物水凝胶培养K562白血病细胞，使其获得白血病干细胞（LSCs）特性，并探讨了相关分子机制	首次展示了通过合成聚合物水凝胶培养K562细胞可以获得LSCs特性，并鉴定了AKR1B1和TSPYL5在干细胞特性生成中的关键作用	研究仅在体外实验中验证了水凝胶培养的效果，尚未在体内实验中验证其有效性	开发一种快速生成白血病干细胞的方法，并探讨其潜在的治疗靶点	K562白血病细胞及其在合成聚合物水凝胶培养下的干细胞特性	NA	白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA	K562细胞
48	2024-12-21	Induced B-Cell Receptor Diversity Predicts PD-1 Blockade Immunotherapy Response 2024-Dec-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.03.626669 PMID:39677742	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、高分辨率空间转录组学和空间免疫受体分析，探讨了B细胞受体克隆多样性在PD-1阻断免疫治疗中的作用	发现PD-1抑制剂治疗后B细胞受体克隆多样性的诱导与治疗反应相关，并开发了一种机器学习模型预测PD-1诱导的B细胞克隆多样性	研究主要集中在局部晚期或转移性基底细胞癌患者，结果的普适性需要进一步验证	探讨PD-1阻断免疫治疗中B细胞受体克隆多样性的作用及其作为预测标志物的潜力	局部晚期或转移性基底细胞癌患者及其他多种癌症患者	免疫学	基底细胞癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、空间免疫受体分析	机器学习模型	RNA测序数据	包括基底细胞癌、胶质母细胞瘤、黑色素瘤和头颈部鳞状细胞癌患者的大样本量
49	2024-12-21	Disrupting CENP-N mediated SEPT9 methylation as a strategy to inhibit aerobic glycolysis and liver metastasis in colorectal cancer 2024-Dec, Clinical & experimental metastasis IF:4.2Q2 DOI:10.1007/s10585-024-10316-z PMID:39424682	研究论文	本研究探讨了着丝粒蛋白N（CENP-N）介导的SEPT9甲基化在结直肠癌（CRC）有氧糖酵解和肝转移中的作用	本研究首次揭示了CENP-N通过甲基化SEPT9促进有氧糖酵解和肝转移的新途径	NA	探讨CENP-N在结直肠癌有氧糖酵解和肝转移中的作用	CENP-N和SEPT9在结直肠癌细胞中的相互作用及其对细胞增殖、迁移、侵袭和代谢重编程的影响	NA	结直肠癌	单细胞RNA测序、甲基化特异性PCR（MSP）、ChIP实验	NA	RNA	NA
50	2024-12-21	Spatial and temporal expression analysis of BMP signal modifiers, Smoc1 and Smoc2, from postnatal to adult developmental stages in the mouse testis 2024-Dec, Gene expression patterns : GEP IF:1.0Q4 DOI:10.1016/j.gep.2024.119383 PMID:39510490	研究论文	研究分析了Smoc1和Smoc2在小鼠睾丸从出生到成年发育阶段中的时空表达模式	首次分析了Smoc1和Smoc2在小鼠出生后睾丸中的时空表达模式，揭示了它们在生殖细胞和体细胞中的不同表达模式	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他物种	探讨Smoc1和Smoc2在小鼠睾丸发育过程中的表达模式及其在生殖中的潜在作用	Smoc1和Smoc2在小鼠睾丸中的mRNA和蛋白质表达	NA	NA	RNA原位杂交、免疫荧光和单细胞RNA测序	NA	mRNA和蛋白质	新生儿、幼年和成年小鼠睾丸样本
51	2024-12-21	A preclinical and phase I clinical study of ex vivo-expanded amyloid beta-specific human regulatory T cells in Alzheimer's disease 2024-Dec, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie DOI:10.1016/j.biopha.2024.117721 PMID:39626378	研究论文	本文研究了体外扩增的针对β淀粉样蛋白的调节性T细胞在阿尔茨海默病中的安全性和有效性	首次在临床试验中评估了体外扩增的针对β淀粉样蛋白的人类调节性T细胞在阿尔茨海默病中的应用	临床试验中探索性评估的效果未达到统计学显著性，需要进一步研究以确认其临床疗效	探讨体外扩增的针对β淀粉样蛋白的人类调节性T细胞在阿尔茨海默病中的治疗潜力	体外扩增的针对β淀粉样蛋白的人类调节性T细胞及其在阿尔茨海默病模型和临床试验中的应用	NA	阿尔茨海默病	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	6名阿尔茨海默病患者和3xTg小鼠模型
