单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
561	2024-10-20	Schisandrin C inhibits AKT1-regulated cell proliferation in A549 cells 2024-Dec-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113110 PMID:39260306	研究论文	研究了五味子素C对A549细胞增殖的影响及其机制	首次探讨了五味子素C通过抑制AKT1信号通路来抑制A549细胞增殖的机制	仅在体外细胞实验和部分临床样本中验证了效果，缺乏大规模临床试验数据	探讨五味子素C对肺癌的影响及其作用机制	A549细胞和肺癌患者组织	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	A549细胞和肺癌患者组织样本
562	2024-10-20	Potential crosstalk between Naïve CD4+ T cells and SPP1+ Macrophages is associated with clinical outcome and therapeutic response in hepatocellular carcinoma 2024-Dec-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113231 PMID:39332093	研究论文	研究探讨了肝细胞癌中幼稚CD4+ T细胞与SPP1+巨噬细胞之间的潜在交叉对话及其对临床结果和治疗反应的影响	建立了基于幼稚CD4+ T细胞和SPP1+巨噬细胞交叉对话的机器学习模型TMPS，用于预测预后和治疗反应	NA	研究肝细胞癌中肿瘤微环境内细胞间交叉对话及其对临床结果和治疗反应的影响	幼稚CD4+ T细胞和SPP1+巨噬细胞的交叉对话	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）和批量RNA测序（RNA-seq）	机器学习模型	RNA测序数据	4个独立队列
563	2024-10-20	Decoding the mosaic of inflammatory bowel disease: Illuminating insights with single-cell RNA technology 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.07.011 PMID:39421242	综述	本文综述了单细胞RNA技术在炎症性肠病（IBD）研究中的应用，涵盖了发病机制、诊断、治疗和预后	单细胞RNA测序（scRNA-seq）作为一种强大的工具，能够克服传统批量RNA测序的局限，提供IBD患者中各种细胞类型的全面转录组谱	需要纵向研究、整合多种单细胞和空间转录组技术，以及探索肠道微生物在IBD中的作用	增强对炎症性肠病（IBD）的理解，包括发病机制、诊断、治疗和预后	炎症性肠病（IBD），包括溃疡性结肠炎（UC）和克罗恩病（CD）	数字病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
564	2024-10-19	The astrocyte-enriched gene deathstar plays a crucial role in the development, locomotion, and lifespan of D. melanogaster 2024-Dec, Fly IF:2.4Q3 DOI:10.1080/19336934.2024.2368336 PMID:38884422	研究论文	研究探讨了基因deathstar在果蝇发育、运动和寿命中的关键作用	通过单细胞RNA测序技术，首次发现并验证了基因deathstar在星形胶质细胞中的特异性表达及其对果蝇发育和生理功能的影响	研究主要集中在雄性果蝇上，对雌性果蝇的影响未进行深入探讨	揭示星形胶质细胞特异性基因在果蝇发育和生理功能中的作用	果蝇的星形胶质细胞及其特异性基因deathstar	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及果蝇的视觉叶和脑部的多个发育阶段
565	2024-10-19	Revolutionizing prognostic predictions in colorectal cancer: Macrophage‑driven transcriptional insights from single‑cell RNA sequencing and gene co‑expression network analysis 2024-Dec, Oncology letters IF:2.5Q3 DOI:10.3892/ol.2024.14721 PMID:39411205	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和基因共表达网络分析，揭示了结直肠癌中巨噬细胞驱动的转录组特征，并构建了一个新的预后模型	本研究首次通过单细胞RNA测序和基因共表达网络分析，识别了与巨噬细胞相关的预后生物标志物，并构建了一个新的预后模型	研究结果需要进一步的前瞻性研究验证	提高结直肠癌免疫治疗的预后预测准确性	结直肠癌中的巨噬细胞及其相关生物标志物	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	非负矩阵分解算法	基因表达数据	23个样本
