单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-07-22	Physical inactivity exacerbates pathologic inflammatory signalling at the single cell level in patients with systemic lupus 2024-Dec, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105432 PMID:39531917	研究论文	本研究探讨了体力活动对系统性红斑狼疮(SLE)患者单细胞水平病理炎症信号的影响	首次在单细胞水平揭示了体力活动不足通过改变免疫细胞频率和转录谱加剧SLE患者病理炎症信号的机制	研究依赖于自我报告的体力活动数据，可能存在回忆偏倚	阐明体力活动改善SLE症状的分子机制	123名SLE患者的外周血单个核细胞(PBMC)	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	123名SLE患者
42	2025-07-22	Improved characterization of 3' single-cell RNA-seq libraries with paired-end avidity sequencing 2024-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae175 PMID:39703419	研究论文	本文评估了Element Biosciences的'亲和碱基化学'DNA测序技术在单细胞RNA-seq库中的应用，特别是在通过引物测序和准确配对末端读段对齐方面的能力	使用'亲和碱基化学'DNA测序技术直接测序通过胸腺嘧啶均聚物，实现对多聚腺苷酸化位点的精确量化	与单端对齐相比，该方法并未一致提高读段映射率，且存在低水平的人工产物	改进3'单细胞RNA-seq库的表征，特别是多聚腺苷酸化位点的测量	单细胞RNA-seq库	基因组学	NA	单细胞RNA-seq, 亲和碱基化学DNA测序	NA	DNA序列数据	NA
43	2025-07-22	Transiently increased coordination in gene regulation during cell phenotypic transitions 2024-Dec, PRX life DOI:10.1103/prxlife.2.043009 PMID:40585428	research paper	该研究通过分析单细胞RNA测序数据，探讨了细胞表型转变过程中基因表达簇的协调切换机制	研究发现细胞表型转变过程中，不同基因调控社区间的相互作用先增强后减弱，揭示了协调全局基因表达重编程的一般原则	研究仅分析了五种细胞转变过程，可能无法涵盖所有类型的表型转变	探究细胞表型转变过程中基因表达簇的协调切换机制	五种不同的细胞转变过程	基因组学	NA	单细胞RNA测序	过渡路径理论框架	基因表达数据	五种不同的细胞转变过程
44	2025-07-21	KMT2D regulates tooth enamel development 2024-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.20.608898 PMID:39411159	research paper	该研究探讨了KMT2D基因在牙釉质发育中的具体作用	首次通过条件性敲除小鼠模型揭示了KMT2D在成釉细胞分化中的关键调控作用	研究仅在小鼠模型中进行，人类临床相关性需要进一步验证	阐明KMT2D在牙釉质形成过程中的分子机制	KMT2D条件性敲除小鼠模型和牙胚组织	发育生物学	牙釉质发育不全	RNA-seq, CUT&RUN-seq, 单细胞RNA-seq, 显微CT, 扫描电镜	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据, 影像数据, 组织学数据	KMT2D条件性敲除小鼠及其对照组
45	2025-07-21	Side- and Disease-Dependent Changes in Human Aortic Valve Cell Population and Transcriptomic Heterogeneity Determined by Single-Cell RNA Sequencing 2024-Dec-19, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes15121623 PMID:39766890	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究人类主动脉瓣细胞群和转录组异质性在疾病和不同侧面的变化	首次使用单细胞RNA测序技术揭示主动脉瓣膜细胞在疾病和不同侧面的转录组异质性，并识别出与疾病相关的新型细胞亚群和基因表达模式	样本量较小（仅5名捐赠者），且仅关注了主动脉瓣膜的特定区域	探究钙化性主动脉瓣疾病（CAVD）在主动脉瓣膜不同侧面发展的分子机制	人类主动脉瓣膜细胞	生物医学研究	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	5名捐赠者的82,356个主动脉瓣膜细胞