52	2024-12-21	Expression of ABC transporters in the Drosophila testis stem cell niche: Comparison of two approaches 2024-Dec, Gene expression patterns : GEP IF:1.0Q4 DOI:10.1016/j.gep.2024.119386 PMID:39638273	研究论文	研究了果蝇睾丸干细胞微环境中ABC转运蛋白的表达，并比较了两种方法的结果	首次在果蝇睾丸干细胞微环境中研究ABC转运蛋白的表达，并比较了增强子和基因陷阱筛选与Fly Cell Atlas单细胞测序数据的表达模式	两种基因表达方法的结果相关性较弱，表明单一技术可能存在局限性	探讨ABC转运蛋白在果蝇睾丸干细胞微环境中的表达情况	果蝇睾丸中的ABC转运蛋白基因	NA	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	六个ABC转运蛋白基因（ABCB7, MRP, rdog, CG3164, CG31121, 和 CG9663）
53	2024-12-21	Exploring transcription modalities from bimodal, single-cell RNA sequencing data 2024-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae179 PMID:39703422	研究论文	本文提出了一种椭圆参数化方法来分析双模态单细胞RNA测序数据，揭示了四种不同的转录模式	首次利用椭圆参数化方法分析双模态单细胞RNA测序数据，揭示了四种转录模式，这些模式反映了剪接、转录或降解速率的变化	研究仅在细胞周期和结直肠癌数据集上进行了验证，需要进一步在更多数据集上验证其普适性	探索双模态单细胞RNA测序数据中的转录模式，以揭示基因表达分析中未被发现的基因	双模态单细胞RNA测序数据中的转录模式	基因组学	结直肠癌	RNA测序	NA	基因表达数据	细胞周期和结直肠癌数据集
54	2024-12-21	Improved characterization of 3' single-cell RNA-seq libraries with paired-end avidity sequencing 2024-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae175 PMID:39703419	研究论文	本文评估了Element Biosciences的'avidity base chemistry' DNA测序技术在3'单细胞RNA-seq文库中的应用，以实现精确的polyadenylation位点定量	引入了Element Aviti仪器进行测序，能够准确通过胸腺嘧啶同聚物并直接分配读取到polyadenylation位点，避免了传统方法的复杂性和局限性	与单端比对相比，双端比对并未显著提高读取映射率	评估Element avidity测序技术在3'单细胞RNA-seq中的应用效果	3'单细胞RNA-seq文库中的polyadenylation位点	基因组学	NA	avidity base chemistry DNA测序	NA	RNA-seq	NA
55	2024-12-21	Cell- and tissue-specific glycosylation pathways informed by single-cell transcriptomics 2024-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae169 PMID:39703423	研究论文	本文通过单细胞转录组学分析了人类组织和细胞类型中的糖基化相关基因表达，揭示了细胞和组织特异性糖基化途径	首次在糖科学领域应用单细胞转录组学，揭示了糖基化基因和途径表达的层次结构，并展示了细胞和组织特异性糖基化模式	研究依赖于Tabula Sapiens数据集，可能无法涵盖所有人类细胞类型和组织	探讨单细胞水平上糖基化相关基因的表达模式及其在不同细胞和组织中的特异性	人类组织和细胞类型中的糖基化相关基因表达	生物信息学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	Tabula Sapiens数据集中的人类组织和细胞类型
56	2024-12-21	Approximate nearest neighbor graph provides fast and efficient embedding with applications for large-scale biological data 2024-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae172 PMID:39703432	研究论文	本文提出了一种新的降维算法annembed，通过结合t-SNE和UMAP的优点，并使用HNSW图替换K-最近邻图，提高了大规模生物数据处理的效率和速度	创新点包括结合t-SNE和UMAP创建新的降维算法，使用HNSW图替换K-最近邻图，以及通过结合HNSW和局部敏感哈希算法扩展到DNA/RNA序列数据	NA	提高大规模生物数据降维和嵌入的效率和速度	大规模微生物基因组数据库、单细胞RNA测序数据和宏基因组contig（或群体）分箱	生物信息学	NA	HNSW, 局部敏感哈希算法	NA	DNA/RNA序列数据	数百万到数十亿个数据点