566	2024-10-16	A comprehensive overview of graph neural network-based approaches to clustering for spatial transcriptomics 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2023.11.055 PMID:38089467	综述	本文全面概述了基于图神经网络的空间转录组学聚类方法	本文提供了对最新GNN-based空间聚类方法的全面概述，并比较分析了这些方法在空间聚类中的性能	本文指出了现有方法的局限性，并提出了未来研究的方向	探讨和评估基于图神经网络的空间转录组学聚类方法	空间转录组学数据的空间聚类	机器学习	NA	图神经网络	图神经网络	空间转录组学数据	60个聚类场景
567	2024-10-12	MIR4435-2HG: A novel biomarker for triple-negative breast cancer diagnosis and prognosis, activating cancer-associated fibroblasts and driving tumor invasion through EMT associated with JNK/c-Jun and p38 MAPK signaling pathway activation 2024-Dec-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113191 PMID:39317050	研究论文	本研究旨在鉴定MIR4435-2HG作为三阴性乳腺癌（TNBC）的诊断和预后生物标志物，并探讨其在TNBC中的生物学作用	首次鉴定MIR4435-2HG作为TNBC的诊断和预后生物标志物，并揭示其在激活癌症相关成纤维细胞和驱动肿瘤侵袭中的作用	NA	鉴定MIR4435-2HG作为TNBC的诊断和预后生物标志物，并探讨其在TNBC中的生物学作用	MIR4435-2HG在三阴性乳腺癌中的表达及其生物学功能	NA	乳腺癌	单细胞RNA测序分析、肿瘤微环境浸润分析、CCK-8、transwell实验、伤口愈合实验、RNA-seq、qRT-PCR、western blotting	NA	转录组数据	来自TCGA数据库的临床病理信息和转录组数据
568	2024-10-12	Spatial transcriptomics reveal tumor microenvironment and SLCO2A1 correlated with tumor suppression in hypopharyngeal squamous cell carcinoma 2024-Dec-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113243 PMID:39340989	研究论文	本文通过空间转录组学分析了喉下鳞状细胞癌（HSCC）的肿瘤微环境，并发现SLCO2A1与肿瘤抑制相关	首次报道了HSCC的空间转录组学分析，揭示了肿瘤微环境和SLCO2A1在肿瘤抑制中的作用	研究样本量较小，仅涉及四名患者	探讨喉下鳞状细胞癌的肿瘤和成纤维细胞异质性以及免疫微环境	喉下鳞状细胞癌的肿瘤组织、肿瘤周围组织和淋巴转移组织	数字病理学	头颈部肿瘤	空间转录组学	NA	基因表达数据	四名喉下鳞状细胞癌患者
569	2024-10-10	VSIG4 induces the immunosuppressive microenvironment by promoting the infiltration of M2 macrophage and Tregs in clear cell renal cell carcinoma 2024-Dec-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113105 PMID:39260310	研究论文	本文研究了VSIG4在透明细胞肾细胞癌中通过促进M2巨噬细胞和Tregs的浸润来诱导免疫抑制微环境的作用	发现了新的免疫检查点靶点VSIG4，并探讨了其在透明细胞肾细胞癌中的作用及其与免疫治疗耐药性的关系	NA	探索透明细胞肾细胞癌中的新型免疫治疗靶点	透明细胞肾细胞癌中的免疫相关基因VSIG4及其在免疫抑制微环境中的作用	数字病理学	肾癌	多组学数据分析、病理学审查、批量转录组数据、单细胞测序、Western blotting、免疫组化、体外/体内实验	NA	基因表达数据、病理图像	训练组：36个正常组织和267个透明细胞肾细胞癌组织；验证组：36个正常组织和266个透明细胞肾细胞癌组织
570	2024-10-09	Enhancing metastatic colorectal cancer prediction through advanced feature selection and machine learning techniques 2024-Dec-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113033 PMID:39226823	研究论文	本研究通过先进的特征选择和机器学习技术，提高了转移性结直肠癌的预测准确性	引入了创新的成本敏感快速相关性过滤（CS-FCBF）算法，显著提高了预测模型的性能	NA	提高转移性结直肠癌的预测准确性，改善患者生存结果	转移性结直肠癌的预测和诊断	机器学习	结直肠癌	成本敏感快速相关性过滤（CS-FCBF）算法	NA	单细胞RNA测序数据	184个基因特征减少到9个关键基因