46	2025-07-21	Single-Cell Analysis of Subcutaneous Fat Reveals Profibrotic Cells That Correlate With Visceral Adiposity in HIV 2024-Dec-18, The Journal of clinical endocrinology and metabolism DOI:10.1210/clinem/dgae369 PMID:38820087	研究论文	该研究通过单细胞分析皮下脂肪，揭示了与HIV感染者内脏脂肪量相关的纤维化细胞	首次在HIV感染者中揭示了皮下脂肪特定细胞类型和转录程序与内脏脂肪量的关系	需要更多纵向研究来确定因果关系和机制	探究HIV感染者皮下脂肪细胞组成与内脏脂肪量的关系	HIV感染者	生物医学	HIV感染	单细胞RNA测序, 批量RNA测序, CT扫描	NA	RNA测序数据, 影像数据	92名参与者进行批量RNA测序, 43名进行单细胞RNA测序
47	2025-07-21	Data-driven discovery of cell-type-directed network-correcting combination therapy for Alzheimer's disease 2024-Dec-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.09.627436 PMID:39713353	研究论文	本文提出了一种基于人类数据和真实世界证据的细胞类型特异性多靶点药物发现策略，用于阿尔茨海默病的治疗	结合单细胞转录组学、药物扰动数据库和临床记录，发现了一种针对神经元和胶质细胞的组合疗法	研究结果基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	开发针对阿尔茨海默病的细胞类型导向的组合疗法	阿尔茨海默病相关的神经元和胶质细胞	精准医学	阿尔茨海默病	单细胞转录组学、药物扰动数据库分析	AD小鼠模型	转录组数据、临床记录	AD小鼠模型
48	2025-07-21	Transcriptional reprogramming primes CD8+ T cells toward exhaustion in Myalgic encephalomyelitis/chronic fatigue syndrome 2024-Dec-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2415119121 PMID:39621903	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征(ME)中CD8+ T细胞向耗竭状态转变的转录重编程机制	首次在ME患者中发现CD8+ T细胞耗竭的分子特征，包括转录因子上调、染色质景观改变和代谢重编程	研究样本量未明确说明，且机制研究仍需进一步验证	阐明ME疾病中T细胞失调的基因调控状态	ME患者的CD8+ T细胞亚群和某些先天T细胞	免疫学	肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征	单细胞RNA-seq, RNA-seq, ATAC-seq, 流式细胞术	NA	基因组数据, 表观基因组数据, 蛋白质表达数据	未明确说明
49	2025-07-21	Multinucleated giant cells are hallmarks of ovarian aging with unique immune and degradation-associated molecular signatures 2024-Dec-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.03.626649 PMID:39677686	research paper	该研究通过先进成像技术和转录组分析，揭示了卵巢衰老过程中多核巨细胞（MNGCs）的独特免疫和降解相关分子特征	首次定义了卵巢MNGCs在衰老过程中的存在及其独特的转录组特征，揭示了它们与免疫细胞（如T细胞）的紧密相互作用	MNGCs的大尺寸限制了其通过单细胞RNA测序等技术进行分离和分析	研究卵巢衰老过程中MNGCs的功能和分子特征	小鼠和非人灵长类动物的卵巢	生物医学	卵巢衰老	激光捕获显微切割和转录组分析	NA	图像和转录组数据	小鼠和非人灵长类动物的卵巢样本
50	2025-07-21	Dysregulated Treg repair responses lead to chronic rejection after heart transplantation 2024-Dec-02, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI173593 PMID:39621314	研究论文	该研究探讨了心脏移植后慢性排斥反应中调节性T细胞（Treg）修复反应的失调机制	首次揭示了IL-33通过诱导Treg分泌Areg促进成纤维细胞增殖，从而加剧慢性排斥反应的机制	研究主要基于小鼠模型，临床样本验证相对有限	阐明心脏移植后慢性排斥反应的分子机制	心脏移植模型中的调节性T细胞和成纤维细胞	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	MHC II不匹配小鼠心脏移植模型	基因表达数据	小鼠移植模型和临床移植样本