57	2024-12-21	Spatial transcriptomics in breast cancer reveals tumour microenvironment-driven drug responses and clonal therapeutic heterogeneity 2024-Dec, NAR cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1093/narcan/zcae046 PMID:39703753	研究论文	本研究利用乳腺癌患者的空间转录组数据，预测药物敏感性，揭示了肿瘤微环境在治疗反应中的作用	本研究首次通过空间转录组数据揭示了肿瘤微环境对药物反应的影响，并发现了肿瘤内不同位置的亚克隆具有不同的药物反应	本研究仅基于乳腺癌患者的数据，结果的普适性有待进一步验证	探讨肿瘤微环境在乳腺癌治疗反应中的作用，优化治疗策略	乳腺癌患者的肿瘤微环境和药物敏感性	数字病理学	乳腺癌	空间转录组	NA	转录组数据	乳腺癌患者
58	2024-12-20	Interplay between Netrin-1 and Norrin controls arteriovenous zonation of blood-retina barrier integrity 2024-Dec-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2408674121 PMID:39693351	研究论文	本文研究了Netrin-1和Norrin信号通路在控制视网膜屏障完整性中的相互作用	首次揭示了Netrin-1/Unc5b和Norrin/Lrp5信号通路通过调控内皮细胞基因表达程序来控制视网膜屏障的完整性，并展示了这些信号通路在动脉和静脉中的梯度调控机制	研究仅在鼠类模型中进行，尚未在人类中验证	探讨Netrin-1和Norrin信号通路在视网膜屏障完整性中的作用及其调控机制	视网膜屏障内皮细胞及其基因表达	NA	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	使用出生后视网膜屏障功能性小鼠视网膜内皮细胞进行研究
59	2024-12-20	Single-cell RNA sequencing identifies endothelial-derived HBEGF as promoting pancreatic beta cell proliferation in mice via the EGFR-Kmt5a-H4K20me pathway 2024-Dec-19, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06341-y PMID:39694915	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和体外功能实验，揭示了在小鼠中，内皮细胞衍生的HBEGF通过EGFR-Kmt5a-H4K20me信号通路促进胰腺β细胞增殖的机制	首次揭示了内皮细胞衍生的HBEGF通过EGFR-Kmt5a-H4K20me信号通路调控胰腺β细胞增殖的生理机制	研究仅在动物模型中进行，尚未在人体中验证	分析调控胰腺β细胞生理增殖的细胞内和细胞外信号通路，为糖尿病治疗提供新思路	小鼠胰腺β细胞及其增殖机制	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	43,724个内分泌和非内分泌细胞，其中15,569个β细胞
60	2024-12-20	CCL4L2 participates in tendinopathy progression by promoting macrophage inflammatory responses: a single-cell analysis 2024-Dec-19, Journal of orthopaedic surgery and research IF:2.8Q1 DOI:10.1186/s13018-024-05268-9 PMID:39696421	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析CCL4L2在肌腱病进展中的作用，发现CCL4L2通过促进巨噬细胞的炎症反应参与肌腱病的进展	首次通过单细胞RNA测序揭示了CCL4L2在肌腱病中的作用，并验证了其通过激活M1相关炎症信号通路促进巨噬细胞极化和抑制肌腱干细胞分化的机制	研究仅在体外实验中验证了CCL4L2的作用，尚未在体内模型中进行验证	探讨CCL4L2在肌腱病进展中的作用及其机制	肌腱病中的巨噬细胞和肌腱干细胞	数字病理学	肌腱病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	疾病组和健康组的多个细胞亚群