571	2024-10-09	A multi-task deep learning model based on comprehensive feature integration and self-attention mechanism for predicting response to anti-PD1/PD-L1 2024-Dec-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113099 PMID:39265355	研究论文	本文提出了一种基于综合特征集成和自注意力机制的多任务深度学习模型，用于预测抗PD1/PD-L1治疗的反应	本文创新性地整合了多层次的特征，并利用自注意力机制构建了多任务深度学习模型，以提高预测免疫检查点抑制剂疗效的准确性	本文的模型在不同癌症类型中的表现存在差异，且样本量较小，可能影响模型的泛化能力	本研究旨在通过多维特征选择和深度学习模型构建，提高免疫检查点抑制剂疗效预测的准确性	本研究主要针对抗PD1/PD-L1治疗的反应进行预测	机器学习	NA	深度学习	多任务深度学习模型	基因表达数据	本研究涉及的样本包括膀胱尿路上皮癌测试集1（n=298）、膀胱尿路上皮癌测试集2（n=89）、非小细胞肺癌测试集（n=27）和皮肤黑色素瘤测试集（n=27）
572	2024-10-07	Claudin 7 suppresses invasion and metastasis through repression of a smooth muscle actin program 2024-Dec-02, The Journal of cell biology IF:7.4Q1 DOI:10.1083/jcb.202311002 PMID:39320351	研究论文	研究探讨了Claudin 7在抑制乳腺癌侵袭和转移中的作用	首次揭示了Claudin 7通过抑制平滑肌肌动蛋白相关基因的表达来抑制乳腺癌的侵袭和转移	研究主要基于小鼠模型和人类细胞系，需要进一步在临床样本中验证	探讨Claudin 7在乳腺癌转移中的作用机制	Claudin 7及其在乳腺癌细胞中的功能	NA	乳腺癌	RNA测序	NA	RNA	小鼠乳腺癌模型中的类器官、人类细胞系、新鲜人类肿瘤组织、批量RNA测序和公开的单细胞RNA测序数据
573	2024-10-05	Optimization of hybridization chain reaction for imaging single RNA molecules in Drosophila larvae 2024-Dec, Fly IF:2.4Q3 DOI:10.1080/19336934.2024.2409968 PMID:39351922	研究论文	本文优化了用于果蝇幼虫中单个RNA分子成像的杂交链反应技术	提出了优化的杂交链反应（HCR）管道，包括用于优化探针设计的开源代码，实现了高特异性和灵敏度，并降低了实验成本和时间	NA	优化杂交链反应技术以实现单个RNA分子的成像	果蝇幼虫中的单个RNA分子	生物技术	NA	杂交链反应（HCR）	NA	RNA	NA
574	2024-10-04	Implications of accumulation of clonally expanded and senescent CD4+GNLY+ T cells in immunological non-responders of HIV-1 infection 2024-Dec, Emerging microbes & infections IF:8.4Q1 DOI:10.1080/22221751.2024.2396868 PMID:39239709	研究论文	研究探讨了HIV-1感染免疫无应答者中CD4+GNLY+ T细胞的积累及其与免疫重建的关系	首次揭示了CD4GNLY T细胞在HIV-1感染免疫无应答者中的高克隆扩增和衰老特征，并探讨了其与免疫重建的关系	研究样本量较小，可能影响结果的普适性	阐明CD4GNLY T细胞的特征及其与HIV-1感染免疫无应答者免疫重建的关系	HIV-1感染免疫无应答者中的CD4GNLY T细胞	免疫学	HIV感染	单细胞RNA测序、单细胞TCR测序、流式细胞术、酶联免疫吸附试验	NA	单细胞RNA数据、TCR数据、流式细胞数据、血浆细胞因子数据	HIV-1感染免疫无应答者的血液样本
575	2024-10-04	Integrating cellular experiments, single-cell sequencing, and machine learning to identify endoplasmic reticulum stress biomarkers in idiopathic pulmonary fibrosis 2024-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2024.2409352 PMID:39340293	研究论文	本研究整合细胞实验、单细胞测序和机器学习技术，识别特发性肺纤维化中的内质网应激相关生物标志物	首次将内质网应激与特发性肺纤维化的生物标志物识别相结合，并开发了具有强预测能力的诊断和预后模型	NA	揭示特发性肺纤维化中的内质网应激相关生物标志物	特发性肺纤维化患者肺组织中的内质网应激相关基因和细胞类型	机器学习	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析、蛋白质-蛋白质相互作用分析	机器学习算法	基因表达数据	多个数据集和体外实验样本