51	2025-07-21	Single-nucleus chromatin accessibility and transcriptomic map of breast tissues of women of diverse genetic ancestry 2024-Dec, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03011-9 PMID:39122969	research paper	该研究通过单核染色质可及性和转录组分析，建立了来自不同遗传背景女性的乳腺组织图谱	整合分析揭示了10种不同的细胞类型，包括三种主要上皮亚型，并发现了未表征的标记物和基因调控网络，以及遗传背景依赖的变异性	样本量相对较小（92名女性），可能无法完全代表所有遗传背景的多样性	探索健康乳腺生物学中遗传背景依赖的变异性	92名不同遗传背景女性的乳腺组织样本	digital pathology	breast cancer	单核染色质可及性分析、转录组分析、空间转录组学	NA	单核染色质可及性数据、基因表达数据	92名女性的乳腺组织样本
52	2025-07-20	sc-SPLASH provides ultra-efficient reference-free discovery in barcoded single-cell sequencing 2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.24.630263 PMID:39763839	研究论文	介绍了一种名为sc-SPLASH的高效、无需参考基因组的单细胞RNA测序分析流程	sc-SPLASH扩展了SPLASH框架，支持条形码单细胞RNA测序和空间转录组学，能够发现参考基因组中缺失的序列变异	未明确提及具体限制	开发一种无需参考基因组的单细胞RNA测序分析方法，以发现转录组多样性	人类、海鞘和海绵的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, 10x Chromium, 10x Visium	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	涉及人类、海鞘和海绵的数据，具体样本量未明确
53	2025-07-20	Chondroitin sulfate proteoglycan 4 increases invasion of recessive dystrophic epidermolysis bullosa-associated cutaneous squamous cell carcinoma by modifying transforming growth factor-β signalling 2024-Dec-23, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljae295 PMID:39018437	研究论文	该研究探讨了硫酸软骨素蛋白聚糖4（CSPG4）在隐性营养不良性大疱性表皮松解症（RDEB）相关皮肤鳞状细胞癌（cSCC）中的作用及其通过改变转化生长因子-β（TGF-β）信号传导促进肿瘤侵袭的机制	首次揭示了CSPG4通过调节TGF-β信号通路中的SMAD3磷酸化增强RDEB cSCC的侵袭性，并证实CSPG4可能成为RDEB cSCC的治疗靶点	研究主要基于体外细胞系和有限的组织样本，未进行大规模临床验证	评估CSPG4在RDEB cSCC中的表达和功能	RDEB cSCC细胞系、RDEB cSCC肿瘤组织及非RDEB cSCC肿瘤组织	癌症生物学	皮肤鳞状细胞癌	免疫组织化学、单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	体外全层肿瘤模型	基因表达数据、组织病理学数据	多个RDEB cSCC细胞系及已发表的scRNA-Seq数据集
54	2025-07-20	CFTR represses a PDX1 axis to govern pancreatic ductal cell fate 2024-Dec-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111393 PMID:39687022	研究论文	该研究揭示了CFTR蛋白通过调控PDX1表达影响胰腺导管细胞命运的机制	发现了CFTR蛋白水平（而非其通道功能）调控PDX1表达的新机制，解释了CF突变如何影响胰腺外分泌/内分泌重塑	研究主要基于CF雪貂模型，人类临床相关性需进一步验证	探究CFTR蛋白缺失对胰腺导管细胞命运及胰岛功能的影响机制	CF雪貂模型的胰腺导管细胞	分子生物学	囊性纤维化	RNA-seq, scRNA-seq, ATAC-seq	NA	转录组数据、表观遗传数据	CF雪貂模型（具体数量未明确说明）
55	2025-07-20	Cycling alpha cells in regenerative drug-treated human pancreatic islets may serve as key beta cell progenitors 2024-Dec-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101832 PMID:39626675	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了DYRK1A抑制剂单独或与GLP-1或LY联合使用时对人类胰腺胰岛中α细胞的影响，揭示了循环α细胞可能作为β细胞前体细胞的机制	首次发现循环α细胞对DYRK1A抑制最为敏感，并可能通过转分化成为β细胞前体细胞	研究未明确DYRK1A抑制剂促使α细胞转分化的具体分子机制	探索恢复糖尿病患者β细胞数量的潜在治疗方法	人类胰腺胰岛中的α细胞和β细胞	再生医学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	人类胰腺胰岛样本（具体数量未提及）