576	2024-10-02	Bulk and single-cell transcriptomics identify gene signatures of stem cell-derived NK cell donors with superior cytolytic activity 2024-Dec-19, Molecular therapy. Oncology DOI:10.1016/j.omton.2024.200870 PMID:39346765	研究论文	研究通过批量和单细胞转录组学分析，识别出具有优越细胞毒性活性的干细胞衍生NK细胞供体的基因特征	首次通过批量和单细胞RNA测序，揭示了不同NK细胞供体在分化过程中的转录组特征差异，并定义了能够预测供体细胞毒性潜力的多因素基因表达特征	研究仅限于脐带血干细胞衍生的NK细胞，未涵盖其他来源的NK细胞	识别具有优越抗肿瘤活性的NK细胞供体，以支持有效的NK细胞疗法开发	脐带血干细胞衍生的NK细胞	数字病理学	癌症	RNA测序	NA	基因表达数据	10个脐带血干细胞衍生的NK细胞批次
577	2024-09-30	PRDM16 determines specification of ventricular cardiomyocytes by suppressing alternative cell fates 2024-Dec, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202402719 PMID:39304345	研究论文	本文研究了转录因子PRDM16在心脏发育早期阶段的作用，特别是其在心室心肌细胞特化中的功能	首次证明了PRDM16在心室心肌细胞特化中的决定性作用，并通过RNA+ATAC单细胞测序揭示了其对心室传导和心房命运主调控因子的抑制作用	NA	探讨PRDM16在心脏发育中的作用及其对心室心肌细胞特化的影响	PRDM16在心脏发育中的功能及其对心室心肌细胞特化的调控机制	NA	心血管疾病	RNA+ATAC单细胞测序	NA	RNA数据	NA
578	2024-09-30	Maximizing single cell dissociation protocol for individual zebrafish embryo 2024-Dec, MethodsX IF:1.6Q2 DOI:10.1016/j.mex.2024.102958 PMID:39329153	研究论文	本文介绍了一种优化的小鱼胚胎单细胞分离协议	提出了针对小鱼胚胎的高质量单细胞悬液分离方法	NA	优化单细胞分离技术，以研究细胞异质性和细胞状态	小鱼胚胎	发育生物学	NA	单细胞测序	NA	细胞	单个小鱼胚胎
579	2024-09-27	Mechanism of multifunctional adaptor protein SHARPIN regulating myocardial fibrosis and how SNP mutation affect the prognosis of myocardial infarction 2024-Dec, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2024.167467 PMID:39159699	研究论文	研究SHARPIN蛋白在心肌纤维化中的作用及其SNP突变对心肌梗死预后的影响	首次揭示了SHARPIN在心肌纤维化中的分子机制，并探讨了其SNP突变对心肌梗死患者心血管事件的影响	研究主要基于小鼠模型和人类心肌组织，需要进一步在临床试验中验证	阐明SHARPIN在心肌纤维化中的分子机制及其SNP突变对心肌梗死预后的影响	SHARPIN蛋白、心肌纤维化、心肌梗死患者	心血管疾病	心血管疾病	RNA干扰、转录组分析、单细胞测序	NA	基因表达数据、单细胞数据	SHARPIN+/-, 野生型小鼠, 人类心肌组织
580	2024-09-27	Dysfunctional β-cell longevity in diabetes relies on energy conservation and positive epistasis 2024-Dec, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202402743 PMID:39313296	研究论文	研究了PFKFB3表达的β细胞在糖尿病中的功能障碍及其与能量保存和正向上位性的关系	揭示了PFKFB3通过与抗凋亡基因的相互作用，促进糖尿病中功能障碍β细胞的长期存活，并提出了通过抑制PFKFB3来清除这些细胞以恢复葡萄糖耐量的方法	NA	探讨PFKFB3在糖尿病中如何掩盖功能障碍β细胞的竞争特性	PFKFB3表达的β细胞及其在糖尿病中的功能障碍	NA	糖尿病	scRNA-seq和空间转录组学	NA	转录组数据	来自nPOD T2D胰腺的PFKFB3阳性β细胞