56	2025-07-20	Elucidating Sex-Specific Immune Profiles in a Breast Cancer Model 2024-Dec-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252313113 PMID:39684829	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术，探讨了雌雄小鼠乳腺癌模型中性别特异的免疫和激素特征差异	首次在雌雄ER+乳腺癌转基因小鼠模型中系统揭示性别依赖的肿瘤免疫微环境差异	研究局限于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	阐明乳腺癌中性别特异的免疫特征差异	MMTV-PyMT转基因雌雄小鼠的ER+乳腺癌模型	肿瘤免疫学	乳腺癌	scRNA-Seq, 全片免疫组化, 流式细胞术	MMTV-PyMT转基因小鼠模型	基因表达数据, 图像数据, 细胞计数数据	未明确说明数量的雌雄转基因小鼠样本
57	2025-07-20	Sex-specific regulatory architecture of pancreatic islets from subjects with and without type 2 diabetes 2024-Dec, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-024-00313-z PMID:39567827	研究论文	本研究通过结合单细胞RNA测序和单核ATAC测序技术，探讨了2型糖尿病和非糖尿病供体胰岛细胞的性别特异性调控差异	揭示了2型糖尿病胰岛细胞在性染色体和常染色体基因上的性别差异，并提出了线粒体功能在女性向2型糖尿病转变中的作用	样本量相对较小（52名供体），且仅针对胰岛细胞进行研究	探究2型糖尿病胰岛细胞性别差异的分子机制	人类胰岛细胞（来自52名2型糖尿病和非糖尿病供体）	基因组学	2型糖尿病	scRNA-seq, snATAC-seq	NA	基因组数据	52名供体的胰岛细胞
58	2025-07-19	Resolving the design principles that control postnatal vascular growth and scaling 2024-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.10.627758 PMID:39713449	research paper	该研究通过实验和计算多尺度方法，揭示了出生后主动脉扩张的生物学原理及其与脊柱而非体重的比例关系	发现主动脉扩张通过两波独特的动脉细胞增殖波进行，这些波在空间上是随机的但在时间上是协调的，并且揭示了内皮细胞挤出对稳态主动脉生长的重要性	研究主要关注主动脉生长，可能不适用于其他血管或组织的生长机制	探索出生后血管生长和比例控制的生物学原理	主动脉及其细胞增殖动态	生物医学工程	NA	单细胞RNA测序、数学建模	NA	基因表达数据、细胞增殖数据	NA
59	2025-07-16	Inflammatory Monocytes Increase Prior to Detectable HIV-1 Rebound Viremia 2024-Dec-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.24.630257 PMID:39763863	research paper	研究HIV-1治疗停止后病毒反弹前的免疫反应变化	发现病毒反弹前CD16单核细胞的显著增加及其抗病毒基因表达的变化	未提及样本量是否足够大以支持广泛结论	识别治疗停止后病毒反弹前的早期信号，以延长病毒反弹时间和治愈HIV-1	外周血单个核细胞（PBMCs）和血浆蛋白组	免疫学	HIV-1感染	血浆蛋白质组学和单细胞转录组学	NA	蛋白质组数据和转录组数据	NA
60	2025-07-12	MatriCom: a scRNA-Seq data mining tool to infer ECM-ECM and cell-ECM communication systems 2024-Dec-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.10.627834 PMID:39763937	研究论文	开发了一个名为MatriCom的网络应用和R包，用于挖掘scRNA-Seq数据并推断ECM组分之间以及不同细胞群与ECM之间的通讯系统	MatriCom基于独特的MatriComDB数据库，包含超过25,000个经过筛选的涉及基质组分的相互作用，覆盖约80%的哺乳动物基质组基因	NA	阐明不同细胞群在ECM-ECM和细胞-ECM相互作用中的作用及其在癌症或纤维化等疾病中的失调	ECM组分和细胞群	生物信息学	癌症或纤维化	scRNA-Seq	NA	scRNA-Seq数据	整合了46个scRNA-Seq数据集